[go: up one dir, main page]

KR101568731B1 - 만성폐쇄성폐질환 진단용 마커 조성물 - Google Patents

만성폐쇄성폐질환 진단용 마커 조성물 Download PDF

Info

Publication number
KR101568731B1
KR101568731B1 KR1020140001860A KR20140001860A KR101568731B1 KR 101568731 B1 KR101568731 B1 KR 101568731B1 KR 1020140001860 A KR1020140001860 A KR 1020140001860A KR 20140001860 A KR20140001860 A KR 20140001860A KR 101568731 B1 KR101568731 B1 KR 101568731B1
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
protein
chronic obstructive
pulmonary disease
obstructive pulmonary
mrna
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Expired - Fee Related
Application number
KR1020140001860A
Other languages
English (en)
Other versions
KR20140090570A (ko
Inventor
오연목
김우진
이상도
이재승
이세원
Original Assignee
재단법인 아산사회복지재단
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 재단법인 아산사회복지재단 filed Critical 재단법인 아산사회복지재단
Publication of KR20140090570A publication Critical patent/KR20140090570A/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR101568731B1 publication Critical patent/KR101568731B1/ko
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/12—Pulmonary diseases
    • G01N2800/122—Chronic or obstructive airway disorders, e.g. asthma COPD

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 발명은 HIPK3(Homeodomain interacting protein kinase 3), GNAQ(Guanine nucleotide binding protein, G protein q polypeptide), MXD1(Max dimerization protein 1), ETV3(ets variant 3) 및 NBPF10(Neuroblastoma breakpoint family, member 10)으로 이루어진 군에서 선택된 1개 이상의 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 만성폐쇄성폐질환 (chronic obstructive pulmonary disease, COPD) 진단용 조성물, 상기 조성물을 포함하는 만성폐쇄성폐질환 진단 키트 및 상기 조성물을 이용한 만성폐쇄성폐질환의 진단을 위한 정보 제공 방법에 관한 것이다. 본 발명의 마커 유전자(HIPK3, GNAQ, MXD1, ETV3 또는 NBPF10)는 만성폐쇄성폐질환 환자에서 정상인에 비해 현저하게 발현이 증가하기 때문에, 만성폐쇄성폐질환의 발병 유무를 정확하고 빠르게 진단하는데 유용하게 이용될 수 있다.

