JP2021531816A - 骨髄系由来サプレッサー細胞亜集団の検出および単離 - Google Patents

Abstract

骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）は、癌において免疫抑制を媒介する能力を有する未成熟の骨髄系細胞の不均質な群である。ＭＤＳＣを同定する方法、ＭＤＳＣを単離する方法、および患者を処置する方法が本明細書に開示される。
【選択図】図５Ａ

Description

相互参照
本出願は、２０１８年８月３日に出願された米国仮特許出願第６２／７１４，５１２号の利益を主張するものであり、これは全体として引用によって本明細書に組み込まれる。

骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）は、Ｔ細胞応答を抑える能力を有する、腫瘍微小環境に補充された細胞の不均質な集団である。したがって、ＭＤＳＣは、癌の検出とモニタリングに魅力的な標的として役立つ。しかしながら、ＭＤＳＣは癌をモニタリングまたは診断するために使用される前に、好中球や単球などの他の免疫細胞とＭＤＳＣを区別し、かつ癌において最も関連するＭＤＳＣの特定の亜集団を識別するための方法が必要とされる。

いくつかの実施形態において、生体試料中の骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）の集団を同定する方法が本明細書に開示され、上記方法は：（ｉ）高レベルの好中球バイオマーカー；（ｉｉ）低レベルの単球バイオマーカー；（ｉｉｉ）低レベルのＣＤ１６；および、（ｉｖ）低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９を含む生体試料から細胞を検出する工程を含んでいる。いくつかの実施形態では、上記方法はさらに、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５を含む細胞を検出する工程を含む。いくつかの実施形態では、上記方法はさらに、高レベルのＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を含む細胞を検出する工程を含む。いくつかの実施形態では、上記方法はさらに、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５と高レベルのＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を含む細胞を検出する工程を含む。いくつかの実施形態では、好中球バイオマーカーはＣＤ１５を含む。いくつかの実施形態では、単球バイオマーカーはＣＤ１４を含む。いくつかの実施形態では、上記方法はさらに、低レベルの好酸球バイオマーカーを含む細胞を検出する工程を含み、好酸球バイオマーカーは、Ｓｉｇｌｅｃ−８である。いくつかの実施形態では、上記方法はさらに、低レベルの好塩基球バイオマーカーを含む細胞を検出する工程を含み、好塩基球バイオマーカーはＣＤ１２３である。いくつかの実施形態では、上記方法はさらに、低レベルのリンパ球バイオマーカーを含む細胞を検出する工程を含む。いくつかの実施形態では、リンパ球バイオマーカーは、ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、高レベルとは発現の閾値レベルよりも上の発現のレベルであり、低レベルとは発現の閾値レベルよりも下の発現のレベルである。いくつかの実施形態では、生体試料は血液試料である。いくつかの実施形態では、生体試料は全血またはバフィーコートである。いくつかの実施形態では、生体試料は組織試料である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団は抗体またはその抗原結合フラグメントを使用して検出される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団はフローサイトメトリーを使用して検出される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団は酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）を使用して検出される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団は細胞表面バイオマーカーの単細胞解析を使用して検出される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団は単細胞ＲＮＡ配列決定を使用して検出される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団の正の同定は癌の存在を示す。いくつかの実施形態では、癌は固形腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は、副腎、胆管（例えば、肝内胆管癌）、膀胱、血液（例えば、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、または慢性リンパ性白血病）、骨、脳、乳房、頚部、結腸直腸系（例えば、大腸癌または結腸癌）、食道、胆嚢、胃系、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、卵巣、膵臓、前立腺、細網内皮系、唾液腺、皮膚（例えば、黒色腫）、小腸、軟組織、胸腺、または子宮の癌である。いくつかの実施形態では、癌は膵臓癌である。いくつかの実施形態では、癌は肺癌である。いくつかの実施形態では、癌は結腸癌である。いくつかの実施形態では、癌は乳癌である。いくつかの実施形態では、癌は胃癌である。いくつかの実施形態では、癌は食道癌である。いくつかの実施形態では、癌は卵巣癌である。いくつかの実施形態では、癌は子宮癌である。いくつかの実施形態では、癌は前立腺癌である。いくつかの実施形態では、癌は膀胱癌である。いくつかの実施形態では、癌は肝臓癌である。いくつかの実施形態では、癌は胆管細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌は神経内分泌腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は消化管間質腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は肉腫である。いくつかの実施形態では、癌は脳癌である。いくつかの実施形態では、癌は皮膚癌である。いくつかの実施形態では、癌は黒色腫である。いくつかの実施形態では、癌は液性腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は多発性骨髄腫である。いくつかの実施形態では、癌は急性骨髄性白血病である。いくつかの実施形態では、癌は急性リンパ性白血病である。いくつかの実施形態では、癌は慢性骨髄性白血病である。いくつかの実施形態では、癌は慢性リンパ性白血病である。いくつかの実施形態では、生体試料は、癌を発症させるリスクの高い個体に由来する。いくつかの実施形態では、生体試料は、癌を以前有していた個体に由来し、骨髄系由来サプレッサー細胞の正の同定は癌の再発を示す。いくつかの実施形態では、生体試料は癌と診断された個体に由来する。いくつかの実施形態では、個体は積極的な監視または積極的な治療を受けている。

いくつかの実施形態において、生体試料からの骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）の精製された集団を調製する方法も本明細書に開示され、上記方法は、（ｉ）高レベルの好中球バイオマーカー；（ｉｉ）低レベルの単球バイオマーカー；（ｉｉｉ）低レベルのＣＤ１６；および、（ｉｖ）低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９を含むＭＤＳＣの集団を単離する工程を含んでいる。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５を含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団はさらに、高レベルのＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５と高レベルのＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を含む。いくつかの実施形態では、好中球バイオマーカーはＣＤ１５を含む。いくつかの実施形態では、単球バイオマーカーはＣＤ１４を含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルの好酸球バイオマーカーを含み、好酸球バイオマーカーは、Ｓｉｇｌｅｃ−８である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルの好塩基球バイオマーカーを含み、好塩基球バイオマーカーはＣＤ１２３である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルのリンパ球バイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、リンパ球バイオマーカーは、ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、高レベルとは発現の閾値レベルよりも上の発現のレベルであり、低レベルとは発現の閾値レベルよりも下の発現のレベルである。いくつかの実施形態では、生体試料は血液試料である。いくつかの実施形態では、生体試料は全血またはバフィーコートである。いくつかの実施形態では、生体試料は組織試料である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団は蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用して単離される。

いくつかの実施形態では、好中球バイオマーカーを検出することができる薬剤、単球バイオマーカーを検出することができる薬剤、ＣＤ１６を検出することができる薬剤、およびＳｉｇｌｅｃ−９を検出することができる薬剤を含むキットも本明細書で開示される。いくつかの実施形態では、キットはさらに、Ｓｉｇｌｅｃ−５を検出することができる薬剤を含む。いくつかの実施形態では、キットはさらに、ＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を検出することができる薬剤を含む。いくつかの実施形態では、キットは、Ｓｉｇｌｅｃ−５とＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を検出することができる薬剤を含む。いくつかの実施形態では、好中球バイオマーカーを検出することができる薬剤は、ＣＤ１５に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、単球バイオマーカーを検出することができる薬剤は、ＣＤ１４に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ１６を検出することができる薬剤は、ＣＤ１６に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、Ｓｉｇｌｅｃ−９を検出することができる薬剤は、Ｓｉｇｌｅｃ−９に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、Ｓｉｇｌｅｃ−５を検出することができる薬剤は、Ｓｉｇｌｅｃ−５に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を検出することができる薬剤は、ＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、Ｓｉｇｌｅｃ−５を検出することができる薬剤は、Ｓｉｇｌｅｃ−５に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、ＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を検出することができる薬剤は、ＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、キットはさらに、好酸球バイオマーカーを検出することができる薬剤を含み、好酸球バイオマーカーは、Ｓｉｇｌｅｃ−８である。いくつかの実施形態では、好酸球バイオマーカーを検出することができる薬剤は、Ｓｉｇｌｅｃ−８に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、キットはさらに、好塩基球バイオマーカーを検出することができる薬剤を含み、好塩基球バイオマーカーは、ＣＤ１２３である。いくつかの実施形態では、好塩基球バイオマーカーを検出することができる薬剤は、ＣＤ１２３に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、キットはさらに、リンパ球バイオマーカーを検出することができる薬剤を含む。いくつかの実施形態では、リンパ球バイオマーカーを検出することができる薬剤は、ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、またはこれらの組み合わせに結合する１つ以上の抗体またはその抗原結合フラグメントを含む。

いくつかの実施形態では、被験体の癌を処置する方法も本明細書に開示され、上記方法は、患者に抗癌治療を投与する工程を含み、ここで、患者からの生体試料は、骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）の集団を含むものと同定されており：上記集団は、（ｉ）高レベルの好中球バイオマーカー；（ｉｉ）低レベルの単球バイオマーカー；（ｉｉｉ）低レベルのＣＤ１６；および、（ｉｖ）低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９を含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５を含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団はさらに、高レベルのＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を含む。いくつかの実施形態では、好中球バイオマーカーはＣＤ１５を含む。いくつかの実施形態では、単球バイオマーカーはＣＤ１４を含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルの好酸球バイオマーカーを含み、好酸球バイオマーカーは、Ｓｉｇｌｅｃ−８である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルの好塩基球バイオマーカーを含み、好塩基球バイオマーカーはＣＤ１２３である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルのリンパ球バイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、リンパ球バイオマーカーは、ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、高レベルとは発現の閾値レベルよりも上の発現のレベルであり、低レベルとは発現の閾値レベルよりも下の発現のレベルである。いくつかの実施形態では、生体試料は血液試料である。いくつかの実施形態では、生体試料は全血またはバフィーコートである。いくつかの実施形態では、生体試料は組織試料である。いくつかの実施形態では、方法はさらに、患者の生体試料からのＭＤＳＣの集団を同定する工程を含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団を同定する工程は、抗体またはその抗原結合フラグメントを使用して検出することを含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団を同定する工程は、フローサイトメトリーを使用して検出することを含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団を同定する工程は、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）を使用して検出することを含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団を同定する工程は、細胞表面バイオマーカーの単細胞解析を使用して検出することを含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団を同定する工程は、単細胞ＲＮＡ配列決定を使用して検出することを含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの集団の正の同定は癌の存在を示す。いくつかの実施形態では、患者は癌を発症させるリスクが高い。いくつかの実施形態では、患者は、癌を以前有していたことがあり、骨髄系由来サプレッサー細胞の正の同定は癌の再発を示す。いくつかの実施形態では、患者は癌と診断されている。いくつかの実施形態では、患者は積極的な監視または積極的な治療を受けている。いくつかの実施形態では、癌は固形腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は、副腎、胆管（例えば、肝内胆管癌）、膀胱、血液（例えば、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、または慢性リンパ性白血病）、骨、脳、乳房、頚部、結腸直腸系（例えば、大腸癌または結腸癌）、食道、胆嚢、胃系、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、卵巣、膵臓、前立腺、細網内皮系、唾液腺、皮膚（例えば、黒色腫）、小腸、軟組織、胸腺、または子宮の癌である。いくつかの実施形態では、癌は膵臓癌である。いくつかの実施形態では、癌は肺癌である。いくつかの実施形態では、癌は結腸癌である。いくつかの実施形態では、癌は乳癌である。いくつかの実施形態では、癌は胃癌である。いくつかの実施形態では、癌は食道癌である。いくつかの実施形態では、癌は卵巣癌である。いくつかの実施形態では、癌は子宮癌である。いくつかの実施形態では、癌は前立腺癌である。いくつかの実施形態では、癌は膀胱癌である。いくつかの実施形態では、癌は肝臓癌である。いくつかの実施形態では、癌は胆管細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌は神経内分泌腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は消化管間質腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は肉腫である。いくつかの実施形態では、癌は脳癌である。いくつかの実施形態では、癌は皮膚癌である。いくつかの実施形態では、癌は黒色腫である。いくつかの実施形態では、癌は液性腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は多発性骨髄腫である。いくつかの実施形態では、癌は急性骨髄性白血病である。いくつかの実施形態では、癌は急性リンパ性白血病である。いくつかの実施形態では、癌は慢性骨髄性白血病である。いくつかの実施形態では、癌は慢性リンパ性白血病である。いくつかの実施形態では、癌は膵臓癌である。いくつかの実施形態では、抗癌治療は第２の抗癌治療の代わりに投与される。いくつかの実施形態では、抗癌治療は第２の抗癌治療に加えて投与される。いくつかの実施形態では、第２の抗癌治療はあらかじめ患者に投与された。いくつかの実施形態では、抗癌治療はあらかじめ患者に投与された。いくつかの実施形態では、患者の第２の生体試料はＭＤＳＣの集団を含むものとして同定されている。いくつかの実施形態では、方法はさらに、生体試料と第２の生体試料との間のＭＤＳＣの集団のサイズの比較に基づいて患者に投与された抗癌治療の量を変える工程を含む。いくつかの実施形態では、方法はさらに、生体試料と第２の生体試料との間のＭＤＳＣの集団のサイズの比較に基づいて患者に投与された抗癌治療を変更する工程を含む。いくつかの実施形態では、抗癌治療は化学療法である。いくつかの実施形態では、抗癌治療は免疫療法である。いくつかの実施形態では、抗癌治療はホルモン療法である。いくつかの実施形態では、抗癌治療は幹細胞移植である。いくつかの実施形態では、抗癌治療は放射線療法である。いくつかの実施形態では、抗癌治療は手術である。いくつかの実施形態では、抗癌治療は小分子薬物である。いくつかの実施形態では、抗癌治療は抗体またはその抗原結合フラグメントである。いくつかの実施形態では、抗癌治療はチェックポイント阻害剤である。いくつかの実施形態では、抗癌治療はキナーゼ阻害剤である。いくつかの実施形態では、抗癌治療は遺伝子編集治療である。いくつかの実施形態では、抗癌治療は細胞療法である。いくつかの実施形態では、細胞療法は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）−Ｔ細胞療法またはトランスジェニックＴ細胞受容体（ｔｇ−ＴＣＲ）Ｔ細胞療法である。

