JP2023537683A

JP2023537683A - ポリペプチド免疫原性を予測するためのｔ細胞ベースの方法

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Publication number: JP2023537683A
Application number: JP2023504732A
Authority: JP
Inventors: シャンチャン，; シヴァンコーエン，
Original assignee: Genentech Inc
Current assignee: Genentech Inc
Priority date: 2020-08-07
Filing date: 2021-08-05
Publication date: 2023-09-05
Also published as: WO2022031948A1; CN115836122A; EP4192942A1; TW202221116A; US20230184747A1

Abstract

本開示の主題は、抗薬剤抗体（ＡＤＡ）の産生を誘発する組成物、例えば、抗体またはその断片を含む組成物の傾向を決定するための方法およびそのような方法を実施するためのキットを提供する。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年８月７日に出願された米国仮出願第６３／０６２，９９１号、および２０２１年６月２５日に出願された米国仮出願第６３／２１５，１９９号の優先権を主張するものであり、これらの各々の内容は、その全体が参照により援用され、これらの各々に優先権が主張される。

本開示は、抗薬剤抗体（ＡＤＡ）の産生を誘発する組成物の傾向を決定するための方法およびそのような方法を実施するためのキットに関する。

治療薬（例えば、抗体）は、ますます増加している深刻で治療が困難な疾患の治療を大きく改善している。残念ながら、そのような治療薬は、患者に投与されるとき、抗薬剤抗体（ＡＤＡ）の産生を誘発し得る。ＡＤＡは、治療薬に対して中和作用を有し得る。これらの中和作用は、治療薬の活性の制限、治療薬のクリアランスの増加、および治療薬の投与に起因する全体的な臨床応答における潜在的減少を含み得る。ある特定の場合によっては、ＡＤＡの産生はまた、過敏症反応およびアナフィラキシーを含む、患者の重篤な有害事象の発生と同時に起こっている。

医薬品開発の前臨床段階で治療薬の免疫原性を理解することは、その後の臨床段階における治療薬の成功の可能性を改善し得る。免疫原性エピトープは、一般に、ｉｎｓｉｌｉｃｏツールを使用して予測されるが、いくつかの細胞ベースの技法が、前臨床治療薬候補の免疫原性の可能性を決定するために開発されている。１つのそのような技法は、主要組織適合性遺伝子複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩ関連ペプチドプロテオミクス（ＭＡＰＰ）と呼ばれる。ＭＡＰＰは、抗原提示細胞（ＡＰＣ）、例えば、樹状細胞の集団を、目的の治療薬、例えば、ポリペプチドベースの治療薬とインキュベートすることを伴う。ＡＰＣは、内在化し、治療薬を短いペプチドに処理する。ペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩ分子上に搭載され、ＡＰＣの表面上で提示される。これらのＭＨＣ－ペプチド複合体を免疫沈降させ、液体クロマトグラフィー質量分析（ＬＣ／ＭＳ）を介して分析することにより、治療薬中の可能性のある免疫原性エピトープを同定することができる。前臨床治療薬候補の免疫原性の可能性を決定するための別の技法は、Ｔ細胞増殖アッセイであり、これは、目的のポリペプチドベースの治療薬とインキュベートされた、ＡＰＣ、例えば、樹状細胞との共培養後のＴ細胞増殖の検出を伴う。しかしながら、これらの技法は、労働集約的で、時間がかかり、高価な機器を多数必要とする。したがって、治療薬、例えば、ポリペプチドベースの治療薬の、ＡＤＡの産生を誘発する傾向を決定するためのより時間効率が良く、費用効率が良い方法の必要性が当該技術分野にはある。

本開示は、組成物の、参照の傾向と比べて当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向を決定するための方法を提供する。ある特定の実施形態では、本開示の方法は、（ａ）リンパ球を組成物の存在下で培養して、刺激リンパ球を生成することと、（ｂ）リンパ球を組成物の非存在下で培養して、非刺激リンパ球を生成することと、（ｃ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激リンパ球の割合を決定することと、（ｄ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する非刺激リンパ球の割合を決定することと、（ｅ）刺激指数値を計算することとを含み得る。ある特定の実施形態では、（ｅ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより大きい。ある特定の実施形態では、（ｅ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより少ない。ある特定の実施形態では、刺激指数値は、下記によって決定することができる：（ｉ）（ｃ）で決定された刺激リンパ球の割合を、（ｄ）で決定された非刺激リンパ球の割合で割ること、（ｉｉ）外れ値合計分析および／または（ｉｉｉ）線形回帰。ある特定の実施形態では、リンパ球は、単一のドナーから得られる。ある特定の実施形態では、リンパ球は、約２０人のドナー～約５０人のドナー、例えば、約３５人～約４５人のドナーから得られる。ある特定の実施形態では、リンパ球は、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる。

ある特定の実施形態では、組成物の、当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向を決定するための方法は、（ａ）個々のドナーからのリンパ球を、組成物の存在下で別々に培養して、刺激リンパ球を生成することと、（ｂ）個々のドナーからのリンパ球を、組成物の非存在下で別々に培養して、非刺激リンパ球を生成することと、（ｃ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する個々のドナーからの刺激リンパ球の割合を決定することと、（ｄ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現するドナーからの非刺激リンパ球の割合を決定することと、（ｅ）ドナーの各々について刺激指数値を計算することと、（ｆ）ドナーの刺激指数値が参照値の刺激指数値以上である反応性リンパ球ドナーの数およびドナーの刺激指数値が参照刺激指数値未満である非刺激リンパ球ドナーの数を計算することとを含む。ある特定の実施形態では、刺激指数値は、下記によって決定することができる：（ｉ）（ｃ）で決定された個々のドナーの刺激リンパ球の割合を、（ｄ）で決定された個々のドナーの非刺激リンパ球の割合で割ること、（ｉｉ）外れ値合計分析および／または（ｉｉｉ）線形回帰。ある特定の実施形態では、刺激ドナーの数がドナーの総数の３０％を超える場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向が高い。ある特定の実施形態では、刺激ドナーの数がドナーの総数の２０％未満である場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向が低い。ある特定の実施形態では、リンパ球は、約２０人のドナー～約５０人のドナー、例えば、約３５人～約４５人のドナーから得られる。ある特定の実施形態では、リンパ球は、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる。

ある特定の実施形態では、組成物は、ネオアンチゲンを含む。ある特定の実施形態では、組成物は、ペプチド、ポリペプチドまたは小分子化合物である。ある特定の実施形態では、ポリペプチドは、抗体またはその断片であり、例えば、抗体またはその断片は、ヒト、ヒト化またはキメラ抗体である。ある特定の実施形態では、組成物は、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である。ある特定の実施形態では、抗体またはその断片は、二重特異性抗体である。

本開示は、ネオアンチゲンの、参照アンチゲンと比較して当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向を決定するための方法をさらに提供する。例えば、限定するものではないが、方法は、（ａ）ネオアンチゲンの存在下でリンパ球を培養して、刺激リンパ球を生成することと、（ｂ）リンパ球をネオアンチゲンの非存在下で培養して、非刺激リンパ球を生成することと、（ｃ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激リンパ球の割合を決定することと、（ｄ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する非刺激リンパ球の割合を決定することと、（ｅ）刺激指数値を計算することとを含み得る。ある特定の実施形態では、刺激指数値は、（ｉ）（ｃ）で決定された刺激リンパ球の割合を、（ｄ）で決定された非刺激リンパ球の割合で割ること、（ｉｉ）外れ値合計分析および／または（ｉｉｉ）線形回帰によって決定することができる。ある特定の実施形態では、（ｅ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、そのネオアンチゲンは、当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより大きく、（ｅ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、そのネオアンチゲンは、当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより小さい。

ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、参照組成物、例えば、臨床設定においてＡＤＡの産生を誘発しないか、または臨床設定においてＡＤＡの産生を誘発する傾向が低い組成物の刺激指数値である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約１．０～約４．０、すなわち、約１．０～約２．０である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約１．６以上、約１．７以上、または約１．８以上である。

ある特定の実施形態では、リンパ球はＴ細胞を含む。ある特定の実施形態では、リンパ球の少なくとも３０％はＴ細胞を含む。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ８－である。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞の少なくとも１０％は、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む。ある特定の実施形態では、約１×１０^５～約１×１０^７個のリンパ球が、組成物と共に培養される。ある特定の実施形態では、リンパ球は、約１０μｇ／ｕｌ～約１，０００μｇ／ｍｌの組成物と共に培養される。ある特定の実施形態では、リンパ球は、組成物と共に約４８時間以下にわたって培養される。

ある特定の実施形態では、ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激または非刺激リンパ球の割合を決定することは、フローサイトメトリーによって実施される。

本開示は、組成物の、参照の傾向と比べて当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向を決定するための方法を提供する。ある特定の実施形態では、方法は、（ａ）抗原提示細胞（ＡＰＣ）を、組成物の存在下で培養して、刺激ＡＰＣを生成することと、（ｂ）ＡＰＣを、組成物の非存在下で培養して、非刺激ＡＰＣを生成することと、（ｃ）刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に、非刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に別々に培養することと、（ｄ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、（ｅ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、非刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、（ｆ）刺激指数値を計算することとを含み得る。ある特定の実施形態では、（ｆ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより大きく、（ｆ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより小さい。ある特定の実施形態では、刺激指数値は、（ｄ）で決定されたＣＤ４＋リンパ球の割合を、（ｅ）で決定されたＣＤ４＋リンパ球の割合で割ることによって決定される。ある特定の実施形態では、刺激指数値は、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、単一のドナーから得られる。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、約３５人～約４５人のドナーから得られる。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる。

本開示は、組成物の、当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向を決定するための方法を提供し、方法は、（ａ）個々のドナーからのＡＰＣを、組成物の存在下で別々に培養して、刺激ＡＰＣを生成することと、（ｂ）個々のドナーからのＡＰＣを、組成物の非存在下で別々に培養して、非刺激ＡＰＣを生成することと、（ｃ）刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に、非刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に別々に培養することと、（ｄ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、（ｅ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、非刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、（ｆ）ドナーの各々について刺激指数値を計算することと、（ｇ）ドナーの刺激指数値が参照値の刺激指数値以上である反応性リンパ球ドナーの数およびドナーの刺激指数値が参照刺激指数値未満である非反応性リンパ球ドナーの数を計算することとを含む。ある特定の実施形態では、反応性ドナーの数がドナーの総数の３０％を超える場合、その組成物は、組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向が高く、反応性ドナーの数がドナーの総数の２０％未満である場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向が低い。ある特定の実施形態では、刺激指数値は、（ｄ）で決定された個々のドナーのＣＤ４＋リンパ球の割合を、（ｅ）で決定された個々のドナーのＣＤ４＋リンパ球の割合で割ることによって決定される。ある特定の実施形態では、刺激指数値は、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される。ある特定の実施形態では、刺激指数値は、（ｄ）で決定された個々のドナーのＣＤ４＋リンパ球の割合を、（ｅ）で決定された個々のドナーのＣＤ４＋リンパ球の割合で割ることによって決定される。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、約３５人～約４５人のドナーから得られる。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる。

本開示は、ネオアンチゲンの、参照アンチゲンと比較して当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向を決定するための方法を提供する。ある特定の実施形態では、方法は、（ａ）ＡＰＣを、ネオアンチゲンの存在下で培養して、刺激ＡＰＣを生成することと、（ｂ）ＡＰＣを、ネオアンチゲンの非存在下で培養して、非刺激ＡＰＣを生成することと、（ｃ）刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に、非刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に別々に培養することと、（ｄ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、（ｅ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、非刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、（ｆ）刺激指数値を計算することとを含む。ある特定の実施形態では、（ｆ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、そのネオアンチゲンは、当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより大きく、（ｆ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、そのネオアンチゲンは、当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより小さい。ある特定の実施形態では、ネオアンチゲンは、ＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体で存在する。ある特定の実施形態では、刺激指数値は、（ｄ）で決定されたＣＤ４＋リンパ球の割合を、（ｅ）で決定されたＣＤ４＋リンパ球の割合で割ることによって決定される。ある特定の実施形態では、刺激指数値は、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、約３５人～約４５人のドナーから得られる。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる。

ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約１．０～約４．０、約１．０～約３．０または約１．８～約３．０である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約１．６以上、約１．７以上、約１．８以上、約１．９以上、約２．０以上、約２．１以上、約２．２以上、約２．３以上、約２．４以上、約２．５以上、約２．６以上、約２．７以上、約２．８以上、約２．９以上、または約３．０以上である。

ある特定の実施形態では、ＣＤ４＋リンパ球は、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む。ある特定の実施形態では、ＣＤ４＋リンパ球の少なくとも１０％は、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む。

ある特定の実施形態では、組成物は、ペプチド、ポリペプチドまたは小分子化合物を含む。ある特定の実施形態では、ペプチドまたはポリペプチドは、ネオアンチゲンを含む。ある特定の実施形態では、ポリペプチドは、抗体またはその断片である。ある特定の実施形態では、抗体は、ヒト、ヒト化またはキメラ抗体である。ある特定の実施形態では、組成物は、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である。

ある特定の実施形態では、約１×１０^５～約１×１０^７個のＡＰＣが、組成物および／またはネオアンチゲンと共に培養される。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、約１０μｇ／ｕｌ～約１，０００μｇ／ｍｌの組成物および／またはネオアンチゲンと共に培養される。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、組成物および／またはネオアンチゲンと共に約４８時間以下にわたって培養される。

ある特定の実施形態では、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現するＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することは、フローサイトメトリーによって実施される。

本開示は、本明細書に開示される方法のいずれか１つを実施するためのキットをさらに提供する。

ＡＤＡの産生を誘発する組成物の傾向を決定するための方法の非限定的な実施形態の概略図を表示する。２つの異なる抗体、アバスチン（登録商標）およびボコシズマブのＦＡＣＳ解析を表示する。異なる臨床的ＡＤＡ率を有する、６つの抗体、アバスチン（登録商標）、ＧＮＥ－αＰＣＳＫ９（ＲＧ７６５２とも称される）、アリロクマブ（ＰＲＡＬＵＥＮＴ（登録商標））、エボロクマブ（ＲＥＰＡＴＨＡ（登録商標））、ボコシズマブおよびＨＡ３３の分析を表示する。アバスチン（登録商標）、ＨＡ３３およびＫＬＨについてＣＤ１３４を発現したドナーの数を表示する。アバスチン（登録商標）、ＨＡ３３およびＫＬＨについてＣＤ１３７を発現したドナーの数を表示する。アバスチン（登録商標）、ＨＡ３３およびＫＬＨについてＣＤ１３４とＣＤ１３７とを発現したドナーの数を表示する。アバスチン（登録商標）、ＨＡ３３およびＫＬＨについてＣＤ１３４および／またはＣＤ１３７を発現したドナーの数を表示する。本発明に開示されるアッセイによって決定される予測された免疫原性とクリニックで観察された免疫原性との間に相関関係があることを表示する。ＨＬＡ－ＤＲおよびＨＬＡ－ＩＩの抗体の遮断を示す概略図を表示する。ＨＬＡ－ＤＲおよびＨＬＡ－ＩＩの遮断時の陽性のドナーの数を表示する。ｉｎｖｉｔｒｏでのＩＬ－２分泌と臨床免疫原性との間に相関関係がないことを表示する。ｉｎｖｉｔｒｏでのサイトカイン分泌と臨床免疫原性との間に相関関係がないことを表示する。組成物の、ＡＤＡの産生を誘発する傾向を決定するための本開示の方法の非限定的な実施形態の概略図を表示し、ここでは、単離されたＡＰＣは、最初に、組成物と培養され、次いで、これらのＡＰＣは、引き続いてＴ細胞と共培養され、Ｔ細胞の活性化を用いて、組成物がＡＤＡの産生を誘発する傾向を決定する。組成物の、ＡＤＡの産生を誘発する傾向を決定するための本開示の方法の非限定的な迅速な実施形態の概略図を表示し、ここでは、ＡＰＣは最初に、組成物と培養され、次いで、引き続いてＴ細胞と共培養され、Ｔ細胞の活性化を用いて、組成物がＡＤＡの産生を誘発する傾向を決定する。Ｔ細胞に特異的である抗原結合ドメインを有する４つの二重特異性抗体の分析を表示する。刺激指数（ＳＩ）値の線は、１．８より大きい値を示す。Ｔ細胞に特異的である抗原結合ドメインを有する４つの二重特異性抗体の分析を表示する。ＳＩ値の線は、３より大きい値を示す。Ｔ細胞に特異的である抗原結合ドメインを有する２つの二重特異性抗体の分析を表示する。ＳＩ値の線は、１．８より大きい値を示す。Ｔ細胞に特異的である抗原結合ドメインを有する２つの二重特異性抗体の分析を表示する。ＳＩ値の線は、３より大きい値を示す。提案された免疫原性がＴ細胞の治療薬特異的活性化に起因することを示すために、ＨＬＡ遮断を含むＴ細胞活性化アッセイの概略図を表示する。図１３Ａに描写されたアッセイを使用する二重特異性抗体ＴＤＢ２の分析を表示する。単一細胞におけるその２つの抗原結合ドメインの発現によって産生される二重特異性抗体（ＴＤＢ４Ａ）、または各細胞が二重特異性抗体の２つの抗原結合ドメインのうちの１つを発現する２細胞系によって産生される二重特異性抗体（ＴＤＢ４Ｂ）の分析を表示する。

明確にするために、ただし限定するものではないが、本発明に開示される主題の詳細な説明は、以下のセクションに分けられる：
Ｉ．定義；
ＩＩ．方法；
ＩＩＩ．組成物；
ＩＶ．キット；および
Ｖ．例示的な実施形態。

Ｉ．定義
別途定義されない限り、本明細書において用いられる全ての技術用語および科学用語は、この発明が属する技術分野における当業者によって一般に理解される意味を有する。以下の参考文献は、本発明で使用される多くの用語の一般的な定義を当業者に提供する：Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎｅｔａｌ．，ＤｉｃｔｉｏｎａｒｙｏｆＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ（２ｎｄｅｄ．１９９４）；ＴｈｅＣａｍｂｒｉｄｇｅＤｉｃｔｉｏｎａｒｙｏｆＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｗａｌｋｅｒｅｄ．，１９８８）；ＴｈｅＧｌｏｓｓａｒｙｏｆＧｅｎｅｔｉｃｓ，５ｔｈＥｄ．，Ｒ．Ｒｉｅｇｅｒｅｔａｌ．（ｅｄｓ．），ＳｐｒｉｎｇｅｒＶｅｒｌａｇ（１９９１）；およびＨａｌｅ＆Ｍａｒｈａｍ，ＴｈｅＨａｒｐｅｒＣｏｌｌｉｎｓＤｉｃｔｉｏｎａｒｙｏｆＢｉｏｌｏｇｙ（１９９１）。本明細書で使用される場合、以下の用語は、別段の指定がない限り、以下のそれらに対して定義される意味を有する。

