JP2020117534A - 沈殿促進剤およびそれを用いる沈殿化方法 - Google Patents
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Abstract
Description
[2] 沈殿促進剤が有する炭素数10以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が、直鎖状のC10−40アルキル基および直鎖状のC10−40アルケニル基から選ばれる基である、前記[1]に記載の沈殿促進剤。
[3] 有機基が有する炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が、直鎖状である、前記[1]または[2]に記載の沈殿促進剤。
[4] 有機基が有する炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が、直鎖状のC10−40アルキル基および直鎖状のC10−40アルケニル基から選ばれる基である、前記[1]または[2]に記載の沈殿促進剤。
[5] (1)式(G):
R1は、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基を示し;
X1は、それぞれ独立して、単結合、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−または−NHC(=O)−を示し;
環A1は、置換されていてもよいC3−14炭化水素環を示し;
nは、1〜4の整数を示す。]
で表される構造を1個以上有する有機化合物、または
(2)−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−および−NHC(=O)−からなる群から選択される基を介して、直鎖状のC10−40アルキル基を1個以上有し、且つさらに置換されていてもよいC1−10アルカン
である、前記[1]〜[4]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤。
[6] (1)式(I):
R1は、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基を示し;
X1は、それぞれ独立して、単結合、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−または−NHC(=O)−を示し;
環A1および環B1は、それぞれ独立して、置換されていてもよいC3−14炭化水素環を示し;
X2は、それぞれ独立して、−(CH2)p−、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)O−(CH2)q−、−(CH2)p−OC(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)NH−(CH2)q−または−(CH2)p−NHC(=O)−(CH2)q−(pおよびqは、それぞれ独立して、0〜3の整数を示す。)を示し;
X3は、単結合、−(CH2)r−O−、−(CH2)r−C(=O)−、−(CH2)r−C(=O)O−、−(CH2)r−OC(=O)−、−(CH2)r−C(=O)NH−または−(CH2)r−NHC(=O)−(rは、0〜3の整数を示す。)を示し;
R2は、水素原子、置換されていてもよいC3−8シクロアルキル基、置換されていてもよいC1−6アルキル基、置換されていてもよいC2−6アルケニル基、置換されていてもよいC2−6アルキニル基、置換されていてもよいC6−14アリール基、置換されていてもよい単環式複素環基またはトリ(C1−6アルキル)シリル基を示し;
nおよびmは、それぞれ独立して、1〜4の整数を示し;
m’は、mが1の場合、0または1を示し、mが2、3または4の場合、1を示す。]で表される化合物、または
(2)−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−および−NHC(=O)−からなる群から選択される基を介して、直鎖状のC10−40アルキル基を1個以上有し、且つさらに置換されていてもよいC1−10アルカン
である、前記[1]〜[4]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤。
[7] R2が、水素原子、置換されていてもよいC3−8シクロアルキル基、置換されていてもよいC1−6アルキル基、置換されていてもよいC2−6アルケニル基、置換されていてもよいC2−6アルキニル基、置換されていてもよいC6−14アリール基または置換されていてもよい単環式複素環基である、前記[6]に記載の沈殿促進剤。
[8] 式(II):
R1は、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基を示し;
X1は、それぞれ独立して、単結合、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−または−NHC(=O)−を示し;
環A2および環B1は、それぞれ独立して、置換されていてもよいC3−14炭化水素環を示し;
X2は、それぞれ独立して、−(CH2)p−、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)O−(CH2)q−、−(CH2)p−OC(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)NH−(CH2)q−または−(CH2)p−NHC(=O)−(CH2)q−(pおよびqは、それぞれ独立して、0〜3の整数を示す。)を示し;
X3は、単結合、−(CH2)r−O−、−(CH2)r−C(=O)−、−(CH2)r−C(=O)O−、−(CH2)r−OC(=O)−、−(CH2)r−C(=O)NH−または−(CH2)r−NHC(=O)−(rは、0〜3の整数を示す。)を示し;
R2は、水素原子、置換されていてもよいC3−8シクロアルキル基、置換されていてもよいC1−6アルキル基、置換されていてもよいC2−6アルケニル基、置換されていてもよいC2−6アルキニル基、置換されていてもよいC6−14アリール基、置換されていてもよい単環式複素環基またはトリ(C1−6アルキル)シリル基を示し;
mは、1〜4の整数を示し;
m’は、mが1の場合、0または1を示し、mが2、3または4の場合、1を示す。]で表される化合物である、前記[1]〜[4]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤。
[9] R2が、水素原子、置換されていてもよいC3−8シクロアルキル基、置換されていてもよいC1−6アルキル基、置換されていてもよいC2−6アルケニル基、置換されていてもよいC2−6アルキニル基、置換されていてもよいC6−14アリール基または置換されていてもよい単環式複素環である、前記[8]に記載の沈殿促進剤。
[10] C3−14炭化水素環が、ベンゼン環およびシクロヘキサン環から選ばれる、前記[5]〜[9]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤。
[11] 有機基が、式(III):
**は、保護される基との結合位置を示し;
Lは、単結合、または式(a1)若しくは(a1’):
*は、Yとの結合位置を示し;
**は、前記と同義であり;
R8およびR9は、それぞれ独立して、C1−22炭化水素基を示し;
L1は、2価のC1−22炭化水素基を示し;且つ
L2は、単結合を示すか、または**C(=O)N(R2’)−R1’−N(R3)***(式中、**は、L1との結合位置を示し、***は、C=Oとの結合位置を示し、R1’は、C1−22アルキレン基を示し、R2’およびR3は、それぞれ独立して、水素原子もしくはC1−22アルキル基を示すか、またはR2’およびR3が一緒になって、環を形成していてもよい。)で表される基を示す。)で表される基を示し、
Yは、単結合、酸素原子、またはNR(Rは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。)を示し、並びに
Zは、式(a2)、式(a2’)または式(a2”):
*は、結合位置を示し;
R4は、水素原子であるか、あるいはRbが、下記式(a3)で表される基である場合には、環CのR6と一緒になって単結合または−O−を示して、環Aまたは環Bおよび環Cと共に縮合環を形成していてもよく;
k個のQは、それぞれ独立して、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−または−NHC(=O)−を示し;
k個のR5は、それぞれ独立して、炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示し;
kは、1〜4の整数を示し;
環Aおよび環Bは、それぞれ独立して、k個のQR5に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく;
Raは、水素原子、またはハロゲン原子で置換されていてもよいフェニル基を示し;並びに
Rbは、水素原子、または式(a3):
jは、0〜4の整数を示し;
j個のQは、それぞれ独立して、前記と同意義を示し;
j個のR7は、それぞれ独立して、炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示し;
R6は、水素原子を示すか、或いは環Aまたは環BのR4と一緒になって単結合または−O−を示して、環Aまたは環Bおよび環Cと共に縮合環を形成していてもよく;且つ
環Cは、j個のOR7に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。)で表される基を示すか、或いは
RaおよびRbが、一緒になってオキソ基を形成する。]で表される基を示す、前記[1]〜[10]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤。
[12] Zが、式(a2)または式(a2’)で表される基であり、縮合環が、フルオレン環またはキサンテン環であり、k個のR5が、それぞれ独立して、炭素数10以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基であり、j個のR7が、それぞれ独立して、炭素数10以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基であり、且つRaが、水素原子であるか、またはRaおよびRbが、一緒になってオキソ基を形成する前記[11]に記載の沈殿促進剤。
[13] Lが、式(a1)で表される基であって、L1が、2価のC1−22炭化水素基を示し、且つL2が、単結合を示す、前記[11]または[12]に記載の沈殿促進剤。
[14] Lが、式(a1’)で表される基であって、L1が、フェニレン基を示し、且つL2が、単結合を示す、前記[11]または[12]に記載の沈殿促進剤。
[15] Yが、酸素原子である、前記[11]〜[14]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤。
[16] Zが、式(a2)で表される基であって、R4が、水素原子である、前記[11]〜[15]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤。
[17] Zが、式(a2)で表される基であって、RaおよびRbが、水素原子である、前記[11]〜[16]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤。
[18] LおよびYが、単結合であり、Zが、式(a2)で表される基であって、R4が、水素原子であり、且つRaおよびRbが、一緒になってオキソ基を形成する、前記[11]または[12]に記載の沈殿促進剤。
[19] 有機基で保護された有機化合物が、さらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい、ヌクレオシド、ヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド、またはさらにペプチド合成に用いられる保護基で保護されていてもよい、アミノ酸若しくはペプチドである、前記[1]〜[18]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤。
[20] 有機基で保護された有機化合物が、さらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドである、前記[1]〜[18]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤。
[21] 有機基で保護された有機化合物が、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の2’位および3’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の3’位水酸基から選ばれる少なくとも1個の基が、有機基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい、ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドである、前記[1]〜[18]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤。
[22] 溶媒が、極性溶媒を含む溶媒である、前記[1]〜[21]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤。
[23] 極性溶媒を含む溶媒が、極性溶媒と非極性溶媒の混合溶媒である、前記[22]に記載の沈殿促進剤。
[24] 極性溶媒が、アセトニトリルである、前記[22]または[23]に記載の沈殿促進剤。
[25] 有機基で保護された有機化合物に対して、0.1モル当量以上使用して、有機基で保護された有機化合物を沈殿させる、前記[1]〜[24]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤。
[26] 前記[1]〜[25]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤、および炭素数10以上の脂肪族炭化水素基を1個以上有する有機基で保護された有機化合物を含む、沈殿混合物。
[27] 有機基が有する炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が、直鎖状である、前記[26]に記載の沈殿混合物。
[28] 前記[1]〜[25]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤を用いて、溶媒から、炭素数10以上の脂肪族炭化水素基を1個以上有する有機基で保護された有機化合物を沈殿させる方法。
[29] 溶媒が、極性溶媒を含む溶媒である、前記[28]に記載の方法。
[30] 極性溶媒が、アセトニトリルである、前記[29]に記載の方法。
[31] 有機基が有する炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が、直鎖状である、前記[28]〜[30]のいずれか一つに記載の方法。
[32] 非極性溶媒中、少なくとも1個の基が炭素数10以上の脂肪族炭化水素基を1個以上有する有機基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいオリゴヌクレオチド、および前記[1]〜[25]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤を含む反応液に、極性溶媒を添加し、反応液からオリゴヌクレオチドと沈殿促進剤を含む沈殿混合物を分離する工程を含むオリゴヌクレオチドの製造方法。
[33] 極性溶媒が、アセトニトリルである、前記[32]に記載の製造方法。
[34] 有機基が有する炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が、直鎖状である、前記[32]または[33]に記載の製造方法。
[35] ホスホロアミダイト法により行われる前記[32]〜[34]のいずれか一つに記載の製造方法。
[36] 下記工程(1)〜(3)からなる製造サイクルを1回行うか、或いは複数回繰り返すホスホロアミダイト法によるオリゴヌクレオチドの製造方法であって、1サイクル目に下記工程(4)を含み、各サイクルに下記工程(5)を含み、且つ最終サイクルを除く各サイクルに下記工程(6)を含むオリゴヌクレオチドの製造方法:
