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KR102237248B1 - 소나무 개체식별 및 집단의 유전 분석용 snp 마커 세트 및 이의 용도 - Google Patents

소나무 개체식별 및 집단의 유전 분석용 snp 마커 세트 및 이의 용도 Download PDF

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KR102237248B1
KR102237248B1 KR1020200045790A KR20200045790A KR102237248B1 KR 102237248 B1 KR102237248 B1 KR 102237248B1 KR 1020200045790 A KR1020200045790 A KR 1020200045790A KR 20200045790 A KR20200045790 A KR 20200045790A KR 102237248 B1 KR102237248 B1 KR 102237248B1
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KR
South Korea
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dna
artificial sequence
primer
specific primer
seq
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Active
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KR1020200045790A
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English (en)
Inventor
이제완
안지영
이효신
홍경낙
남문
Original Assignee
대한민국(산림청 국립산림과학원장)
주식회사 씨더스 농업회사법인
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Publication date
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Abstract

본 발명에서는 소나무 집단의 유전형 분석용 SNP 마커 세트 조성물, 상기 SNP 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 조성물, 상기 SNP 마커 세트를 포함하는 마이크로 어레이, 상기 조성물을 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 키트, 및 소나무 집단의 유전형 분석 방법이 개시된다.
본 발명에 따른 신규 SNP 마커 세트 조성물, 프로브, 및 이를 포함하는 마이크로 어레이 또는 키트를 이용하면, 대량의 소나무 집단의 유전형 분석이 용이하면서도 정확하게 수행될 수 있다. 뿐만 아니라 이와 같은 소나무 집단의 유전형 분석 결과를 이용하여 소나무의 유전변이 분석, 유전자원 평가, 개체식별, 유전체 및 분자육종 연구에 활용할 수 있다.

Description

소나무 개체식별 및 집단의 유전 분석용 SNP 마커 세트 및 이의 용도 {SNP marker set for individual identification and population genetic analysis of Pinus densiflora and their use}
본 발명은 소나무 개체식별 및 집단의 유전 분석용 SNP 마커 세트 및 이의 용도에 관한 것으로, 더 상세하게는 소나무 집단의 유전형(genotype) 분석용 SNP(single nucleotide polymorphism) 마커 세트 조성물, 상기 SNP 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 조성물, 상기 SNP 마커 세트를 포함하는 마이크로 어레이, 상기 조성물을 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 키트, 및 소나무 집단의 유전형 분석 방법에 관한 것이다.
소나무는 우리나라 사람들이 가장 좋아하는 나무로 선정하는데 주저하지 않는 중요한 임목자원 중의 하나이지만, 소나무의 생물학적, 생태적, 유전적 특성들에 관한 기초적인 정보의 확보는 미흡한 실정이다. 또한 소나무는 우리나라에 자생하고 있는 주요 경제수종 및 희귀/멸종위기 수종 중 하나로서 유전자원 탐색, 평가 및 보존사업이 필요로 한다.
최근 SSR(simple sequence repeat), RAPD(random amplified polymorphic DNAs), RFLP(restriction fragment length polymorphism), SNP(single nucleotide polymorphisms), AFLP(amplified fragment length polymorphism) 등 분자마커를 이용한 식물의 유전형 선별 기술이 대두되고 있다. 그 중에서 SNP는 여러 분자마커 중 종내 또는 개체별 유전적인 변이를 가장 잘 나타낼 수 있는 분자마커이다.
차세대 염기서열 분석 기술의 발달로 임목을 대상으로 SNP 마커 발굴 등 많은 연구가 시도되고 있다. 그 일례로서 등록특허 제1409012호는 몇몇 소나무 종(species) 구별용 SNP 프라이머 및 이를 이용한 소나무 종 구별방법을 개시하고 있다. 그러나 유전체의 규모가 크고 이형접합성이 높은 소나무의 경우, 아직 기준 염기서열이 밝혀지지 않아 소나무 집단의 유전형 분석에 활용될 수 있는 SNP 마커 세트의 개발이 어려운 상황이다.
따라서 우리나라의 소나무의 유전자원 평가, 유전체 및 분자육종 연구에 활용할 수 있도록 소나무 집단의 유전형 분석용 SNP 마커 세트의 개발이 시급히 요구되고 있는 실정이다.
이에 본 발명자들은 종래 기술에서의 요구에 부응하기 위해 지속적으로 연구한 결과, 소나무 집단의 유전형을 분석할 수 있는 SNP 마커 세트를 발굴하고, 이를 이용하여 여러 지역의 소나무 집단들에서 유전형(genotype), 유전적 유연관계 및 유전적 분화정도를 분석할 수 있음을 확인하여 본 발명을 완성하게 되었다.
따라서 본 발명의 목적은 소나무 집단의 유전형 분석용 SNP 마커 세트 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 상기 SNP 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 상기 조성물을 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 SNP 마커 세트 또는 이의 cDNA 세트를 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 마이크로 어레이를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 SNP 마커 세트를 이용하여 소나무 집단의 유전형 분석하는 방법을 제공하는 것이다.
상기 본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명의 목적은 서열번호 1 내지 96의 염기서열에 각각 포함되어 있는 다형성 폴리뉴클레오티드들 또는 이들의 상보적 다형성 폴리뉴클레오티드들을 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 SNP 마커 세트 조성물을 제공한다.
상기 SNP 마커 세트 조성물은 바람직하게는, 서열번호 1 내지 96의 염기서열에서 각각 SNP 좌위(locus)인 71번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 96종의 다형성 폴리뉴클레오티드들 또는 이들에 상보적인 96종의 다형성 폴리뉴클레오티드들을 포함한다.
상기 서열번호 1 내지 96은 각각의 SNP 부위를 포함하는 다형성 폴리뉴클레오티드이다.
본 발명에서 ‘SNP 마커’는 DNA 서열상의 단일 염기 다형성(single nucleotide polymorphism; SNP) 대립인자 염기쌍을 의미한다. 상기 SNP는 하나의 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립유전자가 존재하는 다형성 부위(polymorphic site)에서 단일 염기만이 다른 경우를 의미하는데, 이는 비교적 그 빈도가 높고 안정하며 유전체 전체에 분포되어 있어, 개체의 유전적 다양성을 발생시킨다.
본 발명에서 ‘대립유전자(allele)’는 상동염색체의 동일한 유전자 좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 의미한다. 대립유전자는 다형성을 나타내는데 사용되기도 하며, 예컨대, SNP는 두 종류의 대립인자(biallele)를 갖는다.
본 발명에서 '다형성 폴리뉴클레오티드'는 폴리뉴클레오티드 서열 중에 SNP를 나타내는 다형성 부위를 포함하는 서열을 말한다.
본 발명에서는 소나무 집단의 유전형 분석에 사용될 수 있는 96종의 SNP 마커를 발굴하였으며, 본 발명에 따른 SNP 마커들에서 상기 SNP (다형성 염기)의 정보(좌위/종류)는 표 2 ~ 표 4에 나타낸 바와 같다.
본 발명의 실시예에 의하면, 본 발명에 따른 96종의 SNP 마커를 조합하여 사용시 16 지역 유래의 소나무 집단 284 개체의 유전형을 식별할 수 있었으며, 또한 계통수를 작성할 수 있으며, 유연관계 및 유전적 분화정도를 분석할 수 있었다 (도 7a ~ 도 13).
본 발명은 또한 상기 SNP 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 조성물을 제공한다.
'SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제'란, 상기와 같은 SNP를 증폭시킬 수 있거나 상기 SNP에 특이적으로 결합하여 인식할 수 있도록 하는 제제를 의미한다. 바람직하게는 상기 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머(primer) 또는 SNP가 포함된 다형성 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브(probe)일 수 있다.
본 발명에서 프라이머는, 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머라제 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할수 있다. 이때, PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
상기 프라이머 염기서열의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 10 내지 30 뉴클레오티드이다. 상기 프라이머 염기서열은 상기 SNP 마커와 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 상기 SNP 마커와 혼성화할 정도로 충분히 상보적이어야 하고, 바람직하게는 서열번호 10 내지 30으로 구성된 폴리뉴클레오티드 서열을 포함할 수 있다.
또한 프라이머는 5' 말단에 taq 서열을 포함할 수 있으며, tag 서열은 형광표지 인자를 갖는 프로브와 결합될 수 있다.
본 발명에서 ‘프로브’란 SNP가 포함된 다형성 부위와 특이적 결합을 이룰 수 있는, 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 라벨링(labeling) 되어 있는 핵산 단편을 의미한다. 프로브는 올리고뉴클레오티드 프로브, 단일 사슬 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중 사슬 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다.
본 발명에서, SNP 마커에 결합 및 인식하는 프로브는 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드 서열에 대해 상보적인 서열을 포함하며, 이에 제한되지 않으나 DNA, RNA 또는 DNA-RNA 잡종(hybrid) 형태일 수 있다. 또한, 육안으로 인식가능하도록 하기 위해 프로브의 5' 또는 3' 말단에 형광 표지인자, 방사선 표지 인자 등을 추가로 부착할 수 있다.
본 발명은 상기 조성물을 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 키트를 제공한다.
상기 키트는 PCR 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 추가로 포함하는 키트일 수 있다. 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs, 버퍼 등을 포함할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 안내서를 추가로 포함할 수 있다.
또한 본 발명은 서열번호 1 내지 96의 염기서열 각각의 SNP 다형성 폴리뉴클레오티드, 이에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 이의 cDNA를 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 마이크로 어레이를 제공한다.
본 발명에 따른 마이크로어레이는 서열번호 1 내지 96의 염기서열에서 각각 SNP 좌위인 71번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 96종의 다형성 폴리뉴클레오티드들 또는 이들에 상보적인 96종의 다형성 폴리뉴클레오티드들, 이들에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 이들의 cDNA를 이용하여 본 분야의 당업자에게 알려져 있는 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다.
바람직하게는, 상기 다형성 폴리뉴클레오티드들은 아미노-실란, 폴리-L-라이신 또는 알데히드의 활성기가 코팅된 기판에 고정될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 바람직하게는, 상기 기판은 실리콘 웨이퍼, 유리, 석영, 금속 또는 플라스틱일 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 상기 다형성 폴리뉴클레오티드들을 기판에 고정화시키는 방법으로는 피에조일렉트릭(piezoelectric) 방식을 이용한 마이크로피펫팅(micropipetting) 법, 핀(pin) 형태의 스폿터(spotter)를 이용한 방법 등을 사용할 수 있다.
본 발명은 또한,
(a) 소나무 개체로부터 분리된 시료의 DNA로부터 상기 SNP 마커 부위를 검출 또는 증폭시키는 단계; 및 (b) 상기 (a) 단계의 검출 또는 증폭된 SNP 마커 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하는, 소나무 집단의 유전형 분석 방법을 제공한다.
상기에서 SNP 마커는 본 발명에 따른 신규한 SNP 마커를 의미한다.
본 발명의 용어 '개체'란, 유전형을 분석하고자 하는 대상인 소나무 집단의 소나무 개체를 의미하며, 상기 소나무 개체로부터 얻어진 검체를 이용하여, 상기 SNP 마커 부위의 염기를 분석함으로써 소나무 유전형을 판단할 수 있다.
상기 (a) 단계의 DNA 시료로부터 폴리뉴클레오티드를 증폭하는 단계는 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용가능하다. 예를 들면, 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻거나, 리가제 연쇄 반응(LCR), 전사증폭(transcription amplication) 및 자가유지 서열 복제 및 핵산에 근거한 서열 증폭(NASBA)이 사용될 수 있다.
바람직하게는 (a) 단계에서 검출 또는 증폭은 서열번호 97 내지 480으로 구성된 프라이머 세트를 사용하여 행하여질 수 있다.
상기 (b) 단계의 검출 또는 증폭된 SNP 마커 부위(다형성 부위)의 염기를 결정하는 단계도 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용가능하다. 그 예로는 시퀀싱 분석, 마이크로 어레이에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR, 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(DASH), PCR 연장 분석, PCR-SSCP, PCR-RFLP 분석, HRM 분석 또는 TaqMan 기법, Luna 기법, PNA 기법, Fluidigm 시스템, SNPlex 플랫폼, 미니-시퀀싱(mini-sequencing) 방법, Bio-Plex 시스템, CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium 분석법) 등을 이용하여 수행될 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다.
본 발명에 따른 신규 SNP 마커 세트 조성물, 프로브, 및 이를 포함하는 마이크로 어레이 또는 키트를 이용하면, 대량의 소나무 개체와 집단의 유전형 분석이 용이하면서도 정확하게 수행될 수 있다. 뿐만 아니라 이와 같은 소나무 집단의 유전형 분석 결과를 이용하여 소나무의 유전변이 분석, 유전자원 평가, 개체식별, 유전체 및 분자육종 연구에 활용할 수 있다.
도 1은 소나무 배유 DNA의 제한효소 처리 결과를 보여주는 사진이다.
도 2는 분석용 라이브러리의 DNA 크기 분포를 나타내는 그래프이다.