本明細書で使用される場合、「ａ」または「ａｎ」という単語の使用は、特許請求の範囲および／または明細書で「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語と組み合わせて使用されるとき、「１つの」を意味し得るが、「１つ以上（ｏｎｅｏｒｍｏｒｅ）」、「少なくとも１つ」、および「１つまたは２つ以上（ｏｎｅｏｒｍｏｒｅｔｈａｎｏｎｅ）」の意味とも一致する。なおさらに、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、交換可能であり、当業者は、これらの用語がオープンエンド（ｏｐｅｎｅｎｄｅｄ）用語であることを認識している。

本明細書で使用される「約（ａｂｏｕｔ）」または「およそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」という用語は、当業者によって決定される特定の値について許容誤差範囲内であることを意味し得るが、値がどのように測定または決定されるか、例えば、測定システムの制約に部分的に依存する。例えば、「約（ａｂｏｕｔ）」は、与えられた値の慣例に従って、１以内または１を超える標準偏差を意味し得る。本出願および特許請求の範囲に特定の値が記載されている場合、特に明記しない限り、「約」という用語は、「約」という用語によって修飾される値の±１０％など、特定の値の許容誤差範囲を意味し得る。

本明細書における「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、それらが所望の抗原結合活性を示す限り、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体、（例えば、二重特異性抗体）、および抗体断片が挙げられるが、これらに限定されない、様々な抗体構造を包含する。

「抗体断片」とは、インタクトな抗体が結合する抗原に結合するインタクトな抗体の一部を含む、インタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例としては、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）_２、ダイアボディ、直鎖状抗体、単鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）、および抗体断片から形成される多重特異性抗体が挙げられるが、これらに限定されない。

目的の抗原に「結合する」抗体は、抗体がアッセイ試薬として、例えば、検出抗体として有用であるように、十分な親和性で抗原に結合する抗体である。典型的には、そのような抗体は、他のポリペプチドと著しく交差反応しない。ポリペプチドの標的分子への結合に関して、「特異的結合」もしくは「～に特異的に結合する」または特定のポリペプチドもしくは特定のポリペプチド標的上のエピトープ「に特異的」であるいう用語は、非特異的な相互作用とは明らかに異なる結合を意味する。特異的結合は、例えば、一般に結合活性を有さない同様の構造の分子である対照分子の結合と比較して標的分子の結合を決定することによって測定することができる。

「親和性」とは、分子（例えば、抗体）の単一の結合部位と、その結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有相互作用の総和の強度を指す。別途指示がない限り、本明細書で使用される場合、「結合親和性」とは、結合対のメンバー（例えば、抗体と抗原）間の１：１の相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は、一般に、解離定数（Ｋ_ｄ）で表すことができる。親和性は、本明細書に記載のものを含む、当該技術分野において既知の一般的な方法によって測定することができる。結合親和性を測定するための特定の具体的および例示的な実施形態を以下に記載する。

「キメラ」抗体という用語は、重鎖および／または軽鎖の一部が特定の供給源またはは種に由来し、重鎖および／または軽鎖の残部が異なる供給源または種に由来する抗体を指す。

抗体の「クラス」とは、その重鎖が有する定常ドメインまたは定常領域のタイプを指す。抗体の５つの主なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭがあり、これらのいくつかはさらにサブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ_１、ＩｇＧ_２、ＩｇＧ_３、ＩｇＧ_４、ＩｇＡ_１、およびＩｇＡ_２に分類することができる。免疫グロブリンの異なるクラスに相当する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、およびμと呼ばれる。

本明細書で使用される場合、「細胞傷害性剤」という用語は、細胞機能を阻害もしくは妨害し、および／または細胞死もしくは細胞破壊を引き起こす物質を指す。細胞傷害性剤としては、放射性同位体（例えば、Ａｔ^２１１、Ｉ^１３１、Ｉ^１２５、Ｙ^９０、Ｒｅ^１８６、Ｒｅ^１８８、Ｓｍ^１５３、Ｂｉ^２１２、Ｐ^３２、Ｐｂ^２１２およびＬｕの放射性同位体）；化学療法剤または薬物（例えば、メトトレキサート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシンまたはその他の挿入剤）；増殖阻害剤；核酸分解酵素などの酵素およびその断片；抗生物質；断片および／またはその変異体を含む、低分子毒素、または細菌、真菌、植物もしくは動物起源の酵素的に活性な毒素などの毒素；ならびに以下に開示される様々な抗腫瘍または抗癌剤が挙げられるが、これらに限定されない。

「検出抗体」とは、本明細書で使用される場合、試料中の標的分子に特異的に結合する抗体を指す。ある特定の条件下で、検出抗体は、標的分子と複合体を形成する。検出抗体は、検出され得る標識を通して直接的に、または、例えば、標識化され、検出抗体に結合する別の抗体の使用を通して間接的にのいずれかで検出可能である。直接標識については、検出抗体は、典型的には、何らかの手段、例えば、限定されないが、フルオロフォアによって検出可能である部分にコンジュゲートされる。

「検出すること」という用語は、標的分子またはその加工形態の定性的および定量的測定の両方を含むように、本明細書で使用される。ある特定の実施形態では、検出することは、標的分子の単なる存在を同定すること、ならびに標的分子が検出可能なレベルで存在しているかどうかを決定することを含む。

「エフェクター機能」とは、抗体のアイソタイプによって変化する、抗体のＦｃ領域に起因する生物活性を指す。抗体エフェクター機能の例としては：Ｃ１ｑ結合および補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）；食作用；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）のダウンレギュレーション；ならびにＢ細胞活性化が挙げられる。

本明細書の「Ｆｃ領域」という用語は、定常領域の少なくとも一部を含有する免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。この用語には、天然配列Ｆｃ領域および変異Ｆｃ領域が含まれる。ある特定の実施形態では、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は、Ｃｙｓ２２６から、またはＰｒｏ２３０から、重鎖のカルボキシル末端まで伸長する。しかしながら、Ｆｃ領域のＣ末端リジン（Ｌｙｓ４４７）は存在しても存在しなくてもよい。本明細書に別途指定がない限り、Ｆｃ領域または定常領域内のアミノ酸残基の番号付けは、Ｋａｂａｔｅｔａｌ．，ＳｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＰｒｏｔｅｉｎｓｏｆＩｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌＩｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈＥｄ．ＰｕｂｌｉｃＨｅａｌｔｈＳｅｒｖｉｃｅ，ＮａｔｉｏｎａｌＩｎｓｔｉｔｕｔｅｓｏｆＨｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ，１９９１に記載されているような、ＥＵインデックスとも呼ばれるＥＵ番号付けに従う。

「フレームワーク」または「ＦＲ」とは、超可変領域（ＣＤＲ）残基以外の可変ドメイン残基を指す。可変ドメインのＦＲは、一般に、４つのＦＲドメイン：ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、およびＦＲ４からなる。したがって、ＣＤＲおよびＦＲ配列は、一般に、ＶＨ（またはＶＬ）中で以下の配列：ＦＲ１－Ｈ１（Ｌ１）－ＦＲ２－Ｈ２（Ｌ２）－ＦＲ３－Ｈ３（Ｌ３）－ＦＲ４で現れる。

「完全長抗体」、「インタクトな抗体」および「全抗体」という用語は、本明細書では交換可能に使用され、天然の抗体構造と実質的に類似した構造を有する抗体、または本明細書で定義されるＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。

「ヒト抗体」は、ヒトもしくはヒト細胞によって産生されるか、またはヒト抗体レパートリーもしくは他のヒト抗体コード化配列を利用する非ヒト供給源に由来する抗体のアミノ酸配列に相当するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を明確に除外する。

「ヒトコンセンサスフレームワーク」は、ヒト免疫グロブリンＶＬまたはＶＨフレームワーク配列の選択において最も一般的に存在するアミノ酸残基を表すフレームワークである。一般的に、ヒト免疫グロブリンＶＬまたはＶＨ配列の選択は、可変ドメイン配列のサブグループに由来する。一般的には、配列のサブグループは、Ｋａｂａｔｅｔａｌ．，ＳｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＰｒｏｔｅｉｎｓｏｆＩｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌＩｎｔｅｒｅｓｔ，ＦｉｆｔｈＥｄｉｔｉｏｎ，ＮＩＨＰｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ９１－３２４２，ＢｅｔｈｅｓｄａＭＤ（１９９１），Ｖｏｌｓ．１－３におけるようなサブグループである。ある特定の実施形態では、ＶＬについて、サブグループは、上記のＫａｂａｔらにおけるようなサブグループカッパＩである。ある特定の実施形態では、ＶＨについて、サブグループは、上記のＫａｂａｔらにおけるようなサブグループＩＩＩである。

「ヒト化」抗体とは、非ヒトＣＤＲ由来のアミノ酸残基およびヒトＦＲ由来のアミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。ある特定の実施形態では、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、ＣＤＲの全てまたは実質的に全て（例えば、ＣＤＲ）が非ヒト抗体のものに相当し、ＦＲの全てまたは実質的に全てがヒト抗体のものに相当する。ヒト化抗体は、任意選択で、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を含み得る。抗体の「ヒト化形態」、例えば、非ヒト抗体とは、ヒト化を受けた抗体を指す。

「超可変領域」または「ＣＤＲ」という用語は、本明細書で使用される場合、配列が超可変であり（本明細書では「相補性決定領域」もしくは「ＣＤＲ」とも称される）、および／または構造的に定義されたループ（「超可変ループ」）を形成し、および／または抗原接触残基（「抗原接触部（ａｎｔｉｇｅｎｃｏｎｔａｃｔｓ）」）を含有する、抗体可変ドメインの領域の各々を指す。別途指示がない限り、可変ドメイン内のＣＤＲ残基および他の残基（例えば、ＦＲ残基）は、本明細書において、上記のＫａｂａｔらに従って番号付けされる。一般的に、抗体は６つのＣＤＲ：ＶＨに３つ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）、およびＶＬに３つ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）を含む。本明細書の例示的なＣＤＲには、以下が含まれる：
（ａ）アミノ酸残基２６～３２（Ｌ１）、５０～５２（Ｌ２）、９１～９６（Ｌ３）、２６～３２（Ｈ１）、５３～５５（Ｈ２）、および９６～１０１（Ｈ３）に存在する超可変ループ（ＣｈｏｔｈｉａａｎｄＬｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７（１９８７））；
（ｂ）アミノ酸残基２４～３４（Ｌ１）、５０～５６（Ｌ２）、８９～９７（Ｌ３）、３１～３５ｂ（Ｈ１）、５０～６５（Ｈ２）、および９５～１０２（Ｈ３）に存在するＣＤＲ（Ｋａｂａｔｅｔａｌ．，ＳｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＰｒｏｔｅｉｎｓｏｆＩｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌＩｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈＥｄ．ＰｕｂｌｉｃＨｅａｌｔｈＳｅｒｖｉｃｅ，ＮａｔｉｏｎａｌＩｎｓｔｉｔｕｔｅｓｏｆＨｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ（１９９１））；
（ｃ）アミノ酸残基２７ｃ～３６（Ｌ１）、４６～５５（Ｌ２）、８９～９６（Ｌ３）、３０～３５ｂ（Ｈ１）、４７～５８（Ｈ２）、および９３～１０１（Ｈ３）に存在する抗原接触部（ＭａｃＣａｌｌｕｍｅｔａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２：７３２－７４５（１９９６））；ならびに
（ｄ）ＣＤＲアミノ酸残基４６～５６（Ｌ２）、４７～５６（Ｌ２）、４８～５６（Ｌ２）、４９～５６（Ｌ２）、２６～３５（Ｈ１）、２６～３５ｂ（Ｈ１）、４９～６５（Ｈ２）、９３～１０２（Ｈ３）、および９４～１０２（Ｈ３）を含む、（ａ）、（ｂ）、および／または（ｃ）の組合せ。

「免疫コンジュゲート」とは、細胞傷害性剤が挙げられるが、これに限定されない、１つ以上の異種分子（複数可）にコンジュゲートした抗体を指す。

本明細書の「個体」、「対象」または「ドナー」は、ヒトまたは非ヒト動物、例えば、哺乳動物などの脊椎動物である。哺乳動物には、ヒト、非ヒト霊長類、家畜、競技用動物、げっ歯類、およびペットが挙げられるが、これらに限定されない。非ヒト動物対象の非限定的な例としては、マウス、ラット、ハムスター、およびモルモットなどのげっ歯類、ウサギ、イヌ、ネコ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ウシ、ウマ、ならびに類人猿およびサルなどの非ヒト霊長類が挙げられる。ある特定の実施形態では、個体、対象またはドナーはヒトである。

本明細書で使用される場合、「ｉｎｖｉｔｒｏ」という用語は、人工環境、および人工環境内で起こるプロセスまたは反応を指す。例示的なｉｎｖｉｔｒｏ環境には、試験管および細胞培養物が挙げられるが、これらに限定されない。

本明細書で使用される場合、「ｉｎｖｉｖｏ」という用語は、天然環境（例えば、動物または細胞）、および胚発生、細胞分化、神経管形成などの天然環境内で起こるプロセスまたは反応を指す。

「単離された」抗体は、その天然環境の成分から分離された抗体である。ある特定の実施形態では、抗体は、例えば、電気泳動（例えば、ＳＤＳ－ＰＡＧＥ、等電点電気泳動法（ＩＥＦ）、キャピラリー電気泳動）またはクロマトグラフィー（例えば、イオン交換ＨＰＬＣもしくは逆相ＨＰＬＣ）によって測定した場合に９５％または９９％を超える純度まで精製される。抗体純度を評価するための方法に関する概要については、例えば、Ｆｌａｔｍａｎ．ｅｔａｌ．，Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ８４８：７９～８７（２００７）を参照されたい。

本明細書で使用される場合、「標識」または「検出可能な標識」という用語は、検出または定量化される物質、例えば、抗体に結合できる任意の化学基または部分を指す。標識は、物質の高感度検出または定量に好適である検出可能な標識である。検出可能な標識の非限定的な例としては、発光標識、例えば、蛍光、燐光、化学発光、生物発光および電気化学発光標識、放射性標識、酵素、粒子、磁性体、電気活性種などが挙げられるが、これらに限定されない。あるいは、検出可能な標識は、特異的結合反応に関与することによってその存在を知らせることができる。そのような標識の非限定的な例としては、ハプテン、抗体、ビオチン、ストレプトアビジン、ｈｉｓタグ、ニトリロ三酢酸、グルタチオンＳ－トランスフェラーゼ、グルタチオンなどが挙げられる。

「モノクローナル抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、実質的に均質な抗体の集団から得られた抗体を指し、すなわち、集団を構成する個々の抗体は同一であり、および／または同じエピトープに結合し、例えば、天然に存在する突然変異を含有するか、もしくはモノクローナル抗体調製物の産生中に生じる可能性のある変異体抗体（そのような変異体は一般に微量で存在する）を除く。異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を典型的に含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対する。したがって、「モノクローナル」という修飾語は、抗体の実質的に均一な集団から得られるという抗体の特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とすると解釈されるべきではない。例えば、本発明に開示される主題に従って使用されるモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ法、組換えＤＮＡ法、ファージディスプレイ法、およびヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部または一部を含有するトランスジェニック動物を利用する方法が挙げられるが、これらに限定されない、様々な技術によって作製することができ、そのような方法およびモノクローナル抗体を作製するための他の例示的な方法は、本明細書に記載されている。

「自然抗体」とは、様々な構造を有する天然に存在する免疫グロブリン分子を指す。例えば、天然ＩｇＧ抗体は、ジスルフィド結合した２つの同一の軽鎖および２つの同一の重鎖から構成される、約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。Ｎ末端からＣ末端に向かって、各重鎖は、可変重鎖ドメインまたは重鎖可変ドメインとも呼ばれる、可変領域（ＶＨ）、それに続く３つの定常ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３）を有する。同様に、Ｎ末端からＣ末端に向かって、各軽鎖は、可変軽鎖ドメインまたは軽鎖可変ドメインとも呼ばれる、可変領域（ＶＬ）、それに続く定常軽鎖（ＣＬ）ドメインを有する。抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）およびラムダ（λ）と呼ばれる２つのタイプのいずれかに割り当てることができる。

「核酸分子」または「ポリヌクレオチド」という用語は、ヌクレオチドのポリマーを含む任意の化合物および／または物質を含む。各ヌクレオチドは、塩基、具体的にはプリン塩基またはピリミジン塩基（すなわち、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）またはウラシル（Ｕ））、糖（すなわち、デオキシリボースまたはリボース）、およびリン酸基から構成される。多くの場合、核酸分子は塩基の配列によって記述され、それにより、当該塩基は核酸分子の一次構造（線状構造）を表す。塩基の配列は、典型的には、５’から３’に向かって表される。本明細書において、核酸分子という用語は、例えば、相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）およびゲノムＤＮＡを含むデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、特にメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、ＤＮＡまたはＲＮＡの合成形態、ならびにこれらの分子の２つ以上を含む混合ポリマーを包含する。核酸分子は、線状または環状であり得る。加えて、核酸分子という用語は、センスおよびアンチセンス鎖の両方、ならびに一本鎖および二本鎖形態を含む。さらに、本明細書に記載される核酸分子は、天然または非天然のヌクレオチドを含有することができる。非天然ヌクレオチドの例としては、誘導体化された糖またはリン酸骨格結合または化学的に修飾された残基を有する修飾ヌクレオチド塩基が挙げられる。核酸分子はまた、ｉｎｖｉｔｒｏおよび／またはｉｎｖｉｖｏでの、例えば、宿主または患者での本開示の抗体の直接発現のためのベクターとして好適である、ＤＮＡおよびＲＮＡ分子を包含する。そのようなＤＮＡ（例えば、ｃＤＮＡ）またはＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ベクターは、非修飾であり得るかまたは修飾され得る。例えば、ｍＲＮＡを化学的に修飾して、ＲＮＡベクターの安定性および／またはコード化された分子の発現を増強させることで、ｍＲＮＡを対象に注射して、ｉｎｖｉｖｏで抗体を生成することができる（例えば、２０１７年６月１２日にオンラインで公開された、Ｓｔａｄｌｅｒｅｔａｌ．，ＮａｔｕｒｅＭｅｄｉｃｉｎｅ２０１７、ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｍ．４３５６または欧州特許第２１０１８２３Ｂ１号を参照されたい）。