(1)非極性溶媒中、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の2’位および3’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の3’位水酸基から選ばれる少なくとも1個の基が炭素数10以上の脂肪族炭化水素基を1個以上有する有機基で保護され、5’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドを含む反応液に、酸を加えて5’位水酸基の一時保護基を脱保護し、塩基により中和し、5’位水酸基遊離体を含む反応液を得る工程;
(2)非極性溶媒中、5’位水酸基遊離体を含む反応液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化され、且つ5’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドを添加してホスファイトトリエステル体を含む反応液を得る工程;
(3)非極性溶媒中、ホスファイトトリエステル体を含む反応液に、酸化剤または硫化剤を添加して、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の2’位および3’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の3’位水酸基から選ばれる少なくとも1個の基が炭素数10以上の脂肪族炭化水素基を1個以上有する有機基で保護され、且つ5’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいオリゴヌクレオチドを含む反応液を得る工程;
(4)工程(1)の前、工程(1)と(2)の間、工程(2)と(3)の間および工程(3)の後のいずれかにおいて、反応液に前記[1]〜[25]のいずれか一つに記載の沈殿促進剤を加える工程;
(5)工程(4)の後であって、工程(1)と(2)の間、工程(2)と(3)の間および工程(3)の後のいずれかにおいて、沈殿促進剤を含む反応液に極性溶媒を添加し、反応液から、5’位水酸基遊離体、ホスファイトトリエステル体またはオリゴヌクレオチドと、沈殿促進剤とを含む沈殿混合物を分離する工程;
(6)工程(5)で得られた沈殿混合物に非極性溶媒を加えて反応液とする工程。
[37] 極性溶媒が、アセトニトリルである、前記[36]に記載の製造方法。
[38] 有機基が有する炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が、直鎖状である、前記[36]または[37]に記載の製造方法。
[39] 工程(5)および(6)を、工程(3)の後に実行する、前記[36]〜[38]のいずれか一つに記載の製造方法。
[40] さらに、下記工程(7)を含む、前記[36]〜[39]のいずれか一つに記載の製造方法:
(7)オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去し、オリゴヌクレオチドを単離する工程。
[41] 非極性溶媒が、ハロゲン系溶媒、芳香族系溶媒、エステル系溶媒、脂肪族系溶媒、およびこれらの組合せからなる群より選択される溶媒である、前記[36]〜[40]のいずれか一つに記載の製造方法。
文中で特に断らない限り、本明細書で用いるすべての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者に一般に理解されるのと同じ意味をもつ。本明細書に記載されたものと同様または同等の任意の方法および材料は、本発明の実施または試験において使用することができるが、好ましい方法および材料を以下に記載する。本明細書で言及したすべての刊行物および特許は、例えば、記載された発明に関連して使用されうる刊行物に記載されている、構築物および方法論を記載および開示する目的で、参照として本明細書に組み入れられる。
本明細書中、「オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオシドにヌクレオチドが1個以上連結した化合物を意味する。本発明におけるオリゴヌクレオチドのヌクレオシドの数は特に限定されないが、好ましくは3〜50、より好ましくは5〜30である。
本明細書中、「モルフォリノヌクレオシド」とは、下記式(1)で表される化合物である。本明細書では、式(1)で表されるモルフォリノヌクレオシドをモルフォリノヌクレオシド(1)と称する。他の式で表される化合物も同様に称することがある。
モルフォリノヌクレオシド(1)は、自体公知の方法(例えば、WO91/09033A1に記載の方法)、またはそれに準ずる方法に従い調製することができる。具体的には、下記スキームに示すように、対応するリボヌクレオシド(2)を過ヨウ素酸ナトリウム等で酸化開環して対応する2’,3’−ジアルデヒド(3)とし、ジアルデヒド(3)をアンモニアで閉環して2’,3’−ジヒドロキシモルフォリノヌクレオシド(4)とし、ジヒドロキシモルフォリノヌクレオシド(4)を還元剤(例、水素化シアノホウ素ナトリウム、水素化トリアセトキシホウ素ナトリウムなど)で還元することにより、モルフォリノヌクレオシド(1)を得ることができる。
本明細書中、「Ca−b」とは、炭素数がa以上b以下(a、bは整数を示す)を意味する。
該「C3−10シクロアルカン」としては、例えば、シクロプロパン、シクロブタン、シクロペンタン、シクロヘキサン、シクロヘプタン、シクロオクタンが挙げられる。
該「C3−10シクロアルケン」としては、例えば、シクロプロペン、シクロブテン、シクロペンテン、シクロヘキセン、シクロヘプテン、シクロオクテンが挙げられる。
該「C6−14芳香族炭化水素環」としては、例えば、ベンゼン、ナフタレンが挙げられる。
該「単環式芳香族複素環基」としては、例えば、チエニル、フリル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、ピリジル、ピラジニル、ピリミジニル、ピリダジニル、1,2,4−オキサジアゾリル、1,3,4−オキサジアゾリル、1,2,4−チアジアゾリル、1,3,4−チアジアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、トリアジニルなどの5〜6員単環式芳香族複素環基が挙げられる。
該「単環式非芳香族複素環基」としては、例えば、アジリジニル、オキシラニル、チイラニル、アゼチジニル、オキセタニル、チエタニル、テトラヒドロチエニル、テトラヒドロフラニル、ピロリニル、ピロリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、オキサゾリニル、オキサゾリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、チアゾリニル、チアゾリジニル、テトラヒドロイソチアゾリル、テトラヒドロオキサゾリル、テトラヒドロイソオキサゾリル、ピペリジニル、ピペラジニル、テトラヒドロピリジニル、ジヒドロピリジニル、ジヒドロチオピラニル、テトラヒドロピリミジニル、テトラヒドロピリダジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロチオピラニル、モルホリニル(例、モルホリン−4−イル)、チオモルホリニル、アゼパニル、ジアゼパニル、アゼピニル、オキセパニル、アゾカニル、ジアゾカニルなどの3〜8員単環式非芳香族複素環基が挙げられる。
本発明の沈殿促進剤は、炭素数10以上の脂肪族炭化水素基を1個以上有する有機基(以下「本発明の擬似固相保護基」と称することがある)で保護された有機化合物を、溶媒から沈殿させるために用いられる、炭素数10以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基を1個以上有し、前記脂肪族炭化水素基の炭素数合計が20以上である有機化合物である。本発明の沈殿促進剤は1種のみを使用してもよく、2種以上を併用してもよい。
R1は、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基を示し;
X1は、それぞれ独立して、単結合、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−または−NHC(=O)−を示し;
環A1は、置換されていてもよいC3−14炭化水素環を示し;
nは、1〜4の整数を示す。]
R1は、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基を示し;
X1は、それぞれ独立して、単結合、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−または−NHC(=O)−を示し;
環A1および環B1は、それぞれ独立して、置換されていてもよいC3−14炭化水素環を示し;
X2は、それぞれ独立して、−(CH2)p−、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)O−(CH2)q−、−(CH2)p−OC(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)NH−(CH2)q−または−(CH2)p−NHC(=O)−(CH2)q−(pおよびqは、それぞれ独立して、0〜3の整数を示す。)を示し;
X3は、単結合、−(CH2)r−O−、−(CH2)r−C(=O)−、−(CH2)r−C(=O)O−、−(CH2)r−OC(=O)−、−(CH2)r−C(=O)NH−または−(CH2)r−NHC(=O)−(rは、0〜3の整数を示す。)を示し;
R2は、水素原子、置換されていてもよいC3−8シクロアルキル基、置換されていてもよいC1−6アルキル基、置換されていてもよいC2−6アルケニル基、置換されていてもよいC2−6アルキニル基、置換されていてもよいC6−14アリール基、置換されていてもよい単環式複素環基またはトリ(C1−6アルキル)シリル基(好ましくは水素原子、置換されていてもよいC3−8シクロアルキル基、置換されていてもよいC1−6アルキル基、置換されていてもよいC2−6アルケニル基、置換されていてもよいC2−6アルキニル基、置換されていてもよいC6−14アリール基または置換されていてもよい単環式複素環基)を示し;
nおよびmは、それぞれ独立して、1〜4の整数を示し;
m’は、mが1の場合、0または1を示し、mが2、3または4の場合、1を示す。]
R1は、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基を示し;
X1は、それぞれ独立して、単結合、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−または−NHC(=O)−を示し;
環A2および環B1は、それぞれ独立して、置換されていてもよいC3−14炭化水素環を示し;
X2は、それぞれ独立して、−(CH2)p−、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)O−(CH2)q−、−(CH2)p−OC(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)NH−(CH2)q−または−(CH2)p−NHC(=O)−(CH2)q−(pおよびqは、それぞれ独立して、0〜3の整数を示す。)を示し;
X3は、単結合、−(CH2)r−O−、−(CH2)r−C(=O)−、−(CH2)r−C(=O)O−、−(CH2)r−OC(=O)−、−(CH2)r−C(=O)NH−または−(CH2)r−NHC(=O)−(rは、0〜3の整数を示す。)を示し;
R2は、水素原子、置換されていてもよいC3−8シクロアルキル基、置換されていてもよいC1−6アルキル基、置換されていてもよいC2−6アルケニル基、置換されていてもよいC2−6アルキニル基、置換されていてもよいC6−14アリール基、置換されていてもよい単環式複素環基またはトリ(C1−6アルキル)シリル基(好ましくは水素原子、置換されていてもよいC3−8シクロアルキル基、置換されていてもよいC1−6アルキル基、置換されていてもよいC2−6アルケニル基、置換されていてもよいC2−6アルキニル基、置換されていてもよいC6−14アリール基または置換されていてもよい単環式複素環基)を示し;
mは、1〜4の整数を示し;
m’は、mが1の場合、0または1を示し、mが2、3または4の場合、1を示す。]
mは、好ましくは1〜3の整数であり、より好ましくは1または3である。
R1が、それぞれ独立して、直鎖状のC10−30アルキル基であり;
X1が、それぞれ独立して、単結合、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−または−OC(=O)−であり;
環A2および環B1が、それぞれ独立して、ベンゼン環またはシクロヘキサン環であり;
X2が、それぞれ独立して、−(CH2)p−、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)O−(CH2)q−または−(CH2)p−OC(=O)−(CH2)q−(pおよびqは、それぞれ独立して、0〜3の整数を示す。)であり;
X3が、単結合、−(CH2)r−O−、−(CH2)r−C(=O)−、−(CH2)r−C(=O)O−または−(CH2)r−OC(=O)−(rは、0〜3の整数を示す。)であり;
R2が、水素原子、置換されていてもよいC1−6アルキル基、置換されていてもよいC2−6アルケニル基、置換されていてもよいC2−6アルキニル基、置換されていてもよいC6−14アリール基、置換されていてもよい3〜8員単環式非芳香族複素環基またはトリ(C1−6アルキル)シリル基であり;
nが、1〜3の整数であり;
mが、1〜3の整数であり;
m’は、mが1の場合、0または1であり、mが2または3の場合、1である
化合物が挙げられる。この態様において、R2が、水素原子、置換されていてもよいC1−6アルキル基、置換されていてもよいC2−6アルケニル基、置換されていてもよいC2−6アルキニル基または置換されていてもよいC6−14アリール基であることが一層好ましい。
R1が、それぞれ独立して、直鎖状のC12−28アルキル基であり;
X1が、それぞれ独立して、−O−、−C(=O)O−または−OC(=O)−であり;
環A2および環B1が、それぞれ独立して、ベンゼン環またはシクロヘキサン環であり;
X2が、それぞれ独立して、−(CH2)p−、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)O−(CH2)q−または−(CH2)p−OC(=O)−(CH2)q−(pおよびqは、それぞれ独立して、0〜3の整数を示す。)であり;
X3が、単結合、−(CH2)r−C(=O)−、−(CH2)r−C(=O)O−または−(CH2)r−OC(=O)−(rは、0〜3の整数を示す。)であり;
R2が、水素原子、置換されていてもよいC1−6アルキル基または3〜8員単環式非芳香族複素環基またはトリ(C1−6アルキル)シリル基であり;
nが、1〜3の整数であり;
mは、1〜3の整数であり;
m’は、mが1の場合、0または1であり、mが2または3の場合、1である
化合物が挙げられる。この態様において、R2が、水素原子または置換されていてもよいC1−6アルキル基であることが一層好ましい。
R1が、それぞれ独立して、直鎖状のC12−28アルキル基であり;
X1が、それぞれ独立して、−O−、−C(=O)O−または−OC(=O)−であり;
環A2および環B1が、それぞれ独立して、ベンゼン環またはシクロヘキサン環であり;
X2が、それぞれ独立して、−(CH2)p−、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)O−(CH2)q−または−(CH2)p−OC(=O)−(CH2)q−(pおよびqは、それぞれ独立して、0〜3の整数を示す。)であり;
X3が、単結合、−(CH2)r−C(=O)−、−(CH2)r−C(=O)O−または−(CH2)r−OC(=O)−(rは、0〜3の整数を示す。)であり;
R2が、水素原子、C1−6アルカノイルアミノ基(例、アセチルアミノ基)で置換されていてもよいC1−6アルキル基または3〜8員単環式非芳香族複素環基(例、モルホリン−4−イル基)またはトリ(C1−6アルキル)シリル基(例、トリイソプロピルシリル基)であり;
nが、1〜3の整数であり;
mは、1〜3の整数であり;
m’は、mが1の場合、0または1であり、mが2または3の場合、1である
化合物が挙げられる。
R1が、それぞれ独立して、直鎖状のC14−26アルキル基であり;
X1が、−O−であり;
環A2および環B1が、それぞれ独立して、ベンゼン環またはシクロヘキサン環であり;
X2が、それぞれ独立して、単結合、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−C(=O)−、−C(=O)O−(CH2)q−または−(CH2)p−OC(=O)−(pおよびqは、それぞれ独立して、0または1の整数を示す。)であり;
X3が、単結合、−C(=O)−、−C(=O)O−または−OC(=O)−であり;
