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KR20180066027A - 조직 침윤성 nk 세포를 검출하는 방법 - Google Patents

조직 침윤성 nk 세포를 검출하는 방법 Download PDF

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KR20180066027A KR1020187004883A KR20187004883A KR20180066027A KR 20180066027 A KR20180066027 A KR 20180066027A KR 1020187004883 A KR1020187004883 A KR 1020187004883A KR 20187004883 A KR20187004883 A KR 20187004883A KR 20180066027 A KR20180066027 A KR 20180066027A
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Abstract

본 발명은 파라핀-포매된 조직 샘플 내 NK 세포를 검출하고, 모니터링하는 방법에 관한 것이다. 또한 파라핀-포매된 조직 샘플 내 NK 세포의 표면 상에 존재하는 NKp46에 특이적으로 결합되는 항체, 항체 단편 및 이들의 유도체를 제공한다.

Description

조직 침윤성 NK 세포를 검출하는 방법
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 2015년 7월 24일자로 출원된 미국 가출원 특허 제62/196,409호의 유익을 주장하며, 이 기초출원은 임의의 도면 및 서열 목록을 포함하여, 그의 전문이 본 명세서에 참고로 포함된다.
서열 목록에 대한 참조
본 출원은 전자적 형식으로 서열 목록과 함께 출원 중이다. 서열 목록은 2016년 6월 28일자에 생성된 파일명 "NKp46-5 PCT_ST25 txt"로서 제공되며, 용량이 7KB이다. 서열 목록의 전자적 형식의 정보는 그의 전문이 본 명세서에 참고로 포함된다.
기술분야
본 발명은 파라핀 포매된 조직 샘플에서 조직 침윤성 NK 세포를 검출하기 위한 연구 및 진단 도구에 관한 것이다. 본 발명은 또한 별개의 세포 집단으로서 조직-침윤성 NK 세포, 특히 종양-침윤성, NK 세포를 검출하기 위한 그리고 비-NK 특이적 마커를 이용하는 검출과 조합하기 위한 도구를 이용하는 방법에 관한 것이다.
표적 암 세포에 대해 면역계의 용도를 만들 수 있고, 그렇게 해서 전형적인 전통적인 치료제의 부작용을 회피할 수 있는 암 치료의 새로운 방법이 필요하다. 면역 침윤물을 더 잘 이해하기 위해, 환자 조직 샘플에서 NK 세포를 검출하는 것이, 예를 들어, NK 세포가 종양(또는 더 일반적으로는 임의의 염증 부위)을 침윤하는지 그리고/또는 종양 주변 또는 근처 조직의 다른 곳에 존재하는지의 여부를 검출하는 것이 바람직하다. 이는 전형적으로 냉동 조직 샘플을 이용하여 행해진다. 이는 연구에서 유용할 뿐만 아니라, 예를 들어, 조직(예를 들어, 종양 환경)이 NK 세포를 포함하는 염증에 의해 특성규명되는지의 여부를 검출함으로써 그리고/또는 조직(예를 들어, 종양, 염증 장애) 내에 존재하는 면역 세포 유형을 특성규명하기 위해 어떤 유형의 치료를 사용하는지에 관한 결정을 도울 수 있다. 이용 가능한 면역 세포의 활성을 조절할 수 있는 치료를 선택하기 위해 상기 정보는 가치 있을 수 있다.
냉동 조직에 추가로, 마커는 또한 폼알데하이드(예를 들어, 포말린)-고정 파라핀 포매된(FFPE) 샘플로서 보존된 조직 샘플로부터 검출될 수 있다. 탈파라핀화 후에, 슬라이드는, 예를 들어, 특정 단백질의 발현을 검출하는 면역조직화학적 방법을 잘 따른다. 상기 방법은 종양 조직 샘플 내 종양 항원을 검출하기 위해 일상적으로 사용되었다. 불행하게도, FFPE 절편에서 효과적으로 작용하고 특이성을 갖는 단일클론 항체를 발견하는 것은 종종 불가능하다. 이는 단백질의 구조 상의 포말린 고정의 영향에 기인하는 것으로 여겨진다. 재조합 단백질 또는 세포 상에서 특이적인 것으로 기재된 항체에 의해 결합된 에피토프는 종종 FFPE에서 사용될 때 다른 단백질 상에 존재하여, 항체 비특이성을 제공한다. 다른 경우에서, 천연 세포 단백질 상의 다수의 에피토프는 포말린 고정에 의해 파괴되어, 재조합 단백질 또는 세포를 이용하여 동정된 항체가 FFPE 절편을 염색하는데 비효과적이 되도록 야기한다.
종양학 분야에서, 종양 침윤성 T 세포는 광대한 연구의 대상이었다. 현재, FFPE 절편에서 다중복합 분석은 (마커로서 CD4 및 CD8을 이용하는) T 세포 및 (마커로서 CD20을 이용하는) B 세포의 연구를 허용한다. 그러나, 그들의 존재의 보고에도 불구하고, 종양 침윤성 NK 세포는 매우 적은 관심을 받았다. 문헌[Levi et al (2015) Oncotarget, Advance Publications 2015, 페이지 1-9]은 종양 침윤성 세포를 염색하기 위해 항-CD56 항체를 사용하였다. 전형적으로, 침윤성 림프구를 염색하기 위해 사용되는 마커는 단일 계통으로서 세포의 간단한 검출을 허용하지 않아서, 존재하는 세포의 유형을 추정하기 위한 노력에서 다중 마커의 조합을 유발한다. 추가적으로, 상이한 세포 집단은 그들이 성숙함에 따라 상이한 마커를 발현시킨다. 결과적으로, 조직 샘플 내 면역 프로파일을 평가하는 것은 상당한 불확실성을 수반하고/하거나 훨씬 매우 다수의 마커가 평가될 것을 요구한다.
NK 세포 상에 존재하는 다양한 단백질에 대한 항체는 수십년의 연구 후에 존재하지만, 이러한 단백질은 일반적으로 NK 세포에 대해 고도로 선택적이지 않은 발현을 가지고, 다수의 활성화 또는 저해 NK 세포 수용체의 발현은 적어도 일부 T 세포 또는 면역 세포에 의해 공유된다. 동시에, 다수의 수용체는 파라핀 포매된 절편에서의 특이성과 결합되는 리간드의 생성을 잘 따르지 않았다(예를 들어 포말린 고정 후에 특정 에피토프가 이용 가능하게 남아있지 않음). 그 결과, 파라핀 포매된 샘플 내 NK 세포를 분명하게 검출하기 위한 방법에 대한 필요가 있다. 본 발명은 이들 및 다른 필요를 처리한다.
본 발명은 특히 FFPE 조직 샘플 내 NK 세포의 연구 및/또는 모니터링에 관한 것이다. 본 발명은 별개의 세포 집단으로서 조직-침윤성 인간(및 비-인간 영장류) NK 세포의 검출, 및 선택적으로 이러한 검출을 다른 인간 면역글로불린 슈퍼패밀리(IgSF) 구성원을 포함하지만, 이것으로 제한되지 않는, NK 세포에 대해 독특하지 않은 마커의 평가와의 조합에 관한 것이다. NK 세포에 독특하지 않은 마커는 비-NK 계통 상에서 특이적으로 존재할 수 있거나, 또는 NK 세포에 추가로 비-NK 계통 상에서 존재할 수 있다.
본 개시내용은 단일 계통 특이적 및 성숙-독립적 마커를 이용하여 FFPE 샘플에서 종양-침윤성 NK 세포를 포함하는 조직-침윤성 NK 세포의 검출을 제공한다. 특히, NKp46은 조직 샘플 내 비-NK 세포 상에서는 아니지만 FFPE 샘플 내에 존재하는 조직- 및 종양-침윤성 NK 세포 상에서 발현된다. 놀랍게도, 광범위한 비계통 특이적 인간 면역글로불린 슈퍼패밀리(IgSF) 구성원의 NK 세포 상의 발현에도 불구하고, 단일클론 항체는 NK 계통-특이적 NKp46을 FFPE 내 비계통 특이적 IgSF 구성원과 구별할 수 있다. 따라서 성숙 단계를 거쳐서를 포함하는, NK 세포의 실질적으로 모든 집단에 걸친, 그리고 CD56bright와 CD56dim NK 세포 둘 다에 걸친(뿐만 아니라 더 일반적으로는 세포 또는 면역 세포의 모든 집단에 걸친) 계통 특이적 접근에서 NK 세포가 염색되는 새로운 FFPE 방법이 제공된다. 상기 접근은 세포 집단이 비계통 마커, 특히 NK 세포에 의해 또한 발현될 수 있는 마커, 예를 들어, 다른 IgSF 폴리펩타이드에 의해 염색되는 면역 프로파일링을 수행할 때 특히 유용하다. 또한 NK 세포를 다른 림프구 집단 또는 NK 하위-집단과 신뢰 가능하게 구별하는 능력을 제공하는 FFPE 절편에서 NK 세포의 세포 계통-특이적 검출을 허용하는 항체를 이용 가능하다.
본 개시내용은 항-NKp46 항체 및 인간 조직 샘플의 특성규명으로부터 생긴다. 공지된 항-NKp46 항체는 FFPE 프로토콜에서 염색되지 않거나 또는 특이성을 상실한다. NKp46을 발현시키는 파라핀-포매된 세포 펠렛 및 NKp46을 발현시키지 않는 음성 대조군을 사용하는 분석에 기반한 선별 프로토콜의 개발에도 불구하고, 본 저자들은 FFPE 물질 내 NKp46-특이적 에피토프를 인식하는 항체를 얻었다. 항체는 인간 NKp46에 대해 특이성을 갖는 인간 FFPE 조직 샘플의 염색 및 연구를 허용하였다.
추가로, FFPE 물질 내 NKp46-특이적 에피토프를 인식하는 항체는 또한 냉동 조직 절편에서뿐만 아니라 배양물 세포에서(예를 들어, 세포측정법에서) 그리고 웨스턴 블롯에서 NKp46을 특이적으로 인식한다. 따라서 항체는 다중 유형의 샘플 제조 방법 및 형식에 걸쳐 NKp46 검출에서 사용될 단일 도구의 이점을 제공한다.
본 개시내용은 인간 NKp46 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 단일클론 항체를 제공하되, 상기 항체는 폼알데하이드(예를 들어, 포말린, 파라폼알데하이드)를 이용하여 치료된(또는 고정된) 생물학적 샘플 내 세포 상의 상기 NKp46 폴리펩타이드에 특이적으로 결합한다. 폼알데하이드 고정은 특히 파라핀 포매된 조직 절편의 제조에서 사용되는데, 이는 그 다음에 탈파라핀화되고, 관심 대상의 마커, 예를 들어, NKp46의 존재에 대해 분석될 수 있다.
다른 양상에서, 파라핀 포매된 샘플 내 NK에 특이적으로 결합하는 단일클론 항체가 제공된다. 선택적으로, 상기 항체는 FFPE 샘플 내 단핵구, 단핵구, B 세포 또는 T 세포, 또는 선택적으로 FFPE 샘플 내 임의의 비-NK 세포에 결합하지 않는 것을 특징으로 할 수 있다. 선택적으로, 상기 항체는 CD56bright NK 세포뿐만 아니라 CD56dim NK 세포에 대한 결합을 특징으로 할 수 있다. 선택적으로, 상기 항체는 파라핀 포매된 샘플 내 NK 세포 상에 존재하는 인간 NKp46 폴리펩타이드 상의 에피토프에 결합한다.
일 실시형태에서, (예를 들어, 고정 과정에 기인하는 에피토프의 외관에 기인하여) FFPE 샘플 내 NKp46와 달리 단백질 상에서 공유되는 에피토프에 결합할 수 있는 다른 단일클론 항체 또는 다클론성 항체와 달리, 본 개시내용의 항체는 임의의 비계통 특이적 IgSF 패밀리 구성원(예를 들어, NKp46과 다른 IgSF 구성원; 비계통 특이적 천연 세포독성 수용체, 예컨대 NKp44 또는 NKp30)에 결합하지 않는 것을 특징으로 할 수 있다.
다른 양상에서, (a) 파라핀 포매된 샘플 내 NK 세포에, (b) 냉동 조직 샘플 내 NK 세포에 그리고 (c) 배양물 내 NK 세포에 특이적으로 결합되는 단일클론 항체가 제공된다. 선택적으로 상기 항체는 환원 조건 하에서 (예를 들어, 웨스턴 블롯에서) NKp46에 추가로 결합한다. 선택적으로, 상기 항체는 비-NK 세포, 예를 들어, FFPE 샘플내 과립구, 단핵구, B 세포 또는 T 세포에 결합하지 않는 것을 특징으로 할 수 있다. 선택적으로, 상기 항체는 CD56bright NK 세포뿐만 아니라 CD56dim NK 세포에 결합하는 것을 특징으로 할 수 있다. 선택적으로, 상기 항체는 파라핀 포매된 샘플 내 NK 세포 상에 존재하는 인간 NKp46 폴리펩타이드 상의 에피토프에 결합된다.
다른 양상에서, 파라핀에서 보존된 세포, 예를 들어, 파라핀-포매된 세포 펠렛으로서 보존된 세포에 의해 인간 NKp46 폴리펩타이드에 특이적으로 결합되는 단일클론 항체가 제공된다. 선택적으로, 세포는 펠렛화되고, 폼알데하이드(예를 들어, 폼알데하이드, 포말린, 파라폼알데하이드) 처리된 다음, 파라핀 포매된다. 선택적으로, 인간 NKp46 폴리펩타이드를 발현시키는 세포는 항체 결합 및 분석 전에 탈파라핀화된 생물학적 샘플이다.
본 개시내용은 포말린 처리 후에 존재하는 NKp46 에피토프를 나타내는 폼알데하이드-처리된 파라핀-포매된 세포 펠렛(FFPE 세포 펠렛)에 기반한 선별 방법을 추가로 제공한다. 상기 방법은 에피토프에 결합되는 항체가 포말린 처리 후에 세포의 NKp46 폴리펩타이드 상에서 생기고/생기거나 존재한다는 것을 동정하기 위해 사용될 수 있다. 따라서, 일 양상에서, 본 개시내용은 파라핀-포매된 세포 펠렛으로서 보존된(분석 전에 탈파라핀화된) 샘플 내 NKp46 폴리펩타이드-발현 세포(예를 들어, NKp46을 발현시키도록 이루어진 세포)에 특이적으로 결합되는 단일클론 항체를 제공한다. 선택적으로 상기 항체는 추가로 파라핀-포매된 세포 펠렛 내 NKp46-음성 세포(NKp46을 발현시키지 않는 세포)에 결합하지 않는 것을 특징으로 한다. 선택적으로 항체는 추가로 파라핀-포매된 조직 절편 내 NK 세포에 결합하는 것을 특징으로 한다.
폼알데하이드-고정(예를 들어, 포말린-고정, 파라폼알데하이드-고정), 파라핀-포매된(FFPE) 조직은 다른 면역학적 방법 이상으로 2가지 주된 이점을 제공한다: (1) 조직은 특별한 조작을 필요로 하지 않으며; 그리고 (2) 세포학적 및 구조학적 특징이 잘 인식되어 개선된 조직병리학적 해석을 허용한다. 본 개시내용은 FFPE에서 계통-특이적으로 남아있는 항체를 이용하여 파라핀-포매된 조직 절편의 면역염색에 의해 인간 NK 세포의 발현을 검출하는 단계를 제공한다. 결과적으로, 침윤성 면역 세포의 분석과 별개로 FFPE 조직으로부터의 조직의 세포학적 및 구조적 특징을 연구하기보다는, 본 발명은 FFPE 내 NK 세포의 직접적 및/또는 조합된 분석을 위한 가능성을 제공한다.
이 방법을 이용하여, 조직(예를 들어, 생검에 의해 얻어지는 암 조직)의 얇은 절편이 얻어지고, 예를 들어, 포말린에서 고정되며, 파라핀에서 포매되고, 이어서 매우 얇은 절편으로 절단되며, 슬라이드 상에 장착된다. 탈파라핀화 후에, 슬라이드는 항-NKp46 항체를 이용하여 NKp46의 발현을 검출하는 면역조직화학적 방법을 할 수 있어서, 다른 면역 세포 집단 중에서 NK 세포의 특정 식별을 제공한다. 이 방법은 특정 세포 및 NK 세포의 세포내 국소화를 검출하거나 또는 동정하기 위한 방법을 제공하기 때문에 특히 유용하다.
본 개시내용은 포말린으로 처리된, 예를 들어, FFPE 조직으로서 보존된 생물학적 샘플 내의 NKp46에 대한 특이적 결합을 허용하는 항체 및 항체 단편과 관련된 신규한 조성물 및 방법을 제공한다. 이러한 조성물 및 방법은 다양한 적용 분야에 대해, 특히, 예를 들어, 항-암 또는 항-염증 요법 전에, 특히 면역요법 전에 조직 내 NK 세포 및 NK 세포 상의 NKp46 발현 수준을 검출하는데(정량화를 포함) 유용하다. 본 명세서에 개시된 항체는 일반적으로 NK 세포 및/또는 그들의 특성, 활성, 국소화 또는 이동을 연구하지만, 이들로 제한되지 않는 것을 포함하는, 연구 및 진단 목적을 위해 NK 세포의 검출(정량화를 포함) 및/또는 특성규명을 위해 사용될 수 있다. 파라핀 조직 절편의 면역조직화학 연구는, 예를 들어 NK 세포 및 조직 내 조직 항원의 정상 발현 패턴을 평가하기 위해; 조혈 장애를 진단하기 위해(예를 들어, NK 세포를 다른 세포와 구별하기 위해); 세포 항원이 NK 세포로부터 상실되었는지의 여부를 결정하기 위해; NK 세포와 관련된 항원의 발현 변화를 확인하기 위해; 그리고 암 또는 염증 병변과 관련되거나, 또는 암 또는 염증 장애에서 면역 반응 또는 잠재적 면역 반응과 관련된 면역 세포 유형(예를 들어, NK 세포, NK 세포 아형)을 동정하기 위해 사용될 수 있다. 본 명세서에 개시된 항체는 일반적으로 질환 진행 또는 치료 반응을 예측하기 위해 예후 시험을 위한 NK 세포의 검출 및/또는 특성규명을 위해 그리고 특정 치료제에 의한 치료에 적합한 환자를 확인하기 위한 동반 진단에서 사용될 수 있다.
본 명세서에 개시된 방법 및 시약은 포말린으로 치료된 샘플, 특히 FFPE 절편으로서 보존된 것에서 NK 세포의 특정 마커를 제공하며, NK 세포를 동정하기 위한 유일한 마커로서 사용될 수 있다. 그러나, 본 명세서에 개시된 시약은 또한 인간 NK 세포, 예를 들어, 웨스턴 블롯, 유세포 분석, 냉동 조직 절편 내 IHC를 검출하기 위해 다른 비-FFPE 기반 방법에서 사용될 수 있다는 것이 인식될 것이다. 인간 NK 세포를 검출하기 위한 방법은 또한 다른 세포(예를 들어, 비-NK 세포)를 확인하기 위해, NK 세포 상에 존재하는 마커를 확인하기 위해, 예를 들어 NK 세포의 하위집단을 확인하거나 또는 NK 세포에 의해 발현되는 다른 단백질을 확인하기 위해 추가적인 염색 시약(예를 들어, 항체)을 사용하게 할 수 있다는 것을 인식할 것이다.
일 실시형태에서, 본 개시내용은 배양물에서 그리고/또는 냉동 조직 절편 및/또는 재조합 NKp46 폴리펩타이드에서 정제된 NK 세포에 의해 발현되는 NKp46 상에 존재하는 에피토프에 결합하는 항체를 제공하되, 상기 에피토프는 또한 포말린 고정 NK 세포 상에 존재한다(즉, 공유되는 공통 항원 결정소이다).
일 실시형태에서, 본 개시내용은 단일클론 항체 8E5B와 동일한 NKp46 에피토프에 결합을 위해 (예를 들어, 냉동된 세포 펠렛에서 그리고/또는 파라핀 포매된 세포 펠렛에서 NKp46 폴리펩타이드 상에 존재하는 바와 같은 또는 배양 물 내 NKp46 발현 세포 상에 존재하는 바와 같은) 경쟁하는 항원을 제공한다. 선택적으로, 상기 항체는 인간 항체 또는 마우스 항체이다. 선택적으로 상기 항체는 항체의 라이브러리, 예를 들어, 파지 디스플레이 라이브러리로부터 선택된다. 일 실시형태에서, 상기 항체는 키메라이고, 예를 들어, 비-뮤린, 선택적으로 인간, 불변 영역을 함유한다. 다른 실시형태에서, 상기 항체는 임의의 비-NKp46 슈퍼패밀리IgSF 수용체 패밀리 구성원에 실질적으로 결합하지 않는다. 일 실시형태에서, 상기 항체는 Fc 도메인(예를 들어, F(ab)'2 단편)이 없거나 또는 인간 Fcγ 수용체, 예를 들어, CD16에 실질적으로 결합하지 않는 Fc 도메인을 포함한다. 일 실시형태에서, 상기 항체는 파라핀-포매된 세포 펠렛에서 NKp46를 발현시키지 않지만 인간 면역글로불린 슈퍼패밀리 IgSF 수용체 패밀리의 하나 이상의 구성원을 발현시키는 세포에 실질적으로 결합하지 않는다. 다른 실시형태에서, 상기 항체는 서열번호 2의 8E5B 경쇄 가변 영역 서열의 1, 2 또는 모두 3개의 CDR을 포함하는 경쇄를 포함한다. 다른 실시형태에서, 상기 항체는 서열번호 3의 8E5B 중쇄 가변 영역 서열의 1, 2 또는 모두 3개의 CDR을 포함하는 중쇄를 포함한다. 다른 실시형태에서, 상기 항체는 서열번호 4 내지 6 중 임의의 하나의 아미노산 서열을 포함하는 CDR을 갖는 경쇄를 포함한다. 다른 실시형태에서, 상기 항체는 서열번호 7 내지 9 중 임의의 하나의 아미노산 서열을 포함하는 CDR을 갖는 중쇄를 포함한다. 다른 실시형태에서, 상기 항체는 8E5B 또는 이의 단편 또는 유도체이다. 다른 실시형태에서, 상기 항체는 서열번호 2의 경쇄 가변 영역 서열을 포함한다. 다른 실시형태에서, 상기 항체는 서열번호 3의 중쇄 가변 영역 서열을 포함한다.
일 실시형태에서, 상기 항체는 Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2, Fv, 다이어바디, 단일쇄 항체 단편, 또는 다수의 상이한 항체 단편을 포함하는 다중 특이성 항체로부터 선택되는 항체 단편이다. 다른 실시형태에서, 상기 항체는 검출 가능한 모이어티에 접합되거나 또는 공유 결합된다.
일 실시형태에서, 본 개시내용은, 예를 들어, 본 명세서에 제공된 치료 또는 진단 방법에 따라 바람직하게는 그들의 사용을 위한 설명서와 함께 임의의 항-NKp46 항체를 포함하는 키트를 제공한다. 일 실시형태에서, 상기 키트는 1차 항-NKp46 항체를 특이적으로 인식하는 표지된 2차 항체를 추가로 포함한다. 하나의 이러한 실시형태에서, 2차 항체는 HRP 또는 AP에 접합된다. 다른 실시형태에서, HRP 또는 AP는 중합체에 접합된다.
일 실시형태에서, 본 개시내용은 본 명세서에 개시된 항-NKp46 항체를 생성하는 세포, 예를 들어, 8E5B 항체에 의해 특이적으로 인식되는 NKp46 에피토프를 포함하는 항원에 대한 결합을 위한 선택에 의해 선별된 항-NKp46 항체를 생성하는 세포를 제공한다. 일 실시형태에서, 상기 세포는 클론 8E5B이다. 관련된 양상에서, 본 발명은 a) NKp46 폴리펩타이드에 의해 면역화되고, 8E5B 항체에 의해 특이적으로 인식된 NKp46 에피토프를 포함하는 항원 상에서 선택에 의해 선별된 비-인간 포유류 숙주로부터의 B 세포를 포함하며, b) 불멸 세포에 융합된, 혼성세포를 제공하되, 혼성세포는 에피토프에 특이적으로 결합하는 단일클론 항체를 생성한다. 일 실시형태에서, 상기 항원은 파라핀 포매된 세포 펠렛 내 세포에 의해 발현된다.
이들 양상 중 하나의 일 실시형태에서, 단일클론 항체는 항체 8E5B와 동일한 에피토프에 결합한다.
일 실시형태에서, 본 개시내용은 파라핀-포매된 조직 내 NKp46에 특이적으로 결합하는 항체를 생성하는 방법을 제공하되, 상기 방법은 a) 복수의 후보 항체를 제공하는 단계; 및 b) 파라핀 포매된 세포 샘플 내 세포에 의해 발현된 NKp46 폴리펩타이드에 결합하는 상기 복수의 항체로부터 항체를 제조하거나 또는 선택하고, 선택적으로 파라핀 포매된 세포에 의해 발현된 NKp46 폴리펩타이드에 대한 결합에 대해 항체 8E5B와 경쟁하는 상기 복수로부터 항체를 제조하거나 또는 선택하는 단계를 포함한다.
일 실시형태에서, 본 개시내용은 파라핀-포매된 조직 내 NKp46에 특이적으로 결합하는 항체를 생성하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 a) 복수의 후보 단일클론 항체를 제공하는 단계; 및 b) 파라핀 포매된 세포 펠렛 내 세포에 의해 발현된 NKp46 폴리펩타이드에 결합하는 상기 복수의 항체로부터 항체를 제조하거나 또는 선택하는 단계를 포함한다.
다른 양상에서, 본 발명은 포말린-처리되고/되거나 파라핀-포매된 조직 샘플에서 NK 세포를 검출하는 방법을 제공하되, 상기 방법은 a) 조직 샘플을 항-NKp46 항체와 접촉시키는 단계; 및 b) 조직 샘플에서 결합된 항체의 존재를 검출하는 단계를 포함한다. NKp46이 검출된다면, 상기 샘플은 NK 세포, 예를 들어, 조직-침윤성 또는 종양-침윤성 NK 세포를 포함하는 것으로 결정될 수 있다. 일 실시형태에서, 항-NKp46 항체는 배양물 내 NK 세포 상에 존재하고, 포말린 처리되고/되거나 파라핀-포매된 세포 펠렛에서 보존된 세포 상에 존재하는 NKp46 상의 에피토프에 결합한다.