「精製された」ポリペプチド（例えば、抗体）は、本明細書で使用される場合、その天然環境に存在するよりも、それがより純粋な形態で存在するように、ならびに／または実験室条件下で最初に合成および／もしくは増幅された場合に、純度が高められたポリペプチドを指す。純度は相対的な用語であり、必ずしも絶対的な純度を意味するわけではない。

「添付文書」という用語は、本明細書で使用される場合、包装の構成要素の使用に関する情報を含む市販の包装に慣例的に含まれる説明書を指す。

参照ポリペプチド配列に関する「アミノ酸配列同一性パーセント（％）」は、配列アライメントを行い、必要であれば、最大の配列同一性パーセントを達成するためにギャップを導入した後、参照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一であり、いかなる保存的置換も配列同一性の一部として考慮しない、候補配列中のアミノ酸残基の割合として定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定する目的のためのアラインメントは、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮ、またはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどの一般に公開されているコンピュータソフトウェアを使用して、当該技術分野の技能範囲内である様々な方法で達成することができる。当業者は、比較される配列の完全長に対して最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、配列アラインメントを行うための適切なパラメータを決定することができる。しかしながら、本明細書の目的のために、アミノ酸配列同一性％値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ－２を使用して生成される。ＡＬＩＧＮ－２配列比較コンピュータプログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．によって作成され、ソースコードは、米国著作権局、ＷａｓｈｉｎｇｔｏｎＤ．Ｃ．，２０５５９にユーザドキュメントと共に提出され、ここで米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７で登録されている。ＡＬＩＧＮ－２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．，ＳｏｕｔｈＳａｎＦｒａｎｃｉｓｃｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａから公に入手可能であるか、またはソースコードからコンパイルすることができる。ＡＬＩＧＮ－２プログラムは、デジタルＵＮＩＸＶ４．０Ｄを含むＵＮＩＸオペレーティングシステムで使用するためにコンパイルする必要がある。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ－２プログラムによって設定され、変化しない。

ＡＬＩＧＮ－２がアミノ酸配列比較に使用される状況では、所与のアミノ酸配列Ａ対所与のアミノ酸配列Ｂ、所与のアミノ酸配列Ａの所与のアミノ酸配列Ｂとの、または所与のアミノ酸配列Ａの所与のアミノ酸配列Ｂに対してアミノ酸配列同一性％（あるいは、対所与のアミノ酸配列Ｂ、所与のアミノ酸配列Ｂとの、または所与のアミノ酸配列Ｂに対してある特定のアミノ酸配列同一性％を有するまたは含む所与のアミノ酸配列Ａと言い換えることができる）は、以下のように計算され：
１００×分数Ｘ／Ｙ
式中、Ｘは配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ－２によってＡとＢのプログラムのアラインメントで完全な一致としてスコア付けされたアミノ酸残基の数であり、ＹはＢのアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、Ｂに対するＡのアミノ酸配列同一性％は、Ａに対するＢのアミノ酸配列同一性％と等しくないことが理解されたい。別段の明確な記載がない限り、本明細書で使用される全てのアミノ酸配列同一性％値は、ＡＬＩＧＮ－２コンピュータプログラムを使用して、直前の段落で説明したように得られる。

本明細書で交換可能に使用される「ポリペプチド」および「タンパク質」という用語は、任意の長さのアミノ酸のポリマーを指す。ポリマーは、線状または分岐状であってもよく、修飾アミノ酸を含んでいてもよく、また非アミノ酸によって中断されていてもよい。この用語はまた、自然にまたは介入、例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化、または標識成分とのコンジュゲーションなどの任意の他の操作もしくは修飾によって修飾されたアミノ酸ポリマーを包含する。また、例えば、アミノ酸の１つ以上の類似体（例えば、非天然アミノ酸などを含む）、ならびに当該技術分野において既知の他の修飾を含有するポリペプチドも、この定義の範囲内に含まれる。「ポリペプチド」および「タンパク質」という用語は、本明細書で使用される場合、具体的には、抗体を包含する。

本明細書で使用される場合、「組換えタンパク質」という用語は、一般に、遺伝子操作されたペプチドおよびタンパク質を指す。ある特定の実施形態では、そのような組換えタンパク質は、「異種」であり、すなわち、利用される細胞に対して外来性である。

「試料」は、本明細書で使用される場合、大量の材料のごく一部を指す。ある特定の実施形態では、試料としては、培養細胞、細胞上清、細胞溶解物、血清、血漿、生体液（例えば、血液、血漿、血清、便、尿、リンパ液、腹水、管洗浄液、唾液および脳脊髄液）ならびに組織試料が挙げられるが、これらに限定されない。試料の供給源は、固形組織（例えば、新鮮な、凍結した、および／もしくは保存された臓器、組織試料、生検または吸引物から）、血液もしくは任意の血液成分、体液（例えば、尿、リンパ、脳脊髄液、羊水、腹水もしくは間質液など）、または循環細胞を含む個体由来の細胞であり得る。

「可変領域」または「可変ドメイン」という用語は、抗体の抗原への結合に関与する抗体の重鎖または軽鎖のドメインを指す。自然抗体の重鎖および軽鎖の可変ドメイン（それぞれ、ＶＨおよびＶＬ）は、一般に、類似の構造を有し、各ドメインは、４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）と３つの超可変領域（ＣＤＲ）とを含む。（例えば、Ｋｉｎｄｔｅｔａｌ．，ＫｕｂｙＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，６^ｔｈｅｄ．，Ｗ．Ｈ．ＦｒｅｅｍａｎａｎｄＣｏ．，ｐａｇｅ９１（２００７）を参照されたい。）単一のＶＨまたはＶＬドメインは、抗原結合特異性を付与するために十分であり得る。さらに、特定の抗原に結合する抗体は、抗原に結合する抗体からＶＨまたはＶＬドメインを使用して単離し、それぞれ相補的なＶＬまたはＶＨドメインのライブラリーをスクリーニングしてもよい。例えば、Ｐｏｒｔｏｌａｎｏｅｔａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５０：８８０－８８７（１９９３）；Ｃｌａｒｋｓｏｎｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ３５２：６２４－６２８（１９９１）を参照されたい。

ＩＩ．方法
本開示の主題は、抗薬剤抗体（ＡＤＡ）の産生を誘発する、治療薬、例えば、ポリペプチドまたはその断片を含む組成物の傾向を決定するための方法を提供する。ある特定の実施形態では、本開示の方法は、ＡＤＡの産生を誘発する、抗体もしくはその断片または抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を含む組成物の傾向を決定するために使用することができる。本開示は、本明細書に開示される方法を実施するためのキットも提供する。

ある特定の実施形態では、本開示の方法は、親ポリペプチド、例えば、親抗体と比較してＡＤＡの産生を誘発する傾向が低減したポリペプチド変異体、例えば、抗体変異体を同定するために使用することができる。ある特定の実施形態では、本明細書に開示される方法は、新たに開発されたポリペプチド、例えば、抗体を分析するために使用することができる。例えば、限定するものではないが、本明細書に開示される方法は、同じ抗原に特異的に結合する多数のレパートリーのポリペプチドからＡＤＡを誘発する傾向が低いポリペプチド、例えば、抗体を同定するために使用することができる。ある特定の実施形態では、本開示の方法は、臨床試験の前に、新たに開発されたポリペプチド、例えば、抗体の免疫原性の可能性を決定するために使用することができる。ある特定の実施形態では、本発明に開示される方法は、ポリペプチド、例えば、抗体の凝集体の免疫原性可能性を決定するために使用することができる。ある特定の実施形態では、本発明に開示される方法は、抗体の配列変異体、例えば、抗体の製造および／または産生中に生じるものの免疫原性を分析するために使用することができる。ある特定の実施形態では、本発明に開示される方法は、ネオアンチゲンの免疫原性を分析するために使用することができる。ある特定の実施形態では、本発明に開示される方法は、ペプチドの免疫原性を分析するために使用することができる。

ある特定の実施形態では、本開示の方法は、リンパ球を組成物の存在下で培養して、刺激リンパ球を生成することを含み得る。ある特定の実施形態では、本方法は、リンパ球を組成物の非存在下で培養して、非刺激リンパ球を生成することをさらに含み得る。例えば、限定されるものではないが、リンパ球は、組成物の存在下で、例えば、約２４～約７２時間培養され得る。ある特定の実施形態では、リンパ球は、ポリペプチドの存在下で、約１２時間～約７２時間、約１２時間～約６０時間、約１２時間～約４８時間、約１２時間～約２４時間、約２４時間～約７２時間、約２４時間～約６０時間、約２４時間～約４８時間、約４８時間～約７２時間、または約４８時間～約６０時間培養することができる。ある特定の実施形態では、リンパ球は、組成物の存在下で、約４８時間以下にわたって培養することができる。

本発明に開示される方法で使用されるリンパ球の濃度は、使用される培養皿および／またはプレートのサイズに依存し得る。例えば、限定されるものではないが、リンパ球は、例えば、２４ウェルプレートおよび／または９６ウェルプレートにおいて、約１×１０^５～約１×１０^７細胞／ｍｌ、例えば、約２×１０^６細胞／ｍｌの濃度で使用することができる。ある特定の実施形態では、使用されるリンパ球の数は、約１×１０^５～約９×１０^６細胞、約３×１０^５～約８×１０^６細胞、約３×１０^５～約７×１０^６細胞、約４×１０^５～約６×１０^６細胞、約５×１０^５～約５×１０^６細胞、約６×１０^５～約４×１０^６細胞、約７×１０^５～約３×１０^６細胞、約８×１０^５～約２×１０^６細胞、約９×１０^５～約２×１０^６細胞、または約９×１０^５～約１×１０^６細胞であり得る。ある特定の実施形態では、約１×１０^６細胞のリンパ球が使用される。ある特定の実施形態では、使用されるリンパ球の数は、約１×１０^５細胞～約３×１０^５細胞であり得、例えば、約２×１０^５細胞のリンパ球が使用される。ある特定の実施形態では、リンパ球は、約０．１×１０^６細胞／ｍｌ～約１×１０^６細胞／ｍｌ、例えば、約０．２×１０^６細胞／ｍｌ～約０．４×１０^６細胞／ｍｌの濃度で使用することができる。

本発明に開示される方法で使用するためのリンパ球は、細胞の表面上で主要組織適合性遺伝子複合体（ＭＨＣ）と複合体形成する抗体と相互作用し得る任意の細胞を含む。例えば、限定されるものではないが、リンパ球は、Ｔ細胞を含み得る。例えば、限定されるものではないが、リンパ球の少なくとも約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％は、Ｔ細胞である。ある特定の実施形態では、リンパ球の少なくとも約２０％、例えば、少なくとも約３０％は、Ｔ細胞、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞である。ある特定の実施形態では、リンパ球は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）をさらに含み得る。

ある特定の実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ８－である。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ４＋である。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ４＋ＣＤ８－である。例えば、限定されるものではないが、Ｔ細胞の少なくとも約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％は、ＣＤ８－、ＣＤ４＋またはＣＤ４＋ＣＤ８－細胞である。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞の少なくとも約２０％、例えば、少なくとも約３０％は、ＣＤ８－、ＣＤ４＋またはＣＤ４＋ＣＤ８－細胞である。

リンパ球の非限定的な供給源としては、ドナーから単離された末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）が挙げられる。ある特定の実施形態では、ＰＢＭＣは、ドナーの試料から、例えば、ドナーの血液試料から単離される。ＰＢＭＣは、当該技術分野において既知の任意の方法、例えば、密度勾配遠心分離法によって、ドナーの試料から単離され得る。ある特定の実施形態では、ＰＢＭＣは、最初に、ドナーの試料から単離され、次いで、ＣＤ８－細胞、例えば、ＣＤ８－Ｔ細胞を単離および／または選択するために、ＣＤ８陰性選択に供される。ある特定の実施形態では、ＰＢＭＣは、ＰＢＭＣ細胞株であり得る。ある特定の実施形態では、リンパ球は、Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８－Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ４＋ＣＤ８－Ｔ細胞を含み得る。ある特定の実施形態では、リンパ球は、幹細胞またはｉＰＳＣ細胞から分化させることができる。例えば、限定されるものではないが、リンパ球は、幹細胞またはｉＰＳＣ細胞から分化させた、Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８－Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ４＋ＣＤ８－Ｔ細胞であり得る。ある特定の実施形態では、限定されるものではないが、樹状細胞、マクロファージおよびＢ細胞が挙げられるＡＰＣは、ＰＢＭＣから単離することができ、以下に論じるように、目的の組成物および／またはＴ細胞の存在下でＡＰＣを培養することを含む方法で使用することができる。代替的におよび／または追加的に、ＰＢＭＣから得られるリンパ球は、Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８－Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ４＋ＣＤ８－Ｔ細胞、および本明細書に開示される方法で使用するためのＡＰＣを含むことができる。

ある特定の実施形態では、本開示の方法は、組成物への曝露の前に、ＣＤ１４＋細胞をＰＢＭＣから単離することを含み得る。例えば、限定されるものではないが、ＣＤ１４＋細胞は単離され、例えば、ＧＭ－ＣＳＦおよび／またはＩＬ－４への曝露によって、ＡＰＣ、例えば、樹状細胞、例えば、未成熟樹状細胞に分化させるように誘導され、その後、組成物の存在下で培養されて、刺激ＡＰＣ、例えば、刺激成熟樹状細胞を生成することができる。ある特定の実施形態では、ＡＰＣ、例えば、未成熟樹状細胞は、組成物と、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＬ４、ＴＮＦ－α、ＩＬ－１β、ＩＬ６および／またはＰＧＥ２の存在下で培養され、刺激ＡＰＣ、例えば、刺激成熟樹状細胞を生成することができる。刺激ＡＰＣ、例えば、単球由来樹状細胞は、次いで、Ｔ細胞、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞および／またはＣＤ４＋ＣＤ８－Ｔ細胞と共に培養することができ、Ｔ細胞活性化をアッセイすることができる。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞は、以下に論じられるように、ＰＢＭＣから単離することができる。ある特定の実施形態では、ＡＰＣおよびＴ細胞は、同じＰＢＭＣ試料または集団から単離することができる。ある特定の実施形態では、ＡＰＣおよびＴ細胞は、同じドナーから単離することができる。ある特定の実施形態では、ＡＰＣをＴ細胞の非存在下で組成物と共に培養し、続いてＡＰＣをＴ細胞と共にその後培養することにより、組成物によるＴ細胞の直接活性化に起因するアッセイ干渉の可能性を回避することができる。

ある特定の実施形態では、リンパ球は、約１０μｇ／ｕｌ～約１，０００μｇ／ｍｌの組成物と共に、例えば、約１００μｇ／ｍｌの組成物と共に培養される。例えば、限定されるものではないが、組成物は、約３０μｇ／ｍｌ～約１，０００μｇ／ｍｌ、約４０μｇ／ｍｌ～約１，０００μｇ／ｍｌ、約５０μｇ／ｍｌ～約１，０００μｇ／ｍｌ、約６０μｇ／ｍｌ～約１，０００μｇ／ｍｌ、約７０μｇ／ｍｌ～約１，０００μｇ／ｍｌ、約８０μｇ／ｍｌ～約１，０００μｇ／ｍｌ、約９０μｇ／ｍｌ～約１，０００μｇ／ｍｌ、約１０μｇ／ｍｌ～約９００μｇ／ｍｌ、約１０μｇ／ｍｌ～約８００μｇ／ｍｌ、約１０μｇ／ｍｌ～約７００μｇ／ｍｌ、約１０μｇ／ｍｌ～約６００μｇ／ｍｌ、約１０μｇ／ｍｌ～約５００μｇ／ｍｌ、約１０μｇ／ｍｌ～約４００μｇ／ｍｌ、約１０μｇ／ｍｌ～約３００μｇ／ｍｌ、約１０μｇ／ｍｌ～約２００μｇ／ｍｌ、約５０μｇ／ｍｌ～約１５０μｇ／ｍｌ、または約７５μｇ／ｍｌ～約１２５μｇ／ｍｌの濃度で使用することができる。ある特定の実施形態では、リンパ球は、約１００μｇ／ｍｌの組成物と共に培養される。ある特定の実施形態では、リンパ球は、Ｔ細胞、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞および／またはＣＤ４＋ＣＤ８－Ｔ細胞であり得、これらは組成物と共に培養される。ある特定の実施形態では、リンパ球は、Ｔ細胞およびＡＰＣを含むことができ、これらは組成物と共に培養される。代替的におよび／または追加的に、本方法は、ＡＰＣ、例えば、樹状細胞、マクロファージおよび／またはＢ細胞を、目的の組成物およびリンパ球、例えばＴ細胞の存在下で培養することを含み得る。ある特定の実施形態では、本方法は、樹状細胞を、目的の組成物およびリンパ球、例えばＴ細胞の存在下で培養することを含み得る。ある特定の実施形態では、本方法は、単離されたＡＰＣ、例えば、樹状細胞、マクロファージおよび／またはＢ細胞を、目的の組成物の存在下であるが、Ｔ細胞の非存在下で培養することを含み得る。ある特定の実施形態では、本方法は、単離された樹状細胞を、目的の組成物の存在下であるが、Ｔ細胞の非存在下で培養することを含み得る。

ある特定の実施形態では、本方法は、ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激リンパ球の割合を決定することを、さらに含み得る。ある特定の実施形態では、本方法は、ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する非刺激リンパ球の割合を決定することを含み得る。ある特定の実施形態では、本方法は、そのような細胞が生きているかどうかを決定することを含み得る。ある特定の実施形態では、非刺激リンパ球および／または刺激リンパ球の量を決定することは、（ｉ）リンパ球、例えば、Ｔ細胞を、ＣＤ４、ＣＤ１３４および／またはＣＤ１３７に結合する１つ以上の検出薬剤と接触させることと、（ｉｉ）１つ以上の検出薬剤に結合しているリンパ球、例えばＴ細胞の数を決定することとを含む。

