JP2023133505A - サイクリンa1特異的t細胞受容体およびその使用 - Google Patents
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Abstract
【課題】サイクリンA1特異的T細胞受容体およびその使用の提供。【解決手段】本開示は、ヒトサイクリンA1(CCNA1)と特異的に結合するTCRを含む結合タンパク質、このような抗原特異的な結合タンパク質を発現する宿主細胞、それをコードする核酸、および細胞がCCNA1を過剰発現する疾患または障害、例えばがんの処置における使用のための組成物を提供する。ある特定の態様では、本開示は、例えばがんを処置するための養子免疫療法での使用のための、主要組織適合複合体(MHC)(例えば、ヒト白血球抗原(HLA))に関連するサイクリンA1に特異的な、結合タンパク質(例えば、T細胞受容体(TCR))を提供する。【選択図】なし
Description
配列表に関する陳述
本出願に関連する配列表は、紙コピーの代わりにテキストフォーマットで提供され、これにより参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名称は、360056_460WO_SEQUENCE_LISTING.txtである。テキストファイルは、269KBであり、これは、2019年2月10日に作成され、EFS-ウェブを介して電子的に提出された。
本出願に関連する配列表は、紙コピーの代わりにテキストフォーマットで提供され、これにより参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名称は、360056_460WO_SEQUENCE_LISTING.txtである。テキストファイルは、269KBであり、これは、2019年2月10日に作成され、EFS-ウェブを介して電子的に提出された。
ex vivoでの腫瘍反応性T細胞の拡大増殖および輸注を含む養子免疫療法は、特に従来の療法がうまくいかない患者における新たに出現した処置様式である(Stromnes et al., Immunol. Rev. 257:145-64, 2014)。一部の場合、腫瘍反応性T細胞は、抗原に特異的な、または腫瘍で過剰発現される、内因性、外因性、および/または操作された受容体を含む。
がん-精巣抗原サイクリンA1(CCNA1)は、代替のA型サイクリンであり、急性骨髄性白血病(AML)ならびに精巣がん、子宮内膜がん、および卵巣がんなどのいくつかの上皮がんにおけるその過剰発現のために、様々ながんを処置するための魅力的な標的である。サイクリンA1は、細胞の増殖および生存を促進すると考えられており、マウスにおいて白血病誘発性であることが示されており、50%より多くのAML患者の白血病幹細胞において検出されている。
Stromnesら、Immunol.Rev.(2014)257:145~64
サイクリンA1に反応性の腫瘍反応性T細胞を同定するための方法、サイクリンA1に特異的なT細胞受容体(TCR)を同定するための方法、加えて、本明細書に記載される方法を使用して同定された特定のTCRが本明細書で提供される。
ある特定の態様では、本開示は、例えばがんを処置するための養子免疫療法での使用のための、主要組織適合複合体(MHC)(例えば、ヒト白血球抗原(HLA))に関連するサイクリンA1に特異的な、結合タンパク質(例えば、T細胞受容体(TCR))を提供する。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される組成物および方法は、CCNA1過剰発現(例えば、正常な、または疾患に罹っていない細胞において検出可能なCCNA-1発現レベルに比べて、統計学的に有意な方式で、規模がより大きいレベルで検出可能なCCNA1発現)に関連する疾患および状態の処置のための治療的有用性を有すると予想される。このような疾患としては、様々な形態の過剰増殖性障害、例えば急性骨髄性白血病が挙げられる。これらおよび関連の使用の非限定的な例が本明細書に記載され、その例としては、例えばCCNA1ペプチド(例えば、FLDRFLSCM(配列番号1)、SLIAAAAFCLA(配列番号2)、またはYSLSEIVPCL(配列番号3))に特異的なTCRを発現する組換えT細胞の使用による、in vitro、ex vivoおよびin vivoにおけるCCNA1抗原特異的T細胞応答の刺激が挙げられる。
本開示をより詳細に記載する前に、本明細書において使用されるある特定の用語の定義を提供することが、その理解にとって有用であり得る。追加の定義は、この開示の全体にわたり記載される。
本発明の記載において、あらゆる濃度の範囲、パーセンテージの範囲、比率の範囲、または整数の範囲は、別段の指定がない限り、列挙された範囲内のあらゆる整数値、および適切な場合はそれらの分数(例えば整数値の10分の1および100分の1)を含むことが理解されるものとする。また、あらゆる物理的な特徴、例えばポリマーのサブユニット、サイズまたは厚さに関する本明細書で列挙されたあらゆる数値範囲も、別段の指定がない限り、列挙された範囲内のあらゆる整数を含むことが理解されるものとする。用語「約」は、本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、示された範囲、値、または構造の±20%を意味する。用語「1つの(a)」および「1つの(an)」は、本明細書で使用される場合、列挙された要素の「1つまたは複数」を指すことが理解されるものとする。選択肢(例えば、「または」)の使用は、選択肢のいずれか一方、両方、またはそれらのあらゆる組合せを意味することが理解されるものとする。用語「含む(include)」、「有する」および「含む(comprise)」は、本明細書で使用される場合、同意語として使用され、これらの用語およびそれらの変化形は、非限定的と解釈されることが意図される。
加えて、本明細書に記載される構造および置換基の様々な組合せから生じる個々の化合物または化合物の群は、各化合物または化合物の群が個々に記載されたのと同程度に本出願によって開示されることが理解されるものとする。したがって、特定の構造または特定の置換基の選択は、本開示の範囲内である。
用語「から本質的になる」は、特定された物質もしくは工程に、または特許請求された発明の基礎的な特徴に顕著に影響を与えない物質もしくは工程に特許請求の範囲を限定する。例えば、タンパク質のドメイン、領域、またはモジュール(例えば、結合ドメイン、ヒンジ領域、リンカーモジュール)またはタンパク質(1つまたは複数のドメイン、領域、またはモジュールを有していてもよい)は、ドメイン、領域、モジュール、またはタンパク質のアミノ酸配列が、組み合わせて、ドメイン、領域、モジュール、またはタンパク質の長さの最大で20%(例えば、最大で15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%または1%)に寄与し、ドメイン、領域、モジュール、またはタンパク質の活性(例えば、結合タンパク質の標的結合親和性)に実質的に影響を与えない(すなわち、50%より多く活性を低減しないことであり、例えば、活性の低減が、40%以下、30%以下、25%以下、20%以下、15%以下、10%以下、5%以下、または1%以下である)伸長、欠失、突然変異、またはそれらの組合せ(例えば、アミノまたはカルボキシ末端における、またはドメイン間におけるアミノ酸)を含む場合、特定のアミノ酸配列「から本質的になる」。
「免疫系細胞」は、本明細書で使用される場合、2つの主要な系統、すなわち骨髄性前駆細胞(これは、骨髄性細胞、例えば単球、マクロファージ、樹状細胞、巨核球および顆粒球を生じる)およびリンパ前駆細胞(これは、リンパ系細胞、例えばT細胞、B細胞およびナチュラルキラー(NK)細胞を生じる)を生じる、骨髄中の造血幹細胞に由来する免疫系のあらゆる細胞を意味する。例示的な免疫系細胞としては、CD4+T細胞、CD8+T細胞、CD4-CD8-二重陰性T細胞、γδT細胞、調節性T細胞、ナチュラルキラー細胞、および樹状細胞が挙げられる。マクロファージおよび樹状細胞は、「抗原提示細胞」または「APC」と称することもでき、これらは、ペプチドと複合体化したAPCの表面上の主要組織適合複合体(MHC)受容体がT細胞の表面上のTCRと相互作用するとT細胞を活性化できる特殊化した細胞である。
「造血前駆幹細胞(hematopoietic progenitor stem cell)」は、本明細書で使用される場合、in vivoにおける自己再生、in vitroにおける本質的に無限の増殖のいずれかが可能であり、T細胞系統の細胞を含む他の細胞型への分化が可能である未分化の造血細胞を指す。造血幹細胞は、例えば、これらに限定されないが、胎児の肝臓、骨髄、臍帯血から単離することができる。
「造血前駆細胞」は、本明細書で使用される場合、造血幹細胞または胎児組織から誘導でき、成熟細胞型(例えば、免疫系細胞)へのさらなる分化が可能な細胞である。例示的な造血前駆細胞としては、CD24LoLin-CD117+表現型を有するもの、または胸腺で見出されるもの(胸腺前駆細胞と称される)が挙げられる。
用語「宿主」は、本明細書で使用される場合、目的のポリペプチド(例えば、高い、または強化された親和性の抗CCNA-1 TCR)を生産するような異種または外因性核酸分子での遺伝学的改変のために標的化された細胞(例えば、T細胞)または微生物を指す。ある特定の実施形態では、宿主細胞は、必要に応じて、異種または外因性タンパク質の生合成に関連するまたは関連しない所望の特性(例えば、検出可能なマーカーの包含;内因性TCRの欠失、変更、またはトランケート;共刺激因子発現の増加)を付与する他の遺伝学的改変をすでに有していてもよいし、またはそれらを含むように改変されていてもよい。ある特定の実施形態では、宿主細胞は、CCNA-1抗原ペプチドに特異的なTCRβ、TCRα鎖またはその両方をコードする異種または外因性核酸分子で形質導入されたヒト造血前駆細胞である。ある特定の実施形態では、宿主細胞は、本開示の結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含有する宿主細胞を受ける被験体にとって自己、同種または同系である。
「T細胞」または「Tリンパ球」は、胸腺で成熟し、T細胞受容体(TCR)を生産する免疫系細胞であり、これは、例えば末梢血単核細胞(PBMC)から入手でき(濃縮または単離でき)、本明細書では「バルク」T細胞と称される。T細胞の単離の後、細胞傷害性(CD8+)およびヘルパー(CD4+)T細胞の両方は、拡大増殖の前または後のいずれかに、ナイーブ、メモリー、およびエフェクターT細胞の部分集団に選別することができる。T細胞は、ナイーブ(抗原に曝露されていない;TCMと比較した場合、CD62L、CCR7、CD28、CD3、CD127、およびCD45RAの発現の増加、ならびにCD45ROの発現の減少)、メモリーT細胞(TM)(抗原を経験した、寿命が長い)、およびエフェクター細胞(抗原を経験した、細胞傷害性)であり得る。TMはさらに、セントラルメモリーT細胞(TCM、ナイーブT細胞と比較した場合、CD62L、CCR7、CD28、CD127、CD45RO、およびCD95の発現の増加、ならびにCD54RAの発現の減少)およびエフェクターメモリーT細胞(TEM、ナイーブT細胞またはTCMと比較した場合、CD62L、CCR7、CD28、CD45RAの発現の減少、およびCD127の発現の増加)のサブセットに分けることができる。エフェクターT細胞(TE)は、TCMと比較した場合、CD62L、CCR7、CD28の発現が減少し、グランザイムおよびパーフォリンに関して陽性である、抗原を経験したCD8+細胞傷害性Tリンパ球を指す。ヘルパーT細胞(TH)は、サイトカインを放出することによって他の免疫細胞の活性に影響を与えるCD4+細胞である。CD4+T細胞は、適応免疫応答を活性化および抑制することができ、どの作用が誘導されるかは、他の細胞およびシグナルの存在に依存すると予想される。T細胞は、公知の技術に従って収集でき、様々な部分集団またはそれらの組合せは、公知の技術によって、例えば抗体への親和性結合、フローサイトメトリー、または免疫磁気選択によって濃縮または枯渇させることができる。他の例示的なT細胞としては、調節性T細胞、例えばCD4+CD25+(Foxp3+)調節性T細胞およびTreg17細胞、加えて、Tr1、Th3、CD8+CD28+、およびQa-1拘束性T細胞が挙げられる。
「T細胞受容体」(TCR)は、MHC受容体に結合した抗原ペプチドに特異的に結合することが可能な免疫グロブリンスーパーファミリーメンバー(可変結合ドメイン、定常ドメイン、膜貫通領域、および短い細胞質テールを有するもの;例えば、Janeway
et al., Immunobiology: The Immune System in Health and Disease, 3rd Ed., Current Biology Publications, p. 4:33, 1997を参照)を指す。TCRは、細胞の表面上に、または可溶性の形態で見出すことができ、一般的に、αおよびβ鎖(それぞれTCRαおよびTCRβとしても公知)、またはγおよびδ鎖(それぞれTCRγおよびTCRδとしても公知)を有するヘテロ二量体で構成される。免疫グロブリンのように、TCR鎖(例えば、α鎖、β鎖)の細胞外部分は、2つの免疫グロブリンドメイン、N末端における可変ドメイン(例えば、α鎖可変ドメインまたはVα、β鎖可変ドメインまたはVβ;典型的には、Kabatの番号付け、Kabat et al., ”Sequences of Proteins of Immunological Interest, US Dept. Health and Human Services, Public Health Service National Institutes of Health, 1991, 5th ed.に基づいて、アミノ酸1から116)、および細胞膜に隣接する1つの定常ドメイン(例えば、α鎖定常ドメインまたはCα、典型的にはKabatに基づきアミノ酸117から259、β鎖定常ドメインまたはCβ、典型的にはKabatに基づきアミノ酸117から295)を含有する。同様に免疫グロブリンのように、可変ドメインも、フレームワーク領域(FR)によって隔てられた相補性決定領域(CDR)を含有する(例えば、Jores et al., Proc. Nat’l Acad. Sci. U.S.A. 87:9138, 1990;Chothia et al., EMBO J. 7:3745, 1988を参照;Lefranc et al., Dev. Comp. Immunol. 27:55, 2003も参照)。ある特定の実施形態では、TCRは、T細胞(またはTリンパ球)の表面上に見出されており、CD3複合体と会合する。本開示で使用されるTCRの供給源は、ヒト、マウス、ラット、ウサギまたは他の哺乳動物などの様々な動物種由来であり得る。
et al., Immunobiology: The Immune System in Health and Disease, 3rd Ed., Current Biology Publications, p. 4:33, 1997を参照)を指す。TCRは、細胞の表面上に、または可溶性の形態で見出すことができ、一般的に、αおよびβ鎖(それぞれTCRαおよびTCRβとしても公知)、またはγおよびδ鎖(それぞれTCRγおよびTCRδとしても公知)を有するヘテロ二量体で構成される。免疫グロブリンのように、TCR鎖(例えば、α鎖、β鎖)の細胞外部分は、2つの免疫グロブリンドメイン、N末端における可変ドメイン(例えば、α鎖可変ドメインまたはVα、β鎖可変ドメインまたはVβ;典型的には、Kabatの番号付け、Kabat et al., ”Sequences of Proteins of Immunological Interest, US Dept. Health and Human Services, Public Health Service National Institutes of Health, 1991, 5th ed.に基づいて、アミノ酸1から116)、および細胞膜に隣接する1つの定常ドメイン(例えば、α鎖定常ドメインまたはCα、典型的にはKabatに基づきアミノ酸117から259、β鎖定常ドメインまたはCβ、典型的にはKabatに基づきアミノ酸117から295)を含有する。同様に免疫グロブリンのように、可変ドメインも、フレームワーク領域(FR)によって隔てられた相補性決定領域(CDR)を含有する(例えば、Jores et al., Proc. Nat’l Acad. Sci. U.S.A. 87:9138, 1990;Chothia et al., EMBO J. 7:3745, 1988を参照;Lefranc et al., Dev. Comp. Immunol. 27:55, 2003も参照)。ある特定の実施形態では、TCRは、T細胞(またはTリンパ球)の表面上に見出されており、CD3複合体と会合する。本開示で使用されるTCRの供給源は、ヒト、マウス、ラット、ウサギまたは他の哺乳動物などの様々な動物種由来であり得る。
用語「可変領域」または「可変ドメイン」は、TCRの抗原への結合に関与するTCRα鎖またはβ鎖(またはγδTCRの場合、γ鎖およびδ鎖)のドメインを指す。天然のTCRのα鎖およびβ鎖の可変ドメイン(それぞれVαおよびVβ)は、一般的に、類似の構造を有し、各ドメインは、4つの保存されたフレームワーク領域(FR)および3つのCDRを含む。Vαドメインは、2つの別個のDNAセグメント、可変遺伝子セグメントおよび連結遺伝子セグメント(joining gene segment)(V-J)によってコードされ;Vβドメインは、3つの別個のDNAセグメント、可変遺伝子セグメント、多様性遺伝子セグメント、および連結遺伝子セグメント(V-D-J)によってコードされる。抗原-結合特異性を付与するのに、単一のVαまたはVβドメインが十分であり得る。さらに、特定の抗原と結合するTCRは、その抗原と結合するTCR由来のVαまたはVβドメインを使用して単離でき、それぞれ相補的VβまたはVαドメインのライブラリーをスクリーニングすることができる。
用語「相補性決定領域」、および「CDR」は、「高度可変領域」または「HVR」と同義であり、抗原特異性および/または結合親和性を付与する、TCR可変領域内のアミノ酸の非連続配列を指すことが当技術分野において公知である。一般的に、各α鎖可変領域中の3つのCDR(αCDR1、αCDR2、αCDR3)および各β鎖可変領域中の3つのCDR(βCDR1、βCDR2、βCDR3)がある。CDR3は、プロセシングされた抗原の認識に関与する主要なCDRと考えられる。CDR1およびCDR2は主として、MHCと相互作用する。しかしながら、アルファ鎖およびベータ鎖のCDR1ループは、それぞれ抗原性ペプチドのN末端およびC末端と相互作用することも示されており、ペプチド特異性とMHC結合の両方に寄与する可能性がある。
「TCR複合体」は、本明細書で使用される場合、CD3のTCRとの会合によって形成された複合体を指す。例えば、TCR複合体は、CD3γ鎖、CD3δ鎖、2つのCD3ε鎖、CD3ζ鎖のホモ二量体、TCRα鎖、およびTCRβ鎖で構成されていてもよい。代替として、TCR複合体は、CD3γ鎖、CD3δ鎖、2つのCD3ε鎖、CD3ζ鎖のホモ二量体、TCRγ鎖、およびTCRδ鎖で構成されていてもよい。
「TCR複合体の成分」は、本明細書で使用される場合、TCR鎖(すなわち、TCRα、TCRβ、TCRγまたはTCRδ)、CD3鎖(すなわち、CD3γ、CD3δ、CD3εまたはCD3ζ)、または2つもしくはそれより多くのTCR鎖もしくはCD3鎖によって形成された複合体(例えば、TCRαおよびTCRβの複合体、TCRγおよびTCRδの複合体、CD3εおよびCD3δの複合体、CD3γおよびCD3εの複合体、またはTCRα、TCRβ、CD3γ、CD3δ、ならびに2つのCD3ε鎖の下位のTCR複合体)を指す。
「抗原」または「Ag」は、本明細書で使用される場合、免疫応答を引き起こす免疫原性分子を指す。この免疫応答は、抗体産生、特定の免疫担当細胞(例えば、T細胞)の活性化、またはその両方を含み得る。抗原(免疫原性分子)は、例えば、ペプチド、糖ペプチド、ポリペプチド、糖ポリペプチド、ポリヌクレオチド、多糖、脂質などであり得る。抗原は、合成でき、組換え生産でき、または生体試料から誘導できることが容易に理解される。1種または複数の抗原を含有し得る例示的な生体試料としては、組織試料、腫瘍試料、細胞、生体液、またはそれらの組合せが挙げられる。抗原は、抗原を発現するように改変または遺伝子操作された細胞によって生産することができる。例示的な抗原としては、CCNA-1が挙げられる。
用語「エピトープ」または「抗原エピトープ」は、同族の結合分子、例えば免疫グロブリン、T細胞受容体(TCR)、キメラ抗原受容体、または他の結合分子、ドメインもしくはタンパク質によって認識され、それと特異的に結合するあらゆる分子、構造、アミノ酸配列またはタンパク質決定基を含む。エピトープ決定基は、一般的に、アミノ酸または糖側鎖などの分子の化学的に活性な表面基を含有し、特異的な3次元構造の特徴に加えて、特異的な電荷の特徴を有し得る。例えば、CCNA-1タンパク質またはその断片は、1つまたは複数の抗原エピトープを含有する抗原であり得る。
「主要組織適合複合体」(MHC)は、ペプチド抗原を細胞表面に送達する糖タンパク質を指す。MHCクラスI分子は、膜貫通α鎖(3つのαドメインを有する)および非共有結合によって会合したβ2ミクログロブリンを有するヘテロ二量体である。MHCクラスII分子は、2つの膜貫通糖タンパク質、αおよびβで構成され、これらはどちらも膜貫通型である。各鎖は、2つのドメインを有する。MHCクラスI分子は、サイトゾル中で生じたペプチドを細胞表面に送達し、そこでペプチド:MHC複合体が、CD8+T細胞によって認識される。MHCクラスII分子は、小胞系で生じたペプチドを細胞表面に送達し、そこでそれらは、CD4+T細胞によって認識される。ヒトMHCは、ヒト白血球抗原(HLA)と称される。
「結合ドメイン」(「結合領域」または「結合部分」とも称される)は、本明細書で使用される場合、標的(例えば、CCNA-1、CCNA-1ペプチド:MHC複合体)と、特異的に、および非共有結合によって会合する、一体化する、または結合する能力を有する分子またはその部分(例えば、ペプチド、オリゴペプチド、ポリペプチド、タンパク質)を指す。結合ドメインは、生体分子、分子複合体(すなわち、2つまたはそれより多くの生体分子を含む複合体)、または目的の他の標的に対する、あらゆる天然に存在する、合成の、半合成の、または組換え生産された結合パートナーを含む。例示的な結合ドメインとしては、単鎖免疫グロブリン可変領域(例えば、scTCR、scFv)、受容体エクトドメイン、リガンド(例えば、サイトカイン、ケモカイン)、または目的の生体分子、分子複合体または他の標的に結合するそれらの特異的な能力に関して選択された合成ポリペプチドが挙げられる。
「特異的に結合する」または「に特異的な」は、本明細書で使用される場合、親和性または105M-1に等しいかまたはそれより大きいKa(すなわち、1/Mの単位での特定の結合相互作用の平衡会合定数)(これは、この会合反応のオンレート[kon]のオフレート[koff]に対する比率に等しい)で、結合タンパク質(例えば、TCR受容体)または結合ドメイン(またはその融合タンパク質)が標的分子(例えば、CCNA-1ペプチド:HLAまたは四量体、例えばHLA複合体)に会合または一体化するが、試料中の他のいずれの分子または成分と有意に会合または一体化しないことを指す。結合タンパク質または結合ドメイン(またはその融合タンパク質)は、「高親和性」結合タンパク質もしくは結合ドメイン(またはその融合タンパク質)として、または「低い親和性」結合タンパク質もしくは結合ドメイン(またはその融合タンパク質)として分類することができる。「高親和性」結合タンパク質または結合ドメインは、少なくとも107M-1、少なくとも108M-1、少なくとも109M-1、少なくとも1010M-1、少なくとも1011M-1、少なくとも1012M-1、または少なくとも1013M-1のKaを有する結合タンパク質または結合ドメインを指す。「低親和性」結合タンパク質または結合ドメインは、最大107M-1、最大106M-1、最大105M-1のKaを有する結合タンパク質または結合ドメインを指す。代替として、親和性は、Mの単位での特定の結合相互作用の平衡解離定数(Kd)と定義される場合もある(例えば、10-5Mから10-13M)。
ある特定の実施形態では、受容体または結合ドメインは、「強化された親和性」を有していてもよく、これは、野生型(または親)結合ドメインより強い標的抗原への結合を有する選択または操作された受容体または結合ドメインを指す。例えば、強化された親和性は、標的抗原に対して野生型結合ドメインより高いKa(平衡会合定数)に起因していてもよいし、標的抗原に対して野生型結合ドメインのそれより低いKd(解離定数)に起因していてもよいし、標的抗原に対して野生型結合ドメインのそれより低いオフレート(koff)に起因していてもよいし、またはそれらの組合せであってもよい。ある特定の実施形態では、強化された親和性TCRは、特定の宿主細胞、例えばT細胞における発現が強化されるようにコドン最適化されていてもよい(Scholten et al., Clin. Immunol. 119:135, 2006)。
特定の標的と特異的に結合する本開示の結合ドメインを同定するための、加えて結合ドメインまたは結合タンパク質の親和性を決定するための様々なアッセイが公知であり、例えば、ウェスタンブロット、ELISA、分析超遠心分離、分光法、表面プラズモン共鳴(Biacore(登録商標))分析、MHC四量体アッセイなどがある(例えば、Scatchard et al., Ann. N.Y. Acad. Sci. 51:660, 1949;Wilson, Science 295:2103, 2002;Wolff et al., Cancer Res. 53:2560, 1993;Altman et al., Science 274:94-96, 1996;および米国特許第5,283,173号、同第5,468,614号、または等価物を参照)。
用語「CCNA-1特異的結合タンパク質」は、CCNA-1に特異的に結合するタンパク質もしくはポリペプチド、またはそのペプチドもしくは断片を指す。一部の実施形態では、タンパク質またはポリペプチドは、例えば細胞表面上の、CCNA-1またはそのペプチド、例えばMHCまたはHLA分子と複合体化したCCNA-1ペプチドに、特定の親和性で、または少なくともほぼ特定の親和性で結合する。ある特定の実施形態では、CCNA-1特異的結合タンパク質は、CCNA-1由来のペプチド:HLA複合体(またはCCNA-1由来のペプチド:MHC複合体)と、約10-8M未満、約10-9M未満、約10-10M未満、約10-11M未満、約10-12M未満、または約10-13M未満のKdで結合するか、または例えば、同じアッセイによって測定した場合、本明細書で提供される例示的なCCNA-1特異的結合タンパク質、例えば本明細書で提供されるCCNA-1特異的TCRのいずれかによって呈示される親和性とほぼ同じであるか、その親和性と少なくともほぼ同じであるか、またはその親和性もしくはほぼその親和性より大きい親和性で結合する。ある特定の実施形態では、CCNA-1特異的結合タンパク質は、CCNA-1特異的免疫グロブリンスーパーファミリー結合タンパク質またはその結合部分を含む。
親和性または見かけの親和性または相対的な親和性を評価するためのアッセイは、公知である。ある特定の例において、TCRに対する見かけの親和性は、例えば、標識された四量体を使用したフローサイトメトリーによって、様々な濃度の四量体への結合を評価することによって測定される。一部の例において、TCRに対する見かけのKDは、様々な濃度での標識された四量体の2倍希釈、それに続く非線形回帰による結合曲線の決定を使用して測定され、見かけのKDは、最大結合の半分をもたらすリガンド濃度として決定される。
用語「CCNA-1結合ドメイン」または「CCNA-1結合断片」は、特異的なCCNA-1結合に関与するCCNA-1特異的結合タンパク質のドメインまたは部分を指す。CCNA-1特異的結合ドメインは、単独で(すなわち、CCNA-1特異的結合タンパク質の他のいかなる部分も含まず)、可溶性であってもよく、約10-8M未満、約10-9M未満、約10-10M未満、約10-11M未満、約10-12M未満、または約10-13M未満のKdでCCNA-1に結合することができる。例示的なCCNA-1特異的結合ドメインとしては、CCNA-1特異的scTCR(例えば、単鎖αβTCRタンパク質、例えばVα-L-Vβ、Vβ-L-Vα、Vα-Cα-L-Vβ、またはVα-L-Vβ-Cβであり、VαおよびVβは、それぞれTCRαおよびβ可変ドメインであり、CαおよびCβは、それぞれTCRαおよびβ定常ドメインであり、Lは、リンカーである)、および抗CCNA-1 TCRまたは抗体由来であり得る本明細書に記載されるscFv断片が挙げられる。
抗原提示細胞(APC)(例えば樹状細胞、マクロファージ、リンパ球または他の細胞型)による抗原プロセシングの原理、および免疫適合性(例えば、抗原提示に関連するMHC遺伝子の少なくとも1つの対立遺伝子の形態を共有する)APCとT細胞との間の主要組織適合複合体(MHC)拘束性の提示を含む、T細胞に対するAPCによる抗原提示の原理は、十分に確立されている(例えば、Murphy, Janeway’s Immunobiology (8th Ed.) 2011 Garland Science, NY;6、9および16章を参照)。例えば、サイトゾル中で生じるプロセシングされた抗原ペプチド(例えば、腫瘍抗原、細胞内病原体)は、一般的に約7アミノ酸から約11アミノ酸の長さを有し、クラスI MHC分子と会合すると予想されるが、それに対して小胞系中でプロセシングされた(例えば、細菌、ウイルスの)ペプチドは、長さが約10アミノ酸から約25アミノ酸まで様々であり、クラスII MHC分子と会合すると予想される。
「サイクリン-A1」または「CCNA-1」は、男性における生殖細胞系の減数分裂細胞周期の細胞周期制御に関与するサイクリンファミリーに属するタンパク質を指す。サイクリンA1は、精巣を除く正常な組織では最低限に発現され、急性骨髄性白血病(AML)ならびに精巣、子宮内膜、および卵巣がんを含むいくつかの上皮がんを含む多くのがんで過剰発現される。ある特定の実施形態では、CCNA1は、タンパク質のアイソフォーム3を指し、これは、アミノ酸1~44が失われている点でアイソフォーム1と異なる。特定の実施形態では、CCNA1は、配列番号4に記載のアミノ酸配列を含む。
「CCNA-1抗原」または「CCNA-1ペプチド抗原」は、MHC(例えば、HLA)分子と複合体を形成できる、長さが約7アミノ酸から約15アミノ酸の範囲の、天然に、または合成的に生産された、CCNA-1タンパク質の部分を指し、このような複合体は、CCNA-1ペプチド:MHC(例えば、HLA)複合体に特異的なTCRと結合することができる。CCNA-1抗原ペプチドは、クラスI MHCの文脈で提示される。特定の実施形態では、CCNA-1ペプチドは、FLDRFLSCM(配列番号1)、SLIAAAAFCLA(配列番号2)、またはYSLSEIVPCL(配列番号3)であり、これは、ヒトクラスI HLAと会合する、より具体的には対立遺伝子HLA-A*02:01と会合する。
「リンカー」は、2つのタンパク質、ポリペプチド、ペプチド、ドメイン、領域、またはモチーフを接続するアミノ酸配列を指し、得られたポリペプチドが、標的分子に対して特異的な結合親和性を保持するように(例えば、scTCR)、またはシグナル伝達活性を保持するように(例えば、TCR複合体)、2つの下位の結合ドメインの相互作用に適合させたスペーサー機能を提供することができる。ある特定の実施形態では、リンカーは、約2から約35アミノ酸、例えば、または約4から約20アミノ酸もしくは約8から約15アミノ酸もしくは約15から約25アミノ酸で構成される。
「接合部アミノ酸」または「接合部アミノ酸残基」は、ポリペプチドの2つの隣接するモチーフ、領域もしくはドメイン間の、例えば、結合ドメインと隣接する定常ドメインとの間の、またはTCR鎖と隣接する自己切断ペプチドとの間の、1つまたは複数の(例えば、約2~10個の)アミノ酸残基を指す。接合部アミノ酸は、結合タンパク質の構築物設計に起因するものであり得る(例えば、結合タンパク質をコードする核酸分子の構築中における制限酵素部位の使用の結果生じるアミノ酸残基)。
「変更されたドメイン」または「変更されたタンパク質」は、少なくとも85%(例えば、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、100%)の同一性を有する、野生型モチーフ、領域、ドメイン、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質(例えば、野生型TCRα鎖、TCRβ鎖、TCRα定常ドメイン、TCRβ定常ドメイン)に対して、非同一な配列を有するモチーフ、領域、ドメイン、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質を指す。
「核酸」または「核酸分子」は、本明細書で使用される場合、例えばポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって、またはin vitro転写によって生成した、デオキシリボ核酸(DNA)、リボ核酸(RNA)、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、それらの断片のいずれかを指し、さらに、ライゲーション、切断、エンドヌクレアーゼ作用、またはエキソヌクレアーゼ作用のいずれかによって生成した断片も指す。ある特定の実施形態では、本開示の核酸は、PCRによって生産される。核酸は、天然に存在するヌクレオチド(例えばデオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチド)、天然に存在するヌクレオチドのアナログ(例えば、天然に存在するヌクレオチドのα-鏡像異性体の形態)、またはその両方の組合せである単量体で構成されていてもよい。改変されたヌクレオチドは、糖部分、またはピリミジンもしくはプリン塩基部分中に改変を有していてもよいし、またはそれらが置き換えられていてもよい。核酸単量体は、ホスホジエステル結合またはこのような連結のアナログによって連結されていてもよい。ホスホジエステル結合のアナログとしては、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート(phosphoroselenoate)、ホスホロジセレノエート(phosphorodiselenoate)、ホスホロアニロチオエート(phosphoroanilothioate)、ホスホロアニリデート(phosphoranilidate)、ホスホルアミデートなどが挙げられる。核酸分子は、一本鎖または二本鎖のいずれであってもよい。