Description

만성폐쇄성폐질환 진단용 마커 조성물 {Marker composition for diagnosis of chronic obstructive pulmonary disease}
본 발명은 HIPK3(Homeodomain interacting protein kinase 3), GNAQ(Guanine nucleotide binding protein, G protein q polypeptide), MXD1(Max dimerization protein 1), ETV3(ets variant 3) 및 NBPF10(Neuroblastoma breakpoint family, member 10)으로 이루어진 군에서 선택된 1개 이상의 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 만성폐쇄성폐질환 (chronic obstructive pulmonary disease, COPD) 진단용 조성물, 상기 조성물을 포함하는 만성폐쇄성폐질환 진단 키트 및 상기 조성물을 이용한 만성폐쇄성폐질환의 진단을 위한 정보 제공 방법에 관한 것이다.
만성폐쇄성폐질환(Chronic Obstructive Pulmonary Disease, COPD)은 유해한 입자나 가스의 흡입에 의해 폐에 비정상적인 염증 반응이 일어나면서 이로 인해 점차 기류 제한이 진행되어 폐 기능이 저하되고 호흡곤란을 유발하게 되는 호흡기 질환이다. 폐기종, 만성 기관지염 등이 이에 속한다.
만성폐쇄성폐질환은 전세계적으로 5대 사망원인이며 2020년에는 4대 사망원인에 이를 것으로 추정된다. 우리나라에서도 유병률이 7.9%에 이르며, 1년간 COPD로 인한 국민건강보험 지출이 600억 원에 이르러 보건학적으로나 경제적으로 중요한 질환이다. 만성폐쇄성폐질환은 지속적으로 진행하는 병으로 다른 만성 질환처럼 조기 진단과 예방이 중요할 것으로 보인다. 대표적인 만성 질환인 고혈압과 당뇨의 경우 혈압 및 혈당과 같은 명확한 진단기준이 있고, 관리를 할 경우 합병증과 사망률을 낮춘다는 연구결과들이 있어 조기 진단에 대한 활발한 노력이 있다. 그러나 COPD에 대해서는 조기 진단에 대해서 논쟁이 많고, 우리나라에서는 특별한 지침도 마련되어 있지 않다.
이렇듯 만성폐쇄성폐질환은 예방 가능하고 치료 가능한 질병이며, 적절한 진단과 그에 따른 치료가 매우 중요하나, 만성폐쇄성폐질환을 진단하기 위한 바이오 마커에 대해서는 연구가 미미한 실정이다.
이에 본 발명자들은 만성폐쇄성폐질환을 진단하기 위한 마커를 개발하고자 연구를 계속한 결과, 만성폐쇄성폐질환 환자에서 정상인에 비해 현저하게 발현이 증가하는 유전자인 HIPK3, GNAQ, MXD1, ETV3 및 NBPF10을 확인함으로써, 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 목적은 HIPK3(Homeodomain interacting protein kinase 3), GNAQ(Guanine nucleotide binding protein, G protein q polypeptide), MXD1(Max dimerization protein 1), ETV3(ets variant 3) 및 NBPF10(Neuroblastoma breakpoint family, member 10)으로 이루어진 군에서 선택된 1개 이상의 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 만성폐쇄성폐질환 (chronic obstructive pulmonary disease, COPD) 진단용 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 조성물을 포함하는 만성폐쇄성폐질환 진단 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 조성물을 이용하여 만성폐쇄성폐질환의 진단을 위한 정보 제공 방법을 제공하는 것이다.
상기 과제를 해결하기 위하여, 본 발명은 HIPK3, GNAQ, MXD1, ETV3 및 NBPF10으로 이루어진 군에서 선택된 1개 이상의 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 만성폐쇄성폐질환 (chronic obstructive pulmonary disease, COPD) 진단용 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 만성폐쇄성폐질환 진단 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 이용하여 만성폐쇄성폐질환의 진단을 위한 정보 제공 방법을 제공한다.
본 발명의 마커 유전자(HIPK3, GNAQ, MXD1, ETV3 또는 NBPF10)는 만성폐쇄성폐질환 환자에서 정상인에 비해 현저하게 발현이 증가하기 때문에, 만성폐쇄성폐질환의 발병 유무를 정확하고 빠르게 진단하는데 유용하게 이용될 수 있다.
이하 본 발명에 대하여 보다 상세히 설명한다.
본 발명은 HIPK3(Homeodomain interacting protein kinase 3, Gene ID: 10114), GNAQ(Guanine nucleotide binding protein, G protein q polypeptide, Gene ID: 2776), MXD1(Max dimerization protein 1, Gene ID: 4084), ETV3(ets variant 3, Gene ID: 2117) 및 NBPF10(Neuroblastoma breakpoint family, member 10, Gene ID: 100132406)으로 이루어진 군에서 선택된 1개 이상의 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 만성폐쇄성폐질환 (chronic obstructive pulmonary disease, COPD) 진단용 조성물을 제공한다.
본 발명에서 "진단"은 병리 상태의 존재 또는 특징을 확인하는 것을 의미한다. 본 발명의 목적상, 진단은 만성폐쇄성폐질환의 발병 여부 또는 발병 가능성 여부를 확인하는 것이다.
본 발명의 만성폐쇄성폐질환의 종류에는 만성폐쇄성기관지염(Chronic obstructive bronchitis), 만성세기관지염(Chronic bronchiolitis) 및 폐기종(Emphysema) 등이 포함된다.
본 발명에서 "마커"란 만성폐쇄성폐질환을 진단할 수 있는 물질로, 만성폐쇄성폐질환과 관련된 폴리펩타이드, 핵산 (예: mRNA 등), 지질, 당지질, 당단백질, 당(단당류, 이당류, 올리고당류 등) 등과 같은 유기 생체 분자 등을 포함한다. 본 발명의 목적상, 마커는 HIPK3, GNAQ, MXD1, ETV3 또는 NBPF10으로 만성폐쇄성폐질환 환자에서 현저하게 발현이 증가하는 유전자이다.
