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JP2009500454A - 標的化治療の変異型を回避する免疫応答を惹起するための組成物および方法 - Google Patents

標的化治療の変異型を回避する免疫応答を惹起するための組成物および方法 Download PDF

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JP2009500454A JP2008521492A JP2008521492A JP2009500454A JP 2009500454 A JP2009500454 A JP 2009500454A JP 2008521492 A JP2008521492 A JP 2008521492A JP 2008521492 A JP2008521492 A JP 2008521492A JP 2009500454 A JP2009500454 A JP 2009500454A
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Abstract

本発明は、ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合させた酵母媒介体；ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；またはｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープの１種類以上を含む組成物を提供する。

Description

米国政府の権利
該当なし。
技術分野
本発明は、一般的に、変異型ポリペプチドに対する免疫応答の惹起における使用のための組成物および方法、標的化される治療用または予防用薬物薬剤（１種類または複数種）に応答して特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドを発現する細胞に関する。本明細書に開示する該組成物および方法は、標的化される薬物薬剤の投与との組合せで、変異型ポリペプチド（該変異型ポリペプチドを発現する細胞の欠失および／または停止を含むに対する免疫応答、特に、細胞媒介性免疫応答を惹起するのに有用である。該組成物および方法は、予防的または治療的に使用され得る。
発明の背景
癌生物学における新規な発見により、標的特異的抗癌剤の設計の機会がもたらされ、薬物開発の進歩が促されている。このような発見により、癌細胞内の特定の標的に対して高い選択性を有する分子を設計することが可能になる。Ｓｅｇｏｔａ ＆ Ｂｕｋｏｗｓｋｉ，Ｃｌｅｖｅｌａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃ Ｊ．Ｍｅｄ．，２００４，７１（７）：５５１−５６０。例えば、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）の処置におけるＢｃｒ−Ａｂｌチロシンキナーゼ阻害剤イマチニブ（グリベック）の好成績は、この標的化アプローチに対する期待を大きく刺激した。Ｃａｐｄｅｖｉｌｌｅら，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ，２００２，１：４９３−５０２。標的化癌治療は、重大な問題をもたらす。標的は回避変異を発現し、最終的に薬物耐性に至る。例えば、最初はグリベックでの処置に応答性であった患者に変異が生じているのが認められ、この患者は、この変異の結果、グリベックでのさらなる処置に対して抵抗性になったと報告されている。Ｇｏｒｒｅら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００１，２９３：８７６−８８０；Ｓｈａｈら，Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２００２，２：１１７−１２５；Ｂｒａｎｆｏｒｄら，Ｂｌｏｏｄ ２００２，９９（９）：３７４２−３７４５；Ｄｅｉｎｉｎｇｅｒら，Ｂｌｏｏｄ ２００５，１０５（７）：２６４０−２６３。同様に、上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）における変異が、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）患者において認められ、この変異によって患者は、ゲフィチニブ（イレッサ）またはエルロチニブ（タルセバ）などのＥＧＦＲを特異的に標的化する治療用薬剤の作用に対して抵抗性になったと報告された。Ｋｏｂａｙａｓｈｉら，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ，２００５，３５２（８）：７８６−７９２。したがってこのような癌薬物の有効性は、回避変異の存在によって有意に制限される。
同様に、さまざまな抗ウイルス性化合物が認可され、現在、ウイルス感染の処置に使用されているが、このような薬剤の多くで見られる薬物耐性の発現という重大な問題が継続して存在する。例えば、ＨＩＶの処置に使用されるヌクレオシド逆転写酵素阻害剤に対する耐性が報告されている。例えば、スタブジンに対する耐性と関連しているＨＩＶ ＲＴにおいて同定された変異としては、Ｍ４１Ｌ、Ｋ６５Ｒ、Ｄ６７Ｎ、Ｋ７０Ｒ、Ｑ１５１Ｍ、Ｌ２１０Ｗ、Ｔ２１５Ｙ／ＦおよびＫ２１９Ｅが挙げられる。ジダノシンに対する耐性と関連しているＨＩＶ ＲＴにおいて同定された変異としては、Ｋ６５Ｒ、Ｌ７４ＶおよびＭ１８４Ｖが挙げられる。ラミブジンに対する耐性と関連しているＨＩＶ ＲＴにおいて同定された変異としては、Ｋ６５ＲおよびＭ１８４Ｖ／Ｉが挙げられる。例えば、Ｊｏｈｎｓｏｎら（２００５，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＡＩＤＳ Ｓｏｃｉｅｔｙ−ＵＳＡ 第１３巻：５１−５７）およびＳｃｈｍｉｔｔら（２０００，ＡＩＤＳ第ｌ４巻：６５３−６５８）を参照のこと。特異的抗ウイルス薬物に対する感受性の低下または完全な耐性は、ウイルスの逆転写酵素またはＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼのエラーが起こりやすい性質のため、多くのレトロウイルス、ＲＮＡウイルスおよび一部のＤＮＡウイルス（例えば、Ｂ型肝炎ウイルスなど）に対する治療の有効性を制限する大きな要因である。治療用および／または予防用薬剤の投与に伴って出現する変異型の存在を少なくとも最小限に抑えることが望まれよう。
免疫応答を惹起するための方法は、例えば、非特許文献１に開示されている。酵母系は、例えば、特許文献１、非特許文献２；および非特許文献３に開示されている。
本明細書に引用した特許、特許出願および出願公開公報を含む全ての参考文献は、引用によりその全体が本明細書に組み込まれる。
米国特許第５，８３０，４６３号明細書 Ｔｈｙｐｈｒｏｎｉｔｉｓら（２００４，Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，ｖｏｌ．２４：２４４３−２４５４）およびＰｌａｔｅら（２００５）Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，第９４巻：１０６９） Ｓｔｕｂｂｓら（２００１，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄ．５：６２５−６２９）；Ｌｕら（２００４，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６４：５０８４−５０８８） Ｆｒａｎｚｕｓｏｆｆら（２００５，Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏ．Ｔｈｅｒ．第５巻：５６５−５７５）
発明の簡単な概要
本明細書において、酵母媒介体および変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ、または変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含み、該変異型ポリペプチドが、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである組成物が提供される。
一例において、該組成物は、以下：
ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；
ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；
ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合させた酵母媒介体；
ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；または
ｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ
の１種類以上を含み、
該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである。
一例において、酵母媒介体は、完全体の酵母、酵母スフェロプラスト、酵母細胞質体、酵母ゴーストまたは細胞分画酵母膜抽出物またはその画分である。一例において、酵母媒介体は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｋｌｕｖｅｒｏｍｙｃｅｓ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ、ＣａｎｄｉｄａおよびＰｉｃｈｉａからなる群より選択される酵母から得られる。一例において、酵母媒介体は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、例えば、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅなどから得られる。
一例において、変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープは、２つ以上のエピトープを含む。他の一例では、変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープは、１つ以上の変異を含む２つ以上のエピトープを含む。
一例において、変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープは、ＲＮＡまたはＤＮＡウイルスにコードされている。一例において、ウイルスは、レトロウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、ピコルナウイルス、コロナウイルス、フィロウイルス、ラブドウイルス、ブンヤウイルス（ｂｕｎｙａｖｉｕｒｓ）、オルトミクソウイルス、パラミクソウイルス、アレナウイルス、カリシウイルス、ヘパドナウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、アデノウイルス、パルボウイルスまたはパポバウイルスである。他の一例では、変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープは、ＨＩＶ、ＨＢＶまたはＨＣＶにコードされている。
本明細書において、酵母媒介体および変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ、または変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含み、該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである組成物が提供される。
一例において、変異型ポリペプチドは、アルタザナビル（ａｌｔａｚａｎａｖｉｒ）、サクイナビル、ラミブジン、ジドノシン（ｄｉｄｎｏｓｉｎｅ）、エンブリシタビン（ｅｍｂｒｉｃｉｔａｂｉｎｅ）、ジドブジン、スタブジン、ザルシタビン、アバカビル、テノホビル、ネビラピン、デラビルジン、エファビレンツ、インジナビル、リトナビル、ネルフィナビル、アンプレナビル、ロピナビル、エンフビルチド、エンテカビル、アデホビル、ファムシクロビル、ガンシクロビル、インターフェロン、リバビリン、サイモシン−α、キナーゼ阻害剤、ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤、非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤、ウイルスプロテアーゼ阻害剤、ウイルス侵入／融合阻害剤、ウイルスプロテアーゼ阻害剤、ヌクレオシド類縁体またはその組合せから選択される、標的化される治療用および／または予防用薬剤での処置に応答して出現する。
一例において、変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープは、癌遺伝子にコードされているか、腫瘍関連抗原であるか、または癌細胞によって発現される。一例において、変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープは、ＭＡＧＥ、ＭＡＧＥ３、ＭＡＧＥＡ６、ＭＡＧＥＡ１０、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ｇｐ１００、チロシナーゼ、ＥＧＦＲ、ＦＧＦＲ、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＶＥＧＦ、ＰＤＧＦＲ、Ｋｉｔ、ＰＭＳＡ、ＣＥＡ、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、Ｍｕｃ−１、ｈＴＥＲＴ、Ｍａｒｔ１、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、Ｂｃｒ−Ａｂｌ、ｐ５３、ｐ７３、Ｒａｓ、ＰＴＥＮＳｒｃ、ｐ３８、ＢＲＡＦ、大腸腺腫性ポリポーシス、ｍｙｃ、フォン・ヒッペル・リンドウタンパク質、Ｒｂ−１、Ｒｂ−２、ＢＲＡＣ１、ＢＲＡＣ２、アンドロゲン受容体、Ｓｍａｄ４、ＭＤＲ１またはＦｌｔ３である。
一例において、変異型ポリペプチドは、イマチニブ、ゲフィチニブ、エルロチニブ、キナーゼ阻害剤、ＳＢ２０３５８０、チロシンキナーゼ阻害剤またはその組合せから選択される標的化される治療用および／または予防用薬剤での処置に応答して出現する。
本明細書において、酵母媒介体および変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ、または変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含み、該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである組成物が提供される。一例において、該組成物は、薬学的に許容され得る賦形剤をさらに含む。一例において、該組成物は、少なくとも１種類のアジュバントをさらに含む。他の一例では、アジュバントは、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト、ジヌクレオチドＣｐＧ配列、単鎖もしくは二本鎖ＲＮＡ、フロイントアジュバント、脂質部分、マンナン、グルカン、アルミニウム系の塩、カルシウム系の塩、シリカ、ポリヌクレオチド、トキソイド、血清タンパク質、ウイルス外被タンパク質、γ−インターフェロン、コポリマー、Ｒｉｂｉアジュバントまたはサポニンおよびその誘導体から選択される。
本明細書において、変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ、あるいは変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む細胞および／または該変異型ポリペプチドもしくはその断片を発現する細胞に対する免疫応答を惹起するための方法であって、該変異型ポリペプチドは、治療用および／または予防用薬物薬剤（１種類または複数種）の投与に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものであり、該方法は、有効量の組成物を該薬剤との組合せで投与することを含み、該組成物は、
ａ．該変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｂ．変異型ポリペプチドに結合している細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｃ．該変異型ポリペプチド、もしくは該変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するペプチド（ミメトープ）；または
ｄ．該変異型ポリペプチドをコードする核酸、あるいは該核酸に結合し得る核酸、例えばｓｉＲＮＡもしくはアンチセンスＲＮＡなど
を含み、
該有効量の該組成物は、該薬剤との組合せで投与される、
方法が提供される。
一例において、該組成物は、以下：
ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；
ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；
ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合した酵母媒介体；
ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；または
ｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ
の１種類以上を含み、
該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである。
一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。一例において、免疫応答は体液性応答である。さらなる一例において、免疫応答は細胞性と体液性両方の免疫応答である。他の一例では、該組成物は、アジュバント、例えば、限定されないが、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニスト；ＣｐＧヌクレオチド配列；単鎖もしくは二本鎖ＲＮＡ；脂質部分、例えば、リポ多糖（ＬＰＳ）など；マンナンおよびグルカンをさらに含む。一例において、該組成物は酵母媒介体を含む。一例において、酵母媒介体は、完全体の酵母、酵母スフェロプラスト、酵母細胞質体、酵母ゴーストまたは細胞分画酵母膜抽出物またはその画分である。一例において、酵母媒介体は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｋｌｕｖｅｒｏｍｙｃｅｓ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ、ＣａｎｄｉｄａおよびＰｉｃｈｉａからなる群より選択される酵母から得られる。一例において、酵母媒介体は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、例えば、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅなどから得られる。
他の一例では、哺乳動物はヒトである。さらなる一例において、変異型ポリペプチドは癌細胞によって発現されるか、またはウイルス変異型ポリペプチド、例えば、ＨＩＶ変異型ポリペプチド、ＨＣＶ変異型ポリペプチドもしくはＨＢＶ変異型ポリペプチドである。
本明細書において、哺乳動物に有効量の組成物を、治療用および／または予防用薬剤との組合せで投与することを含む、哺乳動物において疾患症状を改善するための方法であって、該変異型ポリペプチドが、該薬剤の投与に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものであり、該組成物が、
ａ．該変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｂ．変異型ポリペプチドに結合している細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｃ．該変異型ポリペプチド、もしくは該変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するペプチド（ミメトープ）；または
ｄ．該変異型ポリペプチドをコードする核酸、あるいは該核酸に結合し得る核酸、例えばｓｉＲＮＡもしくはアンチセンスＲＮＡなど
を含み、
該有効量の該組成物は、該薬剤との組合せで投与される、
方法が提供される。一例において、該疾患は、該変異型ポリペプチドと関連している。一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。一例において、免疫応答は体液性応答である。他の一例では、免疫応答は細胞性と体液性両方の免疫応答を含む。
また、本明細書において、以下：
ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；
ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；
ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合した酵母媒介体；
ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；または
ｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ
の１種類以上を含み、
該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである、
組成物が提供される。
他の一例では、該組成物は、アジュバント、例えば、限定されないが、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニスト；ＣｐＧヌクレオチド配列；単鎖もしくは二本鎖ＲＮＡ；脂質部分、例えば、リポ多糖（ＬＰＳ）など；マンナンおよびグルカンをさらに含む。一例において、該組成物は酵母媒介体を含む。一例において、酵母媒介体は、完全体の酵母、酵母スフェロプラスト、酵母細胞質体、酵母ゴーストまたは細胞分画酵母膜抽出物またはその画分である。一例において、酵母媒介体は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｋｌｕｖｅｒｏｍｙｃｅｓ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ、ＣａｎｄｉｄａおよびＰｉｃｈｉａからなる群より選択される酵母から得られる。一例において、酵母媒介体は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、例えば、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅなどから得られる。一例において、酵母媒介体は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、例えば、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅなどである。他の一例では、哺乳動物はヒトである。さらなる一例において、変異型ポリペプチドは癌細胞によって発現されるか、またはウイルス変異型ポリペプチド、例えば、ＨＩＶ変異型ポリペプチド、ＨＣＶ変異型ポリペプチドもしくはＨＢＶ変異型ポリペプチドである。
本明細書において、疾患もしくは感染のリスクがある、または疾患もしくは感染に易罹患性である哺乳動物に予防的および／または治療的のいずれかで投与される薬剤に対する耐性を低下させるための方法であって、哺乳動物に有効量の組成物を該薬剤との組合せで投与することを含み、ここで、前記組成物は、
ａ．該変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｂ．変異型ポリペプチドに結合細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｃ．該変異型ポリペプチド、もしくは該変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するペプチド（ミメトープ）；または
ｄ．変異型ポリペプチドをコードする核酸、あるいは該核酸に結合し得る核酸、例えばｓｉＲＮＡもしくはアンチセンスＲＮＡなど
を含み、
該有効量の該組成物は、該薬剤との組合せで投与される、
方法が提供される。一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。さらなる一例において、免疫応答は細胞性かつ体液性免疫応答である。
他の一例では、該組成物は、アジュバント、例えば、限定されないが、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニスト；ＣｐＧヌクレオチド配列；単鎖もしくは二本鎖ＲＮＡ；脂質部分、例えば、リポ多糖（ＬＰＳ）など；マンナンおよびグルカンをさらに含む。一例において、該組成物は酵母媒介体を含む。一例において、酵母媒介体は、完全体の酵母、酵母スフェロプラスト、酵母細胞質体、酵母ゴーストまたは細胞分画酵母膜抽出物またはその画分である。一例において、酵母媒介体は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｋｌｕｖｅｒｏｍｙｃｅｓ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ、ＣａｎｄｉｄａおよびＰｉｃｈｉａからなる群より選択される酵母から得られる。一例において、酵母媒介体は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、例えば、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅなどから得られる。一例において、酵母媒介体は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、例えば、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅなどである。他の一例では、哺乳動物はヒトである。さらなる一例において、変異型ポリペプチドは癌細胞によって発現されるか、またはウイルス変異型ポリペプチド、例えば、ＨＩＶ変異型ポリペプチド、ＨＣＶ変異型ポリペプチドもしくはＨＢＶ変異型ポリペプチドである。該方法の一例において、薬物薬剤は、本明細書において表Ｉ、ＩＩおよびＩＩＩに開示したものである。他の一例では、薬物薬剤は、癌細胞、癌の進行を支持する細胞もしくはウイルスを発現する細胞またはウイルスに標的化される抗体または小分子である。
本明細書において、細胞性免疫応答を惹起し得、変異型ポリペプチドと関連しているベクターもしくはウイルスを含み、該変異型ポリペプチドが、治療用および／または予防用薬剤の投与に応答して出現することがわかっているか、または出現したものである組成物が提供される。一例において、該組成物は酵母媒介体を含む。一例において、酵母媒介体は完全体の酵母、酵母スフェロプラスト、酵母細胞質体、酵母ゴーストまたは細胞分画酵母膜抽出物またはその画分である。一例において、酵母媒介体は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｋｌｕｖｅｒｏｍｙｃｅｓ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ、ＣａｎｄｉｄａおよびＰｉｃｈｉａからなる群より選択される酵母から得られる。一例において、酵母媒介体は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、例えば、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅなどから得られる。他の一例では、該組成物は、変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体を含む。一例において、該組成物は、以下：
ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；
ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；
ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合した酵母媒介体；
ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；または
ｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープの１種類以上を含み、
該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである。また他の一例では、変異型ポリペプチドは癌細胞によって発現される。また他の一例では、変異型ポリペプチドはウイルス変異型ポリペプチドである。さらなる一例において、該組成物は、アジュバント、例えば、限定されないが、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニスト；ＣｐＧヌクレオチド配列；単鎖もしくは二本鎖ＲＮＡ；脂質部分、例えば、リポ多糖（ＬＰＳ）など；マンナンおよびグルカンをさらに含む。本明細書において、本明細書において上記の組成物を含む樹状細胞などの細胞が提供される。
本明細書において、変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体の調製方法であって、該変異型ポリペプチドが、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものであり、該核酸が、該酵母媒介体内に、拡散、能動輸送、超音波処理、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、リポフェクション、吸着およびプロトプラスト融合からなる群より選択される手法によってトランスフェクトされる方法が提供される。本明細書において、変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体の調製方法であって、該変異型ポリペプチドが、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものであり、該変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープが、
拡散、能動輸送、リポソーム融合、超音波処理、エレクトロポレーション、食作用、リポフェクション、凍結／解凍サイクル、化学的架橋、生物学的連結または混合からなる群より選択される手法によって該酵母媒介体内に配置させるか、または該酵母媒介体に結合させる方法が提供される。一例の方法において、酵母媒介体は、樹状細胞またはマクロファージ内に細胞内負荷されている。他の一例の方法において、酵母媒介体は、樹状細胞内に細胞内負荷されている。
本明細書において、医薬の調製における組成物の使用が提供される。また、哺乳動物における変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに対する免疫応答の惹起における使用のための医薬の調製における組成物の使用が提供される。一例において、医薬は、哺乳動物における変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに対する免疫応答の惹起において、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せでの使用のためのものである。他の一例では、医薬は、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答して出現した変異型ポリペプチドと関連している疾患の処置における使用のためのものである。また他の一例では、医薬は、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答して出現した変異型ポリペプチドと関連している疾患の症状の改善における使用のためのものである。一例において、医薬は、疾患もしくは感染が、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答して出現した変異型ポリペプチドと関連しているものであって、該疾患もしくは感染のリスクがある、または疾患もしくは感染に易罹患性である哺乳動物に投与される薬剤に対する耐性を低下させるのに使用するためのものである。
また、本明細書において、本明細書において上記の組成物を含むキットが提供される。一例において、哺乳動物において変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに対する免疫応答を惹起するためのキットは、酵母媒介体および少なくとも１種類の該変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープを含む。他の一例では、キットは、以下：
ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；
ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；
ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合した酵母媒介体；
ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；または
ｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ
の１種類以上を含み、
該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである組成物を含む。一例において、キットは、標的化される治療用および／または予防用薬剤および／またはその使用のための説明書をさらに備える。
発明の詳細な説明
腫瘍細胞およびウイルスに特有の経路特異的に標的化する予防用および治療用薬物薬剤の必要性が存在するが、腫瘍細胞およびウイルスでは、自身が薬物薬剤（１種類または複数種）を回避するのを可能にする、および／またはこれに耐性となるのを可能にする変異（１つまたは複数）が起こるため、欠陥が存在する。本明細書において、標的化される薬物薬剤に応答して出現することがわかっているか、もしくは出現したものである変異型ポリペプチド、または該変異型ポリペプチドを発現する細胞に対する免疫応答の惹起における使用のための組成物および方法が提供される。一例において、免疫応答は細胞性免疫応答であり、一例では、免疫応答は体液性応答であり、他の一例では、免疫応答は細胞性と体液性の両方である。一例において、細胞性免疫応答では、例えば、癌細胞、腫瘍の進行を支持する細胞またはウイルスを発現する細胞などの、薬物薬剤標的化されるポリペプチド内に変異を含む無制御の細胞を排除することが意図されるが、細胞排除は必要ではない。一例において、細胞性および／または体液性免疫応答により、細胞増殖またはウイルス複製が阻止される。
したがって、本明細書において、治療用および／または予防用薬剤（１種類または複数種）の投与に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチド、あるいは該変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む細胞および／または該変異型ポリペプチドを発現する細胞に対する免疫応答を惹起するための方法が提供される。一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。一例において、免疫応答は体液性免疫応答である。他の一例では、免疫応答は細胞性と体液性両方の免疫応答を含む。一例において、変異型ポリペプチドは、癌遺伝子にコードされたもの、および／または癌細胞によって発現されるものである。一例において、変異型ポリペプチドは癌細胞と関連しているか、癌細胞によって発現される。一例において、該薬剤は、癌細胞に標的化される。一例において、該薬剤は、は小分子または抗体である。他の一例では、変異型ポリペプチドはウイルスにコードされたもの、および／またはウイルスに感染した細胞によって発現されるものである。一例において、変異型ポリペプチドは、病原性ウイルス、例えば、ＨＩＶ、ＨＣＶまたはＨＢＶなどにコードされたものである。一例において、該薬剤は、ウイルスまたはウイルスを発現する細胞に標的化される。
本明細書において、変異型ポリペプチド、あるいは該変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む細胞および／または該変異型ポリペプチドを発現する細胞に対する免疫応答を惹起するための方法であって、該変異型ポリペプチドは、治療用および／または予防用薬剤（１種類または複数種）の投与に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものであり、該方法は、有効量の組成物を該薬剤との組合せで投与することを含み、該組成物は、
ａ．該変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｂ．変異型ポリペプチドと関連している細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｃ．該変異型ポリペプチド、もしくは該変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するペプチド（ミメトープ）；または
ｄ．該変異型ポリペプチドをコードする核酸、あるいは該核酸に結合し得る核酸、例えばｓｉＲＮＡもしくはアンチセンスＲＮＡなど
を含み、
該有効量の該組成物は、該薬剤との組合せで投与される、
方法が提供される。
一例において、該組成物は、以下：
ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；
ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；
ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合した酵母媒介体；
ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；または
ｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ
の１種類以上を含み、
該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである。
一例において、該組成物は、細胞性免疫応答を惹起し得るものである。一例において、該組成物は、体液性応答を惹起し得るものである。他の一例では、細胞性免疫応答は、さらに体液性免疫応答を含む。
該方法の一例において、該組成物は、アジュバントを含む。また他の一例では、該組成物は、Ｔｏｌｌ様受容体のアゴニストまたはリガンドをさらに含む。他の一例では、該組成物は酵母媒介体を含む。また他の一例では、該組成物は、ＣｐＧ配列を含む。他の一例では、細胞は樹状細胞である。
本明細書において、哺乳動物に有効量の組成物を、治療用および／または予防用薬剤との組合せで投与することを含む、哺乳動物において疾患の症状を改善するための方法であって、該変異型ポリペプチドが、該薬剤の投与に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものであり、該組成物が、
ａ．該変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｂ．変異型ポリペプチドと関連している細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｃ．該変異型ポリペプチド、もしくは該変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するペプチド（ミメトープ）；または
ｄ．該変異型ポリペプチドをコードする核酸、あるいは該核酸に結合し得る核酸、例えばｓｉＲＮＡもしくはアンチセンスＲＮＡなど
を含み、
該有効量の該組成物は、該薬剤との組合せで投与される
方法が提供される。
一例において、該組成物は、以下：
ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；
ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；
ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合した酵母媒介体；
ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；または
ｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ
の１種類以上を含み、
該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである。
一例において、該組成物は、細胞性免疫応答を惹起し得るものである。一例において、該組成物は体液性免疫応答を惹起する。他の一例では、細胞性免疫応答は、さらに体液性免疫応答を含む。
該方法の一例において、該組成物は、アジュバントを含む。また他の一例では、該組成物は、Ｔｏｌｌ様受容体のアゴニストまたはリガンドをさらに含む。他の一例では、該組成物は酵母媒介体を含む。また他の一例では、該組成物は、ＣｐＧ配列を含む。他の一例では、細胞は樹状細胞である。
一例において、哺乳動物は、疾患のリスクがあり、該薬剤が予防的に投与される；他の一例では、哺乳動物は、疾患に易罹患性であり、該薬剤は治療的に投与される。一例において、疾患は癌であり、他の一例では、疾患は、病原性ウイルス、例えば、ＨＩＶ、ＨＣＶおよびＨＢＶなどによって引き起こされる感染性疾患である。
また、本明細書において、治療用および／または予防用薬剤（１種類または複数種）に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドまたは該変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む、細胞、ベクター、ウイルス、免疫原性組成物などの組成物およびキットが提供される。一例において、該組成物は、哺乳動物に投与すると免疫応答を惹起し得る。一例において、該組成物は、哺乳動物に投与すると細胞性免疫応答を惹起し得る。一例において、該組成物は、哺乳動物に投与すると体液性免疫応答を惹起し得る。他の一例では、該組成物は、哺乳動物に投与すると細胞性かつ体液性免疫応答を惹起し得る。
本明細書において、治療用および／または予防用薬剤（１種類または複数種）に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチド、あるいは該変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む細胞および／または変異型ポリペプチドを発現する細胞に対する免疫応答の惹起における使用のための酵母媒介体、例えば、酵母ベクター；酵母系組成物；および方法が提供される。一例において、酵母媒介体は、該変異型ポリペプチド（１種類または複数種）をコードする核酸を含む。一例において、酵母媒介体は、該変異型ポリペプチド（１種類または複数種）を発現する核酸を含む。他の一例では、酵母媒介体は、該変異型ポリペプチドと関連している。一例において、酵母媒介体は担体細胞内、例えば、樹状細胞またはマクロファージ内に位置している。また、本明細書において、かかる酵母媒介体およびそれを含む酵母系組成物の作製方法が提供される。
一般手法
本発明の実施には、特に記載のない限り、分子生物学（組換え手法など）、免疫学、細胞生物学および生化学の当該技術分野の技量の範囲である慣用的な手法が用いられる。かかる手法は、文献、例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，第３版（Ｓａｍｂｒｏｏｋら，２００１）；Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌら編，１９８７および毎年の最新版）；Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，第２版（編集ＦｉｅｌｄｓらＲａｖｅｎ ｐｒｅｓｓ）ならびにＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，ＮＹ）などに充分に説明されている。
本明細書で用いる場合、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、そうでないことが明白に示されている場合を除き、複数に対する言及を含む。
本明細書で用いる場合、「癌」としては、限定されないが、黒色腫、扁平上皮癌、乳癌、頭部および首部の癌腫、甲状腺癌、軟組織肉腫、骨肉腫、精巣癌、前立腺癌、卵巣癌、膀胱癌、皮膚癌、脳の癌、脈管腫（ａｎｇｉｏｓａｒｃｏｍａ）、血管肉腫（ｈｅｍａｎｇｉｏｓａｒｃｏｍａ）、肥満細胞腫、原発性肝癌、肺癌、膵癌、胃腸の癌、腎細胞癌、造血系の新形成、およびその転移性の癌が挙げられる。
本明細書で用いる場合、「感染性疾患」は、例えば、ＲＮＡウイルス、例えば限定されないが、レトロウイルス（例えば、ＨＩＶなど）、フラビウイルス（例えば、ＨＣＶなど）、レオウイルス、ピコルナウイルス、コロナウイルス、フィロウイルス、ラブドウイルス、ブンヤウイルス、オルトミクソウイルス、パラミクソウイルス、アレナウイルス、カリシウイルス；ならびにヘパドナウイルス（例えば、ＨＢＶなど）、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、アデノウイルス、パルボウイルスおよびパポバウイルス科に属するＤＮＡウイルスなどの感染性因子によって引き起こされる疾患をいう。
本明細書で用いる場合、細胞またはウイルスに標的化される治療用および／または予防用「薬剤」または「薬物薬剤」は、該薬剤が、細胞の形質転換の原因または腫瘍進行の支持と関連しているか、もしくはこれに対して機能性である（癌の場合）、またはウイルス感染もしくはウイルス複製の促進もしくは持続と関連しているか、もしくはこれに対して機能性である分子（１つまたは複数）に指向されることを意味する。癌細胞もしくはウイルスを発現する細胞などの細胞またはウイルスに標的化されるように設計される治療用および／または予防用薬剤の例は、本明細書に開示しており、当該技術分野で知られている。
本明細書で用いる場合、「変異型ポリペプチド」は、予防用および／または治療用薬剤などの薬剤の応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものであれば、ゲノム内にコードされる完全長のポリペプチド、ならびに変異を含むその断片を包含する。癌細胞もしくはウイルスを発現する細胞などの細胞またはウイルスに標的化される予防用および／または治療用薬剤などの薬剤に応答した特異的変異を伴って出現するかかる変異型ポリペプチドは、一般的に、当該技術分野では「回避変異型」と称する。変異は、完全長のポリペプチドの任意の領域に見られ得、アミノ酸の置換、挿入もしくは欠失または組合せ、あるいは、非連続配列の融合（転位事象に見られるものなど）が挙げられ得る。一例において、薬剤に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドは、それ自体で免疫原性である、すなわち、アジュバントまたは他のベクターもしくは媒介体（例えば、酵母媒介体など）と関連していないが、これは必須ではない。他の一例では、薬剤に応答して出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドは、その抗原性を向上させるアジュバントと関連していると免疫原性である。
本明細書で用いる場合、「アジュバント」としては、例えば、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）のアゴニストリガンド（これは、先天性免疫のサイトカイン応答を誘発し、抗原提示細胞（ＡＰＣ）の成熟および活性化と関連していると報告されている）；ＣｐＧヌクレオチド配列；単鎖もしくは二本鎖ＲＮＡ（ＴＬＲ７アゴニスト）；脂質部分、例えば、リポ多糖（ＬＰＳ）など；マンナンおよびグルカン、酵母の構成成分（これは、ＴＬＲ２、４および６との相互作用により機能を果たすと報告されている）；ならびに本明細書に記載のものなどの酵母媒介体が挙げられる。
変異型ポリペプチドまたは変異型ポリペプチドをコードする核酸（これは、本明細書に開示した、または当該技術分野で知られた任意の方法で産生されたものであり得る）の、該薬剤との「組合せで」の投与とは、変異型ポリペプチドおよび薬剤が同時に投与されることを意味することを意図しないが、これは、本明細書に開示された方法に包含される。変異型ポリペプチドは、該薬剤の投与の前、同時もしくは後に、または上記の組合せで投与され得る。変異型ポリペプチドまたは変異型ポリペプチドをコードする核酸は、該薬剤の数時間、数日または数ヶ月後に投与され得る。一例において、変異型ポリペプチドまたは変異型ポリペプチドをコードする核酸（これは、本明細書に開示した、または当該技術分野で知られた任意の方法で産生されたものであり得る）の投与は、該薬剤の投与前であり、特に、該薬剤が、任意の細胞型の増殖と直接または間接的に干渉することがわかっている場合は、該薬剤の投与に追加的に投与され得る。
本明細書で用いる場合、「ミメトープ」は、変異型ポリペプチドまたは該変異型ポリペプチドを発現する細胞に対する免疫応答、一例では細胞性および／または体液性免疫応答を惹起する変異型ポリペプチドの能力を模倣し得るポリペプチドをいう。本明細書で用いる場合、「ミメトープ」としては、限定されないが、治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドタンパク質の１つ以上のエピトープ；変異型ポリペプチドの非タンパク質性免疫原性部分（例えば、糖鎖構造）；ならびに変異型ポリペプチドの少なくとも１つのエピトープ同様の構造を有する合成または天然有機分子（例えば、核酸など）を模倣するペプチドが挙げられる。かかるミメトープは、変異型ポリペプチドのコンピュータ生成構造を用いて設計され得る。ミメトープはまた、オリゴヌクレオチド、ペプチドまたは他の有機分子などの分子のランダムな試料を作製し、かかる試料を免疫応答（例えば、細胞性免疫応答など）惹起するするその能力について、本明細書に記載した、および当該技術分野で知られた方法およびアッセイによってスクリーニングすることにより得られ得る。
本明細書で用いる場合、「疾患または感染の症状の改善」には、疾患状態の任意の症状および／または進行の軽減、安定化、逆転、遅滞または遅延が含まれ、これらは、臨床的および／または亜臨床的基準によって測定され得る。
一例において、変異型ポリペプチド（もしくはそのミメトープ）または変異型ポリペプチドをコードする核酸の「有効量」は、哺乳動物に投与されると、免疫応答が惹起され得る量をいう。一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。他の一例では、免疫応答は体液性応答である。一例において、免疫応答は細胞性かつ体液性応答である。
本明細書で用いる場合、「哺乳動物」、「哺乳動物の」または「哺乳動物宿主」としては、ヒトおよび非ヒト霊長類、例えば、チンパンジーおよび他の類人猿ならびにサル種；家畜、例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギおよびウマなど；飼育哺乳動物、例えば、イヌおよびネコなど；実験動物、例えば、齧歯類、例えば、マウス、ラットおよびモルモットなど；鳥類、例えば、飼育用、野生および狩猟鳥、例えば、ニワトリ、シチメンチョウなど、および他の家禽、アヒル、ガチョウなどが挙げられる。該用語は、特定の年齢のものを意味するものではない。したがって、成体、若年および新生個体ならびに出生前の哺乳動物を包含することが意図される。
「抗原」は、宿主の免疫系（例えば、哺乳動物の免疫系など）を刺激して抗原特異的体液性および／または細胞性抗原特異的応答をもたらす１つ以上のエピトープ（線形、立体的のいずれか、または両方）あるいは免疫原性決定基を含む分子をいう。抗原は、それ自体で「免疫原」であってもよく、その抗原性を促進する薬剤との組合せであってもよい。用語「抗原」には、完全体のタンパク質、切断型タンパク質、タンパク質およびペプチドの断片が含まれる。抗原は、天然に存在するものであってもよく、遺伝子操作されたタンパク質バリアントであってもよい。用語「抗原」には、サブユニット抗原（すなわち、天然状態では会合している完全体の生物体と分離された別個の抗原）が含まれる。抗イディオタイプ抗体またはその断片、および合成ペプチドミメトープ（抗原もしくは抗原性決定基を模倣し得る合成ペプチド）などの抗体もまた、本明細書に記載の抗原の定義に含まれる。一例において、抗原は、予防用および／または治療用薬剤に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドを含むもの、または該変異型ポリペプチドから得られ得るものであり、天然に存在するものであっても、または合成のものであってもよい。抗原は、単一のエピトープ程度の小さいもの、またはより大きいものであり得、多数のエピトープを含むものであり得る。したがって、抗原の大きさは、約５〜１２アミノ酸程度の小さいもの（例えば、ペプチド）および完全長のタンパク質、例えば、マルチマーおよび融合タンパク質、キメラタンパク質、完全体の細胞、完全体の微生物またはその一部分（例えば、完全体の細胞の溶解物もしくは微生物の抽出物）ほどの大きなものであり得る。一例において（すなわち、抗原が酵母ベクターなどのベクター、または組換え核酸分子由来のウイルスによって発現される場合）、抗原としては、限定されないが、完全な細胞または微生物ではなく、タンパク質もしくはその断片、融合タンパク質、キメラタンパク質、マルチマーが挙げられることは認識されよう。
本明細書で用いる場合、「エピトープ」は、本明細書において、免疫応答（細胞性および／または体液性免疫応答であり得る）を惹起するのに充分な所与の抗原内の単一の抗原性部位と規定する。当業者には、Ｔ細胞エピトープはＢ細胞エピトープと大きさおよび組成が異なること、およびクラスＩ主要組織適合複合体（ＭＨＣ）経路によって提示されるエピトープは、クラスＩＩ ＭＨＣ経路によって提示されるエピトープと異なることが認識されよう。一般的に、Ｂ細胞エピトープは、少なくとも約５個のアミノ酸を含むが、３〜４アミノ酸程度の小さいものであってもよい。Ｔ細胞エピトープ、例えば、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）エピトープは、少なくとも約７〜９個のアミノ酸を含み、ヘルパーＴ細胞エピトープは少なくとも約１２〜２０個のアミノ酸を含む。通常、エピトープは、約７〜１５個のアミノ酸、例えば、８、９、１０、１２または１５個のアミノ酸を含むものである。