ある特定の実施形態では、本明細書に開示される方法で使用するための検出薬剤は、抗体（本明細書では、「検出抗体」とも称される）である。ある特定の実施形態では、検出薬剤は、開示される方法によって分析されるポリペプチドに特異的に結合し、例えば、検出薬剤は、ポリペプチドまたはその断片上に存在するエピトープに特異的に結合する。ある特定の実施形態では、検出薬剤は、ＣＤ４に結合する抗体である。ある特定の実施形態では、検出薬剤は、ＣＤ１３４に結合する抗体である。ある特定の実施形態では、検出薬剤は、ＣＤ１３７に結合する抗体である。ある特定の実施形態では、本明細書に開示されるアッセイ法で使用される検出薬剤は、約０．０５μｇ／ｍｌ～約５μｇ／ｍｌ、例えば、約１μｇ／ｍｌの濃度で使用することができる。

ある特定の実施形態では、開示される方法で使用するための検出薬剤、例えば、検出抗体は、標識され得る。標識としては、蛍光標識、発色団標識、電子高密度標識、化学発光標識、および放射性標識などの直接的に検出される標識または部分、ならびに、例えば、酵素反応または分子相互作用を通して間接的に検出される酵素またはリガンドなどの部分が挙げられるが、これらに限定されない。標識の非限定的な例としては、放射性同位体^３２Ｐ、^１４Ｃ、^１２５Ｉ、^３Ｈおよび^１３１Ｉ、希土類キレートまたはフルオレセインおよびその誘導体などのフルオロフォア、ローダミンおよびその誘導体、ダンシル、ウンベリフェロン、ルシフェラーゼ、例えば、ホタルルシフェラーゼおよび細菌ルシフェラーゼ（米国特許第４，７３７，４５６号を参照されたい）、ルシフェリン、２，３－ジヒドロフタラジンジオン、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ、β－ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、糖類オキシダーゼ、例えば、グルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ、およびグルコース－６－リン酸デヒドロゲナーゼ、ＨＲＰなどの色素前駆体を酸化するために過酸化水素を利用する酵素と結合したウリカーゼおよびキサンチンオキシダーゼなどの複素環式オキシダーゼ、ラクトペルオキシダーゼまたはミクロペルオキシダーゼ、ビオチン／アビジン、スピン標識、バクテリオファージ標識、安定なフリーラジカルなどが挙げられる。ある特定の実施形態では、検出薬剤、例えば、抗体は、フルオロフォアで標識される。

ある特定の実施形態では、１つ以上の検出薬剤で標識された、細胞、例えば、リンパ球の数を決定することは、検出薬剤を検出することができる任意の方法によって実施される。ある特定の実施形態では、検出薬剤は、検出薬剤の標識、例えば、蛍光標識を監視することによって検出することができる。ある特定の実施形態では、１つ以上の検出薬剤で標識された細胞のリンパ球の数を決定することは、フローサイトメトリーによって実施される。

ある特定の実施形態では、本方法は、刺激指数値を計算することをさらに含む。ある特定の実施形態では、刺激指数値は、刺激リンパ球の割合を、非刺激リンパ球の割合で割ることによって決定することができる。代替的にまたは追加的に、刺激指数値は、外れ値合計分析によって、または線形回帰によって決定することができる。ある特定の実施形態では、刺激指数値は、刺激リンパ球の最大値または平均値を、非刺激リンパ球の最大値または平均値で割ることによって決定することができる。

ある特定の実施形態では、本方法は、刺激指数値を参照刺激指数と比較することを含み得る。ある特定の実施形態では、刺激指数値が参照刺激指数値を超える場合、そのポリペプチドは、参照物よりもＡＤＡの産生を誘発する傾向が大きいあるいは、ポリペプチドの刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、そのポリペプチドは、例えば、臨床設定において、参照物よりもＡＤＡの産生を誘発する傾向が小さい。

ある特定の実施形態では、参照刺激指数は、例えば、臨床設定において、ＡＤＡの産生を誘発するための既知の傾向を示している。ある特定の実施形態では、参照刺激指数は、約１．０～約４．０、例えば、約１．０～約３．０、約１．１～約２．０、約１．２～約２．０、約１．３～約２．０、約１．４～約２．０、約１．５～約２．０、約１．６～約２．０、約１．７～約２．０、約１．８～約２．０、または約１．８～約３．０である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数は、約１．５～約２．０である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数は、約１．６～約１．８である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約１．６以上である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約１．７以上である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約１．８以上である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約１．９以上である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約２．０以上である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約２．１以上である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約２．２以上である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約２．３以上である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約２．４以上である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約２．５以上である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約２．６以上である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約２．７以上である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約２．８以上である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約２．９以上である。ある特定の実施形態では、参照刺激指数値は、約３．０以上である。

ある特定の実施形態では、参照刺激指数は、例えば、臨床設定において、ＡＤＡの産生を誘発する傾向が低い組成物（例えば、参照組成物）によって生じる値である。例えば、限定されるものではないが、参照組成物は、臨床設定においてＡＤＡの産生を誘発しないことが示されているか、または臨床設定においてＡＤＡの産生を誘発する傾向が低い抗体であり得る。代替的にまたは追加的に、参照刺激指数は、ＡＤＡの産生を誘発することが示されている組成物（例えば、参照組成物）の刺激指数であり得る。例えば、限定されるものではないが、参照組成物は、臨床設定においてＡＤＡの産生を誘発することが示されている抗体であり得る。ある特定の実施形態では、参照組成物は、図および／または実施例のうちのいずれか１つに開示される抗体であり得る。代替的にまたは追加的に、抗体変異体に関して、参照刺激指数は、親抗体の刺激指数であり得る。ある特定の実施形態では、二重特異性抗体に関して、参照刺激指数は、親抗体のうちの１つの刺激指数であり得る。

ある特定の実施形態では、本開示の方法は、（ｉ）リンパ球を組成物の存在下で培養して、刺激リンパ球を生成することと、（ｉｉ）リンパ球を組成物の非存在下で培養して、非刺激リンパ球を生成することと、（ｉｉｉ）ＣＤ４＋であり、かつ（ａ）ＣＤ１３４、（ｂ）ＣＤ１３７、または（ｃ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激リンパ球の割合を決定することと、（ｉｖ）ＣＤ４＋であり、かつ（ａ）ＣＤ１３４、（ｂ）ＣＤ１３７、または（ｃ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する非刺激リンパ球の割合を決定することと、（ｖ）刺激指数値を計算することと、を含み得る。ある特定の実施形態では、（ｖ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより大きい。ある特定の実施形態では、（ｖ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより少ない。

ある特定の実施形態では、本開示の方法は、ＡＰＣ、例えば、ＣＤ１４＋ＡＰＣを、組成物の存在下で、かつＣＤ４＋リンパ球、例えばＴ細胞の非存在下で培養することを含み得る。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、そのようなＡＰＣの組成物との培養の前に、ＰＢＭＡから単離される。ある特定の実施形態では、本方法はまた、ＡＰＣ、例えば、単離されたＡＰＣを、組成物の非存在下で、かつＣＤ４＋リンパ球、例えばＴ細胞の非存在下で培養することを含み得る。ある特定の実施形態では、本方法は、ＣＤ４＋リンパ球、例えばＴ細胞を、組成物の存在下で前に培養したＡＰＣと共培養して、刺激ＣＤ４＋リンパ球、例えば刺激Ｔ細胞を生成することをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、本方法は、ＣＤ４＋リンパ球、例えばＴ細胞を、組成物の非存在下で前に培養したＡＰＣと共培養して、非刺激ＣＤ４＋リンパ球、例えば非刺激Ｔ細胞を生成することをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、ＣＤ４＋リンパ球、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞および／またはＣＤ４＋ＣＤ８－Ｔ細胞は、ＰＢＭＣから単離される。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞およびＡＰＣは、同じＰＢＭＣ集団から単離される。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞、例えばＣＤ４＋Ｔ細胞、およびＡＰＣ、例えばＣＤ１４＋ＡＰＣは、自家である。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは樹状細胞である。

ある特定の実施形態では、本開示の方法は、（ｉ）ＡＰＣを組成物の存在下で培養して、組成物の抗原を表示するＡＰＣを産生することと、（ｉｉ）ＡＰＣを組成物の非存在下で培養して、組成物の抗原を提示しないＡＰＣを産生することと、（ｉｉｉ）（ｉ）のＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共培養することと、（ｉｖ）（ｉｉ）のＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共培養することと、（ｖ）ＣＤ４＋リンパ球の割合を、ＣＤ４＋であり、かつ（ａ）ＣＤ１３４、（ｂ）ＣＤ１３７、または（ｃ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する（ｉｉｉ）の共培養物から決定することと、（ｖｉ）Ｔ細胞の割合を、ＣＤ４＋であり、かつ（ａ）ＣＤ１３４、（ｂ）ＣＤ１３７、または（ｃ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する（ｉｖ）の共培養物から決定することと、（ｖｉｉ）刺激指数値を計算することと、を含み得る。ある特定の実施形態では、本方法は、（ｖｉｉ）の刺激指数値を参照刺激指数値と比較することをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、（ｖｉｉ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより大きい。ある特定の実施形態では、（ｖｉｉ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより少ない。

ある特定の実施形態では、本方法は、２人以上のドナーから得られたリンパ球を用いて、組成物を分析することを含み得る。ある特定の実施形態では、本開示の方法は、（ｉ）個々のドナーに由来するリンパ球を目的に組成物と共に別々に培養して、刺激リンパ球を生成することと、（ｉｉ）個々のドナーに由来するリンパ球を組成物の非存在下で別々に培養して、非刺激リンパ球を生成することと、によって、ＡＤＡの産生を刺激する組成物の傾向を分析することを含み得る。

例えば、限定されるものではないが、本開示の方法と関連付けて使用されるリンパ球（例えば、ＰＢＭＣ、ＡＰＣ、および／またはＴ細胞）は、少なくとも２人以上、少なくとも３人以上、少なくとも４人以上、少なくとも５人以上、少なくとも６人以上、少なくとも７人以上、少なくとも８人以上、少なくとも９人以上、少なくとも１０人以上、少なくとも１５人以上、少なくとも２０人以上、少なくとも２５人以上、少なくとも３０人以上、少なくとも３５人以上、少なくとも４０人以上、または少なくとも４５人以上の個々のドナーに由来し得る。ある特定の実施形態では、そのようなリンパ球、例えば、ＰＢＭＣまたはＡＰＣは、目的の組成物と別々に培養され得る。ある特定の実施形態では、約２０人～約５０人のドナーに由来するリンパ球を使用することができ、例えば、目的の組成物と別々に培養することができる。ある特定の実施形態では、約３５人～約４５人のドナーに由来するリンパ球を別々に使用することができ、例えば、目的の組成物と培養することができる。ある特定の実施形態では、個々のドナーに由来するリンパ球は、Ｔ細胞、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞および／またはＣＤ４＋ＣＤ８－Ｔ細胞であり得、これらは組成物と共に培養される。ある特定の実施形態では、個々のドナーに由来するリンパ球は、Ｔ細胞およびＡＰＣを含むことができ、これらは組成物と共に培養される。代替的におよび／または追加的に、本方法は、ＡＰＣ、例えば、樹状細胞、マクロファージおよび／またはＢ細胞を、目的の組成物および個々のドナーに由来するリンパ球、例えばＴ細胞の存在下で培養することを含み得る。

ある特定の実施形態では、本方法は、（ａ）ＣＤ４＋であり、かつ（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する個々のドナーからの刺激リンパ球の割合を決定することと、（ｂ）ＣＤ４＋であり、かつ（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現するドナーからの非刺激リンパ球の割合を決定することと、をさらに含み得る。

ある特定の実施形態では、本方法は、（ａ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、（ｂ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、非刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、をさらに含み得る。

ある特定の実施形態では、個々のドナーの各々についての刺激指数値は、例えば、個々のドナーの刺激リンパ球の割合を、その個々のドナーの非刺激リンパ球の割合で割ることによって、決定することができる。

ある特定の実施形態では、個々のドナーの各々についての刺激指数値は、例えば、個々のドナーの（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋細胞の割合を、その個々のドナーの（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、非刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合で割ることによって、決定することができる。

ある特定の実施形態では、本方法はまた、ドナーの刺激指数値が参照値の刺激指数値以上である反応性リンパ球ドナーの数およびドナーの刺激指数値が参照刺激指数値未満である非反応性リンパ球ドナーの数を計算することを含む。ある特定の実施形態では、反応性ドナーの数がドナーの総数の３０％を超える場合、その組成物は、抗体の産生を誘発する傾向が高い。あるいは、反応性ドナーの数がドナーの総数の２０％未満である場合、その組成物は、抗体の産生を誘発する傾向が低い。

本開示は、ネオアンチゲンの、当該ネオアンチゲンに対する免疫応答を誘発する傾向を決定するための方法をさらに提供する。ある特定の実施形態では、本方法は、（ａ）リンパ球をネオアンチゲンの存在下で培養して、刺激リンパ球を生成することと、（ｂ）リンパ球をネオアンチゲンの非存在下で培養して、非刺激リンパ球を生成することと、（ｃ）ＣＤ４＋であり、かつ（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激リンパ球の割合を決定することと、（ｄ）ＣＤ４＋であり、かつ（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する非刺激リンパ球の割合を決定することと、（ｅ）刺激指数値を計算すること（例えば、（ｃ）で決定された刺激リンパ球の割合を、（ｄ）で決定された非刺激リンパ球の割合で割ることによって）と、を含む。ある特定の実施形態では、（ｅ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、そのネオアンチゲンは、当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより大きく、（ｅ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、そのネオアンチゲンは、当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより小さい。ある特定の実施形態では、ネオアンチゲンは、ＭＨＣ分子、例えば、ＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体で存在する。例えば、限定されるものではないが、ネオアンチゲンは、ＭＧＣクラスＩＩ分子と複合体を形成することができる。

本開示は、ネオアンチゲンの、ネオアンチゲンに対する免疫応答を誘発する傾向を決定するための方法をさらに提供する。ある特定の実施形態では、方法は、（ａ）ＡＰＣを、ネオアンチゲンの存在下で培養して、刺激ＡＰＣを生成することと、（ｂ）ＡＰＣを、ネオアンチゲンの非存在下で培養して、非刺激ＡＰＣを生成することと、（ｃ）刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に、非刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に別々に培養することと、（ｄ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、（ｅ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、非刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、（ｆ）刺激指数値を計算すること（例えば、（ｄ）で決定された刺激リンパ球の割合を、（ｅ）で決定された非刺激リンパ球の割合で割ることによって）と、を含む。ある特定の実施形態では、（ｆ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、そのネオアンチゲンは、当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより大きく、（ｆ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、そのネオアンチゲンは、当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより小さい。ある特定の実施形態では、ネオアンチゲンは、ＭＨＣ分子、例えば、ＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体で存在する。例えば、限定されるものではないが、ネオアンチゲンは、ＭＨＣクラスＩＩ分子と複合体を形成することができる。

ＩＩＩ．組成物
本開示は、ＡＤＡの産生を誘発する組成物の傾向を決定するための方法を提供する。開示された方法によって分析することができるそのような組成物の非限定的な例が、以下に提供されている。例えば、限定されるものではないが、本明細書に開示される方法のいずれかを使用してアッセイされる組成物は、ポリペプチドまたはポリペプチドの断片、例えば、ペプチドを含み得る。ある特定の実施形態では、組成物は、抗体またはその断片、例えば、ヒト、ヒト化またはキメラ抗体を含み得る。ある特定の実施形態では、組成物は、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を含み得る。ある特定の実施形態では、抗体は、単一ドメイン抗体であり得る。ある特定の実施形態では、組成物は、ネオアンチゲンまたはネオアンチゲンを含有する複合体を含み得る。ある特定の実施形態では、組成物は、ネオアンチゲンに特異的である抗体である。

１．ポリペプチドおよびペプチド
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される方法によって分析される組成物は、ペプチドもしくはタンパク質またはその断片を含み得る。

ある特定の実施形態では、組成物は、タンパク質またはその断片であり得る。ある特定の実施形態では、タンパク質は、少なくとも約１５～１００ｋＤ、例えば、約１５ｋＤにより近い分子量を有し得る。ある特定の実施形態では、タンパク質は、少なくとも約５０、約６０、約７０、約８０、約９０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００のアミノ酸、約１，０００のアミノ酸、約１，５００のアミノ酸、約２，０００のアミノ酸、約２，５００のアミノ酸、約３，０００のアミノ酸、約３５，０００のアミノ酸、または約４０，０００のアミノ酸を含むことができる。タンパク質の非限定的な例には、全てのタンパク質が含まれ、一般に、１つ以上の鎖間および／または鎖内ジスルフィド結合を含む多重鎖ポリペプチドを含む、１つ以上のジスルフィド結合を含有するタンパク質が挙げられる。ある特定の実施形態では、タンパク質、例えば、抗体は、グリコシル化および脂質化が挙げられるが、これらに限定されない、他の翻訳後修飾を含むことができる。例えば、その全体が参照により本明細書に援用される、Ｐｒａｂａｋａｒａｎｅｔａｌ．，ＷＩＲＥｓＳｙｓｔＢｉｏｌＭｅｄ（２０１２）を参照されたい。

ある特定の実施形態では、組成物は、ペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、ペプチドは、約３～５０のアミノ酸残基から構成することができる。ある特定の実施形態では、３～５０のアミノ酸残基は、より大きなポリペプチドもしくはタンパク質内で連続することができるか、またはより大きなポリペプチドもしくはタンパク質の一次配列内では不連続であるが、三次元空間では空間的に近い３～５０残基のグループであり得る。ある特定の実施形態では、ペプチドは、ペプチドの一部、完全なタンパク質もしくはポリペプチドの一部であることができ、タンパク質分解処理によってそのタンパク質もしくはポリペプチドから放出され得るか、またはタンパク質もしくはポリペプチドの一部のままであり得る。

ある特定の実施形態では、ペプチドは、３残基以上の長さ、４残基以上の長さ、５残基以上、６残基以上、７残基以上、８残基以上、９残基以上、１０残基以上、１１残基以上、１２残基以上、１３残基以上、１４残基以上、１５残基以上、１６残基以上、１７残基以上、１８残基以上、１９残基以上、２０残基以上、２１残基以上、２２残基以上、２３残基以上、２４残基以上、２５残基以上、２６残基以上、２７残基以上、２８残基以上、２９残基以上、３０残基以上、３１残基以上、３２残基以上、３３残基以上、３４残基以上、３５残基以上、３６残基以上、３７残基以上、３８残基以上、３９残基以上、４０残基以上、４１残基以上、４２残基以上、４３残基以上、４４残基以上、４５残基以上、４６残基以上、４７残基以上、４８残基以上、４９残基以上、または５０残基以上の長さを有することができる。ある特定の実施形態では、ペプチドは、３～５０残基、５～５０残基、３～４５残基、５～４５残基、３～４０残基、５～４０残基、３～３５残基、５～３５残基、３～３０残基、５～３０残基、３～２５残基、５～２５残基、３～２０残基、５～２０残基、３～１５残基、５～１５残基、３～１０残基、３～１０残基、５～１０残基、１０～１５残基、１５～２０残基、２０～２５残基、２５～３０残基、３０～３５残基、３５～４０残基、４０～４５残基または４５～５０残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは、約５～約３０残基の長さを有する。