일 실시형태에서, 본 개시내용은 인간 개체로부터의 샘플 내에서 조직 침윤성 인간 NK 세포(예를 들어, 조직 침윤성 인간 CD56bright NK 세포)를 검출하는 시험관내 방법을 제공하며, 상기 방법은 개체로부터의 파라핀-포매된 샘플을 제공하는 단계, 및 파라핀-포매된 조직 샘플 내의 인간 NK 세포 계통 특이적 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 단일클론 항체를 이용하여 상기 샘플에서 조직 침윤성 NK 세포를 검출하는 단계를 포함하되, NK 세포 계통 특이적 폴리펩타이드의 검출은 조직 침윤성 NK 세포의 존재를 나타낸다. 선택적으로, 상기 방법은 상기 샘플에서 단일클론 항체를 이용하여 파라핀-포매된 조직 샘플 내 제2 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 제2 폴리펩타이드를 검출하는 단계를 추가로 포함하되, 제2 폴리펩타이드는 NK 세포에 의해 발현된 계통 비-특이적 폴리펩타이드이다. 선택적으로, 단일클론 항체는 CD56dim 및 CD56bright NK 세포를 검출할 수 있다. 선택적으로, NKp46은 NK 세포의 계통을 결정하기 위해 사용되는 유일한 마커이다.
일 실시형태에서, 본 발명은 조직 샘플 내 NKp46 및/또는 NK 세포의 존재 및/또는 수준을 검출하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 a) 조직 샘플을 본 명세서에 기재된 항-NKp46 항체와 접촉시키는 단계; 및 b) 조직 샘플에서 결합된 항체의 존재를 검출하는 단계를 포함한다. 선택적으로, 조직 샘플은 포말린-처리되고/되거나 파라핀-포매된 조직 샘플, 배양 세포, 생물학적 유체(예를 들어 혈청, 림프, 혈액, 활액), 세포 샘플 또는 조직 샘플(예를 들어, 골수 또는 조직 생검(예컨대 내장, 내장 고유판, 또는 폐로부터의 점막 조직을 포함함))를 포함하는 생물학적 샘플이다. 선택적으로, 조직 샘플은 암, 염증 또는 자가면역 장애 또는 감염성 질환으로 고통받는 개체로부터 유래된다. 일 실시형태에서, 상기 방법은 단계 (c): NKp46의 발현이 검출된다면, 환자에게 면역치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일 실시형태에서, 면역치료제는, 예를 들어 면역 세포 상의 세포 표면 수용체에 결합함으로써, 면역 세포, 선택적으로 NK 세포, 선택적으로 T 세포, 선택적으로 NK 세포 및 T 세포의 활성을 직접적으로 조절할 수 있는 제제이다. 일 실시형태에서, 면역치료제는, 예를 들어, 면역 세포 상의 세포 표면 수용체의 천연 리간드인 폴리펩타이드에 결합함으로써 면역 세포, 선택적으로 NK 세포, 선택적으로 T 세포, 선택적으로 NK 세포 및 T 세포의 활성을 간접적으로 조절할 수 있는 제제이다.
다른 양상에서, 예를 들어, 면역 세포 침윤물(예를 들어, NK 세포, T 세포, 단핵구, 과립구 등) 및/또는 이러한 세포에 의해 발현되는 폴리펩타이드를 평가하기 위해, NKp46은 모든 NK 세포에 의해 그리고 더 나아가 실질적으로 그들의 생활사 전체적으로 발현되는 계통-특이적 NK 세포 마커를 제공하여, 이러한 NK 세포 마커 검출이 NK 세포 상에서 그리고/또는 비-NK 세포 상에서 발현된 하나 이상의 비계통 특이적 또는 성숙 의존적 마커의 검출과 조합되도록 허용한다. 비계통 특이적 마커는, 예를 들어 다른 IgSF 구성원, 예를 들어, IgSF 활성화(예를 들어, 공자극) 또는 저해 수용체, 특히 CD28 패밀리의 분자, 예컨대 CD28, CTLA-4, 프로그램 사멸-1(PD-1), B- 및 T-림프구 감쇠자(BTLA, CD272), 및 유도성 T-세포 공동-자극제(ICOS, CD278); 및 B7 패밀리에 속하는 그들의 IgSF 리간드; CD80(B7-1), CD86 (B7-2), ICOS 리간드, PD-L1(B7-H1), PD-L2(B7-DC), B7-H3 및 B7-H4(B7x/B7-S1), 또는 임의의 다른 IgSF 패밀리 구성원, 예컨대 항원 제시 분자, 천연 세포독성 수용체(NKp30, NKp44), 공동-수용체, 항원 수용체 부속 분자, IgSF CAM, 사이토카인 수용체, 예컨대 인터류킨-6 수용체 또는 콜로니 자극 인자 1 수용체, 성장 인자 수용체, 예컨대 PDGFR 또는 SCFR, c-키트, CD117 항원, 수용체 타이로신 키나제/포스파타제, 예컨대 IIa형 및 IIb형 수용체 단백질 타이로신 포스파타제(RPTP), 또는 Ig 결합 수용체, 예컨대 Fc 수용체일 수 있다. 일 실시형태에서, 마커는 CD56 및/또는 CD16이다. 예를 들어, NK 세포는 NKp46에 추가로 비계통 특이적 단백질 PD-1을 발현시키는 것이 발견되었고, 따라서 PD-1을 발현시키는 NK 세포가, 예를 들어, 종양 환경에서 존재하는지의 여부를 확인하기 위해 항-NKp46 항체 및 항-PD-1 항체를 사용할 수 있다.
예를 들어, 일 실시형태에서 본 발명은 개체로부터의 포말린-처리되고/되거나 파라핀-포매된 조직 샘플에서 NK 세포를 검출하는(예를 들어, 특성규명하고, 정량화하는) 방법을 제공하되, 상기 방법은 a) 조직 샘플을 항-NKp46 항체와 그리고 비-NKp46 폴리펩타이드(예를 들어, 본 명세서에 논의된 비계통 특이적 폴리펩타이드), 선택적으로 NK 세포에 의해 발현될 수 있는 비-NKp46 폴리펩타이드에 결합하는 항체와 접촉시키는 단계; 및 b) 조직 샘플에서 결합된 항체의 존재를 검출하는 단계를 포함한다. 선택적으로, 조직 샘플은 상이한 비-NKp46 폴리펩타이드에 결합하는 1, 2, 3, 4, 5 또는 10가지 이상의 상이한 단일클론 항체와 접촉된다. 선택적으로, 비-NKp46 폴리펩타이드는 비-NK 세포 집단의 마커, NK 부분-집단의 마커, NK 세포 성숙 단계와 관련된 마커이다. 선택적으로 비-NKp46 폴리펩타이드는 세포 활성화, 저해, 아네르기(anergy)/고갈 또는 억제 및/또는 증식과 관련된 마커이며; 선택적으로 상기 마커는 계통 특이적이 아니고, 선택적으로 마커는 NK 세포 및 T 세포에 의해 발현될 수 있다. 선택적으로 비-NKp46 폴리펩타이드는 면역 세포 활성화 또는 저해 수용체, NK 및/또는 T 세포 상에서 발현될 수 있는 활성화 수용체, NK 및/또는 T 세포 상에서 발현될 수 있는 저해 수용체, 및 의약(예를 들어, 치료적 항체)에 의해 표적화된 면역 세포에 의해 발현된 세포 표면 폴리펩타이드로 이루어진 군으로부터 선택된다. 예를 들어, 샘플 내 항-NKp46 항체의 검출은 NK 세포의 존재를 나타낸다. 비-NKp46 폴리펩타이드가 비-NK 세포 집단의 마커일 때, 샘플 내 비-NKp46 폴리펩타이드에 결합하는 항체의 검출은 상기 비-NK 세포 집단의 존재를 나타낸다. 비-NKp46 폴리펩타이드가 NK 세포 하위집단의 마커일 때, 샘플 내 비-NKp46 폴리펩타이드에 결합하는 항체의 검출은 상기 NK 세포 하위집단의 존재를 나타낸다.
침윤성 NK 및/또는 다른 세포의 존재는 이러한 세포를 조절하는 치료제를 투여하는 것이 치료적 이점을 가질 수 있다는 지표로서 사용될 수 있는데, 치료제에 의해 조절되거나 또는 표적화된 세포 집단(들)(예를 들어, NK 세포)이 적절한 조직(예를 들어, 종양) 내에 존재하기 때문이다. 따라서, 일 실시형태에서, 상기 방법은 단계 (c): NKp46의 발현 및/또는 비-NKp46 폴리펩타이드가 검출된다면, 상기 개체에게 면역치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일 실시형태에서, 면역치료제는 면역 세포, 선택적으로 효과기 세포, 선택적으로 NK 세포, 선택적으로 T 세포, 선택적으로 NK 세포 및 T 세포의 활성을 직접적으로 또는 간접적으로 조절할 수 있는 제제이다.
비-NKp46 폴리펩타이드가 세포 활성화, 저해, 아네르기/고갈 또는 억제 및/또는 증식과 관련된 마커일 때, 샘플 내 비-NKp46 폴리펩타이드에 결합하는 항체의 검출은 각각 활성화, 저해, 아네르기/고갈 또는 억제, 및/또는 증식되거나 또는 될 가능성을 갖는 세포의 존재를 나타낸다. 조직 침윤성 NK 및/또는 다른 세포가 활성화, 저해, 아네르기/고갈 또는 억제 및/또는 증식되거나 또는 될 가능성을 가진다는 발견은 그들의 활성화, 저해, 아네르기/고갈 또는 억제 및/또는 증식을 조절하는 치료제를 투여하는 것이 치료적 이점을 가질 수 있다는 지표로서 사용될 수 있다. 따라서, 일 실시형태에서, 상기 방법은 단계 (c): NKp46의 발현 및/또는 비-NKp46 폴리펩타이드가 검출된다면, 상기 개체에게 면역 세포, 선택적으로 효과기 세포, 선택적으로 NK 세포, 선택적으로 T 세포, 선택적으로 NK 세포 및 T 세포의 활성화, 저해, 아네르기/고갈, 억제 및/또는 증식을 직접적으로 또는 간접적으로 조절할 수 있는 면역치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
다른 실시형태에서, 침윤성 NK 세포 및 선택적으로 다른 침윤성 면역 세포는 치료제에 의해 표적화된 폴리펩타이드를 동정하는 제2 항체와 조합한 항-NKp46 항체를 이용하여 파라핀 포매된 샘플에서 검출될 수 있다. 치료제에 의해 표적화된 폴리펩타이드는 목적으로 하는 면역 세포(예를 들어, NK 세포, T 세포, 다른 면역 세포 및/또는 종양 세포) 상에 존재하고/하거나, NK 및/또는 다른 세포가 목적으로 하는 수로 존재하고/하거나, 폴리펩타이드가 이러한 세포 상에서 충분한 수준으로 존재한다는 발견은 치료제(예를 들어, 면역치료제)의 투여가 치료적 이점을 가질 수 있다는 것을 나타낸다. 일 실시형태에서 본 발명은 치료제에 대한 치료적 및/또는 예후적 방법을 제공하며, 상기 방법은 a) 질환(예를 들어, 암, 감염성 또는 염증성 장애)을 갖는 개체로부터의 포말린-처리되고/되거나 파라핀-포매된 질환 조직 샘플을 항-NKp46 항체와 그리고 면역치료제(예를 들어, 치료적 항체)에 의해 표적화된 폴리펩타이드에 결합하는 항체와 접촉시키는 단계; 및 b) 조직 샘플 내 결합 항체의 존재를 검출하는 단계를 포함한다. 샘플 내 항-NKp46 항체 및 면역치료제에 의해 표적화되는 폴리펩타이드에 결합하는 항체의 검출은 NK 세포가 질환 조직 내에 존재한다는 것 및 면역치료제에 의해 표적화된 폴리펩타이드가 질환 조직 내에서 세포 상에 존재한다는 것, 및 선택적으로 추가로 개체가 면역치료제에 의한 치료에 적합하다는 (치료가 유리할 가능성이 있다는) 것을 나타낸다. 일 실시형태에서, 면역치료제는 표적 세포(예를 들어, 면역치료제에 의해 결합된 항원을 발현시키는 세포; 암 세포)에 대해 ADCC를 매개할 수 있는 제제(예를 들어, CD16 폴리펩타이드에 결합하는 Fc 도메인을 포함하는 항체)이다. 예를 들어, NKp46-발현 세포 및 종양 항원을 발현시키는 종양 세포가 종양 환경에 존재한다는 발견은 종양 항원을 표적화하는 ADCC-유도성 항체가 종양 세포의 NK-세포 매개 ADCC를 야기할 수 있다는 것을 나타낼 수 있다. 다른 실시형태에서, 면역치료제는 표적 세포(예를 들어, 종양 세포) 및 NKp46 폴리펩타이드에 의해 발현되는 항원(예를 들어, 종양 항원)에 결합하는 이중특이성 항체와 같은 이중특이성 항원 결합제이며; NKp46-발현 세포(NK 세포) 및 항원(종양 항원)을 발현시키는 세포(예를 들어, 종양 세포)가 종양 환경에 존재한다는 발견은 이중 특이성 제제가 표적 세포의 NK 세포-매개 용해를 유도할 것이라는 것을 나타낼 수 있다. 일 실시형태에서, 상기 방법은 단계 (c): NKp46의 발현 및/또는 면역치료제에 의해 표적화된 폴리펩타이드가 검출된다면, 개체에게 면역치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일 실시형태에서, 면역치료제는 면역 세포, 선택적으로 효과기 세포, 선택적으로 NK 세포, 선택적으로 T 세포, 선택적으로 NK 세포 및 T 세포의 활성을 직접적으로 또는 간접적으로 매개할 수 있는 제제이다.
일 실시형태에서, 조직 샘플은 암 조직, 예를 들어, 암 환자로부터의 조직, 암에 대해 근위의 또는 암 주변의 조직, 암 인접 조직, 인접한 비종양성 조직 또는 정상 인접 조직으로 이루어진 군으로부터 선택된 인간 조직을 포함한다. 일 실시형태에서, 조직은 암종, 흑색종 또는 육종으로부터 유래된다. 일 실시형태에서, 암 또는 종양은 암종, 흑색종 또는 육종이다.
다른 실시형태에서, 조직 샘플은 (예를 들어, 염증 장애를 갖는 개체에서의 염증 부위로부터의) 염증 조직으로 이루어진 군으로부터 선택된 인간 조직을 포함한다. 다른 실시형태에서, 조직은 피부, 유방, 폐, 식도, 위, 후두, 신장 및 자궁경부로 이루어진 군으로부터 선택된 종양 조직이다.
본 명세서의 임의의 방법 또는 조성물의 일 실시형태에서, NK 세포는, 예를 들어, 표적 세포를 용해시키고/시키거나 다른 세포의 면역 기능을 향상시키는 능력을 갖는 세포독성 및/또는 활성 NK 세포인 것으로 구체화될 수 있다.
임의의 방법의 일 실시형태에서, 단계 b)에서 검출된 NKp46이 상승된 수준으로 검출된다면, 단계 c)에서 면역치료제는 환자에게 투여된다. 다른 실시형태에서, 암성 조직은 유방, 폐, 식도, 위, 후두, 신장 및 자궁경부로 이루어진 군으로부터 선택된다. 다른 실시형태에서, 조직은 결장 조직이며, 선택적으로 추가로 환자는 결장직장암을 가진다. 다른 실시형태에서, 조직은 흑색종이다.
NKp46은 (예를 들어, 비-악성 세포 내에서) NK 세포에 대해 고도로 특이적이지만, 특정 림프종, 예컨대 T 세포 림프종은 NKp46을 발현시킬 수 있는 것이 발견되었다. 따라서, 본 명세서의 임의의 실시형태에서, 조직 샘플(또는 종양 또는 암)은 림프종(또는 T 세포 림프종, CD4 T 세포 림프종) 이외의 샘플 또는 조직 샘플(또는 종양 또는 암)인 것으로 구체화될 수 있다. 예를 들어 조직은 암종 또는 육종 조직일 수 있고; 암 또는 종양은 암종 또는 육종이다.
특정 NKp46-발현 림프종의 존재를 고려하여, 다른 양상에서 본 발명은 NKp46-발현 암, 예를 들어 NK 세포 또는 T 세포 림프종을 검출하고(예를 들어, 특성규명하고) 그리고/또는 치료하는 방법을 제공한다. 일 양상에서, 림프종을 갖는 개체에서 악성 NKp46-발현 세포를 검출하는 시험관내 방법이 제공되며, 상기 방법은 림프종을 갖는 개체로부터의 파라핀-포매된 샘플을 제공하는 단계, 및 상기 샘플에서 본 개시내용의 방법에 따라 또는 본 개시내용의 항체를 이용하여 NKp46을 발현시키는 악성 세포를 검출하는 단계를 포함한다. 선택적으로, NKp46-발현 암은 CTCL(예를 들어, 시자리 증후군(Sezary Syndrome), 균상 식육종), NK-LDGL, NK/T 림프종 비강 유형, 말초 T-세포 림프종(PTCL)(예를 들어, 장 관련 T 세포 림프종(EATL), 명시되지 않은 PTCL(PTCL-NOS), 또는 미분화 대세포 림프종(ALCL)), 또는 PTCL의 전-악성 병태, 예컨대 셀리악병, 선택적으로 난치성 셀리악병(RCD), 선택적으로 RCD I형 또는 II형이다. 선택적으로, 상기 방법은 상기 샘플에서 파라핀-포매된 조직 샘플에서 제2 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 단일클론 항체를 이용하여 제2 폴리펩타이드를 검출하는 단계를 추가로 포함하되, 제2 폴리펩타이드는 림프종 세포에 의해 발현되는 폴리펩타이드이고, 선택적으로 제2 폴리펩타이드는 CD4 또는 CD30이다. 일 양상에서, 본 발명은 림프종, 예를 들어, CTCL 또는 PTCL을 갖는 개체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 a) 개체로부터 포말린-처리되고/되거나 파라핀-포매된 암 샘플을 제공하는 단계; b) 암 샘플에서 NKp46을 검출하는 단계를 포함하고; 선택적으로 NKp46의 검출은 개체가 항-NKp46 제제(예를 들어, NKp46-발현 세포를 고갈시키는 제제)에 의한 치료에 적합하다는 것을 나타낸다. 일 양상에서, 파라핀-포매된 암 샘플은 파라핀-포매된 세포 펠렛이다. 일 양상에서, 본 발명은 암이 있는 개체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 a) 개체로부터의 포말린-처리되고/되거나 파라핀-포매된 암 샘플을 제공하는 단계; b) 암 샘플에서 NKp46을 검출하는 단계로서, NKp46의 검출은 개체가 항-NKp46 제제에 의한 치료에 적합하다는 것을 나타내는, 상기 NKp46을 검출하는 단계; 및 선택적으로: c) NKp46 발현이 암 샘플에서 검출된다면, 환자에게 NKp46-발현 세포(예를 들어, 항-NKp46 항체)의 제거를 야기하는 치료제를 투여하는 단계를 포함한다. 임의의 실시형태의 일 양상에서, 암 또는 림프종은 CTCL, 시자리 증후군, 균상 식육종, NK-LDGL, NK/T 림프종 비강 유형, 말초 T-세포 림프종(PTCL), 장 관련 T 세포 림프종(EATL), 명시되지 않은 PTCL(PTCL-NOS), 또는 미분화 대세포 림프종(ALCL)이다.
본 명세서의 임의의 실시형태에서, 파라핀 포매된 세포 또는 조직 샘플에 대한 결합은 세포 또는 샘플의 탈파라핀화 후에 결합을 검출함으로써 평가될 수 있다. 임의의 실시형태에서, 포말린 또는 파라핀에 대한 언급은 임의의 또는 동등한 물질에 의해, 예를 들어, 본 명세서에 추가로 개시된 바와 같이 대체될 수 있다.
본 발명의 이들 및 추가적인 유리한 양상 및 특징은 본 명세서의 다른 곳에서 추가로 기재될 수 있다.
도 1은 11.1%의 NKp46-양성 세포를 나타내는 NKp46이 CD56bright를 포함하는 모든 NK 세포 상에 존재하는 반면, NKp30은 CD56bright 서브세트 상에서 상실된다는 것을 설명하는 NKp46에 대한 염색으로부터의 결과를 도시한 도면. CD56bright NK 세포 서브세트는 말초 혈액에서 수치적으로 소수이지만, 2차 림프구 조직에서뿐만 아니라 종양 조직에서 대다수의 NK 세포를 구성한다.
도 2는 과립구, 단핵구, B 세포 또는 T 세포의 염색 없이 NKp46 및 NKp30는 둘 다 NK 세포에 대해 고도로 특이적이라는 것을 설명하는 NKp46에 대한 염색으로부터의 결과를 도시한 도면. CD56은 다른 한편으로 서브세트 T 세포(CD3+) 상에서 발현된다.
도 3은 Raji-huNKp46 낮음, 높음 및 SNK6(NKp46을 내인성으로 발현시키는 NK/T 림프종의 세포주) 상에서 PE-결합 항-NKp46 항체에 의한 면역형광 염색 후에 유세포측정에 의해 얻은 평균 형광 강도를 도시한 도면.
정의
본 명세서에 사용된 바와 같이, "파라핀-포매된 샘플"(또는 파라핀-포매된 "세포", "세포 펠렛", "슬라이드" 또는 "조직")은 고정, 파라핀 포매, 절편화, 탈파라핀화 및 슬라이드에 전달된 유기체로부터 또는 시험관내 세포 배양물로부터 취한 세포 또는 조직을 지칭한다. 고정 및 파라핀 포매는 다수의 양상에서, 예를 들어, 사용되는 고정 및 포매 방법에 대해, 이어지는 프로토콜 등에 대해 다를수 있는 통상적인 실행이라는 것과, 조직의 고정(예컨대 포말린 처리에 의함), 파라핀 또는 동등한 물질에서 포매, 절편화 및 슬라이드에 대한 전달을 수반하는 한, 본 발명의 목적을 위해 임의의 이러한 변형 방법이 포함된다는 것을 인식할 것이다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "생물학적 샘플" 또는 "샘플"은 생물학적 유체(예를 들어 혈청, 림프, 혈액), 세포 샘플, 또는 조직 샘플(예를 들어 골수, 또는 내장, 내장 고유판 또는 폐로부터의 점막 조직을 포함하는 조직 생검)을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
본 명세서에서 사용되는 단수 용어는 하나 이상을 의미할 수 있다. 청구범위(들)에서 사용되는 바와 같이, 단어 "포함하다"와 함께 사용될 때, 단수의 단어는 하나 이상을 의미할 수 있다.
"포함하는"이 사용되는 경우에, 이는 선택적으로는 "본질적으로 이루어진", 더 선택적으로는 "이루어진"으로 대체될 수 있다.
본 명세서에 사용된 바와 같이, 용어 "항원 결합 도메인"은 에피토프에 면역특이적으로 결합할 수 있는 3차원 구조를 포함하는 도메인을 지칭한다. 따라서, 일 실시형태에서, 상기 도메인은 초가변 영역, 선택적으로 항체 쇄의 VH 및/또는 VL 도메인, 선택적으로 적어도 VH 도메인을 포함할 수 있다. 다른 실시형태에서, 결합 도메인은 항체 쇄의 1, 2 또는 모두 3개의 상보성 결정 영역(complementarity determining region: CDR)을 포함할 수 있다. 다른 실시형태에서, 결합 도메인은 비-면역글로불린 스캐폴드로부터의 폴리펩타이드 도메인을 포함할 수 있다.
본 명세서의 용어 "항체"는 가장 넓은 의미에서 사용되고, 그들이 목적으로 하는 생물학적 활성을 나타낸다면, 구체적으로는 전장 단일클론 항체, 다클론성 항체, 다중 특이성 항체(예를 들어, 이중특이성 항체), 및 항체 단편 및 유도체를 포함한다. 항체의 생성에 적절한 다양한 기법은, 예를 들어, 문헌[Harlow, et al., Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., (1988)]에서 제공된다. "항체 단편"은 전장 항체의 일부, 예를 들어, 항원-결합 또는 이의 가변 영역을 포함한다. 항체 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab)2, F(ab')2, F(ab)3, Fv(전형적으로 항체의 단일 아암(arm)의 VL 및 VH 도메인), 단일쇄 Fv(scFv), dsFv, Fd 단편(전형적으로 VH 및 CH1 도메인), 및 dAb(전형적으로 VH 도메인) 단편; VH, VL, VhH 및 V-NAR 도메인; 미니바디, 다이어바디, 트라이어바디, 테트라바디, 및 카파 바디(예를 들어, 문헌[Ill et al., Protein Eng 1997;10: 949-57] 참조); 낙타 IgG; IgNAR; 및 항체 단편으로부터 형성된 다중 특이성 항체 단편, 및 하나 이상의 단리된 CDR 또는 기능성 파라토프를 포함하며, 여기서 단리된 CDR 또는 항원-결합 잔기 또는 폴리펩타이드는 기능성 항체 단편을 형성하기 위해 함께 회합되거나 또는 연결될 수 있다. 다양한 유형의 항체 단편이, 예를 들어, 문헌[Holliger and Hudson, Nat Biotechnol 2005; 23, 1126-1136]; WO2005040219, 및 공개된 미국 특허 출원 20050238646 및 20020161201에 기재되어 있거나 또는 검토되었다.
