KR101093508B1 - 대장암 진단용 조성물 및 그 용도 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644 유전자의 신규한 용도를 제공한다. 본 발명에 따른 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 또는 KIAA1644 유전자는 대장암과 높은 관련성을 가지므로, 상기 유전자의 발현량을 확인함으로써 대장암의 진단, 약물스크리닝 등이 가능하고, 본 발명에 따른 유전자를 대장암 치료타겟으로 할 수 있다는 장점을 갖는다.
대장암, 진단, 조성물
Description
본 발명은 대장암 진단용 조성물 및 그를 이용한 진단키트, 대장암 치료용 조성물, 및 대장암 치료제 스크리닝용 조성물 및 스크리닝 방법에 관한 것이다.
대장암은 일반적으로 소득수준이 높은 집단에서 발생률이 높아 일반적으로 '선진국형 암'으로 인식되어지고 있으며 서양의 경우 암 사망에 있어서 제2위를 차지하는 암으로 전체 암의 약 15% 정도를 차지하고 있다. 미국의 경우 연간 약 56,000명이 대장암으로 사망하고 130,000명의 새로운 대장암 환자가 발생한다고 보고되고 있으며 우리나라에서 대장암은 사망률에서 전체 암에서 차지하는 비율이 위암, 간암, 폐암에 이어 제4위를 차지하는 암이다. 1980년에 전체암의 5.8%를 차지하던 것이 1985년에는 6.1%, 1995년에는 8.2%, 가장 최근 자료인 2002년에는 11.2%로 지속적인 증가 추세를 보이고 있으며, 1991년도 자료와 비교해 볼 때 위암, 간암, 자궁경부암의 사망률이 감소한 데 비해 대장암에 의한 사망률은 인구 10만 명당 4.7명에서 11.4명으로 2배 이상 증가하였다. 이와 같은 추세가 계속된다면 2010년경에는 우리나라에서의 대장암 발생빈도가 서양의 수준에 도달할 것으로 예측되 며 2006년 대장암 발병률은 2위에 해당한다.
대장암 환자의 생존률을 높이기 위한 많은 노력이 진행되고 있으나 기존 치료법을 통하여 생존률을 향상시키기는 어려운 상태이다. 대장암 환자의 생존률을 높이기 위해서는 무엇보다도 조기진단과 새로운 대장암 맞춤타겟의 발굴이 시급하다. 대부분의 대장암은 선종에서 발생하며, 암으로의 변화에 약 10년이 소요되므로 조기진단을 통하여 전암성 병변인선종이나 조기암을 제거할 기회가 많다. 현재 사용되는 선별 검사로는 1) 대변 잠혈 검사, 2) 에스결장경 검사, 3) 대장 내시경 검사, 4) 대장 조영술이 사용되고 있는데 잠혈 검사는 조기진단용으로는 유용성이 떨어지며, 대장 조영술은 진단의 정확도가 떨어져 1cm 이하의 경우 20-50%, 1cm 이상일 때는 10-30%, 조기 대장암의 경우 15-45% 정도의 정확도를 보인다. 따라서 좀 더 정확하고 조기진단이 될 수 있는 진단시스템이 필요하며, 이는 대장암 관련 마커유전자의 발굴이 필요로 되어지는 부분이다. 또한 대장암이 발병했을 경우 예후를 예측하고 적절한 치료방침을 정하는데 대장암 마커가 적절히 활용될 수 있을 것으로 사료된다.
대장암의 발생과정에는 여러종류의 암 유전자, 종양 억제유전자등 다양한 유전자 변화가 관여하는 것으로 알려져 있다. 실제 대장암은 발암과정에서 일어나는 유전적 변화가 가장 많이 밝혀진 암이다. 대장암은 한 개의 암 유전자 또는 종양억제 유전자의 변화가 단독으로 암을 유발시킬 수 있는 것이 아니고 정상 대장 점막세포가 선종의 단계를 거쳐 대장암으로 진행되기 위해서는 수년에 걸친 긴 세월을 통해 여러 개의 암 관련 유전자의 변화가 축적되어야 하는데 이를 대장암 발생에 있어서 유전자의 다단계적 변화라고 한다. 여기서 중요한 것은 각 단계에서의 유전자 변화 순서가 아니라 궁극적으로 누적되는 유전자들의 변화의 총합이다. 대장암 발생과정에 관여하는 유전적 변화로는 K-ras, APC, MCC 유전자, 18번 염색체의 DCC유전자, 17번 염색체의 p53 유전자, 그리고 DNA methylation의 이상 등이 있으며, hMSH2, hMSH1, hPMS1, hPMS2 등의 돌연변이도 관계된다.
이와 같이,암의 형성은 다양한 유전자들과 이들 유전자들의 발현및 조절 기작이 복합적으로 연관되어 진행되므로 최근 들어 다량의 유전자를 사용하는 올리고 칩을 이용한 암 관련 유전자들의 발현률을 비교하여 암의 새로운 진단이나 치료의 마커를 발굴하기 위한 연구들이 이루어지고 있다. 암세포에서 발현이 증가하거나 감소하는 유전자들은 세포분열, 세포신호전달, 세포 골격, 세포 운동, 세포 방어, 유전자및 단백질의 발현 그리고 세포내 물질대사등 여러부분에 관여하는 것으로 환자 조직들에 따라 동일한 발현변화를 보이는 유전자가 있는 반면 다른 발현 변화를 보이는 유전자들이 많다. 이것은 각각 환자들이 특이성 때문일 가능성이 크므로 연구하는 대상의 환자 조직들의 정확한 병리학적 소견과 분류에 따라야 하며 정확한 유전자를 이용한 진단에는 보다 많은 새로운 유전자들의 검색과 확인이 필요하다.
특정 세포내에서 특정 유전자의 발현 빈도를 조사함으로서 대장암 관련된 유전자의 발굴이 가능하며, 이를 통하여 대장암 진행의 분자적 메카니즘을 이해하게 되고, 나아가 대장암 진단 및 치료 타겟으로의 사용이 가능하게 될 것이다.
현재 C13ORF18와 C13ORF3는 유전자의 기능에 대해서 전혀 보고된 바가 없으며, ASPM는 유사분열시 방추체를 조절하는 역할을 하며 주로 신경분화와 관련되어 보고되어 있다 [Nousiainen 등, PNAS, 2006]. 또한, ARID3A는 RB1 단백질과 E2F1 전사인자 신호전달과정의 또 다른 전사인자로서 세포주기조절에 관여하며, B 세포 분화에 관계한다고 보고 되어 있고[Ma 등, Mol Cancer Res, 2003], C2ORF15는 콜라겐 축적의 negative 조절자로서의 역할이 알려져 있다[Pyagay 등, Circ Res. 200]. 그리고, IQGAP3는 GTPase activating 단백질로서 Rac1 과 Cdc42의 새로운 타겟으로 신경돌기의 성장에 관계되어 보고되어 졌으며[Wang 등 J Cell Sci, 567-577, 2007], LOC644773는 ARP3 actin-related protein 3 homolog B로서 정의 되고 pseudogene일 가능성이 있으며 유전자의 기능에 대해서 전혀 보고된 바가 없으며, LOC144501는 keratin 의 새로운 멤버로서 기능이 알려져 있지는 않다 [Rogers 등, J. Invest Dermatol 536-544, 2005].
FLJ22655는 hypothetical 단백질을 암호화하고 있으나, 그 기능은 알려져 있지 않은 유전자이며, ZG16는 zymogen granule protein 16으로 간암에서 현저히 줄어드는 것으로 알려져 있고 [Zhou YB등 BBRC 2007], VMD2L2 는 칼슘민감성 chloride 채널을 형성하는 단백질로서 알려져 있을 뿐 암과의 관련성은 보고된 바 없다[Tsunenari 등, J Biol Chem 41114-41125, 2003]. 또한, MS4A12는 막 단백질로서 복합 수용체의 구성원 중의 하나이고 세포신호전달에 관여한다고 보고되어 있고[Liang등, Genomics, 119-127, 2001], KIAA1644는 그 기능이 아직 알려진 바 없다.
본 발명자들은 상기 유전자들이 대장암관련성이 있음을 발견하여 본 발명을 완성하였다.
본 발명은 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644 유전자의 신규한 용도를 제공하는 것을 목적으로 한다.
보다 구체적으로, 본 발명은 상기 유전자로부터 발현된 단백질을 포함하는 대장암 진단용 또는 대장암치료제 스크리닝용 조성물, 상기 유전자의 억제제 또는 상기 유전자로부터 발현된 단백질의 억제제 및 약제학적으로 허용되는 담체를 포함하는 대장암 치료용 조성물, 및 대장암 진단용 키트를 제공하고자 한다.
본 발명은 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 대장암 진단용 조성물을 제공한다.
본 발명의 'C13ORF18', 'C13ORF3', 'ASPM', 'ARID3A', 'C2ORF15', 'IQGAP3', 'LOC644773', 'LOC144501', 'FLJ22655', 'ZG16', 'VMD2L2', 또는 'MS4A12'의 '유전자'라 함은 이들 유전자의 DNA 또는 mRNA를 말하며, DNA 또는 mRNA의 전부 또는 일부를 모두 포함하는 개념이다.
본 발명의 대장암 진단용 조성물은 상기 유전자 외에도 핵산의 구조를 안정하게 유지시키는 증류수 또는 완충액을 포함할 수 있다.
상기 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, 및 LOC144501 유전자는 대장암세포에서 특이적으로 발현이 증가하며, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644 유전자는 대장암세포에서 특이적으로 발현이 감소한다. 따라서 상기 유전자의 발현정도를 조사하면 대장암을 진단할 수 있다.
상기 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644유전자의 서열정보는 표 1에 나타낸 바와 같다.
본 발명은 또한 상기 유전자들의 대장암 진단 용도 및 상기 조성물과 대상체로부터 얻은 시료 간의 반응을 확인하여 대장암을 진단하는 방법을 제공한다.
본 발명의 진단 방법에서 상기 유전자를 포함하는 조성물과 시료 간의 반응의 확인은 DNA-DNA, DNA-RNA, DNA-단백질 간의 반응 여부를 확인하는데 사용되는 통상적인 방법들, 예컨대 DNA 칩, 단백질 칩, 중합효소 연쇄반응 (PCR), 노던 블롯팅, 서던 블롯팅, ELISA(Enzyme Linked Immunosorbent assay), 효모 이중 혼성법(yeast two-hybrid), 2-D 겔 분석 및 시험관 내 결합 에세이 (in vitro binding assay) 등을 이용할 수 있다. 예컨대 상기 유전자의 전부 또는 일부를 프로브로 사용하여 대상자의 체액으로부터 분리한 핵산과 하이브리드화한 후 당분야에 공지된 다양한 방법, 예컨대 역전사 중합효소 연쇄반응(reverse transcription polymerases chain reaction), 써던블로팅(southern blotting), 노던 블롯팅(Northern blooting) 등으로 이를 검출함으로써 대상자에서 상기 유전자가 고발현된 상태인지 또는 저발현된 상태인지 조사하면 대장암의 발생 여부를 판단할 수 있다. 상기 프로브를 방사선 동위원소 또는 효소 등으로 표지하면 용이하게 유전자의 존재를 확인할 수 있다. 상기 프로브의 염기서열은 상기 유전자의 염기서열과 70% 이상의 유사성이 있으면 족하다. 상기 프로브는 본 발명의 센스 및 안티센스 프라이머를 이용한 유전자 증폭법에 의해 제조할 수 있다.
또한, 본 발명은 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자의 센스 및 안티센스 프라이머쌍을 포함하는 대장암 진단용 조성물을 제공한다.
상기 센스 및 안티센스 프라이머쌍은 상기 유전자에 대한 상보적인 염기서열을 갖는 서열번호 3~28의 프라이머쌍일 수 있다. 상기 프라이머쌍은 다음의 표 2에 정리하였다. 본 발명에서 '상보적'이란 프라이머의 염기서열에서 완전히 상보적인 것과 80% 이상의 상동성이 있는 것을 포함하는 개념이다.
상기 센스 프라이머 및 안티센스 프라이머를 이용한 공지의 방법으로 상기 13종의 유전자의 발현양을 측정할 수 있다. 예를 들면, RT-PCR방법 등으로 측정할 수 있다.
본 발명은 또한 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자로부터 발현된 단백질을 포함하는 대장암 진단용 조성물을 제공한다.
본 발명의 조성물은 상기 단백질 외에도 단백질의 구조를 안정하게 유지시키는 증류수 또는 완충액을 포함할 수 있다.
앞서 언급한 바와 같이, 상기 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, 및 LOC144501 유전자는 대장암세포에서 특이적으로 발현이 증가하며, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644 유전자는 대장암세포에서 특이적으로 발현이 감소하므로 상기 유전자들로부터 발현된 단백질을 이용하여 상기 유전자 또는 단백질의 과발현 또는 저발현 여부를 조사하면 대장암을 진단할 수 있다.
본 발명은 또한 상기 단백질의 대장암 진단 용도 및 상기 조성물과 대상체로부터 얻은 시료 간의 반응을 확인하여 대장암을 진단하는 방법을 제공한다.
본 발명의 진단 방법에서 상기 단백질을 포함하는 조성물과 시료 간의 반응의 확인은 DNA-단백질, RNA-단백질, 단백질-단백질 간의 반응 여부를 확인하는데 사용되는 통상적인 방법들, 예컨대 DNA 칩, 단백질 칩, 중합효소 연쇄반응 (PCR), 노던 블롯팅, 서던 블롯팅, 웨스턴 블롯팅, ELISA(Enzyme Linked Immunosorbent assay), 특이적 면역염색(histoimmunostaining), 효모 이중 혼성법(yeast two-hybrid), 2-D 겔 분석 및 시험관 내 결합 에세이 (in vitro binding assay) 등을 이용할 수 있다. 예컨대 상기 유전자들로부터 발현된 단백질의 전부 또는 일부를 프로브로 사용하여 대상자의 체액으로부터 분리한 핵산 또는 단백질과 하이브리드화한 후 당분야에 공지된 다양한 방법, 예컨대 역전사 중합효소 연쇄반응(reverse transcription polymerases chain reaction), 웨스턴 블로팅(western blotting) 등으로 이를 검출함으로써 대상자에서 상기 유전자가 고발현된 상태인지 조사하면 대장암의 발생 여부를 판단할 수 있다. 상기 프로브를 방사선 동위원소 또는 효소 등으로 표지하면 용이하게 유전자의 존재를 확인할 수 있다.
또한 본 발명의 조성물은 상기 단백질 대신 상기 단백질에 대한 특이적 항체를 포함할 수 있다. C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, 또는 LOC144501 유전자는 대장암세포에서 특이적으로 발현이 증가하여 상기 유전자로부터 발현된 단백질의 양 또한 증가하게 되며, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 또는 KIAA1644 유전자는 대장암세포에서 특이적으로 발현이 감소하여 상기 유전자로부터 발현된 단백질의 양 또한 감소하게 된다. 따라서 상기 유전자로부터 발현된 단백질에 대한 항체를 이용하는 경우, 항원-항체 반응을 통해 상기 단백질을 검출해 내어 대장암을 진단할 수 있다.
상기 단백질에 대한 모노클로날 항체는 당업계에 통상적인 모노클로날 항체 제작 방법을 통해 제작되어 사용될 수도 있고, 시판되는 것을 사용할 수 있다. 상기 단백질에 대한 모노클로날 항체는 일반적으로 알칼라인 포스파타아제(alkaline phosphatase, AP) 또는 호올스래디쉬 퍼록시다제(horseradish peroxidase, HRP) 등의 효소가 컨쥬게이션된 2차 항체 및 이들의 기질을 사용하여 발색반응시킴으로써 정량분석할 수도 있고, 아니면 직접 상기 단백질에 대한 모노클로날 항체에 AP 또는 HRP 효소 등이 컨쥬게이션된 것을 사용하여 정량분석할 수도 있다. 또한, 모노클로날 항체 대신에 상기 단백질을 인식하는 폴리클로날 항체를 사용할 수도 있고 이는 당업계에 통상적인 항혈청 제작 방법을 통해 제작되어 사용될 수도 있으며, 항원결합성을 갖는 것이면 모노클로날 항체 또는 폴리클로날 항체의 일부도 본 발명의 항체에 포함되고, 모든 면역 글로불린 항체가 포함된다. 나아가, 본 발명의 항체에는 인간화 항체 등의 특수항체도 포함된다.
상기 항체는 본 발명의 13종의 각 유전자를 통상적인 방법에 따라 발현벡터에 클로닝하여 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질을 얻고, 얻어진 단백질로부터 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다. 여기에는 13종의 단백질의 부분 펩타이드도 포함하며, 본 발명의 부분펩타이드로는 최소한 7개 이상, 바람직하게는 12개 이상의 아미노산을 포함한다.
또한 본 발명은 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자, 상기 유전자의 센스 및 안티센스 프라이머쌍, 상기 유전자로부터 발현된 단백질, 또는 상기 단백질에 대한 항체를 포함하는 대장암 진단용 키트를 제공한다.
상기 대장암 진단용 키트는 지지체, 적당한 완충용액, 발색 효소 또는 형광물질로 표지된 2차 항체, 발색 기질액, 또는 1,6-N-아세틸글루코사민 당쇄가지 변화를 측정하기 위한 L4-PHA, 폴리(A) RNA 분리시약 등을 더 포함할 수 있다.