ある特定の実施形態では、ペプチドは９残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは１０残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは１１残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは１２残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは１３残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは１４残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは１５残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは１６残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは１７残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは１８残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは９９残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは２０残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは２１残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは２２残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは２３残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは２４残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは２５残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは２６残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは２７残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは２８残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは２９残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチド、例えば、ペプチドは、３０残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは３１残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは３２残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは３３残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは３４残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは３５残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは３６残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは３７残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは３８残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは３９残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは４０残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは４１残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは４２残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは４３残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは４４残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは４５残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは４６残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは４７残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは４８残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは４９残基の長さを有する。ある特定の実施形態では、ペプチドは５０残基の長さを有する。

ある特定の実施形態では、タンパク質またはその断片は、本明細書に開示されるように、抗体またはその抗原結合断片であり得る。

ある特定の実施形態では、ペプチドは、本明細書に開示されるように、ネオアンチゲンであり得る。

２．抗体またはその断片
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される方法によって分析される組成物は、抗体またはその断片、例えば、モノクローナル抗体およびその断片を含む。例えば、限定されるものではないが、本開示の方法は、新たに開発および／または同定された抗体またはその断片の免疫原性の可能性を決定するために使用することができる。

抗体断片としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆｖ、およびｓｃＦｖ断片、ならびに以下に記載される他の断片が挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の抗体断片のレビューについては、Ｈｕｄｓｏｎｅｔａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）を参照されたい。ｓｃＦｖ断片のレビューについては、例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎの、ＴｈｅＰｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙｏｆＭｏｎｏｃｌｏｎａｌＡｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，ＲｏｓｅｎｂｕｒｇａｎｄＭｏｏｒｅｅｄｓ．，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ、ＮｅｗＹｏｒｋ），ｐｐ．２６９－３１５（１９９４）を参照されたく、また国際公開第９３／１６１８５号、ならびに米国特許第５，５７１，８９４号および同第５，５８７，４５８も参照されたい。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、増加したｉｎｖｉｖｏ半減期を有するＦａｂおよびＦ（ａｂ’）_２断片の論議については、米国特許第５，８６９，０４６号を参照されたい。抗体断片は、本明細書に記載されるような、インタクトな抗体のタンパク質分解消化、ならびに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）またはファージ）による産生が挙げられるが、これらに限定されない、様々な技術によって作製することができる。

ある特定の実施形態では、本明細書に開示される方法によって分析される組成物は、ダイアボディであり得る。ダイアボディは、二価または二重特異性であり得る２つの抗原結合部位を含む抗体断片である。例えば、欧州特許第４０４０９７号、国際公開第１９９３／０１１６１号；Ｈｕｄｓｏｎｅｔａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）；およびＨｏｌｌｉｎｇｅｒｅｔａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９０：６４４４－６４４８（１９９３）を参照されたい。トリアボディおよびテトラボディもまた、Ｈｕｄｓｏｎｅｔａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）にも記載されており、開示される方法によって分析することができる。

ある特定の実施形態では、開示される方法によって分析することができる抗体は、単一ドメイン抗体であり得る。単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全てもしくは一部または軽鎖可変ドメインの全てもしくは一部を含む、抗体断片である。ある特定の実施形態では、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（Ｄｏｍａｎｔｉｓ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ；例えば、米国特許第６，２４８，５１６Ｂ１号を参照されたい）。単一ドメイン抗体の追加の非限定的な例は、Ｉｅｚｚｉｅｔａｌ．，ＦｒｏｎｔＩｍｍｕｎｏｌ．９：２７３（２０１８）に開示されており、その内容は、参照によりその全体が本明細書に援用される。ある特定の実施形態では、抗体はハイブリボディ（ＨｙｂｒｉｇｅｎｉｃｓＳｅｒｖｉｃｅｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）である。

３．キメラ、ヒト化およびヒト抗体
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される方法によって分析される組成物は、キメラ抗体、例えば、ヒト化抗体を含む。例えば、限定されるものではないが、本発明に開示される方法は、例えば、親抗体または抗体の他のキメラ変形と比較してＡＤＡの産生を誘発する傾向が低いか、またはより低い抗体のキメラ変形を同定するために使用することができる。代替的にまたは追加的に、本開示の方法は、ＡＤＡの産生を誘発する傾向が低いキメラ抗体を同定するために使用することができる。

ある特定のキメラ抗体は、当該技術分野、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号、およびＭｏｒｒｉｓｏｎｅｔａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１－６８５５（１９８４））に記載されている。ある特定の実施形態では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、またはサルなどの非ヒト霊長類に由来する可変領域）およびヒト定常領域を含む。さらなる例では、キメラ抗体は、そのクラスまたはサブクラスが親抗体のものから変更された「クラススイッチ」抗体であり得る。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。

ある特定の実施形態では、キメラ抗体はヒト化抗体であり得る。典型的には、非ヒト抗体は、親非ヒト抗体の特異性および親和性を保持しながら、ヒトに対する免疫原性を低下させるためにヒト化される。一般に、ヒト化抗体は、ＣＤＲ、例えば、ＣＤＲ（またはその一部）が非ヒト抗体に由来し、ＦＲ（またはその一部）がヒト抗体配列に由来する１つ以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体はまた、任意選択で、ヒト定常領域の少なくとも一部も含む。ある特定の実施形態では、ヒト化抗体中のいくつかのＦＲ残基は、例えば、抗体の特異性または親和性を修復または改善するために、非ヒト抗体（例えば、そのＣＤＲ残基が由来する抗体）からの対応する残基で置換されている。

ある特定の実施形態では、本明細書に開示される方法によって分析される組成物は、ヒト抗体であり得る。例えば、限定されるものではないが、本発明に開示される方法は、ＡＤＡの産生を誘発する傾向が低いヒト抗体の産生を誘発する傾向が低いか、またはより低い抗体のキメラ変形を同定するために使用することができる。

４．ライブラリー由来の抗体
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される方法によって分析される組成物は、所望の活性（単数または複数）を有する抗体に対してコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離された抗体またはその断片を含むことができる。例えば、限定されるものではないが、本発明に開示される方法は、例えば、所望の結合特性を保有する、および／または同じ抗原に結合する他のライブラリー由来抗体と比較して、ＡＤＡの産生を誘発する傾向が低いか、またはより低いライブラリー由来の抗体を同定するために使用することができる。

ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体または抗体断片は、本明細書ではヒト抗体またはヒト抗体断片と見なされる。

５．多重特異性抗体
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される方法によって分析される組成物は、多重特異性抗体、例えば、二重特異性抗体を含むことができる。多重特異性抗体は、少なくとも２つの異なるエピトープに対して結合特異性を有するモノクローナル抗体である。二重特異性抗体は、完全長抗体または抗体断片として調製することができる。例えば、限定されるものではないが、本発明に開示される方法は、例えば、同じエピトープに結合する他の多重特異性抗体と比較して、ＡＤＡの産生を誘発する傾向が低いか、またはより低い多重特異性抗体を同定するために使用することができる。代替的にまたは追加的に、本開示の方法は、ＡＤＡの産生を誘発する傾向が低い多重特異性抗体を同定するために使用することができる。

ある特定の実施形態では、本発明に開示される方法は、例えば、他の抗体、例えば、多重特異性抗体と同じエピトープのうちの少なくとも１つに結合する単一特異性もしくは多重特異性抗体と比較して、ＡＤＡの産生を誘発する傾向が低いか、またはより低い多重特異性抗体、例えば、二重特異性抗体を同定するために使用することができる。

ある特定の実施形態では、本明細書に開示される方法によって分析される組成物は、Ｔ細胞に対する結合特異性を有する二重特異性抗体を含むことができる。例えば、限定されるものではないが、二重特異性抗体は、Ｔ細胞に結合する第１の抗原結合ドメイン、および第２のエピトープ、例えば、Ｔ細胞上には存在しないエピトープに対する第２の結合特異性を含むことができる。

「オクトパス抗体」を含む、３つ以上の機能性抗原結合部位を有する改変抗体も、開示された方法によって分析することができる（例えば、米国特許出願公開第２００６／００２５５７６Ａ１を参照されたい）。

６．イムノコンジュゲート
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される方法によって分析される組成物は、イムノコンジュゲート、例えば、化学療法剤もしくは薬物、増殖阻害剤、毒素（例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物もしくは動物起源の酵素的に活性な毒素、もしくはそれらの断片）または放射性同位体などの１つ以上の細胞傷害性剤にコンジュゲートした抗体を含む、イムノコンジュゲートを含むことができる。例えば、抗体または抗原結合部分は、別の抗体、抗体断片、ペプチドまたは結合模倣物などの１つ以上の他の結合分子に機能的に（例えば、化学結合、遺伝子融合、非共有結合などによって）連結することができる。

ある特定の実施形態では、イムノコンジュゲートは、抗体が、メイタンシノイド（米国特許第５，２０８，０２０号、同第５，４１６，０６４号、および欧州特許第ＥＰ０４２５２３５号を参照されたい）；モノメチルアウリスタチン薬物部分ＤＥおよびＤＦ（ＭＭＡＥおよびＭＭＡＦ）などのアウリスタチン（米国特許第５，６３５，４８３号および同第５，７８０，５８８号、ならびに同第７，４９８，２９８号を参照されたい）；ドラスタチン；カリケアミシンまたはその誘導体（米国特許第５，７１２，３７４号、同第５，７１４，５８６号、同第５，７３９，１１６号、同第５，７６７，２８５号、同第５，７７０，７０１号、同第５，７７０，７１０号、同第５，７７３，００１号、および同第５，８７７，２９６号；Ｈｉｎｍａｎｅｔａｌ．，ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．５３：３３３６－３３４２（１９９３）；ならびにＬｏｄｅｅｔａｌ．，ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．５８：２９２５－２９２８（１９９８）を参照されたい）；ダウノマイシンまたはドキソルビシンなどのアントラサイクリン（Ｋｒａｔｚｅｔａｌ．，ＣｕｒｒｅｎｔＭｅｄ．Ｃｈｅｍ．１３：４７７－５２３（２００６）；Ｊｅｆｆｒｅｙｅｔａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ１６：３５８－３６２（２００６）；Ｔｏｒｇｏｖｅｔａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊ．Ｃｈｅｍ．１６：７１７－７２１（２００５）；Ｎａｇｙｅｔａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９７：８２９－８３４（２０００）；Ｄｕｂｏｗｃｈｉｋｅｔａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ１２：１５２９－１５３２（２００２）；Ｋｉｎｇｅｔａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４５：４３３６－４３４３（２００２）；および米国特許第６，６３０，５７９号を参照されたい）；メトトレキサート；ビンデシン；ドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル、およびオルタタキセルなどのタキサン；トリコテセン；ならびにＣＣ１０６５が挙げられるが、これらに限定されない１つ以上の薬物にコンジュゲートされている、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である。

ある特定の実施形態では、イムノコンジュゲートは、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、外毒素Ａ鎖（緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）に由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシンＡ鎖、アルファ－サルシン、シナアブラギリ（Ａｌｅｕｒｉｔｅｓｆｏｒｄｉｉ）タンパク質、ダイアンチンタンパク質、ヨウシュヤマゴボウ（Ｐｈｙｔｏｌａｃａａｍｅｒｉｃａｎａ）タンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、およびＰＡＰ－Ｓ）、ツルレイシ（ｍｏｍｏｒｄｉｃａｃｈａｒａｎｔｉａ）阻害剤、クルシン、クロチン、サポンソウ（ｓａｐａｏｎａｒｉａｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ）阻害剤、ゲロニン、ミトゲリン（ｍｉｔｏｇｅｌｌｉｎ）、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン、ならびにトリコテセンが挙げられるが、これらに限定されない、酵素的に活性な毒素またはその断片にコンジュゲートした抗体を含む。

ある特定の実施形態では、イムノコンジュゲートは、放射性原子にコンジュゲートして放射性コンジュゲートを形成する抗体を含む。放射性コンジュゲートの生成には、様々な放射性同位体が利用可能である。非限定的な例としては、Ａｔ^２１１、Ｉ^１３１、Ｉ^１２５、Ｙ^９０、Ｒｅ^１８６、Ｒｅ^１８８、Ｓｍ^１５３、Ｂｉ^２１２、Ｐ^３２、Ｐｂ^２１２およびＬｕの放射性同位体が挙げられる。放射性コンジュゲートを検出のために使用するとき、これは、シンチグラフィー研究用の放射性原子、例えば、ｔｃ９９ｍもしくはＩ１２３、または核磁気共鳴（ＮＭＲ）イメージング（磁気共鳴イメージング、ｍｒｉとしても知られる）のための、ヨウ素－１２３、ヨウ素－１３１も、インジウム－１１１、フッ素－１９、炭素－１３、窒素－１５、酸素－１７、ガドリニウム、マンガンまたは鉄などのスピン標識を含めることができる。

抗体と細胞傷害性剤とのコンジュゲートは、Ｎ－スクシンイミジル－３－（２－ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル－４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（ジメチルアジピミデートＨＣｌなど）、活性エステル（スベリン酸ジスクシンイミジルなど）、アルデヒド（グルタルアルデヒドなど）、ビスアジド化合物（ビス（ｐ－アジドベンゾイル）ヘキサンジアミンなど）、ビス－ジアゾニウム誘導体（ビス－（ｐ－ジアゾニウムベンゾイル）－エチレンジアミンなど）、ジイソシアネート（トルエン２，６－ジイソシアネートなど）、およびビス活性フッ素化合物（１，５－ジフルオロ－２，４－ジニトロベンゼンなど）などの、様々な二官能性タンパク質カップリング剤を使用して作製することができる。例えば、リシンイムノトキシンは、Ｖｉｔｅｔｔａｅｔａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ２３８：１０９８（１９８７）に記載されるように調製することができる。炭素１４標識１－イソチオシアナトベンジル－３－メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸（ＭＸ－ＤＴＰＡ）は、抗体への放射性ヌクレオチドのコンジュゲーションのための例示的なキレート剤である。国際公開第９４／１１０２６号を参照されたい。リンカーは、細胞内での細胞傷害性薬の放出を促進する「切断可能なリンカー」であり得る。例えば、酸不安定リンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、光不安定リンカー、ジメチルリンカーまたはジスルフィド含有リンカー（Ｃｈａｒｅｔａｌ．，ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．５２：１２７－１３１（１９９２）；米国特許第５，２０８，０２０号）を使用することができる。

ある特定の実施形態では、イムノコンジュゲートとしては、市販されている（例えば、ＰｉｅｒｃｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ．，ＵＳＡから）ＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ－ＳＭＣＣ、ＭＢＳ、ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ－ＥＭＣＳ、スルホ－ＧＭＢＳ、スルホ－ＫＭＵＳ、スルホ－ＭＢＳ、スルホ－ＳＩＡＢ、スルホ－ＳＭＣＣ、スルホ－ＳＭＰＢ、およびＳＶＳＢ（スクシンイミジル－（４－ビニルスルホン）ベンゾエート）が挙げられるが、これらに限定されない、架橋試薬で調製されたそのようなコンジュゲートが挙げられるが、これらに限定されない。

７．抗体変異体
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される方法によって分析される組成物は、以前に開示された抗体の抗体変異体を含むことができる。例えば、本開示の方法は、例えば、親抗体よりも、ＡＤＡの産生を誘発する傾向が低い、以前に開示された抗体の変異体である抗体を同定するために使用することができる。ある特定の実施形態では、アミノ酸置換を目的の抗体に導入することができ、開示される方法を使用することによって抗体変異体を免疫原性についてスクリーニングすることができる。

ある特定の実施形態では、抗体変異体は、例えば、抗体をコード化するヌクレオチド配列に適切な修飾を導入することによって、またはペプチド合成によって調製される、抗体のアミノ酸配列変異体であり得る。そのような修飾としては、抗体のアミノ酸配列からの欠失、および／またはそれへの挿入、および／または抗体のアミノ酸配列内の残基の置換が挙げられるが、これらに限定されない。そのような変異のための対象となる部位としては、ＣＤＲ、ＦＲが挙げられるが、これらに限定されない。欠失、挿入、および置換の任意の組合せは、最終抗体、すなわち、修飾された抗体が、例えば、抗原結合などの望ましい特性を有する限り、最終構築物に到達することができる。

ある特定の実施形態では、抗体変異体は、抗体がグリコシル化される程度を増加または減少させるように変更された抗体であり得る。例えば、限定されるものではないが、抗体のグリコシル化部位の付加または欠失は、１つ以上のグリコシル化部位が作成または除去されるようにアミノ酸配列を変更することによって達成できる。

ある特定の実施形態では、本明細書に開示される方法によって分析される抗体は、Ｆｃ領域変異体である。Ｆｃ領域変異体は、１つ以上のアミノ酸位置でアミノ酸修飾（例えば、置換）を含む、ヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４Ｆｃ領域）を含むことができる。

ある特定の実施形態では、抗体変異体は、抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換されている、システイン操作抗体、例えば、「チオＭＡｂ」であり得る。ある特定の実施形態では、置換残基は、抗体のアクセス可能な部位で生じる。これらの残基をシステインで置換することにより、反応性チオール基が抗体のアクセス可能な部位に配置され、本明細書でさらに記載されるように、抗体を薬物部分またはリンカー－薬物部分などの他の部分にコンジュゲートさせてイムノコンジュゲートを作成するために使用することができる。ある特定の実施形態では、以下の残基のいずれか１つ以上をシステインで置換することができる：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；および重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。システイン操作抗体は、例えば、米国特許第７，５２１，５４１号に記載されるように生成することができる。