본 명세서에 사용되는 바와 같은 용어 "항체 유도체"는, 예를 들어, 적어도 항원-결합 또는 이의 가변 영역을 포함하는 전장 항체 또는 항체의 단편을 포함하되, 하나 이상의 아미노산은, 예를 들어 알킬화, 페길화(PEGylation), 아실화, 에스터 형성 또는 아마이드 형성 등에 의해 화학적으로 변형된다. 이는 페길화된 항체, 시스테인-페길화된 항체 및 이들의 변이체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "초가변 영역"은 항원 결합을 초래하는 항체의 아미노산 잔기를 지칭한다. 초가변 영역은 일반적으로 "상보성-결정 영역" 또는 "CDR"로부터의 아미노산 잔기(예를 들어, 경쇄 가변 도메인에서 잔기 24-34(L1), 50-56(L2) 및 89-97(L3) 및 중쇄 가변 도메인에서 31-35(H1), 50-65(H2) 및 95-102(H3); Kabat et al. 1991) 및/또는 "초가변 루프"로부터의 해당 잔기(예를 들어, 경쇄 가변 도메인 내 잔기 26-32(L1), 50-52(L2) 및 91-96 (L3) 및 중쇄 가변 도메인 내 26-32(H1), 53-55(H2) 및 96-101(H3); 문헌[Chothia and Lesk, J. Mol. Biol 1987;196:901-917])을 포함한다. 전형적으로, 이 영역 내 아미노산 잔기의 넘버링은 문헌[Kabat et al., 상기 참조]에 기재된 방법에 의해 수행된다. 어구, 본 명세서에서 예컨대 "카바트(Kabat) 위치", "카바트에서와 같은 가변 도메인 잔기 넘버링" 및 "카바드에 따른"은 중쇄 가변 도메인 또는 경쇄 가변 도메인에 대한 이 넘버링 시스템을 지칭한다. 카바트 넘버링 시스템을 이용하여, 펩타이드의 실제 선형 아미노산 서열은 가변 도메인의 FR 또는 CDR의 단축, 또는 삽입에 대응하는 소수의 또는 추가적인 아미노산을 함유할 수 있다. 예를 들어, 중쇄 가변 도메인은 CDR H2의 잔기 52의 다음에 단일 아미노산 삽입(카바트에 따른 잔기 52a) 및 중쇄 FR 잔기 82 다음에 삽입된 잔기(예를 들어, 카바트에 따른 잔기 82a, 82b 및 82c 등)를 포함할 수 있다. 잔기의 카바트 넘버링은 "표준" 카바트 넘버링 서열과의 항체 서열의 상동성 영역에서 정렬에 의해 주어진 항체에 대해 결정될 수 있다. 항체 또는 이의 변이체의 CDR을 지칭하기 위한 정의 중 하나의 적용은 본 명세서에서 정의되고 사용되는 바와 같은 용어의 범주 내인 것으로 의도된다. 통상적으로 사용되는 넘버링 계획에 의해 정해지는 바와 같은 CDR을 포함하는 적절한 아미노산 잔기를 비교로서 이하의 표 1에 제시한다. 특정 CDR을 포함하는 정확한 잔기 수는 CDR의 서열 및 크기에 따라 다를 것이다. 당업자는 잔기가 항체의 가변 영역 아미노산 서열을 제공하는 특정 CDR을 포함하는지를 일상적으로 결정할 수 있다.
CDR 카바트 코티아 AbM
HCDR1 31-35 26-32 26-35
HCDR2 50-65 52-58 50-58
HCDR3 95-102 95-102 95-102
VCDR1 24-34 26-32 24-34
VCDR2 60-56 50-52 50-56
VCDR3 89-97 91-96 89-97
본 명세서에서 사용되는 바와 같은 "프레임워크" 또는 "FR" 잔기는 CDR로서 정의되는 해당 영역을 제외한 항체 가변 도메인의 영역을 의미한다. 각각의 항체 가변 도메인 프레임워크는 추가로 CDR(FR1, FR2, FR3 및 FR4)에 의해 분리되는 인접한 영역으로 다시 분할될 수 있다.
본 명세서에 정의되는 바와 같은 "불변 영역"은 경쇄 또는 중쇄 면역글로불린 불변 영역 유전자 중 하나에 의해 암호화된 항체-유래 불변 영역을 의미한다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같은 "불변 경쇄" 또는 "경쇄 불변 영역"은 카파(C카파) 또는 람다(C람다) 경쇄에 의해 암호화되는 항체의 영역을 의미한다. 불변 경쇄는 전형적으로 단일 도메인을 포함하며, 본 명세서에 정의되는 바와 같이 C카파, 또는 C람다의 위치 108 내지 214를 지칭하되, 넘버링은 EU 지표에 따른다(Kabat et al., 1991, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed., United States Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda). 본 명세서에서 사용되는 바와 같은 "불변 중쇄" 또는 "중쇄 불변 영역"은 각각 IgM, IgD, IgG, IgA, 또는 IgE로서 항체의 아이소타입을 정하기 위한 뮤, 델타, 감마, 알파 또는 엡실론 유전자에 의해 암호화된 항체 영역을 의미한다. 전장 IgG 항체에 대해, 본 명세서에 정의된 바와 같은 불변 중쇄는 CH1 도메인의 N-말단에서 CH3 도메인의 C-말단을 지칭하고, 따라서 위치 118 내지 447을 포함하되, 넘버링은 EU 지표에 따른다.
본 명세서에 사용되는 바와 같은 "Fab" 또는 "Fab 영역"은 VH, CH1, VL 및 CL 면역글로불린 도메인을 포함하는 폴리펩타이드를 의미한다. Fab는 단리에서 이 영역 또는 폴리펩타이드, 다중 특이성 폴리펩타이드 또는 ABD와 관련하여 이 영역, 또는 본 명세서에 약술한 바와 같은 임의의 다른 실시형태를 지칭할 수 있다.
본 명세서에 사용되는 "단일쇄 Fv" 또는 "scFv"는 항체의 VH 및 VL 도메인을 포함하는 항체 단편을 의미하되, 이들 도메인은 단일 폴리펩타이드 쇄에서 존재한다. 일반적으로, Fv 폴리펩타이드는 VH와 VL 도메인 사이의 폴리펩타이드 링커를 추가로 포함하는데, 이는 항원 결합을 위해 scFv가 목적으로 하는 구조를 형성하는 것을 가능하게 한다. scFv를 생성하는 방법은 당업계에 잘 공지되어 있다. scFv를 생성하기 위한 방법의 검토를 위해, 문헌[Pluckthun in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds. Springer-Verlag, New York, pp. 269-315 (1994)] 참조.
본 명세서에 사용된 바와 같은 "Fv" 또는 "Fv 단편" 또는 "Fv 영역"은 단일 항체의 VL 및 VH 도메인을 포함하는 폴리펩타이드를 의미한다.
본 명세서에 사용되는 바와 같은 "Fc" 또는 "Fc 영역"은 제1 불변 영역 면역글로불린 도메인을 제외한 항체의 불변 영역을 포함하는 폴리펩타이드를 의미한다. 따라서, Fc는 IgA, IgD 및 IgG의 마지막 2개의 불변 영역 면역글로불린 도메인 및 IgE 및 IgM의 마지막 3개의 불변 영역 면역글로불린 도메인, 및 이들 도메인에 대한 가요성 힌지 N-말단을 지칭한다. IgA 및 IgM에 대해, Fc는 J 쇄를 포함할 수 있다. IgG에 대해, Fc는 면역글로불린 도메인 Cγ2(CH2) 및 Cγ3(CH3) 및 Cγ1과 Cγ2 사이의 힌지를 포함한다. Fc 영역의 경계는 다를 수 있지만, 인간 IgG 중쇄 Fc 영역은 보통 그의 카복실-말단에 대해 잔기 C226, P230 또는 A231을 포함하도록 정의되되, 넘버링은 EU 지표에 따른다. Fc는 이하에 기재하는 바와 같이 단리에서 이 영역, 또는 Fc 폴리펩타이드와 관련하여 이 영역을 지칭할 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같은 "Fc 폴리펩타이드" 또는 "Fc-유래 폴리펩타이드"는 Fc 영역의 모두 또는 부분을 포함하는 폴리펩타이드를 의미한다. Fc 폴리펩타이드는 항체, Fc 융합 및 Fc 단편을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
본 명세서에 사용되는 바와 같은 "가변 영역"은 경쇄(카파 및 람다를 포함) 및 중쇄 면역글로불린 유전자 좌위를 각각 구성하는 임의의 VL(V카파 (VK) 및 V람다를 포함) 및/또는 VH 유전자에 의해 실질적으로 암호화된 하나 이상의 Ig 도메인을 포함하는 항체의 영역을 의미한다. 경쇄 또는 중쇄 가변 영역(VL 또는 VH)은 "상보성 결정 영역" 또는 "CDR"로서 지칭되는 3개의 초가변 영역에 의해 방해되는 "프레임워크" 또는 "FR" 영역으로 이루어진다. 프레임워크 영역 및 CDR의 정도는, 예를 들어 카바트(문헌["Sequences of Proteins of Immunological Interest," E. Kabat et al., U.S. Department of Health and Human Services, (1983)] 참조)에서와 같이, 그리고 코티아에서와 같이 이전에 정의되었다. 구성성분 경쇄 및 중쇄의 조합된 프레임워크 영역인 항체의 프레임워크 영역은 CDR의 위치를 잡고 정렬하는 역할을 하는데, 이는 주로 항원에 대한 결합을 초래한다.
용어 "특이적으로 결합하는"은 단백질의 재조합 형태, 그의 에피토프 또는 단리된 표적 세포 표면 상에 존재하는 천연 단백질을 이용하여 평가한 바와 같이 항체 또는 폴리펩타이드가 바람직하게는 결합 상대, 예를 들어, NKp46에 대한 경쟁적 결합 분석에서 결합할 수 있다는 것을 의미한다. 특정 결합을 결정하기 위한 경쟁적 결합 분석 및 다른 방법은 이하에 추가로 기재되며, 당업계에 잘 공지되어 있다.
항체 또는 폴리펩타이드가 특정 단일클론 항체와 "경쟁하는" 것으로 언급될 때, 항체 또는 폴리펩타이드는 적절한 표적 분자 또는 표면 발현된 표적 분자, 예를 들어 파라핀-포매된 세포 펠렛에서 세포에 의해 발현되는 NKp46를 이용하는 결합 분석에서 단일클론 항체와 경쟁한다는 것을 의미한다. 예를 들어, 시험 항체가 결합 분석에서 NKp46 폴리펩타이드 또는 NKp46-발현 세포에 대한 8E5B의 결합을 감소시킨다면, 항체는 8E5B와 각각 "경쟁하는" 것으로 언급된다.
본 명세서에 사용되는 바와 같은 용어 "친화도"는 에피토프에 대한 항체 또는 폴리펩타이드의 결합 강도를 의미한다. 항체의 친화도는 [Ab] x [Ag]/[Ab-Ag]로서 나타내는 해리 상수 KD에 의해 제공되며, 여기서 [Ab-Ag]는 항체-항원 복합체의 몰농도이고, [Ab]는 비결합 항체의 몰 농도이며, [Ag]는 비결합 항원의 몰 농도이다. 친화도 상수 KA는 1/KD로 나타낸다. mAb의 친화도를 결정하기 위한 바람직한 방법은 문헌[Harlow, et al., Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1988), Coligan et al., eds., Current Protocols in Immunology, Greene Publishing Assoc. and Wiley Interscience, N.Y., (1992, 1993), 및 Muller, Meth. Enzymol. 92:589-601 (1983)]에서 찾을 수 있으며, 이들 참고문헌은 본 명세서에 전문이 참고로 포함된다. mAb의 친화도를 결정하기 위한 당업계에 잘 공지된 하나의 바람직한 그리고 표준 방법은 표면 플라즈몬 공명(SPR) 선별(예컨대 비아코어(BIAcore)(상표명) SPR 분석 장치를 이용하는 분석에 의함)의 사용이다.
본 발명의 내용 내에서, "결정기"는 폴리펩타이드의 상호작용 또는 결합 부위를 지정한다.
용어 "에피토프"는 항원 결정기를 지칭하며, 항체 또는 폴리펩타이드가 결합하는 항원 상의 면적 또는 영역이다. 단백질 에피토프는 결합에 직접적으로 수반되는 아미노산 잔기뿐만 아니라 특정 항원 결합 항체 또는 펩타이드에 의해 효과적으로 차단되는 아미노산 잔기, 즉, 항체의 "풋프린트(footprint)" 내의 아미노산 잔기를 포함할 수 있다. 이는, 예를 들어, 항체 또는 수용체와 조합될 수 있는 복합체 항원 분자 상의 가장 단순한 형태 또는 가장 작은 구조적 면적이다. 에피토프는 선형 또는 입체배좌/구조적일 수 있다. 용어 "선형 에피토프"는 아미노산의 선형 서열에 인접한 아미노산 잔기로 구성된 에피토프로서 정의된다(1차 구조). 용어 "입체배좌적 또는 구조적 에피토프"는 모든 인접하지 않은 아미노산 잔기로 구성된 에피토프로서 정의되고, 따라서 분자의 폴딩(2차, 3차 및/또는 4차 구조)에 의해 서로 가깝게 되는 아미노산의 선형 서열의 분리된 부분을 나타낸다. 입체배좌 에피토프는 3-차원 구조에 의존한다. 따라서 용어 '입체배좌적'은 종종 '구조적'과 상호 호환적으로 사용된다.
본 명세서의 "아미노산 변형"은 폴리펩타이드 서열 내의 아미노산 치환, 삽입 및/또는 결실을 의미한다. 본 명세서의 아미노산 변형의 예는 치환이다. 본 명세서의 "아미노산 변형"은 폴리펩타이드 서열 내 아미노산 치환, 삽입, 및/또는 결실을 의미한다. 본 명세서의 "아미노산 치환" 또는 "치환"은 당백질 서열 내 주어진 위치에서 아미노산의 다른 아미노산으로의 대체를 의미한다. 예를 들어, 치환 Y50W는 위치 50에서 타이로신이 트립토판으로 대체되는 모 폴리펩타이드의 변이체를 지칭한다. 폴리펩타이드의 "변이체"는 기준 폴리펩타이드, 전형적으로 천연 또는 "모" 폴리펩타이드와 실질적으로 동일한 아미노산 서열을 갖는 폴리펩타이드를 지칭한다. 폴리펩타이드 변이체는 천연 아미노산 서열 내의 특정 위치에서 하나 이상의 아미노산 치환, 결실 및/또는 삽입을 가질 수 있다.
"보존적" 아미노산 치환은 아미노산 잔기가 유사한 물리화학적 특성이 있는 측쇄를 갖는 아미노산 잔기로 대체되는 것이다. 유사한 측쇄를 갖는 아미노산 잔기의 패밀리는 당업계에 공지되어 있으며, 염기성 측쇄(예를 들어, 라이신, 알기닌, 히스티딘), 산성 측쇄(예를 들어, 아스파르트산, 글루탐산), 비하전 극성 측쇄(예를 들어, 글리신, 아스파라긴, 글루타민, 세린, 트레오닌, 타이로신, 시스테인, 트립토판), 비극성 측쇄(예를 들어, 알라닌, 발린, 류신, 아이소류신, 프롤린, 페닐알라닌, 메티오닌), 베타-분지 측쇄(예를 들어, 트레오닌, 발린, 아이소류신) 및 방향족 측쇄(예를 들어, 타이로신, 페닐알라닌, 트립토판, 히스티딘)를 갖는 아미노산을 포함한다.
2 이상의 폴리펩타이드의 서열 사이의 관계에서 사용될 때, 용어 "동일성" 또는 "동일한"은 2 이상의 아미노산 잔기의 끈 사이의 매칭 수에 의해 결정되는 바와 같은 폴리펩타이드 사이의 서열 관계 정도를 지칭한다. "동일성"은 (만약에 있다면) 특정 수학 모델 또는 컴퓨터 프로그램(즉, "알고리즘")에 의해 처리되는 갭 정렬을 갖는 2 이상의 서열 중 더 작은 것 사이에서 동일한 매칭%를 측정한다. 관련된 폴리펩타이드의 동일성은 공지된 방법에 의해 용이하게 계산될 수 있다. 이러한 방법은 문헌[Computational Molecular Biology, Lesk, A. M., ed., Oxford University Press, New York, 1988; Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, D. W., ed., Academic Press, New York, 1993; Computer Analysis of Sequence Data, Part 1, Griffin, A. M., and Griffin, H. G., eds., Humana Press, New Jersey, 1994; Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987; Sequence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J., eds., M. Stockton Press, New York, 1991; 및 Carillo et al., SIAM J. Applied Math. 48, 1073 (1988)]에 기재된 것을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
동일성을 결정하기 위한 바람직한 방법은 시험한 서열 사이에 가장 큰 매치를 제공하도록 설계된다. 동일성을 결정하는 방법은 공개적으로 입수 가능한 컴퓨터 프로그램에 기재된다. 두 서열 사이의 동일성을 결정하기 위한 바람직한 컴퓨터 프로그램은 GAP(Devereux et al., Nucl. Acid. Res. 12, 387 (1984); Genetics Computer Group, University of Wisconsin, Madison, Wis.), BLASTP, BLASTN, 및 FASTA(Altschul et al., J. Mol. Biol. 215, 403-410 (1990))를 포함하는 GCG 프로그램 패키지를 포함한다. BLASTX 프로그램은 미국 국가 생물 공학 센터(National Center for Biotechnology Information: NCBI) 및 기타 공급원(BLAST Manual, Altschul et al. NCB/NLM/NIH Bethesda, Md. 20894; Altschul et al., 상기 참조)으로부터 공개적으로 입수 가능하다. 동일성을 결정하기 위해 잘 공지된 스미스 워터만(Smith Waterman) 알고리즘이 또한 사용될 수 있다.
"단리된" 분자는 조성물에서 우세한 종인 분자이되, 이는 그것이 속하는 분자 분류에 대해 발견된다(즉, 이는 조성물 내 분자 유형의 적어도 약 50%까지를 구성하고, 전형적으로 조성물 내 분자 종, 예를 들어 펩타이드의 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95% 이상을 구성할 것이다). 통상적으로, 폴리펩타이드의 조성물은 조성물에서 모든 존재하는 펩타이드 종과 관련하여 폴리펩타이드에 대해 또는 적어도 제안된 용도와 관련하여 실질적으로 활성인 펩타이드 종에 대해 98%, 98% 또는 99% 동종성을 나타낼 것이다.
본 명세서의 내용에서, "치료" 또는 "치료하는"은 달리 내용과 모순되지 않는 한, 질환 또는 장애의 하나 이상의 증상 또는 임상적으로 적절한 징후를 예방하거나, 완화하거나, 관리하거나, 경화시키거나 또는 감소시키는 것을 지칭한다. 예를 들어, 질환 또는 장애의 증상 또는 임상적으로 적절한 징후가 확인되지 않은 환자의 "치료"는 방지적 또는 예방적 요법인 반면, 질환 또는 장애의 증상 또는 임상적으로 적절한 징후가 확인된 환자의 "치료"는 일반적으로 방지적 또는 예방적 요법을 구성하지 않는다.
본 명세서에 사용된 바와 같이, "NK 세포"는 비통상적 면역에 수반된 림프구의 하위집단을 지칭한다. NK 세포는 특정 특징 및 생물학적 특성, 특히 인간 NK 세포에 대한 표면 항원 NKp46(NK 세포 특이적) 및/또는 CD56의 발현, 세포 표면 상의 알파/베타 또는 감마/델타 TCR 복합체의 부재, 특정 세포 용해 기작의 활성화에 의해 "자기" MHC/HLA 항원을 발현시키지 않는 세포에 결합하고 사멸시키는 능력, NK 활성화 수용체에 대한 리간드를 발현시키는 종양 세포 또는 다른 질환 세포를 사멸시키는 능력, 및 면역 반응을 자극하거나 또는 저해하는 사이토카인으로 불리는 단백질 분자를 방출하는 능력에 의해 동정될 수 있다. 임의의 이들 특징 및 활성은 당업계에 잘 공지된 방법을 이용하여 NK 세포를 동정하기 위해 사용될 수 있다. NK 세포의 임의의 하위 집단은 또한 용어 NK 세포에 의해 포함될 것이다. 본 명세서의 내용 내에서, "활성" NK 세포는 표적 세포를 용해하거나 또는 다른 세포의 면역 기능을 향상시키는 능력을 갖는 NK세포를 포함하는, 생물학적으로 활성인 NK 세포를 지정한다. NK 세포는 당업계에 공지된 다양한 기법, 예컨대 혈액 샘플로부터의 단리, 혈구제거요법, 조직 또는 세포 수집 등에 의해 얻어질 수 있다. NK 세포를 수반하는 분석을 위한 유용한 프로토콜은 문헌[Natural Killer Cells Protocols (edited by Campbell KS and Colonna M). Human Press. pp. 219-238 (2000)]에서 찾을 수 있다.
"NKp46"은 Ncr1 유전자에 의해 또는 이러한 유전자로부터 제조된 cDNA에 의해 암호화된 단백질 또는 폴리펩타이드를 지칭한다. 임의의 천연 유래 아이소폼, 대립유전자 또는 변이체는 용어 NKp46 폴리펩타이드(예를 들어, 서열번호 1에 대해 90%, 95%, 98% 또는 99% 동일한 NKp46 폴리펩타이드, 또는 이의 적어도 20, 30, 50, 100 또는 200개의 아미노산 잔기의 인접한 서열)에 의해 포함된다. 인간 NKp46의 304개의 아미노산 잔기 서열(아이소폼 a)은 다음과 같이 나타낸다:
MSSTLPALLC VGLCLSQRIS AQQQTLPKPF IWAEPHFMVP KEKQVTICCQ GNYGAVEYQL HFEGSLFAVD RPKPPERINK VKFYIPDMNS RMAGQYSCIY RVGELWSEPS NLLDLVVTEM YDTPTLSVHP GPEVISGEKV TFYCRLDTAT SMFLLLKEGR SSHVQRGYGK VQAEFPLGPV TTAHRGTYRC FGSYNNHAWS FPSEPVKLLV TGDIENTSLA PEDPTFPADT WGTYLLTTET GLQKDHALWD HTAQNLLRMG LAFLVLVALV WFLVEDWLSR KRTRERASRA STWEGRRRLN TQTL (서열번호 1). 서열번호 1은 NCBI 수탁 번호 NP_004820에 대응하며, 이의 개시내용은 본 명세서에 참고로 포함된다. 인간 NKp46 mRNA 서열은 NCBI 수탁 번호 NM_004829에 기재되며, 이의 개시내용은 본 명세서에 참고로 포함된다.
본 명세서에 사용된 바와 같이, 용어 "암 항원" 및 "종양 항원"은 상호 호환적으로 사용되고, 암 세포에 의해 차별적으로 발현되고, 이에 의해 암 세포를 표적화하도록 이용될 수 있는 항원을 지칭한다. 암 항원은 분명하게 종양-특이적 면역 항원을 잠재적으로 자극할 수 있는 항원이다. 일부 이들 항원은 반드시 발현되지는 않지만, 정상 세포에 의해 암호화된다. 이들 항원은 정상 세포에서 정상적으로는 침묵인(즉, 발현되지 않는) 것, 특정 분화 단계에서만 발현되는 것 및 배아 및 태아 항원과 같이 일시적으로 발현된 것으로 특성규명될 수 있다. 다른 암항원은 돌연변이체 세포 유전자, 예컨대 암유전자(예를 들어, 활성화된 ras 종양유전자), 억제 유전자(예를 들어, 돌연변이체 p53), 내부 결실 또는 염색체 전좌로부터 초래된 융합 단백질에 의해 암호화된다. 또 다른 암 항원은 바이러스 유전자, 예컨대 RNA 및 DNA 종양 바이러스 상에서 운반되는 것에 의해 암호화될 수 있다. 암 항원은 보통 이상 시간에 과발현 또는 발현되는 정상 세포 표면 항원이다. 이상적으로는, 표적 항원은 증식성 세포(예를 들어, 종양 세포) 상에서만 발현되지만, 그러나 이는 실제로는 거의 관찰되지 않는다. 그 결과, 표적 항원은 보통 증식성 조직과 건강한 조직 사이의 차별적 발현에 기반하여 선택된다. 항체는 하기를 포함하는 특정 종양 관련 항원을 표적화하도록 형성되었다: 수용체 타이로신 키나제-유사 희귀 수용체 1(ROR1), 크립토(Cripto), CD4, CD20, CD30, CD19, CD38, CD47, 당단백질 NMB, CanAg, Her2 (ErbB2/Neu), CD22(Siglec2), CD33(Siglec3), CD79, CD138, CD171, PSCA, L1-CAM, PSMA(전립선 특이적 막 항원), BCMA, CD52, CD56, CD80, CD70, E-셀렉틴, EphB2, 멜라노트랜스페린, Mud 6 및 TMEFF2. 암 항원의 예는 또한, 이것이 제외하는 것으로 의도하지는 않지만, B7-H3, B7-H4, B7-H6, PD-L1, MAGE, MART-1/멜란-A, gp100, 아데노신 탈아미노효소-결합 단백질(ADAbp), 사이클로필린 b, 결장직장 관련 항원(CRC)-C017-1A/GA733, 킬러-Ig 유사 수용체 3DL2(KIR3DL2), 단백질 타이로신 키나제 7(PTK7), 수용체 단백질 타이로신 키나제 3(TYRO-3), 넥틴(예를 들어, 넥틴-4), 암배아 항원(CEA) 및 그의 면역원성 에피토프 CAP-1 및 CAP-2, etv6, aml1, 전립선 특이적 항원(PSA), T-세포 수용체/CD3-제타 쇄, 종양 항원의 MAGE-패밀리, 종양 항원의 GAGE-패밀리, 항-뮐러 호르몬 II형 수용체, 델타-유사 리간드 4(DLL4), DR5, BAGE, RAGE, LAGE-1, NAG, GnT-V, MUM-1, CDK4, MUC 패밀리, VEGF, VEGF 수용체, 안지오포이에틴-2, PDGF, TGF-알파, EGF, EGF 수용체, 인간 EGF-유사 수용체 패밀리의 구성원, 예컨대 HER-2/neu, HER-3, HER-4 또는 적어도 하나의 HER 서브유닛을 포함한 이형이량체 수용체, 가스트린 방출 펩타이드 수용체 항원, Muc-1, CA125, αvβ3 인테그린, α5β1 인테그린, αIIbβ3-인테그린, PDGF 베타 수용체, SVE-카데린, IL-8, hCG, IL-6, IL-6 수용체, IL-15, α-태아단백질, E-카데린, α-카테닌, β-카테닌 및 γ-카테닌, p120ctn, PRAME, NY-ESO-1, cdc27, 선종성 용종증 단백질(adenomatous polyposis coli protein: APC), 포드린, 코넥신 37, Ig-유전자형, p15, gp75, GM2 및 GD2 강글리오사이드, 바이러스 생성물, 예컨대 인유두종바이러스 단백질, imp-1, P1A, EBV-암호화된 핵 항원(EBNA)-1, 뇌 글리코겐 포스포릴라제, SSX-1, SSX-2(HOM-MEL-40), SSX-1, SSX-4, SSX-5, SCP-1 및 CT-7, 및 c-erbB-2를 포함한다.
