KR101890350B1 - SNP maker for predicting meat quality of pig and use thereof - Google Patents
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Abstract
본 발명은 돼지의 육질 예측용 KIAA1717, Tn1, 및 HIST1H1D 유전자의 SNP 마커 및 이를 이용한 고급육 생산 개체 선발 방법에 관한 것이다. 본 발명에서 제공하는 SNP는 돼지 육질과 높은 연관성을 나타내고 있으므로, 본 발명의 SNP 마커를 이용하면 유전자 검사를 통해 돼지의 육질을 조기에 예측할 수 있는 이점이 있다. 따라서, 본 발명은 고급육 생산 돼지 종돈의 조기선발 및 종의 개량에 활용할 가치가 대단히 높다. The present invention relates to SNP markers of KIAA1717, Tn1, and HIST1H1D genes for predicting meat quality of pigs, and a method for selecting high-grade meat producing individuals using the SNP markers. Since the SNPs provided by the present invention have a high correlation with the meat quality of pigs, the SNP markers of the present invention have an advantage that the meat quality of pigs can be predicted early through genetic testing. Therefore, the present invention is highly valuable for early selection and improvement of species of pig breeding pigs produced in high quality meat.
Description
본 발명은 돼지의 육질 예측용 SNP 마커 및 이의 용도에 관한 것이다. 보다 상세하게는 본 발명은 돼지의 육질 연관 유전자의 SNP 마커, 이를 이용한 마이크로 어레이, 키트 및 고급육 생산 돼지의 조기 선발 방법에 관한 것이다. The present invention relates to SNP markers for predicting meat quality of pigs and their uses. More particularly, the present invention relates to a SNP marker of a meat-derived gene of a pig, a microarray using the same, a kit, and a method of early selection of pigs producing high quality meat.
한국 육류 소비자의 식육 종류별 선호도는 돼지고기 59%, 닭고기 21.6%, 쇠고기 18.5%, 기타 0.9%로서 돼지고기가 전체 육류 소비량의 절반 이상을 차지하고 있는 것으로 보고되고 있다 (농림수산식품부, 2006). The preference of Korean meat consumers by type of meat was 59% for pork, 21.6% for chicken, 18.5% for beef, and 0.9% for other products, and it is reported that pork accounts for more than half of total meat consumption (Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries, 2006).
또한, 돼지고기 부위별 선호도를 보면 삼겹살 67%, 목심 26%로서 지방 함량이 높은 부위가 우위를 점하고 있다 (농협중앙회, 2006). 이는 우리나라 국민은 구워먹는 문화를 선호하고 있어서 구이 및 수육에 적합한 부위에 대한 기호성이 우월한 것으로 판단된다. In addition, 67% of the pork and 26% of the pork were the preferences of the pork, and the high fat content was dominant (NACF, 2006). This suggests that Korean people prefer a culture to bake and eat, so it is considered that the preference for the region suitable for grilling and nurturing is superior.
국내 소비자들의 돈육에 대한 선호도를 보면 품질 60%, 외관 17%, 가격 13% 순위로 우리나라 국민의 먹거리 수준이 높아짐에 따라 육질이 우수한 돈육에 대한 소비자들의 선호도가 높고, 돈육 시장에서도 육질이 우수한 브랜드육이 일반육에 비해 훨씬 높은 가격으로 판매되고 있다. 최근 국내산 돼지고기의 품질에서의 문제점으로는 물퇘지고기, 근출혈, 이중육색, 근육분리, 삼겹살의 과도한 지방침착 등이 지적되었는데 국내 생산 돈육의 선호도 증가와 경쟁력 향상을 위해서는 돼지고기의 고품질화가 필수적이다. In terms of the preference for pork, domestic consumers are ranked 60%, 17% and 13%, respectively. As the food level of Korean people increases, consumers' preference for high quality meat is high. Meat is sold at much higher prices than regular meat. In recent years, problems in quality of domestic pork have been pointed out as water shortening, muscle bleeding, double coloration, muscle separation, excessive fat deposition of pork belly. In order to increase the preference of domestic pork and improve its competitiveness, .
수입돈육과의 가격경쟁은 우리나라 양돈가가 가지고 있는 현실적으로 이겨내기 힘든 과제이다. 이러한 양돈 산업의 주변 상황을 극복할 가장 중요한 방안 중 하나가 고품질 돼지고기를 생산하는 것이다. 이로 인해 양돈산업의 경쟁력을 키울 수 있음은 물론 양돈 농가의 수익성 창출에도 큰 도움을 줄 수 있다.Price competition with imported pork is a real challenge for Korean farmers. One of the most important ways to overcome the situation in the pig farming industry is to produce high quality pork. This will not only increase the competitiveness of the swine industry but also contribute to the profitability of the pig farm.
본 발명의 배경기술로는 대한민국 공개 특허 제10-2012-0127178호에 돼지의 조기선발을 위한 신규한 마커와 이를 이용한 평가방법이 기재되어 있다.As a background of the present invention, Korean Patent Publication No. 10-2012-0127178 describes a new marker for early selection of pigs and an evaluation method using the same.
본 발명의 목적은 돼지 육질 연관 유전자의 돼지의 육질 예측용 SNP 마커를 제공하는 데 있다.It is an object of the present invention to provide a SNP marker for predicting the meat quality of a pig meat quality-related gene.
또한, 본 발명의 다른 목적은 상기 SNP 마커를 이용한 돼지의 육질 예측용 조성물, 마이크로어레이 및 키트를 제공하는 데 있다.It is another object of the present invention to provide a composition, a microarray and a kit for predicting meat quality of a pig using the SNP marker.
또한, 본 발명의 또 다른 목적은 상기 SNP 마커를 이용한 고급육 생산 개체를 조기에 선발할 수 있는 돼지의 육질 예측 방법을 제공하는 것이다.It is still another object of the present invention to provide a meat quality predicting method of pigs capable of early selection of a high-grade meat producing entity using the SNP marker.
본 발명의 다른 목적 및 이점은 하기의 발명의 상세한 설명, 청구범위 및 도면에 의해 더욱 명확하게 된다.Other objects and advantages of the present invention will become more apparent from the following detailed description of the invention, claims and drawings.
본 발명자들은 돼지 육질 연관 유전자의 SNP를 탐색하기 위하여 RNA-Seq 연구방법을 활용하였고 Goldengate 방법을 이용하여 유전자형을 탐색하였다. 발굴된 SNP 마커를 알려지지 않은 돼지 gDNA에서 예측할 수 있도록 각 유전자 마커의 유전자형을 판독할 수 있는 PCR-RFLP 실험을 디자인하였다. 선발된 육질 연관 유전체 중에서 재현성 검증을 통해 최종 선발된 3개의 SNP 마커가 돼지 육질에 중요한 형질지수인 사후 pH와 drip loss에 중요한 역할을 하는 것으로 확인되어 고급육 생산을 위한 돼지의 육질 예측용 조성물 및 이의 키트를 제조하여 본 발명을 완성하였다.The present inventors used the RNA-Seq method to search for the SNP of the porcine meat-derived gene, and discovered the genotype using the Goldengate method. PCR-RFLP experiments were designed to detect the genotypes of each gene marker so that the excised SNP marker can be predicted from unknown pig gDNA. Three SNP markers selected through the reproducibility test were found to play an important role in the postprandial pH and drip loss, which are important trait indices for pig meat quality, and the compositions for predicting the meat quality of pigs for the production of high quality meat Kits were prepared to complete the present invention.
본 발명의 일 측면에 따르면, Tn1 유전자 유래 서열번호 2의 199번째 염기가 A이고, 상기 199번째 염기를 포함하는 5 내지 1,000개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드가 제공된다.According to an aspect of the present invention, there is provided a polynucleotide having a 199th base of SEQ ID NO: 2, which is derived from Tn1 gene, and a polynucleotide consisting of 5 to 1,000 consecutive bases comprising the 199th base or a complementary polynucleotide thereof .
