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CN120138215A - 一种鉴定甜瓜杂交种纯度的方法及其使用的InDel引物组合 - Google Patents

一种鉴定甜瓜杂交种纯度的方法及其使用的InDel引物组合 Download PDF

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CN120138215A
CN120138215A CN202510455776.0A CN202510455776A CN120138215A CN 120138215 A CN120138215 A CN 120138215A CN 202510455776 A CN202510455776 A CN 202510455776A CN 120138215 A CN120138215 A CN 120138215A
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CN
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primer
seq
sweet
honey
melon
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CN202510455776.0A
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张建
田浩然
杨静静
俞新华
张晓飞
夏昌选
赵泓
温常龙
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Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences
Original Assignee
Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences
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Abstract

本发明公开了一种鉴定甜瓜杂交种纯度的方法及其使用的InDel引物组合。本发明所提供的InDel引物组合由12个引物组组成；每个引物组由2条引物序列组成，用于扩增一个InDel位点；各个引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:24所示。该InDel引物组合可在甜瓜杂交种的种子或幼苗期进行早期鉴定，以保证杂交种的纯度，切实保护生产者和育种家的权益，并为甜瓜品种的种子质量管理提供技术支持。本发明提供的方法具有准确、低成本、操作简单、结果清晰、节约人力、物力等优点，具有十分广阔的应用前景。

Description

一种鉴定甜瓜杂交种纯度的方法及其使用的InDel引物组合
技术领域
本发明属于杂交种纯度鉴定领域，具体涉及一种鉴定甜瓜杂交种纯度的方法及其使用的InDel引物组合。
背景技术
甜瓜为葫芦科甜瓜属一年生蔓性草本植物，果实营养丰富，深受消费者喜爱，是中国市场上最为畅销的果品之一。近年来，随着甜瓜产业的发展，越来越多的新品种进入市场。截止2024年12月，全国申请登记的甜瓜品种已达2475份，其中超过95％的品种为一代杂交种，品种纯度成为影响甜瓜种子质量的重要指标之一。然而，传统的甜瓜种子纯度采用田间种植鉴定，存在操作复杂、耗时长、易受环境因素影响等局限性，难以满足现代种业高效、精准的管理需求。与传统的田间鉴定方法相比，基于DNA的分子检测技术具有成本低廉、操作简便、结果可靠等优势，能够显著提高甜瓜种子纯度鉴定的效率和准确性。
InDel(Insertion-Deletion)标记即为插入缺失标记，指的是相对于参考基因组而言，其它样品的基因组中存在一定数量的核苷酸插入或删除。与SNP标记相比，InDel标记对DNA的质量要求不高，检测成本较低，普通电泳平台即可完成检测。与SSR标记相比，InDel标记的基因组分布密度高，变异稳定性好且易于分型。目前，针对甜瓜杂交种纯度鉴定的InDel标记开发鲜有报道。因此，筛选一套适合甜瓜品种纯度的InDel分子标记组合，对于提升种子质量、规范甜瓜种子市场和促进甜瓜产业健康发展具有重要意义。