도 3은 Ion Proton 시퀀서를 이용하여 시퀀싱 분석 결과의 일례를 보여주는 사진이다.
도 4는 SNP 마커 좌위 주변 서열을 IGV 이지미를 통해 검증한 결과의 일례를 보여주는 사진이다.
도 5는 Fluidigm 장비에 사용가능한 대립유전자-특이적 프라이머 제작 과정을 보여준다.
도 6은 본 발명에 따른 96개 SNP의 염색체 별 개수와 분포를 나타낸다.
도 7a 내지 도 7f는 본 발명에 따른 96개 SNP 및 이를 포함하는 다형성 폴리뉴클레오티드들을 나타낸다.
도 8은 본 발명에 따른 96종의 프라이머 세트를 사용하여 Fuidigm 분석 결과인 산점도(scatter plot)이다.
도 9는 본 발명에 따른 SNP 마커별 프라이머 세트를 사용하여 Fluidigm 분석 결과인 산점도(scatter plot)이다 (SNP 1 ~ 10).
도 10은 본 발명의 SNP 마커 세트를 사용한 소나무 284 개체의 계통수(Phylogenetic tree) 분석결과이다.
도 11은 소집단 사이의 Pairwise FST 값을 나타낸다.
이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 구체적인 실시예를 통하여 본 발명의 구성 및 효과를 보다 상세히 설명하기로 한다. 그러나 하기 실시예는 본 발명을 보다 명확하게 이해시키기 위하여 예시한 것일 뿐이며, 본 발명의 권리범위가 하기 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.
실시예 1: 차세대 염기서열 분석를 이용한 소나무 유전체에서 SNP 정보 탐색
소나무(Pinus densiflora) 수형목 경북 4호로부터 채취된 134개 종자의 배유에서 추출된 DNA를 대상으로 PstI 제한효소와 MspI 제한효소를 처리하여 약 260~280 bp에 해당하는 분석용 라이브러리를 구축하였다 (도 1 및 도 2).
구축된 라이브러리는 Ion Proton 시퀀서(Life Technologies)를 이용하여 시퀀싱 분석을 실시하였다 (도 3). 시퀀싱 분석을 통해 생성된 염기서열 정보는 바코드 DNA 정보를 이용하여 디멀티플랙싱(demultiplexing)을 실시하여 개체별 염기서열 정보를 분리하였다. 라이브러리를 13회의 분석단위로 염기서열을 분석한 결과 총 111.4 Gbp의 염기서열을 확보하였다. 이 염기서열로부터 소나무 반수체 유전체에 분포하는 SNP 정보를 탐색하기 위하여 SNP 매트릭스를 작성하고 ‘동형/이형/기타(homozygous/heterozygous/etc.)’의 유형으로 구분하였다. 최종적으로 탐색된 SNP 마커를 이용하여 연관분석을 실시하여 상위 12개의 연관군을 형성하는 1,007개의 SNP 마커를 확보하였다.
실시예 2: SNP 선발 및 필터링(filtering)
실시예 1에서 탐색된 SNP들을 대상으로 SNP를 선발 및 필터링하였다.
총 1,007개 SNP 마커의 플랭킹 서열(Flanking sequence) 600bp를 레퍼런스에 블래스트(blast)하여 반복 영역에 위치하는 SNP 좌위 제거 (블래스트 필터기준: identity 90 이상,query coverage 50 이상)하고, PIC > 0.3인 것을 선별하여 790개의 SNP 마커를 선별한 후, 하기 표 1과 같은 기준을 적용하여 325개의 후보 SNP 마커를 선발하였다:
마커 선발 기준 선발된 SNP
Rank=1) 정방향 기준, specific-primer와 common-primer 모두에서
var<=0, gap<=0		 143 합계:
325
Rank=2) 역방향 기준, specific-primer와 common-primer 모두에서
var<=0, gap<=0		 80
Rank=3) 정방향 기준, specific-primer에서 var<=0, gap<=0 이고,
common-primer에서 var<=0, gap<=2		 18
Rank=4) 역방향 기준, specific-primer에서 var<=0, gap<=0 이고,
common-primer에서 var<=0, gap<=2		 12
Rank=5) 정방향 기준, specific-primer에서 var<=0, gap<=0 이고,
common-primer에서 var<=1, gap<=1		 39
Rank=6) 역방향 기준, specific-primer에서 var<=0, gap<=0 이고,
common-primer에서 var<=1, gap<=1		 33
선발된 325개의 후보 SNP 마커 좌위 주변 서열을 IGV 이지미를 통해 검증하였다. SNP 마커 좌 주변의 리드 맵핑(read mapping) 결과를 눈으로 확인함으로써 SNP 주변 서열에서 PCR 프로브 및 프라이머 제작에 적합하지 않는 서열이 있는지 직접 확인하여 288개의 SNP 마커 후보 세트를 선발하였고, 선발된 SNP 마커 부위의 리딩 맵핑 결과로부터 컨센서스 서열(consensus sequence)를 추출하였다(도 4).
선발된 SNP 마커 후보 세트는 Fluidigm 장비에 사용가능한 지노타입핑 프라이머로 디자인하였다. SNP 지노타입핑 마커는 대립유전자-특이적 프라이머(allele specific primer; ASP) 방식으로 제작하였으며, 각각의 SNP 타입별 2개의 ASP(allele specific primer) 프라이머, 1개의 LSP(locus specific primer) 프라이머, 1개의 STA(specific target amplification primer) 프라이머로 각각 디자인하였다. LSP 프라이머는 지노타입핑 단계 이전에 pre-amplification 단계에 사용하는 프라이머로 시료 DNA 영역 부위를 증폭한 이후 지노타입핑 단계로 들어감으로써 지노타입핑에 좀 더 구분 능력을 높일 수 있다 (도 5).
288개의 SNP 마커를 이용하여 제작된 Fluidigm 장비용 ASP(allele specific primer) 세트를 이용하여 다수 집단의 소나무 300 개체의 소나무 gDNA 샘플을 랜덤하게 선발하여 이를 대상으로 Fluidigm 장비로 지노타입핑을 진행하여, 유전형 분석에 유용할 것으로 판단되는 기준 (Call rate 90% 이상, 지노타이핑 결과 XX/XY/YY 중 두가지 타입 이상으로 나타날 것, Clustering이 상대적으로 잘된 것, 염색체 12개 내에 고루 분포해 있을 것)에 부합한 96개의 SNP 마커 세트를 최종적으로 선발하였고, 그 결과를 표 2~표 4 및 도 6에 나타냈다.
서열번호 SNP NAME SNP 좌위 Allele X Allele Y
1 APFE020521922.1_501210 서열번호 1의 71번째 염기 A G
2 APFE020524656.1_78186 서열번호 2의 71번째 염기 G C
3 APFE020520264.1_59742 서열번호 3의 71번째 염기 G T
4 APFE020521515.1_72067 서열번호 4의 71번째 염기 G T
5 APFE020521936.1_100644 서열번호 5의 71번째 염기 C T
6 APFE020522283.1_3909 서열번호 6의 71번째 염기 C T
7 APFE020541901.1_40076 서열번호 7의 71번째 염기 G T
8 APFE020518605.1_28151 서열번호 8의 71번째 염기 G C
9 APFE020520334.1_163930 서열번호 9의 71번째 염기 A C
10 APFE020521203.1_22297 서열번호 10의 71번째 염기 G C
11 APFE020521550.1_401108 서열번호 11의 71번째 염기 C T
12 APFE020521941.1_752717 서열번호 12의 71번째 염기 G T
13 APFE020541901.1_40099 서열번호 13의 71번째 염기 A G
14 APFE020519813.1_287558 서열번호 14의 71번째 염기 G C
15 APFE020523277.1_335426 서열번호 15의 71번째 염기 C T
16 APFE020524133.1_1249 서열번호 16의 71번째 염기 C T
17 APFE020505462.1_43239 서열번호 17의 71번째 염기 C T
18 APFE020519819.1_704971 서열번호 18의 71번째 염기 A T
19 APFE020520465.1_43219 서열번호 19의 71번째 염기 A C
20 APFE020522523.1_33954 서열번호 20의 71번째 염기 C T
21 APFE020518847.1_91726 서열번호 21의 71번째 염기 G T
22 APFE020524364.1_304073 서열번호 22의 71번째 염기 G C
23 APFE020518409.1_69054 서열번호 23의 71번째 염기 A C
24 APFE020519048.1_127081 서열번호 24의 71번째 염기 A G
25 APFE020520121.1_448877 서열번호 25의 71번째 염기 A C
26 APFE020521905.1_45302 서열번호 26의 71번째 염기 G C
27 APFE020522610.1_38876 서열번호 27의 71번째 염기 G T
28 APFE020523349.1_439158 서열번호 28의 71번째 염기 A T
29 APFE020520809.1_160617 서열번호 29의 71번째 염기 A G
30 APFE020521915.1_3480 서열번호 30의 71번째 염기 G T
31 APFE020522182.1_335997 서열번호 31의 71번째 염기 A T
32 APFE020524535.1_273780 서열번호 32의 71번째 염기 A T
서열번호 SNP NAME SNP 좌위 Allele X Allele Y
33 APFE020541176.1_248238 서열번호 33의 71번째 염기 C T
34 APFE020546773.1_85671 서열번호 34의 71번째 염기 A G
35 APFE020546889.1_88402 서열번호 35의 71번째 염기 A C
36 APFE020575505.1_27499 서열번호 36의 71번째 염기 A G
37 APFE020576407.1_223133 서열번호 37의 71번째 염기 C T
38 APFE020577424.1_1003388 서열번호 38의 71번째 염기 C T
39 APFE020578244.1_66851 서열번호 39의 71번째 염기 A G
40 APFE020579192.1_275513 서열번호 40의 71번째 염기 C T
41 APFE020579648.1_114435 서열번호 41의 71번째 염기 A G
42 APFE020580004.1_722382 서열번호 42의 71번째 염기 A T
43 APFE020581588.1_173442 서열번호 43의 71번째 염기 C T
44 APFE026159731.1_9719 서열번호 44의 71번째 염기 C T
45 APFE020546899.1_177093 서열번호 45의 71번째 염기 C T
46 APFE020557882.1_718 서열번호 46의 71번째 염기 C T
47 APFE020576650.1_1002876 서열번호 47의 71번째 염기 C T
48 APFE020577651.1_889384 서열번호 48의 71번째 염기 A G
49 APFE020578401.1_157346 서열번호 49의 71번째 염기 C T
50 APFE020580004.1_722448 서열번호 50의 71번째 염기 G C
51 APFE020580871.1_160655 서열번호 51의 71번째 염기 A T
52 APFE020581719.1_112228 서열번호 52의 71번째 염기 A C
53 APFE026164836.1_20647 서열번호 53의 71번째 염기 A G
54 APFE020557973.1_61109 서열번호 54의 71번째 염기 A C
55 APFE020575580.1_114286 서열번호 55의 71번째 염기 A C
56 APFE020576840.1_19332 서열번호 56의 71번째 염기 A G
57 APFE020577736.1_89272 서열번호 57의 71번째 염기 A G
58 APFE020579671.1_545466 서열번호 58의 71번째 염기 G C
59 APFE020580953.1_36826 서열번호 59의 71번째 염기 A C
60 APFE020582040.1_239411 서열번호 60의 71번째 염기 G T
61 APFE020574434.1_39918 서열번호 61의 71번째 염기 G T
62 APFE020575632.1_39655 서열번호 62의 71번째 염기 G T
63 APFE020576929.1_4369 서열번호 63의 71번째 염기 G T
64 APFE020579437.1_329783 서열번호 64의 71번째 염기 C T
서열번호 SNP NAME SNP 좌위 Allele X Allele Y
65 APFE020581227.1_172900 서열번호 65의 71번째 염기 G C
66 APFE020582444.1_312443 서열번호 66의 71번째 염기 A G
67 APFE020551801.1_21920 서열번호 67의 71번째 염기 C T
68 APFE020575281.1_87506 서열번호 68의 71번째 염기 A G
69 APFE020575998.1_69394 서열번호 69의 71번째 염기 G T
70 APFE020578042.1_81025 서열번호 70의 71번째 염기 A G
71 APFE020578716.1_626668 서열번호 71의 71번째 염기 C T
72 APFE020580284.1_88583 서열번호 72의 71번째 염기 A G
73 APFE020581295.1_171651 서열번호 73의 71번째 염기 A G
74 APFE020582495.1_379263 서열번호 74의 71번째 염기 C T
75 APFE020551965.1_19394 서열번호 75의 71번째 염기 C T
76 APFE020578157.1_15619 서열번호 76의 71번째 염기 A G
77 APFE020579492.1_9005 서열번호 77의 71번째 염기 G T
78 APFE020579761.1_109506 서열번호 78의 71번째 염기 A C
79 APFE020580320.1_112610 서열번호 79의 71번째 염기 C T
80 APFE020581399.1_178731 서열번호 80의 71번째 염기 C T
81 APFE026156888.1_18448 서열번호 81의 71번째 염기 G T
82 APFE020555798.1_37734 서열번호 82의 71번째 염기 A G
83 APFE020575415.1_94547 서열번호 83의 71번째 염기 G C
84 APFE020576204.1_200404 서열번호 84의 71번째 염기 A G
85 APFE020577091.1_163611 서열번호 85의 71번째 염기 A G
86 APFE020578163.1_331764 서열번호 86의 71번째 염기 C T
87 APFE020578875.1_116388 서열번호 87의 71번째 염기 C T
88 APFE020579801.1_352979 서열번호 88의 71번째 염기 C T
89 APFE020580388.1_76323 서열번호 89의 71번째 염기 A G
90 APFE020581442.1_21489 서열번호 90의 71번째 염기 C T
91 APFE026181342.1_56245 서열번호 91의 71번째 염기 A C
92 APFE020556295.1_32956 서열번호 92의 71번째 염기 A C
93 APFE020578882.1_97200 서열번호 93의 71번째 염기 A G
94 APFE020580796.1_359907 서열번호 94의 71번째 염기 A C
95 APFE020581456.1_49365 서열번호 95의 71번째 염기 A G
96 APFE026181921.1_12112 서열번호 96의 71번째 염기 C T
96개 SNP 영역을 PCR 분석하였고 각각의 SNP를 포함하는 다형성 폴리뉴클레오티드들의 염기서열을 서열번호 1 내지 96 및 및 도 7a ~ 도 7f에 나타내었다.