상기 지지체는 니트로셀룰로오즈막, 폴리비닐수지로 합성된 96웰플레이트(96 well plate), 폴리스티렌수지로 합성된 96웰플레이트, 또는 유리로 된 슬라이드글라스 등일 수 있고, 상기 발색효소는 퍼옥시다아제(peroxidase), 또는 알칼라인 포스파타아제(alkaline phosphatase) 등일 수 있으며, 상기 형광물질은 FITC, 또는 RITC 등일 수 있고, 상기 발색 기질액은 ABTS(2,2'-Azino-bis(3-ethylbenzenzothiazoline-6-sulfonic acid)), OPD(o-Phenylenediamine), 또는 TMB(Tetramethyl Benzidine) 등일 수 있다.
본 발명은 또한 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 대장암 치료제 스크리닝용 조성물을 제공한다. 또한 본 발명은 상기 조성물의 대장암치료제 스크리닝용 용도 및 상기 조성물을 표적물질로 이용하여 시험대상물질을 접촉시키고, 표적물질과 시험대상물질 간의 반응을 확인하여, 시험대상물질이 상기 유전자의 발현을 증진시키는 활성 또는 억제하는 활성을 나타내는지를 결정하는 단계를 포함하는 대장암치료제 스크리닝 방법을 제공한다.
본 발명의 스크리닝 방법에서 상기 유전자를 포함하는 조성물과 시험대상물질 간의 반응 확인은, DNA-DNA, DNA-RNA, DNA-단백질, DNA-화합물 간의 반응 여부를 확인하는데 사용되는 통상적인 방법들을 사용할 수 있다. 예를 들면, 생체 외부에서(in vitro) 상기 유전자와 시험대상물질 사이의 결합 여부를 확인하기 위한 혼성화 시험, 포유류세포와 시험대상물질을 반응시킨 후 노던 분석, 정량적 PCR, 정량적 실시간 PCR 등을 통한 상기 유전자의 발현율 측정 방법, 또는 상기 유전자에 리포터 유전자를 연결시켜 세포 내로 도입한 후 시험대상물질과 반응시키고 리포터 단백질의 발현율을 측정하는 방법 등을 사용할 수 있다. 이러한 경우 본 발명의 조성물은 상기 유전자 외에도, 핵산의 구조를 안정하게 유지시키는 증류수 또는 완충액을 포함할 수 있다.
또한, 본 발명은 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자로부터 발현된 단백질을 포함하는 대장암치료제 스크리닝용 조성물을 제공한다. 본 발명은 또한 상기 조성물의 대장암치료제 스크리닝용 용도 및 상기 조성물을 표적물질로 이용하여 시험대상물질을 접촉시키고, 표적물질과 시험대상물질 간의 반응을 확인하여, 시험대상물질이 상기 단백질의 기능을 증진시키는 활성 또는 억제하는 활성을 나타내는지를 결정하는 단계를 포함하는 대장암치료제 스크리닝 방법을 제공한다.
본 발명의 스크리닝 방법에서 상기 단백질을 포함하는 조성물과 시험대상물질 간의 반응 확인은, 단백질-단백질, 단백질-화합물 간의 반응 여부를 확인하는데 사용되는 통상적인 방법들을 사용할 수 있다. 예를 들면, 상기 단백질과 시험대상물질을 반응시킨 후 활성을 측정하는 방법, 효모 이중 혼성법(yeast two-hybrid), 상기 단백질에 결합하는 파지 디스플레이 펩티드 클론(phage-displayed peptide clone)의 검색, 천연물 및 화학물질 라이브러리(chemical library) 등을 이용한 HTS(high throughput screening), 드럭 히트 HTS(drug hit HTS), 세포 기반 스크리닝(cell-based screening), 또는 DNA 어레이(DNA array)를 이용하는 스크리닝법 등을 사용할 수 있다. 이러한 경우 본 발명의 조성물은 상기 단백질 외에도, 단백질의 구조 또는 생리 활성을 안정하게 유지시키는 완충액 또는 반응액을 포함할 수 있다. 또한 본 발명의 조성물은 생체 내(in vivo) 실험을 위해, 상기 단백질을 발현하는 세포, 또는 전사율을 조절할 수 있는 프로모터 하에 상기 단백질을 발현하는 플라스미드를 함유하는 세포 등을 포함할 수 있다.
본 발명의 스크리닝 방법에서, 시험대상물질은 통상적인 선정방식에 따라 대장암전이 억제제로서의 가능성을 지닌 것으로 추정되거나 또는 무작위적으로 선정된 개별적인 핵산, 단백질, 기타 추출물 또는 천연물, 화합물 등이 될 수 있다.
본 발명의 스크리닝 방법을 통해 얻은, 대장암 고발현 유전자의 발현을 증진시키거나 단백질의 기능을 증진시키는 활성을 나타내는 시험대상물질 및 반대로 대장암 고발현 유전자의 발현을 억제시키거나 단백질의 기능을 억제시키는 활성을 나타내는 시험대상물질은, 전자의 경우, 시험대상물질에 대한 억제제를 개발함으로써 대장암치료제 후보물질이 될 수 있고, 후자의 경우는 대장암치료제 후보물질이 될 수 있다. 또한, 대장암 저발현 유전자의 발현을 증진시키거나 단백질의 기능을 증진시키는 활성을 나타내는 시험대상물질 및 반대로 대장암 저발현 유전자의 발현을 억제시키거나 단백질의 기능을 억제시키는 활성을 나타내는 시험대상 물질은, 전자의 경우, 대장암치료제 후보물질이 될 수 있고, 후자의 경우, 시험대상물질에 대한 억제제를 개발함으로써 대장암치료제 후보물질이 될 수 있다. 이와 같은 대장암치료제 후보물질은 이후의 대장암치료제 개발과정에서 선도물질(leading compound)로서 작용하게 되며, 선도물질이 상기 유전자 또는 그로부터 발현되는 단백질의 기능 억제효과를 나타낼 수 있도록 그 구조를 변형시키고 최적화함으로써, 새로운 대장암치료제를 개발할 수 있다.
본 발명은 또한 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자의 siRNA를 제공한다.
상기 siRNA의 염기서열은 상기 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자(mRNA)의 염기서열 중 각각의 서열에서 연속된 19~23개의 염기서열일 수 있다.
상기 siRNA의 서열은 편의상 정방향 서열(sense strand)을 나타낸 것으로, 실제 유전자 억제효과를 나타내는 역방향 서열(antisense strand)과 함께 이중리보핵산쇄를 구성하게 된다.
본 발명의 siRNA는 짧은 19-23개의 이중 리보핵산쇄로 세포내에 도입하면 비특이적 저해(non-specific inhibition)없이 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자 발현만을 억제하는 효과를 나타내므로, 대장암 관련 유전자 기능연구에 이용할 수 있다. 또한, 상기 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, 및 LOC144501로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자 발현을 억제하여 대장암세포를 죽이는 효과도 나타낼 수 있다.
본 발명은 또한 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, 및 LOC144501로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 억제제를 포함하는 대장암 치료용 조성물을 제공한다.
상기 조성물은 약제학적으로 허용되는 담체를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, 및 LOC144501로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자는 대장암 세포에서 다량 발현되므로, 상기 유전자의 억제제를 투여하여 상기 유전자의 발현을 저해시키면 대장암을 억제할 수 있다.
따라서 본 발명은 또한 상기 유전자의 억제제의 대장암 치료 용도 및 유효량의 상기 유전자의 억제제를 환자에게 투여하는 단계를 포함하는 대장암 치료방법을 제공한다. 본 발명에 있어서 대장암 치료는 대장암의 예방 및 억제를 포함한다.
본 발명에 있어서, C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, 및 LOC144501로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 억제제는 상기 유전자의 mRNA에 대한 안티센스 올리고뉴클레오타이드일 수 있다.
안티센스 올리고뉴클레오타이드는 생체 내 뿐만 아니라 생체 외에서도 유전자-특이적 억제를 달성하기 위해 성공적으로 사용되어 왔다. 안티센스 뉴클레오타이드는 특정 DNA 또는 RNA 타겟에 대해 안티센스(또는 상보)인 짧은 길이의 DNA 합성 가닥(또는 DNA 아날로그)이다. 안티센스 올리고뉴클레오타이드는 타겟에 결합하고 전사, 번역 또는 스플라이싱의 단계에서 발현을 멈추게 함으로써 DNA 또는 RNA 타겟에 의해 인코드된 단백질의 발현을 막기 위해 제안되었다. 안티센스 올리고뉴클레오타이드는 세포 배양 및 질병의 동물 모델에서도 성공적으로 이용되어 왔다(Hogrefe, 1999). 올리고뉴클레오타이드가 분해되지 않도록 더욱 안정하고 저항적이 되게 하기 위한 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 또 다른 변형이 당업자에게 알려져 있고 이해된다. 여기서 사용된 안티센스 올리고뉴클레오타이드는 이중나선 또는 단일나선 DNA, 이중나선 또는 단일나선 RNA, DNA/RNA 하이브리드, DNA 및 RNA 아날로그 및 염기, 당 또는 백본 변형을 지닌 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 올리고뉴클레오타이드는 안정성을 증가시키고, 뉴클레아제 분해에 대한 저항성을 증가시키기 위해 당분야에 알려진 방법에 의해 변형된다. 이들 변형은 당분야에 알려져 있는 올리고뉴클레오타이드 백본의 변형, 당 모이어티의 변형 또는 염기의 변형을 포함하나 이에 한정적인 것은 아니다.
또한, C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, 및 LOC144501로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 억제제는 상기 유전자의 siRNA(Small Interfering RNA)일 수 있다.
즉, 상기 siRNA의 염기서열은 상기 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, 및 LOC144501로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자(mRNA)의 염기서열 중 각각의 서열에서 연속된 19~23개의 연속된 염기서열일 수 있다.
상기 siRNA의 서열은 편의상 정방향 서열(sense strand)을 나타낸 것으로, 실제 유전자 억제효과를 나타내는 역방향 서열(antisense strand)과 함께 이중리보핵산쇄를 구성하게 된다.
siRNA는 세포 배양 및 생체 내에서 오래 지속되는 효과, 생체 내에서 세포를 트랜스펙션시키는 능력 및 혈청 내 분해에 대한 저항력의 측면에서 생체 내에서 특정한 유전자의 발현의 저해에 대해 매우 강한 약물이 되는 잠재력을 지닌다(Bertrand et al., 2002). siRNA의 전달 및 siRNA를 포함한 발현 컨스트럭트/벡터는 당업자에게 알려져 있다. 예를 들어, 미국 출원 제2004/106567 및 2004/0086884는 바이러스성 벡터, 비바이러스성 벡터, 리포솜 전달 운반체, 플라스미드 주입 시스템, 인공 바이러스 엔벨로프 및 폴리라이신 컨쥬게이트를 포함한 전달 메커니즘뿐만 아니라 많은 발현 컨스트럭트/벡터를 제공하고 있다.
siRNA는 상대적으로 낮은 농도로도 안티센스 올리고뉴클레오타이드에 의해 얻을 수 있는 효과와 동등하거나 높은 효과를 얻을 수 있기 때문에 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 대안으로 제시되고 있다(Thompson, 2002). siRNA의 이용은 질병의 동물 모델에 있어서 유전자 발현을 저해하는 데 대중성을 나타내고 있다. 당업자는 당해 기술 분야에 공지된 방법을 이용하여 원하는 방식대로 상기 안티센스 올리고뉴클레오타이드 및 siRNA를 합성하고 변형시킬 수 있다(예를 들어, Andreas Henschel, Frank Buchholz1 and Bianca Habermann (2004) DEQOR: a web-based tool for the design and quality control of siRNAs. Nucleic Acids Research 32(Web Server Issue):W113-W120. 참조). 또한 당업자는 안티센스 올리고뉴클레오타이드 또는 siRNA를 지닌 발현 컨스트럭트/벡터에 유용한 조절 서열(예컨대, 구성적 프로모터, 유도성 프로모터, 조직-특이적 프로모터 또는 그의 결합)을 잘 이해하고 있다.
대장암 치료를 위해 사용되는 본 발명의 안티센스 올리고뉴클레오타이드 또는 siRNA는 약제학적으로 허용되는 담체를 추가적으로 포함한 조성물의 형태로 투여될 수 있다. 적당한 약제학적으로 허용되는 담체는 예를 들어 하나 이상의 물, 식염수, 인산 완충 식염수, 덱스트린, 글리세롤, 에탄올뿐만 아니라 이들의 조합을 포함한다. 이러한 조성물은 투여 후 활성 성분의 빠른 방출, 또는 지속적이거나 지연된 방출을 제공하도록 제제화될 수 있다.
상기 유전자의 저해제는 안티센스 올리고뉴클레오타이드 또는 siRNA 외에도 상기 유전자의 발현을 억제하는 물질이면 어떤 것이든 가능하다. 따라서 종래 당해 기술 분야에서 상기 유전자의 저해제로 알려진 화합물 또한 이용가능하다.
본 발명은 또한 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, 및 LOC144501로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자로부터 발현된 단백질에 대한 억제제를 포함하는 대장암 치료용 조성물을 제공한다.
본 발명의 유전자를 억제하면 그에 따른 단백질의 발현이 억제되어 대장암이 억제되는 것이므로, 상기 유전자의 단백질을 저해하면 대장암을 억제할 수 있다.
따라서 본 발명은 상기 단백질에 대한 억제제의 대장암 치료 용도 및 유효량의 상기 단백질의 억제제를 환자에게 투여하는 단계를 포함하는 대장암 치료방법을 제공한다. 본 발명에 있어서 대장암 치료는 대장암의 예방 및 억제를 포함한다.
상기 단백질에 대한 억제제는 본 발명의 유전자로부터 발현된 단백질에 대한 항체일 수 있다. 상기 단백질에 대한 모노클로날 항체는 당업계에 통상적인 모노클로날 항체 제작 방법을 통해 제작되어 사용될 수도 있고, 시판되는 것을 사용할 수 있다. 또한, 모노클로날 항체 대신에 상기 단백질을 인식하는 폴리클로날 항체를 사용할 수도 있고 이는 당업계에 통상적인 항혈청 제작 방법을 통해 제작되어 사용될 수도 있다.
본 발명의 대장암 치료용 조성물은 투여를 위해서 상기 기재한 유효 성분 이외에 추가로 약제학적으로 허용되는 담체를 1종 이상 포함하여 약제학적 조성물로 바람직하게 제제화할 수 있다. 본 발명의 단백질에 대한 억제제가 항체일 경우 약제학적으로 허용되는 담체는 결합 단백질의 저장 수명 또는 유효성을 증가시키는 습윤제 또는 유화제, 방부제 또는 완충액과 같은 최소량의 보조 물질로 구성될 수 있다.
또한 본 발명의 대장암 치료용 조성물은 하나 또는 그 이상의 대장암치료제와 함께 사용될 수 있다. 본 발명의 대장암 치료용 조성물은 예를 들어 당업자에게 잘 알려진 화학요법약제(chemotherapeutic agent), 예컨대, 사이클로포스파마이드, 아지리딘, 알킬알콘설포네이트, 나이트로소우레아, 다카르바진, 카르보플라틴, 시스플라틴 등과 같은 알킬화제(alkylating agent), 마이토마이신 C, 안트라사이클린, 독소루비신(아드리아마이신) 등과 같은 항생제, 메토트렉세이트, 5-플루오로우라신, 시타라빈 등과 같은 항대사제(antimetabolitic agent), 빈카 알칼로이드와 같은 식물유래 약제 및 호르몬 등을 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 대장암 치료용 조성물은 상기 유효 성분 외에도 약제학적으로 적합하고 생리학적으로 허용되는 보조제를 포함할 수 있으며, 이러한 보조제로는 부형제, 붕해제, 감미제, 결합제, 피복제, 팽창제, 윤활제, 활택제, 또는 가용화제 등이 있다.
또한 본 발명의 조성물은 투여를 위해서 상기 기재한 유효 성분 이외에 추가로 약제학적으로 허용되는 담체를 1종 이상 포함하여 약제학적 조성물로 바람직하게 제제화할 수 있다.
액상 용액으로 제제화되는 조성물에 있어서 허용되는 약제학적 담체로는, 멸균 및 생체에 적합한 것으로서, 식염수, 멸균수, 링거액, 완충 식염수, 알부민 주사용액, 덱스트로즈 용액, 말토 덱스트린 용액, 글리세롤, 에탄올 및 이들 성분 중 1 성분 이상을 혼합하여 사용할 수 있으며, 필요에 따라 항산화제, 완충액, 정균제 등 다른 통상의 첨가제를 첨가할 수 있다. 또한 희석제, 분산제, 계면활성제, 결합제 및 윤활제를 부가적으로 첨가하여 수용액, 현탁액, 유탁액 등과 같은 주사용 제형, 환약, 캡슐, 과립 또는 정제로 제제화할 수 있다. 더 나아가 해당분야의 적절한 방법으로 Remington's Pharmaceutical Science, Mack Publishing Company, Easton PA에 개시되어 있는 방법을 이용하여 각 질환에 따라 또는 성분에 따라 바람직하게 제제화할 수 있다.
본 발명의 대장암 치료용 조성물의 약제 제제 형태는 과립제, 산제, 피복정, 정제, 캡슐제, 좌제, 시럽, 즙, 현탁제, 유제, 점적제 또는 주사 가능한 액제 및 활성 화합물의 서방출형 제제 등이 될 수 있다.
