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CN114787388A - 用于洋葱中降低的丙酮酸水平性状的分子标记物 - Google Patents

用于洋葱中降低的丙酮酸水平性状的分子标记物 Download PDF

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CN114787388A CN202080083025.6A CN202080083025A CN114787388A CN 114787388 A CN114787388 A CN 114787388A CN 202080083025 A CN202080083025 A CN 202080083025A CN 114787388 A CN114787388 A CN 114787388A
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Abstract

本发明涉及用于确定洋葱(Allium cepa)植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在或不存在的遗传标记物，其中所述标记物选自与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物、与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物和位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物。本发明还涉及本发明的标记物用于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在或不存在的用途。本发明还涉及用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法，包括确定所述植物或植物部分中本发明的一种或多种标记物的存在或不存在。本发明涉及分离的核酸和本文提供的核苷酸序列用于洋葱植物或植物部分的标记物辅助选择的用途。

Description

用于洋葱中降低的丙酮酸水平性状的分子标记物
技术领域
本发明涉及植物育种领域。本发明提供了用于确定洋葱(Allium cepa)植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个数量性状基因座(QTL)的存在或不存在的遗传标记物，其中所述标记物选自：与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物、与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物以及与位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物。本发明还涉及本发明的标记物用于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在或不存在的用途。本发明还涉及用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法，包括确定所述植物或植物部分中本发明的一种或多种标记物的存在或不存在。本发明涉及分离的核酸和本文提供的核苷酸序列用于洋葱植物或植物部分的标记物辅助选择的用途。
背景技术
洋葱植物被认为起源于西亚或中亚。在欧洲，它从青铜时代就已经为人所知了。洋葱植物的球茎——“洋葱头”——被用于许多菜肴中，享有非常健康的声誉。植物育种一直专注于产量、外观、可收获性、可储存性、风味和含量，因为洋葱含有多种对健康具有有益效果的化合物。这些化合物中的一些在新鲜食用洋葱时最有效，其浓度通常与洋葱的固体水平有关。温和且甜到足以无需烹饪即可食用的高固体含量洋葱可在饮食中提供更多促进健康的化合物。
辛辣味(pungency)是典型的洋葱风味或味道，由洋葱细胞被切割或损伤时，酶蒜氨酸酶将含硫风味前体烷(烯)基-L-半胱氨酸-亚砜(ACSO)转化为硫代磺酸酯而引起。测量该酶促过程的副产物丙酮酸(pyruvate)或丙酮酸(pyruvic acid)作为辛辣味的指标(Schwimmer and Weston 1961,J.of Agric.Food Chem.9:301-4)。产生的丙酮酸的量与品尝小组确定的洋葱辛辣味直接相关(Schwimmer and Guadagni,1962,J.Food Sc.27:94-97)。
辛辣味是一个重要的商业性状，因为消费者喜欢低辛辣味和甜味的新鲜洋葱。辛辣味掩盖了糖的甜味，糖作为水溶性固体或碳水化合物的一部分存在于洋葱中。辛辣味受到土壤或植物营养物中硫的存在与否的强烈影响(Randle 1992,Euphytica 59:151-156和Randle and Bussard 1993,J.Amer.Soc.Hort.Sci.118:766-770)，但也有明确的遗传成分，如Lin(1995,J.Americ.Soc.Hort.Sci.120:119-122)、Simon(1995,Euphytica 82:1-8)、Wall et al.(1996,Euphytica 87:133-139)和Wall and Corgan(1999,Euphytica106:7-13)中所示。
根据一些报告(Shock et al.2004:“Pungency of Selected Onion VarietiesBefore and After Storage”,Oregon State University,Malheur Experiment StationSpecial Report 1055:45-46)，辛辣味在储存期间可能会显著增加。因此，需要在收获时具有降低的辛辣味，并且其中在储存期间辛辣味不会显著增加的洋葱。特别地，需要储存至少约2、3、4、5、6、7、8个月或更多个月后具有降低的辛辣味的洋葱。特别地，长日型洋葱可以储存，而短日型洋葱通常在短暂储存后或不储存即食用。特别需要辛辣味降低的长日型洋葱，其中辛辣味在储存期间不增加，反而在储存期间保持不变或降低(与收获时的水平相比)，即与收获时的水平相比，在储存至少约2、3、4、5、6、7、8个月或更多个月后更低。因此，“储存期间的降低”是指特定储存期后(例如储存约2、3、4、5、6、7、8个月或更多个月后)的水平低于收获时的水平。
以前已经记载了产生具有降低的辛辣味的洋葱球茎的洋葱植物。WO2007011857A2记载了包含具有低辛辣味的球茎的长日型洋葱植物。WO 2009/092560 A1记载了能够生产洋葱球茎的长日型洋葱植物，其包含增加的可溶性固体含量和降低的辛辣味。EP 2 992756 A1记载了其中蒜氨酸酶基因表达降低的洋葱植物，其中当洋葱细胞破碎时产生的辛辣味和催泪成分的量降低。具有降低的辛辣味的洋葱品种的一个常见问题是，在辛辣味特征方面可能存在降低的连贯性。针对此的一个原因是，通常存在由环境相互作用导致的较大的基因型，这很难通过表型选择进行遗传固定。进一步加剧这一问题的是，洋葱育种系在被“聚集”并作为一个种群而不是通过适当的单个种子维持之前，通常是被近交至F4或F5水平。这导致最高达12.5％的残余杂合性水平。因此，发现洋葱株系在目的性状的遗传基因座(包括控制辛辣味性状的基因座)发生分离。据此，用于确定降低的辛辣味等位基因的存在的可靠遗传标记物的开发尚未成功。有了洋葱植物辛辣味性状的分子标记物，有可能通过在育种系中固定这些基因座来增加低辛辣味系的遗传稳定性，从而在所得洋葱品种中产生更连贯的辛辣味特征。可靠的分子标记物的可获得性将进一步允许加快新的低辛辣味品种的育种，因为与更费力的丙酮酸表型筛选相比，可以用分子标记物筛选更多的单个植物。
发明内容
在本发明中，提供了一种用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法，包括确定一种或多种标记物的存在或不存在，所述标记物适于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在，其中所述标记物选自：与位于2号染色体上的标记物isotig30225_1454和标记物isotig32865_1404之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，与位于1号染色体上的标记物isotig32772_1413和标记物isotig33099_885之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物；以及与位于7号染色体上的标记物isotig28625_2789和标记物isotig41937_218之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物。在本发明上下文中鉴定的SNP标记物的顺序可以来源于下文提供的表7。
本文还提供了一种分离的核酸，其包含选自以下的核苷酸序列：SEQ ID NO:1或其由包含SEQ ID NO:1的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:3或其由包含SEQ ID NO:3的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:5或其由包含SEQ ID NO:5的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:7或其由包含SEQID NO:7的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:9或其由包含SEQ IDNO:9的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:11或其由包含SEQ ID NO:11的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:13或其由包含SEQ ID NO:13的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:15或其由包含SEQ ID NO:15的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:17或其由包含SEQ ID NO:17的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:19或其由包含SEQ ID NO:19的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:21或其由包含SEQ ID NO:21的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:23或其由包含SEQ ID NO:23的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:25或其由包含SEQ ID NO:25的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:27或其由包含SEQ ID NO:27的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:29或其由包含SEQ ID NO:29的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:31或其由包含SEQ ID NO:31的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:33或其由包含SEQ ID NO:33的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:35或其由包含SEQ ID NO:35的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:37或其由包含SEQ ID NO:37的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:39或其由包含SEQ ID NO:39的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:41或其由包含SEQ ID NO:41的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:43或其由包含SEQ ID NO:43的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:45或其由包含SEQ ID NO:45的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:47或其由包含SEQ ID NO:47的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；和SEQ ID NO:49或其由包含SEQ ID NO:49的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段，或包含其互补核苷酸序列。
本文还提供了选自SEQ ID NO:1-50或其片段的一个或多个核苷酸序列用于洋葱植物或植物部分的标记物辅助选择的用途，其中所述片段由至少15个核苷酸组成，所述核苷酸包含选自SEQ ID NO:1-50的所述核苷酸序列的第51位核苷酸，或所述一个或多个核苷酸序列的互补序列。
本文还提供了用于鉴定产生具有降低的丙酮酸水平的球茎的洋葱植物的标记物，所述标记物包含一种或多种选自以下的SNP：SNP_01，其在2号染色体上的SEQ ID NO:1的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:1具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_02，其在2号染色体上的SEQ ID NO:3的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:3具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_03，其在2号染色体上的SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:5具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_04，其在2号染色体上的SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_05，其在1号染色体上的SEQ ID NO:9的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:9具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_06，其在1号染色体上的SEQ ID NO:11的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:11具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_07，其在1号染色体上的SEQ ID NO:13的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:13具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_08，其在1号染色体上的SEQ ID NO:15的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:15具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_09，其在7号染色体上的SEQ ID NO:17的第51位核苷酸处或在与SEQ IDNO:17具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_10，其在7号染色体上的SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_11，其在2号染色体上的SEQ IDNO:21的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_12，其在2号染色体上的SEQ ID NO:23的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:23具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_13，其在2号染色体上的SEQ ID NO:25的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:25具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_14，其在2号染色体上的SEQ ID NO:27的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:27具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_15，其在2号染色体上的SEQ ID NO:29的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:29具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_16，其在1号染色体上的SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_17，其在1号染色体上的SEQ ID NO:33的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:33具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_18，其在1号染色体上的SEQ ID NO:35的第51位核苷酸处或在与SEQ IDNO:35具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_19，其在1号染色体上的SEQ ID NO:37的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:37具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_20，其在1号染色体上的SEQ IDNO:39的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_21，其在1号染色体上的SEQ ID NO:41的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:41具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_22，其在7号染色体上的SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_23，其在7号染色体上的SEQ ID NO:45的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:45具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_24，其在7号染色体上的SEQ ID NO:47的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:47具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；以及SNP_25，其在7号染色体上的SEQ ID NO:49的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:49具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤。
序列表简述
SEQ ID NO:1显示SNP_01的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:2显示SNP_01的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:3显示SNP_02的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:4显示SNP_02的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:5显示SNP_03的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:6显示SNP_03的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:7显示SNP_04的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:8显示SNP_04的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:9显示SNP_05的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:10显示SNP_05的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:11显示SNP_06的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:12显示SNP_06的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:13显示SNP_07的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:14显示SNP_07的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:15显示SNP_08的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:16显示SNP_08的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:17显示SNP_09的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:18显示SNP_09的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:19显示SNP_10的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:20显示SNP_10的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:21显示SNP_11的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:22显示SNP_11的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:23显示SNP_12的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:24显示SNP_12的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:25显示SNP_13的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:26显示SNP_13的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:27显示SNP_14的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:28显示SNP_14的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:29显示SNP_15的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:30显示SNP_15的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:31显示SNP_16的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:32显示SNP_16的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:33显示SNP_17的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:34显示SNP_17的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:35显示SNP_18的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:36显示SNP_18的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:37显示SNP_19的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:38显示SNP_19的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:39显示SNP_20的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:40显示SNP_20的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:41显示SNP_21的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:42显示SNP_21的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:43显示SNP_22的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:44显示SNP_22的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:45显示SNP_23的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:46显示SNP_23的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:47显示SNP_24的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:48显示SNP_24的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:49显示SNP_25的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:50显示SNP_25的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:51显示isotig30225_1454的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:52显示isotig30225_1454的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:53显示isotig32865_1404的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:54显示isotig32865_1404的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:55显示isotig32772_1413的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:56显示isotig32772_1413的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:57显示isotig33099_885的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:58显示isotig33099_885的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:59显示isotig28625_2789的降低的辛辣味基因型。
SEQ ID NO:60显示isotig28625_2789的高辛辣味基因型。
SEQ ID NO:61显示isotig41937_218的降低的辛辣性基因型。
SEQ ID NO:62显示isotig41937_218的高辛辣味基因型。
具体实施方式
一般定义
术语“基因组”涉及生物体的遗传物质。它由DNA组成。基因组包括基因和DNA的非编码序列。
术语“遗传决定簇”涉及植物基因组中引起植物特定性状的遗传信息。因此，遗传决定簇包含赋予某一性状的遗传信息(基因或基因座或基因渗入)。一般而言，遗传决定簇可以包含单个基因(或一个数量性状基因座(QTL))或一个以上的基因。
“表型”是植物的可观察到的外部和/或生理外观，这是其基因型与其环境相互作用的结果。它包括所有可观察到的形态和生理特征，因此包括表型，如辛辣味、PAD测量值和洋葱球茎的可溶性固体含量。
本申请上下文中的“性状”一词是指植物的表型。当植物表现出本发明的性状时，其基因组包含至少一个与本发明的性状相关的降低的辛辣味等位基因，特别是在本发明中，当降低的辛辣味等位基因是纯合形式时。因此，该植物具有本发明的遗传决定簇。应当理解，当提及包含本发明植物的性状的植物时，是指包含本文进一步记载的降低的辛辣味的性状的洋葱植物。
“基因型”是植物的可遗传的遗传信息的总和，部分受环境因素的影响，其在表型中表现。