用語「単離された」は、物質が、その元の環境(例えば、それが天然に存在する場合、天然環境)から取り出されていることを意味する。例えば、生きた動物中に存在する天然に存在する核酸またはポリペプチドは、単離されていないが、天然系において共存する物質の一部または全てから分離された同じ核酸またはポリペプチドは、単離されている。このような核酸は、ベクターの一部であってもよいし、および/またはこのような核酸またはポリペプチドは、組成物(例えば、細胞溶解産物)の一部であってもよく、それでもなお、このようなベクターまたは組成物は、核酸またはポリペプチドの天然環境の一部ではないという点で、これらは単離されている。用語「遺伝子」は、ポリペプチド鎖生産に関与するDNAのセグメントを意味し、遺伝子は、コード領域の前および後の領域(「リーダーおよびトレーラー」)、加えて個々のコードセグメント(エクソン)間の介在配列(イントロン)を含む。
用語「構築物」は、組換え核酸分子を含有するあらゆるポリヌクレオチドを指す。構築物は、ベクター(例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター)中に存在していてもよいし、またはゲノムに組み込まれていてもよい。
「ベクター」は、別の核酸を輸送することが可能な核酸分子である。ベクターは、例えば、プラスミド、コスミド、ウイルス、ファージ、RNAベクター、または染色体、非染色体、半合成もしくは合成の核酸分子を含み得る直鎖もしくは環状のDNAもしくはRNA分子であってもよい。例示的なベクターは、それが連結されている核酸分子の自律複製(エピソームベクター)または発現(発現ベクター)が可能なものである。
「レトロウイルス」は、RNAゲノムを有するウイルスである。「ガンマレトロウイルス」は、レトロウイルス科の属を指す。例示的なガンマレトロウイルスとしては、マウス幹細胞ウイルス、マウス白血病ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ネコ肉腫ウイルス、およびトリ細網内皮症ウイルスが挙げられる。
「レンチウイルス」は、分裂および非分裂細胞に感染することが可能なレトロウイルスの属を指す。レンチウイルスのいくつかの例としては、HIV(ヒト免疫不全ウイルス:HIV1型、およびHIV2型を含む);ウマ伝染性貧血ウイルス;ネコ免疫不全ウイルス(FIV);ウシ免疫不全ウイルス(BIV);およびサル免疫不全ウイルス(SIV)が挙げられる。
「レンチウイルスベクター」は、本明細書で使用される場合、遺伝子送達のためのHIVベースのレンチウイルスベクターであって、組み込み型であっても非組み込み型であってもよく、比較的大きいパッケージング能力を有し、様々な異なる細胞型に形質導入できるものを意味する。レンチウイルスベクターは、通常、3種(パッケージング、エンベロープおよびトランスファー)またはそれより多くのプラスミドの産生細胞への一過性トランスフェクションの後、生成される。HIVのように、レンチウイルスベクターは、ウイルス表面糖タンパク質と細胞表面上の受容体との相互作用を介して標的細胞に侵入する。侵入のとき、ウイルスRNAは、ウイルス逆転写酵素複合体によって媒介される逆転写を受ける。逆転写産物は、二本鎖直鎖状のウイルスDNAであり、これは、感染細胞のDNAへのウイルス組み込みのための基質である。
用語「動作可能に連結した」は、一つの核酸分子の機能が他のものの影響を受けるように、単一の核酸断片上で2つまたはそれより多くの核酸分子が会合していることを指す。例えば、プロモーターは、コード配列の発現に影響を与えることが可能である場合、そのコード配列と動作可能に連結している(すなわち、コード配列は、プロモーターの転写制御下である)。「非連結」は、会合した遺伝学的エレメントが、互いに近接して会合しておらず、一方の機能が他方に影響を与えないことを意味する。
用語「発現」は、本明細書で使用される場合、核酸分子、例えば遺伝子のコード配列に基づきポリペプチドが生産されるプロセスを指す。このプロセスは、転写、転写後制御、転写後修飾、翻訳、翻訳後制御、翻訳後修飾、またはそれらのあらゆる組合せを含み得る。
「発現ベクター」は、本明細書で使用される場合、好適な宿主中で核酸分子の発現を実行することが可能な好適な制御配列に動作可能に連結された核酸分子を含有するDNA構築物を指す。このような制御配列としては、転写を実行するためのプロモーター、このような転写を制御するための必要に応じたオペレーター配列、好適なmRNAリボソーム結合部位をコードする配列、ならびに転写および翻訳の終結を制御する配列が挙げられる。ベクターは、プラスミド、ファージ粒子、ウイルスであってもよいし、または単に能力を有するゲノム挿入物であってもよい。好適な宿主に形質転換されたら、ベクターは、宿主ゲノムとは独立して複製および機能することができ、または一部の場合において、ゲノムそのものに組み込まれる場合もある。本明細書において、「プラスミド」、「発現プラスミド」、「ウイルス」および「ベクター」は、しばしば同義的に使用される。
細胞に核酸分子を挿入する状況における用語「導入される」は、「トランスフェクション」、または「形質転換」、または「形質導入」を意味し、さらに、真核または原核細胞への核酸分子の取込みへの言及を含み、その場合、核酸分子は、細胞のゲノム(例えば、染色体、プラスミド、プラスチド、またはミトコンドリアDNA)に取り込まれて、自律的なレプリコンに変換されるか、または一時的に発現させることができる(例えば、トランスフェクトされたmRNA)。
「異種」核酸分子、構築物または配列は、本明細書で使用される場合、宿主細胞にとって天然ではないが、宿主細胞由来の核酸分子または核酸分子の一部に相同であり得る核酸分子または核酸分子の一部を指す。異種核酸分子、構築物または配列の供給源は、異なる属または種由来であってもよい。ある特定の実施形態では、異種核酸分子は、例えば、コンジュゲーション、形質転換、トランスフェクション、形質導入、電気穿孔などによって、宿主細胞または宿主ゲノムに付加され(すなわち、内因性でも天然でもない)、この場合、付加された分子は、宿主ゲノムに組み込まれる場合もあれば、または染色体外の遺伝物質として(例えば、プラスミドまたは自己複製ベクターの他の形態として)存在する場合もあり、複数のコピーで存在していてもよい。加えて、「異種」は、宿主細胞が相同なタンパク質または活性をコードしているとしても、宿主細胞に導入された、非天然の酵素、タンパク質、または非内因性核酸分子によってコードされた他の活性を指す。
用語「相同な」または「相同体」は、宿主細胞、宿主種または宿主株に見出される、またはそれらに由来する分子または活性を指す。例えば、異種分子または異種分子をコードする遺伝子は、それぞれ異種分子をコードする天然の宿主または宿主細胞の分子または遺伝子に相同であってもよく、必要に応じて、変更された構造、配列、発現レベルまたはそれらの組合せを有していてもよい。
用語「内因性」または「天然の」は、本明細書で使用される場合、通常、宿主または宿主細胞中に存在する遺伝子、タンパク質、化合物、分子または活性を指す。さらに、親遺伝子、タンパク質または活性と比較して、変異している、過剰発現される、シャッフルされる、二倍化される、またはそれ以外の方法で変更される遺伝子、タンパク質または活性は、それでもなお、その特定の宿主細胞にとって内因性または天然とみなされる。例えば、第1の遺伝子由来の内因性制御配列(例えば、プロモーター、翻訳を減衰させる配列)は、第2の天然の遺伝子または核酸分子の発現を変更または調節するのに使用でき、この場合、第2の天然の遺伝子または核酸分子の発現または調節は、親細胞における通常の発現または調節とは異なる。
用語「操作された」、「組換え」、「改変された」または「非天然の」は、本明細書で使用される場合、異種核酸分子の導入によって改変された生物、微生物、細胞、核酸分子、またはベクターを指すか、またはヒトの介入により遺伝子操作された、すなわち異種核酸分子の導入によって改変された細胞または微生物を指すか、または内因性核酸分子または遺伝子の発現が、制御されるか、調節解除されるか、または構成的になるように変更された細胞または微生物を指し、この場合、このような変更または改変は、遺伝子操作によって導入することができる。ヒトによって生成された遺伝的変更としては、例えば、1つまたは複数のタンパク質、結合タンパク質、または酵素をコードする核酸分子を(これは、発現制御エレメント、例えばプロモーターを含んでいてもよい)導入する改変、または他の核酸分子の付加、欠失、置換、または細胞の遺伝物質の他の機能的な破壊もしくは細胞の遺伝物質への付加を挙げることができる。例示的な改変としては、参照または親分子からの、異種または相同ポリペプチドのコード領域またはその機能的な断片における改変が挙げられる。追加の例示的な改変としては、例えば、非コード調節領域における改変が挙げられ、その改変によって遺伝子またはオペロンの発現が変更される。
「変異」は、本明細書で使用される場合、それぞれ参照または野生型核酸分子またはポリペプチド分子と比較した場合の、核酸分子またはポリペプチド分子の配列における変化を指す。変異は、配列中に、ヌクレオチドまたはアミノ酸の置換、挿入または欠失などの数々の異なるタイプの変化を生じさせることができる。
「保存的置換」は、1つのアミノ酸の、類似の特性を有する別のアミノ酸での置換として当技術分野において認められている。例示的な保存的置換は当技術分野において周知である(例えば、WO97/09433、10頁;Lehninger, Biochemistry, 2nd Edition;Worth Publishers, Inc. NY, NY, pp.71-77, 1975;Lewin, Genes IV, Oxford University Press, NY and Cell Press, Cambridge, MA, p. 8, 1990を参照)。
「配列同一性」は、本明細書で使用される場合、最大の配列同一性パーセントを達成するために配列をアライメントし、必要に応じてギャップを導入した後の、配列同一性の一部としていずれの保存的置換も考慮に入れない場合の、1つの配列中における、別の参照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一なアミノ酸残基のパーセンテージを指す。配列同一性のパーセンテージ値は、Altschul et al. (1997), Nucl. Acids Res. 25:3389-3402によって定義されたNCBI
BLAST 2.0ソフトウェアをデフォルト値に設定されたパラメーターで使用して得ることができる。
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「過剰増殖性障害」は、本明細書で使用される場合、正常な、または疾患に罹っていない細胞と比較した過剰な成長または増殖を指す。例示的な過剰増殖性障害としては、腫瘍、がん、血液学的悪性疾患、新生物組織、癌腫、肉腫、悪性細胞、前悪性細胞、加えて、非新生物または非悪性の過剰増殖性障害(例えば、腺腫、線維腫、脂肪腫、平滑筋腫、血管腫、線維症、再狭窄、加えて自己免疫疾患、例えば関節リウマチ、変形性関節症、乾癬、炎症性腸疾患など)が挙げられる。ある特定の実施形態では、過剰増殖性障害は、急性骨髄性白血病である。
「養子細胞免疫療法」または「養子免疫療法」は、天然に存在する、または遺伝子操作された疾患抗原特異的免疫細胞(例えば、T細胞)の投与を指す。養子細胞免疫療法は、自己(免疫細胞がレシピエント由来である)、同種(免疫細胞が同じ種のドナー由来である)または同系(免疫細胞が、レシピエントに遺伝学的に同一なドナー由来である)であってもよい。
「処置する」または「処置」または「好転させる(ameliorate)」は、被験体(例えば、ヒトまたは非ヒト哺乳動物、例えば霊長類、ウマ、イヌ、マウス、ラット)の疾患、障害、または状態の医学的管理を指す。一般的に、本開示のCCNA1特異的結合タンパク質を発現する宿主細胞を含む適切な用量または処置レジメンは、治療または予防の利益を惹起するのに十分な量で投与される。治療または予防/防止的な利益としては、臨床転帰の改善;疾患に関連する症状の低減または軽減;症状の出現の減少;生活の質の改善;より長い無病状態;疾患の程度の減縮、病態の安定化;疾患進行の遅延;寛解;生存;生存の延長;またはそれらのあらゆる組合せが挙げられる。
本開示の結合タンパク質または結合タンパク質を発現する細胞の「治療有効量」または「有効量」は、統計学的に有意な方式での処置されている疾患の1つまたは複数の症状の好転をもたらすのに十分な化合物または細胞の量を指す。単独で投与される個々の活性成分または単一の活性成分を発現する細胞に対して言及される場合、治療有効用量は、その成分またはその成分を発現する細胞単独での作用を指す。組合せに対して言及される場合、治療有効用量は、逐次的に投与されるか、または同時に投与されるかにかかわらず、活性成分または組み合わされた補助的な活性成分と、活性成分を発現する細胞との、治療作用をもたらす組み合わされた量を指す。別の組合せは、1種より多くの活性成分、例えば2種の異なる結合タンパク質、または他の関連する治療的物質を発現する細胞であり得る。
CCNA-1特異的結合タンパク質
サイクリンA1は、CCNA1遺伝子によってコードされたタンパク質を指す。CCNA1は、サイクリンファミリーのメンバーであり、その発現は通常、精巣に限定され、そこでCCNA1は、精子形成の調節に関与する。CCNA1は、白血病細胞および他の悪性疾患で高度に発現され、細胞増殖および生存を促進する可能性がある。CCNA1タンパク質の数々のペプチドが、HLA A*02:01拘束性抗原である腫瘍関連抗原ペプチドであることが公知である。これらの特徴により、CCNA1タンパク質は、臨床開発にとって魅力的な標的である。
サイクリンA1は、CCNA1遺伝子によってコードされたタンパク質を指す。CCNA1は、サイクリンファミリーのメンバーであり、その発現は通常、精巣に限定され、そこでCCNA1は、精子形成の調節に関与する。CCNA1は、白血病細胞および他の悪性疾患で高度に発現され、細胞増殖および生存を促進する可能性がある。CCNA1タンパク質の数々のペプチドが、HLA A*02:01拘束性抗原である腫瘍関連抗原ペプチドであることが公知である。これらの特徴により、CCNA1タンパク質は、臨床開発にとって魅力的な標的である。
ある特定の態様では、本開示は、CCNA1ペプチドFLDRFLSCM(配列番号1)、CCNA1ペプチドSLIAAAAFCLA(配列番号2)、またはCCNA1ペプチドYSLSEIVPCL(配列番号3)と特異的に結合する結合タンパク質(例えば、免疫グロブリンスーパーファミリー結合タンパク質またはその部分)を提供する。
一態様では、本開示は、(a)配列番号5、7、9、11、13、15、17、および19のいずれか1つに記載の相補性決定領域3(CDR3)のアミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号5、7、9、11、13、15、17、および19のいずれか1つに記載のCDR3アミノ酸配列を含むT細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメイン、ならびにTCRβ鎖可変(Vβ)ドメイン;(b)TCR Vαドメイン、ならびに配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、および189のいずれか1つに記載のCDR3アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、および189のいずれか1つに記載のCDR3アミノ酸配列を含むTCR Vβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含む結合タンパク質(例えば、免疫グロブリンスーパーファミリー結合タンパク質またはその部分)であって、ヒトサイクリンA1(CCNA1)ペプチド227~235であるFLDRFLSCM(配列番号1):ヒト白血球抗原(HLA)複合体に特異的に結合することが可能である、結合タンパク質を提供する。
ある特定の実施形態では、(a)Vαドメインは、配列番号5のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号6のCDR3アミノ酸配列を含み;(b)Vαドメインは、配列番号7のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号8のCDR3アミノ酸配列を含み;(c)Vαドメインは、配列番号9のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号10のCDR3アミノ酸配列を含み;(d)Vαドメインは、配列番号11のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号12のCDR3アミノ酸配列を含み;(e)Vαドメインは、配列番号13のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号14のCDR3アミノ酸配列を含み;(f)Vαドメインは、配列番号15のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号16のCDR3アミノ酸配列を含み;(g)Vαドメインは、配列番号17のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号18のCDR3アミノ酸配列を含み;(h)Vαドメインは、配列番号19のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号20のCDR3アミノ酸配列を含み;または(i)Vαドメインは、配列番号7のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号189のCDR3アミノ酸配列を含む。
一態様では、本開示は、(a)配列番号89、97、105、113、119、127、133、および137のいずれか1つに記載の相補性決定領域3(CDR3)のアミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号89、97、105、113、119、127、133、および137のいずれか1つに記載のCDR3アミノ酸配列を含むT細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメイン、ならびにTCRβ鎖可変(Vβ)ドメイン;(b)TCR Vαドメイン、ならびに配列番号93、101、109、117、123、129、140、および190のいずれか1つに記載のCDR3アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号93、101、109、117、123、129、140、および190のいずれか1つに記載のCDR3アミノ酸配列を含むTCR Vβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含む結合タンパク質(例えば、免疫グロブリンスーパーファミリー結合タンパク質またはその部分)であって、結合タンパク質は、ヒトサイクリンA1(CCNA1)ペプチド227~235であるFLDRFLSCM(配列番号1):ヒト白血球抗原(HLA)複合体に特異的に結合することが可能である、結合タンパク質を提供する。
ある特定の実施形態では、(a)Vαドメインは、配列番号89のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号93のCDR3アミノ酸配列を含み;(b)Vαドメインは、配列番号97のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号101のCDR3アミノ酸配列を含み;(c)Vαドメインは、配列番号105のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号109のCDR3アミノ酸配列を含み;(d)Vαドメインは、配列番号113のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号117のCDR3アミノ酸配列を含み;(e)Vαドメインは、配列番号119のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号123のCDR3アミノ酸配列を含み;(f)Vαドメインは、配列番号127のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号129のCDR3アミノ酸配列を含み;(g)Vαドメインは、配列番号133のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号129のCDR3アミノ酸配列を含み;(h)Vαドメインは、配列番号137のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号140のCDR3アミノ酸配列を含み;または(i)Vαドメインは、配列番号97のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号190のCDR3アミノ酸配列を含む。
ペプチド-MHC複合体、例えばCCNA1ペプチド:MHC複合体は、TCR VαおよびTCR Vβドメインによって認識され、それを介して結合する。リンパ球発生中に、Vαエクソンは、異なる可変および連結遺伝子セグメント(V-J)から組み立てられ、Vβエクソンは、異なる可変、多様性、および連結遺伝子セグメント(V-D-J)から組み立てられる。TCRαの染色体座は、70~80個の可変遺伝子セグメントおよび61個の連結遺伝子セグメントを有する。TCRβの染色体座は、52個の可変遺伝子セグメント、および6または7個の連結遺伝子セグメントと共にそれぞれ単一の多様性遺伝子セグメントを含有する2つの別個のクラスターを有する。機能的なVαおよびVβ遺伝子のエクソンは、Vαの場合、可変遺伝子セグメントの連結遺伝子セグメントでの組換え、およびVβの場合、可変遺伝子セグメントの多様性遺伝子セグメントおよび連結遺伝子セグメントでの組換えによって生成される。
VαおよびVβドメインはそれぞれ、3つの高度可変ループを含み、これは相補性決定領域(CDR)とも称され、ペプチド-MHC複合体と接触する。CDR1およびCDR2は、可変遺伝子セグメント内にコードされており、それに対してCDR3は、Vαの場合、可変および連結セグメントにわたる領域によって、またはVβの場合、可変、多様性、および連結セグメントにわたる領域によってコードされる。したがって、VαまたはVβの可変遺伝子セグメントの正体が公知の場合、それらの対応するCDR1およびCDR2の配列を推測することができる。CDR3は、CDR1およびCDR2と比較して、組換えプロセス中におけるヌクレオチドの付加および喪失のために、より顕著に高度な多様性を有する。
TCR可変ドメイン配列は、番号付けスキーム(International Immunogenetics Information System(IMGT)およびAho)に従ってアライメントでき、それにより、等価な残基の位置に注釈を付けること、および異なる分子をAntigen receptor Numbering And Receptor Classification(ANARCI)ソフトウェアツール(2016, Bioinformatics 15:298-300)を使用して比較することを可能にする。番号付けスキームは、TCR可変ドメイン中のフレームワーク領域およびCDRの標準化した図解を提供する。
表1は、配列番号5、7、9、11、13、15、17、19、21、および23のいずれか1つのアミノ酸配列を含むCDR3を含むTCR Vαの可変遺伝子セグメントおよび連結遺伝子セグメントの正体、ならびに配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、および189のいずれか1つのアミノ酸配列を含むCDR3を含むTCR Vβの可変遺伝子セグメントおよび連結遺伝子セグメントの正体を提供する。したがって、VαおよびVβドメインのCDR1およびCDR2配列は、対応する可変遺伝子セグメントから推測することができる。
一部の実施形態では、(a)Vβドメインは、TRBV9*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV30*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;(b)Vβドメインは、TRBV2*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV10*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;(c)Vβドメインは、TRBV6-6*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV24*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;(d)Vβドメインは、TRBV5-6*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV21*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;(e)Vβドメインは、TRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV21*02遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;(f)Vβドメインは、TRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV12-2*02遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;(g)Vβドメインは、TRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV17*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;(h)Vβドメインは、TRBV7-2*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV17*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;または(i)Vβドメインは、TRBV10-2*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV10*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、(a)Vβドメインは、配列番号91のCDR1アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号87のCDR1アミノ酸配列を含み;(b)Vβドメインは、配列番号99のCDR1アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号95のCDR1アミノ酸配列を含み;(c)Vβドメインは、配列番号107のCDR1アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号103のCDR1アミノ酸配列を含み;(d)Vβドメインは、配列番号115のCDR1アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号111のCDR1アミノ酸配列を含み;(e)Vβドメインは、配列番号121のCDR1アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号111のCDR1アミノ酸配列を含み;(f)Vβドメインは、配列番号121のCDR1アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号125のCDR1アミノ酸配列を含み;(g)Vβドメインは、配列番号121のCDR1アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号131のCDR1アミノ酸配列を含み;または(h)Vβドメインは、配列番号167のCDR1アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号95のCDR1アミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、(a)Vβドメインは、TRBV9*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV30*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;(b)Vβドメインは、TRBV2*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV10*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;(c)Vβドメインは、TRBV6-6*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV24*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;(d)Vβドメインは、TRBV5-6*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV21*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;(e)Vβドメインは、TRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV21*02遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;(f)Vβドメインは、TRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV12-2*02遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;(g)Vβドメインは、TRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV17*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;(h)Vβドメインは、TRBV7-2*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV17*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;または(i)Vβドメインは、TRBV10-2*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV10*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、(a)Vβドメインは、配列番号92のCDR2アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号88のCDR2アミノ酸配列を含み;(b)Vβドメインは、配列番号100のCDR2アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号96のCDR2アミノ酸配列を含み;(c)Vβドメインは、配列番号108のCDR2アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号104のCDR2アミノ酸配列を含み;(d)Vβドメインは、配列番号116のCDR2アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号112のCDR2アミノ酸配列を含み;(e)Vβドメインは、配列番号122のCDR2アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号112のCDR2アミノ酸配列を含み;(f)Vβドメインは、配列番号122のCDR2アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号126のCDR2アミノ酸配列を含み;(g)Vβドメインは、配列番号122のCDR2アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号132のCDR2アミノ酸配列を含み;(h)Vβドメインは、配列番号129のCDR2アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号132のCDR2アミノ酸配列を含み;または(i)Vβドメインは、配列番号168のCDR2アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号96のCDR2アミノ酸配列を含む。