R2が、水素原子、C1−6アルカノイルアミノ基(例、アセチルアミノ基)で置換されていてもよいC1−6アルキル基または3〜8員単環式非芳香族複素環基(例、モルホリン−4−イル基)またはトリ(C1−6アルキル)シリル基(例、トリイソプロピルシリル基)であり;
nが、1〜3の整数であり;
mが、1または3であり;
m’は、mが1の場合、0または1であり、mが3の場合、1である
化合物が挙げられる。
R1が、それぞれ独立して、直鎖状のC14−26アルキル基であり;
X1が、−O−であり;
環A2および環B1が、ベンゼン環であり;
X2が、それぞれ独立して、単結合、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−C(=O)−、−C(=O)O−(CH2)q−または−(CH2)p−OC(=O)−(pおよびqは、それぞれ独立して、0または1の整数を示す。)であり;
X3が、単結合、−C(=O)−、−C(=O)O−または−OC(=O)−であり;
R2が、水素原子またはC1−6アルキル基であり;
nが、1〜3の整数であり;
mが、1または3であり;
m’は、mが1の場合、0または1であり、mが3の場合、1である
化合物が挙げられる。
R1が、それぞれ独立して、直鎖状のC10−30アルキル基であり;
X1が、それぞれ独立して、単結合、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−または−OC(=O)−であり;
環A2および環B1が、それぞれ独立して、ベンゼン環またはシクロヘキサン環であり;
X2が、それぞれ独立して、−(CH2)p−、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)O−(CH2)q−または−(CH2)p−OC(=O)−(CH2)q−(pおよびqは、それぞれ独立して、0〜3の整数を示す。)であり;
X3が、単結合、−(CH2)r−O−、−(CH2)r−C(=O)−、−(CH2)r−C(=O)O−または−(CH2)r−OC(=O)−(rは、0〜3の整数を示す。)であり;
R2が、水素原子、置換されていてもよいC1−6アルキル基、置換されていてもよいC2−6アルケニル基、置換されていてもよいC2−6アルキニル基、置換されていてもよいC6−14アリール基、置換されていてもよい3〜8員単環式非芳香族複素環基またはトリ(C1−6アルキル)シリル基であり;
mが、1〜3の整数であり;
m’は、mが1の場合、0または1であり、mが2または3の場合、1である
化合物が挙げられる。この態様において、R2が、水素原子、置換されていてもよいC1−6アルキル基、置換されていてもよいC2−6アルケニル基、置換されていてもよいC2−6アルキニル基または置換されていてもよいC6−14アリール基であることが一層好ましい。
R1が、それぞれ独立して、直鎖状のC12−28アルキル基であり;
X1が、それぞれ独立して、−O−、−C(=O)O−または−OC(=O)−であり;
環A2および環B1が、それぞれ独立して、ベンゼン環またはシクロヘキサン環であり;
X2が、それぞれ独立して、−(CH2)p−、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)O−(CH2)q−または−(CH2)p−OC(=O)−(CH2)q−(pおよびqは、それぞれ独立して、0〜3の整数を示す。)であり;
X3が、単結合、−(CH2)r−C(=O)−、−(CH2)r−C(=O)O−または−(CH2)r−OC(=O)−(rは、0〜3の整数を示す。)であり;
R2が、水素原子、置換されていてもよいC1−6アルキル基または3〜8員単環式非芳香族複素環基またはトリ(C1−6アルキル)シリル基であり;
mが、1〜3の整数であり;
m’は、mが1の場合、0または1であり、mが2または3の場合、1である
化合物が挙げられる。この態様において、R2が、水素原子または置換されていてもよいC1−6アルキル基であることが一層好ましい。
R1が、それぞれ独立して、直鎖状のC12−28アルキル基であり;
X1が、それぞれ独立して、−O−、−C(=O)O−または−OC(=O)−であり;
環A2および環B1が、それぞれ独立して、ベンゼン環またはシクロヘキサン環であり;
X2が、それぞれ独立して、−(CH2)p−、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)O−(CH2)q−または−(CH2)p−OC(=O)−(CH2)q−(pおよびqは、それぞれ独立して、0〜3の整数を示す。)であり;
X3が、単結合、−(CH2)r−C(=O)−、−(CH2)r−C(=O)O−または−(CH2)r−OC(=O)−(rは、0〜3の整数を示す。)であり;
R2が、水素原子、C1−6アルカノイルアミノ基(例、アセチルアミノ基)で置換されていてもよいC1−6アルキル基または3〜8員単環式非芳香族複素環基(例、モルホリン−4−イル基)またはトリ(C1−6アルキル)シリル基(例、トリイソプロピルシリル基)であり;
mは、1〜3の整数であり;
m’は、mが1の場合、0または1であり、mが2または3の場合、1である
化合物が挙げられる。
R1が、それぞれ独立して、直鎖状のC14−26アルキル基であり;
X1が、−O−であり;
環A2および環B1が、ベンゼン環またはシクロヘキサン環であり;
X2が、それぞれ独立して、単結合、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−C(=O)−、−C(=O)O−(CH2)q−または−(CH2)p−OC(=O)−(pおよびqは、それぞれ独立して、0または1の整数を示す。)であり;
X3が、単結合、−C(=O)−、−C(=O)O−または−OC(=O)−であり;
R2が、水素原子、C1−6アルカノイルアミノ基(例、アセチルアミノ基)で置換されていてもよいC1−6アルキル基または3〜8員単環式非芳香族複素環基(例、モルホリン−4−イル基)またはトリ(C1−6アルキル)シリル基(例、トリイソプロピルシリル基)であり;
mが、1または3であり;
m’は、mが1の場合、0または1であり、mが3の場合、1である
化合物が挙げられる。
R1が、それぞれ独立して、直鎖状のC14−26アルキル基であり;
X1が、−O−であり;
環A2および環B1が、ベンゼン環であり;
X2が、それぞれ独立して、単結合、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−C(=O)−、−C(=O)O−(CH2)q−または−(CH2)p−OC(=O)−(pおよびqは、それぞれ独立して、0または1の整数を示す。)であり;
X3が、単結合、−C(=O)−、−C(=O)O−または−OC(=O)−であり;
R2が、水素原子またはC1−6アルキル基であり;
mが、1または3であり;
m’は、mが1の場合、0または1であり、mが3の場合、1である
化合物が挙げられる。
アルカン化合物が有する直鎖状のC10−40アルキル基は、好ましくは直鎖状のC10−30アルキル基、より好ましくは直鎖状のC12−28アルキル基、さらに好ましくは直鎖状のC14−26アルキル基である。アルカン化合物が有する直鎖状のC10−40アルキル基の数は、好ましくは2〜6、より好ましくは2〜4、さらに好ましくは3または4である。
直鎖状のC10−40アルキル基とC1−10アルカンとを結合する基は、好ましくは−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−および−OC(=O)−からなる群から選択される基であり、より好ましくは−O−である。
例えば、X1が−O−であり、mが1であり、m’が0である化合物(I)は、次式のように、ハロゲン原子(Xa)を有する化合物(IA−1)を用いる、化合物(IA−2)の水酸基のアルキル化によって製造することができる。アルキル化は、有機合成の分野で周知であり、当業者は、その条件を適宜設定して行うことができる。
また、例えば、X2が−CH2−O−であり、m’が1である化合物(I)は、次式のように、ハロゲン原子(Xa)を有する化合物(IA−3)を用いる、化合物(IB)の水酸基のアルキル化によって製造することができる。
その他の本発明の沈殿促進剤も、自体公知の方法(例えば、アルキル化、エステル化、アミド化等)またはこれに準ずる方法に従って原料化合物から製造することができる。また、原料化合物は、市販品を使用してもよく、自体公知の方法またはこれに準ずる方法に従って製造した化合物を使用してもよい。
本発明の沈殿促進剤は、炭素数10以上の脂肪族炭化水素基を1個以上有する有機基(即ち、本発明の擬似固相保護基)で保護された有機化合物を含む溶媒から、該化合物を沈殿させるために用いられる。本発明の擬似固相保護基および擬似固相保護基で保護された有機化合物の具体例としては、ヌクレオシド、ヌクレオチド等については、国際公開第2012/157723号、国際公開第2012/157723号、国際公開第2014/189142号、特開2010−116418号公報等に開示されているもの、アミノ酸、ペプチド等については国際公開第2010/104169号、国際公開第2010/113939号、国際公開第2011/078295号、国際公開第2012/029794号、特開2009−185063号公報、特開2010−275254号公報等に開示されているものを挙げることができる。本発明の擬似固相保護基は、酸性条件下では除去されず、塩基性条件下で除去可能な有機基であることが好ましい。
**は、保護される基との結合位置を示し;
Lは、単結合、または式(a1)若しくは(a1’):
*は、Yとの結合位置を示し;
**は、前記と同義であり;
R8およびR9は、それぞれ独立して、C1−22炭化水素基を示し;
L1は、2価のC1−22炭化水素基を示し;且つ
L2は、単結合を示すか、または**C(=O)N(R2’)−R1’−N(R3)***(式中、**は、L1との結合位置を示し、***は、C=Oとの結合位置を示し、R1’は、C1−22アルキレン基を示し、R2’およびR3は、それぞれ独立して、水素原子もしくはC1−22アルキル基を示すか、またはR2’およびR3が一緒になって、環を形成していてもよい。)で表される基を示す。)で表される基を示し、
Yは、単結合、酸素原子、またはNR(Rは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。)を示し、並びに
Zは、式(a2)、式(a2’)または式(a2”){好ましくは式(a2)または式(a2’)}:
*は、結合位置を示し;
R4は、水素原子であるか、あるいはRbが、下記式(a3)で表される基である場合には、環CのR6と一緒になって単結合または−O−を示して、環Aまたは環Bおよび環Cと共に縮合環(好ましくはフルオレン環またはキサンテン環)を形成していてもよく;
k個のQは、それぞれ独立して、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−または−NHC(=O)−を示し;
k個のR5は、それぞれ独立して、炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基(好ましくは炭素数10以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基)を示し;
kは、1〜4の整数を示し;
環Aおよび環Bは、それぞれ独立して、k個のQR5に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく;
Raは、水素原子、またはハロゲン原子で置換されていてもよいフェニル基(好ましくは、水素原子)を示し;並びに
Rbは、水素原子、または式(a3):
jは、0〜4の整数を示し;
j個のQは、それぞれ独立して、前記と同意義を示し;
j個のR7は、それぞれ独立して、炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基(好ましくは、炭素数10以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基)を示し;
R6は、水素原子を示すか、或いは環Aまたは環BのR4と一緒になって単結合または−O−を示して、環Aまたは環Bおよび環Cと共に縮合環(好ましくはフルオレン環またはキサンテン環)を形成していてもよく;且つ
環Cは、j個のOR7に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。)で表される基を示すか、或いは
RaおよびRbが、一緒になってオキソ基を形成する。]
L1が、2価のC1−22炭化水素基、またはCH2−O−1,4−フェニレン−O−CH2であり;且つ
L2が、単結合であるか、または**C(=O)N(R2’)−R1’−N(R3)***(式中、**は、L1との結合位置を示し、***は、C=Oとの結合位置を示し、R1’は、C1−6アルキレン基を示し、R2’およびR3は、それぞれ独立して水素原子、もしくは置換されていてもよいC1−6アルキル基を示すか、またはR2’およびR3が一緒になって、置換されていてもよいC1−6アルキレン結合を形成していてもよい。)で表される基である、
基である。
L1が、2価のC1−22炭化水素基であり;且つ
L2が単結合である
基である。
L1が、エチレン基であり;且つ
L2が、**C(=O)N(R2’)−R1’−N(R3)***(式中、**は、L1との結合位置を示し、***は、C=Oとの結合位置を示し、R1’は、C1−22アルキレン基を示し、R2’およびR3は、それぞれ独立して、水素原子もしくはC1−22アルキル基を示すか、またはR2’およびR3が一緒になって、環を形成していてもよい。)で表される基を示す。)で表される基である
基である。
L1が、エチレン基であり;且つ
L2が、**C(=O)N(R2’)−R1’−N(R3)***(式中、**は、L1との結合位置を示し、***は、C=Oとの結合位置を示し、N(R2’)−R1’−N(R3)部分が、ピペラジンジイル基(例、1,4−ピペラジンジイル基)を形成する。)で表される基である
基である。
L1が、エチレン基であり;且つ
L2が、**C(=O)N(R2’)−R1’−N(R3)***(式中、**は、L1との結合位置を示し、***は、C=Oとの結合位置を示し、R1’は、ペンチレン基、またはヘキシレン基を示し、R2’およびR3は、それぞれ独立して、水素原子またはメチル基を示す。)で表される基である
基である。
式(a1’)中のL1は、好ましくは2価のC6−10芳香族炭化水素基であり、より好ましくはフェニレン基である。
式(a1’)中のL2は、好ましくは単結合である。
式(a1’)中のL1およびL2の好ましい組合せとしては、L1が2価のC6−10芳香族炭化水素基であり、L2が単結合である、組合せである。式(a1’)中のL1およびL2のより好ましい組合せとしては、L1がフェニレン基であり、L2が単結合である、組合せである。
式(a1’)中のR8およびR9は、それぞれ独立して、好ましくはC1−22アルキル基であり、より好ましくはC1−10アルキル基である。
R8およびR9が、それぞれ独立して、C1−22アルキル基であり;
L1が、2価のC6−10芳香族炭化水素基であり;且つ
L2が、単結合である
基である。
R8およびR9が、それぞれ独立して、C1−10アルキル基であり;
L1が、フェニレン基であり;且つ
L2が、単結合である
基である。
RaおよびRbが、共に水素原子であり;
R4が、水素原子であり;
kが、1〜3の整数である;
k個のQが、−O−であり;且つ
k個のR5が、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基である、
基である。
Zがこの態様である場合、Lが、スクシニル基であるか、または式(a1’)で表される基(式(a1’)中、R8およびR9が、それぞれ独立して、C1−10アルキル基であり、L1が、2価のフェニレン基であり、L2が、単結合である。)であり、且つYが酸素原子であるか、或いはL−Yが、単結合であることが一層好ましく、Lが、スクシニル基であるか、または式(a1’)で表される基(式(a1’)中、R8およびR9が、それぞれ独立して、C1−10アルキル基であり、L1が、2価のフェニレン基であり、L2が、単結合である。)であり、且つYが酸素原子であることがさらに一層好ましい。
RaおよびRbが、共に水素原子であり;
R4が、水素原子であり;
kが、1〜3の整数であり;
k個のQが、−O−であり;
k個のR5が、それぞれ独立して、1〜3個の直鎖状のC10−40アルキル基が−O−を介して結合したベンジル基、または1〜3個の直鎖状のC10−40アルキル基が−O−を介して結合したシクロヘキシルメチル基であり;且つ
環Aが、k個のQR5に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい、
基である。