본 발명의 대장암 치료용 조성물은 정맥내, 동맥내, 복강내, 근육내, 동맥내, 복강내, 흉골내, 경피, 비측내, 흡입, 국소, 직장, 경구, 안구내 또는 피내 경로를 통해 통상적인 방식으로 투여할 수 있다.
본 발명의 치료 방법에 있어서, "유효량"은 대장암을 억제하는 효과를 이루는데 요구되는 양을 의미한다. 따라서, 본 발명의 유효 성분의 "유효량"은 질환의 종류, 질환의 중증도, 조성물에 함유된 유효 성분 및 다른 성분의 종류 및 함량, 제형의 종류 및 환자의 연령, 체중, 일반 건강 상태, 성별 및 식이, 투여 시간, 투여 경로 및 조성물의 분비율, 치료 기간, 동시 사용되는 약물을 비롯한 다양한 인자에 따라 조절될 수 있다. 성인의 경우, 상기 유전자 또는 단백질의 억제제를 1일 1회 내지 수회 투여시, siRNA일 경우 0.01ng/kg~10㎎/kg, 상기 유전자의 mRNA에 대한 안티센스 올리고뉴클레오타이드인 경우 0.01ng/kg~10㎎/kg, 화합물일 경우 0.1ng/kg~10㎎/kg, 상기 단백질에 대한 모노클로날 항체일 경우 0.1ng/kg~10㎎/kg의 용량으로 투여하는 것이 바람직하다.
본 발명에 있어서, 상기 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644 유전자는 표 1의 염기서열 또는 상기 염기서열 중 하나 이상의 염기가 결실, 치환 또는 삽입된 염기서열일 수 있다.
상기 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644 유전자, 상기 유전자의 센스 및 안티센스 프라이머쌍, 및 상기 유전자의 siRNA 서열은 예시일 뿐 이에 한정되는 것이 아님은 당업자에게 자명하다. 상기 서열들에 대해 실질적인 서열 동일성 또는 실질적인 서열 상동성을 지닌 서열 또한 본 발명의 범주에 포함된다. 여기서 사용된 "실질적인 서열 동일성" 또는 "실질적인 서열 상동성"이라는 용어는 서열이 또 다른 서열과의 실질적인 구조적 또는 기능적 동일성을 나타냄을 표현하기 위해 사용된다. 이러한 차이는 예를 들어 다른 종 간의 코돈 용법의 고유의 변이에 기인한다. 2 이상의 다른 서열 사이의 유의적인 양의 서열 중복 또는 유사성이 있는 경우 이들 서열의 길이 또는 구조가 다르더라도 유사한 물리적 특성을 지니는 경우 구조적 차이는 무시할만한 정도가 된다.
본 발명에서 유전공학적 기술과 관련된 사항은 샘브룩 등의 문헌(Sambrook, et al. Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor laboratory Press, Cold Spring Harbor, N. Y. (2001)) 및 프레드릭 등의 문헌 (Frederick M. Ausubel et al., Current protocols in molecular biology volume 1, 2, 3, John Wiley & Sons, Inc. (1994))에 개시되어 있는 내용에 의해 보다 명확하게 된다.
C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 또는 KIAA1644 유전자는 대장암과 높은 관련성을 가지므로, 상기 유전자의 발현량을 확인함으로써 대장암의 진단, 약물스크리닝 등이 가능하고, 본 발명의 유전자를 대장암 치료타겟으로 할 수 있다.
본 발명의 이점 및 특징, 그리고 그것들을 달성하는 방법은 상세하게 후술되어 있는 실시예들을 참조하면 명확해질 것이다. 그러나 본 발명은 이하에서 개시되는 실시예들에 한정되는 것이 아니라 서로 다른 다양한 형태로 구현될 것이며, 단지 본 실시예들은 본 발명의 개시가 완전하도록 하고, 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 발명의 범주를 완전하게 알려주기 위해 제공되는 것이며, 본 발명은 청구항의 범주에 의해 정의될 뿐이다.
<실시예 1> 대장암진단용 유전자 확인
1-1. 대장암 임상조직과 정상조직, 6개의 대장암 세포주에서 총 RNA 분리
(1) 대장암 임상조직의 준비
66쌍의 환자의 대장암 조직과 정상 조직은 삼성의료원으로부터 공급 받았다. 임상조직은 환자로부터 외과적으로 제거된 후, 분석때 까지 이를 액체질소에 보관하였다.
(2) 대장암 세포주의 준비
10% 소혈청(Fetal Bovine Serum, GIBCO사), 페니실린 (10000U/ml)과 스트렙토마이신(10mg/ml) 을 첨가한 RPMI1640 (GIBCO) 배양액을 10mm 디쉬에 10ml씩 분주한 후 대장암 세포주인 HT29, SW480, DLD1, HCT116, SW620, Colo205(각각의 입수처 기재바랍니다.) 를 디쉬당 세포수가 1X106 이 되도록 접종하고 이를 37℃, 5% CO2 가 존재하는 배양기에서 배양하였다.
(3) 총 RNA 분리
총 RNA는 QIAGEN 킷트 (RNeasy Maxi kit: cat #75162)를 사용하여 분리하였고, Experion RNA StdSens(Bio-Rad사) 칩을 이용하여 정량하였다. 우선 상기 대장암 임상조직과 정상조직을 적절한 크기로 자른 후 150ul 의 베타 멀캅토 에탄올을 첨가한 15ml의 키트 내 분해 완충액에 용해시켰다. 여기에 15ml의 70% 에탄올을 넣어 잘 섞은 후, 3000g에서 5분간 원심분리하여 총 RNA를 막에 부착시켰다. 두 차례의 세척을 항 후 1.2ml의 RNase가 없는 물을 첨가하여 총 RNA를 분리하였다. 부착된 세포주의 경우는 트립신, EDTA를 이용하여 회수한 후 키트 내 분해 완충액 RLN (50mM TrisCl, pH 8.0, 140mM NaCl, 1.5mM MgCl2, 0.5% NP-40) 1ml에 베타 멀캅토 에탄올 10ul 를 첨가하여 용해시켰다. 여기에 1ml의 70% 에탄올을 넣어 잘 섞은 후, 3000g에서 5분간 원심분리하여 총 RNA를 막에 부착시켰다. 두 차례의 세척을 한 후 100ul의 RNase가 없는 물을 첨가하여 총 RNA를 분리하였다.
1-2. 총 RNA를 이용한 마이크로어레이 실시 및 대장암 진단용 유전자 확인
(1) 마이크로어레이 실시
하이브리드화를 위해 실시예 1-1에서 추출된 총 RNA를 Illumina TotalPrep RNA Amplification Kit (Ambion사)을 이용하였다. T7 Oligo(dT) primer를 이용하여 cDNA를 합성하고, biotin-UTP를 이용하여 in vitro transcription을 실시하여 biotin-labeled cRNA를 제조하였다. 제조된 cRNA는 NanoDrop(Nanodrop사, ND-1000)을 이용하여 정량하였다. 정상 대장 상피세포 및 대장암 세포에서 제조된 cRNA를 Human-6 V2 (Illumina사) 칩에 하이브리드화 하였다. 하이브리드화 후 비특이적 하 이브리드화를 제거하기 위하여 Illumina Gene Expression System 세척액 (Illumina사)을 이용하여 Illumina Human-6 V2칩을 세척하였고, 세척된 Illumina Human-6 V2칩은 streptavidin-Cy3(Amersham사) 형광 염색약으로 표지하였다. 형광 표지된 DNA 칩은 공촛점(confocal) 레이저 스캐너 (Illumina사)를 이용하여 스캐닝하여 각 스팟에 존재하는 형광의 데이터를 얻어서 TIFF 형태의 이미지 파일로 저장하였다. TIFF 이미지 파일을 BeadStudio version 3(Illumina사)으로 정량하여 각 스팟의 형광값을 정량하였다. 정량된 결과는 Avadis Prophetic version 3.3(Strand Genomics사) 프로그램으로 ‘quantile’ 기능을 이용하여 보정하였다.
(2) 대장암 진단용 유전자 확인
상기의 과정으로 얻어진 1,601개의 유전자 발현 정도 분석을 통하여 정상 대장 상피세포와 대장암 세포의 유전자 발현 양상을 비교 분석하여, 대장암 진단용 유전자를 확인하였다. 군집화 분석(hierarchical clustering analysis)를 이용하여 유전자 발현양상을 분석하였으며, 그 결과, 정상 대장 상피세포와 대장암 세포는 크게 두 개의 군집으로 나누어지는 것을 알 수 있었다 (정상과 대장암조직). 또한, 정상 대장 상피세포와 대장암 세포를 비교하여 60% 이상의 환자에서 2배 이상의 발현차이를 나타내는 유전자들을 발견할 수 있었으며, 이중 고발현과 저발현이 각각 281개 및 605개였고, 현재 대장암에서 유전자 발현량의 변화가 보고되지 않은 대장암 마커 유전자 후보를 선발할 수 있었다.
정상조직을 대조군으로 한 대장암 조직에서의 각 유전자의 발현량을 고발현되는 유전자의 경우 붉은색으로, 저발현되는 유전자의 경우 초록색으로 나타내었 다 (도 1). 도 1에 나타난 바와 같이, 고발현 유전자로 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, 및 LOC144501을 확인하였고, 저발현 유전자로 FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 및 KIAA1644를 확인하였다.
또한, 상기 각각의 유전자에 대해 마이크로어레이 상의 구체적인 변화율과 유의성(P값), 2배이상 변화한 시료의 수, 그리고 유전자의 정의 및 알려진 기능을 표 3에 나타내었다. 표 3에 나타난 바와 같이 고발현 유전자와 저발현 유전자는 정상 대장 상피세포와 비교하여 발현차이를 크게 나타내므로, 대장암 진단, 약물 스크리닝, 또는 치료타겟 등으로 사용할 수 있음을 알 수 있다.
<실시예 2> 임상시료에서 대장암진단용 유전자 발현 확인
17쌍의 임상환자 샘플(실시예 1의 66쌍의 대장암 환자로부터 채취한 대장암조직(T1~T66)과 정상조직(N1~N66) 중 임상2기에 해당하는 환자조직 17쌍(T1~T17, N1~N17))을 이용하였으며, 실시예 1에서 확인된 8종의 대장암 고발현 유전자와 5종의 대방암 저발현 유전자의 발현량을 RT-PCR 방법을 통하여 분석하였다.
2-1. 역전사 효소 반응에 의한 cDNA 합성
17쌍의 임상환자 샘플(실시예 1의 66쌍의 대장암 환자로부터 채취한 대장암조직(T1~T66)과 정상조직(N1~N66) 중 임상2기에 해당하는 환자조직 17쌍(T1~T17, N1~N17))의 RNA 를 이용하여 cDNA를 합성하였다. 시료 각각의 총 RNA 5ug, 프라이머인 50uM Olgo(dT)20 1ul와 10mM dNTP 2.5ul,를 넣고 RNase 저해제인 DEPC 가 들어 있는 멸균수로 전체가 25ul 가 되도록 하여 RNA/primer 혼합용액을 만들었다. 65℃에서 5분간 반응시킨 후 55℃로 옮겨 보관하였다. 다음 10X RT buffer 5ul, 25mM MgCl2 10ul, 0.1M DTT 5ul, RNase inhibitor 1ul, SuperScriptIII RT 효소를 1ul 넣고 전체가 25ul 가 되도록 한 후 55℃에서 보관 중인 RNA/primer 혼합용액과 섞어준 후, 55℃에서 50분간 반응시켰다. 그 후 85℃에서 5분간 반응시켜 RT 효소를 불활성화 한후 얼음에 넣어 반응을 종결시켰다. PCR 을 하기 전에 cDNA sample에 RNase 1ul 를 처리하여 37℃에서 20분간 반응 시켜 RNA 를 제거한 후 PCR 반응을 하였다.
2-2. PCR 을 통한 cDNA 증폭과 발현량 확인
(1) 주형의 농도 보정
마커유전자를 정량하기 위한 표준 유전자로서 GAPDH를 사용하였다. 표준 유전자의 프라이머를 이용하여 PCR 반응을 수행하고 표준 유전자 GAPDH의 발현량이 동일해지도록 cDNA의 농도를 보정하였다.
우선 각각의 cDNA를 20배 희석한 후 희석된 샘플 2ul를 이용하여 PCR 반응을 수행하였다. PCR은 2X PCR premix (바이오니아사) 15ul, 2ul의 GAPDH 5' 프라이머(20pmole), 2ul 의 3' 프라이머(20pmole), 11ul 의 증류수를 넣어 사용하였고 20 cycle, 23cycle, 25cycle 을 수행하였다. 이 때 PCR 반응 조건은 94℃ 30초, 50℃ 30초, 72℃ 1분으로 수행하였으며, 산물의 크기는 457bp 이다.
PCR 산물을 2% 아가로스 젤에 로딩하여 전기영동한 후 젤 사진을 찍고, 이미지를 TotalLab v1.0 프로그램[Nonlinear Dynamix사] 으로 정량 한 후, 다시 보정하여 PCR을 수행하여 정량하는 방식으로 각 시료의 농도를 동일하게 보정하였다.
(2) PCR 에 의한 대장암 마커 유전자 증폭
상기 (1)에서 보정된 시료를 20배 희석한 cDNA 를 각 유전자의 센스 및 안티센스 프라이머를 이용하여 PCR 하였다. PCR반응은 94도 1분, 54도 30초, 72도 1분으로 하였으며 cycle 수는 각 유전자의 샘플내의 농도에 따라 보정하면서 실시하였다. 적게는 25cycle을 수행하였으며 많게는 38cycle을 수행하였다. PCR 반응용액 조성은 표 4와 같고, 사용된 프라이머는 표 5와 같다.
대장암 관련 8종의 고발현 유전자인 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501 과 저발현 유전자 5종 FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, KIAA1644 의 프라이머는 단백질 코딩 내부에서 디자인 하였으며 각 프라이머의 길이는 20mer 이고 Tm 값은 55도 근처이다.
(3) 발현량 확인
PCR 산물을 확인하기 위하여 2% 아가로스 젤을 이용하여 전기영동하고 이미지 장비를 이용하여 분석하였다.
그 결과를 도 2 및 도 3에 나타내었으며, 도 2는 임상조직에서 대장암 고발현 유전자의 발현량을 나타낸 RT-PCR 결과사진이고, 도 3은 임상조직에서 대장암 저발현 유전자의 발현량을 나타낸 RT-PCR 결과사진과 KIAA1644의 발현량 그래프이다. 사진에서 N은 정상조직(nontumer 조직)을 의미하며, T는 그에 해당하는 대장암 조직을 의미한다. 확연한 차를 보이는 유전자에 대해서는 아가로스젤 이미지 사진으로 나타내었고, 발현량의 차이가 적은 KIAA1644의 경우는 이미지 사진을 TotalLab v1.0 프로그램[Nonlinear Dynamix사]으로 정량 한 후 GAPDH로 보정하고 그래프로 다시 나타내었다. 상기 그래프의 X축은 임상시료를 나타낸 것이며 Y축은 발현비(대장암조직/정상조직)를 나타낸다. 상기 발현비는 대장암 조직에서 발현되는 양(각각의 마커유전자의 발현량을 표준유전자인 GAPDH의 발현량으로 보정하여 준 값)을 각각의 셋트의 정상 대장 조직에서 발현되는 발현량으로 나누어 준 값이다.
그 결과 13종의 유전자들은 확연히 대장암 시료에서 고발현되거나 저발현됨을 확인하였고, 고발현되는 대장암 마커 유전자 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, 또는 LOC144501는 대장암의 진단, 또는 약물스크리닝 등을 위한 대장암마커, 또는 치료타겟 등으로 사용할 수 있고, 저발현되는 유전자 FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12 또는 KIAA1644는 대장암의 진단, 또는 약물스크리닝 등을 위한 대장암억제 마커로 사용가능할 것으로 보인다.
<실시예 3> 대장암세포주에서의 대장암 진단용 유전자의 발현량 확인
실시예 2에서 발현량의 변화가 확인된 유전자에 대해서 대장암 세포주를 이용하여 그 발현량을 조사하였다. 실시예2와 동일하게 추출한 RNA를 이용하여 cDNA를 만들고 RT-PCR로 발현량을 조사하였다.
3-1. cDNA 합성
실시예 1의 6개의 대장암 세포주( HT29, SW480, DLD1, HCT116, SW620, Colo205) 각각의 총 RNA를 사용한 것을 제외하고는 실시예 2와 동일하게 수행하였다.
3-2. PCR 을 통한 cDNA 증폭과 발현량 확인
실시예 2와 동일하게 주형의 농도 보정, PCR 에 의한 유전자 증폭, 및 발현량 확인을 하였다.
그 결과를 도 4와 도 5에 나타냈으며, 도 4는 대장암세포주에서 대장암 고발현 유전자의 발현량을 나타낸 그래프이고, 도 5는 대장암세포주에서 대장암 저발현 유전자의 발현량을 나타낸 그래프이다. 도 4 및 도 5의 y축에는 표준 유전자인 GAPDH로 보정한 PCR 산물의 량을 실시예 2의 정상 대장조직에서의 발현량의 평균값으로 나누어 준 값을 나타낸 것이며, x축은 대장암세포주를 나타낸 것이다.
그 결과 8종의 대장암 고발현 유전자 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, 또는 LOC144501의 발현량은 대장암 세포주에서 대체적으로 높게 나타났으며, 저발현유전자 FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12 또는 KIAA1644의 발현량은 대장암 세포주에서 대체적으로 낮게 나타났다.