항-NKp46 항체의 생성
본 발명의 항체는 인간 세포의 표면 상에서, 특히 포말린 고정 샘플, 예컨대 파라핀-포매된 조직 절편에서 NKp46 폴리펩타이드, 예를 들어, NKp46 폴리펩타이드에 특이적으로 결합한다. 파라핀-포매된 조직 절편 내 NKp46 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 항체의 능력은 본 명세서에 기재된 바와 같은 진단적 또는 치료적 목적을 위해 그들을 수많은 적용에 대해, 특히 세포 및 NK 세포 및/또는 NKp46 발현의 수준 또는 분포를 검출하는데 유용하게 만든다. 특히, 바람직한 실시형태에서, 항체는 환자로부터 취한 샘플(예를 들어, 생검) 내 종양 조직에서 또는 근처에서 NK 세포의 존재 또는 수준을 결정하기 위해 사용되며, NKp46이 조직 샘플에서 검출된다면, NK 세포는 존재하는 것으로 결정된다.
NKp46에 대한 항체 결합의 검출은 임의의 다수의 방법으로 수행될 수 있다. 예를 들어, 항체는 검출 가능한 모이어티, 예를 들어, 발광 화합물, 예컨대 형광 모이어티로, 또는 방사성 화합물로, 금으로, 바이오틴으로(후속적으로 아비딘에 대한 증폭된 결합, 예를 들어, 아비딘-AP를 허용함), 또는 효소, 예컨대 알칼리성 포스파타제(AP) 또는 겨자무과산화효소(HRP)로 직접적으로 표지될 수 있다. 대안적으로, 그리고 바람직하게는, 샘플 내 인간 NKp46에 대한 항체의 결합은 1차 항-NKp46 항체에 결합되고, 그 자체가 바람직하게는 겨자무과산화효소(HRP) 또는 알칼리성 포스파타제(AP)와 같은 효소로 표지되는 2차 항체를 이용함으로써 평가되지만; 그러나, 2차 항체는 임의의 적합한 방법을 이용하여 표지 또는 검출될 수 있다는 것이 인식될 것이다. 바람직한 실시형태에서, 증폭 시스템, 예를 들어 2차 항체가 검출 가능한 화합물 또는 효소, 예컨대 HRP 또는 AP의 다수의 복제물에 결합되는 중합체(예를 들어, 덱스트란)에 결합되는 엔비전(EnVision) 시스템은 2차 항체에 의해 제공되는 신호를 향상시키기 위해 사용된다(예를 들어, 문헌[Wiedorn et al. (2001) The Journal of Histochemistry & Cytochemistry, Volume 49(9): 1067-1071;
Figure pct00001
et al., (2001) Journal of Histochemistry and Cytochemistry, Vol. 49, 623-630] 참조; 이의 전체 개시내용은 본 명세서에 참고로 포함된다).
유리한 양상에서, 본 발명은 단일클론 항체 8E5B와 경쟁하고, 단일클론 항체 8E5B로서 NKp46 분자 상에서 실질적으로 또는 본질적으로 동일하거나 또는 동일한 에피토프 또는 "에피토프 부위"에 대해 면역 특이성을 인식하거나, 결합하거나 또는 면역특이성을 갖는 항체를 제공한다. 다른 실시형태에서, 단일클론 항체는 항체 8E5B로 이루어지거나 또는 이의 유도체 또는 단편이다.
바람직한 항체가 항체 8E5B와 동일한 에피토프에 결합하지만, 본 항체는 NKp46 폴리펩타이드의 임의의 부분을 인식하고, 임의의 부분에 대해 상승될 수 있다는 것이 인식될 것이다. 예를 들어, NKp46의 임의의 단편, 바람직하게는 배타적은 아닌 인간 NKp46, 또는 NKp46 단편의 임의의 조합은 항체를 상승시키기 위한 면역원으로서 사용될 수 있고, 본 발명의 항체는 그들이 본 명세서에 기재된 바와 같은 파라핀-포매된 절편 상에서 인식할 수 있다면, NKp46 폴리펩타이드 내의 임의의 위치에서 에피토프를 인식할 수 있다. 바람직하게는, 인식된 에피토프는 세포 표면 상에 존재하며, 즉, 그들은 세포 밖에 존재하는 항체에 접근 가능하다. 가장 바람직하게는, 에피토프는 항체 8E5B에 의해 특이적으로 인식되는 에피토프이다. 추가로, NKp46 내의 별개의 에피토프를 인식하는 항체는, 예를 들어, 상이한 개체 중에서 또는 상이한 조직 샘플에서 최대 효능 및 폭을 갖는 NKp46 폴리펩타이드에 결합하도록 조합하여 사용될 수 있다.
본 발명의 항체는 당업계에 공지된 다양한 기법에 의해 생성될 수 있다. 전형적으로, 그들은 NKp46 폴리펩타이드, 바람직하게는 인간 NKp46 폴리펩타이드를 포함하는 면역원에 의한 비인간 동물, 바람직하게는 마우스의 면역화에 의해 생성된다. NKp46 폴리펩타이드는 인간 NKp46 폴리펩타이드, 또는 이의 단편 또는 유도체, 전형적으로 면역원성 단편, 즉, NKp46 폴리펩타이드를 발현시키는 세포 표면 상에 노출된 에피토프, 바람직하게는 8E5B 항체에 의해 인식되는 에피토프를 포함하는 폴리펩타이드의 일부의 전장 서열을 포함할 수 있다. 이러한 단편은 전형적으로 성숙 폴리펩타이드 서열의 적어도 약 7개의 연속적 아미노산, 훨씬 더 바람직하게는 이의 적어도 약 10개의 연속적 아미노산을 함유한다. 단편은 전형적으로 리포터의 세포외 도메인으로부터 본질적으로 유래된다. 바람직한 실시형태에서, 면역원은 지질막에서, 전형적으로 세포 표면에서 야생형 인간 NKp46 폴리펩타이드를 포함한다. 구체적 실시형태에서, 면역원은 선택적으로 치료 또는 용해된 무손상 세포, 특히 무손상 인간 세포를 포함한다. 다른 바람직한 실시형태에서, 폴리펩타이드는 재조합 NKp46 폴리펩타이드이다.
항원을 이용하여 비-인간 포유류를 면역화시키는 단계는 마우스에서 항원의 생성을 자극하기 위해 당업게에 잘 공지된 임의의 방법으로 수행될 수 있다(예를 들어, 문헌[E. Harlow and D. Lane, Antibodies: A Laboratory Manual., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY (1988)], 이의 전체 개시내용은 본 명세서에 참고로 포함됨). 면역원은 완충제 중에서 선택적으로 애주번트, 예컨대 완전 또는 불완전 프로인트 애주번트와 함께 현탁되거나 또는 용해된다. 면역원의 양, 완충제의 유형 및 애주번트의 양을 결정하기 위한 방법은 당업자에게 잘 공지되어 있고, 본 발명에 대해 임의의 방법으로 제한하지 않는다. 이들 매개변수는 상이한 면역원에 대해 상이할 수 있지만, 용이하게 설명된다.
유사하게, 항체의 생성을 자극하는 데 충분한 면역원의 위치 및 빈도는 또한 당업계에 잘 공지되어 있다. 전형적인 면역화 프로토콜에서, 비-인간 동물은 제1일에 그리고 다시 약 1주 후에 항원과 함께 복강내로 주사된다. 이는 그 다음에 대략 제20일에 선택적으로 불완전 프로인트 애주번트와 같은 애주번트와 함께 항원 리콜 주사가 이어진다. 리콜 주사는 정맥내로 수행되고, 며칠의 연속일 동안 반복될 수 있다. 이는 그 다음에 전형적으로 애주번트 없이 정맥내로 또는 복강내로 제40일에 부스터 주사가 이어진다. 이 프로토콜은 약 40일 후에 항원-특이적 항체-생성 B 세포의 생성을 초래한다. 그들이 면역화에서 사용되는 항원에 관한 항체를 발현시키는 B 세포의 생성을 초래하는 한, 다른 프로토콜이 또한 사용될 수 있다.
다클론성 항체 제조를 위해, 혈청은 면역화된 비-인간 동물로부터 얻어졌고, 그에 존재하는 항체는 잘 공지된 기법에 의해 단리되었다. 혈청은 NKp46 폴리펩타이드와 반응하는 항체를 얻기 위해 고체 지지체와 관련된 상기 제시된 임의의 면역원을 이용하여 정제된 친화도일 수 있다.
대안의 실시형태에서, 비면역화된 비-인간 포유류로부터의 림프구는 단리되고, 시험관내에서 성장하며, 이어서, 세포 배양물에서 면역원에 노출된다. 이어서, 림프구는 채취되고, 이하에 기재되는 융합 단계가 수행된다.
비장세포는 항체-생성 혼성세포를 형성하기 위해 면역화된 비인간 포유류 및 해당 비장세포와 불멸 세포의 후속적 융합으로부터 단리될 수 있다. 비-인간 포유류로부터 비장세포의 단리는 당업계에 잘 공지되어 있고, 전형적으로 마취시킨 비-인간 포유류로부터 비장을 제거하는 단계, 그것을 작은 조각으로 절단하는 단계 및 단일 세포 현탁액을 생성하기 위해 셀 스트레이너(cell strainer)의 나일론 메쉬를 통해 비장 캡슐로부터 적절한 완충제 내로 비장세포를 스퀴징(squeezing)하는 단계를 수반한다. 세포를 세척하고, 원심분리한 다음, 임의의 적혈구를 용해한 완충제 중에서 재현탁시킨다. 용액을 다시 원심분리시키고, 펠렛 내 남아있는 림프구를 최종적으로 새로운 완충제 중에서 재현탁시킨다.
일단 단일 세포 현탁액에서 단리되고 존재한다면, 림프구는 불멸 세포주에 융합될 수 있다. 혼성세포를 생성하는 데 유용한 다수의 다른 불멸 세포주가 당업계에 공지되어 있지만, 이는 전형적으로는 마우스 골수종 세포주이다. 바람직한 뮤린 골수종 계통은 미국 샌디에이고에 소재한 솔크 인스티튜트 세포 분포 센터(Salk Institute Cell Distribution Center)로부터 입수 가능한 MOPC-21 및 MPC-11 마우스로부터 유래된 것, 미국 메릴랜드주 락빌에 소재한 미국 미생물 보존센터(American Type Culture Collection)로부터 입수 가능한 X63 Ag8653 및 SP-2 세포를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 융합은 폴리에틸렌 글리콜 등을 이용하여 달성된다. 이어서, 얻어진 혼성세포는 비융합, 모 골수종 세포의 성장 또는 생존을 저해하는 하나 이상의 물질을 함유하는 선택적 배지에서 성장된다. 예를 들어, 모 골수종 세포가 효소 하이포크산틴 구아닌 포스포리보실 전달효소(HGPRT 또는 HPRT)를 결여한다면, 혼성세포에 대한 배양 배지는 전형적으로 하이포크산틴, 아미노프테린 및 티미딘(HAT 배지)을 포함하는데, 이 물질들은 HGPRT-결핍 세포의 성장을 방지한다.
혼성세포는 전형적으로 대식세포의 공급층 상에서 성장된다. 대식세포는 바람직하게는 비장세포를 단리시키기 위해 사용되는 비-인간 포유류의 한배 새끼로부터 유래되며, 전형적으로 혼성세포를 플레이팅하기 전 며칠 전에 불완전 프로인트 애주번트 등에 의해 프라이밍된다. 융합 방법은 문헌[Goding, "Monoclonal Antibodies: Principles and Practice," pp. 59-103 (Academic Press, 1986)]에 기재되어 있으며, 이의 개시내용은 본 명세서에 참고로 포함된다.
세포는 콜로니 형성 및 항체 생성을 위한 충분한 시간 동안 선택 배지에서 성장하도록 허용된다. 이는 보통 약 7 내지 14일이다.
이어서, 혼성세포 콜로니는 NKp46 폴리펩타이드에 특이적으로 결합된 항체, 바람직하게는 항체 8E5B에 의해 특이적으로 인식된 에피토프의 생성을 위해 분석된다. 혼성세포가 성장하는 웰에 적합할 수 있는 임의의 분석이 사용될 수 있지만, 상기 분석은 전형적으로 표색 ELISA-유형 분석이다. 다른 분석은 방사면역측정법 또는 형광 활성화 세포 분류를 포함한다. 목적으로 하는 항체 생성에 대해 양성인 웰을 시험하여 하나 이상의 별개의 콜로니가 존재하는지의 여부를 결정한다. 하나 초과의 콜로니가 존재한다면, 세포는 재클로닝되고 성장되어 단일 세포만이 목적으로 하는 항체를 생성하는 콜로니를 생기게 한다는 것을 보장할 수 있다. 전형적으로, 항체는 또한 파라핀-포매된 조직 절편 또는 세포 펠렛에서 NKp46 폴리펩타이드에 결합하는 능력에 대해 시험할 것이다(실시예 참조). NKp46을 자연적으로 발현시키지 않는 세포는 (예를 들어, 인간 NKp46을 발현시키는 핵산에 의한 형질감염에 의해) 인간 NKp46을 발현시키도록 생성될 수 있고, 세포 펠렛으로서 제조되며, 포말린 고정되고, 파라핀 포매되며, 절편화되고, 탈파라핀화되고, 슬라이드에 전달된다. NKp46을 발현시키지 않는 대조군 세포(예를 들어, 상기와 동일하지만, NKp46으로 형질감염되지 않은 세포)를 음성 대조군으로서 사용할 수 있다.
본 발명의 단일클론 항체를 생성하기 위해 확인한 혼성세포는 적절한 배지, 예컨대 DMEM 또는 RPMI-1640에서 더 다량으로 성장될 수 있다. 대안적으로, 혼성세포 세포는 동물에서 복수 종양으로서 생체내에서 성장될 수 있다.
목적으로 하는 단일클론 항체를 생성하기 위한 충분한 성장 후에, 단일클론 항체(또는 복수액)를 함유하는 성장 배지는 세포로부터 분리되고, 그에 존재하는 단일클론 항체가 정제된다. 정제는 전형적으로 겔 전기영동, 투석, 단백질 A 또는 단백질 G-세파로스를 이용하는 크로마토그래피, 또는 아가로스 또는 세파로스 비드와 같은 고체 지지체에 연결된 항-마우스에 의해 달성된다(모두, 예를 들어, 문헌[the Antibody Purification Handbook, Biosciences, publication No. 18-1037-46, Edition AC]에 기재됨, 이의 개시내용은 본 명세서에 참고로 포함됨). 결합된 항체는 전형적으로 낮은 pH 완충제(pH 3.0 이하의 글리신 또는 아세트산염 완충제)를 이용함으로써 항체-함유 분획의 즉시 중화에 의해 단백질 A/단백질 G로부터 용리된다. 이들 분획은 필요하다면 풀링하고, 투석하며, 농축시킨다.
단일의 분명한 콜로니를 갖는 양성 웰은 전형적으로 재클로닝되고, 재분석되어 단지 하나의 단일클론 항체가 검출되고 생성되는 것을 보장한다.
항체는 또한, 예를 들어 본 명세서에 전문이 참고로 포함되는 문헌[Ward et al. Nature, 341 (1989) p. 544]에서 개시한 바와 같이 면역글로불린의 조합 라이브러리의 선택에 의해 생성될 수 있다.
특히 실질적으로 또는 본질적으로 단일클론 항체 8E5B와 동일한 에피토프이 NKp46에 결합하는 하나 이상의 항체의 동정은 항체 경쟁이 실시예에 기재하는 방법 또는 임의의 다른 적합한 방법에 따라 평가될 수 있는 다양한 면역학적 선별 분석 중 임의의 하나를 이용하여 용이하게 결정될 수 있다. 본 명세서에 기재된 항체가 결합하는 에피토프를 실제로 결정하는 것은 본 명세서에 기재된 단일클론 항체와 동일하거나 또는 실질적으로 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 동정하는 데 필요한 임의의 방법이 아니라는 것이 이해될 것이다.
예를 들어, 시험될 시험 항체는 상이한 공급원 동물로부터 얻거나 또는 심지어 상이한 Ig 아이소타입을 갖는 경우에, 대조군(8E5B, 예를 들어)과 시험 항체가 혼합되고(또는 사전 흡수되고) NKp46 폴리펩타이드를 함유하는 샘플에 적용되는 단순한 경쟁 분석을 사용할 수 있다. 웨스턴 블롯팅 및 BIACORE 분석의 사용에 기반한 프로토콜을 이러한 단순한 경쟁 연구에서 사용할 수 있다.
특정 실시형태에서, NKp46 항원 샘플에 적용하기 전 일정 기간의 시간 동안 시험 항체의 양을 달리하여(예를 들어, 약 1:10 또는 약 1:100) 대조군 항체(예를 들어, 8E5B)를 사전 혼합한다. 다른 실시형태에서, 대조군 및 다양한 양의 시험 항체는 NKp46 항원 샘플에 대한 노출 동안 단순히 혼합될 수 있다. 결합 항체를 유리 항체와(예를 들어, 비결합 항체를 제거하기 위해 분리 또는 세척 기법을 이용함으로써) 그리고 8E5B를 시험 항체(예를 들어, 종-특이적 또는 아이소타입-특이적 2차 항체를 이용함으로써 또는 검출 가능한 표지로 8E5B를 특이적으로 표지함으로써)와 구별할 수 있다면, 시험 항체가 항원에 대한 8E5B의 결함을 감소시키는지의 여부를 결정할 수 있는데, 이는 시험 항체가 8E5B와 동일한 에피토프를 실질적으로 인식한다는 것을 나타낸다. 경쟁적으로 부적절한 항체의 부재 하에서 (표지된) 대조군 항체의 결합은 대조군에 높은 값을 제공할 수 있다. 표지된(8E5B) 항체를 정확하게 동일한 유형(8E5B)의 비 표지 항체와 인큐베이션시킴으로써 낮은 값의 대조군을 얻을 수 있고, 여기서 경쟁이 일어나며 표지 항체의 결합을 감소시킨다. 시험 분석에서, 시험 항체의 존재에서 표지 항체 반응성의 상당한 감소는 실질적으로 동일한 에피토프를 인식하는 시험 항체, 즉, 표지된(8E5B) 항체와 "교차 반응"하는 것을 나타낸다. 약 1:10 내지 약 1:100의 8E5B:시험 항체의 임의의 비에서 적어도 약 50%, 예컨대 적어도 약 60%, 또는 더 바람직하게는 적어도 약 70%(예를 들어, 약 65 내지 100%)만큼 NKp46 항원에 대한 8E5B의 결합을 감소시키는 임의의 시험 항체는 8E5B와 실질적으로 동일한 에피토프 또는 결정기에 결합하는 항체인 것으로 고려된다. 바람직하게는, 이러한 시험 항체는 적어도 약 90% (예를 들어, 약 95%)만큼 NKp46에 대한 8E5B의 결합을 감소시킬 것이다.
경쟁은 또한, 예를 들어, 유세포 분석 시험에 의해 평가될 수 있다. 이러한 시험에서, 주어진 NKp46 폴리펩타이드를 보유하는 세포는 처음에 8E5B과 함께 인큐베이션되고, 예를 들어, 이어서, 형광색소 또는 바이오틴으로 표지한 시험 항체와 함께 인큐베이션될 수 있다. 포화량의 8E5B와 함께 사전인큐베이션 시 얻은 결합이 8E5B와 함께 사전인큐베이션 없이 항체에 의해 얻어진 결합(형광에 의해 측정한 바와 같음)의 약 80%, 바람직하게는 약 50%, 약 40% 이하(예를 들어, 약 30%)라면, 상기 항체는 8E5B와 경쟁하는 것으로 언급된다. 대안적으로, 항체는 포화량의 시험 항체와 함께 사전인큐베이션시킨 세포에 대해 (형광색소 또는 바이오틴에 의해) 표지된 8E5B 항체에 의해 얻어진 결합이 항체와 함께 사전인큐베이션 없이 얻은 결합의 약 80%, 바람직하게는 약 50%, 약 40% 이하(예를 들어, 약 30%)라면, 항체는 8E5B와 경쟁하는 것으로 언급된다.
시험 항체가 사전 흡착되고 NKp46 항원이 고정되는 표면에 대해 포화 농도로 적용되는 단순한 경쟁 분석이 또한 사용될 수 있다. 단순한 경쟁 분석에서 표면은 바람직하게는 비아코어(BIACORE) 칩(또는 표면 플라즈몬 공명 분석에 대해 적합한 다른 배지)이다. 이어서, 대조군 항체(예를 들어, 8E5B)는 NKp46-포화 농도에서 표면과 접촉되고, NKp46 및 대조군 항체의 표면 결합이 측정된다. 대조군 항체의 이런 결합은 시험 항체의 부재 하에서 NKp46-함유 표면에 대한 대조군 항체의 결합과 비교된다. 시험 분석에서, 시험 항체의 존재 하에서 대조군 항체에 의한 NKp46-함유 표면 결합의 상당한 감소는 시험 항체가 대조군 항체와 "교차 반응"하도록 시험 항체가 대조군 항체와 실질적으로 동일한 에피토프를 인식한다는 것을 나타낸다. 적어도 약 30% 이상, 바람직하게는 약 40%만큼 NKp46 항원에 대한 대조군(예컨대 8E5B) 항체의 결합을 감소시키는 임의의 시험 항체는 실질적으로 동일한 에피토프 또는 대조군으로서 결정기(예를 들어, 8E5B)에 결합하는 항체가 되는 것으로 고려될 수 있다. 바람직하게는, 이러한 시험 항체는 적어도 약 50%(예를 들어, 적어도 약 60%, 적어도 약 70% 이상) 만큼 NKp46 항원에 대한 대조군 항체(예를 들어, 8E5B)의 결합을 감소시킬 것이다. 대조군과 시험 항체의 순서는 반전될 수 있다는 것: 즉, 경쟁 분석에서 대조군 항체가 표면에 처음 결합되고, 시험 항체가 이후에 표면과 접촉된다는 것이 인식될 것이다. 바람직하게는, NKp46 항원에 대해 더 높은 친화도를 갖는 항체는 처음에 표면에 결합되는데, 제2 항체에서 보이는 결합의 감소는 (항체는 교차 반응성인 것으로 가정) 더 큰 규모를 가질 것으로 예상되기 때문이다. 이러한 분석의 추가적인 예는, 예를 들어, 문헌[Saunal H. and al (1995) J. Immunol. Methods 183: 33-41]에서 제공되며, 이의 개시내용은 본 명세서에 참고로 포함된다.
바람직하게는, NKp46 에피토프를 인식하는 단일클론 항체는 CD56dim 및 CD56bright NK 세포 상에 포함되는 모든 NK 세포 상에 존재하는 에피토프와 반응할 것이지만, 비-NK 세포, 예를 들어, 면역 또는 비-면역 세포, 과립구, 단핵구, B 세포, T 세포 등과 상당하게 반응하지 않을 것이다.
일 실시형태에서, 본 발명의 항체는 NKp46-발현 세포에 결합하는 그들의 능력을 시험하기 위해 면역분석에서 입증된다. 바람직하게는, 파라핀-포매된 조직 절편에서 NKp46-발현 세포를 염색하는 항체의 능력을 평가함으로써 검증을 수행한다. 예를 들어, 편도 조직 샘플을 복수의 환자로부터 취하고, 이어서, 당업계에 잘 공지된 표준 방법을 이용하여 조직 내에서 세포를 염색하는 주어진 항체의 능력을 평가한다. 세포에 대한 항체의 결합을 평가하기 위해, 항체는 직접적으로 또는 간접적으로 표지될 수 있다. 간접적으로 표지될 때, 2차, 표지 항체가 전형적으로 첨가된다. 이러한 방법은 당업자에게 잘 공지되어 있고, 본 명세서의 다른 곳에서 추가로 기재된다.
예시의 목적을 위해 8E5B과 관련하여 기재하였지만, 본 명세서에 기재된 면역학적 선별 분석 및 다른 분석은 또한 다른 항-NKp46 항체와 경쟁하는 항체를 확인하기 위해 (그들이 또한 파라핀-포매된 조직 샘플에서 NKp46에 결합한다면) 사용될 수 있다는 것이 인식될 것이다.
항체가 상기 정의한 에피토프 영역 중 하나에서 결합하는지 여부의 결정은 당업자에게 공지된 방법으로 수행될 수 있다. 이러한 맵핑/특성규명 방법의 한 가지 예로서, 항-NKp46 항체에 대한 에피토프 영역은 NKp46 단백질에서 노출된 아민/카복실의 화학적 변형을 이용하여 에피토프 "풋-프린팅"에 의해 결정될 수 있다. 이러한 풋-프린팅 기법의 한 가지 구체적 예는 HXMS(질량 분석법에 의해 검출되는 수소-중수소 교환)의 사용이되, 수용체 및 리간드 단백질 아마이드 양성자의 수소/중수소 교환, 결합 및 역 교환이 일어나고, 단백질 결합에서 침전하는 골격 아마이드 기는 역교환으로부터 보호되며, 따라서, 중수소화된 채로 남아있을 것이다. 적절한 영역은 소화성 단백질 가수 분해, 빠른 마이크로보어 고성능 액체 크로마토그래피 분리, 및/또는 전기분무 이온화 질량 분석법에 의해 동정될 수 있다. 적합한 에피토프 동정 기법의 다른 예는 핵자기 공명(NMR) 에피토프 맵핑이며, 여기서 전형적으로 유리 항원, 및 항원 결합 펩타이드, 예컨대 항체와 복합체화된 항원의 2차원 NMR 스펙트럼에서 신호의 위치가 비교된다. 상기 항원은 전형적으로 선택적으로 15N으로 동위원소 표지되고, 따라서 항원에 대응하는 유일한 신호 및 항원 결합 펩타이드로부터의 신호 없음이 NMR-스펙트럼에서 보인다. 항원 결합 펩타이드와의 상호작용에서 수반된 아미노산으로부터 유래된 항원 신호는 전형적으로 유리 항원의 스펙트럼에 비해 복합체의 스펙트럼 내 위치를 이동시키며, 결합에 수반된 아미노산은 그러한 방법으로 동정될 수 있다.
에피토프 맵핑/특성규명은 또한 질량 분석법 방법을 이용하여 수행될 수 있다. 프로테아제 분해 기법은 또한 에피토프 맵핑 및 동정과 관련하여 유용할 수 있다. 항원성 결정기-적절한 영역/서열은, 예를 들어, pH 7 내지 8에서 NKp46 또는 o/n 분해에 대해 약 1:50의 비로 트립신을 이용함으로써 프로테아제 분해에 의해, 이어서, 펩타이드 동정을 위해 질량 분석법(MS) 분석에 의해 결정될 수 있다. 항-NKp46 결합제에 의해 트립신 절단으로부터 보호된 펩타이드는 후속적으로 트립신 분해로 처리한 샘플과 항체와 함께 인큐베이션시킨 다음, 예를 들어, 트립신에 의한 분해로 처리한(이에 의해 결합제에 대한 풋 프린트를 나타냄) 샘플의 비교에 의해 동정될 수 있다. 키모트립신, 펩신 등과 같은 다른 효소는 또한 또는 대안적으로 유사한 에피토프 특성규명 방법으로 사용될 수 있다. 게다가, 효소적 분해는 잠재적 항원 결정기 서열이 노출된 표면이 아니고, 따라서 면역원성/항원성에 대해 대부분 적절하지 않을 가능성이 있는 NKp46 폴리펩타이드의 영역 내에 있는지의 여부를 분석하는 빠른 방법을 제공할 수 있다.
