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CN104168920A - 使用fgf19调控剂的方法 - Google Patents

使用fgf19调控剂的方法 Download PDF

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CN104168920A
CN104168920A CN201380014996.5A CN201380014996A CN104168920A CN 104168920 A CN104168920 A CN 104168920A CN 201380014996 A CN201380014996 A CN 201380014996A CN 104168920 A CN104168920 A CN 104168920A
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fgf19
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bile acid
antibody
biomarkers
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R.派
D.M.达姆巴克
D.弗伦奇
V.V.劳里奥尔特
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F Hoffmann La Roche AG
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Abstract

本文中提供使用FGF19调控剂和/或胆汁酸代谢生物标志物的方法。

Description

使用FGF19调控剂的方法
对相关申请的交叉引用
本申请依据35 USC 119(e)要求2012年1月18日提交的美国临时专利申请No.61/587,885的优先权，通过提述将其内容完整收入本文。
序列表
本申请含有经由EFS-Web提交且通过提述据此完整收录的序列表。所述ASCII拷贝在2013年1月17日创建，名为P4854R1WO_PCTSequenceListing.txt，且大小为13,975个字节。
发明领域
本文中提供使用FGF19调控剂和/或胆汁酸代谢生物标志物的方法。
发明背景
胆汁酸是生理学去污剂，在肝中自胆固醇合成，贮存在胆囊中并释放入小肠以吸收脂肪和脂溶性营养物(Chiang JY，2004，J Hepatol，40(3)：539-51；Russell DW，2003，Annu Rev Biochem，72：137-74)。超过90％的胆汁酸在回肠中重吸收，这主要通过载体介导的机制来实现，其由自内腔顶端摄取，胞内运输至基底外侧膜，随后流入门脉循环以返回肝组成。胆固醇在人肝中转变成两种初级胆汁酸，胆酸(cholic acid，CA)和鹅去氧胆酸(chenodeoxycholic acid，CDCA)，它们的合成受包括Cyp7α1，Cyp8β1，Cyp27α1，和Cyp7β1在内的关键酶调节。在胆汁中分泌的初级胆汁酸与甘氨酸和牛磺酸缀合，然后在肠中水解或去羟基化以分别形成次级胆汁酸，去氧胆酸(deoxycholic acid，DCA)和石胆酸(lithocholic acid，LCA)，它们通过被动扩散穿过上皮得到吸收(Chiang JY，2009，J Lipid Res，50(10)：1955-66)。虽然已经在人(CA和CDCA)和啮齿动物(α-和β-鼠胆酸)中鉴定出初级胆汁酸合成和代谢的差异(Russell DW，2003，Annu Rev Biochem，72：137-74)，但是猕猴和人在胆固醇周转和胆汁酸合成方面是相似的(Dietschy JM和Turley SD，2002，J Biol Chem，277(6)：3801-4；Hayes KC，1988，Nutr Res Rev，1(1)：99-113；Rudel LL等，2002，J Biol Chem，277(35)：31401-6)，但在它们的解毒途径中不同(Alnouti Y，2009，Toxicol Sci，108(2)：225-46)。
类法尼醇X受体(FXR，NR1H4)(类固醇/甲状腺激素受体家族的一个成员)是一种胆汁酸活化的转录因子(Makishima M等，1999，Science，284(5418)：1362-5；Parks DJ等，1999，Science，284(5418)：1365-8)。在肝中，FXR启动的ATP结合盒(ABC)转运蛋白，胆汁盐输出泵(BSEP，ABCB11)和多药抗性蛋白2(MRP2，ABCC2)在胆汁酸和胆汁组分自肝细胞转运入胆汁中是至关重要的(Ananthanarayanan M等，2001，J Biol Chem，276(31)：28857-65；Kast HR等，2002，J Biol Chem，277(4)：2908-15；Plass JR等，2002，Hepatology，35(3)：589-96)。牛磺酸钠协同转运多肽(NTCP，Slc10a1)和有机阴离子转运蛋白(OAT)多肽蛋白质家族在肝细胞基底外侧膜处的胆汁盐摄取中发挥重要作用(Eloranta JJ和Kullak-UblickGA，2008，Physiology(Bethesda)，23：286-95)。在回肠中，包括NTCP和顶端钠依赖性胆汁酸转运蛋白(ASBT，Slc10a2)在内的转运蛋白介导胆汁酸摄取穿过顶端刷状缘膜，而且回肠胆汁酸结合蛋白(IBABP)介导胞内转运。随后，位于基底外侧膜上的有机溶质转运蛋白α-β(OST-α，OST-β)外流胆汁酸入门脉循环(Ballatori N等，2005，Hepatology，42(6)：1270-9；Dawson PA等，2005，J Biol Chem，280(8)：6960-8)。如此，在胆汁酸和脂蛋白代谢以外，FXR调节的转运蛋白在胆汁酸转运和肠肝循环和稳态中发挥重要作用(Ballatori N等，2008，Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol，295(1)：G179-G186；Dawson PA等，2003，J Biol Chem，278(36)：33920-7；Nakahara M等，2005，J Biol Chem，280(51)：42283-9)。
成纤维细胞生长因子19(FGF19)是成纤维细胞生长因子家族的一个非典型成员，例如能经由阻抑编码Cyp7α1的基因调节葡萄糖代谢和肝的胆汁酸代谢，胆汁酸合成中的第一个限速步骤(Inagaki T等，2005，Cell Metab，2(4)：217-25)。已经将小鼠FGF15鉴定为人和鸡FGF19的结构和功能同源物，具有一些保守的增强子/启动子元件(Wright TJ等，2004，Dev Biol，269(1)：264-75)。FGF15/FGF19能结合成纤维细胞生长因子受体4(FGFR4)及阻止Cyp7α1活化，由此阻止胆汁酸合成。通过结合肝细胞上的FGFR4以启动c-junN端激酶(JNK)信号传导途径和随后阻抑肝的胆汁酸合成，由肠分泌的FGF19作为内分泌激素起作用(Jones S，2008，Mol.Pharma.，5(1)：42-48)。FGFR4 KO小鼠具有更大的胆汁酸池，升高的胆汁酸分泌，和胆汁酸消减的胆囊，指示胆固醇和胆汁酸合成的负调节(Xie MH等，1999，Cytokine，11(10)：729-35；Yu C等，2000，J Biol Chem，275(20)：15482-9)。已经显示了FXR直接调节经由FGFR4受体酪氨酸激酶发信号的FGF19，而且FGF19在原代肝细胞中和在小鼠肝中强烈阻抑Cyp7α1表达(Holt JA等，2003，GenesDev，17(13)：1581-91)。最近，已经将β-klotho(一种没有预测激酶活性的跨膜蛋白)鉴定为FGF19的肝特异性活性所需要的辅因子(Lin BC等，2007，J Biol Chem，282(37)：27277-84)，而且已经在β-klotho缺陷小鼠中描述了受损的胆汁酸合成负反馈阻抑(Ito S等，2005，J Clin Invest，115(8)：2202-8)。
先前的工作显示在结肠和肝细胞癌的啮齿动物模型中使用抗FGF19抗体进行的治疗性FGF19中和抑制肿瘤生长(Desnoyers LR等，2008，Oncogene，27(1)：85-97)，没有任何显著毒性。然而，在具有相似胆汁酸合成途径(其包含CA和CDCA和与人FGF19具有极大同源性的FGF19)的猕猴中，导致剂量相关毒性。特别地，本文中描述的一项在猕猴中进行的重复剂量安全性研究导致剂量相关肝毒性，伴有严重腹泻和食物消耗低。需要进一步了解与FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂，例如抗FGF19抗体)治疗有关的毒性的机制以形成与FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂，例如抗FGF19抗体)有关的任何毒性得到减轻的疗法。
发明概述
本发明提供用于在个体中治疗疾病或病症的方法，其包括对个体施用有效量的FGF19调控剂并在FGF19调控剂治疗期间评估来自个体的样品中(例如与参照比较)一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平。
另一方面，本文中提供在个体中治疗疾病或病症的方法，其包括对个体施用有效量的FGF19调控剂，其中治疗基于来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平(例如与参照比较)。
本文中进一步提供用于在个体中治疗疾病或病症的方法，该方法包括：确定来自个体的样品包含基本正常水平或降低水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)，并对个体施用有效量的FGF19调控剂，由此治疗疾病或病症。
另外，本文中提供治疗疾病或病症的方法，其包括：(a)选择具有疾病或病症的个体，其中该个体在来自个体的样品中包含基本正常水平或降低水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)；并(b)对如此选择的个体施用有效量的FGF19调控剂，由此治疗疾病或病症。
本文中提供鉴定更加或不太可能因包含FGF19调控剂的治疗而展现好处的个体的方法，该方法包括：测定来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平，其中样品中降低水平和/或基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)指示个体更加可能因包含FGF19调控剂的治疗而展现好处或升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)指示个体不太可能因包含FGF19调控剂的治疗而展现好处。
本文中进一步提供用于预测具有疾病或病症的个体是否更加或不太可能形成针对包含FGF19调控剂的治疗的毒性的方法，该方法包括测定来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平，由此升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)指示个体更加可能形成针对包含FGF19调控剂的治疗的毒性且降低水平和/或基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)指示个体不太可能形成针对包含FGF19调控剂的治疗的毒性。在一些实施方案中，毒性为腹泻(例如严重腹泻)，脱水，食物消耗低，体重降低，和/或病态。
本文中提供测定具有疾病或病症的个体是否应当继续或中断包含FGF19调控剂的治疗的方法，该方法包括测量来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平，其中升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)确定个体应当中断包含FGF19调控剂的治疗而降低水平和/或基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)确定个体应当继续包含FGF19调控剂的治疗。
本文中还提供基于来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平鉴定个体为更加可能适合或不太可能适合继续治疗的方法，其中治疗包含FGF19调控剂，其中升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)鉴定个体为不太可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗而降低水平和/或基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)鉴定个体为更加可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗。
本文中提供在具有疾病或病症，经历治疗的个体中优化治疗功效和/或降低与疾病或病症治疗有关的毒性的方法，其包括：测定来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平，其中升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物指示需要降低随后施用于个体的FGF19调控剂的量和/或频率。
本文中进一步提供基于来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平鉴定具有疾病或病症的个体为更加可能适合或不太可能适合继续治疗的剂和/或剂量日程表(dose and/or dosage schedule)的方法，其中治疗包含FGF19调控剂，其中升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)鉴定个体为不太可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗的剂和/或剂量日程表而降低水平和/或基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)鉴定个体为更加可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗的剂和/或剂量日程表。
本文中提供用于在接受FGF19调控剂的个体中优化剂功效(doseefficacy)的测定方法，该方法包括：(a)测定来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平；(b)基于胆汁酸代谢生物标志物的水平推荐FGF19调控剂的后续剂。
另一方面，提供用于评估个体会形成针对FGF19调控剂的毒性的风险的测定方法，该方法包括：(a)测定来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平；(b)基于一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平评估个体会形成针对FGF19调控剂的毒性的风险。
在任何方法的一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的FGF19调控剂(例如对具有降低水平和/或基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)的个体)。
在任何方法的一些实施方案中，胆汁酸代谢生物标志物为肝酶。在一些实施方案中，肝酶为血清肝酶。
在任何方法的一些实施方案中，胆汁酸代谢生物标志物为胆汁酸。在一些实施方案中，胆汁酸为总胆汁酸。在一些实施方案中，胆汁酸为疏水性胆汁酸。在一些实施方案中，胆汁酸为次级胆汁酸。在一些实施方案中，其中次级胆汁酸为石胆酸。在一些实施方案中，次级胆汁酸为去氧胆酸。
在任何方法的一些实施方案中，胆汁酸代谢生物标志物为天冬氨酸氨基转移酶(AST)，丙氨酸转氨酶(ALT)，γ谷氨酰转肽酶(GGT)，α-L-岩藻糖苷酶(AFU)，腺苷脱氨酶(ADA)，胆碱酯酶活性(CHE)，甲胎蛋白(AFP)，和/或总胆红素水平(TBIL)。
在任何方法的一些实施方案中，胆汁酸代谢生物标志物为Cyp7α1，BSEP，MRP2，MRP3，Ost-α，Ost-β，和/或IBABP。
在任何方法的一些实施方案中，胆汁酸代谢生物标志物升高超过约1.1倍，约1.5倍，约2倍，约2.5倍，约3倍，约4倍，约5倍，约10倍，约15倍，和/或约20倍。
在任何方法的一些实施方案中，参照为健康个体和/或健康个体群体中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的平均水平(例如其中该水平是通过相似和/或相同方法测量的)。在任何方法的一些实施方案中，参照为具有疾病或病症的第二个体和/或具有疾病或病症的个体群体中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的平均水平(例如其中该水平是通过相似和/或相同方法测量的)。在任何方法的一些实施方案中，参照为开始FGF19调控剂治疗之前和/或开始FGF19调控剂治疗时一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平。
在任何方法的一些实施方案中，样品为血清样品。在任何方法的一些实施方案中，样品为粪样品。在任何方法的一些实施方案中，样品为尿样品。在一些实施方案中，样品为组织样品(例如肝组织样品和/或回肠组织样品)。
在任何方法的一些实施方案中，FGF19调控剂为FGF19拮抗剂。在一些实施方案中，FGF19拮抗剂抑制和/或结合FGF19，FGFR4，和/或klotho(例如KLB)。在一些实施方案中，FGF19拮抗剂为抗体，结合多肽，小分子，和/或多核苷酸。在一些实施方案中，FGF19拮抗剂为抗FGF19抗体。在一些实施方案中，抗体为单克隆抗体。在一些实施方案中，抗体为人抗体，人源化抗体，或嵌合抗体。在一些实施方案中，抗FGF19抗体包含：(i)轻链，该轻链包含(a)包含氨基酸序列KASQDINSFLA(SEQ ID NO：1)或KASQDINSFLS(SEQ ID NO：7)的高变区(HVR)-L1；(b)包含氨基酸序列RANRLVD(SEQ ID NO：2)，RANRLVS(SEQ ID NO：8)，或RANRLVE(SEQ ID NO：9)的HVR-L2；和(c)包含氨基酸序列LQYDEFPLT(SEQID NO：3)的HVR-L3；和(ii)重链，该重链包含(a)包含氨基酸序列GFSLTTYGVH(SEQ ID NO：4)的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列GVIWPGGGTDYNAAFIS(SEQ ID NO：5)的HVR-H2；和(c)包含氨基酸序列VRKEYANLYAMDY(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。
在一些实施方案中，HVR-L2包含氨基酸序列RANRLVD(SEQ ID NO：2)。在一些实施方案中，HVR-L1包含氨基酸序列KASQDINSFLS(SEQ IDNO：7)。
在一些实施方案中，HVR-L2包含氨基酸序列RANRLVS(SEQ ID NO：8)。在一些实施方案中，HVR-L2包含氨基酸序列RANRLVE(SEQ ID NO：9)。在一些实施方案中，HVR-L1包含氨基酸序列KASQDINSFLA(SEQ IDNO：1)。
在一些实施方案中，抗体包含(i)人κ亚组1共有框架序列，或(ii)重链人亚组III共有框架序列。
在任何方法的一些实施方案中，FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂，例如抗FGF19抗体)的剂量大于或等于3 mg/kg(例如大于或等于约10 mg/kg，约30 mg/kg，和/或约100 mg/kg和/或约10-100 mg/kg)。
在任何方法的一些实施方案中，疾病或病症为增殖性疾病或病症。在一些实施方案中，增殖性疾病或病症为癌症。在一些实施方案中，癌症为肝细胞癌。
制品包含容器和容器上或与容器有关的标签或包装插页，其中容器装有FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)且容器上的标签指示组合物可用于基于一种或胆汁酸的水平治疗和/或继续治疗具有疾病或病症的个体。在一些实施方案中，FGF19调控剂为本文中描述的抗FGF19抗体。在任何方法的一些实施方案中，疾病或病症为增殖性疾病或病症。在一些实施方案中，增殖性疾病或病症为癌症。
附图简述
图1：在所有剂量间抗FGF19抗体处理猕猴引起血清A)天冬氨酸氨基转移酶(AST)，B)丙氨酸转氨酶(ALT)，C)总胆汁酸(TBA)，和D)总胆红素(TBIL)水平升高。然而，3 mg/kg处理的动物指示一些对后续剂的耐受。数值为均值±标准偏差U/L(对于AST和ALT)，μmole/L(对于TBA)和mg/dL(对于TBIL)(n＝5±标准偏差)。
图2A-D：抗FGF19抗体处理引起胆汁酸和它们的衍生物的粪排泄升高。使用GC-MS方法分析来自媒介和100 mg/kg的猴排泄物中的总胆汁酸量和次级胆汁酸表征。将胆汁酸的浓度标准化至μg/g净重量。数值为均值±标准偏差(对照，n＝4，处理，n＝5)。
图3A-G：在猕猴肝中抗FGF19抗体处理调控Cyp7α1和胆汁酸相关基因表达水平。自用抗FGF19抗体(100 mg/kg)或媒介任一处理的猕猴的肝分离总RNA。通过定量实时PCR分析来分析Cyp7α1，BSEP，MRP2，MRP3，MRP4，NTCP和OAT2的相对表达水平，并将结果针对RPL19标准化。数值为均值±标准偏差(对照，n＝4，处理，n＝6)。
图4A-G：在猕猴原代肝细胞中抗FGF19抗体处理调控Cyp7α1和胆汁酸相关基因表达水平。将冷冻保存的猕猴原代肝细胞用同种型对照抗体或抗FGF19抗体(100μg/mL)任一处理24小时。通过定量实时PCR分析来分析Cyp7α1，BSEP，MRP2，MRP3，MRP4，NTCP和OAT2的相对表达水平，并将结果针对RPL19标准化。数值为来自三项分开的实验(一式两份实施)的均值±标准偏差。
图5A-D：在猕猴回肠中抗FGF19抗体处理调控胆汁酸转运蛋白基因表达水平。自用抗FGF19抗体(100 mg/kg)或媒介任一处理的猕猴的回肠组织分离总RNA。通过定量实时PCR分析来分析Ost-α，Ost-β，IBABP和ASBT的相对表达水平，并将结果针对RPL19标准化。数值为均值±标准偏差(对照，n＝4，处理，n＝6)。
图6A-D：抗FGF19抗体和去氧胆酸(DCA)对肠上皮(Caco-2)细胞中胆汁酸转运蛋白基因表达水平的影响。将Caco-2单层用：a)同种型对照抗体，b)抗FGF19抗体(二者均为100μg/mL)，或c)DCA，50μM任一处理24小时。分离总RNA并通过定量实时PCR分析来分析Ost-α，Ost-β，IBABP和ASBT的相对表达水平，并将结果针对RPL19标准化。数值为来自三项分开的实验(一式两份实施)的均值±标准偏差。
图7：A)DCA提高肠上皮细胞中的FGF19 mRNA表达。自用和不用DCA(50μM)处理24小时的Caco-2单层分离总RNA。通过定量实时PCR分析来分析FGF19的相对表达水平，并将结果针对RPL19标准化。数值为来自两项分开的实验(一式三份实施)的均值±标准偏差。B)抗FGF19抗体处理降低跨上皮电阻，不改变膜完整性。在透孔插件上接种Caco-2细胞并用同种型对照抗体(100μg/mL)，FGF19(500 ng/mL)，抗FGF19抗体(100μg/mL)，DCA(50μM)或DCA(50μM)加抗FGF19抗体(100μg/mL)任一处理24小时，并以顶端至基底外侧(A-B)方向评估LY，阿替洛尔(atenolol)，和牛磺酸盐的通透性。数值为均值±标准偏差(n＝6)。
图8：用抗体抑制FGF19提高Cyp7α1且提高胆汁酸合成，导致胆汁酸流出增强和进入肝细胞的摄取降低。升高的胆汁酸改变肠细胞中的溶质转运蛋白且破坏胆汁酸的肠肝再循环，随后引起腹泻和肝毒性。
图9：A)抗FGF19抗体的可变轻链序列(以出现次序分别为SEQ ID NO11-15)。B)抗FGF19抗体的可变重链序列(以出现次序分别为SEQ ID NO16-20)。
发明详述
I.定义
术语“FGF19”和“成纤维细胞生长因子19”在本文中指来自任何脊椎动物来源的天然FGF19，包括哺乳动物诸如灵长动物(例如人)和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)，除非另有说明。该术语涵盖“全长”的，未加工的FGF19以及源自细胞中加工的任何形式的FGF19。该术语还涵盖FGF19的天然存在变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人FGF19核酸序列的序列为Genebank序列AB018122，AF110400，AY358302，BC017664，和/或BT006729，或者一种例示性人FGF19氨基酸序列为Genebank序列NP_005108.1。
“FGF19变体”，“成纤维细胞生长因子19变体”，或其变化形式意指如本文中定义的一种FGF19多肽或多核苷酸，一般是或编码活性FGF19多肽，其与本文中公开的任一种FGF19具有至少约80％的氨基酸序列同一性。这类FGF19变体包括例如其中在添加或缺失一个或多个核酸或氨基酸残基的FGF19。FGF19变体一般会与本文中公开的FGF19具有至少约80％的序列同一性，或至少约81％，82％，83％，84％，85％，86％，87％，88％，89％，90％，91％，92％，93％，94％，95％，96％，97％，98％或99％的序列同一性。FGF19变体一般长度为至少约10个残基，或者长度为至少约20，30，40，50，60，70，80，90，100，110，120，130，140，150，160，170，180，190，200，210，220，230，240，250，260，270，280，290，300，310，320，330，340，350，360，370，380，390，400，410，420，430，440，450，460，470，480，490，500，510，520，530，540，550，560，570，580，590，600个或更长。任选地，FGF19变体会具有或编码相比于FGF19具有不超过1个保守氨基酸取代，或者相比于FGF19具有不超过2，3，4，5，6，7，8，9或10个保守氨基酸取代的序列。
术语“FGFR4”和“成纤维细胞生长因子受体4”在本文中指来自任何脊椎动物来源的天然FGFR4，包括哺乳动物诸如灵长动物(例如人)和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)，除非另有说明。该术语涵盖“全长”的，未加工的FGFR4以及源自细胞中加工的任何形式的FGFR4。该术语还涵盖FGFR4的天然存在变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人FGFR4核酸序列的序列为Genebank序列AB209631，AF202063，AF359241，AF359246，AF487555，AK301169，BC011847，EF571596，EU826602，EU826603，L03840，M59373，X57205，和/或Y13901，或者一种例示性人FGFR4氨基酸序列为Genebank序列NP_998812.1。
术语“KLB”和“β-Klotho”在本文中指来自任何脊椎动物来源的天然KLB，包括哺乳动物诸如灵长动物(例如人)和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)，除非另有说明。该术语涵盖“全长”的，未加工的KLB以及源自细胞中加工的任何形式的KLB。该术语还涵盖KLB的天然存在变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人KLB核酸序列的序列为Genebank序列AB079373，AK302436，BC033021，BC104871，和/或BC113653，或者一种例示性人KLB氨基酸序列为Genebank序列NP_783864.1。
如本文中定义的术语“FGF19拮抗剂”是部分或完全阻断，抑制或中和由FGF19(例如FGF19多肽)介导的生物学活性的任何分子。在一些实施方案中，这类FGF19拮抗剂抑制和/或结合FGF19多肽。在一些实施方案中，这类FGF19拮抗剂抑制和/或结合FGFR4多肽。在一些实施方案中，这类FGF19拮抗剂抑制和/或结合klotho(例如KLB)多肽。依照一个实施方案，所述拮抗剂是多肽。依照另一个实施方案，所述拮抗剂是抗体。依照另一个实施方案，所述拮抗剂是小分子拮抗剂。依照另一个实施方案，所述拮抗剂是多核苷酸拮抗剂。