이와 같은 결과는 C13ORF18, C13ORF3, ASPM, ARID3A, C2ORF15, IQGAP3, LOC644773, LOC144501, FLJ22655, ZG16, VMD2L2, MS4A12, 또는 KIAA1644 유전자와 대장암의 관련성을 재확인해 주는 것으로써, 상기 유전자의 발현량을 확인함으로써 대장암의 진단, 약물스크리닝 등이 가능하고, 상기 유전자를 대장암 치료타겟으로 할 수 있음을 나타내는 것으로 보인다.
도 1은 대장암 유전자의 마이크로어레이 결과를 나타낸 사진이다.
도 2는 임상조직에서 대장암 고발현 유전자의 발현량을 나타낸 RT-PCR결과 사진이다.
도 3은 임상조직에서 대장암 저발현 유전자의 발현량을 나타낸 RT-PCR결과 사진과 KIAA1644유전자의 발현비를 나타낸 그래프이다.
도 4는 대장암세포주에서 대장암 고발현 유전자의 발현비(대장암세포주/정상조직)를 나타낸 그래프이다.
도 5는 대장암세포주에서 대장암 저발현 유전자의 발현비(대장암세포주/정상조직)를 나타낸 그래프이다.
<110> Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology
<120> Composition for diagnosing colorectal cancer and use thereof
<130> P07-062-KRI
<160> 41
<170> KopatentIn 1.71
<210> 1
<211> 3993
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> mRNA
<222> (1)..(3993)
<223> Homo sapiens chromosome 13 open reading frame 18 (C13orf18),
mRNA.
<400> 1
ggatttctag gaggaccggc agaggcgcgc ataggtgcgt ggtgctgggc ccgggcgccg 60
cggcaccggt gtaggagcgc gcatctccag agtttcttcc atctgggcga cgtctcggtg 120
cctgcggcgg gaacggcgct ttgcttccct gaggagcttc tagagagcta cggtggcccc 180
cgtgtgggag gcggggggcg tggcggcgtc ggggcgtcgc tgtcccctcc tcggtagctc 240
tcctccctcc cctttctgct gttaccggga gcgcggtggc cacggaacgc tgcccggagc 300
cgcgcgaggg aggacccgac gcgcggcgtt tacccagcgc agcgttccac cgctcgggtt 360
tggctggata aaataaaaaa tggggatatt gacctcctgt cactactgca tggactttga 420
tggtttccaa tcattacttt ctcctctgtg tcaatctgcc tcttcgagaa attcatactc 480
ctgaatagct ctccagaccc ccagctggcc atgtggtgag ttcagggccc aaatcaagta 540
gtaccagcaa tcagggaact cctatctgtt ttgaatggat tcacaccagc cacaagcctg 600
gaaagatggt gtcacaatct acagtcaggc aggattctcc tgtggagccc tgggaaggga 660
tcagcgatca ctctggcatt attgatggtt cgcccagact cctgaacact gaccatcctc 720
cttgccaatt agacatcagg ctcatgaggc acaaagctgt ctggattaac ccccaggatg 780
tgcagcaaca gccgcaggac ttgcaatctc aggtgccagc agcagggaac agtgggaccc 840
attttgtgac agatgctgcc tctccctcag gcccttcacc ttcgtgcctc ggggactccc 900
tggcagagac aacgttgtct gaggatacca cagactccgt tggcagcgct tctccccatg 960
gctcgagtga aaagagtagc agcttctctc tgtcctcaac agaggtacac atggtccgcc 1020
caggatactc tcatcgggtg tctctgccca caagccctgg gattttggcc acctccccat 1080
atcctgagac tgacagtgct ttttttgagc cttcccatct gacatctgct gctgatgaag 1140
gtgctgttca agtcagtaga agaaccattt cttcgaattc cttctcacca gaggtatttg 1200
tgctgcctgt tgatgtagaa aaggaaaatg cccactttta tgttgcagat atgattatat 1260
cagcaatgga gaaaatgaag tgtaacattc tgagtcaaca gcagacagag agctggagta 1320
aagaagtcag tgggttactt gggagtgatc agcctgactc tgaaatgact tttgatacca 1380
acataaagca agagtctggg tcttctactt cttcatacag tggctatgaa ggttgtgctg 1440
tgttacaggt cagcccagtg actgaaacac gtacttacca tgatgtgaaa gagatttgca 1500
aatgcgatgt tgatgaattt gttattttag agcttggaga ttttaatgat atcacagaaa 1560
cctgtagctg ttcctgcagc tcctctaaga gtgtcactta tgagccagac ttcaattctg 1620
cagaactatt agccaaagag ctgtaccgcg tgttccagaa gtgctggata ctgtcagtag 1680
ttaattctca gctggcaggt tccctgagtg cagctggctc gatagtcgta aatgaagagt 1740
gtgtccgaaa agactttgaa tccagtatga atgtagtaca ggaaattaaa tttaagtcta 1800
ggatcagagg gactgaagac tgggctcctc ctagatttca aatcatattt aatattcatc 1860
caccactcaa gagggacctt gtggtggcag cccagaattt tttctgtgcc ggctgtggaa 1920
ctccagtaga gcctaagttt gtgaagcggc tccggtactg cgaataccta gggaagtatt 1980
tctgtgactg ctgccactca tatgcagagt cgtgcatccc tgcccgaatc ctgatgatgt 2040
gggacttcaa gaagtactac gtcagcaatt tctccaaaca gctgctcgac agcatatggc 2100
accagcccat tttcaatttg ctgagcatcg gccaaagcct gtatgcgaaa gccaaggagc 2160
tggacagagt gaaggaaatt caggagcagc tcttccatat caagaagctg ttgaagacct 2220
gtaggtttgc taacagtgca ttaaaggagt tcgagcaggt gccgggacac ttgactgatg 2280
agctccacct gttctccctt gaggacctgg tcaggatcaa gaaagggctg ctggcaccct 2340
tactcaagga cattctgaaa gcttcccttg cacatgtggc tggctgtgag ctgtgtcaag 2400
gaaagggctt tatttgtgaa ttttgccaga atacgactgt catcttccca tttcagacag 2460
caacatgtag aagatgttca gcgtgcaggg cttgctttca caaacagtgc ttccagtcct 2520
ccgagtgccc ccggtgtgcg aggatcacag cgaggagaaa acttctggaa agtgtggcct 2580
ctgcagcaac atgatgcccc tgagtactgt gaaaaagact gttcaacatg ccttatgata 2640
acaccgattt gtgtctatta ttggtgacat tgttttagat attgggtatt gtatattaag 2700
gaaaaagatg gtctatattc tctttattgc atatacttaa tgtttcaaaa gaatgcagat 2760
tctgtgttta agcacagggc tgatagttgt ggttttgttt acaaatgttc tgttttggct 2820
gctattggtt ttttaaagag gttttttata cttttgtatt tgaatagtta tgtttcactg 2880
atgctgagcc agtttgtatg tgtgtgcata tatgtgaact gtaactgaca agatgaatta 2940
ctcagtttct ctttctctaa agcttgtttg atgaaactgg ttggtccttt cagtgaacaa 3000
aaatatgacc ccaaatctgt ttgctctggc ttttatttct tcaggaagca gacttccact 3060
taaatgccat tttgtgattg tgtcaatcat acacatttta tttacttcag agtttgaata 3120
gagagtacac atttcttctg cagatttatt tcatgatgag tttgagttgc ttagcagggc 3180
gtgtgggtcc cgttgaagtg cagtttgaag caactgcttc tagatggcac tctttcaggt 3240
ggcacaaatt gaacctgtat ttgtcatctc tgttccacac actgcaatgt caagggatgc 3300
agaagtgagt agaattccat ccctgccctt gaggatcttg ctttaacaga tgtaaaactg 3360
aacataaggt atttgcagat ttaaacgaac tgggggaaat aatgaacagt gtgattctag 3420
taataacatt aaaatcatag acattgacta ataaggttaa atgaatcaca aaacctttat 3480
gaatttcttt tttctaatag ttcttatatg ttttcctgaa acatgtgagc ctattctttt 3540
ttcttctact ttctatatac tttctcccac ttgagaaagg ggccttgagg ctgggtccct 3600
tcatggtata cctttagact gaacggtttg caacctaggg cttgggcatt acattccctg 3660
ggattcacat gccctaacta aacctacctt gattttctca gacagcacag gcaggcaata 3720
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ataaaaccag acttcaaaaa aaaaaaaaaa aaa 3993
<210> 2
<211> 2888
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> mRNA
<222> (1)..(2888)
<223> Homo sapiens chromosome 13 open reading frame 3 (C13orf3), mRNA.
<400> 2
gcgtccggcg ccgagattca aactagtggc gggaggctgt gagctgagcg gtggggtctg 60
cgtacgcctg gagtccttcc ccgctgtgct cagcatggac cctatccgga gcttctgcgg 120
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ggacggagag gaaagcgact ttgaagatta tccaatgaga attttatatg accttcattc 240
agaagttcag actctaaagg atgatattaa tattcttctt gataaagcaa gattggaaaa 300
tcaagaaggc attgatttca taaaggcaac aaaagtacta atggaaaaaa attcaatgga 360
tattatgaaa ataagagagt atttccagaa gtatggatat agtccacgtg tcaagaaaaa 420
ttcagtacac gagcaagaag ccattaactc tgacccagag ttgtctaatt gtgaaaattt 480
tcagaagact gatgtgaaag atgatctgtc tgatcctcct gttgcaagca gttgtatttc 540
tgagaagtct ccacgtagtc cacaactttc agattttgga cttgagcggt acatcgtatc 600
ccaagttcta ccaaaccctc cacaggcagt gaacaactat aaggaagagc ccgtaattgt 660
aaccccacct accaaacaat cactagtaaa agtactaaaa actccaaaat gtgcactaaa 720
aatggatgat tttgagtgtg taactcctaa attagaacac tttggtatct ctgaatatac 780
tatgtgttta aatgaagatt acacaatggg acttaaaaat gcgaggaata ataaaagtga 840
ggaggccata gatacagaat ccaggctcaa tgataatgtt tttgccactc ccagccccat 900
catccagcag ttggaaaaaa gtgatgccga atataccaac tctcctttgg tacctacatt 960
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ccagcctttc actgtgtacc gtgtgtatat aaatccacag aaccggatga gctgcttagg 2700
gagggaatat attcaaagtg taccaaggac caaatcctgg agttctccca actttagagg 2760
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agaactga 2888
<210> 3
<211> 10611
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> mRNA
<222> (1)..(10611)
<223> Homo sapiens asp (abnormal spindle) homolog, microcephaly
associated (Drosophila) (ASPM), mRNA.
<400> 3
cctgagggga agcggtcagc gtaagtcccg gatccccgct ccggagccgc ctcgtgggag 60
cggggcaagg agatccagga ggggtctcga atctgccatg gcgaaccggc gagtggggcg 120
aggctgctgg gaagtgagcc cgaccgagcg gaggccgccc gcggggctgc ggggccccgc 180
ggccgaggag gaggcgtctt ccccgccggt cctgtctctc agccacttct gcaggtctcc 240
tttcctttgc ttcggggacg ttctcctggg agcctcacgg acgctgtctc tggccctaga 300
caaccctaac gaggaggtgg cagaagtgaa gatctcccac ttcccggccg cggacctggg 360
cttcagtgtg tcgcagcgct gtttcgtgtt gcagcctaaa gagaaaattg ttatttctgt 420
taactggaca ccactcaaag aaggccgagt aagagagatt atgacatttc ttgtaaatga 480
tgttctgaaa caccaagcta tattactagg aaatgcagaa gagcagaaaa agaaaaagag 540
gagtctttgg gataccatta aaaagaagaa aatttcagcc tctacaagtc acaacagaag 600
ggtttcaaat attcagaatg ttaataaaac atttagtgtt tcccaaaaag ttgacagagt 660
taggagccca ctacaagctt gtgaaaactt ggctatgaat gaaggcggtc ccccaacaga 720
aaacaattct ttaatacttg aagaaaataa aatacccata tcacctatta gccctgcttt 780
caatgaatgc catggtgcaa cttgcttgcc actctctgta cgtcgatcta ctacctactc 840
atctcttcat gcatcagaaa atagggaact attaaatgta cacagtgcca acgtttcaaa 900
agtttctttt aatgagaaag ctgtaactga aacttccttt aattccgtaa atgttaatgg 960
ccaaagagga gagaatagta aacttagtct tacccccaac tgttcttcaa ctttgaacat 1020
tacacaaagc caaatacatt ttctaagtcc agattctttt gtaaataata gtcatggagc 1080
taataatgaa ctagaattag taacatgtct ttcatcagat atgtttatga aagataattc 1140
acagcctgtg catttggaat caacaattgc acatgaaatt tatcagaaaa ttttaagtcc 1200
agattctttc ataaaagata attatggact aaatcaggat ctagaatcag agtcagttaa 1260
tcctatttta tcccctaatc aatttttaaa agataacatg gcatatatgt gtacatctca 1320
gcaaacatgt aaagtaccat tatcaaatga aaattctcaa gtcccacagt ctcctgaaga 1380
ttggagaaaa agtgaagttt cgccacgtat tcctgaatgt cagggttcaa aatctcccaa 1440
agctattttt gaagaactag tagaaatgaa gtcaaattac tacagtttta taaaacaaaa 1500
taatcctaaa ttttctgcag ttcaggatat ttctagtcat agccacaata aacaacctaa 1560
gagacgtcca atactttctg ccactgttac taaaaggaag gccacctgta ccagagaaaa 1620
ccaaactgag attaataaac caaaagcaaa aagatgtctc aacagtgcag tgggtgaaca 1680
tgaaaaagta ataaataatc aaaaggaaaa agaagatttt cattcttatc ttccaattat 1740
agatccaata ttaagtaaat ctaagagtta taaaaacgag gtaacaccct cttcgacaac 1800
agcttcagtt gctcggaaaa gaaagagcga tggaagcatg gaagatgcaa atgtgagagt 1860
tgcaattaca gaacatacag aagtgcgaga aatcaaaaga atccattttt ctccctcaga 1920
gcctaaaaca tcagctgtta agaaaacaaa aaatgtgaca acacccatct caaaacgtat 1980
tagcaacaga gagaaattaa acctgaagaa gaaaactgat ttatcaatat tcagaactcc 2040
aatttctaaa acaaacaaaa ggacaaaacc cattatcgct gtggcacagt ccagtttgac 2100
cttcataaaa ccattaaaaa cagatattcc cagacacccg atgccatttg ctgcaaaaaa 2160
catgttttat gatgaacgct ggaaggaaaa gcaggaacag ggcttcactt ggtggttaaa 2220
ttttatatta acccctgatg acttcactgt aaaaacaaat atttctgaag taaatgctgc 2280
tactcttctt ttgggaatag agaatcaaca taaaataagt gttcctagag cacctacaaa 2340
agaggaaatg tctctcagag cttatactgc tcggtgtagg ttaaacagac tacgtcgtgc 2400
agcatgccgt ttgtttactt ctgaaaaaat ggttaaagct attaaaaagc ttgaaattga 2460
aattgaagct aggcggttaa ttgttcgaaa agatagacac ctatggaaag atgtgggaga 2520
acgtcagaaa gtcctgaatt ggctgttgtc ctacaatcct ttgtggcttc gaattggtct 2580
agagacaact tatggagaac tcatatcttt ggaagataac agtgatgtca cagggttggc 2640
tatgtttatt ctgaatcgcc tactttggaa tcctgatata gcagctgagt atagacaccc 2700
cactgttcct cacctgtata gagatggtca tgaagaagct ttgtccaagt ttacattgaa 2760
aaagttattg ttgttggtct gttttcttga ttatgctaaa atttccagac tcattgatca 2820
tgatccttgt ctcttctgta aagatgccga attcaaggct agtaaagaaa tccttttggc 2880
tttttcacga gatttcctaa gtggtgaagg tgacctttcc cgtcaccttg gcttattggg 2940
attacctgtt aaccatgttc agacaccatt tgatgaattt gattttgccg ttacaaatct 3000
tgccgtagac ttgcaatgtg gagtgcgcct tgtgcgaacc atggaacttc tcacacagaa 3060
ctgggacctc tcaaagaaac tcaggattcc ggcaataagt cgtcttcaaa agatgcacaa 3120
tgttgacatt gttcttcaag ttcttaaatc acgaggaatt gaattaagtg atgagcatgg 3180
aaatacaatt ctatctaagg atattgtgga taggcacaga gaaaaaactc tcaggttgct 3240
ttggaaaata gcgtttgctt ttcaggtgga tatttccctt aacttagatc aattaaagga 3300
agaaattgcc tttctaaaac acacaaagag tataaagaaa acaatatctc tactatcatg 3360
ccattctgat gatcttatta ataagaaaaa aggcaaaagg gatagtggtt cctttgaaca 3420
atatagtgaa aacataaagt tattgatgga ttgggtaaat gctgtttgtg ccttctataa 3480
taaaaaggtg gagaatttta cagtgtcttt ctcagacggc cgtgtgttat gttacctgat 3540
ccaccattac catccttgct atgtgccatt tgacgctata tgtcagcgta ctactcaaac 3600
tgtggaatgt acgcaaactg gttcagtggt attaaattca tcatctgaat ctgatgacag 3660
ttctctggat atgtctctta aagcatttga tcatgaaaat acttcagagc tatacaaaga 3720
gctcctagaa aatgaaaaga aaaattttca cttggttagg tctgcagtta gagaccttgg 3780
tggaatacct gctatgatta atcattcaga tatgtcaaat acaattccag atgaaaaggt 3840
ggttattacc tatttgtcat ttctttgtgc aaggcttttg gatcttcgta aagaaataag 3900