척추동물 또는 세포 내 항체의 면역화 및 생성 시, 청구한 바와 같은 항체를 단리시키기 위해 특정 선택 단계가 수행될 수 있다. 이와 관련하여, 특정 실시형태에서, 본 발명은 또한 이러한 항체를 생성하는 방법에 관한 것이며: (a) 항체의 라이브러리를 제공하고/하거나 NKp46 폴리펩타이드를 포함하는 면역원을 이용하여 비-인간 포유류를 면역하고, 상기 면역화된 동물로부터 항체를 제조하는 단계; 및 (b) 파라핀-포매된 세포 펠렛, 예를 들어 FFPE 세포 펠렛에서 상기 NKp46 폴리펩타이드에 결합할 수 있는 단계 (a)로부터의 항체를 선택하는 단계를 포함한다. 일 실시형태에서, 상기 방법은 단계 (d), NKp46에 대한 결합에 대해 항체 8E5B와 경쟁할 수 있는 (a)로부터의 항체를 선택하는 단계를 추가로 포함한다.
대안의 실시형태에 따르면, NKp46 폴리펩타이드 상에 존재하는 에피토프에 결합하는 항체를 암호화하는 DNA는 본 발명의 혼성세포로부터 단리되고, 적절한 숙주 내로 형질감염을 위해 적절한 발현 벡터 내에 위치된다. 이어서, 숙주는 항체 또는 이의 변이체, 예컨대 해당 단일클론 항체의 인간화된 형태, 항체의 활성 단편, 항체의 항원 인식 부분을 포함하는 키메라 항체, 또는 검출 가능한 모이어티를 포함하는 형태의 재조합 생성을 위해 사용된다.
본 발명의 단일클론 항체, 예를 들어, 항체 8E5B를 암호화하는 DNA는 (예를 들어, 뮤린 항체의 중쇄 및 경쇄를 암호화하는 유전자에 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오타이드 프로브를 이용함으로써) 통상적인 절차를 이용하여 용이하게 단리되고 서열분석될 수 있다. 일단 단리되면, DNA는 발현 벡터 내로 위치될 수 있고, 이는 이어서, 재조합 숙주 세포 내 단일클론 항체의 합성을 얻기 위해, 달리 면역글로불린 단백질을 생성하지 않는 숙주 세포, 예컨대 이콜라이(E. coli) 세포, 유인원 COS 세포, 중국 햄스터 난소(CHO) 세포, 또는 골수종 세포 내로 형질감염된다. 본 명세서의 다른 곳에 기재한 바와 같이, 항체의 결합 특이성을 최적화시키기 위해 이러한 DNA 서열은 임의의 다수의 목적을 위해, 예를 들어, 인간화 항체, 생성 단편 또는 유도체에 대해, 또는 항체의 서열을 변형시키기 위해, 예를 들어, 항원 결합 부위에서 변형될 수 있다.
항체 8E5B
일 양상에서, 상기 항체는 FFPE 세포 펠렛에서 NK 세포에 대한 NKp46 상에 존재하는 항원 결정기에 결합한다. 일 양상에서, 항체는 배양물에서 FFPE 세포 펠렛에서 NK 세포 상의 NKp46와 배양물 내 NK 세포의 세포 표면에서 발현된 NKp46 둘 다에 존재하는 통상적인 항원 결정기에 결합한다.
일 양상에서, 상기 항체는 항체 8E5B와 동일한 에피토프에 실질적으로 결합한다. 일 실시형태에서, 상기 항체는 항체 8E5B에 의해 결합된 에피토프 내 적어도 하나의 잔기와 적어도 부분적으로 중복되거나 또는 이를 포함하는 NKp46의 에피토프에 결합한다. NKp46 폴리펩타이드의 표면 상에, 예를 들어, 세포 표면 상에서 발현되는 NKp46 폴리펩타이드에서 존재하는 바와 같은 항체에 의해 결합되는 잔기는 특정될 수 있다.
NKp46 돌연변이체에 의해 형질감염된 세포에 대한 항-NKp46 항체의 결합은 측정되고, 야생형 NKp46 폴리펩타이드에 결합하는 항-NKp46 항체의 능력과 비교될 수 있다(예를 들어, 서열번호 1). 항-NKp46 항체와 돌연변이체 NKp46 폴리펩타이드 사이의 결합 감소는 결합 친화도의 감소(예를 들어, 특정 돌연변이체를 발현시키는 세포의 FACS 시험과 같은 공지된 방법에 의해 측정하여, 또는 돌연변이체 폴리펩타이드에 대한 결합의 비아코어 시험에 의해) 및/또는 항-NKp46 항체의 총 결합 능력의 감소(예를 들어, 항-NKp46 항체 농도 대 폴리펩타이드 농도 플롯에서 Bmax 감소에 의해 증명되는 바와 같음)가 있다는 것을 의미한다. 결합의 상당한 감소는 돌연변이된 잔기가 항-NKp46 항체에 대한 결합에서 직접적으로 수반되거나, 또는 항-NKp46 항체가 NKp46에 결합될 때 결합 단백질에 대해 근위라는 것을 나타낸다.
일부 실시형태에서, 결합의 상당한 감소는 항-NKp46 항체와 돌연변이체 NKp46 폴리펩타이드 사이의 결합 친화도 및/또는 능력이 항체와 야생형 NKp46 폴리펩타이드 사이의 결합에 비해 40% 초과, 50% 초과, 55% 초과, 60% 초과, 65% 초과, 70% 초과, 75% 초과, 80% 초과, 85% 초과, 90% 초과 또는 95% 초과만큼 감소된다는 것을 의미한다. 특정 실시형태에서, 결합은 검출 하한 미만으로 감소된다. 일부 실시형태에서, 돌연변이체 NKp46 폴리펩타이드에 대한 항-NKp46 항체의 결합이 항-NKp46 항체와 야생형 NKp46 폴리펩타이드 사이에 관찰된 결합의 50% 미만(예를 들어, 45%, 40%, 35%, 30%, 25%, 20%, 15% 또는 10% 미만)일 때 결합의 상당한 감소가 입증된다.
일부 실시형태에서, 항체 8E5B에 의해 결합되는 아미노산 잔기를 포함하는 세그먼트 내 잔기가 상이한 아미노산으로 치환되는 돌연변이체 NKp46 폴리펩타이드에 대해 상당히 더 낮은 결합을 나타내는 항-NKp46 항체가 제공된다.
항체 8E5B의 중쇄 가변 영역의 아미노산 서열은 서열번호 2로서 열거되며, 경쇄 가변 영역의 아미노산 서열은 서열번호 3으로서 열거된다. 구체적 실시형태에서, 본 발명은 단일클론 항체 8E5B와 본질적으로 동일한 에피토프 또는 결정기에 결합하는 항체를 제공하고; 선택적으로 항체는 항체 8E5B의 초가변 영역을 포함한다. 본 명세서의 임의의 실시형태에서, 항체 8E5B는 그것을 암호화하는 아미노산 서열 및/또는 핵산 서열에 의해 특성규명될 수 있다. 일 실시형태에서, 단일클론 항체는 8E5B의 Fab 또는 F(ab')2 부분을 포함한다. 또한 8E5B의 중쇄 가변 영역을 포함하는 단일클론 항체가 제공된다. 일 실시형태에 따르면, 단일클론 항체는 8E5B의 중쇄 가변 영역의 3개의 CDR을 포함한다. 또한 8E5B의 가변 경쇄 가변 영역 또는 8E5B의 경쇄 가변 영역의 CDR 중 1, 2 또는 3개를 추가로 포함하는 단일클론 항체가 제공된다. 선택적으로 상기 경쇄 또는 중쇄 CDR 중 임의의 하나 이상은 1, 2, 3, 4 또는 5개 이상의 아미노산 변형(예를 들어, 치환, 삽입 또는 결실)을 함유할 수 있다. 선택적으로, 항체 8E5B의 항원 결합 영역의 부분 또는 모두를 포함하는 임의의 경쇄 및/또는 중쇄 가변 영역이 인간 IgG 유형의 면역글로불린 불변 영역, 선택적으로 인간 불변 영역, 선택적으로 인간 IgG1, IgG2, IgG3 또는 IgG4 아이소타입에 융합되고, 선택적으로 효과기 기능(인간 Fcγ 수용체에 대한 결합)을 감소시키기 위해 아미노산 치환을 추가로 포함하는 항체가 제공된다.
다른 양상에서, 본 발명은 항체를 제공하되, 상기 항체는 표 A-1에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 8E5B의 HCDR1 영역, 또는 이의 적어도 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 인접한 아미노산의 서열(선택적으로 이들 아미노산 중 하나 이상은 상이한 아미노산에 의해 치환될 수 있음); 표 A-1에 제시한 바와 같은 아미노산 서열, 또는 이의 적어도 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 인접한 아미노산의 서열을 포함하는 8E5B의 HCDR2 영역(선택적으로 이들 아미노산 중 하나 이상은 상이한 아미노산에 의해 치환될 수 있음); 표 A-1에 제시한 바와 같은 아미노산 서열, 또는 이의 적어도 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 인접한 아미노산의 서열을 포함하는 8E5B의 HCDR3 영역(선택적으로 이들 아미노산 중 하나 이상은 상이한 아미노산에 의해 치환될 수 있음); 표 A-2에 제시한 바와 같은 아미노산 서열, 또는 이의 적어도 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 인접한 아미노산의 서열을 포함하는 8E5B의 LCDR1 영역(선택적으로 이들 아미노산 중 하나 이상은 상이한 아미노산에 의해 치환될 수 있음); 표 A-2에 제시한 바와 같은 아미노산 서열, 또는 이의 적어도 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 인접한 아미노산의 서열을 포함하는 8E5B의 LCDR2 영역(선택적으로 이들 아미노산 중 하나 이상은 상이한 아미노산에 의해 치환될 수 있음); 표 A-2에 제시한 바와 같은 아미노산 서열, 또는 이의 적어도 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 인접한 아미노산의 서열을 포함하는 8E5B의 LCDR3 영역(선택적으로 이들 아미노산 중 하나 이상은 결실되거나 또는 상이한 아미노산에 의해 치환될 수 있음)을 포함한다. HCDR1, 2, 3 및 LCDR1, 2, 3 서열은 모두(또는 각각 독립적으로) 선택적으로 카바트 넘버링 시스템의 서열(각각의 CDR에 대해 표 A에 나타낸 바와 같음), 코티아 넘버링 시스템의 서열(각각의 CDR에 대해 표 A에 나타낸 바와 같음), IMGT 넘버링 시스템의 서열(각각의 CDR에 대해 표 A에 나타낸 바와 같음), 또는 임의의 다른 적합한 넘버링 시스템으로서 구체화될 수 있다.
구체화된 가변 영역 및 CDR 서열은 서열 변형, 예를 들어, 치환 (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8개 이상의 서열 변형)을 포함할 수 있다. 일 실시형태에서, 중쇄 및 경쇄의 CDR 1, 2 및/또는 3은 1, 2, 3개 이상의 아미노산 치환을 포함하며, 여기서 치환된 잔기는 인간 유래의 서열에 존재하는 잔기이다. 일 실시형태에서 치환은 보존적 변형이다. 보존적 서열 변형은 아미노산 서열을 함유하는 항체의 결합 특징에 상당하게 영향을 미치거나 또는 변경시키지 않는 아미노산 변형을 지칭한다. 이러한 보존적 변형은 아미노산 치환, 첨가 및 결실을 포함한다. 변형은 당업계에 공지된 표준 방법, 예컨대 부위 지정 돌연변이유발 및 PCR-매개 돌연변이유발에 의해 본 발명의 항체 내로 도입될 수 있다. 보존적 아미노산 치환은 전형적으로 아미노산 잔기가 유사한 물리화학적 특성을 갖는 측쇄를 갖는 아미노산 잔기로 대체되는 것이다. 구체화된 가변 영역 및 CDR 서열은 1, 2, 3, 4개 이상의 아미노산 삽입, 결실 또는 치환을 포함할 수 있다. 치환이 이루어지는 경우, 바람직한 치환은 보존적 변형일 수 있다. 유사한 측쇄를 갖는 아미노산 잔기의 패밀리는 당업계에서 정의되었다. 이들 패밀리는 염기성 측쇄(예를 들어, 라이신, 알기닌, 히스티딘), 산성 측쇄(예를 들어, 아스파르트산, 글루탐산), 비하전 극성 측쇄(예를 들어, 글리신, 아스파라긴, 글루타민, 세린, 트레오닌, 타이로신, 시스테인, 트립토판), 비극성 측쇄(예를 들어, 알라닌, 발린, 류신, 아이소류신, 프롤린, 페닐알라닌, 메티오닌), 베타-분지 측쇄(예를 들어, 트레오닌, 발린, 아이소류신) 및 방향족 측쇄(예를 들어, 타이로신, 페닐알라닌, 트립토판, 히스티딘)를 갖는 아미노산을 포함한다. 따라서, 본 발명의 항체의 CDR 영역 내의 하나 이상의 아미노산 잔기는 동일한 측쇄 패밀리로부터의 다른 아미노산으로 대체될 수 있고, 변경된 항체는 본 명세서에 기재된 분석을 이용하여 보유된 기능(즉, 본 명세서에 제시된 특성)에 대해 시험될 수 있다.
IMGT, 카바트 및 코티아 정의 시스템에 따른 CDR의 서열을 이하의 표 A-1 및 A-2에 요약하였다. 본 발명에 따른 항체의 가변 영역의 서열을 이하의 표 B에 열거하고(리더 서열이 존재한다면, 임의의 항체 쇄가 리더 서열의 말단 바로 다음의 아미노산 위치에서 시작하도록 특정될 수 있음), 각각의 CDR은 밑줄 표시된다. 본 명세서의 임의의 실시형태에서, 신호 펩타이드 또는 이의 임의의 부분을 함유하거나 또는 결여하기 위해 VL 또는 VH 서열을 구체화하거나 또는 넘버링할 수 있다.
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일 실시형태에서, 본 발명의 항체는 그들의 결합 및/또는 기능적 특성을 보유하는 항체 단편이다. 본 발명의 항체의 단편 및 유도체(달리 언급되거나 내용에서 분명하게 모순되지 않는 한, 본 출원에서 사용되는 바와 같은 용어 "항체" 또는 "항체들"에 의해 포함됨), 바람직하게는 8E5B-유사 항체는 당업계에 공지된 기법에 의해 생성될 수 있다. "단편"은 무손상 항체의 일부, 일반적으로 항원 결합 부위 또는 가변 영역을 포함한다. 항체 단편의 예는 Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2 및 Fv 단편; 다이어바디; (1) 단일쇄 Fv 분자 (2) 관련된 중쇄 모이어티 없이 하나의 경쇄 가변 도메인 만을 함유하는 단일쇄 폴리펩타이드, 또는 경쇄 가변 도메인의 3개의 CDR을 함유하는 이의 단편, 및 (3) 관련된 경쇄 모이어티 없이 하나의 중쇄 가변 영역만을 함유하는 단일 쇄 폴리펩타이드 또는 중쇄 가변 영역의 3개의 CDR을 함유하는 이의 단편; 및 항체 단편으로부터 형성된 다중 특이성 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 인접한 아미노산 잔기 중 하나의 중단되지 않은 서열로 이루어진 1차 구조를 갖는 폴리펩타이드인 임의의 항체 단편(본 명세서에서 "단일쇄 항체 단편" 또는 "단일쇄 폴리펩타이드"로서 지칭됨)을 포함한다.
FFPE 샘플의 제조 및 염색
본 항체는 고정된 조직 또는 세포 샘플 중에 존재하는 NKp46 폴리펩타이드에 효율적으로 그리고 특이적으로 결합할 수 있는 특정 특성을 가진다. 이러한 조직 표본을 제조하고 이용하는 다양한 방법은 당업계에 공지되어 있으며, 임의의 적합한 방법 또는 표본의 유형이 사용될 수 있다. 항체는 배양물에서뿐만 아니라 냉동 조직 절편 및 재조합 NKp46 폴리펩타이드(예를 들어, 가용성 폴리펩타이드, NKp46-His 또는 NKp46-Fc 폴리펩타이드)에서 세포(예를 들어, NK 세포)에 의해 발현되는 NKp46에 추가로 결합할 수 있다.
FFPE 물질은 전형적으로 조직이다. FFPE 조직은 해부 또는 생검에 의해 표본 동물(예를 들어, 인간 환자)로부터 처음 분리된 조직의 조각이다. 이어서, 이 조직은 부패되거나 또는 변성되는 것을 방지하기 위해 그리고 조직학적, 병리학적 또는 세포학적 연구를 위해 현미경 하에서 분명하게 시험하도록 허용하기 위해 고정된다. 고정은 현미경 하에서 염색 및 관찰의 목적을 위해 조직이 고정되고, 사멸되며, 보존되는 과정이다. 고정 후 가공은 조직이 안정화되고 위치에 고정되도록 염색 시약이 침투하게 하며 그의 거대 분자를 가교한다. 이어서, 이 고정된 조직은 얇은 절편으로 절단되도록 왁스에서 포매되고, 헤마톡실린 및 에오신 염색에 의해 염색된다. 그 후에, 현미경 하에 항체에 의한 염색을 연구하기 위해 미세한 절편을 절단함으로써 마이크로토밍(microtoming)이 행해진다.
예를 들어, 본 항체는 임의의 고정된 세포 또는 조직 표본과 함께 사용될 수 있다는 것과, 그들이 사용되는 특정 고정 또는 포매 방법에 의해 제한되지 않는다는 것을 인식할 것이다. 예를 들어, 가장 통상적인 폼알데하이드-기반 고정 절차는 포말린(예를 들어, 10%)을 수반하지만, 대안의 방법, 예컨대 파라폼알데하이드(PFA), 부앵 용액(Bouin solution)(포말린/피크르산), 알코올, 아연계 용액(일 예로, 예를 들어, 문헌[Lykidis et al., (2007) Nucleic Acids Research, 2007, 1-10] 참조, 이의 전체 개시내용은 본 명세서에 그의 전문이 참고로 포함됨), 및 기타(예를 들어, HOPE 방법, 문헌[Pathology Research and Practice, Volume 197,　Number 12, December 2001 , pp. 823-826(4)] 참조, 이의 전체 개시내용은 본 명세서에 그의 전문이 참고로 포함됨). 유사하게, 파라핀이 바람직하지만, 포매를 위해 다른 물질, 예를 들어 폴리에스터 왁스, 폴리에틸렌 글리콜계 제형, 글리콜 메타크릴레이트, JB-4 플라스틱 및 기타가 사용될 수 있다. 조직 표본을 제조하고 이용하는 방법의 검토를 위해, 예를 들어, 문헌[Gillespie et al., (2002) Am J Pathol. 2002 February; 160(2): 449-457; Fischer et al. CSH Protocols; 2008; Renshaw (2007), Immunohistochemistry: Methods Express Series; Bancroft (2007) Theory and Practice of Histological Techniques]; 및 PCT 특허 공개 WO06074392를 참조; 이들의 전체 개시내용은 본 명세서에 참고로 포함됨).
본 발명의 일 실시형태에서, FFPE 조직은 종양 조직, 예를 들어 인간 종양 조직이다. 종양은 특히 편평상피, 방광, 위, 신장, 두부, 경부, 결장, 식도, 자궁경부, 갑상선, 장, 간, 뇌, 전립선, 비뇨 생식로, 림프계, 위, 후두 및/또는 폐의 종양의 그룹으로부터 선택된다. 더 나아가 종양은 특히 폐 선암종, 소-세포 폐 암종, 췌장암, 교아종, 결장 암종 및 유방 암종의 군으로부터 선택된다. 추가로, 혈액 및 면역계의 종양, 더 구체적으로는 말초 T 세포 림프종, 급성 골수성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 급성 림프성 백혈병 및/또는 만성 림프성 백혈병의 군으로부터 선택된 종양이 선호된다. 이러한 종양은 또한 본 발명의 의미에서 암으로서 표기될 수 있다.
항-NKp46 항체는 NK 세포 검출을 위해 FFPE 물질과 함께 인큐베이션된다. 상기 용어 인큐베이션 단계는 별개의 기간 동안 FFPE 물질을 본 발명의 항체와 접촉시키는 단계를 수반하는데, 이는 물질, 항체 및/또는 항원의 종류에 따른다. 인큐베이션 과정은 또한 다양한 다른 매개변수, 예를 들어, 검출 민감도에 의존하는데, 이의 최적화는 당업자에게 공지된 일상적인 절차에 따른다. 화학적 용액을 첨가하는 것 및/또는 물리적 절차, 예를 들어 열의 영향을 적용하는 것은 샘플 내 표적 구조의 접근 능력을 개선시킬 수 있다. 구체적 인큐베이션 산물은 인큐베이션의 결과로서 형성된다.
형성된 항체/항원 복합체을 검출을 위한 적합한 시험은 당업자에게 공지되어 있거나 또는 일상의 대상으로서 용이하게 설계될 수 있다. 다수의 상이한 유형의 분석은 공지되어 있으며, 이의 예는 이하에 제시된다. 상기 분석은 NKp46 발현을 검출하고/하거나 정량화하기 위해 항-NKp46 mAb 결합을 사용하는데 적합한 임의의 분석일 수 있지만, 후자는 바람직하게는 1차 항-NKp46 항체와 특이적으로 상호작용하는 물질에 의해 결정된다.
따라서, 예를 들어, 시험될 샘플(조직 또는 세포)은 생물학적 유체, 종양 조직(예를 들어, 유방 종양, 흑색종)으로부터 또는 건강한 조직 및 절편(예를 들어, 3㎜ 이하의 두께)으로부터의 생검에 의해 얻어지고, 포말린 또는 동등한 고정 방법을 이용하여 고정된다(상기 참조). 고정 시간은 적용에 의존하지만, 몇 시간부터 24시간 이상까지의 범위일 수 있다. 고정 후에, 조직은 파라핀(또는 동등한 물질)에 포매되고, 매우 얇은 절편(예를 들어, 5 마이크론)은 마이크로톰에서 절단되며, 이어서, 바람직하게는 코팅된 슬라이드 상에 장착된다. 이어서, 슬라이드는 건조, 예를 들어 공기 건조된다.
슬라이드 상에서 고정되고 포매된 조직 절편은 건조되고 무기한으로 저장된다. 면역조직화학에 대해, 슬라이드를 탈파라핀화시키고, 이어서, 재수화시킨다. 예를 들어, 그들에 처음에 자일렌으로, 이어서 에탄올과 함께 자일렌으로, 이어서, 수중의 에탄올의 백분율을 감소시키면서 일련의 세척을 실시한다.
항체 염색 전에, 조직은 고정 동안 형성되고 에피토프를 가릴 수 있는 메탄 브릿지를 파괴하기 위해, 예를 들어 효소 또는 열 기반의 항원 회수 단계를 실시할 수 있다. 바람직한 실시형태에서, 10mM 시트르산염 완충제, pH 6를 비등시키는 처리가 사용된다.
일단, 슬라이드가 재수화되고, 항원 회수가 이상적으로 수행되면, 그들은 1차 항체와 함께 인큐베이션될 수 있다. 처음에, 슬라이드는, 예를 들어, TBS로 세척되고, 이어서, 예를 들어, 혈청/BSA에 의한 차단 단계 후에, 항체가 적용될 수 있다. 항체의 농도는 그의 형태(예를 들어, 정제됨), 그의 친화도, 사용되는 조직 샘플에 의존하지만, 적합한 농도는, 예를 들어, 1 내지 10㎎/㎖이다. 일 실시형태에서, 사용되는 농도는 10㎎/㎖이다. 인큐베이션 시간은 마찬가지로 다를 수 있지만, 밤새 인큐베이션이 전형적으로 적합하다. 예를 들어, TBS 중에서 항체 세척 단계 후에, 이어서, 슬라이드는 항체 결합의 검출에 대해 처리된다.
사용되는 검출 방법은 사용되는 항체, 조직 등에 의존할 것이며, 예를 들어 1차 항체에 접합된 또는 검출 가능한 2차 항체의 사용을 통해 발광 또는 다르게 가시적인 또는 검출 가능한 모이어티의 검출을 수반할 수 있다. 항체 검출 방법은 당업계에 잘 공지되어 있고, 예를 들어, 문헌[Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1st edition (December 1, 1988); Fischer et al. CSH Protocols; 2008; Renshaw (2007), Immunohistochemistry: Methods Express Series; Bancroft (2007) Theory and Practice of Histological Techniques]; PCT 특허 공개 WO06074392에 교시되어 있으며; 이들 각각의 전체 개시내용은 그의 전문이 본 명세서에 포함된다.
다수의 직접적인 또는 간접적인 검출 방법은 공지되어 있고, 사용에 적합할 수 있다. 직접적인 표지는 항체에 부착되는 형광 또는 발광 태그, 금속, 염료, 방사성핵종 등을 포함한다. 요오드-125(125I)로 표지된 항체가 사용될 수 있다. 단백질에 특이적인 화학발광 항체를 이용하는 화학발광 분석은 단백질 수준의 민감한, 비방사성 검출에 적합하다. 형광색소로 표지된 항체가 또한 적합하다. 형광색소의 예는 DAPI, 플루오레세인, 호크스트 33258, R-피코사이아닌, B-피코에리트린, R-피코에리트린, 로다민, 텍사스 레드 및 리사민을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
간접적인 표지는 당업계에 잘 공지된 다양한 효소, 예컨대 겨자무과산화효소(HRP), 알칼리 포스파타제(AP), β-갈락토시다제, 우레아제 등을 포함한다. 효소에 대한 항-NKp46 항체의 공유 결합은 상이한 방법, 예컨대 글루타르알데하이드와의 결합에 의해 수행될 수 있다. 효소와 항체는 둘 다 유리 아미노기를 통해 글루타르알데하이드와 연결되고, 망이 형성된 효소와 항체의 부산물은 제거된다. 다른 방법에서, 효소는 그것이 당단백질, 예컨대 페록시다제라면, 당 잔기를 통해 항체에 결합된다. 효소는 과요오드산나트륨에 의해 산화되고, 항체의 아미노기와 직접적으로 연결된다. 탄수화물을 함유하는 다른 효소는 또한 이런 방법으로 항체에 결합될 수 있다. 또한 이형 2작용성 링커, 예컨대 숙신이미딜 6-(N-말레이미도) 헥사노에이트를 이용하여 β-갈락토시다제와 같은 효소의 유리 티올기와 항체의 아미노기를 연결함으로써 효소 결합이 수행될 수 있다. 예를 들어, 색원체 기질 테트라메틸벤지딘(TMB)을 이용하는 겨자무 과산화효소 검출 시스템이 사용될 수 있는데, 이는 450㎚에서 검출 가능한 과산화수소의 존재 하에서 가용성 생성물을 수득한다. 알칼리 포스파타제 검출 시스템은 색원체 기질 p-나이트로페닐 포스페이트와 함께 사용될 수 있는데, 예를 들어, 이는 405㎚에서 용이하게 검출 가능한 가용성 생성물을 수득한다. 유사하게, β-갈락토시다제 검출 시스템은 색원체 기질 o-나이트로페닐-β-D-갈락토피라노옥사이드(ONPG)와 함께 사용될 수 있는데, 이는 410㎚에서 검출 가능한 가용성 생성물을 수득한다. 우레아제 검출 시스템은 유레아-브로모크레졸 퍼플과 같은 기질과 함께 사용될 수 있다.