“多核苷酸”或“核酸”在本文中可互换使用，指任何长度的核苷酸聚合物，包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸，核糖核苷酸，经过修饰的核苷酸或碱基，和/或其类似物，或者是可通过DNA或RNA聚合酶或者通过合成反应掺入聚合物的任何底物。多核苷酸可包含经过修饰的核苷酸，诸如甲基化核苷酸及其类似物。核苷酸序列可以由非核苷酸组分中断。多核苷酸可包含合成后进行的修饰，诸如与标记物缀合。其它类型的修饰包括例如“帽”，将一个或多个天然存在的核苷酸用类似物替代，核苷酸间修饰诸如例如那些具有不带电荷连接(例如膦酸甲酯，磷酸三酯，磷酰胺酯(phosphoamidate)，氨基甲酸酯等)和具有带电荷连接(例如硫代磷酸酯，二硫代磷酸酯等)的，那些含有悬垂模块(pendant moiety)诸如例如蛋白质(例如核酸酶，毒素，抗体，信号肽，聚L-赖氨酸等)的，那些具有嵌入剂(例如吖啶，补骨脂素等)的，那些含有螯合剂(例如金属，放射性金属，硼，氧化性金属等)的，那些含有烷化剂的，那些具有经修饰连接(例如α端基异构核酸(anomeric nucleic acid)等)的，以及未修饰形式的多核苷酸。另外，通常存在于糖中的任何羟基可以用例如膦酸(phosphonate)基团，磷酸(phosphate)基团替换，用标准保护基团保护，或活化以制备与别的核苷酸的别的连接，或者可缀合至固体或半固体支持物。5'和3'末端OH可磷酸化或者用胺或1-20个碳原子的有机加帽基团模块取代。其它羟基也可衍生成标准保护基团。多核苷酸还可含有本领域普遍知道的核糖或脱氧核糖糖类的类似形式，包括例如2'-O-甲基，2'-O-烯丙基，2'-氟-或2'-叠氮-核糖，碳环糖类似物，α-端基异构糖，差向异构糖诸如阿拉伯糖，木糖或来苏糖，吡喃糖，呋喃糖，景天庚酮糖，无环类似物及无碱基核苷类似物诸如甲基核糖核苷。可用备选连接基团替换一个或多个磷酸二酯连接。这些备选连接基团包括但不限于以下实施方案，其中磷酸酯用P(O)S(“硫代酸酯”(thioate))，P(S)S(“二硫代酸酯”(dithioate))，(O)NR2(“酰胺酯”(amidate))，P(O)R，P(O)OR'，CO或CH2(“甲缩醛”(formacetal))替代，其中R或R'各自独立为H或者取代或未取代的烷基(1-20个C)，任选含有醚(-O-)连接，芳基，烯基，环烷基，环烯基或芳烷基(araldyl)。并非多核苷酸中的所有连接都必需是相同的。前述描述适用于本文中提及的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
“寡核苷酸”在用于本文时一般指单链合成多核苷酸，长度一般但并非必须少于约200个核苷酸。术语“寡核苷酸”与“多核苷酸”并不互相排斥。上文关于多核苷酸的描述平等且完全适用于寡核苷酸。
术语“引物”指能够与核酸杂交并允许互补核酸的聚合作用(一般通过提供游离的3’-OH基团)的单链多核苷酸。
术语“小分子”指具有约2000道尔顿或更低，优选约500道尔顿或更低的分子量的任意分子。
术语“宿主细胞”，“宿主细胞系”和“宿主细胞培养物”可交换使用并指已引入外源核酸的细胞，包括这类细胞的后代。宿主细胞包括“转化体”和“经转化的细胞”，其包括初始转化的细胞和自其衍生的后代(不考虑传代数)。后代在核酸内含物上可以与亲本细胞不完全相同，但可以含有突变。本文中包括具有如原始转化细胞中筛选或选择的相同的功能或生物学活性的突变体后代。
如本文中使用的，术语“载体”指一种核酸分子，其能够扩增其所连接的另一核酸。该术语包括作为自主复制核酸结构的载体以及掺入到已经接受其导入的宿主细胞的基因组中的载体。某些载体能够指导与其可操作连接的核酸的表达。这类载体在本文中称为“表达载体”。
“分离的”抗体是已从其天然环境的组分分开的抗体。在一些实施方案中，抗体被纯化至超过95％或99％的纯度，如通过例如电泳(例如SDS-PAGE，等点聚焦(IEF)，毛细管电泳)或层析(例如离子交换或反相HPLC)测定的。对于抗体纯度评估方法的综述参见例如Flatman等，J.Chromatogr.B，848：79-87(2007)。
“分离的”核酸指已从其天然环境的组分分开的核酸分子。分离的核酸包括在正常情况下含有该核酸分子的细胞中含有的核酸分子，但该核酸分子存在于染色体外或在不同于其天然染色体位置的染色体位置处。
术语“抗体”在本文中以最广义使用，并且覆盖各种抗体结构，包括但不限于，单克隆抗体，多克隆抗体，多特异性抗体(例如双特异性抗体)，和抗体片段，只要它们展现出期望的抗原结合活性。
“抗体片段”指完整抗体外的分子，其包含完整抗体中结合与完整抗体结合的抗原的一部分。抗体片段的例子包括但不限于Fv，Fab，Fab’，Fab’-SH，F(ab’)2；双抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如scFv)；和从抗体片段形成的多特异性抗体。
与参照抗体“结合相同表位的抗体”指在竞争测定法中将参照抗体对其抗原的结合阻断50％或更多的抗体，反之，参照抗体在竞争测定法中将该抗体对其抗原的结合阻断50％或更多。本文中提供例示性的竞争测定法。
术语“全长抗体”，“完整抗体”和“全抗体”在本文中可交换使用，指具有基本类似于天然抗体结构的结构或具有含有如本文中定义的Fc区的重链的抗体。
术语“单克隆抗体”在用于本文时指由一群基本上同质的抗体获得的抗体，即构成群体的各个抗体是相同的和/或结合相同表位，除了有可能的变体抗体，其例如含有天然存在的突变或是在单克隆抗体制备物生产期间产生的，这类变体一般以较小量存在。与通常包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物相反，单克隆抗体制备物的每个单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。因此，修饰语“单克隆”指示抗体自基本上同质的抗体群获得的特征，并不解释为需要通过任何特定方法来生产抗体。例如，依照本发明使用的单克隆抗体可通过多种技术来制备，包括但不限于杂交瘤方法，重组DNA方法，噬菌体展示方法和利用含有所有或部分的人免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法，这类方法和其他用于制备单克隆抗体的例示性方法在本文中描述。
“天然抗体”指具有不同结构的天然存在的免疫球蛋白分子。例如，天然IgG抗体是约150,000道尔顿的异四聚糖蛋白，由二硫化物键合的两条相同轻链和两条相同重链构成。从N至C端，每条重链具有一个可变区(VH)，又称作可变重域或重链可变域，接着是三个恒定域(CH1，CH2，和CH3)。类似地，从N至C端，每条轻链具有一个可变区(VL)，又称作可变轻域或轻链可变域，接着是一个恒定轻(CL)域。根据其恒定域氨基酸序列，抗体轻链可归入两种型中的一种，称作卡帕(κ)和拉姆达(λ)。
术语“嵌合”抗体指其中重链和/或轻链的一部分源自特定的来源或物种，而重链和/或轻链的剩余部分源自不同来源或物种的抗体。
“人抗体”是拥有对应于由人或人细胞产生的或自利用人抗体储库或其他人抗体编码序列的非人来源衍生的抗体的氨基酸序列的氨基酸序列的抗体。人抗体的这一定义明确地排除了包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
“人源化”抗体指包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人FR的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体会包含至少一个，通常两个基本上整个如下的可变域，其中所有或基本上所有HVR(例如CDR)对应于非人抗体的HVR，且所有或基本上所有FR对应于人抗体的FR。人源化抗体任选地可以包含至少部分自人抗体衍生的抗体恒定区。抗体例如非人抗体的“人源化形式”指已经经过人源化的抗体。
抗体的“类”指其重链拥有的恒定域或恒定区的类型。抗体有5种主要的类：IgA，IgD，IgE，IgG和IgM，并且这些中数种可以进一步分成亚类(同种型)，例如IgG1，IgG2，IgG3，IgG4，IgA1和IgA2。对应于不同免疫球蛋白类的重链恒定域分别称为α，δ，ε，γ和μ。
“效应器功能”指那些可归于抗体Fc区且随抗体同种型而变化的生物学活性。抗体效应器功能的例子包括：C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬作用；细胞表面受体(例如B细胞受体)下调；和B细胞活化。
本文中的术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链中至少含有恒定区一部分的C端区。该术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施方案中，人IgG重链Fc区自Cys226，或自Pro230延伸至重链的羧基端。然而，Fc区的C端赖氨酸(Lys447)可以存在或不存在。除非本文中另有规定，Fc区或恒定区中的氨基酸残基的编号方式依照EU编号系统，又称作EU索引，如记载于Kabat等，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第5版，Public HealthService，National Institutes of Health，Bethesda，MD，1991。
“框架”或“FR”指除高变区(HVR)残基外的可变域残基。一般地，可变域的FR由4个FR域组成：FR1，FR2，FR3，和FR4。因而，HVR和FR序列在VH(或VL)中一般以如下的顺序出现：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。
“人共有框架”指代表人免疫球蛋白VL或VH框架序列选集中最常存在的氨基酸残基的框架。通常，人免疫球蛋白VL或VH序列选集来自可变域序列亚组。通常，序列亚组是如Kabat等，Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest，第五版，NIH Publication，91-3242，Bethesda，MD，1991，第1-3卷中的亚组。在一个实施方案中，对于VL，亚组是如Kabat等，见上文中的亚组κI。在一个实施方案中，对于VH，亚组是如Kabat等，见上文中的亚组III。
出于本文中的目的，“受体人框架”指包含自人免疫球蛋白框架或如下文定义的人共有框架衍生的轻链可变域(VL)框架或重链可变域(VH)框架的氨基酸序列的框架。自人免疫球蛋白框架或人共有框架“衍生”的受体人框架可以包含其相同的氨基酸序列，或者它可以含有氨基酸序列变化。在一些实施方案中，氨基酸变化的数目是10或更少，9或更少，8或更少，7或更少，6或更少，5或更少，4或更少，3或更少，或2或更少。在一些实施方案中，VL受体人框架与VL人免疫球蛋白框架序列或人共有框架序列在序列上相同。
术语“可变区”或“可变域”指抗体重或轻链中牵涉抗体结合抗原的域。天然抗体的重链和轻链可变域(分别为VH和VL)一般具有类似的结构，其中每个域包含4个保守的框架区(FR)和3个高变区(HVR)(见例如Kindt等，Kuby Immunology，第6版，W.H.Freeman and Co.，第91页，2007)。单个VH或VL域可以足以赋予抗原结合特异性。此外，可以分别使用来自结合抗原的抗体的VH或VL域筛选互补VL或VH域的文库来分离结合特定抗原的抗体。见例如Portolano等，J.Immunol.，150：880-887(1993)；Clarkson等，Nature 352：624-628(1991)。
如本文中所使用的，术语“高变区”或“HVR”指抗体可变域中在序列上高变的和/或形成结构上限定的环(“高变环”)的每个区。一般地，天然的4链抗体包含6个HVR；三个在VH中(H1，H2，H3)，且三个在VL中(L1，L2，L3)。HVR一般包含来自高变环和/或来自“互补决定区”(CDR)的氨基酸残基，后一种是最高序列变异性的和/或牵涉抗原识别。例示性的高变环存在于氨基酸残基26-32(L1)，50-52(L2)，91-96(L3)，26-32(H1)，53-55(H2)，和96-101(H3)(Chothia和Lesk，J.Mol.Biol.，196：901-917(1987))。例示性的CDR(CDR-L1，CDR-L2，CDR-L3，CDR-H1，CDR-H2，和CDR-H3)存在于L1的氨基酸残基24-34，L2的50-56，L3的89-97，H1的31-35B，H2的50-65，和H3的95-102(Kabat等，Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest，第5版，Public Health Service，National Institutes of Health，Bethesda，MD，1991)。除了VH中的CDR1外，CDR一般包含形成高变环的氨基酸残基。CDR还包含“特异性决定残基”，或“SDR”，其是接触抗原的残基。SDR包含在称作缩短的-CDR，或a-CDR的CDR区内。例示性的a-CDR(a-CDR-L1，a-CDR-L2，a-CDR-L3，a-CDR-H1，a-CDR-H2，和a-CDR-H3)存在于L1的氨基酸残基31-34，L2的50-55，L3的89-96，H1的31-35B，H2的50-58，和H3的95-102(见Almagro和Fransson，Front.Biosci.，13：1619-1633，2008)。除非另有指示，可变域中的HVR残基和其它残基(例如，FR残基)在本文中依照Kabat等，见上文编号。
“亲和力”指分子(例如抗体)的单一结合位点与其结合配偶体(例如抗原)之间全部非共价相互作用总和的强度。除非另有指示，如本文中使用的，“结合亲和力”指反映结合对的成员(例如抗体和抗原)之间1:1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其配偶体Y的亲和力通常可以用解离常数(Kd)来表述。亲和力可以通过本领域知道的常用方法来测量，包括本文中所描述的方法。下文描述了用于测量结合亲和力的具体的说明性和例示性的实施方案。
“亲和力成熟的”抗体指在一个或多个高变区(HVR)中具有一处或多处改变的抗体，与不拥有此类改变的亲本抗体相比，此类改变导致该抗体对抗原的亲和力改善。
术语“抗FGF19抗体”和“结合FGF19多肽的抗体”指能够以足够的亲和力结合FGF19多肽，使得抗体可用作靶向FGF19中的诊断和/或治疗剂的抗体。在一个实施方案中，抗FGF19抗体对无关的，非FGF19多肽的结合程度小于抗体对FGF19多肽的结合的约10％，如例如通过放射性免疫测定法(RIA)测量的。在某些实施方案中，结合FGF19多肽的抗体具有≤1μM，≤100nM，≤10nM，≤1nM，≤0.1nM，≤0.01nM，或≤0.001nM(例如10-8M或更少，例如10-8M至10-13M，例如10-9M至10-13M)的解离常数(Kd)。在某些实施方案中，抗FGF19抗体结合FGF19间独特的FGF19表位。
“阻断性”抗体或“拮抗性”抗体指抑制或降低其所结合的抗原的生物学活性的抗体。优选的阻断性抗体或拮抗性抗体实质或完全抑制抗原的生物学活性。
“裸抗体”指未与异源模块(例如细胞毒性模块)或放射性标记物缀合的抗体。裸抗体可以存在于药物配制剂中。
“免疫缀合物”是一种缀合于一种或多种异源分子的抗体，所述异源分子包括但不限于细胞毒剂。
关于参照多肽序列的“百分比(％)氨基酸序列同一性”定义为在比对序列并在必要时引入缺口以获取最大百分比序列同一性后，且不将任何保守性取代视为序列同一性的一部分时，候选序列中与参照多肽序列中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分比。为测定百分比氨基酸序列同一性目的比对可以以本领域技术范围内的多种方式进行，例如使用公众可得到的计算机软件，如BLAST，BLAST-2，ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员可决定用于比对序列的适宜参数，包括在比较序列的全长里获得最大比对需要的任何算法。然而，就本文中目的而言，使用序列比较计算机程序ALIGN-2来生成％氨基酸序列同一性值。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech,Inc.创作，并且源代码已与用户文档一起提交到美国版权局，Washington D.C.，20559，其在美国版权注册No.TXU510087下注册。ALIGN-2程序可从Genentech，Inc.，South San Francisco，California公开获得，或可从源代码汇编。ALIGN-2程序应当汇编用于UNIX操作系统，包括数字UNIXV4.0D。所有序列比较参数均由ALIGN-2程序设定且不改变。
在采用ALIGN-2进行氨基酸序列比较的情况下，给定的氨基酸序列A对/与/相对给定的氨基酸序列B的％氨基酸序列同一性(或其可以用短语表示为对/与/相对给定的氨基酸序列B具有或包含特定％氨基酸序列同一性的给定氨基酸序列A)如下计算：
分数X/Y的100倍
其中X是由序列比对程序ALIGN-2在所述程序对A和B的比对中评为相同匹配的氨基酸残基数，而其中Y是B中氨基酸残基的总数。会领会的是，当氨基酸序列A的长度不等于氨基酸序列B的长度时，A对B的％氨基酸序列同一性将不等于B对A的％氨基酸序列同一性。除非另外明确说明，本文中使用的所有％氨基酸序列同一性值如在上一段中描述的那样使用ALIGN-2计算机程序获得。
术语“检测”包括任何检测手段，包括直接和间接检测。
术语“生物标志物”用于本文指可在样品中检测的指示物，例如预测性，诊断性，毒性，和/或预后性的指示物。生物标志物可以充当由特定的分子，病理学，组织学和/或临床特征表征的特定疾病或病症(例如癌症)亚型的指示物。在一些实施方案中，生物标志物是一种基因。在一些实施方案中，生物标志物是基因的变异(例如突变和/或多态性)。在一些实施方案中，生物标志物是代谢产物。生物标志物包括但不限于，多核苷酸(例如DNA和/或RNA)，多肽，多肽和多核苷酸修饰(例如翻译后修饰)，碳水化合物类和/或基于糖脂的分子标志物。
与对个体的增加的临床益处有关的生物标志物的“存在”，“量”，或“水平”是生物样品中的可检测水平。这些可通过本领域技术人员已知的且还在本文中公开的方法来测量。评估的生物标志物的表达水平或量可用于测定对治疗的响应。
术语“表达的水平”或“表达水平”一般可交换使用，一般指生物样品中生物标志物的量。“表达”一般指信息(例如基因编码和/或表观遗传)转化成细胞中存在并运行的结构的过程。因此，如本文中使用的，“表达”可以指转录成多核苷酸，翻译成多肽，或甚至多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸的，翻译的多肽的，或多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)的片段也应视为表达的，无论它们是源自通过可变剪接生成的转录物或经过降解的转录物，或者是源自多肽的翻译后加工(例如通过蛋白水解)。“表达的基因”包括转录成多核苷酸(如mRNA)，然后翻译成多肽的基因，还有转录成RNA但不翻译成多肽的基因(例如转运和核糖体RNA)。
“升高的表达”，“升高的表达水平”或“升高的水平”指相对于对照如不具有疾病或病症(例如癌症)的个体或内部对照(例如持家型生物标志物)，个体中生物标志物的增加的表达或增加的水平。
“降低的表达”，“降低的表达水平”或“降低的水平”指相对于对照如不具有疾病或病症(例如癌症)的个体或内部对照(例如持家型生物标志物)，个体中生物标志物的降低的表达或降低的水平。
术语“持家型生物标志物”指通常相似地存在于所有细胞类型中的一种生物标志物或一组生物标志物(例如多核苷酸和/或多肽)。在一些实施方案中，持家型生物标志物是“持家基因”。“持家基因”在本文中指一种基因或一组基因，其编码活性对于细胞功能维持而言必要的蛋白质，且通常相似地存在于所有细胞类型中。
“扩增”在用于本文时一般指生成多拷贝的期望序列的过程。“多拷贝”指至少2个拷贝。“拷贝”不必指与模板序列有完全的序列互补性或同一性。例如，拷贝可以包含核苷酸类似物诸如脱氧肌苷，有意的序列变化(诸如经由包含与模板可杂交，但是不互补的序列的引物引入的序列变化)和/或扩增期间发生的序列错误。
术语“多重PCR”指出于在单个反应中扩增两种或更多种DNA序列的目的，使用超过一种引物集在自单一来源(例如个体)获得的核酸上进行的单个PCR反应。
杂交反应的“严格性”可以由本领域中的普通技术人员容易地确定，而且通常根据探针长度，洗涤温度和盐浓度凭经验计算。一般而言，较长的探针要求较高的温度以正确退火，而较短的探针需要较低的温度。杂交通常依赖于当互补链存在于低于其解链温度的环境中时变性DNA重新退火的能力。探针与可杂交序列之间的期望同源性程度越高，可使用的相对温度也越高。结果，可推出较高相对温度将趋向于使反应条件更为严格，而较低温度也就较不严格。关于杂交反应严格性的其它细节和解释，参见Ausubel等，CurrentProtocols in Molecular Biology，Wiley Interscience Publishers，1995。
如本文中所定义的，“严格条件”或“高严格条件”可由以下鉴定：(1)对于洗涤采用低离子强度和高温，例如0.015M氯化钠/0.0015M柠檬酸钠/0.1％十二烷基硫酸钠，50℃；(2)在杂交期间使用变性剂，诸如甲酰胺，例如50％(v/v)甲酰胺及0.1％牛血清清蛋白/0.1％Ficoll/0.1％聚乙烯吡咯烷酮/50mM磷酸钠缓冲液pH 6.5及750mM氯化钠，75mM柠檬酸钠，42℃；或(3)在使用50％甲酰胺，5x SSC(0.75M NaCl，0.075M柠檬酸钠)，50mM磷酸钠(pH6.8)，0.1％焦磷酸钠，5x登哈特氏(Denhardt’s)溶液，超声处理的鲑精DNA(50μg/ml)，0.1％SDS和10％硫酸右旋糖苷的溶液中在42℃过夜杂交，在42℃于0.2x SSC(氯化钠/柠檬酸钠)洗涤10分钟，然后在55℃进行由含有EDTA的0.1x SSC组成的10分钟高严格洗涤。
“中等严格条件”可以如Sambrook等，Molecular Cloning:A LaboratoryManual，New York，Cold Spring Harbor Press，1989所描述的来定义，而且包括使用与上文所述那些相比较不太严格的洗涤溶液和杂交条件(例如温度，离子强度和％SDS)。中等严格条件的一个例子是在含：20％甲酰胺，5xSSC(150mM NaCl，15mM柠檬酸三钠)，50mM磷酸钠(pH7.6)，5x登哈特氏溶液，10％硫酸右旋糖苷和20mg/ml变性的剪切的鲑精DNA的溶液中于37℃温育过夜，然后于约37-50℃在1x SSC中洗涤滤膜。熟练技术人员会认识到如何根据适应诸如探针长度等因素的需要来调节温度，离子强度等。
术语“诊断”在本文中用于指对分子或病理学状态，疾病或疾患(例如癌症)的鉴定或分类。例如，“诊断”可以指特定癌症类型的鉴定。“诊断”还可以指特定癌症亚型的分类，例如通过组织病理学标准或分子特征(例如由一种生物标志物(例如特定基因或由所述基因编码的蛋白质)或生物标志物的组合表达表征的亚型)。
术语“帮助做出诊断”在本文中用于指帮助进行关于特定类型的疾病或病症(例如癌症)的症状或状况的存在或性质的临床确定的方法。例如，帮助做出疾病或状况(例如癌症)诊断的方法可以包括在来自个体的生物样品中测量特定的生物标志物。
术语“样品”在用于本文时指获得自或衍生自感兴趣的受试者和/或个体的组合物，其包含有待根据例如物理，生化，化学和/或生理特点来表征和/或鉴定的细胞和/或其它分子实体。例如，短语“疾病样品”或其变体指得自感兴趣的受试者的任何样品，预计或已知其包含待表征的细胞和/或分子实体。样品包括但不限于，原代或培养的细胞或细胞系，细胞上清，细胞裂解物，血小板，血清，血浆，玻璃体液，淋巴液，滑液，滤泡液(follicular fluid)，精液，羊水，乳，全血，血液衍生的细胞，尿液，脑脊髓液，唾液，痰，泪，汗液，粘液，肿瘤裂解物，和组织培养液(tissue culture medium)，组织提取物如匀浆化的组织，肿瘤组织，细胞提取物，及其组合。
“组织样品”或“细胞样品”意指从受试者或个体的组织获得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是实体组织如来自新鲜，冷冻和/或保存的器官，组织样品，活组织检查和/或抽吸物；血液或任何血液成分如血浆；体液如脑脊髓液，羊水，腹膜液或间隙液(interstitial fluid)；来自受试者的妊娠或发育中任意时间的细胞。组织样品还可以是原代或培养的细胞或细胞系。任选地，组织或细胞样品自患病的组织/器官获得。组织样品可以含有在自然界中不天然与组织混杂的化合物，如防腐剂，抗凝血剂，缓冲剂，固定剂，营养物，抗生素等。
如本文中使用的，“参照样品”，“参照细胞”，“参照组织”，“对照样品”，“对照细胞”或“对照组织”指用于比较目的的样品，细胞，组织，标准，或水平。在一个实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织自同一受试者或个体的健康和/或无疾病身体部位(例如组织或细胞)获得。例如，临近于患病细胞或组织的健康和/或无疾病细胞或组织(例如临近肿瘤的细胞或组织)。在另一个实施方案中，参照样品自同一受试者或个体的身体的未治疗组织和/或细胞获得。在又一个实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织自不是该受试者或个体的个体的健康和/或无疾病身体部位(例如组织或细胞)获得。在再一个实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织自不是该受试者或个体的个体身体的未治疗组织和/或细胞获得。
为本发明目的，组织样品的“切片”意指一块或一片组织样品，例如从组织样品上切下来的一薄片组织或细胞。应当了解，可以制作多片组织样品切片并进行分析，只要理解可以将组织样品的同一切片用于形态学和分子两个水平的分析或者针对多肽和多核苷酸二者进行分析。
“关联”或“联系”意指以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如，可以将第一分析或方案的结果用于实施第二方案，和/或，可以使用第一分析或方案的结果来决定是否应当实施第二分析或方案。就多核苷酸分析或方案的实施方案而言，可以使用多核苷酸表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。
“个体响应”或“响应”可使用指示对个体益处的任何终点评估，包括但不限于：(1)一定程度地抑制疾病进展(例如癌症进展)，包括减缓和完全阻滞；(2)缩小肿瘤尺寸；(3)抑制(即减轻，减缓或完全终止)癌细胞浸润入临近周围器官和/或组织；(4)抑制(即减轻，减缓或完全终止)转移；(5)一定程度地减轻与疾病或病症(例如癌症)有关的一种或多种症状；(6)无进展存活的长度延长；和/或(9)治疗后给定时间点的死亡率降低。
短语“基本上相似”在用于本文时表示两个数值(通常一个涉及某分子而另一个涉及参照/比较分子)之间足够高的相似程度，以致本领域技术人员将认为在用所述数值(例如Kd值)所测量的生物学特性背景内两个数值之间的差异没有统计学显著性。作为参照/比较分子该数值的函数，所述两个数值之间的差异可以例如小于约20％，小于约10％，和/或小于约5％。短语“基本正常”指与参照(例如正常参照)基本上相似。
短语“实质性不同”表示两个数值(通常一个涉及某分子而另一个涉及参照/比较分子)之间足够高的差异程度，以致本领域技术人员将认为在用所述数值(例如Kd值)所测量的生物学特性背景内两个数值之间的差异具有统计学显著性。作为参照/比较分子该数值的函数，所述两个数值之间的差异可以例如大于约10％，大于约20％，大于约30％，大于约40％，和/或大于约50％。
词语“标记物”在用于本文时指可检测的化合物或组合物。标记物通常与试剂如多核苷酸探针或抗体直接或间接缀合或融合，而且协助对其所缀合或融合的试剂的检测。标记物可以是通过自身就可检测的(例如放射性同位素标记物或荧光标记物)，或者在酶标记物的情况中，可催化产生可检测产物的底物化合物或组合物的化学改变。
药剂的“有效量”指以必要的剂量和时间段，对实现期望的治疗或预防结果有效的量。
本发明的物质/分子，激动剂或拮抗剂的“治疗有效量”可以随诸如疾病状态，个体年龄，性别，和重量，以及所述物质/分子，激动剂或拮抗剂在个体中引发期望响应的能力等因素而变化。治疗有效量也是治疗有益效果超过所述物质/分子，激动剂或拮抗剂的任何毒性或有害效果的量。“预防有效量”指以必要的剂量和时间段，对实现期望的预防结果有效的量。通常但不必要地，由于在疾病前或在疾病的较早阶段在受试者中使用预防剂量，预防有效量会小于治疗有效量。
术语“药物配制剂”指其形式容许其中含有的活性成分的生物学活性是有效的，且不含对会施用该配制剂的受试者产生不可接受的毒性的别的成分的制备物。
“药学可接受的载体”指药物配制剂中活性成分以外对受试者无毒的成分。药学可接受的载体包括但不限于缓冲剂，赋形剂，稳定剂或防腐剂。
如本文中使用的，“治疗/处理”(及其语法变体)指试图改变所治疗个体的自然进程，并且可以是为了预防或在临床病理学的过程期间实施的临床干预。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或再发，缓解症状，降低疾病的任何直接或间接病理学后果，预防转移，减缓疾病进展率，改善或减轻疾病状态，及消退或改善的预后。在一些实施方案中，抗体用于延迟疾病的形成或减缓疾病的进展。
术语“细胞增殖性病症”和“增殖性病症”指与一定程度的异常细胞增殖有关的病症。在一个实施方案中，细胞增殖性病症指癌症。
术语“癌症”和“癌性”指向或描述哺乳动物中特征通常为细胞生长/增殖不受调控的生理疾患。癌症的例子包括但不限于癌瘤，淋巴瘤(例如何杰金氏淋巴瘤和非何杰金氏淋巴瘤)，母细胞瘤，肉瘤，和白血病。此类癌症的更具体例子包括肺癌，腹膜癌，肝细胞癌，胃肠癌，胰腺癌，胶质瘤，宫颈癌，卵巢癌，肝癌，膀胱癌，肝瘤(hepatoma)，乳腺癌，结肠癌，结肠直肠癌，肾细胞癌，子宫内膜或子宫癌，唾液腺癌，肾癌，肝癌，前列腺癌，外阴癌，甲状腺癌，肝癌，白血病和其它淋巴增殖性病症，及各种类型的头和颈癌。
术语“抗癌疗法”指在治疗癌症中有用的疗法。抗癌治疗剂的例子包括但不限于例如化疗剂，生长抑制剂，细胞毒剂，放射疗法中使用的药剂，抗血管发生剂，凋亡剂，抗微管蛋白剂，和其它治疗癌症的药剂，抗CD20抗体，血小板衍生生长因子抑制剂(例如GleevecTM，Imatinib Mesylate)，COX-2抑制剂(例如celecoxib)，干扰素，细胞因子，结合一种或多种靶物PDGFR-β，BlyS，APRIL，BCMA受体，TRAIL/Apo2的拮抗剂(例如中和性抗体)，和其它生物活性和有机化学剂，等。本发明还包括它们的组合。