如本文所用，“洋葱植物”或“洋葱”是植物物种洋葱(Allium cepa L.)的植物或其部分，例如(收获的)球茎、种子等。“球茎”是所述植物的收获的可食用的部分。洋葱球茎可以是正在发育的或成熟的。本文优选成熟的球茎，其是准备收获或已收获的球茎。
当光照(日长)为至少约14个连续小时或更长时，例如至少约14、15或16小时，“长日型”洋葱植物将开始形成球茎。优选地，提供这种连续的光照(每天数小时)2、4、7、14、21、25或更多天以开始形成球茎。
“储存条件”和“储存”包括用于储存(优选新鲜的)洋葱的典型条件，例如黑暗、冷的温度(如本文所用，冷的温度是指优选低于12℃，例如约3-12℃，3-10℃，5-10℃或约3-5℃，优选约3、4或5摄氏度)和约60-80％，优选约70-80％，最优选约70％的相对湿度(RH)。同样优选的是受控通风。
“可溶性固体”或“可溶性固体含量”(本文为“SSC”)是根据Mann and Hoyle,1945(Proc.Americ.Soc.Hort.Sci.46:285-292)或Foskett and Peterson,1949(Proc.Americ.Soc.Hort.Sci.55:314-318)的方法用折射计测量的洋葱球茎中水溶性化合物的百分比(％)。
“高SSC”在本文中是指代表性数量的洋葱球茎(例如，至少5、6、10、15、20、30、40、50、50、60、70、80、90或更多个球茎)的平均SSC为至少7.0％或7.5％，或甚至至少8％、9％、10％、11％、12％、15％、20％、25％、30％或更多。因此，本文包括的平均SSC为7.0-30％、7.5-30％或甚至7.0-20％、8.0-20％、7.0-15％、8.0-15％、7.0-10％等。
“辛辣味”是当洋葱球茎组织因粉碎而崩解时洋葱的典型强烈味道。优选根据Schwimmer and Weston(1961,J.of Agric.Food Chemistry9:301-304)的方法测量丙酮酸的酶促发展来确定辛辣味，这与测试小组的味道感知密切相关(Schwimmer 1962,J.FoodSci.27:94-97；Wall and Corgan,1992,Hort.Science 27:1029-1030)。或者，可使用Anthon and Barrett(2003)Science of Food and Agriculture(83)1210-1213中所记载的比色法测量丙酮酸(pyruvic acid)(其也称为丙酮酸(pyruvate))。辛辣味表示为每克鲜重球茎材料的μMol(微摩尔，本文也为μM或μmol)的丙酮酸(μMol/g FW)。本文也称为“PAD测量值”(来自丙酮酸发生的PAD)或“丙酮酸测量值”或“丙酮酸水平”。
因此，本文所用的术语“降低的辛辣味”是指与参考品种的辛辣味水平相比时降低的辛辣味水平。优选地，降低的辛辣味水平对应于降低到使得降低的辛辣味水平对应于低辛辣味水平的程度的辛辣味水平。“低辛辣味”在本文中是指代表性数量的(成熟的)洋葱球茎(例如，至少约5、8、10、15、20、30、40、50、50、60、70、80、90个或更多个球茎)的平均辛辣味小于5.5μMol/g FW丙酮酸，或甚至小于5.0、4.5、4.0μMol/g FW丙酮酸，等于或小于3.8或3.75μMol/g FW丙酮酸，或等于或小于3.5、3.0、2.5、2.3、2.0、1.8、1.5或1.3μMol/g FW丙酮酸，通过PAD测量值确定。本文中的“高辛辣味”是指代表性数量的(成熟的)洋葱球茎的平均辛辣味水平高于本文中定义的低辛辣味水平，优选大于5.5μMol/g FW丙酮酸，或甚至大于6.0、6.5或7.0μMol/g FW丙酮酸。可以在收获时和/或2、3、4、5、6、7、8个月或更多个月的储存后测量辛辣味。
“窄辛辣味范围”是指从一个植物株系获得的多个球茎的单个球茎之间的辛辣味差异较窄，即最辛辣的球茎(最大值)和最不辛辣的球茎(最小值)的辛辣味水平相差优选地小于或最多5μMol/g FW丙酮酸，更优选小于或最多4μMol/g FW丙酮酸或者小于或最多3.5μMol/g FW丙酮酸，更优选小于或最多3.0、2.5、2.0、1.5或1.0μMol/g FW丙酮酸。优选地，(植物产生的最辛辣的球茎的)最大辛辣味等于或小于5μMol/g FW丙酮酸，优选等于或小于4.9、4.8、4.75、4.7、4.5、4.0或3.8、3.7、3.5或3.0μMol/g FW丙酮酸。优选地，(即植物产生的最不辛辣的球茎的)最小辛辣味水平等于或小于3.0、2.5，更优选地等于或低于2.0、1.3或1.2μMol/g FW丙酮酸。因此，植物株系内辛辣味的优选范围是所有球茎具有0(最小)至5(最大)μMol/g FW丙酮酸，优选1(最小)至5(最大)μMol/g FW丙酮酸，更优选1(最小)至4(最大)μMol/g FW丙酮酸的辛辣味。此外，在本发明的一个实施方案中，所有球茎都具有0(最小)至5(最大)μMol/g FW丙酮酸，优选1(最小)至5(最大)μMol/g FW丙酮酸，更优选1或1.2(最小)至4.9、4.8、4.7或4.5(最大)μMol/g FW丙酮酸，更优选1(最小)至4(最大)μMol/g FW丙酮酸的辛辣味。对消费者而言，窄辛辣味范围是一个重要质量特征。它可以在收获时和/或优选在一定储存时间后(例如至少约2、3、4、5、6、7、8个月或更多个月的储存后)进行测量。
“高辛辣味等位基因”在本文中是指与本文进一步定义的高辛辣味性状相关的等位基因。在一个实施方案中，高辛辣味等位基因是野生型等位基因。
“降低的辛辣味等位基因”在本文中是指与本文进一步定义的降低的辛辣味性状相关的等位基因。在一个实施方案中，降低的辛辣味等位基因是突变等位基因。
“野生型植物”在本文中是指产生具有本文所定义的高辛辣味的球茎的洋葱种的植物。这种植物例如是表型研究中的合适对照，特别是如果所述对照植物具有与经受表型测试的植物(例如低辛辣味植物)相同的遗传背景。
“长期储存”在本文中是指至少2、3、4、5、6、7个月或更多个月的储存长度。优选地，在储存期间，即当将收获时(或收获后不久)的平均辛辣味和/或SSC与2、3、4、5、6、7个月或更多个月的储存后的辛辣味和/或SSC水平进行比较时，辛辣味没有显著增加和/或SSC没有显著降低。“辛辣味无显著增加”在本文中是指与收获时(或收获后不久)的测量值相比，储存期后辛辣味测量值(即丙酮酸)增加小于10％，更优选小于5％，甚至更优选小于3％、2％或1％，更优选完全没有增加，并且在一个实施方案中辛辣味降低。“SSC无显著降低”在本文中是指与收获时(或收获后不久)的SSC水平相比，在储存期后SSC水平降低小于5％、4％、3％或2％，优选小于1％或0.5％，更优选不变。在一个实施方案中，储存2、3、4、5、6、7个月或更多个月后的平均SSC水平为收获时水平的至少约80％、85％、87％、88％、89％、90％、95％、98％，更优选为收获时水平的至少约100％或101％、102％、103％、105％或更多。
遗传决定簇可以以隐性方式、中间方式或显性方式遗传。当涉及中间或显性遗传时，表型性状的选择更容易，因为杂交后代的较大部分揭示了该性状。一般而言，遗传决定簇也可以包含隐性和/或中间和/或显性基因或QTL的组合。
遗传决定簇(例如，降低的辛辣味等位基因)的选择可以在表型(可以观察到的性状)上进行。也可以通过使用分子基因分型方法进行选择，例如一种或多种与降低的辛辣味等位基因遗传连锁的分子标记物，或者优选使用基因或等位基因序列本身，例如通过能够区分降低的辛辣味等位基因和野生型等位基因或其产物(例如由等位基因编码的mRNA或蛋白质)的存在的分子方法。在育种中使用分子基因分型方法(如使用遗传连锁标记物时的“标记物辅助选择”，或其他基因分型方法，如SNP基因分型)需要较小的种群进行筛选(与表型选择相比)，并且可以在很早的阶段进行。分子基因分型方法的另一个优点是可以容易地区分没有本文所述任何高辛辣味等位基因的拷贝的纯合植物或种子与具有一个或多个所述高辛辣味等位基因的一个或多个拷贝的植物，这甚至可以在种子发芽之前或在早期植物发育中进行，例如在洋葱球茎发育之前。
“植物株系”或“育种株系”是指植物及其后代。如本文所用，术语“近交株系”是指已经重复自交并且对于每个特征几乎是纯合的植物株系。因此，“近交株系”或“亲本株系”是指已经经历了几个(例如，至少4、5、6、7个或更多个)近交世代的植物，产生具有高一致性的植物株系。
术语“等位基因”是指特定基因座的DNA序列的一种或多种替代形式中的任何一种，所有这些等位基因都与特定基因座的一种性状或特征相关。在生物体的二倍体细胞中，给定基因的等位基因位于染色体上的特定位置或基因座(多个基因座)。一个等位基因存在于该对同源染色体的每条染色体上。二倍体植物物种可在特定基因座处包含大量不同的等位基因。这些可是基因的相同等位基因(纯合子)或两个不同的等位基因(杂合子)。
术语“基因座”(多个基因座)是指染色体上的一个或多个特定位置或位点，例如发现基因或遗传标记物的位置或位点。因此，本文所述的降低的辛辣味基因座是洋葱植物基因组中发现降低的辛辣味等位基因的位置。
本文所用的术语“连锁群”被定义为在单个DNA分子(染色体)上物理连锁在一起的一组基因座，并且比根据独立分配定律所预期的更经常地一起传递给后代。在本发明中，鉴定了八个连锁群。优选地，本文所用的八个连锁群中的每一个对应于洋葱基因组的八条染色体之一。优选地，本文使用的术语“3号连锁群”对应于(洋葱的)3号染色体。优选地，本文使用的术语“4号连锁群”对应于(洋葱的)1号染色体。优选地，本文使用的术语“6号连锁群”对应于(洋葱的)7号染色体。
术语“基因”是指(基因组)DNA序列，其包含在细胞中被转录成信使RNA分子(mRNA)的区域(转录区域)和可操作地连接的调控区域(例如启动子)。因此，基因可以包含几个可操作地连接的序列，例如启动子、包含例如翻译起始中涉及的序列的5’前导序列、(蛋白质)编码区(cDNA或基因组DNA)和包含例如转录终止位点的3’非翻译序列。因此，基因的不同等位基因是基因的不同替代形式，其形式可以是例如基因组DNA序列(例如启动子序列、外显子序列、内含子序列等)的一个或多个核苷酸，mRNA和/或编码蛋白的氨基酸序列的差异。基因可以是内源基因(在起源物种中)或嵌合基因(例如转基因或顺式基因)。基因序列的“启动子”被定义为启动特定基因转录的DNA区域。启动子位于它们转录的基因附近，在同一条链上且在DNA的上游。启动子可以是大约100-1000个碱基对长。在一个方面，启动子被定义为由基因编码的蛋白质的起始密码子(即ATG)上游的约1000个碱基对或更多(例如约1500或2000个碱基对)的区域。
“转基因”或“嵌合基因”是指包含DNA序列(如重组基因)的遗传基因座，其已通过转化(如农杆菌(Agrobacterium)介导的转化)导入植物基因组。包含稳定整合到其基因组中的转基因的植物被称为“转基因植物”。
“基因的表达”是指这样的过程，其中可操作地连接到适当调控区域(特别是启动子)的DNA区域被转录成具有生物学活性的RNA，即其能够被翻译成具有生物活性的蛋白质或肽(或活性肽片段)或其本身具有活性(例如在转录后基因沉默或RNAi中)。编码序列可以是有义方向的，并编码所需的具有生物活性的蛋白质或肽，或活性肽片段。
“数量性状基因座”或“QTL”是编码影响连续分布(数量)表型的表现度的一个或多个等位基因的染色体基因座。
同一染色体上基因座之间(例如分子标记物之间和/或表型标记物之间)的“物理距离”为实际物理距离，其用碱基或碱基对(bp)、千碱基或千碱基对(kb)或者兆碱基或兆碱基对(Mb)表示。
通过交叉频率或重组频率(RF)来测量同一染色体上基因座之间(如分子标记物之间和/或表型标记物之间)的“遗传距离”，以厘摩根(cM)表示。一个cM对应于1％的重组频率。如果没有发现重组体，则RF为零，并且所述基因座在物理上非常紧密地在一起或它们是相同的。两个基因座的相距越远，RF越高。
“基因渗入片段”或“基因渗入区段”或“基因渗入区域”是指已经通过杂交或传统育种技术(例如回交)被引入到相同或近缘物种的另一个植物中的染色体片段(或染色体部分或区域)，即基因渗入片段是用动词“去基因渗入”表示的育种方法(例如回交)的结果。应理解术语“基因渗入片段”从不包括整条染色体，而只包括染色体的一部分。所述基因渗入片段可以是大的，例如甚至是染色体的四分之三或一半，但优选较小，例如约15Mb或更小，例如约10Mb或更小，约9Mb或更小，约8Mb或更小，约7Mb或更小，约6Mb或更小，约5Mb或更小，约4Mb或更小，约3Mb或更小，约2.5Mb或2Mb或更小，约1Mb(等于1,000,000个碱基对)或更小，或约0.5Mb(等于500,000个碱基对)或更小，例如约200,000bp(等于200个千碱基对)或更小，约100,000bp(100kb)或更小，约50,000bp(50kb)或更小，约25,000bp(25kb)或更小。
术语“同基因植物”是指除了本发明的降低的辛辣味等位基因之外遗传上相同的两种植物。为了研究降低的辛辣味性状的影响，可以将目的植物株系(或品种)与包含降低的辛辣味等位基因降低的辛辣味性状的植物杂交，并选择表达所需性状的后代。任选地，可能必须自交后代一次或多次，以能够确定植物表型中降低的辛辣味性状的遗传决定簇。然后，所述后代可以与目的植物株系(或品种)回交(至少2次，例如3、4次，或优选5或6次)，同时选择与目的植物株系(或品种)具有相同表型并表达降低的辛辣味性状的遗传决定簇的后代。然后可以在目的植物株系(品种)及其不包含降低的辛辣味性状的遗传决定簇的同基因株系之间比较降低的辛辣味的影响。
术语“核酸”、“核酸序列”、“核酸分子”或“多核苷酸”可互换使用，是指单链或双链形式的DNA或RNA分子，特别是编码本发明蛋白质或蛋白质片段的DNA。“分离的核酸”是指不再处于从其中分离出它的天然环境中的核酸，例如细菌宿主细胞中或植物细胞核或质体基因组中的核酸。
术语“蛋白质”、“肽序列”、“氨基酸序列”或“多肽”可互换使用，是指由氨基酸链组成的分子，而不涉及特定的作用模式、大小、三维结构或来源。因此，蛋白质的“片段”或“部分”仍然可以称为“蛋白质”。“分离的蛋白质”用于指不再处于其天然环境中的蛋白质，例如在体外或在重组细菌或植物宿主细胞中。
“活性蛋白”或“功能蛋白”是具有体外(例如通过体外活性测定)和/或体内(例如通过蛋白质所赋予的表型)可测量的蛋白质活性的蛋白质。“野生型”蛋白质是一种全功能蛋白质，存在于野生型植物中。“突变蛋白”在本文中是在编码该蛋白质的核酸序列中包含一个或多个突变的蛋白质，其中所述突变导致(该突变核酸分子编码)具有改变的活性的蛋白质，优选具有降低的活性的蛋白质，最优选不具有活性的蛋白质。
如本文所述的蛋白质的“功能衍生物”是该蛋白质的片段、变体、类似物或化学衍生物，其保留至少一部分活性或与特异性针对该突变蛋白的抗体的免疫交叉反应性。
突变蛋白的片段是指分子的任何子集。
变体肽可以通过直接化学合成来制备，例如，使用本领域熟知的方法。
突变蛋白的类似物是指与整个蛋白质或其片段基本相似的非天然蛋白质。
核酸分子中的“突变”是与野生型序列相比一个或多个核苷酸的变化，例如通过替换、缺失或插入一个或多个核苷酸。
组成蛋白质的氨基酸分子中的“突变”是与野生型序列相比一个或多个氨基酸的变化，例如通过替换、缺失或插入一个或多个氨基酸。这种蛋白质也被称为“突变蛋白”。
“点突变”是指单个核苷酸的替换，或单个核苷酸的插入或缺失。
“无义突变”是编码蛋白质的核酸序列中的(点)突变，其中核酸分子中的密码子被改变为终止密码子。这导致mRNA中存在提前终止密码子，并导致翻译截短的蛋白。截短的蛋白质可能具有降低的功能或功能丧失。
“错义或非同义突变”是编码蛋白质的核酸序列中的(点)突变，其中密码子被改变以编码不同的氨基酸。产生的蛋白质可能具有降低的功能或功能丧失。
“剪接位点突变”是编码蛋白质的核酸序列中的突变，其中前mRNA的RNA剪接被改变，导致具有与野生型不同的核苷酸序列的mRNA和具有与野生型不同的氨基酸序列的蛋白质。产生的蛋白质可能具有降低的功能或功能丧失。
“移码突变”是指编码蛋白质的核酸序列中的突变，通过该突变改变mRNA的阅读框，产生不同的氨基酸序列。产生的蛋白质可能具有降低的功能或功能丧失。
本发明上下文中的“缺失”应指与相应野生型序列的核酸序列相比，给定核酸序列中缺少至少一个核苷酸的任何地方，或者与相应(野生型)序列的氨基酸序列相比，给定氨基酸序列中缺少至少一个氨基酸的任何地方。
“截短”应理解为意指与相应野生型序列的核酸序列相比，核苷酸序列的3’端或5’端处缺少至少一个核苷酸，或与相应野生型蛋白质的氨基酸序列相比，蛋白质的N端或C端处缺少至少一个氨基酸，其中在3’端或C端截短中，至少5’端的第一个核苷酸或N端的第一个氨基酸分别仍然存在，并且在5’端或N端截短中，至少3’端的最后一个核苷酸或C端的最后一个氨基酸分别仍然存在。5’端由相应野生型核酸序列翻译中用作起始密码子的ATG密码子确定。
“替换”应指与相应的野生型核酸序列或相应的野生型氨基酸序列相比，核酸序列中的至少一个核苷酸或蛋白质序列中的一个氨基酸由于相应蛋白质的编码序列中的核苷酸的交换而分别不同。
“插入”应指与相应的野生型核酸序列或相应的野生型氨基酸序列相比，蛋白质的核酸序列或氨基酸序列分别包含至少一个额外的核苷酸或氨基酸。
本发明上下文中的“提前终止密码子”是指终止密码子存在于编码序列(cds)中，与相应野生型编码序列的终止密码子相比，其更接近5’端的起始密码子。
“调控序列中的突变”(例如基因的启动子或增强子中)是与野生型序列相比一个或多个核苷酸的变化，例如通过一个或多个核苷酸的替换、缺失或插入，导致例如基因的mRNA转录物减少或没有形成。因此，“基因序列的启动子”被定义为启动特定基因转录的DNA区域。启动子位于它们转录的基因附近，在同一条链上且在DNA的上游。启动子可以是大约100-1000个碱基对长。在一个方面，启动子被定义为由基因编码的蛋白质的起始密码子(即ATG)上游的约2000个碱基对或更多的区域，优选地，启动子是起始密码子上游的约1500个碱基对的区域，更优选地，启动子是起始密码子上游的约1000个碱基对的区域。
如本文所用，术语“可操作地连接”是指处于功能关系中的多核苷酸元件的连接。当核酸与另一个核酸序列处于功能关系时，它是“可操作地连接的”。例如，如果启动子或更确切地说转录调控序列影响编码序列的转录，则它与编码序列可操作地连接。可操作地连接意味着被连接的核酸序列通常是连续的。
可以通过使用全局或局部比对算法进行的两个肽或两个核苷酸序列的比对来确定“序列同一性”和“序列相似性”。然后，当通过例如程序GAP或BESTFIT或Emboss程序“Needle”(使用默认参数，见下文)对序列进行最佳比对时，这些序列共有至少某一最小的序列同一性百分比(如下文进一步定义的)时，它们可以被称为“基本相同”。这些程序使用Needleman和Wunsch全局比对算法在其全长上比对两个序列，最大化匹配数并最小化空位数。通常，使用默认参数，其中空位生成罚分＝10，空位延伸罚分＝0.5(对于核苷酸和蛋白质比对均如此)。对于核苷酸，使用的默认评分矩阵是DNAFULL，对于蛋白质，默认评分矩阵是Blosum62(Henikoff&Henikoff,1992,PNAS 89,10915-10919)。序列比对和百分比序列同一性的评分可以例如使用计算机程序来确定，例如EMBOSS(可通过http://www.ebi.ac.ukunder/Tools/psa/emboss_needle/的ebi.ac.uk在网上获得)。或者，可通过搜索数据库(如FASTA、BLAST等)来确定序列相似性或同一性，但应检索命中并进行成对比对以比较序列同一性。如果百分比序列同一性为至少95％、96％、97％、98％、98.3％、98.7％、99.0％或99.3％或更优选99.7％(通过使用默认参数(即，空位生成罚分＝10，空位延伸罚分＝0.5)，使用评分矩阵DNAFULL(用于核酸)和使用评分矩阵Blosum62(用于蛋白质)的Emboss“Needle”所确定的)，则两个蛋白质或两个蛋白质结构域或两个核酸序列具有“基本序列同一性”。此类序列在本文中也被称为“变体”，例如，除了本文公开的特定核酸和氨基酸序列之外，还可以鉴定引起本发明的降低的辛辣味性状的等位基因的其他变体和蛋白质，其对辛辣味具有与本发明的植物相同的作用。
本文所用的术语“杂交”通常用于表示核酸在适当的严格条件(严格的杂交条件)下的杂交，这对于本领域技术人员来说是显而易见的，取决于探针序列和靶序列的性质。杂交和洗涤条件是本领域公知的，并且根据所需的严格性通过改变孵育时间、温度和/或溶液的离子强度来调节条件是容易实现的。参见例如Sambrook,J.et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2nd edition,Cold Spring Harbor Press,Cold Spring Harbor,New York,1989。条件的选择取决于被杂交序列的长度，特别是探针序列的长度、核酸的相对G-C含量和允许的错配量。当需要互补程度较低的链之间的部分杂交时，优选低严格条件。当需要完全或接近完全的互补性时，优选高严格条件。对于典型的高严格条件，杂交溶液含有6X S.S.C.、0.01M EDTA、1X Denhardt’s溶液和0.5％SOS。对于克隆的DNA的片段，杂交是在约68℃下进行约3至4小时，对于总真核DNA进行约12至约16小时。对于较低的严格性，杂交温度降低到双链体的解链温度(TM)以下约42℃。已知TM是G-C含量、双链体长度以及溶液离子强度的函数。
如本文所用，短语与DNA或RNA分子“杂交”是指与例如寡核苷酸、多核苷酸或任何核苷酸序列(有义或反义方向)杂交的分子识别另一个核酸分子中的序列并与之杂交，所述另一个核酸分子具有大致相同的大小并与其具有足够的序列相似性以实现在适当条件下的杂交。例如，来自基因的3’编码或非编码区的100个核苷酸长的分子将识别该基因或任何其他植物基因的3’编码或非编码区内的核苷酸序列的约100个核苷酸的部分并与之杂交，只要这两个序列之间具有约70％或更多的序列相似性。应当理解，相应部分的大小将允许杂交中的一些错配，使得相应部分可以小于或大于与其杂交的分子，例如大或小20-30％，优选大或小不超过约12-15％。
如本文所用，短语“包含至少95％序列同一性的序列”或“包含至少95％氨基酸序列同一性的序列”或“包含至少95％核苷酸序列同一性的序列”是指与所指示的参考序列相比具有至少95％，例如至少96％、97％、98％、98.3％、98.7％、99.0％或99.3％或更优选99.7％序列同一性的序列。可根据本文所述方法确定序列同一性。
基因或DNA序列的“片段”是指该分子的任何子集，例如较短的多核苷酸或寡核苷酸。在一个方面，所述片段包含本发明定义的突变。
基因或DNA的“变体”是指与整个基因或其片段基本相似的分子，例如具有一个或多个取代核苷酸的核苷酸取代变体，但其保持与特定基因杂交或编码与天然DNA杂交的mRNA转录物的能力。优选地，所述变体包含如本发明所定义的降低的辛辣味等位基因。
如本文所用，术语“植物”包括整株植物或其任何部分或衍生物，例如植物器官(例如，收获的或未收获的花、叶、球茎等)、植物细胞、植物原生质体、可从其再生整株植物的植物细胞或组织培养物、可再生或不可再生的植物细胞、植物愈伤组织、植物细胞团(cellclump)以及在植物或植物部分中完整的植物细胞，例如胚、花粉、胚珠、子房(例如，收获的组织或器官)、花、叶、种子、球茎、无性繁殖的植物、根、茎、子叶、下胚轴、根尖等。还包括任何发育阶段，如幼苗(seedlings)、未成熟的和成熟的等。优选地，植物部分或衍生物包含本发明定义的基因或基因座。
“植物株系”或“育种系”是指植物及其后代。
“植物品种”或“变种”是已知的最低等级的同一植物分类群内的一组植物，这些植物(无论是否满足《植物育种者权利》认可的条件)可以基于源自某种基因型或基因型组合的特征的表达来定义，可以通过那些特征中的至少一种的表达来与任何其他组的植物区别开，并且可以被视为一个实体，因为它可以在无任何改变的情况下繁殖。因此，如果一组植物全部特征均在于存在1个基因座或基因(或由该单个基因座或基因产生的一系列表型特征)，但就其他基因座或基因而言它们可能又会彼此截然不同，那么即使它们是同一种类，也不能使用术语“植物品种”表示它们。“F1、F2等”指两个亲本植物或亲本株系之间杂交后的连续相关世代。由通过杂交两个植物或株系产生的种子生长的植物被称为F1代。F1植物自交产生F2代等。“F1杂种”植物(或F1种子或杂种)是通过杂交两个近交亲本株系获得的世代。因此，“自交”是指植物的自花授粉，即来自同一植物的配子结合。
“回交”是指一种育种方法，通过其可以将(单一)性状(例如诱导降低的辛辣味的能力)从一种遗传背景(也称为“供体”，通常但不一定是劣等遗传背景)转移到另一种遗传背景(也称为“轮回亲本”，通常但不一定是优良遗传背景)。将杂交的后代(例如F1植物，其是通过将包含本发明的降低的辛辣味等位基因的某一植物物种的第一植物与相同植物物种的第二植物或可与所述第一植物物种杂交的不同植物物种的第二植物杂交获得，其中所述第二植物物种不包含本发明的降低的辛辣性等位基因；或通过自交F1获得的F2植物或F3植物等)与所述第二植物物种的亲本植物“回交”。反复回交后，供体遗传背景的性状(例如赋予本发明的降低的辛辣味性状的降低的辛辣味等位基因)将被整合到轮回遗传背景中。在本文中，术语“转化的基因”或“转化植物”或“单基因座转化”是指通过回交开发的植物，其中除了由供体亲本转移的一个或多个基因之外，还回收了轮回亲本的基本上所有的所需的形态和/或生理特征。由F1植物与第二亲本植物株系回交产生的种子生长的植物被称为“BC1世代”。来自BC1种群的植物可以自交产生BC1F2世代，或者与栽培的亲本植物系再次回交以提供BC2世代。“M1种群”是某一植物株系的多个诱变种子/植物。“M2、M3、M4等”指第一个诱变种子/植物(M1)自交后获得的连续世代。
术语“栽培植物”或“栽培种”是指给定物种的植物，例如所述物种的品种、育种系或栽培种，其由人类栽培并具有良好的农艺性状。所谓的传家宝(heirloom)品种或栽培种，即在人类历史的较早时期中普遍种植并通常被改造以适应特定地理区域的开放授粉品种或栽培种，在本发明的一个方面包括在本文中作为栽培植物。术语“栽培植物”不包括野生植物。“野生植物”包括例如野生种质(accession)。
术语“食物”是被食用以为身体提供营养的任何物质。它通常为植物或动物来源，并含有必需的营养物，如碳水化合物、脂肪、蛋白质、维生素或矿物质。该物质被生物体摄取，并被生物体的细胞吸收，以产生能量、维持生命或刺激生长。术语食物包括被食用以为人体和动物体提供营养支持的物质。
在本文通篇中，“平均值(average)”和“平均值(mean)”可互换使用，指算术平均值。
应当理解，不同植物株系之间的比较涉及在与一种或多种对照植物株系(优选野生型植物)的植物相同的条件下生长一种株系(或品种)的许多植物(例如，每种株系至少5株植物，优选至少10株植物)，以及确定在相同的环境条件下生长时植物株系之间的差异，优选统计学上显著的差异。优选地，所述植物是同一株系或品种。
在本文及其权利要求中，动词“包括”及其变形以其非限制性的含义使用，以表示包括在该词之后的项目，但是不排除未具体提及的项目。此外，通过不定冠词“一(a)”或“一个(an)”引用一个元素并不排除存在一个以上所述元素的可能性，除非上下文明确要求存在一个并且仅存在一个所述元素。因此，不定冠词“一”或“一个”通常意指“至少一个”。还应理解，当在本文中提及“序列”时，通常是指具有亚基(例如氨基酸或核酸)的某一序列的实际物理分子。
标记物及其用途
本发明提供了用于鉴定产生具有降低的丙酮酸水平的球茎的洋葱植物的标记物，包括其中所述标记物选自：与位于2号染色体上的标记物isotig30225_1454和标记物isotig32865_1404之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物；与位于1号染色体上的标记物isotig32772_1413和标记物isotig33099_885之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物；以及与位于7号染色体上的标记物isotig28625_2789和标记物isotig41937_218之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物。本发明的标记物特别适用于确定如WO 2009/092560 A1中所述的洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在或不存在。因此，在一个实施方案中，本发明提供了适合于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在的标记物，其中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL存在于其种子以登录号PTA-9053保藏的植物中、其种子以登录号PTA9054保藏的植物中或其种子以登录号PTA-9055保藏的植物中。因此，在一个实施方案中，本发明提供了适合于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在的标记物，所述洋葱植物或植物部分是通过将其种子以登录号PTA-9053保藏的植物、其种子以登录号PTA9054保藏的植物或其种子以登录号PTA-9055保藏的植物与另一种洋葱植物杂交而获得，其中所述标记物选自：与位于2号染色体上的标记物isotig30225_1454和标记物isotig32865_1404之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物；与位于1号染色体上的标记物isotig32772_1413和标记物isotig33099_885之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物；以及与位于7号染色体上的标记物isotig28625_2789和标记物isotig41937_218之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物。
位于2号染色体的图谱B9885 x B8667上的公众可获得的遗传标记物isotig30225_1454和isotig32865_1404是本领域公知的，并更详细记载于Munaiz andHavey(2020)J.Amer.Soc.Hort.Sci.,145(1),67-72中。位于1号染色体的图谱Char xB5351上的公众可获得的遗传标记物isotig32772_1413和isotig33099_885是本领域公知的，并更详细记载于Havey(2000)J.Amer.Soc.Hort.Sci.,145(2),110-119中。位于7号染色体的图谱B9885 x B8667上的公众可获得的遗传标记物isotig28625_2789和isotig41937_218是本领域公知的，并更详细记载于Munaiz and Havey(2020)J.Amer.Soc.Hort.Sci.,145(1),67-72中。Duangjit et al.(2013)Theor Appl Genet 126,2093–2101中进一步详述了本文引用的所有公众可获得的遗传标记物。表5中进一步描述了这些公众可获得的遗传标记物的核苷酸序列。