８．ネオアンチゲン
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される方法によって分析される組成物は、ネオアンチゲンを含むことができる。ネオアンチゲンは、正常な組織または器官に関連しない抗原であり、一般に、遺伝子突然変異、例えば、挿入／欠失、遺伝子融合、フレームシフト突然変異、単一ヌクレオチド突然変異、または前述の組合せから得られる。ある特定の実施形態では、ネオアンチゲンは、腫瘍ネオアンチゲン（腫瘍特異的抗原またはＴＳＡとも称される）である。腫瘍ネオアンチゲンは、「非自己」と見なされるため、それらは抗原提示細胞（ＡＰＣ）上のＭＨＣ分子を介して処理および表示される。Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８^＋および／またはＣＤ４^＋Ｔ細胞によってＡＰＣ上に提示されたそのような腫瘍ネオアンチゲンの結合は、腫瘍ネオアンチゲンに関連する腫瘍に対して免疫応答が展開される方法の１つである。例えば、Ｊｉａｎｇｅｔａｌ．，Ｊ．ｏｆＨｅｍａｔｏｌｏｇｙ＆Ｏｎｃｏｌｏｇｙ１２（９３）（２０１９）を参照されたい（その内容は、参照により本明細書に援用される）。

ある特定の実施形態では、ネオアンチゲンは、複合体との関連で分析することができる。例えば、限定されるものではないが、ネオアンチゲンは、ＭＨＣ分子、例えば、ＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子との複合体で存在できる。ある特定の実施形態では、ネオアンチゲンは、ＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体で存在できる。

本開示で使用するためのネオアンチゲンは、当該技術分野において既知の任意の方法によって同定することができる。例えば、限定されるものではないが、ネオアンチゲンは、次世代配列決定および／またはｉｎｓｉｌｉｃｏモデル化によって同定することができる。例えば、Ｇａｒｃｉａ－Ｇａｒｉｊｏｅｔａｌ．，ＦｒｏｎｔＩｍｍｕｎｏｌ．１０：１３９２（２０１９）を参照されたい（その内容は、参照により本明細書に援用される）。ある特定の実施形態では、そのような方法によって同定されたネオアンチゲンは、当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発するネオアンチゲンの傾向を決定するために、本発明に開示されている方法で分析することができる。

ＩＶ．キット
本発明に開示される主題は、本明細書に開示される方法を実施するために有用な材料を含有するキットをさらに提供する。ある特定の実施形態では、本開示のキットは、リンパ球を含有する容器および／またはマーカー、例えば、本明細書に記載されるＣＤ４、ＣＤ１３４および／またはＣＤ１３７を検出するための１つ以上の薬剤を含有する容器を含む。好適な容器の非限定的な例としては、ボトル、試験管、バイアルおよびマイクロタイタープレートが含まれる。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの様々な材料から形成することができる。

ある特定の実施形態では、キットは、１つ以上のリンパ球を含有する１つ以上の容器を含み得る。ある特定の実施形態では、キットは、ＰＢＭＣ、リンパ球、ＡＰＣおよび／またはＴ細胞を含有する少なくとも１つの容器を含み得る。例えば、限定されるものではないが、キットは、ＣＤ８－Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞および／またはＣＤ４＋ＣＤ８－Ｔ細胞を含む少なくとも１つの容器を含むことができる。ある特定の実施形態では、本開示のキットは、１つ以上の容器内に１人以上のドナーに由来するリンパ球を含む。ある特定の実施形態では、本開示のキットは、本明細書に開示される１つ以上のマーカー、例えば、ＣＤ１３４および／またはＣＤ１３７抗体を検出するための１つ以上の薬剤をさらに含むことができる。

ある特定の実施形態では、キットは、キットで提供される構成要素を使用するための説明を提供する添付文書をさらに含む。例えば、本開示のキットは、開示された方法においてリンパ球および／または薬剤を使用するための説明を提供する添付文書を含むことができる。

代替的にまたは追加的に、キットは、他のバッファー、希釈剤、およびフィルタを含む、商業的およびユーザーの観点から望ましい他の材料を含むことができる。ある特定の実施形態では、キットは、例えば、試料からリンパ球を単離するために、血液試料を収集および／または処理するための材料を含むことができる。

Ｖ．例示的な実施形態
Ａ．本発明に開示される主題は、組成物の、参照の傾向と比べて当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向を決定するための方法であって、
（ａ）リンパ球を、組成物の存在下で培養して、刺激リンパ球を生成することと、
（ｂ）リンパ球を、組成物の非存在下で培養して、非刺激リンパ球を生成することと、
（ｃ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激リンパ球の割合を決定することと、
（ｄ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する非刺激リンパ球の割合を決定することと、
（ｅ）刺激指数値を計算することとを含み、
（ｅ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより大きく、（ｅ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより小さい、方法を提供する。

Ａ１．参照刺激指数値が、約１．０～約２．０である、Ａに記載の方法。

Ａ２．参照刺激指数値が、約１．６以上、約１．７以上、または約１．８以上である、Ａに記載の方法。

Ａ３．刺激指数値が、（ｃ）で決定された刺激リンパ球の割合を、（ｄ）で決定された非刺激リンパ球の割合で割ることによって決定される、Ａ～Ａ２のいずれか１つに記載の方法。

Ａ４．刺激指数値が、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される、Ａ～Ａ３のいずれか１つに記載の方法。

Ａ５．リンパ球が、Ｔ細胞を含む、Ａ～Ａ４のいずれか１つに記載の方法。

Ａ６．リンパ球の少なくとも３０％が、Ｔ細胞を含む、Ａ５に記載の方法。

Ａ７．Ｔ細胞が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、Ａ５またはＡ６に記載の方法。

Ａ８．Ｔ細胞の少なくとも１０％が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、Ａ７に記載の方法。

Ａ９．リンパ球が、単一のドナーから得られる、Ａ～Ａ８のいずれか１つに記載の方法。

Ａ１０．リンパ球が、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる、Ａ～Ａ８のいずれか１つに記載の方法。

Ａ１１．リンパ球が、約３５人～約４５人のドナーから得られる、Ａ１０に記載の方法。

Ａ１２．リンパ球が、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる、Ａ１０に記載の方法。

Ａ１３．約１×１０５個～約１×１０７個のリンパ球が、組成物と共に培養される、Ａ～Ａ１２のいずれか１つに記載の方法。

Ａ１４．リンパ球が、約１０μｇ／ｕｌ～約１，０００μｇ／ｍｌの組成物と共に培養される、Ａ～Ａ１３のいずれか１つに記載の方法。

Ａ１５．組成物が、ペプチド、ポリペプチドまたは小分子化合物を含む、Ａ～Ａ１４のいずれか１つに記載の方法。

Ａ１６．ペプチドまたはポリペプチドが、ネオアンチゲンを含む、Ａ１５に記載の方法。

Ａ１７．ポリペプチドが、抗体またはその断片である、Ａ１５に記載の方法。

Ａ１８．抗体が、ヒト、ヒト化またはキメラ抗体である、Ａ１７のいずれか１つに記載の方法。

Ａ１９．組成物が、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である、Ａ～Ａ１４のいずれか１つに記載の方法。

Ａ２０．リンパ球が、組成物と共に約４８時間以下にわたって培養される、Ａ～Ａ１９のいずれか１つに記載の方法。

Ａ２１．ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激または非刺激のリンパ球の割合を決定することが、フローサイトメトリーによって実施される、Ａ～Ａ２０のいずれか１つに記載の方法。

Ｂ．本発明に開示される主題は、組成物の、当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向を決定するための方法であって、
（ａ）個々のドナーからのリンパ球を、組成物の存在下で別々に培養して、刺激リンパ球を生成することと、
（ｂ）個々のドナーからのリンパ球を、組成物の非存在下で培養して、非刺激リンパ球を生成することと、
（ｃ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する個々のドナーからの刺激リンパ球の割合を決定することと、
（ｄ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現するドナーからの非刺激リンパ球の割合を決定することと、
（ｅ）ドナーの各々について刺激指数値を計算することと、
（ｆ）ドナーの刺激指数値が参照値の刺激指数値以上である反応性リンパ球ドナーの数およびドナーの刺激指数値が参照刺激指数値未満である非反応性リンパ球ドナーの数を計算することとを含み、
反応性ドナーの数がドナーの総数の３０％を超える場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向が高く、反応性ドナーの数がドナーの総数の２０％未満である場合、組成物は、当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向が低い、方法を提供する。

Ｂ１．参照刺激指数値が、約１．０～約２．０である、Ｂに記載の方法。

Ｂ２．参照刺激指数値が、約１．６以上、約１．７以上、または約１．８以上である、Ｂに記載の方法。

Ｂ３．刺激指数値が、（ｃ）で決定された個々のドナーの刺激リンパ球の割合を、（ｄ）で決定されたその個々のドナーの非刺激リンパ球の割合で割ることによって決定される、Ｂ～Ｂ２のいずれか１つに記載の方法。

Ｂ４．刺激指数値が、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される、Ｂ～Ｂ３のいずれか１つに記載の方法。

Ｂ５．リンパ球が、Ｔ細胞を含む、Ｂ～Ｂ４のいずれか１つに記載の方法。

Ｂ６．リンパ球の少なくとも３０％が、Ｔ細胞を含む、Ｂ５に記載の方法。

Ｂ７．Ｔ細胞が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、Ｂ５またはＢ６に記載の方法。

Ｂ８．Ｔ細胞の少なくとも１０％が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、Ｂ７に記載の方法。

Ｂ９．リンパ球が、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる、Ｂ～Ｂ８のいずれか１つに記載の方法。

Ｂ１０．リンパ球が、約３５人～約４５人のドナーから得られる、Ｂ９に記載の方法。

Ｂ１１．リンパ球が、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる、Ｂ９に記載の方法。

Ｂ１２．組成物が、ペプチド、ポリペプチドまたは小分子化合物を含む、Ｂ～Ｂ１１のいずれか１つに記載の方法。

Ｂ１３．ポリペプチドが、抗体またはその断片である、Ｂ１２に記載の方法。

Ｂ１４．抗体が、ヒト、ヒト化またはキメラ抗体である、Ｂ１３に記載の方法。

Ｂ１５．ペプチドまたはポリペプチドが、ネオアンチゲンを含む、Ｂ１２に記載の方法。

Ｂ１６．組成物が、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である、Ｂ～Ｂ１１のいずれか１つに記載の方法。

Ｂ１７．リンパ球が、組成物と共に約４８時間以下にわたって培養される、Ｂ～Ｂ１６のいずれか１つに記載の方法。

Ｂ１８．ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激または非刺激のリンパ球の割合を決定することが、フローサイトメトリーによって実施される、Ｂ～Ｂ１７のいずれか１つに記載の方法。

Ｃ．本発明に開示される主題は、ネオアンチゲンの、参照抗原と比べて当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向を決定するための方法であって、
（ａ）リンパ球を、ネオアンチゲンの存在下で培養して、刺激リンパ球を生成することと、
（ｂ）リンパ球を、ネオアンチゲンの非存在下で培養して、非刺激リンパ球を生成することと、
（ｃ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激リンパ球の割合を決定することと、
（ｄ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する非刺激リンパ球の割合を決定することと、
（ｅ）刺激指数値を計算することとを含み、
（ｅ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、そのネオアンチゲンは、当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより大きく、（ｅ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、そのネオアンチゲンは、当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより小さい、方法を提供する。

Ｃ１．ネオアンチゲンが、ＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体で存在する、Ｃに記載の方法。

Ｃ２．参照刺激指数値が、約１．０～約２．０である、ＣまたはＣ１に記載の方法。

Ｃ３．参照刺激指数値が、約１．６以上、約１．７以上、または約１．８以上である、ＣまたはＣ１に記載の方法。

Ｃ４．刺激指数値が、（ｃ）で決定された刺激リンパ球の割合を、（ｄ）で決定された非刺激リンパ球の割合で割ることによって決定される、Ｃ～Ｃ３のいずれか１つに記載の方法。

Ｃ５．刺激指数値が、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される、Ｃ～Ｃ３のいずれか１つに記載の方法。

Ｃ６．リンパ球が、Ｔ細胞を含む、Ｃ～Ｃ５のいずれか１つに記載の方法。

Ｃ７．リンパ球の少なくとも３０％が、Ｔ細胞を含む、Ｃ６に記載の方法。

Ｃ８．Ｔ細胞が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、Ｃ６またはＣ７に記載の方法。

Ｃ９．Ｔ細胞の少なくとも１０％が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、Ｃ８に記載の方法。

Ｃ１０．リンパ球が、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる、Ｃ～Ｃ９のいずれか１つに記載の方法。

Ｃ１１．リンパ球が、約３５人～約４５人のドナーから得られる、Ｃ１０に記載の方法。

Ｃ１２．リンパ球が、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる、Ｃ１０に記載の方法。

Ｃ１３．リンパ球が、ネオアンチゲンと共に約４８時間以下にわたって培養される、Ｃ～Ｃ１２のいずれか１つに記載の方法。

Ｃ１４．ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激または非刺激のリンパ球の割合を決定することが、フローサイトメトリーによって実施される、Ｃ～Ｃ１３のいずれか１つに記載の方法。

Ｄ．本発明に開示される主題は、Ａ～Ｃ１４のいずれか１つに記載の方法のうちのいずれか１つを実施するための、キットを提供する。

Ｅ．本発明に開示される主題は、組成物の、参照の傾向と比べて当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向を決定するための方法であって、
（ａ）抗原提示細胞（ＡＰＣ）を、組成物の存在下で培養して、刺激ＡＰＣを生成することと、
（ｂ）ＡＰＣを、組成物の非存在下で培養して、非刺激ＡＰＣを生成することと、
（ｃ）刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に、非刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に別々に培養することと、
（ｄ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、
（ｅ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する非刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、
（ｆ）刺激指数値を計算することとを含み、
（ｆ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより大きく、（ｆ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより小さい、方法を提供する。

Ｅ１．参照刺激指数値が、約１．０～約４．０、約１．０～約３．０または約１．８～約３．０である、Ｅに記載の方法。

Ｅ２．参照刺激指数値が、約１．６以上、約１．７以上、約１．８以上、約１．９以上、約２．０以上、約２．１以上、約２．２以上、約２．３以上、約２．４以上、約２．５以上、約２．６以上、約２．７以上、約２．８以上、約２．９以上、または約３．０以上である、Ｅに記載の方法。

Ｅ３．刺激指数値が、（ｄ）で決定されたＣＤ４＋リンパ球の割合を、（ｅ）で決定されたＣＤ４＋リンパ球の割合で割ることによって決定される、Ｅ～Ｅ２のいずれか１つに記載の方法。

Ｅ４．刺激指数値が、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される、Ｅ～Ｅ２のいずれか１つに記載の方法。

Ｅ５．ＣＤ４＋リンパ球が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、Ｅ～Ｅ４のいずれか１つに記載の方法。

Ｅ６．ＣＤ４＋リンパ球の少なくとも１０％が、ＣＤ８－Ｔ細胞である、Ｅ５に記載の方法。

Ｅ７．ＡＰＣが、単一のドナーから得られる、Ｅ～Ｅ６のいずれか１つに記載の方法。

Ｅ８．ＡＰＣが、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる、Ｅ～Ｅ６のいずれか１つに記載の方法。

Ｅ９．ＡＰＣが、約３５人～約４５人のドナーから得られる、Ｅ８に記載の方法。

Ｅ１０．ＡＰＣが、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる、Ｅ８に記載の方法。

Ｅ１１．約１×１０^５個～約１×１０^７個のＡＰＣが、組成物と共に培養される、Ｅ～Ｅ１０のいずれか１つに記載の方法。

Ｅ１２．ＡＰＣが、約１０μｇ／ｕｌ～約１，０００μｇ／ｍｌの組成物と共に培養される、Ｅ～Ｅ１１のいずれか１つに記載の方法。

Ｅ１３．組成物が、ペプチド、ポリペプチドまたは小分子化合物を含む、Ｅ～Ｅ１２のいずれか１つに記載の方法。

Ｅ１４．ペプチドまたはポリペプチドが、ネオアンチゲンを含む、Ｅ１３に記載の方法。

Ｅ１５．ポリペプチドが、抗体またはその断片である、Ｅ１３に記載の方法。

Ｅ１６．抗体が、ヒト、ヒト化またはキメラ抗体である、Ｅ１５に記載の方法。

Ｅ１７．組成物が、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である、Ｅ～Ｅ１２のいずれか１つに記載の方法。

Ｅ１８．ＡＰＣが、組成物と共に約４８時間以下にわたって培養される、Ｅ～Ｅ１７のいずれか１つに記載の方法。

Ｅ１９．（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現するＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することが、フローサイトメトリーによって実施される、Ｅ～Ｅ１８のいずれか１つに記載の方法。

Ｅ２０．（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現するＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することが、フローサイトメトリーによって実施される、Ｅ～Ｅ１９のいずれか１つに記載の方法。

Ｆ．本発明に開示される主題は、組成物の、当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向を決定するための方法であって、
（ａ）個々のドナーからのＡＰＣを、組成物の存在下で別々に培養して、刺激ＡＰＣを生成することと、
（ｂ）個々のドナーからのＡＰＣを、組成物の非存在下で別々に培養して、非刺激ＡＰＣを生成することと、
（ｃ）刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に、非刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に別々に培養することと、
（ｄ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、
（ｅ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、非刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、
（ｆ）ドナーの各々について刺激指数値を計算することと、
（ｇ）ドナーの刺激指数値が参照値の刺激指数値以上である反応性リンパ球ドナーの数およびドナーの刺激指数値が参照刺激指数値未満である非反応性リンパ球ドナーの数を計算することとを含み、
反応性ドナーの数がドナーの総数の３０％を超える場合、その組成物は、当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向が高く、反応性ドナーの数がドナーの総数の２０％未満である場合、組成物は、当該組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向が低い、方法を提供する。

Ｆ１．参照刺激指数値が、約１．０～約４．０、約１．０～約３．０または約１．８～約３．０である、Ｆに記載の方法。

Ｆ２．参照刺激指数値が、約１．６以上、約１．７以上、約１．８以上、約１．９以上、約２．０以上、約２．１以上、約２．２以上、約２．３以上、約２．４以上、約２．５以上、約２．６以上、約２．７以上、約２．８以上、約２．９以上、または約３．０以上である、Ｆに記載の方法。

Ｆ３．刺激指数値が、（ｄ）で決定された個々のドナーのＣＤ４＋リンパ球の割合を、（ｅ）で決定されたその個々のドナーのＣＤ４＋リンパ球の割合で割ることによって決定される、Ｆ～Ｆ２のいずれか１つに記載の方法。

Ｆ４．刺激指数値が、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される、Ｆ～Ｆ２のいずれか１つに記載の方法。

Ｆ５．ＣＤ４＋リンパ球が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、Ｆ～Ｆ４のいずれか１つに記載の方法。