Zがこの態様である場合、Lが、スクシニル基であるか、または式(a1’)で表される基(式(a1’)中、R8およびR9が、それぞれ独立して、C1−10アルキル基であり、L1が、2価のフェニレン基であり、L2が、単結合である。)であり、且つYが酸素原子であるか、或いはL−Yが、単結合であることが一層好ましく、Lが、スクシニル基であるか、または式(a1’)で表される基(式(a1’)中、R8およびR9が、それぞれ独立して、C1−10アルキル基であり、L1が、2価のフェニレン基であり、L2が、単結合である。)であり、且つYが酸素原子であることがさらに一層好ましい。
RaおよびR4が、水素原子であり;
Rbが、式(a3)(式中、*は結合位置であり、jが、0〜3の整数であり、j個のQが、−O−であり、j個のR7が、それぞれ独立して、C10−40アルキル基であり、R6が、水素原子である。)で表される基である、
基である。
Zがこの態様である場合、Lが、スクシニル基であるか、または式(a1’)で表される基(式(a1’)中、R8およびR9が、それぞれ独立して、C1−10アルキル基であり、L1が、2価のフェニレン基であり、L2が、単結合である。)であり、且つYが酸素原子であるか、或いはL−Yが、単結合であることが一層好ましく、Lが、スクシニル基であるか、または式(a1’)で表される基(式(a1’)中、R8およびR9が、それぞれ独立して、C1−10アルキル基であり、L1が、2価のフェニレン基であり、L2が、単結合である。)であり、且つYが酸素原子であることがさらに一層好ましい。
Raが、水素原子であり;
Rbが、式(a3)(式中、*は結合位置であり、jが、0〜3の整数であり、j個のQが、−O−であり、j個のR7が、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基であり、R6は、環AのR4と一緒になって単結合または−O−を形成し、それにより環Aと環Cは一緒になってフルオレン環またはキサンテン環を形成する。)で表される基である、
基である。
Zがこの態様である場合、Lが、スクシニル基であるか、または式(a1’)で表される基(式(a1’)中、R8およびR9が、それぞれ独立して、C1−10アルキル基であり、L1が、2価のフェニレン基であり、L2が、単結合である。)であり、且つYが酸素原子であるか、或いはL−Yが、単結合であることが一層好ましく、Lが、スクシニル基であるか、または式(a1’)で表される基(式(a1’)中、R8およびR9が、それぞれ独立して、C1−10アルキル基であり、L1が、2価のフェニレン基であり、L2が、単結合である。)であり、且つYが酸素原子であることがさらに一層好ましい。
RaおよびRbが、一緒になってオキソ基を形成し;
R4が、水素原子であり;
kが、1〜3の整数であり;
k個のQが、−O−であり;且つ
k個のR5が、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基である、
基である。
Zがこの態様である場合、L−Yが、単結合またはスクシニル−1,4−ピペラジンジイル基であることが一層好ましく、L−Yが、単結合であることがさらに一層好ましい。
RaおよびRbが、一緒になってオキソ基を形成し;
R4が、水素原子であり;
kが、1〜3の整数であり;
k個のQが、−O−であり;
k個のR5が、それぞれ独立して、1〜3個の直鎖状のC10−40アルキル基が−O−を介して結合したベンジル基、または1〜3個の直鎖状のC10−40アルキル基が−O−を介して結合したシクロヘキシルメチル基であり;且つ
環Aが、k個のQR5に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい、
基である。
Zがこの態様である場合、L−Yが、単結合またはスクシニル−1,4−ピペラジンジイル基であることが一層好ましく、L−Yが、単結合であることがさらに一層好ましい。
Lが、スクシニル基であるか、または式(a1’)で表される基(式(a1’)中、R8およびR9が、それぞれ独立して、C1−10アルキル基であり、L1が、2価のフェニレン基であり、L2が、単結合である。)であり、且つY−Zが、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ基、2,4−ジ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ基、2,4−ジ(ドコシルオキシ)ベンジルオキシ基、3,5−ジ(ドコシルオキシ)ベンジルオキシ基、3,5−ビス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルオキシ基、3,4,5−トリス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルオキシ基、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルアミノ基、2,4−ジ(ドコシルオキシ)ベンジルアミノ基、3,5−ジ(ドコシルオキシ)ベンジルアミノ基、ビス(4−ドコシルオキシフェニル)メチルアミノ基、4−メトキシ−2−[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルアミノ基、4−メトキシ−2−[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)シクロヘキシルメチルオキシ]ベンジルアミノ基、2,4−ビス(ドデシルオキシ)ベンジルアミノ基、フェニル(2,3,4−トリ(オクタデシルオキシ)フェニル)メチルアミノ基、ビス[4−(12−ドコシルオキシドデシルオキシ)フェニル]メチルアミノ基、3,5−ビス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルアミノ基、3,4,5−トリス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルアミノ基、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)シクロヘキシルメチルオキシ基、3,5−ジ(ドコシルオキシ)シクロヘキシルメチルオキシ基、3,5−ビス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)シクロヘキシルメチルオキシ]シクロヘキシルメチルオキシ基、3,4,5−トリス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)シクロヘキシルメチルオキシ]シクロヘキシルメチルオキシ基、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)シクロヘキシルメチルアミノ基、2,4−ジ(ドコシルオキシ)シクロヘキシルメチルアミノ基、3,5−ジ(ドコシルオキシ)シクロヘキシルメチルアミノ基、ビス(4−ドコシルオキシフェニル)メチルアミノ基、4−メトキシ−2−[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)シクロヘキシルメチルオキシ]シクロヘキシルメチルアミノ基、4−メトキシ−2−[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)シクロヘキシルメチルオキシ]シクロヘキシルメチルアミノ基、2,4−ビス(ドデシルオキシ)シクロヘキシルメチルアミノ基、フェニル(2,3,4−トリ(オクタデシルオキシ)フェニル)メチルアミノ基、ビス[4−(12−ドコシルオキシドデシルオキシ)フェニル]メチルアミノ基、3,5−ビス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)シクロヘキシルメチルオキシ]シクロヘキシルメチルアミノ基、または3,4,5−トリス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)シクロヘキシルメチルオキシ]シクロヘキシルメチルアミノ基である基、
L−Yが、スクシニル−1,4−ピペラジンジイル基であり、且つZが、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンゾイル基、2,4−ジ(オクタデシルオキシ)ベンゾイル基、2,4−ジ(ドコシルオキシ)ベンゾイル基、3,5−ジ(ドコシルオキシ)ベンゾイル基、3,5−ビス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンゾイル基、または3,4,5−トリス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンゾイル基である基、および
L−Yが、単結合であり、且つZが、(3,5−ジドコシルオキシフェニル)ジフェニルメチル基またはビス(4−クロロフェニル)(3,5−ジドコシルオキシフェニル)メチル基である基
が挙げられる。
ここで、2,3−ジヒドロフィチルとは、3,7,11,15−テトラメチルヘキサデシルを意味する。2’,3’−ジヒドロフィチルおよび2”,3”−ジヒドロフィチルも同様である。
Lが、スクシニル基であるか、または式(a1’)で表される基(式(a1’)中、R8およびR9が、それぞれ独立して、C1−10アルキル基であり、L1が、2価のフェニレン基であり、L2が、単結合である。)であり、且つY−Zが、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ基、2,4−ジ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ基、2,4−ジ(ドコシルオキシ)ベンジルオキシ基、3,5−ジ(ドコシルオキシ)ベンジルオキシ基、3,5−ビス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルオキシ基、3,4,5−トリス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルオキシ基、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルアミノ基、2,4−ジ(ドコシルオキシ)ベンジルアミノ基、3,5−ジ(ドコシルオキシ)ベンジルアミノ基、ジ(4−ドコシルオキシフェニル)メチルアミノ基、4−メトキシ−2−[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルアミノ基、4−メトキシ−2−[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)シクロヘキシルメチルオキシ]ベンジルアミノ基、2,4−ジ(ドデシルオキシ)ベンジルアミノ基、フェニル(2,3,4−トリ(オクタデシルオキシ)フェニル)メチルアミノ基、ビス[4−(12−ドコシルオキシドデシルオキシ)フェニル]メチルアミノ基、3,5−ビス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルアミノ基、または3,4,5−トリス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルアミノ基である基、
L−Yが、スクシニル−1,4−ピペラジンジイル基であり、且つZが、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンゾイル基、2,4−ジ(オクタデシルオキシ)ベンゾイル基、2,4−ジ(ドコシルオキシ)ベンゾイル基、3,5−ジ(ドコシルオキシ)ベンゾイル基、3,5−ビス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンゾイル基、または3,4,5−トリス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンゾイル基である基、或いは
L−Yが、単結合であり、且つZが、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンゾイル基、2,4−ジ(オクタデシルオキシ)ベンゾイル基、2,4−ジ(ドコシルオキシ)ベンゾイル基、3,5−ジ(ドコシルオキシ)ベンゾイル基、3,5−ビス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンゾイル基、または3,4,5−トリス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンゾイル基である基、
である。
Lが、スクシニル基であるか、または式(a1’)で表される基(式(a1’)中、R8およびR9が、それぞれ独立して、C1−10アルキル基であり、L1が、2価のフェニレン基であり、L2が、単結合である。)であり、且つY−Zが、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ基、3,5−ジ(ドコシルオキシ)ベンジルオキシ基、3,5−ビス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルオキシ基、3,4,5−トリス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルオキシ基、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルアミノ基、2,4−ジ(ドコシルオキシ)ベンジルアミノ基、3,5−ジ(ドコシルオキシ)ベンジルアミノ基、ジ(4−ドコシルオキシフェニル)メチルアミノ基、4−メトキシ−2−[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルアミノ基、4−メトキシ−2−[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)シクロヘキシルメチルオキシ]ベンジルアミノ基、2,4−ジ(ドデシルオキシ)ベンジルアミノ基、フェニル(2,3,4−トリ(オクタデシルオキシ)フェニル)メチルアミノ基、ビス[4−(12−ドコシルオキシドデシルオキシ)フェニル]メチルアミノ基、3,5−ビス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルアミノ基、または3,4,5−トリス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルアミノ基である基、或いは
L−Yが、単結合であり、且つZが、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンゾイル基である基
である。
Lが、スクシニル基であり、且つY−Zが、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ基、3,5−ジ(ドコシルオキシ)ベンジルオキシ基、3,5−ビス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルオキシ基、3,4,5−トリス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルオキシ基、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルアミノ基、2,4−ジ(ドコシルオキシ)ベンジルアミノ基、3,5−ジ(ドコシルオキシ)ベンジルアミノ基、ジ(4−ドコシルオキシフェニル)メチルアミノ基、4−メトキシ−2−[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルアミノ基、4−メトキシ−2−[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)シクロヘキシルメチルオキシ]ベンジルアミノ基、2,4−ジ(ドデシルオキシ)ベンジルアミノ基、フェニル(2,3,4−トリ(オクタデシルオキシ)フェニル)メチルアミノ基、ビス[4−(12−ドコシルオキシドデシルオキシ)フェニル]メチルアミノ基、3,5−ビス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルアミノ基、または3,4,5−トリス[3’,4’,5’−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルオキシ]ベンジルアミノ基である基、或いは
L−Yが、単結合であり、且つZが、3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンゾイル基である基、
である。
で表される基を示し、Y1はハロゲン原子等の脱離基を示し、他の記号は、前記と同義である。]