agctgctcga ctcatacaaa caacatggag aaaatataaa ctaaaaacag atctcaaacg 3960
ccatcaggag agagagaaag ctgcaagaat tattcaattg gctgtaatca attttctagc 4020
aaaacaaaga ttgagaaaaa gagttaatgc agcactcgtc attcagaaat attggcgaag 4080
agtcttagca cagagaaaat tattaatgtt aaaaaaggaa aagctggaaa aagttcaaaa 4140
taaagcagca tcacttattc agggatattg gagaagatat tccactagac aaagatttct 4200
gaaattgaaa tattattcaa tcatcctgca atctaggata agaatgataa ttgctgttac 4260
atcttataaa cgatatcttt gggctacagt tacaattcag aggcattggc gtgcttattt 4320
aagaagaaaa caagatcaac aaagatatga aatgctaaaa tcatcaactc ttataatcca 4380
atctatgttc agaaaatgga agcaacgtaa aatgcaatca caagtaaaag ctacagtaat 4440
attgcaaaga gcttttagag aatggcattt aagaaaacaa gctaaagaag aaaattctgc 4500
tattatcata caatcatggt atagaatgca taaagaatta cggaaatata tttatattag 4560
atcttgtgtt gttatcattc agaaaagatt tcggtgcttt caagcccaaa agttatataa 4620
aagaagaaaa gagtccatac taaccatcca gaagtactac aaagcatatc tgaaaggaaa 4680
gattgagcgc accaactatt tgcagaaacg agctgcagcc attcaattac aagctgcttt 4740
taggagactg aaagctcata atttatgtag acaaattaga gctgcttgtg ttattcagtc 4800
atactggaga atgagacaag acagagttcg atttttaaac cttaagaaga ctattatcaa 4860
atttcaggca catgtaagaa aacatcaaca acgacagaaa tataagaaga tgaagaaagc 4920
agctgttata attcagactc atttccgagc ttatattttt gccatgaaag ttctagcatc 4980
ttaccagaaa acacgctctg ctgtcattgt gctgcagtct gcatatagag ggatgcaagc 5040
caggaaaatg tatattcaca tcctcacatc tgttataaag attcaatcat attatcgtgc 5100
ttatgtttct aaaaaggaat ttttgagcct aaaaaatgct acaataaaat tgcagtcaac 5160
tgttaagatg aaacaaacac gtaaacaata tttgcattta agagcagctg cactatttat 5220
ccagcaatgt taccgttcca aaaaaatagc tgcacaaaag agagaagagt atatgcagat 5280
gcgggaatct tgtatcaaac tgcaagcatt tgttagagga taccttgtcc gaaagcagat 5340
gaggttacaa agaaaagctg ttatttcact acagtcttat ttcagaatga gaaaggctcg 5400
gcagtattat ctgaaaatgt ataaagcaat tattgtcatt cagaattact atcatgcata 5460
caaagcacag gtcaatcaga ggaagaactt cttgcaagtc aaaaaagcag ctacttgctt 5520
gcaagcagct tacagaggtt ataaagtacg ccagctaatc aaacaacaat ctatagctgc 5580
tcttaaaatt cagtctgctt ttagaggcta taataaaagg gtaaaatatc aatctgtgct 5640
tcaatctata ataaagattc agagatggta cagggcgtac aagactcttc atgatacaag 5700
aacacatttt ttgaagacaa aggcagctgt gatttccctc cagtctgctt atcgtggctg 5760
gaaggttcgg aaacagatta gaagggaaca tcaagctgcc ttgaagattc agtctgcttt 5820
tagaatggcc aaggcccaga aacagtttag attgtttaaa acagcagcat tagtcatcca 5880
gcaaaatttc agagcatgga ctgcaggaag gaagcaatgt atggagtata ttgaactccg 5940
tcatgcggta ctggtgcttc aatctatgtg gaagggaaaa acactgagaa gacagcttca 6000
aaggcaacat aaatgtgcta tcatcataca gtcatactat agaatgcatg tgcaacaaaa 6060
gaagtggaaa atcatgaaaa aagctgctct tctgattcaa aagtattata gggcttacag 6120
tattggaaga gaacagaatc atttatattt gaaaacaaaa gcagctgtag taactttaca 6180
gtcagcttat cgtggtatga aagtgagaaa aagaataaag gattgcaaca aagcagcagt 6240
cactatacag tctaaataca gagcttacaa aaccaaaaag aaatatgcaa cctatagagc 6300
ttcagctatt ataattcaga gatggtatcg aggtattaaa attacaaacc atcagcataa 6360
ggagtatctt aatttgaaga agacagcaat taaaatccaa tctgtttata gaggtattag 6420
agttagaaga catattcaac acatgcacag ggcagccact tttattaaag ccatgtttaa 6480
aatgcatcag tcaagaataa gttaccatac aatgagaaaa gcagctattg ttattcaagt 6540
aagatgtaga gcatattatc aaggtaaaat gcagcgtgaa aagtacctga caattttgaa 6600
agctgttaaa gtccttcagg caagttttag aggagtaaga gttagacgga ctcttagaaa 6660
gatgcagact gcagcaacac tcattcagtc aaactacaga agatacagac agcaaacata 6720
ctttaataag ttaaagaaaa taacaaaaac agtacagcaa agatactggg caatgaaaga 6780
aagaaacata caatttcaaa ggtataacaa actgaggcat tctgtaatat acattcaggc 6840
tatttttagg ggaaagaaag ctagaagaca tttaaaaatg atgcatatag ccgcaactct 6900
cattcagagg agatttagaa ctctaatgat gagaagaaga ttcctctctc tcaagaaaac 6960
tgctattttg attcagagaa aatatcgggc acatctttgt acaaagcatc acttacagtt 7020
ccttcaggta caaaatgcag ttattaaaat ccagtcatca tacagaagat ggatgataag 7080
gaaaaggatg cgagagatgc acagggctgc tactttcatc cagtctactt tcagaatgca 7140
cagattacat atgagatatc aggctttgaa acaggcctcc gttgtgatcc aacagcaata 7200
ccaagcaaat agagctgcaa aactgcagag gcagcattat ctcagacaaa gacactctgc 7260
tgtgatcctt caggctgcat tcaggggtat gaaaactaga agacatttga agagtatgca 7320
ttcctctgca acccttattc agagtaggtt tagatcatta ctggtgagga gaagattcat 7380
ttccctcaaa aaagctacta tttttgttca gaggaaatat cgagccacca tttgtgccaa 7440
acataaattg taccaattct tgcacttaag aaaggcagcc attacaatac agtcatctta 7500
cagaagactg atggtaaaga agaagttaca agaaatgcaa agggctgcag ttctcattca 7560
ggctactttc aggatgtaca gaacatatat tacatttcag acttggaaac atgcttcaat 7620
tctaattcag caacattatc gaacatatag agctgcaaaa ttacaaagag aaaattatat 7680
cagacaatgg cattctgctg tggttattca ggctgcatat aaaggaatga aagcaagaca 7740
acttttaagg gaaaaacaca aagcttctat cgtaatacaa agcacctaca gaatgtatag 7800
gcagtattgt ttctaccaaa agcttcagtg ggctacaaaa atcatacaag aaaaatatag 7860
agcaaataaa aagaaacaga aagtatttca acacaatgaa cttaagaaag agacttgtgt 7920
tcaggcaggt tttcaggaca tgaacataaa aaaacagatt caggaacagc accaggctgc 7980
cattattatt cagaagcatt gtaaagcctt taaaataagg aagcattatc tccaccttag 8040
agcaacagta gtttctattc aaagaagata cagaaaacta actgcagtgc gtacccaagc 8100
agttatttgt atacagtctt attacagagg ctttaaagta cgaaaggata ttcaaaatat 8160
gcaccgggct gccacactaa ttcagtcatt ctatcgaatg cacagggcca aagttgatta 8220
tgaaacaaag aaaactgcaa ttgtggttat acagaattat tataggttgt atgttagagt 8280
aaaaacagaa agaaaaaact ttttagcagt tcagaaatct gtacgaacta ttcaggctgc 8340
ttttagaggc atgaaagtta gacaaaaatt gaaaaatgta tcagaggaaa agatggcagc 8400
cattgttaac caatctgcac tctgctgtta cagaagtaaa actcagtatg aagctgttca 8460
aagtgaaggt gttatgattc aagagtggta taaagcttct ggccttgctt gttcacagga 8520
agcagagtat cattctcaaa gtagggctgc agtaacaatt caaaaagctt tttgtagaat 8580
ggtcacaaga aaactggaaa cacagaaatg tgctgcccta cggattcagt tcttccttca 8640
gatggctgtg tatcggagaa gatttgttca gcagaaaaga gctgctatca ctttacagca 8700
ttattttagg acgtggcaaa ccagaaaaca gtttttacta tatagaaaag cagcagtggt 8760
tttacaaaat cactacagag catttctgtc tgcaaaacat caaagacaag tctatttaca 8820
gatcagaagc agtgttatca ttattcaagc tagaagtaaa ggatttatac agaaacggaa 8880
gtttcaggaa attaaaaata gcaccataaa aattcaggct atgtggagga gatatagagc 8940
caagaaatat ttatgtaaag tgaaagctgc ctgcaagatt caagcctggt atagatgttg 9000
gagagcacac aaagaatatc tagctatatt aaaagctgtt aaaattattc aaggttgctt 9060
ctataccaaa ctagagagaa cacggttttt gaatgtgaga gcatcagcaa ttatcattca 9120
gagaaaatgg agagctatac ttcctgcaaa gatagctcat gaacacttct taatgataaa 9180
aagacatcga gctgcttgtt tgatccaagc acattataga ggatataaag gaaggcaggt 9240
ctttcttcgg cagaaatctg ctgctttgat catacaaaaa tatatacgag ccagggaggc 9300
tggaaagcat gaaaggataa aatatattga atttaaaaaa tctacagtta tcctacaagc 9360
actggtgcgt ggttggctag tacgaaaaag atttttagaa cagagagcca aaattcgact 9420
tcttcacttc actgcagctg catattatca cctgaatgct gttagaattc aaagagccta 9480
taaactttac ctggctgtga agaatgctaa caagcaggtt aattcagtca tctgtattca 9540
gagatggttt cgagcaagat tacaagaaaa gagatttatt cagaaatatc atagcatcaa 9600
aaagattgag catgaaggtc aagaatgtct gagccagcga aatagggctg catcagtaat 9660
acagaaagca gtgcgccatt ttctcctccg taaaaagcag gaaaaattca ctagtggaat 9720
cattaaaatt caggcattat ggagaggcta ttcttggagg aagaaaaatg attgtacaaa 9780
aattaaagct atacgactaa gtcttcaagt tgttaatagg gagattcgag aagaaaacaa 9840
actctacaaa agaactgcac ttgcacttca ttaccttttg acatataagc acctttctgc 9900
cattcttgag gccttaaaac acctagaggt agttactaga ttgtctccac tttgttgtga 9960
gaacatggcc cagagtggag caatttctaa aatatttgtt ttgatccgaa gttgtaatcg 10020
cagtattcct tgtatggaag tcatcagata tgctgtgcaa gtcttgctta atgtatctaa 10080
gtatgagaaa actacttcag cagtttatga tgtagaaaat tgtatagata tactattgga 10140
gcttttgcag atataccgag aaaagcctgg taataaagtt gcagacaaag gcggaagcat 10200
ttttacaaaa acttgttgtt tgttggctat tttactgaag acaacaaata gagcctctga 10260
tgtacgaagt aggtccaaag ttgttgaccg tatttacagt ctctacaaac ttacagctca 10320
taaacataaa atgaatactg aaagaatact ttacaagcaa aagaagaatt cttctataag 10380
cattcctttt atcccagaaa cacctgtaag gaccagaata gtttcaagac ttaagccaga 10440
ttgggttttg agaagagata acatggaaga aatcacaaat cccctgcaag ctattcaaat 10500
ggtgatggat acgcttggca ttccttatta gtaaatgtaa acattttcag tatgtatagt 10560
gtaaagaaat attaaagcca atcatgagta cgtaaagtga tttttgctct c 10611
<210> 4
<211> 2823
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> mRNA
<222> (1)..(2823)
<223> Homo sapiens AT rich interactive domain 3A (BRIGHT-like)
(ARID3A), mRNA.
<400> 4
acgcggacgc ggctggcggc tcggtttctg caaatgcgtg aatgagccgg atgccagcct 60
ctgtcccctg gagcccagcg tgaggaagag gcatgcccca tcagccttca gcttgagccc 120
ggcggccccc gcccccgccc cctgccaccc tgcactgccc cggctccccc gcggccccca 180
cgctgcagtg cggccgggcc ccctccccgc aggggccgcc cccgccgccc acccctagcg 240
cccgtggtgg tggtggtggt ggtggtggtg gtggcccggg ccgcagggcc atgaaactac 300
aggccgtgat ggagacgctg ttgcagcggc agcagcgggc gcgccaggag ctggaggccc 360
ggcagcagct gccccccgat ccccctgctg caccccccgg ccgggcccgg gctgcccccg 420
acgaggacag agagcccgag agtgcccgga tgcagcgggc tcagatggcc gcactggcag 480
ccatgcgggc tgcagctgcg ggcctgggac acccagccag ccccggcggc tctgaggatg 540
ggcccccagg ctcggaggag gaggacgcgg cccgggaggg gacaccgggc tcacccgggc 600
gaggcagaga agggccagga gaggagcact ttgaggacat ggcctccgac gaggacatga 660
agcccaaatg ggaggaggag gagatggagg aagacctcgg ggaggatgag gaggaggagg 720
aggaggatta cgaggatgag gaggaggagg aggacgagga ggggctgggc cccccaggcc 780
ctgccagctt gggcaccacg gcactgttcc cccgaaaggc ccagccaccc caggccttcc 840
gcggcgatgg cgttcccagg gtgctggggg gccaggagcg gccggggcct ggccctgccc 900
accccggagg ggccgcccac gtagccccgc agctgcagcc gcctgaccac ggcgactgga 960
cttacgagga gcagtttaag cagctctacg aactcgacgg ggaccccaag aggaaggaat 1020
tcctggatga cttgttcagc ttcatgcaga agcgagggac acctgtgaac cgcatcccca 1080
tcatggccaa acaggtcctt gacctgttca tgctgtacgt gctggtgacg gagaagggcg 1140
gcctcgtgga ggtcatcaac aagaagctgt ggcgtgagat caccaagggc ctcaacctgc 1200
ccacgtccat caccagtgca gccttcaccc tgcggaccca atacatgaag tacctgtacc 1260
cctacgagtg tgagaagcgg ggcctcagta accccaatga gctccaggca gccatagaca 1320
gcaaccgacg ggagggccgg cgccagagct ttggtggctc cctctttgcc tactcgccag 1380
gcggggcaca cggcatgctc tcctcaccca agctacccgt gtcctccctg ggcctggccg 1440
caagcaccaa tggcagctcc atcacccccg cccctaagat caagaaagag gaggactcag 1500
ccatccccat cacagtccct ggccgcctgc ctgtgtccct ggcgggccac cctgtggtgg 1560
cagcccaggc agcagctgtg caagcagcag ccgcccaagc agctgtggcc gcacaggcag 1620
ctgccctgga acagctgcgg gagaagctgg agtctgcaga gcctccggag aagaagatgg 1680
ccctggtggc cgatgagcag caacggctga tgcaacgtgc actccagcag aacttcctgg 1740
ccatggcggc ccagctgccc atgagcattc ggatcaacag ccaagcctcc gaaagccgcc 1800
aggactctgc tgtgaacctg acgggcacca acggcagcaa cagcatcagc atgtcggtgg 1860
agatcaacgg catcatgtac acaggagttc tgtttgctca gccgccggcc cccacgccaa 1920
cctctgctcc caacaaagga ggcggcggcg gcggcggcag cagcagcaac gcaggcggcc 1980
ggggaggaaa caccggaacc agcggcggcc aggctgggcc agcggggctg tccacaccct 2040
ccacatctac ctcaaataac tcgttgcctt aaccgcatca ctccccaccc gccacccacc 2100
ctggagcccg ccggcctggg cagggggtcc aggtgggcca cacaggggcc aggatggcgg 2160
aagatacggg tggggaggga agatatccag aaaggagcca cagctgacgc caaaaagaaa 2220
agaaaaaaga tatatatata tatatatata tatacacgta tatatataaa gagaatttaa 2280
taaaacaggg gaaaaccaag gaacacttga atttctcagg ttttggacat tcagagagat 2340
gaattgtgag aacagcaaag aaatccatca gaaaaacaga aagaggcaga cgtttcccag 2400
ggcgttcagg cagccctgat ggaccgaagg ctctggtgtc tggtttggcc ccacagcagt 2460
gtgggccgat cctgtttacc tcatacatcc ctgcactgtg tgttttcatt tttgtctgct 2520
ttagttctct tttattttct attcaccaca cactcaccac tcccagcttc tcgtgtccag 2580
tgaaacccct gaaccaagat cactgaattt ttgttttttt cttgttgctt tgggaaattt 2640
ttttttctct gtagggtttt taagaggttt cgggggtttt gttgtgtaaa tattctattt 2700
tattcttggg gggatcaaac cttaggaaaa ggatatctat atatctatat agctatatat 2760
ttgtgttcct tcagggaaac tggtcttgaa aaagcaagaa aaaaaagcaa aaaaaaaaaa 2820
aaa 2823
<210> 5
<211> 1430
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> mRNA
<222> (1)..(1430)
<223> Homo sapiens chromosome 2 open reading frame 15(C2ORF15),mRNA.