引用による組み込み
本明細書に言及される全ての刊行物、特許、および特許出願は、あたかも個々の刊行物、特許、または特許出願が参照によって組み込まれるように具体的かつ個別に示されるかのように、同じ程度まで参照により本明細書に組み込まれる。

本開示の新規な特徴は、とりわけ添付の請求項で説明される。本開示の特徴と利点についてのよりよい理解は、本開示の原則が用いられている例証的な実施形態と添付の図面を説明する以下の詳細な記載とを参照することによって得られる：
密度勾配遠心分離による全血からの細胞精製のスキームを示す。 ＭＤＳＣを同定するための１つの方法を実証するフローサイトメトリー実験を描く。図２Ａは、健康な患者からの全血、顆粒球、およびバフィーコート試料において検出されたＭＤＳＣを示す一方で、図２Ｂは、膵臓癌患者からのバフィーコート試料において検出されたＭＤＳＣを示す。 ＭＤＳＣを同定するための１つの方法を実証するフローサイトメトリー実験を描く。図２Ａは、健康な患者からの全血、顆粒球、およびバフィーコート試料において検出されたＭＤＳＣを示す一方で、図２Ｂは、膵臓癌患者からのバフィーコート試料において検出されたＭＤＳＣを示す。 健康な患者ＶＳ膵臓癌患者からのバフィーコート試料とバフィーコート試料において検出されたＭＤＳＣの比較を描く。 膵臓癌患者と健康な個体におけるＭＤＳＣ亜集団を特徴づけるフローサイトメトリー実験を描く。図４Ａは、健康な患者からの全血、顆粒球、およびバフィーコート試料において検出されたＣＤ１６^低およびＣＤ１６^高のＭＤＳＣ亜集団を実証している。 膵臓癌患者と健康な個体におけるＭＤＳＣ亜集団を特徴づけるフローサイトメトリー実験を描く。図４Ｂは、膵臓癌患者からの全血、顆粒球、およびバフィーコート試料において検出されたＣＤ１６^低およびＣＤ１６^高のＭＤＳＣ亜集団を実証している。 膵臓癌患者と健康な個体におけるＭＤＳＣ亜集団を特徴づけるフローサイトメトリー実験を描く。図４Ｃは、健康な患者からの全血、顆粒球、およびバフィーコート試料において検出されたＣＤ１６^低およびＣＤ１６^高のＭＤＳＣ亜集団で観察されたＬＯＸ−１レベルを実証している。 膵臓癌患者と健康な個体におけるＭＤＳＣ亜集団を特徴づけるフローサイトメトリー実験を描く。図４Ｄは、膵臓癌患者からの全血、顆粒球、およびバフィーコート試料において検出されたＣＤ１６^低およびＣＤ１６^高のＭＤＳＣ亜集団で観察されたＬＯＸ−１レベルを実証している。 膵臓癌患者と比較した健康な患者におけるＭＤＳＣの比較を描いている。図５Ａは、ＭＤＳＣ集団において観察されたＣＤ１６^低／Ｓｉｇｌｅｃ９^低ＭＤＳＣの比率を描いている一方で、図５Ｂは、全血１ｍＬあたりに観察されたＣＤ１６^低／Ｓｉｇｌｅｃ９^低ＭＤＳＣの数を描いている。 膵臓癌患者と比較した健康な患者におけるＭＤＳＣの比較を描いている。図５Ａは、ＭＤＳＣ集団において観察されたＣＤ１６^低／Ｓｉｇｌｅｃ９^低ＭＤＳＣの比率を描いている一方で、図５Ｂは、全血１ｍＬあたりに観察されたＣＤ１６^低／Ｓｉｇｌｅｃ９^低ＭＤＳＣの数を描いている。 ＣＤ１６^高とＣＤ１６^低のＭＤＳＣにおけるＳｉｇｌｅｃ−３、Ｓｉｇｌｅｃ−５、およびＳｉｇｌｅｃ−９の発現レベルの比較を描いている。 ＭＤＳＣ亜集団の選別および機能分析のためのワークフローを示す。 膵臓癌患者と健康な個体に由来するＣＤ１６^高およびＣＤ１６^低ＭＤＳＣを用いるＴ細胞増殖実験を描いている。図８Ａは、健康な患者由来のＣＤ１６^高ＭＤＳＣおよび膵臓癌患者由来のＣＤ１６^低ＭＤＳＣの存在下でインキュベートしたときのＣＤ８^＋Ｔ細胞の増殖を示す。 膵臓癌患者と健康な個体に由来するＣＤ１６^高およびＣＤ１６^低ＭＤＳＣを用いるＴ細胞増殖実験を描いている。図８Ｂは、１：１の比率で、健康な患者由来のＣＤ１６^高ＭＤＳＣおよび膵臓癌患者由来のＣＤ１６^低ＭＤＳＣの存在下でインキュベートしたときのＣＤ４^＋Ｔ細胞の増殖を示す。 膵臓癌患者と健康な個体に由来するＣＤ１６^高およびＣＤ１６^低ＭＤＳＣを用いるＴ細胞増殖実験を描いている。図８Ｃは、１：３の比率で、健康な患者または膵臓癌患者由来のＣＤ１６^高およびＣＤ１６^低ＭＤＳＣの存在下でインキュベートしたときのＣＤ４^＋Ｔ細胞の増殖を示す。

骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）は、癌、炎症、および感染症の間に拡大する細胞の不均質な群である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣは、顆粒球の前駆体、マクロファージの前駆体、樹状細胞（ＤＣ）の前駆体、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣは、多形核（ＰＭＮ）ＭＤＳＣまたは単核球ＭＤＳＣである。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣは、癌における免疫抑制を媒介し、ここで、抗腫瘍免疫応答が阻害される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣは腫瘍の成長を刺激する。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣは、Ｔ細胞応答を抑制する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ８^＋Ｔ細胞である。他の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ４^＋Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、治療の一部として導入され、例えば、キメラ抗原受容体を有するＴ細胞（ＣＡＲ−Ｔ細胞）またはトランスジェニックＴ細胞受容体を有するＴ細胞である。

いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣはバイオマーカーの存在または発現レベルによって同定される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーはＭＤＳＣの表面上で発現される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣのバイオマーカーは細胞内で発現される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、タンパク質、タンパク質をコードするＤＮＡ、またはタンパク質をコードするＲＮＡである。いくつかの実施形態では、ＲＮＡはメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）である。いくつかの実施形態では、タンパク質は、シアル酸結合Ｉｇ様レクチン（Ｓｉｇｌｅｃ）ファミリー中のタンパク質である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの亜集団は、ＭＤＳＣの亜集団を特徴づける少なくとも１つのバイオマーカーの検出によって同定される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの亜集団は少なくとも１つのバイオマーカーの比較的高い検出によって同定される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの亜集団は、少なくとも１つのバイオマーカーの比較的高い検出と、少なくとも１つのバイオマーカーの比較的低い検出とによって同定される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの亜集団は少なくとも１つのバイオマーカーの比較的低い検出によって同定される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの亜集団は癌に関連したＭＤＳＣの亜集団である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣ亜集団は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のバイオマーカーの比較的高い発現によって同定される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣ亜集団は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のバイオマーカーの比較的低い発現によって同定される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣ亜集団は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のバイオマーカーの比較的高い発現と、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のバイオマーカーの比較的低い発現とによって同定される。

骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）の同定および／または単離のための方法
生体試料中の骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）を精製する方法と、生体試料からの骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）単離された集団を調製する方法とが本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、生体試料中のＭＤＳＣ（またはＭＤＳＣの集団）を同定する方法も本明細書に開示され、上記方法は、（ｉ）高レベルの好中球バイオマーカー；（ｉｉ）低レベルの単球バイオマーカー；（ｉｉｉ）低レベルのＣＤ１６；および、（ｉｖ）低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９を含む生体試料から細胞を検出する工程を含んでいる。いくつかの実施形態では、好中球バイオマーカーは高レベルのＣＤ１５である。いくつかの実施形態では、単球バイオマーカーは低レベルのＣＤ１４である。

いくつかの実施形態では、生体試料は血液試料である。いくつかの実施形態では、血液試料は末梢血試料である。いくつかの実施形態では、末梢血試料は全血試料である。いくつかの実施形態では、生体試料は組織試料である。いくつかの実施形態では、生体試料は癌組織試料（例えば、生検）である。いくつかの実施形態では、生体試料は非癌組織試料である。いくつかの実施形態では、末梢血試料はバフィーコート試料である。いくつかの実施形態では、生体試料は被験体から採取される。いくつかの実施形態では、個体はヒトである。いくつかの実施形態では、個体は哺乳動物である。いくつかの実施形態では、哺乳動物はヒト、非ヒトの霊長類、イヌ、ネコ、ウサギ、マウス、またはラットである。いくつかの実施形態では、哺乳動物はヒトである。いくつかの実施形態では、個体は癌であると診断される。いくつかの実施形態では、個体は癌を発症させるリスクがある。いくつかの実施形態では、個体は癌からの寛解期にある。いくつかの実施形態では、個体は癌のための治療または監視を受けている。いくつかの実施形態では、癌は、副腎、胆管（例えば、肝内胆管癌）、膀胱、血液（例えば、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、または慢性リンパ性白血病）、骨、脳、乳房、頚部、結腸直腸系（例えば、大腸癌または結腸癌）、食道、胆嚢、胃系、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、卵巣、膵臓、前立腺、細網内皮系、唾液腺、皮膚（例えば、黒色腫）、小腸、軟組織、胸腺、または子宮の癌である。いくつかの実施形態では、癌は神経内分泌腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は消化管間質腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は肉腫である。いくつかの実施形態では、癌は膵臓癌である。いくつかの実施形態では、膵臓癌は膵臓腺癌である。いくつかの実施形態では、膵臓癌は膵臓内分泌腺腫瘍（ＰＥＴ）である。

いくつかの実施形態では、生体試料はＭＤＳＣ、好中球、単球、好酸球、好塩基球、赤血球、リンパ球、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣは、多形核（ＰＭＮ）ＭＤＳＣまたは単核球ＭＤＳＣである。いくつかの実施形態では、方法は、生体試料の遠心分離を含む。いくつかの実施形態では、フィコール（登録商標）は遠心分離の前に生体試料に添加される。いくつかの実施形態では、フィコール（登録商標）はフィコール（登録商標）−Ｐａｑｕｅである。いくつかの実施形態では、血液試料を含む生体試料の遠心分離は、第１の層、バフィーコート、および第２の層を生成する。いくつかの実施形態では、第１の層は血漿を含む。いくつかの実施形態では、第２の層は顆粒球を含む。いくつかの実施形態では、第２の層は赤血球、好中球、好酸球、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、バフィーコートは、リンパ球、単球、好塩基球、ＭＤＳＣ、またはこれらの組み合わせを含む、単核層を含んでいる。

いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣを単離する工程は、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、非ＭＤＳＣ、またはこれらの組み合わせを同定することを含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣを単離する工程は、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、非ＭＤＳＣ、またはこれらの組み合わせを単離することを含む。いくつかの実施形態では、非ＭＤＳＣは、リンパ球、好塩基球、好酸球、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、非ＭＤＳＣは、リンパ球、単球、好塩基球、赤血球、好中球、好酸球、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、非ＭＤＳＣはＭＤＳＣではない任意の細胞である。