本明細書で用いる場合、変異型ポリペプチド（もしくはそのミメトープ）または該ポリペプチドをコードする核酸（もしくは該変異型ポリペプチドに結合し得る核酸、例えば、ｓｉＲＮＡやアンチセンスＲＮＡなど）、またはポリペプチドもしくは核酸を含む組成物に対する「免疫学的応答」または「免疫応答」としては、該ポリペプチドを認識する哺乳動物における細胞性免疫応答の発現が挙げられる。一例において、免疫応答は体液性免疫応答である。一例において、細胞性免疫応答は、さらに体液性免疫応答を含む。免疫応答は変異型ポリペプチドに特異的であり得るが、これは必須ではない。変異型ポリペプチドまたは該ポリペプチドをコードする核酸の投与によって惹起される免疫応答は、該ポリペプチドまたは核酸の投与の非存在下での免疫応答と比べたときの、任意の様相の免疫応答（例えば、細胞性応答、体液性応答、サイトカイン産生）の任意の検出可能な増大であり得る。免疫応答は、変異型ポリペプチド特異的応答であり得るが、これは必須ではない。本発明には、免疫応答を惹起する変異型ポリペプチド（またはそのミメトープ）、または該変異型ポリペプチドをコードする核酸と関連している組成物が包含される。
本明細書で用いる場合、「体液性免疫応答」は、抗体分子または免疫グロブリンによって媒介される免疫応答をいう。本発明の抗体分子としては、ＩｇＧ（ならびにＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａおよびＩｇＧ２ｂサブタイプ）、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤおよびＩｇＥクラスのものが挙げられる。抗体は、機能的には、一次免疫応答の抗体ならびに記憶抗体応答または血清中和抗体を含む。感染性疾患に関して、本発明の抗体は、変異型ポリペプチドをコードするウイルスの感染性を中和もしくは低減する機能、および／または変異型ポリペプチドに対する抗体補体（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ）もしくは抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を媒介する機能を果たすものであり得るが、必要ではない。
本明細書で用いる場合、「細胞性免疫応答」は、Ｔリンパ球および／または他の白血球、例えば、限定されないが、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞やマクロファージによって媒介されるものである。本発明のＴリンパ球としては、α／βＴ細胞受容体サブユニットを発現するＴ細胞またはγ／δ受容体発現Ｔ細胞が挙げられ、エフェクターＴ細胞またはサプレッサーＴ細胞のいずれかであり得る。
本明細書で用いる場合、「Ｔリンパ球」または「Ｔ細胞」は、免疫系の細胞媒介性部分の一部を構成する非抗体産生リンパ球である。Ｔ細胞は、骨髄から胸腺に遊走し、ここで胸腺ホルモンの指令下で成熟過程を受ける未成熟リンパ球から生じる。成熟Ｔ細胞は、特異的抗原を認識して結合するその能力に基づいて免疫応答性となる。免疫応答性Ｔ細胞の活性化は、抗原がこのリンパ球の表面受容体に結合すると誘発される。Ｔ細胞応答を生じさせるためには、抗原が細胞内で合成され、その内部に導入され、続いて、プロテアソーム複合体によって小ペプチドにプロセッシングされ、小胞体／ゴルジ複合体分泌経路内に移行されて最終的に主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩタンパク質と会合されなければならないことが知られている。あるいはまた、ペプチド抗原は、ＭＨＣ−ＩまたはＭＨＣ−ＩＩ受容体に既に結合されたペプチドと置き換えるために、細胞外から導入され得る。機能的に細胞性の免疫としては、抗原特異的細胞傷害性Ｔリンパ球細胞（ＣＴＬ）が挙げられる。
本明細書で用いる場合、「抗原特異的キラーＴ細胞」、「ＣＴＬ」または「細胞傷害性Ｔ細胞」は、本明細書で用いる場合、ＭＨＣのタンパク質（またはヒトにおいてはヒト白血球抗原（ＨＬＡ）と呼ばれるタンパク質）と会合して提示されたペプチド抗原に対する特異性を有する細胞をいう。本発明のＣＴＬとしては、活性化ＣＴＬ（ＭＨＣの状態で特異的抗原によって誘発された状態のもの）；および記憶ＣＴＬまたはリコール（ｒｅｃａｌｌ）ＣＴＬ（抗原ならびに交差反応性または交差クレード（ｃｌａｄｅ）ＣＴＬへの再曝露の結果として再活性化された状態のＴ細胞を示す）が挙げられる。本発明のＣＴＬは、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋ Ｔ細胞を含む。活性化された本発明の抗原特異的ＣＴＬは、該ＣＴＬが特異的である病原体に感染した被験体の細胞の破壊および／または溶解を促進し、ケモカインおよびサイトカイン、例えば、限定されないが、マクロファージ炎症タンパク質１ａ（ＭＩＰ−１ａ）、ＭＩＰ−１ＢおよびＲＡＮＴＥＳの分泌；ならびに感染を抑制する可溶性因子の分泌によって病原体の侵入を阻止する。本発明の細胞性免疫はまた、Ｔ細胞のＴヘルパーサブセットによってもたらされる抗原特異的応答をいう。ヘルパーＴ細胞は、ＭＨＣ分子と会合したペプチドをその表面上に提示している細胞に対する非特異的エフェクター細胞の機能の刺激を補助し、その活性を集中させる機能を果たす。細胞性免疫応答はまた、サイトカイン、ケモカインならびに活性化Ｔ細胞および／または他の白血球（例えば、ＣＤ４およびＣＤ８ Ｔ細胞由来のものならびにＮＫ細胞）によって産生される他のかかる分子の産生をいう。細胞性免疫応答を惹起する組成物は、細胞表面上へのＭＨＣ分子と会合したポリペプチドの提示によって哺乳動物を感作させる機能を果たすものであり得る。細胞媒介性免疫応答は、抗原をその表面に提示している細胞に、または該細胞付近に指向される。また、抗原特異的Ｔリンパ球は、免疫処置された宿主のその後の保護を可能にするために生成され得る。
特定のポリペプチドまたは抗原が細胞媒介性免疫学的応答を刺激する能力は、当該技術分野で知られたいくつかのアッセイ、例えば、リンパ増殖（リンパ球活性化）アッセイ、ＣＴＬ殺傷（ｋｉｌｌｉｎｇ）アッセイ、または感作被験体内の抗原に特異的なＴリンパ球のアッセイなどによって測定され得る。かかるアッセイは、当該技術分野でよく知られている。例えば、Ｅｒｉｃｋｓｏｎら，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（１９９３）１５１：４１８９−４１９９；Ｄｏｅら，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（１９９４）２４：２３６９−２３７６を参照のこと。細胞媒介性免疫応答を測定する他の方法としては、Ｔ細胞集団による細胞内サイトカインもしくはサイトカイン分泌の測定、またはエピトープ特異的Ｔ細胞の測定（例えば、テトラマー手法により）（ＭｃＭｉｃｈａｅｌ，Ａ．Ｊ．およびＯ’Ｃａｌｌａｇｈａｎ，Ｃ．Ａ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１８７（９）１３６７−１３７１，１９９８；Ｍｃｈｅｙｚｅｒ−Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｍ．Ｇ．ら，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．１５０：５−２１，１９９６；Ｌａｌｖａｎｉ，Ａ．ら，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１８６：８５９−８６５，１９９７に概説）が挙げられる。
本明細書で用いる場合、「免疫学的応答」または「免疫応答」は、ＣＴＬの生成および／またはヘルパーＴ細胞の生成もしくは活性化および／または抗体媒介性免疫応答を刺激するものを包含する。「Ｔリンパ球」または「Ｔ細胞」は、免疫系の細胞媒介性部分の一部を構成する非抗体産生リンパ球である。Ｔ細胞は、骨髄から胸腺に遊走し、ここで胸腺ホルモンの指令下で成熟過程を受ける未成熟リンパ球から生じる。ここで、成熟リンパ球は、急速に分裂して非常に大きな数に増加する。成熟Ｔ細胞は、特異的抗原を認識して結合するその能力に基づいて免疫応答性となる。免疫応答性Ｔ細胞の活性化は、ＭＨＣ／ＨＬＡ受容体および共受容体により提示された状態で抗原が、このリンパ球の表面受容体に結合すると誘発される。
本明細書で用いる場合、「免疫原性組成物」は、治療用および／または予防用薬剤に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチド（もしくはそのミメトープ）または変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む組成物であり、変異型ポリペプチドの抗原性を向上させるアジュバントを含んでいても含んでいなくてもよく、哺乳動物への該組成物の投与により、細胞性免疫応答、体液性免疫応答または細胞性かつ体液性免疫応答の発現がもたらされる。免疫原性組成物としては、防御的細胞性免疫応答を惹起し得る組成物が挙げられるが、これは必須ではない。
本明細書で用いる場合、「予防用組成物」は、「免疫学的にナイーブ（ｎａｉｖｅ）な」または以前に病原体の抗原に曝露されていない、あるいは、癌および感染または再感染などの疾患を予防するための病原体に対する有効な免疫応答が生じていない哺乳動物の被験体または宿主、に投与される組成物をいう（しかしながら、本発明は、感染または再感染が完全に予防されることを要しない）。本発明の予防用組成物は、必ずしも、これを投与した宿主または被験体において滅菌性の免疫を生じさせるものではない。
本明細書で用いる場合、「治療用組成物」は、癌に易罹患性であるか、または感染性疾患の場合はウイルスに感染した、また、一例では、疾患状態が進行した被験体または宿主に投与される組成物をいう。
本明細書で用いる場合、用語「免疫処置」「免疫処置する」または「免疫処置された」は、免疫原性組成物を生体哺乳動物の被験体または宿主に、該組成物に対する免疫応答を誘導するのに有効な量で投与するプロセスをいう。一例において、免疫応答は、細胞性免疫応答、例えば細胞傷害性Ｔ細胞応答を含む。一例において、免疫応答は、体液性応答、例えば抗体産生を含む。一例において、免疫応答は、細胞性と体液性応答の両方を含む。
ベクターおよび組成物
本明細書において、薬剤に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む、例えば、細菌系、ウイルス系、昆虫系および酵母系ベクターなどのベクターが提供される。本明細書において、該変異型ポリペプチドと関連しているかかるベクターおよびウイルスを含む組成物が提供される。かかるベクターおよびウイルスとしては、限定されないが、細菌系ベクター、裸のプラスミドＤＮＡ、酵母ベクターおよび媒介体、ｒＡＡＶ、アデノウイルス、カナリア痘ウイルス、ポックスウイルス、ワクシニアウイルス、修飾ワクシニアアンカラ（ＭＶＡ）、アルファウイルス、ラブドウイルス、ベネズエラウマ脳脊髄炎ウイルスおよびバキュロウイルスが挙げられ、当業者には常套的とみなされる方法によって作製され得る。いくつかのウイルスを基にした系が、哺乳動物細胞への遺伝子導入のために開発されている。例えば、ＡＡＶのライフサイクルおよび遺伝学は、Ｍｕｚｙｃｚｋａ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｔｏｐｉｃｓ ｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１５８：９７−１２９（１９９２）に概説されている。ＡＡＶ系に関するさらなる開示は、例えば、ＲＯ Ｓｎｙｄｅｒら，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ８：１８９１−１９００，１９９７；Ｄ Ｄｕａｎら，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８５６８−８５７７，１９９８；Ｄｕａｎ Ｄら，Ｊ Ｖｉｒｏｌ．７３：１６１−１６９，１９９９；Ｎ Ｖｉｎｃｅｎｔ−Ｌａｃａｚｅら，Ｊ Ｖｉｒｏｌ．７３：１９４９−１９５５，１９９９；Ｃ ＭｃＫｅｏｎら，ＮＩＤＤＫ Ｗｏｒｋｓｈｏｐ ｏｎ ＡＡＶ Ｖｅｃｔｏｒｓ：Ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｉｎｔｏ ｑｕｉｅｓｃｅｎｔ ｃｅｌｌｓ．Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ７：１６１５−１６１９，１９９６；Ｈ Ｎａｋａｉら，Ｊ Ｖｉｒｏｌ ７５：６９６９−６９７６，ａｎｄ ２００１；ＢＣ Ｓｃｈｎｅｐｐら，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．２００３ ７７：３４９５−３５０に示されている。ＡＡＶ系は、例えば、米国特許第５，７８６，２１１号；米国特許第５，８７１，９８２号；および米国特許第６，２５８，５９５号に記載されている。いくつかのアデノウイルスベクターおよび発現系が報告されている。例えば、Ｈａｊ−ＡｈｍａｄおよびＧｒａｈａｍ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９８６）５７：２６７−２７４；Ｂｅｔｔら，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９３）６７：５９１１−５９２１；Ｍｉｔｔｅｒｅｄｅｒら，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９４）５：７１７−７２９；Ｓｅｔｈら，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９４）６８：９３３−９４０；Ｂａｒｒら，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９４）１：５１−５８；Ｂｅｒｋｎｅｒ，Ｋ．Ｌ．ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（１９８８）６：６１６−６２９；ならびにＲｉｃｈら，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９３）４：４６１−４７６）を参照のこと。ポックスウイルスワクチンは、例えば、Ｓｍａｌｌ，Ｊｒ．，Ｐ．Ａ．ら（米国特許第５，６７６，９５０号、１９９７年１０月１４日発行）に記載されている。さらなるウイルスベクターとしては、ポックスウイルス科由来のもの、例えば、ワクシニアウイルスおよび禽痘ウイルスが挙げられる。バキュロウイルスは、例えば、米国特許第５，７３１，１８２号に記載されている。
本明細書において、変異型ポリペプチドまたは該ポリペプチドをコードする核酸に対する免疫応答、一例では細胞性免疫応答を惹起するための方法が提供される。一例において、免疫応答は体液性応答であり、他の一例では、免疫応答は細胞性および体液性両方の免疫応答を含む。癌遺伝子およびウイルスにコードされ、治療用および／または予防用薬剤に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっている変異型ポリペプチドの実例は、本明細書に開示しており、あるものは当該技術分野で知られている。かかる薬剤（１種類または複数種）に応答した変異型ポリペプチドの出現は、例えば、該薬剤（１種類または複数種）に対する感受性および／または耐性の低下および／または疾患の臨床的および／または亜臨床的症状の増大（例えばＨＩＶの場合は、ＣＤ４計数の減少の存在など）と関連していると考えられる。細胞またはウイルスに標的化して哺乳動物に投与され、投与された、または投与している薬剤に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドに対する免疫応答（例えば、細胞性免疫応答など）を惹起する利点としては、該薬剤の有効性の持続期間の延長；該薬剤に対する耐性の最小化もしくは逆転；特異的変異型ポリペプチドの出現の遅延もしくは最小限化；特異的変異型ポリペプチドの排除（しかし、利点がもたらされるのに排除は必要ではない）；ならびに疾患症状の最小限化、低減もしくは逆転および／または疾患の進行の遅滞が挙げられ得る。
本明細書において、治療用および／または予防用薬剤（１種類または複数種）に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドをコードする核酸を含むベクター、例えば、限定されないが、細菌系、ウイルス系、昆虫系および酵母系ベクターならびにこれを含む組成物が提供される。一例において、ベクターは酵母ベクターである。他の一例では、ベクターは、該変異型ポリペプチドに結合し得る核酸、例えば、ｓｉＲＮＡまたはアンチセンスＲＮＡなどを含み、それにより、変異型ポリペプチドの発現を阻害するものである。本明細書において、治療用および／または予防用薬剤（１種類または複数種）に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはそのミメトープと関連しているベクター、例えば、細菌系、ウイルス系、昆虫系および酵母系ベクターなどを含む組成物が提供される。一例において、ベクターは、酵母ベクターまたは媒介体である。他の一例では、該変異型ポリペプチドを含む組成物は、さらにアジュバントを含む。アジュバントの例は、本明細書に記載しており、当該技術分野で知られている。本明細書において、本明細書に記載の変異型ポリペプチドをコードする核酸および／または変異型ポリペプチドを発現するベクターもしくはウイルスを含む細胞（例えば、限定されないが、樹状細胞など）が提供される。一例において、樹状細胞は、本明細書に記載の変異型ポリペプチドを含む。また、本明細書において、該変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む組成物が提供される。また、本明細書において、かかる細胞、ベクター、ウイルスおよび組成物の作製方法が提供される。
変異型ポリペプチドもしくは変異を含むその断片、または該ポリペプチドをコードする核酸もしくは断片および／またはこれを含む組成物もしくはベクターは、予防用および／または治療用薬剤との組合せで投与され、癌もしくは感染のリスクがある哺乳動物、または癌もしくは感染に易罹患性である哺乳動物に投与され得る。変異型ポリペプチドもしくは変異を含むその断片または該ポリペプチドをコードする核酸もしくは断片および／またはこれを含む組成物もしくはベクターは、変異型ポリペプチドが該薬剤に応答して出現していようといなかろうと、および該薬剤に対する耐性が検出されていようといなかろうと、該薬剤の後に投与され得る。薬剤に応答した変異型ポリペプチドの出現の検出は、当該技術分野で知られた方法によって測定され得る。変異型ポリペプチド、またはこれをコードする核酸および／またはこれを含む組成物もしくはベクターが、哺乳動物に薬剤との組合せで投与され、変異型ポリペプチドが薬剤に応答した特異的変異を伴って出現したと測定された場合、本明細書に記載の方法は、哺乳動物が投与の利益を得るのに、変異型ポリペプチドの除去を必要としない。
したがって、変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ、もしくはこれをコードする核酸および／またはこれを含む組成物もしくはベクターは、本明細書に記載の方法、例えば、免疫応答（例えば、細胞性免疫応答、体液性免疫応答または両方など）を惹起するための方法；哺乳動物において癌もしくは感染の症状を改善する方法；薬剤に対する耐性を低減するための方法；薬剤の有効性を増大させるための方法；該薬剤に対する感受性を増大させるための方法；変異型ポリペプチドの出現を遅延もしくは最小限にするための方法；ならびに癌もしくは感染の臨床的および／または亜臨床的症状を低減させるための方法において、薬剤との組合せで投与され得る。一例において、変異型ポリペプチド、もしくはこれをコードする核酸および／またはこれを含む組成物もしくはベクターを、薬剤との組合せで投与することにより、該薬剤単独の投与、すなわち、変異型ポリペプチド、もしくはこれをコードする核酸および／またはこれを含む組成物もしくはベクター投与なしと比べたとき、より大きな程度まで、変異型ポリペプチドの出現が遅延または最小限化される、および／または該薬剤の有効性が増大する、および／または癌もしくは感染の臨床的および／または亜臨床的症状が低減される。
酵母系の組成物および方法
本明細書において、薬剤に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドを含む酵母ベクター、酵母媒介体および酵母系組成物が提供される。本明細書で用いる場合、用語「酵母ベクター」および「酵母媒介体」は、互換的に使用され、限定されないが、完全体の酵母、酵母スフェロプラスト、酵母細胞質体、酵母ゴースト、および細胞分画酵母膜抽出物またはその画分が挙げられる。一例において、酵母細胞または酵母スフェロプラストは、酵母媒介体を調製するために使用され、一例では、酵母媒介体は、該変異型ポリペプチドをコードする核酸分子を、該ポリペプチドが酵母細胞または酵母スフェロプラストによって発現されるように含む。一例において、酵母媒介体は、非病原性酵母から得られ得る。別の一例において、酵母媒介体は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｋｌｕｖｅｒｏｍｙｃｅｓ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ、ＣａｎｄｉｄａおよびＰｉｃｈｉａからなる群より選択される酵母から得られ得る。一例において、ＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓはＳ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅである。
一般に、酵母媒介体および変異型ポリペプチドは、本明細書に記載の任意の手法によって関連させ得る。一例において、酵母媒介体は、該変異型ポリペプチドとともに細胞内負荷させる。他の一例では、変異型ポリペプチドを酵母媒介体に共有結合または非共有結合させる。またさらなる一例において、酵母媒介体および変異型ポリペプチドは、混合によって関連させる。他の一例では、変異型ポリペプチドは、酵母媒介体または該酵母媒介体を誘導した酵母細胞もしくは酵母スフェロプラストによって組換えにより発現させる。
したがって、本明細書において、酵母媒介体が提供され、これは、該変異型ポリペプチドとの組合せで組成物にて、またはアジュバントとして使用され得る任意の酵母細胞（例えば、完全体のもしくはインタクトな細胞）またはその誘導体を包含する。したがって、酵母媒介体としては、限定されないが、生きたインタクトな酵母微生物（すなわち、細胞壁を含むそのすべての成分を有する酵母細胞）、殺傷された（死んだ）インタクトな酵母微生物、またはその誘導体、例えば：酵母スフェロプラスト（すなわち、細胞壁を欠く酵母細胞）、酵母細胞質体（すなわち、細胞壁と核を欠く酵母細胞）、酵母ゴースト（すなわち、細胞壁、核と細胞質を欠く酵母細胞）、または細胞分画酵母膜抽出物もしくはその画分（また、以前は細胞分画酵母粒子とも称した）が挙げられる。
酵母スフェロプラストは、典型的には、酵母細胞壁の酵素的消化によって作製される。かかる方法は、例えば、Ｆｒａｎｚｕｓｏｆｆら，１９９１，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１９４，６６２−６７４（引用によりその全体が本明細書に組み込まれる）に記載されている。酵母細胞質体は、典型的には、酵母細胞の核除去によって作製される。かかる方法は、例えば、Ｃｏｏｎ，１９７８，Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．Ｍｏｎｏｇｒ．４８，４５−５５（引用によりその全体が本明細書に組み込まれる）に記載されている。酵母ゴーストは、典型的には、透過性または溶解細胞の再封入（ｒｅｓｅａｌｉｎｇ）によって作製され、該細胞の少なくとも一部の細胞小器官を含有するものであり得るが、そうである必要はない。かかる方法は、例えば、Ｆｒａｎｚｕｓｏｆｆら，１９８３，Ｊ Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５８，３６０８−３６１４およびＢｕｓｓｅｙら，１９７９，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ ５５３，１８５−１９６（これらは、各々、引用によりその全体が本明細書に組み込まれる）に記載されている。細胞分画酵母膜抽出物またはその画分は、天然の核または細胞質を欠く酵母膜をいう。該粒子は、任意の大きさ、例えば、天然の酵母膜の大きさから超音波処理または当業者に知られた他の膜破壊方法の後、再封入によって生成される微粒子までの範囲の大きさであり得る。細胞分画酵母膜抽出物の作製方法は、例えば、Ｆｒａｎｚｕｓｏｆｆら，１９９１，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１９４，６６２−６７４に記載されている。また、酵母膜の一部を含有する酵母膜抽出物の画分が使用され得、酵母膜抽出物の調製前に、抗原を酵母によって組換えにより発現させると、目的の抗原は、該抽出物の一部となる。酵母はまた、エレクトロポレーションされ得るか、あるいは、ペプチドなどの標的抗原が負荷され得る。
任意の酵母株が、本発明の酵母媒介体の作製に使用され得る。酵母は、３つの綱：Ａｓｃｏｍｙｃｅｔｅｓ，ＢａｓｉｄｉｏｍｙｃｅｔｅｓおよびＦｕｎｇｉ Ｉｍｐｅｒｆｅｃｔｉのうちの１つに属する単細胞性微生物である。病原性酵母株またはその非病原性の変異型が使用され得るが、一例では、非病原性酵母株が使用される。本明細書に開示した組成物および方法における使用のための酵母株の属としては、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｃａｎｄｉｄａ（これは、病原性であり得る）、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｉｃｈｉａ、Ｒｈｏｄｏｔｏｒｕｌａ、ＳｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓおよびＹａｒｒｏｗｉａが挙げられる。一例において、酵母株としては、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｃａｎｄｉｄａ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ、ＰｉｃｈｉａおよびＳｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓが挙げられる。一例において、酵母株はＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓである。酵母株の種としては、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃａｒｌｓｂｅｒｇｅｎｓｉｓ、Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ、Ｃａｎｄｉｄａ ｋｅｆｙｒ、Ｃａｎｄｉｄａ ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｕｒｅｎｔｉｉ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ ａｎｏｍａｌａ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｍａｒｘｉａｎｕｓ ｖａｒ．ｌａｃｔｉｓ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｒｈｏｄｏｔｏｒｕｌａ ｒｕｂｒａ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅおよびＹａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａが挙げられる。これらの種のいくつかは、さまざまな亜種、型、サブタイプなどを含み、それらは前述の種に含まれることが意図されることを認識されたい。一例において、酵母種としては、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｃ．ａｌｂｉｃａｎｓ、Ｈ．ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａ、Ｐ．ｐａｓｔｏｒｉｓおよびＳ．ｐｏｍｂｅが挙げられる。一例において、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅは、操作が比較的容易であり、食品添加剤としての使用に「一般的に安全とみなされている（Ｇｅｎｅｒａｌｌｙ Ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ Ａｓ Ｓａｆｅ）」すなわち「ＧＲＡＳ」（ＧＲＡＳ，ＦＤＡ ｐｒｏｐｏｓｅｄ Ｒｕｌｅ ６２ＦＲ１８９３８，Ａｐｒｉｌ １７，１９９７）であるため使用される。一例において、プラスミドを、特に大きなコピー数まで複製させ得る酵母株、例えば、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ ｃｉｒ°株が使用される。他の有用な酵母株は当該技術分野で知られている。