优选地，本发明提供了用于鉴定产生具有降低的丙酮酸水平的球茎的洋葱植物的标记物，所述标记物包含一种或多种选自以下的SNP：SNP_01，其在2号染色体上的SEQ IDNO:1的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:1具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_02，其在2号染色体上的SEQ ID NO:3的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:3具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_03，其在2号染色体上的SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:5具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_04，其在2号染色体上的SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或在与SEQID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_05，其在1号染色体上的SEQ ID NO:9的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:9具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_06，其在1号染色体上的SEQ IDNO:11的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:11具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_07，其在1号染色体上的SEQ ID NO:13的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:13具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_08，其在1号染色体上的SEQ ID NO:15的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:15具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_09，其在7号染色体上的SEQ ID NO:17的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:17具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_10，其在7号染色体上的SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_11，其在2号染色体上的SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_12，其在2号染色体上的SEQ ID NO:23的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:23具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_13，其在2号染色体上的SEQ ID NO:25的第51位核苷酸处或在与SEQID NO:25具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_14，其在2号染色体上的SEQ ID NO:27的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:27具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_15，其在2号染色体上的SEQID NO:29的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:29具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_16，其在1号染色体上的SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_17，其在1号染色体上的SEQ ID NO:33的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:33具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_18，其在1号染色体上的SEQ ID NO:35的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:35具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_19，其在1号染色体上的SEQ ID NO:37的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:37具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_20，其在1号染色体上的SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_21，其在1号染色体上的SEQ ID NO:41的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:41具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_22，其在7号染色体上的SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_23，其在7号染色体上的SEQ ID NO:45的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:45具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_24，其在7号染色体上的SEQ ID NO:47的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:47具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；以及SNP_25，其在7号染色体上的SEQ ID NO:49的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:49具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤。
“标记物”或“遗传标记物”是在染色体上具有已知位置的DNA片段，其在个体(例如形成植物种群一部分的个体植物)之间是多态的，可用于区分和/或鉴定个体与其他个体。在一个实施方案中，赋予降低的丙酮酸的QTL位于SNP_11和SNP_04之间，所述SNP_11位于SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_04位于2号染色体上的SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。本领域技术人员可以使用常规方法容易地鉴定一种或多种合适的遗传标记物，所述遗传标记物与位于2号染色体的本文定义的基因座处(即标记物isotig30225_1454和标记物isotig32865_1404之间和/或本文进一步定义的标记物SNP_11与SNP_4之间)的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁。在一个实施方案中，赋予降低的丙酮酸的QTL位于SNP_16和SNP_20之间，所述SNP_16位于SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_20位于1号染色体上的SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。本领域技术人员可以使用常规方法容易地鉴定一种或多种合适的遗传标记物，所述遗传标记物与位于1号染色体的本文定义的基因座处(即标记物isotig32772_1413与标记物isotig33099_885之间和/或本文进一步定义的SNP_16和SNP_20之间)的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁。在一个实施方案中，赋予降低的丙酮酸的QTL位于SNP_22和包含SNP_10的7号染色体的远端之间，所述SNP_22位于SEQ ID NO:43的第51位核苷酸或与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_10位于7号染色体上的SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。本领域技术人员可以使用常规方法容易地鉴定一种或多种合适的遗传标记物，所述遗传标记物与位于7号染色体的本文定义的基因座处(即标记物isotig28625_2789与标记物isotig41937_218之间和/或本文进一步定义的SNP_22和包含SNP_10的7号染色体的远端之间)的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁。如本文所用，当提及术语“连锁的标记物”时，其特别是指“标记物是遗传连锁的”。
因此，本发明提供了用于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在或不存在的标记物，其中所述标记物选自：与位于2号染色上的SNP_11和SNP_04之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，所述SNP_11位于SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_04位于SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；与位于1号染色体上的SNP_16和SNP_20之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，所述SNP_16位于SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_20位于SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或与SEQ IDNO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；以及与位于7号染色体上的SNP_22和包含SNP_10的7号染色体的远端之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，所述SNP_22位于SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_10位于SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。
尽管最初可得的低辛辣味洋葱株系中存在残留杂合性，但本发明人成功鉴定出三个显著QTL，这些QTL赋予洋葱植物产生的球茎中降低的丙酮酸水平。在可以鉴定根据本发明的QTL之前，必须克服各种技术困难。多个定位种群(mapping population)的构建需要仔细规划，在获得用于QTL分析的材料之前，种群的亲本植物已经生长了近六年。由于低丙酮酸供体中低丙酮酸的机制未知，进行了几次杂交。结果表明，低丙酮酸性状是受至少三个遗传基因座控制的复杂性状，有必要构建和分析多个定位种群以鉴定本发明中的三个QTL，因为在两个种群中没有检测到冗余QTL。QTL的验证也需要一种非常规的方法，这也是由于洋葱的较长世代时间。除了与实际定位和验证相关的挑战之外，在这些努力之前，还需要进行大量工作来开发全基因组分子标记物，以能够进行遗传定位，以及通过表型选择开发低丙酮酸供体株系，这需要几十年的定向育种。在3号连锁群上的SNP_11和SNP_04之间鉴定出一个赋予降低的丙酮酸的QTL，所述SNP_11位于SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或与SEQ IDNO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_04位于SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。在4号连锁群上的SNP_16和SNP_20之间鉴定出另一个赋予降低的丙酮酸的QTL，所述SNP_16位于SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_20位于SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。在6号连锁群上的SNP_22和包含SNP_10的6号连锁群的远端之间又鉴定出另一个赋予降低的丙酮酸的QTL，所述SNP_22位于SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_10位于SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。
发现3号连锁群对应于洋葱的2号染色体，4号连锁群对应于洋葱的1号染色体，6号连锁群对应于洋葱的7号染色体。因此，本文使用的术语“3号连锁群”对应于术语“2号染色体”。因此，本文使用的术语“4号连锁群”对应于术语“1号染色体”。因此，本文使用的术语“6号连锁群”对应于术语“7号染色体”。因此，本发明提供了用于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在或不存在的标记物，其中所述标记物选自：与位于2号染色体上的SNP_11与SNP_04之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，所述SNP_11位于SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_04位于SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；与位于1号染色体上的SNP_16与SNP_20之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，所述SNP_16位于SEQ IDNO:31的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_20位于SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:51具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；以及与位于7号染色体上的SNP_22与包含SNP_10的染色体的远端之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，所述SNP_22位于SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_10位于SEQ IDNO:19的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。
优选地，本发明提供了用于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在或不存在的标记物，其中所述标记物选自：与位于2号染色体上的SNP_01和SNP_04之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，所述SNP_01位于SEQ IDNO:1的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:1具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_04位于SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:7具有至少95％(至少98％或至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；与位于1号染色体上的SNP_16和SNP_20之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，所述SNP_16位于SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:31具有至少95％(至少98％或至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_20位于SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；以及与位于7号染色体上的SNP_22和包含SNP_10的7号染色体的远端之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，所述SNP_22位于SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_10位于SEQ IDNO:19的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。因此，本发明提供了用于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个所述QTL的存在或不存在的标记物。这种标记物，在本文中也被命名为“分子标记物”，可以是与目的性状遗传连锁的任何可测量的指示物，因此在本发明的上下文中是降低的辛辣味等位基因。在本发明的上下文中特别优选基于DNA的标记物，包括但不限于：限制性片段长度多态性(RFLP)标记物、酶切扩增多态性序列(CPAS)标记物、微卫星标记物(也称为短串联重复(STR)或简单序列重复(SSR)、限制性片段长度多态性(RFLP)标记物、随机扩增多态性DNA(RAPD)标记物、扩增片段长度多态性(AFLP)标记物和单核苷酸多态性(SNP)标记物。优选地，根据本发明的标记物是SNP标记物。
在本发明的上下文中还鉴定了与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的不同特定SNP标记物。这种与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的特定SNP标记物选自：SNP_11，其位于SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:21具有至少95％(至少98％或至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_12，其位于SEQ IDNO:23的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:23具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_13，其位于SEQ ID NO:25的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:25具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_14，其位于SEQ ID NO:27的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:27具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_01，其位于SEQ ID NO:1的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:1具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_02，其位于SEQ ID NO:3的第51位核苷酸处或与SEQ IDNO:3具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_3，其位于SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:5具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_04，其位于SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；以及SNP_15，其位于SEQ ID NO:29的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:29具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。因此，适于确定位于2号染色体上的SNP_11和SNP_04之间(其中所述SNP_11位于SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_04位于SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处)的赋予降低的丙酮酸的QTL的存在或不存在的SNP标记物的特定实例为以下SNP标记物：SNP_11，其位于SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_12，其位于SEQ ID NO:23的第51位核苷酸处或与SEQ IDNO:23具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_13，其位于SEQ ID NO:25的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:25具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_14，其位于SEQ ID NO:27的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:27具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_01，其位于SEQ ID NO:1的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:1具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_02，其位于SEQ ID NO:3的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:3具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_3，其位于SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:5具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_04，其位于SEQ IDNO:7的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；以及SNP_15，其位于SEQ ID NO:29的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:29具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。优选地，与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的特定SNP标记物选自：SNP_11，其位于SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_12，其位于SEQ ID NO:23的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:23具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_13，其位于SEQ ID NO:25的第51位核苷酸处或与SEQID NO:25具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_14，其位于SEQ ID NO:27的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:27具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_01，其位于SEQ ID NO:1的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:1具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_02，其位于SEQ ID NO:3的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:3具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_3，其位于SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:5具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；以及SNP_04，其位于SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。因此，适用于确定位于2号染色体上的标记物isotig30225_1454和标记物isotig32865_1404之间(优选SNP_11和SNP_04之间，所述SNP_11位于SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_04位于SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处)的赋予降低的丙酮酸的QTL的存在或不存在的SNP标记物的特定实例为：SNP_11，其位于SEQID NO:21的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_12，其位于SEQ ID NO:23的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:23具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_13，其位于SEQ ID NO:25的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:25具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_14，其位于SEQ ID NO:27的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:27具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_01，其位于SEQ ID NO:1的第51位核苷酸处或与SEQID NO:1具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_02，其位于SEQ ID NO:3的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:3具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_3，其位于SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:5具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；以及SNP_04，其位于SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。因此，与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的SNP标记物可用于确定赋予降低的丙酮酸水平的QTL的存在，其中：SNP_11在SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_12在SEQ ID NO:23的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:23具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_13在SEQ ID NO:25的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:25具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_14在SEQ ID NO:27的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:27具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_01在SEQ ID NO:1的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:1具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_02在SEQ ID NO:3的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:3具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_03在SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:5具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_04在SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；以及SNP_15在SEQ ID NO:29的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:29具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤。优选地，因此，与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的SNP标记物可用于确定赋予降低的丙酮酸水平的QTL的存在，其中：SNP_11在SEQ IDNO:21的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_12在SEQ IDNO:23的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:23具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_13在SEQ IDNO:25的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:25具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_14在SEQID NO:27的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:27具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_01在SEQ ID NO:1的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:1具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_02在SEQ ID NO:3的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:3具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_03在SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:5具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；以及SNP_04在SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶。