본 발명의 다른 측면에 따르면, KIAA1717 유전자 유래 서열번호 1의 402번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 402번째 염기를 포함하는 5 내지 1,000개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; Tn1 유전자 유래 서열번호 2의 199번째 염기가 C 또는 A이고, 상기 199번째 염기를 포함하는 5 내지 1,000개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 HIST1H1D 유전자 유래 서열번호 3의 433번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 433번째 염기를 포함하는 5 내지 1,000개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드;를 포함하는, 돼지의 육질 예측용 조성물이 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a polynucleotide or its complementary polynucleotide consisting of 5 to 1,000 consecutive bases, wherein the 402th base of SEQ ID NO: 1 from the KIAA1717 gene is C or T, and the 402th base; A polynucleotide consisting of 5-1,000 consecutive bases of the 199th base of SEQ ID NO: 2 derived from Tn1 gene is C or A, and the 199th base, or a complementary polynucleotide thereof; And a polynucleotide consisting of 5-1,000 consecutive bases, or a complementary polynucleotide thereof, wherein the 433rd base of SEQ ID NO: 3, which is derived from HIST1H1D gene, is A or G and the 433rd base, A composition for prediction is provided.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 기재된 폴리뉴클레오티드를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 돼지의 육질 예측용 조성물이 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a composition for predicting meat quality of a pig, which comprises an agent capable of detecting or amplifying the polynucleotide described above.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 제제는 서열번호 4 및 5의 프라이머 세트; 서열번호 6 및 7의 프라이머 세트; 및 서열번호 8 및 9의 프라이머 세트 중 1종 이상을 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the agent comprises a primer set of SEQ ID NOS: 4 and 5; A primer set of SEQ ID NOS: 6 and 7; And at least one of the primer sets of SEQ ID NOS: 8 and 9.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 제한효소 Msp I 및 TseI 중 1종 이상을 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, one or more of restriction enzymes MspI and TseI may be included.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 육질은 사후 pH24시 또는 드립 로스(drip loss)와 관련될 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the meat quality may be related to post-pH 24 hours or drip loss.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 돼지의 육질 예측용 조성물을 포함하는 마이크로어레이가 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a microarray comprising the composition for predicting meat quality of the pig.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 돼지의 육질 예측용 조성물을 포함하는 돼지의 육질 예측용 키트가 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a kit for predicting meat quality of a pig, which comprises a composition for predicting meat quality of the pig.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 피검체의 DNA로부터 상기 기재된 폴리뉴클레오티드를 증폭하고, 상기 증폭된 폴리뉴클레오티드를 판독하여 돼지의 육질을 예측하는 방법이 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a method of amplifying a polynucleotide described above from DNA of a test sample and reading the amplified polynucleotide to predict the meat quality of the pig.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, i) 피검체로부터 DNA를 추출하는 단계; ii) 상기 DNA를 주형으로 하여, 상기 기재된 폴리뉴클레오티드를 증폭시키는 단계; iii) 상기 증폭된 산물에 제한효소를 처리하는 단계; 및 iv) PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism; 제한효소절편다형) 분석법으로 SNP 유전자형을 분석하는 단계를 포함하는, 돼지의 고급육 생산 개체 선발 방법이 제공된다.According to still another aspect of the present invention, there is provided a method for producing a nucleic acid comprising the steps of: i) extracting DNA from a subject; ii) amplifying the above-described polynucleotide using the DNA as a template; iii) treating the amplified product with a restriction enzyme; And iv) analyzing the SNP genotype by a PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) analysis method.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 증폭시키는 단계는, 서열번호 4 및 5의 프라이머 세트; 서열번호 6 및 7의 프라이머 세트; 및 서열번호 8 및 9의 프라이머 세트를 이용할 수 있다.According to an embodiment of the present invention, the step of amplifying comprises: primer sets of SEQ ID NOS: 4 and 5; A primer set of SEQ ID NOS: 6 and 7; And the primer set of SEQ ID NOs: 8 and 9 can be used.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 제한효소는 MspI 과 Tse I일 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the restriction enzyme may be MspI and TseI.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 PCR-RFLP 분석법으로 분석한 결과 KIAA1717 유전자의 CC형, Tn1 유전자의 A allele, 또는 HIST1H1D 유전자의 AA형을 나타내는 경우 고급육 생산 개체라고 예측할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, it can be predicted that the CC type of the KIAA1717 gene, the A allele of the Tn1 gene, or the AA type of the HIST1H1D gene is analyzed as a product of high-grade meat production according to the PCR-RFLP analysis.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 육질은 사후 pH24시 또는 드립 로스 (drip loss)과 관련될 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the meat quality may be associated with a post pH 24 hour or drip loss.
본 발명의 일 실시예에 의하면, 본 발명의 KIAA1717, Tn1, 및 HIST1H1D 유전자의 SNP 마커는 육질과 연관성을 나타내고 있으므로, 본 발명의 SNP 마커를 이용하면 유전자 검사를 통해 돼지의 육질을 조기에 예측할 수 있고 종돈의 개량에 응용할 수 있는 이점이 있다. According to one embodiment of the present invention, since the SNP markers of the KIAA1717, Tn1, and HIST1H1D genes of the present invention are associated with the meat quality, the SNP markers of the present invention can be used to predict pig meat quality early There is an advantage that it can be applied to improvement of breed.
본 발명의 일 실시예에 의하면, 본 발명의 상기 SNP 마커를 활용하여 고급육 생산 돼지를 조기에 선발하여 육종할 수 있으며, 이로 인한 양돈산업의 경쟁력을 키울 수 있고 농가의 수익성 창출에 도움이 될 수 있다. 따라서, 본 발명은 고급육 생산 종돈의 조기선발 및 종의 개량에 활용할 가치가 대단히 높다. According to one embodiment of the present invention, the SNP markers of the present invention can be utilized to early select and breed pigs produced in high-quality meat, thereby raising the competitiveness of the swine industry and helping to create profitability of farm households have. Therefore, the present invention is extremely valuable for early selection and improvement of species of high-yielding piglets.
본 발명의 일 실시예에 의하면, 본 발명의 돼지의 육질 예측용 키트는 KIAA1717, Tn1, 및 HIST1H1D의 세 가지 유전자의 SNP 조합일 수 있으며 돼지 육질 형질 중 고급육으로 판단할 수 있는 기준이 되는 사후 pH24시 및 drip loss에 유의성을 가지는 것으로 확인되었다. 이들 세 가지 유전자의 조합이 돼지의 육질 예측에 유용하게 이용될 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the meat quality prediction kit for pigs of the present invention may be SNP combinations of three genes of KIAA1717, Tn1, and HIST1H1D, and may be a combination of postprandial pH 24 And drip loss were significant. The combination of these three genes can be useful for predicting meat quality in pigs.
따라서, 본 발명에서 제공하는 돼지의 육질 예측용 키트는 유전자의 SNP가 육질 형질과 높은 연관성을 나타내고 있으므로, 종돈의 조기 선발에 활용할 가치가 높고 또한 양돈 농가의 수익성 창출과 국내 양돈 산업의 효율성 증대를 이끌어 내어 돼지고기 수입량을 줄일 수 있을 것으로 기대된다.Therefore, the kit for predicting the meat quality of pigs provided in the present invention is highly valuable for early selection of breeder pigs because SNP of the gene has a high correlation with the meat quality trait, It is expected to reduce imports of pork.
도 1은 본 발명의 일 실시예에 의한 육질 연관 유전자인 KIAA1717 유전자의 SNP 마커의 위치를 나타내는 도면이다.
도 2는 본 발명의 일 실시예에 의한 PCR-RFLP 분석 기법으로 검출한 KIAA1717 유전자 증폭 영역 내 402번째 C↔T 단일염기다형(SNP)으로 인한 각 개체의 SNP 유전자형별 분자표지(DNA marker)의 전기영동 사진이다.
도 3은 본 발명의 일 실시예에 의한 육질 연관 유전자인 Tn1 유전자의 SNP 마커의 위치를 나타내는 도면이다.
도 4는 본 발명의 일 실시예에 의한 PCR-RFLP 분석 기법으로 검출한 Tn1 유전자 증폭 영역 내 199번째 C↔A 단일염기다형(SNP)으로 인한 각 개체의 SNP 유전자형별 분자표지(DNA marker)의 전기영동 사진이다.
도 5는 본 발명의 일 실시예에 의한 육질 연관 유전자인 HIST1H1D 유전자의 SNP 마커의 위치를 나타내는 도면이다.
도 6은 본 발명의 일 실시예에 의한 PCR-RFLP 분석 기법으로 검출한 HIST1H1D 유전자 증폭 영역 내 433번째 A↔G 단일염기다형(SNP)으로 인한 각 개체의 SNP 유전자형별 분자표지(DNA marker)의 전기영동 사진이다.BRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS FIG. 1 is a diagram showing the positions of SNP markers of the KIAA1717 gene, which is a meat quality-related gene according to an embodiment of the present invention.
FIG. 2 is a graph showing the DNA marker of each SNP genotype due to the 402th C↔T single nucleotide polymorphism (SNP) in the KIAA1717 gene amplification region detected by PCR-RFLP analysis according to an embodiment of the present invention It is an electrophoresis photograph.
FIG. 3 is a diagram showing the positions of SNP markers of the Tn1 gene, which is a meat-quality-associated gene, according to an embodiment of the present invention.
FIG. 4 is a graph showing the DNA markers of SNP genotypes of individual individuals due to the 199th C↔A single nucleotide polymorphism (SNP) in the Tn1 gene amplification region detected by PCR-RFLP analysis according to an embodiment of the present invention It is an electrophoresis photograph.
FIG. 5 is a diagram showing the positions of SNP markers of the HIST1H1D gene, a meat-quality-associated gene, according to an embodiment of the present invention.