基于此，特提出本发明。
发明内容
针对现有技术的不足，本发明的目的之一在于提供用于鉴定甜瓜杂交种纯度的InDel引物组合。
本发明的目的之二在于提供包含上述引物组合的试剂盒。
本发明的目的之三在于提供上述引物组合或试剂盒的应用。
本发明的目的之四在于提供一种鉴定待测甜瓜杂交种纯度的方法。
为了实现上述目的，本发明采用了以下技术方案：
本发明第一方面提供InDel引物组合，包括第一引物组至第十二引物组，对应扩增十二个InDel标记以分别对各个InDel标记进行基因分型或者进行纯合或杂合确定，其中：
所述十二个InDel标记包括：
标记TG_Ind01：位于1号染色体上第912892位，为核苷酸T或者为SEQ ID NO.25所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind02：位于2号染色体上第1576348位，为核苷酸T或者为SEQ ID NO.26所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind03：位于2号染色体上第21498496位，为核苷酸G或者为SEQ ID NO.27所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind04：位于3号染色体上第27217555位，为核苷酸T或者为SEQ ID NO.28所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind05：位于4号染色体上第18106952位，为核苷酸G或者为SEQ ID NO.29所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind06：位于4号染色体上第21247101位，为核苷酸C或者为SEQ ID NO.30所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind07：位于5号染色体上第16632195位，为核苷酸G或者为SEQ ID NO.31所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind08：位于7号染色体上第26006430位，为核苷酸T或者为SEQ ID NO.32所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind09：位于8号染色体上第4833893位，为核苷酸G或者为SEQ ID NO.33所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind10：位于8号染色体上第6770350位，为核苷酸C或者为SEQ ID NO.34所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind11：位于9号染色体上第23860732，为核苷酸C或者为SEQ ID NO.35所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind12：位于12号染色体上第22505112位，为核苷酸C或者为SEQ ID NO.36所示的核苷酸序列；
所述十二个InDel标记在染色体上的位置是基于甜瓜DHL92参考基因组序列比对确定的，所述甜瓜DHL92参考基因组序列的版本号为V3.5.1；
第一引物组(引物组1)用于扩增分子标记TG_Ind01；第二引物组(引物组2)用于扩增分子标记TG_Ind02；第三引物组(引物组3)用于扩增分子标记TG_Ind03；第四引物组(引物组4)用于扩增分子标记TG_Ind04；第五引物组(引物组5)用于扩增分子标记TG_Ind05；第六引物组(引物组6)用于扩增分子标记TG_Ind06；第七引物组(引物组7)用于扩增分子标记TG_Ind07；第八引物组(引物组8)用于扩增分子标记TG_Ind08；第九引物组(引物组9)用于扩增分子标记TG_Ind09；第十引物组(引物组10)用于扩增分子标记TG_Ind10；第十一引物组(引物组11)用于扩增分子标记TG_Ind11；第十二引物组(引物组12)用于扩增分子标记TG_Ind12。