Ｆ６．ＣＤ４＋リンパ球の少なくとも１０％が、ＣＤ８－Ｔ細胞である、Ｆ５に記載の方法。

Ｆ７．ＡＰＣが、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる、Ｆ～Ｆ６のいずれか１つに記載の方法。

Ｆ８．ＡＰＣが、約３５人～約４５人のドナーから得られる、Ｆ７に記載の方法。

Ｆ９．ＡＰＣが、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる、Ｆ７に記載の方法。

Ｆ１０．組成物が、ペプチド、ポリペプチドまたは小分子化合物を含む、Ｆ～Ｆ９のいずれか１つに記載の方法。

Ｆ１１．ポリペプチドが、抗体またはその断片である、Ｆ１０に記載の方法。

Ｆ１２．抗体が、ヒト、ヒト化またはキメラ抗体である、Ｆ１１に記載の方法。

Ｆ１３．ペプチドまたはポリペプチドが、ネオアンチゲンを含む、Ｆ１０に記載の方法。

Ｆ１４．組成物が、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である、Ｆ～Ｆ９のいずれか１つに記載の方法。

Ｆ１５．ＡＰＣが、組成物と共に約４８時間以下にわたって培養される、Ｆ～Ｆ１４のいずれか１つに記載の方法。

Ｆ１６．（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現するＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することが、フローサイトメトリーによって実施される、Ｆ～Ｆ１５のいずれか１つに記載の方法。

Ｇ．本発明に開示される主題は、ネオアンチゲンの、参照抗原と比べて当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向を決定するための方法であって、
（ａ）ＡＰＣを、ネオアンチゲンの存在下で培養して、刺激ＡＰＣを生成することと、
（ｂ）ＡＰＣを、ネオアンチゲンの非存在下で培養して、非刺激ＡＰＣを生成することと、
（ｃ）刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に、非刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に別々に培養することと、
（ｄ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、
（ｅ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、非刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、
（ｆ）刺激指数値を計算することとを含み、
（ｆ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、そのネオアンチゲンは、当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより大きく、（ｆ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、そのネオアンチゲンは、当該ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより小さい、方法を提供する。

Ｇ１．ネオアンチゲンが、ＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体で存在する、Ｇに記載の方法。

Ｇ２．参照刺激指数値が、約１．０～約４．０、約１．０～約３．０または約１．８～約３．０である、ＧまたはＧ１に記載の方法。

Ｇ３．参照刺激指数値が、約１．６以上、約１．７以上、約１．８以上、約１．９以上、約２．０以上、約２．１以上、約２．２以上、約２．３以上、約２．４以上、約２．５以上、約２．６以上、約２．７以上、約２．８以上、約２．９以上、または約３．０以上である、ＧまたはＧ１に記載の方法。

Ｇ４．刺激指数値が、（ｄ）で決定されたＣＤ４＋リンパ球の割合を、（ｅ）で決定されたＣＤ４＋リンパ球の割合で割ることによって決定される、Ｇ～Ｇ３のいずれか１つに記載の方法。

Ｇ５．刺激指数値が、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される、Ｇ～Ｇ３のいずれか１つに記載の方法。

Ｇ６．ＣＤ４＋リンパ球が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、Ｇ～Ｇ５のいずれか１つに記載の方法。

Ｇ７．ＣＤ４＋リンパ球の少なくとも１０％が、ＣＤ８－Ｔ細胞である、Ｇ６に記載の方法。

Ｇ８．ＡＰＣが、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる、Ｇ～Ｇ７のいずれか１つに記載の方法。

Ｇ９．ＡＰＣが、約３５人～約４５人のドナーから得られる、Ｇ８に記載の方法。

Ｇ１０．ＡＰＣが、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる、Ｇ８に記載の方法。

Ｇ１１．ＡＰＣが、ネオアンチゲンと共に約４８時間以下にわたって培養される、Ｇ～Ｇ１０のいずれか１つに記載の方法。

Ｇ１２．（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現するＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することが、フローサイトメトリーによって実施される、Ｇ～Ｇ１１のいずれか１つに記載の方法。

Ｈ．本発明に開示される主題は、Ｅ～Ｇ１２のいずれか１つに記載の方法のうちのいずれか１つを実施するための、キットを提供する。

以下の実施例は、本発明に開示される主題を単に例示するものであり、決して限定するものと見なされるべきではない。

実施例１
Ｔ細胞ＣＤ４＋発現アッセイ
ポリペプチドベースの治療薬は、ＡＤＡの産生を誘発する免疫原性の可能性を有する。特に、そのようなポリペプチドベースの治療薬は、樹状細胞などの抗原提示細胞によって取り込まれ、プロセシングされて、ポリペプチドベースの治療薬の断片をクラスＩＩＭＨＣ分子との複合体で、その表面に提示することができる。Ｔ細胞はその後、抗原提示細胞の表面に提示された断片と相互作用して免疫反応を誘発し、Ｂ細胞によるＡＤＡの産生をもたらす。

本明細書では、ＡＤＡの産生を誘発する抗体の傾向を決定するための方法を開発した。そのような方法は、開発の前臨床段階で新しく開発した医薬品の免疫原性の可能性を予測するために使用できるため、医薬品開発中に非常に貴重なツールであり得る。図１は、本方法の実験の詳細の概略図を提供する。末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を、Ｕｎｉ－Ｓｅｐ血液分離チューブを使用した密度勾配遠心分離によって、ナイーブな健康なドナー血液から単離した。いくつかの実験では、ＣＤ８ダイナビーズ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ、カタログ番号：１１１４７Ｄ）を使用してＣＤ８＋細胞を枯渇させた。ＰＢＭＣをＣＤ８の枯渇なしに培養したとき、アッセイが良好な結果をもたらしたことも留意される。次いで、ＣＤ８－細胞を、１０％ヒトＡＢ型血清（ＳｉｇｍａＡｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号：Ｈ３６６７）と共に、２４ウェルプレートにおいて２×１０^６細胞／ｍＬの濃度で、または９６ウェルプレート（Ｃｏｓｔａｒ、カタログ番号３５２６）において０．２～０．４×１０^６細胞の濃度で、ＡＩＭ－Ｖ培地（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を用いて培養し、１００μｇ／ｍＬの最終濃度の試験抗体でチャレンジした。全ての試料は、３連で試験する。各ドナーについて、培地で処理した細胞（非刺激細胞とも称される）からなるネガティブコントロール、およびＩｍｊｅｃｔＭａｒｉｃｕｌｔｕｒｅＫＬＨ（ｍｃＫＬＨ）（１００μｇ／ｍｌ）によるポジティブコントロールに対する応答も含まれた。細胞を、３７℃の５％ＣＯ_２インキュベーター内に、４２～４８時間置いた。４２～４８時間後、細胞を穏やかに再懸濁させ、各２４ウェルから２００μｌを丸底９６ウェルプレートに移した。ＣＤ４の活性化を、ＣＤ４、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７抗体および生きているマーカーを使用して測定した。細胞をフローサイトメトリーによって分析し、プロットをＦｌｏｗＪｏＦＡＣＳ解析ソフトウェア（ＴｒｅｅＳｔａｒ，Ｉｎｃ．；Ａｓｈｌａｎｄ，ＯＲ）を使用して分析する。データ分析については、刺激指数（ＳＩ）を、各処理の［生きている＋ＣＤ４＋ＣＤ１３４＋ＣＤ１３７＋および生きている＋ＣＤ４＋ＣＤ１３４＋ＣＤ１３７－ならびに生きている＋ＣＤ４＋ＣＤ１３４－ＣＤ１３７＋］であった細胞の平均および／または最大パーセントを、各処理についての、培地のみ処理されたウェル（非刺激細胞）の［生きている＋ＣＤ４＋ＣＤ１３４＋ＣＤ１３７＋および生きている＋ＣＤ４＋ＣＤ１３４＋ＣＤ１３７－ならびに生きている＋ＣＤ４＋ＣＤ１３４－ＣＤ１３７＋］であった細胞の平均パーセントで割ることによって計算する。

図２は、異なる臨床的ＡＤＡ率を有する２つの異なる抗体、アバスチン（登録商標）およびボコシズマブのＦＡＣＳ解析を示す。高いＡＤＡ率を有するボコシズマブは、低いＡＤＡ率を有するアバスチン（登録商標）と比較して、ＣＤ４活性化マーカーを発現した多数の細胞をもたらした。

臨床的ＡＤＡ率が異なる６つの抗体の分析により、開示されるアッセイの結果が臨床的ＡＤＡ率と相関することを確認した（図３）。抗ＰＣＳＫ９抗体、アバスチン（登録商標）、ＧＮＥ－αＰＣＳＫ９、アリロクマブ（ＰＲＡＬＵＥＮＴ（登録商標））、エボロクマブ（ＲＥＰＡＴＨＡ（登録商標））、ボコシズマブおよびＨＡ３３を上記の方法で分析した。アバスチン（登録商標）、ＧＮＥ－αＰＣＳＫ９、アリロクマブ（ＰＲＡＬＵＥＮＴ（登録商標））、エボロクマブ（ＲＥＰＡＴＨＡ（登録商標））、ボコシズマブ、およびＨＡ３３Ａの臨床的ＡＤＡ率は、それぞれ、０．６％、３．３％、５．１％、０．３％、４８％、７３％であった（図３）。図３に示すように、ボコシズマブまたはＨＡ３３に対する陽性ドナーの数は、異なる抗体で観察された臨床的ＡＤＡ率に関連する、低い免疫原性を有する他の抗体のいずれかよりも有意に高かった。

クリニックにおいて既知のＡＤＡを伴う２つの治療薬、ＨＡ３３およびアバスチン（登録商標）のＴ細胞応答を、健康なドナーに由来する４０個のＰＢＭＣで試験した。試験したドナーの大部分は、ＫＬＨで刺激されるとき、陽性反応を示した。加えて、アバスチン（登録商標）による細胞の処理は、ＣＤ１３４またはＣＤ１３７の発現にほとんど影響を与えなかったが、一方ＨＡ３３処理では、ＣＤ１３４（ドナー１０人、図４Ａ）およびＣＤ１３７（ドナー１４人、図４Ｂ）において、ならびにＣＤ１３４およびＣＤ１３７に対する二重陽性において（ドナー１３人、図４Ｃ）顕著な増加を示した。ＣＤ１３４および／またはＣＤ１３７の発現を調べたところ、１４人のドナーがＨＡ３３陽性で、１人のドナーだけがアバスチン（登録商標）陽性であった（図４Ｄ）。これらの結果は、観察された臨床的ＡＤＡと相関している。

追加の治療薬の分析により、予測された免疫原性とクリニックで観察された免疫原性との間に相関関係があることを確認する。図５に示すように、アッセイにおいて陽性ドナーの割合が高いこれらの治療薬は、クリニックにおいてもより高い臨床的ＡＤＡ率を示した。例えば、ドナーの８０％において陽性をもたらしたブリアキヌマブは、４０～８６％の臨床的ＡＤＡ率を有するが、一方ドナーの４．１６％において陽性をもたらしたアベルマブ（バベンチオ（登録商標））は、４．１０％の臨床的ＡＤＡ率を有する。

Ｔ細胞の活性化がバイオ治療薬の抗原の提示に依存することを確認するために、ＨＬＡ－ＤＲおよびＨＬＡ－ＩＩ遮断抗体の存在下でアッセイを実施した（図６Ａ）。図６Ａに示すように、抗体はＴ細胞の表面に存在するＴＣＲに対するＨＬＡ－ＩＩの相互作用をブロックし、それによってＴ細胞の活性化をブロックする。図６Ｂに示すように、ＨＬＡ－ＤＲおよびＨＬＡ－ＩＩタンパク質をブロックすることが、ＣＤ１３４および／またはＣＤ１３７の発現の増加として観察される、Ｔ細胞活性化を示す陽性ドナーの割合を低減させ、陽性ドナーを決定することが、抗原提示に依存する。これらのデータにより、ＣＤ１３４および／またはＣＤ１３７が活性化のマーカーとして使用できること、および開示されたアッセイが治療薬の免疫原性を予測できることを確認する。

追加の可能性のあるマーカーを評価し、そのようなマーカーの発現がまた、このアッセイで使用することができるかを決定した。特に、サイトカインの分泌および発現を、免疫原性の可能性のあるマーカーとしてこのアッセイで分析した。図７に示すように、ｉｎｖｉｔｒｏでのＩＬ－２の細胞内発現と臨床免疫原性との間に相関関係はなかった。また、ｉｎｖｉｔｒｏでのサイトカインＩＬ－４、ＴＮＦα、およびＩＮＦγの分泌と臨床免疫原性との間に相関関係はなかった（図８）。

表１に示すように、本明細書に開示される方法にはいくつかの利点がある。特に、当該技術分野において既知の増殖アッセイは、実施するのに約２０週間を要し、約２人の分析者を必要とし、約３０，０００ドルの費用がかかる。対照的に、本明細書に開示されるアッセイは、実施するのにわずか約２週間を要するだけであり、分析者１人を必要とし、費用は約１，０００ドルである。

実施例２
Ｔ細胞に結合する二重特異性抗体のＴ細胞発現アッセイ
本明細書では、ＡＤＡの産生を誘発する抗体の傾向を決定するための方法を開発した。ＰＢＭＣベースのアッセイの潜在的な課題は、直接的なＴ細胞の関与による免疫調節などの、目的のバイオ治療薬の生物活性による干渉である。この課題を克服するために、第２の樹状細胞Ｔ細胞アッセイプラットフォームを開発した。

このアッセイでは、ＰＢＭＣを、Ｕｎｉ－Ｓｅｐ血液分離チューブを使用する密度勾配遠心分離法によってナイーブな健康なドナーの血液から分離し、少なくとも２つのチューブで（チューブ当たり最大３０×１０^６個のＰＢＭＣ）凍結する。図９および図１０は、この方法の実験の詳細の概略図を提供し、図１０は、条件に関する詳細を提供する。１日目に、ＣＤ１４＋単球をＰＢＭＣの少なくとも１つのチューブから分離する。次いで、ＣＤ１４＋単球を、ＩＬ４（１７．２ｎｇ／ｍＬ）およびＧＭ－ＣＳＦ（６６．６ｎｇ／ｍＬ）を補充したＤＣ培地（ＲＰＭＩ、１％の非必須アミノ酸、１％のピルビン酸ナトリウム、１％のカナマイシン、１０％のＡＢ血清）を含む２４ウェルプレート中で１ｍｌ当たり１．０×１０^６個の細胞の密度で２４時間培養し、５％のＣＯ_２のインキュベーターに入れた。このＣＤ１４＋単球の培養により、樹状細胞（ＤＣ）への単球の分化が可能になる。２４時間後、単球由来ＤＣを滅菌ＰＢＳで洗浄し、ＩＬ４（１７．２ｎｇ／ｍＬ）、ＧＭ－ＣＳＦ（６６．６ｎｇ／ｍＬ）、ＴＮＦ－α（５ｎｇ／ｍＬ）、ＩＬ－１β（５ｎｇ／ｍＬ）、ＩＬ－６（１５０ｎｇ／ｍＬ）、ＰＧＥ２（１μｇ／ｍＬ）、および１００μｇ／ｍＬの試験されるバイオ治療薬を含有するＤＣ培地で培養した。細胞を、５％ＣＯ_２インキュベーター内に置いた。次いで、単球由来のＤＣを１０万個／ｍＬ～２００μＬ／ウェル（９６ウェルプレートで２０，０００個の細胞／ウェル）の濃度で培養し、ＤＣをさらに２４時間成熟させた。

この段階で、成熟ＤＣをバイオ治療薬に２４時間曝露して、抗原の取り込み、プロセシング、および抗原ペプチドの提示を可能にした。３日目に、同じ自己ＰＢＭＣ集団（先程のチューブからの）からＣＤ４＋細胞を分離した。並行して、成熟ＤＣをＰＢＳで３回洗浄した。ＣＤ４＋Ｔ細胞および成熟ＤＣを、５Ｔ細胞対１ＤＣ（２００，０００個のＴ細胞＋２０，０００個のＤＣ）の比で共培養した。この方法により、ＣＤ４＋Ｔ細胞対ＡＰＣの比を正確に制御することができ、これがアッセイの感度を改善する。ＣＤ４＋Ｔ細胞とＤＣの比は変化することができ（５：１、１０：１および２０：１）、さらに変更することができる。

細胞を、５％のＣＯ_２のインキュベーターで少なくとも１９時間（２４時間、４８時間、または７２時間を含み得る様々な時間）培養した。全ての試料は、３連で試験した。各ドナーについて、培地で処理した細胞（非刺激細胞とも称される）からなるネガティブコントロールに対する反応を分析した。ＣＤ４の活性化を、ＣＤ４、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７抗体および生きているマーカーを使用して測定した。細胞をフローサイトメトリーによって分析し、プロットをＦｌｏｗＪｏＦＡＣＳ解析ソフトウェア（ＴｒｅｅＳｔａｒ，Ｉｎｃ．；Ａｓｈｌａｎｄ，ＯＲ）を使用して分析する。データ分析については、刺激指数（ＳＩ）を、各処理の［生きている＋ＣＤ４＋ＣＤ１３４＋ＣＤ１３７＋および生きている＋ＣＤ４＋ＣＤ１３４＋ＣＤ１３７－ならびに生きている＋ＣＤ４＋ＣＤ１３４－ＣＤ１３７＋］である細胞の平均および／または最大パーセントを、培地のみ処理されたウェル（非刺激細胞）の［生きている＋ＣＤ４＋ＣＤ１３４＋ＣＤ１３７＋および生きている＋ＣＤ４＋ＣＤ１３４＋ＣＤ１３７－ならびに生きている＋ＣＤ４＋ＣＤ１３４－ＣＤ１３７＋］である細胞の平均および／または最大パーセントで割ることによって計算した。

各々がＴ細胞に結合する抗原結合ドメインを有する５つの異なる二重特異性抗体、すなわち、ＴＤＢ１、ＴＤＢ２、ＴＤＢ３、ＴＤＢ４およびＴＤＢ５の分析を、上述した方法によって分析した。図１１Ａ、１１Ｂ、１２Ａおよび１２Ｂに示すように、二重特異性抗体の刺激指数は、低いＡＤＡ率を有することが知られているアバスチン（登録商標）のものよりも高かった。これらのデータは、５つの二重特異性抗体全てがアバスチン（登録商標）よりも免疫原性が高いことを示唆している。