したがって、ある特定の実施形態では、(a)Vβドメインは、配列番号6または93のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV9*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号5または89のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV30*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;(b)Vβドメインは、配列番号8または190のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV2*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号7または97のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV10*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;(c)Vβドメインは、配列番号10または109のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV6-6*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号9または105のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV24*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;(d)Vβドメインは、配列番号12または117のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV5-6*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号11または113のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV21*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;(e)Vβドメインは、配列番号14または123のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号13または119のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV21*02遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;(f)Vβドメインは、配列番号16または129のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号15または127のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV12-2*02遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;(g)Vβドメインは、配列番号18または129のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号17または133のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV17*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;(h)Vβドメインは、配列番号20または140のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV7-2*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号19または137のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV17*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;または(i)Vβドメインは、配列番号189または101のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV10-2*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号7または97のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV10*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態では、(a)Vβドメインは、配列番号91のCDR1アミノ酸配列、配列番号92のCDR2アミノ酸配列、および配列番号6または93のCDR3アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号87のCDR1アミノ酸配列、配列番号88のCDR2アミノ酸配列、および配列番号5または89のCDR3アミノ酸配列を含み;(b)Vβドメインは、配列番号99のCDR1アミノ酸配列、配列番号100のCDR2アミノ酸配列、および配列番号189または101のCDR3アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号95のCDR1アミノ酸配列、配列番号96のCDR2アミノ酸配列、および配列番号7または97のCDR3アミノ酸配列を含み;(c)Vβドメインは、配列番号107のCDR1アミノ酸配列、配列番号108のCDR2アミノ酸配列、および配列番号10または109のCDR3アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号103のCDR1アミノ酸配列、配列番号104のCDR2アミノ酸配列、および配列番号9または105のCDR3アミノ酸配列を含み;(d)Vβドメインは、配列番号115のCDR1アミノ酸配列、配列番号116のCDR2アミノ酸配列、および配列番号12または117のCDR3アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号111のCDR1アミノ酸配列、配列番号112のCDR2アミノ酸配列、および配列番号11または113のCDR3アミノ酸配列を含み;(e)Vβドメインは、配列番号121のCDR1アミノ酸配列、配列番号122のCDR2アミノ酸配列、および配列番号14または123のCDR3アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号111のCDR1アミノ酸配列、配列番号112のCDR2アミノ酸配列、および配列番号13または119のCDR3アミノ酸配列を含み;(f)Vβドメインは、配列番号121のCDR1アミノ酸配列、配列番号122のCDR2アミノ酸配列、および配列番号16または129のCDR3アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号125のCDR1アミノ酸配列、配列番号126のCDR2アミノ酸配列、および配列番号15または127のCDR3アミノ酸配列を含み;(g)Vβドメインは、配列番号121のCDR1アミノ酸配列、配列番号122のCDR2アミノ酸配列、および配列番号18または129のCDR3アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号131のCDR1アミノ酸配列、配列番号132のCDR2アミノ酸配列、および配列番号17または133のCDR3アミノ酸配列を含み;(h)Vβドメインは、配列番号121のCDR1アミノ酸配列、配列番号139のCDR2アミノ酸配列、および配列番号20または140のCDR3アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号131のCDR1アミノ酸配列、配列番号132のCDR2アミノ酸配列、および配列番号19または137のCDR3アミノ酸配列を含み;または(i)Vβドメインは、配列番号167のCDR1アミノ酸配列、配列番号168のCDR2アミノ酸配列、および配列番号8または190のCDR3アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号95のCDR1アミノ酸配列、配列番号96のCDR2アミノ酸配列、および配列番号7または97のCDR3アミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号36、38、40、42、44、86、49、51、53、57、59、63、65、67、81、および83のいずれか1つに含有されるVαのアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一なVαドメイン;(b)配列番号36、38、40、42、46、86、49、51、55、57、61、63、67、81、および83のいずれか1つに含有されるVβのアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一なVβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含み、CDRのうち少なくとも3つまたは4つは、突然変異を有さず、突然変異を有するCDRは、3つまたはそれ未満のアミノ酸の置換、挿入、および/または欠失を有する。このようなバリアントVαおよびVβは、本明細書に記載される結合タンパク質において使用することができるが、結合タンパク質は、CCNA1ペプチド(配列番号1):HLA複合体に特異的に結合する能力を保持するかまたは実質的に保持する。
さらなる実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号36、38、40、42、44、86、49、51、53、57、59、63、65、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるVαのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVαドメイン;(b)配列番号36、38、40、42、46、86、49、51、55、57、61、63、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるVβのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含む。
一部の実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号90、98、106、114、120、128、134、および138のいずれか1つのアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一なVαドメイン;(b)配列番号94、102、110、118、124、130、136、141、および166のいずれか1つのアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一なVβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含み、CDRのうち少なくとも3つまたは4つは、突然変異を有さず、突然変異を有するCDRは、3つまたはそれ未満のアミノ酸の置換、挿入、および/または欠失を有する。このようなバリアントVαおよびVβは、本明細書に記載される結合タンパク質において使用することができるが、結合タンパク質は、CCNA1ペプチド(配列番号1):HLA複合体に特異的に結合する能力を保持するかまたは実質的に保持する。
一部の実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号90、98、106、114、120、128、134、および138のいずれか1つのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVαドメイン;(b)配列番号94、102、110、118、124、130、136、141、および166のいずれか1つのVβのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含む。
例示的な結合タンパク質は、(a)配列番号36に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号36に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(b)配列番号38に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号38に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(c)配列番号40に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号40に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(d)配列番号42に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号42に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(e)配列番号44に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号46に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(f)配列番号86に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号86に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(g)配列番号49に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号49に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(h)配列番号51に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号51に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(i)配列番号53に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号55に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(j)配列番号57に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号57に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(k)配列番号59に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号61に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(l)配列番号63に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号63に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(m)配列番号65に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号67に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(n)配列番号67に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号67に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(o)配列番号81に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号81に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(p)配列番号83に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号83に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(q)配列番号162に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号162に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(r)配列番号165に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号165に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(s)配列番号170に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号170に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(t)配列番号172に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号172に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(u)配列番号174に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号174に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(v)配列番号176に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号176に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(w)配列番号178に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号178に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(x)配列番号180に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号180に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;または(y)配列番号186に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号186に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメインを含む。
例示的な結合タンパク質は、(a)配列番号90のアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号94のアミノ酸配列を含むVβドメイン;(b)配列番号98のアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号102のアミノ酸配列を含むVβドメイン;(c)配列番号106のアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号110のアミノ酸配列を含むVβドメイン;(d)配列番号114のアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号118のアミノ酸配列を含むVβドメイン;(e)配列番号120のアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号124のアミノ酸配列を含むVβドメイン;(f)配列番号128のアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号130のアミノ酸配列を含むVβドメイン;(g)配列番号134のアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号136のアミノ酸配列を含むVβドメイン;(h)配列番号138のアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号141のアミノ酸配列を含むVβドメイン;または(i)配列番号98のアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号166のアミノ酸配列を含むVβドメインを含む。
別の態様では、本開示は、(a)配列番号21または143に記載の相補性決定領域3(CDR3)アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号21または143に記載のCDR3アミノ酸配列を含むT細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメイン、ならびにTCRβ鎖可変(Vβ)ドメイン;(b)TCR Vαドメイン、ならびに配列番号22または147に記載のCDR3アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号22または147に記載のCDR3アミノ酸配列を含むTCR Vβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含む結合タンパク質(例えば、免疫グロブリンスーパーファミリー結合タンパク質またはその部分)であって、結合タンパク質は、ヒトサイクリンA1(CCNA1)ペプチド341~351であるSLIAAAAFCLA(配列番号2):ヒト白血球抗原(HLA)複合体に特異的に結合することが可能である、結合タンパク質を提供する。具体的な実施形態では、Vαドメインは、配列番号21または143のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号22または147のCDR3アミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、(a)Vβドメインは、TRBV19*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV24*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、(a)Vβドメインは、配列番号145のCDR1アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号103のCDR1アミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、(a)Vβドメインは、TRBV19*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV24*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、(a)Vβドメインは、配列番号146のCDR2アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号142のCDR2アミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態では、(a)Vβドメインは、配列番号22または147のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV19*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;(b)Vαドメインは、配列番号21または143のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV24*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;または(a)および(b)の両方である。
ある特定の実施形態では、(a)Vβドメインは、配列番号145のCDR1アミノ酸配列、配列番号146のCDR2アミノ酸配列、および配列番号147のCDR3アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号103のCDR1アミノ酸配列、配列番号142のCDR2アミノ酸配列、および配列番号143のCDR3アミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号69の、または配列番号73または182に含有されるVαのアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一なVαドメイン;(b)配列番号71の、または配列番号73もしくは182に含有されるVβのアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一なVβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含み、CDRのうち少なくとも3つまたは4つは、突然変異を有さず、突然変異を有するCDRは、3つまたはそれ未満のアミノ酸の置換、挿入、および/または欠失を有する。このようなバリアントVαおよびVβドメインは、本明細書に記載される結合タンパク質において使用することができるが、結合タンパク質は、CCNA1ペプチド(配列番号2):HLA複合体に特異的に結合する能力を保持するかまたは実質的に保持する。
一部の実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号144のアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一なVαドメイン;(b)配列番号148のアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一なVβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含む。
一部の実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号144のアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVαドメイン;(b)配列番号148のアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVβ;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含む。一部の態様では、例示的な結合タンパク質は、配列番号144のアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号148のアミノ酸配列を含むVβドメインを含む。
ある特定の実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号69の、または配列番号73に含有されるVαのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVαドメイン;(b)配列番号71の、または配列番号73に含有されるVβのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含む。具体的な実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号69のVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号71のVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;または(b)配列番号73に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号73に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメインを含む。
別の態様では、本開示は、(a)配列番号23または151に記載の相補性決定領域3(CDR3)アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号23または151に記載のCDR3アミノ酸配列を含むT細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメイン、ならびにTCRβ鎖可変(Vβ)ドメイン;(b)TCR Vαドメイン、ならびに配列番号24または153に記載のCDR3アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号24または153に記載のCDR3アミノ酸配列を含むTCR Vβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含む結合タンパク質(例えば、免疫グロブリンスーパーファミリー結合タンパク質またはその部分)であって、結合タンパク質は、ヒトサイクリンA1(CCNA1)ペプチド370~379であるYSLSEIVPCL(配列番号3):ヒト白血球抗原(HLA)複合体に特異的に結合することが可能である、結合タンパク質を提供する。
ある特定の実施形態では、Vαドメインは、配列番号23または151のCDR3アミノ酸配列を含み、Vβドメインは、配列番号24または153のCDR3アミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、(a)Vβドメインは、TRBV5-6*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV19*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、(a)Vβドメインは、配列番号115のCDR1アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号149のCDR1アミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、(a)Vβドメインは、TRBV5-6*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、TRAV19*01遺伝子によってコードされたCDR2アミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、(a)Vβドメインは、配列番号116のCDR2アミノ酸配列を含み、Vαドメインは、配列番号150のCDR2アミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態では、(a)Vβドメインは、配列番号24または153のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV5-6*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;(b)Vαドメインは、配列番号23または151のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV19*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;または(a)および(b)の両方である。
ある特定の実施形態では、(a)Vβドメインは、配列番号115のCDR1アミノ酸配列、配列番号116のCDR2アミノ酸配列、および配列番号153のCDR3アミノ酸配列を含み;Vαドメインは、配列番号149のCDR1アミノ酸配列、配列番号150のCDR2アミノ酸配列、および配列番号151のCDR3アミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号75、79、または184に含有されるVαのアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一なVαドメイン;(b)配列番号77、79、または184に含有されるVβのアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一なVβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含み、CDRのうち少なくとも3つまたは4つは、突然変異を有さず、突然変異を有するCDRは、3つまたはそれ未満のアミノ酸の置換、挿入、および/または欠失を有する。このようなバリアントVαおよびVβドメインは、本明細書に記載される結合タンパク質において使用することができるが、結合タンパク質は、CCNA1ペプチド(配列番号3):HLA複合体に特異的に結合する能力を保持するかまたは実質的に保持する。
一部の実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号152のアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一なVαドメイン;(b)配列番号154のアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%同一なVβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含む。一部の実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号152のアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVαドメイン;(b)配列番号154のアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含む。一部の態様では、例示的な結合タンパク質は、配列番号152のアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号154のアミノ酸配列を含むVβドメインを含む。
ある特定の実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号75、79、または184に含有されるVαのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVαドメイン;(b)配列番号77、79、または184に含有されるVβのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVβドメイン;または(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβを含む。具体的な実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号75に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号77に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;(b)配列番号79に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号79に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメイン;または(c)配列番号184に含有されるVαのアミノ酸配列を含むVαドメインおよび配列番号184に含有されるVβのアミノ酸配列を含むVβドメインを含む。
別の態様では、本開示は、CCNA1ペプチドYSLSEIVPCL(配列番号3)に特異的に結合することが可能な結合タンパク質を提供する。ある特定の実施形態では、結合タンパク質は、CCNA1ペプチドYSLSEIVPCL(配列番号3):HLA複合体に結合することが可能である。
TCR VαおよびVβドメインの結合対を同定する方法は当技術分野において公知であり、その例としては、例えば、PCT特許公報WO2016/161273号;Redmond et al., 2016, Genome Med. 8: 80;Munson et al., 2016, Proc. Natl. Acad. Sci.