本工程は、式(X)で表される化合物のQ’H(ここで、Q’は、−O−、−S−、−C(=O)O−または−NH−を示す。)にR5を導入することにより、式(X−a)で表される化合物を製造する工程である。この反応は、Q’が、−O−、−S−または−NH−の場合、反応に影響を及ぼさない溶媒中、塩基の存在下または非存在下で、R5に対応するハロゲン化物(塩化物、臭化物またはヨウ化物)、R5に対応するカルボン酸若しくは酸ハロゲン化物またはR5に対応するアルキルスルホニルオキシ化物(例えば、メタンスルホニルオキシ化物等)若しくはアリールスルホニルオキシ化物(例えば、p−トルエンスルホニルオキシ化物等)を用いて行われる。また、Q’が−O−の場合、化合物(X)とR5に対応する水酸化物をトリフェニルホスフィンおよびアゾジカルボン酸ジイソプロピル存在下で反応させる光延反応条件下で、この反応を行うこともできる。さらにQ’が−C(=O)O−の場合、例えば、化合物(X)とR5に対応するアミン若しくは水酸化物を縮合剤の存在下で反応させることにより化合物(X−a)を合成することができる。
本工程は、化合物(X−a)を還元することにより、式(XI−a)で表される化合物を製造する工程である。この還元反応は、還元剤を用いる方法により行うことができる。
本工程は、Rgが水素原子またはORh基ではない化合物(X−a)を、上記工程(b)と同様の方法により還元する工程である。
本工程は、Rgが水素原子である化合物(X−a)を、オキシム化することにより、式(XI’−a)で表される化合物を製造する工程である。
本工程は、化合物(XI’−a)を、パラジウム−炭素、ラネーニッケル等の金属触媒存在下の接触水素添加反応、または前記工程(b)と同様の金属水素化物等の還元剤により還元することにより、式(XI−b)で表される化合物を製造する工程である。
本工程は、化合物(XI−a)を、例えば塩化アセチル、塩化チオニル等のクロル化剤、または、例えば臭化アセチル、三臭化リン、ジフェニルホスフィン/臭素等のブロム化剤を用いてハロゲン化することにより、式(XI’−b)で表される化合物を製造する工程である。
本工程は、化合物(XI’−b)をアジ化ナトリウム等のアジド化剤を用いてアジド化することにより、式(XI’−c)で表される化合物を製造する工程である。この反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中、化合物(XI’−b)をアジド化剤と反応させることにより行われる。
本工程は、化合物(XI’−c)をアミノ化することにより、化合物(XI−b)を製造する工程である。この反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中、水存在下、化合物(XI’−c)をトリフェニルホスフィンと反応させるか、接触水素化還元により行われる。
本工程は、化合物(XI’−b)をRNH2(Rは前記と同義である)と反応させることにより、Yが−NHR基である式(XI−c)で表される化合物を製造する工程である。本工程は、反応に影響を及ぼさない溶媒中、必要により、例えば、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン等の第3級アミン等の塩基の存在下、化合物(XI’−b)をR−NH2で表されるアミンと反応させることにより行われる。
本工程は、化合物(XI−d)を−CONH2基または−OCONH2基を有する化合物と反応させた後、塩基で処理することにより、化合物(XI−e)を製造する工程である。化合物(XI−d)と−CONH2基または−OCONH2基を有する化合物との反応は、反応に影響を及ぼさない溶媒中、酸触媒下で行われる。
(1)R5に対応する水酸化物のハロゲン化、アルキルスルホニルオキシ化またはアリールスルホニルオキシ化により、或いは
(2)R5に対応する不飽和水酸化物の還元反応(例えば、白金−炭素(Pt/C)、パラジウム−炭素(Pd/C)、ロジウム−炭素(Rh/C)、ラネーニッケル等の金属触媒の存在下での接触水素添加反応等)、およびそれに続くハロゲン化、アルキルスルホニルオキシ化またはアリールスルホニルオキシ化により、
製造することができる。
(1)R5に対応するハロゲン化物(塩化物、臭化物、またはヨウ化物)、R5に対応するカルボン酸若しくは酸ハロゲン化物を用いるフリーデルクラフツ反応、
(2)上記化合物(X)に対応する化合物(但し、Q’Hが−CHO基に置き換わった化合物)をWittig反応により増炭させた後に、接触水素添加等する方法、または
(3)金属触媒を使用したクロスカップリング等の慣用の有機合成反応
によって行うことができる。
炭素数10以上の脂肪族炭化水素基を1個以上有する有機基(本発明の擬似固相保護基)で保護された有機化合物は、溶媒から沈殿させることができれば特に限定はなく、水酸基(−OH)、スルファニル基(−SH)、カルボキシ基(−COOH)、アミノ基(−NHR)、イミノ基(−NH−)、カルボキサミド基(−CONHR”)(前記式中、R”は、水素原子または炭化水素基を示す。)等の官能基を有し、該官能基が本発明の擬似固相保護基で保護された有機化合物(以下「保護された有機化合物」と称することがある。)を使用することができる。保護された有機化合物は、さらに、擬似固相保護基とは異なる保護基(例えば、核酸合成に用いられる保護基)で保護されていてもよい。保護された有機化合物としては、例えば、国際公開第2012/157723号、国際公開第2012/157723号、国際公開第2014/189142号、特開2010−116418号公報、国際公開第2010/104169号、国際公開第2010/113939号、国際公開第2011/078295号、国際公開第2012/029794号、特開2009−185063号公報、特開2010−275254号公報等に開示されているヌクレオシド、ヌクレオチド、アミノ酸、ペプチド等を挙げることができる。
本発明は、本発明の沈殿促進剤を用いて、溶媒から保護された有機化合物を沈殿させる方法(以下「本発明の沈殿化方法」と称することがある。)、そのような方法によって得られる沈殿促進剤および保護される有機化合物を含む沈殿混合物も提供する。前記溶媒は、好ましくは極性溶媒を含む溶媒であり、より好ましくは極性溶媒と非極性溶媒との混合溶媒である。
本発明の沈殿化方法は、特にオリゴヌクレオチドの製造方法に有用である。そのため、本発明は、本発明の沈殿化方法を含むオリゴヌクレオチドの製造方法も提供する。そのような製造方法としては、例えば、少なくとも1個の基が本発明の擬似固相保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいオリゴヌクレオチド、および本発明の沈殿促進剤を含む反応液に、極性溶媒(好ましくはアセトニトリル)を添加し、反応液からオリゴヌクレオチドと沈殿促進剤を含む沈殿混合物を分離する工程を含む方法が挙げられる。本発明のオリゴヌクレオチドの製造方法は、ホスホロアミダイト法により行われることが好ましい。
(1)非極性溶媒中、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の2’位および3’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の3’位水酸基から選ばれる少なくとも1個の基が本発明の擬似固相保護基で保護され、5’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド(以下「一時保護基含有ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド」と称することがある。)を含む反応液に、酸を加えて5’位水酸基の一時保護基を脱保護し、塩基により中和し、5’位水酸基遊離体を含む反応液を得る工程(脱保護工程);
(2)非極性溶媒中、5’位水酸基遊離体を含む反応液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化され、且つ5’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド(以下「ホスホロアミダイト化されたヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチド」と称することがある。)を添加して、ホスファイトトリエステル体を含む反応液を得る工程(縮合工程);
(3)非極性溶媒中、ホスファイトトリエステル体を含む反応液に、酸化剤または硫化剤を添加して、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の2’位および3’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の3’位水酸基から選ばれる少なくとも1個の基が本発明の擬似固相保護基で保護され、且つ5’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいオリゴヌクレオチド(以下「生成オリゴヌクレオチド」と称することがある。)を含む反応液を得る工程(酸化または硫化工程);
(4)工程(1)の前、工程(1)と(2)の間、工程(2)と(3)の間および工程(3)の後のいずれかにおいて、反応液に本発明の沈殿促進剤を加える工程(沈殿促進剤の添加工程);
(5)工程(4)の後であって、工程(1)と(2)の間、工程(2)と(3)の間および工程(3)の後のいずれかにおいて、沈殿促進剤を含む反応液に極性溶媒(好ましくはアセトニトリル)を添加し、反応液から、5’位水酸基遊離体、ホスファイトトリエステル体またはオリゴヌクレオチドと、沈殿促進剤とを含む沈殿混合物を分離する工程(沈殿化および固液分離工程);
(6)工程(5)で得られた沈殿混合物に非極性溶媒を加えて反応液とする工程(溶解工程)。
以下、各工程について順に説明する。
本工程は、一時保護基含有ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドから、酸の添加により一時保護基を脱保護し、5’位水酸基遊離体を得る工程である。ここで一時保護基とは、本発明の擬似固相保護基が除去されない酸性条件下で、除去される保護基を意味する。
m”は、0以上の整数を示し、
m”+1個のBaseは、それぞれ独立して、保護されていてもよい核酸塩基を示し、
Q’は、酸性条件下で除去可能な一時保護基を示し、
m”+1個のXは、それぞれ独立して、水素原子、ハロゲン原子、保護されていてもよい水酸基、或いはリボース環またはデオキシリボース環の2位炭素原子および4位炭素原子と結合する2価の有機基(好ましくは水素原子、ハロゲン原子または保護されていてもよい水酸基)を示し、
m”個のR10は、それぞれ独立して、酸素原子または硫黄原子を示し、
m”個のWGは、それぞれ独立して、電子吸引性基を示し、
L−Y−Zは、前記と同義である。]
WGの電子吸引性基としては、例えば、シアノ基、ニトロ基等が挙げられ、好ましくはシアノ基である。
本工程は、工程(1)で得られた5’位水酸基遊離体と、ホスホロアミダイト化されたヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドとを縮合させて、ホスファイトトリエステル体を得る工程である。
q’は、0以上の整数を示し、
R11およびR12は、それぞれ独立して、アルキル基を示すか、または隣接する窒素原子と一緒になって形成する5または6員の飽和環状アミノ基を示し、かかる飽和環状アミノ基は、窒素原子の他に環構成原子として酸素原子または硫黄原子を1個有していてもよく、
他の記号は前記と同義である。]
本工程は、工程(2)で得られたホスファイトトリエステル体に酸化剤または硫化剤を反応させることにより、そのホスファイトトリエステル結合をホスフェートトリエステル結合またはチオホスフェートトリエステル結合へと変換させて、生成オリゴヌクレオチドを得る工程である。
本工程は、工程(1)(脱保護工程)と工程(2)(縮合工程)の間、工程(2)と工程(3)(酸化または硫化工程)の間、工程(3)の後のいずれかにおいて、反応液に極性溶媒(好ましくはアセトニトリル)を添加して反応液から、沈殿したオリゴヌクレオチドを分離する工程(5)(沈殿化および固液分離工程)での沈殿を促進するために、工程(5)の前であって、工程(1)の前、工程(1)と工程(2)の間、工程(2)と工程(3)の間および工程(3)の後のいずれかにおいて、反応液に本発明の沈殿促進剤を加える工程である。
本工程は、工程(4)(沈殿促進剤の添加工程)の後であって、工程(1)(脱保護工程)と工程(2)(縮合工程)の間、工程(2)と工程(3)(酸化または硫化工程)の間、工程(3)の後のいずれかにおいて、沈殿促進剤を含む反応液に極性溶媒(好ましくはアセトニトリル)を添加し、反応液から、工程(1)で得られた5’位水酸基遊離体、工程(2)で得られたホスファイトトリエステル体、または工程(3)で得られた生成オリゴヌクレオチド(以下、5’位水酸基遊離体、ホスファイトトリエステル体および生成オリゴヌクレオチドをまとめて「目的物」と称することがある。)と、沈殿促進剤とを含む沈殿混合物を分離する工程である。
本工程は、工程(5)(沈殿化および固液分離工程)で得られた沈殿混合物に非極性溶媒を加えて反応液とする工程であり、本工程によって、上記工程(1)〜(3)からなる製造サイクルを繰り返すことができる。
(7)オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去し、オリゴヌクレオチド(以下「非保護オリゴヌクレオチド」と称することがある。)を単離する工程(脱保護および単離工程)。
本発明のオリゴヌクレオチドの製造方法においては、好ましくは工程(5)の後に、保護基の種類・性質に応じて、脱保護を行い、オリゴヌクレオチドを単離することができる。脱保護の方法としては、例えば、プロテクティブ・グループス・イン・オーガニック・シンセシス(PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS)、第3版、ジョン・ウィリー・アンド・サンズ(JOHN WILLY&SONS)出版(1999年)等に記載されている脱保護方法に従い、オリゴヌクレオチドの全ての保護基を除去する工程を行うことができる。具体的には、本発明の擬似固相保護基、および核酸塩基の保護基であるフェノキシアセチル基、アセチル基等、リン酸骨格を保護しているシアノエチル基等は、アンモニア水、アンモニア水/エタノール溶液、またはアンモニア水とメチルアミン水溶液の混合液で処理することにより、全て除去することができる。また、5’水酸基の保護基は、工程(1)で使用される酸またはそれらを適宜希釈した溶液で処理することにより除去することができる。保護基を有しない、オリゴヌクレオチドは酵素により容易に分解されやすいため、空気清浄度管理下でオリゴヌクレオチドを単離することが好ましい。
Me:メチル基
DMTr:4,4’−ジメトキシトリチル基
TBDMS:t−ブチルジメチルシリル基
Boc:t−ブトキシカルボニル基
Pbf:2,2,4,6,7−ペンタメチルジヒドロベンゾフラン−5−スルホニル
Trt:トリチル基
TOB:3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジル基
DMF:N,N−ジメチルホルムアミド
HBTU:O−(ベンゾトリアゾール−1−イル)−N,N,N’,N’-テトラメチルウロニウム ヘキサフルオロホスフェート
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,9H,J=6.8Hz,Ar−CH 3 ),1.28(br,s,90H,(CH 2 )15),1.30(s,3H,N1 5−CH 3 ),1.46(s,3H,N2 5−CH 3 ),1.73(m,6H,Ar−OCH2CH 2 ),2.28(m,2H,2’1−H),2.41(m,2H,2’2−H),2.68(m,2H,5’1−H and m,4H,succinyl−CH 2 CH 2 ),3.44(m,2H,5’2−H),3.79(s,6H,DMTr−OCH 3 ),3.95(m,6H,Ar−OCH 2 ),4.10(m,1H,4’1−H),4.31(m,4H,cyanoethyl−CH 2 CH 2 and m,1H,4’2−H),5.01(s,2H,Ar−CH 2 −succinyl),5.26(m,1H,3’1−H),5.32(m,1H,3’2−H),6.27(m,1H、1’1−H),6.38(m,1H、1’2−H),6.53(s,2H,Ar−H),6.84−7.29(m,13H,DMTr−Ar−H),7.29(m,1H,N1 6−H),7.56(m,1H,N2 6−H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,9H,Ar−CH 3 ),1.28(br,s,90H,(CH 2 )15),1.30(s,3H,N1 5−CH 3 ),1.46(s,3H,N2 5−CH 3 ),1.73(m,6H,Ar−OCH2CH 2 ),2.41(m,2H,2’2−H),2.68(m,2H,2’1−H and m,4H,succinyl−CH 2 CH 2 ),2.77(m,2H,5’1−H),3.44(m,2H,5’2−H),3.79(s,6H,DMTr−OCH 3 ),3.95(m,6H,Ar−OCH 2 ),4.17(m,1H,4’1−H),4.31(m,4H,cyanoethyl−CH 2 CH 2 and m,1H,4’2−H),5.01(s,2H,Ar−CH 2 −succinyl),5.33(m,1H,3’1−H and m,1H,3’2−H),6.27(m,1H、1’1−H),6.38(m,1H、1’2−H),6.53(s,2H,Ar−H),6.84−7.29(m,13H,DMTr−Ar−H),7.29(m,1H,N1 6−H),7.56(m,1H,N2 6−H)