일 실시형태에서, 1차 항체의 결합은 표지된 2차 항체, 바람직하게는 HRP 또는 AP와 같은 효소에 공유 결합된 2차 항체를 결합함으로써 검출된다. 특히 바람직한 실시형태에서, 2차 항체의 결합에 의해 생성된 신호는 항체 검출의 증폭을 위한 임의의 다수의 방법을 이용하여 증폭된다. 예를 들어, 엔비전(EnVision) 방법은 사용될 수 있으며, (예를 들어, 미국 특허 제5,543,332호 및 유럽 특허 제594,772호; 문헌[
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et al., (2001) Journal of Histochemistry and Cytochemistry, Vol. 49, 623-630; Wiedorn et al. (2001) The Journal of Histochemistry & Cytochemistry, Volume 49(9): 1067-1071] 참조; 이의 전체 개시내용은 본 명세서에 참고로 포함됨), 이때 2차 항체는 그 자체가 AP 또는 HRP의 다수의 복제물에 연결된 중합체(예를 들어, 덱스트란)에 연결된다.
진단, 예후 및 요법에서 조성물 및 용도
본 명세서에서 입증된 바와 같이, 본 발명의 항체는 FFPE로서 제조된 것을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 생물학적 샘플 내에서, 그리고 NKp46 폴리펩타이드를 발현시키지 않은 조직 또는 세포에 대한 비특이적 염색 없이, NK 세포를 검출하는 데 특히 효과적이다. 따라서 항체는 병리의 연구, 평가, 진단, 예후 및/또는 예측에서 사용하기에 유리할 것이며, 여기서 NK 세포의 검출 및/또는 국소화는 관심의 대상이다. 예를 들어, 연구는 종양 또는 종양 인접 조직이 침윤성 NK 세포를 특징으로 하는 환자에서 바람직한 예후를 보고하였다.
예를 들어, 환자에서 암은 NK 세포가 종양 외부에 또는 종양 주변에 존재하는지 아닌지의 여부를 포함하는, NK 세포가 종양을 침윤하였는지 아닌지의 여부를 평가하기 위해 본 명세서에 개시된 항체를 이용하여 환자에서 암을 특성규명하거나 또는 평가할 수 있다. 자가면역 또는 염증 질환으로 고통받는 환자에서, NK 세포가 관심 대상의 다른 조직에서 염증 부위 외부에, 예를 들어 염증 부위 주변에 존재하는지 아닌지의 여부를 포함하여, 염증 부위로부터의 생물학적 샘플(예를 들어, 활액)은 NK 세포가 염증 부위에 존재하는지 아닌지의 여부를 평가하기 위해 본 명세서에 개시된 항체를 이용하여 특성규명되거나 또는 평가될 수 있다. 상기 방법은 환자가, 예를 들어 T 세포, 면역억제 면역 세포 또는 NK 세포 활성을 조절할 수 있는 다른 세포 상에서 작용함으로써, 예를 들어 사이토카인 또는 NK세포 활성을 조절할 수 있는 다른 신호전달 분자를 생성함으로써 NK 세포 상에서 직접적으로 작용하거나 또는 NK 세포 상에서 간접적으로 작용하는 치료제에 의한 조절을 잘 받아들일 수 있는 NK 세포에 의해 특성규명되는 병리를 갖는지의 여부를 결정하는 데 유용할 수 있다. 상기 방법은 염증 부위 근처인 또는 염증 부위인 NK 세포 상에서 작용하는 치료제에 의해, 예를 들어 병리에 수반된 세포 활성을 간접적으로 조절하기 위해 NK 세포 상에서 작용함으로써, 예를 들어 사이토카인 또는 다른 신호전달 분자를 생성함으로써 조절을 잘 받아들일 수 있는 병리를 갖는지의 여부를 결정하는 데 유용할 수 있다. 본 명세서에 기재된 방법은 선택적으로 개체가 염증 부위 근처이거나 염증 부위인 NK 세포 상에서 작용하는 치료제에 의한 조절을 잘 받아들일 수 있는 병리를 갖는지가 결정된다면, 개체에게 이러한 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
본 명세서에 기재된 항체는 NK 세포, 선택적으로 NK 세포가 연루되는 병리 존재의, 바람직하게는 시험관내 검출에 대해 사용될 수 있다(예를 들어, 질환, 예를 들어, 암, 감염, 염증 또는 자가면역 장애를 악화시키는 데 어떤 역할을 하는 질환을 개선시키기 위한 유리한 역할을 가진다). 이러한 방법은 전형적으로 환자로부터의 생물학적 샘플(예를 들어, FFPE 샘플, 탈파라핀화)을 본 발명에 따르고 항체와 생물학적 샘플 사이의 면역 반응으로부터 초래된 면역 복합체의 형성을 검출하는 항체와 접촉시키는 단계를 수반할 것이다. 상기 복합체는 본 발명에 따른 항체를 표지함으로써 직접적으로 또는 본 발명에 따른 항체(2차 항체, 스트렙타비딘/바이오틴 태그 등)의 존재를 나타내는 분자를 첨가함으로써 간접적으로 검출될 수 있다. 예를 들어, 표지는 항체를 방사성 또는 형광 태그와 결합함으로써 달성될 수 있다. 이들 방법은 당업자에게 잘 공지되어 있다. 따라서, 본 발명은 또한 NKp46-발현 세포(즉, NK 세포)의 존재를 검출하기 위해, 선택적으로 NKp46-발현 세포(즉, NK 세포)가 존재하는 병리의 존재를 검출하기 위해, 선택적으로 암 또는 다른 병리를 특성규명하기 위해 생체내 또는 시험관내에서 사용될 수 있는 진단 조성물을 제조하기 위해 본 발명에 따른 항체의 용도에 관한 것이다.
일부 실시형태에서, 본 발명의 항체는 암 진행을 예측하는 데 유용할 것이다. 암 예후, 암 또는 암 진행에 대한 예후는 다음 중 임의의 하나 이상(에 대한 예후)의 예측 또는 예상을 제공하는 것을 포함한다: 암에 걸리기 쉽거나 또는 암으로 진단된 대상체 생존의 지속기간, 무 재발 생존의 지속기간, 암에 걸리기 쉽거나 또는 암으로 진단된 대상체의 무 진행 생존의 지속기간, 암에 걸리기 쉽거나 또는 암으로 진단된 대상체 또는 대상체 그룹에서 치료에 대한 반응 속도 및/또는 반응의 지속기간, 반응 정도, 또는 대상체에서 치료 후의 생존. 예시적인 생존 종말점은, 예를 들어 TTP(진행에 대한 시간), PFS(무 진행 생존), DOR(반응 지속기간) 및 OS(전반적인 생존)을 포함한다.
본 발명의 항체는 또한 대상체가 일반적으로 NKp46-발현 세포와 관련된 치료제, 예를 들어 NKp46-발현 세포를 고갈시킬 수 있는 제제를 이용하는 치료에 적합한지의 여부를 결정하는 데 유용할 것이다. 예를 들어, WO2007/042573은 자가면역 장애에서 세포를 제거하기 위해 항-NKp46 항체를 이용하기 위한 방법을 제공하며; WO2014/125041은 말초 T 세포 림프종에서 세포를 제거하기 위해 항-NKp46 항체를 이용하기 위한 방법을 제공한다. 다른 실시형태에서, 치료제는 NK 세포 상에서 NKp46 폴리펩타이드에 결합하거나 또는 조절함으로써(예를 들어, 활성화하거나 또는 저해함으로써) NK 세포 활성을 조절하는 항원-결합 단편(예를 들어, 항체, 본 발명의 항체)이다.
유리하게는, 항-NKp46 항체는 NK 세포를 검출하기 위한 계통 특이적, 성숙 독립적 마커로서 사용될 수 있고, 조직 샘플을 분석할 때 다른 마커(즉, 비-NKp46 마커)와 조합될 수 있다. 다른 마커는, 예를 들어 비-NK 세포 집단(들)을 특이적으로 또는 비특이적으로 동정하는 마커를 포함할 수 있다. NKp46 염색에 의해 부여되는 높은 NK 세포 특이성은 다른 마커가 계통 특이적인지 아닌지의 여부와 상관 없이 NK 세포가 다른 세포 집단과 구별되게 하며, NK 세포뿐만 아니라 다른 세포 집단에 결합할 수 있다. 비-NK 세포 집단의 예는 임의의 면역 세포 집단, 조혈 줄기 세포 전구체로부터 유래된 임의의 세포집단, 예를 들어, 골수 세포 집단(단핵구 및 대식세포, 호중구, 호염구, 산성 백혈구, 적혈구, 거핵세포/혈소판, 수지상 세포) 및 림프구 계통(T-세포, B-세포)을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 다른 마커는 또한 임의의 앞서 언급한 것의 임의의 하위 집단, 예를 들어, Th1 또는 Th2 헬퍼 T 세포, 세포독성 T 세포, 억제자 또는 조절 T 세포, M1 및 M2 대식세포, 및 임의의 앞서 언급한 것의 종양 침윤성 및/또는 종양 관련 집단, 예를 들어, 종양 관련 대식세포를 특이적으로 또는 비특이적으로 동정하는, 예를 들어 마커를 포함할 수 있다.
NKp46와 조합하여 사용될 수 있는 다른 마커는 또한 NK 세포 성숙 단계를 동정하는 임의의 마커를 포함한다(즉, 마커는 NK 세포 성숙의 모든 단계에서 존재하지 않는다). NKp46와 조합하여 사용될 수 있는 마커는 NK 세포의 목적으로 하는 하위 집단, 예를 들어, 세포독성/과립 NK 세포(예를 들어, CD16dim), KIR-저해 및/또는 NKG2-제한된 NK 세포, 조절 NK 세포(예를 들어, CD16dim/-), 말초 NK 세포, 침윤성 조직/종양일 수 있는 NK 세포(예를 들어, CD56bright), 잔여 NK 세포 또는 기억 NK 세포(NKG2C+ 및/또는 다른 마커)를 동정할 수 있다.
일 실시형태에서, 인간 개체로부터의 샘플 내에서 조직-침윤성 인간 NK 세포의 성숙 상태를 평가하는 시험관내 방법이 제공되며, 상기 방법은 개체로부터의 파라핀-포매된 샘플을 제공하는 단계, 및 상기 샘플에서 파라핀-포매된 조직 샘플에서 NKp46 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 단일클론 항체를 이용하여 조직 침윤성 NK 세포를 검출하는 단계로서, NK 세포 계통 특이적 폴리펩타이드의 검출은 조직 침윤성 NK 세포의 존재를 나타내는, 단계, 및 추가로 파라핀-포매된 조직 샘플에서 제2 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 단일클론 항체를 이용하여 상기 샘플에서 제2 폴리펩타이드를 검출하는 단계로서, 상기 제2 폴리펩타이드는 NK 세포 성숙 단계를 나타내는 NK 세포에 의해 발현될 수 있는 폴리펩타이드인, 단계를 포함한다.
NKp46와 조합하여 사용될 수 있는 마커는 또한 세포 활성(활성화, 저해, 증식, 세포독성 또는 조절 잠재력 등)의 특징이거나 또는 이와 관련된 임의의 마커를 포함한다. 세포 활성의 마커는 다수의 세포 유형, 예를 들어 NK 세포 및 비-NK 세포에 의해 발현될 수 있다. NKp46과의 조합은 세포 활성의 마커가 NK 세포로 국소화되고/되거나 NK 세포와 구별되게 허용한다. 게다가, 이러한 마커가 치료제의 직접적 또는 간접적 표적일 때, 마커는 요법에 대한 반응을 예측하고/하거나 이러한 치료제에 의한 치료를 위해 환자를 확인하거나 또는 선택하기 위해 유리하게 사용될 수 있다.
NKp46과 조합하여 사용될 수 있는 다른 마커의 예는 CD56, CD16, CD4, CD8, CD3, CD32, CD27, CD40, CD64, CD163, NKG2 패밀리 구성원(예를 들어, NKG2D), KIR 패밀리 구성원, siglec-패밀리 구성원, CD11b, IL-23R, IL-17, CD27, CD107, CD69, CD25, OX-40 (CD134), CD161, SCFR (CD117), GITR, NKp30, NKp44, DNAM-1, 2B4 (CD224), FoxP3, CD28 패밀리의 분자, 예컨대 CD28, CTLA-4, 프로그램 사멸-1(PD-1), B- 및 T-림프구 감쇠자(BTLA, CD272), 및 유도성 T-세포 공동-자극제(ICOS, CD278); 및 B7 패밀리에 속하는 그들의 IgSF 리간드; CD80(B7-1), CD86(B7-2), ICOS 리간드, PD-L1(B7-H1), PD-L2(B7-DC), B7-H3, 및 B7-H4(B7x/B7-S1), 또는 임의의 다른 IgSF 패밀리 구성원, 예컨대 항원 제시 분자, 천연 세포독성 수용체(NKp30, NKp44), 공동-수용체, 항원 수용체 부속 분자, IgSF CAM, 사이토카인 수용체, 예컨대 인터류킨-6 수용체 또는 콜로니 자극 인자 1 수용체, 성장 인자 수용체, 예컨대 PDGFR 또는 SCFR, c-키트, CD117 항원, 수용체 타이로신 키나제/포스파타제, 예컨대 IIa형 및 IIb형 수용체 단백질 타이로신 포스파타제(RPTP)를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 선택적으로, 비-NKp46 폴리펩타이드는 NK 및/또는 T 세포 활성화의 마커(예를 들어, CD69, siglec-패밀리 폴리펩타이드, NKp44, CD137, CD107, 그랜자임-B, CD25, CD134, 리보솜 단백질 S6, 특히 인산화된 리보솜 단백질 S6)이다. 선택적으로, 비-NKp46 폴리펩타이드는 NK 및/또는 T 세포(예를 들어, CD16, 또한 인터페론 유전자의 자극제(STING)로서 알려진 TMEM173, OX-40, NKG2D, NKG2E, NKG2C, KIR2DS2, DNAM-1, KIR2DS4, GITR, B7-H3, CD27, CD40, CD137, NKp30, NKp44, DNAM-1, 2B4(CD224) 또는 PD-1(CD279))에 의해 발현된 활성화 수용체(공동 활성화 수용체를 포함)이다. 활성화 수용체의 발현은, 예를 들어 NK 세포의 세포독성 잠재력을 나타내기 위해 사용될 수 있다. 선택적으로, 비-NKp46 폴리펩타이드는 저해 NK 세포 및/또는 T 세포 수용체(예를 들어, KIR 패밀리 구성원, Siglec 패밀리 구성원, NKG2A, TIGIT 또는 CD96)이다. 활성화 수용체의 발현은, 예를 들어 NK 세포 저해를 나타내기 위해 사용될 수 있다. 선택적으로, 비-NKp46 폴리펩타이드는 림프구 고갈, 저해 또는 억제, 예를 들어, 고갈 마커 TIM-3, 또는 면역억제 대사물질의 생성과 관련된 폴리펩타이드, 예컨대 IDO, CD39 및 CD73과 관련된다. 선택적으로, 비-NKp46 폴리펩타이드는 세포 증식의 마커(예를 들어, Ki67)이다.
본 명세서의 방법은 또한 환자로부터의 조직 내의 침윤성 면역 세포, 예를 들어 종양, 염증 부위의 프로파일을 결정하는 데 유용할 수 있다. 본 명세서의 방법은 또한 이러한 프로파일을 갖는 환자가 프로파일을 특징으로 하는 병리에서 효과적인 요법에 의해 치료될 수 있는지의 여부를 결정하는 데 유용할 수 있다. 예를 들어 상기 방법은 환자가 NK 세포의 침윤을 특징으로 하고/하거나 정상 인접 조직에서 NK 세포를 특징으로 하는 질환을 갖는 환자에서 면역치료제(예를 들어, 항체)에 대응하는지의 여부를 결정하기 위해 사용될 수 있다. 환자로부터의 조직 내 침윤성 면역 세포의 프로파일을 결정하는 것은 항-NKp46 항체를 이용하여 NK 세포의 존재를 평가하는 단계, 및 비-NKp46 폴리펩타이드에 결합하는 항체를 이용하여 1, 2, 3, 4, 5가지 이상의 다른 면역 세포 집단의 존재를 평가하는 단계를 포함할 수 있다. 예시적인 집단은 골수성 세포 집단, 과립구, 단핵구, 대식세포, 호중구, 호염기구, 산성 백혈구, 적혈구, 거핵세포/혈소판, 수지상 세포, 림프구 계통, T-세포 및 B-세포로부터 선택될 수 있다.
본 발명의 항체는, 예를 들어, 항암제에 의한 치료 전에 암을 갖는 대상체의 면역 상태를 평가하는 데 유용할 것이다. 본 발명의 항체는 또한 항암제에 의한 치료 전에 암을 갖는 대상체에서, 예를 들어, 종양-침윤성 면역 세포(예를 들어, 종양 침윤성 NK 세포)의 유형을 평가하는데 유용할 것이다. 항-NKp46 항체는 종양 또는 종양 미세환경에서, 종양 주변에서, 림프절에서 또는 다른 조직에서 존재하는 세포의 유형 및 아형을 특성규명하도록 비 NK-세포 면역 세포 집단, 예를 들어, CD4, CD8, CD3, CD11b, CD163, CD40, CD56, CD16, CD20, FoxP3 등을 검출하기 위해 단독으로 또는 다른 면역 세포 마커와 조합하여 사용될 수 있다.
일 양상에서, 본 발명은 암이 있는 환자를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 a) 환자로부터의 포말린-처리되고/되거나 파라핀-포매된 조직 샘플을 제공하는 단계; b) 항-NKp46 항체를 이용하여 조직 샘플(예를 들어, 종양 조직) 내 NKp46을 검출하는 단계(및 선택적으로 추가로 하나 이상의 다른 마커, 예를 들어, 비계통 특이적 마커를 검출하는 단계); 및 c) NKp46 발현이 (선택적으로 하나 이상의 다른 마커와 함께) 샘플에서 검출된다면, 환자에게 치료제(예를 들어, 면역치료제)를 투여하는 단계를 포함한다. 일 실시형태에서, 조직 샘플은 암 조직 또는 암 인접 조직(또한 인접한 비종양 조직 또는 정상 인접 조직으로서 지칭됨)을 포함한다.
일 양상에서, 암 인접 조직 내 NK 세포는 면역요법 반응을 위한 바람직한 예후를 제공할 수 있다. 일 양상에서, 본 발명은 암이 있는 환자를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 a) 환자로부터 포말린-처리되고/되거나 파라핀-포매된 암 조직 샘플 및 암 인접 조직 샘플을 제공하는 단계; b) 항-NKp46 항체를 이용하여 암 및 암 인접 조직 샘플에서 NKp46을 검출하는 단계; 및 c) 암 조직 샘플 내 암 인접 조직 샘플에서 NKp46 발현이 검출된다면, 환자에게 치료제(예를 들어, 면역치료제)를 투여하는 단계를 포함한다. 일 실시형태에서, 면역치료제는 암 인접 조직 NK 세포의 활성을 조절하는 제제이다.
선택적으로, 임의의 이들 방법에서, 제2, 제3 또는 다수의 추가적인 마커는 치료제의 투여 전에 면역 세포 침윤을 추가로 특성규명하기 위해 검출될 수 있다. 면역 세포 침윤의 특성규명은 하나 이상의 비-NK 세포 집단을 검출하는 단계, 또는 추가로 비계통 특이적 마커를 이용하여 NK 및/또는 다른 면역 세포를 특성규명하는 단계를 포함할 수 있다. 이러한 특성규명은 치료제가 개체에서 효과적이 될 가능성이 있는지 여부의 더 양호한 평가를 허용할 수 있다. 예를 들어, 면역치료제가 항-종양 항원 항체인 경우, 종양 침윤성 또는 종양-인접 세포독성 T 세포 마커의 존재는 NK 세포에 추가로 검출될 수 있거나, 또는 CD16의 세포에 대한 존재 및/또는 수준이 평가될 수 있다. 다른 예에서, 면역치료제가 NK 및/또는 T 세포 활성을 증가시키기 위해 활성화 또는 저해 NK 또는 T 세포 수용체에 결합하는(또는 저해제 NK 또는 T 세포 수용체의 리간드에 결합하는) 항체인 경우, NK 및 T 세포 활성화, 증식, 저해, 세포독성 잠재력, 조절 잠재력(예를 들어, 사이토카인 생성) 또는 고갈의 하나 이상의 마커가 (NKp46에 추가로) 검출될 수 있다.
따라서, 일 양상에서, 본 발명은 암이 있는 환자를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 하기 단계들을 포함한다:
a) 환자로부터 포말린-처리되고/되거나 파라핀-포매된 암 조직 샘플 및/또는 암 인접 조직 샘플을 제공하는 단계;
b) 파라핀-포매된 조직 샘플에서 NKp46에 결합하는 항-NKp46 항체를 이용하여 암 및/또는 암 인접 조직 샘플에서 NK 세포를 검출하는 단계;
c) 파라핀-포매된 조직 샘플에서 제2 폴리펩타이드에 결합하는 항체를 이용하여 암 및/또는 암 인접 조직 샘플에서 제2 폴리펩타이드를 검출하는 단계; 및
d) 암 및/또는 암 인접 조직 샘플에서 NKp46의 발현 및/또는 제2 폴리펩타이드가 검출된다면, 환자에게 치료제(예를 들어, 면역치료제)를 투여하는 단계.
일 실시형태에서, 제2 폴리펩타이드는 NK 및 T 세포 활성화, 증식, 저해, 세포독성 잠재력, 조절 잠재력(예를 들어, 사이토카인 생성) 또는 고갈의 특징이며, 제2 폴리펩타이드의 발현이 검출된다면, 치료제를 투여하되, 치료제는 NK 및/또는 T 세포 활성화 수용체, NK 및/또는 T 세포 저해 수용체 또는 NK 및/또는 T 세포 저해 수용체의 천연 리간드에 결합하는 항체이다.
일 실시형태에서, 제2 폴리펩타이드는 단핵구, 대식세포, 호중구, 호염기구, 산성 백혈구, 적혈구, 수지상 세포, T-세포, Th1 또는 Th2 헬퍼 T 세포, 세포독성 T 세포, 억제제 또는 조절 T 세포, M1 및 M2 대식세포, 종양 관련 대식세포, 및 임의의 앞서 언급한 것의 임의의 다른 종양 침윤성 및/또는 종양 관련 집단으로 이루어진 군으로부터 선택된 세포의 집단 또는 하위 집단에 의해 발현된 폴리펩타이드이다.
본 명세서의 임의의 실시형태의 일 양상에서, 면역치료제는 종양 침윤성 및/또는 암 인접 조직 NK 세포, 선택적으로 추가로 종양 침윤성 및/또는 암 인접 조직 T 세포의 활성을 조절하는 제제이다. 일 실시형태에서, 면역치료제는 종양 항원에 결합되고, 종양 세포에 대해 ADCC를 유도할 수 있는 항체이다. 선택적으로, 면역치료제는 NK 및/또는 T 세포(예를 들어, 활성화 수용체 CD16, 또한 인터페론 유전자의 자극제(STING)로서 알려진 TMEM173, CD40, CD27, OX-40, NKG2D, NKG2E, NKG2C, KIR2DS2, KIR2DS4, 글리코코르티코이드-유도 종양 괴사 인자 수용체(GITR), CD137, NKp30, NKp44 또는 DNAM-1, 2B4(CD224)에 의해 발현되는 활성화 수용체(공동 활성화 수용체를 포함)에 결합한다(예를 들어, 활성화시킨다). 선택적으로, 면역치료제는 저해 NK 세포 및/또는 T 세포 수용체, 또는 이러한 저해 수용체의 천연 리간드(예를 들어, 저해 KIR 패밀리 구성원, Siglec 패밀리 구성원, 저해 NKG2 패밀리 구성원, KIR 또는 NKG2 패밀리 구성원의 HLA 천연 리간드, LAG-3, PD-1(CD279) 또는 그의 천연 리간드 PD-L1, TIGIT 또는 CD96)에 결합하고, 저해한다. 선택적으로, 면역치료제는 림프구(예를 들어, T 및/또는 NK 세포) 고갈, 저해 또는 억제와 관련된 폴리펩타이드, 예를 들어, 고갈 마커 TIM-3, 또는 폴리펩타이드, 예컨대 인돌아민-2,3-다이옥시게나제(IDO), 면역억제 대사물질의 생성과 관련된 CD39 및 CD73에 결합하고, 저해한다. 일 실시형태에서, 면역치료제는 CD16을 활성화시키되, 선택적으로 제제는 FcγR(예를 들어, 인간 CD16)에 의해 결합되고, CD16을 통해(예를 들어, NK 세포 상의 CD16을 통해) ADCC를 유도할 수 있는 Fc 도메인을 포함하는 제제(예를 들어, 전장 IgG1 항체, 이중특이성 항체)이다.
