KR20190133213A - 종양을 치료하는 방법 - Google Patents

Abstract

개시내용은 높은 종양 돌연변이 부담 (TMB) 상태를 갖는 종양, 예를 들어 폐암을 앓고 있는 대상체에게 면역요법, 예를 들어 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 본 개시내용은 또한 대상체의 생물학적 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 포함하는, 면역요법, 예를 들어 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 사용하는 치료에 적합한 대상체를 확인하는 방법을 제공한다. 높은 TMB 상태는 환자가 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 사용하는 치료에 적합한 것으로 확인시켜준다. TMB 상태는 종양 내의 핵산을 서열분석하고, 서열분석된 핵산에서 게놈 변경, 예를 들어 체세포 비동의 돌연변이를 확인하는 것에 의해 결정될 수 있다.

Description

종양을 치료하는 방법

본 개시내용은 높은 종양 돌연변이 부담 (TMB) 상태를 갖는 종양을 앓고 있는 대상체에게 면역요법을 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 면역요법은 항체 또는 그의 항원-결합 단편을 포함한다. 특정 실시양태에서, 면역요법은 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분 또는 항-PD-L1 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 포함한다.

전자적으로 제출된 서열 목록에 대한 언급

ASCII 텍스트 파일 (명칭: 3338066PC02_sequence_ST25.txt; 크기: 38,235 바이트; 및 생성일: 2018년 3월 30일)의 전자 제출된 서열 목록의 내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.

인간 암은 다수의 유전적 및 후성적 변경을 보유하고, 면역계에 의해 잠재적으로 인식가능한 신생항원을 생성한다 (Sjoblom et al., Science (2006) 314(5797):268-274). T 및 B 림프구로 구성된 적응 면역계는 다양한 종양 항원에 반응하는 정교한 특이성 및 광범위한 능력과 함께, 강력한 항암 잠재력을 갖는다. 추가로, 면역계는 상당한 가소성 및 기억 성분을 입증한다. 적응 면역계의 모든 이들 속성의 성공적인 활용은 면역요법을 모든 암 치료 양식들 중에서 고유하게 만들 것이다.

최근까지, 암 면역요법은 활성화된 이펙터 세포의 입양-전달, 관련 항원에 대한 면역화, 또는 비-특이적 면역-자극제, 예컨대 시토카인의 제공에 의해 항종양 면역 반응을 증진시키는 접근법에 실질적인 노력을 집중시켜 왔다. 그러나, 지난 십년 동안, 특이적 면역 체크포인트 경로 억제제를 개발하기 위한 집중적인 노력은, 프로그램화된 사멸-1 (PD-1) 수용체에 특이적으로 결합하고 억제 PD-1/PD-1 리간드 경로를 차단하는 니볼루맙 및 펨브롤리주맙 (이전에 람브롤리주맙; USAN Council Statement, 2013)과 같은 항체의 개발을 포함한, 암을 치료하기 위한 새로운 면역요법적 접근법을 제공하기 시작하였다 (Topalian et al., 2012a, b; Topalian et al., 2014; Hamid et al., 2013; Hamid and Carvajal, 2013; McDermott and Atkins, 2013).

PD-1은 활성화된 T 및 B 세포에 의해 발현되는 주요 면역 체크포인트 수용체이고, 면역억제를 매개한다. PD-1은 CD28, CTLA-4, ICOS, PD-1 및 BTLA를 포함하는 수용체의 CD28 패밀리의 구성원이다. PD-1에 대한 2개의 세포 표면 당단백질 리간드인 프로그램화된 사멸 리간드-1 (PD-L1) 및 프로그램화된 사멸 리간드-2 (PD-L2)가 확인되었고, 이는 항원-제시 세포 뿐만 아니라 많은 인간 암에서 발현되고, PD-1에의 결합시 T 세포 활성화 및 시토카인 분비를 하향조절하는 것으로 밝혀졌다. PD-1/PD-L1 상호작용의 억제는 전임상 모델에서 강력한 항종양 활성을 매개하고 (미국 특허 번호 8,008,449 및 7,943,743), 암을 치료하기 위한 PD-1/PD-L1 상호작용의 항체 억제제의 사용은 임상 시험에 진입하였다 (Brahmer et al., 2010; Topalian et al., 2012a; Topalian et al., 2014; Hamid et al., 2013; Brahmer et al., 2012; Flies et al., 2011; Pardoll, 2012; Hamid and Carvajal, 2013).

니볼루맙 (이전에 5C4, BMS-936558, MDX-1106, 또는 ONO-4538로 지정됨)은 PD-1 리간드 (PD-L1 및 PD-L2)와의 상호작용을 선택적으로 막음으로써, 항종양 T-세포 기능의 하향-조절을 차단하는 완전 인간 IgG4 (S228P) PD-1 면역 체크포인트 억제제 항체이다 (미국 특허 번호 8,008,449; Wang et al., 2014). 니볼루맙은 신세포 암종 (신장 선암종, 또는 부신종), 흑색종, 및 비소세포 폐암 (NSCLC)을 포함한 다양한 진행성 고형 종양에서 활성을 나타내었다 (Topalian et al., 2012a; Topalian et al., 2014; Drake et al., 2013; WO 2013/173223).

면역계 및 면역-요법에 대한 반응은 복잡하다. 추가적으로, 항암제는 고유한 환자 특징에 기초하여 그의 유효성에서 달라질 수 있다. 따라서, 특정한 항암제에 대해 반응할 가능성이 더 큰 환자를 확인하고 따라서 암으로 진단된 환자에 대한 임상 결과를 개선시키는, 표적화된 치료 전략에 대한 필요가 존재한다.

본 개시내용은 종양을 앓고 있는 대상체에게 치료 유효량의 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 투여하는 것을 포함하는 상기 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 여기서 종양은 높은 종양 돌연변이 부담 (TMB)인 TMB 상태를 갖는다. 일부 실시양태에서, 방법은 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 추가로 포함한다.

본 개시내용은 또한 대상체의 생물학적 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 포함하는 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분의 요법에 적합한 대상체를 확인하는 방법을 제공하며, 여기서 TMB 상태는 높은 TMB이고, 이에 의해 대상체는 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분의 요법에 적합한 것으로 확인된다. 한 실시양태에서, 방법은 대상체에게 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 투여하는 것을 추가로 포함한다.

일부 실시양태에서, TMB 상태는 종양 내의 핵산을 서열분석하고, 서열분석된 핵산에서 게놈 변경을 확인하는 것에 의해 결정된다. 일부 실시양태에서, 게놈 변경은 1개 이상의 체세포 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 게놈 변경은 1개 이상의 비동의 돌연변이를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 게놈 변경은 1개 이상의 미스센스 돌연변이를 포함한다. 다른 특정한 실시양태에서, 게놈 변경은 염기 쌍 치환, 염기 쌍 삽입, 염기 쌍 결실, 카피수 변경 (CNA), 유전자 재배열, 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 변경을 포함한다.

특정한 실시양태에서, TMB 상태는 게놈 서열분석, 엑솜 서열분석, 및/또는 게놈 프로파일링에 의해 결정된다. 한 실시양태에서, 게놈 프로파일은 적어도 300개 유전자, 적어도 305개 유전자, 적어도 310개 유전자, 적어도 315개 유전자, 적어도 320개 유전자, 적어도 325개 유전자, 적어도 330개 유전자, 적어도 335개 유전자, 적어도 340개 유전자, 적어도 345개 유전자, 적어도 350개 유전자, 적어도 355개 유전자, 적어도 360개 유전자, 적어도 365개 유전자, 적어도 370개 유전자, 적어도 375개 유전자, 적어도 380개 유전자, 적어도 385개 유전자, 적어도 390개 유전자, 적어도 395개 유전자, 또는 적어도 400개 유전자를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 게놈 프로파일은 적어도 325개 유전자를 포함한다.

한 실시양태에서, 게놈 프로파일은 ABL1, BRAF, CHEK1, FANCC, GATA3, JAK2, MITF, PDCD1LG2, RBM10, STAT4, ABL2, BRCA1, CHEK2, FANCD2, GATA4, JAK3, MLH1, PDGFRA, RET, STK11, ACVR1B, BRCA2, CIC, FANCE, GATA6, JUN, MPL, PDGFRB, RICTOR, SUFU, AKT1, BRD4, CREBBP, FANCF, GID4 (C17orf39), KAT6A (MYST3), MRE11A, PDK1, RNF43, SYK, AKT2, BRIP1, CRKL, FANCG, GLI1, KDM5A, MSH2, PIK3C2B, ROS1, TAF1, AKT3, BTG1, CRLF2, FANCL, GNA11, KDM5C, MSH6, PIK3CA, RPTOR, TBX3, ALK, BTK, CSF1R, FAS, GNA13, KDM6A, MTOR, PIK3CB, RUNX1, TERC, AMER1 (FAM123B), C11orf30 (EMSY), CTCF, FAT1, GNAQ, KDR, MUTYH, PIK3CG, RUNX1T1, TERT (프로모터만), APC, CARD11, CTNNA1, FBXW7, GNAS, KEAP1, MYC, PIK3R1, SDHA, TET2, AR, CBFB, CTNNB1, FGF10, GPR124, KEL, MYCL (MYCL1), PIK3R2, SDHB, TGFBR2, ARAF, CBL, CUL3, FGF14, GRIN2A, KIT, MYCN, PLCG2, SDHC, TNFAIP3, ARFRP1, CCND1, CYLD, FGF19, GRM3, KLHL6, MYD88, PMS2, SDHD, TNFRSF14, ARID1A, CCND2, DAXX, FGF23, GSK3B, KMT2A (MLL), NF1, POLD1, SETD2, TOP1, ARID1B, CCND3, DDR2, FGF3, H3F3A, KMT2C (MLL3), NF2, POLE, SF3B1, TOP2A, ARID2, CCNE1, DICER1, FGF4, HGF, KMT2D (MLL2), NFE2L2, PPP2R1A, SLIT2, TP53, ASXL1, CD274, DNMT3A, FGF6, HNF1A, KRAS, NFKBIA, PRDM1, SMAD2, TSC1, ATM, CD79A, DOT1L, FGFR1, HRAS, LMO1, NKX2-1, PREX2, SMAD3, TSC2, ATR, CD79B, EGFR, FGFR2, HSD3B1, LRP1B, NOTCH1, PRKAR1A, SMAD4, TSHR, ATRX, CDC73, EP300, FGFR3, HSP90AA1, LYN, NOTCH2, PRKCI, SMARCA4, U2AF1, AURKA, CDH1, EPHA3, FGFR4, IDH1, LZTR1, NOTCH3, PRKDC, SMARCB1, VEGFA, AURKB, CDK12, EPHA5, FH, IDH2, MAGI2, NPM1, PRSS8, SMO, VHL, AXIN1, CDK4, EPHA7, FLCN, IGF1R, MAP2K1, NRAS, PTCH1, SNCAIP, WISP3, AXL, CDK6, EPHB1, FLT1, IGF2, MAP2K2, NSD1, PTEN, SOCS1, WT1, BAP1, CDK8, ERBB2, FLT3, IKBKE, MAP2K4, NTRK1, PTPN11, SOX10, XPO1, BARD1, CDKN1A, ERBB3, FLT4, IKZF1, MAP3K1, NTRK2, QKI, SOX2, ZBTB2, BCL2, CDKN1B, ERBB4, FOXL2, IL7R, MCL1, NTRK3, RAC1, SOX9, ZNF217, BCL2L1, CDKN2A, ERG, FOXP1, INHBA, MDM2, NUP93, RAD50, SPEN, ZNF703, BCL2L2, CDKN2B, ERRFI1, FRS2, INPP4B, MDM4, PAK3, RAD51, SPOP, BCL6, CDKN2C, ESR1, FUBP1, IRF2, MED12, PALB2, RAF1, SPTA1, BCOR, CEBPA, EZH2, GABRA6, IRF4, MEF2B, PARK2, RANBP2, SRC, BCORL1, CHD2, FAM46C, GATA1, IRS2, MEN1, PAX5, RARA, STAG2, BLM, CHD4, FANCA, GATA2, JAK1, MET, PBRM1, RB1, STAT3, 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 유전자를 포함한다.

일부 실시양태에서, 방법은 ETV4, TMPRSS2, ETV5, BCR, ETV1, ETV6, 및 MYB 중 1개 이상에서 게놈 변경을 확인하는 것을 추가로 포함한다.

일부 실시양태에서, 높은 TMB는 적어도 210, 적어도 215, 적어도 220, 적어도 225, 적어도 230, 적어도 235, 적어도 240, 적어도 245, 적어도 250, 적어도 255, 적어도 260, 적어도 265, 적어도 270, 적어도 275, 적어도 280, 적어도 285, 적어도 290, 적어도 295, 적어도 300, 적어도 305, 적어도 310, 적어도 315, 적어도 320, 적어도 325, 적어도 330, 적어도 335, 적어도 340, 적어도 345, 적어도 350, 적어도 355, 적어도 360, 적어도 365, 적어도 370, 적어도 375, 적어도 380, 적어도 385, 적어도 390, 적어도 395, 적어도 400, 적어도 405, 적어도 410, 적어도 415, 적어도 420, 적어도 425, 적어도 430, 적어도 435, 적어도 440, 적어도 445, 적어도 450, 적어도 455, 적어도 460, 적어도 465, 적어도 470, 적어도 475, 적어도 480, 적어도 485, 적어도 490, 적어도 495, 또는 적어도 500의 스코어를 갖는다. 다른 실시양태에서, 높은 TMB는 적어도 215, 적어도 220, 적어도 221, 적어도 222, 적어도 223, 적어도 224, 적어도 225, 적어도 226, 적어도 227, 적어도 228, 적어도 229, 적어도 230, 적어도 231, 적어도 232, 적어도 233, 적어도 234, 적어도 235, 적어도 236, 적어도 237, 적어도 238, 적어도 239, 적어도 240, 적어도 241, 적어도 242, 적어도 243, 적어도 244, 적어도 245, 적어도 246, 적어도 247, 적어도 248, 적어도 249, 또는 적어도 250의 스코어를 갖는다. 특정한 실시양태에서, 높은 TMB는 적어도 243의 스코어를 갖는다.

일부 실시양태에서, 방법은 대상체의 TMB 상태를 참조 TMB 값과 비교하는 것을 추가로 포함한다. 한 실시양태에서, 대상체의 TMB 상태는 참조 TMB 값의 가장 높은 분위수 내에 있다. 또 다른 실시양태에서, 대상체의 TMB 상태는 참조 TMB 값의 상위 삼분위수 내에 있다.

일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 종양 조직 생검, 예를 들어 포르말린-고정, 파라핀-포매 종양 조직 또는 신선-동결 종양 조직이다. 다른 실시양태에서, 생물학적 샘플은 액체 생검이다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈액, 혈청, 혈장, exoRNA, 순환 종양 세포, ctDNA, 및 cfDNA 중 1종 이상을 포함한다.

일부 실시양태에서, 대상체는 신생항원 부하가 높은 종양을 갖는다. 다른 실시양태에서, 대상체는 증가된 T-세포 레퍼토리를 갖는다.

일부 실시양태에서, 종양은 폐암이다. 한 실시양태에서, 고형 종양은 비소세포 폐암 (NSCLC)이다. NSCLC는 편평 조직학 또는 비편평 조직학을 가질 수 있다.

다른 실시양태에서, 종양은 신세포 암종, 난소암, 결장직장암, 위장암, 식도암, 방광암, 폐암, 및 흑색종으로부터 선택된다.

일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 인간 PD-1에의 결합에 대해 니볼루맙과 교차-경쟁한다. 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 니볼루맙과 동일한 에피토프에 결합한다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 키메라 항체, 인간화 항체, 인간 모노클로날 항체, 또는 그의 항원-결합 부분이다. 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 인간 IgG1 이소형 또는 인간 IgG4 이소형의 중쇄 불변 영역을 포함한다. 특정한 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 니볼루맙 또는 펨브롤리주맙이다.

일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 2, 3, 또는 4주마다 1회 0.1 mg/kg 내지 10.0 mg/kg 체중의 범위의 용량으로 투여된다. 한 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 3주마다 1회 5 mg/kg 또는 10 mg/kg 체중의 용량으로 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 3주마다 1회 5 mg/kg 체중의 용량으로 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 2주마다 1회 3 mg/kg 체중의 용량으로 투여된다.

일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 균일 용량으로 투여된다. 한 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 적어도 약 200 mg, 적어도 약 220 mg, 적어도 약 240 mg, 적어도 약 260 mg, 적어도 약 280 mg, 적어도 약 300 mg, 적어도 약 320 mg, 적어도 약 340 mg, 적어도 약 360 mg, 적어도 약 380 mg, 적어도 약 400 mg, 적어도 약 420 mg, 적어도 약 440 mg, 적어도 약 460 mg, 적어도 약 480 mg, 적어도 약 500 mg, 또는 적어도 약 550 mg의 균일 용량으로 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 1, 2, 3 또는 4주마다 약 1회 균일 용량으로 투여된다.

일부 실시양태에서, 대상체는 투여 후 적어도 약 1개월, 적어도 약 2개월, 적어도 약 3개월, 적어도 약 4개월, 적어도 약 5개월, 적어도 약 6개월, 적어도 약 7개월, 적어도 약 8개월, 적어도 약 9개월, 적어도 약 10개월, 적어도 약 11개월, 적어도 약 1년, 적어도 약 18개월, 적어도 약 2년, 적어도 약 3년, 적어도 약 4년, 또는 적어도 약 5년의 무진행 생존을 나타낸다.

다른 실시양태에서, 대상체는 투여 후 적어도 약 1개월, 적어도 약 2개월, 적어도 약 3개월, 적어도 약 4개월, 적어도 약 5개월, 적어도 약 6개월, 적어도 약 7개월, 적어도 약 8개월, 적어도 약 9개월, 적어도 약 10개월, 적어도 약 11개월, 적어도 약 1년, 적어도 약 18개월, 적어도 약 2년, 적어도 약 3년, 적어도 약 4년, 또는 적어도 약 5년의 전체 생존을 나타낸다.

또 다른 실시양태에서, 대상체는 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 또는 약 100%의 객관적 반응률을 나타낸다.

일부 실시양태에서, 종양은 적어도 약 1%, 약 5%, 약 10%, 약 15%, 약 20%, 약 25%, 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 또는 약 50% PD-L1 발현을 갖는다.

본 개시내용의 다른 특색 및 이점은 하기 상세한 설명 및 실시예로부터 분명해질 것이고, 이는 제한으로 해석되어서는 안된다. 본 출원 전반에 걸쳐 인용된 과학 기사, 신문 보고, 진뱅크(GenBank) 등록물, 특허 및 특허 출원을 포함한, 인용된 모든 참고문헌의 내용은 명백하게 본원에 참조로 포함된다.

실시양태

실시양태 1. 종양을 앓고 있는 대상체에게 프로그램화된 사멸-1 (PD-1) 수용체에 특이적으로 결합하고 PD-1 활성을 억제하는 항체 또는 그의 항원-결합 부분 ("항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분")의 치료 유효량을 투여하는 것을 포함하는 상기 대상체를 치료하는 방법이며, 여기서 종양은 높은 종양 돌연변이 부담 (TMB)인 TMB 상태를 갖는 것인 방법.

실시양태 2. 실시양태 1에 있어서, 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 추가로 포함하는 방법.

실시양태 3. 대상체의 생물학적 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 포함하는 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분의 요법에 적합한 대상체를 확인하는 방법이며, 여기서 TMB 상태는 높은 TMB이고, 여기서 대상체는 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분의 요법에 적합한 것으로 확인되는 것인 방법.

실시양태 4. 실시양태 3에 있어서, 대상체에게 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 투여하는 것을 추가로 포함하는 방법.

실시양태 5. 실시양태 1 내지 4 중 어느 한 실시양태에 있어서, TMB 상태가 종양 내의 핵산을 서열분석하고, 서열분석된 핵산에서 게놈 변경을 확인함으로써 결정되는 것인 방법.

실시양태 6. 실시양태 5에 있어서, 게놈 변경이 1개 이상의 체세포 돌연변이를 포함하는 것인 방법.

실시양태 7. 실시양태 5 또는 6에 있어서, 게놈 변경이 1개 이상의 비동의 돌연변이를 포함하는 것인 방법.

실시양태 8. 실시양태 5 내지 7 중 어느 한 실시양태에 있어서, 게놈 변경이 1개 이상의 미스센스 돌연변이를 포함하는 것인 방법.

실시양태 9. 실시양태 5 내지 8 중 어느 한 실시양태에 있어서, 게놈 변경이 염기 쌍 치환, 염기 쌍 삽입, 염기 쌍 결실, 카피수 변경 (CNA), 유전자 재배열, 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 변경을 포함하는 것인 방법.

실시양태 10. 실시양태 1 내지 9 중 어느 한 실시양태에 있어서, 높은 TMB가 적어도 210, 적어도 215, 적어도 220, 적어도 225, 적어도 230, 적어도 235, 적어도 240, 적어도 245, 적어도 250, 적어도 255, 적어도 260, 적어도 265, 적어도 270, 적어도 275, 적어도 280, 적어도 285, 적어도 290, 적어도 295, 적어도 300, 적어도 305, 적어도 310, 적어도 315, 적어도 320, 적어도 325, 적어도 330, 적어도 335, 적어도 340, 적어도 345, 적어도 350, 적어도 355, 적어도 360, 적어도 365, 적어도 370, 적어도 375, 적어도 380, 적어도 385, 적어도 390, 적어도 395, 적어도 400, 적어도 405, 적어도 410, 적어도 415, 적어도 420, 적어도 425, 적어도 430, 적어도 435, 적어도 440, 적어도 445, 적어도 450, 적어도 455, 적어도 460, 적어도 465, 적어도 470, 적어도 475, 적어도 480, 적어도 485, 적어도 490, 적어도 495, 또는 적어도 500의 스코어를 갖는 것인 방법.