一例において、本発明の酵母媒介体は、酵母媒介体および変異型ポリペプチドが送達される細胞型（例えば、樹状細胞またはマクロファージなど）と融合し、それにより、特に効率的な酵母媒介体の送達（多くの例では、該細胞型への抗原の送達）を行ない得るものである。本明細書で用いる場合、酵母媒介体と標的化される細胞型との融合は、酵母細胞膜またはその粒子が、標的化される細胞型（例えば、樹状細胞またはマクロファージ）の膜と融合し、シンシチウムの形成をもたらす能力をいう。本明細書で用いる場合、シンシチウムは、細胞の融合によって生成された原形質の多核細胞塊である。いくつかのウイルスの表面タンパク質（一部のＨＩＶタンパク質を含む）および他の融合誘導物質（ｆｕｓｏｇｅｎ）（例えば、卵と精子の融合に関与するものなど）は、２つの膜間（すなわち、ウイルス細胞膜と哺乳動物細胞膜間または哺乳動物の細胞膜間）の融合を行ない得ることが示されている。例えば、ＨＩＶ ｇｐｌ２０／ｇｐ４１異種抗原をその表面上に産生する酵母媒介体は、ＣＤ４＋ Ｔリンパ球と融合し得る。しかしながら、標的化部分または融合誘導性部分の酵母媒介体内への組込みは、一部の状況では望ましい場合があり得るが、必要ではないことに注目されたい。酵母媒介体は、樹状細胞（ならびにマクロファージなどの他の細胞）に容易に取り込まれることが示されている。
酵母媒介体は、投与前に、当業者に知られたいくつかの手法を用いて、酵母系組成物、例えば、癌または感染に易罹患性であるか、またはそのリスクがある個体への直接投与が意図された組成物に、樹状細胞などの担体内に直接またはまずエキソビボで負荷して製剤化され得る。
本明細書において、哺乳動物への投与のための、少なくとも１種類の変異型ポリペプチドを含む酵母媒介体、およびこれを含む組成物が提供される。一例において、該組成物は、以下：
ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；
ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；
ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合した酵母媒介体；
ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；または
ｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ
の１種類以上を含み、
該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである。
かかる組成物は、１、２、２〜３（ａ ｆｅｗ）、数種類（ｓｅｖｅｒａｌ）または複数種類の変異型ポリペプチド（例えば、ＨＩＶについて本明細書の表ＩＩに記載のもの）（所望により、１種類以上の変異型ポリペプチドの１つ以上の免疫原性のドメインを含む）を含み得る。本明細書で用いる場合、ポリペプチドは「抗原」を含む。本明細書で用いる場合、抗原としては、天然または合成の由来のタンパク質の任意の部分（ペプチド、タンパク質断片、完全長のタンパク質）、細胞性組成物（完全体の細胞、細胞溶解物または破砕細胞）、生物体（完全体の生物体、溶解物または破砕細胞）、糖鎖、脂質もしくは他の分子またはその一部分が挙げられ、ここで、抗原は、抗原特異的免疫応答（体液性および／または細胞性免疫応答）を惹起するものである。
酵母は、免疫調節複合体の微粒子の特徴の多くを示し、さらに、天然状態でアジュバント様特性を有し、抗原を含む多くのポリペプチドを発現するように容易に操作され得るという利点を有する。Ｌｕら、（２００４）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６４、５０８４−５０８８では、酵母系免疫療法により、単一のアミノ酸変異を有するＲａｓ癌タンパク質を発現する腫瘍に対して細胞媒介性免疫応答が惹起され得ることが示された。その結果、酵母媒介体および酵母を主体とする系は、単一のアミノ酸変異を有するポリペプチドに対する免疫療法に標的化可能なことが示された。したがって、本明細書において、薬剤に応答して出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチド（１種類または複数種）を含む酵母媒介体および酵母系組成物ならびに、これらを変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するために使用する方法が提供される。一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。一例において、免疫応答は体液性応答である。他の一例では、免疫応答は細胞性と体液性の両方である。さらなる一例において、酵母媒介体は、抗原が所望の細胞型に選択的に送達されるように操作される。また、二塩基性アミノ酸プロセッシング部位を有する異種前駆体タンパク質を産生し得る酵母株を含む酵母媒介体が提供される。かかる酵母株は、前駆体タンパク質を少なくとも１種類の切断生成物タンパク質に正しくプロセッシングし得る。
一例において、変異型ポリペプチドは、癌遺伝子（例えばｒａｓなど）にコードされているか、またはウイルス（例えば、ＨＩＶ、ＨＣＶまたはＨＢＶなど）にコードされている。一例において、変異型ポリペプチドは、腫瘍関連抗原または癌細胞によって発現されるタンパク質である。
ベクターの調製
本明細書において、変異型ポリペプチドと関連しているベクターを含む組成物、例えば、酵母媒介体が提供される。かかる関連としては、ベクターによる（例えば、組換え酵母による）該ポリペプチドの発現、ベクター内への変異型ポリペプチドの導入、ベクターへの変異型ポリペプチドの物理的結合、およびベクターと変異型ポリペプチドを、例えば、バッファーまたは他の溶液中で一緒に混合し、配合することが挙げられる。かかる方法は、当業者には常套的とみさされるものである。
実例として、酵母ベクターを以下に記載する。一例において、酵母媒介体を調製するために使用される酵母細胞は、変異型ポリペプチドをコードする異種核酸分子で、該ポリペプチドが酵母細胞によって発現されるように形質転換される。かかる酵母は、本明細書において組換え酵母または組換え酵母媒介体ともいう。次いで、酵母細胞は、インタクトな細胞としての樹状細胞内に負荷され得るか、酵母細胞は死滅され得るか、または酵母スフェロプラスト、細胞質体、ゴーストまたは細胞分画粒子の形成などによって誘導体化し、任意の場合で、その後、該誘導体が樹状細胞内に負荷され得る。また、酵母スフェロプラストは、抗原を発現する組換えスフェロプラストを作製するため、組換え核酸分子で直接トランスフェクトされ得る。（例えば、スフェロプラストを完全体の酵母から作製し、次いでトランスフェクトする）。
本発明によれば、単離された核酸分子または核酸配列は、これが天然状態で会合している少なくとも１種類の成分から取り出された核酸分子または配列である。したがって、「単離された」は、必ずしも、該核酸分子が精製された程度を反映するものではない。ベクター（例えば酵母媒介体など）のトランスフェクションに有用な単離された核酸分子としては、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＤＮＡもしくはＲＮＡいずれかの誘導体が挙げられる。単離された核酸分子は、二本鎖または単鎖であり得る。本発明に有用な単離された核酸分子には、本発明の組成物に有用な少なくとも１つのエピトープを含有するものであれば、タンパク質またはその断片をコードする核酸分子が含まれる。
核酸分子は、ベクター（例えば、酵母媒介体）内に、当該技術分野で知られた任意の方法、例えば、限定されないが、拡散、能動輸送、リポソーム融合、エレクトロポレーション、バッチ式超音波処理および遺伝子操作によって形質転換され得る。
酵母媒介体内に形質転換される核酸分子は、１種類以上の変異型ポリペプチドをコードする核酸配列を含むものであり得る。かかる核酸分子は、コード領域の一部もしくは全体、調節領域または組合せを含むものであり得る。酵母株の利点の１つは、いくつかの核酸分子を担持するその能力およびいくつかの異種タンパク質を産生できることである。一例において、酵母媒介体によって産生されるいくつかの抗原は、酵母媒介体によって無理なく産生され得る任意の数の抗原であり、典型的には、少なくとも１種類から少なくとも約５種類以上（約２〜約５種類）の範囲の抗原である。
酵母媒介体内の核酸分子にコードされている変異型ポリペプチドは、完全長のタンパク質であり得るか、または修飾タンパク質が天然のタンパク質のものと実質的に類似の生物学的機能（または、所望により天然のタンパク質と比べて、増強または阻害された機能）を有するように、アミノ酸が欠失（例えば、該タンパク質の切断型）、挿入、逆位、置換および／または誘導体化（例えば、アセチル化、グリコシル化、リン酸化、テザーリング（ｔｅｔｈｅｒｅｄ）（グリセロホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）アンカーによって）された機能的に等価なタンパク質であり得る。修飾は、当該技術分野で知られた手法、例えば、限定されないが、タンパク質に対する直接修飾または該タンパク質をコードする核酸配列に対する修飾（例えば、ランダムまたは標的化変異誘発を行なうための古典的手法または組換えＤＮＡ手法を使用）によって行なわれ得る。
ベクターにおける変異型ポリペプチドの発現は、当業者に知られた手法を用いて行なわれる。簡単には、少なくとも１種類の所望の変異型ポリペプチドをコードする核酸分子を発現ベクター内に、宿主酵母細胞が形質転換されると、該核酸分子の構成的発現または調節発現のいずれかが行なわれ得るように該核酸分子が転写制御配列に作動可能に連結されるような様式で挿入する。１種類以上の変異型ポリペプチドをコードする核酸分子は、１つ以上の転写制御配列に作動可能に連結された１つ以上の発現ベクター上に存在させ得る。
本発明の組換え分子において、核酸分子は、調節配列（例えば、転写制御配列、翻訳制御配列、複製起点、および該ベクターと適合性で該核酸分子の発現を制御する他の調節配列など）を含む発現ベクターに、作動可能に連結させる。特に、本発明の組換え分子は、１つ以上の転写制御配列に作動可能に連結された核酸分子を含む。語句「作動可能に連結された」は、宿主細胞内にトランスフェクト（すなわち、形質転換、形質導入またはトランスフェクト）されると該分子が発現され得るような様式での転写制御配列への核酸分子の連結をいう。
転写制御配列（これによって産生タンパク質の量が制御され得る）としては、転写の開始、伸長および停止を制御する配列が挙げられる。特に重要な転写制御配列は、転写の開始を制御するもの、例えば、プロモーターおよび上流活性化配列である。いくつかの上流活性化配列（ＵＡＳ）（エンハンサーとも呼ばれる）が知られており、ベクターにおいて使用され得る。
ベクター内への核酸分子トランスフェクションは、核酸分子が細胞内に投与される任意の方法によって行なわれ得、限定されないが、拡散、能動輸送、バッチ式超音波処理、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、リポフェクション、吸着およびプロトプラスト融合が挙げられる。トランスフェクト核酸分子は、当業者に知られた手法を用いて、染色体内に組み込ませ得るか、または染色体外ベクター上に維持させ得る。酵母の場合、酵母細胞質体、酵母ゴースト、および細胞分画酵母膜抽出物またはその画分もまた、インタクトな酵母微生物または酵母スフェロプラストを所望の核酸分子でトランスフェクトし、その内部に抗原を産生させ、次いで、微生物またはスフェロプラストを当業者に知られた手法を用いてさらに操作し、所望の抗原を含有する細胞質体、ゴーストまたは細胞分画酵母膜抽出物またはその画分を産生させることによって、組換えにより作製され得る。
組換えベクターの作製および該ベクターによる変異型ポリペプチドの発現に有効な条件としては、該ベクターが培養され得る有効培地が挙げられる。有効培地は、典型的には、同化性炭水化物、窒素およびリン酸塩源ならびに適切な塩類、無機塩類、金属ならびに他の栄養分、例えば、ビタミン類および増殖因子を含む水性培地である。培地は、複合栄養分を含むものであってもよく、規定の最少培地であってもよい。本発明のベクターは、さまざまな容器内、例えば、限定されないが、バイオリアクター、三角フラスコ、試験管、マイクロタイターディッシュおよびペトリ皿内で培養され得る。培養は、酵母株に適切な温度、ｐＨおよび酸素含量で行なわれる。かかる培養条件は、充分当業者の技量の範囲内である（例えば、Ｇｕｔｈｒｉｅら（編），１９９１，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，第１９４巻，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏを参照のこと）。
本発明の一例において、ベクター内での変異型ポリペプチドの発現の代替法として、ベクター（例えば、酵母媒介体など）に変異型ポリペプチドを細胞内負荷させる。続いて、変異型ポリペプチドを細胞内に含有した該ベクターは、患者に投与され得るか、または樹状細胞などの担体内に負荷され得る（後述）。酵母媒介体に関して、変異型ポリペプチドは、本発明の酵母媒介体内に、当業者に知られた手法によって、例えば、拡散、能動輸送、リポソーム融合、エレクトロポレーション、食作用、凍結解凍サイクルおよびバッチ式超音波処理によって直接挿入され得る。
変異型ポリペプチドが直接負荷され得る酵母媒介体としては、インタクトな酵母、ならびにスフェロプラスト、ゴーストまたは細胞質体が挙げられ、これらには抗原が、産生後に樹状細胞内への負荷の前に負荷され得る。あるいはまた、インタクトな酵母に抗原が負荷され得、次いで、これからスフェロプラスト，ゴースト、細胞質体または細胞分画粒子が調製され得る。任意の数の抗原、少なくとも１、２、３、４または数百もしくは数千までの任意の自然数の整数（例えば、微生物の負荷によってもたらされ得る数）の抗原が、例えば、哺乳動物腫瘍細胞またはその部分の負荷によって、酵母媒介体内に負荷され得る。
別の一例では、変異型抗原をベクター（例えば、酵母媒介体など）に物理的に結合させる。ベクターへの変異型ポリペプチドの物理的結合は、当該技術分野において好適な任意の方法、例えば、共有および非共有結合法、例えば、限定されないが、変異型ポリペプチドとベクターの外側表面との化学的架橋、または変異型ポリペプチドとベクターの外側表面との生物学的連結（例えば、抗体もしくは他の結合パートナーの使用によるものなど）によって行なわれ得る。化学的架橋は、例えば、グルタルアルデヒド結合、光親和性標識、カルボジイミドでの処置、ジスルフィド結合で連結させ得る化学薬品での処置、および当該技術分野で標準的な他の架橋性化学薬品での処置などの方法によってなされ得る。あるいはまた、酵母の場合は、化学薬品は酵母媒介体を接触させ得、これにより、酵母膜の脂質二重層の電荷または細胞壁の組成が改変され、その結果、酵母の外側表面が、特定の電荷特性を有する抗原と、より融合または結合し易くなる。標的化因子、例えば、抗体、結合性ペプチド、可溶性受容体および他のリガンドなどもまた、ベクターへの抗原の結合のために、変異型抗原内に融合タンパク質として組み込まれ得るか、あるいは抗原と関連させ得る。
別の一例において、ベクターと変異型ポリペプチドは互いに、より受動的、非特異的または非共有結合性の機構によって、例えば、ベクターと抗原を一緒にバッファーまたは他の適当な配合物中で静かに混合することなどによって関連させる。
本発明の一例において、ベクターおよび変異型抗原を、ともに樹状細胞またはマクロファージなどの担体内に細胞内負荷させて免疫原性組成物を形成する。樹状細胞は、当該技術分野で知られた任意の樹状細胞であり得る。樹状細胞は、単球でリンパ球系統の細胞であって、最も強力な抗原提示細胞（ＡＰＣ）であり、抗原特異的Ｔ細胞応答を刺激することが知られている。成熟樹状細胞は、典型的には、以下の細胞表面マーカー表現型：ＭＡＣ３−、ＣＤ８０＋、ＣＤ８６＋、ＣＤ４０１°ｗ、ＣＤ５４＋、ＭＨＣクラスＩおよびＭＨＣクラスＩＩを有するものとして同定され、ＦＩＴＣ−デキストラン取込みを行ない得る。本発明の組成物に使用される樹状細胞は、一例では、該組成物が投与される患者から単離されたもの（すなわち、自己細胞）である。樹状細胞は、骨髄または末梢血から単離されたものであり得る。かかる細胞は、例えば末梢血単球から、例えば、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、ＩＬ−４およびＴＮＦ−αの存在下での培養によって生成させ得る。樹状細胞を単離および生成させるための他の方法は、当該技術分野で知られている。（例えば、Ｗｉｌｓｏｎら，１９９９，Ｉｍｍｕｎｏｌ １６２：３０７０−８；Ｒｏｍａｎｉら，１９９４，Ｊ．Ｅｘｐ Ｍｅｄ １８０：８３−９３；Ｃａｕｘｅｔａｌ．，１９９６，Ｊ．Ｅｘｐ Ｍｅｄ １８４：６９５−７０６；およびＫｉｅｒｔｓｃｈｅｒら，１９９６，Ｊ．Ｌｅｕｋｏｃ．Ｂｉｏｌ ５９：２０８−１８を参照のこと）。
樹状細胞が天然のＴ細胞に効率的に抗原提示するためには、未成熟樹状細胞を、活性化して成熟状態（ＭＨＣおよび共刺激分子の上方調節によって規定される）にしなければならない。酵母は樹状細胞に対し、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）（例えば、Ｔａｋｅｄａ Ｋ．およびＡｋｉｒａ Ｓ．，２００５，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，第１７巻：第１〜１４頁を参照のこと）、マンナン、グルカンおよびデクチン受容体を介して強力な活性化刺激を提供し、共刺激免疫受容体、ＭＨＣ分子の上方調節、および免疫調節サイトカインの分泌をもたらす。さらにまた、樹状細胞に負荷する前に酵母に抗原を予備負荷した場合、これは、集中的に（ａｖｉｄｌｙ）内在化された別個の濃縮されたパッケージにて樹状細胞に抗原を提供し、それにより、プロセッシングに利用可能な抗原の量が効率的に増大される。当業者には認識されるように、さらなるベクターが樹状細胞負荷に使用され得る。
両成分の負荷がなされ得る種々の形態を、以下により詳細に論考する。本明細書で用いる場合、用語「負荷された」およびその派生語は、成分（例えば、酵母媒介体および／または抗原）の細胞（例えば、樹状細胞）内への挿入、導入または侵入をいう。成分の細胞内負荷は、細胞の細胞内区画への該成分の挿入または導入をいう（例えば、原形質膜を介して、最低、細胞質、ファゴソーム、リソソームまたは細胞の一部の細胞内空間内に）。細胞内への成分の負荷は、成分を強制的に細胞内に侵入させるもの（例えば、エレクトロポレーションによって）、または環境に配置するもの（例えば、細胞もしくはその付近と接触）のいずれかである任意の手法が参照され、このとき、該成分は、実質的には、おそらく何らかのプロセス（例えば、食作用）によって細胞内に侵入する。負荷手法としては、限定されないが、拡散、能動輸送、リポソーム融合、エレクトロポレーション、食作用およびバッチ式超音波処理が挙げられる。一例では、樹状細胞に酵母媒介体および／または抗原を負荷させるための受動的機構が使用され、かかる受動的機構としては、樹状細胞による酵母媒介体および／または抗原の食作用が挙げられる。
酵母の場合、酵母媒介体および変異型ポリペプチドは、樹状細胞内に、ほぼ同時（ｔｈｅ ｓａｍｅ ｔｉｍｅ）または同時（ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓｌｙ）に負荷され得るが、一方の成分を該細胞内に負荷した後、他方をある程度の時間後に負荷することも可能である。一例において、酵母媒介体および変異型ポリペプチドを、樹状細胞内への負荷前に互いに関連させる。
例えば、変異型ポリペプチドを発現する組換え酵母媒介体、または任意の他の複合体、または酵母媒介体と変異型ポリペプチドの混合物が、樹状細胞内に負荷され得る。樹状細胞には、さらに、遊離の変異型ポリペプチド、すなわち、樹状細胞内に導入（負荷）される際に酵母媒介体と直接関連していないポリペプチドが負荷され得る。酵母媒介体−抗原複合体とともに遊離ポリペプチドを添加することにより、該ポリペプチドに対する免疫応答のさらなる増強がもたらされ得る。樹状細胞内に負荷される遊離ポリペプチド（１種類または複数種）は、酵母媒介体によって発現されるもの、該酵母媒介体内に負荷されるもの、あるいは酵母媒介体に結合したものと同じである必要はない。このようにして、標的細胞またはウイルスに対する免疫応答が増強され得る。
一例において、変異型ポリペプチドまたはこれをコードする核酸を含む組成物は、１種類以上のアジュバント、例えば、本明細書に記載のものおよび／または担体を含むものであるが、これは必須ではない。アジュバントは、典型的には、一般的に、特異的抗原に対する動物の免疫応答を増強する物質である。好適なアジュバントとしては、限定されないが、本明細書に記載のＴＬＲアゴニスト、ＣｐＧ配列（例えば、ＫｒｉｅｇらのＷＯ９６／０２５５５を参照のこと）、単鎖ＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡ、フロイントアジュバント、他の細菌細胞壁成分（例えば、ＬＰＳ、フラジェリンなど）、アルミニウム系の塩、カルシウム系の塩、シリカ、ポリヌクレオチド、トキソイド、血清タンパク質、ウイルス外被タンパク質、他の細菌由来調製物、γ−インターフェロン、ブロックコポリマーアジュバント、例えば、ハンターのタイターマックスアジュバント（ＣｙｔＲｘ．ＴＭ．，Ｉｎｃ．Ｎｏｒｃｒｏｓｓ，Ｇａ．）、Ｒｉｂｉアジュバント（Ｒｉｂｉ ＩｍｍｕｎｏＣｈｅｍ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｉｎｃ．，Ｈａｍｉｌｔｏｎ，Ｍｏｎｔ．から入手可能）ならびにサポニンおよびその誘導体、例えば、Ｑｕｉｌ Ａ（Ｓｕｐｅｒｆｏｓ Ｂｉｏｓｅｃｔｏｒ Ａ／Ｓ（デンマーク）から入手可能）が挙げられる。
担体は、典型的には、処置動物において治療用組成物の半減期を増大させる化合物である。好適な担体としては、限定されないが、ポリマー系制御放出製剤、生分解性埋入物、リポソーム、油類、エステルおよびグリコールが挙げられる。
本発明の免疫原性組成物はまた、１種類以上の薬学的に許容され得る賦形剤を含むものであり得る。本明細書で用いる場合、「薬学的に許容され得る賦形剤」は、本発明の方法に有用な組成物を、適当なインビボまたはエキソビボ部位に送達するのに適した任意の物質をいう。一例において、薬学的に許容され得る賦形剤は、ベクター（または該ベクターを含む樹状細胞）を、該ベクターまたは細胞が体内の標的細胞、組織または部位に達すると、該ベクター（変異型ポリペプチドと関連している）または樹状細胞（ベクターおよび変異型抗原が負荷されている）が、免疫応答（例えば、細胞性免疫応答、体液性免疫応答または両方）を、標的部位（標的部位は全身であり得ることに注意）において惹起し得る形態に維持し得るものである。好適な本発明の賦形剤としては、組成物またはワクチンを一部位に輸送するが、特異的に標的化するものでない賦形剤または配合物が挙げられる（本明細書では、非標的化担体ともいう）。薬学的に許容され得る賦形剤の例としては、限定されないが、水、生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水、リンゲル溶液、デキストロース溶液、血清含有溶液、ハンクス溶液、他の水性の生理学的緩衝溶液、油類、エステルおよびグリコールが挙げられる。水性担体は、例えば、化学的安定性および等張性を向上させることによりレシピエントの生理学的状態に近づけるのに必要とされる適当な補助物質を含有するものであり得る。好適な補助物質としては、例えば、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、ならびにリン酸塩バッファー、Ｔｒｉｓバッファーおよび重炭酸塩バッファーを作製すために使用される他の物質が挙げられる。また、補助物質としては、保存剤、例えば、チメロサール、ｍ−またはｏ−クレゾール、ホルマリンおよびベンゾールアルコールなどが挙げられる。
癌
本明細書で用いる場合、癌には、任意の型の腫瘍または新形成が含まれ、例えば、限定されないが、結腸直腸癌、黒色腫、扁平上皮癌、乳癌、頭部および首部の癌腫、甲状腺癌、軟組織肉腫、骨肉腫、精巣癌、前立腺癌、卵巣癌、膀胱癌、皮膚癌、脳の癌、脈管腫、血管肉腫、肥満細胞腫、原発性肝癌、肺癌、膵癌、胃腸の癌、腎細胞癌、造血系の新形成ならびにその転移性の癌が挙げられる。特異的癌抗原の例としては、限定されないが、ＭＡＧＥ（例えば、限定されないが、ＭＡＧＥ３、ＭＡＧＥＡ６、ＭＡＧＥＡ１０）、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ｇｐ１００、チロシナーゼ、ＥＧＦＲ、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＶＥＧ−Ｆ、ＰＤＧＦＲ、ＫＩＴ、ＰＭＳＡ、ＣＥＡ、ＨＥＲ２／ｎｅｕ、Ｍｕｃ−１、ｈＴＥＲＴ、ＭＡＲＴｌ、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、Ｂｃｒ−Ａｂｌ、ならびにｐ５３の変異型発癌性形態（ＴＰ５３）、ｐ７３、Ｒａｓ、ＰＴＥＮＳｒｃ、ｐ３８、ＢＲＡＦ、ＡＰＣ（大腸腺腫性ポリポーシス）、ｍｙｃ、ＶＨＬ（フォン・ヒッペル・リンドウタンパク質）、Ｒｂ−１（網膜芽細胞腫）、Ｒｂ−２、ＢＲＣＡｌ、ＢＲＣＡ２、ＡＲ（アンドロゲン受容体）、Ｓｍａｄ４、ＭＤＲ１およびＦＬＴ３が挙げられる。