参考例1同様の操作を4回繰り返して、5’−O−(4,4−ジメトキシトリチル)−N2−イソブチリル−デオキシグアノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N6−ベンゾイル−デオキシアデノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン−3’−イル [3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジル] スクシネート(1.94g)を得た。
参考例1と同様の操作を9回繰り返して、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−N2−イソブチリル−デオキシグアノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N6−ベンゾイル−デオキシアデノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N6−ベンゾイル−デオキシアデノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N2−イソブチリル−デオキシグアノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N6−ベンゾイル−デオキシアデノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン 3’−イル 3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジル スクシネート(1.41g)を得た。
参考例1と同様の操作を19回繰り返して、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−デオキシチミジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N2−イソブチリル−デオキシグアノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N2−イソブチリル−デオキシグアノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N2−イソブチリル−デオキシグアノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N6−ベンゾイル−デオキシアデノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N6−ベンゾイル−デオキシアデノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N2−イソブチリル−デオキシグアノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N6−ベンゾイル−デオキシアデノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン 3’−イル 3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジル スクシネート(1.61g)を得た。
(1)16−メチルヘプタデカン−1−イルブロミドの合成
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.83−0.90(m,18H,−CH 3 ),1.05−1.51(m,81H,−O−CH2−CH2−(CH 2 )13−CH(CH3)2),1.70−1.84(m,6H,−O−CH2−CH 2−(CH2)13−CH(CH3)2),3.88(s,3H,C(O)OCH 3 ),3.99−4.02(m,6H,Ar−OCH 2 ),7.25(s,2H,Ar−H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,3H,J=6.8Hz,−CH2CH2(CH2)15CH 3 ),1.26−1.49(m,30H,−CH2CH2(CH 2 ) 15 CH3),1.76−1.83(m,2H,−CH2CH 2 (CH2)15CH3),3.88(s,3H,−C(O)OCH 3 ),4.00(t,2H,J=6.4Hz,−CH 2 CH2(CH2)15CH3),6.90(d,2H,J=9.2Hz,Ar−H),7.98(d,2H,J=9.2Hz,Ar−H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,6H,J=6.6Hz,−OCH2CH2(CH2)15CH 3 ),1.25−1.55(m,76H,−OCH2CH2(CH 2 )15CH3),1.77(m,4H,−OCH2CH 2 (CH2)15CH3),3.89(s,3H,C(O)O−CH 3 ),3.96(t,4H,J=6.6Hz,−OCH 2 CH2(CH2)15CH3),6.63(s,1H,Ar−H),7.15(s,2H,Ar−H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,6H,J=6.6Hz,−CH 3 ),1.25−1.55(m,76H,−OCH2CH2(CH 2 )19CH3),1.77(m,4H,−OCH2CH 2 (CH2)19CH3),3.89(s,3H,C(O)O−CH 3 ),3.96(t,4H,J=6.6Hz,−OCH 2 CH2(CH2)19CH3),6.63(s,1H,Ar−H),7.15(s,2H,Ar−H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,9H,J=6.7Hz,−CH 3 ),1.11−1.55(m,90H,−O−CH2CH2(CH 2 )15CH3),1.74−1.87(m,4H,−O−CH2CH 2 (CH2)15CH3),3.88(t,2H,J=6.6Hz,−O−CH 2 CH2(CH2)15CH3),3.99(t,2H,J=6.6Hz,−O−CH 2 CH2(CH2)15CH3),4.02(t,2H,J=6.6Hz,−O−CH 2 CH2(CH2)15CH3),6.69(d,1H,J=8.6Hz,Ar−H),7.12(d,1H,J=8.6Hz,Ar−H),7.41(m,2H,Ar−H),7.53(m,1H,Ar−H),7.77(m,2H,Ar−H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,9H,J=6.6Hz,−OCH2CH2(CH2)19CH 3 ),1.26−1.80(m,96H,−OCH2CH 2 (CH 2 )19CH3),2.27(s,3H,Ar−Me),3.89−3.96(m,6H,−OCH 2 CH2(CH2)19CH3),6.35(s,2H,Ar−H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,9H,J=7.0Hz,−O(CH2)17CH 3 ),1.25−1.74(m,291H,−OCH2(CH 2 +N5−CH 3 )16CH3),3.75(m,6H,−OCH 2 (CH2)16CH3),3.90(s,3H,−C(O)OCH 3 ),3.86−3.94(2m,12H,−OCH 2 (CH2)16CH3),5.02(s,6H,3×−H 2 C−Ar),6.59(s,2H,Ar−H),6.62(s,4H,Ar−H),7.38(s,2H,Ar−H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,9H,J=6.8Hz,−OCH2(CH2)16CH 3 ),1.21−1.51(m,90H,−O−CH2CH2(CH 2 ) 15 CH3),1.70−,6H,−O−CH2−CH 2−(CH2 ) 15 −CH3),3.89(s,3H,C(O)OCH 3 ),3.99−4.03(m,6H,Ar−OCH 2 ),4.99(s,2H,Ar−H),7.25(s,2H,Ar−H)
(1)3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジルアルコールの合成
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,9H,J=6.8Hz,−CH 3 ),1.26−1.50(m,90H,−O−CH2−CH2−(CH 2 ) 15 CH3),1.70−1.83(m,6H,−O−CH2−CH 2−(CH2)15−CH3),2.10(s,3H,C(O)CH 3 ),3.92−3.98(m,6H,Ar−OCH 2 ),4.99(s,2H,Ar−CH 2 ),6.54(s,2H,Ar−H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,9H,J=6.8Hz,−CH2(CH2)16CH 3 ),1.18−1.36(m,95H,−CH2CH2(CH 2 ) 15 CH3,HC(CH 2 )2),1.53−1.62(m,6H,−CH2CH 2 (CH2)15CH3),3.62−3.66(m,6H,−CH 2 (CH2)16CH3)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,J=6.8Hz,12H,−CH2(CH2)16CH 3 ),1.17−1.36(m,128H,−CH2CH2(CH 2 ) 16 CH3),1.53−1.60(m,8H,−C(CH 2 ) 4 ),3.62−3.66(m,8H,−CH 2 (CH2)16CH3)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,3H,J=6.8Hz,−CH2CH2(CH2)15CH 3 ),1.26−1.58(m,38H,−CH2CH2(CH 2 ) 19 CH3),1.76−1.83(m,2H,−CH2CH 2 (CH2)19CH3),3.88(s,3H,−C(O)OCH 3 ),4.00(t,2H,J=6.4Hz,−CH 2 CH2(CH2)15CH3),6.90(d,2H,J=9.5Hz,Ar−H),7.98(d,2H,J=9.5Hz,Ar−H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.89(9H,t,J=6.9Hz,C17H34−Me),1.25−1.44(90H,m),1.52−1.60(6H,m),1.86−1.94(4H,m),2.23(1H,m),3.09−3.14(2H,m),3,41−3.47(4H,m),3.64−3.68(5H,m),3.86(1H,s)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,6H,J=6.6Hz,−CH 3 ),1.13−1.56(m,76H,−OCH2CH2(CH 2 )19CH3),1.81(m,4H,−OCH2CH 2 (CH2)19CH3),3.89(s,3H,C(O)O−CH 3 ),4.02(dd,4H,J=6.6,14.8Hz,−OCH 2 CH2(CH2)19CH3),6.63(s,1H,Ar−H),7.15(s,2H,Ar−H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.879(t,J=7.06Hz,9H),1.23(s,9H),1.24−1.40(m,84H),1.40−1.52(m,6H),1.70−1.81(m,6H),3.92(t,J=6.8Hz,2H),3.95(t,J=6.8Hz,4H),5.01(s,2H),6.51(s,2H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.879(t,J=7.06Hz,9H),0.913(d,J=3.2Hz,3H),0.929(d,J=3.2Hz,3H),1.22−1.40(m,84H),1.40−1.52(m,7H),2.02(s,3H),1.60−1.82(m,8H),3.94(t,J=6.4Hz,2H),3.95(t,J=6.8Hz,4H),4.684(ddd,J=13.6,4.8,4.8Hz,1H),5.024(d,12.4Hz),5.082(d,12.4Hz),5.817(d,8.4Hz),6.52(s,2H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.879(t,J=7.06Hz,9H),1.09(d,18H,6.0Hz),1.12−1.20(m,3H),1.22−1.40(m,84H),1.40−1.52(m,6H),1.70−1.82(m,6H),3.91(t,J=6.8Hz,2H),3.97(t,J=6.8Hz,4H),4.75(s,2H),6.56(s,2H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.879(t,J=6.8Hz,9H),1.26−1.47(m,84H),1.42−1.53(m,6H),1.71−1.80(m,6H),3.69(m,8H)、3.95(m,6H),6.51(s,2H)
被沈殿物として、参考例2で合成した5量体または参考例4で合成した20量体を使用し、沈殿促進剤の添加量と被沈殿物の回収率との関係を検討した。表1および2に示す量で被沈殿物および実施例6で合成した沈殿促進剤(メチル 3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンゾエート)をジクロロメタン(2mL)に溶解させた後、表1および2に示す量のアセトニトリルにより固体を析出させ、得られた固体を桐山ロート(21m/m)とろ紙(No−5A)を用いてろ取し、アセトニトリル(20mL)により固体を洗浄した後に減圧乾燥した。使用した被沈殿物(即ち、参考例2の5量体または参考例4の20量体)の量および使用した沈殿促進剤の量と、回収した乾燥後の被沈殿物および沈殿促進剤の混合物の量とから算出した回収率(=100×(回収した乾燥後の被沈殿物および沈殿促進剤の混合物の量(mg))/(使用した被沈殿物の量(mg)+使用した沈殿促進剤の量(mg)))を表1および2に示す。
被沈殿物として、参考例3で合成した10量体を使用し、沈殿促進剤の種類と被沈殿物の回収率との関係を検討した。表3に示す量で参考例3の10量体と比較例1および2並びに実施例1〜12で合成した沈殿促進剤のいずれかとをジクロロメタン(0.5mL)に溶解させた後、アセトニトリル(2.5mL)により固体を析出させ、得られた固体を桐山ロート(21m/m)とろ紙(No−5A)を用いてろ取し、アセトニトリル(2.0mL)により固体を洗浄した後に減圧乾燥した。使用した被沈殿物(即ち、参考例3の10量体)の量および使用した沈殿促進剤の量と、回収した乾燥後の被沈殿物および沈殿促進剤の量とから算出した回収率(=100×(回収した乾燥後の被沈殿物および沈殿促進剤の混合物の量(mg))/(使用した被沈殿物の量(mg)+使用した沈殿促進剤の量(mg)))を表3に示す。
被沈殿物として、参考例2で合成した5量体を使用し、沈殿促進剤の種類と被沈殿物の回収率との関係を検討した。表4に示す量で、参考例2の5量体と実施例13〜15で合成した沈殿促進剤のいずれかとを、ジクロロメタンに溶解させた。得られた溶液に、撹拌しながら、表4に示す量のアセトニトリルを24℃において3分間かけて滴下し、固体を析出させて、スラリーを得た。得られたスラリーを氷浴中10分間静置し、25Φ桐山ロートおよび5Cろ紙を用いて析出した固体をろ取し、得られた固体を、表4に示す量のアセトニトリルで洗浄した。得られた固体を、終夜、減圧乾燥した。使用した被沈殿物(即ち、参考例2の5量体)の量および使用した沈殿促進剤の量と、回収した乾燥後の被沈殿物および沈殿促進剤の混合物の量とから算出した回収率(=100×(回収した乾燥後の被沈殿物および沈殿促進剤の混合物の量(mg))/(使用した被沈殿物の量(mg)+使用した沈殿促進剤の量(mg)))を表4に示す。
被沈殿物として、参考例4で合成した20量体を使用し、沈殿促進剤の種類と被沈殿物の回収率との関係を検討した。表5に示す量で、参考例2の5量体と実施例13〜15で合成した沈殿促進剤のいずれかとを、ジクロロメタンに溶解させた。得られた溶液に、撹拌しながら、アセトニトリル(10.5mL)を24℃において3分間かけて滴下し、固体を析出させ、スラリーを得た。得られたスラリーを氷浴中10分間静置し、25Φ桐山ロートおよび5Cろ紙を用いて析出した固体をろ取し、得られた固体をアセトニトリル(5.0mL)で洗浄した。得られた固体を、終夜、減圧乾燥した。使用した被沈殿物(即ち、参考例4の20量体)の量および使用した沈殿促進剤の量と、回収した乾燥後の被沈殿物および沈殿促進剤の混合物の量とから算出した回収率(=100×(回収した乾燥後の被沈殿物および沈殿促進剤の混合物の量)/(使用した被沈殿物の量(mg)+使用した沈殿促進剤の量(mg)))を表5に示す。