如本文中使用的，术语“细胞毒剂”指抑制或阻止细胞功能和/或引起细胞死亡或破坏的物质。细胞毒剂包括但不限于放射性同位素(例如At211，I131，I125，Y90，Re186，Re188，Sm153，Bi212，P32，Pb212和Lu的放射性同位素)，化疗剂或放疗药物(例如甲氨蝶呤，阿霉素(adriamicin)，长春花生物碱(vincaalkaloid)(长春新碱(vincristine)，长春碱(vinblastine)，依托泊苷(etoposide))，多柔比星(doxorubicin)，美法仑(melphalan)，丝裂霉素C，苯丁酸氮芥(chlorambucil)，柔红霉素(daunorubicin))，或其他嵌入剂，生长抑制剂，酶及其片段如溶核酶，抗生素，毒素诸如小分子毒素或者细菌，真菌，植物或动物起源的酶活毒素，包括其片段和/或变体，以及下文公开的各种抗肿瘤剂或抗癌剂。
“化疗剂”指可用于治疗癌症的化学化合物。化疗剂的例子包括烷化剂类(alkylating agents)，诸如塞替派(thiotepa)和环磷酰胺(cyclophosphamide)()；磺酸烷基酯类(alkyl sulfonates)，诸如白消安(busulfan)，英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶类(aziridines)，诸如苯佐替派(benzodepa)，卡波醌(carboquone)，美妥替派(meturedepa)和乌瑞替派(uredopa)；乙撑亚胺类(ethylenimines)和甲基蜜胺类(methylamelamines)，包括六甲蜜胺(altretamine)，三乙撑蜜胺(triethylenemelamine)，三乙撑磷酰胺(triethylenephosphoramide)，三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylomelamine)；番荔枝内酯类(acetogenins)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；δ-9-四氢大麻酚(tetrahydrocannabinol)(屈大麻酚(dronabinol)，)；β-拉帕醌(lapachone)；拉帕醇(lapachol)；秋水仙素类(colchicines)；白桦脂酸(betulinic acid)；喜树碱(camptothecin)(包括合成类似物托泊替康(topotecan)()，CPT-11(伊立替康(irinotecan)，)，乙酰喜树碱，东莨菪亭(scopoletin)和9-氨基喜树碱)；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)，卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；鬼臼毒素(podophyllotoxin)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；替尼泊苷(teniposide)；隐藻素类(cryptophycins)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；duocarmycin(包括合成类似物，KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海绵抑素(spongistatin)；氮芥类(nitrogen mustards)，诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)，萘氮芥(chlornaphazine)，胆磷酰胺(cholophosphamide)，雌莫司汀(estramustine)，异环磷酰胺(ifosfamide)，双氯乙基甲胺(mechlorethamine)，盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride)，美法仑(melphalan)，新氮芥(novembichin)，苯芥胆甾醇(phenesterine)，泼尼莫司汀(prednimustine)，曲磷胺(trofosfamide)，尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝脲类(nitrosoureas)，诸如卡莫司汀(carmustine)，氯脲菌素(chlorozotocin)，福莫司汀(fotemustine)，洛莫司汀(lomustine)，尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素类，诸如烯二炔类抗生素(enediyne)(例如加利车霉素(calicheamicin)，尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ωI1(参见例如Nicolaou等，Agnew，Chem.Intl.Ed.Engl.，33：183-186(1994))；CDP323，一种口服α4整联蛋白抑制剂；蒽环类抗生素(dynemicin)，包括dynemicin A；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素发色团)，阿克拉霉素(aclacinomysins)，放线菌素(actinomycin)，氨茴霉素(anthramycin)，偶氮丝氨酸(azaserine)，博来霉素(bleomycin)，放线菌素C(cactinomycin)，carabicin，洋红霉素(carminomycin)，嗜癌霉素(carzinophilin)，色霉素(chromomycin)，放线菌素D(dactinomycin)，柔红霉素(daunorubicin)，地托比星(detorubicin)，6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸，多柔比星(doxorubicin)(包括吗啉代多柔比星，氰基吗啉代多柔比星，2-吡咯代多柔比星，盐酸多柔比星脂质体注射剂()，脂质体多柔比星TLC D-99()，PEG化脂质体多柔比星()和脱氧多柔比星)，表柔比星(epirubicin)，依索比星(esorubicin)，伊达比星(idarubicin)，麻西罗霉素(marcellomycin)，丝裂霉素类(mitomycins)诸如丝裂霉素C，霉酚酸(mycophenolic acid)，诺拉霉素(nogalamycin)，橄榄霉素(olivomycin)，培洛霉素(peplomycin)，potfiromycin，嘌呤霉素(puromycin)，三铁阿霉素(quelamycin)，罗多比星(rodorubicin)，链黑菌素(streptonigrin)，链佐星(streptozocin)，杀结核菌素(tubercidin)，乌苯美司(ubenimex)，净司他丁(zinostatin)，佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物类，诸如甲氨蝶呤(methotrexate)，吉西他滨(gemcitabine)()，替加氟(tegafur)()，卡培他滨(capecitabine)()，埃坡霉素(epothilone)和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)，甲氨蝶呤(methotrexate)，蝶罗呤(pteropterin)，三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨(fludarabine)，6-巯基嘌呤(mercaptopurine)，硫咪嘌呤(thiamiprine)，硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物，诸如安西他滨(ancitabine)，阿扎胞苷(azacitidine)，6-氮尿苷(azauridine)，卡莫氟(carmofur)，阿糖胞苷(cytarabine)，双脱氧尿苷(dideoxyuridine)，去氧氟尿苷(doxifluridine)，依诺他滨(enocitabine)，氟尿苷(floxuridine)；雄激素类，诸如卡鲁睾酮(calusterone)，丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)，表硫雄醇(epitiostanol)，美雄烷(mepitiostane)，睾内酯(testolactone)；抗肾上腺类，诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)，米托坦(mitotane)，曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，诸如亚叶酸(frolinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamide glycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defosfamide)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfornithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；埃坡霉素(epothilone)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidamine)；美登木素生物碱类(maytansinoids)，诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocins)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；多糖复合物(JHS NaturalProducts，Eugene，OR)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西佐喃(sizofiran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2’,2’-三氯三乙胺；单端孢菌素类(trichothecenes)(尤其是T-2毒素，疣孢菌素(verracurin)A，杆孢菌素(roridin)A和蛇行菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)( )；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露莫司汀(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；塞替派(thiotepa)；类紫杉醇类(taxoids)，例如帕利他赛(paclitaxel)()，帕利他赛的清蛋白改造纳米颗粒配制剂(ABRAXANETM)和多西他赛(doxetaxel)())；苯丁酸氮芥(chlorambucil)；6-硫鸟嘌呤(thioguanine)；巯基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate)；铂剂，诸如顺铂(cisplatin)，奥沙利铂(例如)和卡铂(carboplatin)；阻止微管蛋白聚合形成微管的长春药类(vincas)，包括长春碱(vinblastine)()，长春新碱(vincristine)()，长春地辛()和长春瑞滨(vinorelbine)()；依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；亚叶酸(leucovorin)；能灭瘤(novantrone)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；伊本膦酸盐(ibandronate)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类维A酸(retinoids)，诸如维A酸(retinoic acid)，包括贝沙罗汀(bexarotene)()；二膦酸盐/酯类(bisphosphonates)，诸如氯膦酸盐/酯(clodronate)(例如或)；依替膦酸盐(etidronate)()，NE-58095，唑来膦酸/唑来膦酸盐(zoledronicacid/zoledronate)()，阿伦膦酸盐(alendronate)()，帕米膦酸盐(pamidronate)()，替鲁膦酸盐(tiludronate)()或利塞膦酸盐(risedronate)()；曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；反义寡核苷酸，特别是那些抑制涉及异常细胞增殖的信号传导途经中的基因表达的反义寡核苷酸，诸如例如PKC-α，Raf，H-Ras和表皮生长因子受体(EGF-R)；疫苗，诸如疫苗和基因疗法疫苗，例如疫苗，疫苗和疫苗；拓扑异构酶1抑制剂(例如)；rmRH(例如)；BAY439006(sorafenib；Bayer)；SU-11248(sunitinib，Pfizer)；哌立福辛(perifosine)，COX-2抑制剂(例如celecoxib或etoricoxib)，蛋白酶体抑制剂(例如PS341)；bortezomib()；CCI-779；tipifarnib(R11577)；orafenib，ABT510；Bcl-2抑制剂如oblimersen sodium()；pixantrone；EGFR抑制剂(见下文定义)；酪氨酸激酶抑制剂(见下文定义)；丝氨酸-苏氨酸激酶抑制剂如雷帕霉素(rapamycin)(西罗莫司(sirolimus)，)；法尼基转移酶(farnesyltransferase)抑制剂如lonafarnib(SCH 6636，SARASARTM)；及任何上述物质的药学可接受的盐，酸或衍生物；以及两种或多种上述物质的组合，诸如CHOP(环磷酰胺，多柔比星，长春新碱和泼尼松龙联合疗法的缩写)和FOLFOX(奥沙利铂(ELOXATINTM)联合5-FU和亚叶酸的治疗方案的缩写)。
如本文中定义的化疗剂包括起调节，降低，阻断或抑制可促进癌生长的激素效果作用的“抗激素剂”或“内分泌治疗剂”。它们自身可以是激素，包括但不限于：具有混合的激动剂/拮抗剂概况的抗雌激素类，包括他莫昔芬(tamoxifen)(NOLVADEX)，4-羟基他莫昔芬，托瑞米芬(toremifene)()，艾多昔芬(idoxifene)，屈洛昔芬(droloxifene)，雷洛昔芬(raloxifene)()，曲沃昔芬(trioxifene)，那洛昔芬(keoxifene)，和选择性雌激素受体调节剂类(SERM)，诸如SERM3；没有激动剂特性的纯的抗雌激素类，诸如氟维司群(fulvestrant)()和EM800(此类药剂可阻断雌激素受体(ER)二聚化，抑制DNA结合，提高ER周转，和/或遏制ER水平)；芳香酶抑制剂类，包括类固醇芳香酶抑制剂类，诸如福美坦(formestane)和依西美坦(exemestane)()，和非类固醇芳香酶抑制剂类，诸如阿那曲唑(anastrozole)()，来曲唑(letrozole)()和氨鲁米特(aminoglutethimide)，和其它芳香酶抑制剂类，包括伏氯唑(vorozole)()，醋酸甲地孕酮(megestrolacetate)()，法倔唑(fadrozole)和4(5)-咪唑；促黄体生成激素释放激素激动剂类，包括亮丙瑞林(leuprolide)(和)，戈舍瑞林(goserelin)，布舍瑞林(buserelin)和曲普瑞林(tripterelin)；性类固醇类(sex steroids)，包括妊娠素类(progestine)，诸如醋酸甲地孕酮和醋酸甲羟孕酮(medroxyprogesterone acetate)，雌激素类，诸如二乙基己烯雌酚(diethylstilbestrol)和普雷马林(premarin)，和雄激素类/类视黄酸类，诸如氟甲睾酮(fluoxymesterone)，全反式视黄酸(transretionic acid)和芬维A胺(fenretinide)；奥那司酮(onapristone)；抗孕酮类；雌激素受体下调剂类(ERD)；抗雄激素类，诸如氟他米特(flutamide)，尼鲁米特(nilutamide)和比卡米特(bicalutamide)；及任何上述物质的药学可接受的盐，酸或衍生物；以及两种或多种上述物质的组合。
如本申请中使用的术语“前药”指药用活性物质的前体或衍生物形式，其与母药(parent drug)相比对癌细胞的细胞毒性较小，且能够酶促活化或转变为更具活性的母药形式。参见例如Wilman，“Prodrugs in CancerChemotherapy”，Biochemical Society Transactions，14，pp.375-382，615thMeeting Belfast(1986)和Stella等，“Prodrugs:A Chemical Approach to TargetedDrug Delivery,”Directed Drug Delivery，Borchardt等，编，pp.247-267，HumanaPress(1985)。本发明的前药包括但不限于含磷酸盐/酯前药，含硫代磷酸盐/酯前药，含硫酸盐/酯前药，含肽前药，D-氨基酸修饰前药，糖基化前药，含β-内酰胺前药，含任选取代的苯氧基乙酰胺的前药或含任选取代的苯乙酰胺的前药，可转化为更具活性而无细胞毒性的药物的5-氟胞嘧啶和其它5-氟尿苷前药。可衍生为本发明使用的前药形式的细胞毒性药物的例子包括但不限于上文描述的那些化疗剂。
“生长抑制剂”在用于本文时指抑制细胞(例如其体外或体内生长依赖于FGF19，FGFR4，和/或klotho(例如KLB)基因和/或FGF19，FGFR4，和/或klotho(例如KLB)表达的细胞)生长的化合物或组合物。生长抑制剂的例子包括阻断细胞周期行进(处于S期以外的位置)的药剂，诸如诱导G1停滞和M期停滞的药剂。经典的M期阻断剂包括长春药类(vincas)(长春新碱(vincristine)和长春碱(vinblastine))，紫杉烷类，和拓扑异构酶II抑制剂诸如多柔比星(doxorubicin)，表柔比星(epirubicin)，柔红霉素(daunorubicin)，依托泊苷(etoposide)和博来霉素(bleomycin)。那些阻滞G1的药剂也溢出进入S期停滞，例如DNA烷化剂类诸如他莫昔芬(tamoxifen)，泼尼松(prednisone)，达卡巴嗪(dacarbazine)，双氯乙基甲胺(mechlorethamine)，顺铂(cisplatin)，甲氨蝶呤(methotrexate)，5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil)和ara-C。更多信息可参见The Molecular Basis of Cancer，Mendelsohn和Israel编，第1章，题为“Cell cycle regulation,oncogenes,and antineoplastic drugs”，Murakami等(WB Saunders:Philadelphia，1995)，尤其是第13页。紫杉烷类(帕利他赛(paclitaxel)和多西他赛(docetaxel))都是衍生自紫杉树的抗癌药。衍生自欧洲紫杉的多西他赛(Rhone-Poulenc Rorer)是帕利他赛(Bristol-Myers Squibb)的半合成类似物。帕利他赛和多西他赛促进由微管蛋白二聚体装配成微管并通过防止解聚使微管稳定，导致对细胞有丝分裂的抑制。
“放射疗法”或“放疗”指使用定向γ射线或β射线来诱发对细胞的足够损伤，以限制细胞正常发挥功能的能力或全然破坏细胞。应当领会，本领域知道许多方式来确定治疗的剂量和持续时间。典型的治疗作为一次施用来给予，而典型的剂量范围为每天10-200个单位(格雷)。
“个体”或“受试者”是哺乳动物。哺乳动物包括但不限于驯养的动物(例如牛，绵羊，猫，犬和马)，灵长类(例如人和非人灵长类如猴)，家兔和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。在某些实施方案中，个体或受试者是人。
术语“并行”在本文中用于指两种或更多种治疗剂的施用，其中至少部分施用在时间上交叠。因而，并行施用包括如下的剂量给药方案，一种或多种药剂的施用中断后继续施用一种或多种其它药剂。
“降低或抑制”意指导致20％，30％，40％，50％，60％，70％，75％，80％，85％，90％，95％或更大的总体降低的能力。降低或抑制可以指所治疗的病症的症状，转移的存在或大小，或原发性肿瘤的大小。
术语“包装插页”用于指治疗产品的商业化包装中通常含有的说明书，其含有关于适应证，用法，剂量，施用，组合疗法，禁忌证，和/或关于使用这类治疗产品的警告的信息。
“制品”是包含至少一种试剂，例如用于治疗疾病或病症(例如癌症)的药物或用于特异性检测本文所述生物标志物的探针的任何制造物(例如包装或容器)或试剂盒。在某些实施方案中，制造物或试剂盒以用于实施本文所述方法的单位推销，分销或销售。
“目标受众”指接受如通过推销或做广告(尤其为了特定用途，治疗，或适应症)进行的特定药物宣传或意图进行的特定药物宣传的人群或机构，诸如个体，群体，报纸，医学文献，和杂志读者，电视或因特网观众，无线电或因特网听众，内科医生，药品公司等。
如本领域技术人员理解的，本文中提述“约”某值或参数包括(且描述)针对该值或参数本身的实施方案。例如，提述“约X”的描述包括对“X”的描述。
理解本文中描述的方面和实施方案包括由方面和实施方案“组成”和/或“基本由”方面和实施方案“组成”。如本文中使用的，除非另外指示，单数形式“一个”，“一种”和“该”包括复数指代物。
II.方法和用途
本文中提供在来自个体的样品中评估一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平(例如与参照比较)和/或在个体中用FGF19调控剂治疗疾病或病症的方法。具体而言，本文中提供用于在个体中治疗疾病或病症的方法，其包括对个体施用有效量的FGF19调控剂并在用FGF19调控剂治疗期间评估个体中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平(例如与参照比较)。例如，本文中提供用于在个体中治疗癌症的方法，其包括对个体施用有效量的FGF19拮抗剂(例如抗FGF19抗体)并在用FGF19拮抗剂(例如抗FGF19抗体)治疗期间个体中评估一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平(例如与参照比较)。
本文中进一步提供在个体中治疗疾病或病症的方法，其包括对个体施用有效量的FGF19调控剂，其中治疗基于一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平(例如与参照比较)。例如，本文中提供在个体中治疗癌症的方法，其包括对个体施用有效量的FGF19拮抗剂(例如抗FGF19抗体)，其中治疗基于一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平(例如与参照比较)。
另外，本文中提供用于在个体中治疗疾病或病症的方法，该方法包括：在来自个体的样品中测定一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平(例如与参照比较)，并对个体施用有效量的FGF19调控剂，由此治疗疾病或病症。例如，本文中提供用于在个体中治疗癌症的方法，该方法包括：在来自个体的样品中测定一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平(例如与参照比较)，并对个体施用有效量的FGF19拮抗剂(例如抗FGF19抗体)，由此治疗疾病或病症。
本文中提供治疗疾病或病症的方法，其包括：(a)选择具有疾病或病症的个体，其中该个体包含一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平(例如与参照比较)；并(b)对如此选择的个体施用有效量的FGF19调控剂，由此治疗疾病或病症。例如，本文中提供治疗癌症的方法，其包括：(a)选择具有癌症的个体，其中该个体包含一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平(例如与参照比较)；并(b)对如此选择的个体施用有效量的FGF19拮抗剂(例如抗FGF19抗体)，由此治疗疾病或病症。
本文中还提供鉴定更加或不太可能因包含FGF19调控剂的治疗而展现好处的个体的方法，该方法包括：在自个体获得的样品中测定一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平。例如，本文中提供鉴定更加或不太可能展现包含FGF19拮抗剂(例如抗FGF19抗体)的治疗所致好处的个体的方法，该方法包括：在自个体获得的样品中测定一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的FGF19调控剂。
本文中提供用于预测具有疾病或病症的个体是否更加或不太可能形成针对包含FGF19调控剂的治疗的毒性的方法，该方法包括测定一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平。例如，本文中提供用于预测具有癌症的个体是否更加或不太可能形成针对包含FGF19拮抗剂(例如抗FGF19抗体)的治疗的毒性的方法，该方法包括测定一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平。在一些实施方案中，毒性为腹泻(例如严重腹泻)，脱水，食物消耗低，体重降低，和/或病态。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的FGF19调控剂。
本文中还提供确定具有疾病或病症的个体是否应当继续或中断包含FGF19调控剂的治疗的方法，该方法包括在自个体获得的样品中测量一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平，其中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平(例如与参照比较)决定个体应当继续或中断包含FGF19调控剂的治疗。例如，本文中提供确定具有癌症的个体是否应当继续或中断包含FGF19拮抗剂(例如抗FGF19抗体)的治疗的方法，该方法包括在自个体获得的样品中测量一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平，其中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平(例如与参照比较)决定个体应当继续或中断包含FGF19调控剂的治疗。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的FGF19调控剂。
另外，本文中提供基于样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平鉴定个体为更加可能适合或不太可能适合继续治疗的方法，其中治疗包括FGF19调控剂。例如，本文中提供基于样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平鉴定个体为更加可能适合或不太可能适合继续治疗的方法，其中治疗包含FGF19拮抗剂(例如抗FGF19抗体)。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的FGF19调控剂。
本文中提供在具有疾病或病症，经历治疗的个体中优化治疗功效和/或降低与疾病或病症治疗有关的毒性的方法，其包括：测定个体中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平。例如，本文中提供在具有疾病或病症，经历治疗的个体中优化治疗功效和/或降低与癌症治疗有关的毒性的方法，其包括：测定个体中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的FGF19调控剂。
本文中进一步提供基于样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平鉴定具有疾病或病症的个体为更加可能适合或不太可能适合继续治疗的剂和/或剂量日程表的方法，其中治疗包含FGF19调控剂。例如，本文中提供基于样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平鉴定具有癌症的个体为更加可能适合或不太可能适合继续治疗的剂和/或剂量日程表的方法，其中治疗包含FGF19拮抗剂(例如抗FGF19抗体)。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的FGF19调控剂。
本文中提供用于在接受FGF19调控剂的个体中优化剂功效的测定方法，该方法包括：(a)测定来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平；(b)基于胆汁酸代谢生物标志物的水平推荐FGF19调控剂的后续剂。例如，提供用于在接受FGF19拮抗剂(例如抗FGF19抗体)的个体中优化剂功效的测定方法，该方法包括：(a)在来自个体的样品中测定一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平；(b)基于胆汁酸代谢生物标志物的水平推荐FGF19拮抗剂(例如抗FGF19抗体)的后续剂。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的FGF19调控剂。