在本发明的上下文中还鉴定了与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的不同特定SNP标记物。这种与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的SNP标记物选自：SNP_16，其位于SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_17，其位于SEQ ID NO:33的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:33具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_05，其位于SEQ ID NO:9的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:9具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_06，其位于SEQ ID NO:11的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:11具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_7，其位于SEQID NO:13的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:13具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_08，其位于SEQ ID NO:15的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:15具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_18，其位于SEQ ID NO:35的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:35具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_19，其位于SEQ ID NO:37的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:37具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_20，其位于SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或与SEQID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；以及SNP_21，其位于SEQ ID NO:41的第51位核苷酸处或与SEQ IDNO:51具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。因此，适用于确定位于1号染色体上的标记物isotig32772_1413和标记物isotig33099_885之间(优选位于SNP_16和SNP_20之间，所述SNP_16位于SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_20位于SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处)的赋予降低的丙酮酸的QTL的存在或不存在的SNP标记物的特定实例为：SNP_16，其位于SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_17，其位于SEQ ID NO:33的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:33具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_05，其位于SEQ ID NO:9的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:9具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_06，其位于SEQ ID NO:11的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:11具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_7，其位于SEQ ID NO:13的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:13具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_08，其位于SEQ ID NO:15的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:15具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_18，其位于SEQID NO:35的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:35具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_19，其位于SEQ ID NO:37的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:37具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_20，其位于SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；以及SNP_21，其位于SEQ ID NO:41的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:41具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。优选地，与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的SNP标记物选自：SNP_16，其位于SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或与SEQ IDNO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_17，其位于SEQ ID NO:33的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:33具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_05，其位于SEQ ID NO:9的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:9具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_06，其位于SEQ ID NO:11的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:11具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_7，其位于SEQ ID NO:13的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:13具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_08，其位于SEQ ID NO:15的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:15具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_18，其位于SEQID NO:35的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:35具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_19，其位于SEQ ID NO:37的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:37具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_20，其位于SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；以及SNP_21，其位于SEQ ID NO:41的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:41具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。因此，适于确定位于1号染色体上的SNP_16和SNP_20之间(其中所述SNP_16位于SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_20位于SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处)的赋予降低的丙酮酸的QTL的存在或不存在的SNP标记物的特定实例为以下：SNP_16，其位于SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_17，其位于SEQID NO:33的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:33具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_05，其位于SEQ ID NO:9的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:9具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_06，其位于SEQ ID NO:11的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:11具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_7，其位于SEQ ID NO:13的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:13具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_08，其位于SEQ ID NO:15的第51位核苷酸处或与SEQID NO:15具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_18，其位于SEQ ID NO:35的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:35具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_19，其位于SEQ ID NO:37的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:37具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；以及SNP_20，其位于SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。因此，与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的SNP标记物可用于确定赋予降低的丙酮酸水平的QTL的存在，其中：SNP_16在SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_17在SEQ ID NO:33的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:33具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_05在SEQ ID NO:9的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:9具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_06在SEQ ID NO:11的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:11具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_07在SEQ ID NO:13的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:13具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_08在SEQ ID NO:15的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:15具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_18在SEQ ID NO:35的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:35具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_19在SEQ ID NO:37的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:37具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_20在SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；以及SNP_21在位于SEQ ID NO:41的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:41具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶。优选地，因此，与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的SNP标记物可用于确定赋予降低的丙酮酸水平的QTL的存在，其中：SNP_16在SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_17在SEQ ID NO:33的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:33具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_05在SEQ ID NO:9的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:9具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_06在SEQ ID NO:11的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:11具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_07在SEQ ID NO:13的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:13具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_08在SEQ ID NO:15的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:15具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_18在SEQ ID NO:35的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:35具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_19在SEQ ID NO:37的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:37具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；以及SNP_20在SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤。
在本发明的上下文中还鉴定了与位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的不同特定SNP标记物。这种与位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的SNP标记物选自：SNP_22，其位于SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_23，其位于SEQ ID NO:45的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:45具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_24，其位于SEQ ID NO:47的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:47具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_25，其位于SEQ ID NO:49的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:49具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_09，其位于SEQ ID NO:17的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:17具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；以及SNP_10，其位于SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。因此，适于确定位于7号染色体上的标记物isotig28625_2789和标记物isotig41937_218之间(优选SNP_22和包含SNP_10的7号染色体的远端之间，所述SNP_22位于SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或与SEQID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_10位于SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处)的赋予降低的丙酮酸的QTL的存在或不存在的SNP标记物的特定实例为：SNP_22，其位于SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_23，其位于SEQ ID NO:45的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:45具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_24，其位于SEQ ID NO:47的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:47具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_25，其位于SEQID NO:49的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:49具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；SNP_09，其位于SEQ ID NO:17的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:17具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；以及SNP_10，其位于SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。因此，与位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的SNP标记物可用于确定赋予降低的丙酮酸水平的QTL的存在，其中：SNP_22在SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_23在SEQ ID NO:45的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:45具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_24在SEQ ID NO:47的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:47具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_25在SEQ ID NO:49的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:49具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_09在SEQ ID NO:17的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:17具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；以及SNP_10在SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤。
根据本发明的标记物优选地选自：与位于2号染色体上的标记物isotig30225_1454和标记物isotig32865_1404之间(优选SNP_11和SNP_04之间，所述SNP_11位于SEQ IDNO:21的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_04位于SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处)的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物；与位于1号染色体上的标记物isotig32772_1413和标记物isotig33099_885之间(优选位于SNP_16和SNP_20之间，所述SNP_16位于SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或与SEQ IDNO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_20位于SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处)的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物；以及与位于7号染色体上的标记物isotig28625_2789和标记物isotig41937_218之间(优选位于SNP_22和包含SNP_10的7号染色体的远端之间，所述SNP_22位于SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_10位于SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处)的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，因此特别适用于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在或不存在。
