JP2023165417A - デジタル個別化医療のためのプラットフォームとシステム - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2017年2月9日出願の、“PLATFORM AND SYSTEM FOR DIGITAL PERSONALIZED MEDICINE”と題した米国仮特許出願第62/457,130号の優先権を主張し、その全内容が、あらゆる目的のために、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、および特許出願は、個々の刊行物、特許、または特許出願が参照により組み込まれるように具体的かつ個々に示されているかのような程度で、参照により本明細書に組み込まれる。
prob(E=1|A=1,B=2,C=1)
式中、AとBとCは予測モジュールにおける異なる特徴または質問を表し、および整数1と2は、特徴(または質問への可能性のある回答)に関する可能性のある異なる特徴値を表す。特定の特徴値を提供する被験体の確率は、次に、以下の式を用いて、ベイズの定理を使用して計算され得る:
prob(E=1|A=1,B=2,C=1)=prob(E=1,A=1,B=2,C=1)/prob(A=1,B=2,C=1)
そのような式は、計算時間と求められる処理資源の両方の観点から、計算上、費用がかかるであろう。代替的に、または明確にベイズの定理を使用した確率の計算と組み合わせて、ロジスティク回帰または他の統計的エスティメータを使用してもよく、ここで確率は機械学習アルゴリズムから抽出したパラメータを使用して推定される。例えば、下記式は、被験体が特定の特徴値を提供し得る確率を推定するために使用されてもよい:
prob(E=1|A=1,B=2,C=1)≒sigmoid(a1*A+a2*B+a3*C+a4)
式中、a1とa2とa3とa4は、訓練された評価モデルから判定された一定の係数であり、この式を最大限正確にするように試みる最適化アルコリズムを使用して訓練され、およびsigmoidは、この式を確率に変化させることができる非線形関数である。そのようなアルゴリズムは素早く訓練することができ、および結果として得られる式は、例えば評価手順の実施中に、アプリケーションで素早く計算することができる。4つの係数が言及されているが、当業者によって認識されるように、有用な数の計数が使用されてもよい。
被験体X={‘A’:1,‘B’:2,‘C’:1}
特徴推奨モジュールは、最終分類または診断に達するための予測信頼度を最大限に高めるために、質問Dまたは質問Eを次に提示すべきかどうかを判定することができる。被験体Xの先の回答を考慮して、特徴推奨モジュールは、被験体Xが質問DとE各々に可能性のある各回答を提供する確率を以下のように判定する:
prob(E=1|A=1,B=2,C=1)=0.1
prob(E=2|A=1,B=2,C=1)=0.9
prob(D=1|A=1,B=2,C=1)=0.7
prob(D=2|A=1,B=2,C=1)=0.3
質問DとE各々への可能性のある各回答の特徴重要度は、記載される評価モデルに基づいて計算することができる。代替的に、質問DとEの各々への可能性のある各回答の特徴重要度は、被験体が特定の回答をした場合の結果であろう実際の予測信頼度として計算することができる。各回答の重要度は、任意の適切な数値尺度で様々な数値を使用して表すことができる。例えば:
重要度(E=1)=1
重要度(E=2)=3
重要度(D=1)=2
重要度(D=2)=4
計算された確率と特徴値重要度に基づいて、特徴推奨モジュールは、各質問の予測される特徴重要度を以下のように計算することができる:
期待[重要度(E)]=(prob(E=1|A=1,B=2,C=1)*重要度(E=1)
+(prob(E=2|A=1,B=2,C=1)*重要度(E=2)
=0.1*1+0.9*3
=2.8
期待[重要度(D)]=(prob(D=1|A=1,B=2,C=1)*重要度(D=1)
+(prob(D=2|A=1,B=2,C=1)*重要度(D=2)
=0.7*2+0.3*4
=2.6
したがって、質問Dが概してその回答に対するより高い特徴重要度を有するとしても、質問Eの回答からの予測される特徴重要度(関連性としても言及される)は、質問Dのそれよりも高いと判定される。したがって、特徴推奨モジュールは、被験体Xに提示される次の質問として、質問Eを選択することができる。
本明細書に記載されるデータ処理モジュールは、Python 2.7,Anaconda Distributionに構築された。評価モデルを構築して訓練するために使用される訓練データは、自閉症遺伝資源交換(AGRE)によって生成されたデータを含んでおり、それは、自宅で親と子からのADI-RとADOSのデータを収集するために家庭内評価を行った。ADI-Rは、合計93の質問を提示する親との面談を含み、自閉症または自閉症ではないという診断を生み出す。ADOSは、自閉症、ASD、または診断なしという診断を生み出す小児との半構成的面談を含み、小児は、言語水準に基づいて4つの可能なモジュールの1つを与えられ、各モジュールは約30の質問を含む。データは、評価から抽出した小児の臨床的診断を含んだ;1人の小児が矛盾するADI-R対ADOS診断を有した場合、有資格の臨床心理士は、質問の際に小児に関するデータセットのためのコンセンサス診断を割り当てた。訓練データは、合計3,449のデータポイントを含み、3,315の事例(自閉症またはASD)と134の対照(非スペクトラム)を有した。訓練データで評価された特徴は、3つの重要な領域を標的とした:言語、社会的コミュニケーション、および反復行動。