いくつかの実施形態では、バイオマーカーはＭＤＳＣまたはＭＤＳＣ亜集団を同定するために使用される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは生体試料中の非ＭＤＳＣから、ＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団を分離または単離するために使用される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは生体試料中の第２のＭＤＳＣ亜集団からＭＤＳＣ亜集団を分離または単離するために使用される。

いくつかの実施形態では、バイオマーカーは非ＭＤＳＣを同定するために使用される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは生体試料中のＭＤＳＣ亜集団から非ＭＤＳＣ亜集団を分離または除去するために使用される。いくつかの実施形態では、非ＭＤＳＣを同定、分離、および／または除去するために使用されるバイオマーカーは、リンパ球、好塩基球、好酸球、またはこれらの組み合わせを同定するバイオマーカーである。いくつかの実施形態では、リンパ球を同定するバイオマーカーは、高レベルのＣＤ３（Ｔ細胞）、高レベルのＣＤ１９（Ｂ細胞）、高レベルのＣＤ５６（ＮＫ細胞）、またはこれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、好塩基球を同定するバイオマーカーは高レベルのＣＤ１２３である。いくつかの実施形態では、好酸球を同定するバイオマーカーは高レベルのＳｉｇｌｅｃ−８である。

いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣは、フローサイトメトリー、マスサイトメトリー、免疫磁気選別、ＥＬＩＳＡ、マルチプレックスイムノアッセイ、ウェスタンブロット、タンパク質マイクロアレイ、質量分析法、配列決定、またはこれらの組み合わせを使用して同定される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣは、検出可能なプローブで同定される。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは、抗体またはその抗原結合フラグメント、アプタマー、磁気ビーズ、フルオロフォア、蛍光タンパク質、またはこれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣを同定するために使用されるバイオマーカーに結合する。

いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣは、フローサイトメトリーを使用して同定される。いくつかの実施形態では、方法は、非ＭＤＳＣを同定するために、フローサイトメトリーに試料を曝露する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、ＭＤＳＣを同定するために、フローサイトメトリーに試料を曝露する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、ＭＤＳＣ亜集団を同定するために、フローサイトメトリーに試料を曝露する工程を含む。

いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣおよび／または非ＭＤＳＣは細胞選別を使用して単離される。いくつかの実施形態では、細胞選別は蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）である。いくつかの実施形態では、細胞選別は磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）である。いくつかの実施形態では、細胞選別は検出可能なプローブの有無に基づいて細胞を単離する。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは蛍光マーカーである。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは磁気プローブである。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは同位体プローブである。いくつかの実施形態では、方法は、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、非ＭＤＳＣ、またはこれらの組み合わせを除去するために、試料を細胞選別に曝露する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、非ＭＤＳＣ、またはこれらの組み合わせを単離するために、試料を細胞選別に曝露する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、非ＭＤＳＣ、またはこれらの組み合わせを除去し、かつＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、非ＭＤＳＣ、またはこれらの組み合わせを単離するために、試料を細胞選別に曝露する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、非ＭＤＳＣがＭＤＳＣまたはＭＤＳＣ亜集団を選択するためにフローサイトメトリーへ移された場合に試料を曝露する工程を含む。

いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは、（例えば、バイオマーカーの高発現または低発現に基づいて）非ＭＤＳＣを同定するバイオマーカーに結合する。いくつかの実施形態では、非ＭＤＳＣを同定するバイオマーカーは、Ｓｉｇｌｅｃ−８、ＣＤ１２３、ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、およびこれらの組み合わせの少なくとも１つから選択される。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは、（例えば、バイオマーカーの高発現または低発現に基づいて）ＭＤＳＣまたはＭＤＳＣ亜集団を同定するバイオマーカーに結合する。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣまたはＭＤＳＣ亜集団を同定するために利用されるバイオマーカーは、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１６、Ｓｉｇｌｅｃ−３（ＣＤ３３）、Ｓｉｇｌｅｃ−５、Ｓｉｇｌｅｃ−９、およびこれらの組み合わせの少なくとも１つから選択される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣまたはＭＤＳＣ亜集団を同定するために使用されるバイオマーカーは、以下：低レベルのＣＤ１４、高レベルのＣＤ１５、低レベルのＣＤ１６、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９、高レベルのＳｉｇｌｅｃ−３（ＣＤ３３）、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５、およびこれらの組み合わせの少なくとも１つから選択される。

いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは、フルオロフォアまたは蛍光タンパク質に抱合した抗体またはその抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブはフルオロフォアに抱合したアプタマーである。いくつかの実施形態では、抗体、その抗原結合フラグメント、またはアプタマーは、（例えば、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣによるバイオマーカーの高発現または低発現に基づいて）ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣを同定するために使用されるバイオマーカーに特異的な抗体、その抗原結合フラグメント、またはアプタマーである。いくつかの実施形態では、フルオロフォアは、キサンテン（ｘａｎｔｈｅｓｅ）、シアニン、スクアライン、ナフタレン、クマリン、オキサジアゾール、アントラセン、ピレン、オキサジン、アクリジン、アリールメチン、テトラピロール、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、キサンテン誘導体はフルオレセイン、ローダミン、オレゴングリーン（Ｏｒｅｇｏｎ ｇｒｅｅｎ）、エオシン、またはテキサスレッド（Ｔｅｘａｘ ｒｅｄ）である。いくつかの実施形態では、シアニン誘導体はインドカルボシアニン、オキサカルボシアニン、チアカルボシアニン、またはメロシアニンである。いくつかの実施形態では、スクアラインはＳｅｔａ、ＳｅＴａｕ、または正方形色素である。いくつかの実施形態では、オキサジアゾール誘導体はピリジルオキサゾール、ニトロベンゾオキサジアゾール、またはベンゾオキサジアゾールである。いくつかの実施形態では、アントラセン誘導体はアントラキノンである。いくつかの実施形態では、ピレン誘導体はカスケードブルーである。いくつかの実施形態では、オキサジン誘導体はナイルレッド、ナイルブルー、クレシルバイオレット、またはオキサジン１７０である。いくつかの実施形態では、アクリジン誘導体はプロフラビン、アクリジンオレンジ、またはアクリジンイエローである。いくつかの実施形態では、アリールメチン誘導体はオーラミン、クリスタルバイオレット、またはマラカイトグリーンである。いくつかの実施形態では、テトラピロール誘導体はポルフィン、フタロシアニン、またはビリルビンである。いくつかの実施形態では、フルオロフォアは市販のフルオロフォアである。いくつかの実施形態では、市販のフルオロフォアは、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）、ＨｉＬｙｔｅ（商標）、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）、ＦｌｕｏＰｒｏｂｅｓ（登録商標）、Ａｂｂｅｒｉｏｒ（登録商標）、Ｂｒｉｌｌｉａｎｔ Ｖｉｏｌｅｔ（商標）ファミリーから選択されたファミリー中のフルオロフォアである。

いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは蛍光タンパク質（ＦＰ）を含む。いくつかの実施形態では、蛍光タンパク質は、単量体、二量体、または四量体である。いくつかの実施形態では、蛍光タンパク質は、光活性化可能な蛍光タンパク質である。いくつかの実施形態では、任意の適切な蛍光タンパク質が使用される。蛍光タンパク質の例としては、限定されないが、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、赤色蛍光タンパク質（ＲＦＰ）、Ｖｅｒｄｅ蛍光タンパク質（ＶＦＰ）、キンドリング蛍光タンパク質（ＫＦＰ）、またはｍＣＨＥＲＲＹが挙げられる。

いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣは、磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）を使用して、同定または単離される。いくつかの実施形態では、ＭＡＣＳは、（例えば、正または負の選択によって）検出可能なプローブの存在に基づいて細胞を検出または単離する。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは磁気ビーズを含む。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは、磁気粒子に抱合した抗体またはその抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは磁気粒子に抱合したアプタマーを含む。いくつかの実施形態では、抗体、その抗原結合フラグメント、またはアプタマーは、ＭＤＳＣまたは非ＭＤＳＣを同定するために使用されるバイオマーカーに特異的な抗体、抗原結合フラグメント、またはアプタマーである。

いくつかの実施形態では、蛍光補助細胞選別（ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ ａｓｓｉｓｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ）（ＦＡＣＳ）は、生体試料から非ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ、またはＭＤＳＣの亜集団の少なくとも０．０５％、０．１％、０．５％、１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％を除去するために使用される。いくつかの実施形態では、フローサイトメトリーは、生体試料から非ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ、またはＭＤＳＣの亜集団の少なくとも０．０５％、０．１％、０．５％、１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％を単離するために使用される。いくつかの実施形態では、フローサイトメトリーは生体試料から非ＭＤＳＣの少なくとも５％を除去するために使用される。いくつかの実施形態では、フローサイトメトリーは生体試料から非ＭＤＳＣの少なくとも１５％を除去するために使用される。いくつかの実施形態では、フローサイトメトリーは生体試料から非ＭＤＳＣの少なくとも４０％を除去するために使用される。いくつかの実施形態では、フローサイトメトリーは生体試料から非ＭＤＳＣの少なくとも８０％を除去するために使用される。いくつかの実施形態では、フローサイトメトリーは生体試料から細胞の少なくとも１５％を単離するために使用される。いくつかの実施形態では、フローサイトメトリーは生体試料から細胞の少なくとも４０％を単離するために使用される。いくつかの実施形態では、フローサイトメトリーは生体試料から細胞の少なくとも８０％を単離するために使用される。いくつかの実施形態では、フローサイトメトリーは生体試料から細胞の少なくとも９８％を単離するために使用される。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは同定後にＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣから除去される。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは単離後にＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣから除去される。

いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣは、免疫磁気選別（例えば、正および／または負の選択を使用する免疫磁気選別）を使用して同定される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣは、免疫磁気選別を使用して単離される。いくつかの実施形態では、免疫磁気選別はＭＡＣＳである。いくつかの実施形態において、免疫磁気選別は、（ａ）磁気プローブを、試料中のＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣ上で発現されたバイオマーカーに結合させること；（ｂ）磁気プローブに結合していないＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣから、磁気プローブに結合したＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣを分離するために、試料に磁場を適用すること；および、（ｃ）磁気プローブに結合していないＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣから、磁気プローブに結合したＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣを単離すること、を含む。いくつかの実施形態では、磁場を適用することは、磁気ビーズに取り付いた磁気プローブに結合したＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣをもたらす。いくつかの実施形態では、磁気ビーズはＤｙｎａｂｅａｄ（登録商標）である。いくつかの実施形態では、ビーズは、抗体またはその抗原結合フラグメント、レクチン、酵素、またはストレプトアビジンでコーティングされる。いくつかの実施形態では、磁気プローブは単離後にＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣから除去される。

いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣは、ＥＬＩＳＡ、マルチプレックスイムノアッセイ、ウェスタンブロット、またはタンパク質マイクロアレイを使用して同定される。いくつかの実施形態では、ＥＬＩＳＡ、マルチプレックスイムノアッセイ、ウェスタンブロット、またはタンパク質マイクロアレイは、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣを検出するために、本明細書に記載された抗体またはその抗原結合フラグメントまたはアプタマーの使用を含む。いくつかの実施形態では、ウェスタンブロットは電気泳動の分離後に行われる。いくつかの実施形態では、ＥＬＩＳＡは電気泳動の分離なしで行われる。いくつかの実施形態では、ＥＬＩＳＡ、マルチプレックスイムノアッセイ、ウェスタンブロット、またはタンパク質マイクロアレイは、定性的バイオマーカー評価、定量的バイオマーカー評価、またはこれらの組み合わせをもたらす。いくつかの実施形態では、ＥＬＩＳＡ、マルチプレックスイムノアッセイ、ウェスタンブロット、またはタンパク質マイクロアレイは、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、非ＭＤＳＣ、またはこれらの組み合わせから始まる細胞溶解物に対して実行される。

いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣを同定するバイオマーカーのレベルは、リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を使用して定量化される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは発現レベル（例えば、絶対的または相対的な発現レベル）である。

いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣは、配列決定を使用して同定される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣを同定するバイオマーカー、ＭＤＳＣ亜集団を同定するバイオマーカー、非ＭＤＳＣを同定するバイオマーカー、またはこれらの組み合わせは、配列決定を使用して同定される。いくつかの実施形態では、ＤＮＡまたはＲＮＡは配列決定される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡはメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）である。いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡは配列決定の前に相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）に変換される。いくつかの実施形態では、全ゲノム、エクソーム、またはトランスクリプトームは、配列決定によって評価または定量化される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣ、ＭＤＳＣ亜集団、または非ＭＤＳＣを同定するバイオマーカーをコードするＤＮＡまたはＲＮＡが配列決定される。いくつかの実施形態では、配列決定は、サンガーシーケンシング、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、次世代シーケンシングは、超並列シグネチャーシーケンシング、パイロシーケンシング（例えば、Ｒｏｃｈｅ ４５４シーケンシングデバイスを使用する）、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Ｓｏｌｅｘａ）シーケンシング、合成によるシーケンシング（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）、イオントレントシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング（例えば、ＳＯＬｉＤシーケンシング）、単一分子リアルタイム（ＳＭＲＴ）シーケンシング（例えば、Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ポロニーシーケンシング、ＤＮＡナノボールシーケンシング、ヘリスコープ（ｈｅｌｉｓｃｏｐｅ）単一分子シーケンシング（Ｈｅｌｉｃｏｓ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、および／またはナノポアシーケンシング（例えば、Ｏｘｆｏｒｄ Ｎａｎｏｐｏｒｅ）を含む。