본 발명에서 “mRNA 발현 수준 측정”이란 만성폐쇄성폐질환을 진단하기 위하여 생물학적 시료에서 만성폐쇄성폐질환 관련 유전자(HIPK3, GNAQ, MXD1, ETV3 또는 NBPF10)의 mRNA 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정으로, mRNA의 양을 측정하여 이루어진다. 이를 위한 분석 방법으로는 예를 들어, 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Realtime RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting), DNA 칩 등이 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 본 발명에서 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 제제는 바람직하게는 안티센스 올리고뉴클레오티드, 프라이머 쌍 또는 프로브이다.
본 발명에서 "안티센스"는 안티센스 올리고머가 왓슨-크릭 염기쌍 형성에 의해 RNA 내의 표적 서열과 혼성화되어, 표적서열 내에서, 전형적으로 mRNA와 RNA:올리고머 헤테로이중체의 형성을 허용하는, 뉴클레오티드염기의 서열 및 서브 유닛간 백본을 갖는 올리고머를 지칭한다. 올리고머는 표적 서열에 대한 정확한 서열 상보성 또는 근사 상보성을 가질 수 있다. 이 안티센스 올리고머는 mRNA의 번역을 차단 또는 저해하고 mRNA의 스플라이스 변이체를 생산하는 mRNA의 프로세싱 과정을 변화시킬 수 있다.
본 발명에서 "프라이머"는 짧은 자유 3말단 수산화기를 가지는 핵산 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 중합효소 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성이 개시할 수 있다.
본 발명에서 "프로브"란 mRNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하며 표지(Labelling)되어 있어서 특정 mRNA의 존재 유무를 확인 할 수 있다. 프로브는 올리고 뉴클레오티드 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다. 적당한 프로브의 선택 및 혼성화 조건은 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
본 발명의 만성폐쇄성폐질환 관련 유전자(HIPK3, GNAQ, MXD1, ETV3 또는 NBPF10)의 핵산 서열이 유전자 은행에 등록되어 있으므로 당업자는 상기 서열을 바탕으로 이들 유전자의 특정 영역을 특이적으로 증폭하는 안티센스 올리고뉴클레오티드, 프라이머 쌍 또는 프로브를 디자인할 수 있다.
본 발명의 안티센스 올리고뉴클레오티드, 프라이머 또는 프로브는 포스포르 아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오티드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미 데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.
본 발명에서 “단백질 발현 수준 측정”이란 만성폐쇄성폐질환을 진단하기 위하여 생물학적 시료에서 만성폐쇄성폐질환 관련 유전자(HIPK3, GNAQ, MXD1, ETV3 또는 NBPF10)로부터 발현된 단백질의 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정으로, 단백질의 양을 측정하여 이루어진다. 이를 위한 분석 방법으로는 웨스턴 블랏, ELISA (enzyme linked immunosorbent assay), 방사선면역분석(RIA: Radioimmunoassay), 방사 면역 확산법(radioimmunodiffusion), 오우크테로니(Ouchterlony) 면역확산법, 로케트(rocket) 면역전기영동, 조직면역 염색, 면역침전 분석법(Immunoprecipitation Assay), 보체 고정 분석법(Complement Fixation Assay), 유세포분석(Fluorescence Activated Cell Sorter, FACS), 단백질 칩(protein chip) 등이 있으나 이로 제한되는 것은 아니다. 본 발명에서 단백질 발현 수준을 측정하는 제제는 바람직하게는 항체이다.
본 발명에서, “항체”란 항원성 부위에 대해서 지시되는 특이적인 단백질 분자를 의미한다. 본 발명의 목적상, 항체는 마커 단백질에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미하며, 다클론 항체, 단클론 항체 및 재조합 항체를 모두 포함한다.
본 발명의 마커는 만성폐쇄성폐질환 환자에서 정상인에 비해 현저하게 발현이 증가하기 때문에, 만성폐쇄성폐질환의 발병 유무를 정확하고 빠르게 진단하는데 유용하게 이용될 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 만성폐쇄성폐질환 진단 키트를 제공한다.
본 발명의 키트는 HIPK3, GNAQ, MXD1, ETV3 및 NBPF10으로 이루어진 군에서 선택된 1개 이상의 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준을 확인함으로써 만성폐쇄성폐질환의 진단을 할 수 있다. 본 발명의 키트에는 만성폐쇄성폐질환 진단을 위한 프라이머, 프로브, 항체 등 뿐만 아니라 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액, 또는 장치가 더 포함될 수 있으며, 바람직하게는 RT-PCR 키트, 마이크로어레이 칩 키트, DNA 칩 키트, 단백질 칩 키트의 형태일 수 있으나 이에 제한되지 않는다.
구체적인 일례로서, 본 발명에서 상기 마커 유전자들의 mRNA 발현 수준을 측정하기 위한 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일수 있다. RT-PCR 키트는 마커 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액, 데옥시뉴클레오티드(dNTPs), Taq-중합 효소 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNase 억제제, DEPC-물(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다.