실시예 3: Fluidigm 시스템 분석을 통한 SNP 검정
Fluidium 장비를 사용하고 실시예 2에서와 같이 선발된 96개의 SNP 마커 세트를 이용하여 소나무 집단의 유전형을 분석하기 위하여, 각 SNP 부위별(다양성 부위별) 특이적 4종의 프라이머 즉, 2종의 ASP(Allele specific primer), 1종의 LSP(locus specific primer), 1종의 STA(specific target amplification) 프라이머로 각각 제작하였다 (표 5). 상기 프라이머 중, 2종의 ASP는 동일한 염기서열 좌의 SNP 부위에 결합할 수 있도록 디자인되었으며, 프라이머의 5' 말단에는 형광물질로 표지된 프로브와 결합할 수 있는 taq 서열을 포함하고 있다. Tag 서열은 PCR 과정에서 첨가되는 형광물질인 FAM 및 HEX로 표지된 프로브에 상보적으로 결합할 수 있는 부위이다. STA 프라이머는 PCR 반응 이전에 주형 DNA의 양을 증폭하기 위해서 사용하는 pre-amplification 반응을 위한 프라이머로 최종 결과에서 좀 더 분명한 형광 시그널을 볼 수 있도록 역할을 한다.
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P 번호		 ASP1_primer 서열번호 ASP2_primer 서열번호 LSP_primer 서열번호 STA_primer 서열번호
1 CATTGATCTCATTCAAAGGTATGT 97 CATTGATCTCATTCAAAGGTATGC 98 AAATTTTCTGCAGCAGAAGAAATTTA 99 TCCACAAGTTTGAAGGTGTCC 100
2 GCAAGTCCACTTCAAAAGTTGTCTC 101 GCAAGTCCACTTCAAAAGTTGTCTG 102 GATTTGCTTGACCTACTTGCAAGA 103 AGACTTTCTATTGCAAGTCCACT 104
3 CTTAAAACACCCAAAACATTCAGCG 105 ACTTAAAACACCCAAAACATTCAGCT 106 CCCCGCCCCGTGTACAAA 107 TGTTTCCATACTCTGCAGCTCT 108
4 ACTGGGATGGGGTTCATCTG 109 AACTGGGATGGGGTTCATCTT 110 GGCTATCTTGCCGTAAGCCG 111 GGTTTCATGTGCAAATCCTCAAC 112
5 TGGTTCATTTCCTAGGCCACG 113 TGGTTCATTTCCTAGGCCACA 114 GAGCGCATCAACACGTCCA 115 CTAGGAGTAAAACTAAATCTTAACCAGGTG 116
6 AGGATTTCATACTTTTGACAAAATATAC 117 AGGATTTCATACTTTTGACAAAATATAt 118 AGACTTGTCTAGCCATTATTTCAA 119 CCAAACATGGCATATAAAACCC 120
7 CAAAGGATGGCTATTGTTGGTTC 121 CAAAGGATGGCTATTGTTGGTTA 122 CTGCAGCGCTTCAAGTCTCAA 123 TAAAATAAGTTATACACATTTATTGCCTTAGTTAATAGAG 124
8 CGACTGGTAGAGTCCCCGAG 125 GACTGGTAGAGTCCCCGAC 126 GCCAAGCTCGGATACCTGGA 127 GGCTCGCAGTTCGCTTAA 128
9 CACCTGGAAAACCAGAACATTGATA 129 CACCTGGAAAACCAGAACATTGATC 130 CGCTACTGAAGGGAGACTGGT 131 CGAAAAGCCCCAGCAGC 132
10 GTGATGACTCCATATCCGATACCG 133 GTGATGACTCCATATCCGATACCC 134 CTCCCAAGGTGTCCGAGAGT 135 TGTTGCCGGGGCTCAT 136
11 GATCCAGAATCGAGACCCCG 137 AGATCCAGAATCGAGACCCCA 138 CGATCTTTTGGTGCTGCACAGT 139 CTGAAACGCGGATCTGCA 140
12 CAGTGAGGAAGCTGAATTCAACC 141 ACAGTGAGGAAGCTGAATTCAACA 142 TGCAGTTTTCTTGAGACCGGGA 143 ATCCTTGAACGTTGATGAGATGAC 144
13 AACCAACAATAGCCATCCTTTGA 145 AACCAACAATAGCCATCCTTTGG 146 TAAAATAAGTTATACACATTTATTGCCTTAGTTAATAGAG 147 CTTCAAGTCTCAAAAGCATTTACACTAAAAT 148
14 CAGTTCTAGAAACCTTTGAAACATATCAATATCG 149 CAGTTCTAGAAACCTTTGAAACATATCAATATCC 150 TGTCGGACATTGTAAGCAGTGTGA 151 GTGACAACTAAGCCTGCAGT 152
15 GGTGGCCTAGATGGAGGAG 153 AGGTGGCCTAGATGGAGGAA 154 GGCACAACTGCATACACACCA 155 AGCTGCAGGGTGCTGA 156
16 GATGTCCAGTTTCTTGCACAGG 157 TGATGTCCAGTTTCTTGCACAGA 158 ACCCTGCAGCCTCATCCA 159 TGTTGTTTCTGCAGCCACTG 160
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P 번호		 ASP1_primer 서열번호 ASP2_primer 서열번호 LSP_primer 서열번호 STA_primer 서열번호
17 CAAATGAGAAAAAAAATGCAATc 161 CAAATGAGAAAAAAAATGCAATt 162 TTTTGTCTATGTCCTGAATGATGA 163 GCTTTGCCCTCTAAAAACATTC 164
18 CCAATTGAGTCCAGGCATTCCT 165 CCAATTGAGTCCAGGCATTCCA 166 CGTTATATGAGGCACTTCAAATTCAACTGT 167 GCCCAATAACATTGTTTTCTTCCAC 168
19 GAAACGACCCAGGATCCCAA 169 AAACGACCCAGGATCCCAC 170 TGGCGGAGGATTTGGCTTCT 171 CGAGCACTGATGTCCAAAGAG 172
20 GGCAATAGTTTGAGCAGAACTTCC 173 GGCAATAGTTTGAGCAGAACTTCT 174 CCCAGAAAATATGCTAAAGGCTGCAA 175 AGCTGAAATTTCAGAGCATTCCG 176
21 GTTGATCTCTGCATTCAGAATGGC 177 TGTTGATCTCTGCATTCAGAATGGA 178 CTTGGCAGCCTGCCTCC 179 TGGATTTCATCATGTGCATTCTGT 180
22 GTTTGAACGGAATTCTTCTGGGG 181 GTTTGAACGGAATTCTTCTGGGC 182 GCCTCCTGCTGCTGCC 183 AGCAGCAGACTGTTTGAACG 184
23 CTTAGCATTCACATTTACATCAAATCAAACAA 185 CTTAGCATTCACATTTACATCAAATCAAACAC 186 TCTGATTAAAAGAGTAAGAATGAAAAGCCTGGA 187 AACAGTTAAATTGAACTTAGCATTCACA 188
24 AGATGAGGATTTAATTCTTCAGCAAATTGAA 189 AGATGAGGATTTAATTCTTCAGCAAATTGAG 190 AAGATAAATTTGCTGAAGCTTTGCTAGTGTC 191 GGGACAACCAGTTCTGCA 192
25 CAGTAGCAATAGTTGCATACAAAt 193 CAGTAGCAATAGTTGCATACAAAg 194 TCCATATCAAACCATATTTAAACTCG 195 GACTCCAGAAAAATGGTCCAA 196
26 TCAGAAAGCACTTGTGGGTAAGAG 197 CAGAAAGCACTTGTGGGTAAGAC 198 CTTTCCCTTCCGGTGTGCC 199 GGTGTCTCCTGCAGAGCTT 200
27 TGTGAAATCGATACATTACAGAGTTACGAG 201 TGTGAAATCGATACATTACAGAGTTACGAT 202 CATCCTCGCGCCCCG 203 CTGGCTTCAATGCTGAGGT 204
28 CAATCAGCTCCTAACAAAAAACAAGAAAAAA 205 CAATCAGCTCCTAACAAAAAACAAGAAAAAT 206 GGGATAAGACATCAATGCTCTTACAAACAT 207 TCCTTTGATTTTCCTTTACCGGC 208
29 GGATATACTCCATTTTCTGTTGCTGAA 209 GGATATACTCCATTTTCTGTTGCTGAG 210 CCGGCAGAGACAAAAGAAACCA 211 ATGATTTTGTTCTCCGCGGATATAC 212
30 CCAGCTACTCTTTATTTGCAAGg 213 CCAGCTACTCTTTATTTGCAAGt 214 GCTTACCCTGCAGCAATTTT 215 AAAAGAATAAATAAAATGAAATCCCG 216
31 CTGCAGGGAGTGAGATGTATTTTATAATTT 217 CCTGCAGGGAGTGAGATGTATTTTATAATTA 218 AACGCCGGGTTCTTTGAACTTTC 219 ATGCTCCTGCAGGGAGT 220
32 CCCACTTCCTGCAGTGCT 221 CCCACTTCCTGCAGTGCA 222 GCCCATTATGGTTGCCTGCC 223 CCAGGACTTGCAGAGGGA 224
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P 번호		 ASP1_primer 서열번호 ASP2_primer 서열번호 LSP_primer 서열번호 STA_primer 서열번호
33 CGAACCCGAGCGCCATC 225 CGAACCCGAGCGCCATT 226 TCTGTGCCAACCACGTACGA 227 TCCATCCACCAGGACTCG 228
34 GATGGAGCAACTAAATCAAAGAAA 229 GATGGAGCAACTAAATCAAAGAAg 230 TTCAAGGAATTGTGACGTGG 231 GGTCGTAAGAAGCAGCATCA 232
35 AGCATCTTTCCTTATGAATTCCCTGT 233 GCATCTTTCCTTATGAATTCCCTGG 234 CCCTTCTCCGGGTAAGAATGGT 235 CTTTCAATTGACATTCCTTTGCCA 236
36 CTAGTCTTCTCTGTGACCAAGCTT 237 CTAGTCTTCTCTGTGACCAAGCTC 238 ACCTTATGACAGTTTGCACTACATCTTGA 239 AGGAACATTACACTTTGGCTTATTTACT 240
37 ATTTCTCTAGTATTCTCAGAGTCATAGAAACG 241 CATTTCTCTAGTATTCTCAGAGTCATAGAAACA 242 GCTATTCTATCTACTTGATTTGGCCCTGT 243 GTTTCATTTCTCTAGTATTCTCAGAGTCA 244
38 GGATGGAGAAATCACAATCTTTGCAG 245 GGATGGAGAAATCACAATCTTTGCAA 246 AACCCTAGAAACCAGGCCGT 247 CGTGTCTTGTAGTCAATTTGTTTGC 248
39 CCTGCAGACTTACAATTGCATTCAT 249 CCTGCAGACTTACAATTGCATTCAC 250 GGTAATTCACAGACCCAATTTGCGT 251 GGAGTACCAGTATCCGAGCC 252
40 GGCTTGTGAAAACAGGGTGC 253 GGCTTGTGAAAACAGGGTGT 254 GATTAACGGTGCCGTCGCTT 255 GTGTCCGGTTGCTCTGTTG 256
41 CTTCTGCAGTAAACTTCTGCACTT 257 CTTCTGCAGTAAACTTCTGCACTC 258 TGTAATGTTTCCTTGGTCCGGTCA 259 AGGCCCTGAACTGTCTAGC 260
42 ATCCCATCTCTTTGGCCTTACAA 261 ATCCCATCTCTTTGGCCTTACAT 262 TTGGACAAGAGGACTGCCAGAA 263 GGAACTTAATGACCGGCAAAAGA 264
43 GCAGGGAGTGTCACTCTGc 265 GCAGGGAGTGTCACTCTGt 266 TGATCTGCAGCAAGTCCTTT 267 TGCAAGTAAGATATATAGACTACACCC 268
44 GCAAAATCACTGCAATGCAAAATGG 269 GCAAAATCACTGCAATGCAAAATGA 270 GGGAAACTGCAGAGATGCACA 271 TGCAAAATCACTGCAATGCAAAA 272
45 AAGGCACCACTACCTGTCG 273 CAAGGCACCACTACCTGTCA 274 CACGTCCCAACCCCGC 275 CATGGGATATGGCCACGAG 276
46 TGCAACAGAGACGGGAGATG 277 GTGCAACAGAGACGGGAGATA 278 CGGGTGTTCCGGCCTAAAG 279 GCCTGTGCATTGTGCAAC 280
47 CTCTCTGGTCTCCATACCTCAATC 281 CTCTCTGGTCTCCATACCTCAATT 282 GTTGCAAGAAGGTGACCTCACA 283 CAACTGCAAGAGGAAGGTAACT 284