一例において、癌抗原は、治療用および／または予防用薬剤による標的化に適した分子（例えば、タンパク質、ペプチド、糖タンパク質または糖鎖など）であるか、または該分子から得られ得るものである。治療用および／または予防用の癌用薬剤の分子標的は当該技術分野で知られており、限定されないが、細胞表面受容体（例えば、受容体チロシンホスファターゼ、受容体セリン／トレオニンキナーゼ、および受容体チロシンキナーゼなど）、細胞内シグナル伝達分子（例えば、細胞内チロシンキナーゼおよび他の二次シグナル伝達分子など）、ならびに転写因子、細胞周期調節因子、プロテアソーム成分、血管新生に関与しているタンパク質、およびアポトーシス制御に関与しているタンパク質が挙げられる。治療用および／または予防用薬剤の癌への標的化では、回避変異型、すなわち変異型ポリペプチドをもたらすことが観察されている。例えば、個体を事前にＢｃｒ−Ａｂｌチロシンキナーゼ阻害剤であるイマチニブ（グリベック）での処置に応答性とすると報告されていたＢｃｒ−Ａｂｌにおいて変異が認められ、該処置に対して抵抗性となった。Ｇｏｒｒｅら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００１，２９３：８７６−８８０；Ｓｈａｈら，Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２００２，２：１１７−１２５；Ｂｒａｎｆｏｒｄら，Ｂｌｏｏｄ２００２，９９（９）：３７４２−３７４５；Ｄｅｉｎｉｎｇｅｒら，Ｂｌｏｏｄ２００５，１０５（７）：２６４０−２６３。同様に、ＥＧＦＲにおける変異もまた、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）患者で認められ、それにより、ゲフィチニブ（イレッサ）またはエルロチニブ（タルセバ）処置に対して抵抗性となる。Ｋｏｂａｙａｓｈｉら，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ，２００５，３５２（８）：７８６−７９２。したがって、これらの抗癌剤の有効性は、変異型ポリペプチドの出現によって有意に制限される。
したがって、本明細書において、癌遺伝子にコードされているおよび／または癌細胞によって発現され、治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチド（またはそのミメトープ）、あるいは該変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む免疫原性組成物、ならびに該変異型ポリペプチドまたは該変異型ポリペプチドを発現する細胞に対する免疫応答を惹起するための方法が提供される。一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。一例において、免疫応答は体液性免疫応答である。他の一例では、免疫応答は、細胞性と体液性の両方の応答を含む。
癌抗原であるポリペプチド変異型は、哺乳動物に予め存在し得るものであり得る、すなわち、診断時に存在し得、治療用および／または予防用薬剤（１種類または複数種）の投与の結果、選択的に出現するものであり得る。あるいはまた、ポリペプチド変異型は、該薬剤によって与えられる圧力の結果、出現し得る。変異は、癌抗原内の任意の位置のアミノ酸に存在し得る。ポリペプチドの変異は、単一の変異の状況において記載しているが、変異型ポリペプチドは、１つより多く（例えば、２、３、４、５またはそれ以上）のアミノ酸変異を含むものであり得ることを理解されたい。例えば、癌抗原は、異なるアミノ酸位置に１つ以上の変異を含むものであり得る。癌抗原は、他の変異、例えば、形質転換事象と関連している変異などをさらに含むものであり得る。癌抗原の変異型ポリペプチドの実例を表Ｉに開示する。
Figure 2009500454
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 ＊ 野生型Ａｂ１、ＡＢＬエキソン１ａに従って番号付け
＊＊Ｅｙｅｒｓら，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．１９９８，５， ３２１−３２８。
一例において、ポリペプチド変異型は、癌抗原の１種類以上の変異型ポリペプチド由来の多数の免疫原性のドメインを含む融合ポリペプチドであり得る。例えば、グリベックを投与すると出現するＢｃｒ−Ａｂｌタンパク質には、いくつかの異なる変異が存在することが知られている。変異型ポリペプチドは、１つ以上のＢｃｒ−Ａｂｌ変異を同じ位置および／または異なる位置に、および／または変異の組合せを１つより多くの位置に含むものであり得る。
一例において、該ポリペプチド変異型は、変異をＢｃｒ−Ａｂｌに含む。Ｂｃｒ−Ａｂｌは、構成的に活性なチロシンキナーゼであり、第９染色体と第２２染色体の間のＤＮＡ転位に起因する。Ｂｃｒ−Ａｂｌは、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）の病原因子であり、その構成的キナーゼ活性は、造血系細胞をインビボで形質転換するその能力に中心的であると報告されている。チロシンキナーゼ阻害剤であるイマチニブ（グリベック、２−フェニルアミノピリミジン）は、ＣＭＬの治療用薬剤である。タンパク質を薬物治療（例えば、グリベック処置）に対して耐性にする種々の回避変異がＢｃｒ−Ａｂｌにおいて、インビボおよびインビトロで同定されている。Ｄｅｉｎｉｎｇｅｒら，Ｂｌｏｏｄ，２００５，１０５（７）：２６４０−２６５３；Ａｚａｍら，Ｃｅｌｌ，２００３，１１２：８３１−４３。表Ｉに、グリベックの処置に対して抵抗性を発現した哺乳動物において同定されたＢｃｒ−Ａｂｌの回避変異型（変異番号１〜２８）ならびに、インビトロ方法によって同定されたさらなる変異（変異番号２９〜１３２）の例示的な一覧を示す（他の癌抗原とともに）。これらの変異は、Ｂｃｒ−Ａｂｌの種々のドメイン内、例えば、限定されないが、キナーゼドメイン（例えば、Ｐ−ループ、Ａ−ループ、Ｔ３１５、Ｃ−ヘリックス、ＳＨ３接触領域、またはＳＨ２接触領域など）、ｃａｐドメイン、ＳＨ３ドメイン、ＳＨ２ドメイン、および他のリンカー領域に存在する。
一例において、変異型ポリペプチドはＥＧＦＲに変異を含む。ＥＧＦＲは、正常細胞と癌細胞の両方において細胞分裂の開始に重要な役割を果たす受容体チロシンキナーゼである。いくつかの癌、例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）およびグリア芽腫（脳の癌）では、ＥＧＦＲは、過剰発現されるか、または変異されるかのいずれかであることが報告されており、この変化が、腫瘍の形成および成長と関連していると考えられている。２種類の経口アニリノキナゾリンＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤であるゲフィチニブ（イレッサ）およびエルロチニブ（タルセバ）は、米国では、ＮＳＣＬＣの処置に認可されている。回避変異であるＴ７９０ＭがＥＧＦＲにおいて認められ、これは、哺乳動物被験体をイレッサまたはタルセバ処置に対して抵抗性にすると報告されている。
したがって、本明細書において、ＥＧＦＲの変異型ポリペプチド（もしくはそのミメトープ）またはＥＧＦＲをコードする核酸を含む組成物、および免疫応答の惹起におけるその使用のための方法が提供される。一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。一例において、免疫応答は体液性免疫応答である。他の一例では、免疫応答は細胞性と体液性両方の免疫応答を含む。一例において、変異型ポリペプチドは、変異をＥＧＦＲのキナーゼドメイン内に含む。一例において、変異型ポリペプチドは、野生型ＥＧＦＲポリペプチドに対してＴ７９０Ｍ変異を含む。
一例において、変異型ポリペプチドは変異を、血小板由来増殖因子受容体（ＰＤＧＦＲ）内に含む。ＰＤＧＦＲは、受容体チロシンキナーゼである。ＰＤＧＦＲの活性化は、種々の型の癌、例えば、グリア芽腫、隆起性皮膚線維肉腫およびＣＭＬなどの進行に不可欠であることが報告されている。単一の回避変異（Ｔ６７４Ｉ）は、グリベックで処置した好酸球増多症候群の患者において同定された（Ｃｏｏｌｓら，Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，２００３，３４８：１２０１−１２１４）。したがって、本明細書において、ＰＤＧＦＲ変異型ポリペプチド（もしくはそのミメトープ）またはＰＤＧＦＲをコードする核酸を含む組成物、および、免疫応答の惹起におけるその使用のための方法が提供される。一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。一例において、免疫応答は体液性免疫応答である。他の一例では、免疫応答は細胞性と体液性両方の免疫応答を含む。一例において、変異型ポリペプチドは変異を、ＰＤＧＦＲのキナーゼドメイン内に含む。一例において、変異型ポリペプチドは、野生型ＰＤＧＦＲポリペプチドに対してＴ７６４Ｉ変異を含む。
一部の実施形態において、変異型ポリペプチドは、ＫＩＴの変異を含む。ＫＩＴは、幹細胞因子（ＳＣＦ）のチロシンキナーゼ受容体である。キナーゼドメイン内の変異によるＫＩＴの活性化は、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）および他の型の腫瘍と関連していることが報告されている。回避変異（Ｔ６７０Ｉ）は、ＫＩＴ内に認められ、これは、患者をグリベックでの処置に抵抗性にすると報告された（Ｔａｍｂｏｒｉｎｉら，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，２００４，１２７：２９４−２９９）。したがって、本明細書において、ＫＩＴの変異型ポリペプチド（もしくはそのミメトープ）またはＫＩＴをコードする核酸を含む組成物、および免疫応答の惹起におけるその使用のための方法が提供される。一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。一例において、免疫応答は体液性免疫応答である。他の一例では、免疫応答は細胞性と体液性両方の免疫応答を含む。一例において、変異型ポリペプチドは変異を、ＫＩＴのキナーゼドメイン内に含む。一例において、変異型ポリペプチドは、野生型ＫＩＴポリペプチドに対してＴ６７０Ｉ変異を含む。
一例において、変異型ポリペプチドは、ＦＬＴ３内に、野生型ＦＬＴ−３ポリペプチドに対して、標的化薬剤の投与に応答して出現する変異、例えば、Ａ６２７Ｔ、Ｎ６７６Ｄ、Ｎ６７６Ｓ、Ｆ６９１Ｌ、Ｆ６９１Ｉ、Ｇ６９７ＲおよびＧ６９７Ｓからなる群より選択されるアミノ酸変異を含む。Ｃｏｏｌｓら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，２００４、６４：６３８５−６３８９。一例において、変異型ポリペプチドはｐ３８内に変異を、例えば、野生型タンパク質に対してＴ１０６の位置に変異を含む。他の一例では、変異型ポリペプチドは、Ｓｒｃ内に変異を、例えば、野生型タンパク質に対してアミノ酸位置Ｔ３４１に変異を含む。一例において、変異型ポリペプチドは、ＦＧＦＲ内に変異を、例えば、野生型タンパク質に対してＶ５６１の位置にアミノ酸変異を含む。したがって、本明細書において、かかる変異型ポリペプチド（もしくはそのミメトープ）または変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む組成物、および免疫応答の惹起におけるその使用のための方法が提供される。一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。一例において、免疫応答は体液性免疫応答である。他の一例では、免疫応答は細胞性と体液性両方の免疫応答を含む。一例において、薬剤に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドは、それ自体で免疫原性である、すなわち、アジュバントと関連していないが、これは必須ではない。他の一例では、薬剤に応答して出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドは、Ｔｏｌｌ様受容体リガンドもしくはアゴニスト、またはＣｐＧヌクレオチド配列、またはその抗原性を向上させる他のベクターもしくは媒介体（例えば、酵母媒介体など）などのアジュバントと関連していると免疫原性である。
したがって、本明細書に記載の組成物は、哺乳動物において変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するために使用され、哺乳動物にその有効量を、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せで投与することを含む。一例において、該組成物は、以下：
ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；
ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；
ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合した酵母媒介体；
ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；または
ｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ
の１種類以上を含み、
該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである。
さらに、該組成物は、哺乳動物において変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するための医薬の調製または製造において、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せで使用され得る。一例において、変異型ポリペプチドは、癌遺伝子、腫瘍関連抗原または癌細胞によって発現されるポリペプチドである。一例において、癌細胞は、結腸直腸癌、黒色腫、扁平上皮癌、乳癌、頭部および首部の癌腫、甲状腺癌、軟組織肉腫、骨肉腫、精巣癌、前立腺癌、卵巣癌、膀胱癌、皮膚癌、脳の癌、脈管腫、血管肉腫、肥満細胞腫、原発性肝癌、肺癌、膵癌、胃腸の癌、腎細胞癌、造血系の新形成ならびに転移性の癌からなる群より選択される。
一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。他の一例では、免疫応答は体液性免疫応答である。また他の一例では、免疫応答は細胞性と体液性両方の免疫応答を含む。
また、本明細書に記載の組成物は、哺乳動物において疾患を処置するために使用され、哺乳動物に有効量の該組成物を投与することを含み、該疾患は、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドと関連している。一例において、該組成物は、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せで使用される。さらに、該組成物は、哺乳動物において疾患を処置するための医薬の調製または製造において、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せで使用され得る。一例において、変異型ポリペプチドは、癌遺伝子、腫瘍関連抗原または癌細胞によって発現されるポリペプチドである。一例において、癌細胞は、結腸直腸癌、黒色腫、扁平上皮癌、乳癌、頭部および首部の癌腫、甲状腺癌、軟組織肉腫、骨肉腫、精巣癌、前立腺癌、卵巣癌、膀胱癌、皮膚癌、脳の癌、脈管腫、血管肉腫、肥満細胞腫、原発性肝癌、肺癌、膵癌、胃腸の癌、腎細胞癌、造血系の新形成ならびに転移性の癌からなる群より選択される。一例において、疾患は癌である。
癌抗原において、薬剤の投与の結果出現する新たな変異型ポリペプチドの同定方法は、当該技術分野で知られている。インビトロ方法によって同定された回避変異は、インビボで発現されたものとの高度の相関性を示した（Ａｚａｍら、Ｃｅｌｌ、２００３、１１２：８３１−８４３；Ｃｏｏｌｓら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２００４、６４：６３８５−６３８９；Ｂｌｅｎｃｋｅら、Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ、２００４、１１：６９１−７０１）。例えば、Ａｚａｍらにより、標的指向型抗癌剤に対する耐性変異型ポリペプチドを同定するためのスクリーニング方法が提供され、これは、一般的に、任意の薬剤−変異型ポリペプチドペアに適用可能である。（Ａｚａｍら、Ｂｉｏｌ．Ｐｒｏｃｅｄ．Ｏｎｌｉｎｅ、２００３、５（ｌ）：２０４−２１０）。簡単には、標的変異型ポリペプチドをコードするｃＤＮＡをクローニングベクター内にクローニングし、ランダム変異誘発に供し、標的癌ポリペプチド内に変異のライブラリーをもたらす。次いで、該ライブラリーを薬剤での処理に感受性の細胞内に導入する。次いで、薬剤での処理に耐性のコロニーを該治療用薬剤の存在下で選択し、単離し、配列決定し、推定変異を明らかにする。各候補変異の耐性表現型を確認するため、変異は、天然のｃＤＮＡ内にも部位特異的変異誘発によって新たに作出され得る。変異型ｃＤＮＡを薬物感受性細胞内に導入し、その薬物耐性表現型を確認する。薬物耐性は、細胞増殖アッセイによってさらに確認され得る。変異はまた、タンパク質結晶構造のモデル内へのマッピングによって、その構造的結果物について解析され得る。
感染性疾患
本明細書で用いる場合、感染性疾患は、感染性因子、例えばＲＮＡウイルス、例えば、限定されないが、レトロウイルス（例えば、ＨＩＶなど）、フラビウイルス（例えば、ＨＣＶなど）、レオウイルス、ピコルナウイルス、コロナウイルス、フィロウイルス、ラブドウイルス、ブンヤウイルス、オルトミクソウイルス、パラミクソウイルス、アレナウイルス、カリシウイルス；ならびにヘパドナウイルス（例えば、ＨＢＶなど）、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、アデノウイルス、パルボウイルスおよびパポバウイルス科に属するＤＮＡウイルスによって引き起こされる疾患をいう。実例としては、感染性疾患は、ＨＩＶ、ＨＢＶおよびＨＣＶである。本明細書に記載の方法、例えば、変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するための方法は、変異型ポリペプチドが予防用および／または治療用薬剤に応答して出現することがわかっているか、または出現したものである、任意の感染性疾患に適用され得ることは、当業者に理解されよう。
ヒト免疫不全ウイルス
ＨＩＶは、非発癌性のレトロウイルス、具体的にはレンチウイルスであり、感染した個体において後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）を引き起こす。世界保健機関の推定では、４０００万人を超える人々が、現在ＨＩＶに感染しており、２０００万人の人々が既にＡＩＤＳで死亡している。したがって、ＨＩＶ感染は、世界的に汎発していると考えられる。
現在、ＨＩＶには２つの菌株ＨＩＶ−１およびＨＩＶ−２が認められている。ＨＩＶ−１は、世界的にＡＩＤＳの主な原因である。ＨＩＶ−１は、ゲノム配列のばらつきに基づいて、クレードに分類されている。例えば、クレードＢは、北米、欧州、南米の一部のおよびインドにおいて最も多く見られ、クレードＣは、サハラ砂漠以南のアフリカに最も多く見られ、クレードＥは、東南アジアに最も多く見られる。ＨＩＶ−１感染は、主に、性感染、母子感染または汚染血液もしくは血液製剤への曝露を介して起こる。
ＨＩＶ−１は、ウイルスの構造タンパク質の周囲の脂質二重層外被およびウイルス複製に必要とされる酵素とタンパク質の内部コアならびに２つの同一の線状ＲＮＡのゲノムからなる。ウイルスの脂質二重層では、ウイルスの外被糖タンパク質４１（ｇｐ４１）が、ウイルス表面から延在し、感受性細胞の表面上の受容体と相互作用する別のウイルスの外被糖タンパク質１２０（ｇｐｌ２０）に結合している。ＨＩＶ−１ゲノムは、ほぼ１０，０００ ヌクレオチドの大きさであり、９つの遺伝子を含む。これには、すべてのレトロウイルスに共通する３つの遺伝子ｇａｇ、ｐｏｌおよびｅｎｖ遺伝子が含まれる。ｇａｇ遺伝子は、コア構造タンパク質をコードし、ｅｎｖ遺伝子はｇｐｌ２０およびｇｐ４１外被タンパク質をコードし、ｐｏｌ遺伝子はウイルス酵素逆転写酵素（ＲＴ）、インテグラーゼおよびプロテアーゼ（ｐｒｏ）をコードする。このゲノムは、ウイルス複製に不可欠な２つの他の遺伝子、ウイルスプロモータートランスアクチベーターをコードするｔａｔ遺伝子と、同様に遺伝子転写を助長するｒｅｖ遺伝子とを含む。最後に、ｎｅｆ、ｖｐｕ、ｖｐｒおよびｖｉｆ遺伝子は、レンチウイルスに特有であり、その機能がＴｒｏｎｏ，Ｃｅｌｌ，８２：１８９−１９２（１９９５）に記載されているポリペプチドをコードする。
ＨＩＶ−１がヒト細胞に感染するプロセスは、ウイルス表面上のｇｐｌ２０と細胞表面上のタンパク質との相互作用を伴う。ＨＩＶ感染第１工程が、細胞のＣＤ４タンパク質へのＨＩＶ−１糖タンパク質Ｅｎｖ ｇｐｌ２０の結合であることは、共通の理解である。この相互作用により、ウイルスのｇｐｌ２０が立体構造の変化を受け、他の細胞表面タンパク質（例えば、ＣＣＲ５またはＣＸＣＲ４タンパク質など）に結合し、その後のウイルスと細胞との融合を可能にする。したがって、ＣＤ４は、ＨＩＶ−１の主な受容体であると報告されているが、その他の細胞表面タンパク質は、ＨＩＶ−１の補助受容体であると報告されている。本明細書で用いる場合、ＨＩＶには、ＨＩＶ−１およびＨＩＶ−２が包含される。本発明には、予防用および／または治療用薬剤などの薬剤に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものであるＨＩＶ変異型ポリペプチドが包含され、任意のＨＩＶポリペプチドに見られる変異、例えば、限定されないが、Ｇａｇ、Ｅｎｖ、Ｐｏｌ、および任意のＨＩＶクレード科に由来のもの、サブタイプおよび／または菌株、ならびに例えば、限定されないが、単離菌、ＨＩＶＩＩＩｂ、ＨＩＶＳＦ２、ＨＩＶ−１ＳＦＩ６２、ＨＩＶ−１ＳＦ１７０、ＨＩＶＬＡＶ、ＨＩＶＬＡＩ、ＨＩＶＭＮ、ＨＩＶ−１ＣＭ２３５、ＨＩＶ−１ＵＳ４、他のＨＩＶ−１菌株が包含される。例えば、Ｍｙｅｒｓら，Ｌｏｓ Ａｌａｍｏｓ Ｄａｔａｂａｓｅ，Ｌｏｓ Ａｌａｍｏｓ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｌｏｓ Ａｌａｍｏｓ，Ｎｅｗ Ｍｅｘｉｃｏ；Ｍｙｅｒｓら，Ｈｕｍａｎ Ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ ａｎｄ Ａｉｄｓ，１９９０，Ｌｏｓ Ａｌａｍｏｓ，Ｎｅｗ Ｍｅｘｉｃｏ：Ｌｏｓ Ａｌａｍｏｓ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙを参照のこと。本明細書に開示する実例として、薬剤に応答して出現したＨＩＶプロテアーゼおよび逆転写酵素の変異を表ＩＩに開示する。ＨＩＶの処置における使用のための薬剤がラミブジンである一例において、変異型ポリペプチドＭ１９４Ｖは具体的に除外する。一例において、薬剤に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものであるＨＩＶ変異型ポリペプチドは、それ自体で免疫原性である、すなわち、アジュバントと関連していないが、これは必須ではない。他の一例では、ＨＩＶ薬剤に応答して出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドは、本明細書に記載した、および当該技術分野で知られたアジュバント、例えば、Ｔｏｌｌ様受容体リガンド、またはＣｐＧヌクレオチド配列、またはその抗原性を向上させる他のベクターもしくは媒介体（例えば、酵母媒介体）などと関連していると免疫原性である。一例において、アジュバントは、変異型ポリペプチドとの融合タンパク質として発現されるアミノ酸配列である。
Figure 2009500454
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 現在、抗レトロウイルス薬物治療は、ＨＩＶ感染の処置または人から人へのＨＩＶ−１感染の予防の一手段である。薬物治療を行なっても、せいぜい、ＨＩＶ−１感染は、一生の処置を必要とする慢性状態であり、依然として疾患はゆっくりと進行し得る。ＨＩＶに対する薬物耐性は、すべての類型の抗レトロウイルス薬物、すなわち、ヌクレオシド類縁体逆転写酵素阻害剤、非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤、プロテアーゼ阻害剤および侵入／融合阻害剤に対して発現した。関連する変異の数、引き起こされる耐性の増大の程度、および耐性の機構は、これらの多くの薬物間で異なる。
ウイルスが採用する薬物耐性の機構は、研究されており、特性付けされている。理論に拘束されることを望まないが、耐性変異型が出現する尤度は、少なくとも４つの要因：１）ウイルスの変異の頻度；２）具体的な抗ウイルス薬に関するウイルスの標的部位の固有の易変異性；３）抗ウイルス薬の選択圧；ならびに４）ウイルス複製の大きさおよび速度関数と思われる。
第１の要因に関して、そのポリメラーゼがプルーフリーディング機構を欠く一部のＲＮＡウイルスでは、変異の頻度はほぼ３×１０−５／ｂｐ／複製サイクルである（Ｈｏｌｌａｎｄら（１９９２）Ｃｕｒｒ．Ｔｏｐｉｃｓ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７６，１−２０；Ｍａｎｓｋｙら（１９９５）Ｊ Ｖｉｒｏｌ．６９，５０８７−９４；Ｃｏｆｆｉｎ（１９９５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６７，４８３−４８９）。したがって、単一の１０ｋｂゲノム（ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）のものなどの）は、平均して、３つの子孫ウイルスゲノムごとに１つの変異を含むことが予測され得る。ＨＩＶ感染時に毎日生成されるほぼ１０１０の新たなビリオンで計算すると（Ｈｏら（１９９５）Ｎａｔｕｒｅ ３７３，１２３−１２６）、１０−４〜１０−５／ヌクレオチドの割合の変異が、ほぼあらゆる変異の事前の存在が、ＨＩＶ感染の任意の時点で保証される。ウイルスの急速な進化により、抗ウイルス療法を回避するバリアントの生成が助長され得る。
第２の要因に関して、具体的な抗ウイルス剤に応答したウイルス標的部位の固有の易変異性は、耐性変異型の尤度に有意に影響を及ぼし得る。例えば、ジドブジン（ＡＺＴ）により、ＨＩＶの逆転写酵素における変異は、スタブジンよりも容易にインビトロおよびインビボで選択される。
第３の要因に関して、薬物曝露が増大すると、複製中のウイルス集団に対する選択圧が増大し、薬物耐性変異型のより急速な出現が促進される。例えば、ＨＩＶの処置に有効な薬物の範囲では、高用量のＡＺＴでは、低用量よりも急速に薬物耐性ウイルスが選択される傾向にある（Ｒｉｃｈｍａｎら（１９９０）Ｊ ＡＩＤＳ．３，７４３−６）。耐性変異型に対するこの選択圧により、有意なレベルのウイルス複製が持続される限り、かかる変異型が生じる尤度が増大する。