本发明提供的InDel引物组合可以用于鉴定甜瓜杂交种的纯度，可以用于鉴定某甜瓜杂交种纯度的引物组的PCR产物如果是杂合带，则代表待测甜瓜品种为杂交种，如果是单一条带，则代表待测甜瓜品种不是杂交种，可能是亲本之一，即亲本与杂交种混杂了。
本发明所述杂交种指杂交一代种，其中可能有亲本混杂。
进一步地，所述InDel引物组合中，
所述第一引物组由SEQ ID NO.1所示的正向引物F1、和SEQ ID NO.2所示的反向引物R1组成；
所述第二引物组由SEQ ID NO.3所示的正向引物F2、和SEQ ID NO.4所示的反向引物R2组成。
所述第三引物组由SEQ ID NO.5所示的正向引物F3、和SEQ ID NO.6所示的反向引物R3组成。
所述第四引物组由SEQ ID NO.7所示的正向引物F4、和SEQ ID NO.8所示的反向引物R4组成。
所述第五引物组由SEQ ID NO.9所示的正向引物F5、和SEQ ID NO.10所示的反向引物R5组成。
所述第六引物组由SEQ ID NO.11所示的正向引物F6、和SEQ ID NO.12所示的反向引物R6组成。
所述第七引物组由SEQ ID NO.13所示的正向引物F7、和SEQ ID NO.14所示的反向引物R7组成。
所述第八引物组由SEQ ID NO.15所示的正向引物F8、和SEQ ID NO.16所示的反向引物R8组成。
所述第九引物组由SEQ ID NO.17所示的正向引物F9、和SEQ ID NO.18所示的反向引物R9组成。
所述第十引物组由SEQ ID NO.19所示的正向引物F10、和SEQ ID NO.20所示的反向引物R10组成。
所述第十一引物组由SEQ ID NO.21所示的正向引物F11、和SEQ ID NO.22所示的反向引物R11组成。
所述第十二引物组由SEQ ID NO.23所示的正向引物F12、和SEQ ID NO.24所示的反向引物R12组成。
本发明第二方面提供一种包含上述第一方面的InDel引物组合的试剂盒。
所述试剂盒除了包含引物组合以外，还可以包含PCR用辅助试剂，比如超纯水、PCR缓冲液、dNTP以及DNA聚合酶等，还可以包括进行PCR的常规实验器材。
上述引物组中，在进行PCR时，名称中含有“F”的引物与名称中含有“R”的引物的摩尔比具体可为1:1。
本发明第三方面提供上述第一方面InDel引物组合或者上述第二方面试剂盒在鉴定甜瓜杂交种纯度方面的应用。
进一步地，所述甜瓜杂交种选自金戈蜜农11号、金蜜八号、秾稼二号、福祺翠玉、翠带M15、欣丽6号、皇冠、夏州蜜、白珍珠、红金冠、广蜜6号、白玉红、网络时代、农甜宝典、西薄洛托三号、欣源密12号、蜜绿、景甜碧玉2号、开甜九号、众天382、红瑞红、M1005、红心脆二号、金瑞宝、鲁蜜1号、隆欣蜜17号、双全蜜十三号、景甜星空1号、阿鲁斯夏、伯洪蜜5号、景甜蜜3号、四季银红2号、骄红4号、M3166、斯美托、金典、安娜斯、火洲蜜125、金脆、青花密、红脆蜜、天都银蜜、优创香秀、万香、白领丽人、欣源蜜六号、亨密2号、金蜜玥、圣蜜青蜜、龙麟二十五、美梨、蜜甜17号、东方骄子25号、黑珊瑚、都蜜6号、通翠1号、齐甜品味、天跃甄选、垦甜2号、商益早雪、百臣欣雅、花田一号、碧香、万金甜12号、庆甜2号、金玲、香瑞景润、吉甜瓜6号、雪奶香1号、圣玉18、平雅一号、辽甜翠玉、玲珑脆、晶甜脆宝、豫甜金玉、璇点八里香、绿脆玉、景甜花衣、花魁、众天327、千玉6号、瑞甜十一号、新密28号中的任一种。
上述甜瓜杂交种均为市售品种。上述甜瓜杂交品种中，本发明第一方面提到的十二个InDel标记中的至少一个是杂合型，本发明提供的InDel引物组合可以用于上述甜瓜杂交品种的纯度鉴定。
本发明第四方面提供一种鉴定待测甜瓜杂交种纯度的方法，包括如下步骤：
(1)随机抽取N株待测甜瓜杂交种并获取其基因组DNA；
(2)分别以从步骤(1)获得的N株待测甜瓜杂交种中选取的至少8株(如10株、15株或20株)待测甜瓜杂交种的基因组DNA为模板，分别采用上述第一方面提供的所述InDel引物组合中第一至第十二引物组进行PCR扩增，得到相应的PCR扩增产物；