48 GAATTCTCTGGATCAAGTAACTCTAACT 285 GAATTCTCTGGATCAAGTAACTCTAACC 286 TGGCCTGCAGTTTAGTCAGTGA 287 ATTATTTAAACTTTTTTGACCGAAGCAGAA 288
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P 번호		 ASP1_primer 서열번호 ASP2_primer 서열번호 LSP_primer 서열번호 STA_primer 서열번호
49 ACCTCTCGTGTTTCCATGTCG 289 ACCTCTCGTGTTTCCATGTCA 290 CCTTCGTCTGAGTCTGGAGCA 291 CTGTCGCTTCACCTCTCG 292
50 TGGCATACATTCTGTGGCTCTAG 293 TGGCATACATTCTGTGGCTCTAC 294 TCCCACCTCAGTTAGAACACT 295 GTCCTCTTGTCCAACATGCTT 296
51 CCATGCAATGTACTGCAACCT 297 CCATGCAATGTACTGCAACCA 298 TCTGGCTCCCTGTTAACGTCC 299 TGAATGAGCATATTACGTGCATGG 300
52 GTCCAGTTACCTCCTAAATCAGATTTCTAT 301 GTCCAGTTACCTCCTAAATCAGATTTCTAG 302 ACTTCCTAGGGGCCTTTACAAACAAT 303 ACAGAAGGTTAGACATGTCCAGT 304
53 ACAGCAAAAGTAATATTGTAAAATGa 305 ACAGCAAAAGTAATATTGTAAAATGg 306 TCCGGATTCTGTCGAATGAT 307 TGGGTACCTGCAGTTCCAAG 308
54 CCGGCTCATTGTAAAGGTATTTCAGA 309 CGGCTCATTGTAAAGGTATTTCAGC 310 GCCTAAAAATATGCAAATGAAGTGTGGC 311 CGGTGTTTTGAGGTGCCC 312
55 GAAAAGACATAAAAGCATCGTCGGA 313 AAAAGACATAAAAGCATCGTCGGC 314 GTATCTGCCGTACCGATTCAGT 315 GGCTGGGCAGAGTGAAA 316
56 CATAATACTTTGAGGTTTTAACTCTGCACA 317 CATAATACTTTGAGGTTTTAACTCTGCACG 318 CTGCAGATTTTGGAGGTGTTTTCTCT 319 CCAGAAACAACTGTATCTGCTACTC 320
57 CACCACCTCCACCGTCATT 321 CACCACCTCCACCGTCATC 322 AGGTAAATGAAAGGCTGGGG 323 CCAAATTGCTGGACGACACAT 324
58 TAAGAGGTCGGGGAAGAGTg 325 TAAGAGGTCGGGGAAGAGTc 326 GCAGACTCTGGGCGTACAAT 327 AGATGACTGCTCCGCACTG 328
59 ACAGTAATGCGAAGGCTGCATA 329 CAGTAATGCGAAGGCTGCATC 330 CAGTGAAATATGAGGTCACTTTTGACCAT 331 GTTCCAGGCTTGATTGTCTTCAA 332
60 GCACAAACCAGCAGAATCTTCTAG 333 GCACAAACCAGCAGAATCTTCTAT 334 CATTAATTCAGATGCATCCAACTGAAGC 335 GAGAGGACATCCCTTTGAGAAATG 336
61 ACTTGCACAAAAGAAGGGAAAACG 337 CATACTTGCACAAAAGAAGGGAAAACT 338 CCATAAGGTTATAAATATTCCTTAAAAGTAACTTGGCCT 339 GGGAAGCCATACTTGCACA 340
62 TCAATATATCATGGATAGTGGCACAGC 341 GTCAATATATCATGGATAGTGGCACAGA 342 CCCAGCTTCCTCTGTATGGATCAATT 343 GCACCAAGTGCTGCAGG 344
63 ATTTTCTCCCAGACCCAGTCC 345 CATTTTCTCCCAGACCCAGTCA 346 GGCTCAGCGCAGTCAGC 347 TACTGAATTGGAAGCATTTTCTCC 348
64 AATTTTTACAACCCTACAGGACTAATTATTGAC 349 GAATTTTTACAACCCTACAGGACTAATTATTGAT 350 GGGCACTGAATTATTTGTATACTTCGTAATAACC 351 GCAATCAGCTAGGGTTGTGAA 352
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P 번호		 ASP1_primer 서열번호 ASP2_primer 서열번호 LSP_primer 서열번호 STA_primer 서열번호
65 GCACAGCAGGGAGAACATC 353 GCACAGCAGGGAGAACATG 354 TTGTTGCTTCATGGCTATGGT 355 AGCAATCAACATGGCGGAG 356
66 ACTACTGCTGTCTGATAAAGAAGCA 357 ACTACTGCTGTCTGATAAAGAAGCG 358 CATGGCAGTCCAAGAATGGCATC 359 GCTCTGGGACTGCTTCCA 360
67 CTCAGAGCCATGCATATTTCTTAGAATTC 361 CTCAGAGCCATGCATATTTCTTAGAATTT 362 ACAGGGGCTGCGTTTAGCTAT 363 ACGCTCTGCAGGTTGGT 364
68 CAGGAGACACCAATCCCCTAA 365 CAGGAGACACCAATCCCCTAG 366 GCAACTTGAAAACGTAGGTCAGTGC 367 TTTTGTAGACACTGACCTACAGGA 368
69 TGATGGTTCGTTACAGAAGGCg 369 TGATGGTTCGTTACAGAAGGCt 370 TCCTCATCAAATGCAGACCA 371 CATGGTGGTTGGTGTCAAAG 372
70 GGCAGATTAATGGCCTAGATTTGGAT 373 GCAGATTAATGGCCTAGATTTGGAC 374 ACCTAAACCTAAATCTAAACCTAAATCCAAATCCA 375 GGGCGCTCTATGGAAAGAATT 376
71 AGGAAAGCTTGACTAGCTGCG 377 AGGAAAGCTTGACTAGCTGCA 378 CACTGCATTGTCTCCTGTCCA 379 GTTGGCTGCACATGGAAG 380
72 AGCCATTAACAGACTGAAGACAAAGA 381 GCCATTAACAGACTGAAGACAAAGG 382 GCGCACTGTCCGCAGA 383 TGTATAGGAATGCAATATCTTGAAGC 384
73 GAACACCTTGAAGCTGGCAAAA 385 AACACCTTGAAGCTGGCAAAG 386 TTGCTTCAATCTCGTTTTCTATTTTTGCCT 387 AAAGTTTGAACACCTTGAAGCTG 388
74 TCATTTCTGGCAGGCTGTACC 389 ATCATTTCTGGCAGGCTGTACT 390 TCAAAGTGCCCAGAAATTCTCT 391 TCTTTTGACTGTGATTTTTGTGGGA 392
75 CTGCAACCAACTTGTCCCAC 393 TCTGCAACCAACTTGTCCCAT 394 ACGGGATGGGAAACAGTGCA 395 CGTCAACAACCTCCTTGTACT 396
76 CTTCCGCCCTCCACGA 397 CTTCCGCCCTCCACGG 398 TCCCAATAAAACGCTGTTTACTGTACGA 399 ACCGGTTTCCCTCGGTC 400
77 TGTTATTATAACTCTCCGGCGTCAC 401 TTGTTATTATAACTCTCCGGCGTCAA 402 GCTATATCATCCACACCTTTCTCC 403 CTCTGTGAAAGCCCGAAGTT 404
78 CATCAGTTTAACTAGCATGCATGCAA 405 ATCAGTTTAACTAGCATGCATGCAC 406 GCTGCAAACACTACTGCAGTTATAGG 407 ACTGATACCCAAATATCAATCAATCTTCA 408
79 TCCCAAGTTCAAGAGATGATACCTTG 409 GATCCCAAGTTCAAGAGATGATACCTTA 410 ACAGCACTTTATGTGTTCTGCAGC 411 GGCATCAGCCAAAGATGAGA 412
80 GCTTAGATTGTTTTATTTCTTCCAAGGTTCTAATAG 413 GCTTAGATTGTTTTATTTCTTCCAAGGTTCTAATAA 414 AGATCAAATCTCTGAAATTTGCATTTCT 415 CATGTTTTCAAGATTCTGCAGCTTA 416
S
N
P 번호		 ASP1_primer 서열번호 ASP2_primer 서열번호 LSP_primer 서열번호 STA_primer 서열번호
81 CCCATCATTCTATAAATTCAGGACACTCC 417 CCCATCATTCTATAAATTCAGGACACTCA 418 GCAGTGACTGATATCAGACTTGGT 419 ATAAACAATTTAACCCCACCCATCA 420
82 CTTTCACCCTCATAAAATGCCCTT 421 CTTTCACCCTCATAAAATGCCCTC 422 TTGGGGCGTCTCCGACAT 423 ATAGGCCAACAACTTTTCTCCTC 424
83 ACATCAAGATTATGAAAGATCTTCCTAGAGG 425 ACATCAAGATTATGAAAGATCTTCCTAGAGC 426 CCTTGCTGGGCAGATTGAGAT 427 ACCTGCAGAACCAAACTTTACAC 428
84 GGACTGCAGCTTTTGCAAGT 429 GGACTGCAGCTTTTGCAAGC 430 GGCCCATGTGTGAACTACCCT 431 GCCAATTTCTTTCAGATCAGGGA 432
85 CGTTCCAATGGAATGTAGGCATAGAT 433 GTTCCAATGGAATGTAGGCATAGAC 434 CTATACAGGTTTTGCTGCAGGG 435 GGGTAGCAGCGACCCG 436
86 ACCTTCGGCCAGCCC 437 CACCTTCGGCCAGCCT 438 GGATCAGGCCCCATGTCTGT 439 AGGTAATGGCTAGCCTTTTCTCA 440
87 TTCAAATGCGACATGCTTATGGG 441 ATTTTCAAATGCGACATGCTTATGGA 442 ACTTGGAATAGCTGCAGGCCA 443 TAATTTTCAAATGCGACATGCTTATG 444
88 GAGCCTCTGCAGAGAGCg 445 GAGCCTCTGCAGAGAGCa 446 CCAAAATCTTGGACTGGGC 447 GTCAGGTTCCCAACCGAGT 448
89 GGGTTTGAAAGCTTGCTGTAATTTGT 449 GGTTTGAAAGCTTGCTGTAATTTGC 450 CTGCAGAGGGACAACCAACAAA 451 AGGTTTGATACATGGGGTATCTCT 452
90 CCTTCCCACCCAGAATGTAGAAC 453 CCTTCCCACCCAGAATGTAGAAT 454 TGCAAGCTCATTGCAGTGGC 455 AACCGTTGAACGCACACC 456
91 CCCTGTTCCTAAAAATCCCTCAGA 457 CCTGTTCCTAAAAATCCCTCAGC 458 ATGGGCATTCTATCTTATGGAAGGA 459 GTGACCACATACTACAAGGAGC 460
92 GCCTAGTAACCAGCCCTTCTAGT 461 CCTAGTAACCAGCCCTTCTAGG 462 CTGGCTGTTTTTCCTGTGGGT 463 TGGACCAGGCAAGTCTGA 464
93 TGGGCGATTATCTACCAAACTTGT 465 GGGCGATTATCTACCAAACTTGC 466 TGGACCATCTTACTCGTGCAAAGATT 467 TCCCTGTGACTGCAGCT 468
94 GCATGAGTCTGATGTTTTCTTCTTGAAAATAT 469 GCATGAGTCTGATGTTTTCTTCTTGAAAATAG 470 GCCTGCATTCTGCTGCAGAAA 471 TCTGAGACAGTTTGACATATGCATG 472
95 TTAAACTGCAGCGGCTATACTGTA 473 ACTGCAGCGGCTATACTGTG 474 AAGGTTTCCGTGGGGATCGT 475 CCGTTAACAGTTTGGAAGAAATCAC 476
96 TCTTGCCTCGTGCTCCTG 477 CATCTTGCCTCGTGCTCCTA 478 ACGGGAAAGGTGCGCAAATG 479 GTCCGGCATTGTCTTACACG 480
제작된 총 96 세트 (서열번호 97~480)의 프라이머들을 사용하여 표 11의 190개 소나무 샘플을 2개의 96×plate 2개로 나누어 Fluidigm 분석을 수행하였다. 구체적으로는 산점도(scatter plot)을 더 확실하게 클러스터링(clustering)하기 위해 PCR cycle 기존 38에 10을 추가하였고 Fuidigm 장비를 사용하여 소나무 지노타입핑 실험을 진행할 때에 좀 더 명확한 지노타입 핑 결과를 얻기 위해 일부 PCR 조건을 최적화 (Hot start; 95℃-5m, Denature; 95℃-15s, Annealing; 64~61℃(touch down 1cycle)& 65℃-45s, Extension; 72℃-15s, Cooling; 25℃- 10s, 35 cycle)시켰다. 그 결과를 도 8 및 도 9에 나타냈다.