まず、沈殿促進剤を使用せずにペプチドの回収試験を行った。詳しくは、カルボキシ基が3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジル基(TOB)で保護されたペプチド(H−Lys(Boc)−Pro−Pro−Ala−Lys(Boc)−Leu−Gln(Trt)−Pro−Arg(Pbf)−OTOB,435mg,0.166mmol)をクロロホルム(10mL)に溶解させた。得られた溶液を減圧濃縮して、溶液から約5mLのクロロホルムを除去し、濃縮物を得た。濃縮物にアセトニトリル(20mL)を加え、固体を析出させた。析出物をろ取し、減圧乾燥して、乾燥したペプチドを得た。使用したペプチドの量および回収した乾燥後のペプチドの量から算出した回収率(=100×(回収した乾燥後のペプチドの量(mg))/(使用したペプチドの量(mg)))は71%であった。
アルゴン雰囲気下、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)デオキシチミジン−3’−イル [3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジル] スクシネート(1.85g,1.2mmol)、実施例7で合成した沈殿促進剤である3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジル アセテート(1.86g,1.20mmol)をジクロロメタン(40mL)に溶解し、インドール(1.40g,12.0mmol)、トリフルオロ酢酸(88.9μL,1.20mmol)を加えて室温で2時間攪拌し、反応の完結を薄層クロマトグラフィーにより確認した。反応混合液を1−メチルイミダゾール(99.7μL,1.26mmol)で中和した後、4,5−ジシアノイミダゾール(476mg,4.03mmol)、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)デオキシチミジン−3’−[O−(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソプロピル)]−ホスホロアミダイト(2.00g,2.69mmol)のアセトニトリル溶液を加え、室温で60分間攪拌し、薄層クロマトグラフィーにより反応の完結を確認した。さらに、3−[(N,N−ジメチルアミノメチリデン)アミノ]−3H−1,2,4−ジチアゾール−5−チオン(608mg,2.96mmol)を加えて室温で30分間攪拌した後、無水酢酸(56.6μL、0.60mmol)、2,4,6−トリメチルピリジン(79.1μL,0.60mmol)、1−メチルイミダゾール(47.5μL,0.60mmol)を加えて室温で15分間撹拌し、反応液中にアセトニトリル(200mL)を添加し、析出した固体を、キリヤマ漏斗を用いた吸引ろ取後、乾燥して5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−デオキシチミジン−3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル デオキシチミジン−3’−イル [3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジル] スクシネート(4.150g,収率99.8%)を白色固体として得た。
(1)擬似固相保護基が結合したホスホロチオエート20量体の合成
実施例17と同様の操作を19回繰り返して、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−デオキシチミジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N2−イソブチリル−デオキシグアノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N2−イソブチリル−デオキシグアノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N2−イソブチリル−デオキシグアノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N6−ベンゾイル−デオキシアデノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N6−ベンゾイル−デオキシアデノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N2−イソブチリル−デオキシグアノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N4−ベンゾイル−デオキシシチジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−N6−ベンゾイル−デオキシアデノシン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン 3’−[O−(2−シアノエチル)]ホスホロチオニル−デオキシチミジン 3’−イル 3,4,5−トリ(オクタデシルオキシ)ベンジル スクシネート(8.55g)を得た。
上記(1)で合成した化合物(100mg、10.3μmol)と30重量%アンモニア水(5.00mL)をオートクレーブに入れて65℃で4時間加熱した後、シリンジフィルター(WHATMAN 25mm GD/X PTFE 0.45μm)により不溶物をろ過した。さらに0.1M酢酸アンモニウム水溶液(50mL)で希釈し、C−18カートリッジ精製を行い、得られた溶出液を凍結乾燥し、目的物である デオキシチミジニル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシグアニジル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシチミジニル−[3’→5’]−デオキシグアニジル−[3’→5’]−デオキシチミジニル−[3’→5’]−デオキシグアニジル−[3’→5’]−デオキシアデニリル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシアデニリル−[3’→5’]−デオキシチミジニル−[3’→5’]−デオキシグアニジル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシアデニリル−[3’→5’]−デオキシチミジニル−[3’→5’]−デオキシチミジンを得た。
HPLC(shodex ODP(4.6φ×150mm)、flow rate 0.5mL/min、15mM TEA+20mM HFIP/MeOH=95/5、15mM TEA+20mM HFIP/MeOH=50/50 gradient:0−7.4min;0 to 60%、7.5 to 11min;100%、λ=254nm):Rt=6.26min(73%);
TOF/MS:6344.59[M−H]−
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=0.88(t,9H,J=6.6Hz,−CH3),1.00−1.07(m,12H,−Si−CH−(CH 3 ) 2 ),1.21−2.00(m,96H,−OCH2(CH 2 ) 15 CH3),2.35−2.50(m,3H,2’−H),2.56−2.60(m,2H,2’−H+5’−H),2.71(m,1H,5’−H),3.41−3.46(m,2H,5’−H),3.78(s,6H,DMTr−OCH 3 ),3.93−3.99(m,6H,−OCH 2 (CH2)15CH3),4.11−4.30(m,6H,3’−H,4’−H,−CH 2 CH 2 CN),4.51−4.60(m,1H,4’−H),5.24(s,2H,Ar−CH 2 −O−),5.32(m,1H,3’−H),6.28(m,1H,1H’−H),6.36(m,1H,1H’−H),6.64(s,2H,Ar−H),6.84(m,4H,DMTr−H),7.22−7.63(m,11H,−Si−Ar,DMTr−H),8.05−8.08(m,2H,−Si−Ar),8.58−8.95(m,2H,N3−H)
1H−NMR(400MHz,CDCl3):δ=−0.01(S,3H,Si−CH3),0.00(S,3H,Si−CH3),0.75−0.81(m,18H,−OCH2(CH2)15CH 3 +Si−C(CH 3 ) 3 ),1.05−1.73(m,90H,−OCH2(CH 2 ) 15 CH3),2.08(m,1H,2’−H),2.22(m,1H,2’−H),2.34(m,1H,2’−H),2.53−2.62(m,2H,2’−H+5’−H),2.70(t,1H,J=6.0Hz,5’−H),3.25−3.51(m,2H,5’−H),3.71(d,6H,J=1.3Hz,DMTr−OCH3),3.87−3.98(m,7H,−OCH 2 (CH2)15CH3+3’−H),4.10−4.33(m,6H,−CH 2 CH 2 CN+2×4’−H),5.25(dt,1H,J=7.9,15.3Hz,3’−H),6.17(td,1H,J=2.2,6.6Hz,1’−H),6.30(dd,J=5.4,8.8,23.6Hz,1’−H),6.76(s,2H,Ar−H),6.78(s,2H,DMTr−H),7.05−7.39(m,11H,DMTr−Ar−H),7.39(s,1H,N6−H),7.47(d,1H,J=8.0Hz,N6−H),8.45(m,1H,N3−H)
Claims (28)
- 有機基で保護された有機化合物を、溶媒から沈殿させるための沈殿促進剤であって、
前記沈殿促進剤が、
式(I):
[式中、
R1は、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基を示し;
X1は、それぞれ独立して、単結合、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−または−NHC(=O)−を示し;
環A1および環B1は、それぞれ独立して、置換されていてもよいC3−14炭化水素環を示し;
X2は、それぞれ独立して、−(CH2)p−、−(CH2)p−O−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)O−(CH2)q−、−(CH2)p−OC(=O)−(CH2)q−、−(CH2)p−C(=O)NH−(CH2)q−または−(CH2)p−NHC(=O)−(CH2)q−(pおよびqは、それぞれ独立して、0〜3の整数を示す。)を示し;
X3は、単結合、−(CH2)r−O−、−(CH2)r−C(=O)−、−(CH2)r−C(=O)O−、−(CH2)r−OC(=O)−、−(CH2)r−C(=O)NH−または−(CH2)r−NHC(=O)−(rは、0〜3の整数を示す。)を示し;
R2は、水素原子、置換されていてもよいC3−8シクロアルキル基、置換されていてもよいC1−6アルキル基、置換されていてもよいC2−6アルケニル基、置換されていてもよいC2−6アルキニル基、置換されていてもよいC6−14アリール基、置換されていてもよい単環式複素環基またはトリ(C1−6アルキル)シリル基を示し;
nは、1または2を示し;
mは、1〜4の整数を示し;
m’は、mが1の場合、0または1を示し、mが2、3または4の場合、1を示し;
n個のR1の直鎖状のC10−40アルキル基の炭素数合計が20以上である。]で表される化合物であり、
前記有機基が、式(III):
[式中、
**は、保護される基との結合位置を示し;
Lは、単結合、または式(a1)若しくは(a1’):
(式中、
*は、Yとの結合位置を示し;
**は、前記と同義であり;
R8およびR9は、それぞれ独立して、C1−22炭化水素基を示し;
L1は、2価のC1−22炭化水素基を示し;且つ
L2は、単結合を示すか、または**C(=O)N(R2’)−R1’−N(R3)***(式中、**は、L1との結合位置を示し、***は、C=Oとの結合位置を示し、R1’は、C1−22アルキレン基を示し、R2’およびR3は、それぞれ独立して、水素原子もしくはC1−22アルキル基を示すか、またはR2’およびR3が一緒になって、環を形成していてもよい。)で表される基を示す。)で表される基を示し、
Yは、単結合、酸素原子、またはNR(Rは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。)を示し、並びに
Zは、式(a2)、式(a2’)または式(a2”):
[式中、
*は、結合位置を示し;
R4は、水素原子であるか、あるいはRbが、下記式(a3)で表される基である場合には、環CのR6と一緒になって単結合または−O−を示して、環Aまたは環Bおよび環Cと共に縮合環を形成していてもよく;
k個のQは、それぞれ独立して、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−または−NHC(=O)−を示し;
k個のR5は、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基を示し;
kは、3〜4の整数を示し;
環Aおよび環Bは、それぞれ独立して、k個のQR5に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく;
Raは、水素原子、またはハロゲン原子で置換されていてもよいフェニル基を示し;並びに
Rbは、水素原子、または式(a3):
(式中、*は、結合位置を示し;
jは、0〜4の整数を示し;
j個のQは、それぞれ独立して、前記と同意義を示し;
j個のR7は、それぞれ独立して、炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示し;
R6は、水素原子を示すか、或いは環Aまたは環BのR4と一緒になって単結合または−O−を示して、環Aまたは環Bおよび環Cと共に縮合環を形成していてもよく;且つ
環Cは、j個のOR7に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。)で表される基を示すか、或いは
RaおよびRbが、一緒になってオキソ基を形成する。]で表される基であり;かつ
前記有機化合物が、さらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい、ヌクレオシド、ヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド、またはさらにペプチド合成に用いられる保護基で保護されていてもよい、アミノ酸若しくはペプチドである、
沈殿促進剤。 - R2が、水素原子、置換されていてもよいC3−8シクロアルキル基、置換されていてもよいC1−6アルキル基、置換されていてもよいC2−6アルケニル基、置換されていてもよいC2−6アルキニル基、置換されていてもよいC6−14アリール基または置換されていてもよい単環式複素環基である、請求項1に記載の沈殿促進剤。
- C3−14炭化水素環が、ベンゼン環およびシクロヘキサン環から選ばれる、請求項1または2に記載の沈殿促進剤。
- Zが、式(a2)または式(a2’)で表される基であり、縮合環が、フルオレン環またはキサンテン環であり、k個のR5が、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基であり、j個のR7が、それぞれ独立して、炭素数10以上の直鎖状の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基であり、且つRaが、水素原子であるか、またはRaおよびRbが、一緒になってオキソ基を形成する請求項1〜3のいずれか一項に記載の沈殿促進剤。
- Lが、式(a1)で表される基であって、L1が、2価のC1−22炭化水素基を示し、且つL2が、単結合を示す、請求項1〜4のいずれか一項に記載の沈殿促進剤。
- Lが、式(a1’)で表される基であって、L1が、フェニレン基を示し、且つL2が、単結合を示す、請求項1〜4のいずれか一項に記載の沈殿促進剤。
- Yが、酸素原子である、請求項1〜6のいずれか一項に記載の沈殿促進剤。
- Zが、式(a2)で表される基であって、R4が、水素原子である、請求項1〜7のいずれか一項に記載の沈殿促進剤。
- Zが、式(a2)で表される基であって、RaおよびRbが、水素原子である、請求項1〜7のいずれか一項に記載の沈殿促進剤。
- LおよびYが、単結合であり、Zが、式(a2)で表される基であって、R4が、水素原子であり、且つRaおよびRbが、一緒になってオキソ基を形成する、請求項1〜4のいずれか一項に記載の沈殿促進剤。
- 有機基で保護された有機化合物が、さらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドである、請求項1〜10のいずれか一項に記載の沈殿促進剤。