Ｔ細胞の活性化がバイオ治療薬の抗原の提示に依存することを確認するために、ＨＬＡ－ＩＩ遮断抗体の存在下でアッセイを実施した（図１３Ａ）。図１３Ｂに示すように、ＨＬＡ－ＩＩタンパク質をブロックすると、二重特異性抗体の刺激指数が、ＡＤＡ率が低いことが知られている参照に匹敵する値まで低減した。

図１４は、２つの異なる方法によって産生されたＴ細胞に対する結合特異性を有する二重特異性抗体の分析を提供する。１番目の方法は、単一細胞内で両方の抗原結合ドメインの発現を含み、図１４にＴＤＢ４Ａとして表示される二重特異性抗体を生成する。２番目の方法は、別個の細胞における各抗原結合ドメインの発現、ならびにその後の抗原結合ドメインの単離および組合せを含み、図１４においてＴＤＢ４Ｂとして表示される二重特異性抗体を生成する。図１４に示すように、ＴＤＢ４ＢはＴＤＢ４Ａよりも高い刺激指数をもたらした。

描かれクレームされた様々な実施形態に加えて、開示された主題は、本明細書に開示されクレームされた特徴の他の組合せを有する他の実施形態も対象とする。したがって、本明細書に提示される特定の特徴は、開示される主題が本明細書に開示された特徴の任意の好適な組合せを含むように、開示される主題の範囲内で他の方法で互いに組み合わせることができる。開示される主題の特定の実施形態の前述の説明は、例示および説明の目的で提示されたものである。網羅的であること、または開示される主題を開示された実施形態に限定することは意図していない。

開示される主題の精神または範囲から逸脱することなく、開示される主題の組成物および方法において様々な修正および変形を行うことができることが、当業者には明らかであろう。したがって、開示される主題は、添付の特許請求の範囲にある修正および変形ならびにそれらの等価物を含むことを意図している。

様々な刊行物、特許、および特許出願が本明細書で引用されており、それらの内容は、その全体が参照により本明細書に援用される。

Claims

組成物の、参照の傾向と比べて前記組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向を決定するための方法であって、
（ａ）リンパ球を、組成物の存在下で培養して、刺激リンパ球を生成することと、
（ｂ）リンパ球を、組成物の非存在下で培養して、非刺激リンパ球を生成することと、
（ｃ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激リンパ球の割合を決定することと、
（ｄ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する非刺激リンパ球の割合を決定することと、
（ｅ）刺激指数値を計算することと
を含み、
（ｅ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、その組成物は、前記組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより大きく、（ｅ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、その組成物は、前記組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより小さい、方法。
参照刺激指数値が、約１．０～約２．０である、請求項１に記載の方法。
参照刺激指数値が、約１．６以上、約１．７以上、または約１．８以上である、請求項１に記載の方法。
刺激指数値が、（ｃ）で決定された刺激リンパ球の割合を、（ｄ）で決定された非刺激リンパ球の割合で割ることによって決定される、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
刺激指数値が、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
リンパ球が、Ｔ細胞を含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
リンパ球の少なくとも３０％が、Ｔ細胞を含む、請求項６に記載の方法。
Ｔ細胞が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、請求項６または７に記載の方法。
Ｔ細胞の少なくとも１０％が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、請求項８に記載の方法。
リンパ球が、単一のドナーから得られる、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
リンパ球が、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
リンパ球が、約３５人～約４５人のドナーから得られる、請求項１１に記載の方法。
リンパ球が、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる、請求項１１に記載の方法。
約１×１０^５個～約１×１０^７個のリンパ球が、組成物と共に培養される、請求項１から１３のいずれか一項に記載の方法。
リンパ球が、約１０μｇ／ｕｌ～約１，０００μｇ／ｍｌの組成物と共に培養される、請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法。
組成物が、ペプチド、ポリペプチドまたは小分子化合物を含む、請求項１から１５のいずれか一項に記載の方法。
ペプチドまたはポリペプチドが、ネオアンチゲンを含む、請求項１６に記載の方法。
ポリペプチドが、抗体またはその断片である、請求項１６に記載の方法。
抗体が、ヒト、ヒト化またはキメラ抗体である、請求項１８に記載の方法。
組成物が、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である、請求項１から１５のいずれか一項に記載の方法。
リンパ球が、組成物と共に約４８時間以下にわたって培養される、請求項１から２０のいずれか一項に記載の方法。
ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激または非刺激リンパ球の割合を決定することが、フローサイトメトリーによって実施される、請求項１から２１のいずれか一項に記載の方法。
組成物の、前記組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向を決定するための方法であって、
（ａ）個々のドナーからのリンパ球を、組成物の存在下で別々に培養して、刺激リンパ球を生成することと、
（ｂ）個々のドナーからのリンパ球を、組成物の非存在下で別々に培養して、非刺激リンパ球を生成することと、
（ｃ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する個々のドナーからの刺激リンパ球の割合を決定することと、
（ｄ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現するドナーからの非刺激リンパ球の割合を決定することと、
（ｅ）ドナーの各々について刺激指数値を計算することと、
（ｆ）ドナーの刺激指数値が参照値の刺激指数値以上である反応性リンパ球ドナーの数およびドナーの刺激指数値が参照刺激指数値未満である非反応性リンパ球ドナーの数を計算することと
を含み、
反応性ドナーの数がドナーの総数の３０％を超える場合、その組成物は、前記組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向が高く、反応性ドナーの数がドナーの総数の２０％未満である場合、その組成物は、前記組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向が低い、方法。
参照刺激指数値が、約１．０～約２．０である、請求項２３に記載の方法。
参照刺激指数値が、約１．６以上、約１．７以上、または約１．８以上である、請求項２３に記載の方法。
刺激指数値が、（ｃ）で決定された個々のドナーの刺激リンパ球の割合を、（ｄ）で決定されたその個々のドナーの非刺激リンパ球の割合で割ることによって決定される、請求項２３から２５のいずれか一項に記載の方法。
刺激指数値が、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される、請求項２３から２５のいずれか一項に記載の方法。
リンパ球が、Ｔ細胞を含む、請求項２３から２７のいずれか一項に記載の方法。
リンパ球の少なくとも３０％が、Ｔ細胞を含む、請求項２８に記載の方法。
Ｔ細胞が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、請求項２８または２９に記載の方法。
Ｔ細胞の少なくとも１０％が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、請求項３０に記載の方法。
リンパ球が、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる、請求項２３から３１のいずれか一項に記載の方法。
リンパ球が、約３５人～約４５人のドナーから得られる、請求項３２に記載の方法。
リンパ球が、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる、請求項３２に記載の方法。
組成物が、ペプチド、ポリペプチドまたは小分子化合物を含む、請求項２３から３４のいずれか一項に記載の方法。
ポリペプチドが、抗体またはその断片である、請求項３５に記載の方法。
抗体が、ヒト、ヒト化またはキメラ抗体である、請求項３６に記載の方法。
ペプチドまたはポリペプチドが、ネオアンチゲンを含む、請求項３５に記載の方法。
組成物が、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である、請求項２３から３４のいずれか一項に記載の方法。
リンパ球が、組成物と共に約４８時間以下にわたって培養される、請求項２３から３９のいずれか一項に記載の方法。
ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激または非刺激リンパ球の割合を決定することが、フローサイトメトリーによって実施される、請求項２３から４０のいずれか一項に記載の方法。
ネオアンチゲンの、参照抗原と比べて前記ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向を決定するための方法であって、
（ａ）リンパ球を、ネオアンチゲンの存在下で培養して、刺激リンパ球を生成することと、
（ｂ）リンパ球を、ネオアンチゲンの非存在下で培養して、非刺激リンパ球を生成することと、
（ｃ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激リンパ球の割合を決定することと、
（ｄ）ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する非刺激リンパ球の割合を決定することと、
（ｅ）刺激指数値を計算することと
を含み、
（ｅ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、そのネオアンチゲンは、前記ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより大きく、（ｅ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、そのネオアンチゲンは、前記ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより小さい、方法。
ネオアンチゲンが、ＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体で存在する、請求項４２に記載の方法。
参照刺激指数値が、約１．０～約２．０である、請求項４２または４３に記載の方法。
参照刺激指数値が、約１．６以上、約１．７以上、または約１．８以上である、請求項４２または４３に記載の方法。
刺激指数値が、（ｃ）で決定された刺激リンパ球の割合を、（ｄ）で決定された非刺激リンパ球の割合で割ることによって決定される、請求項４２から４５のいずれか一項に記載の方法。
刺激指数値が、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される、請求項４２から４５のいずれか一項に記載の方法。
リンパ球が、Ｔ細胞を含む、請求項４２から４７のいずれか一項に記載の方法。
リンパ球の少なくとも３０％が、Ｔ細胞を含む、請求項４８に記載の方法。
Ｔ細胞が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、請求項４８または４９に記載の方法。
Ｔ細胞の少なくとも１０％が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、請求項５０に記載の方法。
リンパ球が、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる、請求項４２から５１のいずれか一項に記載の方法。
リンパ球が、約３５人～約４５人のドナーから得られる、請求項５２に記載の方法。
リンパ球が、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる、請求項５２に記載の方法。
リンパ球が、ネオアンチゲンと共に約４８時間以下にわたって培養される、請求項４２から５４のいずれか一項に記載の方法。
ＣＤ４＋であり、（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する刺激または非刺激リンパ球の割合を決定することが、フローサイトメトリーによって実施される、請求項４２から５５のいずれか一項に記載の方法。
請求項１から５６のいずれか一項に記載の方法のうちのいずれか１つを実施するための、キット。
組成物の、参照の傾向と比べて前記組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向を決定するための方法であって、
（ａ）抗原提示細胞（ＡＰＣ）を、組成物の存在下で培養して、刺激ＡＰＣを生成することと、
（ｂ）ＡＰＣを、組成物の非存在下で培養して、非刺激ＡＰＣを生成することと、
（ｃ）刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に、非刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に別々に培養することと、
（ｄ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、
（ｅ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、非刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、
（ｆ）刺激指数値を計算することと
を含み、
（ｆ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、その組成物は、前記組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより大きく、（ｆ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、その組成物は、前記組成物に特異的な抗体を誘発する傾向がより小さい、方法。
参照刺激指数値が、約１．０～約４．０、約１．０～約３．０または約１．８～約３．０である、請求項５８に記載の方法。
参照刺激指数値が、約１．６以上、約１．７以上、約１．８以上、約１．９以上、約２．０以上、約２．１以上、約２．２以上、約２．３以上、約２．４以上、約２．５以上、約２．６以上、約２．７以上、約２．８以上、約２．９以上、または約３．０以上である、請求項５８に記載の方法。
刺激指数値が、（ｄ）で決定されたＣＤ４＋リンパ球の割合を、（ｅ）で決定されたＣＤ４＋リンパ球の割合で割ることによって決定される、請求項５８から６０のいずれか一項に記載の方法。
刺激指数値が、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される、請求項５８から６０のいずれか一項に記載の方法。
ＣＤ４＋リンパ球が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、請求項５８から６２のいずれか一項に記載の方法。
ＣＤ４＋リンパ球の少なくとも１０％が、ＣＤ８－Ｔ細胞である、請求項６３に記載の方法。
ＡＰＣが、単一のドナーから得られる、請求項５８から６４のいずれか一項に記載の方法。
ＡＰＣが、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる、請求項５８から６４のいずれか一項に記載の方法。
ＡＰＣが、約３５人～約４５人のドナーから得られる、請求項６６に記載の方法。
ＡＰＣが、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる、請求項６６に記載の方法。
約１×１０^５個～約１×１０^７個のＡＰＣが、組成物と共に培養される、請求項５８から６８のいずれか一項に記載の方法。
ＡＰＣが、約１０μｇ／ｕｌ～約１，０００μｇ／ｍｌの組成物と共に培養される、請求項５８から６９のいずれか一項に記載の方法。
組成物が、ペプチド、ポリペプチドまたは小分子化合物を含む、請求項５８から７０のいずれか一項に記載の方法。
ペプチドまたはポリペプチドが、ネオアンチゲンを含む、請求項７１に記載の方法。
ポリペプチドが、抗体またはその断片である、請求項７１に記載の方法。
抗体が、ヒト、ヒト化またはキメラ抗体である、請求項７３に記載の方法。
組成物が、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である、請求項５８から７０のいずれか一項に記載の方法。
ＡＰＣが、組成物と共に約４８時間以下にわたって培養される、請求項５８から７５のいずれか一項に記載の方法。
（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現するＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することが、フローサイトメトリーによって実施される、請求項５８から７６のいずれか一項に記載の方法。
組成物の、前記組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向を決定するための方法であって、
（ａ）個々のドナーからのＡＰＣを、組成物の存在下で別々に培養して、刺激ＡＰＣを生成することと、
（ｂ）個々のドナーからのＡＰＣを、組成物の非存在下で別々に培養して、非刺激ＡＰＣを生成することと、
（ｃ）刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に、非刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に別々に培養することと、
（ｄ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、
（ｅ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、非刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、
（ｆ）ドナーの各々について刺激指数値を計算することと、
（ｇ）ドナーの刺激指数値が参照値の刺激指数値以上である反応性リンパ球ドナーの数およびドナーの刺激指数値が参照刺激指数値未満である非反応性リンパ球ドナーの数を計算することと
を含み、
反応性ドナーの数がドナーの総数の３０％を超える場合、その組成物は、前記組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向が高く、反応性ドナーの数がドナーの総数の２０％未満である場合、その組成物は、前記組成物に特異的な抗体の産生を誘発する傾向が低い、方法。
参照刺激指数値が、約１．０～約４．０、約１．０～約３．０または約１．８～約３．０である、請求項７８に記載の方法。
参照刺激指数値が、約１．６以上、約１．７以上、約１．８以上、約１．９以上、約２．０以上、約２．１以上、約２．２以上、約２．３以上、約２．４以上、約２．５以上、約２．６以上、約２．７以上、約２．８以上、約２．９以上、または約３．０以上である、請求項７８に記載の方法。
刺激指数値が、（ｄ）で決定された個々のドナーのＣＤ４＋リンパ球の割合を、（ｅ）で決定されたその個々のドナーのＣＤ４＋リンパ球の割合で割ることによって決定される、請求項７８から８０のいずれか一項に記載の方法。
刺激指数値が、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される、請求項７８から８０のいずれか一項に記載の方法。
ＣＤ４＋リンパ球が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、請求項７８から８２のいずれか一項に記載の方法。
ＣＤ４＋リンパ球の少なくとも１０％が、ＣＤ８－Ｔ細胞である、請求項８３に記載の方法。
ＡＰＣが、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる、請求項７８から８４のいずれか一項に記載の方法。
ＡＰＣが、約３５人～約４５人のドナーから得られる、請求項８５に記載の方法。
ＡＰＣが、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる、請求項８５に記載の方法。
組成物が、ペプチド、ポリペプチドまたは小分子化合物を含む、請求項７８から８７のいずれか一項に記載の方法。
ポリペプチドが、抗体またはその断片である、請求項８８に記載の方法。
抗体が、ヒト、ヒト化またはキメラ抗体である、請求項８９に記載の方法。
ペプチドまたはポリペプチドが、ネオアンチゲンを含む、請求項８８に記載の方法。
組成物が、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である、請求項７８から８７のいずれか一項に記載の方法。
ＡＰＣが、組成物と共に約４８時間以下にわたって培養される、請求項７８から９２のいずれか一項に記載の方法。
（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現するＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することが、フローサイトメトリーによって実施される、請求項７８から９３のいずれか一項に記載の方法。
ネオアンチゲンの、参照抗原と比べて前記ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向を決定するための方法であって、
（ａ）ＡＰＣを、ネオアンチゲンの存在下で培養して、刺激ＡＰＣを生成することと、
（ｂ）ＡＰＣを、ネオアンチゲンの非存在下で培養して、非刺激ＡＰＣを生成することと、
（ｃ）刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に、非刺激ＡＰＣをＣＤ４＋リンパ球と共に別々に培養することと、
（ｄ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、
（ｅ）（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現する、非刺激ＡＰＣと共に培養されたＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することと、
（ｆ）刺激指数値を計算することと
を含み、
（ｆ）における刺激指数値が参照刺激指数値以上である場合、そのネオアンチゲンは、前記ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより大きく、（ｆ）における刺激指数値が参照刺激指数値未満である場合、そのネオアンチゲンは、前記ネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発する傾向がより小さい、方法。
ネオアンチゲンが、ＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体で存在する、請求項９５に記載の方法。
参照刺激指数値が、約１．０～約４．０、約１．０～約３．０、または約１．８～約３．０である、請求項９５または９６に記載の方法。
参照刺激指数値が、約１．６以上、約１．７以上、約１．８以上、約１．９以上、約２．０以上、約２．１以上、約２．２以上、約２．３以上、約２．４以上、約２．５以上、約２．６以上、約２．７以上、約２．８以上、約２．９以上、または約３．０以上である、請求項９５または９６に記載の方法。
刺激指数値が、（ｄ）で決定されたＣＤ４＋リンパ球の割合を、（ｅ）で決定されたＣＤ４＋リンパ球の割合で割ることによって決定される、請求項９５から９８のいずれか一項に記載の方法。
刺激指数値が、外れ値合計分析によって決定されるか、または線形回帰によって決定される、請求項９５から９８のいずれか一項に記載の方法。
ＣＤ４＋リンパ球が、ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、請求項９５から１００のいずれか一項に記載の方法。
ＣＤ４＋リンパ球の少なくとも１０％が、ＣＤ８－Ｔ細胞である、請求項１０１に記載の方法。
ＡＰＣが、約２０人のドナー～約５０人のドナーから得られる、請求項９５から１０２のいずれか一項に記載の方法。
ＡＰＣが、約３５人～約４５人のドナーから得られる、請求項１０３に記載の方法。
ＡＰＣが、少なくとも約２０人のドナー、少なくとも約２５人のドナー、少なくとも約３０人のドナー、少なくとも約３５人のドナー、少なくとも約４０人のドナー、または少なくとも約４５人のドナーから得られる、請求項１０３に記載の方法。
ＡＰＣが、ネオアンチゲンと共に約４８時間以下にわたって培養される、請求項９５から１０５のいずれか一項に記載の方法。
（ｉ）ＣＤ１３４、（ｉｉ）ＣＤ１３７、または（ｉｉｉ）ＣＤ１３４とＣＤ１３７を発現するＣＤ４＋リンパ球の割合を決定することが、フローサイトメトリーによって実施される、請求項９５から１０６のいずれか一項に記載の方法。
請求項５８から１０７のいずれか一項に記載の方法のうちのいずれか１つを実施するための、キット。