いくつかの実施形態では、非ＭＤＳＣは、高レベルのＳｉｇｌｅｃ−８、高レベルのＣＤ１２３、高レベルのＣＤ３、高レベルのＣＤ１９、高レベルのＣＤ５６、またはこれらの組み合わせを発現する細胞を除去することにより、生体試料から除去される。

いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団は、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９、低レベルのＣＤ１６、またはこれらの組み合わせを有する細胞を選択することにより単離される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団は、低レベルのＣＤ１４、高レベルのＣＤ１５、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９、低レベルのＣＤ１６、またはこれらの組み合わせを有する細胞を選択することにより単離される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団は、低レベルのＣＤ１４、高レベルのＣＤ１５、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９、低レベルのＣＤ１６、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５、高レベルのＳｉｇｌｅｃ−３、またはこれらの組み合わせを有する細胞を選択することにより単離される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団は、低レベルのＣＤ１６、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５、高レベルのＳｉｇｌｅｃ−３、またはこれらの組み合わせを有する細胞を選択することにより単離される。

いくつかの実施形態では、高レベルまたは低レベルは、細胞の表面上のバイオマーカーの高レベルの発現または細胞の表面上のバイオマーカーの低レベルの発現をそれぞれ示す。本明細書で使用されるように、上付き文字または記述子「＋」および「高（ｈｉｇｈ）」は、交換可能に使用される。本明細書で使用されるように、特定の実施形態では、高レベルのバイオマーカーは、「＋」を用いて、例えば、ＣＤ１５^＋と示される。本明細書で使用されるように、特定の実施形態では、高レベルのバイオマーカーは、「（高）ｈｉｇｈ」を用いて、例えば、ＣＤ１５^高と示される。本明細書で使用されるように、上付き文字または記述子「−」および「低（ｌｏｗ）」は、交換可能に使用される。本明細書で使用されるように、特定の実施形態では、低レベルのバイオマーカーは、「−」を用いて、例えば、ＣＤ１４⁻と示される。本明細書で使用されるように、特定の実施形態では、低レベルのバイオマーカーは、「低（ｌｏｗ）」を用いて、例えば、ＣＤ１４^低と示される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーの低レベルの発現は、バイオマーカーの発現がないことである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーの低レベルの発現は、発現の閾値レベルよりも下の発現のレベルである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーの高レベルの発現は、発現の閾値レベルよりも上の発現のレベルである。いくつかの実施形態では、発現の閾値レベルは発現のあらかじめ定められたレベルである。いくつかの実施形態では、発現の閾値レベルは、生体試料が採取された個体における非癌細胞の発現のレベルである。いくつかの実施形態では、発現の閾値レベルは健康な個体における発現のレベルである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーの低レベルの発現は、同じ細胞または生体試料からの別の細胞または細胞集団におけるバイオマーカー発現のレベルと比較して、比較的低いか減少している、細胞または細胞集団の発現のレベルである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーの低レベルの発現は、異なる細胞または生体試料からの細胞または細胞集団におけるバイオマーカー発現のレベルと比較して、比較的低いか減少している、細胞または細胞集団の発現のレベルである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーの高レベルの発現は、同じ細胞または生体試料からの別の細胞または細胞集団におけるバイオマーカー発現のレベルと比較して、比較的高いか増加している、細胞または細胞集団の発現のレベルである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーの高レベルの発現は、異なる細胞または生体試料からの細胞または細胞集団におけるバイオマーカー発現のレベルと比較して、比較的高いか増加している、細胞または細胞集団の発現のレベルである。

いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣを同定する方法は、個体の癌を診断するために使用される。いくつかの実施形態では、癌の診断は、癌に関連するＭＤＳＣの亜集団を同定することを含む。いくつかの実施形態では、癌に関連するＭＤＳＣの亜集団は、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９、低レベルのＣＤ１６、またはこれらの組み合わせを発現するＭＤＳＣ亜集団である。いくつかの実施形態では、癌に関連するＭＤＳＣの亜集団は、低レベルのＣＤ１４、高レベルのＣＤ１５、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９、低レベルのＣＤ１６、またはこれらの組み合わせを発現するＭＤＳＣである。いくつかの実施形態では、癌に関連するＭＤＳＣの亜集団は、低レベルのＣＤ１４、高レベルのＣＤ１５、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９、低レベルのＣＤ１６、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５、高レベルのＳｉｇｌｅｃ−３、またはこれらの組み合わせを発現するＭＤＳＣである。いくつかの実施形態では、癌に関連するＭＤＳＣの亜集団は、低レベルのＣＤ１６、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５、高レベルのＳｉｇｌｅｃ−３、またはこれらの組み合わせを発現するＭＤＳＣである。いくつかの実施形態では、癌は、副腎、胆管（例えば、肝内胆管癌）、膀胱、血液（例えば、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、または慢性リンパ性白血病）、骨、脳、乳房、頚部、結腸直腸系（例えば、大腸癌または結腸癌）、食道、胆嚢、胃系、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、卵巣、膵臓、前立腺、細網内皮系、唾液腺、皮膚（例えば、黒色腫）、小腸、軟組織、胸腺、または子宮の癌である。いくつかの実施形態では、癌は神経内分泌腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は消化管間質腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は肉腫である。いくつかの実施形態では、癌は膵臓癌である。いくつかの実施形態では、膵臓癌は膵臓腺癌である。いくつかの実施形態では、膵臓癌は膵臓内分泌腺腫瘍（ＰＥＴ）である。

いくつかの実施形態では、個体における癌の診断は、個体からの生体試料における癌に関連するＭＤＳＣまたはＭＤＳＣ亜集団を同定することを含む。

いくつかの実施形態では、個体における癌の診断は：（ａ）個体から生体試料中の癌に関連するＭＤＳＣまたはＭＤＳＣ亜集団の量を判定すること；および、（ｂ）上記量を閾値量と比較すること、を含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣの閾値量またはＭＤＳＣの亜集団の閾値量は、個体における非癌性組織からの同じ細胞の量である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の閾値量は、健康な被験体からの生体試料中の同じ細胞の量である。いくつかの実施形態では、閾値量よりも上の、癌に関連するＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の量は、癌を抱えていると個体を診断する。いくつかの実施形態では、閾値量よりも上のＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の量は、個体に投与されるべき処置を示す。いくつかの実施形態では、閾値量よりも上のＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の量は、個体に投与されるべきではない処置を示す。いくつかの実施形態では、閾値量よりも上のＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の量は、個体に投与されるべき第１の処置と、個体に投与されるべきではない第２の処置を示す。いくつかの実施形態では、閾値量よりも下の、癌に関連するＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の量は、癌を抱えていないと個体を診断する。いくつかの実施形態では、閾値量よりも下のＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の量は、処置を投与されるべき個体を示す。いくつかの実施形態では、閾値量よりも下のＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の量は、処置を投与されるべきではない個体を示す。いくつかの実施形態では、閾値量よりも下のＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の量は、処置を投与されるべき個体と、処置を投与されるべきではない個体を示す。

いくつかの実施形態では、個体における癌の診断は：（ａ）個体から生体試料中のＭＤＳＣまたはＭＤＳＣ亜集団の比率を判定することであって、比率は第２の集団中の細胞の量に相対的である、こと；および、（ｂ）上記比率を閾値比率と比較すること、を含む。いくつかの実施形態では、第２の集団は、生体試料中のすべての細胞、生体試料中の癌と関連しないＭＤＳＣの亜集団、または生体試料中の非ＭＤＳＣである。いくつかの実施形態では、閾値比率は個体中の非癌性組織からの比率である。いくつかの実施形態では、閾値比率は健康な被験体からの比率である。いくつかの実施形態では、閾値比率よりも上の比率は、癌を持っていると個体を診断する。いくつかの実施形態では、閾値量よりも上のＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の比率は、個体に投与されるべき処置を示す。いくつかの実施形態では、閾値量よりも上のＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の比率は、個体に投与されるべきではない処置を示す。いくつかの実施形態では、閾値量よりも上のＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の比率は、個体に投与されるべき第１の処置と、個体に投与されるべきではない第２の処置を示す。いくつかの実施形態では、閾値比率よりも下の比率は、癌を持っていないと個体を診断する。いくつかの実施形態では、閾値量よりも下のＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の比率は、処置を投与されるべき個体を示す。いくつかの実施形態では、閾値量よりも下のＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の比率は、処置を投与されるべきではない個体を示す。いくつかの実施形態では、閾値量よりも下のＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団の比率は、処置を投与されるべき個体と、処置を投与されるべきではない個体を示す。

いくつかの実施形態では、診断は個体における癌の重症度を判定することを含む。

いくつかの実施形態では、ＭＤＳＣまたはＭＤＳＣの亜集団を同定する方法は、個体における治療に対する癌の応答をモニタリングするために使用される。

いくつかの実施形態では、個体における治療に対する癌の応答のモニタリングは：（ａ）個体からの第１の生体試料中の癌に関連するＭＤＳＣの亜集団の第１の量を判定すること；（ｂ）個体からの第２の生体試料中の癌に関連するＭＤＳＣの亜集団の第２の量を判定すること；および、（ｃ）第１の量を第２の量と比較すること、を含む。いくつかの実施形態では、第１の量に対して減少した第２の量は、治療に対する癌の肯定的な応答を示す。いくつかの実施形態では、第１の量に対して増加した第２の量は、治療に対する癌の否定的な応答を示す。

いくつかの実施形態では、治療に対する個体における癌の応答のモニタリングは：（ａ）個体からの第１の生体試料中の細胞の第２の集団に対するＭＤＳＣの亜集団の第１の比率を判定すること；（ｂ）個体からの第２の生体試料中の細胞の第２の集団に対するＭＤＳＣの亜集団の第２の比率を判定すること；および、（ｃ）第１の比率を第２の比率と比較すること、を含む。いくつかの実施形態では、第２の集団は、第１または第２の生体試料中の細胞の総量、第１または第２の生体試料中の癌に関連しないＭＤＳＣの亜集団中のＭＤＳＣの量、あるいは第１または第２の生体試料中の非ＭＤＳＣの量である。いくつかの実施形態では、第１の比率に対して減少した第２の比率は、治療に対する癌の肯定的な応答を示す。いくつかの実施形態では、第１の比率に対して増加した第２の比率は、治療に対する癌の否定的な応答を示す。

いくつかの実施形態では、肯定的な応答は、癌が重症度において減少していること、癌がサイズにおいて減少していること、治療が有効であること、癌の変化がないこと、癌のステージの進行がないこと、またはこれらの組み合わせを示す。いくつかの実施形態では、肯定的な応答の検出はさらに、個体への治療の投与を維持することを含む。いくつかの実施形態では、肯定的な応答の検出はさらに、個体への治療の投与の修正を含む。いくつかの実施形態では、個体への治療の投与は減らされる。いくつかの実施形態では、個体への治療の投与は増やされる。いくつかの実施形態では、個体への治療の投与は中止される。

いくつかの実施形態では、否定的な応答は、癌が重症度を増大させていること、癌がサイズで増加していること、治療が有効ではないこと、またはこれらの組み合わせを示す。いくつかの実施形態では、治療に対する否定的な応答は、ぶり返し、再発、重症度の増加、癌のステージの進行、または癌の無変化である。いくつかの実施形態では、否定的な応答の検出はさらに、個体への治療の投与の修正を含む。いくつかの実施形態では、個体への治療の投与は増やされる。いくつかの実施形態では、治療の投与を増やすことは、個体に投与される治療の量、個体に投与された治療の頻度、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、否定的な応答の検出はさらに、個体への第２の治療を投与することを含む。いくつかの実施形態では、第２の治療が個体に投与されるとき、第１の治療の投与は止められる。いくつかの実施形態では、第２の治療が個体に投与されるとき、第１の治療の投与は継続する。

いくつかの実施形態では、第１の生体試料は治療を始める前に個体から採取される。いくつかの実施形態では、第２の生体試料は治療を始める前に個体から採取される。いくつかの実施形態では、第２の生体試料は治療の投与の後に個体から採取される。いくつかの実施形態では、個体からの第１の生体試料の採取と個体から第２の生体試料の採取との間の時間は、１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週、２週間、３週間、４週間、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、または１年である。いくつかの実施形態では、方法はさらに、第３、第４、第５、第６、第７、第８、第９、または第１０の生体試料を採取する工程を含む。