因此，本发明提供了用于鉴定产生具有降低的丙酮酸水平的球茎的洋葱植物的标记物，所述标记物包含一种或多种选自以下的SNP：SNP_01，其在2号染色体上的SEQ ID NO:1的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:1具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_02，其在2号染色体上的SEQ ID NO:3的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:3具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_03，其在2号染色体上的SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:5具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_04，其在2号染色体上的SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或在与SEQID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_05，其在1号染色体上的SEQ ID NO:9的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:9具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_06，其在1号染色体上的SEQ IDNO:11的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:11具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_07，其在1号染色体上的SEQ ID NO:13的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:13具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_08，其在1号染色体上的SEQ ID NO:15的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:15具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_09，其在7号染色体上的SEQ ID NO:17的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:17具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_10，其在7号染色体上的SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_11，其在2号染色体上的SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_12，其在2号染色体上的SEQ ID NO:23的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:23具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_13，其在2号染色体上的SEQ ID NO:25的第51位核苷酸处或在与SEQID NO:25具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_14，其在2号染色体上的SEQ ID NO:27的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:27具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_15，其在2号染色体上的SEQID NO:29的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:29具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_16，其在1号染色体上的SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_17，其在1号染色体上的SEQ ID NO:33的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:33具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_18，其在1号染色体上的SEQ ID NO:35的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:35具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_19，其在1号染色体上的SEQ ID NO:37的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:37具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_20，其在1号染色体上的SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_21，其在1号染色体上的SEQ ID NO:41的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:41具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_22，其在7号染色体上的SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_23，其在7号染色体上的SEQ ID NO:45的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:45具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_24，其在7号染色体上的SEQ ID NO:47的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:47具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；以及SNP_25，其在7号染色体上的SEQ ID NO:49的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:49具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤。
鉴定和/或选择植物或植物部分的方法
本发明提供了一种用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法，包括确定所述植物或植物部分中本文所述的一种或多种标记物的存在或不存在。因此，本发明提供了一种用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法，包括确定所述植物或植物部分中一种或多种标记物的存在或不存在，所述标记物适用于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在，其中所述标记物选自：与位于2号染色体上的标记物isotig30225_1454和标记物isotig32865_1404之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物；与位于1号染色体上的标记物isotig32772_1413和标记物isotig33099_885之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物；以及与位于7号染色体上的标记物isotig28625_2789和标记物isotig41937_218之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物。
本发明的用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法特别适用于确定如WO2009/092560 A1中所述的洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在或不存在。因此，在一个实施方案中，本发明提供了一种用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法，包括确定所述植物或植物部分中一种或多种标记物的存在或不存在，所述标记物适用于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在，其中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL存在于其种子以登录号PTA-9053保藏的植物中、其种子以登录号PTA9054保藏的植物中或其种子以登录号PTA-9055保藏的植物中。因此，在一个实施方案中，本发明提供了一种用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法，包括确定所述植物或植物部分中一种或多种标记物的存在或不存在，所述标记物适用于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在，所述洋葱植物或植物部分是通过使其种子以登录号PTA-9053保藏的植物、其种子以登录号PTA9054保藏的植物或其种子以登录号PTA-9055保藏的植物与另一种洋葱植物杂交获得的，其中所述标记物选自：与位于2号染色体上的标记物isotig30225_1454和标记物isotig32865_1404之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物；与位于1号染色体上的标记物isotig32772_1413和标记物isotig33099_885之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物；以及与位于7号染色体上的标记物isotig28625_2789和标记物isotig41937_218之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物。
优选地，本发明提供了一种用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法，包括确定所述植物或植物部分中一种或多种标记物的存在或不存在，所述标记物适于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在，其中所述标记物选自：与位于2号染色体上的SNP_11和SNP_04之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，所述SNP_11位于SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_04位于SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；与位于1号染色体上的SNP_16与SNP_20之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，所述SNP_16位于SEQ IDNO:31的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_20位于SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处；以及与位于7号染色体上的SNP_22与包含SNP_10的7号染色体的远端之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，所述SNP_22位于SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处，所述SNP_10位于SEQID NO:19的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处。
优选地，所述方法包括使用已知方法在DNA、RNA(或cDNA)或蛋白质水平进行筛选，以检测如本文所述的洋葱植物或植物中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在或不存在。存在许多方法来检测本发明的降低的辛辣味等位基因的存在或不存在。
例如，野生型等位基因和降低的辛辣味等位基因之间可能存在单核苷酸多态性(SNP)，SNP基因分型测定可用于检测植物或植物部分或细胞在其基因组中是否包含野生型(高辛辣味)核苷酸或降低的辛辣味核苷酸中的一个或多个。例如，可以使用KASP测定容易地检测一种或多种SNP，例如可以选择SNP上游的50个碱基对和下游的50个碱基对，并且可以设计两个等位基因特异性正向引物和一个等位基因特异性反向引物；参见例如Allen etal.(2011)Plant Biotechnology J 9,1086-1099,尤其是p1097-1098中的KASP测定法。
同样，还可以使用其他基因分型测定。例如，同样可以使用TaqMan SNP基因分型测定、高分辨率熔解曲线(HRM)测定、SNP基因分型阵列(如Fluidigm、Illumina等)或DNA测序。
分子标记物还可用于帮助鉴定含有降低的辛辣味等位基因的植物(或植物部分或由其获得的核酸)。例如，人们可以开发一种或多种合适的分子标记物，其在遗传上(并且优选也在物理上)与降低的辛辣味等位基因紧密连锁。最优选地，因果基因突变被用作用于鉴定含有降低的辛辣味等位基因的植物(或植物部分或由其获得的核酸)的分子标记物。可以通过将具有降低的辛辣味性状的洋葱植物与野生型植物杂交，并从该杂交产生分离种群(例如F2或回交种群)来开发合适的分子标记物。然后可针对降低的辛辣味表型对分离种群进行表型分型，并可使用例如分子标记物(例如SNP(单核苷酸多态性)、AFLP(扩增片段长度多态性；参见例如EP 534 858)或其他)对分离种群进行基因分型(genotype)，并且通过软件分析，可以鉴定与分离种群中的降低的辛辣味性状共分离的分子标记物，并且可以鉴定它们与本文进一步所记载的位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL、位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL和位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL的顺序和遗传距离(厘摩距离，cM)。然后，与本文所述的赋予降低的丙酮酸的QTL之一紧密连锁的分子标记物，例如在5cM或更短距离处的标记物，可用于检测和/或选择包含或保留降低的辛辣味等位基因(例如在基因渗入片段中)的植物或植物部分。在育种程序中，即在标记物辅助选择(MAS)中，这种紧密连锁的分子标记物可以替换表型选择(或在表型选择之外使用)。优选地，在MAS中使用连锁标记物。更优选地，在MAS使用侧翼标记物，即洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个本文所述的QTL的任一侧上的一个标记物。
如本文所述，鉴定了与不同的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的不同特定SNP标记物，其中一个赋予降低的丙酮酸的QTL位于2号染色体上，一个赋予降低的丙酮酸的QTL位于1号染色体上，一个赋予降低的丙酮酸的QTL位于7号染色体上。因此，本发明的用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法可以包括确定所述植物或植物部分中一种或多种(例如，至少2种、3种、4种或4种)标记物的存在或不存在，所述标记物选自：SNP_01，其在2号染色体上的SEQ ID NO:1的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:1具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_02，其在2号染色体上的SEQ ID NO:3的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:3具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_03，其在2号染色体上的SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或在与SEQID NO:5具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_04，其在2号染色体上的SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_05，其在1号染色体上的SEQ IDNO:9的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:9具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_06，其在1号染色体上的SEQ ID NO:11的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:11具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_07，其在1号染色体上的SEQ ID NO:13的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:13具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_08，其在1号染色体上的SEQ ID NO:15的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:15具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_09，其在7号染色体上的SEQ ID NO:17的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:17具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_10，其在7号染色体上的SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_11，其在2号染色体上的SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_12，其在2号染色体上的SEQ ID NO:23的第51位核苷酸处或在与SEQID NO:23具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_13，其在2号染色体上的SEQ ID NO:25的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:25具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_14，其在2号染色体上的SEQID NO:27的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:27具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_15，其在2号染色体上的SEQ ID NO:29的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:29具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_16，其在1号染色体上的SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_17，其在1号染色体上的SEQ ID NO:33的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:33具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_18，其在1号染色体上的SEQ ID NO:35的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:35具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_19，其在1号染色体上的SEQ ID NO:37的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:37具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_20，其在1号染色体上的SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_21，其在1号染色体上的SEQ ID NO:41的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:41具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_22，其在7号染色体上的SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_23，其在7号染色体上的SEQ ID NO:45的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:45具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_24，其在7号染色体上的SEQ ID NO:47的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:47具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_25，其在7号染色体上的SEQ ID NO:49的第51位核苷酸处或在与SEQID NO:49具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；isotig30225_1454，其在2号染色体上的SEQ ID NO:51的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:51具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含胞嘧啶；isotig32865_1404，其在2号染色体上的SEQ ID NO:53的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:53具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤；isotig32772_1413，其在1号染色体上的SEQ ID NO:55的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:55具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤；isotig33099_885，其在1号染色体上的SEQ IDNO:57的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:57具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含胸腺嘧啶；isotig28625_2789，其在7号染色体上的SEQ ID NO:59的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:59具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤；以及isotig41937_218，其在7号染色体上的SEQ ID NO:61的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:61具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤。
本发明的用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法优选地可以包括确定所述植物或植物部分中一种或多种(例如，至少2种、3种、4种或4种)标记物的存在或不存在，所述标记物选自：SNP_01，其在2号染色体上的SEQ ID NO:1的第51位核苷酸处或在与SEQID NO:1具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_02，其在2号染色体上的SEQ ID NO:3的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:3具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_03，其在2号染色体上的SEQ IDNO:5的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:5具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_04，其在2号染色体上的SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:7具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_05，其在1号染色体上的SEQ ID NO:9的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:9具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_06，其在1号染色体上的SEQ ID NO:11的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:11具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_07，其在1号染色体上的SEQ ID NO:13的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:13具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_08，其在1号染色体上的SEQID NO:15的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:15具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_09，其在7号染色体上的SEQ ID NO:17的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:17具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_10，其在7号染色体上的SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或在与SEQ IDNO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_11，其在2号染色体上的SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_12，其在2号染色体上的SEQ IDNO:23的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:23具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_13，其在2号染色体上的SEQ ID NO:25的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:25具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_14，其2号染色体上的在SEQ ID NO:27的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:27具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_15，其在2号染色体上的SEQ ID NO:29的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:29具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_16，其在1号染色体上的SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:31具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_17，其在1号染色体上的SEQID NO:33的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:33具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_18，其在1号染色体上的SEQ ID NO:35的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:35具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_19，其在1号染色体上的SEQ ID NO:37的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:37具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_20，其在1号染色体上的SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:39具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_21，其在1号染色体上的SEQ IDNO:41的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:41具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_22，其在7号染色体上的SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:43具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_23，其在7号染色体上的SEQ ID NO:45的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:45具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_24，其在7号染色体上的SEQ ID NO:47的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:47具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_25，其在7号染色体上的SEQ ID NO:49的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:49具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；isotig30225_1454，其在2号染色体上的SEQ ID NO:51的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:51具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含胞嘧啶；isotig32865_1404，其在2号染色体上的SEQ ID NO:53的第61位核苷酸处或在与SEQ IDNO:53具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤；isotig32772_1413，其在1号染色体上的SEQ ID NO:55的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:55具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤；isotig33099_885，其在1号染色体上的SEQ ID NO:57的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:57具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含胸腺嘧啶；isotig28625_2789，其在7号染色体上的SEQ ID NO:59的第61位核苷酸处或在与SEQ IDNO:59具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤；以及isotig41937_218，其在7号染色体上的SEQ ID NO:61的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:61具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤。