113:8272-7;Kim et al., 2012, PLoS ONE 7:e37338(これらに記載の方法のそれぞれは、参照によりその全体が開示に取り込まれる)が挙げられる。したがって、本明細書に記載されるCCNA1特異的Vβドメイン(例えば、配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、93、101、109、117、123、129、140、147、153、189、または190のいずれか1つに記載のCDR3を含むVβドメイン)に対するVαドメイン、またはその逆(例えば、配列番号5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、89、97、105、113、119、127、133、137、143、または151のいずれか1つに記載のCDR3を含むVαドメイン)は、当技術分野において公知の方法を使用して同定することができる。
113:8272-7;Kim et al., 2012, PLoS ONE 7:e37338(これらに記載の方法のそれぞれは、参照によりその全体が開示に取り込まれる)が挙げられる。したがって、本明細書に記載されるCCNA1特異的Vβドメイン(例えば、配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、93、101、109、117、123、129、140、147、153、189、または190のいずれか1つに記載のCDR3を含むVβドメイン)に対するVαドメイン、またはその逆(例えば、配列番号5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、89、97、105、113、119、127、133、137、143、または151のいずれか1つに記載のCDR3を含むVαドメイン)は、当技術分野において公知の方法を使用して同定することができる。
アミノ酸の保存的置換は周知であり、天然に存在する場合もあり、または結合タンパク質またはTCRが組換え生産される場合、導入されてもよい。アミノ酸置換、欠失、および付加は、当技術分野において公知の変異誘発方法を使用してタンパク質に導入されてもよい(例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY, 2001を参照)。所望の置換、欠失、または挿入に従って変更された特定のコドンを有する変更されたポリヌクレオチドを提供するために、オリゴヌクレオチド誘導性の部位特異的(またはセグメント特異的)変異誘発手順を採用することができる。代替として、免疫原ポリペプチドバリアントを調製するために、ランダムまたは飽和突然変異誘発技術、例えばアラニンスキャニング変異誘発、エラープローンポリメラーゼ連鎖反応変異誘発、およびオリゴヌクレオチド誘導性の変異誘発を使用することができる(例えば、Sambrook et al.、上記を参照)。
ペプチドまたはポリペプチド中の特定の位置で置換されているアミノ酸が保存的である(または類似している)かどうかは、当業者公知の様々な基準によって示される。例えば、類似のアミノ酸または保存的アミノ酸置換は、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられているものである。類似のアミノ酸は、以下のカテゴリーに含まれ得る:塩基性側鎖を有するアミノ酸(例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン);酸性側鎖を有するアミノ酸(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸);非荷電性の極性側鎖を有するアミノ酸(例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、ヒスチジン);非極性側鎖を有するアミノ酸(例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン);ベータ分岐側鎖を有するアミノ酸(例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン)、および芳香族側鎖を有するアミノ酸(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン)。プロリンは、分類がより難しいとみなされており、脂肪族側鎖を有するアミノ酸(例えば、ロイシン、バリン、イソロイシン、およびアラニン)と特性を共有する。ある特定の環境において、グルタミン酸のグルタミンでの置換またはアスパラギン酸のアスパラギンでの置換は、グルタミンおよびアスパラギンはそれぞれグルタミン酸およびアスパラギン酸のアミド誘導体であるという点で、類似の置換とみなすことができる。当技術分野において理解されているように、2つのポリペプチド間の「類似性」は、ポリペプチドのアミノ酸配列およびそれに対する保存されたアミノ酸置換を、第2のポリペプチドの配列と比較することによって決定される(例えば、GENEWORKS、Align、BLASTアルゴリズム、または本明細書に記載される、および当技術分野で実施されている他のアルゴリズムを使用して)。
ある特定の実施形態では、本開示において提供されるCCNA1特異的結合タンパク質は、HLA*02:01拘束性の方式で、CCNA1ペプチドに特異的に結合することが可能である。
本開示の例示的な結合タンパク質としては、TCR、TCRの抗原結合断片、およびキメラ抗原受容体が挙げられる。例示的なTCRとしては、αβTCR、γδTCR、単鎖TCR(scTCR)、可溶性TCR、および単一ドメインのTCRが挙げられる。本開示の結合タンパク質は、キメラ、ヒト化、またはヒトであり得る。
別の例示的な結合タンパク質は、TCR-CARである。TCR-CARは、一般的に可溶性TCR(VαCαポリペプチド鎖およびVβCβポリペプチド鎖)を含むヘテロ二量体の融合タンパク質であり、この場合、VβCβポリペプチド鎖は、膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達の成分(例えば、ITAM含有T細胞活性化ドメインおよび必要に応じて共刺激シグナル伝達ドメインを含む)に連結されている(例えば、その全体が参照により組み込まれるWalseng et al., 2017 Scientific Reports 7:10713を参照)。
本明細書に記載される実施形態のいずれかでは、本開示の結合タンパク質、例えばTCRは、TCR定常ドメインをさらに含んでいてもよく、例えば、Vαドメイン、Vβドメイン、またはその両方のC末端に連結していてもよい。TCRβ鎖定常ドメインは、TRBC1遺伝子またはTRBC2遺伝子によってコードされていてもよい。例示的なTCRβ鎖定常ドメイン(Cβ)は、配列番号34のアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を含むTRBC1定常ドメイン、または配列番号84のアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を含むTRBC2定常ドメインである。TCRα鎖定常ドメイン(Cα)は、TRAC遺伝子によってコードされていてもよい。例示的なTCRα鎖定常ドメインは、配列番号33、156、または157のアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を含むTRAC定常ドメインである。
ある特定の実施形態では、TCR Cαドメイン、Cβドメイン、またはその両方は、天然のTCR中に存在しない定常ドメインのシステイン残基間に鎖間のジスルフィド結合を作り出すためのシステイン置換を含む。特定の実施形態では、結合タンパク質は、(a)配列番号33の49位に対応する位置、配列番号156の48位に対応する位置、配列番号157の47位に対応する位置にシステイン置換(Thr→Cys)を含むCαドメイン、(b)配列番号34の57位または配列番号84の56位に対応する位置にシステイン置換(Ser→Cys)を含むCβドメイン、または(c)(a)および(b)の両方を含む。
本明細書に記載される実施形態のいずれかでは、本開示の結合タンパク質、例えばTCRは、TCR定常ドメイン、例えば、Vαドメイン、Vβドメイン、またはその両方のC末端に連結したTCR定常ドメインをさらに含んでいてもよい。例示的なTCRβ鎖定常ドメイン(Cβ)は、配列番号155のアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を含むTRBC1定常ドメイン、または配列番号135のアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を含むTRBC2定常ドメインである。TCRα鎖定常ドメイン(Cα)は、TRAC遺伝子によってコードされていてもよい。例示的なTCRα鎖定常ドメインは、配列番号158、159、または160のアミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を含むTRAC定常ドメインである。
ある特定の実施形態では、TCR Cαドメインは、トランケートされたTCR Cαドメインである。特定の実施形態では、トランケートされたTCRα鎖定常ドメインは、そのC末端でトランケートされている。一部の実施形態では、トランケートされたTCRα鎖定常ドメインは、配列番号33のアミノ酸配列に対応するそのC末端において1、2、3、4個、またはそれより多くのアミノ酸のトランケーションを有していてもよい。特定の実施形態では、トランケートされたTCRα鎖定常ドメインは、そのN末端でトランケートされている。一部の実施形態では、トランケートされたTCRα鎖定常ドメインは、配列番号33のアミノ酸配列に対応するそのN末端において1、2、3、4個、またはそれより多くのアミノ酸のトランケーションを有していてもよい。
ある特定の実施形態では、TCR Cβドメインは、トランケートされたTCR Cβドメインである。特定の実施形態では、トランケートされたTCRβ鎖定常ドメインは、そのC末端でトランケートされている。一部の実施形態では、トランケートされたTCRα鎖定常ドメインは、配列番号34または84のアミノ酸配列に対応するそのC末端において1、2、3、4個、またはそれより多くのアミノ酸のトランケーションを有していてもよい。特定の実施形態では、トランケートされたTCRβ鎖定常ドメインは、そのN末端でトランケートされている。一部の実施形態では、トランケートされたTCRβ鎖定常ドメインは、配列番号34または84のアミノ酸配列に対応するそのN末端において1、2、3、4個、またはそれより多くのアミノ酸のトランケーションを有していてもよい。
一部の実施形態では、本開示の結合タンパク質は、(a)配列番号36、38、40、42、44、86、49、51、53、57、59、63、65、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるα鎖アミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を含むα鎖;(b)配列番号36、38、40、42、46、86、49、51、55、57、61、63、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるβ鎖アミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を含むβ鎖;または(c)(a)のα鎖および(b)のβ鎖を含むTCRであり、結合タンパク質は、ヒトCCNA1ペプチドFLDRFLSCM(配列番号1):HLA複合体に特異的に結合することが可能である。
例示的なTCRとしては、(a)配列番号36に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号36のβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(b)配列番号38に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号38に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(c)配列番号40に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号40に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(d)配列番号42に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号42に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(e)配列番号44のアミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号46のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(f)配列番号86に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号86に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(g)配列番号49に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号49に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(h)配列番号51に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号51に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(i)配列番号53のアミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号55のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(j)配列番号57に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号57に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(k)配列番号59のアミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号61のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(l)配列番号63に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号63に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(m)配列番号65のアミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号67に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(n)配列番号67に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号67に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(o)配列番号81に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号81に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(p)配列番号83に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号83に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(q)配列番号162に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号162に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(r)配列番号165に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号165に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(s)配列番号170に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号170に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(t)配列番号172に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号172に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(u)配列番号174に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号174に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(v)配列番号176に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号176に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(w)配列番号178に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号178に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(x)配列番号180に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号180に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖;または(y)配列番号186に含有されるα鎖アミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号186に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含むTCRβ鎖を含むTCRが挙げられる。
さらなる実施形態では、本開示の結合タンパク質は、(a)配列番号69のアミノ酸配列もしくは配列番号73もしくは182に含有されるα鎖アミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を含むα鎖;(b)配列番号71のアミノ酸配列もしくは配列番号73もしくは182に含有されるβ鎖アミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を含むβ鎖;または(c)(a)のα鎖および(b)のβ鎖を含むTCRであり、結合タンパク質は、ヒトCCNA1ペプチドSLIAAAAFCLA(配列番号2):HLA複合体に特異的に結合することが可能である。
例示的なTCRは、(a)配列番号69のアミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号71のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(b)配列番号73に含有されるアミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号73に含有されるアミノ酸配列を含むTCRβ鎖;または(c)配列番号182に含有されるアミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号182に含有されるアミノ酸配列を含むTCRβ鎖を含む。
よりさらなる実施形態では、本開示の結合タンパク質は、(a)配列番号75のアミノ酸配列または配列番号79または184に含有されるα鎖アミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を含むα鎖;(b)配列番号77のアミノ酸配列または配列番号79または184に含有されるβ鎖アミノ酸配列に対して、少なくとも約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を含むβ鎖;または(c)(a)のα鎖および(b)のβ鎖を含むTCRであり、結合タンパク質は、ヒトCCNA1ペプチドYSLSEIVPCL(配列番号3):HLA複合体に特異的に結合することが可能である。
例示的なTCRは、(a)配列番号75のアミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号77のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖;(b)配列番号79に含有されるアミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号79に含有されるアミノ酸配列を含むTCRβ鎖;または(c)配列番号184に含有されるアミノ酸配列を含むTCRα鎖、および配列番号184に含有されるアミノ酸配列を含むTCRβ鎖を含む。
ポリヌクレオチド、ベクター、および宿主細胞
ある特定の態様では、本明細書に記載されるいずれか1つまたは複数の結合タンパク質をコードする核酸分子が提供される。
ある特定の態様では、本明細書に記載されるいずれか1つまたは複数の結合タンパク質をコードする核酸分子が提供される。
別の態様では、本開示は、T細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメインおよびTCRβ鎖可変(Vβ)ドメインを含む結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドであって、コードされた結合タンパク質は、ヒトサイクリンA1(CCNA1)ペプチドYSLSEIVPCL(配列番号3)に特異的に結合することが可能であり、異種ポリヌクレオチドは、宿主細胞中での発現のためにコドン最適化されている、ポリヌクレオチドを提供する。
ある特定の実施形態では、TCRα鎖またはその部分をコードするポリヌクレオチドおよびTCRβ鎖またはその部分をコードするポリヌクレオチドは、操作された宿主細胞(例えば、免疫細胞)中に含まれる単一のオープンリーディングフレームに含有されており、単一のオープンリーディングフレームは、α鎖をコードするポリヌクレオチドとβ鎖をコードするポリヌクレオチドとの間に配置された自己切断ペプチドをコードするポリヌクレオチドをさらに含む。ある特定の実施形態では、自己切断ペプチドは、内部リボソーム進入部位(IRES)、フューリン切断部位、ウイルス2Aペプチド、またはそれらのあらゆる組合せから選択される。例示的なウイルス自己切断ポリペプチドとしては、ブタテッショウウイルス-1(P2A)、Thosea asignaウイルス(T2A)、ウマ鼻炎Aウイルス(E2A)、口蹄疫ウイルス(F2A)、またはそれらのバリアント由来のウイルス2Aペプチドが挙げられる。ある特定の実施形態では、例示的なT2Aペプチド配列は、配列番号16のアミノ酸配列を含む。2Aペプチドのさらなる例示的な核酸およびアミノ酸配列は、例えば、Kim et al.(PLOS One 6:e18556, 2011、そこに記載の2A核酸およびアミノ酸配列は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる)に記載されている。例示的なP2Aペプチドは、配列番号29のアミノ酸配列を含む。例示的なT2Aペプチドは、配列番号30のアミノ酸配列を含む。例示的なE2Aペプチドは、配列番号31のアミノ酸配列を含む。例示的なF2Aペプチドは、配列番号32のアミノ酸配列を含む。
所望の結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、例えば、Sambrook et al.(1989 and 2001 editions;Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY)およびAusubel
et al.(Current Protocols in Molecular Biology, 2003)に記載されたような、制限エンドヌクレアーゼ消化、ライゲーション、形質転換、プラスミド精製、およびDNAシーケンシングの使用を含む、当技術分野において公知のあらゆる好適な分子生物学の操作技術を使用することによって達成することができる。代替として、目的の配列は、合成的に生産することができる。
et al.(Current Protocols in Molecular Biology, 2003)に記載されたような、制限エンドヌクレアーゼ消化、ライゲーション、形質転換、プラスミド精製、およびDNAシーケンシングの使用を含む、当技術分野において公知のあらゆる好適な分子生物学の操作技術を使用することによって達成することができる。代替として、目的の配列は、合成的に生産することができる。
本開示の核酸は、あらゆる形態の一本鎖または二本鎖DNA、cDNAまたはRNAを指すことができ、アンチセンスDNA、cDNAおよびRNAなどの、互いに相補的な核酸のプラス鎖およびマイナス鎖を含み得る。またsiRNA、マイクロRNA、RNA-DNAハイブリッド、リボザイム、および他の様々なDNAまたはRNAの天然に存在する、または合成の形態も含まれる。
ある特定の実施形態では、TCRα鎖をコードする異種ポリヌクレオチドおよびTCRβ鎖をコードする異種ポリヌクレオチドは、操作された免疫細胞中に含まれる単一のオープンリーディングフレームに含有されており、単一のオープンリーディングフレームは、α鎖をコードするポリヌクレオチドとβ鎖をコードするポリヌクレオチドとの間に配置された自己切断ペプチドをコードするポリヌクレオチドをさらに含む。
本明細書に記載される実施形態のいずれかでは、本開示のポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドを含有する、免疫細胞などの宿主細胞における効率的な発現のためにコドン最適化されていてもよい(例えば、Scholten et al., Clin. Immunol. 119:135-145 (2006)を参照)。「コドン最適化された」ポリヌクレオチドは、本明細書で使用される場合、目的の宿主細胞における多量のtRNAレベルに対応するサイレント変異で改変されたコドンを有する異種ポリヌクレオチドを含む。
単一のポリヌクレオチド分子は、本明細書で開示された実施形態のいずれかに従って1、2種、またはそれより多くの結合タンパク質をコードしていてもよい。1つより多くの転写物をコードするポリヌクレオチドは、多シストロン性発現のための各転写物間に配置された配列(例えば、ウイルス2Aペプチド)を含んでいてもよい。
ある特定の実施形態では、本開示の結合タンパク質は、ベクターのある特定のエレメントに作動可能に連結されていてもよい。例えば、それらがライゲーションしているコード配列の発現およびプロセシングを実行するのに必要なポリヌクレオチド配列が、作動可能に連結されていてもよい。発現制御配列としては、適切な転写開始、終結、プロモーター、およびエンハンサー配列;効率的なRNAプロセシングシグナル、例えばスプライシングおよびポリアデニル化シグナル;細胞質mRNAを安定化させる配列;翻訳効率を強化する配列(すなわち、コザックコンセンサス配列);タンパク質の安定性を強化する配列;および場合によってタンパク質の分泌を強化する配列を挙げることができる。発現制御配列は、目的の遺伝子と連続している場合、それと作動可能に連結されていてもよく、発現制御配列は、トランスで、または目的の遺伝子を制御するような距離で作用する。
ある特定の実施形態は、ベクター中に含有される本開示のポリヌクレオチドを含む。当業者は、本明細書で開示されたある特定の実施形態と共に使用するための好適なベクターを容易に確認することができる。示的なベクターは、それに連結された別の核酸分子を輸送することが可能な核酸分子、または宿主生物中での複製が可能な核酸分子を含んでいてもよい。ベクターの一部の例としては、プラスミド、ウイルスベクター、コスミドなどが挙げられる。一部のベクターは、それらが導入される宿主細胞中での自律複製が可能なものであってもよいし(例えば細菌の複製起点を有する細菌ベクターおよびエピソーム哺乳動物ベクター)、それに対して他のベクターは、宿主細胞のゲノムに組み込まれるものでもよいし、または宿主細胞に導入されるときにポリヌクレオチド挿入物の組み込みを促進し、それによって宿主ゲノムと共に複製するものでもよい(例えば、レンチウイルスベクター))。加えて、一部のベクターは、それらが作動可能に連結した遺伝子の発現を指示することが可能である(これらのベクターは、「発現ベクター」と称することもできる)。関連の実施形態によれば、1つまたは複数の作用物質(例えば、本明細書に記載される結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド)が被験体に共投与される場合、そのそれぞれの作用物質は、別個の、または同じベクターに存在していてもよく、複数のベクター(それぞれ異なる作用物質または同じ作用物質を含有する)が細胞または細胞集団に導入されてもよいし、または被験体に投与されてもよいことがさらに理解される。
ベクターは、例えば、プラスミド、コスミド、ウイルス、RNAベクター、または染色体、非染色体、半合成もしくは合成の核酸分子を含み得る直鎖もしくは環状のDNAもしくはRNA分子であってもよい。例示的なベクターは、それが連結されている核酸分子の自律複製(エピソームベクター)または発現(発現ベクター)が可能なものである。
ウイルスベクターとしては、レトロウイルス、アデノウイルス、パルボウイルス(例えば、アデノ随伴ウイルス)、コロナウイルス、マイナス鎖RNAウイルス、例えばオルトミクソウイルス(例えば、インフルエンザウイルス)、ラブドウイルス(例えば、狂犬病および水疱性口内炎ウイルス)、パラミクソウイルス(例えば、麻疹およびセンダイ)、プラス鎖RNAウイルス、例えばピコルナウイルスおよびアルファウイルス、ならびに二本鎖DNAウイルス、例えば、アデノウイルス、ヘルペスウイルス(例えば、単純疱疹ウイルス1型および2型、エプスタイン-バーウイルス、サイトメガロウイルス)、およびポックスウイルス(例えば、ワクシニア、鶏痘およびカナリア痘瘡)が挙げられる。他のウイルスとしては、例えば、ノーウォークウイルス、トガウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、パポバウイルス、ヘパドナウイルス、および肝炎ウイルスが挙げられる。レトロウイルスの例としては、トリ白血病肉腫、哺乳動物C型、B型ウイルス、D型ウイルス、HTLV-BLV群、レンチウイルス、スプーマウイルスが挙げられる(Coffin, J. M., Retroviridae: The viruses and their replication, In Fundamental Virology, Third Edition, B. N. Fields et al., Eds., Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, 1996)。
ウイルスベクターは、ある特定の実施形態では、ガンマレトロウイルス、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス(MLV)由来のベクターであってもよい。他の実施形態では、ウイルスベクターは、より複雑なレトロウイルス由来のベクター、例えば、レンチウイルス由来のベクターであってもよい。HIV-1由来のベクターは、このカテゴリーに属する。他の例としては、HIV-2、FIV、ウマ伝染性貧血ウイルス、SIV、およびマエディビスナウイルス(ヒツジレンチウイルス)由来のレンチウイルスベクターが挙げられる。哺乳動物宿主細胞を導入遺伝子を含有するウイルス粒子で形質導入するためのレトロウイルスおよびレンチウイルスのウイルスベクターならびにパッケージング細胞の使用方法は当技術分野において公知であり、これまでに、例えば、米国特許第8,119,772号;Walchli et al., PLoS One 6:327930, 2011;Zhao et al., J. Immunol. 174:4415, 2005;Engels et al., Hum. Gene Ther. 14:1155, 2003;Frecha et al., Mol. Ther. 18:1748, 2010;およびVerhoeyen et al., Methods Mol. Biol. 506:97, 2009に記載されている。レトロウイルスおよびレンチウイルスベクターの構築物および発現系も商業的に入手可能である。DNAウイルスベクター、例えばアデノウイルスベースのベクターおよびアデノ随伴ウイルス(AAV)ベースのベクターなど;単純疱疹ウイルス(HSV)由来のベクター、例えばアンプリコンベクター、複製欠損HSVおよび弱毒化HSVなどを含む他のウイルスベクターも、ポリヌクレオチド送達のために使用することができる(Krisky et al.,
Gene Ther. 5:1517, 1998)。
Gene Ther. 5:1517, 1998)。
遺伝子治療での使用のために近年開発された他のベクターも、本開示の組成物および方法と共に使用することができる。このようなベクターとしては、バキュロウイルスおよびα-ウイルス由来のもの(Jolly, D J. 1999. Emerging Viral Vectors. pp. 209-40 in Friedmann T. ed. The Development of Human Gene Therapy. New York: Cold Spring Harbor Lab)、またはプラスミドベクター(例えばスリーピングビューティーまたは他のトランスポゾンベクター)が挙げられる。
目的の結合タンパク質の遺伝学的操作および生産に使用される発現ベクターの構築は、当技術分野において公知のあらゆる好適な分子生物学の操作技術を使用することによって達成することができる。効率的な転写および翻訳を達成するために、各組換え発現構築物中のポリヌクレオチドは、少なくとも1つの適切な発現制御配列(調節配列とも称される)、例えばリーダー配列、および特定には結合タンパク質をコードするヌクレオチド配列に動作可能に(すなわち、作動可能に)連結されたプロモーターを含む。
マーカーは、異種ポリヌクレオチドの発現を、それで形質導入された宿主細胞によって同定またはモニターするのに、または目的の結合タンパク質を発現する細胞を検出するのに使用されることがある。ある特定の実施形態では、ポリヌクレオチドは、マーカーをコードするポリヌクレオチドをさらに含む。マーカーは、薬物耐性を付与する選択マーカー、または検出可能なマーカー、例えばフローサイトメトリーなどの方法によって検出できる蛍光マーカーまたは細胞表面タンパク質であり得る。ある特定の実施形態では、マーカーをコードするポリヌクレオチドは、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドの3’に配置される。他の実施形態では、マーカーをコードするポリヌクレオチドは、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドの5’に配置される。例示的なマーカーとしては、緑色蛍光タンパク質(GFP)、ヒトCD2の細胞外ドメイン、トランケート型ヒトEGFR(huEGFRt;Wang et al., Blood 118:1255 (2011)を参照されたい)、トランケート型ヒトCD19(huCD19t)、トランケート型ヒトCD34(huCD34t)、またはトランケート型ヒトNGFR(huNGFRt)が挙げられる。ある特定の実施形態では、コードされたマーカーは、EGFRt、CD19t、CD34t、またはNGFRtを含む。例示的なトランケート型ヒトEGFR配列は、配列番号85のアミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態では、ベクターは、自殺遺伝子をさらに含んでいてもよく、自殺遺伝子の発現は、ベクターを含む宿主細胞の死を引き起こす。例えば、一部の場合において、本発明の結合タンパク質の長期の発現は、望ましくない。ベクター中の自殺遺伝子の包含は、被験体における結合タンパク質発現のより精密な制御を可能にする。ある特定の実施形態では、例えば、自殺遺伝子の発現を調節する誘導性プロモーターを使用する場合、自殺遺伝子の発現は誘導性である。具体的な実施形態では、自殺遺伝子は、誘導性カスパーゼ-9遺伝子である(米国特許公開第2013/0071414号を参照、その全体が参照により組み込まれる)。
ウイルスベクターゲノムが、宿主細胞中で別個のタンパク質として発現させようとする単一の導入遺伝子内の複数のポリヌクレオチドを含む場合、ウイルスベクターはまた、バイシストロン性または多シストロン性発現を可能にする2つの(またはそれより多くの)ポリヌクレオチド間に追加の配列を含んでいてもよい。ウイルスベクターで使用されるこのような配列の例としては、内部リボソーム進入部位(IRES)、フューリン切断部位、ウイルス2Aペプチド、またはそれらのあらゆる組合せが挙げられる。
