CN115851982B - 一种鸡的长距分子遗传标记及应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提供一种鸡的长距分子遗传标记及应用，涉及家禽基因工程育种技术领域。所述鸡的长距分子遗传标记为鸡多效生长因子(PT N)基因内含子4的63366位点SNP即PTN(63366：C>T)。该分子遗传标记基因型通过引物F：5’‑CCAAACCTCTTCTGCGTCTC‑3’和R：5’‑GCAGAGCATTGTGTCAGGAA‑3’进行PCR扩增测序所得。本发明克服了现有技术的不足，提供一种鸡的长距分子遗传标记，运用该分子标记对鸡距长进行分子标记辅助选择，可实现对距长的早期选种，降低育种成本，提升育种的效率和效果，加快育种遗传进展。
Description
技术领域
本发明涉及家禽基因工程育种技术领域，具体涉及一种鸡的长距分子遗传标记及应用。
背景技术
鸡的距位于胫部后侧，是公鸡的第二性征，且公鸡的距长随日龄增长而增长，而母鸡的距基本退化，故距长性状可看作限性性状。
虽然距长与鸡的生产性能以及肉品质无显著相关性，但距长是公鸡重要的包装性状，消费者喜欢并优先购买距长较长的公鸡，说明长距可以提高鸡的经济价值。
在肉鸡新品种培育时，往往把增加公鸡的距长作为选育目标之一。由于公鸡的距长性状一般在3个月龄之后才容易测定，因而当前对距长的选择一般在种鸡3个月龄之后，采用个体选择法进行选种，并且只对公鸡进行选种，母鸡因无距长表型值而不开展选种。该种方法存在以下缺陷：1、选种较迟，即淘汰较晚而增加饲养费用，导致育种成本高；2、因无法对母鸡进行遗传潜力选择，选种的遗传进展较慢。
发明内容
针对现有技术不足，本发明提供一种鸡的长距分子遗传标记及应用。利用现代生物技术，通过候选基因分析法，发现鸡多效生长因子(PTN)基因内含子4的63366位点SNP即PTN(63366：C>T)与鸡距长显著相关，其中不同基因型鸡距长关系为CC型>CT型>TT型。该突变可作为鸡距长性状的分子标记，用于鸡距长大小分子标记辅助选择，实现对距长性状的早期选种，降低成本，提升育种的效率和效果，加速培育长距型肉鸡新品系或品种。
为实现以上目的，本发明的技术方案通过以下技术方案予以实现：
一种鸡的长距分子遗传标记，所述鸡的长距分子遗传标记为PTN基因的内含子4的63366位点SNP。
优选的，所述PTN基因内含子4的63366位点SNP基因型由以下引物进行PCR扩增测序所得，扩增的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，SNP基因分型参照图1所示。
上游引物F：5’-CCAAACCTCTTCTGCGTCTC-3’；
下游引物R：5’-GCAGAGCATTGTGTCAGGAA-3’。
长距优势等位基因(C)应用于鸡的选育，可获得长距的鸡种。
优选的，所述应用的方式包括以下步骤：
(1)品系纯繁出雏，雏鸡佩戴翅号，登记系谱，常规饲养管理，按照育种目标进行相关性状；
(2)6周龄按照育种目标，对其他如体重等目标育种性状开展选种；
(3)7-8周龄对每只鸡的距长分子遗传标记位点开展基因型鉴定；
(4)9-10周按照基因鉴定结果，公鸡和母鸡均选留长距基因型(CC型)个体；
(5)17周龄时，对选留的种公鸡的距长进行测定，选留距长较大的个体，按照上述步骤逐代繁育，获得长距的鸡品系或品种。
优选的，所述步骤(4)中，在公鸡和母鸡选留长距基因型个体数量不够时，可选留部分携带长距优势等位基因(C)的个体来补充种群数量。
本发明提供一种鸡的长距分子遗传标记及应用，与现有技术相比优点在于：
(1)本发明确定的分子遗传标记可以对鸡的育种进行辅助选择，实现对公母鸡早期选种，早淘汰不需要的种鸡，从而降低饲养成本，降低育种费用；
(2)本发明的分子遗传标记通过辅助选择可对不表现距长性状的母鸡进行选种，提高选种的准确性和效率，从而加快选种的遗传进展，加速培育长距型肉鸡新鸡品系或品种。
附图说明
图1为本发明基因分型结果图。
具体实施方式
为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面结合本发明实施例对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
实施例1：
皖南三黄鸡是我国地方遗传资源，被列入《中国畜禽遗传资源志家禽志》中。该品种属于肉蛋兼用型品种，由于消费者的喜好，我们需对鸡距长进行选择，加快鸡距的生长速度，迎合市场需求，即以皖南三黄鸡为例，选育长距品系：
1、育种目标：基本维持现有鸡的生长速度、增加距的生长速度，即增加距长，育种得到长距型皖南三黄鸡新品系(Q2系)。
2、选育流程：
(1)Q2系纯繁：纯繁获得雏鸡10000只，公母翻肛法鉴别，留母雏约5000只，公雏约2000只，每只鸡佩戴翅号，登记系谱；
(2)Q2系体重选择：通过常规饲养管理，6周龄全群称重，记录每只鸡的体重，淘汰体重过大和过小、留取体重居中的个体母鸡约4000只，公鸡约1500只；
(3)8周龄对公鸡和母鸡个体采集血液样品，提取DNA，对PTN基因内含子4的63366位点SNP按照以下分型方法进行基因分型：
①针对PTN基因内含子4的63366位点SNP设计PCR扩增引物，其中：