优选地，在根据本发明的方法中使用的标记物是片段长度多态性(RFLP)标记物、酶切扩增多态性序列(CPAS)标记物、微卫星标记物、限制性片段长度多态性(RFLP)标记物、随机扩增多态性DNA(RAPD)标记物、扩增片段长度多态性(AFLP)标记物或单核苷酸多态性(SNP)标记物，优选SNP标记物。
优选地，在根据本发明的方法中使用的与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物是选自以下的SNP标记物：SNP_11，其在SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:21具有至少95％(更优选至少96％，至少97％，至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_12，其在SEQ ID NO:23的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:23具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_13，其在SEQ ID NO:25的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:25具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_14，其在SEQ ID NO:27的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:27具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_01，其在SEQ IDNO:1的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:01具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_02，其在SEQ ID NO:3的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:3具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_03，其在SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:5具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_04，其在SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:7具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_15，其在SEQ ID NO:29的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:29具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；isotig30225_1454，其在SEQ ID NO:51的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:51具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含胞嘧啶；以及isotig32865_1404，其在SEQ ID NO:53的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:53具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤。
优选地，在根据本发明的方法中使用的与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物是选自以下的SNP标记物：SNP_16，其在SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:31具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_17，其在SEQ ID NO:33的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:33具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_05，其在SEQ ID NO:9的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:9具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_06，其在SEQ IDNO:11的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:11具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_07，其在SEQ ID NO:13的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:13具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_08，其在SEQ ID NO:15的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:15具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_18，其在SEQ ID NO:35的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:35具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_19，其在SEQ ID NO:37的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:37具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_20，其在SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或在与SEQID NO:39具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_21，其在SEQ ID NO:41的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:41具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；isotig32772_1413，其在SEQ ID NO:55的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:55具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤；以及isotig33099_885，其在SEQ ID NO:57的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:57具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含胸腺嘧啶。
优选地，在根据本发明的方法中使用的与位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物是选自以下的SNP标记物：SNP_22，其在SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:43具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_23，其在SEQ ID NO:45的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:45具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_24，其在SEQ ID NO:47的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:47具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_25，其在SEQID NO:49的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:49具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_09，其在SEQ ID NO:17的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:17具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；以及SNP_10，其在SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:19具有至少其中95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；isotig28625_2789，其在SEQ ID NO:59的第61位核苷酸处或在与SEQ IDNO:59具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤；以及isotig41937_218，其在SEQ ID NO:61的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:61具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤。
优选地，根据本发明的用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法包括确定所述植物或植物部分中一种以上标记物的存在或不存在。因此，根据本发明的用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法可以包括确定所述植物或植物部分中至少一种(例如，至少2种、3种、4种或4种)与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物和至少一种(例如，至少2种、3种、4种或4种)与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物的存在或不存在。根据本发明的用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法还可以包括确定所述植物或植物部分中至少一种(例如，至少2种、3种、4种或4种)与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物和至少一种(例如，至少2种、3种、4种或4种)与位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物的存在或不存在。根据本发明的用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法还可以包括确定所述植物或植物部分中至少一种(例如，至少2种、3种、4种或4种)与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物和至少一种(例如，至少2种、3种、4种或4种)与位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物的存在或不存在。甚至更优选地，根据本发明的用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法包括确定所述植物或植物部分中至少一种(例如，至少2种、3种、4种或4种)与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，至少一种(例如，至少2种、3种、4种或4种)与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物和至少一种(例如，至少2种、3种、4种或4种)与位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物的存在或不存在。
优选地，根据本发明的用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法包括确定所述植物或植物部分中至少一种与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物、至少一种与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物和至少一种与位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物的存在或不存在。
优选地，根据本发明的用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法包括确定所述植物或植物部分中一种或多种(例如2种或3种)峰标记物(peak marker)，优选一种或多种(例如2种或3种)如表2所述的峰标记物的存在或不存在。如本文所用，术语“峰标记物”描述了被发现尽可能准确的标记物，优选具有0％的假阳性和/或假阴性率。
因此，与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物优选地为SNP_03，其在SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:5具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶。与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物优选地为SNP_07，其在SEQ IDNO:13的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:13具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶。与位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物优选地为SNP_10，其在SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤。
因此，根据本发明的用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法优选地包括确定所述植物或植物部分中存在或不存在：至少一种(例如，至少2种、3种、4种或4种)与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，其中所述2号染色体上的标记物是SNP_03，其在SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:5具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；至少一种(例如，至少2种、3种、4种或4种)与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，其中所述1号染色体上的标记物是SNP_07，其在SEQ ID NO:14的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:14具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；和至少一种(例如，至少2种、3种、4种或4种)与位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物，其中所述7号染色体上的标记物是SNP_10，其在SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:19具有至少95％(更优选至少96％、至少97％、至少98％或甚至至少99％)同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤。
核酸及其用途
本发明还提供了一种分离的核酸，其包含选自以下的核苷酸序列：SEQ ID NO:1或其由包含SEQ ID NO:1的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:3或其由包含SEQ ID NO:3的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:5或其由包含SEQ ID NO:5的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:7或其由包含SEQID NO:7的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:9或其由包含SEQ IDNO:9的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:11或其由包含SEQ ID NO:11的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:13或其由包含SEQ ID NO:13的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:15或其由包含SEQ ID NO:15的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:17或其由包含SEQ ID NO:17的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:19或其由包含SEQ ID NO:19的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段，SEQ ID NO:21或其由包含SEQ ID NO:21的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:23或其由包含SEQ ID NO:23的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:25或其由包含SEQ ID NO:25的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:27或其由包含SEQ ID NO:27的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:29或其由包含SEQ ID NO:29的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:31或其由包含SEQ ID NO:31的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:33或其由包含SEQ ID NO:33的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:35或其由包含SEQ ID NO:35的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:37或其由包含SEQ ID NO:37的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:39或其由包含SEQ ID NO:39的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:41或其由包含SEQ ID NO:41的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:43或其由包含SEQ ID NO:43的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:45或其由包含SEQ ID NO:45的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:47或其由包含SEQ ID NO:47的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；和SEQ ID NO:49或其由包含SEQ ID NO:49的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段，或包含其互补核苷酸序列。本发明优选地提供一种分离的核酸，其包含选自以下的核苷酸序列：SEQ ID NO:1或其由包含SEQ ID NO:1的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:3或其由包含SEQ ID NO:3的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:5或其由包含SEQ ID NO:5的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ ID NO:7或其由包含SEQ ID NO:7的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQID NO:9或其由包含SEQ ID NO:9的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:11或其由包含SEQ ID NO:11的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:13或其由包含SEQ ID NO:13的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:15或其由包含SEQ ID NO:15的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:17或其由包含SEQ ID NO:17的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:19或其由包含SEQ ID NO:19的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段，SEQ IDNO:21或其由包含SEQ ID NO:21的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:23或其由包含SEQ ID NO:23的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:25或其由包含SEQ ID NO:25的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:27或其由包含SEQ ID NO:27的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:31或其由包含SEQ ID NO:31的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:33或其由包含SEQ ID NO:33的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:35或其由包含SEQ ID NO:35的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:37或其由包含SEQ ID NO:37的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:39或其由包含SEQ ID NO:39的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:43或其由包含SEQ ID NO:43的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:45或其由包含SEQ ID NO:45的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；SEQ IDNO:47或其由包含SEQ ID NO:47的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；和SEQ IDNO:49或其由包含SEQ ID NO:49的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段，或包含其互补核苷酸序列。
因此，本文提供的分离的核酸包含至少15个核苷酸，所述核苷酸包含选自SEQ IDNO:1-50的任一核苷酸序列的第51位核苷酸。此外，本文提供的分离的核酸包含分离的核酸的互补序列，所述互补序列包含至少15个核苷酸，所述核苷酸包含选自SEQ ID NO:1-50的任一核苷酸序列的第51位核苷酸。这意味着本文提供的分离的核酸包含至少15个后续核苷酸的选自SEQ ID NO:1-50的任一核苷酸序列的片段，其中所述片段还包含选自SEQ ID NO:1-50的所述核苷酸序列的第51位核苷酸，或其互补核苷酸序列。优选地，本发明的分离的核酸包含多于15个核苷酸，其包含选自SEQ ID NO:1-50的任一核苷酸序列的第51位核苷酸：例如至少16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、55、60、65、70、75、80、85、95或100个核苷酸，其包含选自SEQ ID NO:1-50的任一核苷酸序列的第51位核苷酸，或其互补核苷酸序列。
根据本发明的核酸特别适用于鉴定和/或选择洋葱植物或植物部分的方法的使用或开发，但也适用于生产洋葱植物的方法，该方法包括使第一洋葱植物与第二洋葱植物杂交，并基于本发明的一种或多种标记物的存在或不存在，从所述杂交的后代中选择洋葱植物。因此，本发明提供了选自SEQ ID NO:1-50的一个或多个核苷酸序列，优选由SEQ ID NO:1-50组成，或其片段用于洋葱植物或植物部分的标记物辅助选择的用途，其中所述片段由包含选自SEQ ID NO:1-50的所述核苷酸序列的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成，或所述一个或多个核苷酸序列的互补序列。此外，本发明提供了选自SEQ ID NO:51-62的一个或多个核苷酸序列，优选由SEQ ID NO:51-62组成，或其片段用于洋葱植物或植物部分的标记物辅助选择的用途，其中所述片段由包含选自SEQ ID NO:51-62的所述核苷酸序列的第61位核苷酸的至少15个核苷酸组成，或所述一个或多个核苷酸序列的互补序列。优选地，根据本发明使用的核苷酸序列可以是本文所述的任一核苷酸序列，例如包含多于15个核苷酸，所述核苷酸包含选自SEQ ID NO:1-50的任一核苷酸序列的第51位核苷酸，分别包含多于15个核苷酸(所述核苷酸包含选自SEQ ID NO:51-62的任一核苷酸序列的第61位核苷酸)，例如至少16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100个核苷酸，所述核苷酸包含选自SEQ ID NO:1-50的任一核苷酸序列的第51位核苷酸，分别包含选自SEQ ID NO:51-62的任一核苷酸序列的第61位核苷酸，或所述核苷酸序列的互补序列。
种子保藏
包含本文所述的赋予降低的丙酮酸水平的QTL的种子的代表性样本是由NunhemsB.V.于2008年3月13日，根据布达佩斯条约，按照Expert Solution(EPC 2000,Rule 32(1))，保藏于美国典型培养物保藏中心(ATCC,10801University Boulevard,Manassas,VA20110-2209,USA)。种子被给予以下保藏号PTA-9053(如WO 2009/092560 A1中进一步记载的株系I37853B的种子)、PTA-9054(如WO 2009/092560 A1中进一步记载的株系I37554A的种子)和PTA-9055(如WO 2009/092560 A1中进一步记载的株系I37554B的种子)。