소나무 개체 정보 (upper)1st plate (lower) 2nd plate
Figure 112020039095697-pat00001
Figure 112020039095697-pat00002
도 8 및 도 9에 나타낸 바와 같이, 190개체에서 96종의 SNP에 대하여 X/X 유전자형(Homo), X/Y 유전자형(Hetero) 및 Y/Y(Homo) 유전자형이 뚜렷하게 구별되어 유전자형의 구분이 가능한 마커로 최종 선발하였다. 기본적으로 FAM-표지된 프로브는 빨간색 점(spot)을 확인할 수 있고 HEX-표지된 프로브는 초록색 점을 확인할 수 있으며 두 개의 형광염료(dye)가 모두 결합한 헤테로 타입의 유전자형은 파란색 점으로 확인할 수 있다. 선발된 96개 세트의 마커로 190개체를 검정한 결과, X/X 유전자형, X/Y 유전자형 및 Y/Y 유전자형으로 뚜렷이 구분되었다. 지역별 소나무 집단 간의 차등 없이 96개 마커 세트로 유전자형이 분석가능함에 따라 마커 선발이 적절하였음을 알 수 있다.
실시예 4: 소나무 집단의 계통수(Phylogenetic tree) 구축 및 개체식별
16개 지역 [AK(안강), AMD(안면도), BA(부안), GA(관악), GDD(가덕도), GH(고흥), GHW(강화), GS(괴산), HLS(한라산), IJ(인제), ODS1(오대산1), ODS2(오대산2), RSA(러시아), SC(삼척), WJ(울진), YP(양평)]으로부터의 소나무 집단의 284개 개체의 샘플에 대하여 본 발명에 따른 총 96종의 프라이머 세트를 사용하여 지노타이핑한 결과를 이용하여 본 발명에 따른 96종의 SNP 마커에 대한 계통수(Phylogenetic tree)를 Mega X 프로그램을 이용하여 Neighbor-Joining 법으로 제작하여 그 결과를 도 10에 나타냈다.
도 10에 나타낸 바와 같이, 16개 지역 유래의 소나무 집단의 유전형이 모두 구분되었고, 대립유전자의 빈도를 이용하여 산출된 각 개체의 유전형 확률은 평균 3.1x10-21 으로 극히 낮은 값을 나타내었다. 즉, 각 개체는 매우 높은 확률로 고유한 유전형으로 식별될 수 있다는 것을 의미한다.
실시예 5: 유전다양성 분석
16개 지역으로부터의 각각의 소집단에 대하여 GenAlEx 프로그램을 통해 Ho(관측이형접합율)과 He(기대이형접합율)을 산출하여 유전다양성 분석을 수행하였고, 그 결과를 표 12에 나타냈다.
Figure 112020039095697-pat00003
* Na 다른 alleles의 평균 개수, HO 관측이형접합율, HE 기대이형접합율 SE 스탠다드 에러
<각각의 소입단의 이형성 통계>
각각의 소집단별로 대부분이 비슷한 수치를 나타내는 것을 확인할 수 있으며, 평균 Ho(관측이형접합율)과 He(기대이형접합율)는 각각 0.349와 0.345로 매우 유사하게 나타났다.
실시예 6: 유전분화 분석
<F-statistics 분석>
F-statistics 분석은 이형접합체 감소 정도를 나타내는 척도로써 집단 내 유전적 고정 정도에 따른 근친 정도 (FIS), 전체집단에 대한 유전적 고정 정도 (FIT), 서로 다른 집단 내에 개체들 간의 이형접합체 감소 정도 (FST)를 분석할 수 있다.
GenAlEx 프로그램을 이용하여 유전분화 분석(F-statistics)을 통해 본 발명에 따른 SNP 좌위별 집단, 집단 내, 및 집단 간의 다형성 정도를 분석하였고, 그 결과를 표 13에 나타냈다.
표 13에 나타낸 바와 같이, FIS의 경우 집단 내 변이도를 나타내며, 모든 좌위에 대해 각각의 집단의 유전적 고정에 따른 근친화 정도의 통합을 나타내며, 전체 소나무 집단의 경우 평균 -0.001로 확인되었으며 -0.105 (ODS2)에서 0.126 (AK) 사이에 나타났다. FIT와 FST는 평균 0.042와 0.041로 각각 산출되었다.
Figure 112020039095697-pat00004

* SE 스탠다드 에러
Figure 112020039095697-pat00005

* FIS = 1-(Ho/He)
각 소집단별 F 평균의 통계 각 소집단별 F 평균의 통계
Figure 112020039095697-pat00006

FIS = 1-(HO/HE) FST = (HT-HO)/HT FIT = (HT-HE)/HT
F-statistics 전체 집단의 통계
<Pairwise FST>
16개의 각 지역 소집단 간의 유전적 유연관계를 조사하기 위해 GenAlEx 프로그램을 통해 각 소집단들 사이에서 유전적 분화정도를 나타내는 FST 값을 계산하였고, 그 결과를 도 11에 나타냈다.
도 11에 도시된 바와 같이, 소집단 사이의 분화 정도를 나타내는 FST 값의 전체 평균 수치는 0.041로 전체 유전변이의 약 4.1%가 집단 분화에 기인하는 것으로 나타났다.
<110> National Institute of Forest Science SEEDERS <120> SNP marker set for individual identification and population genetic analysis of Pinus densiflora and their use <130> P-10402 <160> 480 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 1 ttatataaat tttctgcagc agaagaaatt tayttaagat ctgcaattyt atgagagaaa 60 gtcagattka rcataccttt gaatgagatc aatgggcaca agaaacyggt caaggacacc 120 ttcaaacttg tggatgtgtt t 141 <210> 2 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 2 aactgcatct aaaacatggc agagaaccct ygtcactaga tagawgattt gcttgaccta 60 cttgcaagat sagacaactt ttgaagtgga cttgcaatag aaagtctsra caccaagggg 120 ccaatctgta gaaaaaaarg t 141 <210> 3 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 3 ctcctccaaa gatgtaaatg tttccatact ctgcagctct ttttaactta aaacacccaa 60 aacattcagc kgccmaatct ttgtacacgg ggcggggrat ccttagtggc actacctccc 120 tctcaaagac aagtagagrt g 141 <210> 4 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 4 catgtggcgt ggsaggagcg gtttcatgtg caaatcctca acggtacttc aactgggatg 60 gggttcatct kaccgacgcg gcttacggca agatagccaa tttgtttttg gatggaactt 120 tcacaactcc gcccctgaac a 141 <210> 5 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 5 tggacagagt ccctctgttt agtaaaaatc tgcagtgagc gcatcaacac gtccatacat 60 catgaatcta ygtggcctag gaaatgaacc acctggttaa gatttagttt tactcctagt 120 attcaaaacc caaactggtg a 141 <210> 6 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 6 agtttgtcca aacatggcat ataaaaccca cytcgtttgc taaaggattt catacttttg 60 acaaaatata yaattttctc ataattkraa aaaaarrrgg grrsaattgt ctaactattg 120 aaataatggc tagacaagtc t 141 <210> 7 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 7 acaaaataca atattagaac acttctgcag cgcttcaagt ctcaaaagca tttacactaa 60 aatatagtta kaaccaacaa tagccatcct ttgrctctat taactaaggc aataaatgtg 120 tataacttat tttaagaatt c 141 <210> 8 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 8 gattgttttt aaagagatac agcgtgtgaa gggctcgcag ttcgcttaat tcgactggta 60 gagtccccga saggcctgca gatgcaatgt ccaggtatcc gagcttggcc atgtggccga 120 tttcgggggg aattttgcta g 141 <210> 9 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 9 aattatggga tttcrgcaca acaaccatct cgaaaagccc cagcagcacc tggaaaacca 60 gaacattgat mtagcaaatc ccaagaattc caatgaatga ccagtctccc ttcagtagcg 120 ttaatgtttc gaaaagtctg c 141 <210> 10 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 10 tcaraccggc tacgttgtgg ggcttctgtt gccggggctc atatccggtg atgactccat 60 atccgatacc sagatgaagg gcacactctc ggacaccttg ggagatctgc agttcctgga 120 agttttgkac ctgtggggct t 141 <210> 11 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 11 gcagagacaa gcacagacaa acattcgatc ttttggtgct gcacagtcta tatctgtgtt 60 actggattca yggggtctcg attctggatc tgcagatccg cgtttcagat ayggatccac 120 ctagatccgc attggatatg c 141 <210> 12 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 12 tggtgatatc tttcccgggg acacaaccac tgtttgcagt tttcttgaga ccgggaccgt 60 atcggtggat kgttgaattc agcttcctca ctgtcatctc atcaacgttc aaggatgctg 120 ccactactct caraggaatt t 141 <210> 13 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 13 tctgcagcgc ttcaagtctc aaaagcattt acactaaaat atagttakaa ccaacaatag 60 ccatcctttg rctctattaa ctaaggcaat aaatgtgtat aacttatttt aagaattcca 120 tggatgttag aaattaccgg a 141 <210> 14 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 14 taataaacgt ttttctaaat agtgacaact aagcctgcag ttctagaaac ctttgaaaca 60 tatcaatatc staataatat aataaataat cacactgctt acaatgtccg acaattcact 120 acatcattct agatatttaa a 141 <210> 15 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 15 ctaagagctg ctacaggttt gcggggcaca actgcataca caccaagtar cccctattct 60 tcatgacttc ytcctccatc taggccacct cagcaccctg cagctgtgtg caccagccca 120 agattgtccc ccaaagttga a 141 <210> 16 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 16 atggccagac agatcccttt ttcaaccctg cagcctcatc cacattcaga aaggttccct 60 gtgcaactcc yctgtgcaag aaactggaca tcagtggctg cagaaacaac aggtattgtg 120 aataccaagt gtcctatgga g 141 <210> 17 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 17 taattttgag ccctkagctt tgccctctaa aaacattcag cacgaggcca aatgagaaaa 60 aaaatgcaat ygsatcatca ttcaggacat agacaaaata caagaactac tgcagtcaaa 120 aactgtccat ccgtaaacat a 141 <210> 18 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 18 attttcacac attttatgtc catcgtcaat acgttatatg aggcacttca aattcaactg 60 ttatttagta wggaatgcct ggactcaatt ggtggaagaa aacaatgtta ttgggcaccg 120 agagaagtat gctgcctact g 141 <210> 19 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 19 gaaatggaat gctcgccatt tgggggtcct tcgagcactg atgtccaaag agaaacgacc 60 caggatccca matgatgcac ccagttgcaa caagaagcca aatcctccgc cagtgtaagg 120 ggtccctcca tacacctaat g 141 <210> 20 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 20 ttgggttttg ggagaggagt tcagagctga aatttcagag cattccgggc aatagtttga 60 gcagaacttc yagttccatt tgcagccttt agcatatttt ctgggyaatg ctcattatca 120 gtttgaagcc attyctgcag t 141 <210> 21 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 21 tgagcttcac ttcttcaaag tgggagccyt gcagggcctt ggcagcctgc ctccaattca 60 gagggtctgg kccattctga atgcagagat caacagaatg cacatgatga aatccatttc 120 cattttgatt tccattggcc t 141 <210> 22 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 22 accttttaac ctgtgttgac ctcgcatttg cagatgyagc agcagactgt ttgaacggaa 60 ttcttctggg sragttctgg gaagtagacc aaggtttctg ggcagcagca ggaggccaaa 120 attcggcctg tttcctggaa g 141 <210> 23 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 23 ttagaatttt taatcattwa aatkaacagt taaattgaac ttagcattca catttacatc 60 aaatcaaaca maarccaata attccaggct tttcattctt actcttttaa tcagatccac 120 aggttccatt gctcgacgaa t 141 <210> 24 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 24 gtccctggaa aaactccaga ggggggacaa ccagttctgc agatgaggat ttaattcttc 60 agcaaattga raatgtacat aaaytgcctt ctygacacta gcaaagcttc agcaaattta 120 tcttcacttc aactgaccaa a 141 <210> 25 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 25 tcttttatra gatgtatamt agattttttt tgttacataw wtttccatat caaaccatat 60 ttaaactcga mtttgtatgc aactattgct actgcagttt gttgcttgta tttggaccat 120 ttttctggag tctaaagttt g 141 <210> 26 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 26 attggagatg acgacaaggt 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gcaaagtaga tcrarcagaa caaamaaaat 120 tgctgcaggg taagctgaaa g 141 <210> 31 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 31 tcgggtacgg gtacagccca aaacgccggg ttctttgaac tttcrtrcaa catagctatc 60 aactcattct waattataaa atacatctca ctccctgcag gagcattttt tctgaaagta 120 cagaaaggcc cagaatcaaa a 141 <210> 32 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 32 cggcataagg gctctcagtt gggcccatta tggttgcctg ccaatgaaat aaatcttcgc 60 ccacaggccc wgcactgcag gaagtggggg gatccctctg caagtcctgg agttcttttt 120 gaatgcgctt gctggccatg t 141 <210> 33 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 33 catataaaat cctcgtccgt ctcaccaatg gcagattttc catccaccag gactcgaacc 60 cgagcgccat yagtcttgtt agaactggtt tcagatcgta cgtggttggc acagagaagg 120 agcgtccaaa accataatcg g 141 <210> 34 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 34 agactgatgg tcgtaagaag cagcatcatg aaagacactc gccaaccgat ggagcaacta 60 aatcaaagaa rgcaaaaatt actagtattt attccgatga twaawttcga gcagtgccca 120 cgtcacaatt ccttgaacca g 141 <210> 35 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 35 acaaataaat ccaaggagaa cacaatgatc aatatccctt ctccgggtaa gaatggtata 60 cataatgata mcagggaatt cataaggaaa gatgctggca aaggaatgtc aattgaaagc 120 aggttgctct gcagaggaag a 141 <210> 36 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 36 acactgaata tttcatcgag atgtatggct gcaggaatac cttatgacag tttgcactac 60 atcttgaagt ragcttggtc acagagaaga ctagtaaata agccaaagtg taatgttcct 120 ttttttggtg ttccttatga c 141 <210> 37 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 37 agatctgtga actgggtaaa ttagctattc tatctacttg atttggccct gttattckca 60 gataaattgg ygtttctatg actctgagaa tactagagaa atgaaacyct catgtgcttt 120 ttgttccttg ccctacgttg a 141 <210> 38 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 38 ccagatggaa cgtatggcaa attttcatga tgagaagaac cggatgaaac cctagaaacc 60 aggccgtctt ytgcaaagat tgtgatttct ccatcccttc tgcaaacaaa ttgactacaa 120 gacacgacat atttctttgg t 141 <210> 39 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 39 catggttata ctatctatgg acaccaatat aggtaattca cagacccaat ttgcgttatt 60 tgggyttcaa rtgaatgcaa ttgtaagtct gcagggctcg gatactggta ctccgaggga 120 cttttatatg gggaaagaaa g 141 <210> 40 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 40 tggaatccag cctggtaagc tcgctccctc atcgtgtccg gttgctctgt tggcttgtga 60 aaacagggtg ygatatctgc aggaraagcg acggcaccgt taatcggtgc ctcggaacgt 120 ggtttaactg yaaggctcct g 141 <210> 41 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 41 accttgtgtc tggaagacca gaaaggtttt gtaatgtttc cttggtccgg tcarccagca 60 agtgggtgyt ragtgcagaa gtttactgca gaagctagac agttcagggc ctgacactga 120 tatcaccagg ctagtagctg c 141 <210> 42 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 42 ttccttaaga ccatatgaaa tacaaggaac ttaatgaccg gcaaaagaat cccatctctt 60 tggccttaca wgcaagcttt gatttcttct ggcagtcctc ttgtccaaca tgcttggcat 120 acattctgtg gctctastct g 141 <210> 43 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 43 tatgcagtgt taccttgcaa gtaagatata tagactacac cctatgaatt ctgcagggag 60 tgtcactctg yatgaaattc tgaatcttyt accagaagca cwtaaaggac ttgctgcaga 120 tcatatagca ggagaaaata c 141 <210> 44 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 44 gaataatata tatcgcatgt actaggggaa actgcagaga tgcacaaaaa tcagttttcc 60 tgaaataatg ycattttgca ttgcagtgat tttgcaaaat aagttaayca aaacatgaaa 120 wagtaacacc agcaagcaag g 141 <210> 45 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 45 ccgtttcgtc cctggtgcgc aattggcgca cacgtcccaa ccccgccgct ggccgctgcc 60 actcaagatt ygacaggtag tggtgccttg gctcgtggcc atatcccatg gattgcccgt 120 cctggcctct gcacgctgca g 141 <210> 46 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 46 tatttcccat gcaaataacc agcagaaagc gggtgttccg gcctaaagga ctgcagaaat 60 tctccttwaw yatctcccgt ctctgttgca caatgcacag gctaactstt aaattaaaga 120 acgttgcctg tggctcgaaa c 141 <210> 47 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 47 ctccaccttg tcccagacta tgcttaacaa ctgcaagagg aaggtaactc tctggtctcc 60 atacctcaat ygaagcagct accaactcac tttcaagtgt gaggtcacct tcttgcaacc 120 ggttcttcag attgcctggt a 141 <210> 48 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 48 cacacaaatc aattaaaaag ttgagtggcc tgcagtttag tcagtgaaaa tttacaacaa 60 cgtacaggga rgttagagtt acttgatcca gagaattcra ttctgcttcg gtcaaaaaag 120 tttaaataat taagttgaaa a 141 <210> 49 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 49 tttytacaww tggacgacga cgatgmtgtt tgaaggaata tccttcgtct gagtctggag 60 catggagcga ygacatggaa acacgagagg tgaagcgaca gragtttcct ccacgcggtt 120 gatcactcaa aacgaaagtg c 141 <210> 50 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 50 tacawgcaag ctttgatttc ttctggcagt cctcttgtcc aacatgcttg gcatacattc 60 tgtggctcta stctgaagct caatattagt gttctaactg