또한, 본 발명의 키트는 마이크로어레이를 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. 마이크로어레이 키트는, 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA가 프로브로 부착되어 있는 기판을 포함하고 기판은 정량 대조구 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA를 포함할 수 있으며, 본 발명의 마커를 이용하여 당업계에서 통상적으로 사용되는 제조 방법에 의하여 용이하게 제조될 수 있다. 마이크로어레이를 제작하기 위해서, 상기 탐색된 마커를 탐침 DNA 분자로 이용하여 DNA 칩의 기판상에 고정화시키기 위해 파이조일렉트릭(piezoelectric) 방식을 이용한 마이크로피펫팅(micropipetting)법 또는 핀(pin) 형태의 스폿터(spotter)를 이용한 방법 등을 사용하는 것이 바람직하나 이에 제한되지 않는다. 상기 마이크로어레이 칩의 기판은 아미노-실란(amino-silane), 폴리-L-라이신(poly-Llysine) 및 알데히드(aldehyde)로 이루어진 군에서 선택되는 활성기가 코팅된 것이 바람직하나, 이에 제한되지 않는다. 또한, 상기 기판은 슬라이드 글래스, 플라스틱, 금속, 실리콘, 나일론 막 및 니트로셀룰로스 막(nitrocellulose membrane)으로 이루어진 군에서 선택되는 것이 바람직하나 이에 제한되지 않는다.
또한, 본 발명의 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide)가 부착되어 있는 기판, 및 형광표식 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한 기판은 대조군 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
또한, 본 발명은
(a) 생물학적 시료로부터 HIPK3, GNAQ, MXD1, ETV3 및 NBPF10으로 이루어진 군에서 선택된 1개 이상의 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
(b) 상기 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준을 정상 대조구 시료의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준과 비교하는 단계;를 포함하는 만성폐쇄성폐질환의 진단을 위한 정보 제공 방법을 제공한다.
본 발명에서 “생물학적 시료”는 개체로부터 분리된 전혈, 혈청, 혈장, 타액, 뇨, 객담, 림프액, 세포 등을 포함하며, 바람직하게는 폐조직이나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명에서 mRNA 발현 수준을 측정하는 방법은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Realtime RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting), DNA 칩 등이 있으나 이에 제한되지 않는다.
본 발명에서 단백질의 발현 수준을 측정하기 위한 방법은 웨스턴 블랏, ELISA (enzyme linked immunosorbent assay), 방사선면역분석(RIA: Radioimmunoassay), 방사 면역 확산법(radioimmunodiffusion), 오우크테로니(Ouchterlony) 면역확산법, 로케트(rocket) 면역전기영동, 조직면역 염색, 면역침전 분석법(Immunoprecipitation Assay), 보체 고정 분석법(Complement Fixation Assay), 유세포분석(Fluorescence Activated Cell Sorter, FACS), 단백질 칩(protein chip) 등이 있으나 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 마커 유전자(HIPK3, GNAQ, MXD1, ETV3 또는 NBPF10)는 만성폐쇄성폐질환 환자에서 정상인에 비해 현저하게 발현이 증가하기 때문에, 정상 대조구 시료와의 비교를 통해, 만성폐쇄성폐질환의 발병 유무를 정확하고 빠르게 진단할 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예에 의거하여 보다 구체적으로 설명한다. 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 요지에 따라 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에 있어서 자명할 것이다.
실시예 1. mRNA 샘플의 준비
아산병원 (서울, 대한민국)의 만성폐쇄성폐질환 (COPD) 환자 100명 및 정상인 (대조구) 100명의 폐 조직으로부터 종래 공지된 방법에 따라 mRNA를 수득하였다.
실시예 2. RNA 시퀀싱
상기 실시예 1에서 수득한 샘플로부터 종래 공지된 방법에 따라 RNA 시퀀싱 (QIAGEN, RNA-Seq Experiment)을 수행하고, 만성폐쇄성폐질환 환자의 폐 조직에서 특이적으로 증가하는 유전자를 확인하였다.
그 결과를 하기 표 1에 나타내었다.
유전자 정상 대비 COPD환자에서
유전자의 발현 증가 비율
HIPK3(Homeodomain interacting protein kinase 3) 180 %
GNAQ(Guanine nucleotide binding protein, G protein q polypeptide) 160%
MXD1(Max dimerization protein 1) 160%
ETV3(ets variant 3) 160%
NBPF10(Neuroblastoma breakpoint family, member 10) 157%
표 1에 나타낸 바와 같이, 만성폐쇄성폐질환 환자의 폐 조직에서는 대조구인 정상인의 폐 조직에 비해, HIPK3(Homeodomain interacting protein kinase 3) 유전자가 약 180%, GNAQ(Guanine nucleotide binding protein, G protein q polypeptide) 유전자가 약 160%, MXD1(Max dimerization protein 1) 유전자가 약 160%, ETV3(ets variant 3) 유전자가 약 160%, NBPF10(Neuroblastoma breakpoint family, member 10) 유전자가 약 157% 발현이 증가하여 있음을 확인하였다.
이상의 결과를 통해 상기 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준을 측정하여, 만성폐쇄성폐질환을 진단할 수 있음을 알 수 있다.