第４の要因であるウイルス集団の複製の大きさと速度は、耐性変異型の出現の尤度に対して主要な結果をもたらす。多くのウイルス感染は、高レベルのウイルス複製とともに高速のウイルスターンオーバー（ｔｕｒｎｏｖｅｒ）を特徴とする。これは、ＨＩＶによる慢性感染についてもいえるようである。高レベルのウイルスにより、変異型の事前の存在の確率が増大する。耐性集団の出現は、選択圧の非存在下でランダムに出現する既存の亜集団の生存および選択的増殖に起因し得ることが示されている。したがって、選択圧の付加（例えば、抗ウイルス剤など）の存在下で高レベルの複製を伴うウイルスでは、より多くの数の耐性変異型が生成されることが予測され得る。薬物耐性変異型が、ＨＩＶ感染個体の亜集団に、実際に存在するという証拠は、蓄積されている（Ｎａｊｅｒａら（１９９４）ＡＩＤＳ Ｒｅｓ Ｈｕｍ Ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ １０，１４７９−８８；Ｎａｊｅｒａら（１９９５）Ｊ Ｖｉｒｏｌ．６９，２３−３１）。また、ほぼ１０−５の割合の薬物耐性ピコルナウイルス変異型の事前の存在は、充分文献に報告されている（Ａｈｍａｄら（１９８７）Ａｎｔｉｖｉｒａｌ Ｒｅｓ．８，２７−３９）。以下は、ＨＩＶ感染のリスクがあるか、またはこれに易罹患性である哺乳動物に投与されることが知られている薬剤の類型である。さらなる薬剤を、そのＨＩＶ特異的変異とともに表ＩＩに示す。例えば、本明細書でより詳細に論考するように、表ＩＩで変異回避「Ｖ８２Ａ／Ｆ」と分類されたＨＩＶ−１変異型ポリペプチドは、ＨＩＶプロテアーゼ阻害剤類型の薬物である薬剤リトナビルの投与の結果、出現することが観察された。
ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤
ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤（ＮＲＴＩ）は、有効な抗レトロウイルス化合物の第１の類型であり、ジドブジン（ＡＺＴ）は、臨床的実用に達した第１の薬物であった。現在市販されている一部のＮＲＴＩとしては、ジドブジン（Ｒｅｔｒｏｖｉｒ）、スタブジン（Ｚｅｒｉｔ）、ジダノシン（Ｖｉｄｅｘ）、ザルシタビン（Ｈｉｖｉｄ）、アバカビル（Ｚｉａｇｅｎ）、ラミブジン（Ｅｐｉｖｉｒ）、エントリシタビン（Ｅｍｔｒｉｖａ）およびテノホビル（Ｖｉｒｅａｄ）が挙げられる。ＮＲＴＩは内在ヌクレオシドと、ＨＩＶ ＲＮＡの逆転写によって生成されるＤＮＡ鎖内への組込みについて競合し、それにより、未成熟鎖の末端をもたらすことにより、逆転写酵素を阻害する。
研究者らにより、ＡＺＴ耐性逆転写酵素が単離され、この酵素において高頻度で変異される部位が見出された。「フィンガー」ドメイン由来のＭｅｔ ４１、Ａｓｐ ６７およびＬｙｓ７０ならびに「パーム」ドメイン由来のＬｅｕ ２１０、Ｔｈｒ ２１５およびＬｙｓ ２１９は、すべて、ＡＺＴ耐性逆転写酵素内の活性部位付近に見られる変異である。これらの残基が該活性部位ポケット周囲にクラスター化する様式により、これらの変異によって、結合部位が該薬物のアジドを保持する能力が直接影響を受けることを支持する傾向にある。したがって、本明細書において、ＨＩＶ変異型ＲＴ、例えば、本明細書に具体的に記載したＨＩＶ変異型ポリペプチドと関連しているベクター、例えば、酵母媒介体などが提供される。一例において、酵母媒介体は、ＨＩＶ変異型ＲＴポリペプチド、変異を含むまたはその断片をコードする核酸を含むように遺伝子操作されている。
ＮＲＴＩに対する耐性は、逆転写酵素（ＲＴ）遺伝子内のヌクレオチド変化およびその後のＲＴ酵素内でのアミノ酸置換の発生によって発現される。各ＮＲＴＩは、予測可能な組の遺伝子改変を、一般的には、最初に現れる一次変異とともに誘導し、二次変異は治療の継続時に発現される。例えば、ジドブジンに対する耐性は、ＲＴにおける特異的変異、例えば、Ｍ４１Ｌ、Ｄ６７Ｎ、Ｋ７０Ｒ、Ｌ２１０Ｗ、Ｔ２１５Ｙ／ＦおよびＫ２１９Ｑ／Ｅと関連している。スタブジンに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、Ｍ４１Ｌ、Ｋ６５Ｒ、Ｄ６７Ｎ、Ｋ７０Ｒ、Ｑ１５１Ｍ、Ｌ２１０Ｗ、Ｔ２１５Ｙ／ＦおよびＫ２１９Ｅが挙げられる。ジダノシンに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、Ｋ６５Ｒ、Ｌ７４ＶおよびＭ１８４Ｖが挙げられる。ザルシタビンに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、Ｋ６５Ｒ／Ｎ、Ｔ６９Ｄ、Ｌ７４Ｖ、Ｖ７５Ｔ／ＡおよびＭ１８４Ｖが挙げられる。アバカビルに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、Ｋ６５Ｒ、Ｌ７４Ｖ、Ｙ１１５ＦおよびＭ１８４Ｖ／Ｉが挙げられる。ラミブジンに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、Ｋ６５ＲおよびＭ１８４Ｖ／Ｉが挙げられる。エントリシタビンに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、Ｋ６５ＲおよびＭ１８４Ｖ／Ｉが挙げられる。テノホビルに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、Ｋ６５Ｒが挙げられる。これらの変異のほとんどは、逆転写酵素の活性部位付近に見られる。
逐次、交互および組合せヌクレオシド類縁体レジメンの使用の増加により、現在利用可能なあらゆるＮＲＴＩに対して耐性を付与する変異を有するＨＩＶバリアントを選択することが可能になっている。２組の変異Ｑ１５１Ｍ複合変異およびＴ６９Ｓ挿入変異が報告されている。Ｑ１５１Ｍ変異は、多くの場合、コドンＡ６２Ｖ、Ｖ７５Ｉ、Ｆ７７ＬおよびＦ１１６Ｙにおける二次変異と関連しており、これによって、ＮＲＴＩに対する感受性がさらに低下する。
非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤
非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤（ＮＮＲＴＩ）は、ＨＩＶ−１逆転写の非競合的阻害剤であり、逆転写酵素の活性部位付近の疎水性ポケットに結合し、該酵素において立体構造の変化を引き起こす。逆転写酵素のこの疎水性ポケット内には、変異しないことがわかっている４つの残基すなわち、Ｐｈｅ ２２７、Ｔｒｐ ２２９およびＬｅｕ ２３４およびＴｙｒ ３１９が含まれている。現在、３種類のＮＮＲＴＩ、ネビラピン（Ｖｉｒａｍｕｎｅ）、デラビルジン（Ｒｅｓｃｒｉｐｔｏｒ）およびエファビレンツ（Ｓｕｓｔｉｖａ）が認可されている。ＮＲＴＩと同様、ＮＮＲＴＩに対する耐性ＨＩＶ−１バリアントは、多くの場合、多数の変異を有するが、ほとんどのＮＲＴＩとは対照的に、単一変異によってＮＮＲＴＩに対する高レベルの耐性がもたらされ得る。
ナビラピン耐性ＨＩＶ−１バリアントは非常に早い速度で生じ、感受性の低下に伴い、治療のわずか１週間後で明白となり、治療８週間までに１００％の試験患者が単離菌を有し、感受性の低下は、１００倍より大きかった。ネビラピンに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、Ｌ１００Ｉ、Ｋ１０３Ｎ、Ｖ１０６Ａ／Ｍ、Ｖ１０８Ｉ、Ｙ１８１Ｃ／Ｉ、Ｙ１８８Ｃ／Ｌ／ＨおよびＧ１９０Ａが挙げられる。デラビルジンに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、Ｋ１０３Ｎ、Ｖ１０６Ｍ、Ｙ１８１Ｃ、Ｙ１８８ＬおよびＰ２３６Ｌが挙げられる。エファビレンツに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、Ｌ１００Ｉ、Ｋ１０３Ｎ、Ｖ１０６Ｍ、Ｖ１０８Ｉ、Ｙ１８１Ｃ／Ｉ、Ｙ１８８Ｌ、Ｇｌ９０Ｓ／ＡおよびＰ２２５Ｈが挙げられる。耐性の急速な誘導は、ＮＮＲＴＩ単独治療の際に最も強く観察され、これらの化合物は、他の抗レトロウイルス剤との組合せで奏功（ｔａｋｅ）することが認められている。
プロテアーゼ阻害剤
ＨＩＶプロテアーゼ酵素は、ウイルス成熟時に、前駆体Ｇａｇ−Ｐｏｌポリタンパク質の翻訳後切断に必要とされ、新たなウイルス粒子の合成に必要とされる構成ブロックを生成させる二量体アスパルチルプロテアーゼである。このタンパク質の活性は、ウイルス感染性、主要な薬物標的であるために不可欠である。多くのプロテアーゼ阻害剤（ＰＩ）が、現在、利用可能であり、インジナビル（Ｃｒｉｘｉｖａｎ）、リトナビル（Ｎｏｒｖｉｒ）、サクイナビル（Ｆｏｒｔｏｖａｓｅ）、ネルフィナビル（Ｖｉｒａｃｅｐｔ）、アンプレナビル（Ａｇｅｎｅｒａｓｅ）、ロピナビル／リトナビル（Ｋａｌｅｔｒａ）およびアタザナビル（Ｒｅｙａｔａｚ）が挙げられる。インジナビルに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、主要な変異Ｍ４６Ｉ／Ｌ、Ｖ８２Ａ／Ｆ／ＴならびにＩ８４Ｖ、および他の変異Ｌ１０Ｉ／Ｒ／Ｖ、Ｋ２０Ｍ／Ｒ、Ｌ２４Ｉ、Ｖ３２Ｉ、Ｍ３６Ｉ、Ｉ５４Ｖ／Ａ、Ｌ６３Ｐ、Ｉ６４Ｖ、Ａ７１Ｔ／Ｖ、Ｇ７３Ｓ／Ａ、Ｖ７７ＩおよびＬ９０Ｍが挙げられる。リトナビルに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、主要な変異Ｖ８２Ａ／Ｆ／Ｔ／Ｓおよび１８４Ｖならびに他の変異Ｌ１０Ｆ／Ｉ／Ｒ／Ｖ、Ｋ２０Ｍ／Ｒ、Ｖ３２Ｉ、Ｌ３３Ｆ、Ｍ３６Ｉ、Ｍ４６Ｉ／Ｌ、Ｉ５４Ｖ／Ｌ、Ａ７１Ｖ／Ｔ、Ｖ７７ＩおよびＬ９０Ｍが挙げられる。リトナビルに耐性の患者から採取された単離菌における変異は、段階的で規則的な様式でＶ８２Ａ／Ｆ、１５４Ｖ、Ａ７１Ｖ／Ｔおよび１３６Ｌに配列に生じ、その後、変異の組合せが、さらに５つの特異的アミノ酸位置に生じたようである。サクイナビルに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、主要な変異Ｇ４８ＶおよびＬ９０Ｍならびに他の変異Ｌ１０Ｉ／Ｒ／Ｖ、Ｉ５４Ｖ／Ｌ、Ａ７１ Ｖ／Ｔ、Ｇ７３Ｓ、Ｖ７７Ｉ、Ｖ８２ＡおよびＩ８４Ｖが挙げられる。ネルフィナビルに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、主要な変異Ｄ３０ＮおよびＬ９０Ｍならびに他の変異Ｌ１０Ｆ／Ｉ、Ｍ３６Ｉ、Ｍ４６Ｉ／Ｌ、Ａ７１Ｖ／Ｔ、Ｖ７７Ｉ、Ｖ８２Ａ／Ｆ／Ｔ／Ｓ、Ｉ８４ＶおよびＮ８８Ｄ／Ｓが挙げられる。アンプレナビルに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、主要な変異Ｖ３２Ｉ、Ｍ４６Ｉ／Ｌ、Ｉ４７Ｖ、Ｉ５０Ｖ、Ｉ５４Ｌ／ＭおよびＩ８４Ｖならびに他の変異Ｌ１０Ｆ／Ｉ／Ｒ／Ｖ、Ｇ７３ＳおよびＬ９０Ｍが挙げられる。アタザナビルに対する耐性と関連しているＲＴにおいて同定される変異としては、限定されないが、主要な変異Ｍ４６Ｉ、Ｉ５０Ｌ、Ａ７１Ｖ、Ｉ８４ＶおよびＮ８８Ｓおよび他の変異Ｌ１０Ｉ／Ｆ／Ｖ、Ｋ２０Ｒ／Ｍ／Ｉ、Ｌ２４Ｉ、Ｖ３２Ｉ、Ｌ３３Ｉ／Ｆ、Ｍ３６Ｉ／Ｌ／Ｖ、Ｇ４８Ｖ、Ｉ５４Ｌ、Ｇ７３Ｃ／Ｓ／Ｔ／Ａ、Ｖ８２ＡおよびＬ９０Ｍが挙げられる。したがって、本明細書において、ＨＩＶ変異型プロテアーゼ、例えば、本明細書に具体的に記載したＨＩＶ変異型ポリペプチドと関連しているベクター（例えば、酵母媒介体など）が提供される。一例において、酵母媒介体は、ＨＩＶ変異型プロテアーゼポリペプチドまたは変異を含むその断片をコードする核酸を含むように遺伝子操作されている。
侵入／融合阻害剤
エンフビルチド（Ｆｕｚｅｏｎ）は、ウイルス侵入を阻害するように設計された最初の類型の抗ウイルス剤であった。ウイルスの複製に関与するウイルス酵素を標的化する既存の抗ＨＩＶ薬物とは異なり、エンフビルチドは、ＨＩＶが宿主細胞と融合するのを阻止するように設計された。エンフビルチドは、ＨＩＶ ｇｐ４１エクトドメイン内のモチーフ（ＨＲ１）に競合的に結合し、膜融合とウイルス侵入に必須条件である構造の形成を阻止する。感受性の低下と関連している変異が観察され、該変異としては、限定されないが、Ｇ３６Ｄ／Ｓ、Ｉ３７Ｖ、Ｖ３８Ａ／Ｍ、Ｑ３９Ｒ、Ｎ４２ＴおよびＮ４３Ｄが挙げられる。具体的には、アミノ酸３８においてバリンのアラニンへの変化が、エンフビルチドに対して４５倍の耐性をもたらすことが示された。したがって、本明細書において、ＨＩＶ変異Ｇ３６Ｄ／Ｓ、Ｉ３７Ｖ、Ｖ３８Ａ／Ｍ、Ｑ３９Ｒ、Ｎ４２ＴおよびＮ４３Ｄと関連しているベクター（例えば、酵母媒介体など）が提供される。当業者には、予防用および治療用投与のための新たな薬剤が開発された場合は、さらなるＨＩＶ変異型ポリペプチドが出現し得ることが認識されよう。かかるＨＩＶ変異型ポリペプチドは、当業者には常套的とみなされる方法によって同定され得て、本明細書に記載の組成物および方法に使用される。したがって、本明細書において、ＨＩＶの変異型ポリペプチド（もしくはそのミメトープ）またはＨＩＶの変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む組成物、および免疫応答の惹起におけるその使用のための方法が提供される。一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。一例において、免疫応答は体液性応答である。他の一例では、免疫応答は、細胞性と体液性の両方の応答を含む。
Ｃ型肝炎ウイルス
Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）は、約３０００アミノ酸のポリタンパク質前駆体をコードする９．６ｋｂゲノムを有する単鎖ウイルスである。ＨＣＶのあらゆるタンパク質産物は、この大きなポリタンパク質のタンパク質分解性切断によって生成される。タンパク質分解性切断は、３種類のプロテアーゼ：宿主シグナルペプチダーゼ、ウイルスの自己切断メタロプロテイナーゼＮＳ２、またはウイルスのセリンプロテアーゼＮＳ３／４Ａのうちの１種類によって行なわれる。これらの酵素の併合作用によって構造タンパク質（Ｃ、Ｅ１およびＥ２）と、ウイルスゲノムＲＮＡの複製およびパッケージングに必要とされる非構造（ＮＳ２、ＮＳ３、ＮＳ４Ａ、ＮＳ４Ｂ、ＮＳ５ＡおよびＮＳ５Ｂ）タンパク質がもたらされる。ＮＳ５Ｂは、ウイルスＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（ＲＤＲＰ）であり、ネガティブ（ｎｅｇａｔｉｖｅ）鎖コピー（相補ＲＮＡまたはｃＲＮＡ）内への導入ゲノムＲＮＡの変換を担う；次いで、ｃＲＮＡは、よりポジティブな（ｐｏｓｉｔｉｖｅ）センスゲノム／メッセンジャーＲＮＡのＮＳ５Ｂによる転写の鋳型としての機能を果たす。
ＮＳ３セリンプロテアーゼおよびＲＮＡポリメラーゼは、ここ１０年の間、ＨＣＶ特異的療法の開発の主な標的であった。インターフェロンおよびリバビリンは、現在、慢性Ｃ型肝炎感染の個体の処置が許可されている２つの薬物である。インターフェロンは、単独またはリバビリンとの組合せで投与される。併用療法では、持続性の抗ウイルス効果がわずか４０〜５０％の遺伝子型１ ＨＣＶ感染患者で示され、ＨＣＶ遺伝子型２または３感染患者では８０〜９０％であった。
ＨＣＶセリンプロテアーゼ阻害剤ＢＩＬＮ ２０６１およびＶＸ−９５０は、治験に入っている。これらのプロテアーゼ阻害剤は、耐性変異型が処置中に出現し得るか否かを調べるため、および生じる変異型を特性評価するためにインビトロで試験されたと報告された。両方の阻害剤で、単一アミノ酸の異なる薬物耐性置換体が、ＨＣＶ ＮＳ３ セリンプロテアーゼドメインにおいて同定された。主なＢＩＬＮ ２０６１耐性変異は、アミノ酸１６８におけるものであり、当時の（ｏｆ ｔｈｅ ｔｉｍｅ）Ｖａｌ置換（Ｄ１６８Ｖ）６４％または当時のＡｌａ置換（Ｄ１６８Ａ）２４％から構成された。対照的に、主なＶＸ−９５０耐性変異は、アミノ酸１５６におけるものであり、試料の７９％はＳｅｒ置換（Ａ１５６Ｓ）から構成された（Ｌｉｎ Ｃ．ら．ＪＢＣ，（２００４）２７９：１７５０８−１７５１４。ＨＣＶおよびＨＢＶに易罹患性である哺乳動物の処置における使用のための薬剤と関連している変異については表ＩＩＩを参照のこと。
Figure 2009500454
 変異は、ＨＣＶポリペプチドの任意の位置に存在し得る。変異は、単一変異の状況について記載したが、ウイルス抗原は、抗ウイルス剤に対する感受性の低下と関連している１つより多く（例えば、２、３、４、または５つ）の変異を含むものであり得ることを理解されたい。
したがって、本明細書において、ＨＣＶ変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ、またはＨＣＶの変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む組成物、および免疫応答の惹起におけるその使用のための方法が提供される。一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。一例において、免疫応答は体液性応答である。他の一例では、免疫応答は、細胞性と体液性の両方の応答を含む。一例において、変異型ポリペプチドは変異を、Ｃ型肝炎ウイルス由来のＮＳ３プロテアーゼタンパク質内に含む（例えば、限定されないが、表ＩＩＩに示す変異型）。
Ｂ型肝炎ウイルス
Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染は、世界的な健康問題である。２０億人を超える人々がＨＢＶに感染していると推定されており（２００４年現在）、３億５０００万人を超える人が慢性キャリアである。成人期に獲得されたＨＢＶ感染は、多くの場合、臨床的に不顕性であり、ほとんどが急性的に感染し、成人は、該疾患から完全に回復し、ウイルスが排除される。しかしながら、稀に、急性肝臓疾患は、非常に重症なため、患者が劇症肝炎で死亡することがあり得る。少数割合（おそらく５〜１０％）の急性感染成人は、該ウイルスに持続的感染状態となり、しかしながら、米疾病対策予防センターによれば、出生時に感染した幼児の９０％まで、および１〜５歳で感染した小児の３０％が、慢性感染状態となる。ＨＢＶ慢性感染個体は、種々の重篤度の肝臓疾患を発症し、１５〜２５％は、肝硬変および原発性肝細胞癌で死亡する。
ＨＢＶは、ウイルスであるヘパドナ・ウイルス科（これには、アヒルＢ型肝炎ウイルスおよびウッドチャクＢ型肝炎ウイルスもまた含まれる）の構成員である。ＨＢＶは、外被または表面構造タンパク質、（ＨＢｓＡｇ）、プレコア／コアタンパク質（ＨＢｅＡｇおよびＨＢｃＡｇ）、逆転写ＤＮＡポリメラーゼ酵素ならびにトランスアクチベーターＸタンパク質をコードする４つの部分的に重複するオープンリーディングフレームを有する３．２ｋｂゲノムを有する。部分二本鎖ゲノムＤＮＡは、コアタンパク質二量体の合成によってキャプシドに包まれる。このヌクレオキャプシドが、今度は、宿主細胞由来脂質二重層およびウイルス表面タンパク質からなる外被によって囲まれる。
ＨＢＶのウイルスライフサイクルは、合成されたウイルスのヌクレオキャプシド内でＤＮＡに逆転写される細胞内プレゲノムＲＮＡを含む。逆転写酵素ＤＮＡポリメラーゼは、プルーフリーディング能力を欠くため、ＨＢＶは、他のＤＮＡウイルスよりも１０倍より大きい変異割合を示す；推定変異割合は、ほぼ１ヌクレオチド／１０，０００塩基／感染年である。この高い変異割合およびゲノムのばらつきは、血清学的に規定されたサブタイプの発生に反映され、これまでに特性付けされた６つの異なる遺伝子型の群により、Ａ〜Ｆで表示される。
現在、主に２つのカテゴリーの薬物：ヌクレオシド類縁体および免疫調節因子がＨＢＶ感染に使用されている。免疫調節因子としては、インターフェロン−α、サイモシン−αおよび治療用ワクチンが挙げられるが、インターフェロン−αのみが、現在、患者における使用に認可されている。免疫調節因子は、感染肝臓細胞の破壊を促進し、サイトカイン産生を刺激してＨＢＶの複製を抑制すると考えられている。対照的に、ヌクレオシド類縁体は、ＨＢＶ−ＤＮＡ合成に干渉し、感染細胞の排除を加速させると考えられている。ＨＢＶ感染を処置するために使用される最も一般的なヌクレオシド類縁体薬物は、ラミブジンおよびアデホビルジピボキシルである。また、エンテカビルは、最近、慢性ＨＢＶ感染の処置に対して認可された。
ヌクレオシド類縁体、例えば、ラミブジン、アデホビルおよびエンテカビルは、化学的に合成された化合物であり、天然のヌクレオシドと構造的に類似する。したがって、これらは、新たに合成されるＨＢＶ−ＤＮＡをもたらす未成熟鎖末端に組み込まれ、ウイルス複製阻害をもたらす。また、一部のヌクレオシド類縁体は、ウイルスポリメラーゼのＤＮＡ依存性および逆転写酵素活性を競合的に阻害するようであり、これによってもまた、ウイルス複製阻害がもたらされる。
ラミブジンは、３ＴＣおよびＥｐｉｖｉｒとしても知られるシチジン類縁体であり、ウイルスのＤＮＡ合成を終結させ、ウイルスポリメラーゼ／逆転写酵素を競合的に阻害することにより作用する。施術者にとって非常に懸念されることは、ラミブジン処置後の薬物耐性ＨＢＶバリアントの出現である。薬物耐性は、長期処置後のあらゆる患者の６６％までに示された。
ＨＢＶポリメラーゼは４つのドメインに分けられ、そのうちの１つは、該ウイルスの逆転写酵素としての機能を果たし、少なくとも５つのサブドメイン（Ａ〜Ｅ）を含む。他のＲＮＡ依存性ポリメラーゼと同様、ＨＢＶポリメラーゼは、特徴的なＹＭＤＤ（チロシン−メチオニン−アスパラギン酸−アスパラギン酸）モチーフを、サブドメインＣ内に位置する触媒性部位に含む。現在、ＨＢＶポリメラーゼに対して２つの番号付けシステムがあり、最初のシステムでは、該ポリメラーゼ全体のアミノ酸に番号付けしたが、新しいシステムでは、各ポリメラーゼドメインのアミノ酸に別々に番号付けし、それにより、逆転写酵素ドメインのアミノ酸は、「ｒｆ」を付して設計される。
ラミブジン耐性を付与すると報告された最も一般的なアミノ酸置換は、ＢとＣの両方のサブドメインに存在する。薬物耐性と関連しているアミノ酸置換は、主に、ＹＭＤＤモチーフに影響を及ぼし、その結果、ｒｔ２０４位（新しいｒｔ番号付けシステム、旧システムでは５５２）のメチオニン（Ｍ）が、バリンまたはイソロイシンｒｔＭ２０４Ｖ／Ｉ（Ｍ５５２Ｖ／Ｉ）のいずれかに変化する。この変異は、ほぼ常にサブドメインＢ内の第２の変異、ｒｔ１８０位のロイシンのメチオニンｒｔＬ１８０Ｍ（Ｌ５２８Ｍ）との置換と関連している。報告された他の変異としては、ともにサブドメインＢ内のｒｔＶ１７３Ｌ（Ｖ５２１Ｌ）およびｒｔＦ１６６Ｌ（Ｆ５４１Ｌ）が挙げられる。別の変異型ｒｔＡ１８１Ｔ（Ａ５２９Ｔ）は、長期間の処置後ラミブジンに耐性となることが示されている。ごく最近、ｒｔＭ２０４Ｓ（Ｍ５５２Ｓ）変異型は、通常、ｒｔＬ１８０Ｍ（Ｌ５２８Ｍ）変化と関連していることが報告された。
アデホビルジピボキシル（Ｈｅｐｓｅｒａ）は、アデノシン一リン酸の非環式ヌクレオチド類縁体であり、ＨＢＶ複製の強力な阻害剤であることが示されている。ラミブジンと同様、アデホビルに対する感受性の低下を付与する遺伝子型変化が観察された。処置の９６〜１４４週間後に
単離されたウイルス変異型の解析により、変異ｒｔＮ２３６ＴおよびｒｔＡ１８１Ｖがアデホビル耐性に寄与することが測定されたと報告された。エンテカビル（Ｂａｒａｃｌｕｄｅ）は、グアノシンヌクレオシド類縁体であり、これもまた、ＨＢＶポリメラーゼに対して活性を示した。ラミブジン処置に対して抵抗性の患者では、エンテカビルで４８週間の処置後、事前にラミブジン耐性変異ｒｔＬ１８０Ｍおよび／またはｒｔＭ２０４Ｖ／Ｉが存在した場合、アミノ酸置換と関連している耐性の出現、例えば、限定されないが、ｒｔＩ１６９Ｔ、ｒｔＴ１８４Ｇ、ｒｔＳ２０２ＩおよびｒｔＭ２５０Ｖの徴候がみられた。
臨床試験でＨＢＶに対して試験された、または現在評価されているヌクレオシド類縁体が他にいくつかある。これらとしては、ファムシクロビル、エントリシタビンおよびガンシクロビルが挙げられる。ラミブジン使用と同様、ファムシクロビルでの長期処置により薬物耐性がもたらされることが報告されている。これまでに、該逆転写酵素のＢおよびＣサブドメイン内のアミノ酸に影響を及ぼすいくつかの変異、例えば、限定されないが、ｒｔＬ１８０Ｍ、ｒｔＶ１７３Ｌ、ｒｔＰ１７７Ｌ、ｒｔＴ１８４Ｓ、ｒｔＲ１５３ＡおよびｒｔＶ２０７Ｉが報告されている。
したがって、本明細書において、ＨＢＶの変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはそのミメトープ、またはＨＢＶの変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む組成物、および免疫応答の惹起におけるその使用のための方法が提供される。一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。一例において、免疫応答は体液性応答である。他の一例では、免疫応答は、細胞性と体液性の両方の応答を含む。一例において、ＨＢＶの変異型ポリペプチドは、表ＩＩＩに示す変異を含む。
したがって、本明細書に記載の組成物は、哺乳動物において変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するために使用され、哺乳動物にその有効量を、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せで投与することを含む。さらに、該組成物は、哺乳動物において変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するための医薬の調製または製造に、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せで使用され得る。一例において、変異型ポリペプチドは、ウイルスにコードされたポリペプチドである。一例において、 変異型ポリペプチドは、レトロウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、ピコルナウイルス、コロナウイルス、フィロウイルス、ラブドウイルス、ブンヤウイルス、オルトミクソウイルス、パラミクソウイルス、アレナウイルス、カリシウイルス、ヘパドナウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、アデノウイルス、パルボウイルスおよびパポバウイルスからなる群より選択されるウイルスにコードされている。他の一例では、ウイルスは、ＨＩＶ、ＨＢＶまたはＨＣＶである。
一例において、免疫応答は細胞性免疫応答である。他の一例では、免疫応答は体液性免疫応答である。また他の一例では、免疫応答は細胞性と体液性両方の免疫応答を含む。
また、本明細書に記載の組成物は、哺乳動物において疾患を処置するために使用され、哺乳動物に有効量の該組成物を投与することを含み、該疾患が、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドと関連している。一例において、該組成物は、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せで使用される。さらに、該組成物は、哺乳動物において疾患を処置するための医薬の製造において、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せで使用され得る。一例において、変異型ポリペプチドは、ウイルスにコードされたポリペプチドである。一例において、ウイルスは、レトロウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、ピコルナウイルス、コロナウイルス、フィロウイルス、ラブドウイルス、ブンヤウイルス、オルトミクソウイルス、パラミクソウイルス、アレナウイルス、カリシウイルス、ヘパドナウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、アデノウイルス、パルボウイルスおよびパポバウイルスからなる群より選択される。他の一例では、ウイルスは、ＨＩＶ、ＨＢＶまたはＨＣＶである。一例において、疾患は、ＨＩＶ、ＨＢＶまたはＨＣＶによる感染である。
融合タンパク質