aggtgggawt ttattcattt 120 taatgcttct ctaagcagct g 141 <210> 51 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 51 acatgctcct ccggttgggt tttgcrgtac ttctcttcat ctctggctcc ctgttaacgt 60 ccgtcctgtt wggttgcagt acattgcatg gccatgcacg taatatgctc attcactttt 120 gcctttctgt gtctacaccc c 141 <210> 52 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 52 tctccaaagg catcacttcc taggggcctt tacaaacaat twaaacyagt cattctatca 60 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gtgatttttg tgggaaaaaa tcatttctgg 60 caggctgtac ygtttggcac agaaacagag aatttctggg cactttgamc tgcgttgrcc 120 rcaggctktt tgactgcaga g 141 <210> 75 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 75 aatasgggct ctctccgcgg tcccttttcc cgtcaacaac ctccttgtac tctgcaacca 60 acttgtccca yttctctctg cactgtttcc catcccgtct tatgccctct ctggccagca 120 gccctgccac ttcatcccac a 141 <210> 76 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 76 ttcacgtgaa agcctgacgt ccagtcgacg ggttaaaccg gtttccctcg gtcgacttcc 60 gccctccacg raatattcta atcgtacagt aaacagcgtt ttattgggaa tattctgtaa 120 ttttgcaaat tttgacatgg r 141 <210> 77 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 77 caatratgga tccttaaaac cctaaamgct atatcatcca cacctttctc ctacccattg 60 gataaatgaa ktgacgccgg agagttataa taacaacttc gggctttcac agagttttca 120 ttgttgcagt gatgactgta c 141 <210> 78 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 78 tgmattaggt taggaatcac tgatacccaa atatcaatca atcttcatca gtttaactag 60 catgcatgca mcctataact gcagtagtgt ttgcagctag 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Pinus densiflora <400> 83 gtgtttgccc atgagtttaa cctgcagaac caaactttac acatcaagat tatgaaagat 60 cttcctagag stagaagggt tggttatctc aatctgccca gcaaggcctt tcagccagga 120 gcataccgag ttggaagcat t 141 <210> 84 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 84 attcmaactc tcactgaagt taaggcccat gtgtgaacta ccctctagct accttaaaac 60 tctcttcacc rcttgcaaaa gctgcagtcc ctgatctgaa agaaattggc ttagtcgatt 120 tacagaaaaa gcaatgtcca a 141 <210> 85 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 85 gcttgctcat tctgctctcc atggagtcat ggcggrctat acaggttttg ctgcagggat 60 gataaatggg rtctatgcct acattccatt ggaacgggtc gctgctaccc agaactttgt 120 ggatgtcaat gatcataagt g 141 <210> 86 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 86 agcctccttg ctgaaccttc cagcaatctc aaacaggtaa tggctagcct tttctcacct 60 tcggccagcc yttcctagct gcagccagct ctgaacagac atggggcctg atccttaggc 120 ctcaaccctc cctttgcygc c 141 <210> 87 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 87 aaaatcccac catatgtttg tgcaagagaa aatatgtggt ttatgacttg gaatagctgc 60 aggccacaag yccataagca tgtcgcattt gaaaattaym aagaacrtat ycagacaagg 120 taactcatcg atggatgcca c 141 <210> 88 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 88 cgatctgcag acgctcccag actcagttgg raatctartg ggcctccaaa atcttggact 60 gggcggctgc ygctctctgc agaggctccc agactcggtt gggaacctga cgggcctccg 120 aagccttgar ctgrgwggkt g 141 <210> 89 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 89 atgaattagt gcgattccac tgcagaggga caaccaacaa ataataacaa acatctgaat 60 agagtaagtg rcaaattaca gcaagctttc aaacccaaga gataccccat gtatcaaacc 120 ttggtctgaa gtactgccgg t 141 <210> 90 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 90 gcaacgttcg ggtgcaccga atgcattggt gaaccgttga acgcacaccc ttcccaccca 60 gaatgtagaa yacaccttgc ctctgccact gcaatgagct tgcaaaggtg gacttggtac 120 ataactttgc aatgtcacgg t 141 <210> 91 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 91 aggctccggc gcgagaatat ctcaggtgac cacatactac aaggagcccc tgttcctaaa 60 aatccctcag mggactctcc ttccataaga tagaatgccc atstayaaac acgaatgcaa 120 gcccagtcct cttagaacac c 141 <210> 92 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 92 aagatagacg cagccctaga agaattgatt gcaataaggt ctggctgttt ttcctgtggg 60 tagctgcagc mctagaaggg ctggttacta ggccgckgat ctcagacttg cctggtccac 120 ctcgctgtaa wtaactgtgc t 141 <210> 93 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 93 ccggagacaa gtttgataga tcatggacca tcttactcgt gcaaagattt gkkccaactg 60 caaatcttgg rcaagtttgg tagataatcg cccagctgca gtcacaggga tccttttatt 120 tgagcttgga tggcaatatt t 141 <210> 94 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 94 tctgtctttt ccaccccacg agtttctcat tctctctgcc tgcattctgc tgcagaaatt 60 agggyctaga mtattttcaa gaagaaaaca tcagactcat gcatatgtca aactgtctca 120 gaaaaactca tgrtcagttt t 141 <210> 95 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 95 acatggactc tgtcacgccg ttaacagttt ggaagaaatc actggtgtta aactgcagcg 60 gctatactgt rtacgatccc cacggaaacc ttatcttcag agtagacaac tattgctccg 120 accccawgaa cgaagtcctg c 141 <210> 96 <211> 141 <212> DNA <213> Pinus densiflora <400> 96 tcgaaagcac gtatgaattt gggagtatta ttggagcagg acgaacggga aaggtgcgca 60 aatgcatttg yaggagcacg aggcaagatg tggcgtgtaa gacaatgccg gacacccaga 120 atgcacrtgc tgagttaata a 141 <210> 97 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 97 cattgatctc attcaaaggt atgt 24 <210> 98 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 98 cattgatctc attcaaaggt atgc 24 <210> 99 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 99 aaattttctg cagcagaaga aattta 26 <210> 100 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 100 tccacaagtt tgaaggtgtc c 21 <210> 101 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 101 gcaagtccac ttcaaaagtt gtctc 25 <210> 102 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 102 gcaagtccac ttcaaaagtt gtctg 25 <210> 103 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 103 gatttgcttg acctacttgc aaga 24 <210> 104 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 104 agactttcta ttgcaagtcc act 23 <210> 105 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 105 cttaaaacac ccaaaacatt cagcg 25 <210> 106 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 106 acttaaaaca cccaaaacat tcagct 26 <210> 107 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 107 ccccgccccg tgtacaaa 18 <210> 108 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 108 tgtttccata ctctgcagct ct 22 <210> 109 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 109 actgggatgg ggttcatctg 20 <210> 110 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 110 aactgggatg gggttcatct t 21 <210> 111 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 111 ggctatcttg ccgtaagccg 20 <210> 112 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 112 ggtttcatgt gcaaatcctc aac 23 <210> 113 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 113 tggttcattt cctaggccac g 21 <210> 114 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 114 tggttcattt cctaggccac a 21 <210> 115 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 115 gagcgcatca acacgtcca 19 <210> 116 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 116 ctaggagtaa aactaaatct taaccaggtg 30 <210> 117 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 117 aggatttcat acttttgaca aaatatac 28 <210> 118 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 118 aggatttcat acttttgaca aaatatat 28 <210> 119 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 119 agacttgtct agccattatt tcaa 24 <210> 120 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 120 ccaaacatgg catataaaac cc 22 <210> 121 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 121 caaaggatgg ctattgttgg ttc 23 <210> 122 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 122 caaaggatgg ctattgttgg tta 23 <210> 123 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 123 ctgcagcgct tcaagtctca a 21 <210> 124 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 124 taaaataagt tatacacatt tattgcctta gttaatagag 40 <210> 125 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 125 cgactggtag agtccccgag 20 <210> 126 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 126 gactggtaga gtccccgac 19 <210> 127 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 127 gccaagctcg gatacctgga 20 <210> 128 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 128 ggctcgcagt tcgcttaa 18 <210> 129 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 129 cacctggaaa accagaacat tgata 25 <210> 130 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 130 cacctggaaa accagaacat tgatc 25 <210> 131 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 131 cgctactgaa gggagactgg t 21 <210> 132 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 132 cgaaaagccc cagcagc 17 <210> 133 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 133 gtgatgactc catatccgat accg 24 <210> 134 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 134 gtgatgactc catatccgat accc 24 <210> 135 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 135 ctcccaaggt gtccgagagt 20 <210> 136 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 136 tgttgccggg gctcat 16 <210> 137 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 137 gatccagaat cgagaccccg 20 <210> 138 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 138 agatccagaa tcgagacccc a 21 <210> 139 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 139 cgatcttttg gtgctgcaca gt 22 <210> 140 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 140 ctgaaacgcg gatctgca 18 <210> 141 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 141 cagtgaggaa gctgaattca acc 23 <210> 142 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 142 acagtgagga agctgaattc aaca 24 <210> 143 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 143 tgcagttttc ttgagaccgg ga 22 <210> 144 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 144 atccttgaac gttgatgaga tgac 24 <210> 145 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 145 aaccaacaat agccatcctt tga 23 <210> 146 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 146 aaccaacaat agccatcctt tgg 23 <210> 147 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 147 taaaataagt tatacacatt tattgcctta gttaatagag 40 <210> 148 <211> 31 <212> DNA <213> 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specific primer <400> 155 ggcacaactg catacacacc a 21 <210> 156 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 156 agctgcaggg tgctga 16 <210> 157 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 157 gatgtccagt ttcttgcaca gg 22 <210> 158 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 158 tgatgtccag tttcttgcac aga 23 <210> 159 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 159 accctgcagc ctcatcca 18 <210> 160 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 160 tgttgtttct gcagccactg 20 <210> 161 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 161 caaatgagaa aaaaaatgca atc 23 <210> 162 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 162 caaatgagaa aaaaaatgca att 23 <210> 163 <211> 24 <212> DNA 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cttagcattc acatttacat caaatcaaac aa 32 <210> 186 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 186 cttagcattc acatttacat caaatcaaac ac 32 <210> 187 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 187 tctgattaaa agagtaagaa tgaaaagcct gga 33 <210> 188 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 188 aacagttaaa ttgaacttag cattcaca 28 <210> 189 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 189 agatgaggat ttaattcttc agcaaattga a 31 <210> 190 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 190 agatgaggat ttaattcttc agcaaattga g 31 <210> 191 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 191 aagataaatt tgctgaagct ttgctagtgt c 31 <210> 192 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 192 gggacaacca gttctgca 18 <210> 193 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 193 cagtagcaat agttgcatac aaat 24 <210> 194 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 194 cagtagcaat agttgcatac aaag 24 <210> 195 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 195 tccatatcaa accatattta aactcg 26 <210> 196 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 196 gactccagaa aaatggtcca a 21 <210> 197 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 197 tcagaaagca cttgtgggta agag 24 <210> 198 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 198 cagaaagcac ttgtgggtaa gac 23 <210> 199 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 199 ctttcccttc cggtgtgcc 19 <210> 200 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 200 ggtgtctcct gcagagctt 19 <210> 201 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 201 tgtgaaatcg atacattaca gagttacgag 30 <210> 202 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 202 tgtgaaatcg atacattaca gagttacgat 30 <210> 203 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 203 catcctcgcg ccccg 15 <210> 204 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 204 ctggcttcaa tgctgaggt 19 <210> 205 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 205 caatcagctc ctaacaaaaa acaagaaaaa a 31 <210> 206 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 206 caatcagctc ctaacaaaaa acaagaaaaa t 31 <210> 207 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 207 gggataagac atcaatgctc ttacaaacat 30 <210> 208 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 208 tcctttgatt ttcctttacc ggc 23 <210> 209 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 209 ggatatactc cattttctgt tgctgaa 27 <210> 210 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 210 ggatatactc cattttctgt tgctgag 27 <210> 211 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 