Claims (45)
- 個別化治療の処置計画で被験体を処置するためのデジタル治療システムであって、該デジタル治療システムは:
プロセッサであって:
被験体に関するデータを受け取り、および被験体に関する診断データを出力する診断モジュールであって、被験体に関する診断データを判定するために被験体集団に関するデータに基づいた、機械学習分類子、人工知能分類子、および統計的モデリング分類子から成る群から選択される診断分類子を含む、診断モジュール、および
被験体に関する診断データを受け取り、および被験体に関する個別化治療の処置計画を出力するための治療モジュール、
に対するソフトウェア命令を含む、プロセッサを含み、治療の処置計画は、治療薬の投与のタイミングまたは量を含み、治療モジュールは、機械学習分類子、人工知能分類子、および統計的モデリング分類子から成る群から選択される治療分類子を含み、治療分類子は、被験体のための治療薬の投与のタイミングまたは量を決定するために被験体集団に関するデータに基づく、デジタル治療システム。 - 被験体に関するデータは、被験体の認知機能に関する複数の質問に対する回答を含み、および被験体集団に関するデータは、被験体集団の構成員の認知機能に関する複数の質問に対する回答を含む、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 診断モジュールまたは治療モジュールは、被験体の認知機能に関する複数の質問に対する回答に応じて、および随意に被験体に関する追加データに応じて、被験体の挙動または能力を評価するように構成された第2の分類子を含む、請求項2に記載のデジタル治療システム。
- 被験体に関する追加データは、受動的なデータまたは第三者から収集したデータを含む、請求項3に記載のデジタル治療システム。
- 第2の分類子は、被験体の挙動または能力に数的スコアを割り当てるように構成される、請求項3に記載のデジタル治療システム。
- 診断モジュールは、被験体の数的スコアの数値または数値の変化を、類似のコホートによって定義される他の被験体の数的スコアと比較するように構成される、請求項5に記載のデジタル治療システム。
- 治療モジュールは、被験体の数的スコアの数値または数値の変化と、類似のコホートによって定義された他の被験体の数的スコアとの比較に応じて、患者のための個別化治療の処置計画を決定し出力するように構成される、請求項6に記載のデジタル治療システム。
- 診断モジュールは、複数の質問の各々に対する回答に応じて診断スコアを生成するように構成され、ここで複数の質問の各々に対する前記回答は、前記の各回答に関する特徴重要度に対応し、および診断モジュールは、前記特徴重要度に応じてスコアを生成し、かつ治療モジュールにスコアを伝達するように構成され、および治療モジュールは、スコアに応じて投与のタイミングまたは量を決定するように構成される、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 診断モジュールは、複数の別個の重複しない時点の各々で複数の診断スコアを生成し、および、複数の別個の重複する時点の各々について、治療モジュールに複数の診断スコアを送信するように構成され、ここで治療モジュールは、複数の診断スコアに応じて、投与のタイミングまたは量を決定するように構成される、請求項8に記載のデジタル治療システム。
- 診断モジュールは、診断スコアの大きさに基づいて特定の時点で認知機能属性または行動障害の重症度を判定するように構成される、請求項9に記載のデジタル治療システム。
- 処置計画は、投与の量とタイミングを含む、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 治療モジュールは、被験体に関する診断データに応じて個別化治療の処置計画を決定するように構成される、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 診断モジュールは、被験体の治療に応じて被験体から最新の被験体データを受け取り、および被験体に関する最新の診断データを生成するように構成される、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 治療モジュールは、治療薬の最新の用量を投与するための最新の量と最新のタイミングを決定するために、最新の診断データを受信し、および診断データと最新の診断データに応じて被験体に関する最新の個別化処置計画を出力するように構成される、請求項13に記載のデジタル治療システム。
- 被験体のための個別化治療の処置計画は、治療薬の最新の用量の最新の量および最新の投与タイミングを含む、請求項14に記載のデジタル治療システム。