실시양태 11. 실시양태 1 내지 9 중 어느 한 실시양태에 있어서, 높은 TMB가 적어도 215, 적어도 220, 적어도 221, 적어도 222, 적어도 223, 적어도 224, 적어도 225, 적어도 226, 적어도 227, 적어도 228, 적어도 229, 적어도 230, 적어도 231, 적어도 232, 적어도 233, 적어도 234, 적어도 235, 적어도 236, 적어도 237, 적어도 238, 적어도 239, 적어도 240, 적어도 241, 적어도 242, 적어도 243, 적어도 244, 적어도 245, 적어도 246, 적어도 247, 적어도 248, 적어도 249, 또는 적어도 250의 스코어를 갖는 것인 방법.

실시양태 12. 실시양태 1 내지 11 중 어느 한 실시양태에 있어서, 높은 TMB가 적어도 243의 스코어를 갖는 것인 방법.

실시양태 13. 실시양태 1 내지 12 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대상체의 TMB 상태를 참조 TMB 값과 비교하는 것을 추가로 포함하는 방법.

실시양태 14. 실시양태 13에 있어서, 대상체의 TMB 상태가 참조 TMB 값의 가장 높은 분위수 내에 있는 것인 방법.

실시양태 15. 실시양태 13에 있어서, 대상체의 TMB 상태가 참조 TMB 값의 상위 삼분위수 내에 있는 것인 방법.

실시양태 16. 실시양태 1 내지 실시양태 15 중 어느 한 실시양태에 있어서, 생물학적 샘플이 종양 조직 생검인 방법.

실시양태 17. 실시양태 16에 있어서, 종양 조직이 포르말린-고정, 파라핀-포매 종양 조직 또는 신선-동결 종양 조직인 방법.

실시양태 18. 실시양태 1 내지 실시양태 15 중 어느 한 실시양태에 있어서, 생물학적 샘플이 액체 생검인 방법.

실시양태 19. 실시양태 1 내지 15 중 어느 한 실시양태에 있어서, 생물학적 샘플이 혈액, 혈청, 혈장, exoRNA, 순환 종양 세포, ctDNA, 및 cfDNA 중 1종 이상을 포함하는 것인 방법.

실시양태 20. 실시양태 1 내지 19 중 어느 한 실시양태에 있어서, TMB 상태가 게놈 서열분석에 의해 결정되는 것인 방법.

실시양태 21. 실시양태 1 내지 실시양태 19 중 어느 한 실시양태에 있어서, TMB 상태가 엑솜 서열분석에 의해 결정되는 것인 방법.

실시양태 22. 실시양태 1 내지 19 중 어느 한 실시양태에 있어서, TMB 상태가 게놈 프로파일링에 의해 결정되는 것인 방법.

실시양태 23. 실시양태 22에 있어서, 게놈 프로파일이 적어도 300개 유전자, 적어도 305개 유전자, 적어도 310개 유전자, 적어도 315개 유전자, 적어도 320개 유전자, 적어도 325개 유전자, 적어도 330개 유전자, 적어도 335개 유전자, 적어도 340개 유전자, 적어도 345개 유전자, 적어도 350개 유전자, 적어도 355개 유전자, 적어도 360개 유전자, 적어도 365개 유전자, 적어도 370개 유전자, 적어도 375개 유전자, 적어도 380개 유전자, 적어도 385개 유전자, 적어도 390개 유전자, 적어도 395개 유전자, 또는 적어도 400개 유전자를 포함하는 것인 방법.

실시양태 24. 실시양태 22에 있어서, 게놈 프로파일이 적어도 325개 유전자를 포함하는 것인 방법.

실시양태 25. 실시양태 22 내지 실시양태 24 중 어느 한 실시양태에 있어서, 게놈 프로파일이 ABL1, BRAF, CHEK1, FANCC, GATA3, JAK2, MITF, PDCD1LG2, RBM10, STAT4, ABL2, BRCA1, CHEK2, FANCD2, GATA4, JAK3, MLH1, PDGFRA, RET, STK11, ACVR1B, BRCA2, CIC, FANCE, GATA6, JUN, MPL, PDGFRB, RICTOR, SUFU, AKT1, BRD4, CREBBP, FANCF, GID4 (C17orf39), KAT6A (MYST3), MRE11A, PDK1, RNF43, SYK, AKT2, BRIP1, CRKL, FANCG, GLI1, KDM5A, MSH2, PIK3C2B, ROS1, TAF1, AKT3, BTG1, CRLF2, FANCL, GNA11, KDM5C, MSH6, PIK3CA, RPTOR, TBX3, ALK, BTK, CSF1R, FAS, GNA13, KDM6A, MTOR, PIK3CB, RUNX1, TERC, AMER1 (FAM123B), C11orf30 (EMSY), CTCF, FAT1, GNAQ, KDR, MUTYH, PIK3CG, RUNX1T1, TERT (프로모터만), APC, CARD11, CTNNA1, FBXW7, GNAS, KEAP1, MYC, PIK3R1, SDHA, TET2, AR, CBFB, CTNNB1, FGF10, GPR124, KEL, MYCL (MYCL1), PIK3R2, SDHB, TGFBR2, ARAF, CBL, CUL3, FGF14, GRIN2A, KIT, MYCN, PLCG2, SDHC, TNFAIP3, ARFRP1, CCND1, CYLD, FGF19, GRM3, KLHL6, MYD88, PMS2, SDHD, TNFRSF14, ARID1A, CCND2, DAXX, FGF23, GSK3B, KMT2A (MLL), NF1, POLD1, SETD2, TOP1, ARID1B, CCND3, DDR2, FGF3, H3F3A, KMT2C (MLL3), NF2, POLE, SF3B1, TOP2A, ARID2, CCNE1, DICER1, FGF4, HGF, KMT2D (MLL2), NFE2L2, PPP2R1A, SLIT2, TP53, ASXL1, CD274, DNMT3A, FGF6, HNF1A, KRAS, NFKBIA, PRDM1, SMAD2, TSC1, ATM, CD79A, DOT1L, FGFR1, HRAS, LMO1, NKX2-1, PREX2, SMAD3, TSC2, ATR, CD79B, EGFR, FGFR2, HSD3B1, LRP1B, NOTCH1, PRKAR1A, SMAD4, TSHR, ATRX, CDC73, EP300, FGFR3, HSP90AA1, LYN, NOTCH2, PRKCI, SMARCA4, U2AF1, AURKA, CDH1, EPHA3, FGFR4, IDH1, LZTR1, NOTCH3, PRKDC, SMARCB1, VEGFA, AURKB, CDK12, EPHA5, FH, IDH2, MAGI2, NPM1, PRSS8, SMO, VHL, AXIN1, CDK4, EPHA7, FLCN, IGF1R, MAP2K1, NRAS, PTCH1, SNCAIP, WISP3, AXL, CDK6, EPHB1, FLT1, IGF2, MAP2K2, NSD1, PTEN, SOCS1, WT1, BAP1, CDK8, ERBB2, FLT3, IKBKE, MAP2K4, NTRK1, PTPN11, SOX10, XPO1, BARD1, CDKN1A, ERBB3, FLT4, IKZF1, MAP3K1, NTRK2, QKI, SOX2, ZBTB2, BCL2, CDKN1B, ERBB4, FOXL2, IL7R, MCL1, NTRK3, RAC1, SOX9, ZNF217, BCL2L1, CDKN2A, ERG, FOXP1, INHBA, MDM2, NUP93, RAD50, SPEN, ZNF703, BCL2L2, CDKN2B, ERRFI1, FRS2, INPP4B, MDM4, PAK3, RAD51, SPOP, BCL6, CDKN2C, ESR1, FUBP1, IRF2, MED12, PALB2, RAF1, SPTA1, BCOR, CEBPA, EZH2, GABRA6, IRF4, MEF2B, PARK2, RANBP2, SRC, BCORL1, CHD2, FAM46C, GATA1, IRS2, MEN1, PAX5, RARA, STAG2, BLM, CHD4, FANCA, GATA2, JAK1, MET, PBRM1, RB1, STAT3, 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.

실시양태 26. 실시양태 1 내지 25 중 어느 한 실시양태에 있어서, ETV4, TMPRSS2, ETV5, BCR, ETV1, ETV6, 및 MYB 중 1개 이상에서 게놈 변경을 확인하는 것을 추가로 포함하는 방법.

실시양태 27. 실시양태 1 내지 26 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대상체가 높은 신생항원 부담을 갖는 종양을 갖는 것인 방법.

실시양태 28. 실시양태 1 내지 27 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대상체가 증가된 T-세포 레퍼토리를 갖는 것인 방법.

실시양태 29. 실시양태 1 내지 28 중 어느 한 실시양태에 있어서, 종양이 폐암인 방법.

실시양태 30. 실시양태 29에 있어서, 폐암이 비소세포 폐암 (NSCLC)인 방법.

실시양태 31. 실시양태 30에 있어서, NSCLC가 편평 조직학을 갖는 것인 방법.

실시양태 32. 실시양태 30에 있어서, NSCLC가 비편평 조직학을 갖는 것인 방법.

실시양태 33. 실시양태 1 내지 28 중 어느 한 실시양태에 있어서, 종양이 신세포 암종, 난소암, 결장직장암, 위장암, 식도암, 방광암, 폐암, 및 흑색종으로부터 선택되는 것인 방법.

실시양태 34. 실시양태 1 내지 33 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분이 인간 PD-1에의 결합에 대해 니볼루맙과 교차-경쟁하는 것인 방법.

실시양태 35. 실시양태 1 내지 34 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분이 니볼루맙과 동일한 에피토프에 결합하는 것인 방법.

실시양태 36. 실시양태 1 내지 35 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항-PD-1 항체가 키메라 항체, 인간화 항체, 인간 모노클로날 항체, 또는 그의 항원-결합 부분인 방법.

실시양태 37. 실시양태 1 내지 36 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분이 인간 IgG1 이소형 또는 인간 IgG4 이소형의 중쇄 불변 영역을 포함하는 것인 방법.

실시양태 38. 실시양태 1 내지 37 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분이 니볼루맙인 방법.

실시양태 39. 실시양태 1 내지 37 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분이 펨브롤리주맙인 방법.

실시양태 40. 실시양태 1 내지 39 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분이 2, 3, 또는 4주마다 1회 0.1 mg/kg 내지 10.0 mg/kg 체중 범위의 용량으로 투여되는 것인 방법.

실시양태 41. 실시양태 1 내지 40 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분이 3주마다 1회 5 mg/kg 또는 10 mg/kg 체중의 용량으로 투여되는 것인 방법.

실시양태 42. 실시양태 1 내지 41 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분이 3주마다 1회 5 mg/kg 체중의 용량으로 투여되는 것인 방법.

실시양태 43. 실시양태 1 내지 40 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분이 2주마다 1회 3 mg/kg 체중의 용량으로 투여되는 것인 방법.

실시양태 44. 실시양태 1 내지 39 중 어느 한 실시양태에 있어서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분이 균일 용량으로 투여되는 것인 방법.

실시양태 45. 실시양태 44에 있어서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분이 적어도 약 200 mg, 적어도 약 220 mg, 적어도 약 240 mg, 적어도 약 260 mg, 적어도 약 280 mg, 적어도 약 300 mg, 적어도 약 320 mg, 적어도 약 340 mg, 적어도 약 360 mg, 적어도 약 380 mg, 적어도 약 400 mg, 적어도 약 420 mg, 적어도 약 440 mg, 적어도 약 460 mg, 적어도 약 480 mg, 적어도 약 500 mg, 또는 적어도 약 550 mg의 균일 용량으로 투여되는 것인 방법.

실시양태 46. 실시양태 44 또는 45에 있어서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분이 1, 2, 3, 또는 4주마다 약 1회의 균일 용량으로 투여되는 것인 방법.

실시양태 47. 실시양태 1 내지 46 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대상체가 투여 후 적어도 약 1개월, 적어도 약 2개월, 적어도 약 3개월, 적어도 약 4개월, 적어도 약 5개월, 적어도 약 6개월, 적어도 약 7개월, 적어도 약 8개월, 적어도 약 9개월, 적어도 약 10개월, 적어도 약 11개월, 적어도 약 1년, 적어도 약 18개월, 적어도 약 2년, 적어도 약 3년, 적어도 약 4년, 또는 적어도 약 5년의 무진행 생존을 나타내는 것인 방법.

실시양태 48. 실시양태 1 내지 47 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대상체가 투여 후 적어도 약 1개월, 적어도 약 2개월, 적어도 약 3개월, 적어도 약 4개월, 적어도 약 5개월, 적어도 약 6개월, 적어도 약 7개월, 적어도 약 8개월, 적어도 약 9개월, 적어도 약 10개월, 적어도 약 11개월, 적어도 약 1년, 적어도 약 18개월, 적어도 약 2년, 적어도 약 3년, 적어도 약 4년, 또는 적어도 약 5년의 전체 생존을 나타내는 것인 방법.

실시양태 49. 실시양태 1 내지 48 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대상체가 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 또는 약 100%의 객관적 반응률을 나타내는 것인 방법.

실시양태 50. 실시양태 1 내지 49 중 어느 한 실시양태에 있어서, 종양이 적어도 약 1%, 약 5%, 약 10%, 약 15%, 약 20%, 약 25%, 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 또는 약 50% PD-L1 발현을 갖는 것인 방법.

실시양태 51. 플랫폼을 사용하여 대상체의 종양 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 포함하는 암 요법에 적합한 대상체를 확인하는 방법이며, 여기서 TMB 상태는 암-관련 유전자 및 선택된 인트론을 서열분석함으로써 결정되는 것인 방법.

실시양태 52. 실시양태 51에 있어서, 암 요법이 대상체에게 프로그램화된 사멸-1 (PD-1) 수용체에 특이적으로 결합하고 PD-1 활성을 억제하는 항체 또는 그의 항원-결합 부분 ("항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분")의 치료 유효량을 투여하는 것을 포함하는 것인 방법.

실시양태 53. 실시양태 51 또는 52에 있어서, 종양이 신세포 암종, 난소암, 결장직장암, 위장암, 식도암, 방광암, 폐암, 및 흑색종으로부터 선택된 것인 방법.

실시양태 54. 실시양태 1 내지 53 중 어느 한 실시양태에 있어서, TMB 상태가 파운데이션원(FOUNDATIONONE)® 검정을 사용하여 측정되는 것인 방법.

도 1은 환자 배치의 보고 시험의 통합된 표준 (CONSORT) 다이어그램을 제공한다.
도 2는 연구 설계를 보여준다.
도 3은 ≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자에서의 무진행 생존 (PFS)을 보여준다.
도 4는 모든 무작위화된 환자에서의 무진행 생존 (PFS)을 보여준다.
도 5는 ≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자에서의 전체 생존 (OS)을 보여준다.
도 6은 모든 무작위화된 환자에서의 전체 생존 (OS)을 보여준다.
도 7은 모든 무작위화된 환자에서의 하위군별 무진행 생존 (PFS)을 보여준다. ECOG PS는 동부 협동 종양학 그룹 수행-상태를 나타낸다.
도 8은 모든 무작위화된 환자에서의 하위군별 전체 생존 (OS)을 보여준다. ECOG PS는 동부 협동 종양학 그룹 수행-상태를 나타낸다.
도 9는 높은 종양 돌연변이 부담 (TMB)을 갖는 평가가능한 환자에서의 무진행 생존 (PFS)을 보여준다.
도 10은 낮은 또는 중간 종양 돌연변이 부담 (TMB)을 갖는 평가가능한 환자에서의 무진행 생존 (PFS)을 보여준다.
도 11은 높은 종양 돌연변이 부담 (TMB)을 갖는 평가가능한 환자에서의 전체 생존 (OS)을 보여준다.
도 12는 낮은 또는 중간 종양 돌연변이 부담 (TMB)을 갖는 평가가능한 환자에서의 전체 생존 (OS)을 보여준다.
도 13은 총 엑솜 돌연변이 및 유전자 패널을 사용한 종양 부담 분석을 보여준다.
도 14는 종양 돌연변이 부담 (TMB)에 대해 평가가능한 환자에서의 무진행 생존 (PFS)을 보여준다.
도 15는 종양 돌연변이 부담 (TMB)에 대해 평가가능한 환자에서의 전체 생존 (OS)을 보여준다.
도 16은 니볼루맙 부문에서 종양 돌연변이 부담 (TMB) 삼분위수에 의한 무진행 생존 (PFS)을 보여준다.
도 17은 화학요법 부문에서 종양 돌연변이 부담 (TMB) 삼분위수에 의한 무진행 생존 (PFS)을 보여준다.
도 18은 평가가능한 환자에서 종양 돌연변이 부담 (TMB) 및 PD-L1 발현 사이의 연관성의 분석을 보여준다.
도 19는 종양 돌연변이 부담 (TMB) 및 PD-L1 발현에 의한 전체 반응률 (ORR)을 보여준다.
도 20은 평가가능한 환자에서 종양 돌연변이 부담 (TMB) 삼분위수에 의한 부분 반응 (PR) 및 완전 반응 (CR)을 보여준다.
도 21은 44명의 환자 샘플의 종양 돌연변이 부담 (TMB) 분석의 실험 설계를 보여준다. WES: 전체 엑솜 서열분석; F1: 파운데이션원® 서열분석.
도 22는 파운데이션원® 서열분석 (F1)에 의한 및 전체 엑솜 서열분석 (WES)에 의한 종양 돌연변이 부담 (TMB) 사이의 높은 상관관계를 보여준다. 음영처리된 구역은 부트스트랩 (분위수) 방법을 사용하여 계산된 바와 같은 95% 신뢰 구간 경계를 나타낸다. 수평 파선은 등가의 F1 TMB 수준 (메가염기당 7.64개의 체세포 돌연변이)을 보여준다. 수직 파선은 중앙값 (148개의 미스센스 돌연변이)으로 설정된 임의적 WES TMB 값을 보여준다.
도 23은 항-PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙 단독요법, 또는 항-PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙, 및 항-CTLA-4 항체, 예를 들어 이필리무맙을 포함하는 조합 요법을 사용하는 SCLC의 치료에 관한 임상 시험 프로토콜의 개략적 표현이다.
도 24는 탐색적 TMB 분석을 위한 방법 및 샘플 흐름을 예시하는 개략적 표현이다.
도 25a-25d는 항-PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙 단독요법 (도 25a 및 25b), 또는 항-PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙 및 항-CTLA-4 항체, 예를 들어 이필리무맙을 포함하는 조합 요법 (도 25c 및 25d)으로 치료된 대상체에 대한 무진행 생존 (PFS; 도 25a 및 25c) 및 전체 생존 (OS; 도 25b 및 25d)의 그래프 표현이다. ITT 환자 및 TMB-평가가능한 환자에 대한 PFS 및 OS는 표시된 바와 같이 오버레이된다 (도 25a-25d).
도 26a-26c는 본원에 기재된 SCLC 임상 시험에서의 대상체 (도 26a), 풀링된 SCLC 연구 대상체 (도 26b), 및 비소세포 폐암의 치료에 관한 이전 임상 시험으로부터의 풀링된 대상체 (도 26c)에 대한 TMB 분포의 그래프 표현이다.
도 27은 항-PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙 또는 항-PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙 및 항-CTLA-4 항체, 예를 들어 이필리무맙으로 치료된 모든 TMB-평가가능한 대상체에 대한 전체 반응률 (ORR) 및 TMB 상태 (낮음, 중간, 또는 높음)에 의해 계층화된 동일 대상체에 대한 전체 반응률 (ORR)을 보여주는 막대 그래프이다.
도 28a-28b는 항-PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙 단독요법 (도 28a), 또는 항-PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙 및 항-CTLA-4 항체, 예를 들어 이필리무맙을 포함하는 조합 요법 (도 28b)으로 치료된 대상체에 대한 TMB 분포의 그래프 표현이고, 여기서 대상체는 최상의 전체 반응에 의해 계층화된다. CR = 완전 반응; PR = 부분 반응; SD = 안정 질환; PD = 진행성 질환; NE = 평가되지 않음.
도 29a-29b는 표시된 바와 같이 TMB 상태 (낮음, 중간, 또는 높음)에 의해 계층화된, 항-PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙 단독요법 (도 29a), 또는 항-PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙, 및 항-CTLA-4 항체, 예를 들어 이필리무맙을 포함하는 조합 요법 (도 29b)으로 치료된 대상체에서의 무진행 생존 (PFS)을 보여준다. 1-년 PFS를 각각의 샘플 집단에 대해 표시하였다.
도 30a-30b는 표시된 바와 같이 TMB 상태 (낮음, 중간, 또는 높음)에 의해 계층화된, 항-PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙 단독요법 (도 30a), 또는 항-PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙, 및 항-CTLA-4 항체, 예를 들어 이필리무맙을 포함하는 조합 요법 (도 30b)으로 치료된 대상체에 대한 전체 생존 (OS)을 보여준다. 1-년 OS를 각각의 샘플 집단에 대해 표시하였다.
도 31은 NSCLC를 치료하는 연구 설계를 보여준다. 대상체를 PD-L1 발현 상태, 즉 ≥1% PD-L1 발현 v. < PD-L1 발현으로 나누었다. 이어서, 각각의 군의 대상체를 (i) 3 mg/kg q2Q의 용량의 항-PD-1 항체 (예를 들어, 니볼루맙) 및 ` mg/kg q6W의 용량의 항-CTLA-4 항체, 예를 들어 이필리무맙 (n=396 또는 n=187); (ii) 조직학-기반 화학요법 (n=397 또는 n=186), 및 (iii) 240 mg q2W의 균일 용량의 항-PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙 단독 (n=396 또는 n=177)을 제공하는 3개의 군 (1:1:1)으로 나누었다. 조직학-기반 화학요법을 제공받는 대상체는 그의 상태, 즉 편평 (SQ) NSCLC 또는 비편평 (NSQ) NSCLC에 의해 추가로 계층화되었다. 화학요법을 제공받은 NSQ NSCLC를 갖는 대상체에게 페메트렉세드 (500 mg/m2) + 시스플라틴 (75 mg/m2) 또는 카르보플라틴 (AUC 5 또는 6), Q3W를 ≤4 사이클 동안 제공하였고, 임의로 화학요법 후 페메트렉세드 (500 mg/m2) 유지 또는 니볼루맙 + 화학요법 후 니볼루맙 (360 mg Q3W) + 페메트렉세드 (500 mg/m2) 유지로 제공하였다. 화학요법을 제공받은 SQ NSCLC를 갖는 대상체에게 겜시타빈 (1000 또는 1250 mg/m2) + 시스플라틴 (75 mg/m2), 또는 겜시타빈 (1000 mg/m2) + 카르보플라틴 (AUC 5), Q3W를 ≤4 사이클 동안 제공하였다. 평가가능한 TBM ≥ 10개 돌연변이/Mb를 갖는 니볼루맙 + 이필리무맙 또는 화학요법으로 무작위화된 환자의 하위세트에서 TBM 공동-1차 분석을 수행하였다.
도 32는 모든 TMB-평가가능한 환자에서의 TMB 및 PD-L1 발현의 산점도를 보여준다. y 축은 메가염기당 돌연변이의 수를 보여주고, x 축은 PD-L1 발현을 보여준다. 산점도에서 기호 (점)는, 특히 <1% PD-L1 발현을 갖는 환자에 대한 다중 데이터 포인트를 나타낼 수 있다.
도 33a는 모든 무작위화된 환자에서의 항-PD-1 항체 (예를 들어, 니볼루맙) 플러스 항-CTLA-4 항체 (예를 들어, 이필리무맙) vs. 화학요법에 의한 무진행 생존을 보여준다. Cl은 신뢰 구간을 보여주고; HR은 위험 비를 보여준다. 도 33b는 TMB 평가가능한 환자에서의 항-PD-1 항체 (예를 들어, 니볼루맙) 플러스 항-CTLA-4 항체 (예를 들어, 이필리무맙) vs. 화학요법에 의한 무진행 생존을 보여준다.
도 34a는 TMB ≥ 10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서의 항-PD-1 항체 (예를 들어, 니볼루맙) 플러스 항-CTLA-4 항체 (예를 들어, 이필리무맙) (Nivo + Ipi) vs. 화학요법 (Chemo)의 무진행 생존을 보여준다. 1-y PFS = 1년 무진행 생존; *95% CI, 0.43 내지 0.77. 도 34b는 TMB ≥ 10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서의 항-PD-1 항체 (예를 들어, 니볼루맙) 플러스 항-CTLA-4 항체 (예를 들어, 이필리무맙) (Nivo + Ipi) vs. 화학요법 (Chemo)의 반응 지속기간을 보여준다. DOR: 반응 지속기간; 중앙값, DOR, mo: 반응 지속기간의 중앙값 개월; 1-y DOR: 1년 반응 지속기간.
도 35는 TMB <10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서의 항-PD-1 항체 (예를 들어, 니볼루맙) 플러스 항-CTLA-4 항체 (예를 들어, 이필리무맙) vs. 화학요법에 의한 무진행 생존을 보여준다.
도 36a는 PD-L1 발현 ≥ 1%의 TMB ≥ 10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서의 무진행 생존의 하위군 분석을 보여준다. PFS (%): 무진행 생존의 백분율. 도 36b는 PD-L1 발현 < 1%의 TMB ≥ 10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서의 무진행 생존의 하위군 분석을 보여준다. 도 36c는 편평 세포 종양 조직학을 갖는 환자 중 TMB ≥ 10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서의 무진행 생존의 하위군 분석을 보여준다. 도 36d는 비편평 세포 종양 조직학을 갖는 환자 중 TMB ≥ 10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서의 무진행 생존의 하위군 분석을 보여준다. 도 36e는 선택된 하위군의 특징을 보여준다.
도 37은 TMB ≥13개 돌연변이/Mb 및 ≥1% 종양 PD-L1 발현을 갖는 환자에서의 항-PD-1 항체 (예를 들어, 니볼루맙) 단독요법 vs. 화학요법에 의한 무진행 생존을 보여준다. 95% Cl은 0.95 (0.64, 1.4)이다.
도 38은 TMB ≥10개 돌연변이/Mb 및 ≥1% 종양 PD-L1 발현을 갖는 환자에서의 항-PD-1 항체 (예를 들어, 니볼루맙) 플러스 항-CTLA-4 항체 (예를 들어, 이필리무맙) vs. 항-PD-1 항체 (예를 들어, 니볼루맙) 단독요법 및 화학요법에 의한 무진행 생존을 보여준다. 95% CI는 니볼루맙 + 이필리무맙 vs. 화학요법의 경우 0.62 (0.44, 0.88)이다.