另一方面，提供用于评估个体会形成针对FGF19调控剂的毒性的风险的测定方法，该方法包括：(a)在来自个体的样品中测定一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平；(b)基于一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平评估个体会形成针对FGF19调控剂的毒性的风险。例如，提供用于评估个体会形成针对FGF19拮抗剂(例如抗FGF19抗体)的毒性的风险的测定方法，该方法包括：(a)在来自个体的样品中测定一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平；(b)基于一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平评估个体会形成针对FGF19拮抗剂(例如抗FGF19抗体)的毒性的风险。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的FGF19调控剂。
在任何方法的一些实施方案中，来自个体的样品中降低水平和/或基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)指示和/或确定个体更加可能因包含FGF19调控剂的治疗而展现好处，个体不太可能形成针对包含FGF19调控剂的治疗的毒性，个体应当继续包含FGF19调控剂的治疗，个体更加可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗，和/或个体更加可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗的剂和/或剂量日程表。
在任何方法的一些实施方案中，升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)指示和/或确定个体不太可能因包含FGF19调控剂的治疗而展现好处，个体更加可能形成针对包含FGF19调控剂的治疗的毒性，个体应当中断包含FGF19调控剂的治疗，个体不太可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗，需要降低随后施用于个体的FGF19调控剂的量和/或频率，和/或个体不太可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗的剂和/或剂量日程表。
在任何方法的一些实施方案中，胆汁酸代谢生物标志物为肝酶。在一些实施方案中，肝酶为血清肝酶。
在任何方法的一些实施方案中，胆汁酸代谢生物标志物为胆汁酸。在一些实施方案中，胆汁酸为总胆汁酸。在一些实施方案中，胆汁酸为疏水性胆汁酸。在一些实施方案中，胆汁酸为初级胆汁酸。在一些实施方案中，初级胆汁酸为胆酸(3α-7α,12α-三羟基-5β-胆烷酸(cholanic acid))，鹅去氧胆酸(3α,7α-二羟基-5β-胆烷酸)，和/或它们的缀合物形式。在一些实施方案中，初级胆汁酸为甘氨胆酸(glycocholic acid)，和/或牛磺胆酸(taurocholic acid)。在一些实施方案中，胆汁酸为次级胆汁酸。在一些实施方案中，次级胆汁酸为去氧胆酸(3β,12α-二羟基-5β-胆烷酸)，石胆酸(3α-羟基-5β-胆烷酸，和/或它们的缀合物形式(例如甘氨酸和/或牛磺酸)。在一些实施方案中，次级胆汁酸为3α,12α-羟基-5β-胆烷酸(cholanoic acid)，异-石胆酸，和/或12-氧-3α-羟基-5β-胆烷酸(cholanoic acid)。在一些实施方案中，次级胆汁酸为石胆酸。在一些实施方案中，次级胆汁酸为去氧胆酸。在一些实施方案中，胆汁酸为三级胆汁酸。在一些实施方案中，三级胆汁酸为熊去氧胆酸(ursodexycholicacid)(3a,7β-二氧胆烷酸)和/或它们的缀合物形式(例如甘氨酸和/或牛磺酸)。
在任何方法的一些实施方案中，胆汁酸代谢生物标志物为天冬氨酸氨基转移酶(AST)，丙氨酸转氨酶(ALT)，γ谷氨酰转肽酶(GGT)，α-L-岩藻糖苷酶(AFU)，腺苷脱氨酶(ADA)，胆碱酯酶活性(CHE)，甲胎蛋白(AFP)，和/或总胆红素水平(TBIL)。
在任何方法的一些实施方案中，胆汁酸代谢生物标志物为细胞色素P450，亚家族VIIA(胆固醇7α-单加氧酶)，多肽1(Cyp7α1)，胆汁盐输出泵(BSEP)，多药抗性相关蛋白2(MRP2/ABCC2)，多药抗性相关蛋白3(MRP3/ABCC3)，有机溶质转运蛋白α(Ost-α)，有机溶质转运蛋白β(Ost-β)，和/或回场胆汁酸结合蛋白(IBABP)。在一些实施方案中，胆汁酸代谢生物标志物为Cyp7α1。
在任何方法的一些实施方案中，胆汁酸代谢生物标志物为肝细胞损伤和/或功能障碍。在任何方法的一些实施方案中，胆汁酸代谢生物标志物为肝细胞单细胞坏死。
在任何方法的一些实施方案中，基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物为总胆汁酸的约36-38％(对于胆酸)，32-34％(对于鹅去氧胆酸)，26-28％(对于去氧胆酸)，和/或1-2％(对于石胆酸)和/或少于1％(对于熊去氧胆酸)任一的水平。在任何方法的一些实施方案中，降低水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物为少于(例如显著少于)总胆汁酸的约36％(对于胆酸)，32％(对于鹅去氧胆酸)，26％(对于去氧胆酸)，和/或1％(对于石胆酸)任一的水平。在任何方法的一些实施方案中，升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物为多于(例如显著多于)总胆汁酸的约38％(对于胆酸)，34％(对于鹅去氧胆酸)，28％(对于去氧胆酸)，2％(对于石胆酸)，和/或1％(对于熊去氧胆酸)任一的水平。
在任何方法的一些实施方案中，基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物为约2-10μmol/L胆汁酸(血清中)(例如外周血清)，0.2-0.5 g/d胆汁酸(粪中)，和/或8μmol/L胆汁酸(尿中)任一。在任何方法的一些实施方案中，升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物大于约12，25，50，75，100，125，150，175，200，225，250，275或300μmol/L胆汁酸(血清中)(例如外周血清)任一。在任何方法的一些实施方案中，升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物为约12至约300μmol/L和/或约100至约300μmol/L胆汁酸(血清中)(例如外周血清)。在任何方法的一些实施方案中，升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物大于约10，20，30，40，50，60，70，80，90，100，110，或120μmol/L胆汁酸(尿中)任一。在任何方法的一些实施方案中，升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物为约120μmol/L。在一些实施方案中，该水平是作为禁食水平测量的。在一些实施方案中，该水平是作为餐后水平测量的。
在任何方法的一些实施方案中，来自个体的样品中升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)指示和/或确定个体更加可能因包含FGF19调控剂的治疗而展现好处，个体不太可能形成针对包含FGF19调控剂的治疗的毒性，个体应当继续包含FGF19调控剂的治疗，个体更加可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗，和/或个体更加可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗的剂和/或剂量日程表。
在任何方法的一些实施方案中，降低水平和/或基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)指示和/或确定个体不太可能因包含FGF19调控剂的治疗而展现好处，个体更加可能形成针对包含FGF19调控剂的治疗的毒性，个体应当中断包含FGF19调控剂的治疗，个体不太可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗，需要较低随后施用于个体的FGF19调控剂的量和/或频率，和/或个体不太可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗的剂和/或剂量日程表。
在任何方法的一些实施方案中，胆汁酸代谢生物标志物为牛磺酸钠协同转运多肽(NTCP)，有机阴离子转运多肽，有机阴离子转运蛋白2(OAT2)和多药抗性相关蛋白4(MRP4/ABCC4)，胆汁排泄指数(BEI)，顶端钠依赖性胆汁酸转运蛋白(ASBT/SLC10A2)，胆汁酸吸收，和/或牛磺酸盐摄取。
在任何方法的一些实施方案中，升高的表达水平和/或水平指胆汁酸代谢生物标志物(例如代谢物，蛋白质，和/或核酸(例如基因或mRNA))的水平中与参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织相比大于约和/或约5％，10％，20％，25％，30％，40％，50％，60％，70％，80％，85％，90％，95％，96％，97％，98％，99％或更高任一的总体增加，其通过标准的本领域已知方法来检测，诸如本文中描述的那些。在某些实施方案中，升高的表达水平和/或水平指样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的表达水平和/或水平中的增加，其中所述增加是参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织中相应胆汁酸代谢生物标志物的表达水平和/或水平的至少约1.5倍，1.75倍，2倍，3倍，4倍，5倍，6倍，7倍，8倍，9倍，10倍，25倍，50倍，75倍，或100倍任一。在一些实施方案中，一种或多种胆汁酸代谢生物标志物升高的表达水平和/或水平指与参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，对照组织，或内部对照(例如持家基因)相比大于约和/或约1.1倍，1.5倍，2倍，2.5倍，3倍，4倍，5倍，10倍，12倍，15倍，17倍，约20倍，25倍，和/或30倍任一的总体增加。
在任何方法的一些实施方案中，降低的表达水平和/或水平指胆汁酸代谢生物标志物(例如代谢物，蛋白质，和/或核酸(例如基因或mRNA))的水平中与参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织相比大于约和/或约5％，8％，10％，20％，25％，30％，35％，40％，50％，60％，64％，70％，80％，85％，90％，95％，96％，97％，98％，99％或更多任一的总体减少，其通过标准的本领域已知方法来检测，诸如本文中描述的那些。在某些实施方案中，降低的表达水平和/或水平指样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的表达水平和/或水平的减少，其中所述减少为参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织中相应胆汁酸代谢生物标志物的表达水平和/或水平的至少约1.5倍，1.75倍，2倍，3倍，4倍，5倍，6倍，7倍，8倍，9倍，10倍，25倍，50倍，75倍，或100倍任一。在某些实施方案中，降低的表达水平和/或水平指样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的表达水平和/或水平的减少，其中所述减少为参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织中相应生物标志物的表达水平/水平的至少约和/或约0.9倍，0.8倍，0.7倍，0.6倍，0.5倍，0.4倍，0.3倍，0.2倍，0.1倍，0.05倍，或0.01倍任一。
在任何方法的一些实施方案中，参照为健康个体和/或健康个体群体的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的平均水平(例如其中该水平是通过相似和/或相同方法测量的)。在任何方法的一些实施方案中，参照为具有疾病或病症的第二个体和/或具有疾病或病症的个体群体的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的平均水平(例如其中该水平是通过相似和/或相同方法测量的)。在任何方法的一些实施方案中，参照为开始治疗之前和/或在开始包含FGF19调控剂的治疗时具有疾病或病症的个体中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平。在任何方法的一些实施方案中，参照为在包含FGF19调控剂的治疗期间的时间点具有疾病或病症的个体中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平。
在任何方法的一些实施方案中，疾病或病症为增殖性疾病或病症。在一些实施方案中，增殖性疾病或病症为癌症。癌症和癌细胞的例子包括但不限于癌瘤，淋巴瘤，母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)，肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤)，神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤，胃泌素瘤和胰岛细胞癌)，间皮瘤，施旺氏细胞瘤(包括听神经瘤)，脑膜瘤，腺癌，黑素瘤，和白血病或淋巴样恶性肿瘤。此类癌症的更具体例子包括鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌)，肺癌包括小细胞肺癌(SCLC)，非小细胞肺癌(NSCLC)，肺的腺癌和肺的鳞癌，腹膜癌，肝细胞癌，胃癌(gastric or stomachcancer)包括胃肠癌，胰腺癌，成胶质细胞瘤，宫颈癌，卵巢癌，肝癌(livercancer or hepatic carcinoma)，膀胱癌，肝瘤(hepatoma)，乳腺癌(包括转移性乳腺癌)，结肠癌，直肠癌，结肠直肠癌，子宫内膜癌或子宫癌，唾液腺癌，肾癌(kidney or renal cancer)，前列腺癌，外阴癌，甲状腺癌，肛门癌，阴茎癌，睾丸癌，食道癌，胆管肿瘤，以及头和颈癌。在一些实施方案中，癌症为结肠直肠癌。在一些实施方案中，癌症为肾细胞癌。在一些实施方案中，癌症为肝细胞癌。在一些实施方案中，癌为转移性癌。
可以基于本领域中已知的任何适宜标准定性和/或定量地测定一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的存在和/或表达水平/水平，所述标准包括但不限于代谢物，DNA，mRNA，cDNA，蛋白质，蛋白质片段和/或基因拷贝数。在某些实施方案中，第一样品中胆汁酸代谢生物标志物的存在和/或表达/量相比于第二样品中的存在和/或表达/量增加。在某些实施方案中，第一样品中胆汁酸代谢生物标志物的存在和/或表达/量相比于第二样品中的存在和/或表达/量降低。在某些实施方案中，第二样品是参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织。本文中描述了用于测定基因的存在和/或表达水平/水平的其它公开内容。
可以通过许多方法学来分析样品中各种胆汁酸代谢生物标志物的存在和/或表达水平和/或水平，其中许多方法是本领域已知且熟练技术人员理解的，包括但不限于，免疫组织化学(“IHC”)，Western印迹分析，免疫沉淀，分子结合测定法，ELISA，ELIFA，荧光激活细胞分选(“FACS”)，MassARRAY，蛋白质组学，基于血液的定量测定法(如例如血清ELISA)，生化酶活性测定法，原位杂交，Northern分析，聚合酶链式反应(“PCR”)包括定量实时PCR(“qRT-PCR”)和其它扩增类型的检测方法，诸如例如分支DNA，SISBA，TMA等)，RNA-Seq，FISH，微阵列分析，基因表达概况分析和/或基因表达系列分析(“SAGE”)，以及可通过蛋白质，基因和/或组织阵列分析实施的很多种测定法中的任一种。用于评估基因和基因产物状态的典型方案见于例如Ausubel等人于1995年编著的《Current Protocols InMolecular Biology》单元2(Northern印迹)，单元4(Southern印迹)，单元15(免疫印迹)和单元18(PCR分析)。还可以使用多重免疫测定法如那些可从Rules Based Medicine或Meso Scale Discovery(“MSD”)获得的测定法。在一些实施方案中，通过气-液层析，高效液相层析，质谱术(例如GS-MS)和/或酶测定法来测量表达。
用于评估胆汁酸和/或胆汁酸摄取和流出的方法是本领域公知的且在实施例中有描述。可使用B-Clear TechnologyTM(Qualyst Inc.，NC)使用d8-牛磺酸盐作为探针底物来评估胆汁酸摄取和流出。可使用LC/MS/MS在无钙缓冲液中测定内源胆汁酸(牛磺酸盐，TCA：甘氨胆汁酸盐，GCA；牛磺酸牛磺鹅去氧胆酸(taurochenodeoxycholate，TCDCA)，甘氨鹅去氧胆酸(glycochenodeoxycholate，GCDCA)的总质量并在含钙缓冲液中测定摄取和排泄的化合物的总质量，并针对用稳定同位素等同物(d8-TCA，d4-GCA，d4-TCDCA，或d4-GCDCA)绘制的标准曲线量化。可以如先前所述计算胆汁排泄指数和体外胆汁清除(Liu X等，1999，Drug Metab Dispos，27(6)：637-44)。
酶TBA测定方法利用3-α-羟基类固醇脱氢酶来催化所有胆汁酸的3-α羟基基团转变成3-酮基团的氧化反应，伴随自NAD+形成辅酶NADH。NADH进一步与硝基四唑蓝反应，这可通过测量540nm处的吸光度来监测，与血清中的胆汁酸浓度成比例。在基于酶循环的TBA测定法中，3-α-羟基类固醇脱氢酶重复氧化和还原血清胆汁酸分子，伴随积累还原型辅酶thio-NADH，在405nm处检测。
用于评估细胞中mRNA的方法是众所周知的，包括例如使用互补DNA探针的杂交测定法(诸如使用经标记的特异于一种或多种基因的核糖核酸探针的原位杂交，Northern印迹和相关技术)和各种核酸扩增测定法(诸如使用特异于一种或多种基因的互补引物的RT-PCR，及其它扩增型检测方法，诸如例如分支DNA，SISBA，TMA等)。
可以使用Northern，点印迹或PCR分析方便地对来自哺乳动物的样品测定mRNA。另外，此类方法可以包括一个或多个如下步骤，其容许测定生物学样品中靶mRNA的水平(例如通过同时检查“持家”基因诸如肌动蛋白家族成员的比较性对照mRNA序列的水平)。任选的是，可以测定所扩增靶cDNA的序列。
任选方法包括通过微阵列技术在组织或细胞样品中检查或检测mRNA(诸如靶mRNA)的方案。使用核酸微阵列，将来自测试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品逆转录并标记以生成cDNA探针。然后，将探针与固定化于固体支持物上的核酸阵列杂交。阵列配置为使得阵列每个成员的序列和位置是已知的。例如，可将其表达与抗血管生成疗法的增加或降低的临床益处相关的基因选择集在固体支持物上呈阵列。经标记探针与特定阵列成员的杂交指示衍生该探针的样品表达该基因。
依照一些实施方案，通过观察上述基因的蛋白质表达水平来测量存在和/或表达水平/水平。在某些实施方案中，所述方法包括使生物学样品与针对本文所述胆汁酸代谢生物标志物的抗体在允许生物标志物结合的条件下接触，并检测抗体与生物标志物之间是否形成复合物。这类方法可以是体外或体内方法。在一个实施方案中，使用抗体来选择符合使用FGF19调控剂(特别是抗FGF19抗体)疗法的资格的受试者，例如用于选择患者的胆汁酸代谢生物标志物。
在某些实施方案中，使用IHC和染色方案来检查样品中胆汁酸代谢生物标志物蛋白质的存在和/或表达水平/水平。已显示对组织切片的IHC染色是一种测定或检测样品中蛋白质的存在的可靠方法。在一个方面，使用包括下述步骤的方法测定一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的表达水平和/或水平：a)使用一种抗体实施对样品(如患者癌症样品)的IHC分析；并b)测定在样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，相对于参照值测定IHC染色强度。
IHC可与别的技术如形态学染色和/或荧光原位杂交组合实施。现有两种一般的IHC方法：直接和间接测定法。根据第一种测定法，直接测定抗体与靶抗原的结合。这种直接测定法使用经过标记的试剂，诸如荧光标签或酶标记的一抗，其不需要进一步的抗体相互作用就能显现。在典型的间接测定法中，未缀合的一抗结合至抗原，然后经过标记的二抗结合至一抗。若二抗缀合有酶标记物，则添加显色底物或荧光底物以提供抗原的显现。因为数个二抗可以与一抗上的不同表位反应，所以发生信号放大。
用于IHC的一抗和/或二抗通常将用可检测模块进行标记。可利用许多标记物，一般可分成以下几类：(a)放射性同位素，诸如35S，14C，125I，3H和131I；(b)胶体金颗粒；(c)荧光标记物，包括但不限于稀土螯合物(铕螯合物)，德克萨斯红，罗丹明，荧光素，丹酰，丽丝胺，伞形酮，藻红蛋白，藻蓝蛋白，或商品化荧光团诸如SPECTRUM ORANGE7和SPECTRUMGREEN7，和/或上述任意一种或多种的衍生物；(d)可利用各种酶-底物标记物且美国专利No.4,275,149中提供了有关它们中的一些的综述。酶标记物的例子包括萤光素酶(例如萤火虫萤光素酶和细菌萤光素酶；美国专利No.4,737,456)，萤光素，2,3-二氢酞嗪二酮类，苹果酸脱氢酶，尿素酶，过氧化物酶诸如辣根过氧化物酶(HRPO)，碱性磷酸酶，β-半乳糖苷酶，葡糖淀粉酶，溶菌酶，糖氧化酶(例如葡萄糖氧化酶，半乳糖氧化酶和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶)，杂环氧化酶(诸如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶)，乳过氧化物酶，微过氧化物酶等。
酶-底物组合的例子包括例如，辣根过氧化物酶(HRPO)，其以过氧化氢为底物；碱性磷酸酶(AP)与作为显色底物的对硝基苯基磷酸酯；和β-D-半乳糖苷酶(β-D-Gal)与显色底物(例如对硝基苯基-β-D-半乳糖苷)或荧光底物(例如4-甲基伞形基-β-D-半乳糖苷)。有关它们的一般性综述参见美国专利No.4,275,149和4,318,980。
可以将如此制备的标本放置好并盖上盖玻片。然后例如使用显微镜进行载玻片评估，并且可以采用本领域中常规使用的染色强度标准。在一些实施方案中，约1+或更高的染色模式得分是诊断性和/或预后性的。在某些实施方案中，IHC测定法中约2+或更高的染色模式得分是诊断性和/或预后性的。在其他实施方案中，约3或更高的染色模式得分是诊断性和/或预后性的。在一个实施方案中，理解当使用IHC来检查来自肿瘤或结肠腺瘤的细胞和/或组织时，通常在肿瘤细胞和/或组织中测定或评估染色(与可能存在于样品中的基质或周围组织相反)。
在备选的方法中，可以使样品与特异于所述胆汁酸代谢生物标志物的抗体在足以形成抗体-生物标志物复合物的条件下接触，然后检测所述复合物。可以许多方式来检测胆汁酸代谢生物标志物的存在，如通过用于测定很多种组织和样品(包括血浆或血清)的Western印迹和ELISA规程。可获得使用这类测定形式的范围广泛的免疫测定技术，参见例如美国专利No.4,016,043，4,424,279和4,018,653。这些包括非竞争形式的单位点和双位点或“夹心”测定法，以及传统的竞争结合测定法。这些测定法还包括经标记抗体对靶胆汁酸代谢生物标志物的直接结合。
还可以通过功能性或基于活性的测定法来检查选定的胆汁酸生物标志物在样品中的存在和/或表达水平/水平。例如，如果胆汁酸代谢生物标志物是酶，可以进行本领域中已知的测定法来测定或检测给定的酶活性在样品中的存在。
在某些实施方案中，将样品关于所测定的生物标志物的量的差异和所使用的样品的质量的变异性二者以及测定轮次间的变异性标准化。此类标准化可以通过测量和引入某些标准化生物标志物(包括公知的持家基因如ACTB)的表达来实现。或者，标准化可基于所有所测定基因或其大子集的均值或中值信号(整体标准化办法)。以逐个基因为基础，将患者肿瘤mRNA或蛋白质的测量标准化量与参照集中发现的量比较。可以将每位患者的每份测试肿瘤的每种mRNA或蛋白质的标准化表达水平表述成相对于在参照集中测量得出的表达水平的百分比。在要分析的特定患者样品中测量得出的存在和/或表达水平/水平会落在此范围内的一些百分点处，这可通过本领域公知方法来测定。
在某些实施方案中，基因的相对表达水平如下确定：
相对表达基因1样品1＝2exp(Ct持家基因–Ct基因1)，其中测定样品中的Ct。
相对表达基因1参照RNA＝2exp(Ct持家基因–Ct基因1)，其中测定参照样品中的Ct。
标准化相对表达基因1样品1＝(相对表达基因1样品1/相对表达基因1参照RNA)x100
Ct为循环阈值。Ct为反应内生成的荧光穿过阈值线时的循环数。
将所有实验相对于参照RNA标准化，参照RNA是来自多种组织来源的RNA的综合混合物(例如来自Clontech，Mountain View，CA的参照RNA#636538)。在每一次qRT-PCR运行中包括相同的参照RNA，容许在不同实验运行之间比较结果。
在一个实施方案中，所述样品是临床样品。在另一个实施方案中，所述样品在诊断测定法中使用。在一些实施方案中，所述样品自原发性或转移性肿瘤获得。组织活检通常用于获得有代表性的肿瘤组织片。或者，可以已知或认为包含感兴趣肿瘤细胞的组织或流体的形式间接获取肿瘤细胞。例如，肺癌损伤的样品可通过切除术，支气管镜检，细针抽吸，支气管刷检，或从痰，胸膜液或血液中获得。可从癌症或肿瘤组织或从其它身体样品诸如尿，粪样品，回肠组织，肝组织，痰，血清或血浆中检测出基因或基因产物。在一些实施方案中，自粪样品检测胆汁酸代谢生物标志物。在一些实施方案中，自血清样品检测胆汁酸代谢生物标志物。在一些实施方案中，所述样品为组织样品(例如肝组织样品和/或回肠组织样品)。上述用于检测癌性样品中靶基因或基因产物的同样技术可用于其它身体样品。癌细胞可能从癌症损伤脱落并出现在这类身体样品中。通过筛选这些身体样品，可实现对于这些癌症的简单早期诊断。另外，通过对这些身体样品测试靶基因或基因产物，可更容易地监测治疗的进展。
在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织是在一个或多个与获得测试样品的时间不同的时间点获得的来自相同受试者或个体的单一样品或组合多份样品。例如，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织是在比获得测试样品的时间更早的时间点自相同受试者或个体获得的。如果参照样品是在癌症的初始诊断期间获得的而测试样品是更晚，在癌症已经转移时获得的话，此类参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织可以是有用的。
在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织是来自一个或多个不是受试者或患者的健康个体的组合多份样品。在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织是来自一个或多个具有癌症或病症(例如癌症)的，不是受试者或患者的个体的组合多份样品。在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织是来自一个或多个不是受试者或患者的个体的正常组织或合并的血浆或血清样品的合并RNA样品。在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织是来自一个或多个具有疾病或病症(例如癌症)的，不是受试者或患者的个体的肿瘤组织或合并的血浆或血清样品的合并RNA样品。
在任何方法的一些实施方案中，FGF19调控剂为FGF19拮抗剂。在一些实施方案中，FGF19拮抗剂为抗体，结合多肽，结合小分子，或多核苷酸。在一些实施方案中，FGF19拮抗剂为抗体。在一些实施方案中，抗体为单克隆抗体。在一些实施方案中，抗体为人抗体，人源化抗体，或嵌合抗体。在一些实施方案中，抗体为抗体片段且抗体片段结合FGF19。
在任何方法的一些实施方案中，依照任何上述实施方案的个体可以为人。在一些实施方案中，人为女性。在一些实施方案中，人为男性。
在任何方法的一些实施方案中，该方法包括对具有此类癌症的个体施用有效量的FGF19调控剂(特别是FGF19拮抗剂)。在一个此类实施方案中，该方法进一步包括对个体施用有效量的至少一种别的治疗剂，如下文描述的。在一些实施方案中，个体可以为人。
本文中描述的FGF19调控剂(特别是FGF19拮抗剂)可以单独或与其他药剂组合用在疗法中。例如，本文中描述的FGF19调控剂(特别是FGF19拮抗剂)可以与至少一种别的治疗剂(包括另一种FGF19调控剂)共施用。在某些实施方案中，别的治疗剂是化疗剂。