FIG. 6 is a graph showing the DNA marker of each SNP genotype due to 433 AEG single base polymorphism (SNP) in the HIST1H1D gene amplification region detected by PCR-RFLP analysis according to an embodiment of the present invention It is an electrophoresis photograph.
본 발명에서 사용되는 기술 용어 및 과학 용어에 있어서 다른 정의가 없다면, 이 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자가 통상적으로 이해하고 있는 의미를 갖는 것으로 해석될 수 있다.The technical terms and scientific terms used in the present invention can be construed as meaning ordinary meanings understood by those of ordinary skill in the art without departing from the scope of the present invention.
본 발명의 용어 "SNP 마커"란, 개체 또는 종을 식별하기 위해 이용되는 DNA 서열상의 단일 염기 다형성 대립인자 염기쌍을 의미한다. SNP는 비교적 그 빈도가 높고 안정하며 유전체 전체에 분포되어 있고 이에 의하여 개체의 유전적 다양성이 발생하므로, SNP 마커는 개체 간의 유전적 근접성을 알려주는 지표의 역할을 할 수 있다.The term "SNP marker" of the present invention means a single base polymorphism allele base pair on the DNA sequence used to identify an individual or species. Because SNPs are relatively frequent and stable and distributed throughout the genome, and because of the genetic diversity of individuals, SNP markers can serve as indicators of genetic proximity among individuals.
SNP 마커는 일반적으로 단일 염기 다형성에 수반되는 표현형의 변화를 포함하지만 경우에 따라 그렇지 않을 수도 있다. 본 발명의 SNP 마커의 경우 아미노산 서열의 변이 또는 돼지의 유두 수와 같은 개체의 표현형의 차이를 나타낼 수 있다.SNP markers generally involve phenotypic changes associated with single nucleotide polymorphisms but may or may not be. In the case of the SNP marker of the present invention, a difference in the phenotype of an individual such as a mutation of an amino acid sequence or the number of papilla of a pig can be shown.
본 발명의 용어 "다형성(polymorphism)"이란, 하나의 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립유전자(allele)가 존재하는 경우를 의미하며 다형성 부위 중에서, 개체에 따라 단일 염기만이 다른 것을 단일염기 다형성이라 한다. 바람직한 다형성 마커는 선택된 집단에서 1% 이상, 더욱 바람직하게는 5% 또는 10% 이상의 발생빈도를 나타내는 두 가지 이상의 대립유전자를 가진다.The term "polymorphism " of the present invention refers to a case where two or more alleles exist in one locus. Of the polymorphic sites, only a single base is different depending on the individual, Polymorphism. Preferred polymorphic markers have two or more alleles with a frequency of occurrence of 1% or more, more preferably 5% or 10% or more in the selected population.
본 발명의 용어 "대립유전자(allele)"란, 상동염색체의 동일한 유전자좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 의미한다. 대립유전자는 다형성을 나타내는데 사용되기도 하며, 예컨대, SNP는 두 종류의 대립인자(biallele)를 갖는다.The term "allele " of the present invention refers to various types of a gene existing on the same locus of a homologous chromosome. Alleles are also used to represent polymorphisms, for example, SNPs have two kinds of bialles.
이하, 본 발명을 보다 상세하게 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in more detail.
본 발명은 버크셔 돼지 종에서 RNA-Seq 방법을 이용하여 돼지 육질 연관 유전자의 SNP 마커를 발굴하여 고급육 생산 돼지 개체를 조기 선발하고 돼지 육질을 예측할 수 있도록 하였다.The present invention uses the RNA-Seq method in the Berkshire pig species to identify the SNP markers of the porcine meat quality-related genes, thereby early selection of high-quality pig-producing individuals and prediction of pig meat quality.
본 발명에서는 버크셔 돼지의 간 조직에서 mRNA를 분리하여 RNA-Seq을 이용하여 SNP 마커를 발굴하였다. 이후 혈액으로부터 genomic DNA를 분리하여 Goldengate method를 이용하여 해당 유전자 SNP의 genotyping을 실시하였다. 재현성 실험을 위하여 육질 연관 유전자에 대해서 PCR-RFLP 실험을 통해 SNP의 유전자형을 분석하고 육질 형질 중 사후 pH와 drip loss와의 연관성을 통계 분석하여 최종적으로 돼지 육질 연관 유전자의 SNP 마커를 발굴 하였다.In the present invention, mRNA was isolated from liver tissue of Berkshire pig and SNP markers were extracted using RNA-Seq. Genomic DNA was isolated from the blood and genotyping of the gene SNP was performed using the Goldengate method. For the reproducibility experiment, genotype of SNP was analyzed by PCR-RFLP for meat-quality-related genes, and SNP markers of pig meat quality-related genes were finally identified by statistical analysis of post-hoc pH and drip loss.
본 발명의 일 측면에 따르면, Tn1 유전자 유래 서열번호 2의 199번째 염기가 A이고, 상기 199번째 염기를 포함하는 5 내지 1,000개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드가 제공된다.According to an aspect of the present invention, there is provided a polynucleotide having a 199th base of SEQ ID NO: 2, which is derived from Tn1 gene, and a polynucleotide consisting of 5 to 1,000 consecutive bases comprising the 199th base or a complementary polynucleotide thereof .
본 발명의 다른 측면에 따르면, KIAA1717 유전자 유래 서열번호 1의 402번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 402번째 염기를 포함하는 5 내지 1,000개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; Tn1 유전자 유래 서열번호 2의 199번째 염기가 C 또는 A이고, 상기 199번째 염기를 포함하는 5 내지 1,000개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 HIST1H1D 유전자 유래 서열번호 3의 433번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 433번째 염기를 포함하는 5 내지 1,000개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드;를 포함하는, 돼지의 육질 예측용 조성물이 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a polynucleotide or its complementary polynucleotide consisting of 5 to 1,000 consecutive bases, wherein the 402th base of SEQ ID NO: 1 from the KIAA1717 gene is C or T, and the 402th base; A polynucleotide consisting of 5-1,000 consecutive bases of the 199th base of SEQ ID NO: 2 derived from Tn1 gene is C or A, and the 199th base, or a complementary polynucleotide thereof; And a polynucleotide consisting of 5-1,000 consecutive bases, or a complementary polynucleotide thereof, wherein the 433rd base of SEQ ID NO: 3, which is derived from HIST1H1D gene, is A or G and the 433rd base, A composition for prediction is provided.
본 발명의 돼지 육질 연관 유전자의 SNP는 KIAA1717는 3’Tn1은 인트론(intron), HIST1H1D는 엑손(exon)상 존재하여 다양한 변이를 일으킬 수 있는 가능성이 있다. SNP 마커 중 인트론(intron)이나 3’상의 변이는 mRNA 상태의 안정성이나 다른 분자들과의 영향력을 조절하여 해당 유전자의 발현 및 타 유전자의 발현을 조절하는 역할을 하게 된다. 또한 엑손(exon) 상의 변이는 직접적으로 아미노산의 변이를 일으키기도 하여 단백질의 기능에 결함을 일으키거나 결합 단백질들과의 결합력의 차이를 야기시켜 결과적으로 해당 유전자의 기능이 유실되게 된다. The SNP of the porcine meat quality-related gene of the present invention is K3A1717, 3'Tn1 is an intron, and HIST1H1D is an exon, so that it is possible to cause various mutations. The intron or 3 'phase of the SNP markers regulates the expression of the gene and the expression of other genes by regulating the stability of the mRNA state or its influence with other molecules. In addition, the mutation on the exon may directly cause amino acid mutation, resulting in a defect in the function of the protein or a difference in the binding ability to the binding protein, resulting in the loss of function of the gene.
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 돼지의 육질 예측용 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 돼지의 육질 예측용 조성물이 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a composition for predicting meat quality of a pig, comprising a preparation capable of detecting or amplifying SNP markers for predicting meat quality of the pig.
본 발명에 있어서, "SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제"란, 상기와 같은 유전자의 변이 부위, 즉 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있다면 특별한 제한이 있는 것은 아니며, 공지의 수단을 이용할 수 있다. 이에 한정되는 것은 아니나, SNP 마커를 증폭 및 PCR-RFLP 방법을 통해 판독하여 돼지의 육질을 예측할 수 있는 조성물을 의미할 수 있다. 상기 SNP 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 및 PCR-RFLP 방법에 이용되는 제한효소를 의미할 수 있다.In the present invention, "a preparation capable of detecting or amplifying SNP markers" is not particularly limited as long as mutation sites of the above-described genes, i.e. SNP markers, can be detected or amplified, have. But are not limited to, compositions capable of predicting the meat quality of pigs by amplifying SNP markers and reading them through the PCR-RFLP method. A primer capable of specifically amplifying the polynucleotide including the SNP marker, and a restriction enzyme used in the PCR-RFLP method.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 조성물은 표 6 내지 표 8의 서열번호 4 내지 9의 프라이머 세트를 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the composition may comprise the primer set of SEQ ID NOS: 4 to 9 of Tables 6 to 8.