本明細書に記載される実施形態のいずれかでは、ポリヌクレオチドは、自己切断ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドをさらに含んでいてもよく、自己切断ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドと、マーカーをコードするポリヌクレオチドとの間に配置される。
ある特定の実施形態では、自己切断ポリペプチドは、ブタテッショウウイルス-1(P2A)、Thosea asignaウイルス(T2A)、ウマ鼻炎Aウイルス(E2A)、口蹄疫ウイルス(F2A)、またはそれらのバリアント由来のウイルス2Aペプチドを含む。ある特定の実施形態では、例示的なT2Aペプチド配列は、配列番号16のアミノ酸配列を含む。2Aペプチドのさらなる例示的な核酸およびアミノ酸配列は、例えば、Kim et al.(PLOS One 6:e18556, 2011、そこに記載の2A核酸およびアミノ酸配列は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる)に記載されている。例示的なP2Aペプチドは、配列番号29のアミノ酸配列を含む。例示的なT2Aペプチドは、配列番号30のアミノ酸配列を含む。例示的なE2Aペプチドは、配列番号31のアミノ酸配列を含む。例示的なF2Aペプチドは、配列番号32のアミノ酸配列を含む。
本開示の結合タンパク質は、ある特定の態様では、宿主細胞の表面上で発現させてもよいし、または宿主細胞によって分泌させてもよいし、または宿主細胞から単離してもよい。宿主細胞としては、ベクターの受け入れまたは核酸の取込みまたはタンパク質の発現が可能なあらゆる個々の細胞または細胞培養物を挙げることができる。この用語はまた、遺伝学的または表現型的に同一かまたは異なるかどうかにかかわらず、宿主細胞の後代も包含する。好適な宿主細胞は、ベクターによって決めることができ、その例としては、哺乳動物細胞、動物細胞、ヒト細胞、サル細胞、昆虫細胞、酵母細胞、および細菌細胞を挙げることができる。これらの細胞は、ウイルスベクター、リン酸カルシウム沈殿、DEAE-デキストラン、電気穿孔、マイクロインジェクション、または他の方法を介した形質転換の使用によってベクターまたは他の物質を取り込むように誘導されてもよい。例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual 2d ed. (Cold Spring Harbor Laboratory, 1989)を参照されたい。
ベクターに加えて、ある特定の実施形態は、ここで開示された、結合タンパク質(例えば、TCR)をコードする異種ポリヌクレオチド、または結合タンパク質(例えば、TCR)をコードする異種ポリヌクレオチドを含むベクターを含有するように改変された(すなわち、遺伝子操作された)宿主細胞に関する。少なくとも1つの結合タンパク質をコードする異種ポリヌクレオチドを含む、改変されたまたは遺伝子操作された宿主細胞は、その細胞表面で、少なくとも1つの本開示の結合タンパク質を発現する。改変された宿主細胞は、本開示の、単一のタイプの結合タンパク質、または2つまたはそれより多くの異なるタイプの結合タンパク質を発現することができる。宿主細胞は、ex vivoまたはin vivoで改変されていてもよい。宿主細胞としては、ベクターの受け入れまたは核酸もしくはタンパク質の取込みが可能なあらゆる個々の細胞または細胞培養物、加えてあらゆる後代細胞を挙げることができる。この用語はまた、遺伝学的または表現型的に同一かまたは異なるかどうかにかかわらず、宿主細胞の後代も包含する。好適な宿主細胞は、ベクターによって決めることができ、その例としては、哺乳動物細胞、動物細胞、ヒト細胞、サル細胞、昆虫細胞、酵母細胞、および細菌細胞を挙げることができる。これらの細胞は、ウイルスベクター、リン酸カルシウム沈殿、DEAE-デキストラン、電気穿孔、マイクロインジェクション、または他の方法を介した形質転換の使用によってベクターまたは他の物質を取り込むように誘導されてもよい。例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual 2d ed. (Cold Spring Harbor Laboratory, 1989)を参照されたい。上述の実施形態のいずれかでは、本開示の結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含有する宿主細胞は、例えば養子免疫療法の手順において、改変された宿主細胞を受ける被験体にとって自己、同種または同系である細胞で構成される。
ある特定の実施形態では、本開示の結合タンパク質を発現するように形質導入された宿主細胞は、造血前駆細胞またはヒト免疫系細胞である。「造血前駆細胞」は、本明細書で使用される場合、造血幹細胞または胎児組織から誘導でき、成熟細胞型(例えば、免疫系細胞)へのさらなる分化が可能な細胞である。例示的な造血前駆細胞としては、CD24LoLin-CD117+表現型を有するもの、または胸腺で見出されるもの(胸腺前駆細胞と称される)が挙げられる。
ある特定の実施形態では、宿主細胞は、B細胞、CD4+T細胞、CD8+T細胞、CD4-CD8-二重陰性T細胞、γδ T細胞、調節性T細胞、ナチュラルキラー細胞(例えば、NK細胞またはNK-T細胞)、および樹状細胞を含む免疫系細胞である。
ある特定の実施形態では、宿主細胞は、T細胞である。T細胞は、ナイーブT細胞、メモリーT細胞(TM)、ヘルパーT細胞(TH)、エフェクターT細胞(TE)、γδ T細胞、調節性T細胞(Treg)、ナチュラルキラーT細胞(NKT)、またはそれらのあらゆる組合せであり得る。TMはさらに、セントラルメモリーT細胞(TCM、ナイーブT細胞と比較した場合、CD62L、CCR7、CD28、CD127、CD45RO、およびCD95の発現の増加、ならびにCD54RAの発現の減少)、およびエフェクターメモリーT細胞(TEM、ナイーブT細胞またはTCMと比較した場合、CD62L、CCR7、CD28、CD45RAの発現の減少、およびCD127の発現の増加)のサブセットに分けることができる。
T細胞は、公知の技術を使用して収集でき、様々な部分集団またはそれらの組合せは、公知の技術によって、例えば抗体に結合する親和性、フローサイトメトリー、または免疫磁気選択によって濃縮または枯渇させることができる。
T細胞を所望の核酸でトランスフェクト/形質導入するための方法が記載されており(例えば、米国特許出願公開第2004/0087025号;米国特許第6,410,319号;PCT公報WO2014/031687号;Brentjens et al.,
2007, Clin. Cancer Res. 13:5426)、例えば、所望の標的特異性を有するT細胞を使用する養子移入手順を有するものとして記載されており(例えば、Schmitt et al., Hum. Gen. 20:1240, 2009;Dossett et al., Mol. Ther. 17:742, 2009;Till et al., Blood 112:2261, 2008;Wang et al., Hum. Gene Ther. 18:712, 2007;Kuball et al., Blood 109:2331, 2007;US2011/0243972;US2011/0189141;Leen et al., Ann. Rev. Immunol. 25:243, 2007;Kalos et
al., Sci Transl. Med. 3:95ra73, 2011;Porter et al., 2011, N. Engl. J. Med. 365:725-33, 2011)、これらの手法は、本明細書における教示に基づき、本開示の結合タンパク質に方向付けられたものを含めて、ここで開示された実施形態に適合されることが意図される。
2007, Clin. Cancer Res. 13:5426)、例えば、所望の標的特異性を有するT細胞を使用する養子移入手順を有するものとして記載されており(例えば、Schmitt et al., Hum. Gen. 20:1240, 2009;Dossett et al., Mol. Ther. 17:742, 2009;Till et al., Blood 112:2261, 2008;Wang et al., Hum. Gene Ther. 18:712, 2007;Kuball et al., Blood 109:2331, 2007;US2011/0243972;US2011/0189141;Leen et al., Ann. Rev. Immunol. 25:243, 2007;Kalos et
al., Sci Transl. Med. 3:95ra73, 2011;Porter et al., 2011, N. Engl. J. Med. 365:725-33, 2011)、これらの手法は、本明細書における教示に基づき、本開示の結合タンパク質に方向付けられたものを含めて、ここで開示された実施形態に適合されることが意図される。
この開示に従ってポリヌクレオチド、ベクター、またはタンパク質を内包する場合、本開示の態様として予期される真核宿主細胞としては、ヒト免疫細胞(例えば、ヒト患者自身の免疫細胞)に加えて、VERO細胞、HeLa細胞、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞系(発現された多価結合分子のグリコシル化パターンを改変することが可能な改変されたCHO細胞など、米国特許出願公開第2003/0115614号を参照)、COS細胞(例えばCOS-7)、W138、BHK、HepG2、3T3、RIN、MDCK、A549、PC12、K562、HEK293細胞、HepG2細胞、N細胞、3T3細胞、Spodoptera frugiperda細胞(例えば、Sf9細胞)、Saccharomyces cerevisiae細胞、ならびにこの開示によるタンパク質またはペプチドの発現および必要に応じて単離において有用であることが当技術分野において公知の他のあらゆる真核細胞が挙げられる。また、Escherichia coli、Bacillus subtilis、Salmonella typhimurium、ストレプトミセス菌などの原核細胞、またはこの開示によるタンパク質またはペプチドの発現および必要に応じて単離に好適であることが当技術分野において公知のあらゆる原核細胞も予期される。原核細胞からのタンパク質またはペプチドの単離において、特に、封入体からタンパク質を抽出するための当技術分野において公知の技術を使用できることが予期される。本開示の結合タンパク質をグリコシル化する宿主細胞が予期される。
形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞は、選ばれた宿主細胞の成長に必要な栄養素および他の成分を含有する培養培地中で従来の手順に従って培養される。既定培地および複合培地などの様々な好適な培地が当技術分野において公知であり、その例としては、一般的に、炭素源、窒素源、必須アミノ酸、ビタミンおよびミネラルが挙げられる。培地はまた、必要に応じて増殖因子または血清のような成分を含有していてもよい。成長培地は、一般的に、例えば、発現ベクターに運搬されている、または宿主細胞に共トランスフェクトされた選択可能マーカーによって補完される薬物選択または必須栄養素の欠乏によって、異種ポリヌクレオチドを含有する細胞を選択すると予想される。
ある特定の実施形態では、本開示の結合タンパク質は、標的抗原への結合が宿主細胞から活性または応答を惹起するように宿主細胞の表面上で発現される。このような発現されたタンパク質は、T細胞の結合、活性化または誘導の決定など、さらには抗原特異的なT細胞応答の決定などの、宿主細胞(例えば、T細胞)の活性をアッセイするための多数の技術分野で容認された手法のいずれかに従って機能的に特徴付けることができる。その例としては、T細胞増殖、T細胞のサイトカイン放出、抗原特異的T細胞の刺激、MHC拘束性のT細胞刺激、CTL活性(例えば、事前にローディングした標的細胞からの51Crまたはユーロピウム放出を検出することによって)、T細胞表現型マーカー発現の変化の決定、およびT細胞の機能の他の尺度が挙げられる。これらおよび類似のアッセイを実行するための手順は、例えば、Lefkovits(Immunology Methods Manual: The Comprehensive Sourcebook of Techniques, 1998)に見出すことができる。また、Current Protocols in Immunology;Weir, Handbook
of Experimental Immunology, Blackwell Scientific, Boston, MA (1986);Mishell and
Shigii (eds.) Selected Methods in Cellular Immunology, Freeman Publishing, San Francisco, CA (1979);Green and Reed, Science 281:1309 (1998)およびそこで引用された文献も参照されたい。
of Experimental Immunology, Blackwell Scientific, Boston, MA (1986);Mishell and
Shigii (eds.) Selected Methods in Cellular Immunology, Freeman Publishing, San Francisco, CA (1979);Green and Reed, Science 281:1309 (1998)およびそこで引用された文献も参照されたい。
サイトカインのレベルは、例えば、ELISA、ELISPOT、細胞内サイトカイン染色、およびフローサイトメトリーならびにそれらの組合せ(例えば、細胞内サイトカイン染色とフローサイトメトリー)などの、本明細書に記載され、当技術分野で実施される方法に従って決定することができる。免疫応答の抗原特異的な惹起または刺激の結果生じる免疫細胞増殖およびクローン拡大増殖は、リンパ球、例えば末梢血液細胞の試料中の循環性リンパ球またはリンパ節由来の細胞を単離すること、細胞を抗原で刺激すること、および例えばトリチウム化したチミジンの取り込み、または非放射性アッセイ、例えばMTTアッセイなどによって、サイトカイン生産、細胞増殖および/または細胞生存度を測定することによって決定することができる。Th1免疫応答とTh2免疫応答とのバランスに対する本明細書に記載される免疫原の作用は、例えば、Th1サイトカイン、例えばIFN-γ、IL-12、IL-2、およびTNF-β、ならびに2型サイトカイン、例えばIL-4、IL-5、IL-9、IL-10、およびIL-13のレベルを決定することによって検査することができる。
他の態様では、(a)本明細書に記載されるベクターまたは発現構築物、およびベクターまたは発現構築物を宿主細胞に形質導入するための必要に応じた試薬、ならびに(b)(i)本明細書で開示される結合タンパク質、単離されたポリヌクレオチド、または発現ベクター、および(ii)ポリヌクレオチドまたは発現ベクターを宿主細胞に形質導入するための必要に応じた試薬、ならびに(c)本開示の宿主細胞を含むキットが提供される。
使用方法
ある特定の態様では、本開示において提供される組成物は、CCNA-1の過剰発現によって特徴付けられる過剰増殖性障害または状態を処置するための方法であって、それを必要とする被験体に、結合タンパク質、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むベクター、結合タンパク質を発現する改変された宿主細胞、またはそれらの医薬組成物を投与することを含む、方法において使用することができる。ある特定の実施形態では、疾患は、がんである。
ある特定の態様では、本開示において提供される組成物は、CCNA-1の過剰発現によって特徴付けられる過剰増殖性障害または状態を処置するための方法であって、それを必要とする被験体に、結合タンパク質、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むベクター、結合タンパク質を発現する改変された宿主細胞、またはそれらの医薬組成物を投与することを含む、方法において使用することができる。ある特定の実施形態では、疾患は、がんである。
用語「がん」は、本明細書において使用される場合、固形腫瘍および血液学的悪性疾患(例えば、白血病)を含む。処置され得る例示的ながんとしては、胆管がん、膀胱がん、骨および軟部組織の癌腫、脳腫瘍、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、結腸直腸腺癌、結腸直腸がん、類腱腫、胎児性がん、子宮内膜がん、食道がん、胃がん、胃腺癌、多形性膠芽腫、婦人科系の腫瘍、頭頸部扁平上皮癌、肝がん、肺がん、中皮腫、悪性黒色腫、骨肉腫、卵巣がん、膵臓がん、膵管腺癌、原発性星状細胞腫(astrocytic tumor)、原発性甲状腺がん、前立腺がん、腎臓がん、腎細胞癌、横紋筋肉腫、皮膚がん、軟部組織肉腫、精巣胚細胞腫瘍、尿路上皮がん、子宮肉腫および子宮がんが挙げられる。
例示的な血液学的悪性疾患としては、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性好酸球性白血病(CEL)、骨髄異形成症候群(MDS)、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫(NHL)(例えば、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、または慢性リンパ球性白血病)、骨髄腫、および多発性骨髄腫(MM)が挙げられる。
ある特定の実施形態では、被験体は、ヒトまたは非ヒト動物、例えば非ヒト霊長類、ウシ、ウマ、ヒツジ、ブタ、ネコ、イヌ、ヤギ、マウス、ラット、ウサギ、またはモルモットである。一実施形態では、被験体は、ヒト、例えばヒト成人、青年、小児、または乳児である。
ある特定の実施形態では、被験体に投与される改変された宿主細胞は、自己、同種、または同系である。
CTL免疫応答のレベルは、本明細書に記載され、当技術分野において慣例的に実施されている多数の免疫学的な方法のいずれか1つによって決定することができる。CTL免疫応答のレベルは、例えばT細胞によって発現される本明細書に記載されるCCNA1特異的結合タンパク質のいずれか1つの投与の前および後に決定することができる。CTL活性を決定するための細胞傷害アッセイは、当技術分野において慣例的に実施される数々の技術および方法のいずれか1つを使用して実行することができる(例えば、Henkart et al., ”Cytotoxic T-Lymphocytes” in Fundamental Immunology, Paul (ed.) (2003
Lippincott, Williams & Wilkins, Philadelphia, PA), pages 1127-50、およびそこで引用された文献を参照)。
Lippincott, Williams & Wilkins, Philadelphia, PA), pages 1127-50、およびそこで引用された文献を参照)。
抗原特異的なT細胞は、適切な環境で同族の抗原(例えば、免疫適合性の抗原提示細胞によって提示される場合、T細胞を刺激または活性化するのに使用される抗原)に曝露されるT細胞と、その代わりに構造的に異なるまたは関連性がない対照抗原に曝露される同じ供給源の集団からのT細胞との間に生じる可能性がある、本明細書で記載されたT細胞の機能的なパラメーター(例えば、増殖、サイトカイン放出、CTL活性、変更された細胞表面マーカー表現型など)のいずれかによる観察されたT細胞応答の比較によって決定することができる。統計的有意性を有して、対照抗原に対する応答より大きい同族の抗原に対する応答は、抗原特異性を意味する。
生体試料は、疾患抗原ペプチドに対する免疫応答の存在およびレベルを決定するために、被験体から得ることができる。「生体試料」は、本明細書で使用される場合、血液試料(それから血清または血漿を調製することができる)、生検検体、体液(例えば、肺洗浄液、腹水、粘膜の洗液、滑液)、骨髄、リンパ節、組織外植片、器官培養、または被験体または生物学的供給源からの他のあらゆる組織もしくは細胞調製物であり得る。生体試料はまた、いずれの免疫原性組成物を受ける前に被験体から得てもよく、このような生体試料は、ベースライン(すなわち、免疫療法前の)データを確立するための対照として有用である。
本明細書に記載される結合タンパク質、ポリヌクレオチド、ベクター、または改変された宿主細胞は、薬学的もしくは生理学的に許容される、または好適な賦形剤または担体中で被験体に投与することができる。薬学的に許容される賦形剤は、ヒトまたは他の非ヒト哺乳動物被験体への投与に好適な、生体適合性のビヒクル、例えば、生理的食塩水であり、これらは本明細書においてより詳細に記載される。養子細胞療法の状況における治療有効用量は、処置されたヒトまたは非ヒト哺乳動物において、臨床的に所望の結果(例えば、細胞傷害性T細胞応答)を統計学的に有意な方式でもたらすことが可能な、養子移入で使用される宿主細胞(本開示による結合タンパク質を発現する)の量である。医療分野において周知の通り、いずれか1人の患者ごとの投与量は、患者のサイズ、体重、体表面積、年齢、投与しようとする具体的な療法、性別、投与の時間および経路、全身の健康状態、ならびに並行して投与される他の薬物などの多くの要因によって決まる。用量は、様々であると予想されるが、本明細書に記載される組換え発現ベクターを含む宿主細胞の投与のための好ましい用量は、細胞約107個/m2、細胞約5×107個/m2、細胞約108個/m2、細胞約5×108個/m2、細胞約109個/m2、細胞約5×109個/m2、細胞約1010個/m2、細胞約5×1010個/m2、または細胞約1011個/m2である。
医薬組成物は、医学分野の当業者によって決定される処置(または防止)しようとする疾患または状態に適切な方式で投与することができる。組成物の適切な用量および好適な持続時間および投与の頻度は、患者の健康状態、患者のサイズ(すなわち、体重、大きさ、または体表面積)、患者の疾患のタイプおよび重症度、活性成分の特定の形態、ならびに投与方法のような要因によって決定されると予想される。一般的に、適切な用量および処置レジメンは、治療的および/または予防的な利益(例えば、本明細書に記載されるようなものであり、例えば、臨床転帰の改善、例えばより高頻度の完全もしくは部分寛解、またはより長い無病および/もしくは全生存、または症状重症度の低減など)を提供するのに十分な量で組成物を提供する。予防的使用の場合、用量は、疾患または障害に関連する疾患を防止する、その発症を遅延させる、または疾患または障害に関連する疾患の重症度を低減するのに十分な用量と予想される。本明細書に記載される方法に従って投与される免疫療法組成物の予防的な利益は、前臨床(in vitroおよびin vivoの動物実験を含む)および臨床研究を実行すること、およびそれから得られたデータを、全て当業者により容易に実施することができる適切な統計学的、生物学的および臨床的な方法および技術によって分析することによって決定することができる。
本明細書に記載される医薬組成物は、単位用量または複数回用量用の容器、例えば密封したアンプルまたはバイアル中で提供されてもよい。このような容器は、使用まで配合物の安定性を保つために凍結することができる。ある特定の実施形態では、単位用量は、本明細書に記載される組換え宿主細胞を、細胞約107個/m2から細胞約1011個/m2の用量で含む。様々な処置レジメンにおいて本明細書に記載される特定の組成物を使用するための、例えば非経口もしくは静脈内投与または配合物を含む好適な投与および処置レジメンの開発は、当業者によって決定することができる。
対象組成物が非経口的に投与される場合、組成物はまた、滅菌された水性または油性の溶液または懸濁物を含んでいてもよい。好適な非毒性の非経口的に許容できる希釈剤または溶媒としては、水、リンゲル液、等張塩溶液、1,3-ブタンジオール、エタノール、水との混合物の形態のプロピレングリコールまたはポリエチレングリコール(polythethylene glycol)が挙げられる。水性の溶液または懸濁物は、1種または複数の緩衝化剤、例えば酢酸ナトリウム、クエン酸ナトリウム、ホウ酸ナトリウムまたは酒石酸ナトリウムをさらに含んでいてもよい。当然ながら、あらゆる投薬単位配合物の調製で使用されるあらゆる材料が、採用される量で、薬学的に純粋であり、実質的に非毒性であるべきである。加えて、持続放出調製物および配合物に、活性化合物が取り込まれていてもよい。投薬単位形態は、本明細書で使用される場合、処置しようとする被験体のための一体的な投与量として適した物理的に別々の単位を指し、各単位は、適切な医薬用担体と共に、所望の治療作用を生じるように計算された、予め決定された量の組換え細胞または活性化合物を含有していてもよい。
一般的に、適切な投薬および処置レジメンは、活性な分子または細胞を、治療または予防的な利益を提供するのに十分な量で提供する。このような応答は、処置されていない被験体と比較して、処置された被験体における臨床転帰の改善(例えば、より高頻度の完全または部分寛解、またはより長い無病生存)を確立することによってモニターすることができる。以前から存在する腫瘍タンパク質に対する免疫応答における増加は、一般的に、臨床転帰の改善と相関する。このような免疫応答は、一般的に、処置の前および後に被験体から得られた試料を使用して実行できる標準的な増殖、細胞傷害またはサイトカインアッセイを使用して、評価することができる。
ある特定の実施形態では、疾患を処置する方法は、改変された免疫細胞を、1種または複数の追加の薬剤と組み合わせて投与することを含む。
ある特定の実施形態では、本開示の改変された免疫細胞は、免疫抑制成分の阻害剤と共に被験体に投与される。
用語「免疫抑制成分(immune suppression component)」または「免疫抑制成分(immunosuppression component)」は、本明細書で使用される場合、免疫応答の制御または抑制を助けるための阻害性シグナルを提供する、1種または複数の細胞、タンパク質、分子、化合物または複合体を指す。例えば、免疫抑制成分としては、免疫刺激を部分的または完全にブロックする分子;免疫活性化を減少させる、防止する、もしくは遅延させる分子;または免疫抑制を増加させる、活性化する、もしくは上方調節する分子が挙げられる。例示的な免疫抑制成分の標的は、本明細書でさらに詳細に記載されており、その例としては、免疫チェックポイント分子、例えばPD-1、PD-L1、PD-L2、CD80、CD86、B7-H3、B7-H4、HVEM、アデノシン、GAL9、VISTA、CEACAM-1、PVRL2、CTLA-4、BTLA、KIR、LAG3、TIM3、A2aR、CD244/2B4、CD160、TIGIT、LAIR-1、PVRIG/CD112R;代謝酵素、例えばアルギナーゼ、インドールアミン2,3-ジオキシゲナーゼ(IDO);免疫抑制性サイトカイン、例えばIL-10、IL-4、IL-1RA、IL-35;Treg細胞、またはそれらのあらゆる組合せが挙げられる。
免疫抑制成分の阻害剤は、化合物、抗体、抗体断片もしくは融合ポリペプチド(例えば、Fc融合、例えばCTLA4-FcまたはLAG3-Fc)、アンチセンス分子、リボザイムもしくはRNAi分子、または低分子量の有機分子であり得る。本明細書で開示された実施形態のいずれかでは、方法は、改変された免疫細胞を、以下の免疫抑制成分のいずれか1種の1種または複数の阻害剤と共に、単独で、またはあらゆる組合せで投与することを含んでいてもよい。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、PD-1阻害剤、例えばPD-1特異的抗体またはその結合断片、例えばピディリズマブ、ニボルマブ(キイトルーダ、以前はMDX-1106)、ペンブロリズマブ(オプジーボ、以前はMK-3475)、MEDI0680(以前はAMP-514)、AMP-224、BMS-936558またはそれらのあらゆる組合せと組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、PD-L1特異的抗体またはその結合断片、例えばBMS-936559、デュルバルマブ(MEDI4736)、アテゾリズマブ(RG7446)、アベルマブ(MSB0010718C)、MPDL3280A、またはそれらのあらゆる組合せと組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、LAG3阻害剤、例えばLAG525、IMP321、IMP701、9H12、BMS-986016、またはそれらのあらゆる組合せと組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、CTLA4の阻害剤と組み合わせて使用される。特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、CTLA4特異的抗体またはその結合断片、例えばイピリムマブ、トレメリムマブ、CTLA4-Ig融合タンパク質(例えば、アバタセプト、ベラタセプト)、またはそれらのあらゆる組合せと組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、B7-H3特異的抗体またはその結合断片、例えばエノブリツズマブ(enoblituzumab)(MGA271)、376.96、またはその両方と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、B7-H4特異的抗体またはその結合断片、例えば、例えば、Dangaj et al., Cancer Res.73:4820, 2013に記載されているような、scFvまたはその融合タンパク質、加えて米国特許第9,574,000号ならびにPCT特許公報第WO2016/40724号および同第WO2013/025779号に記載されているものと組み合わせて使用される。
一部の実施形態では、改変された免疫細胞は、CD244の阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、BLTA、HVEM、CD160の阻害剤、またはそれらのあらゆる組合せと組み合わせて使用される。抗CD-160抗体は、例えば、PCT公報第WO2010/084158号に記載されている。
さらなる実施形態では、改変された免疫細胞は、TIM3の阻害剤と組み合わせて使用される。
よりさらなる実施形態では、改変された免疫細胞は、Gal9の阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、アデノシンシグナル伝達の阻害剤、例えばデコイアデノシン受容体と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、A2aRの阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、KIRの阻害剤、例えばリリルマブ(lirilumab)(BMS-986015)と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、阻害性サイトカイン(典型的には、TGFβ以外のサイトカイン)またはTregの発生または活性の阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、IDO阻害剤、例えばレボ-1-メチルトリプトファン、エパカドスタット(INCB024360;Liu et al., Blood 115:3520-30, 2010)、エブセレン(Terentis et al. , Biochem. 49:591-600, 2010)、インドキシモド、NLG919(Mautino et al., American Association for Cancer Research 104th Annual Meeting 2013;Apr 6-10, 2013)、1-メチル-トリプトファン(1-MT)-チラパザミン、またはそれらのあらゆる組合せと組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、アルギナーゼ阻害剤、例えばN(オメガ)-ニトロ-L-アルギニンメチルエステル(L-NAME)、N-オメガ-ヒドロキシ-ノル-l-アルギニン(ノル-NOHA)、L-NOHA、2(S)-アミノ-6-ボロノヘキサン酸(ABH)、S-(2-ボロノエチル)-L-システイン(BEC)、またはそれらのあらゆる組合せと組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、VISTAの阻害剤、例えばCA-170(Curis、Lexington、MA)と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、LAIR1阻害剤と組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、CEACAM-1、CEACAM-3、CEACAM-5の阻害剤、またはそれらのあらゆる組合せと組み合わせて使用される。
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、刺激性免疫チェックポイント分子の活性を増加させる(すなわち、アゴニストである)薬剤と組み合わせて使用される。例えば、改変された免疫細胞は、CD137(4-1BB)アゴニスト(例えば、ウレルマブなど)、CD134(OX-40)アゴニスト(例えば、MEDI6469、MEDI6383、またはMEDI0562など)、レナリドマイド、ポマリドマイド、CD27アゴニスト(例えば、CDX-1127など)、CD28アゴニスト(例えば、TGN1412、CD80、またはCD86など)、CD40アゴニスト(例えば、CP-870、893、rhuCD40L、またはSGN-40など)、CD122アゴニスト(例えば、IL-2など)、GITRのアゴニスト(例えば、PCT特許公報第WO2016/054638号に記載されるヒト化モノクローナル抗体など)、ICOS(CD278)のアゴニスト(例えば、GSK3359609、mAb88.2、JTX-2011、Icos145-1、またはIcos314-8など)、またはそれらのあらゆる組合せと組み合わせて使用することができる。本明細書で開示された実施形態のいずれかでは、方法は、改変された免疫細胞を、単独の、またはあらゆる組合せの、前述したもののいずれかなどの刺激性免疫チェックポイント分子の1種または複数のアゴニストと共に投与することを含んでいてもよい。
他の実施形態では、本開示の方法は、標的化されるがん細胞によって発現されるがん抗原に特異的な抗体または抗原結合断片;化学療法剤;外科手術;放射線療法処置;サイトカイン;RNA干渉療法の1つまたは複数、またはそれらのあらゆる組合せを含む二次療法を投与することをさらに含む。
がん療法において有用な例示的なモノクローナル抗体としては、例えば、Galluzzi et al., Oncotarget 5(24):12472-12508 (2014)(そこに記載の抗体は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれる)に記載されるモノクローナル抗体が挙げられる。
ある特定の実施形態では、併用療法の方法は、改変された免疫細胞を投与すること、および被験体に放射線処置または外科手術をさらに施すことを含む。放射線療法としては、X線療法、例えばガンマ放射線照射、および放射線医薬療法が挙げられる。所与のがんまたは非炎症性固形腫瘍を処置するのに適切な手術および外科的技術を、本開示の改変された免疫細胞と組み合わせて被験体において使用することができる。