본 개시내용은 높은 TMB 상태를 갖는 종양을 갖는 암 환자에게 면역요법을 투여하는 것을 포함하는, 상기 암 환자를 치료하는 방법에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 면역요법은 항체 또는 그의 항원-결합 단편을 포함한다. 특정 실시양태에서, 면역요법은 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분 또는 항-PD-L1 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 포함한다. 본 개시내용은 또한 환자의 생물학적 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 포함하는, 면역요법에 의한 치료, 예를 들어 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분에 의한 치료에 적합한 암 환자를 확인하는 방법에 관한 것이다.

용어

본 개시내용이 보다 용이하게 이해될 수 있도록, 특정 용어가 먼저 정의된다. 본원에 달리 명백하게 제공된 경우를 제외하고, 본 출원에 사용된 바와 같은 하기 용어들 각각은 다음에 제시된 의미를 가질 것이다. 추가의 정의가 출원 전반에 걸쳐 제시된다.

"투여하는"은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 다양한 방법 및 전달 시스템 중 임의의 것을 사용하여 치료제를 포함하는 조성물을 대상체에게 물리적으로 도입하는 것을 지칭한다. 면역요법, 예를 들어 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체에 대한 바람직한 투여 경로는 정맥내, 근육내, 피하, 복강내, 척수 또는 다른 비경구 투여 경로, 예를 들어 주사 또는 주입에 의한 것을 포함한다. 본원에 사용된 어구 "비경구 투여"는 경장 및 국소 투여 외의, 통상적으로 주사에 의하는 투여 방식을 의미하고, 비제한적으로, 정맥내, 근육내, 동맥내, 척수강내, 림프내, 병변내, 피막내, 안와내, 심장내, 피내, 복강내, 경기관, 피하, 각피하, 관절내, 피막하, 지주막하, 척수내, 경막외 및 흉골내 주사 및 주입, 뿐만 아니라 생체내 전기천공을 포함한다. 다른 비-비경구 경로는 경구, 국소, 표피 또는 점막 투여 경로, 예를 들어, 비강내로, 질로, 직장으로, 설하로 또는 국소로의 경로를 포함한다. 또한, 투여는 예를 들어 1회, 복수회, 및/또는 1회 이상의 연장된 기간에 걸쳐 수행될 수 있다.

본원에 사용된 "유해 사건" (AE)은 의학적 치료의 사용과 연관된, 임의의 바람직하지 않고 일반적으로 의도되지 않거나 원하지 않는 징후 (비정상적 실험실 발견 포함), 증상, 또는 질환이다. 예를 들어, 유해 사건은 치료에 대한 반응으로 일어나는 면역계의 활성화 또는 면역계 세포 (예를 들어, T 세포)의 확장과 연관될 수 있다. 의학적 치료는 1건 이상의 연관된 AE를 가질 수 있고 각각의 AE는 동일하거나 상이한 수준의 중증도를 가질 수 있다. "유해 사건을 변경할" 수 있는 방법에 대한 언급은 상이한 치료 요법의 사용과 연관된 1종 이상의 AE의 발생률 및/또는 중증도를 감소시키는 치료 요법을 의미한다.

"항체" (Ab)는, 비제한적으로, 항원에 특이적으로 결합하고 디술피드 결합에 의해 상호연결된 적어도 2개의 중쇄 (H) 및 2개의 경쇄 (L)를 포함하는 당단백질 이뮤노글로불린, 또는 그의 항원-결합 부분을 포함할 것이다. 각각의 H 쇄는 중쇄 가변 영역 (본원에서 V_H로 약칭됨) 및 중쇄 불변 영역을 포함한다. 중쇄 불변 영역은 3개의 불변 도메인, C_H1, C_H2 및 C_H3을 포함한다. 각각의 경쇄는 경쇄 가변 영역 (본원에서 V_L로 약칭됨) 및 경쇄 불변 영역을 포함한다. 경쇄 불변 영역은 1개의 불변 도메인, C_L을 포함한다. V_H 및 V_L 영역은 프레임워크 영역 (FR)으로 명명되는 보다 보존된 영역이 산재되어 있는, 상보성 결정 영역 (CDR)으로 명명되는 초가변성 영역으로 추가로 세분될 수 있다. 각각의 V_H 및 V_L은 아미노-말단으로부터 카르복시-말단으로 하기 순서로 배열된 3개의 CDR 및 4개의 FR을 포함한다: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, 및 FR4. 중쇄 및 경쇄의 가변 영역은 항원과 상호작용하는 결합 도메인을 함유한다. 항체의 불변 영역은 면역계의 다양한 세포 (예를 들어, 이펙터 세포) 및 전형적 보체계의 제1 성분 (C1q)을 포함한, 숙주 조직 또는 인자에 대한 이뮤노글로불린의 결합을 매개할 수 있다.

이뮤노글로불린은 IgA, 분비형 IgA, IgG 및 IgM을 포함하나 이에 제한되지는 않는 통상적으로 공지된 이소형 중 임의의 것으로부터 유래할 수 있다. 또한 IgG 하위부류는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 널리 공지되어 있고, 인간 IgG1, IgG2, IgG3 및 IgG4를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. "이소형"은 중쇄 불변 영역 유전자에 의해 코딩되는 항체 부류 또는 하위부류 (예를 들어, IgM 또는 IgG1)를 지칭한다. 용어 "항체"는, 예로서, 자연 발생 및 비-자연 발생 항체 둘 다; 모노클로날 및 폴리클로날 항체; 키메라 및 인간화 항체; 인간 또는 비인간 항체; 완전 합성 항체; 및 단일 쇄 항체를 포함한다. 비인간 항체는 인간에서 그의 면역원성이 감소하도록 재조합 방법에 의해 인간화될 수 있다. 명백하게 언급되지 않는 경우, 및 문맥상 달리 나타내지 않는 한, 용어 "항체"는 또한 상기 언급된 이뮤노글로불린 중 임의의 것의 항원-결합 단편 또는 항원-결합 부분을 포함하고, 1가 및 2가 단편 또는 부분, 및 단일 쇄 항체를 포함한다.

"단리된 항체"는 상이한 항원 특이성을 갖는 다른 항체가 실질적으로 없는 항체를 지칭한다 (예를 들어, PD-1에 특이적으로 결합하는 단리된 항체는 PD-1 이외의 다른 항원에 특이적으로 결합하는 항체가 실질적으로 없음). 그러나, PD-1에 특이적으로 결합하는 단리된 항체는 다른 항원, 예컨대 상이한 종으로부터의 PD-1 분자와 교차-반응성을 가질 수 있다. 더욱이, 단리된 항체는 다른 세포 물질 및/또는 화학물질이 실질적으로 없을 수 있다.

용어 "모노클로날 항체" (mAb)는 단일 분자 조성의 항체 분자, 즉, 1차 서열이 본질적으로 동일하고 특정한 에피토프에 대해 단일 결합 특이성 및 친화도를 나타내는 항체 분자의 비-자연 발생 제제를 지칭한다. 모노클로날 항체는 단리된 항체의 예이다. 모노클로날 항체는 하이브리도마, 재조합, 트랜스제닉 또는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지되어 있는 다른 기술에 의해 생산될 수 있다.

"인간 항체" (HuMAb)는 프레임워크 및 CDR 영역 둘 다가 인간 배선 이뮤노글로불린 서열로부터 유래된 가변 영역을 갖는 항체를 지칭한다. 추가로, 항체가 불변 영역을 함유하는 경우에, 불변 영역은 또한 인간 배선 이뮤노글로불린 서열로부터 유래된다. 개시내용의 인간 항체는 인간 배선 이뮤노글로불린 서열에 의해 코딩되지 않는 아미노산 잔기 (예를 들어, 시험관내 무작위 또는 부위-특이적 돌연변이유발에 의해 또는 생체내 체세포 돌연변이에 의해 도입된 돌연변이)를 포함할 수 있다. 그러나, 본원에 사용된 용어 "인간 항체"는 또 다른 포유동물 종, 예컨대 마우스의 배선으로부터 유래된 CDR 서열이 인간 프레임워크 서열 상에 그라프팅된 것인 항체를 포함하는 것으로 의도되지는 않는다. 용어 "인간 항체" 및 "완전 인간 항체"는 동의어로 사용된다.

"인간화 항체"는 비-인간 항체의 CDR 밖의 아미노산 중 일부, 대부분 또는 모두가 인간 이뮤노글로불린으로부터 유래된 상응하는 아미노산으로 대체된 것인 항체를 지칭한다. 인간화 형태의 항체의 한 실시양태에서, CDR 밖의 아미노산 중 일부, 대부분 또는 모두는 인간 이뮤노글로불린으로부터의 아미노산으로 대체된 반면에 1개 이상의 CDR 내의 일부, 대부분 또는 모든 아미노산은 변화되지 않는다. 아미노산의 작은 부가, 결실, 삽입, 치환 또는 변형은, 이들이 특정한 항원에 결합하는 항체의 능력을 제거하지 않는 한, 허용가능하다. "인간화 항체"는 원래 항체의 경우와 유사한 항원 특이성을 유지한다.

"키메라 항체"는, 가변 영역이 하나의 종으로부터 유래되고, 불변 영역은 또 다른 종으로부터 유래된 항체, 예컨대 가변 영역은 마우스 항체로부터 유래되고, 불변 영역은 인간 항체로부터 유래된 항체를 지칭한다.

"항-항원 항체"는 항원에 특이적으로 결합하는 항체를 지칭한다. 예를 들어, 항-PD-1 항체는 PD-1에 특이적으로 결합한다.

항체의 "항원-결합 부분" (또한 "항원-결합 단편"으로 불림)은 전체 항체에 의해 결합되는 항원에 특이적으로 결합하는 능력을 유지하는 항체의 1개 이상의 단편을 지칭한다.

"암"은 신체 내 비정상 세포의 비제어된 성장을 특징으로 하는 다양한 질환의 광범위한 군을 지칭한다. 비조절된 세포 분열 및 성장은 분열 및 성장하여 이웃 조직을 침습하는 악성 종양의 형성을 발생시키고, 또한 림프계 또는 혈류를 통해 신체의 원위 부분으로 전이할 수 있다.

용어 "면역요법"은 면역 반응을 유도하거나, 증진시키거나, 억제하거나 또는 달리 변형시키는 것을 포함하는 방법에 의해, 질환을 앓거나, 질환에 걸릴 위험이 있거나 또는 질환의 재발을 앓고 있는 대상체를 치료하는 것을 지칭한다. 대상체의 "치료" 또는 "요법"은 질환과 연관된 증상, 합병증 또는 상태, 또는 생화학적 적응증의 발병, 진행, 발달, 중증도 또는 재발을 역전시키거나, 완화시키거나, 호전시키거나, 억제하거나, 늦추거나 또는 방지하는 것을 목적으로 대상체에 대해 수행되는 임의의 유형의 개입 또는 과정, 또는 그에 대한 활성제의 투여를 지칭한다.

"프로그램화된 사멸-1" (PD-1)은 CD28 패밀리에 속하는 면역억제 수용체를 지칭한다. PD-1은 생체내 이전에 활성화된 T 세포 상에서 우세하게 발현되고, 2종의 리간드, PD-L1 및 PD-L2에 결합한다. 본원에 사용된 용어 "PD-1"은 인간 PD-1 (hPD-1), hPD-1의 변이체, 이소형, 및 종 상동체, 및 hPD-1과 적어도 1개의 공통 에피토프를 갖는 유사체를 포함한다. 완전한 hPD-1 서열은 진뱅크 수탁 번호 U64863 하에 찾아볼 수 있다.

"프로그램화된 사멸 리간드-1" (PD-L1)은 PD-1에 결합 시 T 세포 활성화 및 시토카인 분비를 하향조절하는, PD-1에 대한 2종의 세포 표면 당단백질 리간드 중 하나이다 (다른 것은 PD-L2임). 본원에 사용된 용어 "PD-L1"은 인간 PD-L1 (hPD-L1), hPD-L1의 변이체, 이소형, 및 종 상동체, 및 hPD-L1과 적어도 1개의 공통 에피토프를 갖는 유사체를 포함한다. 완전한 hPD-L1 서열은 진뱅크 수탁번호 Q9NZQ7 하에 찾아볼 수 있다.

"대상체"는 임의의 인간 또는 비인간 동물을 포함한다. 용어 "비인간 동물"은 척추동물, 예컨대 비인간 영장류, 양, 개, 및 설치류, 예컨대 마우스, 래트 및 기니 피그를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 바람직한 실시양태에서, 대상체는 인간이다. 용어 "대상체" 및 "환자"는 본원에서 상호교환가능하게 사용된다.

개시내용의 방법 및 투여량과 관련하여 용어 "균일 용량"의 사용은 환자의 체중 또는 체표면적 (BSA)과 무관하게 환자에게 투여되는 용량을 의미한다. 따라서 균일 용량은 mg/kg 용량으로 제공되는 것이 아니라, 오히려 작용제 (예를 들어, 항-PD-1 항체)의 절대량으로 제공된다. 예를 들어, 60 kg 사람 및 100 kg 사람은 동일한 용량의 항체 (예를 들어, 240 mg의 항-PD-1 항체)를 제공받을 것이다.

개시내용의 방법과 관련하여 용어 "고정 용량"의 사용은 단일 조성물 중의 2종 이상의 상이한 항체 (예를 들어, 항-PD-1 항체 및 항-CTLA-4 항체)가 서로 특정한 (고정) 비로 조성물 중에 존재한다는 것을 의미한다. 일부 실시양태에서, 고정 용량은 항체의 중량 (예를 들어, mg)을 기준으로 한다. 특정 실시양태에서, 고정 용량은 항체의 농도 (예를 들어, mg/ml)를 기준으로 한다. 일부 실시양태에서, 비는 적어도 약 1:1, 약 1:2, 약 1:3, 약 1:4, 약 1:5, 약 1:6, 약 1:7, 약 1:8, 약 1:9, 약 1:10, 약 1:15, 약 1:20, 약 1:30, 약 1:40, 약 1:50, 약 1:60, 약 1:70, 약 1:80, 약 1:90, 약 1:100, 약 1:120, 약 1:140, 약 1:160, 약 1:180, 약 1:200, 약 200:1, 약 180:1, 약 160:1, 약 140:1, 약 120:1, 약 100:1, 약 90:1, 약 80:1, 약 70:1, 약 60:1, 약 50:1, 약 40:1, 약 30:1, 약 20:1, 약 15:1, 약 10:1, 약 9:1, 약 8:1, 약 7:1, 약 6:1, 약 5:1, 약 4:1, 약 3:1, 또는 약 2:1 mg 제1 항체 (예를 들어, 항-PD-1 항체) 대 mg 제2 항체 (예를 들어, 항-CTLA-4 항체)이다. 예를 들어, 항-PD-1 항체 및 항-CTLA-4 항체의 3:1 비는 바이알이 약 240 mg의 항-PD-1 항체 및 80 mg의 항-CTLA-4 항체 또는 약 3 mg/ml의 항-PD-1 항체 및 1 mg/ml의 항-CTLA-4 항체를 함유할 수 있다는 것을 의미할 수 있다.

본원에 언급된 용어 "체중-기준 용량"은 환자에게 투여되는 용량이 환자의 체중을 기준으로 하여 계산된다는 것을 의미한다. 예를 들어, 60 kg 체중을 갖는 환자가 3 mg/kg의 항-PD-1 항체를 필요로 하는 경우에, 투여를 위해 항-PD-1 항체의 적절한 양 (즉, 180 mg)을 계산하고 사용할 수 있다.

약물 또는 치료제의 "치료 유효량" 또는 "치료 유효 투여량"은, 단독으로 사용되거나 또는 또 다른 치료제와 조합되어 사용되는 경우에, 질환의 발병에 대해 대상체를 보호하거나, 또는 질환 증상의 중증도의 감소, 질환 무증상 기간의 빈도 및 지속기간의 증가, 또는 질환 고통으로 인한 손상 또는 장애의 방지에 의해 입증되는 질환 퇴행을 촉진하는 약물의 임의의 양이다. 질환 퇴행을 촉진하는 치료제의 능력은 숙련된 진료의에게 공지되어 있는 다양한 방법을 사용하여, 예컨대 임상 시험 동안 인간 대상체에서, 인간에서의 효능을 예측하는 동물 모델 시스템에서, 또는 시험관내 검정에서 작용제의 활성을 검정함으로써 평가될 수 있다.