본 발명에 있어서, “프라이머”는 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머들의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다. In the present invention, " primer " means a short sequence which functions as a starting point for template strand duplication as a base sequence having a short free 3 'hydroxyl group. The primer can initiate DNA synthesis in the presence of reagents and four different nucleoside triphosphates for polymerization reactions (i.e., DNA polymerase or reverse transcriptase) at appropriate buffer solutions and temperatures. The PCR conditions, the lengths of the sense and antisense primers can be modified based on what is known in the art.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 조성물은 제한효소 Msp I과 TseI을 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the composition may comprise the restriction enzymes Msp I and Tse I.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 돼지의 육질 예측용 SNP 마커 조성물을 포함하는 마이크로어레이가 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a microarray comprising the SNP marker composition for predicting meat quality of the pig.
본 발명에 있어서, 상기 SNP 마커의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 또는 그들과 혼성화하는 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 마이크로어레이가 제공될 수 있다.In the present invention, a microarray comprising the polynucleotide of the SNP marker or a complementary polynucleotide thereof or a polynucleotide that hybridizes thereto, a polypeptide encoded by the polynucleotide, or cDNA thereof may be provided.
본 발명에 따른 마이크로어레이는 본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 프로브 또는 그들과 혼성화하는 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 이용하여 본 분야의 당업자에게 알려져 있는 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다. 예컨대, 상기 폴리뉴클레오티드는 아미노-실란(amino-silane), 폴리-L-라이신(poly-L-lysine) 및 알데히드(aldehyde)로 이루어진 군에서 선택되는 활성기가 코팅된 기판 상에 고정될 수 있다. 또한, 상기 기판은 실리콘 웨이퍼, 유리, 석영, 금속 및 플라스틱으로 이루어진 군에서 선택될 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드를 기판에 고정화시키는 방법으로는 파이조일렉트릭(piezoelectric) 방식을 이용한 마이크로피펫팅법, 핀(pin) 형태의 스폿터(spotter)를 이용한 방법 등을 사용할 수 있다.The microarray according to the present invention can be produced by a conventional method known to those skilled in the art using a polynucleotide according to the present invention or a polynucleotide that hybridizes thereto with a probe or a complementary polynucleotide thereof, a polypeptide encoded by the polynucleotide, ≪ / RTI > For example, the polynucleotide can be immobilized on a substrate coated with an activator selected from the group consisting of amino-silane, poly-L-lysine and aldehyde. In addition, the substrate may be selected from the group consisting of a silicon wafer, glass, quartz, metal, and plastic. As a method for immobilizing the polynucleotide on a substrate, a micro-pipetting method using a piezoelectric method or a method using a pin-type spotter can be used.
본 발명의 마이크로어레이에 있어서, 상기 SNP를 측정할 수 있는 프라이머, 프로브 또는 항체는 혼성화 어레이 요소(hybridizable array element)로서 이용되며, 기질(substrate) 상에 고정화된다. 바람직한 기질은 적합한 견고성 또는 반-견고성 지지체로서, 예컨대, 막, 필터, 칩, 슬라이드, 웨이퍼, 파이버, 자기성 비드 또는 비자기성 비드, 겔, 튜빙, 플레이트, 고분자, 미소입자 및 모세관을 포함할 수 있다. 상기 혼성화 어레이 요소는 상기 기질 상에 배열되고 고정화되며, 이와 같은 고정화는 화학적 결합 방법 또는 UV와 같은 공유 결합적 방법에 의해 수행될 수 있다. 예를 들어, 상기 혼성화 어레이 요소는 에폭시 화합물 또는 알데히드기를 포함하도록 변형된 글래스 표면에 결합될 수 있고, 또한 폴리라이신 코팅 표면에서 UV에 의해 결합될 수 있다. 또한, 상기 혼성화 어레이 요소는 링커(예: 에틸렌 글리콜 올리고머 및 디아민)를 통해 기질에 결합될 수 있다. 한편, 본 발명의 마이크로어레이에 적용되는 시료가 핵산일 경우에는 표지(labeling)될 수 있고, 마이크로어레이상의 어레이 요소와 혼성화 될 수 있다. 혼성화 조건은 다양할 수 있으며, 혼성화 정도의 검출 및 분석은 표지 물질에 따라 다양하게 실시될 수 있다.In the microarray of the present invention, a primer, a probe or an antibody capable of measuring the SNP is used as a hybridizable array element and immobilized on a substrate. Preferred substrates may include, for example, membranes, filters, chips, slides, wafers, fibers, magnetic beads or nonmagnetic beads, gels, tubing, plates, polymers, microparticles and capillaries, as suitable rigid or semi-rigid supports have. The hybridization array elements are arranged and immobilized on the substrate, and such immobilization can be performed by chemical bonding methods or covalent bonding methods such as UV. For example, the hybridization array element may be bonded to a glass surface modified to include an epoxy compound or an aldehyde group, and may also be bound by UV on a polylysine coating surface. In addition, the hybridization array element can be coupled to the substrate via a linker (e.g., ethylene glycol oligomer and diamine). On the other hand, when the sample to be applied to the microarray of the present invention is a nucleic acid, it may be labeled and hybridized with an array element on a microarray. Hybridization conditions may vary, and detection and analysis of hybridization degree may be variously performed depending on the labeled substance.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 돼지의 육질 예측 SNP 마커 조성물을 포함하는 돼지의 육질 예측용 키트가 제공된다.According to another aspect of the present invention, there is provided a kit for predicting meat quality of a pig comprising the meat quality prediction SNP marker composition of the pig.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 키트는 상기 돼지의 육질 예측용 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the kit may include an agent capable of detecting or amplifying SNP markers for predicting meat quality of the pig.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 키트는 상기 표 1의 SNP 마커 증폭용 표 6의 서열번호 4 내지 9의 프라이머 세트를 포함할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the kit may include the primer set of SEQ ID NOS: 4 to 9 of Table 6 for SNP marker amplification shown in Table 1 above.
본 발명에 있어서, 본 발명에 따른 SNP 마커의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 또는 그들과 혼성화하는 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 키트가 제공될 수 있다.In the present invention, a kit comprising a polynucleotide of the SNP marker according to the present invention or a complementary polynucleotide thereof, or a polynucleotide that hybridizes with the polynucleotide, a polypeptide encoded by the polynucleotide, or cDNA thereof may be provided.
본 발명에 따른 키트는 본 발명의 마이크로어레이 이외에 예측 대상으로부터 해당 SNP를 포함하는 DNA를 분리 및 증폭하는데 사용되는 프라이머 세트를 추가로 포함할 수 있다. 상기 적절한 프라이머 세트는 표 6 내지 표 8의 프라이머 세트를 이용할 수 있다. 또한, 본 발명에 따른 키트는 중합 반응에 필요한 시약, 예컨대 dNTP, 각종의 중합효소 및 발색제 등을 추가로 포함할 수 있다.The kit according to the present invention may further include a primer set used for isolating and amplifying DNA containing the SNP from a predicted subject, in addition to the microarray of the present invention. The appropriate primer sets may use the primer sets of Tables 6 to 8. In addition, the kit according to the present invention may further comprise reagents necessary for the polymerization reaction, such as dNTPs, various polymerase enzymes, coloring agents, and the like.
본 발명의 키트가 만일 PCR 증폭 과정에 적용되는 경우, 본 발명의 키트는 선택적으로, PCR 증폭에 필요한 시약, 예컨대, 완충액, DNA 중합효소(예컨대, Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth), Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis 또는 Pyrococcus furiosus(Pfu)로부터 수득한 열 안정성 DNA 중합효소), DNA 중합 효소 조인자 및 dNTPs를 포함할 수 있다. 또한, 각 유전자형을 분석하기 위하여 표 6에 제시한 SNP 특이적 제한 효소를 포함할 수 있다. 본 발명의 키트가 면역 분석에 적용되는 경우, 본 발명의 키트는 선택적으로, 이차항체 및 표지의 기질을 포함할 수 있다. 나아가, 본 발명에 따른 키트는 상기한 시약 성분을 포함하는 다수의 별도 패키징 또는 컴파트먼트로 제작될 수 있다.When the kit of the present invention is applied to a PCR amplification process, the kit of the present invention may optionally comprise a reagent, such as a buffer, a DNA polymerase (e.g., Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth) Thermostable DNA polymerases obtained from Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis or Pyrococcus furiosus (Pfu)), DNA polymerase joins and dNTPs. In addition, SNP-specific restriction enzymes shown in Table 6 can be included for analysis of each genotype. When the kit of the present invention is applied to an immunoassay, the kit of the present invention may optionally comprise a secondary antibody and a labeling substrate. Further, the kit according to the present invention may be manufactured from a number of separate packaging or compartments containing the reagent components described above.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 피검체의 DNA로부터 상기 SNP 마커가 포함된 폴리뉴클레오티드를 증폭하고, 상기 증폭된 SNP 마커를 판독하여 돼지의 육질을 예측하는 방법이 제공된다. According to another aspect of the present invention, there is provided a method for predicting the meat quality of a pig by amplifying a polynucleotide containing the SNP marker from the DNA of a subject and reading the amplified SNP marker.