ある特定の実施形態では、併用療法の方法は、改変された免疫細胞および化学療法剤を被験体に投与することを含む。化学療法剤としては、これらに限定されないが、クロマチン機能の阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、微小管阻害薬、DNA傷害剤、代謝拮抗物質(例えば葉酸拮抗剤、ピリミジンアナログ、プリンアナログ、および糖修飾されたアナログ)、DNA合成阻害剤、DNA相互作用剤(例えばインターカレート剤)、およびDNA修復阻害剤が挙げられる。例示的な化学療法剤としては、これらに限定されないが、以下の群:代謝拮抗物質/抗がん剤、例えばピリミジンアナログ(5-フルオロウラシル、フロクスウリジン、カペシタビン、ゲムシタビンおよびシタラビン)およびプリンアナログ、葉酸拮抗剤および関連の阻害剤(メルカプトプリン、チオグアニン、ペントスタチンおよび2-クロロデオキシアデノシン(クラドリビン));抗増殖剤/抗有糸分裂剤、例えば、ビンカアルカロイド(ビンブラスチン、ビンクリスチン、およびビノレルビン)、微小管破壊剤、例えばタキサン(パクリタキセル、ドセタキセル)、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ノコダゾール、エポチロンおよびナベルビン、エピジポドフィロトキシン(エトポシド、テニポシド)、DNA傷害剤(アクチノマイシン、アムサクリン、アントラサイクリン、ブレオマイシン、ブスルファン、カンプトテシン、カルボプラチン、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、シトキサン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、ヘキサメチルメラミンオキサリプラチン、イホスファミド、メルファラン、メクロレタミン(merchlorehtamine)、マイトマイシン、ミトキサントロン、ニトロソウレア、プリカマイシン、プロカルバジン、タキソール、タキソテール、テモゾロミド(temozolamide)、テニポシド、トリエチレンチオホスホルアミドおよびエトポシド(VP16))など;抗生物質、例えばダクチノマイシン(アクチノマイシンD)、ダウノルビシン、ドキソルビシン(アドリアマイシン)、イダルビシン、アントラサイクリン、ミトキサントロン、ブレオマイシン、プリカマイシン(ミトラマイシン)およびマイトマイシン;酵素(L-アスパラギンを全身代謝し、それ自体のアスパラギンを合成する能力を有さない細胞を枯渇させるL-アスパラギナーゼ);抗血小板剤;抗増殖剤/抗有糸分裂性アルキル化剤、例えばナイトロジェンマスタード(メクロレタミン、シクロホスファミドおよびアナログ、メルファラン、クロラムブシル)、エチレンイミンおよびメチルメラミン(ヘキサメチルメラミンおよびチオテパ)、アルキルスルホネートであるブスルファン、ニトロソウレア(カルムスチン(BCNU)およびアナログ、ストレプトゾシン)、トリアゼン類(trazenes)であるダカルバジン(dacarbazinine)(DTIC);抗増殖性/抗有糸分裂性の代謝拮抗物質、例えば葉酸アナログ(メトトレキセート);白金配位錯体(シスプラチン、カルボプラチン)、プロカルバジン、ヒドロキシ尿素、ミトタン、アミノグルテチミド;ホルモン、ホルモンアナログ(エストロゲン、タモキシフェン、ゴセレリン、ビカルタミド、ニルタミド)およびアロマターゼ阻害剤(レトロゾール、アナストロゾール);抗凝血剤(ヘパリン、合成ヘパリン塩および他のトロンビン阻害剤);線維素溶解剤(例えば組織プラスミノゲン活性化因子、ストレプトキナーゼおよびウロキナーゼ)、アスピリン、ジピリダモール、チクロピジン、クロピドグレル、アブシキシマブ;抗遊走剤(antimigratory agent);抗分泌剤(ブレフェルジン(breveldin));免疫抑制剤(シクロスポリン、タクロリムス(FK-506)、シロリムス(ラパマイシン)、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル);抗血管新生化合物(TNP470、ゲニステイン)および増殖因子阻害剤(血管内皮増殖因子(VEGF)阻害剤、線維芽細胞増殖因子(FGF)阻害剤);アンジオテンシン受容体ブロッカー;酸化窒素供与体;アンチセンスオリゴヌクレオチド;抗体(トラスツズマブ、リツキシマブ);キメラ抗原受容体;細胞周期阻害剤および分化誘導物質(トレチノイン);mTOR阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤(ドキソルビシン(アドリアマイシン)、アムサクリン、カンプトテシン、ダウノルビシン、ダクチノマイシン、エニポシド(eniposide)、エピルビシン、エトポシド、イダルビシン、イリノテカン(CPT-11)およびミトキサントロン、トポテカン、イリノテカン)、コルチコステロイド(コルチゾン、デキサメタゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン(methylpednisolone)、プレドニゾン、およびプレドニゾロン(prenisolone));増殖因子シグナル伝達キナーゼ阻害剤;ミトコンドリア機能不全誘導物質(mitochondrial dysfunction inducer)、コレラ毒素、リシン、Pseudomonas外毒素、Bordetella pertussisのアデニル酸シクラーゼ毒素、またはジフテリア毒素などの毒素、およびカスパーゼ活性化剤;ならびにクロマチン破壊剤が挙げられる。
サイトカインは、抗がん活性に対する宿主免疫応答を操作するのに使用することができる。例えば、Floros and Tarhini, Semin. Oncol. 42:539, 2015を参照されたい。抗がんまたは抗腫瘍応答を促進するのに有用なサイトカインとしては、例えば、単独の、またはあらゆる組合せでの、IFN-α、IL-2、IL-3、IL-4、IL-10、IL-12、IL-13、IL-15、IL-16、IL-17、IL-18、IL-21、IL-24、およびGM-CSFが挙げられる。
別のがん療法アプローチは、がん細胞による成長、維持、増殖、および免疫回避に必要な癌遺伝子および他の遺伝子の発現を低減することを含む。RNA干渉、および特にマイクロRNA(miRNA)阻害的低分子RNA(siRNA)の使用は、がん遺伝子の発現をノックダウンするためのアプローチを提供する。例えば、Larsson et al., Cancer Treat. Rev. 16:128, 2017を参照されたい。
本明細書で開示された実施形態のいずれかでは、治療剤(例えば、改変された免疫細胞、免疫抑制成分の阻害剤、刺激性免疫チェックポイント分子のアゴニスト、化学療法剤、放射線療法、外科手術、サイトカイン、または阻害性RNA)のいずれかは、処置経過にわたり、1回で投与してもよいし、または1回より多く被験体に投与してもよく、組合せの形態の場合、あらゆる順番で(例えば、同時に、並行して、またはあらゆる順序で)、またはあらゆる組合せで被験体に投与してもよい。組成物の適切な用量、好適な持続時間、および投与の頻度は、患者の状態;腫瘍またはがんのサイズ、タイプ、伝播、成長、および重症度;活性成分の特定の形態;ならびに投与方法のような要因によって決定されると予想される。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される改変された免疫細胞の複数の用量が被験体に投与され、これは、約2から約4週間の投与間の間隔で投与されてもよい。さらなる実施形態では、サイトカイン(例えば、IL-2、IL-15、IL-21)は、逐次的に投与され、ただしサイトカイン投与の前に、被験体には組換え宿主細胞が少なくとも3回または4回投与された。ある特定の実施形態では、サイトカインは、宿主細胞と同時に投与される。ある特定の実施形態では、サイトカインは、皮下に投与される。
よりさらなる実施形態では、処置されている被験体は、免疫抑制療法、例えばカルシニューリン阻害剤、コルチコステロイド、微小管阻害剤、低用量のミコフェノール酸プロドラッグ、またはそれらのあらゆる組合せをさらに受けている。よりさらなる実施形態では、処置されている被験体は、骨髄非破壊的または骨髄破壊的な造血細胞移植を受けたことがあり、この場合、処置は、骨髄非破壊的な造血細胞移植の少なくとも2ヶ月後から少なくとも3ヶ月後に施され得る。
有効量の治療または医薬組成物は、投薬のとき、および必要な期間にわたり、本明細書に記載されるような所望の臨床結果または有益な処置を達成するのに十分な量を指す。有効量は、1つまたは複数の投与で送達することができる。投与が、疾患または疾患状態を有することがすでにわかっているかまたは確認された被験体に対する場合、用語「治療量」は、処置に関して使用することができ、それに対して「予防有効量」は、疾患または疾患状態(例えば、再発)を発症しやすいかまたはそのリスクがある被験体に、防止的な過程として有効量を投与することを述べるのに使用することができる。
(実施例1)
サイクリンA1 TCR
ヒトサイクリンA1アイソフォーム3タンパク質配列(配列番号4)は、サイクリンA1アイソフォームのなかでも最も保存されたものであり、これを、標的化されたエピトープががんによって発現される機会を最大化するために選択した。CCNA1タンパク質配列全体にわたる、あらゆる可能なMHC-Iエピトープを網羅するように設計されたオーバーラップするペプチドのライブラリーでドナーCD8+T細胞を刺激することによって、サイクリンA1特異的TCRを発見した。約3回のペプチド刺激の後、完全なペプチドライブラリーに対して反応性T細胞が観察された場合、最小のペプチドエピトープおよび提示するHLA対立遺伝子を、個々のペプチドおよび目的の単一のHLA対立遺伝子を発現する細胞系でスクリーニングすることによって決定した(図1を参照)。
サイクリンA1 TCR
ヒトサイクリンA1アイソフォーム3タンパク質配列(配列番号4)は、サイクリンA1アイソフォームのなかでも最も保存されたものであり、これを、標的化されたエピトープががんによって発現される機会を最大化するために選択した。CCNA1タンパク質配列全体にわたる、あらゆる可能なMHC-Iエピトープを網羅するように設計されたオーバーラップするペプチドのライブラリーでドナーCD8+T細胞を刺激することによって、サイクリンA1特異的TCRを発見した。約3回のペプチド刺激の後、完全なペプチドライブラリーに対して反応性T細胞が観察された場合、最小のペプチドエピトープおよび提示するHLA対立遺伝子を、個々のペプチドおよび目的の単一のHLA対立遺伝子を発現する細胞系でスクリーニングすることによって決定した(図1を参照)。
数種の異なるHLA-A2+ドナー細胞の3回の刺激の後に、サイクリンA1(227~235)特異的T細胞応答が検出された。抗原特異的な応答を、HLA-A2/サイクリンA1(227~235)の蛍光標識多量体で標識することによって検出した(図2の第1の列)。T細胞を、サイクリンA1に加えて、陰性対照としてHLA-A1(図2の第2の列)またはHLA-A2(図2の第3の列)を発現するように形質導入された721.221白血病細胞系と共にインキュベートすることによって、HLA拘束およびエフェクター機能を確認した。遊離ペプチドを陽性対照としてT細胞に添加した(図2の第4の列)。ゴルジ阻害剤の存在下における4時間の共インキュベーションの後、T細胞を固定し、透過化し、その後、抗IFNγ抗体で標識し、フローサイトメトリーによって分析した。T細胞系のうち数種が、遊離ペプチドと、腫瘍抗原とHLA対立遺伝子との正しい組合せを発現する細胞系によって提示された天然にプロセシングされたペプチドの両方に応答して、抗原特異性(四量体結合による)に加えてエフェクター機能を実証した。
さらなる分析のための最大の親和性のTCRを選択するために、HLA-A2/サイクリンA1(227~235)特異的T細胞系を、それらの四量体結合親和性によってランク付けした。約150種の異なるT細胞系またはクローンを、一連の別個の実験で、12人の異なるドナーから生成した。図3A~3Bに、これらのサブセットを示す。T細胞を慎重に数え、各T細胞系からの等しい数のT細胞を、減少する濃度のHLA-A2/サイクリンA1(227~235)の蛍光標識多量体で標識した。各系の多量体染色の平均蛍光強度を、四量体濃度に対してプロットした(図3A)。このグラフから、線形回帰分析を実行して最大結合係数を決定し、これを生データに適用して、各系の相対解離定数(Kd)、すなわち最大結合の50%を提供する四量体濃度を得た。これらの値は、TCR親和性に対して反比例しており、最も低いKdは最も高い予測された親和性に対応した(図3B)。試験された異なるドナーおよびT細胞系間で、MHC-ペプチド多量体に対する親和性は様々に異なっていた。RACE PCR、TCRシーケンシングおよびレンチウイルスTCR遺伝子移入ベクターの生成のために、10種の最良の候補を選択した。
図4は、どのように高親和性TCRを有すると予測された高アビディティの抗原特異的T細胞系からのTCRを単離し、同定し、ドナーCD8+T細胞中で発現させ、そこでそれらを機能的に比較したかの概略図を示す。試験された10種のHLA-A2/サイクリンA1(227~235)特異的TCRのなかでも、5種がレンチウイルスベクターにうまくクローニングされ、CD8+T細胞中で発現され、MHC-CCNA1ペプチド多量体に結合した。以前に生成したHLA-A2/サイクリンA1(227~235)特異的TCR#4を比較のために含め、2つの他のTCR、すなわちHLA-A2/サイクリンA1(341~351)に特異的なTCR、TCR#7、およびHLA-A2/サイクリンA1(370~379)に特異的なTCR、TCR#8もクローニングして、発現させ、試験した。うまく形質導入されたCD8+T細胞を関連するMHC-ペプチド多量体を用いて選別し、拡大増殖させ、その後、機能アッセイを実行した。表1に、CDR3配列、およびT細胞受容体αおよびβ遺伝子の使用を提供する。
表1. サイクリンA1特異的TCR
表1. サイクリンA1特異的TCR
TCR#5、9、6、1、2、3、10、11、および4は、HLA*02:01と複合体化したサイクリンA1(227~235)FLDRFLSCMペプチド(配列番号1)に特異的である。TCR#7は、HLA*02:01と複合体化したサイクリンA1(341~351)SLIAAAAFCLA(配列番号2)に特異的である。TCR#8は、HLA*02:01と複合体化したサイクリンA1(370~379)に特異的である。
最初にT細胞を、ゴルジ阻害剤の存在下で異なる濃度のその特異的なペプチドリガンドと共に4時間インキュベートし、その後、T細胞を固定し、透過化し、フローサイトメトリーによる分析のために抗IFNγ抗体で標識した(図5A)。次いで、TCRによって形質導入されたT細胞の細胞傷害機能を、T細胞を、HLA-A2+サイクリンA1+KCL22白血病細胞標的と共に異なる比率で共インキュベートすることによって試験した。標的を蛍光色素で標識し、抗原陰性対照細胞と等しい比率で混合した(図5B)。6時間のインキュベーションの最後に、残存する標識された標的の頻度(対照細胞に対する)をフローサイトメトリーによって決定し、このデータから抗原特異的な死滅の%を計算した。HLA-A2への異なるペプチドエピトープの結合強度およびこれらのエピトープが全長タンパク質のプロテオソーム(proteosomal)のプロセシングに起因する可能性を、数々のオープンアクセスオンラインアルゴリズムを使用して予測した(図5C)。第2の細胞傷害アッセイを図5Bに記載の通りに実行したが、ここではペプチドがローディングされたT2標的細胞、HLA-A2+サイクリンA1+AML細胞系(ML1)およびHLA-A2+サイクリンA1+初代AML試料を死滅させる、最も有望なサイクリンA1(227~235)特異的TCR(#3)の能力を比較した(図5D)。死滅の特異性に関して制御するために、別個のウェル中で、形質導入されていないT細胞を、同じ標的と共にインキュベートした。
図5Aは、低用量の遊離ペプチドで刺激した場合、ペプチド341および370を認識するTCRは、227特異的TCRより優れていることを示す。図5Bは、標的細胞を使用する死滅アッセイを示し、ここで標的細胞は、サイクリンA1タンパク質を内因的に発現し、これをプロテオソーム(proteosomally)によってプロセシングし、MHC分子上にローディングし、T細胞によって認識させるために細胞表面に輸送するものであり、それによれば、227特異的TCRの少なくとも1つによる優れた死滅が示される。これは、227ペプチドは、他のエピトープより効率的に腫瘍細胞系によってプロセシングされ得るが、341および370は、溶液中でより安定な場合もあり、または遊離リガンドとして導入されると、MHCにより強く結合する場合もあり、結果として優れたT細胞の機能がもたらされることを示す。図5Cは、ペプチド370は実際に、ペプチド227より強くHLA-A2に結合するが、227は、細胞の一般的なプロテオソーム(proteosomal)のプロセシング機構によって切断されると予測される3つのCCNA1ペプチドのうちの唯一のものであることを示唆する一部のバイオインフォマティクスデータがあることを示す。この情報は、ペプチド227ががん療法のための優れた標的であることを支持するものである。図5Dは、腫瘍細胞の表面上のペプチド濃度が、ペプチドローディングの場合における濃度よりかなり低い可能性があるという事実にもかかわらず、最良の性能を示す227 TCR候補が、ペプチドがローディングされた標的細胞、サイクリンA1を発現するAML細胞系および初代AML試料を、ほぼ同様によく死滅させることができることを示す。
サイクリンA1タンパク質配列は、ヒトおよびマウスならびにその両方において高度に保存されており、またマウスおよびヒトは共に、肺および脳において低いレベルのCCNA1 mRNA発現を呈示する(qPCRにより)ので、マウスは、in vivoにおけるサイクリンA1特異的TCRの安全性を試験するための優れたモデルである。マウスにおいてヒトHLA*A02:01拘束性TCRがそれらの同族の抗原を認識するために、HLA*A0:012分子を発現するように遺伝子操作されたトランスジェニックマウスが、in vivoでの試験に使用される。したがってヒトTCR可変ドメインは、ペプチドおよび提示するMHC分子の両方を認識するそれらの能力を維持する。マウスT細胞の表面上でのヒトTCRの有効な発現のために、ヒトTCRのヒトTCR定常ドメインの代わりにマウスTCR定常ドメインを操作することにより、マウス細胞において正常に機能させた(図6を参照)。
上述した様々な実施形態を組み合わせて、さらなる実施形態を提供することができる。本明細書で言及された、および/または出願データシートで列挙された、米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願および特許以外の刊行物の全ては、2018年2月12日に出願された米国仮特許出願第62/629,648号、2018年2月13日に出願された米国仮特許出願第62/630,198号、および2018年5月4日に出願された米国仮特許出願第62/667,207号を含めて、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。必要に応じて、様々な特許、出願および刊行物の概念が採用されるように実施形態の態様を改変して、よりさらなる実施形態を提供してもよい。
上記の詳細な説明の観点から、これらおよび他の変化が実施形態になされてもよい。一般的に、以下の特許請求の範囲において、使用される用語は、明細書および特許請求の範囲に開示された具体的な実施形態に特許請求の範囲を限定すると解釈されるべきではないが、このような特許請求の範囲の権利が及ぶ均等物の全範囲と共に、あらゆる可能な実施形態を含むと解釈されるものとする。したがって、特許請求の範囲は本開示によって限定されない。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
(項目1)
(a)配列番号5、7、9、11、13、15、17、および19のいずれか1つに記載の相補性決定領域3(CDR3)のアミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号5、7、9、11、13、15、17、および19のいずれか1つに記載のCDR3アミノ酸配列を含むT細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメイン、ならびにTCRβ鎖可変(Vβ)ドメイン;
(b)TCR Vαドメイン、ならびに配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、および189のいずれか1つに記載のCDR3アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、および189のいずれか1つに記載のCDR3アミノ酸配列を含むTCR Vβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含む結合タンパク質であって、ヒトサイクリンA1(CCNA1)ペプチドFLDRFLSCM(配列番号1):ヒト白血球抗原(HLA)複合体に特異的に結合することが可能である、結合タンパク質。
(項目2)
(a)前記Vαドメインが、配列番号5のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号6のCDR3アミノ酸配列を含み;
(b)前記Vαドメインが、配列番号7のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号8のCDR3アミノ酸配列を含み;
(c)前記Vαドメインが、配列番号9のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号10のCDR3アミノ酸配列を含み;
(d)前記Vαドメインが、配列番号11のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号12のCDR3アミノ酸配列を含み;
(e)前記Vαドメインが、配列番号13のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号14のCDR3アミノ酸配列を含み;
(f)前記Vαドメインが、配列番号15のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号16のCDR3アミノ酸配列を含み;
(g)前記Vαドメインが、配列番号17のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号18のCDR3アミノ酸配列を含み;
(h)前記Vαドメインが、配列番号19のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号20のCDR3アミノ酸配列を含み;または
(i)前記Vαドメインが、配列番号7のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号189のCDR3アミノ酸配列を含む、項目1に記載の結合タンパク質。
(項目3)
(a)前記Vβドメインが、配列番号6のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV9*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号5のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV30*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
(b)前記Vβドメインが、配列番号8のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV2*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号7のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV10*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
(c)前記Vβドメインが、配列番号10のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV6-6*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号9のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV24*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
(d)前記Vβドメインが、配列番号12のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV5-6*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号11のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV21*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
(e)前記Vβドメインが、配列番号14のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号13のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV21*02遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
(f)前記Vβドメインが、配列番号16のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号15のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV12-2*02遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
(g)前記Vβドメインが、配列番号18のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号17のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV17*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
(h)前記Vβドメインが、配列番号20のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV7-2*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号19のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV17*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;または
(i)前記Vβドメインが、配列番号189または101のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV10-2*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号7または97のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV10*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含む、項目1に記載の結合タンパク質。
(項目4)
(a)配列番号36、38、40、42、44、86、49、51、53、57、59、63、65、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるVαのアミノ酸配列に対して少なくとも約90%同一なVαドメイン;
(b)配列番号36、38、40、42、46、86、49、51、55、57、61、63、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるVβのアミノ酸配列に対して少なくとも約90%同一なVβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含み、
前記CDRのうち少なくとも3つまたは4つが、突然変異を有さず、突然変異を有する前記CDRが、3つまたはそれ未満のアミノ酸の置換、挿入、および/または欠失を有する、項目1または2に記載の結合タンパク質。
(項目5)
(a)配列番号36、38、40、42、44、86、49、51、53、57、59、63、65、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるVαのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVαドメイン;
(b)配列番号36、38、40、42、46、86、49、51、55、57、61、63、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるVβのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含む、項目4に記載の結合タンパク質。
(項目6)
(a)配列番号36に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号36に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(b)配列番号38に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号38に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(c)配列番号40に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号40に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(d)配列番号42に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号42に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(e)配列番号44に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号46に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(f)配列番号86に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号86に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(g)配列番号49に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号49に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(h)配列番号51に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号51に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(i)配列番号53に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号55に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(j)配列番号57に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号57に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(k)配列番号59に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号61に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(l)配列番号63に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号63に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(m)配列番号65に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号67に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(n)配列番号67に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号67に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(o)配列番号81に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号81に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(p)配列番号83に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号83に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(q)配列番号162に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号162に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(r)配列番号165に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号165に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(s)配列番号170に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号170に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(t)配列番号172に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号172に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(u)配列番号174に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号174に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(v)配列番号176に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号176に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(w)配列番号178に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号178に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(x)配列番号180に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号180に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;または
(y)配列番号186に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号186に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン
を含む、項目5に記載の結合タンパク質。
(項目7)
(a)配列番号21に記載の相補性決定領域3(CDR3)アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号21に記載のCDR3アミノ酸配列を含むT細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメイン、ならびにTCRβ鎖可変(Vβ)ドメイン;
(b)TCR Vαドメイン、ならびに配列番号22に記載のCDR3アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号22に記載のCDR3アミノ酸配列を含むTCR Vβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含む結合タンパク質であって、
ヒトサイクリンA1(CCNA1)ペプチドSLIAAAAFCLA(配列番号2):ヒト白血球抗原(HLA)複合体に特異的に結合することが可能である、結合タンパク質。
(項目8)
前記Vαドメインが、配列番号21のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号22のCDR3アミノ酸配列を含む、項目7に記載の結合タンパク質。
(項目9)
前記Vβドメインが、配列番号22のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV19*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
前記Vαドメインが、配列番号21のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV24*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含む、項目7または8に記載の結合タンパク質。
(項目10)
(a)配列番号69または73に含有されるVαのアミノ酸配列に対して少なくとも約90%同一なVαドメイン;
(b)配列番号71または73に含有されるVβのアミノ酸配列に対して少なくとも約90%同一なVβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含み、
前記CDRのうち少なくとも3つまたは4つが、突然変異を有さず、突然変異を有する前記CDRが、3つまたはそれ未満のアミノ酸の置換、挿入、および/または欠失を有する、項目7から9のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目11)
(a)配列番号69または73に含有されるVαのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVαドメイン;
(b)配列番号71または73に記載のアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含む、項目10に記載の結合タンパク質。
(項目12)
(a)配列番号69に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号71に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;または