<400> 5
cttccctcag cttgaaacac ctgctgcttc gcggcggtgg ctttgtgcca cttttcccag 60
ggcttgggca tcattctgga cccatgttcg gtgaaccggt tactctcaga gctgctttcg 120
ggcgcagctc ctgctgcagc cagggcccgt tttaagagag gcttccaggt ccagccctcc 180
cgctgcagcc tgcagggagc gagccggcct gtcccgatga catagacact aggtttttac 240
agcaattctc tgatgacctt gatatggtag aacgctgtgt atttcaagag taagctctcg 300
tttgaggaga ctaacaattc ctgttttcgc cagatttctt cttgaatggc aacctaaatg 360
ccagtccaaa gaggccccca atagacttgt tcacccttca tgtcctcaac tctggggaag 420
ttaagtaatc aagttgaaga aacacttcca ctacttaaaa aggtacctgc aaattacttt 480
cacatttgtt cagctatcct aatgggattt tcacttagta aatctgctac tcaggtatct 540
gctatacata tggattcaaa agtggatgat cacttaatac gagggactga aaaaagcagg 600
ttggaaccag cgactcagtt atttcaaaac accaagaaaa taagattaga agacacaaat 660
caagaaaact ttacaaggat tgaagggact ggcacaggat ctctttctgg gaaagccttg 720
ggttcagtgg tatatgtcaa agaaagtgat ggactagaaa tgacagatgt ggaatgaagc 780
aatttgtacg tattaccaaa gaaaccaaaa actgcctttg actaaggggg gtgttgaaag 840
agaacttaac cttattagga aaccctgaca aaatgatgga agactattgc cttattttgc 900
actatttgtg aatcatctta cactgcattt ttttatgatg cttattcaaa aggcagttgc 960
tttagggtga aaaagccttc caagattcaa agcagatttc tctggtatta tattatatcc 1020
ttcttaaaaa ccagagtttt taagtaacag tatttgaatg gcatcaaaac attttcattt 1080
taatgtattt ctttaacaag tggttaaaaa aagtgtccaa gcagccgggc gcagtggctc 1140
acacctgtaa tcccagcact ttgggaggcc aaggcgggtc aatcacctga ggtcaggagt 1200
tcgcaaccag cctggccaat atggtgagac cccatctcta ctaaaaatgc aaaaagttag 1260
ccaggcatgg tggtgggcac ctgtgatccc agctacctgg gaggctgagg aaggagaatc 1320
gcttgaagcc tggaggcgga ggctgcactg agctgaggtc atgccattgt actccagcct 1380
gggcaacaag agcaaaactc cgtctcaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1430
<210> 6
<211> 6069
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> mRNA
<222> (1)..(6069)
<223> Homo sapiens IQ motif containing GTPase activating protein
3(IQGAP3), mRNA.
<400> 6
gtcctgtctg gcggtgccga cggtgagggg cggtggccca acggcgggag attcaaacct 60
ggaagaagga ggaacatgga gaggagagca gcgggcccag gctgggcagc ctatgaacgc 120
ctcacagctg aggagatgga tgagcagagg cggcagaatg ttgcctatca gtacctgtgc 180
cggctggagg aggccaagcg ctggatggag gcctgcctga aggaggagct tccttccccg 240
gtggagctgg aggagagcct tcggaatgga gtgctgctgg ccaagctagg ccactgtttt 300
gcaccctccg tggttccctt gaagaagatc tacgatgtgg agcagctgcg gtaccaggca 360
actggcttac atttccgtca cacagacaac atcaactttt ggctatctgc aatagcccac 420
atcggtctgc cttcgacctt cttcccagag accacggaca tctatgacaa aaagaacatg 480
ccccgggtag tctactgcat ccatgctctc agtctcttcc tcttccggct gggattggcc 540
cctcagatac atgatctata cgggaaagtg aaattcacag ctgaggaact cagcaacatg 600
gcgtccgaac tggccaaata tggcctccag ctgcctgcct tcagcaagat cgggggcatc 660
ttggccaatg agctctcggt ggatgaggct gcagtccatg cagctgttct tgccatcaat 720
gaagcagtgg agcgaggggt ggtggaggac accctggctg ccttgcagaa tcccagtgct 780
cttctggaga atctccgaga gcctctggca gccgtctacc aagagatgct ggcccaggcc 840
aagatggaga aggcagccaa tgccaggaac catgatgaca gagaaagcca ggacatctat 900
gaccactacc taactcaggc tgaaatccag ggcaatatca accatgtcaa cgtccatggg 960
gctctagaag ttgttgatga tgccctggaa agacagagcc ctgaagcctt gctcaaggcc 1020
cttcaagacc ctgccctggc cctgcgaggg gtgaggagag actttgctga ctggtacctg 1080
gagcagctga actcagacag agagcagaag gcacaggagc tgggcctggt ggagcttctg 1140
gaaaaggagg aagtccaggc tggtgtggct gcagccaaca caaagggtga tcaggaacaa 1200
gccatgctcc acgctgtgca gcggatcaac aaagccatcc ggaggggagt ggcggctgac 1260
actgtgaagg agctgatgtg ccctgaggcc cagctgcctc cagtgtaccc tgttgcatcg 1320
tctatgtacc agctggagct ggcagtgctc cagcagcagc agggggagct tggccaggag 1380
gagctcttcg tggctgtgga gatgctctca gctgtggtcc tgattaaccg ggccctggag 1440
gcccgggatg ccagtggctt ctggagcagc ctggtgaacc ctgccacagg cctggctgag 1500
gtggaaggag aaaatgccca gcgttacttc gatgccctgc tgaaattgcg acaggagcgt 1560
gggatgggtg aggacttcct gagctggaat gacctgcagg ccaccgtgag ccaggtcaat 1620
gcacagaccc aggaagagac tgaccgggtc cttgcagtca gcctcatcaa tgaggctctg 1680
gacaaaggca gccctgagaa gactctgtct gccctactgc ttcctgcagc tggcctagat 1740
gatgtcagcc tccctgtcgc ccctcggtac catctcctcc ttgtggcagc caaaaggcag 1800
aaggcccagg tgacagggga tcctggagct gtgctgtggc ttgaggagat ccgccaggga 1860
gtggtcagag ccaaccagga cactaataca gctcagagaa tggctcttgg tgtggctgcc 1920
atcaatcaag ccatcaagga gggcaaggca gcccagactg agcgggtgtt gaggaacccc 1980
gcagtggccc ttcgaggggt agttcccgac tgtgccaacg gctaccagcg agccctggaa 2040
agtgccatgg caaagaaaca gcgtccagca gacacagctt tctgggttca acatgacatg 2100
aaggatggca ctgcctacta cttccatctg cagaccttcc aggggatctg ggagcaacct 2160
cctggctgcc ccctcaacac ctctcacctg acccgggagg agatccagtc agctgtcacc 2220
aaggtcactg ctgcctatga ccgccaacag ctctggaaag ccaacgtcgg ctttgttatc 2280
cagctccagg cccgcctccg tggcttccta gttcggcaga agtttgctga gcattcccac 2340
tttctgagga cctggctccc agcagtcatc aagatccagg ctcattggcg gggttatagg 2400
cagcggaaga tttacctgga gtggttgcag tattttaaag caaacctgga tgccataatc 2460
aagatccagg cctgggcccg gatgtgggca gctcggaggc aatacctgag gcgtctgcac 2520
tacttccaga agaatgttaa ctccattgtg aagatccagg catttttccg agccaggaaa 2580
gcccaagatg actacaggat attagtgcat gcaccccacc ctcctctcag tgtggtacgc 2640
agatttgccc atctcttgaa tcaaagccag caagacttct tggctgaggc agagctgctg 2700
aagctccagg aagaggtagt taggaagatc cgatccaatc agcagctgga gcaggacctc 2760
aacatcatgg acatcaagat tggcctgctg gtgaagaacc ggatcactct gcaggaagtg 2820
gtctcccact gcaagaagct gaccaagagg aataaggaac agctgtcaga tatgatggtt 2880
ctggacaagc agaagggttt aaagtcgctg agcaaagaga aacggcagaa actagaagca 2940
taccaacacc tcttctacct gctccagact cagcccatct acctggccaa gctgatcttt 3000
cagatgccac agaacaaaac caccaagttc atggaggcag tgattttcag cctgtacaac 3060
tatgcctcca gccgccgaga ggcctatctc ctgctccagc tgttcaagac agcactccag 3120
gaggaaatca agtcaaaggt ggagcagccc caggacgtgg tgacaggcaa cccaacagtg 3180
gtgaggctgg tggtgagatt ctaccgtaat gggcggggac agagtgccct gcaggagatt 3240
ctgggcaagg ttatccagga tgtgctagaa gacaaagtgc tcagcgtcca cacagaccct 3300
gtccacctct ataagaactg gatcaaccag actgaggccc agacagggca gcgcagccat 3360
ctcccatatg atgtcacccc ggagcaggcc ttgagccacc ccgaggtcca gagacgactg 3420
gacatcgccc tacgcaacct cctcgccatg actgataagt tccttttagc catcacctca 3480
tctgtggacc aaattccgta tgggatgcga tatgtggcca aagtcctgaa ggcaactctg 3540
gcagagaaat tccctgacgc cacagacagc gaggtctata aggtggtcgg gaacctcctg 3600
tactaccgct tcctgaaccc agctgtggtg gctcctgacg ccttcgacat tgtggccatg 3660
gcagctggtg gagccctggc tgccccccag cgccatgccc tgggggctgt ggctcagctc 3720
ctacagcacg ctgcggctgg caaggccttc tctgggcaga gccagcacct acgggtcctg 3780
aatgactatc tggaggaaac acacctcaag ttcaggaagt tcatccatag agcctgccag 3840
gtgccagagc cagaggagcg ttttgcagtg gacgagtact cagacatggt ggctgtggcc 3900
aaacccatgg tgtacatcac cgtgggggag ctggtcaaca cgcacaggct gttgctggag 3960
caccaggact gcattgcccc tgatcaccaa gaccccctgc atgagctcct ggaggatctt 4020
ggggagctgc ccaccatccc tgaccttatt ggtgagagca tcgctgcaga tgggcacacg 4080
gacctgagca agctagaagt gtccctgacg ctgaccaaca agtttgaagg actagaggca 4140
gatgctgatg actccaacac ccgtagcctg cttctgagca ccaagcagct gttggccgat 4200
atcatacagt tccatcctgg ggacaccctc aaggagatcc tgtccctctc ggcttccaga 4260
gagcaagaag cagcccacaa gcagctgatg agccgacgcc aggcctgtac agcccagaca 4320
ccggagccac tgcgacgaca ccgctcactg acagctcact ccctcctgcc actggcagag 4380
aagcagcggc gcgtcctgcg gaacctacgc cgacttgaag ccctggggtt ggtcagcgcc 4440
agaaatggct accaggggct agtggacgag ctggccaagg acatccgcaa ccagcacaga 4500
cacaggcaca ggcggaaggc agagctggtg aagctgcagg ccacattaca gggcctgagc 4560
actaagacca ccttctatga ggagcagggt gactactaca gccagtacat ccgggcctgc 4620
ctggaccacc tggcccccga ctccaagagt tctgggaagg ggaagaagca gccttctctt 4680
cattacactg ctgctcagct cctggaaaag ggtgtcttgg tggaaattga agatcttccc 4740
gcctctcact tcagaaacgt catctttgac atcacgccgg gagatgaggc aggaaagttt 4800
gaagtaaatg ccaagttcct gggtgtggac atggagcgat ttcagcttca ctatcaggat 4860
ctcctgcagc tccagtatga gggtgtggct gtcatgaaac tcttcaacaa ggccaaagtc 4920
aatgtcaacc ttctcatctt cctcctcaac aagaagtttt tgcggaagtg acagaggcaa 4980
agggtgctac ccaagcccct cttacctctc tggatgcttt ctttaacact aactcaccac 5040
tgtgcttccc tgcagacacc cagagctcag gactgggcaa ggcccaggga ttctcacccc 5100
ttccccagct gggaggagct tgcctgcctg gccacagaca gtgtatcttc taattggcta 5160
aagtgggcct tgcccagagt ccagctgtgt ggcttttatc atgcatgaca aacccctggc 5220
tttcctgcca gatggtagga catggacctt gacctgggaa agccattact cttgtgtctg 5280
ctactgccct cccacagtca ccccaatatt acaagcactg ccccagcggc ttgatttccc 5340
ctctgccttc cttctctctg cactcccaca aagccagggc caggctcccc atccctacct 5400
cccactgcat cagcagtggg tgttcctgcc cttcctgagt ctaggcagct ctgctgctgt 5460
gatctgcaca ccctccaacc tgggcaggga ctggggggat gcagtgtgtg ttagtgccca 5520
tgtggcattg tggcactgtt gccccccatg gcggcatggg caagatgacc ttccattagc 5580
ttcaagtctt gttctcttgt ctgtggtctg tttaatatgt gggtcactag ggtatttatt 5640
ctttctccca tccttacact ctggatcatt gtgcagactt aatcagggtt ttaacgcttt 5700
catttttttt tttttttttt tttttttgag ctcaaagaga gttctcattt tccctattca 5760
aactaatacc catgccgtgt tttttacctt ggatttaaag tcaccttagg ttggggcaac 5820
agattctcac tcatgtttaa gatcttgtta tttcagcttc ataagatcaa agaggagtct 5880
ttcccttttc tcttttaccc tcaggattct catcccttac agctgactct tccaggcaat 5940
ttccatagat ctgcagtcct gcctctgcca cagtctctct gttgtcccca catctaccca 6000
acttcctgta ctgttgccct tctgatgtta ataaaagcag ctgttactcc caaaaaaaaa 6060
aaaaaaaaa 6069
<210> 7
<211> 1338
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> mRNA
<222> (1)..(1338)
<223> Homo sapiens similar to ARP3 actin-related protein 3 homolog B
(LOC644773), mRNA.
<400> 7
cagaacttcc actgaataca ctagaaaata cagagcattt ttgcagaaat tatgtttgaa 60
ttatttaatg taccaggatt ctacattgca gttcaggagg tactagcctt ggaagtatct 120
tggacatctc aacaagtggg tgaatatatg ttaatgagta tagtcattga caaaggagat 180
ggagtcaccc ttgttctccc agttgtagaa ggttatgtaa ttgggagctg catcaatcac 240
atcctgattg taggtgatac tgtgtatttc attcaacagc tgctaaggga gagggaggta 300
ggaatccctc ttgagcagtc actggagaac acaaaagcca ttaaggagaa atactgttac 360
atttgccctg atatagtcaa ggaatttgct aagtatgatg tggatccctg gaagtggatc 420
aaacagtaca caggtatcaa tgtgatcaac caggagaagt tcataataga cgttggttac 480
aaaaggttcc tgcaacctga aatatttttt tacccagagt ttgccaaccc agactttatg 540
gaatccatct tgaatgttgt tgatgaatac aaaactgtcc cattgatgcg cattgtccac 600
tgtataagaa tgttgttctt tcaaggggtt tgaccatatt cagggatttg aatctcaact 660
acagagagat ttgaagagtg gtacatgcca gattaaaact caataaggag ctcagtggca 720
ggagaatcaa acctaagctt acaaaggttc gggtggtaat caatcacatg cagcactatg 780
ccttatggtt tggaagctta atgctagcct caactctgga gttatttcag gtctgtcaca 840
ccaagaagga ctataaagaa tatggcccca gcgtctgcca ccagagcctt ctctttggaa 900
taatgtctta gtgtctgcct tgaaagcatc atttaatagt gtcatgttgg ggaacaagtg 960
tccttcagaa cccagagaag actaccattt ctaaatgaca tttggtgttg atgtctgagc 1020
agcatgcttg caccacctag tgcatgaggc acagggcaga gtcatttcag taaaagccat 1080
ttctttatgt gttgactgtt gtatgcccac tcctccttct ctcactccct ttcttcatgc 1140
ttccccagtt tccctcctcc ttttcacttg aacttttttg ttgacaaata ccattctgaa 1200
ggaattcaaa tgtgactctg aaaattgtta agaggaaaaa aaatttcaaa aatggcccaa 1260
aatagttctc ccccaggaaa gaatgcagtg gtataaatcc ttttccccca gcttattttt 1320
ataaataaaa tgttataa 1338
<210> 8
<211> 3859
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> mRNA
<222> (1)..(3859)
<223> Homo sapiens keratin 80 (KRT80), transcript variant 1, mRNA.