211 ccggcagaga caaaagaaac ca 22 <210> 212 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 212 atgattttgt tctccgcgga tatac 25 <210> 213 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 213 ccagctactc tttatttgca agg 23 <210> 214 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 214 ccagctactc tttatttgca agt 23 <210> 215 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 215 gcttaccctg cagcaatttt 20 <210> 216 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 216 aaaagaataa ataaaatgaa atcccg 26 <210> 217 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 217 ctgcagggag tgagatgtat tttataattt 30 <210> 218 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 218 cctgcaggga gtgagatgta ttttataatt a 31 <210> 219 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 219 aacgccgggt tctttgaact ttc 23 <210> 220 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 220 atgctcctgc agggagt 17 <210> 221 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 221 cccacttcct gcagtgct 18 <210> 222 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 222 cccacttcct gcagtgca 18 <210> 223 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 223 gcccattatg gttgcctgcc 20 <210> 224 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 224 ccaggacttg cagaggga 18 <210> 225 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 225 cgaacccgag cgccatc 17 <210> 226 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 226 cgaacccgag cgccatt 17 <210> 227 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 227 tctgtgccaa ccacgtacga 20 <210> 228 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 228 tccatccacc aggactcg 18 <210> 229 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 229 gatggagcaa ctaaatcaaa gaaa 24 <210> 230 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 230 gatggagcaa ctaaatcaaa gaag 24 <210> 231 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 231 ttcaaggaat tgtgacgtgg 20 <210> 232 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 232 ggtcgtaaga agcagcatca 20 <210> 233 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 233 agcatctttc cttatgaatt ccctgt 26 <210> 234 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 234 gcatctttcc ttatgaattc cctgg 25 <210> 235 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 235 cccttctccg ggtaagaatg gt 22 <210> 236 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 236 ctttcaattg acattccttt gcca 24 <210> 237 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 237 ctagtcttct ctgtgaccaa gctt 24 <210> 238 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 238 ctagtcttct ctgtgaccaa gctc 24 <210> 239 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 239 accttatgac agtttgcact acatcttga 29 <210> 240 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 240 aggaacatta cactttggct tatttact 28 <210> 241 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 241 atttctctag tattctcaga gtcatagaaa cg 32 <210> 242 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 242 catttctcta gtattctcag agtcatagaa aca 33 <210> 243 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 243 gctattctat ctacttgatt tggccctgt 29 <210> 244 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 244 gtttcatttc tctagtattc tcagagtca 29 <210> 245 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 245 ggatggagaa atcacaatct ttgcag 26 <210> 246 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 246 ggatggagaa atcacaatct ttgcaa 26 <210> 247 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 247 aaccctagaa accaggccgt 20 <210> 248 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 248 cgtgtcttgt agtcaatttg tttgc 25 <210> 249 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 249 cctgcagact tacaattgca ttcat 25 <210> 250 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 250 cctgcagact tacaattgca ttcac 25 <210> 251 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 251 ggtaattcac agacccaatt tgcgt 25 <210> 252 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 252 ggagtaccag tatccgagcc 20 <210> 253 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 253 ggcttgtgaa aacagggtgc 20 <210> 254 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 254 ggcttgtgaa aacagggtgt 20 <210> 255 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 255 gattaacggt gccgtcgctt 20 <210> 256 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 256 gtgtccggtt gctctgttg 19 <210> 257 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 257 cttctgcagt aaacttctgc actt 24 <210> 258 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 258 cttctgcagt aaacttctgc actc 24 <210> 259 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 259 tgtaatgttt ccttggtccg gtca 24 <210> 260 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 260 aggccctgaa ctgtctagc 19 <210> 261 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 261 atcccatctc tttggcctta caa 23 <210> 262 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 262 atcccatctc tttggcctta cat 23 <210> 263 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 263 ttggacaaga ggactgccag aa 22 <210> 264 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 264 ggaacttaat gaccggcaaa aga 23 <210> 265 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 265 gcagggagtg tcactctgc 19 <210> 266 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 266 gcagggagtg tcactctgt 19 <210> 267 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 267 tgatctgcag caagtccttt 20 <210> 268 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 268 tgcaagtaag atatatagac tacaccc 27 <210> 269 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 269 gcaaaatcac tgcaatgcaa aatgg 25 <210> 270 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 270 gcaaaatcac tgcaatgcaa aatga 25 <210> 271 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 271 gggaaactgc agagatgcac a 21 <210> 272 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 272 tgcaaaatca ctgcaatgca aaa 23 <210> 273 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 273 aaggcaccac tacctgtcg 19 <210> 274 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 274 caaggcacca ctacctgtca 20 <210> 275 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 275 cacgtcccaa ccccgc 16 <210> 276 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 276 catgggatat ggccacgag 19 <210> 277 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 277 tgcaacagag acgggagatg 20 <210> 278 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 278 gtgcaacaga gacgggagat a 21 <210> 279 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 279 cgggtgttcc ggcctaaag 19 <210> 280 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 280 gcctgtgcat tgtgcaac 18 <210> 281 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 281 ctctctggtc tccatacctc aatc 24 <210> 282 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 282 ctctctggtc tccatacctc aatt 24 <210> 283 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 283 gttgcaagaa ggtgacctca ca 22 <210> 284 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 284 caactgcaag aggaaggtaa ct 22 <210> 285 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 285 gaattctctg gatcaagtaa ctctaact 28 <210> 286 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 286 gaattctctg gatcaagtaa ctctaacc 28 <210> 287 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 287 tggcctgcag tttagtcagt ga 22 <210> 288 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 288 attatttaaa cttttttgac cgaagcagaa 30 <210> 289 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 289 acctctcgtg tttccatgtc g 21 <210> 290 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 290 acctctcgtg tttccatgtc a 21 <210> 291 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 291 ccttcgtctg agtctggagc a 21 <210> 292 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 292 ctgtcgcttc acctctcg 18 <210> 293 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 293 tggcatacat tctgtggctc tag 23 <210> 294 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 294 tggcatacat tctgtggctc tac 23 <210> 295 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 295 tcccacctca gttagaacac t 21 <210> 296 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 296 gtcctcttgt ccaacatgct t 21 <210> 297 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 297 ccatgcaatg tactgcaacc t 21 <210> 298 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 298 ccatgcaatg tactgcaacc a 21 <210> 299 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 299 tctggctccc tgttaacgtc c 21 <210> 300 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 300 tgaatgagca tattacgtgc atgg 24 <210> 301 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 301 gtccagttac ctcctaaatc agatttctat 30 <210> 302 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 302 gtccagttac ctcctaaatc agatttctag 30 <210> 303 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 303 acttcctagg ggcctttaca aacaat 26 <210> 304 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 304 acagaaggtt agacatgtcc agt 23 <210> 305 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 305 acagcaaaag taatattgta aaatga 26 <210> 306 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 306 acagcaaaag taatattgta aaatgg 26 <210> 307 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 307 tccggattct gtcgaatgat 20 <210> 308 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 308 tgggtacctg cagttccaag 20 <210> 309 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 309 ccggctcatt gtaaaggtat ttcaga 26 <210> 310 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 310 cggctcattg taaaggtatt tcagc 25 <210> 311 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 311 gcctaaaaat atgcaaatga agtgtggc 28 <210> 312 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 312 cggtgttttg aggtgccc 18 <210> 313 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 313 gaaaagacat aaaagcatcg tcgga 25 <210> 314 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 314 aaaagacata aaagcatcgt cggc 24 <210> 315 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 315 gtatctgccg taccgattca gt 22 <210> 316 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 316 ggctgggcag agtgaaa 17 <210> 317 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 317 cataatactt tgaggtttta actctgcaca 30 <210> 318 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 318 cataatactt tgaggtttta actctgcacg 30 <210> 319 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 319 ctgcagattt tggaggtgtt ttctct 26 <210> 320 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 320 ccagaaacaa ctgtatctgc tactc 25 <210> 321 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 321 caccacctcc accgtcatt 19 <210> 322 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 322 caccacctcc accgtcatc 19 <210> 323 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 323 aggtaaatga aaggctgggg 20 <210> 324 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 324 ccaaattgct ggacgacaca t 21 <210> 325 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 325 taagaggtcg gggaagagtg 20 <210> 326 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 326 taagaggtcg gggaagagtc 20 <210> 327 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 327 gcagactctg ggcgtacaat 20 <210> 328 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 328 agatgactgc tccgcactg 19 <210> 329 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 329 acagtaatgc gaaggctgca ta 22 <210> 330 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 330 cagtaatgcg aaggctgcat c 21 <210> 331 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 331 cagtgaaata tgaggtcact tttgaccat 29 <210> 332 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 332 gttccaggct tgattgtctt caa 23 <210> 333 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 333 gcacaaacca gcagaatctt ctag 24 <210> 334 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 334 gcacaaacca gcagaatctt ctat 24 <210> 335 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 335 cattaattca gatgcatcca actgaagc 28 <210> 336 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 336 gagaggacat ccctttgaga aatg 24 <210> 337 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 337 acttgcacaa aagaagggaa aacg 24 <210> 338 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 338 catacttgca caaaagaagg gaaaact 27 <210> 339 <211> 39 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 339 ccataaggtt ataaatattc cttaaaagta acttggcct 39 <210> 340 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 340 gggaagccat acttgcaca 19 <210> 341 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 341 tcaatatatc atggatagtg gcacagc 27 <210> 342 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 342 gtcaatatat catggatagt ggcacaga 28 <210> 343 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 343 cccagcttcc tctgtatgga tcaatt 26 <210> 344 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 344 gcaccaagtg ctgcagg 17 <210> 345 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 345 attttctccc agacccagtc c 21 <210> 346 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 346 cattttctcc cagacccagt ca 22 <210> 347 