いくつかの実施形態では、モニタリングは個体における癌の治療の間に行われる。いくつかの実施形態では、モニタリングは、個体に対する治療の第１の投与量の投与の約１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週間、２週間、３週間、４週間、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、または１年後に行われる。

いくつかの実施形態では、治療は化学療法、免疫療法薬物、ホルモン療法、幹細胞移植、放射線、手術、小分子薬物、抗体またはその抗原結合フラグメント、チェックポイント阻害剤、キナーゼ阻害剤、腫瘍溶解性ウイルス療法、遺伝子編集療法、細胞療法（例えば、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）−Ｔ細胞またはトランスジェニックＴ細胞療法）、あるいは、これらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、化学療法はアブラキサン（Ａｂｒａｘａｎｅ）（登録商標）、ジェムザール（Ｇｅｍｚａｒ）（登録商標）、オニバイド（Ｏｎｉｖｙｄｅ）（登録商標）、またはフォルフィリノックス（Ｆｏｌｆｉｎｒｉｎｏｘ）（登録商標）である。いくつかの実施形態では、化学療法は、イリノテカン、パクリタキセル、ゲムシタビン、フルオロウラシル（５−ＦＵ）、ロイコボリン、オキサリプラチン、またはこれらの組み合わせである。

いくつかの実施形態では、患者の癌を処置する方法も本明細書に開示され、上記方法は、患者に抗癌治療を投与する工程を含み、ここで、患者からの生体試料は、本明細書で開示されるような骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）の集団を含むものと同定される。

いくつかの実施形態では、癌は、癌は、副腎、胆管（例えば、肝内胆管癌）、膀胱、血液（例えば、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、または慢性リンパ性白血病）、骨、脳、乳房、頚部、結腸直腸系（例えば、大腸癌または結腸癌）、食道、胆嚢、胃系、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、卵巣、膵臓、前立腺、細網内皮系、唾液腺、皮膚（例えば、黒色腫）、小腸、軟組織、胸腺、または子宮の癌である。いくつかの実施形態では、癌は神経内分泌腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は消化管間質腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は肉腫である。いくつかの実施形態では、癌は膵臓癌である。いくつかの実施形態では、膵臓癌は膵臓腺癌である。いくつかの実施形態では、膵臓癌は膵臓内分泌腺腫瘍（ＰＥＴ）である。

いくつかの実施形態では、抗癌治療は化学療法、免疫療法薬物、ホルモン療法、幹細胞移植、放射線、手術、小分子薬物、抗体またはその抗原結合フラグメント、チェックポイント阻害剤、キナーゼ阻害剤、腫瘍溶解性ウイルス療法、遺伝子編集療法、細胞療法（例えば、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）−Ｔ細胞またはトランスジェニックＴ細胞療法）、あるいは、これらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、化学療法はアブラキサン（Ａｂｒａｘａｎｅ）（登録商標）、ジェムザール（Ｇｅｍｚａｒ）（登録商標）、オニバイド（Ｏｎｉｖｙｄｅ）（登録商標）、またはフォルフィリノックス（Ｆｏｌｆｉｎｒｉｎｏｘ）（登録商標）である。いくつかの実施形態では、化学療法は、イリノテカン、パクリタキセル、ゲムシタビン、フルオロウラシル（５−ＦＵ）、ロイコボリン、オキサリプラチン、またはこれらの組み合わせである。

骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）の同定のためのキット
本明細書に記載された方法で使用するために、キットと製品も提供される。いくつかの実施形態では、キットは、バイアル、チューブなどの１つ以上の容器を収納するために仕切られる担体、包装、または容器を含み、容器の各々は本明細書に記載される方法で使用される別々の要素の１つを含む。適切な容器は、例えば、ボトル、バイアル、注射器、および試験管を含む。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの様々な材料から形成される。

いくつかの実施形態において、キットは１以上の追加の容器を備え、それぞれが、本明細書に記載される方法での使用のために商業上の観点およびユーザーの観点から望ましい１以上の様々な材料（随意に濃縮された形態の試薬、および／または装置など）を有する。こうした材料の非限定的な例としては、限定されないが、緩衝液、希釈剤、検出剤、検出可能なプローブ、フィルター、針、注射器；担体、包装、容器、バイアル、および／または、内容物および／または使用説明書、ならびに使用説明書を伴う添付文書を列挙したチューブラベルが挙げられる。いくつかの実施形態では、説明書のセットが含まれている。いくつかの実施形態では、ラベルは容器の上にあるか、または包装容器に付属する。例えば、ラベルを形成する文字、数、あるいは他の特徴が容器自体に付けられるか、成型されるか、エッチングされる場合、ラベルは容器上にある。別の例では、ラベルが容器を保持する入れ物または担体内に、例えば、添付文書として存在する場合、ラベルは容器に付属している。いくつかの実施形態では、ラベルは、内容物が特定の診断用途のために使用されることになっていることを示すために使用される。いくつかの実施形態では、ラベルは、本明細書に記載される方法のように、内容物の使用説明書を示す。

いくつかの実施形態では、キットは、好中球バイオマーカー、単球バイオマーカー、ＣＤ１６、Ｓｉｇｌｅｃ−９、またはこれらの組み合わせを検出することができる少なくとも１つの検出可能なプローブを含む。いくつかの実施形態では、好中球バイオマーカーはＣＤ１５である。いくつかの実施形態では、単球バイオマーカーはＣＤ１４である。いくつかの実施形態では、キットはさらに、Ｓｉｇｌｅｃ−５、Ｓｉｇｌｅｃ−３、またはこれらの組み合わせを検出することができる少なくとも１つの検出可能なプローブを含む。いくつかの実施形態では、キットはさらに、非ＭＤＳＣバイオマーカーを検出することができる検出可能なプローブを含む。いくつかの実施形態では、非ＭＤＳＣは好酸球、好塩基球、またはリンパ球である。いくつかの実施形態では、好酸球バイオマーカーはＳｉｇｌｅｃ−８である。いくつかの実施形態では、好塩基球バイオマーカーはＣＤ１２３である。いくつかの実施形態では、リンパ球バイオマーカーは、ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、またはこれらの組み合わせである。

いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは、抗体、その抗原結合フラグメント、またはアプタマーを含む。いくつかの実施形態では、抗体、その抗原結合フラグメント、またはアプタマーは、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１６、Ｓｉｇｌｅｃ−９、Ｓｉｇｌｅｃ−３、Ｓｉｇｌｅｃ−５、Ｓｉｇｌｅｃ−８、ＣＤ１２３、ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、またはこれらの組み合わせに結合する。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブはフルオロフォアに抱合している。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは蛍光で検出可能である。いくつかの実施形態では、検出可能なプローブは磁気粒子を含む。

特定の用語
本明細書で使用される用語は、特定の事例のみを記載することを目的としており、本発明を制限することを意図していない。以下の用語は、当業者によるこうした用語の理解に加えて、本明細書で使用されるような用語の意味を説明するために議論される。本明細書および添付の請求項において使用されるように、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈が明確に別段の規定をしていない限り、複数の指示対象を含む。あらゆる随意の要素を除外するために請求項を書くことにさらに留意する。したがって、この記述は、請求項の要素の記載に関連して「もっぱら」、「唯一の」のような排他的な用語の使用、または「否定的」な限定の使用の先行的な根拠としての役割を果たすことを意図している。

本明細書では、数値の前に「約」という言葉を付けて特定の範囲を示している。本明細書では、「約」という用語は、その用語が先行する正確な数、同様に、その用語が先行する数に近い数またはほぼその数の文字通りの裏付けを提供するために使用される。ある数が具体的に記載された数に近いか近似しているかどうかを判断する際、近いか近似している未記載の数は、それが提示された文脈において、具体的に記載された数の実質的な等価物を提供する数であってもよい。値の範囲が提供される場合、文脈で明記されていない限り、その範囲の上限および下限と、その記載された範囲の他の記述されたまたは介在する値の間に、下限の単位の１０分の１までのそれぞれの介在する値が、本明細書に記載された方法および組成物内に包含されることが理解される。これらの小さい範囲の上限と下限は、独立して小さい範囲に含まれてもよく、記載された範囲の中で特に除外された限界にしたがって、本明細書に記載された方法および組成物の中にも包含される。記述された範囲が限界の一方または両方を含む場合、それらの含まれる限界の一方または両方を除外した範囲も、本明細書に記載された方法および組成物に含まれる。

「個体」、「患者」、または「被験体」との用語は互換的に使用される。いかなる用語も、保健従事者（例えば、医師、正看護婦、ナース−プラクティショナー、医師助手、用務係、またはホスピス職員）の監督（例えば、持続的または断続的）によって特徴付けられた状態を要求せず、またはそれに限定されない。さらに、これらの用語はヒトまたは動物の被験体を指す。

他に定義されていない限り、本明細書で使用されているすべての技術的および科学的な用語は、本明細書に記載されている方法および組成物が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されているのと同じ意味を有する。本明細書に記載されているものと類似または同等の任意の方法および材料も、本明細書に記載された方法および組成物の実施または試験に使用することができるが、代表的な例示的方法および材料をここで説明する。

本明細書では、バイオマーカーの存在に言及する際、上付き文字または記述子の「低（ｌｏｗ）」および「−」は互換的に使用され、特定のバイオマーカーが他の細胞と比較していくつかの細胞中で相対的に低い量で存在していることを示す。「低（ｌｏｗ）」または「−」の使用は、必ずしも存在しないことを意味するものではないが、状況によっては、「低（ｌｏｗ）」または「−」の使用は、バイオマーカーが存在しない細胞を含むことになる。同様に、本明細書では、バイオマーカーの存在に言及する際、上付き文字または記述子の「（高）ｈｉｇｈ」および「＋」は互換的に使用され、特定のバイオマーカーが他の細胞と比較していくつかの細胞中で相対的に高い量で存在していることを示す。

実施例１．骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）は膵臓癌で増加する。
健康な個体からの骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）集団は、（１）全血試料、（２）顆粒球試料、および（３）バフィーコート試料を含む末梢血の調製物から分析された。顆粒球とバフィーコートの試料は、図１で概説したように調製された。図１に示すように、ＭＤＳＣは通常、バフィーコート層で他の低密度単核細胞と共精製されるが、高密度顆粒球（例えば、好中球および好酸球）は通常、赤血球と一緒の層に沈降する。

全血、顆粒球、バフィーコートからの細胞を、ＣＤ３、ＣＤ１９、およびＣＤ５６（リンパ球を検出するために）、ＣＤ１２３（好塩基球を検出するために）、Ｓｉｇｌｅｃ−８（好酸球を検出するために）、ＣＤ１４（単球を検出するために）、ＣＤ１５（好中球を検出するために）に対する抗体で染色し、フローサイトメトリー解析にかけてＭＤＳＣ集団を検出した。図２Ａは、健康な個体からの代表的な結果を示したものである。３段階のゲーティング戦略が用いられた。最初に、前方散乱（ＦＳＣ）と側方散乱（ＳＳＣ）のゲートを広範囲に配置することで、「生きている」細胞を捕捉した（図示せず）。次に、リンパ球、好塩基球、および好酸球を除去するために、低レベルのＣＤ３、ＣＤ１９、およびＣＤ５６を有する細胞（「Ｄｕｍｐ」、図２Ａ左パネルのＹ軸）、および低レベルのＣＤ１２３とＳｉｇｌｅｃ−８を有する細胞（「ＣＤ１２３／Ｓｉｇ８」、図２Ａ左パネルのＸ軸）をゲートした。その結果、全血試料中の細胞の５６．７％、顆粒球試料中の細胞の８５．３％、バフィーコート試料中の細胞の１８％が解析の第３段階に進んだ。ＭＤＳＣを示す細胞を定量化するために、ＣＤ１４が低レベルの「ＣＤ１４^低」（Ｘ軸図２Ａ、右パネル）とＣＤ１５が高レベルの「ＣＤ１５^高」（Ｙ軸図２Ａ、右パネル）の細胞を選択するために、細胞を再度ゲートした。図２Ａで示すように、リンパ球、好塩基球、および好酸球をゲートアウトした後、全血試料中の残りの細胞の９１．７％（全体では５２．１％）、顆粒球試料中の残りの細胞の９１．９％（全体では７８．４％）、バフィーコート試料中の残りの細胞の３．１％（全体では０．５％）が、ＣＤ１５^高／ＣＤ１４^低ゲートで捕捉された。このように、上記のゲーティング戦略はバフィーコート試料中のＭＤＳＣの検出を示しているが、このような方法は、試料中に存在する比較的大きな好中球の集団によってＭＤＳＣの検出が不明瞭になる全血試料では、意味のある結果を得ることができない。