申请人要求所述生物材料的样本和由其衍生的任何材料仅根据Rule32(1)EPC或具有类似规则和条例的国家或条约的相关立法向指定的专家开放，直至提到专利被授权，或如果申请被驳回、撤回或被视为撤回，则自申请日起20年。
在本申请未决期间，由美国专利局局长确定为有资格的人员可在请求后获得所述保藏物。遵从37C.F.R.§1.808(b)，在专利授权时，保藏者针对所保藏材料的公众可获得性提出的所有限制都会被永久移除。所述保藏物将被保持30年，或在最近一次请求之后5年的时间，或保持到专利的有效期，以较长时间为准，在此期间如果所述保藏物失活，则将会将其替换。申请人不放弃本专利申请或植物品种保护法(7USC 2321et seq.)所授予的任何权利。
实施例
实施例1
QTL定位
将衍生自I37554B与I37554B系谱中材料的杂交的单一低辛辣味(降低的辛辣味)株系I37720B与两个辛辣味自交系I37977B(“种群1”)和I37545-7(“种群2”)杂交。将所得的F1杂种进行自花传粉，以产生F2植物的两个分离种群。在俄勒冈州布鲁克斯的田间条件下，在种群1中，共生长了331株F2植物；并且在种群2中，共生长了236株植物。从每个F2个体中收集叶片组织用于DNA提取。收获球茎并储存4个月，之后测量丙酮酸水平。
对从每个F2个体中提取的DNA运行一组283个KASP标记物。丢弃单态性标记物，使用JoinMap软件包中的Kosambi定位函数独立计算每个种群的遗传连锁图谱。使用MapQTL软件包中的间隔定位法，将得到的图谱与丙酮酸测量值结合使用，以鉴定数量性状基因座(QTL)。使用全基因组置换检验方法设置基因座与丙酮酸浓度的显著关联的优势对数(LOD)得分阈值，累积计数至少为0.95，每个种群的1,000个置换的200次迭代。
在种群1中，检测到两个超过计算的LOD阈值的显著QTL，一个在3号连锁群(2号染色体)上，一个在6号连锁群(7号染色体)上。种群2在4号连锁群(1号染色体)上含有单个显著QTL。在综合遗传连锁图谱上鉴定了这三个QTL的峰标记物，并在F2种群图谱中添加了额外的邻近标记物。添加的额外标记物数量详细记载于表1中。每个显著QTL的峰标记物和侧翼标记物的信息在表2中。
在整合额外标记物后，3号连锁群(2号染色体)上QTL的峰标记物解释了5.6％的丙酮酸值变化(variation)，4号连锁群(1号染色体)上QTL的峰标记物解释了45.6％的变化，6号连锁群(7号染色体)上QTL的峰标记物解释了6.5％的丙酮酸值变化。
表1.在三个显著QTL中的每一个上添加的额外标记物
QTL 额外标记物 单态性 多态性 在QTL间隔中
3号连锁群 19 8 11 1
4号连锁群 5 4 1 1
6号连锁群 12 5 7 4
表2.每个显著QTL的峰标记物和侧翼标记物的名称
Figure BDA0003661790410000651
Figure BDA0003661790410000661
*SNP_10是6号连锁群上最远端的标记物，因此没有真正的侧翼标记物
表3.鉴定的峰标记物和侧翼标记物的核苷酸序列
Figure BDA0003661790410000662
Figure BDA0003661790410000671
此外，本发明的QTL被置于公众可获得的洋葱遗传图谱上。Duangjit et al.(2013)Theor Appl Genet 126,2093–2101详细描述了本文引用的所有公共标记物(publicmarker)。Munaiz and Havey(2020)J.Amer.Soc.Hort.Sci.,145(1),67-72详细描述了引用的“B9885 x B8667”图谱，并且Havey(2000)J.Amer.Soc.Hort.Sci.,145(2),110-119详细描述了引用的“Char x B5351”图谱。通过将公共标记物信息与内部数据集整合，将本发明的QTL定位在这些公共图谱上，并且用公共标记物对低辛辣味株系I37720B进行基因分型，以确定与降低的丙酮酸基因座关联的等位基因。下文提供的表4中描述了进一步定义本发明的QTL的基因座的公众可获得的标记物。
表4.由公众可获得的遗传标记物定义的降低的丙酮酸的QTL的基因座
标记物 图谱 染色体 图谱位置 降低的丙酮酸的等位基因
isotig30225_1454 B9885 x B8667 2 96.7 C
isotig32865_1404 B9885x B8667 2 116.1 G
isotig32772_1413 Char x B5351 1 60.7 G
isotig33099_885 Char x B5351 1 75.2 T
isotig28625_2789 B9885x B8667 7 0 G
isotig41937_218 B9885x B8667 7 11.2 G
表5.公众可获得的遗传标记物的核苷酸序列
Figure BDA0003661790410000681
因此，可以得出结论，位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL位于公共标记物isotig30225_1454(SEQ ID NO:51)和公共标记物isotig32865_1404(SEQ ID NO:53)之间，代表19.4cM的间隔。位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL位于公共标记物isotig32772_1413(SEQ ID NO:55)和公共标记物isotig33099_885(SEQ ID NO:57)之间，代表14.5cM的间隔。位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL位于公共标记物isotig28625_2789(SEQ ID NO:59)和公共标记物isotig41937_218(SEQ ID NO:61)之间，代表11.2cM的间隔。
此外，先前详细描述的标记物也被置于各自的公共图谱上。因为本发明人无法获取这些图谱的分离个体来计算精确的遗传距离，所以本发明人根据公共图谱将它们按间隔放置。
表6.由公众可获得的遗传标记物定义的降低的丙酮酸的QTL的基因座
Figure BDA0003661790410000682
Figure BDA0003661790410000691
实施例2
QTL标记物的验证
为了验证所鉴定的标记物可用于预测丙酮酸水平，本发明人对一组具有一系列丙酮酸值的株系进行了基因分型。对每一株系的5个球茎进行基因分型，并根据该株系的球茎的平均值指定丙酮酸浓度。
在储存四个月后对球茎进行丙酮酸测量。从洋葱球茎(25-50g)的中纬线处取5-10mm厚的切片。将切片四等分，与去离子水(1:10稀释度)混合，并用浸入式搅拌机均质化，直至大块消失(约45秒)。将一(1)mL洋葱汁离心5分钟(室温下为16,000x g)。上清液用于丙酮酸测量，其是根据Anthon and Barrett的方法(2003)进行，但做了一些修改。将六(6)mL洋葱汁与50mL的0.025％二硝基苯肼(DNPH)试剂在96孔微量培养板中混合。将混合物在37℃下孵育15min，然后与50mL的1.5N氢氧化钠(NaOH)混合。将混合物冷却至室温，然后读取515nm处的吸光度。每份样本重复进行三次丙酮酸分析。使用0.4、0.8和1.2mM的丙酮酸标准溶液制备校准曲线。结果表示为每克新鲜组织的μmol丙酮酸(μmol/g)。
该验证的结果证实，降低的辛辣味单倍型(“B”等位基因调用)在降低的辛辣味株系中富集，并且具有较低的平均丙酮酸值且较小的丙酮酸水平变化的株系具有较低的高丙酮酸(“A”)等位基因发生率(表7)。对于所有降低的辛辣味材料，通过Brix测量的可溶性固体含量(SSC)高于7％，且与丙酮酸水平不相关(R2＝0.2，斜率为负)。
将如上所述的连锁群定位至已知标记物，以确定哪个染色体编号对应于每个连锁群。因此发现3号连锁群对应于洋葱的2号染色体，4号连锁群对应于洋葱的1号染色体，并且6号连锁群对应于洋葱的7号染色体。
表7.降低的辛辣味植物材料的验证结果。基因型采用A/H/B格式编码，其中A为高辛辣味等位基因，H为杂合的，B为降低的辛辣味等位基因。侧翼SNP标记物用下划线标出，而峰标记物用粗体字标出(另参见上文提供的表2)。SNP标记物名称下方的行中表明了对降低的辛辣味等位基因的对应碱基调用。首先根据平均丙酮酸水平对条目进行排序，然后在平均水平相似时根据丙酮酸水平的标准差对条目进行排序。
Figure BDA0003661790410000711
序列表
<110> Nunhems B.V.
<120> 用于洋葱中降低的丙酮酸水平性状的分子标记物
<130> 191252WO01
<150> US 62/940667
<151> 2019-11-26
<150> EP 19216666.8
<151> 2019-12-16
<150> EP 20170450.9
<151> 2020-04-20
<160> 62
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 1
catggcaaga aaaatgttcc aagcttcttg aaacatctcc agacaattgg tctttcaaaa 60
gtgattccga aacctctact tcgaagtaca ttgcttcttt a 101
<210> 2
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 2
catggcaaga aaaatgttcc aagcttcttg aaacatctcc agacaattgg gctttcaaaa 60
gtgattccga aacctctact tcgaagtaca ttgcttcttt a 101
<210> 3
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 3
ttgataaaag cgatattgtt ggggaagtat cctgcagaat ttttgtggcc atgaaaagga 60
agatgagtgg aagctaaatg cattggaaat tgtgtttggc c 101
<210> 4
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 4
ttgataaaag cgatattgtt ggggaagtat cctgcagaat ttttgtggcc gtgaaaagga 60
agatgagtgg aagctaaatg cattggaaat tgtgtttggc c 101
<210> 5
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 5
gacggataat tcagaacagg gaggaagtaa gcagcatgtg ataatcaaca cagaggatag 60
agcttctgag gtgggtaaag ctgatgcgaa tcgtcccacg c 101
<210> 6
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 6
gacggataat tcagaacagg gaggaagtaa gcagcatgtg ataatcaaca tagaggatag 60
agcttctgag gtgggtaaag ctgatgcgaa tcgtcccacg c 101
<210> 7
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 7
tgatgctatc tggaagatta caaatttata gatggtatgg gatgttggaa tagcagattg 60
gtgctgaatt tagtactacc aaaggacaga tgacgccgct t 101
<210> 8
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 8
tgatgctatc tggaagatta caaatttata gatggtatgg gatgttggaa cagcagattg 60
gtgctgaatt tagtactacc aaaggacaga tgacgccgct t 101
<210> 9
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 9
ctcaggaatg agatttgcat cagcatcctc aggatcaatt tcttgatcat cagattgcat 60
tccataatta aacagcagct cgtgccactt catgtcatca a 101
<210> 10
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 10
ctcaggaatg agatttgcat cagcatcctc aggatcaatt tcttgatcat tagattgcat 60
tccataatta aacagcagct cgtgccactt catgtcatca a 101
<210> 11
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 11
cctgagcgat gtaaaaggaa gagatagagt atgggagttg agaaactgta accatgtttt 60
tcataaagga tgcctggaca aatggttaga gcatgatgag c 101
<210> 12
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 12
cctgagcgat gtaaaaggaa gagatagagt atgggagttg agaaactgta gccatgtttt 60
tcataaagga tgcctggaca aatggttaga gcatgatgag c 101
<210> 13
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 13
gattgtttag acattcgttg tatttcgcga gatctgctca cgggatagct cattttttaa 60
gatttttcga gaaattctac ctggattttt gttagggttt t 101
<210> 14
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 14
gattgtttag acattcgttg tatttcgcga gatctgctca cgggatagct gattttttaa 60
gatttttcga gaaattctac ctggattttt gttagggttt t 101
<210> 15
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 15
aattacactt tagcaatcaa gagatgattc tcaggagaaa tatccgagga tgtatacttc 60
accatttgtg catccaaccc ctgatccctt agccacgaca t 101
<210> 16
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 16
aattacactt tagcaatcaa gagatgattc tcaggagaaa tatccgagga ggtatacttc 60
accatttgtg catccaaccc ctgatccctt agccacgaca t 101
<210> 17
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 17
gatgatggtg gagcgagaag agaatggttc tggtttgtgg tttgattgga tgggtttgtc 60
gatcgaggtc catgaccatt gcttgtggat gcggttccat c 101
<210> 18
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 18
gatgatggtg gagcgagaag agaatggttc tggtttgtgg tttgattgga cgggtttgtc 60
gatcgaggtc catgaccatt gcttgtggat gcggttccat c 101
<210> 19
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 19
gagcaagatc agttaagatt cttaaagctc tttgaagaca ccgatgagtt ggatgatgag 60
ttggaacaat tataagttca atctactacg ccatacttta c 101
<210> 20
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 20
gagcaagatc agttaagatt cttaaagctc tttgaagaca ccgatgagtt cgatgatgag 60
ttggaacaat tataagttca atctactacg ccatacttta c 101
<210> 21
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 21
acttatttgt accagatgct agttcatcat acgatctcga tcaacagctc aaaactgtcc 60
ccacttcatc tgacggcaat atcatggttt cttggaatcc t 101
<210> 22
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 22
acttatttgt accagatgct agttcatcat acgatctcga tcaacagctc gaaactgtcc 60
ccacttcatc tgacggcaat atcatggttt cttggaatcc t 101
<210> 23
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 23
actcttttca aaatggcaat tccaaaactt gaactttaac ttttgttaca cgcttaatca 60
cgtcgataat catgcttagc accactgcca ctttctaaat c 101
<210> 24
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 24
actcttttca aaatggcaat tccaaaactt gaactttaac ttttgttaca tgcttaatca 60
cgtcgataat catgcttagc accactgcca ctttctaaat c 101
<210> 25
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 25
cctgaacatt atgcaaaatg tttagccaca ctttcacgct catcttcact tggaattcga 60
ttgtgttttc gtcagtacag taaaaataaa ttcaagcttt t 101
<210> 26
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 26
cctgaacatt atgcaaaatg tttagccaca ctttcacgct catcttcact aggaattcga 60
ttgtgttttc gtcagtacag taaaaataaa ttcaagcttt t 101
<210> 27
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 27
cgtgaaagtg tggctaaaca ttttgcataa tgttcaggag ttaaaaccac agcaatgtca 60
tctatacatt ctgcgctgat cacttgtgag aagggcgtga a 101
<210> 28
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 28
cgtgaaagtg tggctaaaca ttttgcataa tgttcaggag ttaaaaccac ggcaatgtca 60
tctatacatt ctgcgctgat cacttgtgag aagggcgtga a 101
<210> 29
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 29
taagcttcat gaagctatat atatcacagt aaaacaggtt atttttatgg gcatggatta 60
ctttttaaat ttgtaagttg gttttgtctc ccttttggtt a 101
<210> 30
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 30
taagcttcat gaagctatat atatcacagt aaaacaggtt atttttatgg acatggatta 60
ctttttaaat ttgtaagttg gttttgtctc ccttttggtt a 101
<210> 31
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 31
acgtcggcgg gagctttctc ggtttgatac acgcctaaat agccggttgg atcgactctc 60
gcgtagatcg gaccgttgcc ttggattatt tgagttttgg c 101
<210> 32
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 32
acgtcggcgg gagctttctc ggtttgatac acgcctaaat agccggttgg gtcgactctc 60
gcgtagatcg gaccgttgcc ttggattatt tgagttttgg c 101
<210> 33
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 33
tatagtgtgg caaaaggtgc attgcataga gcatttgatg agatagtagt agttgaaaga 60
aattgtggtc gagaagagca gagagatcca atcaatatta a 101
<210> 34
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 34
tatagtgtgg caaaaggtgc attgcataga gcatttgatg agatagtagt tgttgaaaga 60
aattgtggtc gagaagagca gagagatcca atcaatatta a 101
<210> 35
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 35
tattataatt ataagcagtg atgtcacatt cattaatttg tgcaccctca ttattatccc 60
tcgatgaaaa gtcaattatt tcgttaggaa tatccgtaga c 101
<210> 36
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 36
tattataatt ataagcagtg atgtcacatt cattaatttg tgcaccctca atattatccc 60
tcgatgaaaa gtcaattatt tcgttaggaa tatccgtaga c 101
<210> 37
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 37
tgttgcattc cccattaccc aatatcactg tcacaactat gctccccaac tccttgctac 60
actgcaataa catcacatac aacttcactt ccccgaacaa c 101
<210> 38
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 38
tgttgcattc cccattaccc aatatcactg tcacaactat gctccccaac accttgctac 60
actgcaataa catcacatac aacttcactt ccccgaacaa c 101
<210> 39
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 39
cttcccctcg gtaaatattc tgttactatc gacaaatgtg gagactttgt gactgcaccc 60
ataaatagta caatatttgg atggcgaata cgtttcatta t 101
<210> 40
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 40
cttcccctcg gtaaatattc tgttactatc gacaaatgtg gagactttgt aactgcaccc 60
ataaatagta caatatttgg atggcgaata cgtttcatta t 101
<210> 41
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 41
tactgcccag tcactgcttg tggggatgga ttcttcgtct tcaagcgatg ctcgaattct 60
ctcaagatct ttctctgaag cttctttgaa attaatgtcc t 101
<210> 42
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 42
tactgcccag tcactgcttg tggggatgga ttcttcgtct tcaagcgatg ttcgaattct 60
ctcaagatct ttctctgaag cttctttgaa attaatgtcc t 101
<210> 43
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 43
gatacccaaa accctgatat gatcgactat ctcaaccaag aaaatgatta tactgaatca 60
tttatgaaag atactgaaaa attgcagcga aaattagtgg a 101
<210> 44
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 44
gatacccaaa accctgatat gatcgactat ctcaaccaag aaaatgatta cactgaatca 60
tttatgaaag atactgaaaa attgcagcga aaattagtgg a 101
<210> 45
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 45
ttatggtcga aagaagacct attgaacttt gtcatagcac ctccagtggg tatcttccca 60
cacagcttat tatagccgac gtcaaaatac accagtttga t 101
<210> 46
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 46
ttatggtcga aagaagacct attgaacttt gtcatagcac ctccagtggg catcttccca 60
cacagcttat tatagccgac gtcaaaatac accagtttga t 101
<210> 47
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 47
aaattggcta tggagaagat gaagattgat ttggcacaga aagataagat cctgtctgca 60
ttgctgagaa aatcaaaggc tgataatgaa gaaaagcata t 101
<210> 48
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 48
aaattggcta tggagaagat gaagattgat ttggcacaga aagataagat cctgtctgca 60
ttgctgagaa aatcaaaggc tgataatgaa gaaaagcata t 101
<210> 49
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 49
cattctgtca tggttatcag tcacatctaa tgatgcttta atactttccg gattcagaaa 60
tgacaaatgt gctccaccaa atgcttctac acatggttta c 101
<210> 50
<211> 101
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 50
cattctgtca tggttatcag tcacatctaa tgatgcttta atactttccg aattcagaaa 60
tgacaaatgt gctccaccaa atgcttctac acatggttta c 101
<210> 51
<211> 121
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 51
ctcgcttttg tctccggtca aatacttgaa cccatcatac aaaattcttt caaaaacgtc 60
cacttttatt tttccaacca acaccctttc agtactcttc tccaaaacag ataggaacaa 120
c 121