Claims (10)

  1. HIPK3(Homeodomain interacting protein kinase 3), GNAQ(Guanine nucleotide binding protein, G protein q polypeptide), MXD1(Max dimerization protein 1), ETV3(ets variant 3) 및 NBPF10(Neuroblastoma breakpoint family, member 10)으로 이루어진 군에서 선택된 1개 이상의 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 만성폐쇄성폐질환 (chronic obstructive pulmonary disease, COPD) 진단용 조성물.
  2. 제1항에 있어서, 상기 만성폐쇄성폐질환은 만성 폐쇄성 기관지염(Chronic obstructive bronchitis), 만성 세기관지염(Chronic bronchiolitis) 또는 폐기종(Emphysema)인 것을 특징으로 하는, 만성폐쇄성폐질환 진단용 조성물.
  3. 제1항에 있어서, 상기 유전자의 mRNA의 발현 수준을 측정하는 제제는 HIPK3, GNAQ, MXD1, ETV3 및 NBPF10으로 이루어진 군에서 선택된 1개 이상의 유전자에 특이적으로 결합하는 안티센스 올리고뉴클레오티드, 프라이머 쌍 또는 프로브를 포함하는 것을 특징으로 하는, 만성폐쇄성폐질환 진단용 조성물.
  4. 제1항에 있어서, 상기 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제는 HIPK3, GNAQ, MXD1, ETV3 및 NBPF10으로 이루어진 군에서 선택된 1개 이상의 단백질에 특이적인 항체를 포함하는 것을 특징으로 하는, 만성폐쇄성폐질환 진단용 조성물.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는 만성폐쇄성폐질환 진단 키트.
  6. 제5항에 있어서, 상기 키트는 RT-PCR 키트, 마이크로어레이 칩 키트, DNA 키트 또는 단백질 칩 키트인 것을 특징으로 하는, 만성폐쇄성폐질환 진단 키트.
  7. (a) 개체로부터 분리된 폐 조직 또는 폐 세포로부터, HIPK3, GNAQ, MXD1, ETV3 및 NBPF10으로 이루어진 군에서 선택된 1개 이상의 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
    (b) 상기 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준을 정상 대조구 시료의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준과 비교하는 단계;를 포함하는 만성폐쇄성폐질환의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  8. 삭제
  9. 제7항에 있어서, 상기 mRNA 발현 수준을 측정하는 방법은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Realtime RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 및 DNA 칩을 이용하는 방법으로 이루어진 군에서 선택된 1개 이상의 방법인 것을 특징으로 하는, 만성폐쇄성폐질환의 진단을 위한 정보 제공 방법.
  10. 제7항에 있어서, 상기 단백질의 발현 수준을 측정하기 위한 방법은 웨스턴 블랏, ELISA (enzyme linked immunosorbent assay), 방사선면역분석(RIA: Radioimmunoassay), 방사 면역 확산법(radioimmunodiffusion), 오우크테로니(Ouchterlony) 면역확산법, 로케트(rocket) 면역전기영동, 조직면역 염색, 면역침전 분석법(Immunoprecipitation Assay), 보체 고정 분석법(Complement Fixation Assay), 유세포분석(Fluorescence Activated Cell Sorter, FACS) 및 단백질 칩(protein chip)을 이용하는 방법으로 이루어진 군에서 선택된 1개 이상의 방법인 것을 특징으로 하는, 만성폐쇄성폐질환의 진단을 위한 정보 제공 방법.
KR1020140001860A 2013-01-07 2014-01-07 만성폐쇄성폐질환 진단용 마커 조성물 Expired - Fee Related KR101568731B1 (ko)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020130001512 2013-01-07
KR20130001512 2013-01-07