<400> 8
cccagctgtg accagagcaa ccagagcctg ccacccgacg caaccccagg ctcactcgct 60
cacccccctg ggccctcctg cttccggccg ggggcaccat ggcctgccgc tcctgcgtgg 120
ttggcttcag cagcctcagc agctgtgagg tgaccccggt gggcagcccc cggcctggaa 180
cctcaggatg ggacagctgc agggcccccg ggccgggctt cagctcccgc agcctcacag 240
gctgctggtc ggctggcact atctccaagg tgactgtgaa ccccggcctg ctggtgcccc 300
tggatgtcaa gttggacccc gctgttcagc agctgaagaa ccaggagaag gaggagatga 360
aggccctcaa tgataaattt gcctccctaa ttggcaaggt gcaagccctg gaacagcgca 420
accagctgct ggagacacgc tggagcttcc tgcagggcca ggactcagcc atcttcgacc 480
tcgggcatct ctatgaggaa tatcagggcc ggctgcagga ggaactgcgc aaagtgagcc 540
aggagcgggg gcagctggag gccaacctgc tgcaggtgct ggagaaggtt gaggagtttc 600
gaatcaggta tgaggatgag atctccaagc gcacagacat ggagttcacc tttgttcagc 660
tgaagaagga cctggatgca gagtgtcttc atcggactga actggaaacc aagttaaaaa 720
gcctggagag cttcgtggag ttgatgaaaa ccatctatga gcaggagctg aaggacctgg 780
cagcacaggt gaaggatgtg tcggtgaccg tcggcatgga cagccgctgc cacatcgacc 840
tgagcggcat cgtggaggag gtgaaggccc agtatgacgc cgtcgcggct cgcagcctgg 900
aggaggccga ggcatactct cggagccagc tggaggagca ggccgcccgc tcggccgagt 960
atgggagcag cctccagagc agccgcagcg agatcgcgga tctcaatgtg cgcatccaga 1020
agctgcggtc ccagatcctc tctgtcaaga gccattgcct gaaactggag gagaacatca 1080
agacagctga ggagcagggt gagctggcct tccaggatgc caagaccaag ctggcccagc 1140
tggaggccgc cctgcagcag gccaagcagg acatggcgcg gcagctgcgc aagtaccagg 1200
agctgatgaa cgtcaagctg gccctggaca tcgagatcgc cacctacagg aagctggtgg 1260
agggcgagga gggcaggatg gactcgccct cagccactgt ggtcagcgct gtgcagtcca 1320
ggtgcaaaac cgctgcctcc agatcaggcc tctccaaggc cccctcccga aagaagaagg 1380
gcagcaaagg ccccgtgatc aaaatcaccg aaatgtcaga gaagtacttc tcgcaggagt 1440
cggaggtctc agagtaaggc ggctggaccc caggaacccc agggcactcc actgcagcag 1500
gagggactta agctagactc aagaaagcag cttggagcct ctaggttgag aagagaggca 1560
aaacctgata ttgaactgag agaggggttc aaaactgact gtgttttgtg ggctgccagg 1620
gtgggagagg agcatcacca gctcctcaga gccactccgc tccatatcag tatctcacag 1680
tcccatcctt ccaaccttct ggccagaggt tttcctgatg ggtgagtcgg aattaggggt 1740
cagttttgtc tccacctcct cgctcctctg aggctcctcc tccagcatca ggctctgcca 1800
aggcccctct gactcttgcc caatccttga ccttgactcc tatctcaagc cttgccttgt 1860
ctctgcctcg gaactgggac tgggactggc tcatccacct atgtgcggga gccgaggagg 1920
acggcgtggg ccctgtcctg tatctggaat tcctgggaag gctggctgct gaagaccctc 1980
ttggctttcc cgtgctcttt gggctcccca gagacctgac agtattaggg agtgaaggga 2040
ggaggggccc tggctatttg ggacctaagc ctaggcccca gagatcagcc cgaacacccg 2100
catcccttcc tcctcccatg ggtccctccc agtaggcagt agtcagaact ggatgggctg 2160
cccccagcca gctcccagca gcttctccgg aagctgctct tgccataatc aactccctgg 2220
gagtggaagc cagatggcag cttgagattg ggcaggagca ttcgatcttc ctttcacctc 2280
cctgccatgc tggggtccta cccagcctgg atctgagctc tgtgccccca gccgggttgt 2340
tcccagcctg agcaccgggc tttggtgcac caggccttgg agacccctgg tcccacccct 2400
gccgtgaagc cccaggccca cttcccaaga atctcacttc tcagggcctc tgttctcctc 2460
tccactgggc caaatagcct ggccctcccc tccttggcat tcatggggga gcccaggaac 2520
cccccacacc tatggggtta gagctcctcc tttcttctca ctccttcccc ttcctccctc 2580
catgcccact ccccctgcct ccagcaggcc aggaagaagg cacagtccag gcaagtctgg 2640
gagcttccaa gcccttgagg tccagctgtg gggcccaaat gacagcctta caagggttct 2700
accagagagg aaaattccac atcccaccag aagacagggg tgttggcagg catactccta 2760
tctcctcctc ttggctctca atgctgaggc ttgcagaggc atcccagcgg caccagcctc 2820
ccactgcaca gcttccttcc ctccttcact ctcctctccc ctccctgccc cttgcctcac 2880
ctcctcttct agactgcatt agattcattc atctcatttg ccaggacatg ttggccagag 2940
gtctgggccc atcccaggcc tcaaggccct ccaggcctgt ggggagcact ggagggttac 3000
tgactctctg gccatgggaa ctcagagatt ctcatcccca aagtcccaaa agagggtgct 3060
gattggtgct tttcctcagg ctcttcattg gtttccaagg gagcaaatcc tcagtgggga 3120
tacaagacat ataaagtata tattattttt tcataactta tgtggctttt aacttattgc 3180
ttcccttcct gtttctgcat gatcagtctg tatgtactat ctggaaagat aacacatact 3240
ccagccacct cacctgattg gctatcttgg ggccatgtcc ccttcttgct gccacaggat 3300
gaataaagtg ttgagatttg tctatggaga aagctgtgtg tctgttttta tctcccctct 3360
caggaccagt cagccactgg tcaatcaggc tgatcatgga acattaggaa ttctccaatt 3420
aagggagaaa aagtccaggg acttagttat atcttcagac cagtgcagct ggtacacaca 3480
aagttctcct gtctcaccat ctgatatggt ttggatgctc gtcccctcca aatctcatgt 3540
tgaaatgtaa ttcccagtgt tggaagtgga gcctggtggg aagtatttgg atcatgagag 3600
aggatccttc atgaatggct cagcaccatc tccttggtga tgagtgagtt ctcactcaat 3660
tcacatagat atggttgttt aaaagagtct gagacctctc ccctctttct cgccatgtga 3720
tatgcctgct cccccttcac cttccgcctt tactgtaagc ttcctgaggc cctcaccaga 3780
agctgagcaa atgttggtgc catgccagta cagcctgcag aattgtgagc caaaataaat 3840
gtcttttctt tataaatta 3859
<210> 9
<211> 1182
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> mRNA
<222> (1)..(1182)
<223> Homo sapiens hypothetical protein FLJ22655 (FLJ22655), mRNA.
<400> 9
gttccagaaa ataggactga ccaagaagca gaaaagcaag atgaatgatg tgaagcttgc 60
tgtcttgggt ggtgaaggaa caggcaaatc tggtccctac atccttaaat aactgcaaat 120
acttggtagt gtctttgtga ctattacaca tagtaccttg aagccagact gagtttgaca 180
gagaaaataa acagatgtca aacttcttgc atctcaaata taatgagaaa tctgtttctg 240
ttacaaaagc ccttacagtg aggtttctta ctaagcgatt cattggagaa tatgcttcta 300
attttgaatc tatctataag aagcacttgt gtttggaaag gaaacaacta aatctagaaa 360
tatatgaccc ttgttctcaa acacagaaag caaaattctc cctcacaagt gagcttcact 420
gggcagatgg gtttgttatt gtgtatgaca tcagtgatag gtcttcattt gcttttgcaa 480
aagcgctgat ctacagaatc cgggagccac aaactagtca ttgtaaaaga gctgtggaat 540
cagcagtgtt tttggttggc aacaaacgag atctttgtca tgtgcgagag gttggctggg 600
aagaagggca aaagctggca ctggaaaacc gatgccaatt ctgtgaactg tctgcagcag 660
agcagtctct ggaggtggaa atgatgttta tcagaattat caaggacatc ctgataaact 720
tcaaactcaa agaaaagaga cgtcccagtg gatctaaatc aatggccaaa ttgatcaata 780
atgtatttgg aaagagaagg aaatctgttt agtagacagg taatcctggg agatttccta 840
tatcagagag tttcaaacat tcacatgata attaaactaa cctttgtatg caattttttt 900
ttggtaaaaa gaattctctt ggagatatga aatgattgag tatgaaccac agctgtgttt 960
tcaaatatgt agtttgcctt tttggttgtt gtaccctgct cactctcctt cacacagaac 1020
ctttcattta ttgtacaaca tcacactcac cctaacctac tggcggacag cgatcccagt 1080
ttgccttgcc aaataaactc tgtttatgtg aatttattaa acgaccatgc cataaaaaaa 1140
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aa 1182
<210> 10
<211> 632
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> mRNA
<222> (1)..(632)
<223> Homo sapiens zymogen granule protein 16 (ZG16), mRNA.
<400> 10
cccagaatgt tgacagtcgc tctcctagcc cttctctgtg cctcagcctc tggcaatgcc 60
attcaggcca ggtcttcctc ctatagtgga gagtatggaa gtggtggtgg aaagcgattc 120
tctcattctg gcaaccagtt ggacggcccc atcaccgccc tccgggtccg agtcaacaca 180
tactacatcg taggtcttca ggtgcgctat ggcaaggtgt ggagcgacta tgtgggtggt 240
cgcaacggag acctggagga gatctttctg caccctgggg aatcagtgat ccaggtttct 300
gggaagtaca agtggtacct gaagaagctg gtatttgtga cagacaaggg ccgctatctg 360
tcttttggga aagacagtgg cacaagtttc aatgccgtcc ccttgcaccc caacaccgtg 420
ctccgcttca tcagtggccg gtctggttct ctcatcgatg ccattggcct gcactgggat 480
gtttacccca ctagctgcag cagatgctga gcctcctctc cttggcaggg gcactgtgat 540
gaggagtaag aactccctta tcactaaccc ccatccaaat ggctcaataa aaaaatatgg 600
ttaaggctaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aa 632
<210> 11
<211> 2096
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> mRNA
<222> (1)..(2096)
<223> Homo sapiens bestrophin 4 (BEST4), mRNA.
<400> 11
cagccctggg ggcaactctt gtgacctcct gccccaggct cccagcacca tgacggtttc 60
atacactctc aaagtggcgg aggcccgctt cggaggtttc tctggcctgc ttctccgctg 120
gaggggaagc atctacaagc tcctctacaa ggaattcctc ctctttgggg ccttgtacgc 180
tgtgcttagc atcacctacc ggctgctgct gacccaggag cagaggtacg tgtatgctca 240
ggtggcccgg tactgcaacc gctcagcaga cctcattccc ttgtcctttg tattgggttt 300
ctatgtgact ctcgtggtga accgctggtg gtcccagtac acaagcatcc cgctgccaga 360
ccagctgatg tgcgtcatct cggctagcgt gcacggcgtg gaccagcggg gccgcctgct 420
gcgccgcacc ctcatccgct acgcgaacct ggcgtccgtg ctggtgctgc gctcggtcag 480
cacccgcgtg cttaagcgct tccccaccat ggagcacgtg gtggacgcag gtttcatgtc 540
ccaggaagag aggaaaaagt ttgagagcct gaaatccgac ttcaacaagt actgggtccc 600
ctgcgtctgg ttcaccaacc tggcggccca ggcccggagg gacgggcgaa tacgtgacga 660
tatcgctctc tgtctacttt tggaagagct gaacaagtac cgagccaagt gcagcatgct 720
attccactat gactggatca gcatccccct cgtctacacc caagtggtga ccatagccgt 780
ctactctttc tttgccctct ccctggttgg ccgccagttt gtggagccag aggcaggggc 840
tgccaaacct cagaagcttc tgaagccagg ccaggagcca gccccagccc tgggagaccc 900
ggacatgtac gtgcctctca ccactctgct gcagttcttc ttctatgctg gctggctcaa 960
ggtggctgaa cagatcatca acccatttgg tgaggatgat gacgactttg agacaaatca 1020
gctcatagac cgcaacttgc aggtgtccct gctatccgtg gacgaaatgt accagaacct 1080
tccccccgct gagaaggacc agtactggga tgaggaccag ccgcagccac cctacactgt 1140
ggccacggcg gccgagtctc tgcggccctc attcctgggc tccaccttca acctgcgcat 1200
gagcgacgac cctgagcaga gcctgcaggt ggaggcgtcc cccggatctg gtcggcccgc 1260
gcccgccgcg cagaccccgt tgctcggccg cttcctgggc gtaggggcgc cctccccggc 1320
catcagcctc cggaacttcg gccgcgtgcg aggcaccccc cgccccccgc atctgctgcg 1380
cttccgggcg gaggagggcg gcgaccccga ggccgcagcc cgcatcgagg aggaatcggc 1440
ggagtccggg gacgaggccc tggagccctg aggtctcgcc tgcccccgcc cggtttcccc 1500
cacccactgc cctccttccc tcccgtgccc ggtcctgcca gccagctcta ttagagcagc 1560
ttttcctgtg tgccttgaag gccagagcat ttagggacag aacttgaaag agaagatggc 1620
gaaaagggcc tgagccaggg ctgggaatgt gtccactttg gtgggagaga aggtcggttg 1680
cttgggggac gtgaagctag aaaaataaat gagcccaggc atagaggact agagcccagg 1740
tgcacggtta gcttcacagc aacagggagc taggccattg gttctcaaac ttaaggaagg 1800
atcagcatca cggaaggtct tgtcaaaaga gtgctgggca ccactcccag catttctggc 1860
acgttagatt tgggatggcg cccaataact tgcatttcta acaagttccc aggtgatgct 1920
gtgctgcttg tccaggaaac acaatttgag agtcatgtga aacgtgcttg aaggggtata 1980
ccttaccctg gtaaccttac tcaaaagaag ggtcagtgtg tgctggggga cttttgcctt 2040
gtttgtaatg ttaaagtttt tgtttacatt gagaatatat tcaagttttt gtttaa 2096
<210> 12
<211> 1182
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> mRNA
<222> (1)..(1182)
<223> Homo sapiens membrane-spanning 4-domains, subfamily A, member
12(MS4A12), mRNA.
<400> 12
acacaggttg gagcagagaa agaggaaaca tagaggtgcc aaaggaacaa agacataatg 60
atgtcatcca agccaacaag ccatgctgaa gtaaatgaaa ccatacccaa cccttaccca 120
ccaggcagct ttatggctcc tggatttcaa cagcctctgg gttcaatcaa cttagaaaac 180
caagctcagg gtgctcagcg tgctcagccc tacggcatca catctccggg aatctttgct 240
agcagtcaac cgggtcaagg aaatatacaa atgataaatc caagtgtggg aacagcagta 300
atgaacttta aagaagaagc aaaggcacta ggggtgatcc agatcatggt tggattgatg 360
cacattggtt ttggaattgt tttgtgttta atatccttct cttttagaga agtattaggt 420
tttgcctcta ctgctgttat tggtggatac ccattctggg gtggcctttc ttttattatc 480
tctggctctc tctctgtgtc agcatccaag gagctttccc gttgtctggt gaaaggcagc 540
ctgggaatga acattgttag ttctatcttg gccttcattg gagtgattct gctgctggtg 600
gatatgtgca tcaatggggt agctggccaa gactactggg ccgtgctttc tggaaaaggc 660
atttcagcca cgctgatgat cttctccctc ttggagttct tcgtagcttg tgccacagcc 720
cattttgcca accaagcaaa caccacaacc aatatgtctg tcctggttat tccaaatatg 780
tatgaaagca accctgtgac accagcgtct tcttcagctc ctcccagatg caacaactac 840
tcagctaatg cccctaaata gtaaaagaaa aaggggtatc agtctaatct catggagaaa 900
aactacttgc aaaaacttct taagaagatg tcttttattg tctacaatga tttctagtct 960
ttaaaaactg tgtttgagat ttgtttttag gttggtcgct aatgatggct gtatctccct 1020
tcactgtctc ttcctacatt accactacta catgctggca aaggtgaagg atcagaggac 1080
tgaaaaatga ttctgcaact ctcttaaagt tagaaatgtt tctgttcata ttactttttc 1140
cttaataaaa tgtcattaga aacaaaaaaa aaaaaaaaaa aa 1182
<210> 13
<211> 6741
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> mRNA
<222> (1)..(6741)
<223> Predicted: Homo sapiens KIAA1644 protein (KIAA1644), mRNA.