上文记载的这类组合疗法涵盖组合施用(其中两种或更多种治疗剂包含在相同或分别的配制剂中)，和分开施用，在该情况中FGF19调控剂(特别是FGF19拮抗剂)可以在别的治疗剂和/或佐剂施用之前，同时和/或之后施用。FGF19调控剂(特别是FGF19拮抗剂)还可与放射疗法组合使用。
可以通过任何合适的手段，包括胃肠外，肺内，和鼻内，及若期望用于局部治疗的话，损伤内施用来施用本文中描述的FGF19调控剂(特别是FGF19拮抗剂)(例如抗体，结合多肽和/或小分子)(和任何别的治疗剂)。胃肠外输注包括肌肉内，静脉内，动脉内，腹膜内，或皮下施用。部分根据施用是短暂的还是长期的，给药可以通过任何合适的路径，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射进行。本文中涵盖各种给药日程表，包括但不限于单次施用或在多个时间点里的多次施用，推注施用，和脉冲输注。
本文中描述的FGF19调控剂(特别是FGF19拮抗剂)(例如抗体，结合多肽和/或小分子)可以一种符合良好的医学实践的方式配制，确定剂量及施用。在此背景中考虑的因素包括在治疗的特定病症，在治疗的特定哺乳动物，个体患者的临床状态，病症原因，药剂递送部位，施用方法，施用日程表及其它为医学从业人员所知的因素。FGF19调控剂(特别是FGF19拮抗剂)无需但任选地与一种或多种目前用于预防或治疗所讨论病症的药剂一起配制。这类其它药剂的有效量取决于配制剂中存在的FGF19调控剂(特别是FGF19拮抗剂)的量，病症或治疗的类型，及上文讨论的其它因素。这些药剂通常以与本文所述相同的剂量和施用途径使用，或以约1-99％的本文所描述的剂量使用，或以根据经验/临床确定为适宜的任何剂量和任何途径使用。
为了预防或治疗疾病，本文中描述的FGF19调控剂(特别是FGF19拮抗剂)(当单独或与一种或多种其它别的治疗剂联合使用时)的合适剂量会取决于所要治疗的疾病的类型，疾病的严重性和病程，所施用FGF19调控剂(特别是FGF19拮抗剂)的预防或治疗目的，之前的治疗，患者的临床史和对FGF19调控剂的响应，及主治医师的斟酌决定。FGF19调控剂(特别是FGF19拮抗剂)适合于在一次或一系列的治疗中给予患者。取决于上述因素，典型的每日剂量可能范围为约1μg/kg至100 mg/kg或更多。在一些实施方案中，FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂，例如抗FGF19抗体)的剂量大于和/或大于或等于约3，10，20，30，40，50，60，70，80，90，和/或100 mg/kg任一。在一些实施方案中，FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂，例如抗FGF19抗体)的剂量为约3-100 mg/kg，10-100 mg/kg，10-30 mg/kg，30-100 mg/kg，和/或3-30 mg/kg任一。在一些实施方案中，FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂，例如抗FGF19抗体)的剂量为约3 mg/kg，约10 mg/kg，约30 mg/kg，和/或约100 mg/kg。在一些实施方案中，FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂，例如抗FGF19抗体)的剂量大于和/或大于或等于约0.5，1，1.5，5，10，25，50，75，和/或100μg/mL任一。在一些实施方案中，FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂，例如抗FGF19抗体)的剂量为约1.56-100μg/mL和/或500 ng/ml-100μg/mL任一。
对于在数天或更长时间内的重复施用，根据状况，治疗一般将持续直至发生期望的对疾病症状的抑制。这类剂量可间歇施用，如每周或每三周施用(例如使得患者接受约2-约20剂，或例如约6剂的所述FGF19调控剂)。可施用初始较高的负荷剂量，接着施用一个或多个较低的剂量。一种例示性剂量给药方案包括施用。然而，可使用其它给药方案。通过常规技术和测定法易于监测该治疗的进展。
应当理解，任何上述配制剂或治疗方法可使用免疫缀合物来代替或补充FGF19调控剂(特别是FGF19拮抗剂)来进行。
III.治疗组合物
本文中提供可用于本文所述方法中的FGF19调控剂。在一些实施方案中，所述FGF19调控剂是抗体，结合多肽，结合小分子和/或多核苷酸。在一些实施方案中，FGF19调控剂是FGF19拮抗剂。
A.抗体
在一个方面，本文中提供结合FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4多肽的分离的抗体，供本文中描述的方法中使用。在上述任何实施方案中，抗体是人源化的。在本发明的一个别的方面，依照上述任一个实施方案的抗FGF19抗体，抗klotho抗体(例如抗KLB抗体)，和/或抗FGFR4抗体是单克隆抗体，包括嵌合的，人源化的或人的抗体。在一个实施方案中，抗FGF19抗体，抗klotho抗体(例如抗KLB抗体)，和/或抗FGFR4抗体是抗体片段，例如Fv，Fab，Fab’，scFv，双抗体或F(ab’)2片段。在另一个实施方案中，所述抗体是全长抗体，例如完整的IgG抗体或如本文中限定的其他抗体类或同种型。
在一些实施方案中，供任何本文所述方法使用的抗FGF19抗体是2007年2月9日提交的美国专利申请No.11/673,411和/或2011年12月6日提交的美国专利申请No.12/671,974中记载的抗FGF19抗体，通过提述将其完整收录。
在一些实施方案中，抗FGF19抗体包含：(i)轻链，该轻链包含(a)包含氨基酸序列KASQDINSFLA(SEQ ID NO：1)或KASQDINSFLS(SEQ IDNO：7)的高变区(HVR)-L1，(b)包含氨基酸序列RANRLVD(SEQ ID NO：2)，RANRLVS(SEQ ID NO：8)，或RANRLVE(SEQ ID NO：9)的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列LQYDEFPLT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；和(ii)重链，该重链包含(a)包含氨基酸序列GFSLTTYGVH(SEQ ID NO：4)的HVR-H1，(b)包含氨基酸序列GVIWPGGGTDYNAAFIS(SEQ ID NO：5)的HVR-H2，和(c)包含氨基酸序列VRKEYANLYAMDY(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。
在一些实施方案中，HVR-L2包含氨基酸序列RANRLVD(SEQ ID NO：2)。在一些实施方案中，HVR-L1包含氨基酸序列KASQDINSFLS(SEQ IDNO：7)。
在一些实施方案中，HVR-L2包含氨基酸序列RANRLVS(SEQ ID NO：8)。在一些实施方案中，HVR-L2包含氨基酸序列RANRLVE(SEQ ID NO：9)。在一些实施方案中，HVR-L1包含氨基酸序列KASQDINSFLA(SEQ IDNO：1)。
在一些实施方案中，抗体包含人κ亚组1共有框架序列。在一些实施方案中，抗体包含重链人亚组III共有框架序列。在一些实施方案中，人源化抗体抑制人FGF19对人FGFR4的结合，或抑制人FGFR4活化，IC50与参照抗体的基本上相同。在一些实施方案中，IC50是在约0.01 nm至1000 nM左右的抗体浓度范围上测定的。
在一些实施方案中，抗FGF19抗体与上文描述的抗体竞争结合。在一些实施方案中，抗FGF19抗体与上文描述的抗体结合相同表位。在一些实施方案中，抗FGF19抗体结合人FGF19上的氨基酸编号G133-R155(基于成熟人FGF19氨基酸序列)。在一些实施方案中，抗FGF19抗体结合由GFLPLSHFLPMLPMVPEEPEDLR(SEQ ID NO：10)组成的肽。
在一个别的方面，依照上述任何实施方案的抗FGF19抗体，抗klotho抗体(例如抗KLB抗体)，和/或抗FGFR4抗体可以单独或组合地纳入如下面部分中描述的任意特征：
1.抗体亲和力
在某些实施方案中，本文中提供的抗体具有≤1μM的解离常数(Kd)。在一个实施方案中，Kd是通过如下述测定所述用Fab型式的目标抗体及其抗原进行的放射性标记抗原结合测定(RIA)来测量的。通过在存在未标记抗原的滴定系列的情况中用最小浓度的(125I)标记抗原平衡Fab，然后用抗Fab抗体包被板捕获结合的抗原来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力(参见例如，Chen等，J.Mol.Biol.293：865-881(1999))。为了建立测定的条件，将多孔板(Thermo Scientific)用50mM碳酸钠(pH 9.6)中的5μg/ml捕获用抗Fab抗体(Cappel Labs)包被过夜，随后用PBS中的2％(w/v)牛血清清蛋白于室温(约23℃)封闭2-5小时。在非吸附板(Nunc#269620)中，将100 pM或26 pM[125I]-抗原与目标Fab的系列稀释液(例如，与Presta等，Cancer Res.，57：4593-4599(1997)中抗VEGF抗体，Fab-12的评估一致)混合。然后将目标Fab温育过夜；然而，温育可持续更长时间(例如，约65小时)以确保达到平衡。此后，将混合物转移至捕获板，于室温温育(例如，1小时)。然后除去溶液，并用PBS中的0.1％聚山梨醇酯20()洗板8次。平板干燥后，加入150μl/孔闪烁液(MICROSCINT-20TM；Packard)，然后在TOPCOUNTTM伽马计数器(Packard)上对平板计数10分钟。选择给出小于或等于最大结合之20％的各Fab浓度用于竞争性结合测定。
依照另一个实施方案，Kd是使用表面等离振子共振测定使用-2000或-3000(BIAcore,Inc.，Piscataway，NJ)于25℃使用固定化抗原CM5芯片在约10个响应单位(RU)测量的。简言之，根据供应商的说明书用N-乙基-N’-(3-二甲基氨基丙基)-碳二亚胺盐酸盐(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化葡聚糖生物传感器芯片(CM5，BIACORE,Inc.)。将抗原用10mM乙酸钠pH 4.8稀释至5μg/ml(约0.2μM)，然后以5μl/分钟的流速注射以获得约10个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注入抗原后，注入1M乙醇胺以封闭未反应基团。为了进行动力学测量，于25℃以约25μl/分钟的流速在含0.05％聚山梨醇酯20(TWEEN-20TM)表面活性剂的PBS(PBST)中注入Fab的两倍系列稀释液(0.78nM至500nM)。使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型(EvaluationSoftware 3.2版)通过同时拟合结合和解离传感图计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)以比率koff/kon计算。参见例如，Chen等，J.Mol.Biol.，293：865-881(1999)。如果根据上文表面等离振子共振测定，结合速率超过106M-1s-1，那么结合速率可使用荧光淬灭技术来测定，即根据分光计诸如配备了断流装置的分光光度计(Aviv Instruments)或8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯的测量，在存在浓度渐增的抗原的情况中，测量PBS pH 7.2中20nM抗抗原抗体(Fab形式)于25℃的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)的升高或降低。
2.抗体片段
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是抗体片段。抗体片段包括但不限于，Fab，Fab’，Fab’-SH，F(ab’)2，Fv和scFv片段，及下文所描述的其它片段。关于某些抗体片段的综述，参见Hudson等，Nat.Med.，9：129-134(2003)。关于scFv片段的综述，参见例如Pluckthün，于The Pharmacology ofMonoclonal Antibodies，113卷，Rosenburg和Moore编(Springer-Verlag，NewYork)，第269-315页(1994)；还参见WO 93/16185；和美国专利No.5,571,894和5,587,458。关于包含补救受体结合表位残基，并且具有延长的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论，参见美国专利No.5,869,046。
双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，其可以是二价的或双特异性的。参见例如，EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等，Nat.Med.，9：129-134(2003)；和Hollinger等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，90：6444-6448(1993)。三抗体和四抗体也描述于Hudson等，Nat.Med.，9：129-134(2003)。
单域抗体是包含抗体的整个或部分重链可变域或整个或部分轻链可变域的抗体片段。在某些实施方案中，单域抗体是人单域抗体(Domantis,Inc.，Waltham，MA；参见例如，美国专利No.6,248,516 B1)。
如本文中所描述的，可以通过多种技术，包括但不限于对完整抗体的蛋白水解消化及通过重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)产生来制备抗体片段。
3.嵌合的和人源化的抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是嵌合抗体。某些嵌合抗体描述于例如美国专利No.4,816,567；和Morrison等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，81：6851-6855(1984))。在一个例子中，嵌合抗体包含非人可变区(例如，衍生自小鼠，大鼠，仓鼠，家兔或非人灵长类，诸如猴的可变区)和人恒定区。在又一个例子中，嵌合抗体是“类别转换的”抗体，其中类或亚类已经自亲本抗体的类或亚类改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些实施方案中，嵌合抗体是人源化抗体。通常，将非人抗体人源化以降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。一般地，人源化抗体包含一个或多个可变域，其中HVR，例如，CDR(或其部分)衍生自非人抗体，而FR(或其部分)衍生自人抗体序列。任选地，人源化抗体还会包含人恒定区的至少一部分。在一些实施方案中，将人源化抗体中的一些FR残基用来自非人抗体(例如，衍生HVR残基的抗体)的相应残基取代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其制备方法综述于例如Almagro和Fransson，Front.Biosci.，13：1619-1633(2008)，并且进一步描述于例如Riechmann等，Nature，332：323-329(1988)；Queen等，Proc.Nat’l Acad.Sci.USA，86：10029-10033(1989)；美国专利No.5,821,337，7,527,791，6,982,321和7,087,409；Kashmiri等，Methods，36：25-34(2005)(描述了SDR(a-CDR)移植)；Padlan，Mol.Immunol.，28：489-498(1991)(描述了“重修表面”)；Dall’Acqua等，Methods，36：43-60(2005)(描述了“FR改组”)；以及Osbourn等，Methods，36：61-68(2005)和Klimka等，Br.J.Cancer，83：252-260(2000)(描述了FR改组的“引导选择”方法)。
可以用于人源化的人框架区包括但不限于：使用“最佳拟合(best-fit)”方法选择的框架区(参见例如Sims等，J.Immunol.，151：2296(1993))；衍生自轻链或重链可变区的特定亚组的人抗体的共有序列的框架区(参见例如Carter等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，89：4285(1992)；和Presta等，J.Immunol.，151：2623(1993))；人成熟的(体细胞突变的)框架区或人种系框架区(参见例如Almagro和Fransson，Front.Biosci.，13：1619-1633(2008))；和通过筛选FR文库衍生的框架区(参见例如Baca等，J.Biol.Chem.，272：10678-10684(1997)和Rosok等，J.Biol.Chem.，271：22611-22618(1996))。
4.人抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是人抗体。可以使用本领域中已知的多种技术来生成人抗体。一般地，人抗体描述于van Dijk和van de Winkel，Curr.Opin.Pharmacol.，5：368-74(2001)及Lonberg，Curr.Opin.Immunol.，20：450-459(2008)。
可以通过对转基因动物施用免疫原来制备人抗体，所述转基因动物已经修饰为响应抗原性攻击而产生完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物通常含有所有或部分人免疫球蛋白基因座，其替换内源免疫球蛋白基因座，或者其在染色体外存在或随机整合入动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，一般已经将内源免疫球蛋白基因座灭活。关于自转基因动物获得人抗体的方法的综述，参见Lonberg，Nat.Biotech.，23：1117-1125(2005)。还可参见例如美国专利No.6,075,181和6,150,584，其描述了XENOMOUSETM技术；美国专利No.5,770,429，其描述了技术；美国专利No.7,041,870，其描述了K-M技术，和美国专利申请公布号US 2007/0061900，其描述了技术)。可以例如通过与不同人恒定区组合进一步修饰来自由此类动物产生的完整抗体的人可变区。
也可以通过基于杂交瘤的方法制备人抗体。已经描述了用于产生人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人异骨髓瘤细胞系(参见例如Kozbor，J.Immunol.，133：3001(1984)；和Boerner等，J.Immunol.，147：86(1991))。经由人B细胞杂交瘤技术产生的人抗体也描述于Li等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，103：3557-3562(2006)。其它方法包括描述于例如美国专利No.7,189,826(描述了自杂交瘤细胞系产生单克隆人IgM抗体)和Ni，Xiandai Mianyixue，26(4)：265-268(2006)(描述了人-人杂交瘤)的那些方法。人杂交瘤技术(Trioma技术)也描述于Vollmers和Brandlein，Histology and Histopathology，20(3)：927-937(2005)及Vollmers和Brandlein，Methods and Findings in Exp.&Clin.Pharma.，27(3)：185-91(2005)。
也可以通过分离选自人衍生的噬菌体展示文库的Fv克隆可变域序列产生人抗体。然后，可以将此类可变域序列与期望的人恒定域组合。下文描述了自抗体文库选择人抗体的技术。
5.文库衍生的抗体
可以通过对组合文库筛选具有期望的一种或多种活性的抗体来分离抗体。例如，用于产生噬菌体展示文库并对此类文库筛选拥有期望结合特征的抗体的多种方法是本领域中已知的。此类方法综述于例如Hoogenboom等，Methods in Molecular Biology，178：1-37(O’Brien等编，Human Press，Totowa，NJ，2001)，并且进一步描述于例如McCafferty等，Nature，348：552-554；Clackson等，Nature，352：624-628(1991)；Marks等，J.Mol.Biol.，222：581-597(1992)；Marks和Bradbury，Methods in Molecular Biology，248：161-175(Lo编，Human Press，Totowa，NJ，2003)；Sidhu等，J.Mol.Biol.，338(2)：299-310(2004)；Lee等，J.Mol.Biol.，340(5)：1073-1093(2004)；Fellouse，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，101(34)：12467-12472(2004)；和Lee等，J.Immunol.Methods，284(1-2)：119-132(2004)。
在某些噬菌体展示方法中，将VH和VL基因的全集分别通过聚合酶链式反应(PCRzz)克隆，并在噬菌体文库中随机重组，然后可以对所述噬菌体文库筛选抗原结合噬菌体，如描述于Winter等，Ann.Rev.Immunol.，12：433-455(1994)。噬菌体通常以单链Fv(scFv)片段或以Fab片段展示抗体片段。来自经免疫的来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体，而不需要构建杂交瘤。或者，可以(例如，自人)克隆天然全集以在没有任何免疫的情况中提供针对大范围的非自身和还有自身抗原的抗体的单一来源，如由Griffiths等，EMBO J，12：725-734(1993)描述。最后，也可以通过自干细胞克隆未重排的V基因区段，并使用含有随机序列的PCR引物编码高度可变的CDR3区并在体外实现重排来合成制备天然文库(naive library)，如由Hoogenboom和Winter，J.Mol.Biol.，227：381-388(1992)所描述。描述人抗体噬菌体文库的专利公布包括例如：美国专利No.5,750,373和美国专利公布号2005/0079574，2005/0119455，2005/0266000，2007/0117126，2007/0160598，2007/0237764，2007/0292936和2009/0002360。
认为自人抗体文库分离的抗体或抗体片段是本文中的人抗体或人抗体片段。
6.多特异性抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中，结合特异性之一针对FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4，而另一种针对任何其它抗原。在某些实施方案中，双特异性抗体可以结合FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4多肽的两个不同表位。也可以使用双特异性抗体来将细胞毒剂定位于表达多肽诸如FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4多肽的细胞。双特异性抗体可以制备为全长抗体或抗体片段。
用于制备多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两个免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(参见Milstein和Cuello，Nature，305：537(1983))，WO 93/08829，及Traunecker等，EMBO J.，10：3655(1991))和“突起-入-空穴(knob-in-hole)”工程化(参见例如，美国专利No.5,731,168)。也可以通过以下方法制备多特异性抗体：用于制备抗体Fc-异二聚体分子的工程化静电操纵效应(WO 2009/089004A1)；交联两个或更多个抗体或片段(参见例如，美国专利No.4,676,980及Brennan等，Science，229：81(1985))；使用亮氨酸拉链来产生双特异性抗体(参见例如，Kostelny等，J.Immunol.，148(5)：1547-1553(1992))；使用用于制备双特异性抗体片段的“双抗体”技术(参见例如Hollinger等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，90：6444-6448(1993))；和使用单链Fv(sFv)二聚体(参见例如Gruber等，J.Immunol.，152：5368(1994))；以及如在例如Tutt等J.Immunol.，147：60(1991)中描述的制备三特异性抗体。
本文中还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化改造抗体，包括“章鱼抗体”(参见例如US 2006/0025576A1)。
本文中的抗体或片段还包括包含结合FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4多肽及另一种不同抗原的抗原结合位点的“双重作用FAb”或“DAF”(参见例如US2008/0069820)。
7.抗体变体
a)糖基化变体
在某些实施方案中，改变本文中提供的抗体以提高或降低抗体糖基化的程度。可以通过改变氨基酸序列，使得创建或消除一个或多个糖基化位点来方便地实现对抗体的糖基化位点的添加或去除。
在抗体包含Fc区的情况中，可以改变附着于其的碳水化合物。由哺乳动物细胞产生的天然抗体通常包含分支的，双链寡糖(biantennaryoligosaccharide)，其一般通过N-键联附着于Fc区的CH2域的Asn297。参见例如，Wright等，TIBTECH，15：26-32(1997)。寡糖可以包括各种碳水化合物，例如，甘露糖，N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)，半乳糖和唾液酸，以及附着于双链寡糖结构“茎干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中，可以对抗体中的寡糖进行修饰以创建具有某些改善的特性的抗体变体。
在一个实施方案中，提供了抗体变体，其具有缺乏附着(直接或间接)于Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构。例如，此类抗体中的岩藻糖的量可以是1％至80％，1％至65％，5％至65％或20％至40％。通过相对于附着于Asn297的所有糖结构(例如，复合的，杂合的和高甘露糖的结构)的总和，计算Asn297处糖链内岩藻糖的平均量来测定岩藻糖的量，如通过MALDI-TOF质谱术测量的，例如如描述于WO 2008/077546的。Asn297指位于Fc区中的约位置297(Fc区残基的Eu编号)的天冬酰胺残基；然而，Asn297也可以由于抗体中的微小序列变化而位于位置297上游或下游约±3个氨基酸，即，在位置294和位置300之间。此类岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。参见例如，美国专利公布号US 2003/0157108(Presta,L.)；US 2004/0093621(Kyowa HakkoKogyo Co.,Ltd)。涉及“脱岩藻糖基化的”或“岩藻糖缺乏的”抗体变体的出版物的例子包括：US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等J.Mol.Biol.336：1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等Biotech.Bioeng.87：614(2004)。能够产生脱岩藻糖基化抗体的细胞系的例子包括蛋白质岩藻糖基化缺陷的Lec13 CHO细胞(Ripka等，Arch.Biochem.Biophys.，249：533-545(1986)；美国专利申请号US2003/0157108 A1，Presta,L；和WO 2004/056312 A1，Adams等，尤其在实施例11中)，和敲除细胞系，诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8敲除CHO细胞(参见例如Yamane-Ohnuki等，Biotech.Bioeng.，87：614(2004)；Kanda,Y.等，Biotech.Bioeng.，94(4)：680-688(2006)；和WO2003/085107)。
进一步提供了具有二等分型寡糖的抗体变体，例如，其中附着于抗体Fc区的双链寡糖是通过GlcNAc进行二等分的。此类抗体变体可以具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的例子描述于例如WO2003/011878(Jean-Mairet等)；美国专利No.6,602,684(Umana等)；和US2005/0123546(Umana等)。还提供了在附着于Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体描述于例如WO 1997/30087(Patel等)；WO 1998/58964(Raju,S.)；和WO1999/22764(Raju,S.)。