健康な患者のＭＤＳＣと癌患者のＭＤＳＣの相対的な量を比較するために、膵臓癌患者からのバフィーコート試料を図１に概略を示したように調製し、上記のようにフローサイトメトリー分析にかけた。図２Ｂで見られるように、ＣＤ３、ＣＤ１９、およびＣＤ５６（図２ＢのＹ軸の「Ｄｕｍｐ」）、および低レベルのＣＤ１２３とＳｉｇｌｅｃ−８（図２Ｂの左パネルのＸ軸「ＣＤ１２３／Ｓｉｇ８」）を有する代表的な膵臓癌患者の細胞がゲートされ、その結果、約９５．９％の細胞がさらなる分析に進んだ。ＭＤＳＣｓを定量化するために、細胞を再度ゲートすることで（「ＣＤ１５^高／ＣＤ１４^低」）、ＣＤ１４が低レベルで（「ＣＤ１４」Ｘ軸、図２Ｂ、右パネル）、ＣＤ１５が高レベルの（「ＣＤ１５」Ｙ軸、図２Ｂ、右パネル）の細胞を選択した。図２Ｂに示すように、リンパ球、好塩基球、および好酸球をゲートアウトした後、バフィーコート試料中の残りの細胞の４５．６％がＣＤ１５^高／ＣＤ１４^低ゲートに存在し、ＭＤＳＣｓの存在を示した。結局、上記のゲーティング戦略は、（検出された全細胞のうちわずか０．５％しかＭＤＳＣを示さなかった、図２Ａに示した代表的な健康な患者のバフィーコート試料の結果と比較して）代表的な膵臓癌患者のバフィーコート試料中で検出された全細胞のおよそ４０％がＭＤＳＣの存在を示すことを実証した。

膵臓癌患者におけるＭＤＳＣをさらに特徴づけるために、健康な個体と膵臓癌患者からのバフィーコート試料をフローサイトメトリーで分析することで、上記のゲーティング戦略を用いてＭＤＳＣを定量化した。図３で見られるように、膵臓癌患者のバフィーコート試料のＭＤＳＣ細胞集団は、健康な個体からのバフィーコート試料で検出されたＭＤＳＣ細胞集団と比較して、劇的かつ有意に増加していることが観察された（Ｐ＝０．０００２）。

実施例２．ＣＤ１６⁻ＭＤＳＣ亜集団の検出と特徴づけ
代表的な健康な個体と代表的な膵臓癌患者からの骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）集団は、（１）全血試料、（２）顆粒球試料、および（３）バフィーコート試料を含む末梢血の調製物から分析された。顆粒球とバフィーコートの試料は、実施例１に一般的に記載されるように調製された。

全血、顆粒球、およびバフィーコート試料からの細胞を、実施例１に記載の抗体（ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、ＣＤ１２３、Ｓｉｇｌｅｃ−８、ＣＤ１４、およびＣＤ１５）に加えて、ＣＤ１６とＳｉｇｌｅｃ−９に対する抗体で染色し、実施例１に記載のフローサイトメトリー解析とゲーティングを行った。その後、ＣＤ１５^高／ＣＤ１４^低のＭＤＳＣｓ細胞をさらに分析することで、これらの細胞におけるＣＤ１６とＳｉｇｌｅｃ−９のレベルを特徴づけた。図４Ａ−Ｂに示すように、健康な個体と膵臓癌患者の両方において、ＣＤ１５^高／ＣＤ１４^低ＭＤＳＣｓはさらに２つの異なる亜集団に分類される： １）ＣＤ１６が低レベル（「ＣＤ１６⁻」）でＳｉｇｌｅｃ−９が低レベル（「Ｓｉｇ９⁻」）の第１の亜集団と、２）ＣＤ１６が相対的に高いレベル（「ＣＤ１６^＋」）でＳｉｇｌｅｃ−９が相対的に高いレベル（「Ｓｉｇ９＋」）の第２の亜集団。図４Ａに見られるように、健康な個体の場合、全血試料中の細胞の０．０６％まで、顆粒球試料中の細胞の０．０２％まで、およびバフィーコート試料中の細胞の８．６３％までがゲートで捕捉され、ＭＤＳＣのＣＤ１６⁻／Ｓｉｇ９⁻亜集団を示していた。他方で、図４Ｂに見られるように、全血試料中の細胞の１．４７％まで、顆粒球試料中の細胞の０．１１％まで、および膵臓癌患者のバフィーコート試料中の細胞の８９．３％までがゲートで捕捉され、ＭＤＳＣのＣＤ１６⁻／Ｓｉｇ−９⁻亜集団を示していた。このように、全体として、膵臓癌患者ではＭＤＳＣのＣＤ１６⁻／Ｓｉｇ９⁻亜集団が１０倍以上増加しており、このＭＤＳＣ亜集団が膵臓癌におけるＴ細胞活性化のＭＤＳＣ媒介性の抑制に顕著な役割を果たしている可能性を示唆している。

ＣＤ１６^低／ＣＤ１６^高ＭＤＳＣ亜集団におけるＬＯＸ−１の解析
近年、Ｃｏｎｄａｍｉｎｅらは、ＣＤ１１ｂ^＋ＣＤ１４⁻ＣＤ１５^＋／ＣＤ６６ｂ^＋多形核（顆粒球型）骨髄系由来サプレッサー細胞（ＰＭＮ−ＭＤＳＣｓ）において、レクチン型酸化ＬＤＬ受容体−１（ＬＯＸ−１）が最も過剰に発現している細胞表面タンパク質の１つであること、および、ＬＯＸ−１が、一般的にＬＯＸ−１の発現を欠く好中球とＰＭＮ−ＭＤＳＣｓを区別できる可能性があることを報告した。Ｃｏｎｄａｍｉｎｅ， ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ａｕｇ． ５， ２０１６； １（２）：ａａｆ８９４３を参照。健康な個体と膵臓癌患者の両方におけるＣＤ１６^＋／ＣＤ１６⁻ＭＤＳＣ亜集団におけるＬＯＸ−１の発現を調べるために、全血、顆粒球、およびバフィーコートの試料からの細胞を、実施例１に記載した抗体（ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、ＣＤ１２３、Ｓｉｇｌｅｃ−８、ＣＤ１４、およびＣＤ１５）に加えて、ＬＯＸ−１、ＣＤ６６ｂ、ＣＤ１６、およびＳｉｇｌｅｃ−９に対する抗体で染色した。その後、これらの細胞を、実施例１に記載のフローサイトメトリー分析とゲーティングにかけた。次に、ＣＤ１５^高／ＣＤ１４^低ＭＤＳＣｓ細胞を、上記のようにＣＤ１６^低とＣＤ１６^高のＭＤＳＣ亜集団を区別するためにゲートした。その後、ＣＤ１６^低／Ｓｉｇｌｅｃ−９^低とＣＤ１６^高／Ｓｉｇｌｅｃ−９^高のＭＤＳＣ亜集団をさらに分析することで、これらの細胞におけるＣＤ６６ｂとＬＯＸ−１のレベルを特徴付けた。

図４Ｃと図４Ｄに示すように、代表的な健康な個体（図４Ｃ）または膵臓癌患者（図４Ｄ）のいずれかで調べた場合、高レベルのＬＯＸ−１発現はＣＤ１６発現のレベルと逆相関した。例えば、膵臓癌の試料では、全血試料からのＣＤ１６^高細胞の０．０２％までとバフィーコート試料からのＣＤ１６^高細胞の３．２１％までだけがＬＯＸ−１発現レベルの増加を示した（図４Ｄ）。対照的に、全血試料からのＣＤ１６^低細胞の１８．３％までとバフィーコート試料からのＣＤ１６^低細胞の２２．１％までが高レベルのＬＯＸ−１発現を示した（図４Ｄ）。したがって、Ｃｏｎｄａｍｉｎｅ， ｅｔ ａｌ．が記載したＬＯＸ−１＋ＭＤＳＣ亜集団は、本明細書に記載されたＣＤ１６^低ＭＤＳＣ亜集団内でほぼ独占的に見られる。しかしながら、図４Ｃ−４Ｄの全血試料とバフィーコート試料で示されるように、ＬＯＸ−１染色は、ＭＤＳＣの別々のＬＯＸ−１^低とＬＯＸ−１^高の亜集団への分離を引き起こさず、ＬＯＸ−１の相対的に低いレベルから相対的に高いレベルまでのＬＯＸ−１発現細胞の連続体として観察された（ＭＤＳＣが別々のＣＤ１６^低とＣＤ１６^高の亜集団に明らかに分離したことを実証した図４Ｃ−４Ｄで観察されたＣＤ１６染色とは対照的である）。このように、ＬＯＸ−１は、全血からＭＤＳＣを検出するための非常に効果的なマーカーであるとは考えづらい。なぜなら、ＬＯＸ−１シグナルはさほど強力ではなく、図４Ｃ−Ｄで見られるように、全血試料中の好中球とＭＤＳＣを効果的に区別することができないからである。

実施例３．Ｓｉｇｌｅｃ−３、Ｓｉｇｌｅｃ−５、およびＳｉｇｌｅｃ−９はＣＤ１６^低ＭＤＳＣにおける改変された発現を示す。
膵臓癌患者におけるフローサイトメトリーで観察されたＣＤ１６^低／Ｓｉｇ９^低ＭＤＳＣの数の増加に基づき、健康な患者と膵臓癌患者の別のコホートから末梢血を採取することで、ＣＤ１６^低／Ｓｉｇ９^低ＭＤＳＣ亜集団をより正確かつ定量的に決定した。全血試料を、実施例１に記載された抗体（ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、ＣＤ１２３、Ｓｉｇｌｅｃ−８、ＣＤ１４、およびＣＤ１５）に加えて、ＣＤ１６、Ｓｉｇｌｅｃ−３、Ｓｉｇｌｅｃ−５、およびＳｉｇｌｅｃ−９に対する抗体で染色し、実施例１に記載されるようなフローサイトメトリー分析とゲーティングにかけることで、ＣＤ１５^高／ＣＤ１４^低ＭＤＳＣを選択した。その後、ＣＤ１５^高／ＣＤ１４^低ＭＤＳＣを、低レベルのＣＤ１６（「ＣＤ１６^低」）を有するＭＤＳＣ亜集団についてさらにゲートした。

図５Ａで示すように、ＣＤ１６^低／Ｓｉｇ−９^低ＭＤＳＣは、健康な個体（「Ｈｅａｌｔｈｙ」）と比較して、膵臓癌の個体（「Ｐａｎ Ｃａｎ」）において、ＣＤ１５^高／ＣＤ１４^低ＭＤＳＣ集団の有意に高い割合で観察された（Ｐ＝０．０００８）。図５Ｂで見られるように、健康な個体（「Ｈｅａｌｔｈｙ」）と比較して、膵臓癌の個体（「Ｐａｎ Ｃａｎ」）では、全血１ｍＬあたり、ＣＤ１６^低／Ｓｉｇｌｅｃ−９^低ＭＤＳＣの数の有意な増加（Ｐ＝０．００５）が検出された。このように、ＣＤ１６^低／Ｓｉｇｌｅｃ−９^低ＭＤＳＣは、膵臓癌患者のＭＤＳＣ集団全体に占める割合が高いだけでなく（図５Ａ）、健康な個体と比較して膵臓癌患者ではるかに多くの数が観察されている。

膵臓癌患者に由来するＣＤ１６^低ＭＤＳＣにおけるＳｉｇｌｅｃファミリーメンバーの発現をさらに特徴づけるために、膵臓癌患者からのバフィーコート試料を前記の方法で染色することで、ＣＤ１５^高／ＣＤ１４^低ＭＤＳＣを選択した。その後、ＣＤ１５^高／ＣＤ１４^低ＭＤＳＣを、ＣＤ１６のレベルが低い（「ＣＤ１６⁻」）ＭＤＳＣ亜集団と、ＣＤ１６のレベルが高い（「ＣＤ１６^＋」）ＭＤＳＣ亜集団について、さらにゲートした。次に、ＣＤ１６^＋とＣＤ１６⁻のＭＤＳＣ亜集団におけるＳｉｇｌｅｃ−３、Ｓｉｇｌｅｃ−５、およびＳｉｇｌｅｃ−９の発現レベルを定量化した（平均蛍光強度）。図６に見られるように、Ｓｉｇｌｅｃ−３の発現レベルはＣＤ１６⁻対ＣＤ１６^＋ＭＤＳＣで増加し（Ｐ＜０．０００１）、Ｓｉｇｌｅｃ−５とＳｉｇｌｅｃ−９は共にＣＤ１６⁻対ＣＤ１６^＋のＭＤＳＣで減少した（Ｐ＜０．０００１）。興味深いことに、ＣＤ１６^＋ＭＤＳＣ亜集団で観察されたＳｉｇｌｅｃｓ−３、−５、および、−９の発現レベルは、好中球で観察されたＳｉｇｌｅｃの発現レベルと全く同じであり（データは示されていない）、全血試料で好中球とＭＤＳＣを区別することが困難であることを示している。