일 실시형태에서, 제2 폴리펩타이드는 NK 및/또는 T 세포 활성화(활성화를 위한 잠재력을 포함), 증식, 저해, 세포독성 잠재력, 조절 잠재력(예를 들어, 사이토카인 생성) 또는 고갈의 특징인 폴리펩타이드이다. 선택적으로 폴리펩타이드는 계통 특이적이지 않다. 선택적으로 폴리펩타이드는 IgSF 슈퍼패밀리의 구성원이다. 예를 들어, 세포 활성화, 저해, 아네르기/고갈 또는 억제 및/또는 증식과 관련된 마커를 검출하는 것은 세포의 활성화, 저해, 아네르기/고갈, 억제 및/또는 증식을 조절하는 치료제를 투여하는 것이 치료적 이점을 가질 수 있다는 지표로서 유용할 수 있다. 예를 들어, NK 및/또는 T 세포 상의 저해 수용체의 발현(예를 들어, 고수준의 발현)은 이러한 저해 수용체의 활성에 결합하고 차단하거나 또는 이의 천연 리간드의 활성에 결합하고 차단하는 치료제(예를 들어, 항체)가 개체를 치료함에 있어서 유용할 수 있다는 것을 나타낼 수 있다. 저해 수용체 및 그의 리간드의 예는, 예를 들어, 저해 KIR 패밀리 구성원, 저해 Siglec 패밀리 구성원, 저해 NKG2 패밀리 구성원, KIR 또는 NKG2 패밀리 구성원의 HLA 천연 리간드, PD-1(CD279) 및 그의 리간드 PD-L1 및 PD-L2, TIGIT 또는 CD96 및 그들의 리간드 CD155를 포함한다. 다른 예에서, NK 및/또는 T 세포, 예컨대 IDO, CD39 및 CD73의 면역 억제와 관련된 종양 조직 내 단백질의 발현(예를 들어, 고수준의 발현), 또는 NK 및/또는 T 세포 상의 발현은 이러한 면역 억제 과정의 활성을 차단하는 치료제(예를 들어, 항체)가 개체를 치료하는 데 유용할 수 있고, 예를 들어, 개체에게 투여될 수 있다는 것을 나타낼 수 있다. 예를 들어 차단 항-CD73 항체 또는 차단 항-CD39 항체가 투여될 수 있거나, 또는 IDO를 저해하는 화합물이 투여될 수 있다. NK 및/또는 T 세포, 예컨대 TIM-3의 아네르기/고갈과 관련된 단백질의 발현(예를 들어, 고수준의 발현) 또는 NK 및/또는 T 세포 상의 발현은 이러한 아네르기/고갈을 완화시키는 치료제, 예를 들어 TIM-3에 결합하고, 차단하는 항체가 개체를 치료하는데 유용할 수 있으며, 예를 들어, 개체에게 투여될 수 있다는 것을 나타낼 수 있다. 다른 예에서, NK 및/또는 T 세포 상의 활성화 수용체의 발현(예를 들어, 고수준의 발현)은 이러한 세포가 활성화 잠재력을 가진다는 것 및 이러한 활성화 수용체의 활성에 결합하고, 자극하거나 또는 증가시키는 치료제(예를 들어, 항체)가 개체를 치료하는 데 유용할 수 있다는 것을 나타낼 수 있다. NK 및/또는 T 세포에 의해 발현되는 활성화의 예는 CD16, 또한 인터페론 유전자의 자극제로서 알려진 TMEM173 (STING), OX-40, NKG2D, NKG2E, NKG2C, KIR2DS2, KIR2DS4, 글리코코르티코이드-유도 종양 괴사 인자 수용체(GITR), CD137, NKp30, NKp44 또는 DNAM-1, 2B4(CD224)를 포함한다. 또 다른 예에서, NK 세포 상의 활성화 수용체 CD16의 발현(예를 들어, 고수준의 발현)은 이러한 세포가 활성화 잠재력을 가진다는 것 및 CD16에 의해 결합될 수 있는 종양 항원에 결합되는 항체(예를 들어, Fc 도메인을 포함하는 항체)가 개체를 치료하는 데 유용할 수 있다는 것을 나타낼 수 있다.
선택적으로, 임의의 이들 방법에서, 제2, 제3 또는 다수의 추가적인 마커는 치료제 또는 이의 천연 리간드, 선택적으로 면역치료제의 분자 표적의 존재 및/또는 수준을 평가하기 위해 검출될 수 있다. NK-계통 특이적 항-NKp46 항체는 분자 표적 또는 이의 천연 리간드를 발현시키는 NK 세포가 분자 표적 또는 이의 천연 리간드를 발현시키는 다른 면역 세포와 구별되게 허용할 것이다. 이러한 정보는 개체에게 치료가 유익할 가능성이 있는지의 여부를 평가하도록 도울 것이다. 분자 표적은, 예를 들어, 면역치료제가 상호작용하는 단백질, 예컨대 CD16, 종양 항원, 면역 세포 활성화 또는 저해 수용체 등일 수 있다. 다른 예에서, 독성 모이어티와 관련된 항체를 포함하는 치료제(예를 들어, 세포독성 약물)의 분자 표적은, 예를 들어, 이러한 항체-약물 접합체가 결합하는 단백질, 예컨대 종양 항원일 수 있다. 제제가 차단 항체인 경우, 분자 표적은, 예를 들어, 면역치료제가 상호작용하는 단백질의 천연 리간드일 수 있으며, 치료적 효과가 존재하고/하거나 치료적 효과를 야기할 가능성이 있다. 예를 들어 면역치료제가 항-PD-1 항체인 경우, 분자 표적은 종양 및/또는 침윤성 면역 세포 상의 PD-L1 또는 PD-L2일 수 있다. 면역치료제가 ADCC-유도성 항-종양 항원 항체인 경우, 분자 표적은 면역 세포(예를 들어, NK 세포) 상의 CD16 및/또는 종양 세포 상의 종양 항원일 수 있다.
따라서, 일 양상에서, 본 발명은 치료제를 이용하여 암이 있는 환자를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 하기 단계들을 포함한다:
a) 환자로부터 포말린-처리되고/되거나 파라핀-포매된 암 및/또는 암 인접 조직 샘플을 제공하는 단계;
b) 파라핀-포매된 조직 샘플에서 NKp46에 결합하는 항-NKp46 항체를 이용하여 암 및/또는 암 인접 조직 샘플에서 NK 세포를 검출하는 단계;
c) 파라핀-포매된 암 조직 샘플에서 제2 폴리펩타이드에 결합하는 항체를 이용하여 암 및/또는 암 인접 조직 샘플에서 치료제 및/또는 이의 천연 리간드에 의해 결합되는 폴리펩타이드를 검출하는 단계; 및
d) (i) NK 세포 및/또는 (ii) 치료제에 의해 결합되는 폴리펩타이드, 및/또는 폴리펩타이드의 천연 리간드의 발현이 암 및/또는 암 인접 조직 샘플에서 검출된다면, 환자에게 치료제를 투여하는 단계. 일 실시형태에서, 치료제는 면역치료제이다. 일 실시형태에서, 면역치료제는 종양 침윤성 및/또는 암 인접 조직 NK 세포, 선택적으로 추가적으로 종양 침윤성 및/또는 암 인접 조직 T 세포의 활성을 조절하는 제제이다.
선택적으로, 임의의 실시형태에서, 종양 내 NK 세포(예를 들어, NKp46 발현 세포) 침윤 수준은, 예를 들어 치료제(예를 들어, 면역 치료제)에 의한 치료 전에, 환자 또는 개체로부터 취한 종양 샘플에서 시험관내에서 결정된다. 일 실시형태에서, 기준 수준은, 예를 들어 치료제를 이용하는 치료로부터 임상적 유익을 얻은 환자 집단의 종양에서의 NKp46-발현 NK 세포 수준을 나타내는 값이다. 일 실시형태에서, 기준 수준은, 예를 들어 치료제를 이용하는 치료로부터 임상적 유익을 얻지 못한 환자 집단의 종양에서의 NKp46-발현 NK 세포 수준을 나타내는 값이다. 일 실시형태에서, 기준 수준은 치료로부터 임상적 유익을 얻은(또는 얻지 못한) 환자로부터 치료 전에 취한 시험관내 종양 샘플에서 결정된다. 일 실시형태에서, 기준 수준이 임상적 유익을 얻지 못한 환자의 것인 경우에, 치료(예를 들어, 치료제)는 기준 수준의 적어도 1.5배, 적어도 2배 또는 적어도 3배인 NK 세포 침윤 수준을 갖는 환자에게 투여된다.
일 실시형태에서, 종양 주변에서 NK 세포 침윤 수준은, 예를 들어, 치료제(예를 들어, 면역치료제)에 의한 치료 전에 환자로부터 취한 종양 샘플에서 시험관내에서 결정된다. 일 실시형태에서, 기준 수준은 치료로부터, 예를 들어, 치료제에 의해 임상적 유익을 얻지 못한 환자의 종양 주변에서의 NK 세포 수준을 나타내는 값이다. 일 실시형태에서, 기준 수준은 치료로부터 임상적 유익을 얻지 못한 환자로부터 치료 전에 취한 종양 샘플 주변에서 시험관내에서 결정된다. 일 실시형태에서, 치료(예를 들어, 치료제)는 기준 수준의 적어도 1.5배, 적어도 2배 또는 적어도 3배인 NK 세포 침윤 수준을 갖는 환자에게 투여된다.
NK 세포 침윤 수준은 임의의 적합한 방법에 의해 결정될 수 있다. 예를 들어 NK 세포 침윤 수준은 주어진 조직, 예를 들어 종양에 존재하는 NK 세포 수로서 결정될 수 있다. 특정 실시형태에서, NK 세포 침윤 수준은 FFPE 조직 절편(예를 들어, 종양 생검으로부터 제조된 절편)의 mm2 당 NK 세포 수에 의해 반영된다.
본 발명은 또한 환자에서 암 치료를 위한 방법을 제공하되, i) 환자의 종양 및/또는 종양-인접 조직에서 NK 세포 침윤 수준은 치료 전에 파라핀-포매된 샘플에서 결정되고, ii) NK 세포 침윤 수준은 기준 수준과 비교되며, 그리고 iii) 면역치료제는 기준 수준에 비해 더 높은 NK 세포 침윤 수준(훨씬 다수의 총 NK 세포 또는 특정 NK 세포 서브세트)을 갖는 환자에게 투여된다. 종양 및/또는 종양-인접 조직에서 NK 세포 침윤은 본 명세서에 개시된 임의의 방법에 따라 결정될 수 있다.
일 실시형태에서, 종양 내 NK 세포 침윤 수준은 치료 전에 환자로부터 취한 종양 및/또는 종양-인접 조직 샘플에서 시험관내에서 결정된다. 일 실시형태에서, 기준 수준은 치료로부터 임상적 유익을 얻지 못한 환자 집단의 종양 및/또는 종양-인접 조직에서 NK 세포 침윤 수준을 나타내는 값이다. 일 실시형태에서, 기준 수준은 치료로부터 임상적 유익을 얻지 못한 환자로부터 치료 전에 취한 종양 및/또는 종양-인접 조직 샘플에서 시험관내에서 결정된다. 일 실시형태에서, 면역치료제는 기준 수준의 적어도 1.5배, 적어도 2배 또는 적어도 3배인 NK 세포 침윤 수준을 갖는 환자에게 투여된다.
추가로 환자에게 유효량의 면역치료제를 투여하는 단계를 포함하는 환자에서 암을 치료하는 방법이 제공되며, 단, 치료 전에 환자의 종양 및/또는 종양-인접 조직에서 NK 세포 침윤 수준은 기준 수준보다 더 높다. 일 실시형태에서, 종양 및/또는 종양-인접 조직에서 NK 세포 침윤 수준은 치료 전에 환자로부터 취한 종양 및/또는 종양-인접 조직 샘플에서 시험관내에서 결정된 수준이다. 일 실시형태에서, 기준 수준은 치료로부터 임상적 유익을 얻지 못한 환자 집단의 종양 및/또는 종양-인접 조직에서 NK 세포 침윤 수준을 나타내는 값이다. 일 실시형태에서, 기준 수준은 치료로부터 임상적 유익을 얻지 못한 환자로부터 치료 전에 취한 시험관내 종양 및/또는 종양-인접 조직 샘플에서 결정된다. 일 실시형태에서, NK 세포 침윤 수준은 기준 수준에 비해 적어도 1.2배, 적어도 1.5배, 적어도 2배 또는 적어도 3배 더 높다.
또한 본 발명에 따른 항체를 포함하는, 예를 들어 암에 대한 진단 또는 예후 키트가 포함된다. 선택적으로 상기 키트는 본 발명의 항체 및 진단 또는 예후로서 사용하기 위해 비-NKp46 폴리펩타이드에 결합되는 항체(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 10가지 이상의 항체)를 포함한다. 선택적으로 상기 키트는 진단적 또는 예후적으로 사용하기 위해 본 발명의 항체 및 면역치료제를 포함한다. 상기 키트는 생물학적 샘플과 본 발명의 항체 사이의 면역학적 반응으로부터 초래되는 면역학적 복합체를 검출하기 위한 수단, 특히 상기 항체의 검출을 가능하게 하는 시약을 추가적으로 포함할 수 있다.
본 발명이 사용될 수 있는 질환 및 병태는 암, 다른 증식성 장애, 감염성 질환 또는 면역 장애, 예컨대 염증 질환 및 자가면역 질환을 포함한다. 더 구체적으로는, 본 발명의 방법은 다양한 암 및 방광, 유방, 결장, 신장, 간, 폐, 난소, 전립선, 췌장, 위, 자궁경부, 갑상선 및 피부의 암종(편평세포암종을 포함)을 포함하는 암종; 림프구 계통의 조혈 종양, 섬유육종 및 횡문근육종을 포함하는 간충직세포의 종양; 흑색종, 정상피종, 기형암종, 신경아세포종 및 신경교종을 포함하는 기타 종양; 성상세포종, 신경아세포종, 신경교종 및 신경초종을 포함하는 중추 및 말초 신경계의 종양; 섬유육종, 횡문근육종 및 골육종을 포함하는 종양 유래; 및 각질극 세포종, 정상피종, 모낭 갑상선암 및 기형암종을 포함하는 기타 종양을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는 다른 증식성 질환의 치료를 위해 이용된다. 바람직한 실시형태에서, 상기 방법은 결장, 흑색종, 폐, 식도, 위, 후두, 신장 및 자궁경부로 이루어진 군으로부터 선택된 종양을 진단하거나 또는 치료하기 위해 사용된다. 항-NKp46 항체는 종양 중에서 NK 세포, 특히 종양 또는 종양 인접 조직에 침윤성인 NK 세포를 검출하는데 특히 유용할 것이다.
특정 실시형태에서, 상기 암은 악성 NKp46-발현 세포를 포함하고, 본 항체 및 방법은 세포에서 NKp46 발현을 검출하기 위해 사용된다. 본 발명이 사용될 수 있는 이러한 질환 및 병태의 예는 특정 림프종, 예컨대 CTCL, 시자리 증후군, 균상 식육종, NK-LDGL, NK/T 림프종 비강 유형, 말초 T-세포 림프종(PTCL), 장 관련 T 세포 림프종(EATL), 명시되지 않은 PTCL(PTCL-NOS), 또는 미분화 대세포 림프종(ALCL)을 포함한다.
본 항체는 다수의 항체 및/또는 다른 화합물, 예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 또는 다수의 항체 및/또는 화합물뿐만 아니라, 특정 실시형태에서, 파라핀-포매된 조직 샘플 내 면역 세포의 존재를 검출하기 위한 항체 또는 다른 진단 시약을 포함할 수 있는 키트에 포함될 수 있다. 이러한 진단 항체는 종종 (그들의 검출을 위해 필요한 시약, 예를 들어, 완충제, 기질과 함께 전형적으로 키트 내에 포함된 2차 항체를 이용하여) 직접적으로 또는 간접적으로 표지될 것이다.
본 발명의 추가적인 양상 및 이점은 다음의 실험 부문에서 개시될 것이며, 이는 본 출원을 예시하며 제한하는 것으로 의도되지 않는 것으로 간주되어야 한다.
실시예
실시예 1: 면역 세포 집단에 대한 NKp46 발현
NKp46의 발현을 상이한 세포 유형에 대해 연구하고, IgSF 구성원, 특히 다른 천연 세포독성 수용체(NCR) 구성원 NKp30을 포함하는 다른 NK 세포 단백질과 비교하였다.
요약하면, 건강한 지원자로부터의 100㎕의 새로운 혈액을 형광색소-접합 항체(항-CD45, Anti-CD3, 항-CD56, 항-CD8, 항-NKp46, 항-NKp30, 항-CD19, 항-CD20)의 혼합물과 함께 30분 동안 실온에서 인큐베이션시켰다. 적혈구를 분석하고 나서, 제조업자의 설명서에 따라 베크만 쿨터 옵틸라이즈 C 시약(Beckman Coulter Optilyse C reagent)을 이용하여 세포를 고정시켰다. BD FACS CANTO II 상에서 샘플을 획득하고, Flowjo 소프트웨어를 이용하여 분석하였다.
과립구를 CD45중간/SSC 높음 세포로서 나타내었다. 단핵구를 CD45 높음/SSC 중간 세포로서, 림프구를 CD45 높음/SSC 낮음 세포로서 나타내었다. 림프구 내에서, T 세포를 CD3 양성 세포로서 동정하고 나서, CD8 양성 또는 CD8 음성 T 세포에서 추가로 나누었다. NK 세포를 CD3 음성, CD56 양성 세포로서 동정하였다. B 세포를 CD3 음성, CD56 음성 및 CD19/CD20 양성 세포로서 동정하였다.
CD56, NKp30 및 NKp46 염색은 항-CD45/CD3/CD8/CD56의 혼합물 단독을 갖는 조건에서 얻은 배경 염색에 덮어씌운다.
대표적인 공여체에 대한 결과를 도 1 및 도 2에 나타낸다.
도 2에 나타낸 바와 같이, NKp46과 NKp30은 둘 다 과립구, 단핵구, B 세포 또는 T 세포의 염색 없이 NK 세포에 대해 고도로 특이적이었다. 다른 한편으로 CD56을 총 CD3 T 세포의 6%를 나타내는 서브세트 T 세포 상에서 발현시켰다. 흥미롭게도, 도 1에 나타내는 바와 같이(하부 2개의 패널), NKp46은 CD56bright를 포함하는 모든 NK세포 상에 존재하는데, 이는 11.1%의 NKp46-양성 세포(도 1, 하부 우측 패널, CD56bright 서브세트를 나타내는 박스)를 나타내는 반면, NKp30은 CD56bright 서브세트 상에서 상실되었다(도 1, 하부 좌측 패널). 2개의 주요 NK 세포 서브세트는 각각 CD56bright CD16dim/- 및 CD56dim CD16+이다. CD56bright NK 세포 서브세트는 말초 혈액에서 수치적으로는 소수이지만, 2차 림프구 조직에서뿐만 아니라 종양 조직에서 대다수의 NK 세포를 구성한다. 그들은 흔한 사이토카인 생성자이며, 일반적으로 활성화 전에 단지 약한 세포독성이지만, 그러나 활성화 시 강한 세포독성이 될 수 있다. 따라서, NKp46은 NK 세포를 검출하기 위한 단일 마커를 제공하고, CD56bright 서브세트를 포함한다.
실시예 2: 포말린 고정 파라핀 포매(FFPE) 샘플에 대한 NKp46 면역조직화학(IHC) 염색을 위한 단일틀론 항체의 생성
Raji-huNKp46 낮음 및 Raji-huNKp46 높음의 선택
인간 NKp46을 이용하여 Raji 세포주의 형질도입에 의해 Raji-huNKp46 세포를 생성하였다. 이들 형질도입 세포의 서브클로닝 후에, 두 클론 집단을 두 상이한 발현 수준의 높음 및 낮음에 의해 선택하였다. 도 3은 Raji-huNKp46 낮음, 높음및 SNK6, 내인성으로 NKp46을 발현시키는 NK/T 림프종의 세포주 상의 PE-결합 항-NKp46 단일클론 항체(Bab281, 베크만 쿨터(Beckman Coulter))를 이용하는 유세포 분석에 의한 면역형광 염색 후 얻은 평균 형광 강도를 도시한다. PE-결합 아이소타입 대조군은 예상한 바와 같은 염색을 제공하지 않았다.
세포 고정, 파라핀-포매 및 절편화
대략 20*106개 세포를 수집하고 나서, PBS1X에서 세척하고, 원심분리 후에 관에서 펠렛화한다. 마이크로파로 사전 가열한 2방울을 히스토겔(histogel)(마이크롬 마이크로테크(Microm Microtech))와 세포를 혼합하고, 이어서, 히스토겔을 고형화시키기 위해 냉장고에 넣는다. 고형화시킨 세포 펠렛을 카세트에 넣고, 2시간 동안 포말린 중에서 고정시킨다. PBS1X 중에서 세척한 후에, 샘플의 탈수를 위해 카세트를 오틱스 셰이퍼 욕(Ottix shaper bath)(디아패스(Diapath))에서 인큐베이션시키고, 이어서, 샘플의 함침을 위해 오틱스 플러스 욕에서 인큐베이션시킨다. 이어서, 카세트를 45분 동안(3회)(60℃에서 사전가열시킨) 파라핀 중에서 인큐베이션시켰다. 세포 펠렛을 포매 스테이션 AP280(마이크로 마이크로테크(Microm Microtech))를 이용하여 파라핀에서 포매시킨다. 마이크로톰(Microtome)(마이크롬 마이크로테크)를 이용하여 파라핀 블록을 5㎛-두께 절편으로 절단한다. 이들 절편을 40℃에서 수욕 상에서 펼치고, 이어서, 슬라이드 상에 둔다. 슬라이드를 60℃에서 스토브 내에서 건조시키고, 이어서, 면역조직화학 염색까지 실온에서 저장한다.
면역화 및 선별
3마리의 BALB/c 암컷 마우스(12주령)를 내부에서 생성한 huNKp46-Fc 재조합 단백질로 면역화시켰다(복강내로 3회의 50㎍ 주사 + 정맥내로 1회의 10㎍ 최종 부스트). 이들 마우스 중 2마리의 비장을 채취하고 나서 골수종 세포주(X63-Ag8-656)와 융합하여 혼성세포를 생성하였다. 세포를 메틸셀룰로스 반고체 배지에서 플레이팅하였다. 이어서, 혼성세포 콜로니를 액체 배지에서 수동으로 집어 내었다. 양호한 IgG 생산성에 대해 혼성세포 상청액(SN)을 처음 평가하였다. 이어서, 대략 400개의 혼성세포 SN을 다음의 IHC 조건에 따라 FFPE 세포 펠렛(Raji, Raji-huNKp46 낮음, Raji-huNKp46 높음) 상에서 IHC에 의해 직접적으로 선별하였다: 30분 동안 pH8을 언마스킹(unmasking), 37℃에서 1시간 동안 순수한 SN의 인큐베이션, 디스커버리(Discovery)XT 오토마톤(벤타나(Ventana)) 상에서 16분 동안 항-마우스 IgG 옴니맵(OmniMap)을 이용하여 드러냄. 병행하여, 혼성세포 세포를 마우스 IgG1 형식으로 양성 히트의 후속적 VH 및 VK 클로닝을 위한 RNA 추출 완충제 중에서 냉동시켰다. 생성된 상이한 항체(Ab)를 FFPE 세포 펠렛(Raji 형질감염체 + 내인성으로 NKp46을 발현시키는 SNK6) 및 인간 비장(30분 동안 pH8을 언마스킹, 세포 상에서 1시간 동안 5 및 10㎍/㎖에서 Ab의 인큐베이션, 37℃에서 조직 상에서 2시간, 옴니맵 16분으로 드러냄) 상에서 다시 검증하였다. FFPE 샘플에서 NKp46을 염색하기 위해(특이적 염색 및 배경 염색 없음) 최선의 후보로서 8E5-B 클론을 선택하였다. 그의 특이성을 알앤디사(R&D)로부터의 다클론성 항-NKp46 Ab와 함께 NKp46의 면역-형광 공동염색과 비교하였다. 두 상이한 부위(동일한 시약, 상이한 배취) 상에서 동일한 오토마론에 대해 염색을 입증하였고 NKp46을 발현시키는 상이한 조직(비장, 림프절, 자궁내막, 태반, 회장 미치 결장)을 발현시키는 상이한 조직 상에서 시험하였다. 추가로, 수동 방법을 이용하여 염색을 확인하였다.
실시예 3: FFPE NK/T 림프종 샘플 상에서 NKp46 IHC 염색을 위한 8E5-B의 시험
8E5-B 항체를 이용하는 NKp46 발현에 대해 포말린-고정 파라핀-포매된 (FFPE) NK/T 림프종 샘플을 평가하였다. 수동 방법을 이용하여 IHC 염색을 수행하였다. EDTA 완충제 pH8(써모 사이언티픽(Thermo Scientific))을 이용하여 PTLink 모듈(다코(Dako))에서 30분 동안 37℃에서 언마스킹을 수행하였다. 내인성 페록시다제 및 이어서, 비-특이적 결합 부위를 3x10분 동안 3% H2O2(PBS1X 중에서 희석)로 각각 차단시키고, 5% 염소 혈청을 1시간 동안 PBS1X에서 희석시켰다. 샘플을 2시간 동안 실온에서 PBS1X 중에서 5㎍/㎖로 희석시킨 8E5-B와 함께 인큐베이션시켰다. 실온에서 16분 동안 엔비전 키트(다코)를 이용하여 8E5B를 드러낸 다음, 5분 동안 DAB 인큐베이션시켰다. 10초 동안 헤마톡실린을 이용하여 핵을 대비 염색하였다. 시험한 10개의 샘플 중 9개는 NKp46 염색(약함 내지 강함)에 대해 양성이었다. 대응하는 아이소타입 대조군에 의한 염색은 깨끗하였다.
실시예 4: 냉동 샘플에 대한 8E5 -B NKp46 IHC 염색
냉동 샘플 상에서 8E5-B 항체를 NKp46 IHC 염색에 대해 평가하였고, BD 파밍겐(BD Pharmingen)으로부터의 9E2 기준 항체와 비교하였다. 항체를 둘 다 냉동 세포 펠렛(Raji, Raji-huNKp46 낮음 SNK6) 및 인간 비장 절편 상에서 시험하였다. 요약하면, 절편을 실온에서 1시간 동안 5㎍/㎖의 8E5-B, 9E2 또는 아이소타입 대조군과 함께 인큐베이션시켰다. HRP-결합 2차 항체(다코사로부터의 엔비전 키트)/DAB 기질로 염색을 나타내었다. 시험한 항체는 둘 다 NKp46 특이적 염색 및 비슷한 강도를 제공하였다.