- 有機基で保護された有機化合物が、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の2’位および3’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の3’位水酸基から選ばれる少なくとも1個の基が、有機基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい、ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドである、請求項1〜10のいずれか一項に記載の沈殿促進剤。
- 溶媒が、極性溶媒を含む溶媒である、請求項1〜12のいずれか一項に記載の沈殿促進剤。
- 極性溶媒を含む溶媒が、極性溶媒と非極性溶媒の混合溶媒である、請求項13に記載の沈殿促進剤。
- 極性溶媒が、アセトニトリルである、請求項13または14に記載の沈殿促進剤。
- 有機基で保護された有機化合物に対して、0.1モル当量以上使用して、有機基で保護された有機化合物を沈殿させる、請求項1〜15のいずれか一項に記載の沈殿促進剤。
- 請求項1〜16のいずれか一項に記載の沈殿促進剤、および
式(III):
[式中、
**は、保護される基との結合位置を示し;
Lは、単結合、または式(a1)若しくは(a1’):
(式中、
*は、Yとの結合位置を示し;
**は、前記と同義であり;
R8およびR9は、それぞれ独立して、C1−22炭化水素基を示し;
L1は、2価のC1−22炭化水素基を示し;且つ
L2は、単結合を示すか、または**C(=O)N(R2’)−R1’−N(R3)***(式中、**は、L1との結合位置を示し、***は、C=Oとの結合位置を示し、R1’は、C1−22アルキレン基を示し、R2’およびR3は、それぞれ独立して、水素原子もしくはC1−22アルキル基を示すか、またはR2’およびR3が一緒になって、環を形成していてもよい。)で表される基を示す。)で表される基を示し、
Yは、単結合、酸素原子、またはNR(Rは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。)を示し、並びに
Zは、式(a2)、式(a2’)または式(a2”):
[式中、
*は、結合位置を示し;
R4は、水素原子であるか、あるいはRbが、下記式(a3)で表される基である場合には、環CのR6と一緒になって単結合または−O−を示して、環Aまたは環Bおよび環Cと共に縮合環を形成していてもよく;
k個のQは、それぞれ独立して、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−または−NHC(=O)−を示し;
k個のR5は、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基を示し;
kは、3〜4の整数を示し;
環Aおよび環Bは、それぞれ独立して、k個のQR5に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく;
Raは、水素原子、またはハロゲン原子で置換されていてもよいフェニル基を示し;並びに
Rbは、水素原子、または式(a3):
(式中、*は、結合位置を示し;
jは、0〜4の整数を示し;
j個のQは、それぞれ独立して、前記と同意義を示し;
j個のR7は、それぞれ独立して、炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示し;
R6は、水素原子を示すか、或いは環Aまたは環BのR4と一緒になって単結合または−O−を示して、環Aまたは環Bおよび環Cと共に縮合環を形成していてもよく;且つ
環Cは、j個のOR7に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。)で表される基を示すか、或いは
RaおよびRbが、一緒になってオキソ基を形成する。]で表される基で保護され、さらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい、ヌクレオシド、ヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド、またはさらにペプチド合成に用いられる保護基で保護されていてもよい、アミノ酸若しくはペプチド、
を含む、沈殿混合物。 - 請求項1〜16のいずれか一項に記載の沈殿促進剤を用いて、溶媒から、
式(III):
[式中、
**は、保護される基との結合位置を示し;
Lは、単結合、または式(a1)若しくは(a1’):
(式中、
*は、Yとの結合位置を示し;
**は、前記と同義であり;
R8およびR9は、それぞれ独立して、C1−22炭化水素基を示し;
L1は、2価のC1−22炭化水素基を示し;且つ
L2は、単結合を示すか、または**C(=O)N(R2’)−R1’−N(R3)***(式中、**は、L1との結合位置を示し、***は、C=Oとの結合位置を示し、R1’は、C1−22アルキレン基を示し、R2’およびR3は、それぞれ独立して、水素原子もしくはC1−22アルキル基を示すか、またはR2’およびR3が一緒になって、環を形成していてもよい。)で表される基を示す。)で表される基を示し、
Yは、単結合、酸素原子、またはNR(Rは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。)を示し、並びに
Zは、式(a2)、式(a2’)または式(a2”):
[式中、
*は、結合位置を示し;
R4は、水素原子であるか、あるいはRbが、下記式(a3)で表される基である場合には、環CのR6と一緒になって単結合または−O−を示して、環Aまたは環Bおよび環Cと共に縮合環を形成していてもよく;
k個のQは、それぞれ独立して、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−または−NHC(=O)−を示し;
k個のR5は、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基を示し;
kは、3〜4の整数を示し;
環Aおよび環Bは、それぞれ独立して、k個のQR5に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく;
Raは、水素原子、またはハロゲン原子で置換されていてもよいフェニル基を示し;並びに
Rbは、水素原子、または式(a3):
(式中、*は、結合位置を示し;
jは、0〜4の整数を示し;
j個のQは、それぞれ独立して、前記と同意義を示し;
j個のR7は、それぞれ独立して、炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示し;
R6は、水素原子を示すか、或いは環Aまたは環BのR4と一緒になって単結合または−O−を示して、環Aまたは環Bおよび環Cと共に縮合環を形成していてもよく;且つ
環Cは、j個のOR7に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。)で表される基を示すか、或いは
RaおよびRbが、一緒になってオキソ基を形成する。]で表される基で保護され、さらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよい、ヌクレオシド、ヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド、またはさらにペプチド合成に用いられる保護基で保護されていてもよい、アミノ酸若しくはペプチド
を沈殿させる方法。 - 溶媒が、極性溶媒を含む溶媒である、請求項18に記載の方法。
- 極性溶媒が、アセトニトリルである、請求項19に記載の方法。
- 非極性溶媒中、少なくとも1個の基が、式(III):
[式中、
**は、保護される基との結合位置を示し;
Lは、単結合、または式(a1)若しくは(a1’):
(式中、
*は、Yとの結合位置を示し;
**は、前記と同義であり;
R8およびR9は、それぞれ独立して、C1−22炭化水素基を示し;
L1は、2価のC1−22炭化水素基を示し;且つ
L2は、単結合を示すか、または**C(=O)N(R2’)−R1’−N(R3)***(式中、**は、L1との結合位置を示し、***は、C=Oとの結合位置を示し、R1’は、C1−22アルキレン基を示し、R2’およびR3は、それぞれ独立して、水素原子もしくはC1−22アルキル基を示すか、またはR2’およびR3が一緒になって、環を形成していてもよい。)で表される基を示す。)で表される基を示し、
Yは、単結合、酸素原子、またはNR(Rは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。)を示し、並びに
Zは、式(a2)、式(a2’)または式(a2”):
[式中、
*は、結合位置を示し;
R4は、水素原子であるか、あるいはRbが、下記式(a3)で表される基である場合には、環CのR6と一緒になって単結合または−O−を示して、環Aまたは環Bおよび環Cと共に縮合環を形成していてもよく;
k個のQは、それぞれ独立して、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−または−NHC(=O)−を示し;
k個のR5は、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基を示し;
kは、3〜4の整数を示し;
環Aおよび環Bは、それぞれ独立して、k個のQR5に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく;
Raは、水素原子、またはハロゲン原子で置換されていてもよいフェニル基を示し;並びに
Rbは、水素原子、または式(a3):
(式中、*は、結合位置を示し;
jは、0〜4の整数を示し;
j個のQは、それぞれ独立して、前記と同意義を示し;
j個のR7は、それぞれ独立して、炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示し;
R6は、水素原子を示すか、或いは環Aまたは環BのR4と一緒になって単結合または−O−を示して、環Aまたは環Bおよび環Cと共に縮合環を形成していてもよく;且つ
環Cは、j個のOR7に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。)で表される基を示すか、或いは
RaおよびRbが、一緒になってオキソ基を形成する。]で表される基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいオリゴヌクレオチド、および請求項1〜16のいずれか一項に記載の沈殿促進剤を含む反応液に、極性溶媒を添加し、反応液からオリゴヌクレオチドと沈殿促進剤を含む沈殿混合物を分離する工程を含むオリゴヌクレオチドの製造方法。 - 極性溶媒が、アセトニトリルである、請求項21に記載の製造方法。
- ホスホロアミダイト法により行われる請求項21または22に記載の製造方法。
- 下記工程(1)〜(3)からなる製造サイクルを1回行うか、或いは複数回繰り返すホスホロアミダイト法によるオリゴヌクレオチドの製造方法であって、1サイクル目に下記工程(4)を含み、各サイクルに下記工程(5)を含み、且つ最終サイクルを除く各サイクルに下記工程(6)を含むオリゴヌクレオチドの製造方法:
(1)非極性溶媒中、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の2’位および3’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の3’位水酸基から選ばれる少なくとも1個の基が、式(III):
[式中、
**は、保護される基との結合位置を示し;
Lは、単結合、または式(a1)若しくは(a1’):
(式中、
*は、Yとの結合位置を示し;
**は、前記と同義であり;
R8およびR9は、それぞれ独立して、C1−22炭化水素基を示し;
L1は、2価のC1−22炭化水素基を示し;且つ
L2は、単結合を示すか、または**C(=O)N(R2’)−R1’−N(R3)***(式中、**は、L1との結合位置を示し、***は、C=Oとの結合位置を示し、R1’は、C1−22アルキレン基を示し、R2’およびR3は、それぞれ独立して、水素原子もしくはC1−22アルキル基を示すか、またはR2’およびR3が一緒になって、環を形成していてもよい。)で表される基を示す。)で表される基を示し、
Yは、単結合、酸素原子、またはNR(Rは、水素原子、アルキル基またはアラルキル基を示す。)を示し、並びに
Zは、式(a2)、式(a2’)または式(a2”):
[式中、
*は、結合位置を示し;
R4は、水素原子であるか、あるいはRbが、下記式(a3)で表される基である場合には、環CのR6と一緒になって単結合または−O−を示して、環Aまたは環Bおよび環Cと共に縮合環を形成していてもよく;
k個のQは、それぞれ独立して、−O−、−C(=O)−、−C(=O)O−、−OC(=O)−、−C(=O)NH−または−NHC(=O)−を示し;
k個のR5は、それぞれ独立して、直鎖状のC10−40アルキル基を示し;
kは、3〜4の整数を示し;
環Aおよび環Bは、それぞれ独立して、k個のQR5に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよく;
Raは、水素原子、またはハロゲン原子で置換されていてもよいフェニル基を示し;並びに
Rbは、水素原子、または式(a3):
(式中、*は、結合位置を示し;
jは、0〜4の整数を示し;
j個のQは、それぞれ独立して、前記と同意義を示し;
j個のR7は、それぞれ独立して、炭素数10以上の脂肪族炭化水素基が単結合またはリンカーを介して結合した炭化水素基を示し;
R6は、水素原子を示すか、或いは環Aまたは環BのR4と一緒になって単結合または−O−を示して、環Aまたは環Bおよび環Cと共に縮合環を形成していてもよく;且つ
環Cは、j個のOR7に加えて、さらにハロゲン原子、ハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルキル基、およびハロゲン原子で置換されていてもよいC1−6アルコキシ基からなる群から選択される置換基を有していてもよい。)で表される基を示すか、或いは
RaおよびRbが、一緒になってオキソ基を形成する。]で表される基で保護され、5’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドを含む反応液に、酸を加えて5’位水酸基の一時保護基を脱保護し、塩基により中和し、5’位水酸基遊離体を含む反応液を得る工程;
(2)非極性溶媒中、5’位水酸基遊離体を含む反応液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化され、且つ5’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドを添加してホスファイトトリエステル体を含む反応液を得る工程;
(3)非極性溶媒中、ホスファイトトリエステル体を含む反応液に、酸化剤または硫化剤を添加して、核酸塩基のアミノ基およびイミノ基、リボース残基の2’位および3’位水酸基、並びにデオキシリボース残基の3’位水酸基から選ばれる少なくとも1個の基が式(III)で表される基で保護され、且つ5’位水酸基が酸性条件下で除去可能な一時保護基で保護され、且つその他の基がさらに核酸合成に用いられる保護基で保護されていてもよいオリゴヌクレオチドを含む反応液を得る工程;
(4)工程(1)の前、工程(1)と(2)の間、工程(2)と(3)の間および工程(3)の後のいずれかにおいて、反応液に請求項1〜16のいずれか一項に記載の沈殿促進剤を加える工程;
(5)工程(4)の後であって、工程(1)と(2)の間、工程(2)と(3)の間および工程(3)の後のいずれかにおいて、沈殿促進剤を含む反応液に極性溶媒を添加し、反応液から、5’位水酸基遊離体、ホスファイトトリエステル体またはオリゴヌクレオチドと、沈殿促進剤とを含む沈殿混合物を分離する工程;
(6)工程(5)で得られた沈殿混合物に非極性溶媒を加えて反応液とする工程。 - 極性溶媒が、アセトニトリルである、請求項24に記載の製造方法。
- 工程(5)および(6)を、工程(3)の後に実行する、請求項24または25に記載の製造方法。
- さらに、下記工程(7)を含む、請求項24〜26のいずれか一項に記載の製造方法:
(7)オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去し、オリゴヌクレオチドを単離する工程。 - 非極性溶媒が、ハロゲン系溶媒、芳香族系溶媒、エステル系溶媒、脂肪族系溶媒、およびこれらの組合せからなる群より選択される溶媒である、請求項24〜27のいずれか一項に記載の製造方法。
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