全体として、実施例１に記載されたバイオマーカーと染色はバフィーコート調製物からＭＤＳＣ集団を検出することはできるが、全血試料からＭＤＳＣ集団を同定するには特に有用というわけではない。しかし、本明細書で示されるように、低レベルのＣＤ１６と低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９に対する細胞の追加選択により、好中球とは異なり、癌患者において有意にアップレギュレーションされるＭＤＳＣの亜集団を全血試料から検出することができる。したがって、上記のバイオマーカーを用いる技術や装置は、ＭＤＳＣの測定または分離の正確さと精度を高めることで、既存の技術や装置に比べて大きなメリットを有することになる。

実施例４．ＣＤ１６⁻対ＣＤ１６^＋ＭＤＳＣを用いる混合リンパ球反応でのＴ細胞増殖
健康な患者または膵臓癌患者のバフィーコート末梢血試料から分離した細胞を、ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、ＣＤ１２３、Ｓｉｇｌｅｃ−８、ＣＤ１４、ＣＤ１５、およびＣＤ１６に対する抗体で前述のように染色し、図７で一般的に示されているように、その後の分析のためにＦＡＣＳで選別した。膵臓癌の多形核細胞（顆粒球）も、実施例１で記載したように一般的に収穫した。健康な個体からのＣＤ４^＋およびＣＤ８^＋Ｔ細胞を磁気濃縮し、Ｃｅｌｌ Ｔｒａｃｅ Ｖｉｏｌｅｔで蛍光標識し、一方向混合リンパ球反応（「ＭＬＲ」）で使用して、ＣＤ１５^＋／ＣＤ１４⁻／ＣＤ１６^＋（「ＣＤ１６^＋」）またはＣＤ１５^＋／ＣＤ１４⁻／ＣＤ１６⁻（「ＣＤ１６⁻」）ＭのＤＳＣに反応したＣＤ８^＋またはＣＤ４^＋Ｔ細胞増殖を測定した。

ＣＤ８^＋Ｔ細胞を、健康なＣＤ１６^＋ＭＤＳＣ、膵臓癌のＣＤ１６⁻ＭＤＳＣ、または膵臓癌の顆粒球と１：１の割合で培地で５日間混合して、標識したＣＤ８^＋Ｔ細胞の蛍光希釈によりＴ細胞増殖率を測定した。図８Ａで見られるように、膵臓癌ＣＤ１６⁻ＭＤＳＣ（「Ｐａｎ Ｃａｎ ＣＤ１６⁻」）でインキュベートしたＣＤ８^＋Ｔ細胞の増殖率は、ＭＤＳＣを含まない（「−」）ＣＤ８^＋Ｔ細胞および刺激細胞と比較して、有意に低下した（Ｐ＝０．０２）。ＣＤ８^＋Ｔ細胞の増殖率は、健康な患者由来のＣＤ１６^＋ＭＤＳＣ（「ＨＰ ＣＤ１６^＋」）や膵臓癌患者由来の顆粒球（「Ｐａｎ Ｃａｎ ＰＭＮ」）の影響を受けなかった。

ＣＤ４^＋Ｔ細胞を、健康なＣＤ１６^＋ＭＤＳＣ、膵臓癌のＣＤ１６⁻ＭＤＳＣ、または膵臓癌の顆粒球と１：１の割合で培地で混合して、標識したＣＤ４^＋Ｔ細胞の蛍光希釈によりＴ細胞増殖率を測定した。図８Ｂで見られるように、膵臓癌ＣＤ１６⁻ＭＤＳＣ（「Ｐａｎ Ｃａｎ ＣＤ１６⁻」）でインキュベートしたＣＤ４^＋Ｔ細胞の増殖率は、ＭＤＳＣを含まない（「−」）ＣＤ４^＋Ｔ細胞と比較して、有意に低下した（Ｐ＝０．００８）。ＣＤ４^＋Ｔ細胞の増殖率は、健康な患者由来のＣＤ１６^＋ＭＤＳＣ（「ＨＰ ＣＤ１６^＋」）や膵臓癌患者由来の顆粒球（「Ｐａｎ Ｃａｎ ＰＭＮ」）の影響を受けなかった。

別の実験では、ＣＤ４^＋Ｔ細胞は、健康な患者のＣＤ１６^＋ＭＤＳＣ、健康な患者のＣＤ１６⁻ＭＤＳＣ、膵臓癌患者のＣＤ１６^＋ＭＤＳＣ、膵臓癌患者のＣＤ１６⁻ＭＤＳＣ、または膵臓癌患者の顆粒球を用いて１：３の比率で混合され、標識されたＣＤ４^＋Ｔ細胞の蛍光希釈によってＴ細胞増殖速度を測定した。図８Ｃで見られるように、膵臓癌ＣＤ１６⁻ＭＤＳＣ（「Ｐａｎ Ｃａｎ ＣＤ１６⁻」）でインキュベートしたＣＤ４^＋Ｔ細胞の増殖率は、膵臓癌患者のＣＤ１６^＋ＭＤＳＣ（「Ｐａｎ Ｃａｎ ＣＤ１６^＋」）でインキュベートされたＣＤ４^＋Ｔ細胞と比較して、有意に低下した（Ｐ＝０．０３）。

全体として、膵臓癌患者のＣＤ１６⁻ＭＤＳＣは、ＣＤ８^＋とＣＤ４^＋のＴ細胞の両方を抑制することがわかった。このことは、ＣＤ１６⁻ＭＤＳＣが、多くの形態の癌で観察される免疫抑制的な腫瘍微小環境に寄与している可能性が高いことを示している。

実施例５．ＭＤＳＣ集団の次世代シーケンシング
異なるＭＤＳＣ亜集団（ＣＤ１５^＋／ＣＤ１４⁻／ＣＤ１６⁻（「ＣＤ１６^＋」）またはＣＤ１５^＋／ＣＤ１４⁻／ＣＤ１６⁻（「ＣＤ１６⁻」）ＭＤＳＣなど）は、（例えば、癌患者からの）バフィーコート末梢血試料から単離され、図７に一般的に示されているように、その後の分析のためにＦＡＣＳ選別される。単離されたＭＤＳＣ細胞亜集団に存在する核酸は、ＭＤＳＣに影響を受けた癌の検出と治療に有用なバイオマーカーを同定するために、次世代シーケンシング（例えば、変化したｍＲＮＡ転写物を同定するための全トランスクリプトームＲＮＡシーケンシング、または、例えば、ＳＮＰ、ＣＮＶ、および／またはＤＮＡ再配列事象を同定するための全ゲノム／エクソームシーケンシング）にかけられる。次世代シーケンシングによって発見された潜在的な新規バイオマーカーはその後、（例えば、フローサイトメトリーによって）本明細書に一般的に記載されているように検証される。

実施例６．膵臓癌患者のモニタリング処置
膵臓腺癌に罹患している６０歳の男性が、ゲムシタビンを含む癌の化学療法を開始する。化学療法を開始する前に、第１の血液試料が採取され、本明細書で以前に記載したように、ＣＤ１５^＋／ＣＤ１４⁻／Ｓｉｇｌｅｃ−９⁻／ＣＤ１６⁻ＭＤＳＣｓの量が決定される。４週間の化学療法後、第２の血液試料が採取され、ＣＤ１５^＋／ＣＤ１４⁻／Ｓｉｇｌｅｃ−９⁻／ＣＤ１６⁻ＭＤＳＣｓの量が測定決定される。第１の血液試料から第２の血液試料へのＣＤ１５^＋／ＣＤ１４⁻／Ｓｉｇｌｅｃ−９⁻／ＣＤ１６⁻ＭＤＳＣｓの量または相対的な割合の増加は、ゲムシタビンが有効でないことを示す。これを受けて、化学療法剤は、ゲムシタビンから、５−ＦＵ／ロイコボリン、イリノテカン、およびオキシリプラチンを含む薬物のカクテルに変更される。

本開示の好ましい実施形態が本明細書中で示され、記載されてきたが、このような実施形態はほんの一例として提供されているに過ぎないということは、当業者に明らかであろう。多くの変形、変更、および置き換えは、本開示から逸脱することなく、当業者によって想到されるものである。本明細書に記載される開示の実施形態の様々な代案が、本開示の実施において利用され得ることを理解されたい。以下の特許請求の範囲は本開示の範囲を定義するものであり、ならびに、この特許請求の範囲およびその同等物の範囲内の方法および構造はそれによって包含されることが、意図されている。

Claims (152)