Publications (2)

Publication Number Publication Date
KR20140090570A KR20140090570A (ko) 2014-07-17
KR101568731B1 true KR101568731B1 (ko) 2015-11-13

Family

ID=51738153

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020140001860A Expired - Fee Related KR101568731B1 (ko) 2013-01-07 2014-01-07 만성폐쇄성폐질환 진단용 마커 조성물

Country Status (1)

Country Link
KR (1) KR101568731B1 (ko)

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2005304497A (ja) 2004-03-25 2005-11-04 Joji Inasawa 特定の癌関連遺伝子を用いる癌の検出方法及び癌の抑制方法
US7598031B2 (en) 1999-01-06 2009-10-06 Genenews Corporation Method for the detection of gene transcripts in blood and uses thereof
WO2012123299A1 (en) 2011-03-11 2012-09-20 Roche Diagnostics Gmbh Asc as marker for chronic obstructive pulmonary disease (copd)

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7598031B2 (en) 1999-01-06 2009-10-06 Genenews Corporation Method for the detection of gene transcripts in blood and uses thereof
JP2005304497A (ja) 2004-03-25 2005-11-04 Joji Inasawa 特定の癌関連遺伝子を用いる癌の検出方法及び癌の抑制方法
WO2012123299A1 (en) 2011-03-11 2012-09-20 Roche Diagnostics Gmbh Asc as marker for chronic obstructive pulmonary disease (copd)