상기 증폭된 SNP 마커를 판독하는 방법은 서열 분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allelespecifichybridization, DASH), PCR 연장 분석, PCR-SSCP, PCR-RFLP 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예를 들면, Sequenom의 MassARRAY 시스템), 미니-시퀀싱(mini-sequencing) 방법, Bio-Plex 시스템(BioRad), CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium 분석법) 등을 이용하여 수행될 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다. 상기 방법들 또는 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자에게 이용 가능한 다른 방법에 의해, 상기 SNP 마커에서의 하나 이상의 대립유전자를 확인할 수 있다.Methods for reading the amplified SNP markers include sequencing, hybridization by microarray, allele specific PCR, dynamic allele specific amplification (DASH), PCR extension analysis, PCR Sequencing methods, Bio-Plex systems (BioRad), CEQ (Sequencing), PCR-RFLP analysis or TaqMan techniques, SNPlex platform (Applied Biosystems), mass spectrometry (e.g. Sequenom's MassARRAY system) but is not limited to, using the SNPstream system and the SNPstream system (Beckman), Molecular Inversion Probe array technology (e.g. Affymetrix GeneChip), and BeadArray Technologies (e.g. Illumina GoldenGate and Infinium analysis) . One or more alleles in the SNP marker can be identified by the methods described above or other methods available to those skilled in the art to which the invention pertains.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, i) 피검체로부터 DNA를 추출하는 단계; ii) 상기 DNA를 주형으로 하여, 상기 기재된 폴리뉴클레오티드를 증폭시키는 단계; iii) 상기 증폭된 산물에 제한효소를 처리하는 단계; 및 iv) PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism; 제한효소절편다형) 분석법으로 SNP 유전자형을 분석하는 단계를 포함하는, 돼지의 고급육 생산 개체 선발 방법이 제공된다.According to still another aspect of the present invention, there is provided a method for producing a nucleic acid comprising the steps of: i) extracting DNA from a subject; ii) amplifying the above-described polynucleotide using the DNA as a template; iii) treating the amplified product with a restriction enzyme; And iv) analyzing the SNP genotype by a PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) analysis method.
본 발명은 돼지의 게놈 DNA를 대상으로 PCR-RFLP 분석 방법을 이용하는 최첨단 분자육종 기술로서 본 발명에서 이용한 PCR-RFLP 분석 기법은 신속하고 간편하며 정확성이 높아 선발의 효율성과 실용성을 극대화할 수 있을 뿐만 아니라 다수의 시료를 대상으로 DNA marker 유전자형을 보다 간편하고 신속하며, 정확하게 판정할 수 있는 장점이 있다.The present invention is a state-of-the-art molecular breeding technique using a PCR-RFLP analysis method for the genomic DNA of pigs, and the PCR-RFLP analysis technique used in the present invention is fast, simple and highly accurate so that efficiency and practicality of the selection can be maximized However, there is an advantage that the DNA marker genotype can be more easily, quickly, and accurately determined for a large number of samples.
본 발명에 있어서, 상기 피검체로부터 DNA를 추출하는 단계는 당업계에 알려진 방법을 통하여 이루어질 수 있다. 예를 들면, 혈액 혹은 조직 및 세포에서 DNA를 직접적으로 정제하여 PCR 등의 방법으로 해당 유전자를 포함하는 합성물을 증폭하고 이를 분리함으로써 이루어질 수 있다. 이때 DNA는 게놈 DNA 뿐만 아니라 mRNA로부터 합성한 cDNA도 포함하는 의미이다.In the present invention, the step of extracting DNA from the subject may be performed by a method known in the art. For example, DNA can be purified directly from blood, tissues and cells, amplified and separated from a compound containing the gene by PCR or the like. Here, DNA means not only genomic DNA but also cDNA synthesized from mRNA.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 DNA를 증폭시키는 단계는, 표 1의 SNP 마커 증폭용 표 6 내지 표 8의 프라이머 세트를 이용할 수 있다. According to an embodiment of the present invention, the step of amplifying the DNA may use the primer set of Table 6 to Table 8 for amplifying the SNP marker in Table 1.
본 발명에 있어서, 증폭은 PCR 반응에 필요한 당업계에 공지된 여러 성분을 포함하는 PCR 반응 혼합액을 이용하여 수행될 수 있다. 상기 PCR 반응 혼합액에는 분석하고자 하는 시료에서 추출된 DNA와 본 발명에서 제공되는 프라이머 세트 이외에 적당량의 DNA 중합효소, dNTP, PCR 완충용액 및 물(dH2O)을 포함한다. 상기 PCR 완충용액은 트리스-HCl(Tris-HCl), MgCl2, KCl 등을 포함한다. 이 때 MgCl2 농도는 증폭의 특이성과 수량에 크게 영향을 주며, 바람직하게는 1.5-2.5 mM의 범위로 사용될 수 있다. 일반적으로 Mg2 +가 과량인 경우는 비특이적인 PCR 증폭산물이 증가하고, Mg2 +가 부족한 경우 PCR 산물의 산출율이 감소한다. 상기 PCR 완충용액에는 적당량의 트리톤 X-100(Triton X-100)이 추가로 포함될 수도 있다.In the present invention, the amplification can be performed using a PCR reaction mixture containing various components known in the art necessary for the PCR reaction. In addition to the DNA extracted from the sample to be analyzed and the primer set provided in the present invention, the PCR reaction mixture includes an appropriate amount of DNA polymerase, dNTP, PCR buffer solution and water (dH 2 O). The PCR buffer comprises Tris -HCl (Tris-HCl),
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 표 1의 염기변이 부위의 염기서열에 따른 유전자형을 분석하기 위한 제한효소 MspI과 TseI을 이용할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, the restriction enzymes MspI and TseI for analyzing the genotype according to the nucleotide sequence of the base mutation site in Table 1 can be used.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 PCR-RFLP 분석법으로 분석한 결과 KIAA1717 유전자의 CC형, Tn1 유전자의 A allele, HIST1H1D 유전자의 AA형을 나타내는 경우 고급육 생산 개체라고 예측할 수 있다.According to one embodiment of the present invention, it can be predicted that the CC type of the KIAA1717 gene, the A allele of the Tn1 gene, and the AA type of the HIST1H1D gene are analyzed to be a high-grade meat-producing subject by PCR-RFLP analysis.
본 발명에 있어, 고급육 생산 돼지는 사후 pH가 5.8~6.0이며 드립 로스( drip loss)가 5% 이하인 개체를 의미한다.In the present invention, a pig produced in a high-grade meat means an individual having a post-hoc pH of 5.8 to 6.0 and a drip loss of 5% or less.
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 방법은 돼지의 육질 예측을 위해 피검체로부터 얻은 DNA 시료를 주형으로 하고, 상기 표 1의 SNP 마커를 포함하는 유전자 부위를 증폭할 수 있는 프라이머를 사용하여 PCR을 수행하고, 상기 PCR 반응물을 시퀀싱(sequencing)하여 상기 염기변이 부위의 염기서열을 판정하는 단계를 포함할 수 있다. According to another aspect of the present invention, there is provided a method for predicting the meat quality of a pig, comprising the steps of: performing PCR using primers capable of amplifying a gene region including SNP markers shown in Table 1 using a DNA sample obtained from a subject as a template; And sequencing the PCR reaction to determine the base sequence of the base mutation site.
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 방법은 상기 피검체로부터 얻은 SNP를 포함하는 핵산 시료를 상기 마이크로어레이에 혼성화시키는 단계 및 상기 혼성화 결과를 검출하는 단계를 포함할 수 있다.According to another aspect of the present invention, the method may include hybridizing the nucleic acid sample containing the SNP obtained from the subject to the microarray, and detecting the hybridization result.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 방법은 본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드와 혼성화하는 돼지 대립형질 특이적 혼성화 과정을 포함할 수 있다. 상기 대립형질 특이적(allele-specific) 폴리뉴클레오티드란 각 대립형질에 특이적으로 혼성화하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 즉, 표1의 각 SNP 서열 중의 다형성 부위의 염기가 식별될 수 있도록 혼성화할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. In one embodiment of the invention, the method may comprise a porcine allele-specific hybridization process that hybridizes with a polynucleotide according to the invention or a complementary polynucleotide thereof. The allele-specific polynucleotide refers to a polynucleotide that specifically hybridizes to each allele. That is, polynucleotide capable of hybridizing so that the base of the polymorphic site in each SNP sequence in Table 1 can be identified.