(3)对步骤(2)得到的PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果分别统计第一至第十二引物组的杂合条带的株数；然后选取杂合条带株数相对多(比如株数多余5、株数次最多、株数最多)且清晰的引物组作为目的引物组；
(4)分别以步骤(1)获得的N株待测甜瓜杂交种的基因组DNA为模板，分别采用步骤(3)获得的目的引物组进行PCR扩增，得到不同目的引物组扩增下各株待测甜瓜杂交种的PCR扩增产物；
(5)对步骤(4)得到的PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果分别统计各个目的引物组扩增产物中具有杂合条带的株数，其中具有杂合条带的待测甜瓜株系为杂交种，根据各个目的引物组扩增下具有杂合条带的株数获得待测甜瓜杂交种的纯度。
本发明第四方面方法中，由步骤(3)确定的目的引物组可以是1个也可以是2个或更多个，当存在多个目的引物组时，可以采用多个目的引物组获得的杂交种纯度来确定待测甜瓜杂交种的最终纯度，具体为：
统计各个目的引物组显示杂合条带的株数和无条带的株数，分别计算各个目的引物组得到的待测甜瓜杂交种的纯度，之后求平均值；
某一目的引物组得到的纯度＝某一目的引物组显示杂合条带的株数/(N-该目的引物组无条带的株数)×100％。
进一步地，所述待测甜瓜杂交种选自金戈蜜农11号、金蜜八号、秾稼二号、福祺翠玉、翠带M15、欣丽6号、皇冠、夏州蜜、白珍珠、红金冠、广蜜6号、白玉红、网络时代、农甜宝典、西薄洛托三号、欣源密12号、蜜绿、景甜碧玉2号、开甜九号、众天382、红瑞红、M1005、红心脆二号、金瑞宝、鲁蜜1号、隆欣蜜17号、双全蜜十三号、景甜星空1号、阿鲁斯夏、伯洪蜜5号、景甜蜜3号、四季银红2号、骄红4号、M3166、斯美托、金典、安娜斯、火洲蜜125、金脆、青花密、红脆蜜、天都银蜜、优创香秀、万香、白领丽人、欣源蜜六号、亨密2号、金蜜玥、圣蜜青蜜、龙麟二十五、美梨、蜜甜17号、东方骄子25号、黑珊瑚、都蜜6号、通翠1号、齐甜品味、天跃甄选、垦甜2号、商益早雪、百臣欣雅、花田一号、碧香、万金甜12号、庆甜2号、金玲、香瑞景润、吉甜瓜6号、雪奶香1号、圣玉18、平雅一号、辽甜翠玉、玲珑脆、晶甜脆宝、豫甜金玉、璇点八里香、绿脆玉、景甜花衣、花魁、众天327、千玉6号、瑞甜十一号、新密28号中的任一种。
作为上述方法中一种可选的实施方式，所述的PCR扩增的反应体系具体可为：5μl模板DNA(50ng/μl)、10μl 2×Mix、1μl的正向引物和1μl的反向引物(20μmol/L)、3μl超纯水。所述PCR扩增的反应程序具体可为：95℃预变性5min；95℃变性30s；58℃退火30s；72℃延伸1min，35个循环；72℃延伸10min。
上述所述的方法中，N的数值越大，鉴定待测甜瓜杂交种纯度的准确性越高，比如N≥80、100、120、150或者200。
需要说明的是，本发明聚焦于甜瓜杂交种的纯度保障，特指杂交一代种，其核心挑战在于避免亲本混杂而非机械混杂，即非由多种甜瓜杂交种简单混合而成。
与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：
本发明提供的InDel引物组合实现了现有代表性甜瓜杂交种在种子或幼苗期的早期鉴定，从而确保杂交种的纯度，有效维护生产者和育种家的合法权益，并为甜瓜品种的种子质量管理提供技术支持。本发明提供的方法具有高通量、准确、低成本、操作简单、节约人力、物力等优点，具有十分广阔的应用前景。
附图说明
图1为12个引物组在部分供试甜瓜杂交种中的InDel分型效果。
图2为12个引物组在83份甜瓜种杂合位点的分布情况。
图3为引物组4在96份盛京蜜8号杂合种中的条带分布效果。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。以下提供的实施例可作为本技术领域普通技术人员进行进一步改进的指南，并不以任何方式构成对本发明的限制。
下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
实施例1、用于鉴定甜瓜杂交种纯度的InDel引物组合的获得。
一、12个InDel位点的发现