Also Published As

Publication number Publication date
KR20140090570A (ko) 2014-07-17

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR101538787B1 (ko) 췌장염 진단용 바이오 마커 조성물
TWI540321B (zh) 檢測膀胱癌之尿液標記物
US20160168649A1 (en) Gene expression predictors of cancer prognosis
KR102034311B1 (ko) 리포칼린-2를 이용한 혈관성 치매의 진단방법
MX2007009562A (es) Identificacion de marcadores de diagnostico moleculares para endometriosis en linfocitos sanguineos.
EP3346270B1 (en) Composition for diagnosing infectious diseases or infectious complications by using tryptophanyl-trna synthetase and method for detecting diagnostic marker
WO2017039359A1 (ko) 트립토파닐 티알엔에이 합성효소를 이용한 감염 질환 또는 감염 합병증의 진단용 조성물과 진단 마커 검출 방법
KR20200002241A (ko) 비만 진단을 위한 마이크로RNA-26b 또는 마이크로RNA-4449 바이오마커 및 이의 용도
KR101657051B1 (ko) 만성폐쇄성폐질환 진단용 마커 조성물
KR101182974B1 (ko) 림프종 진단 또는 예후 마커로서 Ｐｅｌｌｉｎｏ 1
JP6281111B2 (ja) もやもや病診断用バイオマーカー
KR101054952B1 (ko) 간암 진단 및 환자 생존기간 예측용 마커인 ｕｑｃｒｈ, 그를 포함하는 키트 및 상기 마커를 이용한 간암 환자 생존기간 예측
KR101815253B1 (ko) 간 섬유화 진단용 바이오마커 cxcl14
KR20150041375A (ko) 신장독성 평가용 바이오마커 akr7a1 및 이를 이용한 신장독성 평가방법
KR102460127B1 (ko) 치주 질환 진단용 바이오마커 및 이의 용도
KR101568731B1 (ko) 만성폐쇄성폐질환 진단용 마커 조성물
KR101878974B1 (ko) 신장암 진단용 조성물과 진단 마커 검출 방법
KR101054953B1 (ko) 간암을 진단 및 치료하기 위한 분자인 ｓｎｘ１４, 그를 포함하는 키트
KR101509641B1 (ko) 아포지단백질 m을 포함하는 알츠하이머 질환 진단용 마커 조성물
KR101540052B1 (ko) 난소암 환자의 항암제 치료 반응성 예측을 위한 마커 kdm4d
KR102279183B1 (ko) 췌장염 고위험군 진단용 바이오마커
KR101054951B1 (ko) 간암을 진단 및 치료하기 위한 분자인 ｃａｐｎ１２, 그를 포함하는 키트
KR20180099123A (ko) 항암제에 대한 저항성 예측용 바이오마커
KR101601940B1 (ko) 난소암 환자의 항암제 치료 반응성 예측을 위한 마커 kdm1b
KR101006226B1 (ko) 간암을 진단하기 위한 마커인 ｃｘｃｌ２, 그를 포함하는키트 및 상기 마커를 이용한 간암 예측 방법

Legal Events

Date Code Title Description
A201 Request for examination
PA0109 Patent application

St.27 status event code: A-0-1-A10-A12-nap-PA0109

PA0201 Request for examination

St.27 status event code: A-1-2-D10-D11-exm-PA0201

PG1501 Laying open of application

St.27 status event code: A-1-1-Q10-Q12-nap-PG1501

D13-X000 Search requested

St.27 status event code: A-1-2-D10-D13-srh-X000

D14-X000 Search report completed

St.27 status event code: A-1-2-D10-D14-srh-X000

E902 Notification of reason for refusal
PE0902 Notice of grounds for rejection

St.27 status event code: A-1-2-D10-D21-exm-PE0902

E13-X000 Pre-grant limitation requested

St.27 status event code: A-2-3-E10-E13-lim-X000

P11-X000 Amendment of application requested

St.27 status event code: A-2-2-P10-P11-nap-X000

P13-X000 Application amended

St.27 status event code: A-2-2-P10-P13-nap-X000

E701 Decision to grant or registration of patent right
PE0701 Decision of registration

St.27 status event code: A-1-2-D10-D22-exm-PE0701

GRNT Written decision to grant
PR0701 Registration of establishment

St.27 status event code: A-2-4-F10-F11-exm-PR0701

PR1002 Payment of registration fee

St.27 status event code: A-2-2-U10-U11-oth-PR1002

Fee payment year number: 1

PG1601 Publication of registration

St.27 status event code: A-4-4-Q10-Q13-nap-PG1601

P22-X000 Classification modified

St.27 status event code: A-4-4-P10-P22-nap-X000

FPAY Annual fee payment

Payment date: 20181106

Year of fee payment: 4

PR1001 Payment of annual fee

St.27 status event code: A-4-4-U10-U11-oth-PR1001

Fee payment year number: 4

FPAY Annual fee payment

Payment date: 20191107

Year of fee payment: 5

PR1001 Payment of annual fee

St.27 status event code: A-4-4-U10-U11-oth-PR1001

Fee payment year number: 5

R18-X000 Changes to party contact information recorded

St.27 status event code: A-5-5-R10-R18-oth-X000

PC1903 Unpaid annual fee

St.27 status event code: A-4-4-U10-U13-oth-PC1903

Not in force date: 20201107

Payment event data comment text: Termination Category : DEFAULT_OF_REGISTRATION_FEE

PC1903 Unpaid annual fee

St.27 status event code: N-4-6-H10-H13-oth-PC1903

Ip right cessation event data comment text: Termination Category : DEFAULT_OF_REGISTRATION_FEE

Not in force date: 20201107

P22-X000 Classification modified

St.27 status event code: A-4-4-P10-P22-nap-X000