본 발명에 있어서 상기 대립형질 특이적 폴리뉴클레오티드는 프라이머일 수 있는데, 여기서 프라이머(primer)란 적절한 버퍼 중의 적절한 조건(예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 DNA, RNA 폴리머라제 또는 역전사 효소와 같은 중합제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고뉴클레오티드를 말한다. 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화할 정도로 충분히 상보적이어야 한다. In the present invention, the allele-specific polynucleotide may be a primer, wherein the primer is selected from the group consisting of four different nucleoside triphosphates and DNA, RNA polymerase or reverse transcriptase ) And a single-stranded oligonucleotide that can serve as a starting point for template-directed DNA synthesis at a suitable temperature. The appropriate length of the primer may vary depending on the purpose of use. Short primer molecules generally require a lower temperature to form a stable hybrid with the template. The primer sequence need not be completely complementary to the template, but should be sufficiently complementary to hybridize with the template.
상기 프라이머는 단일염기다형성 부위를 포함하여 표적 DNA에 혼성화할 수도 있으며, 반대편에 혼성화하는 제2 프라이머와 쌍을 이루어 사용될 수 있다. The primer may include a single base polymorphic site and hybridize to the target DNA or may be used in pairs with a second primer that hybridizes to the opposite primer.
본 발명에 있어서, 상기 대립형질 특이적 폴리뉴클레오티드는 프로브일 수 있다. 본 발명에서 프로브(probe)란 혼성화 프로브를 의미하는 것으로, 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 이러한 프로브에는 Nielsen 등, Science 254, 1497-1500 (1991)에 기재된 펩티드 핵산을 포함한다. 본 발명의 프로브는 대립형질 특이적 프로브로서, 같은 종의 두 구성원으로부터 유래한 핵산 단편 중에 다형성 부위가 존재하여, 한 구성원으로부터 유래한 DNA 단편에는 혼성화하나, 다른 구성원으로부터 유래한 단편에는 혼성화하지 않는다. 이 경우 혼성화 조건은 대립형질 간의 혼성화 강도에 있어서 유의한 차이를 보여, 대립형질 중 하나에만 혼성화하도록 충분히 엄격해야 한다. 본 발명의 상기 프로브는 대립형질을 검출하기 위한 예측방법 등에 사용될 수 있다. 상기 예측 방법에는 서던 블롯팅 등과 같은 핵산의 혼성화에 근거한 검출방법들이 포함되며, 마이크로어레이를 이용한 방법에서 마이크로어레이의 기판에 미리 결합된 형태로 제공될 수도 있다.In the present invention, the allelic specific polynucleotide may be a probe. In the present invention, a probe refers to a hybridization probe, and refers to an oligonucleotide capable of specifically binding to a complementary strand of a nucleic acid. Such probes include the peptide nucleic acids described in Nielsen et al., Science 254, 1497-1500 (1991). The probe of the present invention is an allele-specific probe in which a polymorphic site exists in a nucleic acid fragment derived from two members of the same species and hybridizes to a DNA fragment derived from one member but does not hybridize to a fragment derived from another member . In this case, the hybridization conditions must be sufficiently stringent to hybridize to only one of the alleles, showing significant differences in the hybridization intensity between alleles. The probe of the present invention can be used as a prediction method or the like for detecting alleles. The prediction method includes detection methods based on hybridization of nucleic acids such as Southern blotting and may be provided in a form preliminarily combined with a substrate of a microarray in a method using a microarray.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명하기로 한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, the present invention will be described in detail with reference to examples. However, these examples are intended to further illustrate the present invention, and the scope of the present invention is not limited to these examples.
실시예Example 1. One. 육질형질과Flesh trait and SNP 유전자형과의 연관성 분석 Analysis of association with SNP genotype
(단계 1) 실험동물 준비(Step 1) Preparation of experimental animals
실험동물은 다산종돈 (전북 남원시 운봉읍 가산리 64-2, 대표 박화춘)에서 동일한 환경에서 사육된 버크셔 종돈을 사용하였다. 먼저 돼지의 간조직을 채취하여 RNA-seq을 통해 버크셔 돼지에서 발견되는 SNP들을 탐색하고 육질 형질에 영향을 미칠 것으로 예상되는 51개 유전자를 선발하여 총 430두에서 goldengate method로 유전자형을 분석하였다. 이후 확보한 SNP의 유전자형을 검사하기 위해서 PCR-RFLP 방법을 디자인하여 재현성 검증에 30두 2차 검증에 130두의 돼지가 사용되었다. The experimental animals used Berkshire bred in the same environment at Dasan (64-2, Gangsan - ri, Unban - eup, Namwon, Jeonbuk). First, the liver tissues of pigs were collected, and SNPs found in Berkshire pigs were identified through RNA-seq. The 51 genes expected to affect the meat quality were selected and genotypes were analyzed using a goldengate method in a total of 430 specimens. The PCR-RFLP method was designed to test the genotypes of the SNPs that were subsequently obtained. Thirty of the pigs were used for the verification of reproducibility and thirty of the pigs were used for the second verification.
(단계 2) 육질 형질 분석(Step 2) Meat quality trait analysis
등심의 사후 pH24시는 pH meter (Istek Inc, Korea)로 측정하였고 drip loss는 2cm 두께로 자른 등심조직을 폴리프로필렌 백에 담아 24시간 동안 무게 차이를 백분위로 표기하였다.The pH value of 24 hours was measured with a pH meter (Istek Inc, Korea) and the drip loss was expressed in percentile for 24 hours in a polypropylene bag.
(단계 3) 돼지로부터 (Step 3) From pigs gDNA의gDNA 분리 detach
채취한 혈액은 위저드 게놈 DNA 정제 키트 (Wizard genomic DNA purification kit, promega, USA)를 이용하여 gDNA를 분리하였다. 키트에서 제공되는 실험 방법과 동일하게 진행하였다.The collected blood was separated from the gDNA using Wizard genomic DNA purification kit (Promega, USA). The procedure was the same as that of the kit.
(단계 4) (Step 4) gDNA에서From gDNA 육질 연관 유전자의 SNP의 유전자형 확인 Genotype identification of SNPs in meat-derived genes
RNA-Seq 결과에서 확보한 유전자들의 SNP를 분석하기 위해서 다산 종돈의 돼지 430마리로부터 혈액을 분리하여 gDNA를 추출하였다. 표 6 내지 표 8에 제시된 프라이머 세트로 증폭하는 과정을 거치고 이후 증폭된 산물을 수거 및 정제하여 표 6에 제시된 각 육질 연관 유전자의 SNP 유전자형에 대한 특이적 제한 효소로 절단하여 아가로스 겔(agarose gel) 전기영동을 수행한다. 확보된 제한 효소 절단 단편들의 뉴클레오타이드 서열 크기를 판독하여 각 SNP에 대한 유전자형을 분석하였다. To analyze the SNPs of the genes obtained from the RNA-Seq results, blood was isolated from 430 pigs of the suckling pigs and gDNA was extracted. After amplification with the primer set shown in Tables 6 to 8, the amplified products were collected and purified, and then digested with specific restriction enzymes for the SNP genotype of each meat-quality-associated gene shown in Table 6 to obtain agarose gel ) Electrophoresis. The genotypes of the SNPs were analyzed by reading the nucleotide sequence size of the obtained restriction enzyme cleavage fragments.
상기 KIAA1717 유전자를 표 6의 서열번호 4 및 5의 프라이머 세트로 증폭한 PCR 증폭 산물은 647bp의 전체길이를 가지며, Msp I 제한효소에 의해 절단된 PCR 산물은 각 506bp 및 141bp의 길이를 갖는다(도 1, 2 및 표 6 참조). 따라서, KIAA1717 유전자에는 상기와 같이 대립인자가 존재하며, 각 유전자형을 PCR-RFLP 방법을 통해 판독할 수 있었다.The KIAA1717 gene was amplified with primers set forth in SEQ ID NOs: 4 and 5 in Table 6, and the PCR product was digested with Msp I restriction enzyme. The PCR products were 506 bp and 141 bp in
상기 Tn1 유전자를 표 7의 서열번호 6 및 7의 프라이머 세트로 증폭한 PCR 증폭 산물은 320bp의 전체길이를 가지며, Msp I 제한효소에 의해 절단된 PCR 산물은 각 226bp 및 94bp의 길이를 갖는다(도 3, 4 및 표 6 참조). 따라서, Tn1 유전자에는 상기와 같이 대립인자가 존재하며, 각 유전자형을 PCR-RFLP 방법을 통해 판독할 수 있었다.The PCR amplification products obtained by amplifying the Tn1 gene with primers set forth in SEQ ID NOs: 6 and 7 in Table 7 had a total length of 320 bp, and the PCR products cleaved by Msp I restriction enzyme had lengths of 226 bp and 94 bp, respectively 3, 4 and Table 6). Thus, alleles exist in the Tn1 gene as described above, and each genotype can be read by the PCR-RFLP method.