b)Fc区变体
在某些实施方案中，可以将一处或多处氨基酸修饰引入本文中提供的抗体的Fc区中，由此产生Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置包含氨基酸修饰(例如取代)的人Fc区序列(例如，人IgG1，IgG2，IgG3或IgG4 Fc区)。
在某些实施方案中，本发明涵盖拥有一些但不是所有效应子功能的抗体变体，所述效应子功能使其成为用于如下应用的期望候选物，其中抗体的体内半衰期是重要的，而某些效应子功能(诸如补体和ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定以确认CDC和/或ADCC活性的降低/消耗。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合测定以确保抗体缺乏FcγR结合(因此有可能缺乏ADCC活性)，但是保留FcRn结合能力。用于介导ADCC的主要细胞NK细胞仅表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI，FcγRII和FcγRIII。在Ravetch和Kinet，Annu.Rev.Immunol.，9：457-492(1991)的第464页上的表3中汇总了造血细胞上的FcR表达。评估目标分子的ADCC活性的体外测定的非限制性例子描述于美国专利No.5,500,362(参见例如Hellstrom,I等，Proc.Nat’l Acad.Sci.USA，83：7059-7063(1986))和Hellstrom,I等，Proc.Nat’l Acad.Sci.USA，82：1499-1502(1985)；5,821,337(参见Bruggemann,M等，J.Exp.Med.，166：1351-1361(1987))。或者，可以采用非放射性测定方法(参见例如用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定(Cell Technology,Inc.，Mountain View，CA；和CytoTox非放射性细胞毒性测定(Promega，Madison，WI)。对于此类测定有用的效应细胞包括外周血单核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。或者/另外，可以在体内例如在动物模型(诸如公开于Clynes等，Proc.Nat’l Acad.Sci.USA，95：652-656(1998)的动物模型)中评估目标分子的ADCC活性。也可以进行C1q结合测定以确认抗体不能结合C1q，并且因此缺乏CDC活性。参见例如，WO 2006/029879和WO2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为了评估补体激活，可以进行CDC测定(参见例如，Gazzano-Santoro等，J.Immunol.Methods，202：163(1996)；Cragg,M.S.等，Blood，101：1045-1052(2003)；和Cragg,M.S.和M.J.Glennie，Blood，103：2738-2743(2004))。也可以使用本领域中已知的方法来进行FcRn结合和体内清除/半衰期测定(参见例如，Petkova,S.B.等，Int’l.Immunol.，18(12)：1759-1769(2006))。
具有降低的效应子功能的抗体包括具有Fc区残基238，265，269，270，297，327和329中的一个或多个的取代的那些(美国专利No.6,737,056)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265，269，270，297和327中的两处或更多处具有取代的Fc突变体，包括残基265和297取代成丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利No.7,332,581)。
描述了具有改善的或降低的与FcR的结合的某些抗体变体(参见例如，美国专利No.6,737,056；WO 2004/056312，和Shields等，J.Biol.Chem.，9(2)：6591-6604(2001))。在某些实施方案中，抗体变体包含具有改善ADCC的一处或多处氨基酸取代，例如在Fc区的位置298，333和/或334(残基的EU编号)处的取代的Fc区。在一些实施方案中，对Fc区做出改变，其导致改变的(即，改善的或降低的)C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)，例如，如描述于美国专利No.6,194,551，WO 99/51642和Idusogie等，J.Immunol.，164：4178-4184(2000)。
具有延长的半衰期和改善的对新生儿Fc受体(FcRn)的结合的抗体描述于US2005/0014934A1(Hinton等)，新生儿Fc受体(FcRn)负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等，J.Immunol.，117：587(1976)和Kim等，J.Immunol.，24：249(1994))。那些抗体包含其中具有改善Fc区与FcRn结合的一处或多处取代的Fc区。此类Fc变体包括在Fc区残基238，256，265，272，286，303，305，307，311，312，317，340，356，360，362，376，378，380，382，413，424或434中的一处或多处具有取代，例如，Fc区残基434的取代的那些(美国专利No.7,371,826)。还可参见Duncan&Winter，Nature，322：738-40(1988)；美国专利No.5,648,260；美国专利No.5,624,821；和WO 94/29351(其涉及Fc区变体的其它例子)。
c)半胱氨酸工程化改造的抗体变体
在某些实施方案中，可能期望创建半胱氨酸工程化改造的抗体，例如，“thioMAb”，其中抗体的一个或多个残基用半胱氨酸残基取代。在具体的实施方案中，取代的残基存在于抗体的可接近位点。通过用半胱氨酸取代那些残基，反应性硫醇基团由此定位于抗体的可接近位点，并且可以用于将抗体与其它部分，诸如药物部分或接头-药物部分缀合，以创建免疫缀合物，如本文中进一步描述的。在某些实施方案中，可以用半胱氨酸取代下列残基中的任一个或多个：轻链的V205(Kabat编号)；重链的A118(EU编号)；和重链Fc区的S400(EU编号)。可以如例如美国专利No.7,521,541所述产生半胱氨酸工程化改造的抗体。
B.免疫缀合物
本文中还提供了包含与一种或多种细胞毒剂，诸如化疗剂或药物，生长抑制剂，毒素(例如，蛋白质毒素，细菌，真菌，植物或动物起源的酶活性毒素或其片段)或放射性同位素缀合的本文中的抗FGF19抗体，抗klotho抗体(例如抗KLB抗体)，和/或抗FGFR4抗体的免疫缀合物。
在一个实施方案中，免疫缀合物是抗体-药物缀合物(ADC)，其中抗体与一种或多种药物缀合，所述药物包括但不限于美登木素生物碱(maytansinoid)(参见美国专利No.5,208,020，5,416,064和欧洲专利EP 0425235 B1)；奥里斯他汀(auristatin)诸如单甲基奥里斯他汀药物部分DE和DF(MMAE和MMAF)(参见美国专利No.5,635,483和5,780,588以及7,498,298)；多拉司他汀(dolastatin)；加利车霉素(calicheamicin)或其衍生物(参见美国专利No.5,712,374，5,714,586，5,739,116，5,767,285，5,770,701，5,770,710，5,773,001和5,877,296；Hinman等，Cancer Res.53：3336-3342(1993)；和Lode等，Cancer Res.，58：2925-2928(1998))；蒽环类抗生素诸如道诺霉素(daunomycin)或多柔比星(doxorubicin)(参见Kratz等，CurrentMed.Chem.，13：477-523(2006)；Jeffrey等，Bioorganic&Med.Chem.Letters，16：358-362(2006)；Torgov等，Bioconj.Chem.，16：717-721(2005)；Nagy等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，97：829-834(2000)；Dubowchik等，Bioorg.&Med.Chem.Letters，12：1529-1532(2002)；King等，J.Med.Chem.，45：4336-4343(2002)；和美国专利No.6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛(vindesine)；紫杉烷(taxane)诸如多西他赛(docetaxel)，帕利他赛，拉洛他赛(larotaxel)，替司他赛(tesetaxel)和奥他赛(ortataxel)；单端孢霉烯(trichothecene)；和CC1065。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含与酶活性毒素或其片段缀合的如本文中所描述的抗体，所述酶活性毒素包括但不限于白喉A链，白喉毒素的非结合活性片段，外毒素A链(来自铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa))，蓖麻毒蛋白(ricin)A链，相思豆毒蛋白(abrin)A链，莫迪素(modeccin)A链，α-帚曲菌素(sarcin)，油桐(Aleurites fordii)蛋白，香石竹(dianthin)毒蛋白，美洲商陆(Phytolaca americana)蛋白(PAPI，PAPII和PAP-S)，苦瓜(momordica charantia)抑制剂，麻疯树毒蛋白(curcin)，巴豆毒蛋白(crotin)，肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制剂，白树毒蛋白(gelonin)，丝裂蛋白(mitogellin)，局限曲菌素(restrictocin)，酚霉素(phenomycin)，依诺霉素(enomycin)和单端孢霉烯族化合物(trichothecenes)。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含与放射性原子缀合以形成放射性缀合物的如本文中所描述的抗体。多种放射性同位素可用于产生放射性缀合物。例子包括At211，I131，I125，Y90，Re186，Re188，Sm153，Bi212，P32，Pb212和Lu的放射性同位素。在使用放射性缀合物进行检测时，它可以包含供闪烁法研究用的放射性原子，例如Tc99或I123，或供核磁共振(NMR)成像(又称为磁共振成像，MRI)用的自旋标记物，诸如再一次的碘-123，碘-131，铟-111，氟-19，碳-13，氮-15，氧-17，钆，锰或铁。
可以使用以下多种双官能蛋白质偶联剂来制备抗体和细胞毒剂的缀合物，诸如N-琥珀酰亚氨基3-(2-吡啶二硫醇)丙酸酯(SPDP)，琥珀酰亚氨基-4-(N-马来酰亚氨基甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)，亚氨基硫烷(iminothiolane，IT)，亚氨酸酯的双官能衍生物(诸如盐酸己二酰亚氨酸二甲酯)，活性酯(诸如辛二酸二琥珀酰亚氨基酯)，醛(诸如戊二醛)，双叠氮化合物(诸如双(对叠氮苯甲酰基)己二胺)，双重氮衍生物(诸如双(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺)，二异硫氰酸酯(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯)和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)。例如，可以如Vitetta等，Science，238：1098(1987)中所述制备蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰酸苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于将放射性核苷酸与抗体缀合的示例性螯合剂。参见WO94/11026。接头可以是便于在细胞中释放细胞毒性药物的“可切割接头”。例如，可使用酸不稳定接头，肽酶敏感性接头，光不稳定接头，二甲基接头或含二硫化物接头(Chari等，Cancer Res.52：127-131(1992)；美国专利No.5,208,020)。
本文中的免疫缀合物或ADC明确涵盖，但不限于用交联试剂制备的此类缀合物，所述交联试剂包括但不限于BMPS，EMCS，GMBS，HBVS，LC-SMCC，MBS，MPBH，SBAP，SIA，SIAB，SMCC，SMPB，SMPH，磺基-EMCS，磺基-GMBS，磺基-KMUS，磺基-MBS，磺基-SIAB，磺基-SMCC和磺基-SMPB以及SVSB(琥珀酰亚氨基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)，它们可商购获得(例如，来自Pierce Biotechnology,Inc.，Rockford，IL.，U.S.A)。
C.结合多肽
本文中提供FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4结合多肽，供作为FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)，在本文中描述的任何方法中使用。在一些实施方案中，FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4结合多肽是FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4结合多肽拮抗剂。FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4结合多肽拮抗剂是结合(优选特异性结合)FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4多肽的多肽。
可以使用已知的多肽合成方法学化学合成结合多肽，或者可以使用重组技术来制备和纯化结合多肽。结合多肽通常长度为至少约5个氨基酸，或者长度为至少约6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99或100个氨基酸或更多，其中这类结合多肽能结合(优选特异性结合)如本文中描述的靶物FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4多肽。使用公知的技术可以无需过多实验而鉴定出结合多肽。在此方面，注意到用于筛选多肽文库中的能够特异性结合多肽靶物的结合多肽的技术是本领域中公知的(参见，例如美国专利No.5,556,762，5,750,373，4,708,871，4,833,092，5,223,409，5,403,484，5,571,689，5,663,143；PCT公开文本No.WO 84/03506和WO84/03564；Geysen等，Proc.Nat’l.Acad.Sci.USA，81：3998-4002(1984)；Geysen等，Proc.Nat’l.Acad.Sci.USA，82：178-182(1985)；Geysen等，于Synthetic Peptides as Antigens，130-149(1986)；Geysen等，J.Immunol.Meth.，102：259-274(1987)；Schoofs等，J.Immunol.，140：611-616(1988)，Cwirla,S.E.等，1990，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，87：6378；Lowman,H.B.等，1991，Biochemistry，30：10832；Clackson,T.等，1991，Nature，352：624；Marks,J.D.等，1991，J.Mol.Biol.，222：581；Kang,A.S.等，1991，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，88：8363；及Smith,G.P.，1991，Current Opin.Biotechnol.，2：668)。
在此方面，噬菌体展示是一种公知的技术，其允许筛选较大的多肽文库以鉴定那些文库中能特异性结合靶多肽(例如FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4多肽)的成员。噬菌体展示是一种将变体多肽展示为对噬菌体颗粒表面上外壳蛋白的融合蛋白的技术(Scott,J.K.和Smith,G.P.，1990，Science，249：386)。噬菌体展示的效用在于以下事实，即可以对选择性随机化的蛋白质变体(或随机克隆的cDNA)的较大文库快速且有效地分选出那些以高亲和力结合靶分子的序列。肽(Cwirla,S.E.等，1990，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，87：6378)或蛋白质(Lowman,H.B.等，1991，Biochemistry，30：10832；Clackson,T.等，1991，Nature,352：624；Marks,J.D.等，1991，J.Mol.Biol.,222：581；Kang,A.S.等，1991，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,88：8363)文库在噬菌体上的展示已用于对成百万种多肽或寡核苷酸筛选出具有特异性结合特性的多肽或寡核苷酸(Smith,G.P.，1991，Current Opin.Biotechnol.，2：668)。分选随机突变体的噬菌体文库需要用于构建和扩增大量变体的策略，用于使用靶受体进行亲和纯化的规程，和评估结合富集结果的手段。参见美国专利No.5,223,409，5,403,484，5,571,689和5,663,143。
尽管大多数噬菌体展示方法使用丝状噬菌体，但λ样噬菌体展示系统(WO 95/34683；U.S.5,627,024)，T4噬菌体展示系统(Ren等，Gene，215：439(1998)；Zhu等，Cancer Research，58(15)：3209-3214(1998)；Jiang等，Infection&Immunity，65(11)：4770-4777(1997)；Ren等，Gene，195(2)：303-311(1997)；Ren，Protein Sci.，5：1833(1996)；Efimov等，VirusGenes，10：173(1995))和T7噬菌体展示系统(Smith和Scott，Methods inEnzymology，217：228-257(1993)；U.S.5,766,905)也是已知的。
另外的改进增强展示系统筛选肽文库中结合选择的靶分子和展示功能蛋白质的能力以及就期望特性筛选这些蛋白质的潜力。已开发出用于噬菌体展示反应的组合反应装置(WO 98/14277)，而且已将噬菌体展示文库用于分析和控制双分子相互作用(WO 98/20169；WO 98/20159)和受限制的螺旋肽的特性(WO 98/20036)。WO 97/35196描述了一种分离亲和配体的方法，其中使噬菌体展示文库与一种溶液(其中配体将结合靶分子)和第二种溶液(其中亲和配体不会结合靶分子)接触来选择性地分离结合配体。WO97/46251描述了一种生物淘选(biopanning)具有亲和力纯化抗体的随机噬菌体展示文库并分离结合噬菌体的方法，接着是使用微板孔的生物淘选过程以分离高亲和力结合噬菌体。还报告了金黄色葡萄球菌(Staphlylococcusaureus)蛋白A作为亲和标签的用途(Li等，1998，Mol Biotech.，9：187)。WO 97/47314描述了使用底物差减(subtraction)文库来区分酶特异性，其使用组合文库，可以是噬菌体展示文库。一种使用噬菌体展示来选择适用于去污剂的酶的方法记载于WO 97/09446。选择特异性结合蛋白的其他方法记载于美国专利No.5,498,538，5,432,018和WO 98/15833。
生成肽文库和筛选这些文库的方法还披露在美国专利No.5,723,286，5,432,018，5,580,717，5,427,908，5,498,530，5,770,434，5,734,018，5,698,426，5,763,192和5,723,323中。
D.结合小分子
本文中提供FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4小分子，供作为FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)在本文中描述的任何方法中使用。在一些实施方案中，FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4小分子是FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4小分子拮抗剂。
在任何小分子的一些实施方案中，FGF19拮抗剂是FGF19小分子拮抗剂。在一些实施方案中，FGF19拮抗剂是klotho(例如KLB)小分子拮抗剂。在一些实施方案中，FGF19拮抗剂是FGFR4小分子拮抗剂。
在任何小分子的一些实施方案中，小分子结合FGF19多肽。在一些实施方案中，小分子结合klotho(例如KLB)多肽。在一些实施方案中，小分子结合FGFR4。
小分子优选为除本文所定义的结合多肽或抗体以外，结合(优选特异性结合)本文所述FGF19，FGFR4，和/或klotho(例如KLB)多肽的有机分子。有机小分子可以使用已知方法学来鉴定和化学合成(参见例如PCT公开号WO 00/00823和WO 00/39585)。有机小分子的大小通常小于约2000道尔顿，或者其大小小于约1500，750，500，250或200道尔顿，其中此类能够结合(优选特异性结合)本文所述多肽的有机小分子无需过多实验就可使用公知技术来鉴定。在这点上，注意到用于对有机小分子文库筛选能够结合多肽靶物的分子的技术是本领域公知的(参见例如PCT公开No.WO00/00823和WO00/39585)。有机小分子可以是例如醛，酮，肟，腙，缩氨基脲(semicarbazone)，卡巴肼(carbazide)，伯胺，仲胺，叔胺，N-取代的肼，酰肼，醇，醚，硫醇，硫醚，二硫化物，羧酸，酯，酰胺，脲，氨基甲酸酯(carbamate)，碳酸酯(carbonate)，缩酮，硫缩酮(thioketal)，缩醛，硫缩醛，芳基卤，芳基磺酸酯(aryl sulfonate)，烃基卤(alkyl halide)，烃基磺酸酯(alkyl sulfonate)，芳香族化合物，杂环化合物，苯胺，烯烃，炔烃，二醇，氨基醇，口恶唑烷，口恶唑啉，噻唑烷，噻唑啉，烯胺，磺酰胺(sulfonamide)，环氧化物，吖丙啶(aziridine)，异氰酸酯(isocyanate)，磺酰氯，重氮化合物，酰基氯(acid chloride)等。
E.拮抗剂多核苷酸
本文中提供FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4多核苷酸，供作为FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)在本文中描述的任何方法中使用。在一些实施方案中，FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4多核苷酸是FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4多核苷酸拮抗剂。所述多核苷酸可以是反义核酸和/或核酶。反义核酸包含与FGF19，klotho(例如KLB)，和/或FGFR4基因的RNA转录物的至少一部分互补的序列。然而，尽管优选地，但不需要绝对的互补性。
在任何多核苷酸的一些实施方案中，多核苷酸结合FGF19多核苷酸。在一些实施方案中，多核苷酸特异性结合klotho(例如KLB)多核苷酸。在一些实施方案中，多核苷酸特异性结合FGFR4多核苷酸。
如本文中提到的，“与RNA的至少一部分互补”的序列指具有足够互补性，从而能够与RNA杂交，形成稳定双链体的序列；在双链反义核酸的情况中，可如此测试双链体DNA的单链，或者可测定三股螺旋形成。杂交的能力会依赖于互补性的程度和反义核酸的长度二者。一般而言，杂交的核酸越长，则仍形成稳定双链体(或三链体，作为可能的情况)的核酸可含有的与RNA的碱基错配越多。通过使用标准规程来测定杂交复合物的解链温度，本领域技术人员能确定错配的可容忍程度。
与信息的5’端，例如5’不翻译序列直至包含AUG起始密码子互补的多核苷酸应对抑制翻译最有效。然而，已显示与mRNA 3’不翻译序列互补的序列还在抑制mRNA的翻译中有效。一般参见，Wagner,R.，1994，Nature，372：333-335。如此，可在反义方法中使用与基因的5’或3’不翻译的，非编码区互补的寡核苷酸来抑制内源mRNA的翻译。与mRNA的5’不翻译区互补的多核苷酸应包括AUG起始密码子的互补体。与mRNA编码区互补的反义多核苷酸是不那么有效的翻译抑制剂，但也可依照本发明使用。不管是否设计为与mRNA的5’，3’或编码区杂交，反义核酸应至少长为6个核苷酸，且优选地是长度范围从6至约50个核苷酸的寡核苷酸。在特定的方面，寡核苷酸为至少10个核苷酸，至少17个核苷酸，至少25个核苷酸或至少50个核苷酸。
在一个实施方案中，反义核酸通过从内源序列转录胞内产生。例如，转录载体或其部分，从而产生基因的反义核酸(RNA)。这类载体将含有编码反义核酸的序列。这类载体可保持为附加体的或变为染色体整合的，只要它能转录以产生期望的反义RNA。这类载体可通过本领域中标准的重组DNA技术方法构建。载体可以是质粒，病毒或本领域中已知的其他形式，用于在脊椎动物细胞中的复制和表达。编码FGF19，FGFR4，和/或klotho(例如KLB)的序列或其片段的表达可通过本领域中已知的在脊椎动物(优选人细胞)中起作用的任何启动子。这类启动子可以是可诱导的或组成性的。这类启动子包括但不限于，SV40早期启动子区(Bernoist和Chambon，Nature，29：304-310(1981)，在Rous肉瘤病毒的3’长末端重复中含有的启动子(Yamamoto等，Cell，22：787-797(1980)，疱疹胸苷启动子(Wagner等，Proc.Nat’l.Acad.Sci.USA，78：1441-1445(1981)，金属硫蛋白基因的调控序列(Brinster等，Nature，296：39-42(1982))等。
F.抗体和结合多肽变体
在某些实施方案中，涵盖本文中提供的抗体和/或结合多肽的氨基酸序列变体。例如，可能期望改进抗体和/或结合多肽的结合亲和力和/或其他生物学特性。可通过将适宜的修饰引入编码抗体和/或结合多肽的核苷酸序列中，或通过肽合成来制备抗体和/或结合多肽的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如抗体和/或结合多肽氨基酸序列内的残基的缺失和/或插入和/或取代。可进行缺失，插入和取代的任意组合来实现最终构建体，只要最终构建体拥有期望的特征，例如靶物结合。
在某些实施方案中，提供了具有一处或多处氨基酸取代的抗体变体和/或结合多肽变体。用于取代诱变的目标位点包括HVR和FR。保守取代在表1中在“保守取代”的标题下显示。更实质的变化在表1中在“例示性取代”的标题下提供，并且如下文参照氨基酸侧链类别进一步描述的。可以将氨基酸取代引入目标抗体和/或结合多肽中，并且对产物筛选期望的活性，例如保留/改善的抗原结合，降低的免疫原性或改善的ADCC或CDC。
表1
依照共同的侧链特性，氨基酸可以如下分组：
(1)疏水性：正亮氨酸，Met，Ala，Val，Leu，Ile；
(2)中性，亲水性：Cys，Ser，Thr，Asn，Gln；
(3)酸性：Asp，Glu；
(4)碱性：His，Lys，Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly，Pro；
(6)芳香族：Trp，Tyr，Phe。
非保守取代会需要用这些类别之一的成员取代另一个类别的成员。
一类取代变体牵涉取代亲本抗体(例如人源化或人抗体)的一个或多个高变区残基。一般地，为进一步研究选择的所得变体相对于亲本抗体会具有某些生物学特性的改变(例如改进)(例如升高的亲和力，降低的免疫原性)和/或会基本上保留亲本抗体的某些生物学特性。例示性的取代变体是亲和力成熟的抗体，其可以例如使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术诸如本文中所描述的那些技术来方便地产生。简言之，使一个或多个HVR残基突变，并将变体抗体在噬菌体上展示，并对其筛选特定的生物活性(例如结合亲和力)。