예로서, "항암제"는 대상체에서 암 퇴행을 촉진한다. 바람직한 실시양태에서, 약물의 치료 유효량은 암을 제거하는 지점까지 암 퇴행을 촉진한다. "암 퇴행을 촉진하는"은 유효량의 약물을 단독으로 또는 항신생물제와 조합하여 투여하여 종양 성장 또는 크기의 감소, 종양의 괴사, 적어도 1종의 질환 증상의 중증도의 감소, 질환 무증상 기간의 빈도 및 지속기간의 증가, 또는 질환 고통으로 인한 손상 또는 장애의 방지를 발생시키는 것을 의미한다. 또한, 치료와 관련한 용어 "유효한" 및 "유효성"은 약리학적 유효성 및 생리학적 안전성 둘 다를 포함한다. 약리학적 유효성은 환자에서 암 퇴행을 촉진하는 약물의 능력을 지칭한다. 생리학적 안전성은 약물의 투여로부터 발생되는 세포, 기관 및/또는 유기체 수준에서의 독성의 수준, 또는 다른 유해 생리학적 효과 (유해 효과)를 지칭한다.

종양의 치료에 대한 예로서, 치료 유효량의 항암제는 세포 성장 또는 종양 성장을, 비치료 대상체에 비해 바람직하게는 적어도 약 20%, 보다 바람직하게는 적어도 약 40%, 보다 더 바람직하게는 적어도 약 60%, 및 보다 더 바람직하게는 적어도 약 80% 억제한다. 개시내용의 다른 바람직한 실시양태에서, 종양 퇴행은 적어도 약 20일, 보다 바람직하게는 적어도 약 40일, 또는 보다 더 바람직하게는 적어도 약 60일의 기간 동안 관찰되고 계속될 수 있다. 이들 치료 유효성의 궁극적인 측정에도 불구하고, 면역요법 약물의 평가는 또한 면역-관련 반응 패턴을 감안해야 한다.

"면역 반응"은 관련 기술분야에서 이해되는 바와 같고, 일반적으로 외래 작용제 또는 비정상적, 예를 들어 암성 세포에 대한 척추동물 내에서의 생물학적 반응을 지칭하며, 이 반응은 이들 작용제 및 그에 의해 유발되는 질환에 대해 유기체를 보호한다. 면역 반응은 침입 병원체, 병원체에 감염된 세포 또는 조직, 암성 또는 다른 비정상 세포, 또는 자가면역 또는 병리학적 염증의 경우에는 정상 인간 세포 또는 조직의 선택적 표적화, 그에 대한 결합, 그에 대한 손상, 그의 파괴, 및/또는 그의 척추동물 신체로부터의 제거를 발생시키는, 면역계의 1개 이상의 세포 (예를 들어, T 림프구, B 림프구, 자연 킬러 (NK) 세포, 대식세포, 호산구, 비만 세포, 수지상 세포 또는 호중구) 및 이들 세포 중 임의의 것 또는 간에 의해 생산된 가용성 거대분자 (항체, 시토카인 및 보체 포함)의 작용에 의해 매개된다. 면역 반응은, 예를 들어 T 세포, 예를 들어 이펙터 T 세포, Th 세포, CD4⁺ 세포, CD8⁺ T 세포, 또는 Treg 세포의 활성화 또는 억제, 또는 면역계의 임의의 다른 세포, 예를 들어 NK 세포의 활성화 또는 억제를 포함한다.

"면역-관련 반응 패턴"은 암-특이적 면역 반응을 유도함으로써 또는 천연 면역 과정을 변형시킴으로써 항종양 효과를 생성하는, 면역요법제로 치료된 암 환자에서 종종 관찰되는 임상 반응 패턴을 지칭한다. 이러한 반응 패턴은, 전통적인 화학요법제의 평가에서는 질환 진행으로 분류되고 약물 실패와 동의어인 종양 부담의 초기 증가 또는 새로운 병변의 출현에 이어지는 유익한 치료 효과를 특징으로 한다. 따라서, 면역요법제의 적절한 평가는 표적 질환에 대한 이들 작용제의 효과의 장기간 모니터링을 필요로 할 수 있다.

"면역조정제" 또는 "면역조절제"는 작용제, 예를 들어 면역 반응의 조정, 조절 또는 변형에 수반될 수 있는 신호전달 경로의 성분을 표적화하는 작용제를 지칭한다. 면역 반응의 "조정", "조절" 또는 "변형"은 면역계 세포에서의 또는 이러한 세포 (예를 들어, 이펙터 T 세포, 예컨대 Th1 세포)의 활성에서의 임의의 변경을 지칭한다. 이러한 조정은 다양한 세포 유형의 수의 증가 또는 감소, 이들 세포의 활성의 증가 또는 감소, 또는 면역계 내에서 발생할 수 있는 임의의 다른 변화에 의해 나타날 수 있는 면역계의 자극 또는 억제를 포함한다. 억제 및 자극 면역조정제 둘 다가 확인되었고, 이들 중 일부는 종양 미세환경에서 증진된 기능을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 면역조정제는 T 세포의 표면 상의 분자를 표적화한다. "면역조정 표적" 또는 "면역조절 표적"은 물질, 작용제, 모이어티, 화합물 또는 분자에 의한 결합에 대해 표적화되고, 그러한 결합에 의해 활성이 변경되는 분자, 예를 들어 세포 표면 분자이다. 면역조정 표적은, 예를 들어 세포 표면 상의 수용체 ("면역조정 수용체") 및 수용체 리간드 ("면역조정 리간드")를 포함한다.

"면역요법"은 면역계 또는 면역 반응을 유도, 증진, 억제, 또는 달리 변형시키는 것을 포함하는 방법에 의해 질환을 앓거나, 질환에 걸릴 위험이 있거나, 질환의 재발을 겪는 대상체를 치료하는 것을 지칭한다. 특정 실시양태에서, 면역요법은 항체를 대상체에게 투여하는 것을 포함한다. 다른 실시양태에서, 면역요법은 소분자를 대상체에게 투여하는 것을 포함한다. 다른 실시양태에서, 면역요법은 시토카인 또는 그의 유사체, 변이체, 또는 단편을 투여하는 것을 포함한다.

"면역 자극 요법" 또는 "면역 자극성 요법"은, 예를 들어 암을 치료하기 위해, 대상체에서 면역 반응의 증가 (유도 또는 증진)를 발생시키는 요법을 지칭한다.

"내인성 면역 반응을 강화시키는 것"은 대상체에서 기존의 면역 반응의 유효성 또는 효력을 증가시키는 것을 의미한다. 유효성 및 효력의 이러한 증가는, 예를 들어 내인성 숙주 면역 반응을 억제하는 메카니즘을 극복함으로써 또는 내인성 숙주 면역 반응을 증진시키는 메카니즘을 자극함으로써 달성될 수 있다.

약물의 치료 유효량은 "예방 유효량"을 포함하며, 이는 암이 발생할 위험이 있는 대상체 (예를 들어, 전-악성 상태를 갖는 대상체) 또는 암의 재발을 겪을 위험이 있는 대상체에게 단독으로 또는 항신생물제와 조합되어 투여되는 경우에, 암의 발생 또는 재발을 억제하는 약물의 임의의 양이다. 바람직한 실시양태에서, 예방 유효량은 암의 발생 또는 재발을 전적으로 방지한다. 암의 발생 또는 재발을 "억제하는 것"은 암의 발생 또는 재발 가능성을 경감시키거나, 또는 암의 발생 또는 재발을 전적으로 방지하는 것을 의미한다.

본원에 사용된 용어 "종양 돌연변이 부담" (TMB)은 종양의 게놈 내의 체세포 돌연변이의 수 및/또는 종양의 게놈 구역당 체세포 돌연변이의 수를 지칭한다. 배선 (유전성) 변이체는 TMB를 결정할 때 제외되며, 이는 면역계가 이들을 자기로 인식할 가능성이 더 높기 때문이다. 종양 돌연변이 부담 (TMB)은 또한 "종양 돌연변이 부하", "종양 돌연변이의 부담", 또는 "종양 돌연변이의 부하"와 상호교환가능하게 사용될 수 있다.

TMB는 종양의 게놈의 유전자 분석이고, 따라서 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 널리 공지된 서열분석 방법을 적용함으로써 측정될 수 있다. 종양 DNA를 환자-매칭된 정상 조직으로부터의 DNA와 비교하여 배선 돌연변이 또는 다형성을 제거할 수 있다.

일부 실시양태에서, TMB는 고-처리량 서열 기술, 예를 들어 차세대 서열분석 (NGS) 또는 NGS-기반 방법을 사용하여 종양 DNA를 서열분석함으로써 결정된다. 일부 실시양태에서, NGS-기반 방법은 전체 게놈 서열분석 (WGS), 전체 엑솜 서열분석 (WES), 또는 암 유전자 패널의 포괄적 게놈 프로파일링 (CGP), 예컨대 파운데이션원® CDX™ 및 MSK-임팩트(MSK-IMPACT) 임상 시험으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 본원에 사용된 TMB는 서열분석된 DNA의 메가염기 (Mb)당 체세포 돌연변이의 수를 지칭한다. 한 실시양태에서, TMB는 매칭된 종양을 배선 샘플로 정규화하여 임의의 유전된 배선 유전자 변경을 제외함으로써 확인되는 비동의 돌연변이, 예를 들어 미스센스 돌연변이 (즉, 단백질 내의 특정한 아미노산을 변화시킴) 및/또는 넌센스 (조기 종결 및 따라서 단백질 서열의 절단을 유발함)의 총수를 사용하여 측정된다. 또 다른 실시양태에서, TMB는 종양에서 미스센스 돌연변이의 총수를 사용하여 측정된다. TMB를 측정하기 위해, 충분한 양의 샘플이 필요하다. 한 실시양태에서, 조직 샘플 (예를 들어, 최소 10개의 슬라이드)이 평가를 위해 사용된다. 일부 실시양태에서, TMB는 메가염기당 NsM (NsM/Mb)으로 표현된다. 1 메가염기는 1백만개의 염기를 나타낸다.

TMB 상태는 수치값 또는 상대값, 예를 들어 높음, 중간, 또는 낮음일 수 있고; 참조 세트의 가장 높은 분위수 내, 또는 상위 삼분위수 내일 수 있다.

본원에 사용된 용어 "높은 TMB"는 정상 또는 평균인 체세포 돌연변이의 수를 초과한 종양의 게놈 내의 체세포 돌연변이의 수를 지칭한다. 일부 실시양태에서, TMB는 적어도 210, 적어도 215, 적어도 220, 적어도 225, 적어도 230, 적어도 235, 적어도 240, 적어도 245, 적어도 250, 적어도 255, 적어도 260, 적어도 265, 적어도 270, 적어도 275, 적어도 280, 적어도 285, 적어도 290, 적어도 295, 적어도 300, 적어도 305, 적어도 310, 적어도 315, 적어도 320, 적어도 325, 적어도 330, 적어도 335, 적어도 340, 적어도 345, 적어도 350, 적어도 355, 적어도 360, 적어도 365, 적어도 370, 적어도 375, 적어도 380, 적어도 385, 적어도 390, 적어도 395, 적어도 400, 적어도 405, 적어도 410, 적어도 415, 적어도 420, 적어도 425, 적어도 430, 적어도 435, 적어도 440, 적어도 445, 적어도 450, 적어도 455, 적어도 460, 적어도 465, 적어도 470, 적어도 475, 적어도 480, 적어도 485, 적어도 490, 적어도 495, 또는 적어도 500의 스코어를 갖고; 다른 실시양태에서 높은 TMB는 적어도 적어도 221, 적어도 222, 적어도 223, 적어도 224, 적어도 225, 적어도 226, 적어도 227, 적어도 228, 적어도 229, 적어도 230, 적어도 231, 적어도 232, 적어도 233, 적어도 234, 적어도 235, 적어도 236, 적어도 237, 적어도 238, 적어도 239, 적어도 240, 적어도 241, 적어도 242, 적어도 243, 적어도 244, 적어도 245, 적어도 246, 적어도 247, 적어도 248, 적어도 249, 또는 적어도 250의 스코어를 갖고; 특정한 실시양태에서, 높은 TMB는 적어도 243의 스코어를 갖는다. 다른 실시양태에서, "높은 TMB"는 참조 TMB 값의 가장 높은 분위수 내의 TMB를 지칭한다. 예를 들어, 평가가능한 TMB 데이터를 갖는 모든 대상체는 TMB의 분위수 분포에 따라 그룹화되고, 즉 대상체는 유전자 변경의 가장 높은 수에서 가장 낮은 수까지 순위화되고, 규정된 수의 군으로 나뉜다. 한 실시양태에서, 평가가능한 TMB 데이터를 갖는 모든 대상체는 순위화되고, 3분의 1로 나뉘고, "높은 TMB"는 참조 TMB 값의 상위 삼분위수 내에 있다. 특정한 실시양태에서, 삼분위수 경계는 0 < 100개 유전자 변경; 100 내지 243개 유전자 변경; 및 > 243개 유전자 변경이다. 순위화되면, 평가가능한 TMB 데이터를 갖는 대상체는 임의의 수의 군으로, 예를 들어 사분위수, 오분위수 등으로 나뉠 수 있는 것으로 이해되어야 한다. 일부 실시양태에서, "높은 TMB"는 적어도 약 20개 돌연변이/종양, 적어도 약 25개 돌연변이/종양, 적어도 약 30개 돌연변이/종양, 적어도 약 35개 돌연변이/종양, 적어도 약 40개 돌연변이/종양, 적어도 약 45개 돌연변이/종양, 적어도 약 50개 돌연변이/종양, 적어도 약 55개 돌연변이/종양, 적어도 약 60개 돌연변이/종양, 적어도 약 65개 돌연변이/종양, 적어도 약 70개 돌연변이/종양, 적어도 약 75개 돌연변이/종양, 적어도 약 80개 돌연변이/종양, 적어도 약 85개 돌연변이/종양, 적어도 약 90개 돌연변이/종양, 적어도 약 95개 돌연변이/종양, 또는 적어도 약 100개 돌연변이/종양의 TMB를 지칭한다. 일부 실시양태에서, "높은 TMB"는 적어도 약 105개 돌연변이/종양, 적어도 약 110개 돌연변이/종양, 적어도 약 115개 돌연변이/종양, 적어도 약 120개 돌연변이/종양, 적어도 약 125개 돌연변이/종양, 적어도 약 130개 돌연변이/종양, 적어도 약 135개 돌연변이/종양, 적어도 약 140개 돌연변이/종양, 적어도 약 145개 돌연변이/종양, 적어도 약 150개 돌연변이/종양, 적어도 약 175개 돌연변이/종양, 또는 적어도 약 200개 돌연변이/종양의 TMB를 지칭한다. 특정 실시양태에서, 높은 TMB를 갖는 종양은 적어도 약 100개 돌연변이/종양을 갖는다.

"높은 TMB"는 또한, 예를 들어 돌연변이 검정, 예를 들어 파운데이션원® CDX™ 검정에 의해 측정된 바와 같이 서열분석된 게놈의 메가염기당 돌연변이의 수로 지칭될 수 있다. 한 실시양태에서, 높은 TMB는 파운데이션원® CDX™ 검정에 의해 측정된 바와 같은 게놈의 메가염기당 적어도 약 9, 적어도 약 10, 적어도 약 11, 적어도 12, 적어도 약 13, 적어도 약 14, 적어도 약 15, 적어도 약 16, 적어도 약 17, 적어도 약 18, 적어도 약 19, 또는 적어도 약 20개 돌연변이를 지칭한다. 특정한 실시양태에서, "높은 TMB"는 파운데이션원® CDX™ 검정에 의해 서열분석된 게놈의 메가염기당 적어도 10개 돌연변이를 지칭한다.

본원에 사용된 용어 "중간 TMB"는 정상 또는 평균인 체세포 돌연변이의 수이거나 대략 그러한 수인 종양의 게놈 내의 체세포 돌연변이의 수를 지칭하고, 용어 "낮은 TMB"는 정상 또는 평균인 체세포 돌연변이의 수 미만인 종양의 게놈 내의 체세포 돌연변이의 수를 지칭한다. 특정한 실시양태에서, "높은 TMB"는 적어도 243의 스코어를 갖고, "중간 TMB"는 100 내지 242의 스코어를 갖고, "낮은 TMB"는 100 미만 (또는 0 내지 100)의 스코어를 갖는다. "중간 또는 낮은 TMB"는, 예를 들어 파운데이션원® CDX™ 검정에 의해 측정된 바와 같이 서열분석된 게놈의 메가염기당 9개 미만의 돌연변이를 지칭한다.

본원에 언급된 용어 "참조 TMB 값"은 표 9에 제시된 TMB 값일 수 있다.

일부 실시양태에서, TMB 상태는 흡연 상태와 상관관계가 있을 수 있다. 특히, 현재 또는 이전 흡연 대상체는 비흡연 대상체보다 종종 더 많은 유전자 변경, 예를 들어 미스센스 돌연변이를 갖는다.

높은 TMB를 갖는 종양은 또한 높은 신생항원 부하를 가질 수 있다. 본원에 사용된 용어 "신생항원"은 면역계에 의해 이전에 인식된 바 없는 새로이 형성된 항원을 지칭한다. 신생항원은 면역계에 의해 외래 (또는 비-자기)로서 인식되는 단백질 또는 펩티드일 수 있다. 체세포 돌연변이를 보유하는 종양 게놈 내의 유전자의 전사는 돌연변이된 mRNA를 발생시키고, 이는 번역될 경우 돌연변이된 단백질을 생성하며, 이어서 이는 프로세싱되고 ER 내강으로 수송되어 MHC 부류 I 복합체에 결합하여 신생항원의 T-세포 인식을 용이하게 한다. 신생항원 인식은 T-세포 활성화, 클론 확장, 및 이펙터 및 기억 T-세포로의 분화를 촉진할 수 있다. 신생항원 부하는 TMB와 상관관계가 있을 수 있다. 일부 실시양태에서, TMB는 종양 신생항원 부하를 측정하기 위한 대용물로서 평가된다. 종양의 TMB 상태는 환자가 특정한 항암제 또는 치료 또는 요법의 유형, 예를 들어 면역-종양학 작용제, 예를 들어 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분 또는 항-PD-L1 항체 또는 그의 항원-결합 부분으로부터 이익을 얻을 가능성이 있는지 결정하는데 있어서의 인자로서, 단독으로 또는 다른 인자와 조합되어 사용될 수 있다. 한 실시양태에서, 높은 TMB 상태 (또는 높은 TMB)는 면역-종양학으로부터 이익을 얻을 증진된 가능성을 나타내고, 따라서 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분의 요법으로부터 이익을 얻을 가능성이 보다 큰 환자를 확인하는데 사용될 수 있다. 유사하게, 높은 종양 신생항원 부하 및 높은 TMB를 갖는 종양은 낮은 신생항원 부하 및 낮은 TMB를 갖는 종양보다 면역원성일 가능성이 더 크다. 또한, 높은-신생항원/높은-TMB 종양은 면역계에 의해 비-자기로 인식될 가능성이 더 크므로, 면역-매개 항종양 반응을 촉발한다. 한 실시양태에서, 높은 TMB 상태 및 높은 신생항원 부하는 면역-종양학으로부터, 예를 들어 면역요법에 의해 이익을 얻을 증진된 가능성을 나타낸다. 본원에 사용된 용어 "요법으로부터의 이익"은 전체 생존, 무진행 생존, 부분 반응, 완전 반응, 및 전체 반응률 중 1종 이상의 개선을 지칭하고, 또한 종양 성장 또는 크기의 감소, 질환 증상의 중증도의 감소, 질환 무증상 기간의 빈도 및 지속기간의 증가, 또는 질환 고통으로 인한 손상 또는 장애의 방지를 포함할 수 있다.

다른 인자, 예를 들어 환경 인자가 TMB 상태와 연관될 수 있다. 예를 들어, NSCLC를 갖는 환자의 흡연 상태는 TMB 분포와 상관되었고, 현재 및 이전 흡연자는 비흡연 환자와 비교하여 보다 높은 중앙값 TMB를 가졌다. 문헌 [Peters et al., AACR, April 1-5, 2017, Washington, D.C.]을 참조한다. NSCLC 종양에서의 드라이버 돌연변이의 존재는 보다 어린 연령, 여성, 및 비흡연자 상태와 연관되었다. 문헌 [Singal et al., ASCO, June 1-5, 2017; Chicago, IL]을 참조한다. 드라이버 돌연변이, 예컨대 EGFR, ALK, 또는 KRAS의 존재와 보다 낮은 TMB의 연관 경향이 관찰되었다 (P = 0.06). 문헌 [Davis et al., AACR, April 1-5, 2017, Washington, D.C.].