상기 HIST1H1D 유전자를 표 8의 서열번호 8 및 9의 프라이머 세트로 증폭한 PCR 증폭 산물은 263bp의 전체길이를 가지며, Tse I 제한효소에 의해 절단된 PCR 산물은 각 150bp 및 83bp, 50bp, 30bp의 길이를 갖는다(도 5, 6 및 표 6 참조). 따라서, HIST1H1D 유전자에는 상기와 같이 대립인자가 존재하며, 각 유전자형을 PCR-RFLP 방법을 통해 판독할 수 있었다.The HST1H1D gene was amplified with primers set forth in SEQ ID NOs: 8 and 9 in Table 8, and the PCR product was digested with Tse I restriction enzyme. The PCR product digested with Tse I restriction enzyme contained 150 bp and 83 bp, 50 bp, and 30 bp (See Figs. 5, 6 and Table 6). Therefore, the allele was present in the HIST1H1D gene as described above, and each genotype could be read by the PCR-RFLP method.
(단계 6) 육질 연관 유전자의 SNP 유전자형과 육질 (Step 6) SNP genotype and meat quality of meat quality-related genes 형질에 대한 통계분석Statistical analysis of traits
이용된 버크셔 돼지 430두의 육질 형질 (사후 pH 및 drip loss)과 육질 연관 SNP 유전자형의 연관성을 확인하기 위하여 통계분석을 하였다.A statistical analysis was performed to confirm the association of the meat quality traits (posterior pH and drip loss) and meat quality related SNP genotypes of 430 Berkshire pigs used.
Anova test를 이용하여 유전자형 3 그룹간 분석을 실시하였고 사후 검증으로 Duncan test를 이용하여 연관성을 확인하였고 p-value 0.05 이하인 값을 유의한 수준으로 보았으며 각 p값은 표 2에 표기한 바와 같고 그 값이 낮을수록 유의성이 큰 것을 의미한다. Anova test was used to analyze the
표 1은 본 발명에 의한 육질 연관 유전자의 SNP에 대한 서열 정보를 나타낸다. Table 1 shows sequence information on SNPs of meat-quality-related genes according to the present invention.
표 2는 육질 연관 유전자 KIAA1717의 SNP 유전자형과 사후 pH24시 육질 형질간의 통계분석 결과를 나타낸다.Table 2 shows the results of statistical analysis between the SNP genotype of the meat-borne-associated gene KIAA1717 and the post-pH 24 meat-like traits.
표 3은 육질 연관 유전자 Tn1의 SNP의 유전자형과 drip loss 육질 형질에 대한 통계분석 결과를 나타낸다. Table 3 shows the results of the statistical analysis of SNP genotype and drip loss meat quality traits of the meat-quality-associated gene Tn1.
표 4는 육질 연관 유전자의 SNP HIST1H1D의 SNP의 유전자형과 사후 pH24시 육질 형질에 대한 통계분석 결과를 나타낸다. Table 4 shows the SNP genotype of the meat-quality-associated gene SNP HIST1H1D and the results of statistical analysis of the meat quality trait at pH 24 post-hoc.
표 5는 육질 연관 유전자의 SNP HIST1H1D의 SNP의 유전자형과 drip loss 육질 형질에 대한 통계분석 결과를 나타낸다.Table 5 shows the results of statistical analysis of genotype and drip loss meat quality traits of SNP HIST1H1D of meat quality-related genes.
표 6 내지 표 8은 육질 연관 유전자의 SNP 유전자형을 분석하기 위해 PCR-RFLP에 사용된 PCR 증폭 프라이머 세트, PCR 조건, 제한효소, 및 제한 효소에 의해 절단된 산물의 크기를 나타낸다. Tables 6 to 8 show the sizes of PCR amplification primer sets, PCR conditions, restriction enzymes, and products cleaved by restriction enzymes used in PCR-RFLP to analyze SNP genotypes of meat-quality-associated genes.
이상으로 본 발명 내용의 특정한 부분을 상세히 기술하였는 바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서, 이러한 구체적 기술은 단지 바람직한 실시 양태일 뿐이며, 이에 의해 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백할 것이다. 따라서 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항 들과 그것들의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.While the present invention has been particularly shown and described with reference to specific embodiments thereof, those skilled in the art will appreciate that such specific embodiments are merely preferred embodiments and that the scope of the present invention is not limited thereby. something to do. It is therefore intended that the scope of the invention be defined by the claims appended hereto and their equivalents.
<110> Gyeongnam national university of science and technology <120> SNP maker for predicting meat quality of pig and use thereof <130> NPF31197 <160> 9 <170> PatentIn version 3.2 <210> 1 <211> 680 <212> DNA <213> Sus scrofa <400> 1 caatgcggat caattttgat ttttacaaaa tccaaagcct acaaataact ctgactcatg 60 gcaacttccc cgtgtcgttg cacctgacgt ggagacagct cgtaggcttc cccagtgcct 120 cagccgcttc ctggtggaag ttaggtgctc gtggaggtgt gtccaccttt tagagacatc 180 gctccaggcc cctttggggg cctgagagtg aatcagaggc attagagaca ccggtgcagt 240 tatccagagc acaatttctt tgcagggcag cagaatcaga agccagacat ggccgtgtga 300 ccctgggaac tgggttttct ggccgccgtc taccgccacc cttactgcct agtcacacac 360 gtcagggagg ctgccctctg tggagttggg gctcacaccc ccggggtggg acttcacggt 420 tttgccagtg gtccctgcct cctggcctcc acctcacaga ggatggagga gggtgctgct 480 ggcaaggggc ccatttctca gcacagtaca cttcctgtct cagctctggg agactatgca 540 cccaagcacc caacttccaa ccagagagag acgtcctcgg ataacgaaga cccttgcttc 600 ctctgtctgt gactttacac acgtcgttag aagtcgtttt agcatcaaga ccaatcccat 660 ccctaggaca tacctcccaa 680 <210> 2 <211> 675 <212> DNA <213> Sus scrofa <400> 2 ctgcgcggga agttcaagcg ccctcccctg cggcgtgtcc gcgtctcggc tgatgccatg 60 ctgcgtgccc tgctgggctc taaacacaag gtgtccatgg acctgcgtgc caacctcaag 120 tccgtgaaga aggaggatac ggagaaggtc agaccctgac ttcaccccat gcagcctcag 180 caatgcccgc cccccccccg gagcccagcc agcaggcaga aggttccaga acccctggga 240 gcctggggga ggcctaaggg tcctgatctt ggagaagaaa gacaggggtc ccactgtggg 300 agaggctgac ctcctcttac cagtgcctct tgcgcatgga ggctgggctg cccccacccc 360 acgctaagtc tctgatgtgg gtggcccccg caggagcggc ccgtggaggt gggtgactgg 420 agaaagaacg tcgaggccat gtctgggatg gagggccgga agaaaatgtt tgatgccgcc 480 aagtccccaa cgtctcagta gaggtaccag cgcctgccag gcactcctag ggctgccagt 540 ctagagggca gtggggaggt ggtgagccgt gtggtcccgg gaggggggct ctcttggggg 600 cttggtcttg ctctccctcc accaatgcca tggactcgtc atgcctgctt ccggggtgtt 660 ggggtggcat cagat 675 <210> 3 <211> 669 <212> DNA <213> Sus scrofa <400> 3 atgtcggaga ccgctccagt ggctcctgct gctcccgcgc ctgcagagaa aacacctgta 60 aagaaaaagg cgaagaagac gggcgcagct gctgggaaac gcaaagcgtc cgggcctccg 120 gtgtccgagc tcatcaccaa ggctgtcgcc gcctccaagg agcgcaacgg cgtgtctctg 180 gccgcgctca agaaggcgct ggctgccgcc ggctacgatg tggaaaagaa caacagccgg 240 atcaagctgg ggcttaaaag cttggtgagc aagggcaccc tggtgcagac taaaggcact 300 ggcgcttcgg gctccttcaa actcaacaag aaggcggcca ccggggaagc caagcccaaa 360 gctaagaaag cgggagcagc taagcctaag aagtctgctg gggcagccaa gaagcccaag 420 aaggctaccg gaacagccac cccaaagaag accgccaaga agacccccaa gaaagccaag 480 aagccggcag cggcagctgg caccaagaag gtggccaaga gcccgaagaa ggcgaaggca 540 gccaagccga aaaaggccgc taagagcccg gccaaggcca aagcccccaa gcccaaggca 600 gccaagccta aagccgcaaa acccaaggct acaaaggcca agaaagccgt ctccaagaag 660 aagtaatag 669 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR PRIMER <400> 4 ttgcagggca gcagaatcag 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR PRIMER <400> 5 ggtccctgga gtttcccaat 20 <210> 6 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR PRIMER <400> 6 cgtgccaacc tcaagtccg 19 <210> 7 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR PRIMER <400> 7 tttctccagt cacccacctc c 21 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR PRIMER <400> 8 tgccggcttc ttggctttct 20 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR PRIMER <400> 9 acaacagccg gatcaagctg 20 <110> Gyeongnam national university of science