- 治療薬は、約1~約30日の範囲内のベータ排出半減期を含み、および治療モジュールは、ベータ排出半減期に応じて続く投与のタイミングを決定するように構成される、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 治療モジュールは、被験体の測定された薬物動態に応じて、治療薬の投与のタイミングまたは量を決定し、および個別化治療の処置計画を出力するように構成され、および随意に、被験体の測定された薬物動態は、アルファ排出半減期とベータ排出半減期から成る群から選択される、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 被験体の測定された薬物動態は、最初に、被験体への治療薬の既知量の投与に応じて、次に、治療薬の量の決定に応じて決定される、請求項17に記載のデジタル治療システム。
- 治療モジュールは、被験体に有効治療域内の治療薬を提供するために、被験体の血液中の治療薬の標的治療範囲とベータ排出半減期に応じて続く投与の量またはタイミングを決定するように構成され、および治療モジュールは、投与と続く投与との間の時間の少なくとも半分にわたり有効治療域内の用量から治療薬を提供するために、続く投与のタイミングを決定するように構成される、請求項17に記載のデジタル治療システム。
- 治療モジュールは、被験体の人口統計に基づいて、被験体の推定ベータクリアランス率に応じて治療薬の投与のタイミングまたは量を決定し、および個別化治療の処置計画を出力するように構成され、および随意に、被験体の測定された薬物動態は、アルファ排出半減期とベータ排出半減期から成る群から選択される、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 被験体の人口統計は、身長、体重、年齢、および性別から成る群から選択される、請求項20に記載のデジタル治療システム。
- 治療薬はスラミンを含み、および被験体は小児の被験体である、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 前記デジタル治療システムは複数の質問を表示するように構成されたユーザーインターフェースを含み、および治療モジュールは、複数の質問に応じて効果を判定するように構成される、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 治療薬はスラミンを含み、およびスラミンの注入量は、被験体の体重1kgあたり約10~約40mg/kgの範囲内である、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 治療モジュールは、被験体のクレアチニン測定に応じて治療薬の用量を決定するように構成される、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 治療モジュールは、被験体に関する診断データと最新の診断データに応じて、治療薬の投与のタイミングまたは量を調節するように構成される、請求項13に記載のデジタル治療システム。
- 治療モジュールは、固定された投与スケジュールと固定された測定スケジュールを提供し、かつ被験体に関する診断データおよび最新の診断データに応じて、次の投与の量を調節するように構成される、請求項13に記載のデジタル治療システム。
- 治療モジュールは、被験体の診断データと最新の診断データ、および測定された薬物動態に応じて、治療薬の用量の投与タイミングを調節するように構成される、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 治療モジュールは、約1μMから約100μMの範囲内の、被験体の血液中のスラミンの量を標的とするように構成される、請求項22に記載のデジタル治療システム。
- 治療モジュールは、被験体から得た生体サンプル中の複数の代謝物質の各々の量の検出に基づいて、治療薬の投与のタイミングと量を決定するように構成され、各代謝産物は:クレアチンまたはクレアチニン代謝、プリン代謝、エイコサノイド代謝、レゾルビン代謝、ビタミンB3代謝、ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド代謝、マイクロバイオーム代謝、脂肪酸の酸化および/または合成、ガングリオシド代謝、スフィンゴリピド代謝、解糖および/または糖新生、S-アデノシルメチオニン代謝、Sアデノシルホモシエイン代謝、グルタチオン代謝、リン脂質代謝、酸化窒素代謝、活性酸素種代謝、カルディオリピン代謝、胆汁酸塩代謝、コレステロール代謝、コルチゾール代謝、ステロイド代謝、シュウ酸塩代謝、グリオキシラート代謝、トリプトファン代謝、クレブス回路、γ-アミノ酪酸代謝、グルタミン酸塩代謝、アルギニン代謝、オルニチン代謝、プロリン代謝、ピリミジン代謝、ビタミンB2代謝、チロキシン代謝、アミノ糖代謝、ガラクトース代謝、メチオニン代謝、ビオプテリン代謝、ネオプテリン代謝、および/またはモリブドプテリン代謝から成る群から選択される代謝経路にある、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 