본원에 사용된 용어 "체세포 돌연변이"는 수정 후에 발생한 DNA에서의 획득된 변경을 지칭한다. 체세포 돌연변이는 생식 세포 (정자 및 난자)를 제외한 신체의 세포 중 임의의 것에서 발생할 수 있고, 따라서 소아에게 전해지지 않는다. 이들 변경은 암 또는 다른 질환을 유발할 수 있지만, 항상 그러한 것은 아니다. 용어 "배선 돌연변이"는 자손의 신체 내의 모든 세포의 DNA 내로 혼입되는 신체의 생식 세포 (난자 또는 정자)에서의 유전자 변화를 지칭한다. 배선 돌연변이는 부모에서 자손으로 전해진다. 또한 "유전성 돌연변이"로도 불린다. TMB의 분석에서, 배선 돌연변이는 "기준선"으로 간주되고, 종양 내 TMB를 결정하기 위해 종양 생검에서 발견되는 돌연변이의 수로부터 차감된다. 배선 돌연변이는 신체 내의 모든 세포에서 발견되기 때문에, 그의 존재는 종양 생검보다 덜 침습적인 샘플 수집, 예컨대 혈액 또는 타액을 통해 결정될 수 있다. 배선 돌연변이는 특정 암이 발생할 위험을 증가시킬 수 있고, 화학요법에 대한 반응에서 소정의 역할을 할 수 있다.

TMB 상태를 언급할 때 용어 "측정하는" 또는 "측정된" 또는 "측정"은 대상체의 생물학적 샘플에서 체세포 돌연변이의 측정가능한 양을 결정하는 것을 의미한다. 측정은 샘플에서 핵산, 예를 들어 cDNA, mRNA, exoRNA, ctDNA, 및 cfDNA를 서열분석함으로써 수행될 수 있다는 것이 인지될 것이다. 측정은 대상체의 샘플 및/또는 참조 샘플 또는 샘플들에 대해 수행되고, 예를 들어 신생 검출될 수 있거나 이전의 결정에 상응할 수 있다. 측정은, 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 바와 같이, 예를 들어 PCR 방법, qPCR 방법, 생어 서열분석 방법, 게놈 프로파일링 방법 (포괄적 유전자 패널 포함), 엑솜 서열분석 방법, 게놈 서열분석 방법, 및/또는 본원에 개시된 임의의 다른 방법을 사용하여 수행될 수 있다. 일부 실시양태에서, 측정은 서열분석된 핵산에서 게놈 변경을 확인한다. 게놈 (또는 유전자) 프로파일링 방법은, 예를 들어 150-500개 유전자의 미리 결정된 유전자 세트의 패널을 수반할 수 있고, 일부 경우에 유전자의 패널에서 평가된 게놈 변경은 평가된 총 체세포 돌연변이와 상관된다.

본원에 사용된 용어 "게놈 변경"은 종양의 게놈의 뉴클레오티드 서열의 변화 (또는 돌연변이)를 지칭하며, 변화는 배선 뉴클레오티드 서열에는 존재하지 않고, 이는 일부 실시양태에서 염기 쌍 치환, 염기 쌍 삽입, 염기 쌍 결실, 카피수 변경 (CNA), 유전자 재배열, 및 그의 임의의 조합을 포함하나 이에 제한되지는 않는 비동의 돌연변이이다. 특정한 실시양태에서, 생물학적 샘플에서 측정된 게놈 변경은 미스센스 돌연변이이다.

본원에 사용된 용어 "전체 게놈 서열분석" 또는 "WGS"는 게놈 전부를 서열분석하는 방법을 지칭한다. 본원에 사용된 용어 "전체 엑솜 서열분석" 또는 "WES"는 게놈의 모든 단백질-코딩 영역 (엑손)을 서열분석하는 방법을 지칭한다.

본원에 사용된 "암 유전자 패널", "유전성 암 패널", "포괄적 암 패널", 또는 "다유전자 암 패널"은 표적화된 암 유전자의 하위세트를 서열분석하는 방법을 지칭한다. 일부 실시양태에서, CGP는 적어도 약 15, 적어도 약 20, 적어도 약 25, 적어도 약 30, 적어도 약 35, 적어도 약 40, 적어도 약 45, 또는 적어도 약 50개의 표적화된 암 유전자를 서열분석하는 것을 포함한다.

용어 "게놈 프로파일링 검정", "포괄적 게놈 프로파일링", 또는 "CGP"는 유전자 패널을 분석하고 시험관내 진단을 위한 인트론을 선택하는 검정을 지칭한다. CGP는 공지된 임상적으로 관련된 암 유전자에서 돌연변이를 스크리닝하기 위한 NGS 및 표적화된 생물정보학 분석의 조합이다. 이러한 방법은 "핫스팟" (예를 들어, BRCA1/BRCA2 돌연변이 또는 미소위성체 마커)을 시험함으로써 누락된 돌연변이를 포획하는데 사용될 수 있다. 한 실시양태에서, 패널 내의 유전자는 암-관련 유전자이다. 또 다른 실시양태에서, 게놈 프로파일링 검정은 파운데이션원® 검정이다.

용어 "조화"는 2종 이상의 측정 및/또는 진단 시험 사이의 비교가능성을 결정하기 위해 수행되는 연구를 지칭한다. 조화 연구는 진단 시험을 서로 비교하는 방법, 뿐만 아니라 환자의 종양의 바이오마커 상태를 결정하기 위해 사용될 경우 그의 상호교환가능성을 다루기 위한 체계적 접근법을 제공한다. 일반적으로, 적어도 하나의 잘-특징화된 측정 및/또는 진단 시험이 다른 것과의 비교를 위한 표준으로서 사용된다. 합치 평가가 종종 조화 연구에서 사용된다.

본원에 사용된 용어 "합치"는 2종의 측정 및/또는 진단 시험 사이의 일치 정도를 지칭한다. 합치는 정성적 및 정량적 방법 둘 다를 사용하여 확립될 수 있다. 합치를 평가하는 정량적 방법은 측정의 유형에 기초하여 상이하다. 특정한 측정은 1) 범주형/이분화 변수 또는 2) 연속 변수로서 표현될 수 있다. "범주형/이분화 변수" (예를 들어, TMB 컷-오프 초과 또는 미만)는 합치를 평가하기 위해 퍼센트 일치, 예컨대 전체 퍼센트 일치 (OPA), 양의 퍼센트 일치 (PPA), 또는 음의 퍼센트 일치 (NPA)를 사용할 수 있다. "연속 변수" (예를 들어, WES에 의한 TMB)는 값의 스펙트럼에 걸친 합치를 평가하기 위해 스피어만 순위 상관관계 또는 피어슨 상관 계수 (r)를 사용하며, 값 -1 ≤ r ≤ +1을 취한다 (주: r = +1 또는 -1은 각각의 변수가 완벽하게 상관됨을 의미함). 용어 "분석적 합치"는 임상 용도를 지지하기 위한 2종의 검정 또는 진단 시험의 성능 (예를 들어, 바이오마커, 게놈 변경 유형, 및 게놈 서명의 확인, 및 시험 재현성의 평가)에서의 일치의 정도를 지칭한다. 용어 "임상적 합치"는 2종의 검정 또는 진단 시험이 임상 결과와 얼마나 상관되는지에서의 일치의 정도를 지칭한다.

용어 "미소위성체 불안정성" 또는 "MSI"는 미세위성체 (짧고 반복된 DNA 서열) 반복부의 수가 유전된 경우에 DNA 내에 존재하는 반복부의 수와 상이한 특정 세포 (예컨대 종양 세포)의 DNA에서 발생한 변화를 지칭한다. MSI는 높은 미소위성체 불안정성 (MSI-H) 또는 낮은 미소위성체 불안정성 (MSI-L)일 수 있다. 미소위성체는 1-6개 염기의 짧은 탠덤 DNA 반복 서열이다. 이들은 DNA 복제 오류의 경향이 있고, 이는 미스매치 복구 (MMR)에 의해 복구된다. 따라서, 미소위성체는 게놈 불안정성, 특히 미스매치 복구 결핍 (dMMR)의 우수한 지표이다. MSI는 통상적으로 5종의 미소위성체 마커 (BAT-25, BAT-26, NR21, NR24, 및 NR27)를 스크리닝함으로써 진단된다. MSI-H는 분석된 5종의 미소위성체 마커 중 적어도 2종의 불안정한 마커 (또는 보다 큰 패널이 사용되는 경우 마커의 ≥ 30%)의 존재를 나타낸다. MSI-L은 1종의 MSI 마커 (또는 보다 큰 패널에서 마커의 10%-30%)의 불안정성을 의미한다. MSS는 불안정한 미소위성체 마커의 부재를 의미한다.

본원에 사용된 용어 "생물학적 샘플"은 대상체로부터 단리된 생물학적 물질을 지칭한다. 생물학적 샘플은, 예를 들어 종양 (또는 순환 종양 세포) 내의 핵산을 서열분석하고 서열분석된 핵산에서 게놈 변경을 확인하는 것에 의해 TMB를 결정하기에 적합한 임의의 생물학적 물질을 함유할 수 있다. 생물학적 샘플은 임의의 적합한 생물학적 조직 또는 유체, 예컨대 예를 들어 종양 조직, 혈액, 혈장, 및 혈청일 수 있다. 한 실시양태에서, 샘플은 종양 조직 생검, 예를 들어 포르말린-고정, 파라핀-포매 (FFPE) 종양 조직 또는 신선-동결 종양 조직 등이다. 또 다른 실시양태에서, 생물학적 샘플은, 일부 실시양태에서 혈액, 혈청, 혈장, 순환 종양 세포, exoRNA, ctDNA, 및 cfDNA 중 1종 이상을 포함하는 액체 생검이다.

본원에 사용된 용어 "약 매주 1회", "약 2주마다 1회", 또는 임의의 다른 유사한 투여 간격 용어는 대략적인 횟수를 의미한다. "약 매주 1회"는 7일 ± 1일마다, 즉, 6일마다 내지 8일마다를 포함할 수 있다. "약 2주마다 1회"는 14일 ± 3일마다, 즉, 11일마다 내지 17일마다를 포함할 수 있다. 유사한 근사법이, 예를 들어 약 3주마다 1회, 약 4주마다 1회, 약 5주마다 1회, 약 6주마다 1회, 및 약 12주마다 1회에 적용된다. 일부 실시양태에서, 약 6주마다 1회 또는 약 12주마다 1회의 투여 간격은, 제1 용량이 제1주 중 임의의 날에 투여될 수 있고, 이어서 다음 용량이 각각 제6주 또는 제12주 중 임의의 날에 투여될 수 있다는 것을 의미한다. 다른 실시양태에서, 약 6주마다 1회 또는 약 12주마다 1회의 투여 간격은, 제1 용량이 제1주의 특정한 날 (예를 들어, 월요일)에 투여되고, 이어서 다음 용량이 각각 제6주 또는 제12주의 동일한 날 (즉, 월요일)에 투여된다는 것을 의미한다.

대안적 사용 (예를 들어, "또는")은 대안 중 하나, 둘 다, 또는 그의 임의의 조합을 의미하는 것으로 이해되어야 한다. 본원에 사용된 단수 형태는 임의의 언급되거나 열거된 성분 중 "하나 이상"을 지칭하는 것으로 이해되어야 한다.

용어 "약" 또는 "본질적으로 포함하는"은 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 결정된 바와 같은 특정한 값 또는 조성에 대한 허용 오차 범위 내의 값 또는 조성을 지칭하며, 이는 부분적으로 값 또는 조성이 측정 또는 결정되는 방법, 즉 측정 시스템의 한계에 좌우될 것이다. 예를 들어, "약" 또는 "본질적으로 포함하는"은 관련 기술분야에서의 실시에 따라 1 또는 1 초과의 표준 편차 내에 있음을 의미할 수 있다. 대안적으로, "약" 또는 "본질적으로 포함하는"은 최대 10%의 범위를 의미할 수 있다. 또한, 특히 생물학적 시스템 또는 과정과 관련하여, 용어는 값의 최대 10배 또는 최대 5-배를 의미할 수 있다. 특정한 값 또는 조성이 출원 및 청구범위에서 제공되는 경우에, 달리 언급되지 않는 한, "약" 또는 "본질적으로 포함하는"의 의미는 그러한 특정한 값 또는 조성에 대한 허용 오차 범위 내에 있는 것으로 가정되어야 한다.

본원에 기재된 임의의 농도 범위, 백분율 범위, 비 범위 또는 정수 범위는 달리 나타내지 않는 한, 언급된 범위 내의 임의의 정수 값, 및 적절한 경우에, 그의 분율 (예컨대 정수의 1/10 및 1/100)을 포함하는 것으로 이해되어야 한다.

약어 목록은 표 1에 제공된다.

표 1: 약어 목록

개시내용의 다양한 측면이 하기 서브섹션에 추가로 상세하게 기재되어 있다.

예측 및 예후를 위한 종양 돌연변이 부담 (TMB) 측정의 방법

본 개시내용은 대상체의 생물학적 샘플의 종양 돌연변이 부담 (TMB) 상태를 측정하는 것을 포함하는, 면역요법, 예를 들어 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분 ("항-PD-1 항체") 또는 항-PD-L1 항체 또는 그의 항원-결합 부분 ("항-PD-L1 항체")을 사용하는 치료에 적합한 대상체를 확인하는 방법에 관한 것이다. 개시내용은 상이한 종양 유형이 상이한 수준의 면역원성을 나타내고, 종양 면역원성이 TMB 및/또는 신생항원 부하와 직접 관련된다는 사실을 기초로 한다.

종양이 성장함에 따라, 체세포 돌연변이가 축적되고, 이는 배선 DNA에는 존재하지 않는다. 종양 돌연변이 부담 (TMB)은 종양의 게놈 내의 체세포 돌연변이의 수 및/또는 종양 게놈의 구역당 체세포 돌연변이의 수를 지칭한다 (배선 변이체 DNA를 고려한 이후). 체세포 돌연변이의 획득, 및 이에 따른 보다 높은 TMB는 별개의 메카니즘, 예컨대 외인성 돌연변이유발원 노출 (예를 들어, 담배 흡연 또는 UV 광 노출) 및 DNA 미스매치 복구 돌연변이 (예를 들어, 결장직장암 및 식도암에서의 MSI)에 의해 영향을 받을 수 있다. 고형 종양에서, 돌연변이의 약 95%는 단일-염기 치환이다 (Vogelstein et al., Science (2013) 339:1546-1558). 본원에서 "비동의 돌연변이"는 단백질의 아미노산 서열을 변경시키는 뉴클레오티드 돌연변이를 지칭한다. 미스센스 돌연변이 및 넌센스 돌연변이는 둘 다 비동의 돌연변이일 수 있다. 본원에서 "미스센스 돌연변이"는 단일 뉴클레오티드 변화가 상이한 아미노산을 코딩하는 코돈을 발생시키는 비동의 점 돌연변이를 지칭한다. 본원에서 "넌센스 돌연변이"는 생성되는 단백질의 절단으로 이어지는 조기 정지 코돈으로 코돈이 변화되는 비동의 점 돌연변이를 지칭한다.

한 실시양태에서, 체세포 돌연변이는 RNA 및/또는 단백질 수준에서 발현되어, 신생항원 (또한 신생에피토프로도 지칭됨)을 발생시킬 수 있다. 신생항원은 면역-매개 항종양 반응에 영향을 미칠 수 있다. 예를 들어, 신생항원 인식은 T-세포 활성화, 클론 확장, 및 이펙터 및 기억 T-세포로의 분화를 촉진할 수 있다.

종양이 발생함에 따라, 초기 클론 돌연변이 (또는 "줄기 돌연변이")는 대부분의 또는 모든 종양 세포에 의해 보유될 수 있는 한편, 후기 돌연변이 (또는 "분지 돌연변이")는 종양 세포 또는 영역의 하위세트에서만 발생할 수 있다 (Yap et al., Sci Tranl Med (2012) 4:1-5; Jamai-Hanjani et al., (2015) Clin Cancer Res 21:1258-1266). 그 결과, 클론 "줄기" 돌연변이로부터 유래되는 신생항원은 "분지" 돌연변이보다 종양 게놈에서 더 광범위해지고, 따라서 이는 클론 신생항원에 대해 반응성인 많은 수의 T 세포를 발생시킬 수 있다 (McGranahan et al., (2016) 351:1463-1469). 일반적으로, 높은 TMB를 갖는 종양은 또한 높은 신생항원 부하를 가질 수 있고, 이는 높은 종양 면역원성 및 증가된 T-세포 반응성 및 항종양 반응으로 이어질 수 있다. 따라서, 높은 TMB를 갖는 암은 면역요법, 예를 들어 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체에 의한 치료에 잘 반응할 수 있다.

서열분석 기술의 진보는 종양의 게놈 돌연변이 전망의 평가를 가능하게 한다. 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 임의의 서열분석 방법을 사용하여 (예를 들어, 종양을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플로부터 수득된) 종양 게놈으로부터의 핵산을 서열분석할 수 있다. 한 실시양태에서, PCR 또는 qPCR 방법, 생어 서열분석 방법, 또는 차세대 서열분석 ("NGS") 방법 (예컨대 게놈 프로파일링, 엑솜 서열분석, 또는 게놈 서열분석)이 TMB를 측정하기 위해 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, TMB 상태는 게놈 프로파일링을 사용하여 측정된다. 게놈 프로파일링은 코딩 및 비-코딩 영역을 포함한 종양 샘플로부터의 핵산을 분석하는 것을 수반하고, 이는 최적화된 핵산 선택, 판독 정렬, 및 돌연변이 호출이 통합된 방법을 사용하여 수행될 수 있다. 일부 실시양태에서, 유전자 프로파일링은 암별, 유전자별, 및/또는 부위별 기준으로 최적화될 수 있는 종양의 차세대 서열분석 (NGS)-기반 분석을 제공한다. 게놈 프로파일링은 서열분석 방법, 특히 다수의 다양한 유전자에서의 다수의 다양한 유전적 사건의 대규모 병렬 서열분석에 의존하는 방법에서 성능을 최적화하기 위해, 다중의, 개별 조정된, 정렬 방법 또는 알고리즘의 사용을 통합할 수 있다. 게놈 프로파일링은 대상체의 암 게놈의 임상 등급 품질에 의한 포괄적 분석을 제공하고, 유전자 분석의 결과물은 관련 과학 및 의학 지식과 함께 맥락화되어 암 요법의 품질 및 효율을 증가시킬 수 있다.

게놈 프로파일링은 5개만큼 적은 유전자 또는 1000개만큼 많은 유전자, 약 25개 유전자 내지 약 750개 유전자, 약 100개 유전자 내지 약 800개 유전자, 약 150개 유전자 내지 약 500개 유전자, 약 200개 유전자 내지 약 400개 유전자, 약 250개 유전자 내지 약 350개 유전자를 포함하는, 미리 규정된 유전자 세트의 패널을 수반하다. 한 실시양태에서, 게놈 프로파일은 적어도 300개 유전자, 적어도 305개 유전자, 적어도 310개 유전자, 적어도 315개 유전자, 적어도 320개 유전자, 적어도 325개 유전자, 적어도 330개 유전자, 적어도 335개 유전자, 적어도 340개 유전자, 적어도 345개 유전자, 적어도 350개 유전자, 적어도 355개 유전자, 적어도 360개 유전자, 적어도 365개 유전자, 적어도 370개 유전자, 적어도 375개 유전자, 적어도 380개 유전자, 적어도 385개 유전자, 적어도 390개 유전자, 적어도 395개 유전자, 또는 적어도 400개 유전자를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 게놈 프로파일은 적어도 325개의 유전자를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 게놈 프로파일은 적어도 315개의 암-관련 유전자 및 28개의 유전자 내의 인트론 (파운데이션원®) 또는 406개의 유전자의 완전한 DNA 코딩 서열, 재배열에 의한 31개의 유전자 내의 인트론, 및 265개의 유전자의 RNA 서열 (cDNA) (파운데이션원® 헴(Heme))을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 게놈 프로파일은 26개의 유전자 및 1000개의 연관 돌연변이 (EXODX® 고형 종양)를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 게놈 프로파일은 76개의 유전자 (가던트360(Guardant360))를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 게놈 프로파일은 73개의 유전자 (가던트360)를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 게놈 프로파일은 354개의 유전자 및 재배열을 위한 28개의 유전자 내의 인트론 (파운데이션원® CDX™)을 포함한다. 특정 실시양태에서, 게놈 프로파일은 파운데이션원® F1CDx이다. 또 다른 실시양태에서, 게놈 프로파일은 468개의 유전자 (MSK-임팩트™)를 포함한다. 1개 이상의 유전자가 게놈 프로파일에 부가될 수 있고, 이는 보다 많은 유전자가 종양학과 관련이 있는 것으로 확인되기 때문이다.

파운데이션원® 검정

파운데이션원® 검정은 폐, 결장, 및 유방의 고형 종양, 흑색종, 및 난소암을 포함하나 이에 제한되지는 않는 고형 종양에 대한 포괄적 게놈 프로파일링 검정이다. 파운데이션원® 검정은 게놈 변경 (염기 치환, 삽입 및 결실, 카피수 변경, 및 재배열)을 확인하고 게놈 서명 (예를 들어, TMB 및 미소위성체 불안정성)을 선택하기 위해 혼성화-포획, 차세대 서열분석 시험을 사용한다. 검정은 315개의 암-관련 유전자의 전체 코딩 영역을 포함한 322개의 고유한 유전자, 및 28개의 유전자로부터의 선택된 인트론을 포괄한다. 파운데이션원® 검정 유전자의 전체 목록을 표 2 및 3에 제공한다. FoundationMedicine.com (2018년 3월 16일 최종 방문)에서 이용가능한 [FOUNDATIONONE: Technical Specifications, Foundation Medicine, Inc.]를 참조하고, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.

표 2: 전체 코딩 서열이 파운데이션원® 검정에서 검정된 유전자의 목록.

표 3: 선택된 인트론이 파운데이션원® 검정에서 검정된 유전자의 목록.