실시예 5: 유세포 분석에 의한 8E5 -B NKp46 염색
유세포 분석에 의해 NKp46 염색에 대해 8E5-B 항체를 평가하였다. Raji-huNKp46 세포를 45분 동안 4℃에서 용량 범위의 8E5-B(30㎍/㎖, 12개 지점 상에서 1/3 연속희석)와 함께 인큐베이션시켰다. APC-결합 항-마우스 IgG 2차 항체를 이용하여 염색을 나타내었다. 결과는 유세포 분석에 의해 8E5-B가 NKp46에 결합된다는 것을 나타내는데, 이는 FFPE에 존재하는 에피토프가 세포 배양물 내에서 세포 상에 존재한 채로 남아있다는 것을 입증한다.
실시예 6: 웨스턴 블롯에 의한 8E5 -B NKp46 결합
인간 NKp46-His 재조합 단백질(100ng, 50ng 및 10ng)을 환원 조건 하에서 SDS-PAGE 12% 겔 상에 부하하였다. 이어서, 겔을 이모빌리오-P(Immobilon-P) 막(밀리포어(Millipore), IPVH00010) 상에 전달하였다. 5% BSA, TBS-트윈 0,05% 완충제와 함께 막을 1시간 동안 포화시켰다. 8E5B 항체를 1㎍/㎖에서 사용하고 나서, 1시간 동안 염색을 수행하였다. 이어서, TBS-트윈 완충제를 이용하여 막을 3회 세척하였다. 2차 항체, 염소 항-마우스-HRP(베틸(Bethyl), A90-131P)을 2.5% BSA, TBS-트윈 0.05% 완충제(1/5000) 내로 희석시키고 나서, 1시간 동안 막 상에서 인큐베이션시켰다. 이어서, TBS-트윈 완충제를 이용하여 막을 3회 세척하였다. 이어서, 막을 드러내는 용액(바이오-라드(Bio-Rad), 170-5070) 과 함께 1분 동안 인큐베이션시키고 나서, 겔 이미저(바이오-라드)를 이용하여 신호를 판독하였다. 8E5B 항체를 이용하여 huNKp46-His 단백질을 검출하였다.
SEQUENCE LISTING <110> INNATE PHARMA <120> METHODS FOR DETECTING TISSUE INFILTRATING NK CELLS <130> WO/2017/016805 <140> PCT/EP2016/065653 <141> 2016-07-04 <150> US 62/196,409 <151> 2015-07-24 <160> 16 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 304 <212> PRT <213> homo sapiens <400> 1 Met Ser Ser Thr Leu Pro Ala Leu Leu Cys Val Gly Leu Cys Leu Ser 1 5 10 15 Gln Arg Ile Ser Ala Gln Gln Gln Thr Leu Pro Lys Pro Phe Ile Trp 20 25 30 Ala Glu Pro His Phe Met Val Pro Lys Glu Lys Gln Val Thr Ile Cys 35 40 45 Cys Gln Gly Asn Tyr Gly Ala Val Glu Tyr Gln Leu His Phe Glu Gly 50 55 60 Ser Leu Phe Ala Val Asp Arg Pro Lys Pro Pro Glu Arg Ile Asn Lys 65 70 75 80 Val Lys Phe Tyr Ile Pro Asp Met Asn Ser Arg Met Ala Gly Gln Tyr 85 90 95 Ser Cys Ile Tyr Arg Val Gly Glu Leu Trp Ser Glu Pro Ser Asn Leu 100 105 110 Leu Asp Leu Val Val Thr Glu Met Tyr Asp Thr Pro Thr Leu Ser Val 115 120 125 His Pro Gly Pro Glu Val Ile Ser Gly Glu Lys Val Thr Phe Tyr Cys 130 135 140 Arg Leu Asp Thr Ala Thr Ser Met Phe Leu Leu Leu Lys Glu Gly Arg 145 150 155 160 Ser Ser His Val Gln Arg Gly Tyr Gly Lys Val Gln Ala Glu Phe Pro 165 170 175 Leu Gly Pro Val Thr Thr Ala His Arg Gly Thr Tyr Arg Cys Phe Gly 180 185 190 Ser Tyr Asn Asn His Ala Trp Ser Phe Pro Ser Glu Pro Val Lys Leu 195 200 205 Leu Val Thr Gly Asp Ile Glu Asn Thr Ser Leu Ala Pro Glu Asp Pro 210 215 220 Thr Phe Pro Ala Asp Thr Trp Gly Thr Tyr Leu Leu Thr Thr Glu Thr 225 230 235 240 Gly Leu Gln Lys Asp His Ala Leu Trp Asp His Thr Ala Gln Asn Leu 245 250 255 Leu Arg Met Gly Leu Ala Phe Leu Val Leu Val Ala Leu Val Trp Phe 260 265 270 Leu Val Glu Asp Trp Leu Ser Arg Lys Arg Thr Arg Glu Arg Ala Ser 275 280 285 Arg Ala Ser Thr Trp Glu Gly Arg Arg Arg Leu Asn Thr Gln Thr Leu 290 295 300 <210> 2 <211> 114 <212> PRT <213> mus musculus <400> 2 Glu Ile Gln Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Lys Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Leu Ser Cys Thr Ala Ser Gly Phe Asn Ile Lys Asp Thr 20 25 30 Tyr Phe His Trp Val Lys Gln Arg Pro Glu Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Arg Ile Asp Pro Ala Asn Gly Asn Thr Lys Tyr Asp Pro Lys Phe 50 55 60 His Asp Lys Ala Thr Ile Ile Ala Asp Ile Ser Ser Asn Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Phe Ser Ser Leu Thr Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Ala Asn Arg Tyr Gly Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr Leu Thr Val 100 105 110 Ser Ser <210> 3 <211> 112 <212> PRT <213> mus musculus <400> 3 Asp Ile Val Met Thr Gln Ala Ala Pro Ser Ile Pro Val Thr Pro Gly 1 5 10 15 Glu Ser Val Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Lys Ser Leu Leu Tyr Ile 20 25 30 Asn Gly Asn Thr His Leu Phe Trp Phe Leu Gln Arg Pro Gly Gln Ser 35 40 45 Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Arg Met Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro 50 55 60 Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Ala Phe Thr Leu Arg Ile 65 70 75 80 Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Met Gln His 85 90 95 Leu Glu Tyr Pro Phe Thr Phe Gly Ser Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys 100 105 110 <210> 4 <211> 5 <212> PRT <213> mus musculus <400> 4 Asp Thr Tyr Phe His 1 5 <210> 5 <211> 7 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 5 Gly Phe Asn Ile Lys Asp Thr 1 5 <210> 6 <211> 8 <212> PRT <213> mus musculus <400> 6 Gly Phe Asn Ile Lys Asp Thr Tyr 1 5 <210> 7 <211> 17 <212> PRT <213> mus musculus <400> 7 Arg Ile Asp Pro Ala Asn Gly Asn Thr Lys Tyr Asp Pro Lys Phe His 1 5 10 15 Asp <210> 8 <211> 8 <212> PRT <213> mus musculus <400> 8 Ile Asp Pro Ala Asn Gly Asn Thr 1 5 <210> 9 <211> 5 <212> PRT <213> mus musculus <400> 9 Asn Arg Tyr Gly Tyr 1 5 <210> 10 <211> 7 <212> PRT <213> mus musculus <400> 10 Ala Ala Asn Arg Tyr Gly Tyr 1 5 <210> 11 <211> 16 <212> PRT <213> mus musculus <400> 11 Arg Ser Ser Lys Ser Leu Leu Tyr Ile Asn Gly Asn Thr His Leu Phe 1 5 10 15 <210> 12 <211> 12 <212> PRT <213> mus musculus <400> 12 Ser Lys Ser Leu Leu Tyr Ile Asn Gly Asn Thr His 1 5 10 <210> 13 <211> 11 <212> PRT <213> mus musculus <400> 13 Lys Ser Leu Leu Tyr Ile Asn Gly Asn Thr His 1 5 10 <210> 14 <211> 7 <212> PRT <213> mus musculus <400> 14 Arg Met Ser Asn Leu Ala Ser 1 5 <210> 15 <211> 9 <212> PRT <213> mus musculus <400> 15 Met Gln His Leu Glu Tyr Pro Phe Thr 1 5 <210> 16 <211> 6 <212> PRT <213> mus musculus <400> 16 His Leu Glu Tyr Pro Phe 1 5

Claims (59)

  1. 인간 개체로부터의 샘플 내에서 조직 침윤성 인간 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법으로서, 개체로부터의 파라핀-포매된 샘플을 제공하는 단계, 및 파라핀-포매된 조직 샘플 내의 인간 NK 세포 계통 특이적 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 단클론성 항체를 이용하여 상기 샘플에서 조직 침윤성 NK 세포를 검출하는 단계를 포함하되, 상기 NK 세포 계통 특이적 폴리펩타이드의 검출은 상기 조직 침윤성 NK 세포의 존재를 나타내는, 조직 침윤성 인간 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  2. 제1항에 있어서, 상기 샘플에서 파라핀-포매된 조직 샘플 내 제2 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 단클론성 항체를 이용하여 제2 폴리펩타이드를 검출하는 단계를 더 포함하되, 상기 제2 폴리펩타이드는 NK 세포에 의해 발현될 수 있는 계통 비-특이적 폴리펩타이드인, 조직 침윤성 인간 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  3. 제2항에 있어서, 조직 침윤성 NK 세포를 검출하는 단계는 NK 계통-특이적인 IgSF 패밀리 폴리펩타이드에 결합하는 단클론성 항체를 이용하여 검출되고, 상기 제2 폴리펩타이드는 NK 세포 계통 특이적이 아닌 IgSF 패밀리 폴리펩타이드인, 조직 침윤성 인간 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  4. 제1항에 있어서, 인간 NK 세포 계통 특이적 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 상기 항체는 CD56dim 및 CD56bright NK 세포를 검출할 수 있는, 조직 침윤성 인간 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 NK 세포 계통 특이적 폴리펩타이드는 NKp46인, 조직 침윤성 인간 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  6. 제2항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 폴리펩타이드는 NK 세포 하위집단 또는 세포 성숙 단계와 관련되는, 조직 침윤성 인간 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  7. 제2항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 폴리펩타이드는 NK 및/또는 T 세포 활성화, 증식, 저해 또는 억제, 세포독성 잠재력, 조절 잠재력 또는 고갈과 관련되는, 조직 침윤성 인간 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 파라핀-포매된 조직 샘플 내 상기 제2 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 단일클론 항체를 이용하여 제2 (또는 추가적인) 폴리펩타이드를 검출하는 단계를 더 포함하되, 상기 제2 (또는 추가적인) 폴리펩타이드는 비-NK 세포 면역 집단의 마커인, 조직 침윤성 인간 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  9. 제2항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 폴리펩타이드는 종양 항원인, 조직 침윤성 인간 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 면역치료제를 이용하는 치료에 대한 개체의 적합성을 평가하는 데 사용하기 위해, 파라핀-포매된 조직 샘플 내 상기 제2 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 단일클론 항체를 이용하여 상기 샘플에서 제2 (또는 추가적인) 폴리펩타이드를 검출하는 단계를 더 포함하되, 상기 제2 (또는 추가적인) 폴리펩타이드는 면역치료제에 의해 결합되는 폴리펩타이드 또는 면역치료제에 의해 결합되는 폴리펩타이드의 리간드인, 조직 침윤성 인간 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 파라핀-포매된 샘플은 파라핀-포매된 조직 샘플인, 조직 침윤성 인간 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 암 조직 샘플 또는 암 인접 조직 샘플이되, 상기 NK 세포 계통 특이적 폴리펩타이드의 검출은 종양 침윤성 NK 세포의 존재를 나타내는, 조직 침윤성 인간 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  13. 인간 개체로부터의 샘플 내에서 NK 세포를 특성규명하는 시험관내 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는, NK 세포를 특성규명하는 시험관내 방법:
    a. 개체로부터 파라핀-포매된 조직 샘플을 제공하는 단계,
    b. 파라핀-포매된 조직 샘플 내 인간 NKp46 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 제1 단일클론 항체를 이용하여 상기 샘플에서 조직 침윤성 NK 세포를 검출하는 단계로서, 상기 NKp46 폴리펩타이드의 검출은 상기 조직 침윤성 NK 세포의 존재를 나타내는, 조직 침윤성 NK 세포를 검출하는 단계; 및
    c. 파라핀-포매된 조직 샘플 내 이러한 비계통 특이적 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 제2 단일클론 항체를 이용하여 상기 샘플에서 NK 세포 활성화, 증식, 저해, 억제 또는 고갈, 세포독성 잠재력 또는 조절 잠재력과 관련된 비계통 특이적 폴리펩타이드를 검출하는 단계로서, 상기 제2 폴리펩타이드의 검출은 각각 NK 세포 활성화, 증식, 저해, 억제, 고갈, 세포독성 잠재력 또는 조절 잠재력을 나타내는, NK 세포를 특성규명하는 시험관내 방법.
  14. 파라핀-포매된 세포 펠렛 내 세포에 의해 발현된 인간 NKp46 폴리펩타이드에 특이적으로 결합된 단일클론 항체.
  15. 제14항에 있어서, 상기 항체는 파라핀-포매된 세포 펠렛으로서 준비된 NKp46-양성 세포에 결합되지만, 파라핀-포매된 세포 펠렛으로서 준비된 NKp46-음성 세포에 결합하지 않는, 단일클론 항체.
  16. 제14항 또는 제15항에 있어서, 상기 항체는 냉동 조직 절편 내 세포 상에서 그리고 파라핀-포매된 세포 펠렛 내 세포 상에서 NKp46 상에 존재하는 통상적인 에피토프에 결합할 수 있고/있거나, 상기 항체는 배양물 내 세포에 의해 발현되는 NKp46 상에 존재하는 통상적인 에피토프에 결합할 수 있는, 단일클론 항체.
  17. 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체는 임의의 비-NK 계통 특이적 IgSF 패밀리 폴리펩타이드에 결합하지 않는, 단일클론 항체.
  18. 제14항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 세포는 NK 세포인, 단일클론 항체 또는 방법.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 파라핀-포매된 샘플 또는 세포 펠렛은 고정되고, 파라핀 내에서 포매되며, 절편화되고, 탈파라핀화되며, 슬라이드에 전달되는, 단일클론 항체.
  20. 항체 8E5B의 초가변 영역 아미노산 잔기를 포함하는 항체.
  21. 서열번호 2의 8E5B 경쇄 가변 영역 서열의 3개의 CDR을 포함하는 경쇄 및 서열번호 3의 8E5B 중쇄 가변 영역 서열의 3개의 CDR을 포함하는 중쇄를 포함하는, 항체.
  22. 제20항 또는 제21항에 있어서, 상기 항체는 항체 단편인, 항체.
  23. 제20항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체는 파라핀-포매된 세포 펠렛으로서 제조된 NKp46-양성 세포에 결합하지만, 파라핀-포매된 세포 펠렛으로서 제조된 NKp46-음성 세포에 결합하지 않는, 항체.
  24. 제14항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체는 검출 가능한 모이어티에 접합되거나 또는 공유 결합된, 항체.
  25. 제14항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 선택적으로 상기 키트는 제14항 내지 제23항 중 어느 한 항의 항체를 특이적으로 인식하는 표지된 2차 항체를 더 포함하는, 키트.
  26. 제14항 내지 제24항 중 어느 한 항의 항체를 암호화하는 핵산.
  27. 제14항 내지 제24항의 항체를 생성하거나 또는 제26항의 핵산을 포함하는, 혼성세포 또는 재조합 숙주 세포.
  28. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 인간 NK 세포 계통 특이적 폴리펩타이드에 결합하는 상기 단일클론 항체는 제14항 내지 제24항 중 어느 한 항에 따른 항체인, 방법.
  29. 파라핀-포매된 조직 절편 내 NKp46 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 항체를 선별하거나, 시험하거나 또는 생성하는 방법으로서, 복수의 후보 항체를 제공하는 단계; 및 파라핀-포매된 세포 펠렛 내 세포에 의해 발현되는 인간 NKp46 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 각각의 상기 항체의 능력을 평가하는 단계를 포함하는, 항체를 선별하거나, 시험하거나 또는 생성하는 방법.
  30. 제29항에 있어서, 상기 선택된 단일클론 항체의 유도체를 제조하는 단계를 더 포함하는, 항체를 선별하거나, 시험하거나 또는 생성하는 방법.
  31. 제30항에 있어서, 유도체를 제조하는 단계는 검출 가능한 모이어티에 상기 항체를 접합시키거나 또는 공유 결합시키는 것을 포함하는, 항체를 선별하거나, 시험하거나 또는 생성하는 방법.
  32. 제29항 내지 제31항의 방법에 따라 얻어지거나 또는 생성된 항체.
  33. 인간 개체로부터의 파라핀-포매된 샘플 내에서 NKp46-발현 세포 또는 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법으로서, 개체로부터의 파라핀-포매된 샘플을 제공하는 단계, 및 상기 샘플에서 파라핀-포매된 조직 샘플 내의 NKp46 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 제14항 내지 제24항 중 어느 한 항에 따른 단일클론 항체를 이용하여 세포를 검출하는 단계를 포함하되, NKp46의 검출은 상기 NKp46-발현 세포 또는 NK 세포의 존재를 나타내는, NKp46-발현 세포 또는 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  34. 제33항에 있어서, 상기 파라핀-포매된 샘플은 파라핀-포매된 조직 샘플이되, 선택적으로 추가로 상기 조직은 종양 조직 또는 종양-인접 조직인, NKp46-발현 세포 또는 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  35. 제33항 또는 제34항에 있어서, 상기 파라핀-포매된 조직 샘플은 고정되고, 파라핀 내에 포매되며, 탈파라핀화되고, 슬라이드에 전달된, NKp46-발현 세포 또는 NK 세포를 검출하는 시험관내 방법.
  36. 제28항에 있어서, NKp46은 상기 항체에 특이적으로 결합하는 2차 항체를 이용하여 검출되는, 방법.
  37. 암을 갖는 개체에서 암 진행을 예측하는 방법으로서, 암을 갖는 개체로부터의 파라핀-포매된 샘플을 제공하는 단계, 및 제1항 내지 제13항 또는 제33항 내지 제36항 중 어느 한 항의 방법에 따라 또는 제14항 내지 제24항 중 어느 한 항의 단일클론 항체를 이용하여 상기 샘플에서 침윤성 NK 세포를 검출하는 단계를 포함하는, 암 진행을 예측하는 방법.
  38. 제37항에 있어서, 상기 개체가 상기 샘플에서 침윤성 NK 세포(또는 기준 값에 비해 훨씬 다수의 이러한 세포)를 가진다는 결정은 암 진행에 대한 바람직한 예후를 나타내는, 암 진행을 예측하는 방법.
  39. 제37항에 있어서, 상기 개체가 상기 샘플에서 침윤성 NK 세포(또는 기준 값에 비해 훨씬 다수의 이러한 세포)를 가진다는 결정은 면역치료제에 의한 치료에 대한 반응에 대해 바람직한 예후라는 것을 나타내는, 암 진행을 예측하는 방법.
  40. 개체에서 질환을 치료하는 방법으로서, (a) 제1항 내지 제13항 또는 제33항 내지 제39항 중 어느 한 항의 방법에 따라 개체로부터 파라핀-포매된 샘플 내 NK 세포를 검출하는 단계, 및 (b) 상기 개체에게 면역치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 개체에서 질환을 치료하는 방법.
  41. 제37항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 단계 (a)는 파라핀-포매된 샘플 내 상기 제2 폴리펩타이드에 결합하는 항체를 이용하여 상기 샘플에서 제2의, 비계통 특이적, 폴리펩타이드를 검출하는 단계를 더 포함하는, 방법.
  42. 제40항 또는 제41항에 있어서, NKp46의 발현이 상기 샘플에서 검출된다면, 상기 면역치료제는 상기 개체에게 투여되는, 방법.
  43. 제40항 또는 제41항에 있어서, 상기 제2 폴리펩타이드의 발현이 상기 샘플에서 검출된다면, 상기 면역치료제는 상기 개체에게 투여되는, 방법.
  44. 제41항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 폴리펩타이드는 NK 세포 및/또는 T 세포 활성화, 증식, 저해, 억제 또는 고갈, 세포독성 잠재력 또는 조절 잠재력과 관련되는, 방법.
  45. 제44항에 있어서, NK 및/또는 T 세포 활성화, 증식, 저해, 억제 또는 고갈, 세포독성 잠재력 또는 조절 잠재력과 관련된 상기 폴리펩타이드는 IgSF 폴리펩타이드인, 방법.
  46. 제41항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 폴리펩타이드는 면역치료제에 의해 결합되는 폴리펩타이드, 또는 면역치료제에 의해 결합되는 폴리펩타이드의 리간드인, 방법.
  47. 제46항에 있어서, 면역치료제에 의해 결합되는 상기 폴리펩타이드, 또는 면역치료제에 의해 결합되는 폴리펩타이드의 리간드는 종양 항원, 활성화 수용체, 저해 수용체 및 면역억제 활성을 갖는 폴리펩타이드로 이루어진 군으로부터 선택된, 방법.
  48. 제41항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 폴리펩타이드는 비-NK 세포 면역 집단과 관련된, 방법.
  49. 제39항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 질환은 암이고, 상기 면역치료제는 활성화 수용체, 저해 수용체를 저해하는 항체 또는 이의 천연 리간드, 종양 항원에 결합되는 항체, 및 면역억제 대사물질의 형성을 저해하는 제제로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  50. 환자 또는 생물학적 샘플의 그룹을 선별하거나 또는 구성하는 시험관내 방법으로서, 제1항 내지 제13항 또는 제33항 내지 제39항 중 어느 한 항의 방법에 따라 각각의 복수의 환자로부터의 파라핀-포매된 샘플에서 Kp46-발현 세포 또는 NK 세포를 검출하는 단계; 및 NKp46-발현 세포 또는 NK 세포가 검출된다면, 환자 또는 샘플을 선택하는 단계를 포함하는, 환자의 그룹 또는 생물학적 샘플을 선별하거나 또는 구성하는 시험관내 방법.
  51. 환자 또는 생물학적 샘플의 그룹을 선별하거나 또는 구성하는 시험관내 방법으로서, 상기 그룹 내 각각의 환자 또는 샘플이 제14항 내지 제24항에 따른 항체에 의해 결합되는 종양 세포를 갖는 경우로 이루어진 환자 또는 샘플의 그룹을 선택하는 단계를 포함하는, 환자 또는 생물학적 샘플의 그룹을 선별하거나 또는 구성하는 시험관내 방법.
  52. 제1항 내지 제51항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 조직 샘플은 피부, 소뇌, 결장, 폐, 식도, 위, 회장, 공장, 십이지장, 결장, 간, 췌장, 자궁내막, 고환, 태반, 림프절, 비장, 흉선 및 편도로 이루어진 군으로부터 선택된 인간 조직을 포함하는, 방법.
  53. 제1항 내지 제52항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 조직은 유방, 흑색종, 폐, 식도, 위, 후두, 신장 및 자궁경부로 이루어진 군으로부터 선택된 인간 암 조직인, 방법.
  54. 림프종을 갖는 개체에서 악성 NKp46-발현 세포를 검출하는 방법으로서, 림프종을 갖는 개체로부터의 파라핀-포매된 샘플을 제공하는 단계 및 상기 샘플에서 제1항 내지 제13항 또는 제33항 내지 제36항 중 어느 한 항의 방법에 따라, 또는 제14항 내지 제24항 중 어느 한 항의 단일클론 항체를 이용하여 NKp46를 발현시키는 악성 세포를 검출하는 단계를 포함하는, 악성 NKp46-발현 세포를 검출하는 방법.
  55. 제54항에 있어서, 상기 NKp46-발현 암은 T 세포 림프종, 선택적으로 말초 T 세포 림프종 (PTCL) 또는 피부 T 세포 림프종(CTCL)이되; 선택적으로 상기 PTCL은 장 관련 T 세포 림프종(EATL), 달리 분류되지 않는 PTCL(PTCL-NOS), NK/T-림프종 또는 미분화 대세포 림프종(ALCL)인, 악성 NKp46-발현 세포를 검출하는 방법.
  56. 제54항 또는 제55항에 있어서, 상기 샘플에서 파라핀-포매된 조직 샘플 내 상기 제2 폴리펩타이드에 특이적으로 결합되는 단일클론 항체를 이용하여 제2 폴리펩타이드를 검출하는 단계를 더 포함하되, 상기 제2 폴리펩타이드는 림프종 세포에 의해 발현되는 폴리펩타이드이고, 선택적으로 상기 제2 폴리펩타이드는 CD4 또는 CD30인, 악성 NKp46-발현 세포를 검출하는 방법.
  57. 제1항 내지 제13항 및 제28항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 단일클론 항체를 이용하여 세포를 검출하는 단계는 하기 단계들을 포함하는, 방법:
    Figure pct00004
    세포를 포함하는 생물학적 샘플(예를 들어, 생검)을 얻는 단계;
    Figure pct00005
    상기 샘플을 고정시키고, 파라핀에서 포매하며, 절편화하고, 탈파라핀화하며, 선택적으로 상기 샘플을 슬라이드에 전달하는 단계;
    Figure pct00006
    상기 절편을 상기 단일클론 항체와 접촉시키는 단계; 및
    Figure pct00007
    상기 절편 내에서 결합된 단일클론 항체의 존재를 검출하는 단계.
  58. 조직 침윤성 NK 세포를 검출하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    Figure pct00008
    개체로부터 생물학적 샘플(예를 들어, 생검)을 얻는 단계;
    Figure pct00009
    상기 샘플을 고정시키고, 파라핀에서 포매하며, 절편화하고, 탈파라핀화하며, 선택적으로 상기 샘플을 슬라이드에 전달하는 단계;
    Figure pct00010
    상기 절편을 인간 NKp46 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 단일클론 항체와 접촉시키는 단계로서, 상기 항체는 파라핀-포매된 조직 절편 내 상기 NKp46 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하고, 검출 가능한 모이어티에 결합되는, 상기 접촉시키는 단계; 및
    Figure pct00011
    상기 절편 내에서 NKp46의 존재를 검출하는 단계로서, NKp46이 상기 조직 절편 내에 존재한다는 양성 결정(positive determination)은 상기 환자가 상기 조직을 침윤하는 NK 세포를 가진다는 것을 나타내는, 상기 절편 내에서 NKp46의 존재를 검출하는 단계.
  59. 제58항에 있어서, 상기 단일클론 항체는 제14항 내지 제24항 중 어느 한 항의 항체인, 조직 침윤성 NK 세포를 검출하는 방법.
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