治療モジュールは、被験体から得た生体サンプル中の複数の代謝物質の各々の量の検出に基づいて、治療薬の投与のタイミングと量を決定するように構成され、各代謝物質は:クレアチニン、キサンチン、ヒポキサンチン、イノシン、LTB4、グアノシン、1-メチルニコチンアミド、11-デヒドロ-トロンボキサンB2,4-ヒドロキシフェニル乳酸、L-シスチン、ヘキサノイルカルニチン、ジヘキソシルセラミド、セラミド、2,3-ジホスホグリセリン酸、イノシトールリン脂質、システイン-グルタチオンジスルフィド、D-グルコース、トリヘキソシルセラミド、ビスモノアシルリン脂質、マロンジアルデヒド、ホスファチジルコリン、3,5-テトラデカジエンカルニチン、エポキシ-5,8,11-エイコサトリエン酸、カルディオリピン、8,9-エポキシエイコサトリエン酸、ミリストイルカルニチン、コール酸、オクタノイルカルニチン、ピメリルカルニチン、ドデカノイルカルニチン、L-ホモシステイン酸、9-デセノイルカルニチン、ヒドロキシイソカプロン酸、プロピオン酸、5-アルファ-コレスタノール、グリセリン酸1,3-重リン酸塩、3-メチルフェニル酢酸、シチジン、オキサル酢酸、9-ヘキサデセノイルカルニチン、デヒドロイソアンドロステロン3‐硫酸塩、11-R-ヒドロキシエイコサテトラエン酸、ピリドキサミン、11,12-ジヒドロキシエイコサトリエン酸、セドヘプツロース7‐リン酸塩、および5-アミノイミダゾール-4-カルボキサミドリボヌクレオチドから成る群から選択される代謝物質である、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 被験体は被験体集団の構成員ではない、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 治療モジュール分類子は、被験体集団に関するデータの一部に基づく、請求項1に記載のデジタル治療システム。
- 被験体のための個別化処置計画を提供するモバイルデバイスであって、該モバイルデバイスは:
ディスプレイ;および、
プロセッサであって:
(i)被験体の認知機能に関連する複数の質問を表示し;
(ii)被験体の処置前に、被験体の認知機能に関連する複数の質問への回答を含むユーザーからの入力を受信し;
(iii)複数の質問に応じて被験体のための個別化治療の処置計画を表示するための命令を伴って構成され、個別化治療の処置計画は、治療薬の投与量と投与のタイミングを含む、プロセッサ、
を含む、モバイルデバイス。 - プロセッサは、ユーザーが個別化治療の処置計画に従って処置されたことの指標を受信するために命令を伴って構成される、請求項34に記載のモバイルデバイス。
- プロセッサは、治療薬を用いた被験体の処置後に、被験体の認知機能に関する第2の複数の質問を表示するための命令を伴って構成される、請求項34に記載のモバイルデバイス。
- プロセッサは、治療薬での被験体の処置後に、被験体の認知機能に関する複数の質問に対する回答を含むユーザーからの入力を受信するための命令を伴って構成される、請求項34に記載のモバイルデバイス。
- プロセッサは、治療薬での被験体の処置後に、被験体の認知機能に関する複数の質問に対する回答を含むユーザーからの受信された入力に応じて、治療薬の第2の用量の第2の量と投与タイミングを含む、被験体のための最新の個別化治療の処置計画を表示するための命令を伴って構成される、請求項34に記載のモバイルデバイス。
- プロセッサは、被験体への用量の投与前に、複数の質問のうち次に最も予測される質問を受信して表示するための命令を伴って構成される、請求項34に記載のモバイルデバイス。
- プロセッサは、被験体への用量の投与後に、次に最も予測される質問を受け取り表示するための命令を伴って構成される、請求項34に記載のモバイルデバイス。
- プロセッサは、行程(iii)でのユーザーの処置後に、複数の質問に対する回答を含むユーザーからの受信された入力に応じて、治療薬の次の用量の量と投与タイミングを含む、ユーザーのための最新の個別化治療の処置計画を表示するために命令を実行した後、ユーザーからの入力の受信に応じて、工程(i)から(iii)を繰り返し実行するための命令を伴って構成される、請求項34に記載のモバイルデバイス。
- プロセッサは、ユーザーが処置を完了した後に、ユーザーがチェックインするべき次の回を示す、ユーザーへのプロンプトを表示するための命令を伴って構成される、請求項34に記載のモバイルデバイス。
- プロセッサは、治療薬の用量が投与された量と時間を入力するようにユーザーに促し、および用量が投与された量と時間を示す記録を更新するための命令を伴って構成される、請求項34に記載のモバイルデバイス。
- プロセッサは、ユーザーの処置に対する反応を示すスコア結果を表示するための命令を伴って構成される、請求項34に記載のモバイルデバイス。
- プロセッサは、薬理学的または非薬理学的介入に関連する複数の質問を表示するための命令を伴って構成される、請求項34に記載のモバイルデバイス。
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