파운데이션원® 헴 검정

파운데이션원® 헴 검정은 혈액 악성종양 및 육종에 대한 포괄적 게놈 프로파일링 검정이다. 파운데이션원® 헴 검정은 게놈 변경 (염기 치환, 삽입 및 결실, 카피수 변경, 및 재배열)을 확인하기 위해 하이브리드-포획, 차세대 서열분석 시험을 사용한다. 검정은 406개 유전자의 코딩 영역, 31개 유전자의 선택된 인트론, 및 통상적으로 암에서 재배열된 265개 유전자의 RNA 서열을 분석한다. 파운데이션원® 헴 검정 유전자의 전체 목록을 표 4, 5 및 6에 제공한다. FoundationMedicine.com (2018년 3월 16일 최종 방문)에서 이용가능한 [FOUNDATIONONE® HEME: Technical Specifications, Foundation Medicine, Inc.]를 참조하고, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.

표 4: 전체 코딩 서열이 파운데이션원® 헴 검정에서 검정된 유전자의 목록.

표 5: 선택된 인트론이 파운데이션원® 헴 검정에서 검정된 유전자의 목록.

표 6: RNA 서열이 파운데이션원® 헴 검정에서 검정된 유전자의 목록.

EXODX® 고형 종양 검정

한 실시양태에서, TMB는 EXODX® 고형 종양 검정을 사용하여 측정된다. EXODX® 고형 종양 검정은 암 경로에서 작용가능한 돌연변이를 검출하는 exoRNA- 및 cfDNA-기반 검정이다. EXODX® 고형 종양 검정은 조직 샘플을 필요로하지 않는 혈장-기반 검정이다. EXODX® 고형 종양 검정은 26개의 유전자 및 1000개의 돌연변이를 커버한다. EXODX® 고형 종양 검정에 의해 커버되는 특정 유전자를 표 7에 제시한다. exosomedx.com (2018년 3월 16일 최종 액세스)에서 이용가능한 [Plasma-Based Solid Tumor Mutation Panel Liquid Biopsy, Exosome Diagnostics, Inc.]를 참조한다.

표 7: EXODX® 고형 종양 검정에 의해 커버되는 유전자.

가던트360 검정

일부 실시양태에서, TMB 상태는 가던트360 검정을 사용하여 결정된다. 가던트360 검정은 적어도 73개 유전자 (표 8), 23개 indel (표 9), 18개 CNV (표 10), 및 6개 융합 유전자 (표 11)에서의 돌연변이를 측정한다. GuardantHealth.com (2018년 3월 16일 최종 액세스)을 참조한다.

표 8: 가던트360 검정 유전자.

표 9: 가던트360 검정 indel.

표 10: 가던트360 검정 증폭 (CNV).

표 11: 가던트360 검정 융합.

일루미나(ILLUMINA)® 트루사이트(TruSight) 검정

일부 실시양태에서, TMB는 트루사이트 종양 170 검정 (일루미나®)을 사용하여 결정된다. 트루사이트 종양 170 검정은 DNA 및 RNA를 동시에 분석하는, 통상의 고형 종양과 연관된 170개의 유전자를 커버하는 차세대 서열분석 검정이다. 트루사이트 종양 170 검정은 융합, 스플라이스 변이체, 삽입/결실, 단일 뉴클레오티드 변이체 (SNV), 및 증폭을 평가한다. 트루사이트 종양 170 검정 유전자 목록을 표 12-14에 제시한다.

표 12: 트루사이트 종양 170 검정 유전자 (증폭).

표 13: 트루사이트 종양 170 검정 유전자 (융합).

표 14: 트루사이트 종양 170 검정 유전자 (소형 변이체).

파운데이션원® F1CDx 검정

파운데이션원® CDX™ ("F1CDx")는 324개의 유전자 및 선택된 유전자 재배열에서 치환, 삽입 및 결실 변경 (indel), 및 카피수 변경 (CNA), 뿐만 아니라 포르말린-고정 파라핀 포매 (FFPE) 종양 조직 시편으로부터 단리된 DNA를 사용하여 미소위성체 불안정성 (MSI) 및 종양 돌연변이 부담 (TMB)을 포함한 게놈 서명을 검출하기 위한 차세대 서열분석 기반 시험관내 진단 장치이다. F1CDx는 NSCLC, 흑색종, 유방암, 결장직장암, 및 난소암을 포함한 여러 종양 적응증에 대해 미국 식품 의약품국 (FDA)에서 승인받았다.

F1CDx 검정은 상용 FFPE 생검 또는 외과적 절제 시편으로부터의 단일 DNA 추출 방법을 사용하고, 그의 50-1000 ng은 309개의 암-관련 유전자로부터의 모든 코딩 엑손, 1개의 프로모터 영역, 1개의 비-코딩 (ncRNA), 및 34개 (그 중 21개는 또한 코딩 엑손을 포함함)의 통상적으로 재배열된 유전자로부터 선택된 인트론 영역의 전체-게놈 샷건 라이브러리 구축 및 혼성화-기반 포획을 거칠 것이다. 표 15 및 16은 F1CDx에 포함된 유전자의 완전한 목록을 제공한다. 전체적으로, 검정은 총 324개의 유전자에서 변경을 검출한다. 일루미나® HiSeq 4000 플랫폼을 사용하여, 하이브리드 포획-선택된 라이브러리를 높은 균일한 깊이로 서열분석한다 (>500X 중앙값 커버리지로 표적화, >99%의 엑손은 커버리지 >100X). 이어서, 염기 치환, indel, 카피수 변경 (증폭 및 동형접합 유전자 결실), 및 선택된 게놈 재배열 (예를 들어, 유전자 융합체)을 포함한 모든 부류의 게놈 변경을 검출하도록 설계된 맞춤형 분석 파이프라인을 사용하여 서열 데이터를 프로세싱한다. 추가적으로, 미소위성체 불안정성 (MSI) 및 종양 돌연변이 부담 (TMB)을 포함한 게놈 서명이 보고된다.

표 15: 치환, 삽입 및 결실 (indel), 및 카피수 변경 (CNA)의 검출을 위한, 파운데이션원® CDX™에 포함되는 전체 코딩 엑손 영역을 갖는 유전자.

표 16: 유전자 재배열의 검출을 위한 선택된 인트론 영역을 갖는 유전자, 3'UTR을 갖는 것, 프로모터 영역을 갖는 1개의 유전자 및 1개의 ncRNA 유전자.

F1CDx 검정은 치환, 삽입/결실, 및 CNA를 포함한 유전자 및/또는 인트론 서열에서의 다양한 변경을 확인한다. F1CDx 검정은 외부적으로 검증된 NGS 검정 및 파운데이션원® (F1 LDT) 검정과 합치하는 것으로 이전에 확인되었다. FoundationMedicine.com (2018년 3월 16일 최종 방문)에서 이용가능한 [FOUNDATIONONE® CDX™: Technical Information, Foundation Medicine, Inc.]를 참조하고, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.

MSK-임팩트™

일부 실시양태에서, TMB 상태는 MSK-임팩트™ 검정을 사용하여 평가된다. MSK-임팩트™ 검정은 468개 유전자의 돌연변이 상태를 분석하기 위해 차세대 서열분석을 사용한다. 표적 유전자는 일루미나® HISEQ™ 기기 상에서 포획되고 서열분석된다. MSK-임팩트™ 검정은 고형 악성 신생물에서의 체세포 돌연변이 및 미소위성체 불안정성의 검출을 위해 미국 FDA에서 승인되었다. MSK-임팩트™ 검정에 의해 분석되는 468개 유전자의 전체 목록을 표 17에 제시한다. accessdata.fda.gov에서 이용가능한 [Evaluation of Automatic Class III Designation for MSK-IMPACT (Integrated Mutation Profiling of Actionable Cancer Targets): Decision Summary, United States Food and Drug Administration, November 15, 2017]을 참조한다.

표 17: MSK-임팩트™ 검정에 의해 분석되는 유전자.

네오게노믹스(NEOGENOMICS)® 네오타입(NEOTYPE)™ 검정

일부 실시양태에서, TMB는 네오게노믹스® 네오타입™ 검정을 사용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, TMB는 네오타입™ 디스커버리 프로파일을 사용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, TMB는 네오타입™ 고형 종양 프로파일을 사용하여 결정된다. 네오게노믹스® 검정은 서열분석된 DNA의 메가염기당 비동의 DNA 코딩 서열 변화의 수를 측정한다.

온코민(ONCOMINE)™ 종양 돌연변이 부하 검정

일부 실시양태에서, TMB는 써모피셔 사이언티픽(THERMOFISHER SCIENTIFIC)® 온코민™ 종양 돌연변이 검정을 사용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, TMB는 써모피셔 사이언티픽® 이온 토렌트(ION TORRENT)™ 온코민™ 종양 돌연변이 검정을 사용하여 결정된다. 이온 토렌트™ 온코민™ 종양 돌연변이 검정은 종양 돌연변이 부하를 결정하기 위해 체세포 돌연변이를 정량화하는 표적화된 NGS 검정이다. 검정은 1.7 Mb의 DNA를 커버한다.

노보겐(NOVOGENE)™ NOVOPM™ 검정

일부 실시양태에서, TMB는 노보겐™ NOVOPM™ 검정을 사용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, TMB는 노보겐™ NOVOPM™ 암 패널 검정을 사용하여 결정된다. 노보겐™ NOVOPM™ 암 패널 검정은 약 1.5 Mb의 DNA를 나타내는 548개 유전자의 완전한 코딩 영역 및 21개 유전자의 인트론을 분석하는, 국립 종합 암 네트워크 (NCCN) 가이드라인 및 의학 문헌에 따른 고형 종양의 진단 및/또는 치료와 관련된 포괄적 NGS 암 패널이다. 검정은 SNV, InDel, 융합, 및 카피수 변이 (CNV) 게놈 이상을 검출한다.

다른 TMB 검정

일부 실시양태에서, TMB는 카리스(CARIS)® 라이프 사이언시스(Life Sciences)에 의해 제공된 TMB 검정을 사용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, TMB는 페소날리스(PESONALIS)® ACE 이뮤노ID 검정을 사용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, TMB는 PGDX® 캔서솜(CANCERXOME)™-R 검정을 사용하여 결정된다.

또 다른 특정한 실시양태에서, 게놈 프로파일링은 모든 돌연변이 유형, 즉 단일 뉴클레오티드 변이체, 삽입/결실 (indel), 카피수 변이, 및 재배열, 예를 들어 전위, 발현, 및 후성적 마커를 검출한다.

포괄적 유전자 패널은 종종 분석될 종양의 유형에 기초하여 선택된 미리 결정된 유전자를 함유한다. 따라서, TMB 상태를 측정하는데 사용되는 게놈 프로파일은 대상체가 갖는 종양의 유형에 기초하여 선택될 수 있다. 한 실시양태에서, 게놈 프로파일은 고형 종양에 대해 특정한 유전자 세트를 포함할 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 게놈 프로파일은 혈액 악성종양 및 육종에 대해 특정한 유전자 세트를 포함할 수 있다.

한 실시양태에서, 게놈 프로파일은 ABL1, BRAF, CHEK1, FANCC, GATA3, JAK2, MITF, PDCD1LG2, RBM10, STAT4, ABL2, BRCA1, CHEK2, FANCD2, GATA4, JAK3, MLH1, PDGFRA, RET, STK11, ACVR1B, BRCA2, CIC, FANCE, GATA6, JUN, MPL, PDGFRB, RICTOR, SUFU, AKT1, BRD4, CREBBP, FANCF, GID4 (C17orf39), KAT6A (MYST3), MRE11A, PDK1, RNF43, SYK, AKT2, BRIP1, CRKL, FANCG, GLI1, KDM5A, MSH2, PIK3C2B, ROS1, TAF1, AKT3, BTG1, CRLF2, FANCL, GNA11, KDM5C, MSH6, PIK3CA, RPTOR, TBX3, ALK, BTK, CSF1R, FAS, GNA13, KDM6A, MTOR, PIK3CB, RUNX1, TERC, AMER1 (FAM123B), C11orf30 (EMSY), CTCF, FAT1, GNAQ, KDR, MUTYH, PIK3CG, RUNX1T1, TERT (프로모터만), APC, CARD11, CTNNA1, FBXW7, GNAS, KEAP1, MYC, PIK3R1, SDHA, TET2, AR, CBFB, CTNNB1, FGF10, GPR124, KEL, MYCL (MYCL1), PIK3R2, SDHB, TGFBR2, ARAF, CBL, CUL3, FGF14, GRIN2A, KIT, MYCN, PLCG2, SDHC, TNFAIP3, ARFRP1, CCND1, CYLD, FGF19, GRM3, KLHL6, MYD88, PMS2, SDHD, TNFRSF14, ARID1A, CCND2, DAXX, FGF23, GSK3B, KMT2A (MLL), NF1, POLD1, SETD2, TOP1, ARID1B, CCND3, DDR2, FGF3, H3F3A, KMT2C (MLL3), NF2, POLE, SF3B1, TOP2A, ARID2, CCNE1, DICER1, FGF4, HGF, KMT2D (MLL2), NFE2L2, PPP2R1A, SLIT2, TP53, ASXL1, CD274, DNMT3A, FGF6, HNF1A, KRAS, NFKBIA, PRDM1, SMAD2, TSC1, ATM, CD79A, DOT1L, FGFR1, HRAS, LMO1, NKX2-1, PREX2, SMAD3, TSC2, ATR, CD79B, EGFR, FGFR2, HSD3B1, LRP1B, NOTCH1, PRKAR1A, SMAD4, TSHR, ATRX, CDC73, EP300, FGFR3, HSP90AA1, LYN, NOTCH2, PRKCI, SMARCA4, U2AF1, AURKA, CDH1, EPHA3, FGFR4, IDH1, LZTR1, NOTCH3, PRKDC, SMARCB1, VEGFA, AURKB, CDK12, EPHA5, FH, IDH2, MAGI2, NPM1, PRSS8, SMO, VHL, AXIN1, CDK4, EPHA7, FLCN, IGF1R, MAP2K1, NRAS, PTCH1, SNCAIP, WISP3, AXL, CDK6, EPHB1, FLT1, IGF2, MAP2K2, NSD1, PTEN, SOCS1, WT1, BAP1, CDK8, ERBB2, FLT3, IKBKE, MAP2K4, NTRK1, PTPN11, SOX10, XPO1, BARD1, CDKN1A, ERBB3, FLT4, IKZF1, MAP3K1, NTRK2, QKI, SOX2, ZBTB2, BCL2, CDKN1B, ERBB4, FOXL2, IL7R, MCL1, NTRK3, RAC1, SOX9, ZNF217, BCL2L1, CDKN2A, ERG, FOXP1, INHBA, MDM2, NUP93, RAD50, SPEN, ZNF703, BCL2L2, CDKN2B, ERRFI1, FRS2, INPP4B, MDM4, PAK3, RAD51, SPOP, BCL6, CDKN2C, ESR1, FUBP1, IRF2, MED12, PALB2, RAF1, SPTA1, BCOR, CEBPA, EZH2, GABRA6, IRF4, MEF2B, PARK2, RANBP2, SRC, BCORL1, CHD2, FAM46C, GATA1, IRS2, MEN1, PAX5, RARA, STAG2, BLM, CHD4, FANCA, GATA2, JAK1, MET, PBRM1, RB1, STAT3, 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 유전자를 포함한다. 다른 실시양태에서, TMB 분석은 추가로 ETV4, TMPRSS2, ETV5, BCR, ETV1, ETV6, 및 MYB 중 1종 이상에서의 게놈 변경을 확인하는 것을 포함한다.

또 다른 실시양태에서, 게놈 프로파일은 ABL1, 12B, ABL2, ACTB, ACVR1, ACVR1B, AGO2, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX, ALOX12B, AMER1, AMER1 (FAM123B 또는 WTX), AMER1 (FAM123B), ANKRD11, APC, APH1A, AR, ARAF, ARFRP1, ARHGAP26 (GRAF), ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ARv7, ASMTL, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BABAM1, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL11B, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCL7A, BCOR, BCORL1, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BRIP1 (BACH1), BRSK1, BTG1, BTG2, BTK, BTLA, C11orf 30 (EMSY), C11orf30, C11orf30 (EMSY), CAD, CALR, CARD11, CARM1, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CCT6B, CD22, CD274, CD274 (PD-L1), CD276, CD36, CD58, CD70, CD79A, CD79B, CDC42, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2Ap14ARF, CDKN2Ap16INK4A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CIITA, CKS1B, CPS1, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSDE1, CSF1R, CSF3R, CTCF, CTLA-4, CTNN B1, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUL4A, CUX1, CXCR4, CYLD, CYP17A1, CYSLTR2, DAXX, DCUN1D1, DDR1, DDR2, DDX3X, DH2, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNM2, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, DROSHA, DTX1, DUSP2, DUSP4, DUSP9, E2F3, EBF1, ECT2L, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, ELF3, ELP2, EML4, EML4-ALK, EP300, EPAS1, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, EPHB4, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERF, ERG, ERRFI1, ERRFl1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EXOSC6, EZH1, EZH2, FAF1, FAM175A, FAM46C, FAM58A, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAS (TNFRSF6), FAT1, FBXO11, FBXO31, FBXW7, FGF1, FGF10, FGF12, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FHIT, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FLYWCH1, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXO3, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GADD45B, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4 (C17orf 39), GID4 (C17orf39), GLI1, GLl1, GNA11, GNA12, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, GTSE1, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HDAC1, HDAC4, HDAC7, 헤지호그, HER-2/NEU; ERBB2, HGF, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E, HIST1H2AC, HIST1H2AG, HIST1H2AL, HIST1H2AM, HIST1H2BC, HIST1H2BD, HIST1H2BJ, HIST1H2BK, HIST1H2BO, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HNF1A, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICK, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IKZF2, IKZF3, IL10, IL7R, INHA, INHBA, INPP4A, INPP4B, INPP5D (SHIP), INPPL1, INSR, IRF1, IRF2, IRF4, IRF8, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JARID2, JUN, K14, KAT6A (MYST 3), KAT6A (MYST3), KDM2B, KDM4C, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6, KMT2A, KMT2A (MLL), KMT2B, KMT2C, KMT2C (MLL3), KMT2D, KMT2D (MLL2), KNSTRN, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LEF1, LMO1, LRP1B, LRRK2, LTK, LYN, LZTR1, MAF, MAFB, MAGED1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K1 (MEK1), MAP2K2, MAP2K2 (MEK2), MAP2K4, MAP3, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K6, MAP3K7, MAPK1, MAPK3, MAPKAP1, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEF2C, MEK1, MEN1, MERTK, MET, MGA, MIB1, MITF, MKI67, MKNK1, MLH1, MLLT3, MPL, MRE 11A, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MSI1, MSI2, MST1, MST1R, MTAP, MTOR, MUTYH, MYC, MYCL, MYCL (MYC L1), MYCL (MYCL1), MYCL1, MYCN, MYD88, MYO18A, MYOD1, NBN, NCOA3, NCOR1, NCOR2, NCSTN, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOD1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NT5C2, NTHL1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUF2, NUP93, NUP98, P2RY8, PAG1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PARP2, PARP3, PASK, PAX3, PAX5, PAX7, PBRM1, PC, PCBP1, PCLO, PDCD1, PDCD1 (PD-1), PDCD11, PDCD1LG2, PDCD1LG2 (PD-L2), PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, POT1, PPARG, PPM1D, PPP2, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP4R2, PPP6C, PRDM1, PRDM14, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKD1, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTP4A1, PTPN11, PTPN2, PTPN6 (SHP-1), PTPRD, PTPRO, PTPRS, PTPRT, QKI, R1A, RAB35, RAC1, RAC2, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RASGEF1A, RB1, RBM10, RECQL, RECQL4, REL, RELN, RET, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RRAGC, RRAS, RRAS2, RTEL1, RUNX1, RUNX1T1, RXRA, RYBP, S1PR2, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SERP2, SESN1, SESN2, SESN3, SETBP1, SETD2, SETD8, SF3B1, SGK1, SH2B3, SH2D1A, SHOC2, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA1, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SMYD3, SNCAIP, SOCS1, SOCS2, SOCS3, SOS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPRED1, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STAT6, STK11, STK19, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TAP1, TAP2, TBL1XR1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF3 (E2A), TCF7L2, TCL1A (TCL1), TEK, TERC, TERT, TERT 프로모터, TET1, TET2, TFRC, TGFBR1, TGFBR2, TIPARP, TLL2, TMEM127, TMEM30A, TMPRSS2, TMSB4XP8 (TMSL3), TNFAIP3, TNFRSF11A, TNFRSF14, TNFRSF17, TOP1, TOP2A, TP53, TP53BP1, TP63, TRAF2, TRAF3, TRAF5, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, TUSC3, TYK2, TYRO3, U2AF1, U2AF2, UPF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WDR90, WHSC1, WHSC1 (MMSET 또는 NSD2), WHSC1L1, WISP3, WT1, WWTR1, XBP1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, YY1AP1, ZBTB2, ZFHX3, ZMYM3, ZNF217, ZNF24 (ZSCAN3), ZNF703, ZRSR2, 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 유전자를 포함한다.