(b)配列番号73に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号73に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン
を含む、項目11に記載の結合タンパク質。
(項目13)
(a)配列番号23に記載の相補性決定領域3(CDR3)アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号23に記載のCDR3アミノ酸配列を含むT細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメイン、ならびにTCRβ鎖可変(Vβ)ドメイン;
(b)TCR Vαドメイン、ならびに配列番号24に記載のCDR3アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号24に記載のCDR3アミノ酸配列を含むTCR Vβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含む結合タンパク質であって、
ヒトサイクリンA1(CCNA1)ペプチドYSLSEIVPCL(配列番号3):ヒト白血球抗原(HLA)複合体に特異的に結合することが可能である、結合タンパク質。
(項目14)
前記Vαドメインが、配列番号23のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号24のCDR3アミノ酸配列を含む、項目13に記載の結合タンパク質。
(項目15)
前記Vβドメインが、配列番号24のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV5-6*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
前記Vαドメインが、配列番号23のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV19*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含む、項目13または14に記載の結合タンパク質。
(項目16)
(a)配列番号75または79に含有されるVαのアミノ酸配列に対して少なくとも約90%同一なVαドメイン;
(b)配列番号77または79に含有されるVβのアミノ酸配列に対して少なくとも約90%同一なVβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含み、
前記CDRのうち少なくとも3つまたは4つが、突然変異を有さず、突然変異を有する前記CDRが、3つまたはそれ未満のアミノ酸の置換、挿入、および/または欠失を有する、項目13から15のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目17)
(a)配列番号75または79に含有されるVαのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVαドメイン;
(b)配列番号77または79に含有されるVβのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含む、項目16に記載の結合タンパク質。
(項目18)
(a)配列番号75に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号77に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;または
(b)配列番号79に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号79に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン
を含む、項目17に記載の結合タンパク質。
(項目19)
TCR、TCRの抗原結合断片、またはキメラ抗原受容体である、項目1から18のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目20)
前記TCRの前記抗原結合断片が、単鎖TCR(scTCR)を含む、項目19に記載の結合タンパク質。
(項目21)
TCRである、項目19に記載の結合タンパク質。
(項目22)
前記TCRが、配列番号33のアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むα鎖定常(Cα)ドメインを含む、項目21に記載の結合タンパク質。
(項目23)
前記Cαドメインが、配列番号33のアミノ酸配列を含む、項目22に記載の結合タンパク質。
(項目24)
前記TCRが、トランケートされたCαドメインを含む、項目21に記載の結合タンパク質。
(項目25)
前記トランケートされたCαドメインが、配列番号33のアミノ酸配列に対応するそのN末端、C末端またはその両方において、1、2、3、4個、またはそれより多くのアミノ酸のトランケーションを含む、項目24に記載の結合タンパク質。
(項目26)
前記TCRが、配列番号34または配列番号84のアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むβ鎖定常(Cβ)ドメインを含む、項目19から25のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目27)
前記Cβドメインが、配列番号34または配列番号84のアミノ酸配列を含む、項目26に記載の結合タンパク質。
(項目28)
前記TCRが、
(a)配列番号33の49位にシステイン置換を含むCαドメイン、
(b)配列番号34の57位または配列番号84の56位に対応する位置にシステイン置換を含むCβドメイン、または
(c)(a)および(b)の両方
を含む、項目19から27のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目29)
前記TCRが、
(a)配列番号36、38、40、42、44、86、49、51、53、57、59、63、65、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるα鎖アミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むα鎖;
(b)配列番号36、38、40、42、46、86、49、51、55、57、61、63、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるβ鎖アミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むβ鎖;または
(c)(a)のα鎖および(b)のβ鎖
を含む、項目21に記載の結合タンパク質。
(項目30)
前記TCRが、
(a)配列番号36に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号36に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(b)配列番号38に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号38に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(c)配列番号40に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号40に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(d)配列番号42に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号42に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(e)配列番号44のアミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号46のアミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(f)配列番号86に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号86に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(g)配列番号49に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号49に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;または
(h)配列番号51に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号51に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(i)配列番号53のアミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号55のアミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(j)配列番号57に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号57に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(k)配列番号59のアミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号61のアミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(l)配列番号63に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号63に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(m)配列番号65のアミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号67に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(n)配列番号67に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号67に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(o)配列番号81に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号81に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(p)配列番号83に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号83に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(q)配列番号162に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号162に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(r)配列番号165に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号165に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(s)配列番号170に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号170に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(t)配列番号172に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号172に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(u)配列番号174に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号174に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(v)配列番号176に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号176に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(w)配列番号178に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号178に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(x)配列番号180に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号180に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;または
(y)配列番号186に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号186に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖
を含む、項目29に記載の結合タンパク質。
(項目31)
前記TCRが、
(a)配列番号69のアミノ酸配列もしくは配列番号73に含有されるα鎖アミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むα鎖;
(b)配列番号71のアミノ酸配列もしくは配列番号73に含有されるα鎖アミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むβ鎖;または
(c)(a)のα鎖および(b)のβ鎖
を含む、項目21に記載の結合タンパク質。
(項目32)
前記TCRが、
(a)配列番号69のアミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号71のアミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(b)配列番号73に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号73に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;または
(c)配列番号182に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号182に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖
を含む、項目31に記載の結合タンパク質。
(項目33)
前記TCRが、
(a)配列番号75のアミノ酸配列もしくは配列番号79に含有されるα鎖アミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むα鎖;
(b)配列番号77のアミノ酸配列もしくは配列番号79に含有されるα鎖アミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むβ鎖;または
(c)(a)のα鎖および(b)のβ鎖
を含む、項目21に記載の結合タンパク質。
(項目34)
前記TCRが、
(a)配列番号75のアミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号77のアミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(b)配列番号79に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号79に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;または
(c)配列番号184に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号184に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖
を含む、項目33に記載の結合タンパク質。
(項目35)
前記HLAが、HLA-A*02:01を含む、項目1から34のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目36)
キメラTCR、ヒト化TCR、またはヒトTCR、前記TCRの抗原結合断片、またはキメラ抗原受容体である、項目1から35のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目37)
T細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメインおよびTCRβ鎖可変(Vβ)ドメインを含む結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドであって、コードされた前記結合タンパク質は、ヒトサイクリンA1(CCNA1)ペプチドYSLSEIVPCL(配列番号3)に特異的に結合することが可能であり、前記ポリヌクレオチドは、宿主細胞中での発現のためにコドン最適化されている、ポリヌクレオチド。
(項目38)
コードされた前記結合タンパク質が、CCNA1ペプチドYSLSEIVPCL(配列番号3):HLA複合体に特異的に結合することが可能である、項目37に記載のポリヌクレオチド。
(項目39)
前記HLAが、HLA-A*02:01を含む、項目38に記載のポリヌクレオチド。
(項目40)
項目1から36のいずれか一項に記載の結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
(項目41)
前記結合タンパク質をコードする前記ポリヌクレオチドが、目的の宿主細胞中での発現のためにコドン最適化されている、項目40に記載のポリヌクレオチド。
(項目42)
項目37から41のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
(項目43)
ウイルスベクターである、項目42に記載のベクター。
(項目44)
前記ウイルスベクターが、レンチウイルスベクターまたはγ-レトロウイルスベクターである、項目43に記載のベクター。
(項目45)
項目37から41のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドまたは項目42から44のいずれか一項に記載のベクターを含む宿主細胞であって、その細胞表面で、前記ポリヌクレオチドによってコードされた結合タンパク質を発現する、宿主細胞。
(項目46)
造血前駆細胞または免疫細胞である、項目45に記載の宿主細胞。
(項目47)
前記免疫細胞が、CD4+T細胞、CD8+T細胞、CD4-CD8-T細胞、γδ T細胞、ナチュラルキラー細胞、樹状細胞、またはそれらのあらゆる組合せである、項目46に記載の宿主細胞。
(項目48)
前記免疫細胞が、T細胞である、項目46に記載の宿主細胞。
(項目49)
前記T細胞が、ナイーブT細胞、セントラルメモリーT細胞、エフェクターメモリーT細胞、またはそれらのあらゆる組合せである、項目48に記載の宿主細胞。
(項目50)
ヒトのものである、項目45から49のいずれか一項に記載の宿主細胞。
(項目51)
項目45から50のいずれか一項に記載の宿主細胞、および薬学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤を含む組成物。
(項目52)
過剰増殖性障害を処置する方法であって、それを必要とする被験体に、項目1から36のいずれか一項に記載のCCNA1ペプチドに特異的な結合タンパク質、項目37から41のいずれか一項に記載のCCNA1ペプチドに特異的な結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド、項目42から44のいずれか一項に記載のベクター、項目45から50のいずれか一項に記載の宿主細胞、または項目51に記載の組成物を含む組成物を投与することを含む、方法。
(項目53)
前記過剰増殖性障害が、血液学的悪性疾患または固形がんである、項目52に記載の方法。
(項目54)
前記血液学的悪性疾患が、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性好酸球性白血病(CEL)、骨髄異形成症候群(MDS)、非ホジキンリンパ腫(NHL)、および多発性骨髄腫(MM)から選択される、項目53に記載の方法。
(項目55)
前記固形がんが、胆管がん、膀胱がん、骨および軟部組織の癌腫、脳腫瘍、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、結腸直腸腺癌、結腸直腸がん、類腱腫、胎児性がん、子宮内膜がん、食道がん、胃がん、胃腺癌、多形性膠芽腫、婦人科系の腫瘍、頭頸部扁平上皮癌、肝がん、肺がん、中皮腫、悪性黒色腫、骨肉腫、卵巣がん、膵臓がん、膵管腺癌、原発性星状細胞腫、原発性甲状腺がん、前立腺がん、腎臓がん、腎細胞癌、横紋筋肉腫、皮膚がん、軟部組織肉腫、精巣胚細胞腫瘍、尿路上皮がん、子宮肉腫、または子宮がんから選択される、項目53に記載の方法。
(項目56)
前記結合タンパク質が、クラスI HLA拘束性の方式で、ヒトサイクリンA1に対する抗原特異的なT細胞応答を促進することが可能である、項目52から55のいずれか一項に記載の方法。
(項目57)
前記抗原特異的なT細胞応答が、CD4+ヘルパーTリンパ球(Th)応答およびCD8+細胞傷害性Tリンパ球(CTL)応答の少なくとも1つを含む、項目56に記載の方法。
(項目58)
前記CTL応答が、CCNA1を過剰発現する細胞に対して向けられている、項目57に記載の方法。
(項目59)
前記宿主細胞が、非経口投与される、項目52から58のいずれか一項に記載の方法。
(項目60)
複数の用量の前記宿主細胞を前記被験体に投与することを含む、項目52から59のいずれか一項に記載の方法。
(項目61)
前記複数の用量が、約2から約4週間の投与間の間隔で投与される、項目60に記載の方法。
(項目62)
前記宿主細胞が、細胞約107個/m2から細胞約1011個/m2の用量で前記被験体に投与される、項目52から61のいずれか一項に記載の方法。
(項目63)
サイトカインを前記被験体に投与することをさらに含む、項目52から62のいずれか一項に記載の方法。
(項目64)
前記サイトカインが、IL-2、IL-15、IL-21またはそれらのあらゆる組合せである、項目63に記載の方法。
(項目65)
前記サイトカインが、IL-2であり、前記宿主細胞と同時または逐次的に投与される、項目64に記載の方法。
(項目66)
前記サイトカインが、逐次的に投与され、ただし、サイトカイン投与の前、前記被験体には前記宿主細胞が少なくとも3回または4回投与された、項目65に記載の方法。
(項目67)
前記サイトカインが、IL-2であり、皮下投与される、項目63から66のいずれか一項に記載の方法。
(項目68)
前記被験体が、免疫抑制療法をさらに受けている、項目52から67のいずれか一項に記載の方法。
(項目69)
前記免疫抑制療法が、カルシニューリン阻害剤、コルチコステロイド、微小管阻害剤、低用量のミコフェノール酸プロドラッグ、またはそれらのあらゆる組合せから選択される、項目68に記載の方法。
(項目70)
前記被験体が、骨髄非破壊的または骨髄破壊的な造血細胞移植を受けたことがある、項目52から69のいずれか一項に記載の方法。
(項目71)
前記骨髄非破壊的な造血細胞移植の少なくとも3ヶ月後に、前記宿主細胞が前記被験体に投与される、項目70に記載の方法。
(項目72)
前記骨髄破壊的な造血細胞移植の少なくとも2ヶ月後に、前記宿主細胞が前記被験体に投与される、項目71に記載の方法。
(項目73)
免疫抑制剤の阻害剤を前記被験体に投与することをさらに含む、項目51から72のいずれか一項に記載の方法。
(項目74)
前記免疫抑制剤の前記阻害剤が、PD-1、PD-L1、PD-L2、LAG3、CTLA4、B7-H3、B7-H4、CD244/2B4、HVEM、BTLA、CD160、TIM3、GAL9、アデノシン、A2aR、免疫抑制性サイトカイン、IDO、アルギナーゼ、VISTA、TIGIT、PVRIG、PVRL2、KIR、LAIR1、CEACAM-1、CEACAM-3、CEACAM-5、CD160、Treg細胞、またはそれらのあらゆる組合せを阻害する、項目73に記載の方法。
(項目75)
前記免疫抑制剤の前記阻害剤が、抗体またはその抗原結合断片、融合タンパク質、小分子、RNAi分子、リボザイム、アプタマー、アンチセンスオリゴヌクレオチド、またはそれらのあらゆる組合せからなる群より選択される、項目73または74に記載の方法。
(項目76)
前記免疫抑制剤の前記阻害剤が、ピディリズマブ、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、MEDI0680、AMP-224、BMS-936558、BMS-936559、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、MPDL3280A、LAG525、IMP321、IMP701、9H12、BMS-986016、イピリムマブ、トレメリムマブ、アバタセプト、ベラタセプト、エノブリツズマブ、376.96、抗B7-H4抗体もしくは抗原結合断片、リリルマブ、レボ-1-メチルトリプトファン、エパカドスタット、エブセレン、インドキシモド、NLG919、1-メチル-トリプトファン(1-MT)-チラパザミン、N(オメガ)-ニトロ-L-アルギニンメチルエステル(L-NAME)、N-オメガ-ヒドロキシ-nor-l-アルギニン(nor-NOHA)、L-NOHA、2(S)-アミノ-6-ボロノヘキサン酸(ABH)、S-(2-ボロノエチル)-L-システイン(BEC)、CA-170、COM902、COM701、もしくはその抗原結合断片、またはそれらのあらゆる組合せを含む、項目75に記載の方法。
(項目77)
治療有効量の刺激性免疫チェックポイント分子のアゴニストを前記被験体に投与することをさらに含む、項目52から76のいずれか一項に記載の方法。
(項目78)
前記アゴニストが、ウレルマブ、MEDI6469、MEDI6383、MEDI0562、レナリドマイド、ポマリドマイド、CDX-1127、TGN1412、CD80、CD86、CP-870,893、rhuCD40L、SGN-40、IL-2、GSK3359609、mAb88.2、JTX-2011、Icos145-1、Icos314-8、またはそれらのあらゆる組合せから選択される、項目77に記載の方法。
(項目79)
治療抗体、化学療法、放射線療法、外科手術、またはそれらのあらゆる組合せの1つまたは複数を前記被験体に施すことをさらに含む、項目52から78のいずれか一項に記載の方法。
(項目80)
前記被験体が、ヒトである、項目52から79のいずれか一項に記載の方法。
(項目81)
項目45から50のいずれか一項に記載の宿主細胞を含む単位用量形態。
(項目82)
前記宿主細胞が、細胞約107個/m2から細胞約1011個/m2の用量である、項目81に記載の単位用量形態。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
(項目1)
(a)配列番号5、7、9、11、13、15、17、および19のいずれか1つに記載の相補性決定領域3(CDR3)のアミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号5、7、9、11、13、15、17、および19のいずれか1つに記載のCDR3アミノ酸配列を含むT細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメイン、ならびにTCRβ鎖可変(Vβ)ドメイン;
(b)TCR Vαドメイン、ならびに配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、および189のいずれか1つに記載のCDR3アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、および189のいずれか1つに記載のCDR3アミノ酸配列を含むTCR Vβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含む結合タンパク質であって、ヒトサイクリンA1(CCNA1)ペプチドFLDRFLSCM(配列番号1):ヒト白血球抗原(HLA)複合体に特異的に結合することが可能である、結合タンパク質。
(項目2)
(a)前記Vαドメインが、配列番号5のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号6のCDR3アミノ酸配列を含み;
(b)前記Vαドメインが、配列番号7のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号8のCDR3アミノ酸配列を含み;
(c)前記Vαドメインが、配列番号9のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号10のCDR3アミノ酸配列を含み;
(d)前記Vαドメインが、配列番号11のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号12のCDR3アミノ酸配列を含み;
(e)前記Vαドメインが、配列番号13のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号14のCDR3アミノ酸配列を含み;
(f)前記Vαドメインが、配列番号15のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号16のCDR3アミノ酸配列を含み;
(g)前記Vαドメインが、配列番号17のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号18のCDR3アミノ酸配列を含み;
(h)前記Vαドメインが、配列番号19のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号20のCDR3アミノ酸配列を含み;または
(i)前記Vαドメインが、配列番号7のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号189のCDR3アミノ酸配列を含む、項目1に記載の結合タンパク質。
(項目3)
(a)前記Vβドメインが、配列番号6のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV9*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号5のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV30*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
(b)前記Vβドメインが、配列番号8のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV2*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号7のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV10*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
(c)前記Vβドメインが、配列番号10のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV6-6*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号9のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV24*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
(d)前記Vβドメインが、配列番号12のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV5-6*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号11のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV21*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
(e)前記Vβドメインが、配列番号14のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号13のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV21*02遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
(f)前記Vβドメインが、配列番号16のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号15のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV12-2*02遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
(g)前記Vβドメインが、配列番号18のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV7-3*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号17のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV17*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
(h)前記Vβドメインが、配列番号20のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV7-2*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号19のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV17*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;または
(i)前記Vβドメインが、配列番号189または101のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV10-2*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;前記Vαドメインが、配列番号7または97のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV10*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含む、項目1に記載の結合タンパク質。
(項目4)
(a)配列番号36、38、40、42、44、86、49、51、53、57、59、63、65、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるVαのアミノ酸配列に対して少なくとも約90%同一なVαドメイン;
(b)配列番号36、38、40、42、46、86、49、51、55、57、61、63、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるVβのアミノ酸配列に対して少なくとも約90%同一なVβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含み、
前記CDRのうち少なくとも3つまたは4つが、突然変異を有さず、突然変異を有する前記CDRが、3つまたはそれ未満のアミノ酸の置換、挿入、および/または欠失を有する、項目1または2に記載の結合タンパク質。
(項目5)
(a)配列番号36、38、40、42、44、86、49、51、53、57、59、63、65、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるVαのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVαドメイン;
(b)配列番号36、38、40、42、46、86、49、51、55、57、61、63、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるVβのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含む、項目4に記載の結合タンパク質。
(項目6)