可以对HVR做出变化(例如，取代)，例如以改进抗体亲和力。可以对HVR“热点(hotspot)”，即由在体细胞成熟过程期间以高频率经历突变的密码子编码的残基(参见例如，Chowdhury，Methods Mol.Biol.，207：179-196(2008))，和/或对SDR(a-CDR)作出此类变化，其中对所得的变体VH或VL测试结合亲和力。通过次级文库的构建和再选择进行的亲和力成熟已经描述于例如Hoogenboom等，Methods in Molecular Biology，178：1-37(O’Brien等编，Human Press，Totowa，NJ，2001)。在亲和力成熟的一些实施方案中，通过多种方法(例如，易错PCR，链改组或寡核苷酸指导的诱变)中的任何一种将多样性引入为成熟选择的可变基因。然后，创建次级文库。然后，筛选文库以鉴定具有期望的亲和力的任何抗体变体。另一种引入多样性的方法牵涉HVR指导的方法，其中将几个HVR残基(例如，一次4-6个残基)随机化。可以例如使用丙氨酸扫描诱变或建模来特异性鉴定参与抗原结合的HVR残基。特别地，经常靶向CDR-H3和CDR-L3。
在某些实施方案中，可以在一个或多个HVR内发生取代，插入或缺失，只要此类变化不实质性降低抗体结合抗原的能力。例如，可以对HVR做出保守变化(例如，如本文中提供的保守取代)，其不实质性降低结合亲和力。此类变化可以在HVR“热点”或SDR外部。在上文提供的变体VH和VL序列的某些实施方案中，每个HVR是未改变的，或者含有不超过1，2或3处氨基酸取代。
一种可用于鉴定抗体和/或结合多肽中可以作为诱变靶位的残基或区域的方法称作“丙氨酸扫描诱变”，如由Cunningham和Wells(1989)Science，244：1081-1085所描述的。在此方法中，鉴定残基或靶残基的组(例如，带电荷的残基诸如arg，asp，his，lys和glu)，并用中性或带负电荷的氨基酸(例如，丙氨酸或聚丙氨酸)替换以测定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可以在对初始取代表明功能敏感性的氨基酸位置引入进一步的取代。或者/另外，利用抗原-抗体复合物的晶体结构来鉴定抗体与抗原间的接触点。作为取代的候选，可以靶向或消除此类接触残基和邻近残基。可以筛选变体以确定它们是否含有期望的特性。
氨基酸序列插入包括长度范围为1个残基至含有100或更多个残基的多肽的氨基和/或羧基端融合，及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的例子包括具有N端甲硫氨酰基残基的抗体。抗体分子的其它插入变体包括抗体的N或C端与酶(例如对于ADEPT)或延长抗体的血清半衰期的多肽的融合物。
G.抗体和结合多肽衍生物
在某些实施方案中，可以进一步修饰本文中提供的抗体和/或结合多肽以含有本领域已知的且易于获得的额外非蛋白质性模块。适合于抗体和/或结合多肽衍生化的模块包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性例子包括但不限于聚乙二醇(PEG)，乙二醇/丙二醇共聚物，羧甲基纤维素，葡聚糖，聚乙烯醇，聚乙烯吡咯烷酮，聚-1,3-二氧戊环，聚-1,3,6-三噁烷，乙烯/马来酸酐共聚物，聚氨基酸(均聚物或无规共聚物)和葡聚糖或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇，丙二醇均聚物，聚环氧丙烷/环氧乙烷共聚物，聚氧乙烯化多元醇(例如，甘油)，聚乙烯醇及其混合物。由于其在水中的稳定性，聚乙二醇丙醛在生产中可能具有优势。聚合物可以是任何分子量，而且可以是分支的或不分支的。附着于抗体和/或结合多肽上的聚合物数目可以变化，而且如果附着了超过一种聚合物，那么它们可以是相同或不同的分子。一般而言，可根据下列考虑来确定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型，包括但不限于抗体和/或结合多肽要改进的具体特性或功能，抗体衍生物和/或结合多肽衍生物是否将用于指定条件下的治疗等。
在另一个实施方案中，提供了抗体和/或结合多肽与可以通过暴露于辐射选择性加热的非蛋白质性模块的缀合物。在一个实施方案中，非蛋白质性模块是碳纳米管(Kam等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，102：11600-11605(2005))。辐射可以是任何波长的，并且包括但不限于对普通细胞没有损害，但是将非蛋白质性模块加热至邻近抗体和/或结合多肽-非蛋白质性模块的细胞被杀死的温度的波长。
H.重组方法和组合物
可以使用重组方法和组合物来产生抗体和/或结合多肽，例如，如描述于美国专利No.4,816,567的。在一个实施方案中，提供了编码抗FGF19抗体，抗FGFR4抗体，和/或抗klotho抗体(例如抗KLB抗体)的分离的核酸。此类核酸可以编码包含抗体的VL的氨基酸序列和/或包含VH的氨基酸序列(例如，抗体的轻链和/或重链)。在又一个实施方案中，提供了包含此类编码抗体和/或结合多肽的核酸的一种或多种载体(例如，表达载体)。在又一实施方案中，提供了包含此类核酸的宿主细胞。在一个此类实施方案中，宿主细胞包含(例如，已经用下列载体转化)：(1)包含核酸的载体，所述核酸编码包含抗体的VL的氨基酸序列和包含抗体的VH的氨基酸序列，或(2)第一载体和第二载体，所述第一载体包含编码包含抗体的VL的氨基酸序列的核酸，所述第二载体包含编码包含抗体的VH的氨基酸序列的核酸。在一个实施方案中，宿主细胞是真核的，例如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或淋巴样细胞(例如，Y0，NS0，Sp20细胞)。在一个实施方案中，提供了制备抗体诸如抗FGF19抗体，抗FGFR4抗体，和/或抗klotho抗体(例如抗KLB抗体)和/或结合多肽的方法，其中该方法包括在适合于表达抗体和/或结合多肽的条件下培养包含编码如上文提供的抗体和/或结合多肽的核酸的宿主细胞，并且任选地，自宿主细胞(或宿主细胞培养基)回收抗体和/或多肽。
对于抗体诸如抗FGF19抗体，抗klotho抗体(例如抗KLB抗体)，抗FGFR4抗体和/或结合多肽的重组产生，将编码抗体和/或结合多肽(例如如上文所描述的)的核酸分离，并插入一种或多种载体中，以在宿主细胞中进一步克隆和/或表达。可以使用常规程序将此类核酸容易地分离并测序(例如，通过使用寡核苷酸探针来进行，所述寡核苷酸探针能够特异性结合编码抗体的重链和轻链的基因)。
用于克隆或表达载体的合适的宿主细胞包括本文中所描述的原核或真核细胞。例如，可以在细菌中产生抗体，特别是在不需要糖基化和Fc效应子功能时。对于抗体片段和多肽在细菌中的表达，参见例如，美国专利No.5,648,237，5,789,199和5,840,523(还可参见Charlton，Methods in Mol.Bio.，248卷(B.K.C.Lo编，Humana Press，Totowa，NJ，2003)，第245-254页，其描述了抗体片段在大肠杆菌中的表达)。表达后，可以将抗体在可溶性级分中自细菌细胞糊(细胞团糊)分离，并可以进一步纯化。
除原核生物外，真核微生物诸如丝状真菌或酵母是用于载体的合适克隆或表达宿主，包括其糖基化途径已经“人源化”，导致产生具有部分或完全人的糖基化模式的抗体的真菌和酵母菌株。参见Gerngross，Nat.Biotech.，22：1409-1414(2004)和Li等，Nat.Biotech.，24：210-215(2006)。
用于表达糖基化抗体和/或糖基化结合多肽的合适宿主细胞也衍生自多细胞生物体(无脊椎动物和脊椎动物)。无脊椎动物细胞的例子包括植物和昆虫细胞。已经鉴定出许多杆状病毒株，其可以与昆虫细胞一起使用，特别是用于转染草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)细胞。
也可以利用植物细胞培养物作为宿主。参见例如，美国专利No.5,959,177，6,040,498，6,420,548，7,125,978和6,417,429(其描述了用于在转基因植物中产生抗体的PLANTIBODIESTM技术)。
也可以使用脊椎动物细胞作为宿主。例如，适合于在悬浮液中生长的哺乳动物细胞系可以是有用的。有用的哺乳动物宿主细胞系的其它例子是经SV40转化的猴肾CV1系(COS-7)；人胚肾系(293或293细胞，如描述于例如Graham等，J.Gen Virol.，36：59(1977))；幼年仓鼠肾细胞(BHK)；小鼠塞托利(sertoli)细胞(TM4细胞，如描述于例如Mather，Biol.Reprod.，23：243-251(1980))；猴肾细胞(CV1)；非洲绿猴肾细胞(VERO-76)；人宫颈癌细胞(HELA)；犬肾细胞(MDCK；布法罗大鼠(buffalo rat)肝细胞(BRL 3A)；人肺细胞(W138)；人肝细胞(Hep G2)；小鼠乳腺肿瘤(MMT060562)；TRI细胞，如描述于例如Mather等，Annals N.Y.Acad.Sci.，383：44-68(1982)；MRC 5细胞；和FS4细胞。其它有用的哺乳动物宿主细胞系包括中国仓鼠卵巢(CHO)细胞，包括DHFR-CHO细胞(Urlaub等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，77：4216(1980))；和骨髓瘤细胞系诸如Y0，NS0和Sp2/0。关于适合于抗体产生和/或结合多肽产生的某些哺乳动物宿主细胞系的综述，参见例如Yazaki和Wu，Methods in Mol.Bio.，248卷(B.K.C.Lo编，HumanaPress，Totowa，NJ)，第255-268页(2003)。
尽管描述主要涉及通过培养用含有编码抗体和结合多肽的核酸的载体转化或转染的细胞来产生抗体和/或结合多肽，但当然涵盖了可采用本领域公知的备选方法来制备抗体和/或结合多肽。例如，可使用固相技术通过直接肽合成来生成适宜氨基酸序列或其部分[参见例如Stewart等，Solid-PhasePeptide Synthesis，W.H.Freeman Co.，San Francisco，CA，1969；Merrifield，J.Am.Chem.Soc.，85：2149-2154(1963)]。体外蛋白质合成可使用手工技术或通过自动化来进行。自动化合成可例如使用Applied Biosystems PeptideSynthesizer(Foster City，CA)依照制造商的说明书来完成。抗体和/或结合多肽的各个部分可分开化学合成，并使用化学或酶促方法组合以生成期望的抗体和/或结合多肽。
IV.筛选和/或鉴定具有期望功能的FGF19调控剂的方法
上文已描述了用于生成FGF19调控剂，例如FGF19拮抗剂，诸如抗体，结合多肽，和/或小分子的技术。通过本领域中已知的多种测定法，可以对本文中提供的另外的FGF19调控剂，例如FGF19拮抗剂，诸如抗体，结合多肽，小分子，和/或多核苷酸就其物理/化学特性和/或生物学活性进行鉴定，筛选或表征。
本文中提供筛选和/或鉴定FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)的方法，该FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)(A)抑制FGF19信号传导，诱导细胞周期阻滞，抑制细胞增殖，和/或促进细胞死亡和(B)具有可接受的毒性(例如临床可耐受的和/或可接受的)，所述方法包括：(a)使(i)包含一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的细胞，组织，和/或样品和(ii)参照细胞，参照组织，和/或参照样品与候选FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)接触，(b)测定(i)FGF19信号传导的水平，细胞周期阶段的分布，细胞增殖的水平，和/或细胞死亡的水平，和(ii)一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平，由此包含一种或多种生物标志物的细胞，组织，和/或样品与参照细胞，参照组织，和/或参照样品之间FGF19信号传导的水平降低，细胞周期阶段的分布不同，细胞增殖的水平降低，和/或细胞死亡的水平升高和一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平降低和/或基本相似将候选FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)鉴定为抑制FGF19信号传导，诱导癌细胞周期阻滞，抑制细胞增殖，和/或促进细胞死亡和具有可接受毒性(例如临床可耐受的和/或可接受的)的FGF19调控剂。在一些实施方案中，FGF19调控剂为FGF19拮抗剂。在一些实施方案中，细胞，组织，和/或样品为癌细胞，癌症组织，和/或癌症样品。
测定FGF19信号传导的水平的方法是本领域已知的且在本文实施例中有记载。在一些实施方案中，使用实施例中所述萤光素酶报告物测定法测定FGF19信号传导的水平。在一些实施方案中，通过将FGF19信号传导的水平降低约10，20，30，40，50，60，70，80，90，或100％任一，FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)抑制FGF19信号传导。
可通过本领域中已知的方法来评估本文描述的FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)的生长抑制作用，例如使用内源性表达或在用相应基因转染后表达FGF19，FGFR4，和klotho(例如KLB)的细胞。例如，可将适宜的肿瘤细胞系和经FGF19，FGFR4，和/或klotho(例如KLB)多肽转染的细胞用各种浓度的本文中描述的FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)处理几天(例如2-7天)并用结晶紫或MTT染色，或通过一些其它比色测定法分析。另一种测量增殖的方法将通过比较在存在或不存在本发明的抗体，结合多肽，小分子，和/或多核苷酸的情况下处理的细胞的3H-胸苷摄取。在处理后，收获细胞并在闪烁计数器中对掺入DNA的放射性量定量。适宜的阳性对照包括将选定的细胞系用已知抑制该细胞系生长的生长抑制性抗体处理。可以本领域已知的多种方式来测定肿瘤细胞的体内生长抑制。
测定细胞周期阶段的分布，细胞增殖的水平，和/或细胞死亡的水平的方法是本领域已知的。在一些实施方案中，癌细胞周期阻滞为G1中的阻滞。
在一些实施方案中，FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)会将癌细胞，癌症组织或癌症样品的体外或体内癌细胞增殖相比于未处理的癌细胞，癌症组织或癌症样品抑制约25-100％，更优选地约30-100％，甚至更优选地约50-100％或约70-100％。例如，生长抑制可在细胞培养物中FGF19调控剂浓度为约0.5μg/ml至约30μg/ml或约0.5nM至约200nM时测量，其中在肿瘤细胞暴露于FGF19候选拮抗剂后1-10天测定生长抑制。如果以约1μg/kg至约100mg/kg体重施用候选FGF19调控剂(例如候选FGF19拮抗剂)导致从候选FGF19调控剂(例如候选FGF19拮抗剂)的首次施用起约5天至3个月内(优选约5至30天内)肿瘤大小降低或肿瘤细胞增殖降低，则所述FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)是体内生长抑制性的。
为了选择诱导癌细胞死亡的FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)，可相对于参照评估由例如碘化丙啶(PI)，锥虫蓝(trypan blue)或7AAD摄取指示的膜完整性的丧失。可在补体或免疫效应器细胞缺失下实施PI摄取测定法。将表达FGF19，FGFR4，和/或klotho(例如KLB)的肿瘤细胞与单独的培养基或含有适宜FGF19调控剂的培养基一起温育。将细胞温育达3天时间段。在每种处理后，清洗细胞并等分试样到35 mm过滤器加盖的12 x 75管(1 ml每管，3个管每处理组)中以除去细胞块。然后管接收PI(10μg/ml)。可以使用流式细胞仪和CellQuest软件(BectonDickinson)来分析样品。可选择那些诱导统计学显著的细胞死亡水平(如通过PI摄取测定)的FGF19调控剂作为细胞死亡诱导性抗体，结合多肽，小分子，和/或多核苷酸。
为了筛选结合目标抗体结合的多肽上的表位或与目标抗体结合的多肽相互作用的FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)，可以实施常规的交叉阻断测定法，诸如记载于Antibodies,A Laboratory Manual，Cold Spring HarborLaboratory，Ed Harlow和David Lane(1988)的。该测定法可用于确定候选FGF19拮抗剂是否与已知抗体结合相同的位点或表位。或者/另外，可通过本领域中已知的方法实施表位作图。例如，抗体和/或结合多肽序列可诸如通过丙氨酸扫描诱变以鉴定接触残基。首先对突变抗体测试与多克隆抗体和/或结合多肽的结合以确保正确折叠。在一种不同的方法中，可在竞争测定法中使用对应于多肽不同区域的肽，使用几种候选抗体和/或多肽，或者一种候选抗体和/或结合多肽和具有已表征或已知表位的抗体。
在筛选和/或鉴定的任意方法的一些实施方案中，所述候选FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)是抗体，结合多肽，结合小分子或多核苷酸。在一些实施方案中，所述候选FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)是抗体。在一些实施方案中，所述FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)是小分子。
在一个方面，通过已知方法诸如ELISA，Western印迹，等对FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)测试它的抗原结合活性。
V.药物配制剂
通过混合具有期望纯度的此类抗体与一种或多种任选的药学上可接受的载体(Remington's Pharmaceutical Sciences，第16版，Osol,A.编(1980))以冻干制剂或水性溶液形式制备如本文中所描述的FGF19调控剂，例如FGF19拮抗剂的药物制剂。在一些实施方案中，FGF19调控剂是小分子，抗体，结合多肽和/或多核苷酸。一般地，药学上可接受的载体在所采用的剂量和浓度对接受者是无毒的，并且包括但不限于缓冲剂，诸如磷酸盐，柠檬酸盐和其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和蛋氨酸；防腐剂(诸如十八烷基二甲基苄基氯化铵；氯化六烃季铵；氯化苯甲烃铵；苄索氯铵；酚，丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烃基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清白蛋白，明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸，谷氨酰胺，天冬酰胺，组氨酸，精氨酸或赖氨酸；单糖，二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖，甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖类，诸如蔗糖，甘露醇，海藻糖或山梨醇；成盐反离子，诸如钠；金属复合物(例如Zn-蛋白质复合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如聚乙二醇(PEG)。本文中的示例性的药学上可接受的载体进一步包括间质药物分散剂诸如可溶性中性-活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP)，例如人可溶性PH-20透明质酸酶糖蛋白，诸如rHuPH20(，BaxterInternational,Inc.)。某些示例性sHASEGP及使用方法，包括rHuPH20，描述于美国专利公布号2005/0260186和2006/0104968。一方面，将sHASEGP与一种或多种另外的糖胺聚糖酶诸如软骨素酶组合。
例示性的冻干制剂描述于美国专利No.6,267,958。水性抗体制剂包括描述于美国专利No.6,171,586和WO2006/044908的那些，后一种制剂包含组氨酸-乙酸盐缓冲液。
本文中的制剂还可含有超过一种所治疗具体适应症所必需的活性成分，优选具有彼此没有不利影响的互补活性的那些。此类活性成分适于以有效用于所需目的的量而组合存在。
活性成分可包埋于例如分别通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中(例如分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)，包埋在胶体药物递送系统(例如脂质体，白蛋白微球体，微乳剂，纳米颗粒和纳米胶囊)中，或包埋在粗乳剂中。此类技术公开于Remington'sPharmaceutical Sciences，第16版，Osol,A.编(1980)中。
可以制备持续释放制剂。持续释放制剂的合适的例子包括含有FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)的固体疏水性聚合物的半透性基质，该基质为成形制品形式，例如膜或微胶囊。
用于体内施用的制剂一般是无菌的。无菌性可容易地实现，例如通过透过无菌滤膜过滤。
VI.制品
在本发明的另一方面，提供了一种制品，其含有可用于治疗，预防和/或诊断上文所描述的病症的材料。制品包含容器和容器上或与容器联合的标签或包装说明书。合适的容器包括例如瓶，小瓶，注射器，IV溶液袋等。容器可以由多种材料诸如玻璃或塑料形成。容器容纳单独或与另一种组合物组合有效治疗，预防和/或诊断病况的组合物，并且可以具有无菌存取口(例如，容器可以是具有由皮下注射针可穿过的塞子的静脉内溶液袋或小瓶)。组合物中的至少一种活性剂是本文中描述的FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)。标签或包装说明书指示组合物用于治疗选择的病况。此外，制品可以包含(a)具有其中含有的组合物的第一容器，其中组合物包含FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)；和(b)具有其中含有的组合物的第二容器，其中组合物包含另外的细胞毒性或另外的治疗性药剂。在一些实施方案中，容器上的标签指示组合物可用于基于一种或胆汁酸的水平治疗个体。
在一些实施方案中，所述制品包含容器，所述容器上的标签和所述容器内含有的组合物；其中所述组合物包含一种或多种试剂(例如结合一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的一抗，或针对本文所述一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的探针和/或引物)，指示该组合物可用于评估样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的存在的容器上的标签，和用于使用所述试剂来评估样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的存在的说明书。所述制品可进一步包括一套用于制备样品和利用试剂的说明书和材料。在一些实施方案中，所述制品可以包含试剂如一抗和二抗两者，其中二抗缀合于一种标记物，例如酶标记物。在一些实施方案中，所述制品包含针对本文所述一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的一种或多种探针和/或引物。
在任意制品的一些实施方案中，所述FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)是抗体，结合多肽，小分子，或多核苷酸。在一些实施方案中，所述抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中，所述抗体是人的，人源化的或嵌合的抗体。
在此实施方案中的制品可以进一步包含包装插页，其指示组合物可用于治疗特定的状况。或者/另外，制品可以进一步包含第二(或第三)容器，其包含药学上可接受的缓冲液，诸如抑菌性注射用水(BWFI)，磷酸盐缓冲盐水，林格氏(Ringer’s)溶液和右旋糖溶液。它可以进一步包含从商业和用户观点看期望的其它材料，包括其它缓冲液，稀释剂，滤器，针和注射器。
制品中的其它任选成分包括一种或多种缓冲液(例如封闭缓冲液，清洗缓冲液，底物缓冲液等)，其它试剂如可以被酶标记物化学改变的底物(例如色原)，表位修复液，对照样品(阳性和/或阴性对照)，对照载玻片等。
应当理解，任何上述制品可包括本文描述的免疫缀合物来代替或补充FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂)。
VII.实施例
以下是本发明方法和组合物的实施例。理解根据上文提供的一般描述，可实践各种其他实施方案。
材料和方法
在猕猴中进行的体内研究。
使用完全人源化的抗FGF19抗体，其显示以高亲和力(Kd＝118 pM)结合huFGF19且有效阻断FGF19结合FGFR4。由于抗FGF19对人和猕猴FGF19相似的结合亲和力(数据未显示)，而且因为小鼠只表达FGF15(FGF19的一种直向同系物)，认为猕猴是对于评估安全性而言最适宜的动物模型。在2-3岁、重～3kg的健康的、未处理猕猴中进行毒理学研究。将动物随机化分入五组(3/性别/组)，并作为IV推注服用媒介(20 mM乙酸组氨酸，8％海藻糖二水合物(trehalose dehydrate)，0.02％聚山梨酯20，pH 5.5)或3，10，30和100mg/kg抗FGF19(每只动物)，每两周施用一次，持续8周(共5剂)。评估标准临床观察，体重，临床化学/血液学分析，和解剖病理学参数(包括器官重量，总体病理学，和组织病理学)。在预定的和非预定的尸检自所有动物收集肝和回肠组织样品并在液氮中快速冷冻，供RNA分析用。在研究第14天自每个组中的两只动物收集粪样品并贮存于-20℃。通过GC-MS分析遵循先前记载的规程测量粪胆汁酸(Daggy BP等，1997，J Lipid Res，38(3)：491-502)。使用质谱术来鉴定在GC-MS分析中检测到的所有胆汁酸。自所有各种胆汁酸的总和确定总胆汁酸输出，并且自这些浓度，如先前所述确定对胆酸和鹅去氧胆酸途径的贡献(Setchell KD等，1987，Clin Chim Acta，162：257-75)。进一步量化鉴定为阳性的胆汁酸并如先前所述将胆汁酸的浓度标准化至μg/g净重量(Setchell KDR等，1983，J Lipid Res，24：1085-100)。
肝细胞毒性测定法。
冷冻保存的原代猕猴肝细胞购自CellzDirect(Durham，NC)并依照供应商的说明书以0.6 x 106个细胞/孔以0.1 mL分配到胶原I包被板中。将细胞温育过夜，之后一式三份添加测试材料并再温育48小时。由于这种抗体在啮齿动物中是非结合性的，因此使用来自在小鼠中施用嵌合抗体的PK数据基于计算机模拟来选择剂量浓度(1.6-100μg/mL)。他莫昔芬(100μM)充当阳性对照且使用同种型对照抗体(gp120，Genentech Inc.，CA)(100μg/mL)作为阴性对照。在温育结束时，通过使用CellTiter-GloTM发光细胞存活力测定试剂盒和相关方案(Promega；Madison，WI)测量ATP水平来评估细胞存活力。
使用猕猴肝细胞夹心式培养物进行的肝细胞胆汁酸转运研究。
自CellzDirect Inc.(Durham，NC)获得新鲜分离的猴肝细胞，分配到6孔板中，覆盖MatrigelTM。使用B-Clear TechnologyTM(Qualyst Inc.，NC)在猕猴肝细胞中使用d8-牛磺酸盐作为探针底物评估胆汁酸摄取和流出。将细胞培养物用抗FGF19抗体或同种型对照抗体(100μg/mL)任一处理6和24小时。在温育期结束时在无钙缓冲液中测定内源胆汁酸(牛磺酸盐，TCA：甘氨胆汁酸，GCA；牛磺鹅去氧胆酸，TCDCA，甘氨鹅去氧胆酸，GCDCA)的总质量并在含钙缓冲液中测定摄取和排泄的化合物的总质量，使用LC/MS/MS并针对用稳定同位素等同物(d8-TCA，d4-GCA，d4-TCDCA，或d4-GCDCA)绘制的标准曲线量化。将d8-牛磺酸盐的所有质量值标准化至毫克蛋白质。如先前所述计算胆汁分泌指数和体外胆汁清除(Liu X.等.1999.Drug MetabDispos 27(6)：637-44)。
使用透孔系统进行的肠上皮细胞(Caco-2)通透性研究。
Caco-2人腺癌细胞系和Eagle氏极限必需培养基(EMEM)购自ATCC(美国典型培养物保藏中心，Rockville，MD)。在透孔插件(0.4μm孔径，Corning，NY)上以1.5x105个细胞/mL的密度接种Caco-2细胞并培养23天，每周3次更换培养基。在第23天，在通透性实验之前，将细胞用同种型对照抗体(100μg/mL)，FGF19(gp120，Genentech Inc.，CA)(500 ng/mL)，抗FGF19(100μg/mL)，DCA(Sigma-Aldrich，St.Louis，MO)(50μM)或DCA(50μM)加抗FGF19(100μg/mL)任一处理24小时。将单层在转运缓冲液(HBSS，含10mM HEPES，pH 7.4)中于37℃平衡30分钟并使用伏特-欧姆表和STX-2电极测量每个孔的跨上皮电阻[TEER(Ωcm2)，膜面积1.12 cm2]。以顶端至基底外侧(A-B)方向评估萤光黄(LY)，和牛磺酸盐的通透性。转运剂量溶液由转运缓冲液，测试化合物，和100μM单层完整性标志物LY组成。接受孔由转运缓冲液组成。使用下述方程计算牛磺酸盐和LY(Papp)的表观通透性：其中dQ/dt为接受隔室中化合物出现的速率，C0为提供隔室中的浓度且A为插件的表面积。使用M5多模式读板仪(Molecular Devices，Sunnyvale，CA)(Ex＝425 nm，Em＝515 nm)量化LY。在配有1200系列泵和脱气装置(Agilent Technologies，Santa Clara，CA)，AriaLX2(Thermo Fisher Scientific，Inc.，Waltham，MA)和Leap HTS PAL自动取样器的API4000(Applied Biosystems，Foster City，CA)上对样品分析化合物。流动相由含0.1％甲酸的水(流动相A)和含0.1％甲酸的乙腈(流动相B)组成。将所有样品注射到Synergi Hydro-RP柱(Phenomenex，Torrance，CA)上并使用多重反应监测(MRM)模式进行分析。使用1.4.2版Analystr软件加工质谱仪数据。