上游引物序列为F：5’-CCAAACCTCTTCTGCGTCTC-3’；
下游引物序列为R：5’-GCAGAGCATTGTGTCAGGAA-3’。
②利用鸡DNA模板与引物进行PCR扩增：
扩增步骤包括：PCR反应体系和PCR反应程序；
所述PCR反应体系包括添加模板DNA1μL，添加上游引物1μL，添加下游引物1μL，添加2×HieffTMPCRMasterMix10μL，添加ddH2O7μL；
所述PCR反应程序包括：第一步94℃起始变性5min，第二步94℃解链30s，第三步55℃退火30s，第四步72℃延伸1min，其中解链到延伸循环次数为35次，第五步72℃最终延伸10min，第六步4℃保存；
③PCR产物进行测序和基因型鉴定：
PCR产物经Sanger测序后，参照图1所示针对标记SNP，对所有个体进行基因分型，共包括CC、CT以及TT三种基因型，其中CC基因型为长距基因型，C为长距优势等位基因；
根据上述分型获得CC型公鸡399只，CT型公鸡270只，TT型公鸡811只；CC型母鸡1253只，CT型母鸡555只，TT型母鸡2172只；
(4)基因型鉴定后，在9周龄时，对基因型进行选择，从399只CC型公鸡中选择生长发育良好的公鸡200只，其余公鸡淘汰；从1253只CC型母鸡中选择生长发育良好的母鸡1100只，从555只CT型母鸡中选择生长发育良好的母鸡300只，其余母鸡淘汰；
(5)17周龄时，对公鸡的距长进行测定，选留长距个体约100只；
(6)Q2系下个世代继续纯繁，重复上世代的选育方法，直至完全淘汰CT型和TT型个体。
3、选育效果：
Q2系经过2个世代选育，与保种群(作为对照组)相比，20周龄公鸡的距长测定结果如下表1所示：
表1.利用PTN(63366：C>T)标记选育鸡距长效果分析
| 组别 | Q2系 | 保种群(对照组) |
| 选育之前距长(mm) | 5.44±1.80 | 5.37±1.75 |
| 一代选育距长(mm) | 5.71±1.68a | 5.34±1.72b |
| 二代选育距长(mm) | 5.97±1.55A | 5.42±1.83B |
其中，上标字母a，b表示P<0.05；A，B表示P<0.01。
由上表1可见，Q2系经过两个世代分子标记辅助选择，20周龄公鸡距长比选育之前提高了0.53mm，增幅达9.74％；而对照组保种群的距长基本无变化。同时可见，Q2系距长的变异系数逐代下降，表明距长的均匀度在不断提高。若再经过多个世代的连续选育，长距特性会越来越明显。
需要说明的是，在本文中，诸如第一和第二等之类的关系术语仅仅用来将一个实体或者操作与另一个实体或操作区分开来，而不一定要求或者暗示这些实体或操作之间存在任何这种实际的关系或者顺序。而且，术语“包括”、“包含”或者其任何其他变体意在涵盖非排他性的包含，从而使得包括一系列要素的过程、方法、物品或者设备不仅包括那些要素，而且还包括没有明确列出的其他要素，或者是还包括为这种过程、方法、物品或者设备所固有的要素。在没有更多限制的情况下，由语句“包括一个……”限定的要素，并不排除在包括所述要素的过程、方法、物品或者设备中还存在另外的相同要素。
以上实施例仅用以说明本发明的技术方案，而非对其限制；尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明，本领域的普通技术人员应当理解：其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改，或者对其中部分技术特征进行等同替换；而这些修改或者替换，并不使相应技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的精神和范围。
Claims (4)
1.一种鸡的长距分子遗传标记的应用，其特征在于，所述鸡的长距分子遗传标记应用于鸡的选育，以获得长距的鸡种，且所述遗传标记为PTN基因内含子4的63366位点SNP，所述SNP位点位于SEQ ID NO：1的第198位，其多态性为C/T。
2.根据权利要求1所述的鸡的长距分子遗传标记的应用，其特征在于：所述PTN基因内含子4的63366位点SNP基因型由以下引物进行PCR扩增测序所得，扩增的核苷酸序列如SEQID NO：1所示；
上游引物F：5’-CCAAACCTCTTCTGCGTCTC-3’；
下游引物R：5’-GCAGAGCATTGTGTCAGGAA-3’。
3.根据权利要求1所述的一种鸡的长距分子遗传标记的应用，其特征在于，所述应用的方式包括以下步骤：
（1）品系纯繁出雏，雏鸡佩戴翅号，登记系谱，常规饲养管理，按照育种目标进行相关性状；
（2）6周龄按照育种目标，对其他如体重等目标育种性状开展选种；
（3）7-8周对每只鸡的距长性状分子遗传标记位点开展基因型鉴定；
（4）9-10周按照基因鉴定结果，公鸡和母鸡均选留长距基因型即CC型个体；
（5）17周龄时，对选留的种公鸡的距长进行测定，选留距长较大的个体，按照上述步骤逐代繁育，获得长距的鸡品系或品种。
4.根据权利要求3所述的一种鸡的长距分子遗传标记的应用，其特征在于：所述步骤（4）中，在公鸡和母鸡选留长距基因型个体数量不够时，可选留部分携带长距优势等位基因C的个体来补充种群数量。
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