本发明基于149份甜瓜代表资源的重测序数据，开发甜瓜全基因组InDel标记，并用于品种纯度鉴定，获得12个InDel位点。这149份甜瓜资源类型丰富，涵盖薄皮甜瓜以及厚皮甜瓜，且基本包括了甜瓜主要的生态类型与农艺性状，尽可能多地体现了种质代表性，具有较高的遗传多样性。
具体的，InDel位点的筛选标准如下：首先在全基因组染色体上筛选出其中属于二态类型的InDel位点，选择两翼200保守且＞30bp的InDel位点，再筛选Miss<0.2，MAF>0.2，He<0.05的InDel位点，最后进行blast特异分析，并设计了62对特异性引物。这些引物被用于对表3中83份供试甜瓜杂交种进行筛选。在筛选过程中，通过仔细比较和分析，最终筛选出了那些表现出较高杂合度和多态性的引物。经过严格的筛选和评估，最终确定12对引物。
12个InDel位点的基本信息详见表1中第1至5列。其中InDel位点在染色体上的位置是基于甜瓜DHL92参考基因组序列比对确定的，所述甜瓜DHL92参考基因组序列的版本号为V3.5.1(下载地址为：http://cucurbitgenomics.org/ftp/genome/melon/DHL92/v3.5.1/)。
表1.12个InDel位点的基本信息
二、用于鉴定甜瓜杂交种纯度的InDel引物组合的获得
基于步骤一发现的12个InDel位点，本发明的发明人开发了具有较高多态性和杂合度的用于鉴定甜瓜杂交种纯度的InDel引物组合。
InDel引物组合由12个引物组组成，每个引物组的名称见表2中第2列。每个引物组由2条引物序列组成，用于扩增一个InDel位点。12个引物组中各个引物的核苷酸序列如表2中第4列所示。
表2适用于甜瓜纯度鉴定的12对Indel引物序列
实施例2、实施例1开发的InDel引物组合的有效性检验
本实施例中的83个供试甜瓜杂交种的基本信息见表3。83个供试甜瓜杂交种均为常见的优良杂交种或国外引进杂交种。
表3.83份供试甜瓜杂交种的基本信息
1、供试甜瓜杂交种的基因组DNA的获得(磁珠法DNA提取)
每份甜瓜材料取适量叶片样品收集于离心管中，加入钢珠，并置于液氮中进行冷冻，随后使用超高通量研磨仪进行研磨；研磨后每个样品加800μl的SDS提取液；60℃烘箱30-40min，期间颠倒混匀3次；向每个样品中加入240μl(即SDS提取液体积的0.3倍)的3M醋酸钾溶液，充分颠倒混匀5次后，置于4℃冰箱中静置20min；4000转离心10分钟；预先准备新的离心管或深孔板，向其中加入600μl的磁珠异丙醇(确保体积与上清液相等)，注意操作顺序为先加入磁珠异丙醇，随后再加入上清液，且吸取的上清液体积不应超过总体积的2/3；颠倒混匀，-20℃静置至磁珠沉淀30min，再次颠倒混匀，用磁力架吸附，弃上清，倒扣吸水纸上沾残液；向样品中加入200μl的75％乙醇溶液，充分颠倒混匀后，静置直至磁珠完全沉淀；再次颠倒混匀用磁力架吸附，弃上清，倒扣在吸水纸上沾残液；待磁珠完全风干后，向其中加入100μl的纯净水，充分颠倒混匀以确保DNA完全溶解；使用Nanodrop(微量分光光度计)取2μl的DNA提取液进行检测，测定其OD260/280和OD260/230比值(理想范围均为1.8-2.0)，并记录DNA的浓度。随后，将DNA浓度调整至50ng/μl，以备后续使用。
2、分别以83个供试甜瓜杂交种的基因组DNA为模板，分别采用表2给出的12个引物组进行PCR扩增，得到相应的PCR扩增产物。各个PCR反应体系中，名称中含有“F”的引物、名称中含有“R”的引物浓度比为1:1。
PCR扩增的反应体系为：5μl模板DNA、10μl 2×Mix、1μl的正向引物和1μl的反向引物(20μmol/L)、3μl超纯水。
反应程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s；58℃退火30s；72℃延伸1min，35个循环；72℃延伸10min。
3、完成步骤2后，将PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，并通过凝胶成像系统拍照并读取结果。通过条带情况判断83个供试甜瓜杂交种基于每个InDel位点的基因型。具体的判断原则如下：如果某供试甜瓜杂交种基于某InDel位点显示条带结果为杂合条带，则该供试甜瓜杂交种基于该InDel位点的基因型为杂合型；如果某供试甜瓜杂交种基于某InDel位点显示条带结果为单条带，则该供试甜瓜杂交种基于该InDel位点的基因型为纯合型。