一例では、本明細書において、薬剤に応答して出現することがわかっているか、または出現したものである少なくとも１種類の変異型ポリペプチドを含む融合タンパク質を含むベクターおよびウイルスが提供される。一例において、融合タンパク質は、さらなる変異型ポリペプチドを含み、他の一例では、アジュバント、例えば、ＴＬＲのリガンドなどを含む。一例では、本明細書において、かかる融合タンパク質を含む酵母媒介体を含むベクターが提供される。融合タンパク質は、本明細書に記載の、または当該技術分野で知られた任意の変異型ポリペプチドを含むものであり得る。実例として、本明細書において提供されるかかる融合構築物の一例は、（ａ）少なくとも１種類のＨＩＶ変異型ポリペプチドまたは抗原、例えば、変異型ＲＴまたはプロテアーゼ（例えば、完全長の抗原の免疫原性のドメインおよびエピトープ、ならびに種々の融合タンパク質および本明細書の別の箇所に記載の多数の抗原構築物（抗原は所望の変異を含むものとする））；および（ｂ）合成ポリペプチド（１種類または複数種）、抗原（１種類または複数種）、またはペプチド（１種類または複数種）を含む融合タンパク質である。融合タンパク質は、１種類以上のＨＩＶ変異型ポリペプチドに由来する多数の免疫原性のドメインを含むものであり得る。かかる融合タンパク質は、天然状態の抗原の１つまたはいくつかの位置に存在し得るＨＩＶ変異型ポリペプチドのいくつかの異なるＨＩＶ変異型ポリペプチドおよび／または組合せを、単一のベクター（例えば、酵母媒介体など）に含めることが望ましい場合、特に有用である。一例において、酵母媒介体は、２種類以上のＨＩＶ変異型ポリペプチドまたは抗原を含む融合タンパク質を含む。一例において、融合タンパク質は、１種類以上のＨＩＶ変異型抗原の２つ以上のエピトープまたは免疫原性のドメインを含み、一例では、免疫原性の抗原の多数のドメインを含み、該多数のドメインが一緒になって、薬剤に応答したＨＩＶ変異型抗原１つ以上のアミノ酸位置に存在し得る変異のいくつかの異なる変異および／または組合せを含む。
例えば、表ＩＩに示すように、いくつかの薬物に対する耐性と関連しているいくつかの変異、例えば、Ｌ７４Ｖ、Ｋ６５ＲおよびＭ１８４Ｖ／ＩなどがＨＩＶ ＲＴにおいて同定されている。本発明には、ＲＴ阻害剤に応答して出現することがわかっている多数のＨＩＶ変異型ポリペプチド（例えば、Ｌ７４Ｖ、Ｋ６５ＲおよびＭ１８４Ｖ／Ｉなどの少なくとも１種類）を含む融合タンパク質と関連しているか、または該タンパク質を発現するベクターおよびウイルス（例えば、酵母ベクターおよび媒介体）、ならびにこれを含む組成物が包含される。表ＩＩに示すように、いくつかの変異、例えば、Ｖ８２Ａ／Ｆ、Ｉ５４Ｖ、Ａ７１Ｖ／Ｔ、Ｉ３６Ｌ、Ｉ５０Ｌ、Ｎ８８Ｓ、Ｉ８４Ｖ、Ａ７１Ｖ、Ｍ４６Ｉ、Ｇ４８Ｖ、Ｌ９０Ｍ、Ｌ１０１Ｒ／ＶＩ５４Ｖ／Ｌ、Ａ７１ＶＴ、Ｇ７３Ｓ、Ｖ７７Ｉ、Ｖ８２ＡおよびＩ８４ＶがＨＩＶプロテアーゼにおいて同定されている。本発明には、プロテアーゼ阻害剤に応答して出現する多数のＨＩＶ変異型ポリペプチド（例えば、Ｖ８２Ａ／Ｆ、Ｉ５４Ｖ、Ａ７１Ｖ／Ｔ、Ｉ３６Ｌ、Ｉ５０Ｌ、Ｎ８８Ｓ、Ｉ８４Ｖ、Ａ７１Ｖ、Ｍ４６Ｉ、Ｇ４８Ｖ、Ｌ９０Ｍ、Ｌ１０１Ｒ／ＶＩ５４Ｖ／Ｌ、Ａ７１ＶＴ、Ｇ７３Ｓ、Ｖ７７Ｉ、Ｖ８２ＡおよびＩ８４Ｖなどの少なくとも１種類）を含む融合タンパク質と関連しているか、または該タンパク質を発現するベクターおよびウイルス（例えば、酵母ベクターおよび媒介体）、ならびにこれを含む組成物）が包含される。
組成物および使用方法
本明細書において、標的化される薬物薬剤に応答して出現することがわかっているか、もしくは出現したものである変異型ポリペプチド、または該変異型ポリペプチドを発現する細胞に対する免疫応答、一例では、細胞性免疫応答、体液性免疫応答または細胞性と体液性（ｈｕｍｅｒａｌ）免疫応答の惹起における組成物およびその使用のための方法が提供される。一例において、細胞性免疫応答では、例えば、癌細胞またはウイルスを発現する細胞などの薬物薬剤標的化されるポリペプチド内に変異を含む無制御の細胞を排除することが意図されるが、これは必須ではない。一例において、細胞性または体液性免疫応答により細胞増殖またはウイルス複製が阻止される。
本明細書において、治療用および／または予防用薬剤（１種類または複数種）に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチド、変異を含むその断片、ミメトープ（またはこれらをコードする核酸）を含むベクター、ウイルスおよび組成物（例えば、免疫原性組成物など）、ならびに該変異型ポリペプチドに対する免疫応答、一例では細胞性免疫応答の惹起におけるその使用のための方法が提供される。体液性免疫応答もまた、惹起され得る。かかる薬剤（１種類または複数種）に応答したかかる変異型ポリペプチドの出現は、例えば、感受性および／または該薬剤に対する耐性（１種類または複数種）の低下および／または疾患の亜臨床的および／または臨床的症状の増大と関連していると考えられる。Ｓｔｕｂｂｓら（Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，２００１，第７巻：１−５）に記載のように、酵母系組成物、すなわち、ＨＩＶ−１−ｓｆ２−ｇｐ１６０外被タンパク質を発現する完全体の組換えＳ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ酵母をマウスに投与すると、該文献に記載のように、ＣＴＬ免疫応答が惹起された。該マウスから生成させたＣＴＬは、標的細胞発現ｇｐｌ６０−ＳＦ２を死滅させ得た。必要とされる哺乳動物に投与され、投与された、または投与している薬剤に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものであるＨＩＶ変異型ポリペプチドに対する細胞性免疫応答および／または体液性免疫応答を惹起する利点としては、該薬剤の有効性の持続期間の延長；該薬剤に対する耐性の最小化もしくは逆転；特異的ＨＩＶ変異型ポリペプチドの出現の遅延もしくは最小限化；特異的ＨＩＶ変異型ポリペプチドの排除（しかし、利点がもたらされるのに排除は必要ではない）；ならびにＨＩＶ感染の最小限化、低減もしくは逆転および／またはＨＩＶ感染の進行の遅滞が挙げられ得る。
したがって、本明細書において、哺乳動物において治療用および／または予防用薬剤（１種類または複数種）に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチド、例えば、ＨＩＶ変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するための方法であって、哺乳動物に有効量の組成物を該薬剤との組合せで投与することを含み、該組成物は、
ａ．該変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｂ．変異型ポリペプチドと関連している細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｃ．該変異型ポリペプチド、もしくは該変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するペプチド（ミメトープ）；または
ｄ．変異型ポリペプチドをコードする核酸、あるいは該核酸に結合し得る核酸、例えばｓｉＲＮＡもしくはアンチセンスＲＮＡなど
を含み、
該有効量の該組成物は、該薬剤との組合せで投与される、
方法が提供される。
一例において、該組成物は、以下：
ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；
ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；
ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合した酵母媒介体；
ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；または
ｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ
の１種類以上を含み、
該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである。
一例において、該組成物は、細胞性免疫応答を惹起し得るものである。他の一例では、免疫応答は体液性免疫応答である。他の一例では、免疫応答は、細胞性免疫応答および体液性免疫応答の両方を含む。
該方法の一例において、該組成物は、アジュバントを含む。また他の一例では、該組成物は、Ｔｏｌｌ様受容体のアゴニストまたはリガンドをさらに含む。他の一例では、該組成物は酵母媒介体を含む。また他の一例では、該組成物は、ＣｐＧ配列を含む。他の一例では、細胞は樹状細胞である。一例において、哺乳動物はヒトである。
該薬剤が、直接または間接的のいずれかで細胞増殖に干渉することがわかっている一例において、変異型ポリペプチドまたは該変異型ポリペプチドをコードする核酸の投与としては、該薬剤の投与の前および／または後であって、該薬剤の投与と同時でない投与が挙げられる。一例において、ＨＩＶ変異型ポリペプチドはＨＩＶ ＲＴ阻害剤に応答して出現することがわかっているＬ７４Ｖ、Ｋ６５Ｒおよび／またはＭ１８４Ｖ／Ｉである。他の一例では、ＨＩＶ変異型ポリペプチドは、ＨＩＶプロテアーゼ阻害剤に応答して出現することがわかっているＶ８２Ａ／Ｆ、Ｉ５４Ｖ、Ａ７１Ｖ／Ｔ、Ｉ３６Ｌ、Ｉ５０Ｌ、Ｎ８８Ｓ、Ｉ８４Ｖ、Ａ７１Ｖ、Ｍ４６Ｉ、Ｇ４８Ｖ、Ｌ９０Ｍ、Ｌ１０１Ｒ／ＶＩ５４Ｖ／Ｌ、Ａ７１ＶＴ、Ｇ７３Ｓ、Ｖ７７Ｉ、Ｖ８２Ａおよび／またはＩ８４Ｖである。他の一例では、癌抗原の変異型ポリペプチドは、表Ｉに示す群から選択される。他の一例では、ＨＣＶまたはＨＢＶの変異型ポリペプチドは、表ＩＩＩに示す群から選択される。
本明細書において、哺乳動物において疾患の症状を改善するための方法であって、哺乳動物に有効量の組成物を、治療用および／または予防用薬剤との組合せで投与することを含み、該組成物は、
ａ．該変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｂ．変異型ポリペプチドと関連している細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｃ．該変異型ポリペプチド、もしくは該変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するペプチド（ミメトープ）；または
ｄ．変異型ポリペプチドをコードする核酸、あるいは該核酸に結合し得る核酸、例えばｓｉＲＮＡもしくはアンチセンスＲＮＡなど
を含み、
該有効量の該組成物は、該薬剤との組合せで投与される、
方法が提供される。
一例において、該組成物は、以下：
ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；
ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；
ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合した酵母媒介体；
ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；または
ｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ
の１種類以上を含み、
該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである。
一例において、該組成物は、細胞性免疫応答を惹起し得るものである。一例において、免疫応答は体液性免疫応答である。他の一例では、免疫応答は、細胞性応答および体液性応答の両方を含む。
該方法の一例において、該組成物は、アジュバントを含む。他の一例では、該組成物は酵母媒介体を含む。他の一例では、該組成物は、ＣｐＧ配列を含む。また他の一例では、該組成物は、Ｔｏｌｌ様受容体のリガンドをさらに含む。他の一例では、細胞は樹状細胞である。
一例において、哺乳動物はヒトである。
該方法の一例において、哺乳動物は、疾患のリスクがあり、該薬剤が予防的に投与される；他の一例では、哺乳動物は、疾患に易罹患性であり、該薬剤が治療的に薬剤投与される。酵母系に関する米国特許第５，８３０，４６３号では、異種抗原を発現するように操作された酵母は、哺乳動物に投与すると、細胞性および体液性両方の免疫応答を惹起し得ることが示されている。したがって、本明細書において、治療用および／または予防用薬剤（１種類または複数種）に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである変異型ポリペプチドに対する免疫応答の惹起における酵母媒介体、例えば、酵母ベクター；酵母系組成物；およびその使用のための方法が提供される。一例において、酵母媒介体は、該変異型ポリペプチド（１種類または複数種）をコードする核酸を含む。他の一例では、酵母媒介体は、該変異型ポリペプチドと関連している。一例において、該組成物は、以下：
ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；
ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；
ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合した酵母媒介体；
ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；または
ｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ
の１種類以上を含み、
該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである。したがって、本明細書において、本明細書に記載の方法における使用のための酵母媒介体および酵母系組成物が提供される。
薬剤に応答して出現することがわかっているか、または出現したものである
変異型ポリペプチド、または該ポリペプチドをコードする核酸は、アジュバントとともに、または該ポリペプチドまたは該ポリペプチドをコードする核酸が細胞性免疫応答を惹起し得るならば（これは、当該技術分野で知られた方法、例えば、サイトカインおよび／またはケモカイン、例えば、ＭＩＰ−１ａ、ＭＩＰ−１ｂの存在の測定および／またはＲＡＮＴＥＳによって測定され得る）、アジュバントなしで投与され得る。ＨＩＶの場合、例えば、特異的ＨＩＶ変異型ポリペプチドに対して指向される抗原特異的Ｔ細胞応答のアッセイ、例えば、ＣＤ４応答をモニターするためのリンパ球増殖アッセイおよびＣＴＬアッセイが、本明細書に開示した組成物および方法の有効性をモニターするために使用され得る。あるいはまた、有効性は、ＨＩＶ変異型ポリペプチドを発現する腫瘍での抗原刺激に対する免疫応答を測定することによりアッセイされ得る。アジュバントなしでそれ自身では細胞性免疫応答を惹起し得ないＨＩＶ変異型ポリペプチドは、本明細書に記載のアジュバントとともに投与され得る。
本明細書において、該変異型ポリペプチドと関連しているベクターを含む組成物、例えば、患者に直接投与される、または当業者に知られたいくつかの手法を用いて樹状細胞などの担体に最初に負荷される組成物が提供される。例えば、ベクターは、凍結乾燥によって乾燥されたもの、または液体窒素もしくはドライアイスへの曝露によって凍結したものであり得る。酵母媒介体を含む組成物もまた、例えば、パン焼または醸造作業で使用される酵母で行なわれているように、ケークまたは錠剤内への酵母のパッキングにより調製され得る。また、樹状細胞内への負荷または他の型の投与前に、ベクターは、薬学的に許容され得る賦形剤、例えば、宿主細胞に耐容性のある等張性バッファーなどと混合してもよい。かかる賦形剤の例としては、水、生理食塩水、リンゲル溶液、デキストロース溶液、ハンクス溶液、および他の水性の生理学的緩衝塩溶液が挙げられる。非水性媒介体、例えば、固定油、ゴマ油、オレイン酸エチルまたはトリグリセリドなどもまた使用され得る。他の有用な製剤としては、粘度向上剤、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトール、グリセロールまたはデキストランを含有する懸濁剤が挙げられる。賦形剤はまた、少量の添加剤、例えば、等張性および化学安定性を向上させる物質を含有し得る。バッファーの例としては、リン酸塩バッファー、重炭酸塩バッファーおよびＴｒｉｓバッファーが挙げられ、一方、保存剤の例としては、チメロサール、ｍ−またはｏ−クレゾール、ホルマリンおよびベンジルアルコールが挙げられる。標準的な製剤は、液状の注射用剤または注射用の懸濁剤もしくは液剤として適当な液状物にし得る固形のいずれかであり得る。したがって、非液状製剤では、賦形剤は、例えば、デキストロース、ヒト血清アルブミンおよび／または保存剤を含み得、これらには、投与前に、滅菌水または生理食塩水が添加され得る。
本明細書において、癌もしくは感染のリスクがあるか、または癌もしくは感染に易罹患性である哺乳動物に、変異型抗原と関連するベクターを含む組成物（例えば、免疫原性組成物など）を投与することを含む方法が提供される。該方法は、一般的に、哺乳動物において免疫応答（これは、一例では細胞性免疫応答である）を惹起するために有用である。かかる方法は、薬剤（１種類または複数種）に応答して出現したか、または薬剤に応答して出現すると考えられる変異型ポリペプチドに対する細胞性免疫応答を惹起し、それにより、該薬剤に対する耐性を最小限にする、もしくは逆転する、および／または該薬剤の有効性を延長させる、および／または一部の疾患の症状もしくは感染を最小限にする、低減もしくは逆転するのに有用であると考えられる。
したがって、本明細書において、哺乳動物において予防用および／または治療用薬剤に対する耐性を最小限にする方法であって、哺乳動物に、薬剤に応答して出現した変異型ポリペプチドと関連しているベクター、例えば、酵母媒介体を含む組成物の有効量を投与することを含む方法が提供される。また、本明細書において、疾患もしくは感染のリスクがある、または疾患もしくは感染に易罹患性である哺乳動物に投与される薬剤に対する耐性を低下させるための方法であって、該薬剤は、予防的および／または治療的のいずれかで投与され、哺乳動物に有効量の組成物を該薬剤との組合せで投与することを含み、前記組成物は、
ａ．該変異型ポリペプチドをコードする核酸を含む細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｂ．変異型ポリペプチドと関連している細胞、ベクターもしくはウイルス；
ｃ．該変異型ポリペプチド、もしくは該変異型ポリペプチドに対する免疫応答を惹起するペプチド（ミメトープ）；または
ｄ．変異型ポリペプチドをコードする核酸、あるいは該核酸に結合し得る核酸、例えばｓｉＲＮＡもしくはアンチセンスＲＮＡなど
を含み、
該有効量の該組成物は、該薬剤との組合せで投与される、
方法が提供される。
一例において、該組成物は、以下：
ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；
ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；
ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合した酵母媒介体；
ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；または
ｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ
の１種類以上を含み、
該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである。
一例において、該組成物は、細胞性免疫応答を惹起し得るものである。他の一例では、免疫応答は体液性免疫応答である。他の一例では、免疫応答は、細胞性および体液性両方の免疫応答を含む。
該方法の一例において、該組成物は、アジュバントを含む。また他の一例では、該組成物は、Ｔｏｌｌ様受容体のアゴニストまたはリガンドをさらに含む。他の一例では、該組成物は酵母媒介体を含む。また他の一例では、該組成物は、ＣｐＧ配列を含む。他の一例では、細胞は樹状細胞である。一例において、哺乳動物はヒトである。
さらなる一例において、変異型ポリペプチドは、ＨＩＶ ＲＴ阻害剤に応答して出現することがわかっているＬ７４Ｖ、Ｋ６５Ｒおよび／またはＭ１８４Ｖ／Ｉを含むＨＩＶ変異型ポリペプチドである。他の一例では、ＨＩＶ変異型ポリペプチドは、ＨＩＶプロテアーゼ阻害剤に応答して出現することがわかっているＶ８２Ａ／Ｆ、Ｉ５４Ｖ、Ａ７１Ｖ／Ｔ、Ｉ３６Ｌ、Ｉ５０Ｌ、Ｎ８８Ｓ、Ｉ８４Ｖ、Ａ７１Ｖ、Ｍ４６Ｉ、Ｇ４８Ｖ、Ｌ９０Ｍ、Ｌ１０１Ｒ／ＶＩ５４Ｖ／Ｌ、Ａ７１ＶＴ、Ｇ７３Ｓ、Ｖ７７Ｉ、Ｖ８２Ａおよび／またはＩ８４Ｖである。薬剤の例としては、例えば、ＨＩＶ ＲＴ阻害剤、例えば、アバカビル、テノホビル、ジダノシンおよびラミブジン、エントリシタビン、スタブジンおよびザルシタビンが挙げられる。薬剤の例としては、例えば、ＨＩＶプロテアーゼ阻害剤、例えば、サクイナビル、ネルフィナビルおよびリトナビル、インジナビルおよびアタザナビルが挙げられる。他の変異型ポリペプチドおよび薬剤の例は、表ＩおよびＩＩＩに示されたものである。
また、本明細書において、該薬剤（１種類または複数種）が投与された、投与される、または投与している哺乳動物において変異型ポリペプチド特異的免疫応答を惹起するための方法における使用のためのベクター、例えば、酵母媒介体、ウイルスおよび組成物、例えば、酵母媒介体を含む酵母系組成物、例えば、免疫原性組成物が提供される。一例において、哺乳動物は、疾患のリスクがあり、変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープと関連しているベクターおよび／またはかかるベクターを含む組成物は、該薬剤の前、同時および／またはその後に予防的に投与される。他の一例では、哺乳動物は、疾患に易罹患性であり、変異型ポリペプチドと関連しているベクターおよび／またはかかるベクターを含む組成物は、該薬剤の前、同時および／またはその後に治療的に投与される。該変異型ポリペプチドと関連しているかかる酵母媒介体の投与は、例えば、治療用および／または予防用薬剤に対する哺乳動物の感受性を増大させるため；および／またはかかる薬剤の治療用有効性を増大させるため；および／またはかかる薬剤の有効寿命を延長させるために使用され得る。一例において、変異型ポリペプチドは、ベクターまたは本明細書において上記の組成物投与前に同定され、他の一例では、変異型ポリペプチドは、薬剤に応答して存在すると予測される。
該変異型ポリペプチドと関連しているベクター（例えば、酵母媒介体など）、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む本明細書に記載の組成物、ならびに治療用または予防用薬剤は、同時または逐次のいずれかで、該薬剤（１種類または複数種）の投与の前または後のいずれかで投与され得る。同時投与には、１つの組成物で一緒の投与、あるいは、別々の組成物としての投与が包含される。一例において、該薬剤および変異型ポリペプチドまたはこれをコードする核酸は、異なる製剤に存在させ、同時および別々に投与される。該薬剤および変異型ポリペプチドまたはこれをコードする核酸が逐次投与される一例では、投与は、哺乳動物に対して施術者が適切とみなす毎日、毎週または毎月で行なわれることは認識されよう。用語「同時投与」は、本明細書で用いる場合、酵母媒介体を含む組成物および治療用薬剤が、同じ日に投与されることを意味する。変異型ポリペプチドを含む組成物または治療用薬剤のいずれかが最初に投与され得る。同時に投与される場合、酵母媒介体を含む組成物および治療用薬剤は、同じ投薬量（すなわち、酵母媒介体を含む組成物と治療用薬剤の両方を含む単位投薬量）で含まれ得るか、または別々の投薬量（例えば、酵母媒介体を含む組成物は１つの投薬形態に含まれ、治療用薬剤は別の投薬形態に含まれる）。
一例において、該変異型ポリペプチドを含む組成物は、「追跡処置」として投与される、すなわち、該薬剤の処置後または疾患の症状の増大が観察された後に開始される。しかしながら、ベクター（例えば、酵母媒介体など）を含む組成物はまた、治療用または予防用薬剤での処置が開始される前に投与され得る。
本明細書に記載の方法はまた、ベクターおよびポリペプチドが互いに複合体形成されていない、すなわち、ポリペプチドがベクターによって組換え発現されない、ベクター内に負荷されていない、またはベクターに物理的に結合されていないベクターおよび変異型ポリペプチドを哺乳動物に投与することを含むものであり得る。ベクターおよび変異型ポリペプチドは、被験体への投与前に製剤にて混合してもよく、別々に投与してもよい。投与プロセスは、エキソビボで、例えば、酵母媒介体を負荷した樹状細胞による導入などによって、またはインビボで行なわれ得る。エキソビボ投与は、調節工程の一部を哺乳動物外で行なうこと、例えば、本発明の組成物を、哺乳動物から取り出した細胞（樹状細胞）集団に、ベクターおよび変異型ポリペプチドが細胞内に負荷されるような条件下で投与し、該細胞を哺乳動物に戻すことをいう。このとき、ベクターを含む組成物は、任意の適当な投与様式で哺乳動物に戻され得るか、または哺乳動物に投与され得る。
組成物、例えば、ベクターおよび変異型ポリペプチドが負荷された樹状細胞を含む組成物の投与は、例えば、全身性または粘膜経由であり得る。投与経路は、状態、使用される変異型ポリペプチドおよび／または標的細胞集団もしくは組織の型に応じて、当業者には自明である。投与方法としては、限定されないが、静脈内投与、腹腔内投与、筋肉内投与、リンパ節内投与、冠動脈内投与、動脈内投与 （例えば、頚動脈内）、皮下投与、経皮送達、気管内投与、皮下投与、関節内投与、脳室内投与、吸入（例えば、エアロゾル）、頭蓋内、髄腔内、眼球内、経耳、鼻腔内、経口、肺投与、カテーテルの挿入（ｉｍｐｒｅｇｎａｔｉｏｎ）、および組織内への直接注射が挙げられる。投与経路としては、静脈内、腹腔内、皮下、皮内、リンパ節内、筋肉内、経皮、吸入、鼻腔内、経口、眼球内、関節内、頭蓋内および髄腔内が挙げられる。非経口送達としては、皮内、筋肉内、腹腔内、胸腔内、肺内、静脈内、皮下、動脈カテーテルおよび静脈（ｖｅｎａｌ）カテーテル経路が挙げられ得る。経耳送達としては、点耳薬が挙げられ得、鼻腔内送達としては、点鼻薬または鼻腔内注射が挙げられ得、眼球内送達としては、点眼薬が挙げられ得る。エアロゾル（吸入）送達はまた、当該技術分野において標準的な方法を用いて行なわれ得る（例えば、Ｓｔｒｉｂｌｉｎｇら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １８９：１１２７７−１１２８１、１９９２を参照のこと、これは、引用によりその全体が本明細書に組み込まれる）。例えば、一例では、酵母媒介体を含む組成物は、適当な吸入デバイスまたはネブライザーを用いて噴霧送達するのに適した組成物に製剤化され得る。経口送達は、口から摂取され得る固形および液状物を含むものであり得、粘膜免疫の発現に有用であり、酵母媒介体を含む組成物が、経口送達用に例えば錠剤またはカプセル剤として容易に調製され得、ならびに食品および飲料製品に製剤化され得るため有用である。粘膜免疫を調節する他の投与経路は、癌もしくは感染性疾患の処置に有用である。かかる経路としては、気管支経由、皮内、筋肉内、鼻腔内、他の吸入系、直腸系、皮下、経表面的、経皮、経膣および経尿道経路が挙げられる。送達経路は、酵母媒介体を含む組成物を呼吸器系に送達する任意の経路、例えば、限定されないが、吸入、鼻腔内、気管内などである。
疾患のリスクがあるか、または疾患に易罹患性である哺乳動物に対する本明細書に記載の細胞、ベクター（例えば、酵母媒介体など）もしくはウイルス、または該細胞、ベクター、ウイルスもしくは酵母媒介体を含む組成物の有効投与は、該哺乳動物が該疾患から保護されていることを要しない。有効用量パラメータは、疾患の症状を最小限にするかもしくは低減する、または疾患の進行を最小限にするのに適した当該技術分野で標準的な方法を用いて決定され得る。かかる方法としては、例えば、生存率、副作用（すなわち、毒性）および疾患の進行または寛解の測定が挙げられる。