1. 生体試料中の骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）の集団を同定する方法であって、前記方法は、（ｉ）高レベルの好中球バイオマーカー；（ｉｉ）低レベルの単球バイオマーカー；（ｉｉｉ）低レベルのＣＤ１６；および、（ｉｖ）低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９を含む生体試料から細胞を検出する工程を含む、方法。
2. 低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５を含む細胞を検出する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
3. 高レベルのＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を含む細胞を検出する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
4. 低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５と高レベルのＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を含む細胞を検出する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
5. 好中球バイオマーカーはＣＤ１５を含む、請求項１−４のいずれか１つに記載の方法。
6. 単球バイオマーカーはＣＤ１４を含む、請求項１−５のいずれか１つに記載の方法。
7. 低レベルの好酸球バイオマーカーを含む細胞を検出する工程をさらに含み、好酸球バイオマーカーはＳｉｇｌｅｃ−８である、請求項１−６のいずれか１つに記載の方法。
8. 低レベルの好塩基球バイオマーカーを含む細胞を検出する工程をさらに含み、好塩基球バイオマーカーはＣＤ１２３である、請求項１−７のいずれか１つに記載の方法。
9. 低レベルのリンパ球バイオマーカーを含む細胞を検出する工程をさらに含む、請求項１−８のいずれか１つに記載の方法。
10. リンパ球バイオマーカーは、ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、またはこれらの組み合わせを含む、請求項９に記載の方法。
11. 高レベルとは発現の閾値レベルよりも上の発現のレベルであり、低レベルとは発現の閾値レベルよりも下の発現のレベルである、請求項１−１０のいずれか１つに記載の方法。
12. 生体試料は血液試料である、請求項１−１１のいずれか１つに記載の方法。
13. 生体試料は全血またはバフィーコートである、請求項１２に記載の方法。
14. 生体試料は組織試料である、請求項１−１１のいずれか１つに記載の方法。
15. ＭＤＳＣの集団は抗体またはその抗原結合フラグメントを使用して検出される、請求項１−１４のいずれか１つに記載の方法。
16. ＭＤＳＣの集団はフローサイトメトリーを使用して検出される、請求項１−１５のいずれか１つに記載の方法。
17. ＭＤＳＣの集団は酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）を使用して検出される、請求項１−１５のいずれか１つに記載の方法。
18. ＭＤＳＣの集団は細胞表面バイオマーカーの単細胞解析を使用して検出される、請求項１−１６のいずれか１つに記載の方法。
19. ＭＤＳＣの集団は単細胞ＲＮＡ配列決定を使用して検出される、請求項１−１４のいずれか１つに記載の方法。
20. ＭＤＳＣの集団の正の同定は癌の存在を示す、請求項１−１９のいずれか１つに記載の方法。
21. 癌は固形腫瘍である、請求項２０に記載の方法。
22. 癌は膵臓癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
23. 癌は肺癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
24. 癌は結腸癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
25. 癌は乳癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
26. 癌は胃癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
27. 癌は食道癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
28. 癌は卵巣癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
29. 癌は子宮癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
30. 癌は前立腺癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
31. 癌は膀胱癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
32. 癌は肝臓癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
33. 癌は胆管細胞癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
34. 癌は神経内分泌腫瘍である、請求項２０または２１に記載の方法。
35. 癌は消化管間質腫瘍である、請求項２０または２１に記載の方法。
36. 癌は肉腫である、請求項２０または２１に記載の方法。
37. 癌は脳癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
38. 癌は皮膚癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
39. 癌は黒色腫である、請求項２０または２１に記載の方法。
40. 癌は液性腫瘍である、請求項２０に記載の方法。
41. 癌は多発性骨髄腫である、請求項２０または４０に記載の方法。
42. 癌は急性骨髄性白血病である、請求項２０または４０に記載の方法。
43. 癌は急性リンパ性白血病である、請求項２０または４０に記載の方法。
44. 癌は慢性骨髄性白血病である、請求項２０または４０に記載の方法。
45. 癌は慢性リンパ性白血病である、請求項２０または４０に記載の方法。
46. 生体試料は、癌を発症させるリスクの高い個体に由来する、請求項１−４５のいずれか１つに記載の方法。
47. 生体試料は、癌を以前有していた個体に由来し、骨髄系由来サプレッサー細胞の正の同定は癌の再発を示す、請求項１−４５のいずれか１つに記載の方法。
48. 生体試料は癌と診断された個体に由来する、請求項１−４５のいずれか１つに記載の方法。
49. 個体は積極的な監視または積極的な治療を受けている、請求項４５−４８のいずれか１つに記載の方法。
50. 生体試料から骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）の精製された集団を調製する方法であって、前記方法は、（ｉ）高レベルの好中球バイオマーカー；（ｉｉ）低レベルの単球バイオマーカー；（ｉｉｉ）低レベルのＣＤ１６；および、（ｉｖ）低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９を含むＭＤＳＣの集団を単離する工程を含む、方法。
51. ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５を含む、請求項５０に記載の方法。
52. ＭＤＳＣの集団はさらに、高レベルのＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を含む、請求項５０に記載の方法。
53. ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５と高レベルのＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を含む、請求項５０に記載の方法。
54. 好中球バイオマーカーはＣＤ１５を含む、請求項５０−５３のいずれか１つに記載の方法。
55. 単球バイオマーカーはＣＤ１４を含む、請求項５０−５４のいずれか１つに記載の方法。
56. ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルの好酸球バイオマーカーを含み、好酸球バイオマーカーは、Ｓｉｇｌｅｃ−８である、請求項５０−５５のいずれか１つに記載の方法。
57. ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルの好塩基球バイオマーカーを含み、好塩基球バイオマーカーはＣＤ１２３である、請求項５０−５６のいずれか１つに記載の方法。
58. ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルのリンパ球バイオマーカーを含む、請求項５０−５７のいずれか１つに記載の方法。
59. リンパ球バイオマーカーは、ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、またはこれらの組み合わせを含む、請求項５８に記載の方法。
60. 高レベルとは発現の閾値レベルよりも上の発現のレベルであり、低レベルとは発現の閾値レベルよりも下の発現のレベルである、請求項５０−５９のいずれか１つに記載の方法。
61. 生体試料は血液試料である、請求項５０−６０のいずれか１つに記載の方法。
62. 生体試料は全血またはバフィーコートである、請求項６１に記載の方法。
63. 生体試料は組織試料である、請求項５０−６０のいずれか１つに記載の方法。
64. ＭＤＳＣの集団は蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を使用して単離される、請求項５０−６３のいずれか１つに記載の方法。
65. 請求項５０−６５のいずれか１つの方法によって得られた、精製された骨髄系由来サプレッサー細胞。
66. 好中球バイオマーカーを検出することができる薬剤、単球バイオマーカーを検出することができる薬剤、ＣＤ１６を検出することができる薬剤、およびＳｉｇｌｅｃ−９を検出することができる薬剤を含む、キット。
67. Ｓｉｇｌｅｃ−５を検出することができる薬剤をさらに含む、請求項６６に記載のキット。
68. ＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を検出することができる薬剤をさらに含む、請求項６６に記載のキット。
69. Ｓｉｇｌｅｃ−５とＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を検出することができる薬剤をさらに含む、請求項６６に記載のキット。
70. 好中球バイオマーカーを検出することができる薬剤は、ＣＤ１５に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む、請求項６６−６９のいずれか１つに記載に記載のキット。
71. 単球バイオマーカーを検出することができる薬剤は、ＣＤ１４に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む、請求項６６−７０のいずれか１つに記載に記載のキット。
72. ＣＤ１６を検出することができる薬剤は、ＣＤ１６に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む、請求項６６−７１のいずれか１つに記載に記載のキット。
73. Ｓｉｇｌｅｃ−９を検出することができる薬剤は、Ｓｉｇｌｅｃ−９に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む、請求項６６−７２のいずれか１つに記載に記載のキット。
74. Ｓｉｇｌｅｃ−５を検出することができる薬剤は、Ｓｉｇｌｅｃ−５に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む、請求項６７、または６９−７３のいずれか１つに記載に記載のキット。
75. ＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を検出することができる薬剤は、ＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む、請求項６８−７４のいずれか１つに記載に記載のキット。
76. Ｓｉｇｌｅｃ−５を検出することができる薬剤は、Ｓｉｇｌｅｃ−５に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、ＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を検出することができる薬剤は、ＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む、請求項６９−７３のいずれか１つに記載に記載のキット。
77. 好酸球バイオマーカーを検出することができる薬剤をさらに含み、好酸球バイオマーカーは、Ｓｉｇｌｅｃ−８である、請求項６６−７６のいずれか１つに記載のキット。
78. 好酸球バイオマーカーを検出することができる薬剤は、Ｓｉｇｌｅｃ−８に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む、請求項７７に記載に記載のキット。
79. 好塩基球バイオマーカーを検出することができる薬剤をさらに含み、好塩基球バイオマーカーはＣＤ１２３である、請求項６６−７８のいずれか１つに記載のキット。
80. 好塩基球バイオマーカーを検出することができる薬剤は、ＣＤ１２３に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含む、請求項７９に記載のキット。
81. リンパ球バイオマーカーを検出することができる薬剤をさらに含む、請求項６６−８０のいずれか１つに記載のキット。
82. リンパ球バイオマーカーを検出することができる薬剤は、ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、またはこれらの組み合わせに結合する１つ以上の抗体またはその抗原結合フラグメントを含む、請求項８１に記載に記載のキット。
83. 患者の癌を処置する方法であって、前記方法は、
    患者に抗癌治療を投与する工程を含み、
    ここで、患者からの生体試料は、（ｉ）高レベルの好中球バイオマーカー；（ｉｉ）低レベルの単球バイオマーカー；（ｉｉｉ）低レベルのＣＤ１６；および、（ｉｖ）低レベルのＳｉｇｌｅｃ−９を含む骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）の集団を含むものと同定されている、方法。
84. ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルのＳｉｇｌｅｃ−５を含む、請求項８３に記載の方法。
85. ＭＤＳＣの集団はさらに、高レベルのＣＤ３３（Ｓｉｇｌｅｃ−３）を含む、請求項８３または８４に記載の方法。
86. 好中球バイオマーカーはＣＤ１５を含む、請求項８３−８５のいずれか１つに記載の方法。
87. 単球バイオマーカーはＣＤ１４を含む、請求項８３−８６のいずれか１つに記載の方法。
88. ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルの好酸球バイオマーカーを含み、好酸球バイオマーカーは、Ｓｉｇｌｅｃ−８である、請求項８３−８７のいずれか１つに記載の方法。
89. ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルの好塩基球バイオマーカーを含み、好塩基球バイオマーカーはＣＤ１２３である、請求項８３−８８のいずれか１つに記載の方法。
90. ＭＤＳＣの集団はさらに、低レベルのリンパ球バイオマーカーを含む、請求項８３−８９のいずれか１つに記載の方法。
91. リンパ球バイオマーカーは、ＣＤ３、ＣＤ１９、ＣＤ５６、またはこれらの組み合わせを含む、請求項９０に記載の方法。
92. 高レベルとは発現の閾値レベルよりも上の発現のレベルであり、低レベルとは発現の閾値レベルよりも下の発現のレベルである、請求項８３−９１のいずれか１つに記載の方法。
93. 生体試料は血液試料である、請求項８３−９２のいずれか１つに記載の方法。
94. 生体試料は全血またはバフィーコートである、請求項９３に記載の方法。
95. 生体試料は組織試料である、請求項８３−９２のいずれか１つに記載の方法。
96. 患者の生体試料からのＭＤＳＣの集団を同定する工程をさらに含む、請求項８３−９５のいずれか１つに記載の方法。
97. ＭＤＳＣの集団を同定する工程は、抗体またはその抗原結合フラグメントを使用して検出することを含む、請求項９６に記載の方法。
98. ＭＤＳＣの集団を同定する工程は、フローサイトメトリーを使用して検出することを含む、請求項９６または９７に記載の方法。
99. ＭＤＳＣの集団を同定する工程は、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）を使用して検出することを含む、請求項９６または９７に記載の方法。
100. ＭＤＳＣの集団を同定する工程は、細胞表面バイオマーカーの単細胞解析を使用して検出することを含む、請求項９６−９８のいずれか１つに記載の方法。
101. ＭＤＳＣの集団を同定する工程は、単細胞ＲＮＡ配列決定を使用して検出することを含む、請求項９６に記載の方法。
102. ＭＤＳＣの集団の正の同定は癌の存在を示す、請求項９６−１０１のいずれか１つに記載の方法。
103. 患者は、癌を発症させるリスクが高い、請求項８３−１０２のいずれか１つに記載の方法。
104. 患者は、癌を以前有していたことがあり、骨髄系由来サプレッサー細胞の正の同定は癌の再発を示す、請求項９６−１０１のいずれか１つに記載の方法。
105. 患者は癌と診断されている、請求項８３−１０１のいずれか１つに記載の方法。
106. 患者は積極的な監視または積極的な治療を受けている、請求項８３−１０５のいずれか１つに記載の方法。
107. 癌は固形腫瘍である、請求項８３−１０６からのいずれか１つに記載の方法。
108. 癌は膵臓癌である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
109. 癌は肺癌である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
110. 癌は結腸癌である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
111. 癌は乳癌である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
112. 癌は胃癌である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
113. 癌は食道癌である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
114. 癌は卵巣癌である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
115. 癌は子宮癌である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
116. 癌は前立腺癌である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
117. 癌は膀胱癌である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
118. 癌は肝臓癌である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
119. 癌は胆管細胞癌である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
120. 癌は神経内分泌腫瘍である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
121. 癌は消化管間質腫瘍である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
122. 癌は肉腫である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
123. 癌は脳癌である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
124. 癌は皮膚癌である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
125. 癌は黒色腫である、請求項８３−１０７のいずれか１つに記載の方法。
126. 癌は液性腫瘍である、請求項８３−１０６のいずれか１つに記載の方法。
127. 癌は多発性骨髄腫である、請求項８３−１０６のいずれか１つに記載の方法。
128. 癌は急性骨髄性白血病である、請求項８３−１０６のいずれか１つに記載の方法。
129. 癌は急性リンパ性白血病である、請求項８３−１０６のいずれか１つに記載の方法。
130. 癌は慢性骨髄性白血病である、請求項８３−１０６のいずれか１つに記載の方法。
131. 癌は慢性リンパ性白血病である、請求項８３−１０６のいずれか１つに記載の方法。
132. 癌は膵臓癌である、請求項８２−１０７のいずれか１つに記載の方法。
133. 抗癌治療は第２の抗癌治療の代わりに投与される、請求項８３−１０３のいずれか１つに記載の方法。
134. 抗癌治療は第２の抗癌治療に加えて投与される、請求項８３−１０３のいずれか１つに記載の方法。
135. 第２の抗癌治療はあらかじめ患者に投与されている、請求項１３３または１３４に記載の方法。
136. 抗癌治療はあらかじめ患者に投与されている、請求項８３−１３５のいずれか１つに記載の方法。
137. 患者の第２の生体試料はＭＤＳＣの集団を含むものとして同定されている、請求項８３−１３６のいずれか１つに記載の方法。
138. 生体試料と第２の生体試料との間のＭＤＳＣの集団のサイズの比較に基づいて、患者に投与された抗癌治療の量を変える工程をさらに含む、請求項１３７に記載の方法。
139. 生体試料と第２の生体試料との間のＭＤＳＣの集団のサイズの比較に基づいて、患者に投与された抗癌治療を変更する工程をさらに含む、請求項１３７に記載の方法。
140. 抗癌治療は化学療法である、請求項８３−１３９のいずれか１つに記載の方法。
141. 抗癌治療は免疫療法である、請求項８３−１３９のいずれか１つに記載の方法。
142. 抗癌治療はホルモン療法である、請求項８３−１３９のいずれか１つに記載の方法。
143. 抗癌治療は幹細胞移植である、請求項８３−１３９のいずれか１つに記載の方法。
144. 抗癌治療は放射線療法である、請求項８３−１３９のいずれか１つに記載の方法。
145. 抗癌治療は手術である、請求項８３−１３９のいずれか１つに記載の方法。
146. 抗癌治療は小分子薬物である、請求項８３−１３９のいずれか１つに記載の方法。
147. 抗癌治療は抗体またはその抗原結合フラグメントである、請求項８３−１３９のいずれか１つに記載の方法。
148. 抗癌治療はチェックポイント阻害剤である、請求項８３−１３９のいずれか１つに記載の方法。
149. 抗癌治療はキナーゼ阻害剤である、請求項８３−１３９のいずれか１つに記載の方法。
150. 抗癌治療は遺伝子編集治療である、請求項８３−１３９のいずれか１つに記載の方法。
151. 抗癌治療は細胞療法である、請求項８３−１３９のいずれか１つに記載の方法。
152. 細胞療法は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）−Ｔ細胞療法またはトランスジェニックＴ細胞受容体（ｔｇ−ＴＣＲ）Ｔ細胞療法である、請求項１５１に記載の方法。

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