部分结果见图1。结果表明，各个引物组在供试甜瓜杂交种中可以得到很好的分型效果。
4、杂合位点数分布和效率评价
根据83个供试甜瓜杂交种基于12个InDel位点的基因型，统计每个供试甜瓜杂交种的杂合位点数。
建立在12个引物组上的83个供试甜瓜杂交种的杂合位点数的分布结果见图2。结果表明，12个引物组能使每个供试甜瓜杂交种都有至少一个杂合位点。
由此可见，实施例1开发的InDel引物组合可以应用于甜瓜杂交种纯度鉴定。
实施例3、采用实施例1开发的InDel引物组合检测盛京蜜8号杂交种的纯度
1、盛京蜜8号杂交种的基因组DNA的获得
(1)种植200粒盛京蜜8号杂交种种子，得到盛京蜜8号杂交种幼苗。
(2)随机取96株盛京蜜8号杂交种幼苗的叶片或根，采用磁珠法分别提取基因组DNA，依次得到96份盛京蜜8号杂交种的基因组DNA。
2、引物组的筛选
(1)选取步骤(2)得到的8株杂交种苗的基因组DNA，分别以其做为模板，分别采用实施例1开发的InDel引物组合中的12个引物组进行PCR扩增，得到相应的PCR扩增产物。各个PCR反应体系中，名称中含有“F”的引物和名称中含有“R”的引物的浓度比为1:1。
PCR扩增的反应体系具体可为：5μl模板DNA(50ng/μl)、10μl2×Mix、1μl的正向引物和1μl的反向引物(20μmol/L)、3μl超纯水。
PCR扩增的反应程序具体可为：95℃预变性5min；95℃变性30s；58℃退火30s；72℃延伸1min，35个循环；72℃延伸10min。
(2)完成步骤(1)后，进行琼脂糖凝胶电泳，使用凝胶成像系统下对电泳结果进行拍照记录得到结果。比较12个引物组杂合位点的株数，杂合位点株数最多的引物组即为筛选出的引物组。
结果表明，引物组4的杂合位点的株数最多，为8株。因此，引物组4即为筛选出的引物组，进行后续实验。
3、获得盛京蜜8号杂交种的纯度
(1)分别以96份盛京蜜8号杂交种的基因组DNA为模板，采用筛选出来的引物组4进行PCR扩增，得到相应的PCR扩增产物。各个PCR反应体系中，名称中含有“F”的引物和名称中含有“R”的引物的浓度比为1:1。
PCR扩增的反应体系具体可为：5μl模板DNA(50ng/μl)、10μl2×Mix、1μl的正向引物和1μl的反向引物(20μmol/L)、3μl超纯水。
PCR扩增的反应程序具体可为：95℃预变性5min；95℃变性30s；58℃退火30s；72℃延伸1min，35个循环；72℃延伸10min。
(2)完成步骤(1)后，进行琼脂糖凝胶电泳，使用凝胶成像系统下对电泳结果进行拍照记录得到结果。
InDel分型结果见图3。
(3)完成步骤(2)后，统计引物组4显示杂合位点的株数和无杂合位点的株数；按照下述公式计算盛京蜜8号杂交种的纯度；。
纯度＝引物组显示杂合位点的株数/(96-引物组无条带的株数)×100％。
结果表明，引物组显示杂合条带的株数为95株，纯合条带的株数为1株，无条带的株数为0株，纯度为95/96×100％＝98.9％。
200株杂交种经田间鉴定得到2株异型株，该品种的杂交种纯度为99.0％，由此说明本发明鉴定方法准确度高。
最后所应说明的是，以上具体实施方式仅用以说明本发明的技术方案而非限制，尽管参照较佳实施例对本发明进行了详细说明，本领域的普通技术人员应当理解，可以对本发明的技术方案进行修改或者等同替换，而不脱离本发明技术方案的精神和范围，其均应涵盖在本发明的权利要求范围当中。

Claims (8)

1.InDel引物组合，包括第一引物组至第十二引物组，对应扩增十二个InDel标记以分别对各个InDel标记进行基因分型或者进行纯合或杂合确定，其中：
所述十二个InDel标记包括：