and technology <120> SNP maker for predicting meat quality of pig and use thereof <130> NPF31197 <160> 9 <170> PatentIn version 3.2 <210> 1 <211> 680 <212> DNA <213> Sus scrofa <400> 1 caatgcggat caattttgat ttttacaaaa tccaaagcct acaaataact ctgactcatg 60 gcaacttccc cgtgtcgttg cacctgacgt ggagacagct cgtaggcttc cccagtgcct 120 cagccgcttc ctggtggaag ttaggtgctc gtggaggtgt gtccaccttt tagagacatc 180 gctccaggcc cctttggggg cctgagagtg aatcagaggc attagagaca ccggtgcagt 240 tatccagagc acaatttctt tgcagggcag cagaatcaga agccagacat ggccgtgtga 300 ccctgggaac tgggttttct ggccgccgtc taccgccacc cttactgcct agtcacacac 360 gtcagggagg ctgccctctg tggagttggg gctcacaccc ccggggtggg acttcacggt 420 tttgccagtg gtccctgcct cctggcctcc acctcacaga ggatggagga gggtgctgct 480 ggcaaggggc ccatttctca gcacagiaca cttcctgtct cagctctggg agactatgca 540 cccaagcacc caacttccaa ccagagagag acgtcctcgg ataacgaaga cccttgcttc 600 ctctgtctgt gactttacac acgtcgttag aagtcgtttt agcatcaaga ccaatcccat 660 ccctaggaca tacctcccaa 680 <210> 2 <211> 675 <212> DNA <213> Sus scrofa <400> 2 ctgcgcggga agttcaagcg ccctcccctg cggcgtgtcc gcgtctcggc tgatgccatg 60 ctgcgtgccc tgctgggctc taaacacaag gtgtccatgg acctgcgtgc caacctcaag 120 tccgtgaaga aggaggatac ggagaaggtc agaccctgac ttcaccccat gcagcctcag 180 caatgcccgc cccccccccg gagcccagcc agcaggcaga aggttccaga acccctggga 240 gcctggggga ggcctaaggg tcctgatctt ggagaagaaa gacaggggtc ccactgtggg 300 agaggctgac ctcctcttac cagtgcctct tgcgcatgga ggctgggctg cccccacccc 360 acgctaagtc tctgatgtgg gtggcccccg caggagcggc ccgtggaggt gggtgactgg 420 agaaagaacg tcgaggccat gtctgggatg gagggccgga agaaaatgtt tgatgccgcc 480 aagtccccaa cgtctcagta gaggtaccag cgcctgccag gcactcctag ggctgccagt 540 ctagagggca gtggggaggt ggtgagccgt gtggtcccgg gaggggggct ctcttggggg 600 cttggtcttg ctctccctcc accaatgcca tggactcgtc atgcctgctt ccggggtgtt 660 ggggtggcat cagat 675 <210> 3 <211> 669 <212> DNA <213> Sus scrofa <400> 3 atgtcggaga ccgctccagt ggctcctgct gctcccgcgc ctgcagagaa aacacctgta 60 aagaaaaagg cgaagaagac gggcgcagct gctgggaaac gcaaagcgtc cgggcctccg 120 gtgtccgagc tcatcaccaa ggctgtcgcc gcctccaagg agcgcaacgg cgtgtctctg 180 gccgcgctca agaaggcgct ggctgccgcc ggctacgatg tggaaaagaa caacagccgg 240 atcaagctgg ggcttaaaag cttggtgagc aagggcaccc tggtgcagac taaaggcact 300 ggcgcttcgg gctccttcaa actcaacaag aaggcggcca ccggggaagc caagcccaaa 360 gctaagaaag cgggagcagc taagcctaag aagtctgctg gggcagccaa gaagcccaag 420 aaggctaccg gaacagccac cccaaagaag accgccaaga agacccccaa gaaagccaag 480 aagccggcag cggcagctgg caccaagaag gtggccaaga gcccgaagaa ggcgaaggca 540 gccaagccga aaaaggccgc taagagcccg gccaaggcca aagcccccaa gcccaaggca 600 gccaagccta aagccgcaaa acccaaggct acaaaggcca agaaagccgt ctccaagaag 660 aagtaatag 669 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR PRIMER <400> 4 ttgcagggca gcagaatcag 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR PRIMER <400> 5 ggtccctgga gtttcccaat 20 <210> 6 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR PRIMER <400> 6 cgtgccaacc tcaagtccg 19 <210> 7 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR PRIMER <400> 7 tttctccagt cacccacctc c 21 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR PRIMER <400> 8 tgccggcttc ttggctttct 20 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCR PRIMER <400> 9 acaacagccg gatcaagctg 20
Claims (14)
Tn1 유전자 유래 서열번호 2의 199번째 염기가 C 또는 A이고, 상기 199번째 염기를 포함하는 5 내지 1,000개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및
HIST1H1D 유전자 유래 서열번호 3의 433번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 433번째 염기를 포함하는 5 내지 1,000개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드;를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 돼지의 육질 예측용 조성물.A polynucleotide consisting of 5 to 1,000 consecutive bases, wherein the 402st base of SEQ ID NO: 1 from the KIAA1717 gene is C or T, the 402th base, or a complementary polynucleotide thereof;
A polynucleotide consisting of 5-1,000 consecutive bases of the 199th base of SEQ ID NO: 2 derived from Tn1 gene is C or A, and the 199th base, or a complementary polynucleotide thereof; And
A polynucleotide consisting of 5-1,000 consecutive bases or a complementary polynucleotide thereof, wherein the 433rd base of SEQ ID NO: 3 derived from HIST1H1D gene is A or G and the 433rd base, Wherein the composition for predicting meat quality of a pig comprises:
상기 제제는
서열번호 4 및 5의 프라이머 세트;
서열번호 6 및 7의 프라이머 세트; 및
서열번호 8 및 9의 프라이머 세트 중 1종 이상을 포함하는, 돼지의 육질 예측용 조성물. 3. The method of claim 2,
The formulation
A primer set of SEQ ID NOS: 4 and 5;
A primer set of SEQ ID NOS: 6 and 7; And
A composition for predicting meat quality of a pig, comprising at least one of the primer sets of SEQ ID NOs: 8 and 9.
상기 육질은 사후 pH24시 또는 드립 로스(drip loss)와 관련되는, 돼지의 육질 예측용 조성물.3. The method according to claim 1 or 2,
Wherein said meat quality is associated with post-hoc pH 24 or drip loss.
ii) 상기 DNA를 주형으로 하여, 제1항 또는 제2항에 기재된 폴리뉴클레오티드를 증폭시키는 단계;
iii) 상기 증폭된 산물에 제한효소 MspI 과 Tse I를 처리하는 단계; 및
iv) PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism; 제한효소절편다형) 분석법으로 SNP 유전자형을 분석하는 단계를 포함하는, 돼지의 고급육 생산 개체 선발 방법.i) extracting DNA from a subject;
ii) amplifying the polynucleotide of claim 1 or 2 using the DNA as a template;
iii) treating the amplified product with restriction enzymes MspI and TseI; And
iv) analyzing the SNP genotype by PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) assay.
상기 증폭시키는 단계는, 서열번호 6 및 7의 프라이머 세트를 이용하는, 돼지의 고급육 생산 개체 선발 방법.11. The method of claim 10,
Wherein said amplifying step comprises using primer sets of SEQ ID NOS: 6 and 7.
상기 증폭시키는 단계는, 서열번호 4 및 5의 프라이머 세트; 서열번호 6 및 7의 프라이머 세트; 및 서열번호 8 및 9의 프라이머 세트를 추가로 이용하는, 돼지의 고급육 생산 개체 선발 방법.12. The method of claim 11,
Wherein the amplifying comprises: primer sets of SEQ ID NOS: 4 and 5; A primer set of SEQ ID NOS: 6 and 7; And the primer set of SEQ ID NOs: 8 and 9 is further used.
상기 PCR-RFLP 분석법으로 분석한 결과 KIAA1717 유전자의 CC형, Tn1 유전자의 A allele, 또는 HIST1H1D 유전자의 AA형을 나타내는 경우 고급육 생산 개체라고 예측하는, 돼지의 고급육 생산 개체 선발 방법. 13. The method of claim 12,
As a result of the PCR-RFLP analysis, it is predicted that the CC type of KIAA1717 gene, the A allele of Tn1 gene, or the AA type of HIST1H1D gene is predicted to be a high-grade meat producing individual.
상기 육질은 사후 pH24시 또는 드립 로스(drip loss)과 관련되는, 돼지의 고급육 생산 개체 선발 방법.11. The method of claim 10,
Wherein said meat quality is associated with post-hoc pH 24 or drip loss.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020170085083A KR101890350B1 (en) | 2017-07-04 | 2017-07-04 | SNP maker for predicting meat quality of pig and use thereof |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020170085083A KR101890350B1 (en) | 2017-07-04 | 2017-07-04 | SNP maker for predicting meat quality of pig and use thereof |
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