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 347 ggctcagcgc agtcagc 17 <210> 348 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 348 tactgaattg gaagcatttt ctcc 24 <210> 349 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 349 aatttttaca accctacagg actaattatt gac 33 <210> 350 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Allele specific primer 1 <400> 357 actactgctg tctgataaag aagca 25 <210> 358 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 358 actactgctg tctgataaag aagcg 25 <210> 359 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 359 catggcagtc caagaatggc atc 23 <210> 360 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 360 gctctgggac tgcttcca 18 <210> 361 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 361 ctcagagcca tgcatatttc ttagaattc 29 <210> 362 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 362 ctcagagcca tgcatatttc ttagaattt 29 <210> 363 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 363 acaggggctg cgtttagcta t 21 <210> 364 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 364 acgctctgca ggttggt 17 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amplification primer <400> 372 catggtggtt ggtgtcaaag 20 <210> 373 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 373 ggcagattaa tggcctagat ttggat 26 <210> 374 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 374 gcagattaat ggcctagatt tggac 25 <210> 375 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 375 acctaaacct aaatctaaac ctaaatccaa atcca 35 <210> 376 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 376 gggcgctcta tggaaagaat t 21 <210> 377 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 377 aggaaagctt gactagctgc g 21 <210> 378 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 378 aggaaagctt gactagctgc a 21 <210> 379 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 379 cactgcattg tctcctgtcc a 21 <210> 380 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 380 gttggctgca catggaag 18 <210> 381 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 381 agccattaac agactgaaga caaaga 26 <210> 382 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 382 gccattaaca gactgaagac aaagg 25 <210> 383 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 383 gcgcactgtc cgcaga 16 <210> 384 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 384 tgtataggaa tgcaatatct tgaagc 26 <210> 385 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 385 gaacaccttg aagctggcaa aa 22 <210> 386 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 386 aacaccttga agctggcaaa g 21 <210> 387 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 387 ttgcttcaat ctcgttttct atttttgcct 30 <210> 388 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 388 aaagtttgaa caccttgaag ctg 23 <210> 389 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 389 tcatttctgg caggctgtac c 21 <210> 390 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 390 atcatttctg gcaggctgta ct 22 <210> 391 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 391 tcaaagtgcc cagaaattct ct 22 <210> 392 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 392 tcttttgact gtgatttttg tggga 25 <210> 393 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 393 ctgcaaccaa cttgtcccac 20 <210> 394 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 394 tctgcaacca acttgtccca t 21 <210> 395 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 395 acgggatggg aaacagtgca 20 <210> 396 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 396 cgtcaacaac ctccttgtac t 21 <210> 397 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 397 cttccgccct ccacga 16 <210> 398 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 398 cttccgccct ccacgg 16 <210> 399 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 399 tcccaataaa acgctgttta ctgtacga 28 <210> 400 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 400 accggtttcc ctcggtc 17 <210> 401 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 401 tgttattata actctccggc gtcac 25 <210> 402 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 402 ttgttattat aactctccgg cgtcaa 26 <210> 403 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 403 gctatatcat ccacaccttt ctcc 24 <210> 404 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 404 ctctgtgaaa gcccgaagtt 20 <210> 405 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 405 catcagttta actagcatgc atgcaa 26 <210> 406 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 406 atcagtttaa ctagcatgca tgcac 25 <210> 407 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 407 gctgcaaaca ctactgcagt tatagg 26 <210> 408 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 408 actgataccc aaatatcaat caatcttca 29 <210> 409 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 409 tcccaagttc aagagatgat accttg 26 <210> 410 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 410 gatcccaagt tcaagagatg atacctta 28 <210> 411 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 411 acagcacttt atgtgttctg cagc 24 <210> 412 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 412 ggcatcagcc aaagatgaga 20 <210> 413 <211> 36 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 413 gcttagattg ttttatttct tccaaggttc taatag 36 <210> 414 <211> 36 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 414 gcttagattg ttttatttct tccaaggttc taataa 36 <210> 415 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 415 agatcaaatc tctgaaattt gcatttct 28 <210> 416 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 416 catgttttca agattctgca gctta 25 <210> 417 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 417 cccatcattc tataaattca ggacactcc 29 <210> 418 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 418 cccatcattc tataaattca ggacactca 29 <210> 419 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 419 gcagtgactg atatcagact tggt 24 <210> 420 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 420 ataaacaatt taaccccacc catca 25 <210> 421 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 421 ctttcaccct cataaaatgc cctt 24 <210> 422 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 422 ctttcaccct cataaaatgc cctc 24 <210> 423 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 423 ttggggcgtc tccgacat 18 <210> 424 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 424 ataggccaac aacttttctc ctc 23 <210> 425 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 425 acatcaagat tatgaaagat cttcctagag g 31 <210> 426 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 426 acatcaagat tatgaaagat cttcctagag c 31 <210> 427 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 427 ccttgctggg cagattgaga t 21 <210> 428 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 428 acctgcagaa ccaaacttta cac 23 <210> 429 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 429 ggactgcagc ttttgcaagt 20 <210> 430 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 430 ggactgcagc ttttgcaagc 20 <210> 431 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 431 ggcccatgtg tgaactaccc t 21 <210> 432 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 432 gccaatttct ttcagatcag gga 23 <210> 433 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 433 cgttccaatg gaatgtaggc atagat 26 <210> 434 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 434 gttccaatgg aatgtaggca tagac 25 <210> 435 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 435 ctatacaggt tttgctgcag gg 22 <210> 436 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 436 gggtagcagc gacccg 16 <210> 437 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 437 accttcggcc agccc 15 <210> 438 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 438 caccttcggc cagcct 16 <210> 439 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 439 ggatcaggcc ccatgtctgt 20 <210> 440 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 440 aggtaatggc tagccttttc tca 23 <210> 441 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 441 ttcaaatgcg acatgcttat ggg 23 <210> 442 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 442 attttcaaat gcgacatgct tatgga 26 <210> 443 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 443 acttggaata gctgcaggcc a 21 <210> 444 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 444 taattttcaa atgcgacatg cttatg 26 <210> 445 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 445 gagcctctgc agagagcg 18 <210> 446 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 446 gagcctctgc agagagca 18 <210> 447 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 447 ccaaaatctt ggactgggc 19 <210> 448 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 448 gtcaggttcc caaccgagt 19 <210> 449 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 449 gggtttgaaa gcttgctgta atttgt 26 <210> 450 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 450 ggtttgaaag cttgctgtaa tttgc 25 <210> 451 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 451 ctgcagaggg acaaccaaca aa 22 <210> 452 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 452 aggtttgata catggggtat ctct 24 <210> 453 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 453 ccttcccacc cagaatgtag aac 23 <210> 454 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 454 ccttcccacc cagaatgtag aat 23 <210> 455 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 455 tgcaagctca ttgcagtggc 20 <210> 456 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 456 aaccgttgaa cgcacacc 18 <210> 457 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 457 ccctgttcct aaaaatccct caga 24 <210> 458 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 458 cctgttccta aaaatccctc agc 23 <210> 459 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 459 atgggcattc tatcttatgg aagga 25 <210> 460 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 460 gtgaccacat actacaagga gc 22 <210> 461 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 461 gcctagtaac cagcccttct agt 23 <210> 462 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 462 cctagtaacc agcccttcta gg 22 <210> 463 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 463 ctggctgttt ttcctgtggg t 21 <210> 464 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 464 tggaccaggc aagtctga 18 <210> 465 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 465 tgggcgatta tctaccaaac ttgt 24 <210> 466 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 466 gggcgattat ctaccaaact tgc 23 <210> 467 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 467 tggaccatct tactcgtgca aagatt 26 <210> 468 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 468 tccctgtgac tgcagct 17 <210> 469 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 469 gcatgagtct gatgttttct tcttgaaaat at 32 <210> 470 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 470 gcatgagtct gatgttttct tcttgaaaat ag 32 <210> 471 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 471 gcctgcattc tgctgcagaa a 21 <210> 472 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 472 tctgagacag tttgacatat gcatg 25 <210> 473 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 473 ttaaactgca gcggctatac tgta 24 <210> 474 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 474 actgcagcgg ctatactgtg 20 <210> 475 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 475 aaggtttccg tggggatcgt 20 <210> 476 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 476 ccgttaacag tttggaagaa atcac 25 <210> 477 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 1 <400> 477 tcttgcctcg tgctcctg 18 <210> 478 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Allele specific primer 2 <400> 478 catcttgcct cgtgctccta 20 <210> 479 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Locus specific primer <400> 479 acgggaaagg tgcgcaaatg 20 <210> 480 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Specific target amplification primer <400> 480 gtccggcatt gtcttacacg 20

Claims (9)

  1. 서열번호 1 내지 96의 염기서열에서 각각 SNP 좌위인 71번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 96종의 다형성 폴리뉴클레오티드들 또는 이들에 상보적인 96종의 다형성 폴리뉴클레오티드들을 포함하는, 소나무 집단의 유전형 분석용 SNP 마커 세트 조성물.
  2. 제 1항에 있어서, 상기 서열번호 1 내지 96의 염기서열에서 각각 SNP 좌위인 71번째 염기는 하기와 같은 것을 특징으로 하는 소나무 집단의 유전형 분석용 SNP 마커 세트 조성물:
    Figure 112020039095697-pat00007

  3. 제 1항에 따른 SNP 마커 세트 조성물을 검출 또는 증폭할 수 있는 10 내지 30 뉴클레오티드 길이의 프로브 또는 프라이머를 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 조성물.
  4. 제 3항에 있어서, 상기 프라이머는 서열번호 97 내지 480의 프라이머 세트를 포함하는 것을 특징으로 하는 소나무 집단의 유전형 분석용 조성물.
  5. 제 3항에 있어서, 상기 프라이머는 5' 말단에 Tag 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 소나무 집단의 유전형 분석용 조성물.
  6. 제 3항 내지 제 5항 중 어느 한 항에 따른 조성물을 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 키트.
  7. 서열번호 1 내지 96의 염기서열에서 각각 SNP 좌위인 71번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 96종의 다형성 폴리뉴클레오티드들, 또는 이들에 의해 코딩되는 폴리펩티드들 또는 이의 cDNA를 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석용 마이크로 어레이.
  8. (a) 소나무 개체로부터 분리된 시료의 DNA로부터 SNP 마커 부위 부위를 검출 또는 증폭시키는 단계; 및 (b) 상기 (a) 단계의 검출 또는 증폭된 SNP 마커 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하는 소나무 집단의 유전형 분석 방법으로,
    상기 SNP 마커는 서열번호 1 내지 96의 염기서열에서 각각 SNP 좌위인 71번째 염기인 것인 방법.
  9. 제 8항에 있어서, (a) 단계에서 검출 또는 증폭은 서열번호 96 내지 480의 프라이머 세트로 행하여지는 것을 특징으로 하는 소나무 집단의 유전형 분석 방법.
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