또 다른 실시양태에서, 게놈 프로파일링 검정은 ABL1, 12B, ABL2, ACTB, ACVR1, ACVR1B, AGO2, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX, ALOX12B, AMER1, AMER1 (FAM123B 또는 WTX), AMER1 (FAM123B), ANKRD11, APC, APH1A, AR, ARAF, ARFRP1, ARHGAP26 (GRAF), ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ARv7, ASMTL, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BABAM1, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL11B, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCL7A, BCOR, BCORL1, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BRIP1 (BACH1), BRSK1, BTG1, BTG2, BTK, BTLA, C11orf 30 (EMSY), C11orf30, C11orf30 (EMSY), CAD, CALR, CARD11, CARM1, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CCT6B, CD22, CD274, CD274 (PD-L1), CD276, CD36, CD58, CD70, CD79A, CD79B, CDC42, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2Ap14ARF, CDKN2Ap16INK4A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CIITA, CKS1B, CPS1, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSDE1, CSF1R, CSF3R, CTCF, CTLA-4, CTNN B1, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUL4A, CUX1, CXCR4, CYLD, CYP17A1, CYSLTR2, DAXX, DCUN1D1, DDR1, DDR2, DDX3X, DH2, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNM2, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, DROSHA, DTX1, DUSP2, DUSP4, DUSP9, E2F3, EBF1, ECT2L, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, ELF3, ELP2, EML4, EML4-ALK, EP300, EPAS1, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, EPHB4, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERF, ERG, ERRFI1, ERRFl1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EXOSC6, EZH1, EZH2, FAF1, FAM175A, FAM46C, FAM58A, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAS (TNFRSF6), FAT1, FBXO11, FBXO31, FBXW7, FGF1, FGF10, FGF12, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FHIT, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FLYWCH1, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXO3, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GADD45B, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4 (C17orf 39), GID4 (C17orf39), GLI1, GLl1, GNA11, GNA12, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, GTSE1, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HDAC1, HDAC4, HDAC7, 헤지호그, HER-2/NEU; ERBB2, HGF, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E, HIST1H2AC, HIST1H2AG, HIST1H2AL, HIST1H2AM, HIST1H2BC, HIST1H2BD, HIST1H2BJ, HIST1H2BK, HIST1H2BO, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HNF1A, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICK, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IKZF2, IKZF3, IL10, IL7R, INHA, INHBA, INPP4A, INPP4B, INPP5D (SHIP), INPPL1, INSR, IRF1, IRF2, IRF4, IRF8, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JARID2, JUN, K14, KAT6A (MYST 3), KAT6A (MYST3), KDM2B, KDM4C, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6, KMT2A, KMT2A (MLL), KMT2B, KMT2C, KMT2C (MLL3), KMT2D, KMT2D (MLL2), KNSTRN, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LEF1, LMO1, LRP1B, LRRK2, LTK, LYN, LZTR1, MAF, MAFB, MAGED1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K1 (MEK1), MAP2K2, MAP2K2 (MEK2), MAP2K4, MAP3, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K6, MAP3K7, MAPK1, MAPK3, MAPKAP1, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEF2C, MEK1, MEN1, MERTK, MET, MGA, MIB1, MITF, MKI67, MKNK1, MLH1, MLLT3, MPL, MRE 11A, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MSI1, MSI2, MST1, MST1R, MTAP, MTOR, MUTYH, MYC, MYCL, MYCL (MYC L1), MYCL (MYCL1), MYCL1, MYCN, MYD88, MYO18A, MYOD1, NBN, NCOA3, NCOR1, NCOR2, NCSTN, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOD1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NT5C2, NTHL1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUF2, NUP93, NUP98, P2RY8, PAG1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PARP2, PARP3, PASK, PAX3, PAX5, PAX7, PBRM1, PC, PCBP1, PCLO, PDCD1, PDCD1 (PD-1), PDCD11, PDCD1LG2, PDCD1LG2 (PD-L2), PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, POT1, PPARG, PPM1D, PPP2, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP4R2, PPP6C, PRDM1, PRDM14, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKD1, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTP4A1, PTPN11, PTPN2, PTPN6 (SHP-1), PTPRD, PTPRO, PTPRS, PTPRT, QKI, R1A, RAB35, RAC1, RAC2, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RASGEF1A, RB1, RBM10, RECQL, RECQL4, REL, RELN, RET, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RRAGC, RRAS, RRAS2, RTEL1, RUNX1, RUNX1T1, RXRA, RYBP, S1PR2, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SERP2, SESN1, SESN2, SESN3, SETBP1, SETD2, SETD8, SF3B1, SGK1, SH2B3, SH2D1A, SHOC2, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA1, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SMYD3, SNCAIP, SOCS1, SOCS2, SOCS3, SOS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPRED1, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STAT6, STK11, STK19, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TAP1, TAP2, TBL1XR1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF3 (E2A), TCF7L2, TCL1A (TCL1), TEK, TERC, TERT, TERT 프로모터, TET1, TET2, TFRC, TGFBR1, TGFBR2, TIPARP, TLL2, TMEM127, TMEM30A, TMPRSS2, TMSB4XP8 (TMSL3), TNFAIP3, TNFRSF11A, TNFRSF14, TNFRSF17, TOP1, TOP2A, TP53, TP53BP1, TP63, TRAF2, TRAF3, TRAF5, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, TUSC3, TYK2, TYRO3, U2AF1, U2AF2, UPF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WDR90, WHSC1, WHSC1 (MMSET 또는 NSD2), WHSC1L1, WISP3, WT1, WWTR1, XBP1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, YY1AP1, ZBTB2, ZFHX3, ZMYM3, ZNF217, ZNF24 (ZSCAN3), ZNF703, ZRSR2, 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 약 20, 적어도 약 30, 적어도 약 40, 적어도 약 50, 적어도 약 60, 적어도 약 70, 적어도 약 80, 적어도 약 90, 적어도 약 100, 적어도 약 110, 적어도 약 120, 적어도 약 130, 적어도 약 140, 적어도 약 150, 적어도 약 160, 적어도 약 170, 적어도 약 180, 적어도 약 190, 적어도 약 200, 적어도 약 210, 적어도 약 220, 적어도 약 230, 적어도 약 240, 적어도 약 250, 적어도 약 260, 적어도 약 270, 적어도 약 280, 적어도 약 290, 또는 적어도 약 300개의 유전자를 포함한다.

또 다른 실시양태에서, 게놈 프로파일은 표 2-17에 열거된 유전자로부터 선택된 1개 이상의 유전자를 포함한다.

한 실시양태에서, 게놈 프로파일링에 기초한 TMB 상태는 전체-엑솜 또는 전체-게놈 서열분석에 기초한 TMB 상태와 고도로 상관된다. 본원에 제공된 증거는 게놈 프로파일링 검정, 예컨대 F1CDx 검정의 사용이 전체-엑솜 및/또는 전체 게놈 서열분석 검정과 합치를 갖는다는 것을 보여준다. 이들 데이터는 TMB 상태의 예후 품질을 상실하지 않으면서 TMB 상태를 측정하는 보다 효율적인 수단으로서 게놈 프로파일링 검정의 사용을 지지한다.

TMB는 조직 생검 샘플, 또는 대안적으로 순환 종양 DNA (ctDNA), cfDNA (무세포 DNA), 및/또는 액체 생검 샘플을 사용하여 측정될 수 있다. ctDNA는 이용가능한 방법론, 예를 들어, 그레일, 인크.(GRAIL, Inc.)를 사용하여 전체-엑솜 또는 전체-게놈 서열분석 또는 게놈 프로파일링에 따라 TMB 상태를 측정하는데 사용될 수 있다.

대상체는 TMB 상태의 측정 및 높은 TMB의 확인에 기초하여, 예를 들어 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분 또는 항-PD-L1 항체 또는 그의 항원-결합 부분에 의한 면역요법에 적합한 것으로 확인된다. 일부 실시양태에서, TMB 스코어는 전체 엑솜 서열분석 또는 전체 게놈 서열분석에 의해 측정된 바와 같은, 종양에서의 비동의 미스센스 돌연변이의 총수로서 계산된다. 한 실시양태에서, 높은 TMB는 적어도 210, 적어도 215, 적어도 220, 적어도 225, 적어도 230, 적어도 235, 적어도 240, 적어도 245, 적어도 250, 적어도 255, 적어도 260, 적어도 265, 적어도 270, 적어도 275, 적어도 280, 적어도 285, 적어도 290, 적어도 295, 적어도 300, 적어도 305, 적어도 310, 적어도 315, 적어도 320, 적어도 325, 적어도 330, 적어도 335, 적어도 340, 적어도 345, 적어도 350, 적어도 355, 적어도 360, 적어도 365, 적어도 370, 적어도 375, 적어도 380, 적어도 385, 적어도 390, 적어도 395, 적어도 400, 적어도 405, 적어도 410, 적어도 415, 적어도 420, 적어도 425, 적어도 430, 적어도 435, 적어도 440, 적어도 445, 적어도 450, 적어도 455, 적어도 460, 적어도 465, 적어도 470, 적어도 475, 적어도 480, 적어도 485, 적어도 490, 적어도 495, 또는 적어도 500의 스코어를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 높은 TMB는 적어도 215, 적어도 220, 적어도 221, 적어도 222, 적어도 223, 적어도 224, 적어도 225, 적어도 226, 적어도 227, 적어도 228, 적어도 229, 적어도 230, 적어도 231, 적어도 232, 적어도 233, 적어도 234, 적어도 235, 적어도 236, 적어도 237, 적어도 238, 적어도 239, 적어도 240, 적어도 241, 적어도 242, 적어도 243, 적어도 244, 적어도 245, 적어도 246, 적어도 247, 적어도 248, 적어도 249, 또는 적어도 250의 스코어를 갖는다. 특정한 실시양태에서, 높은 TMB는 적어도 243의 스코어를 갖는다. 다른 실시양태에서, 높은 TMB는 적어도 244의 스코어를 갖는다. 일부 실시양태에서, 높은 TMB는 적어도 245의 스코어를 갖는다. 다른 실시양태에서, 높은 TMB는 적어도 246의 스코어를 갖는다. 다른 실시양태에서, 높은 TMB는 적어도 247의 스코어를 갖는다. 다른 실시양태에서, 높은 TMB는 적어도 248의 스코어를 갖는다. 다른 실시양태에서, 높은 TMB는 적어도 249의 스코어를 갖는다. 다른 실시양태에서, 높은 TMB는 적어도 250의 스코어를 갖는다. 다른 실시양태에서, 높은 TMB는 200 및 300 사이의 임의의 정수 또는 그 초과의 스코어를 갖는다. 다른 실시양태에서, 높은 TMB는 210 및 290 사이의 임의의 정수 또는 그 초과의 스코어를 갖는다. 다른 실시양태에서, 높은 TMB는 220 및 280 사이의 임의의 정수 또는 그 초과의 스코어를 갖는다. 다른 실시양태에서, 높은 TMB는 230 및 270 사이의 임의의 정수 또는 그 초과의 스코어를 갖는다. 다른 실시양태에서, 높은 TMB는 235 및 265 사이의 임의의 정수 또는 그 초과의 스코어를 갖는다.

대안적으로, 높은 TMB는 절대값보다는 오히려 상대적 값일 수 있다. 일부 실시양태에서, 대상체의 TMB 상태는 참조 TMB 값과 비교된다. 한 실시양태에서, 대상체의 TMB 상태는 참조 TMB 값의 가장 높은 분위수 내에 있다. 또 다른 실시양태에서, 대상체의 TMB 상태는 참조 TMB 값의 상위 삼분위수 내에 있다.

일부 실시양태에서, TMB 상태는 샘플당, 세포당, 엑솜당, 또는 DNA 길이 (예를 들어, Mb)당 돌연변이의 수로서 표현된다. 일부 실시양태에서, 종양이 적어도 약 50개 돌연변이/종양, 적어도 약 55개 돌연변이/종양, 적어도 약 60개 돌연변이/종양, 적어도 약 65개 돌연변이/종양, 적어도 약 70개 돌연변이/종양, 적어도 약 75개 돌연변이/종양, 적어도 약 80개 돌연변이/종양, 적어도 약 85개 돌연변이/종양, 적어도 약 90개 돌연변이/종양, 적어도 약 95개 돌연변이/종양, 적어도 약 100개 돌연변이/종양, 적어도 약 105개 돌연변이/종양, 적어도 약 110개 돌연변이/종양, 적어도 약 115개 돌연변이/종양, 또는 적어도 약 120개 돌연변이/종양을 갖는 경우에, 종양은 높은 TMB 상태를 갖는다. 일부 실시양태에서, 종양이 적어도 약 125개 돌연변이/종양, 적어도 약 150개 돌연변이/종양, 적어도 약 175개 돌연변이/종양, 적어도 약 200개 돌연변이/종양, 적어도 약 225개 돌연변이/종양, 적어도 약 250개 돌연변이/종양, 적어도 약 275개 돌연변이/종양, 적어도 약 300개 돌연변이/종양, 적어도 약 350개 돌연변이/종양, 적어도 약 400개 돌연변이/종양, 또는 적어도 약 500개 돌연변이/종양을 갖는 경우에, 종양은 높은 TMB 상태를 갖는다. 하나의 특정한 실시양태에서, 종양이 적어도 약 100개 돌연변이/종양을 갖는 경우에, 종양은 높은 TMB 상태를 갖는다.

일부 실시양태에서, 종양이 유전자, 예를 들어 TMB 검정에 따라 서열분석된 게놈, 예를 들어 파운데이션원® CDX™ 검정에 따라 서열분석된 게놈의 메가염기당 적어도 약 5개 돌연변이 (돌연변이/Mb), 적어도 약 6개 돌연변이/Mb, 적어도 약 7개 돌연변이/Mb, 적어도 약 8개 돌연변이/Mb, 적어도 약 9개 돌연변이/Mb, 적어도 약 10개 돌연변이/Mb, 적어도 약 11개 돌연변이/Mb, 적어도 약 12개 돌연변이/Mb, 적어도 약 13개 돌연변이/Mb, 적어도 약 14개 돌연변이/Mb, 적어도 약 15개 돌연변이/Mb, 적어도 약 20개 돌연변이/Mb, 적어도 약 25개 돌연변이/Mb, 적어도 약 30개 돌연변이/Mb, 적어도 약 35개 돌연변이/Mb, 적어도 약 40개 돌연변이/Mb, 적어도 약 45개 돌연변이/Mb, 적어도 약 50개 돌연변이/Mb, 적어도 약 75개 돌연변이/Mb, 또는 적어도 약 100개 돌연변이/Mb를 갖는 경우에, 종양은 높은 TMB 상태를 갖는다. 특정 실시양태에서, 종양이 적어도 약 5개 돌연변이/Mb를 갖는 경우에, 종양은 높은 TMB 상태를 갖는다. 특정 실시양태에서, 종양이 적어도 약 10개 돌연변이/Mb를 갖는 경우에, 종양은 높은 TMB 상태를 갖는다. 일부 실시양태에서, 종양이 적어도 약 11개 돌연변이/Mb를 갖는 경우에, 종양은 높은 TMB 상태를 갖는다. 일부 실시양태에서, 종양이 적어도 약 12개 돌연변이/Mb를 갖는 경우에, 종양은 높은 TMB 상태를 갖는다. 일부 실시양태에서, 종양이 적어도 약 13개 돌연변이/Mb를 갖는 경우에, 종양은 높은 TMB 상태를 갖는다. 일부 실시양태에서, 종양이 적어도 약 14개 돌연변이/Mb를 갖는 경우에, 종양은 높은 TMB 상태를 갖는다. 특정 실시양태에서, 종양이 적어도 약 15개 돌연변이/Mb를 갖는 경우에, 종양은 높은 TMB 상태를 갖는다.

돌연변이의 수가 종양 유형 및 다른 방식에 따라 달라지기 때문에 (Q4 및 Q5 참조), "TMB 높음" 및 "TMB 낮음"과 연관된 값은 종양 유형에 걸쳐 상이할 수 있다.

PD-L1 상태

TMB 상태는 요법, 및 특히 면역-종양학 작용제, 예컨대 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체를 사용한 치료에 대한 종양의 반응을 예측하기 위한 수단으로서 단독으로 또는 다른 인자와 조합되어 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 예를 들어 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체를 사용한 면역요법에 반응할 가능성이 더 큰 종양을 갖는 환자를 확인하기 위해 오직 종양의 TMB 상태만이 사용된다. 다른 실시양태에서, 예를 들어 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체를 사용한 면역요법에 반응할 가능성이 더 큰 종양을 갖는 환자를 확인하기 위해 PD-L1 상태 및 TMB 상태가 사용된다.

대상체에서 종양의 PD-L1 상태는 본원에 개시된 임의의 조성물을 투여하거나 또는 임의의 방법을 사용하기 전에 측정될 수 있다. PD-L1 발현은 관련 기술분야에 공지된 임의의 방법에 의해 결정될 수 있다.

PD-L1 발현을 평가하기 위해, 한 실시양태에서, 시험 조직 샘플은 요법을 필요로 하는 환자로부터 수득될 수 있다. 또 다른 실시양태에서, PD-L1 발현의 평가는 시험 조직 샘플을 수득하지 않고 달성될 수 있다. 일부 실시양태에서, 적합한 환자를 선택하는 것은 (i) 임의로 조직의 암을 갖는 환자로부터 수득된 시험 조직 샘플 (시험 조직 샘플은 종양 세포 및/또는 종양-침윤 염증 세포를 포함함)을 제공하는 것; 및 (ii) 시험 조직 샘플에서 세포 표면 상에 PD-L1을 발현하는 세포의 비율이 미리 결정된 역치 수준보다 더 높다는 평가에 기초하여 시험 조직 샘플에서 세포의 표면 상에 PD-L1을 발현하는 세포의 비율을 평가하는 것을 포함한다.

그러나, 시험 조직 샘플에서 PD-L1 발현을 측정하는 것을 포함하는 임의의 방법에서, 환자로부터 수득된 시험 조직 샘플을 제공하는 것을 포함하는 단계는 임의적인 단계인 것으로 이해되어야 한다. 또한, 특정 실시양태에서 시험 조직 샘플에서 세포 표면 상에 PD-L1을 발현하는 세포를 확인하거나 또는 그의 수 또는 비율을 결정하기 위한 "측정" 또는 "평가" 단계는 PD-L1 발현에 대한 변형적 검정 방법에 의해, 예를 들어 리버스 트랜스크립타제-폴리머라제 연쇄 반응 (RT-PCR) 검정 또는 IHC 검정을 수행함으로써 수행되는 것으로 이해되어야 한다. 특정의 다른 실시양태에서, 어떠한 변형적 단계도 수반되지 않고, PD-L1 발현은, 예를 들어 실험실로부터의 시험 결과 보고를 검토함으로써 평가된다. 특정 실시양태에서, PD-L1 발현의 평가까지의 및 이를 포함한 방법 단계는 중간 결과를 제공하며, 이는 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체 요법에 대해 적합한 후보를 선택하는데 사용하기 위해 의사 또는 다른 건강관리 제공자에게 제공될 수 있다. 특정 실시양태에서, 중간 결과를 제공하는 단계는 의료 진료의 또는 의료 진료의의 지시 하에 활동하는 사람에 의해 수행된다. 다른 실시양태에서, 이들 단계는 독립적인 실험실에 의해 수행되거나 또는 독립적인 사람, 예컨대 실험실 기술자에 의해 수행된다.

임의의 본 방법의 특정 실시양태에서, PD-L1을 발현하는 세포의 비율은 PD-L1 RNA의 존재를 결정하기 위한 검정을 수행함으로써 평가된다. 추가 실시양태에서, PD-L1 RNA의 존재는 RT-PCR, 계내 혼성화 또는 RNase 보호에 의해 결정된다. 다른 실시양태에서, PD-L1을 발현하는 세포의 비율은 PD-L1 폴리펩티드의 존재를 결정하는 검정을 수행함으로써 평가된다. 추가 실시양태에서, PD-L1 폴리펩티드의 존재는 면역조직화학 (IHC), 효소-연결 면역흡착 검정 (ELISA), 생체내 영상화, 또는 유동 세포측정법에 의해 결정된다. 일부 실시양태에서, PD-L1 발현은 IHC에 의해 검정된다. 모든 이들 방법의 다른 실시양태에서, PD-L1의 세포 표면 발현은, 예를 들어 IHC 또는 생체내 영상화를 사용하여 검정된다.

영상화 기술은 암 연구 및 치료에 있어서 중요한 도구를 제공하였다. 양전자 방출 단층촬영 (PET), 단일-광자 방출 컴퓨터 단층촬영 (SPECT), 형광 반사 영상화 (FRI), 형광-매개 단층촬영 (FMT), 생물발광 영상화 (BLI), 레이저-스캐닝 공초점 현미경검사 (LSCM) 및 다광자 현미경검사 (MPM)를 포함한, 분자 영상화 시스템에 있어서의 최근의 발전은, 이들 기술이 암 연구에 훨씬 더 많이 사용될 가능성이 있음을 예고할 것이다. 이들 분자 영상화 시스템 중 일부는, 임상의가 종양이 신체 내 어디에 위치하는지를 확인하게 할 뿐만 아니라, 종양 거동 및/또는 치료 약물에 대한 반응성에 영향을 미치는 특정 분자, 세포 및 생물학적 프로세스의 발현 및 활성을 가시화하도록 한다 (Condeelis and Weissleder, "In vivo imaging in cancer," Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2(12):a003848 (2010)). PET의 감도 및 해상도와 커플링된 항체 특이성은, 이뮤노PET 영상화가 조직 샘플에서 항원의 발현을 모니터링 및 검정하는데 특히 매력적이게 한다 (McCabe and Wu, "Positive progress in immunoPET―not just a coincidence," Cancer Biother. Radiopharm. 25(3):253-61 (2010); Olafsen et al., "ImmunoPET imaging of B-cell lymphoma using 124I-anti-CD20 scFv dimers (diabodies)," Protein Eng. Des. Sel. 23(4):243-9 (2010)). 임의의 본 방법의 특정 실시양태에서, PD-L1 발현은 이뮤노PET 영상화에 의해 검정된다. 임의의 본 방법의 특정 실시양태에서, 시험 조직 샘플에서 PD-L1을 발현하는 세포의 비율은 시험 조직 샘플에서 세포 표면 상의 PD-L1 폴리펩티드의 존재를 결정하는 검정을 수행함으로써 평가된다. 특정 실시양태에서, 시험 조직 샘플은 FFPE 조직 샘플이다. 다른 실시양태에서, PD-L1 폴리펩티드의 존재는 IHC 검정에 의해 결정된다. 추가 실시양태에서, IHC 검정은 자동화 과정을 사용하여 수행된다. 일부 실시양태에서, IHC 검정은 PD-L1 폴리펩티드에 결합하는 항-PD-L1 모노클로날 항체를 사용하여 수행된다. 특정 실시양태에서, 항-PD-L1 모노클로날 항체는 28-8, 28-1, 28-12, 29-8, 5H1, 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. WO/2013/173223을 참조하고, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.