(a)配列番号36に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号36に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(b)配列番号38に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号38に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(c)配列番号40に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号40に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(d)配列番号42に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号42に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(e)配列番号44に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号46に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(f)配列番号86に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号86に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(g)配列番号49に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号49に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(h)配列番号51に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号51に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(i)配列番号53に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号55に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(j)配列番号57に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号57に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(k)配列番号59に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号61に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(l)配列番号63に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号63に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(m)配列番号65に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号67に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(n)配列番号67に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号67に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(o)配列番号81に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号81に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(p)配列番号83に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号83に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(q)配列番号162に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号162に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(r)配列番号165に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号165に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(s)配列番号170に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号170に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(t)配列番号172に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号172に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(u)配列番号174に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号174に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(v)配列番号176に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号176に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(w)配列番号178に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号178に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;
(x)配列番号180に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号180に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;または
(y)配列番号186に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号186に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン
を含む、項目5に記載の結合タンパク質。
(項目7)
(a)配列番号21に記載の相補性決定領域3(CDR3)アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号21に記載のCDR3アミノ酸配列を含むT細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメイン、ならびにTCRβ鎖可変(Vβ)ドメイン;
(b)TCR Vαドメイン、ならびに配列番号22に記載のCDR3アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号22に記載のCDR3アミノ酸配列を含むTCR Vβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含む結合タンパク質であって、
ヒトサイクリンA1(CCNA1)ペプチドSLIAAAAFCLA(配列番号2):ヒト白血球抗原(HLA)複合体に特異的に結合することが可能である、結合タンパク質。
(項目8)
前記Vαドメインが、配列番号21のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号22のCDR3アミノ酸配列を含む、項目7に記載の結合タンパク質。
(項目9)
前記Vβドメインが、配列番号22のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV19*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
前記Vαドメインが、配列番号21のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV24*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含む、項目7または8に記載の結合タンパク質。
(項目10)
(a)配列番号69または73に含有されるVαのアミノ酸配列に対して少なくとも約90%同一なVαドメイン;
(b)配列番号71または73に含有されるVβのアミノ酸配列に対して少なくとも約90%同一なVβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含み、
前記CDRのうち少なくとも3つまたは4つが、突然変異を有さず、突然変異を有する前記CDRが、3つまたはそれ未満のアミノ酸の置換、挿入、および/または欠失を有する、項目7から9のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目11)
(a)配列番号69または73に含有されるVαのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVαドメイン;
(b)配列番号71または73に記載のアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含む、項目10に記載の結合タンパク質。
(項目12)
(a)配列番号69に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号71に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;または
(b)配列番号73に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号73に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン
を含む、項目11に記載の結合タンパク質。
(項目13)
(a)配列番号23に記載の相補性決定領域3(CDR3)アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号23に記載のCDR3アミノ酸配列を含むT細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメイン、ならびにTCRβ鎖可変(Vβ)ドメイン;
(b)TCR Vαドメイン、ならびに配列番号24に記載のCDR3アミノ酸配列、もしくは最大5つのアミノ酸の置換、挿入および/もしくは欠失を有する配列番号24に記載のCDR3アミノ酸配列を含むTCR Vβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含む結合タンパク質であって、
ヒトサイクリンA1(CCNA1)ペプチドYSLSEIVPCL(配列番号3):ヒト白血球抗原(HLA)複合体に特異的に結合することが可能である、結合タンパク質。
(項目14)
前記Vαドメインが、配列番号23のCDR3アミノ酸配列を含み、前記Vβドメインが、配列番号24のCDR3アミノ酸配列を含む、項目13に記載の結合タンパク質。
(項目15)
前記Vβドメインが、配列番号24のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRBV5-6*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含み;
前記Vαドメインが、配列番号23のCDR3アミノ酸配列、ならびにTRAV19*01遺伝子によってコードされたCDR1アミノ酸配列およびCDR2アミノ酸配列を含む、項目13または14に記載の結合タンパク質。
(項目16)
(a)配列番号75または79に含有されるVαのアミノ酸配列に対して少なくとも約90%同一なVαドメイン;
(b)配列番号77または79に含有されるVβのアミノ酸配列に対して少なくとも約90%同一なVβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含み、
前記CDRのうち少なくとも3つまたは4つが、突然変異を有さず、突然変異を有する前記CDRが、3つまたはそれ未満のアミノ酸の置換、挿入、および/または欠失を有する、項目13から15のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目17)
(a)配列番号75または79に含有されるVαのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVαドメイン;
(b)配列番号77または79に含有されるVβのアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるVβドメイン;または
(c)(a)のVαドメインおよび(b)のVβ
を含む、項目16に記載の結合タンパク質。
(項目18)
(a)配列番号75に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号77に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン;または
(b)配列番号79に含有されるVαのアミノ酸配列を含む前記Vαドメインおよび配列番号79に含有されるVβのアミノ酸配列を含む前記Vβドメイン
を含む、項目17に記載の結合タンパク質。
(項目19)
TCR、TCRの抗原結合断片、またはキメラ抗原受容体である、項目1から18のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目20)
前記TCRの前記抗原結合断片が、単鎖TCR(scTCR)を含む、項目19に記載の結合タンパク質。
(項目21)
TCRである、項目19に記載の結合タンパク質。
(項目22)
前記TCRが、配列番号33のアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むα鎖定常(Cα)ドメインを含む、項目21に記載の結合タンパク質。
(項目23)
前記Cαドメインが、配列番号33のアミノ酸配列を含む、項目22に記載の結合タンパク質。
(項目24)
前記TCRが、トランケートされたCαドメインを含む、項目21に記載の結合タンパク質。
(項目25)
前記トランケートされたCαドメインが、配列番号33のアミノ酸配列に対応するそのN末端、C末端またはその両方において、1、2、3、4個、またはそれより多くのアミノ酸のトランケーションを含む、項目24に記載の結合タンパク質。
(項目26)
前記TCRが、配列番号34または配列番号84のアミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むβ鎖定常(Cβ)ドメインを含む、項目19から25のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目27)
前記Cβドメインが、配列番号34または配列番号84のアミノ酸配列を含む、項目26に記載の結合タンパク質。
(項目28)
前記TCRが、
(a)配列番号33の49位にシステイン置換を含むCαドメイン、
(b)配列番号34の57位または配列番号84の56位に対応する位置にシステイン置換を含むCβドメイン、または
(c)(a)および(b)の両方
を含む、項目19から27のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目29)
前記TCRが、
(a)配列番号36、38、40、42、44、86、49、51、53、57、59、63、65、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるα鎖アミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むα鎖;
(b)配列番号36、38、40、42、46、86、49、51、55、57、61、63、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180、および186のいずれか1つに含有されるβ鎖アミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むβ鎖;または
(c)(a)のα鎖および(b)のβ鎖
を含む、項目21に記載の結合タンパク質。
(項目30)
前記TCRが、
(a)配列番号36に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号36に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(b)配列番号38に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号38に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(c)配列番号40に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号40に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(d)配列番号42に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号42に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(e)配列番号44のアミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号46のアミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(f)配列番号86に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号86に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(g)配列番号49に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号49に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;または
(h)配列番号51に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号51に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(i)配列番号53のアミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号55のアミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(j)配列番号57に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号57に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(k)配列番号59のアミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号61のアミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(l)配列番号63に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号63に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(m)配列番号65のアミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号67に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(n)配列番号67に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号67に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(o)配列番号81に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号81に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(p)配列番号83に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号83に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(q)配列番号162に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号162に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(r)配列番号165に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号165に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(s)配列番号170に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号170に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(t)配列番号172に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号172に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(u)配列番号174に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号174に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(v)配列番号176に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号176に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(w)配列番号178に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号178に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(x)配列番号180に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号180に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;または
(y)配列番号186に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号186に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖
を含む、項目29に記載の結合タンパク質。
(項目31)
前記TCRが、
(a)配列番号69のアミノ酸配列もしくは配列番号73に含有されるα鎖アミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むα鎖;
(b)配列番号71のアミノ酸配列もしくは配列番号73に含有されるα鎖アミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むβ鎖;または
(c)(a)のα鎖および(b)のβ鎖
を含む、項目21に記載の結合タンパク質。
(項目32)
前記TCRが、
(a)配列番号69のアミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号71のアミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(b)配列番号73に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号73に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;または
(c)配列番号182に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号182に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖
を含む、項目31に記載の結合タンパク質。
(項目33)
前記TCRが、
(a)配列番号75のアミノ酸配列もしくは配列番号79に含有されるα鎖アミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むα鎖;
(b)配列番号77のアミノ酸配列もしくは配列番号79に含有されるα鎖アミノ酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を含むβ鎖;または
(c)(a)のα鎖および(b)のβ鎖
を含む、項目21に記載の結合タンパク質。
(項目34)
前記TCRが、
(a)配列番号75のアミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号77のアミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;
(b)配列番号79に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号79に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖;または
(c)配列番号184に含有されるα鎖アミノ酸配列を含む前記TCRα鎖、および配列番号184に含有されるβ鎖アミノ酸配列を含む前記TCRβ鎖
を含む、項目33に記載の結合タンパク質。
(項目35)
前記HLAが、HLA-A*02:01を含む、項目1から34のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目36)
キメラTCR、ヒト化TCR、またはヒトTCR、前記TCRの抗原結合断片、またはキメラ抗原受容体である、項目1から35のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目37)
T細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメインおよびTCRβ鎖可変(Vβ)ドメインを含む結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドであって、コードされた前記結合タンパク質は、ヒトサイクリンA1(CCNA1)ペプチドYSLSEIVPCL(配列番号3)に特異的に結合することが可能であり、前記ポリヌクレオチドは、宿主細胞中での発現のためにコドン最適化されている、ポリヌクレオチド。
(項目38)
コードされた前記結合タンパク質が、CCNA1ペプチドYSLSEIVPCL(配列番号3):HLA複合体に特異的に結合することが可能である、項目37に記載のポリヌクレオチド。
(項目39)
前記HLAが、HLA-A*02:01を含む、項目38に記載のポリヌクレオチド。
(項目40)
項目1から36のいずれか一項に記載の結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
(項目41)
前記結合タンパク質をコードする前記ポリヌクレオチドが、目的の宿主細胞中での発現のためにコドン最適化されている、項目40に記載のポリヌクレオチド。
(項目42)
項目37から41のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
(項目43)
ウイルスベクターである、項目42に記載のベクター。
(項目44)
前記ウイルスベクターが、レンチウイルスベクターまたはγ-レトロウイルスベクターである、項目43に記載のベクター。
(項目45)
項目37から41のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドまたは項目42から44のいずれか一項に記載のベクターを含む宿主細胞であって、その細胞表面で、前記ポリヌクレオチドによってコードされた結合タンパク質を発現する、宿主細胞。
(項目46)
造血前駆細胞または免疫細胞である、項目45に記載の宿主細胞。
(項目47)
前記免疫細胞が、CD4+T細胞、CD8+T細胞、CD4-CD8-T細胞、γδ T細胞、ナチュラルキラー細胞、樹状細胞、またはそれらのあらゆる組合せである、項目46に記載の宿主細胞。
(項目48)
前記免疫細胞が、T細胞である、項目46に記載の宿主細胞。
(項目49)
前記T細胞が、ナイーブT細胞、セントラルメモリーT細胞、エフェクターメモリーT細胞、またはそれらのあらゆる組合せである、項目48に記載の宿主細胞。
(項目50)
ヒトのものである、項目45から49のいずれか一項に記載の宿主細胞。
(項目51)
項目45から50のいずれか一項に記載の宿主細胞、および薬学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤を含む組成物。
(項目52)
過剰増殖性障害を処置する方法であって、それを必要とする被験体に、項目1から36のいずれか一項に記載のCCNA1ペプチドに特異的な結合タンパク質、項目37から41のいずれか一項に記載のCCNA1ペプチドに特異的な結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド、項目42から44のいずれか一項に記載のベクター、項目45から50のいずれか一項に記載の宿主細胞、または項目51に記載の組成物を含む組成物を投与することを含む、方法。
(項目53)
前記過剰増殖性障害が、血液学的悪性疾患または固形がんである、項目52に記載の方法。
(項目54)
前記血液学的悪性疾患が、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性好酸球性白血病(CEL)、骨髄異形成症候群(MDS)、非ホジキンリンパ腫(NHL)、および多発性骨髄腫(MM)から選択される、項目53に記載の方法。
(項目55)
前記固形がんが、胆管がん、膀胱がん、骨および軟部組織の癌腫、脳腫瘍、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、結腸直腸腺癌、結腸直腸がん、類腱腫、胎児性がん、子宮内膜がん、食道がん、胃がん、胃腺癌、多形性膠芽腫、婦人科系の腫瘍、頭頸部扁平上皮癌、肝がん、肺がん、中皮腫、悪性黒色腫、骨肉腫、卵巣がん、膵臓がん、膵管腺癌、原発性星状細胞腫、原発性甲状腺がん、前立腺がん、腎臓がん、腎細胞癌、横紋筋肉腫、皮膚がん、軟部組織肉腫、精巣胚細胞腫瘍、尿路上皮がん、子宮肉腫、または子宮がんから選択される、項目53に記載の方法。
(項目56)
前記結合タンパク質が、クラスI HLA拘束性の方式で、ヒトサイクリンA1に対する抗原特異的なT細胞応答を促進することが可能である、項目52から55のいずれか一項に記載の方法。
(項目57)
前記抗原特異的なT細胞応答が、CD4+ヘルパーTリンパ球(Th)応答およびCD8+細胞傷害性Tリンパ球(CTL)応答の少なくとも1つを含む、項目56に記載の方法。
(項目58)
前記CTL応答が、CCNA1を過剰発現する細胞に対して向けられている、項目57に記載の方法。
(項目59)
前記宿主細胞が、非経口投与される、項目52から58のいずれか一項に記載の方法。
(項目60)
複数の用量の前記宿主細胞を前記被験体に投与することを含む、項目52から59のいずれか一項に記載の方法。
(項目61)
前記複数の用量が、約2から約4週間の投与間の間隔で投与される、項目60に記載の方法。
(項目62)
前記宿主細胞が、細胞約107個/m2から細胞約1011個/m2の用量で前記被験体に投与される、項目52から61のいずれか一項に記載の方法。
(項目63)
サイトカインを前記被験体に投与することをさらに含む、項目52から62のいずれか一項に記載の方法。
(項目64)
前記サイトカインが、IL-2、IL-15、IL-21またはそれらのあらゆる組合せである、項目63に記載の方法。
(項目65)
前記サイトカインが、IL-2であり、前記宿主細胞と同時または逐次的に投与される、項目64に記載の方法。
(項目66)
前記サイトカインが、逐次的に投与され、ただし、サイトカイン投与の前、前記被験体には前記宿主細胞が少なくとも3回または4回投与された、項目65に記載の方法。
(項目67)
前記サイトカインが、IL-2であり、皮下投与される、項目63から66のいずれか一項に記載の方法。
(項目68)
前記被験体が、免疫抑制療法をさらに受けている、項目52から67のいずれか一項に記載の方法。
(項目69)
前記免疫抑制療法が、カルシニューリン阻害剤、コルチコステロイド、微小管阻害剤、低用量のミコフェノール酸プロドラッグ、またはそれらのあらゆる組合せから選択される、項目68に記載の方法。
(項目70)
前記被験体が、骨髄非破壊的または骨髄破壊的な造血細胞移植を受けたことがある、項目52から69のいずれか一項に記載の方法。
(項目71)
前記骨髄非破壊的な造血細胞移植の少なくとも3ヶ月後に、前記宿主細胞が前記被験体に投与される、項目70に記載の方法。
(項目72)
前記骨髄破壊的な造血細胞移植の少なくとも2ヶ月後に、前記宿主細胞が前記被験体に投与される、項目71に記載の方法。
(項目73)
免疫抑制剤の阻害剤を前記被験体に投与することをさらに含む、項目51から72のいずれか一項に記載の方法。
(項目74)
前記免疫抑制剤の前記阻害剤が、PD-1、PD-L1、PD-L2、LAG3、CTLA4、B7-H3、B7-H4、CD244/2B4、HVEM、BTLA、CD160、TIM3、GAL9、アデノシン、A2aR、免疫抑制性サイトカイン、IDO、アルギナーゼ、VISTA、TIGIT、PVRIG、PVRL2、KIR、LAIR1、CEACAM-1、CEACAM-3、CEACAM-5、CD160、Treg細胞、またはそれらのあらゆる組合せを阻害する、項目73に記載の方法。
(項目75)
前記免疫抑制剤の前記阻害剤が、抗体またはその抗原結合断片、融合タンパク質、小分子、RNAi分子、リボザイム、アプタマー、アンチセンスオリゴヌクレオチド、またはそれらのあらゆる組合せからなる群より選択される、項目73または74に記載の方法。
(項目76)
前記免疫抑制剤の前記阻害剤が、ピディリズマブ、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、MEDI0680、AMP-224、BMS-936558、BMS-936559、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、MPDL3280A、LAG525、IMP321、IMP701、9H12、BMS-986016、イピリムマブ、トレメリムマブ、アバタセプト、ベラタセプト、エノブリツズマブ、376.96、抗B7-H4抗体もしくは抗原結合断片、リリルマブ、レボ-1-メチルトリプトファン、エパカドスタット、エブセレン、インドキシモド、NLG919、1-メチル-トリプトファン(1-MT)-チラパザミン、N(オメガ)-ニトロ-L-アルギニンメチルエステル(L-NAME)、N-オメガ-ヒドロキシ-nor-l-アルギニン(nor-NOHA)、L-NOHA、2(S)-アミノ-6-ボロノヘキサン酸(ABH)、S-(2-ボロノエチル)-L-システイン(BEC)、CA-170、COM902、COM701、もしくはその抗原結合断片、またはそれらのあらゆる組合せを含む、項目75に記載の方法。
(項目77)
治療有効量の刺激性免疫チェックポイント分子のアゴニストを前記被験体に投与することをさらに含む、項目52から76のいずれか一項に記載の方法。
(項目78)
前記アゴニストが、ウレルマブ、MEDI6469、MEDI6383、MEDI0562、レナリドマイド、ポマリドマイド、CDX-1127、TGN1412、CD80、CD86、CP-870,893、rhuCD40L、SGN-40、IL-2、GSK3359609、mAb88.2、JTX-2011、Icos145-1、Icos314-8、またはそれらのあらゆる組合せから選択される、項目77に記載の方法。
(項目79)
治療抗体、化学療法、放射線療法、外科手術、またはそれらのあらゆる組合せの1つまたは複数を前記被験体に施すことをさらに含む、項目52から78のいずれか一項に記載の方法。
(項目80)
前記被験体が、ヒトである、項目52から79のいずれか一項に記載の方法。
(項目81)
項目45から50のいずれか一項に記載の宿主細胞を含む単位用量形態。
(項目82)
前記宿主細胞が、細胞約107個/m2から細胞約1011個/m2の用量である、項目81に記載の単位用量形態。
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