<210> 52
<211> 121
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 52
ctcgcttttg tctccggtca aatacttgaa cccatcatac aaaattcttt caaaaacgtc 60
aacttttatt tttccaacca acaccctttc agtactcttc tccaaaacag ataggaacaa 120
c 121
<210> 53
<211> 121
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> n为a、c、g或t
<400> 53
naatcgagcg gagttcgtcg gagtccatta ccgtctcttt ctttggctat ttaatatcgt 60
gtaatggagg ataaaagagg ataatgatgt aatattttat ggattggact atataaaaat 120
g 121
<210> 54
<211> 121
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> n为a、c、g或t
<400> 54
naatcgagcg gagttcgtcg gagtccatta ccgtctcttt ctttggctat ttaatatcgt 60
ttaatggagg ataaaagagg ataatgatgt aatattttat ggattggact atataaaaat 120
g 121
<210> 55
<211> 121
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 55
gaatcgcgaa cctttgaaat ggaggggaac accggtattg gagccgatac ccttctcgcc 60
ggtacaaatc gctctaaaat tctctgccgt tctgggaacg acgtcggcaa agagctcaat 120
g 121
<210> 56
<211> 121
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 56
gaatcgcgaa cctttgaaat ggaggggaac accggtattg gagccgatac ccttctcgcc 60
agtacaaatc gctctaaaat tctctgccgt tctgggaacg acgtcggcaa agagctcaat 120
g 121
<210> 57
<211> 121
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<220>
<221> misc_feature
<222> (48)..(48)
<223> n为a、c、g或t
<400> 57
agtgctcact gtattatcaa ttccggaagg ttttccatgg ataatctntt caccctcata 60
tgcccatttg tttatgagat caagttcctt ttcccctaaa ttcaaccacc cagattcttt 120
a 121
<210> 58
<211> 121
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<220>
<221> misc_feature
<222> (48)..(48)
<223> n为a、c、g或t
<400> 58
agtgctcact gtattatcaa ttccggaagg ttttccatgg ataatctntt caccctcata 60
cgcccatttg tttatgagat caagttcctt ttcccctaaa ttcaaccacc cagattcttt 120
a 121
<210> 59
<211> 121
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 59
agttaaaagc acttccacgc ctaggccact atacatatag tccttctcct tcccgttcac 60
gtactccttg cgcctgtaaa aaggaagcac atccagcaca tcttcatttt ccttcagcca 120
c 121
<210> 60
<211> 121
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<400> 60
agttaaaagc acttccacgc ctaggccact atacatatag tccttctcct tcccgttcac 60
atactccttg cgcctgtaaa aaggaagcac atccagcaca tcttcatttt ccttcagcca 120
c 121
<210> 61
<211> 121
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> n为a、c、g或t
<400> 61
nttaaagagg cctagcgcga gtagttggat cttcattgga ttctactttc atcatgaaaa 60
gatacccaat tatccacaag agcacatatg gaaaaggaat ccagcataaa catgccaata 120
g 121
<210> 62
<211> 121
<212> DNA
<213> 洋葱（Allium cepa）
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> n为a、c、g或t
<400> 62
nttaaagagg cctagcgcga gtagttggat cttcattgga ttctactttc atcatgaaaa 60
tatacccaat tatccacaag agcacatatg gaaaaggaat ccagcataaa catgccaata 120
g 121

Claims (11)

1.一种用于鉴定和/或选择洋葱(Allium cepa)植物或植物部分的方法，包括确定所述植物或植物部分中一种或多种标记物的存在或不存在，所述标记物适于确定洋葱植物或植物部分中赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL的存在，其中所述标记物选自：
与位于2号染色体上的标记物isotig30225_1454和标记物isotig32865_1404之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物；
与位于1号染色体上的标记物isotig32772_1413和标记物isotig33099_885之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物；和
与位于7号染色体上的标记物isotig28625_2789和标记物isotig41937_218之间的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述标记物是片段长度多态性(RFLP)标记物、酶切扩增多态性序列(CPAS)标记物、微卫星标记物、限制性片段长度多态性(RFLP)标记物、随机扩增多态性DNA(RAPD)标记物、扩增片段长度多态性(AFLP)标记物或单核苷酸多态性(SNP)标记物，优选SNP标记物。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物是选自以下的SNP标记物：SNP_11，其在SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:21具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_12，其在SEQ ID NO:23的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:23具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_13，其在SEQ ID NO:25的第51位核苷酸处或在与SEQ IDNO:25具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_14，其在SEQ IDNO:27的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:27具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_01，其在SEQ ID NO:1的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:01具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_02，其在SEQ ID NO:3的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_03，其在SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_04，其在SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或在与SEQID NO:7具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_15，其在SEQ IDNO:29的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:29具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；isotig30225_1454，其在SEQ ID NO:51的第61位核苷酸处或在与SEQ IDNO:51具有至少95％同一性的序列的第61位核苷酸处包含胞嘧啶；以及isotig32865_1404，其在SEQ ID NO:53的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:53具有至少95％同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤。
4.根据权利要求2所述的方法，其中所述与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物是选自以下的SNP标记物：SNP_16，其在SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或与SEQ ID NO:31具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_17，其在SEQ ID NO:33的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:33具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_05，其在SEQ ID NO:9的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:9具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_06，其在SEQ ID NO:11的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:11具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；SNP_07，其在SEQ ID NO:13的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:13具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_08，其在SEQ ID NO:15的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_18，其在SEQ ID NO:35的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:35具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_19，其在SEQ ID NO:37的第51位核苷酸处或在与SEQID NO:37具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_20，其在SEQID NO:39的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:39具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_21，其在SEQ ID NO:41的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:41具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；isotig32772_1413，其在SEQ IDNO:55的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:55具有至少95％同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤；以及isotig33099_885，其在SEQ ID NO:57的第61位核苷酸处或在与SEQ IDNO:57具有至少95％同一性的序列的第61位核苷酸处包含胸腺嘧啶。
5.根据权利要求2所述的方法，其中所述与位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物是选自以下的SNP标记物：SNP_22，其在SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:43具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_23，其在SEQ ID NO:45的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:45具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_24，其在SEQ ID NO:47的第51位核苷酸处或在与SEQID NO:47具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；SNP_25，其在SEQ IDNO:49的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:49具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；SNP_09，其在SEQ ID NO:17的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:17具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；SNP_10，其在SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；isotig28625_2789，其在SEQ ID NO:59的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:59具有至少95％同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤；以及isotig41937_218，其在SEQ IDNO:61的第61位核苷酸处或在与SEQ ID NO:61具有至少95％同一性的序列的第61位核苷酸处包含鸟嘌呤。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，包括确定所述植物或植物部分中至少一种与位于2号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物、至少一种与位于1号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物和至少一种与位于7号染色体上的赋予降低的丙酮酸的QTL连锁的标记物的存在或不存在。
7.根据权利要求6所述的方法，其中所述2号染色体上的标记物是SNP_03，其在SEQ IDNO:5的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；所述1号染色体上的标记物是SNP_07，其在SEQ ID NO:13的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:13具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；以及所述7号染色体上的标记物是SNP_10，其在SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述赋予降低的丙酮酸水平的一个或多个QTL存在于其种子以登录号PTA-9053保藏的植物中、其种子以登录号PTA-9054保藏的植物中或其种子以登录号PTA-9055保藏的植物中。
9.一种分离的核酸，其包含选自以下的核苷酸序列：
SEQ ID NO:1或其由包含SEQ ID NO:1的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:3或其由包含SEQ ID NO:3的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:5或其由包含SEQ ID NO:5的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:7或其由包含SEQ ID NO:7的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:9或其由包含SEQ ID NO:9的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:11或其由包含SEQ ID NO:11的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:13或其由包含SEQ ID NO:13的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:15或其由包含SEQ ID NO:15的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:17或其由包含SEQ ID NO:17的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:19或其由包含SEQ ID NO:19的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段，
SEQ ID NO:21或其由包含SEQ ID NO:21的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:23或其由包含SEQ ID NO:23的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:25或其由包含SEQ ID NO:25的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:27或其由包含SEQ ID NO:27的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:29或其由包含SEQ ID NO:29的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:31或其由包含SEQ ID NO:31的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:33或其由包含SEQ ID NO:33的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:35或其由包含SEQ ID NO:35的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:37或其由包含SEQ ID NO:37的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:39或其由包含SEQ ID NO:39的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:41或其由包含SEQ ID NO:41的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:43或其由包含SEQ ID NO:43的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:45或其由包含SEQ ID NO:45的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；
SEQ ID NO:47或其由包含SEQ ID NO:47的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段；以及
SEQ ID NO:49或其由包含SEQ ID NO:49的第51位核苷酸的至少15个核苷酸组成的片段，
或包含其互补核苷酸序列。
10.选自SEQ ID NO:1-50和SEQ ID NO:51-62的一个或多个核苷酸序列或其片段用于洋葱植物或植物部分的标记物辅助选择的用途，
其中所述片段由至少15个核苷酸组成，所述至少15个核苷酸包含选自SEQ ID NO:1-50的所述核苷酸序列的第51位核苷酸；或者
其中所述片段由至少15个核苷酸组成，所述至少15个核苷酸包含选自SEQ ID NO:51-62的所述核苷酸序列的第61位核苷酸，
或所述一个或多个核苷酸序列的互补序列。
11.用于鉴定产生具有降低的丙酮酸水平的球茎的洋葱植物的标记物，所述标记物包含一种或多种选自以下的SNP：
SNP_01，其在2号染色体上的SEQ ID NO:1的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:1具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；
SNP_02，其在2号染色体上的SEQ ID NO:3的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；
SNP_03，其在2号染色体上的SEQ ID NO:5的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:5具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；
SNP_04，其在2号染色体上的SEQ ID NO:7的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:7具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；
SNP_05，其在1号染色体上的SEQ ID NO:9的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:9具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；
SNP_06，其在1号染色体上的SEQ ID NO:11的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:11具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；
SNP_07，其在1号染色体上的SEQ ID NO:13的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:13具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；
SNP_08，其在1号染色体上的SEQ ID NO:15的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:15具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；
SNP_09，其在7号染色体上的SEQ ID NO:17的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:17具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；
SNP_10，其在7号染色体上的SEQ ID NO:19的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:19具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；
SNP_11，其在2号染色体上的SEQ ID NO:21的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:21具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；
SNP_12，其在2号染色体上的SEQ ID NO:23的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:23具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；
SNP_13，其在2号染色体上的SEQ ID NO:25的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:25具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；
SNP_14，其在2号染色体上的SEQ ID NO:27的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:27具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；
SNP_15，其在2号染色体上的SEQ ID NO:29的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:29具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；
SNP_16，其在1号染色体上的SEQ ID NO:31的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:31具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；
SNP_17，其在1号染色体上的SEQ ID NO:33的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:33具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含腺嘌呤；
SNP_18，其在1号染色体上的SEQ ID NO:35的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:35具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；
SNP_19，其在1号染色体上的SEQ ID NO:37的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:37具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；
SNP_20，其在1号染色体上的SEQ ID NO:39的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:39具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤；
SNP_21，其在1号染色体上的SEQ ID NO:41的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:41具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；
SNP_22，其在7号染色体上的SEQ ID NO:43的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:43具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；
SNP_23，其在7号染色体上的SEQ ID NO:45的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:45具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胸腺嘧啶；
SNP_24，其在7号染色体上的SEQ ID NO:47的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:47具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含胞嘧啶；以及
SNP_25，其在7号染色体上的SEQ ID NO:49的第51位核苷酸处或在与SEQ ID NO:49具有至少95％同一性的序列的第51位核苷酸处包含鸟嘌呤。
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