标记TG_Ind01：位于1号染色体上第912892位，为核苷酸T或者为SEQ ID NO.25所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind02：位于2号染色体上第1576348位，为核苷酸T或者为SEQ ID NO.26所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind03：位于2号染色体上第21498496位，为核苷酸G或者为SEQ ID NO.27所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind04：位于3号染色体上第27217555位，为核苷酸T或者为SEQ ID NO.28所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind05：位于4号染色体上第18106952位，为核苷酸G或者为SEQ ID NO.29所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind06：位于4号染色体上第21247101位，为核苷酸C或者为SEQ ID NO.30所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind07：位于5号染色体上第16632195位，为核苷酸G或者为SEQ ID NO.31所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind08：位于7号染色体上第26006430位，为核苷酸T或者为SEQ ID NO.32所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind09：位于8号染色体上第4833893位，为核苷酸G或者为SEQ ID NO.33所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind10：位于8号染色体上第6770350位，为核苷酸C或者为SEQ ID NO.34所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind11：位于9号染色体上第23860732位，为核苷酸C或者为SEQ ID NO.35所示的核苷酸序列；
标记TG_Ind12：位于12号染色体上第22505112位，为核苷酸C或者为SEQ ID NO.36所示的核苷酸序列；
所述十二个InDel标记在染色体上的位置是基于甜瓜DHL92参考基因组序列比对确定的，所述甜瓜DHL92参考基因组序列的版本号为V3.5.1；
第一引物组用于扩增分子标记TG_Ind01；第二引物组用于扩增分子标记TG_Ind02；第三引物组用于扩增分子标记TG_Ind03；第四引物组用于扩增分子标记TG_Ind04；第五引物组用于扩增分子标记TG_Ind05；第六引物组用于扩增分子标记TG_Ind06；第七引物组用于扩增分子标记TG_Ind07；第八引物组用于扩增分子标记TG_Ind08；第九引物组用于扩增分子标记TG_Ind09；第十引物组用于扩增分子标记TG_Ind10；第十一引物组用于扩增分子标记TG_Ind11；第十二引物组用于扩增分子标记TG_Ind12。
2.如权利要求1所述的InDel引物组合，其特征在于：
所述第一引物组由SEQ ID NO.1所示的正向引物F1、和SEQ ID NO.2所示的反向引物R1组成；
所述第二引物组由SEQ ID NO.3所示的正向引物F2、和SEQ ID NO.4所示的反向引物R2组成；
所述第三引物组由SEQ ID NO.5所示的正向引物F3、和SEQ ID NO.6所示的反向引物R3组成；
所述第四引物组由SEQ ID NO.7所示的正向引物F4、和SEQ ID NO.8所示的反向引物R4组成；
所述第五引物组由SEQ ID NO.9所示的正向引物F5、和SEQ ID NO.10所示的反向引物R5组成；
所述第六引物组由SEQ ID NO.11所示的正向引物F6、和SEQ ID NO.12所示的反向引物R6组成；
所述第七引物组由SEQ ID NO.13所示的正向引物F7、和SEQ ID NO.14所示的反向引物R7组成；
所述第八引物组由SEQ ID NO.15所示的正向引物F8、和SEQ ID NO.16所示的反向引物R8组成；
所述第九引物组由SEQ ID NO.17所示的正向引物F9、和SEQ ID NO.18所示的反向引物R9组成；
所述第十引物组由SEQ ID NO.19所示的正向引物F10、和SEQ ID NO.20所示的反向引物R10组成；
所述第十一引物组由SEQ ID NO.21所示的正向引物F11、和SEQ ID NO.22所示的反向引物R11组成；