基因表达分析。
使用RNeasy试剂盒(Qiagen Inc.，Valencia，CA)在柱(Qiagen Inc.，Valencia，CA)上遵循制造商的方案自媒介或抗FGF19处理的猴的肝和回肠样品，原代猕猴肝细胞培养物和Caco-2细胞培养物分离总RNA和进行DNA酶处理。使用ND-1000分光光度计(Nanodrop Products，Wilmington，DE)测定RNA浓度。实施定量RT-PCR以测定受FGF19和胆汁酸调节的基因mRNA的相对丰度。自Applied Biosystems(Foster City，CA)获得针对Cyp7α1，BSEP，NTCP，OAT2，MRP2，MPR3，ASBT，IBABP，OSTα，OSTβ，FGF19和60s核糖体蛋白L19，(RPL19，内部对照)的人特异性引物和荧光探针。使用Taqman一步式RT-PCR大师级混合物(ABI)在实时Mx-3000Xp热循环仪(Stratagene，La Jolla，CA)上实施扩增反应。一式三份运行每份样品并将感兴趣基因的结果针对RPL19持家基因标准化。
统计分析。
使用Student氏双尾t检验及Welch氏修正在两个组之间比较数据。认为P值<0.05是统计学显著的。
实施例1–体内猕猴研究发现
10-100 mg/kg组中在临床上观察到的与抗FGF19单剂施用有关的主要毒性为严重腹泻，食物消耗低和体重降低，其导致两只动物非预定的安乐死(表1)。最终，由于较差的临床状况，在一剂之后对10-100 mg/kg组中的所有动物处以安乐死。给予3 mg/kg的动物在研究的头两周期间只有轻微的临床体征和最低限度的对临床病理学参数的影响，因此总共五剂的剂量给药日程表对于这组中的所有动物保持完整。低剂量动物中的唯一测试物品相关临床体征为周期性不成形或液体粪和食物消耗降低，体重没有显著变化(表1)。
表1：用媒介(0)或3-100mg/kg抗FGF19抗体处理的猕猴中液体/不成形粪，食物消耗(第1-16天)的发生率和体重变化；(*报告为脱水；M：雄性，F：雌性)。
在用10，30和100 mg/kg抗FGF19处理的组间在天冬氨酸氨基转移酶(AST)，丙氨酸转氨酶(ALT)，总胆汁酸(TBA)和总胆红素水平(TBIL)中观察到实质性的剂量相关升高(分别为图1A-1D)。在它们的最高水平，AST，ALT，和TBA的均值活性与对照动物相比分别升高21-30倍，13-27倍，和2-4倍。3mg/kg治疗组显示血清AST(2-3倍)和血清TBA(1倍)最低限度至轻微的升高，及血清ALT轻微至中等的升高(3-6倍)，它们没有随着后续剂变成逐渐更差(图1A-1C)。虽然升高的ALT和TBA活性与肝细胞损伤和/或功能障碍一致，但是在大多数动物中没有观察到相应的组织病理学变化。只有两只经历非预定安乐死的动物具有轻微至显著的肝细胞单细胞坏死(数据未显示)。在组织病理学上检测来自所有研究动物的胃，十二指肠，和回肠的切片并认为在正常限度内，指示腹泻和脱水大概是这些动物中死亡和病态的主要原因。基于集合数据，认为单剂10，30和100 mg/kg是不可耐受的。因此，为了当前研究的目的，我们分析了来自仅媒介和高剂量(100 mg/kg)组的组织样品，试图更好地理解抗FGF19的毒性的机制。而且，基于临床体征的严重性和肝酶升高的程度，抗FGF19表现出在雌性中比在雄性中更具毒性。有趣的是，在FGF19转基因小鼠中肝细胞癌的发生率中报告了性别影响中的相似观察结果，然而不清楚这一结果的原因(Nicholes K.等.2002.Am JPathol 160(6)：2295-307)。
实施例2–来自抗FGF19处理的猕猴的粪胆汁酸分析
高浓度的胆汁酸(>0.5g/24h)进入大肠能刺激水分泌和肠运动，而且引起慢性水性腹泻(Hofmann AF，1967，Gastroenterology，52(4)：752-7)。由于用抗FGF19处理的动物显示升高的血清胆汁酸水平，伴有严重腹泻，因此接下来评估粪中是否因吸收不良而存在过量的胆汁酸。根据所有粪胆汁酸的GC-MS分析(Setchell KDR等，1983，J Lipid Res，24：1085-100)，在高剂量抗FGF19处理组中观察到绝对粪胆汁酸浓度中与对照组相比的实质性升高(p值<0.0001)。对阳性鉴定的胆汁酸概况的进一步表征显示次级胆汁酸(LCA(CDCA的衍生物)和DCA)的存在的升高趋势，及3α,12α-羟基-5β-胆烷酸的显著较大升高(二者均为CA的衍生物，所有p值<0.05)(图2A-2D)。
实施例3–抗FGF19处理对原代猕猴肝细胞的影响
因为临床化学发现指示升高的血清AST和ALT水平，所以首先确定抗FGF19是否会引起直接肝细胞细胞毒性，这通过以不同浓度(1.56-100μg/mL)用抗FGF19处理原代猴肝细胞持续直至48小时来进行。在研究的所有浓度在处理和非处理细胞之间没有观察到ATP水平的显著变化(数据未显示)。这些发现提示抗FGF19对原代猴肝细胞没有直接细胞毒性。
实施例4–猕猴肝中和原代肝细胞培养物中抗FGF19处理对受FGF19和胆汁酸调节的基因表达的影响
与用媒介处理的对照相比，在以100 mg/kg用抗FGF19处理的猴的肝组织中观察到Cyp7α1(>4倍)，BSEP(>2倍)，MRP2(>1.6倍)，和MRP3(>1.3倍)(所有p值<0.05)基因表达水平中的显著升高(图3A-3D)。相反，NTCP(降低8％)，OAT2(降低35％)和MRP4(降低64.9％，p值<0.04)表达水平适度降低(图3E-3G)。在原代猴肝细胞培养物中，与对照相比，抗FGF19(100μg/ml，24 h)在CYP7α1(>11倍)，BSEP(>9倍)(二者p值<0.05)，MRP2(>1.1倍)，MRP3(>1.5倍，p值<0.05)基因的表达水平中引起相似升高(图4A-4D)，而且在NTCP表达中只引起较小降低(图4F)。
实施例5–肝细胞中抗FGF19处理对胆汁酸转运功能的影响
与同种型对照相比，将猴肝细胞用抗FGF19处理6和24小时引起胆汁酸摄取和流出最低限度的变化，如通过在钙存在和缺失下内源胆汁酸(牛磺酸盐，TCA；甘氨胆汁酸，GCA；牛磺鹅去氧胆酸，TCDCA；甘氨鹅去氧胆酸，GCDCA)的总质量测定的(表2)。在24小时时观察到BEI中的一些降低，但是因高变异性不是统计学显著的(表3)。
表2：猴肝细胞中抗FGF19(100μg/mL)对胆汁酸摄取和流出的影响。使用LS/MS/MS量化在钙存在和缺失下积累的内源胆汁酸(TCA，GCA，TCDCA，和GCDCA)。所有数据为％同种型对照的均值±标准偏差；n＝3。
表3：猴肝细胞中与抗FGF19(100μg/mL)一起温育后内源胆汁酸(TCA，GCA，TCDCA，和GCDCA)的胆汁分泌指数(BEI)(在材料和方法中详述)。所有数据为％同种型对照的均值±标准偏差；n＝3。
温育时间 TCA GCA TDCA GDCA
6小时 173±146 110±67.2 127±30.9 102±23.0
24小时 65.2±41.1 79.6±41.9 79.9±15.6 79.3±23.7
实施例6–猕猴回肠和人肠上皮细胞(Caco-2)中抗FGF19处理对胆汁酸转运蛋白基因表达的影响
来自100mg/kg抗FGF19处理动物的回肠组织样品显示与对照相比升高的Ost-α(>2.7倍)，Ost-β(>2.3倍)，和IBABP(>2.7倍)mRNA表达水平，但是变化因对照组中的高变异性不是统计学显著的(图5A-5C)。为了进一步确认这些升高是否是由于抗FGF19的直接影响或来自抗FGF19诱导的胆汁酸的间接影响，我们评估了用抗FGF19(100μg/mL，24小时)或DCA(50μM，24小时)任一处理后Caco-2细胞培养物中的选定溶质转运蛋白基因表达。在Caco-2细胞中，抗FGF19抗体处理没有引起这些溶质转运蛋白的mRNA表达的任何显著变化，而DCA处理显著提高IBABP(>30倍，p值<0.0001)，Ost-α(2倍，p值<0.0015)，和Ost-β(1.3倍，p值<0.05)表达，与在体内观察到的相似(图6A-6C)，指示在回肠组织中观察到的变化很可能是由升高的胆汁酸驱动的，而且可能不是抗FGF19抗体的直接影响。另外，抗FGF19处理在体内和在体外引起ASBT mRNA表达水平的适度降低(图5D和6D)。
实施例7–抗FGF19处理对肠上皮细胞(Caco-2)膜通透性和转运功能的影响
用FGF19蛋白(500 ng/ml，24 h)预处理Caco-2单层没有改变牛磺酸盐摄取或膜通透性。然而，在体外抗FGF19(100μg/mL，24 h)处理大大损害牛磺酸盐摄取(与对照相比降低～64％，p值<0.002)，而且用DCA(50μM，24 h)处理观察到相似影响(与对照相比降低～80％，p值<0.001)。因为已经显示胆汁酸在肠上皮(LS174T)细胞中诱导FGF19表达(Wistuba W等，2007，World J Gastroenterol，13(31)：4230-5)，所以我们确定DCA是否经由诱导FGF19来间接影响Caco-2转运功能及这种影响是否可通过用抗FGF19预处理细胞来削弱。用DCA(50μM，24 h)处理Caco-2细胞显著诱导FGF19 mRNA表达(图7A，p值<0.001)；然而，抗FGF19(100μg/ml，24 h)预处理仅仅部分挽救DCA介导的牛磺酸盐摄取降低(与DCA相比～30％回收)(图7B)。总之，DCA抑制回肠上皮细胞缀合的胆汁酸(牛磺酸盐)摄取，通过直接和部分经由诱导回肠上皮细胞FGF19表达两种方式进行。
成纤维细胞生长因子19(FGF19)在体外和在体内阻抑胆固醇7α-羟化酶(Cyp7α1)且抑制胆汁酸合成。先前的研究显示抗FGF19抗体处理降低结肠肿瘤异种移植物生长且预防肝细胞癌(在FGF19转基因小鼠中)，因此可能是有用的癌症靶物。在一项在猕猴中进行的重复剂量安全性研究中，抗FGF19处理(3-100 mg/kg)表现出剂量相关肝毒性，伴有严重的腹泻和食物消耗低。使用体外和体内办法调查抗FGF19毒性的机制。结果显示抗FGF19抗体对猴肝细胞没有直接细胞毒性效应。如预期的，抗FGF19在来自经处理猴的肝组织中和在原代肝细胞中不仅提高Cyp7α1，而且还提高胆汁酸流出转运蛋白基因(BSEP，MRP2，MRP3)表达且降低NTCP和OAT2表达。另外，抗FGF19处理在来自经处理猴的回肠组织中提高溶质转运蛋白基因(IBABP，OST-α，OST-β)表达，但是在Caco-2细胞中不然。然而，去氧胆酸(DCA：一种次级胆汁酸)在Caco-2细胞中提高FGF19和这些溶质转运蛋白基因的表达。对猴粪的GC-MS分析显示总胆汁酸和胆酸衍生物的升高。这些发现提示高剂量的抗FGF19提高Cyp7α1表达和胆汁酸合成且改变胆汁转运蛋白表达(肝中)，导致胆汁酸流出增强和摄取降低。胆汁酸升高在回肠中改变溶质转运蛋白表达，引起腹泻和胆汁酸肠肝再循环增强，导致肝毒性。
已知包括吸收，分配，代谢，和排泄在内的多种进程影响药物的药动学，药效学和毒性。在本研究中，剂量>3mg/kg的抗FGF19抗体处理在猕猴中引起肝毒性，如通过血清肝酶和胆红素升高证明的。处理的其它不利影响包括急性腹泻，食物消耗低和病态。研究提示这些影响涉及胆汁酸代谢失调和胆汁酸再吸收受损(回肠中)。
FGF15和β-klotho敲除小鼠显示升高的肝Cyp7α1 mRNA和粪胆汁酸排泄(Inagaki T等，2005，Cell Metab，2(4)：217-25；Ito S等，2005，J Clin Invest，115(8)：2202-8；Wu X等，2007，J Biol Chem，282(40)：29069-7)，而且已经在具有高胆固醇血，早熟胆石疾病和早熟动脉粥样硬化的患者中鉴定出Cyp7α1基因中的突变(Pullinger CR等，2002，J Clin Invest，110(1)：109-17)，提示胆汁酸对Cyp7α1转录的负反馈阻抑对于维持胆汁酸和胆固醇稳态是至关重要的。本文中的数据显示猴的抗FGF19处理组中升高的Cyp7α1肝表达和升高的血清和粪胆汁酸。另外，抗FGF19处理后原代猴肝细胞中升高的Cyp7α1表达进一步显示抗FGF19直接影响Cyp7α1且导致这些动物中升高的胆汁酸合成。
胆汁酸的肠肝循环主要由肝和肠中表达的特定转运蛋白的机能来驱动，而且改变可促成血清胆汁酸升高。人和猕猴间50种主要转运蛋白基因的表达概况显示器官特异性表达没有差异且显示转运蛋白基因的保守性(Bleasby K等，2006，Xenobiotica，36(10-11)：963-88)。虽然胆汁酸穿过肝细胞基底外侧膜的转运很大程度是由NTCP以及OATP介导的，但是胆汁酸流出经由MRP3和MRP4发生(补偿作用)。ATP结合盒转运蛋白，BSEP和MRP2介导胆汁酸分泌穿过小管膜，在远端回肠中经由ASBT被动或主动吸收。认为高水平的胆汁酸对BSEP的诱导和对NTCP基因表达的阻抑是对疏水性胆汁酸在肝细胞中的积累的适应性反应(Anwer MS，2004，Hepatology，39(3)：581-90；Arrese M和Ananthanarayanan M，2004，Pflugers Arch，449(2)：123-31)。显示在体内和在体外抑制FGF19导致NTCP和OATP表达水平降低及BSEP，MRP2和MRP3表达实质性提高的当前数据提示肝中的胆汁酸转运改变。而且，体内影响在体外重现，提示体外原代肝细胞模型是抗FGF19效果的合理模型。不幸的是，胆汁酸转运蛋白基因的变化在我们的肝细胞夹心式培养物模型中没有转化成显著功能影响，这可能是由于在该模型中观察到的高变异性。
IBABP推动胆汁酸穿过肠细胞内腔面的胞内转运，而Ost-α和Ost-β推动来自肠细胞的转运以再进入门血从而完成肠肝循环(Alrefai WA和Gill RK，2007，Pharm Res，24(10)：1803-23)。在来自用抗FGF19处理、具有腹泻的猴的回肠组织中观察到升高的IBABP和Ost-α表达。另外，在胆汁酸处理的肠上皮细胞(Caco-2)中观察到升高的IBABP和Ost-α表达，指示与回肠中胆汁酸吸收一致的变化。而且，显示DCA在Caco-2细胞中提高FGF19表达且降低牛磺酸盐摄取的数据符合先前显示胆汁酸在肠上皮细胞中直接上调FGF19且降低跨上皮电阻(TEER)的研究(Hughes R等，2008，Nutr Cancer，60(2)：259-66；Raimondi F等，2008，Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol，294(4)：G906-13)。有趣的是，在当前的研究中，用DCA和抗FGF19共处理Caco-2单层仅仅部分挽救DCA介导的牛磺酸盐摄取降低，指示DCA介导的转运功能降低可能不是完全依赖于FGF19。数项显示胆汁酸调节回肠转运蛋白基因(诸如ASBT，IBABP，Ostα和Ostβ)且显示它们在小肠中的胆汁酸转运和稳态中的重要性的研究与显示在体内和在体外回肠转运蛋白表达响应胆汁酸而改变的数据一致(Ballatori N等，2008，Am J Physiol GastrointestLiver Physiol，295(1)：G179-G186；Dawson PA等，2003，J Biol Chem，278(36)：33920-7；Dawson PA等，2005，J Biol Chem，280(8)：6960-8；Lee H等，2006，J Lipid Res，47(1)：201-14；Nakahara M等，2005，J BiolChem，280(51)：42283-9；Rao A等，2008，Proc Natl Acad Sci USA，105(10)：3891-6)。
鹅去氧胆酸(CDCA)和胆酸(CA)是胆汁酸合成途径的直接产物，称作原代胆汁酸，在缀合和脱羟基后产生主要的次级胆汁酸，分别为LCA和DCA(Lefebvre P等，2009，Physiol Rev，89：147-91)。在正常条件下，大多数次级胆汁酸在回肠中主动再吸收，而且非吸收的小级分在粪中排泄。虽然总粪胆汁酸排泄反映稳定状态条件下肝的胆汁酸合成的度量，但是已经将升高的粪胆汁酸排泄与改变的回肠转运蛋白和肠肝循环关联起来(LefebvreP等，2009，Physiol Rev，89：147-91)。数据显示粪胆汁酸组成中与用抗FGF19处理的动物中回肠转运蛋白基因表达有关的变化指示肠肝循环扰乱。另外，已经显示过量粪胆汁酸的导泻作用是与胆汁酸吸收不良(表现为慢性水性腹泻和脂肪泻)有关的数种临床背景中的根本原因之一(Westergaard H，2007，Curr Treat Options Gastroenterol，10(1)：28-33)。在实施例中，粪胆汁酸的表征显示包括DCA和异石胆酸在内的胆酸代谢物升高，它们是高度导泻的(Hofmann AF，1977，The J Infect Dis，135，Supplement，S126-32)，而且可解释在抗FGF19处理的猴中观察到的腹泻。虽然另一项研究显示具有胆汁酸吸收不良的患者具有降低的血清FGF19(Walters JR等，2009，ClinGastroenterol Hepatol，7(11)：1189-94)，但是这是第一项显示抗体介导的FGF19抑制引起胆汁酸合成升高的研究，而且随后的吸收不良找到了依据。
总之，图8中图示的发现显示在体外和在体内用抗FGF19抑制FGF19使Cyp7α1调节脱阻抑且提高胆汁酸合成，而且还改变肝的胆汁酸转运蛋白表达。结果是，升高的血清胆汁酸随后改变肠中的胆汁酸转运蛋白表达，导致肠肝循环扰乱及腹泻和肝毒性形成。这项研究第一个证明非人灵长动物中与胆汁酸稳态的这种相关性，作为中靶效应的结果。
虽然出于清楚理解的目的，前述发明已经作为例示和例子相当详细地进行了描述，但是说明书和实施例不应解释为限制本发明的范围。本文中引用的所有专利和科学参考文献的公开内容明确地通过提述完整并入本文中。

Claims (45)

1.一种用于在个体中治疗疾病或病症的方法，其包括对个体施用有效量的FGF19调控剂并在FGF19调控剂治疗期间评估来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平(例如与参照比较)。
2.一种在个体中治疗疾病或病症的方法，其包括对个体施用有效量的FGF19调控剂，其中治疗基于来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平(例如与参照比较)。
3.一种用于在个体中治疗疾病或病症的方法，该方法包括：确定来自个体的样品包含基本正常水平或降低水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)，并对个体施用有效量的FGF19调控剂，由此治疗疾病或病症。
4.一种治疗疾病或病症的方法，其包括：(a)选择具有疾病或病症的个体，其中该个体在来自个体的样品中包含基本正常水平或降低水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)；并(b)对如此选择的个体施用有效量的FGF19调控剂，由此治疗疾病或病症。
5.一种鉴定更加或不太可能因包含FGF19调控剂的治疗而展现好处的个体的方法，该方法包括：测定来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平，其中样品中降低水平和/或基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)指示个体更加可能因包含FGF19调控剂的治疗而展现好处，或者升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)指示个体不太可能因包含FGF19调控剂的治疗而展现好处。
6.一种用于预测具有疾病或病症的个体是否更加或不太可能形成针对包含FGF19调控剂的治疗的毒性的方法，该方法包括测定来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平，由此升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)指示个体更加可能形成针对包含FGF19调控剂的治疗的毒性，而且降低水平和/或基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)指示个体不太可能形成针对包含FGF19调控剂的治疗的毒性。
7.权利要求6的方法，其中该毒性为腹泻(例如严重腹泻)，脱水，食物消耗低，体重降低，和/或病态。
8.一种确定具有疾病或病症的个体是否应当继续或中断包含FGF19调控剂的治疗的方法，该方法包括测量来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平，其中升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)确定个体应当中断包含FGF19调控剂的治疗，而且降低水平和/或基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)确定个体应当继续包含FGF19调控剂的治疗。
9.一种基于来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平鉴定个体为更加可能适合或不太可能适合继续治疗的方法，其中治疗包含FGF19调控剂，其中升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)鉴定个体为不太可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗，而且降低水平和/或基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)鉴定个体为更加可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗。
10.一种在具有疾病或病症、经历治疗的个体中优化治疗功效和/或降低与疾病或病症治疗有关的毒性的方法，其包括：测定来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平，其中升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物指示需要降低随后施用于个体的FGF19调控剂的量和/或频率。
11.一种基于来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平鉴定具有疾病或病症的个体为更加可能适合或不太可能适合继续治疗的剂和/或剂量日程表(dose and/or dosage schedule)的方法，其中治疗包含FGF19调控剂，其中升高水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)鉴定个体为不太可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗的剂和/或剂量日程表，而且降低水平和/或基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)鉴定个体为更加可能适合继续包含FGF19调控剂的治疗的剂和/或剂量日程表。
12.一种用于在接受FGF19调控剂的个体中优化剂功效(dose efficacy)的测定方法，该方法包括：(a)测定来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平；(b)基于胆汁酸代谢生物标志物的水平推荐FGF19调控剂的后续剂。
13.一种评估个体会形成针对FGF19调控剂的毒性的风险的测定方法，该方法包括：(a)测定来自个体的样品中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平；(b)基于一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平评估个体会形成针对FGF19调控剂的毒性的风险。
14.权利要求5-13任一项的方法，其中该方法进一步包括施用有效量的FGF19调控剂(例如对具有降低水平和/或基本正常水平的一种或多种胆汁酸代谢生物标志物(例如与参照比较)的个体)。
15.权利要求1-14任一项的方法，其中该胆汁酸代谢生物标志物为肝酶。
16.权利要求15的方法，其中该肝酶为血清肝酶。
17.权利要求1-14任一项的方法，其中该胆汁酸代谢生物标志物为胆汁酸。
18.权利要求17的方法，其中该胆汁酸为总胆汁酸。
19.权利要求17的方法，其中该胆汁酸为疏水性胆汁酸。
20.权利要求17的方法，其中该胆汁酸为次级胆汁酸。
21.权利要求20的方法，其中该次级胆汁酸为石胆酸。
22.权利要求20的方法，其中该次级胆汁酸为去氧胆酸。
23.权利要求1-14任一项的方法，其中该胆汁酸代谢生物标志物为天冬氨酸氨基转移酶(AST)，丙氨酸转氨酶(ALT)，γ谷氨酰转肽酶(GGT)，α-L-岩藻糖苷酶(AFU)，腺苷脱氨酶(ADA)，胆碱酯酶活性(CHE)，甲胎蛋白(AFP)，和/或总胆红素水平(TBIL)。
24.权利要求1-14任一项的方法，其中该胆汁酸代谢生物标志物为Cyp7α1，BSEP，MRP2，MRP3，Ost-α，Ost-β，和/或IBABP。
25.权利要求1-24任一项的方法，其中该胆汁酸代谢生物标志物升高超过约1.1倍，约1.5倍，约2倍，约2.5倍，约3倍，约4倍，约5倍，约10倍，约15倍，和/或约20倍。
26.权利要求1-25任一项的方法，其中该参照为健康个体和/或健康个体群体中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的平均水平(例如其中该水平是通过相似和/或相同方法测量的)。
27.权利要求1-25任一项的方法，其中该参照为具有疾病或病症的第二个体和/或具有疾病或病症的个体群体中一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的平均水平(例如其中该水平是通过相似和/或相同方法测量的)。
28.权利要求1-27任一项的方法，其中该参照为开始FGF19调控剂治疗之前和/或开始FGF19调控剂治疗之时一种或多种胆汁酸代谢生物标志物的水平。
29.权利要求1-28任一项的方法，其中该样品为血清样品和/或粪样品。
30.权利要求1-29任一项的方法，其中该FGF19调控剂为FGF19拮抗剂。
31.权利要求30的方法，其中该FGF19拮抗剂抑制和/或结合FGF19，FGFR4，和/或klotho(例如KLB)。
32.权利要求30-31任一项的方法，其中该FGF19拮抗剂为抗体，结合多肽，小分子，和/或多核苷酸。
33.权利要求30的方法，其中该FGF19拮抗剂为抗FGF19抗体。
34.权利要求32-33任一项的方法，其中该抗体为单克隆抗体。
35.权利要求32-34任一项的方法，其中该抗体为人抗体，人源化抗体，或嵌合抗体。
36.权利要求33-35任一项的方法，其中该抗FGF19抗体包含：(i)轻链，该轻链包含(a)包含氨基酸序列KASQDINSFLA(SEQ ID NO：1)或KASQDINSFLS(SEQ ID NO：7)的高变区(HVR)-L1，(b)包含氨基酸序列RANRLVD(SEQ ID NO：2)，RANRLVS(SEQ ID NO：8)，或RANRLVE(SEQ ID NO：9)的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列LQYDEFPLT(SEQ ID NO：3)的HVR-L3；和(ii)重链，该重链包含(a)包含氨基酸序列GFSLTTYGVH(SEQ ID NO：4)的HVR-H1，(b)包含氨基酸序列GVIWPGGGTDYNAAFIS(SEQ ID NO：5)的HVR-H2，和(c)包含氨基酸序列VRKEYANLYAMDY(SEQ ID NO：6)的HVR-H3。
37.权利要求36的方法，其中HVR-L2包含氨基酸序列RANRLVD(SEQ IDNO：2)。
38.权利要求36的方法，其中HVR-L2包含氨基酸序列RANRLVS(SEQ IDNO：8)。
39.权利要求36的方法，其中HVR-L2包含氨基酸序列RANRLVE(SEQ IDNO：9)。
40.权利要求36-39任一项的方法，其中HVR-L1包含氨基酸序列KASQDINSFLA(SEQ ID NO：1)。
41.权利要求36-39任一项的方法，其中HVR-L1包含氨基酸序列KASQDINSFLS(SEQ ID NO：7)。
42.权利要求32-41任一项的方法，其中该抗体包含(i)人Κ亚组1共有框架序列，或(ii)重链人亚组III共有框架序列。
43.权利要求1-42任一项的方法，其中FGF19调控剂(例如FGF19拮抗剂，例如抗FGF19抗体)为大于或等于3 mg/kg(例如大于或等于约10 mg/kg，约30 mg/kg，和/或约100 mg/kg和/或约10-100 mg/kg)的剂量。
44.权利要求1-43任一项的方法，其中该疾病或病症为增殖性疾病或病症。
45.权利要求44的方法，其中该增殖性疾病或病症为癌症。
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