酵母媒介体を用いる使用では、適当な単回用量サイズは、適当な時間枠にわたって１回以上投与したとき、哺乳動物において、免疫応答（一例では細胞性免疫応答であり、抗原特異的免疫応答であり得る）を惹起し得る用量である。当業者には理解されるように、免疫応答を惹起するのに必要とされる組成物の用量は、いくつかの要素に依存する。当業者なら、哺乳動物の体格および投与経路に基づいて、投与に適切な単回用量サイズを容易に決定することができよう。
該変異型ポリペプチドと関連しているベクターを含む組成物の適当な単回用量は、適当な時間枠にわたって１回以上投与したとき、ベクターおよび／または変異型ポリペプチドを、所与の細胞型、組織または患者の身体の一領域に、免疫応答を惹起するのに有効な量で効率的に提供し得る用量である。酵母の場合、本発明の酵母媒介体の単回用量は、約０．００４ＹＵ（４×１０３細胞）〜約１００ＹＵ（１×１０９細胞）、例えば、０．１ＹＵ（１×１０６細胞）〜約１００ＹＵ（１×１０９細胞）／用量（すなわち、／生物体）、例えば、０．１×１０６細胞単位の任意の間の用量（すなわち、１．１×１０６、１．２×１０６、１．３×１０６など）である。この用量範囲は、任意の体格の任意の生物体、例えば、マウス、サル、ヒトなどに効率的に使用され得る。該組成物が、酵母媒介体および変異型抗原を樹状細胞内に負荷することにより投与される場合、本明細書に記載の組成物の単回用量は、約０．５×１０６〜約４０×１０６樹状細胞／哺乳動物／投与である。他の一例では、単回用量は、約１×１０６〜約２０×１０６樹状細胞／個体であり、また他の一例では、約１×１０６〜約１０×１０６樹状細胞／哺乳動物である。「追加免疫」用量の酵母媒介体を含む本明細書に記載の組成物は、変異型抗原に対する免疫応答が減弱した場合、または特定の変異型ポリペプチドに対して免疫応答を提供するか、もしくは記憶応答を誘導するために必要に応じて投与され得る。追加免疫用量は、最初の投与の約１週間から数週間後に投与され得る。一例では、投与計画は、約１×１０５〜約１×１０９酵母細胞当量の組成物が、毎週３ヶ月間から毎週１ヶ月間（５回用量）投与の後、毎月投与するものである。
一例において、本明細書に記載の樹状細胞（酵母媒介体を含む）の組成物は、約０．５×１０６〜約４０×１０６樹状細胞／単回用量／患者を含み、別の一例では、約１×１０６〜約１０×１０６樹状細胞／単回用量／患者を含む。これらの用量は、典型的なヒトまたは他の霊長類に与えられる。他の動物に適した用量は、当業者によって決定され得る。例えば、マウスでは、適当な用量は、約１×１０６〜約３×１０６／単回用量／マウスである。他の用量は当業者によって決定され得、充分、当業者の能力の範囲内である。哺乳動物に投与するのに有効な組成物は、約０．５×１０６〜約４０×１０６樹状細胞／単回用量／哺乳動物個体を含む。
当業者にとって、哺乳動物への投与回数は、酵母媒介体の性質および投与に対する哺乳動物の応答に依存するということは自明であろう。したがって、適当な投与回数が、所望の目的に必要とされる任意の数を含むことは本発明の範囲内である。例えば、反復投与により、標的細胞の攻撃に利用可能なＴ細胞の数が増加し得る。投薬量および投与頻度は、当業者には自明のように、投与過程で調整され得る。
キット
本明細書において、本明細書に記載の任意の方法を行なうためのキットが提供される。本発明のキットは、少なくとも１種類の酵母媒介体、ならびに標的化された治療用および／または予防用薬物薬剤（１種類または複数種）の投与に応答した特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである少なくとも１種類の変異型ポリペプチドを含むものであり得る。キットは、さらに、治療用および／または予防用薬物薬剤を含むものであってもよい。一例において、薬物薬剤は癌細胞に標的化される。一例において、薬物薬剤は、ウイルスまたはウイルスに感染した細胞に標的化される。キットは、さらに、本明細書に記載の方法を行なうための使用説明書を備えていてもよい。
単一の成分を含むキットでは、一般的に、該成分は、容器（例えば、バイアル、アンプルまたは他の適当な保存容器）内に封入されている。同様に、１種類より多くの成分を含むキットでも、試薬は容器内に存在させ得る（別々または混合物で）。
本発明を実施するためのキットの使用に関する使用説明書には、一般的に、本発明の方法を行なうために、キットの内容物をどのように使用するかが記載される。本発明のキット内に提供される使用説明書は、典型的には、ラベルまたは添付文書（例えば、キット内に含まれた紙）における書面の使用説明書であるが、機械可読使用説明書（例えば、磁気もしくは光学保存ディスク上に担持された使用説明書）もまた許容され得る。
本発明は、ヒト患者をポックスウイルス感染に対して免疫処置するためのキットを含み、該キットは、ワクシニアウイルス可溶性切断型外被タンパク質をコードする単離された核酸にコードされた免疫原性量の可溶性切断型ポックスウイルス外被タンパク質を含む。
前述の本発明は、ある程度詳細に実例および一例として、理解の明確化の目的で記載したが、当業者には、一定の変更および修正が行なわれ得ることが自明であろう。したがって、詳細説明および実施例は、本発明の範囲を制限するものと解釈されるべきではない。

Claims (66)

  1. 以下：
    ｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；
    ｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体；
    ｉｉｉ）少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに結合した酵母媒介体；
    ｉｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体；または
    ｖ）樹状細胞内に細胞内負荷された酵母媒介体および少なくとも１種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープ
    の１種類以上を含み、
    該変異型ポリペプチドは、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである、
    組成物。
  2. 前記酵母媒介体が、完全体の酵母、酵母スフェロプラスト、酵母細胞質体、酵母ゴーストもしくは細胞分画酵母膜抽出物またはその画分である、請求項１に記載の組成物。
  3. 前記酵母媒介体が、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｋｌｕｖｅｒｏｍｙｃｅｓ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ、ＣａｎｄｉｄａおよびＰｉｃｈｉａからなる群より選択される酵母から得られる、請求項１または２に記載の組成物。
  4. 前記酵母媒介体がＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅから得られる、請求項１〜３いずれか１項に記載の組成物。
  5. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープが２つ以上のエピトープを含む、請求項１〜４いずれか１項に記載の組成物。
  6. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープが、１つ以上の変異を含む２つ以上のエピトープを含む、請求項１〜５いずれか１項に記載の組成物。
  7. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープが、ＲＮＡまたはＤＮＡウイルスにコードされている、請求項１〜６いずれか１項に記載の組成物。
  8. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープが、レトロウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、ピコルナウイルス、コロナウイルス、フィロウイルス、ラブドウイルス、ブンヤウイルス、オルトミクソウイルス、パラミクソウイルス、アレナウイルス、カリシウイルス、ヘパドナウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、アデノウイルス、パルボウイルスまたはパポバウイルスにコードされている、請求項１〜７いずれか１項に記載の組成物。
  9. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープが、ＨＩＶ、ＨＢＶまたはＨＣＶにコードされている、請求項１〜８いずれか１項に記載の組成物。
  10. 前記薬剤が、アルタザナビル、サクイナビル、ラミブジン、ジドノシン、エンブリシタビン、ジドブジン、スタブジン、ザルシタビン、アバカビル、テノホビル、ネビラピン、デラビルジン、エファビレンツ、インジナビル、リトナビル、ネルフィナビル、アンプレナビル、ロピナビル、エンフビルチド、エンテカビル、アデホビル、ファムシクロビル、ガンシクロビル、インターフェロン、リバビリン、サイモシン−α、キナーゼ阻害剤、ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤、非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤、ウイルスプロテアーゼ阻害剤、ウイルス侵入／融合阻害剤、ウイルスプロテアーゼ阻害剤、ヌクレオシド類縁体またはその組合せである、請求項１〜９いずれか１項に記載の組成物。
  11. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープがＨＩＶにコードされている、請求項１〜１０いずれか１項に記載の組成物。
  12. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープがＨＩＶにコードされており、少なくとも１つの特異的変異が、ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤、非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤、ヌクレオシド類縁体、プロテアーゼ阻害剤、侵入／融合阻害剤およびその組合せからなる群より選択される薬剤の投与に応答して出現したものである、請求項１〜１１いずれか１項に記載の組成物。
  13. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープがＨＣＶにコードされている、請求項１〜１０いずれか１項に記載の組成物。
  14. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープがＨＣＶにコードされており、少なくとも１つの特異的変異が、ウイルスポリメラーゼ阻害剤、非ヌクレオシドウイルスポリメラーゼ阻害剤、ヌクレオシド類縁体、プロテアーゼ阻害剤、インターフェロンおよびその組合せからなる群より選択される薬剤の投与に応答して出現したものである、請求項１〜１０または１３いずれか１項に記載の組成物。
  15. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープがＨＢＶにコードされている、請求項１〜１０いずれか１項に記載の組成物。
  16. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープがＨＢＶにコードされており、少なくとも１つの特異的変異が、ヌクレオシドウイルスポリメラーゼ阻害剤、非ヌクレオシドウイルスポリメラーゼ阻害剤、ヌクレオシド類縁体、インターフェロン−α、サイモシン−αおよびその組合せからなる群より選択される薬剤の投与に応答して出現したものである、請求項１〜１０または１５いずれか１項に記載の組成物。
  17. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープが、癌遺伝子にコードされているか、腫瘍関連抗原であるか、または癌細胞によって発現される、請求項１〜６いずれか１項に記載の組成物。
  18. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープが、ＭＡＧＥ、ＭＡＧＥ３、ＭＡＧＥＡ６、ＭＡＧＥＡ１０、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ｇｐ１００、チロシナーゼ、ＥＧＦＲ、ＦＧＦＲ、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＶＥＧＦ、ＰＤＧＦＲ、Ｋｉｔ、ＰＭＳＡ、ＣＥＡ、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、Ｍｕｃ−１、ｈＴＥＲＴ、Ｍａｒｔ１、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、Ｂｃｒ−Ａｂｌ、ｐ５３、ｐ７３、Ｒａｓ、ＰＴＥＮＳｒｃ、ｐ３８、ＢＲＡＦ、大腸腺腫性ポリポーシス、ｍｙｃ、フォン・ヒッペル・リンドウ（ｖｏｎ Ｈｉｐｐｅｌ ｌａｎｄａｕ）タンパク質、Ｒｂ−１、Ｒｂ−２、ＢＲＡＣ１、ＢＲＡＣ２、アンドロゲン受容体、Ｓｍａｄ４、ＭＤＲ１またはＦｌｔ３である、請求項１〜６または１７いずれか１項に記載の組成物。
  19. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープが、Ｂｃｒ−Ａｂｌ、Ｋｉｔ、ＰＤＧＦＲ、ＥＧＦＲ、ｐ３８、Ｓｒｃ、ＦＧＦＲまたはＦｌｔ３である、請求項１〜６、１７または１８いずれか１項に記載の組成物。
  20. 前記変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープが、イマチニブ、ゲフィチニブ、エルロチニブ、キナーゼ阻害剤、ＳＢ２０３５８０、チロシンキナーゼ阻害剤またはその組合せからなる群より選択される薬剤の投与に応答して出現した少なくとも１つの特異的変異を含む、請求項１〜６または１７〜１９いずれか１項に記載の組成物。
  21. ２種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープを含む、請求項１〜２０いずれか１項に記載の組成物。
  22. ３種類の変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープを含む、請求項１〜２０いずれか１項に記載の組成物。
  23. 薬学的に許容され得る賦形剤をさらに含む、請求項１〜２２いずれか１項に記載の組成物。
  24. 少なくとも１種類のアジュバントをさらに含む、請求項１〜２３いずれか１項に記載の組成物。
  25. 前記アジュバントが、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト、ジヌクレオチド ＣｐＧ配列、単鎖もしくは二本鎖ＲＮＡ、フロイントアジュバント、脂質部分、マンナン、グルカン、アルミニウム系の塩、カルシウム系の塩、シリカ、ポリヌクレオチド、トキソイド、血清タンパク質、ウイルス外被タンパク質、γ−インターフェロン、コポリマー、Ｒｉｂｉアジュバントまたはサポニンとその誘導体である、請求項２４に記載の組成物。
  26. 哺乳動物において変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに対する免疫応答を惹起するのに使用するための請求項１〜２５いずれか１項に記載の組成物であって、該組成物は、該組成物の有効量で該哺乳動物に投与されるものである、組成物。
  27. 哺乳動物において変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに対する免疫応答を惹起するのに使用するための請求項２６に記載の組成物であって、該組成物は、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せで、有効量で該哺乳動物に投与されるものである、組成物。
  28. 前記免疫応答が細胞性免疫応答である、請求項２６または２７に記載の組成物。
  29. 前記免疫応答が体液性免疫応答である、請求項２６または２７に記載の組成物。
  30. 前記免疫応答が細胞性免疫応答および体液性免疫応答である、請求項２６または２７に記載の組成物。
  31. 哺乳動物において変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに対する免疫応答を惹起するのに使用するための請求項２６〜３０いずれか１項に記載の組成物であって、該変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープが、癌遺伝子にコードされているか、腫瘍関連抗原であるか、または癌細胞によって発現されるポリペプチドである、組成物。
  32. 哺乳動物において変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに対する免疫応答を惹起するのに使用するための請求項２６〜３０いずれか１項に記載の組成物であって、該変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープがＨＩＶ、ＨＢＶまたはＨＣＶにコードされている、組成物。
  33. 哺乳動物における疾患の症状の改善における使用のための請求項１〜２５いずれか１項に記載の組成物であって、該組成物は、該哺乳動物に有効量で投与されるものであり、該疾患は、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答して出現した変異型ポリペプチドと関連している、組成物
  34. 哺乳動物における疾患の症状の改善における使用のための請求項３３に記載の組成物であって、該疾患は癌である、組成物。
  35. 哺乳動物における疾患の症状の改善における使用のための請求項３３に記載の組成物であって、該疾患はＨＩＶ、ＨＢＶまたはＨＣＶによる感染である、組成物。
  36. 哺乳動物における疾患の症状の改善における使用のための請求項３３〜３５いずれか１項に記載の組成物であって、該組成物は、、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せで、該哺乳動物に有効量で投与されるものである、組成物。
  37. 疾患もしくは感染のリスクがある、または疾患もしくは感染に易罹患性である哺乳動物に投与される薬剤に対する耐性を低下させるのに使用するための請求項１〜２５いずれか１項に記載の組成物であって、該組成物は、該哺乳動物に有効量で投与されるものであり、該疾患もしくは感染が、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答して出現した変異型ポリペプチドと関連している、組成物。
  38. 疾患もしくは感染のリスクがある、または疾患もしくは感染に易罹患性である哺乳動物に投与される薬剤に対する耐性を低下させるのに使用するための請求項３７に記載の組成物であって、該疾患が癌である、組成物。
  39. 疾患もしくは感染のリスクがある、または疾患もしくは感染に易罹患性である哺乳動物に投与される薬剤に対する耐性を低下させるのに使用するための請求項３７に記載の組成物であって、該疾患がＨＩＶ、ＨＢＶまたはＨＣＶによる感染である、組成物。
  40. 疾患もしくは感染のリスクがある、または疾患もしくは感染に易罹患性である哺乳動物に投与される薬剤に対する耐性を低下させるのに使用するための請求項３７〜３９いずれか１項に記載の組成物であって、該組成物は、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せで、該哺乳動物に有効量で投与されるものである、組成物。
  41. 前記哺乳動物がヒトである、請求項２６〜４０いずれか１項に記載の組成物。
  42. 哺乳動物において変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに対する免疫応答を惹起するための方法であって、該哺乳動物に有効量の請求項１〜２５いずれか１項に記載の組成物の投与することを含む、方法。
  43. 有効量の請求項４２に記載の組成物を、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せで投与することを含む、哺乳動物において変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに対する免疫応答を惹起するための方法。
  44. 前記免疫応答が細胞性免疫応答である、請求項４２または４３に記載の組成物。
  45. 前記免疫応答が体液性免疫応答である、請求項４２または４３に記載の組成物。
  46. 前記免疫応答が細胞性免疫応答および体液性免疫応答である、請求項４２または４３に記載の組成物。
  47. 哺乳動物において疾患の症状を改善するための方法であって、該哺乳動物に有効量の請求項１〜２５いずれか１項に記載の組成物を投与することを含み、該疾患が、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答して出現した変異型ポリペプチドと関連している、方法。
  48. 哺乳動物に有効量の請求項４７に記載の組成物を、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せで投与することを含む、哺乳動物において疾患の症状を改善するための方法。
  49. 、疾患もしくは感染のリスクがある、または疾患もしくは感染に易罹患性である哺乳動物に投与される薬剤に対する耐性を低下させるための方法であって、該哺乳動物に有効量の請求項１〜２５いずれか１項に記載の組成物を投与することを含み、該疾患もしくは感染が、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答して出現した変異型ポリペプチドと関連している、方法。
  50. 哺乳動物に有効量の請求項４９に記載の組成物を、標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せで投与することを含む、疾患もしくは感染のリスクがある、または疾患もしくは感染に易罹患性である哺乳動物に投与される薬剤に対する耐性を低下させるための方法。
  51. 前記哺乳動物がヒトである、請求項４２〜５０いずれか１項に記載の方法。
  52. 医薬の調製における、請求項１〜２５いずれか１項に記載の組成物の使用。
  53. 哺乳動物において変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに対する免疫応答を惹起するのに使用するための医薬の調製における、請求項１〜２５いずれか１項に記載の組成物の使用。
  54. 標的化される治療用および／または予防用薬剤との組合せでの、哺乳動物において変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに対する免疫応答を惹起するのに使用するための医薬の調製における、請求項１〜２５いずれか１項に記載の組成物の使用。
  55. 標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答して出現した変異型ポリペプチドと関連している疾患の処置における使用のための医薬の調製における、請求項１〜２５いずれか１項に記載の組成物の使用。
  56. 標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答して出現した変異型ポリペプチドと関連している疾患の症状の改善における使用のための医薬の調製における、請求項１〜２５いずれか１項に記載の組成物の使用。
  57. 疾患もしくは感染が、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答して出現した変異型ポリペプチドと関連しているものであって、該疾患もしくは感染のリスクがある、または該疾患もしくは感染に易罹患性である哺乳動物に投与される薬剤に対する耐性を低下させるのに使用するための医薬の調製における、請求項１〜２５いずれか１項に記載の組成物の使用。
  58. 請求項１〜２５いずれか１項に記載の組成物を含む、哺乳動物において変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに対する免疫応答を惹起するためのキットであって、該変異型ポリペプチドが、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものである、キット。
  59. 哺乳動物において変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープに対する免疫応答を惹起するためのキットであって、該変異型ポリペプチドが、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものであり、酵母媒介体および少なくとも１種類の該変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープを含む、キット。
  60. 標的化される治療用および／または予防用薬剤をさらに含む、請求項５８または５９に記載のキット。
  61. 使用のための説明書をさらに備える、請求項５８〜６０に記載のキット。
  62. 変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープをコードする核酸を含む酵母媒介体の調製方法であって、該変異型ポリペプチドが、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものであり、該核酸が、拡散、能動輸送、超音波処理、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、リポフェクション、吸着およびプロトプラスト融合からなる群より選択される手法によって該酵母媒介体内にトランスフェクトされる、方法。
  63. 変異型ポリペプチド、変異を含むその断片もしくはミメトープを含む酵母媒介体の調製方法であって、該変異型ポリペプチドが、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答した少なくとも１つの特異的変異を伴って出現することがわかっているか、または出現したものであり、該変異型ポリペプチド、変異を含むその断片またはミメトープが、拡散、能動輸送、リポソーム融合、超音波処理、エレクトロポレーション、食作用、リポフェクション、凍結／解凍サイクル、化学的架橋、生物学的連結または混合からなる群より選択される手法によって該酵母媒介体内に配置させるか、または該酵母媒介体に結合される、方法。
  64. 前記酵母媒介体が樹状細胞またはマクロファージ内に細胞内負荷されている、請求項６２または６３に記載の方法。
  65. 前記酵母媒介体が樹状細胞内に細胞内負荷されている、請求項６２〜６４いずれか１項に記載の方法。
  66. 請求項１〜２５いずれか１項に記載の組成物を含む医薬であって、標的化される治療用および／または予防用薬剤の投与に応答して出現した変異型ポリペプチドと関連する疾患の処置のために提供される医薬の調製方法。
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