所述第十二引物组由SEQ ID NO.23所示的正向引物F12、和SEQ ID NO.24所示的反向引物R12组成。
3.一种包含权利要求1或2所述的InDel引物组合的试剂盒。
4.权利要求1或2所述的InDel引物组合、或者权利要求3所述的试剂盒在鉴定甜瓜杂交种纯度方面的应用。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述甜瓜杂交种选自金戈蜜农11号、金蜜八号、秾稼二号、福祺翠玉、翠带M15、欣丽6号、皇冠、夏州蜜、白珍珠、红金冠、广蜜6号、白玉红、网络时代、农甜宝典、西薄洛托三号、欣源密12号、蜜绿、景甜碧玉2号、开甜九号、众天382、红瑞红、M1005、红心脆二号、金瑞宝、鲁蜜1号、隆欣蜜17号、双全蜜十三号、景甜星空1号、阿鲁斯夏、伯洪蜜5号、景甜蜜3号、四季银红2号、骄红4号、M3166、斯美托、金典、安娜斯、火洲蜜125、金脆、青花密、红脆蜜、天都银蜜、优创香秀、万香、白领丽人、欣源蜜六号、亨密2号、金蜜玥、圣蜜青蜜、龙麟二十五、美梨、蜜甜17号、东方骄子25号、黑珊瑚、都蜜6号、通翠1号、齐甜品味、天跃甄选、垦甜2号、商益早雪、百臣欣雅、花田一号、碧香、万金甜12号、庆甜2号、金玲、香瑞景润、吉甜瓜6号、雪奶香1号、圣玉18、平雅一号、辽甜翠玉、玲珑脆、晶甜脆宝、豫甜金玉、璇点八里香、绿脆玉、景甜花衣、花魁、众天327、千玉6号、瑞甜十一号、新密28号。
6.一种鉴定待测甜瓜杂交种纯度的方法，其特征在于，包括如下步骤：
(1)随机抽取N株待测甜瓜杂交种并获取其基因组DNA；
(2)分别以从步骤(1)获得的N株待测甜瓜杂交种中选取的至少8株待测甜瓜杂交种的基因组DNA为模板，分别采用权利要求1或2所述InDel引物组合中第一至第十二引物组进行PCR扩增，得到相应的PCR扩增产物；
(3)对步骤(2)得到的PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果分别统计第一至第十二引物组的杂合条带的株数；然后选取杂合条带株数相对多且清晰的引物组作为目的引物组；
(4)分别以步骤(1)获得的N株待测甜瓜杂交种的基因组DNA为模板，分别采用步骤(3)获得的目的引物组进行PCR扩增，得到不同目的引物组扩增下各株待测甜瓜杂交种的PCR扩增产物；
(5)对步骤(4)得到的PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果分别统计各个目的引物组扩增产物中具有杂合条带的株数，其中具有杂合条带的待测甜瓜株系为杂交种，根据各个目的引物组扩增下具有杂合条带的株数获得待测甜瓜杂交种的纯度。
7.如权利要求6所述的方法，其特征在于，所述“根据各个目的引物组扩增下具有杂合条带的株数获得待测甜瓜杂交种的纯度”的方法为：统计各个目的引物组显示杂合条带的株数和无条带的株数，分别计算各个目的引物组得到的待测甜瓜杂交种的纯度，之后求平均值；
纯度＝某一目的引物组显示杂合条带的株数/(N-该目的引物组无条带的株数)×100％。
8.如权利要求6或7所述的方法，其特征在于，所述待测甜瓜杂交种选自金戈蜜农11号、金蜜八号、秾稼二号、福祺翠玉、翠带M15、欣丽6号、皇冠、夏州蜜、白珍珠、红金冠、广蜜6号、白玉红、网络时代、农甜宝典、西薄洛托三号、欣源密12号、蜜绿、景甜碧玉2号、开甜九号、众天382、红瑞红、M1005、红心脆二号、金瑞宝、鲁蜜1号、隆欣蜜17号、双全蜜十三号、景甜星空1号、阿鲁斯夏、伯洪蜜5号、景甜蜜3号、四季银红2号、骄红4号、M3166、斯美托、金典、安娜斯、火洲蜜125、金脆、青花密、红脆蜜、天都银蜜、优创香秀、万香、白领丽人、欣源蜜六号、亨密2号、金蜜玥、圣蜜青蜜、龙麟二十五、美梨、蜜甜17号、东方骄子25号、黑珊瑚、都蜜6号、通翠1号、齐甜品味、天跃甄选、垦甜2号、商益早雪、百臣欣雅、花田一号、碧香、万金甜12号、庆甜2号、金玲、香瑞景润、吉甜瓜6号、雪奶香1号、圣玉18、平雅一号、辽甜翠玉、玲珑脆、晶甜脆宝、豫甜金玉、璇点八里香、绿脆玉、景甜花衣、花魁、众天327、千玉6号、瑞甜十一号、新密28号。
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