<400> 13
aaggttggtg gcaaccagga gccggggaag aggccagcag ctgcagggag accgcagcca 60
gcggaggggg cttctgatcc ctcagtcaca gggctcggca ggcagctctg gacggatcaa 120
tgcaagccag acgatgacca gttgtggcca gcagtccttg aacgtgctcg ccgtcctctt 180
ctcattgctg ttttctgcag tcttgtctgc acatttccgg gtctgtgaac catacacaga 240
ccacaaaggc cgctaccact ttggcttcca ctgcccccgg ctctcggaca acaagacctt 300
catcctctgt tgtcaccata acaacacggt cttcaaatac tgctgcaacg agacggagtt 360
ccaggcggtg atgcaggcga acctcacggc cagctccgag ggttacatgc acaacaatta 420
caccgccttg ttgggagtgt ggatctatgg atttttcgtg ttgatgctgc tggttctgga 480
ccttttgtat tactcggcaa tgaactacga catctgcaag gtctacctgg cacggtgggg 540
catccaagga cgatggatga aacaggaccc ccggcggtgg gggaaccccg ctcgggcccc 600
tcggccgggt cagcgggccc cacagccgca gcctccccca ggcccgctgc cacaagcccc 660
acaggccgtg cacacattgc ggggagatgc tcacagccca ccgctgatga ccttccagag 720
ttcgtctgcc tgaaaacgct tttgctgtgc ctcaggatgg gggagatgag atctgaagca 780
cccggtgcag cctccgagaa gaacaacttc tacagagatg ccagggacag ccgaggtagc 840
ggcggtggca caggaggaaa tgctgcctgt gcccaaagcc cccttccgcg gacttctaag 900
attaggagca aactcagggg taggggctgg gggtgcaggg gaggggattc tgagccacct 960
gtccgcaagc aatagtccta ttttgggctg gtggcttctg agaggtgact cattgtggac 1020
tcaggatgac caagacaaag caactctggc tgattccagc caggaggatt gaggcctgtg 1080
agttatacct gtggttgaaa accgaagctt cccttgcccc tgctccctcc agtagtggcc 1140
ccttggggct atttgtgtca gaatattgaa tgtgcgtgtg tgtgtgcgtg tgtgtgattt 1200
ggggtgttct ttttgtttgc ttggttggtt ggtttttatt ggggcttccc ccctcaagtt 1260
ctctgatggg catgagtcac cctccggctg ggggttctca tccgtgtcaa tgtccgagcc 1320
gcaagcttat tgctaagcac agggtacggc ccctctgtgt ctcggggagc actggggatt 1380
tgaaaatgcc agtcagggtt gtttcttaca gaattcgttc ctgtaacaat agtaatacta 1440
agggctgcat ctcaggctga ccacagggca ggtgccaagt taagtgtttt catgcactcc 1500
ctctctcacc acctgggagg caggtatgat taaccccctg cagaaaaact cacagtgggg 1560
aagcggtgcc ggaacccaaa gtccaggctc caactccctg gacgtgacat gctcgccagc 1620
cggggtacac cctgcacaat gctgggagca tctccttgat gcctccacca tcaccgcctg 1680
gagcgctgat ccactcagca cattctggct aagcatctgc tgtgtgccag gccccgtgct 1740
gggcagtgat gggaatgaaa gatgagttag atctcatctc tgcccccggg gagcctccca 1800
tctggtggga gacacagaca cgtggatctt tgctggaaag ggtaacaagg ccatggaaac 1860
ccaggcagga gcgttctaga aatccatcca ctttcaagta ggacttccat gcccgtaaca 1920
tccacccacc gagctaatca cccccactcc tgccccgctg ccctgggaca cctatgagat 1980
ggcatcacct aaatcatcac aaacatctcc aaaggccatg ctgccagtgt agacacactc 2040
attccatggg tgttagtgat accaaatctc ccccagctct tagctcggga ggccctgctt 2100
gatcaatgtg tgtgtcctct gacgcagttt cctcatttca tcagacctag tgttctcaca 2160
ctgaccaccc atccattcac cagacacgac agtgagcaag gcaggtccct gctcactgtg 2220
ctagctttct agctggggca ggaagacagt gaagaaggaa ggtggcgaag gcagtgagtg 2280
ctctgccggg aactcagtgc caggaactca gttcgaggga cacgtgagtg agacccttgt 2340
ggacctgggg tggtctggga aggccgcctt gagcagatga ttgaagccca gatttgaatg 2400
acacacagga gccagtaatg ggcgttaaag ataggaaaag agcattccag gcagaaggaa 2460
cggctagtgc aaagatcctg cggcagccac aggcttggtg gtttcaagga agcacaagaa 2520
agccaggtgg cacaagaaag ccaggtggct ggggacccag agggaaggca gaaggagatg 2580
agggtgatag tgcccagctc tgggctctgc tgtgagtcaa gctgtgcaaa cacaatgtcc 2640
tgcctttgga aaagcagaac aaacttgcta gggtataaag catcctccat tctgcctggc 2700
tgtccatcct ctcaacagcc ccatgaagaa ggggctctcc ccattttatg gacaagaaga 2760
cagactcagc tgggtcaagt ggcttgccca ggatcacaca ggtcagctgt ggaagaccca 2820
ggcccctggc ttcagtcttt gggtccagct gtctcctcca ggcagtgctg ccagtgtcca 2880
ggcatatggc ttggcaaagt gggagaacct ctgcttgggg tctcgattgg agaaaggaat 2940
ggcttcctct cccctgatgt gagccgtccc agggccatgt tgccgtaagg gggtgcacag 3000
cctgtccact agcccagctg cggaagccac agctgtgtcc cacgtgcagt gcctcagaag 3060
gcagaggaag ccttgaggtg ggggcccaag acccagattc tgacatcagc tctgccactg 3120
agaacagcgt gacctcaggc aaggtctgtt acctcagttt ccccatcggt aagaggaagg 3180
agtcagatgg gtatttaagg agtttgcaac cctcgtgtcc tgctgtcctg gacaatgctc 3240
tgtaggtgct tcctctgcca aaaaggaact ggtggccttg cctccctctc ctggacacct 3300
ggggtcaaag gtcactgcca aatagacagc tagaactggg gttcacctaa gcatcccttg 3360
agatgtacaa ccttctagga ggacattcct cctgcctgcc cccctccccg caagaggtct 3420
tttcaggaat aactgaaaaa cccatggggt ttgtggtcct gctgctctgc caagtccctc 3480
ttgggcagct gggctgagga ctggaacatt ctgtggcaag caggaggcct cagcagagat 3540
caccaagacc cagcacacct ggtgcagaca gccacggcat cctccttcct gcaggtcacc 3600
cccacgagcc acttaacctc tcagagcctc tgcttctcac ctgtcaagtg tgtgaggtag 3660
ggtaccagtt agtcacggta cttgctgtct cacagaggag ccgacaggtg agaacagtgt 3720
gcatgtgggt gtgaacactc agtgtggaaa gcaggtgtgt gtgtattcaa tcccccaatg 3780
gtgtcaaggg ctcctcaaaa tgccatgggt ccccaggtca ttgtgataaa cactgtcccc 3840
atcctgctgt ggttgtggct ggaaggtccc tcaaggagta gactgtccct gagaacaaga 3900
tggatgcagg gtagtgacga gttcaagcat agctagagtt actgtttttt agcaactcaa 3960
cctgattttt taagctgcct acttttactt tttactgtga gcttctgtcc atcaccatgt 4020
aatttgtaat aataataata caaaaagaaa aacgagagag agaagaggac aagatgtcca 4080
cagaggaatc tgcattcgag gctgtttgca gaactaccgc gtttgtaagg actgtttccc 4140
actgggaact gtgtgtaatt aatgagcagt tttatgcttt ccctctcgtc tgtgtacggt 4200
gtgattgttg tgtgtttcag aatctctatt cagaaccaat agctggtaat gcctgctggc 4260
tcgctgccct caagttagcc tctgaacgtg ccctgcacct agagaagcag ccttctcacc 4320
cgcctcacct ggctgctcca gcggccaggc cagccacctg accatgacca ttgctgatgt 4380
gcaacaggcc ttaattgaaa aaacacacaa gtacatacat gcacatgcgc gcacacacac 4440
aggtgatttc acaggtagat ctggtccctc ttgctgtctc caatgctcta gaaagcagca 4500
agtaggcagc tgacagtgtt cccagggtga gtggcatctc ccctcatcat cagaaagatt 4560
cagtcaaatt ttggcccaga gctgaagagg aggacttggg aatgtcaggg aaaacatgac 4620
agggctaggg gttaacaggc ttctttggcc aggagatggt ttccagttca ccgtcaaccc 4680
aaaagctctc ttcaggtcat ggcaaacaga ccagggctgt gggtgtggct gtgcttggca 4740
ctgactcccc cacaggccgc tgtccaggtt ggctcaggat tccagctgcc atccccaggc 4800
aggcccctcc gctggctcgg ctgctttcac aatcaccatg tctgtctatt agagactgtg 4860
ccattcaagg agacggggtc cccgggggtg cagacttgta aaatttttta atttttcaac 4920
ttggctgaac tggtccccat caacaggaaa agccttcgga agtgaattta cagatttctc 4980
ccatgtttga aattaacata acatgaaccc agaaggcaga gcttgcagtg agctgagatc 5040
gcaccagtgc actccagcct gggcaacaga gtgagactct gtctaggtag gtaggtaaga 5100
aggaaggaag gaagaacaga cctggatgga gttattggga acatgtctta tcaatgttga 5160
agggccccct atcactgtag ggagacatcc acgtgggttg ttttcgtctg ctgtgaaaat 5220
ctagggttgg aatcatggaa gcaaactgca ggaattctta atcatcctgc tcacgtggtg 5280
ggcatcagag ggtgtctgct tggcccccac agcactggga cagtcagaga ggccatgagt 5340
ggatgacgcc ctgatcactg ccctttgcag tccaggaata cctcactggg ctggggccat 5400
accctgtgcc ctctggaaga caagcctgcg cacttactat gtgccagatg ccatgcacag 5460
tgccctagtt ccttgctgta gcaccaacac gtcccacgct ggtgcttaaa tgcacgcaaa 5520
caactttggt ggttgtggcc cgaaaagctc aaatgttaaa gttaagcagt caggcaagct 5580
agaagaggtg aggagcctcc tagaaaactc attcgatgac acgcgcttcc ctcacctatt 5640
cagatacttg ccgagtgcct gccacttgcc tggccctgta cccagggccc atctgggagc 5700
cattcctgct atagctggga ccacttgtga aacggctagt tgtgcctaac agacatgctc 5760
agattcacaa aatgaattca gaacacttac ctgtcccacc cgtgaaagtg accttggagg 5820
tgtcattgcc ccccaccacc ccagtttcta gtccaagcca acagctggtg ctagatagat 5880
gcttgatgaa tgagcagatt tgactgttag ttactctgta cctaaaactc ctatctttac 5940
atcaaagccc tgacagattt gcccttgaca gactgaaatc cggggctgct gcagggttca 6000
cctccaggag gcaccattca cgacactgtc ccataaatgg taatgggctc ccagggatac 6060
tgtttacata gactgcactg agaacggtga cccttaggtt tgtacaatga ggtaccctgt 6120
tgaatgaccc taaaccagcc tccaaaatgt gcaggatccc acattggtca gcgccaaccc 6180
tgagcacagg atctaaaact atagatgata tggccaccct ggccacagct ggaaccaagc 6240
tggtggccca agagagagcc tcttcttgga attgcatgtc agtttctcat acgcagtttc 6300
ttcctatttt tcccatttcc cgttttaaag ctagtggcat acctcacagt caaataacca 6360
agtggtcagt gtctcgacaa tgtgcagtaa cgaggtgggg gctgcaaggg tgaggggctc 6420
agtcacctta acaaggcagg agacctccca caaaaggctg atgtgtcgtc cccagggcca 6480
gctggacaag ggcatgcagc gcaggggtag ggggatggaa atattttctc tcccgtaaac 6540
tctgacttca tgtgagcagg catggggtct ccctgagagc tgataaccgg gaaaaccaaa 6600
accaataata ttcctaataa taatactaga atgtaagaat aatcatgtgt ttttcactga 6660
ccgctgttgc tctgcttttg tctttatata cagtagtttt tataacaatg tccctaggtt 6720
ttaataaagg agtgtcatgt c 6741
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as forward primer for amplifying GAPDH
<400> 14
tcatgaccac agtccatgcc 20
<210> 15
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as reverse primer for amplifying GAPDH
<400> 15
tccaccaccc tgttgctgta 20
<210> 16
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as forward primer for amplifying C13orf18
<400> 16
gctgctgatg aaggtgctgt 20
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as reverse primer for amplifying C13orf18
<400> 17
ctatcgagcc agctgcactc 20
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as forward primer for amplifying C13ORF3
<400> 18
cagattttgg acttgagcgg 20
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as reverse primer for amplifying C13ORF3
<400> 19
ttccaactgc tggatgatgg 20
<210> 20
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as forward primer for amplifying ASPM
<400> 20
tcgagctgct tgtttgat 18
<210> 21
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as reverse primer for amplifying ASPM
<400> 21
tttcgctggc tcagacattc 20
<210> 22
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as forward primer for amplifying ARID3A
<400> 22
gtggctccct ctttgcctac 20
<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as reverse primer for amplifying ARID3A
<400> 23
ttgatctcca ccgacatgct 20
<210> 24
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as forward primer for amplifying C2ORF15
<400> 24
tgtcctcaac tctggggaag t 21
<210> 25
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as reverse primer for amplifying C2ORF15
<400> 25
agagatcctg tgccagtccc 20
<210> 26
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as forward primer for amplifying IQGAP3
<400> 26
tacaactatg cctccagccg 20
<210> 27
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as reverse primer for amplifying IQGAP3
<400> 27
tagacctcgc tgtctgtggc 20
<210> 28
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as forward primer for amplifying LOC644773
<400> 28
attgggagct gcatcaatca 20
<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as reverse primer for amplifying LOC644773
<400> 29
agtggacaat gcgcatcaat 20
<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as forward primer for amplifying LOC144501
<400> 30
aaaaagcctg gagagcttcg 20
<210> 31
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as reverse primer for amplifying LOC144501
<400> 31
agcttcctgt aggtggcgat 20
<210> 32
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as forward primer for amplifying FLJ22655
<400> 32
gcacttgtgt ttggaaagga a 21
<210> 33
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as reverse primer for amplifying FLJ22655
<400> 33
gttcacagaa ttggcatcgg 20
<210> 34
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as forward primer for amplifying ZG16
<400> 34
tcgctctcct agcccttctc 20
<210> 35
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as reverse primer for amplifying ZG16
<400> 35
agatagcggc ccttgtctgt 20
<210> 36
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as forward primer for amplifying VMD2L2
<400> 36
gctgaacaag taccgagcca 20
<210> 37
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as reverse primer for amplifying VMD2L2
<400> 37
ctggtacatt tcgtccacgg 20
<210> 38
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as forward primer for amplifying MS4A12
<400> 38
tttcccgttg tctggtgaaa 20
<210> 39
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as reverse primer for amplifying MS4A12
<400> 39
tggtgtcaca gggttgcttt 20
<210> 40
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as forward primer for amplifying KIAA1644
<400> 40
acaaaggccg ctaccacttt 20
<210> 41
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Nucleic acid used as reverse primer for amplifying KIAA1644
<400> 41
ggggtcctgt ttcatccatc 20
Claims (20)
- LOC144501(hypothetical protein LOC 144501, GeneBank accession No.NM_182507.2) 유전자, 상기 유전자의 센스 및 안티센스 프라이머쌍, 상기 유전자로부터 발현된 단백질, 또는 상기 단백질에 대한 항체를 포함하는 대장암 진단용 조성물.
- 삭제
- 제1항에 있어서, 상기 센스 및 안티센스 프라이머쌍은 서열번호 30 및 31인 대장암 진단용 조성물.
- 삭제
- 삭제
- LOC144501(hypothetical protein LOC 144501, GeneBank accession No.NM_182507.2) 유전자, 상기 유전자의 센스 및 안티센스 프라이머쌍, 상기 유전자로부터 발현된 단백질, 또는 상기 단백질에 대한 항체를 포함하는 대장암 진단용 키트.
- 삭제
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- 제1항에 있어서, 상기 조성물은 C13ORF18(chromosome 13 open reading frame 18, GeneBank accession No.NM_025113), ASPM(asp(abnormal spindle)-like, microcephaly associated, GeneBank accession No.NM_018136.3), IQGAP3(IQ motif containing GT pase activating protein 3, GeneBank accession No.NM_178229.4) 및 ARID3A(AT rich interactive domain 3A, GeneBank accession No.NM_005224.2)로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자, 상기 유전자의 센스 및 안티센스 프라이머쌍, 상기 유전자로부터 발현된 단백질, 또는 상기 단백질에 대한 항체를 추가로 포함하는 대장암 진단용 조성물.
- 제18항에 있어서, 상기 유전자의 센스 및 안티센스 프라이머쌍중 C13ORF18 유전자의 센스 및 안티센스 프라이머쌍은 서열번호 16 및 17인 센스 및 안티센스 프라어머쌍, ASPM 유전자의 센스 및 안티센스 프라이머쌍은 서열번호 20 및 21인 센스 및 안티센스 프라어머쌍, IQGAP3 유전자의 센스 및 안티센스 프라이머쌍은 서열번호 26 및 27인 센스 및 안티센스 프라이머쌍, ARID3A 유전자의 센스 및 안티센스 프라이머쌍은 서열번호 22 및 23인 센스 및 안티센스 프라이머쌍인 대장암 진단용 조성물.
- 제6항에 있어서, 상기 키트는 C13ORF18(chromosome 13 open reading frame 18, GeneBank accession No.NM_025113), ASPM(asp(abnormal spindle)-like, microcephaly associated, GeneBank accession No.NM_018136.3), IQGAP3(IQ motif containing GT pase activating protein 3, GeneBank accession No.NM_178229.4) 및 ARID3A(AT rich interactive domain 3A, GeneBank accession No.NM_005224.2)로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 유전자, 상기 유전자의 센스 및 안티센스 프라이머쌍, 상기 유전자로부터 발현된 단백질, 또는 상기 단백질에 대한 항체를 추가로 포함하는 대장암 진단용 키트.
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