본 방법의 한 실시양태에서, 자동화 IHC 방법은 FFPE 조직 시편에서 세포 표면 상의 PD-L1의 발현을 검정하는데 사용된다. 인간 PD-L1 항원의 존재는 시험 조직 샘플에서, 시험 샘플, 및 음성 대조군 샘플 (예를 들어, 정상 조직)을 인간 PD-L1에 특이적으로 결합하는 모노클로날 항체와, 항체 또는 그의 부분과 인간 PD-L1 사이에 복합체의 형성을 허용하는 조건 하에 접촉시키는 것에 의해 측정될 수 있다. 특정 실시양태에서, 시험 및 대조군 조직 샘플은 FFPE 샘플이다. 이어서 복합체의 형성이 검출되며, 여기서 시험 샘플과 음성 대조군 샘플 사이의 복합체 형성에서의 차이는 샘플 내 인간 PD-L1 항원의 존재를 나타낸다. 다양한 방법이 PD-L1 발현을 정량화하는데 사용된다.

특정한 실시양태에서, 자동화 IHC 방법은 (a) 자동염색기에서 장착된 조직 절편을 탈파라핀화 및 재수화하고; (b) 10분 동안 110℃로 가열된, 탈클로킹 챔버 및 pH 6 완충제를 사용하여 항원을 회수하고; (c) 시약을 자동염색기 상에 세팅하고; (d) 조직 시편에서 내인성 퍼옥시다제를 중화시키는 단계; 슬라이드 상의 비-특이적 단백질-결합 부위를 차단하는 단계; 슬라이드를 1차 항체와 함께 인큐베이션하는 단계; 1차 후 차단제와 함께 인큐베이션하는 단계; 노보링크 중합체와 함께 인큐베이션하는 단계; 발색원 기질을 첨가하고 현상하는 단계; 및 헤마톡실린으로 대조염색하는 단계를 포함하는 자동염색기를 실행하는 것을 포함한다.

종양 조직 샘플에서 PD-L1 발현을 평가하기 위해, 병리학자는 현미경 하에서 각각의 필드 내 막 PD-L1+ 종양 세포의 수를 조사하고, 양성인 세포의 백분율을 속으로 추정한 다음, 이를 평균내어 최종 백분율에 이르게 한다. 상이한 염색 강도는 0/음성, 1+/약함, 2+/중간, 및 3+/강함으로 정의된다. 전형적으로, 백분율 값은 먼저, 0 및 3+ 버킷에 할당된 다음, 중간 1+ 및 2+ 강도가 고려된다. 고도로 불균질한 조직에 대해서는, 시편이 여러 구역으로 분할되고, 각각의 구역이 개별적으로 스코어링화된 다음, 백분율 값의 단일 세트로 합해진다. 상이한 염색 강도에 대한 음성 및 양성 세포의 백분율이 각각의 영역으로부터 결정되고, 각각의 구역에 대한 중앙값이 제공된다. 조직에 대해 최종 백분율 값이 각각의 염색 강도 카테고리로 제공된다: 음성, 1+, 2+, 및 3+. 모든 염색 강도의 합은 100%여야 한다. 한 실시양태에서, PD-L1 양성일 필요가 있는 세포의 역치 수는 적어도 약 100, 적어도 약 125, 적어도 약 150, 적어도 약 175, 또는 적어도 약 200개 세포이다. 특정 실시양태에서, PD-L1 양성일 필요가 있는 세포의 역치 수는 적어도 약 100개 세포이다.

염색은 또한 종양-침윤 염증 세포, 예컨대 대식세포 및 림프구에서 평가된다. 대부분의 경우에, 염색이 많은 비율의 대식세포에서 관찰되기 때문에 대식세포가 내부 양성 대조군으로서의 역할을 한다. 3+ 강도로 염색되도록 요구되지는 않지만, 임의의 기술적 실패를 배제하기 위해서는 대식세포의 염색의 부재가 고려되어야 한다. 대식세포 및 림프구는 형질 막 염색에 대해 평가되고, 모든 샘플에 관해 각각의 세포 카테고리에 대해 양성 또는 음성인 것으로서만 기록된다. 염색은 또한, 외부/내부 종양 면역 세포 지정에 따라 특징화된다. "내부"는 면역 세포가 종양 세포들 사이에 물리적으로 삽입되어 있지 않으면서, 종양 조직 내에 및/또는 종양 영역의 경계 상에 있는 것을 의미한다. "외부"는 면역 세포가 결합 조직과 회합된 주변부 또는 임의의 회합된 인접 조직에서 발견되면서, 종양과 어떠한 물리적 회합도 없는 것을 의미한다.

이들 스코어링 방법의 특정 실시양태에서, 샘플은 독립적으로 작업하는 2명의 병리학자에 의해 스코어링되고, 스코어는 후속적으로 통합된다. 특정의 다른 실시양태에서, 양성 및 음성 세포의 확인은 적절한 소프트웨어를 사용하여 스코어링된다.

히스토스코어는 IHC 데이터의 보다 정량적인 척도로서 사용된다. 히스토스코어는 하기와 같이 계산된다:

히스토스코어 = [(% 종양 x 1 (낮은 강도)) + (% 종양 x 2 (중간 강도))

+ (% 종양 x 3 (높은 강도)]

히스토스코어를 결정하기 위해, 병리학자는 시편 내에서 각각의 강도 카테고리에 있는 염색된 세포의 백분율을 추정한다. 대부분의 바이오마커의 발현이 불균질하기 때문에, 히스토스코어는 전체 발현의 보다 참된 표현이다. 최종 히스토스코어 범위는 0 (발현 부재) 내지 300 (최대 발현)이다.

시험 조직 샘플에서 PD-L1 발현을 정량화하는 대안적 수단 IHC는 염증 밀도에 종양-침윤 염증 세포에 의한 퍼센트 PD-L1 발현을 곱한 것으로서 정의되는 스코어인 보정 염증 스코어 (AIS)를 결정하는 것이다 (Taube et al., "Colocalization of inflammatory response with B7-h1 expression in human melanocytic lesions supports an adaptive resistance mechanism of immune escape," Sci. Transl. Med. 4(127):127ra37 (2012)).

한 실시양태에서, 종양의 PD-L1 발현 수준은 적어도 약 1%, 적어도 약 2%, 적어도 약 3%, 적어도 약 4%, 적어도 약 5%, 적어도 약 6%, 적어도 약 7%, 적어도 약 8%, 적어도 약 9%, 적어도 약 10%, 적어도 약 11%, 적어도 약 12%, 적어도 약 13%, 적어도 약 14%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 약 100%이다. 또 다른 실시양태에서, 종양의 PD-L1 상태는 적어도 약 1%이다. 다른 실시양태에서, 대상체의 PD-L1 상태는 적어도 약 5%이다. 특정 실시양태에서, 종양의 PD-L1 상태는 적어도 약 10%이다. 한 실시양태에서, 종양의 PD-L1 상태는 적어도 약 25%이다. 특정한 실시양태에서, 종양의 PD-L1 상태는 적어도 약 50%이다.

본원에 사용된 "PD-L1 양성"은 "적어도 약 1%의 PD-L1 발현"과 상호교환가능하게 사용될 수 있다. 한 실시양태에서, PD-L1 양성 종양은 따라서 자동화 IHC에 의해 측정 시, 적어도 약 1%, 적어도 약 2%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 약 100%의 PD-L1을 발현하는 종양 세포를 가질 수 있다. 특정 실시양태에서, "PD-L1 양성"은 세포의 표면 상에 PD-L1을 발현하는 적어도 100개의 세포가 존재한다는 것을 의미한다.

한 실시양태에서, 높은 TMB를 갖는 PD-L1 양성 종양은 단지 높은 TMB만을 갖거나, 단지 PD-L1 양성 발현만을 갖거나, 또는 어느 것도 갖지 않는 종양보다 항-PD-1 항체에 의한 요법에 반응할 더 높은 가능성을 갖는다. 한 실시양태에서, 종양은 적어도 약 1%, 약 5%, 약 10%, 약 15%, 약 20%, 약 25%, 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 또는 약 50% PD-L1 발현을 갖는다. 특정한 실시양태에서, ≥50% PD-L1 발현 및 높은 TMB 상태를 갖는 종양은 단지 높은 TMB만을 갖거나, 단지 ≥50% PD-L1 발현만을 갖거나, 또는 어느 것도 갖지 않는 종양보다 항-PD-1 항체에 의한 요법에 반응할 가능성이 더 크다.

특정 실시양태에서, 본 개시내용에서 면역요법, 예를 들어 항-PD-1 항체 치료에 적합한 대상체의 종양은 PD-L1을 발현하지 않는다 (1 % 미만, 2% 미만, 3% 미만, 4% 미만, 또는 5% 미만의 막성 PD-L1). 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 방법은 PD-L1 발현과 관련이 없다.

MSI 상태

TMB 상태는 요법, 및 특히 면역-종양학 작용제, 예컨대 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체를 사용한 치료에 대한 종양의 반응을 예측하기 위한 수단으로서 단독으로 또는 다른 인자, 예를 들어, MSI 상태와 조합되어 사용될 수 있다. 한 실시양태에서, MSI 상태는 TMB 상태의 일부이다. 다른 실시양태에서, MSI 상태는 TMB 상태로부터 개별적으로 측정된다.

미소위성체 불안정성은 손상된 DNA 미스매치 복구 (MMR)로부터 유발되는 유전적 과다돌연변이성의 상태이다. MSI의 존재는 MMR이 정상적으로 기능하지 않는 표현형 증거를 나타낸다. 대부분의 경우에, MSI 종양에서 불안정성에 대한 유전적 기초는 5종의 인간 MMR 유전자: MSH2, MLH1, MSH6, PMS2, 및 PMS1 중 어느 하나에서의 유전성 배선 변경이다. 특정 실시양태에서, 종양 (예를 들어, 결장 종양) 치료를 받는 대상체는 높은 정도의 미소위성체 불안정성 (MSI-H)을 갖고, 유전자 MSH2, MLH1, MSH6, PMS2, 또는 PMS1에서 적어도 1개의 돌연변이를 갖는다. 다른 실시양태에서, 대조군 내 종양 치료를 받는 대상체는 미소위성체 불안정성을 갖지 않고 (MSS 또는 MSI 안정), 유전자 MSH2, MLH1, MSH6, PMS2, 및 PMS1에서 돌연변이를 갖지 않는다.

한 실시양태에서, 면역요법에 적합한 대상체는 높은 TMB 상태 및 MSI-H 종양을 갖는다. 본원에 사용된, MSI-H 종양은 적어도 약 30% 초과의 불안정한 MSI 바이오마커를 갖는 종양을 의미한다. 일부 실시양태에서, 종양은 결장직장암으로부터 유래된다. 일부 실시양태에서, 배선 변경이 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 또는 적어도 5개의 MMR 유전자에서 검출된 경우에 종양은 MSI-H를 갖는 결장직장암이다. 다른 실시양태에서, 배선 변경이 5개 이상의 MMR 유전자의 적어도 30%에서 검출된 경우에 종양은 MSI-H를 갖는 결장직장암이다. 일부 실시양태에서, MMR 유전자에서의 배선 변경은 폴리머라제 연쇄 반응에 의해 측정된다. 다른 실시양태에서, DNA MMR 유전자에 의해 코딩된 적어도 1종의 단백질이 종양에서 검출되지 않은 경우에 종양은 MSI-H를 갖는 결장직장암이다. 일부 실시양태에서, DNA MMR 유전자에 의해 코딩된 적어도 1종의 단백질은 면역조직화학에 의해 검출된다.

개시내용의 치료 방법

본 개시내용은 높은 종양 돌연변이 부담 (TMB) 상태를 갖는 종양을 앓고 있는 대상체에게 면역요법을 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 치료하는 방법에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 면역요법은 대상체에게 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 높은 TMB 상태를 갖는 종양을 앓고 있는 대상체에게 PD-1, PD-L1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM3, NKG2a, OX40, ICOS, MICA, CD137, KIR, TGFβ, IL-10, IL-8, B7-H4, Fas 리간드, CXCR4, 메소텔린, CD27, GITR, 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 그의 항원 결합 단편을 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 치료하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 방법은 높은 TMB 상태를 갖는 종양을 앓고 있는 대상체에게 PD-1 또는 PD-L1에 특이적으로 결합하는 항체 또는 그의 항원 결합 단편을 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 치료하는 것을 포함한다.

특정 암 유형은 보다 높은 빈도의 돌연변이를 갖고, 따라서 높은 TMB를 갖는다 (Alexandrov et al., Nature (2013) 500:415-421). 높은 TMB를 갖는 암의 비제한적 예는 흑색종, 폐암, 방광암, 및 위장암을 포함한다. 일부 실시양태에서, 종양은 폐암이다. 한 실시양태에서, 폐암은 비소세포 폐암 (NSCLC)이다. 한 실시양태에서, NSCLC는 편평 조직학을 갖는다. 또 다른 실시양태에서, NSCLC는 비편평 조직학을 갖는다. 다른 실시양태에서, 종양은 신세포 암종, 난소암, 결장직장암, 위장암, 식도암, 방광암, 폐암, 및 흑색종으로부터 선택된다. 본원에 개시된 방법은 고형 종양 뿐만 아니라 혈액암을 포괄하는 것으로 이해되어야 한다.

본원에 개시된 치료 방법은 종양을 앓고 있는 대상체, 및 특히 높은 TMB를 갖는 종양을 갖는 대상체에 대해 개선된 임상 반응 및/또는 임상 이익을 제공할 수 있다. 높은 TMB는 신생항원 부담, 즉 신생항원의 수 및 T-세포 반응성, 및 이에 따른 면역-매개 항종양 반응과 관련될 수 있다. 따라서, 높은 TMB는, 예를 들어 현행 표준 관리 요법과 비교하여, 항-PD-1 항체 및/또는 항-PD-L1 항체를 사용한 요법으로부터 이익을 얻을 가능성이 보다 큰 종양 (및 이러한 종양을 갖는 환자)을 확인하기 위해, 단독으로 또는 다른 인자와 조합되어 사용될 수 있는 인자이다.

한 실시양태에서, 대상체는 투여 후 적어도 약 1개월, 적어도 약 2개월, 적어도 약 3개월, 적어도 약 4개월, 적어도 약 5개월, 적어도 약 6개월, 적어도 약 7개월, 적어도 약 8개월, 적어도 약 9개월, 적어도 약 10개월, 적어도 약 11개월, 적어도 약 1년, 적어도 약 18개월, 적어도 약 2년, 적어도 약 3년, 적어도 약 4년, 또는 적어도 약 5년의 무진행 생존을 나타낸다. 또 다른 실시양태에서, 대상체는 투여 후 적어도 약 1개월, 적어도 약 2개월, 적어도 약 3개월, 적어도 약 4개월, 적어도 약 5개월, 적어도 약 6개월, 적어도 약 7개월, 적어도 약 8개월, 적어도 약 9개월, 적어도 약 10개월, 적어도 약 11개월, 적어도 약 1년, 적어도 약 18개월, 적어도 약 2년, 적어도 약 3년, 적어도 약 4년, 또는 적어도 약 5년의 전체 생존을 나타낸다. 또 다른 실시양태에서, 대상체는 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 또는 약 100%의 객관적 반응률을 나타낸다.

항-PD-1 / 항-PD-L1 치료

본 개시내용의 특정 측면은 높은 종양 돌연변이 부담 (TMB) 상태를 갖는 종양을 앓고 있는 대상체에게 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체를 포함하는 면역요법을 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 치료하는 방법에 관한 것이다. 상기 방법은 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 추가로 포함할 수 있다. 추가적으로, 개시내용은, 예를 들어 높은 TMB의 측정에 기초하여, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체를 이러한 요법에 적합한 것으로 확인된 대상체에게 투여하는 것을 고려한다.

한 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 인간 PD-1에의 결합에 대해 니볼루맙과 교차-경쟁한다. 또 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 니볼루맙과 동일한 에피토프에 결합한다. 특정한 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 니볼루맙이다. 또 다른 특정한 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 펨브롤리주맙이다. 추가의 항-PD-1 항체는 본원의 다른 곳에 기재된다. 다른 실시양태에서, 개시내용에 유용한 항-PD-1 항체는 본원의 다른 곳에 개시된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 항-PD-1 항체를 대체할 수 있다. 개시내용의 방법에 유용한 예시적인 항-PD-L1 항체는 본원의 다른 곳에 기재된다.

일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체는 키메라 항체, 인간화 항체, 인간 항체, 또는 그의 항원-결합 부분이다. 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체는 인간 IgG1 이소형 또는 인간 IgG4 이소형의 중쇄 불변 영역을 포함한다.

개시내용에 유용한 항-PD-1 항체

관련 기술분야에 공지된 항-PD-1 항체는 본원에 기재된 조성물 및 방법에서 사용될 수 있다. 높은 친화도로 PD-1에 특이적으로 결합하는 다양한 인간 모노클로날 항체가 미국 특허 번호 8,008,449에 개시되어 있다. 미국 특허 번호 8,008,449에 개시된 항-PD-1 인간 항체는 하기 특징 중 1종 이상을 나타내는 것으로 입증되었다: (a) 비아코어(Biacore) 바이오센서 시스템을 사용하여 표면 플라즈몬 공명에 의해 결정된 바와 같이, 1 x 10^-7 M 이하의 K_D로 인간 PD-1에 결합함; (b) 인간 CD28, CTLA-4 또는 ICOS에 실질적으로 결합하지 않음; (c) 혼합 림프구 반응 (MLR) 검정에서 T-세포 증식을 증가시킴; (d) MLR 검정에서 인터페론-γ 생산을 증가시킴; (e) MLR 검정에서 IL-2 분비를 증가시킴; (f) 인간 PD-1 및 시노몰구스 원숭이 PD-1에 결합함; (g) PD-L1 및/또는 PD-L2의 PD-1에 대한 결합을 억제함; (h) 항원-특이적 기억 반응을 자극함; (i) 항체 반응을 자극함; 및 (j) 생체내 종양 세포 성장을 억제함. 본 개시내용에서 사용가능한 항-PD-1 항체는 인간 PD-1에 특이적으로 결합하고 상기 특징 중 적어도 1개, 일부 실시양태에서, 적어도 5개를 나타내는 모노클로날 항체를 포함한다.

다른 항-PD-1 모노클로날 항체가, 예를 들어 미국 특허 번호 6,808,710, 7,488,802, 8,168,757 및 8,354,509, 미국 공개 번호 2016/0272708, 및 PCT 공개 번호 WO 2012/145493, WO 2008/156712, WO 2015/112900, WO 2012/145493, WO 2015/112800, WO 2014/206107, WO 2015/35606, WO 2015/085847, WO 2014/179664, WO 2017/020291, WO 2017/020858, WO 2016/197367, WO 2017/024515, WO 2017/025051, WO 2017/123557, WO 2016/106159, WO 2014/194302, WO 2017/040790, WO 2017/133540, WO 2017/132827, WO 2017/024465, WO 2017/025016, WO 2017/106061, WO 2017/19846, WO 2017/024465, WO 2017/025016, WO 2017/132825, 및 WO 2017/133540에 기재되어 있고, 이들 각각은 그 전문이 참조로 포함된다.

일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 니볼루맙 (또한 옵디보(OPDIVO)®, 5C4, BMS-936558, MDX-1106, 및 ONO-4538로도 공지됨), 펨브롤리주맙 (머크(Merck); 또한 키트루다(KEYTRUDA)®, 람브롤리주맙, 및 MK-3475로도 공지됨; WO2008/156712 참조), PDR001 (노파르티스(Novartis); WO 2015/112900 참조), MEDI-0680 (아스트라제네카(AstraZeneca); 또한 AMP-514로도 공지됨; WO 2012/145493 참조), 세미플리맙 (레게네론(Regeneron); 또한 REGN-2810으로도 공지됨; WO 2015/112800 참조), JS001 (타이조우 준시 파마(TAIZHOU JUNSHI PHARMA); 문헌 [Si-Yang Liu et al., J. Hematol. Oncol. 10:136 (2017)] 참조), BGB-A317 (베이진(Beigene); WO 2015/35606 및 US 2015/0079109 참조), INCSHR1210 (지앙수 헹루이 메디신(Jiangsu Hengrui Medicine); 또한 SHR-1210으로도 공지됨; WO 2015/085847; 문헌 [Si-Yang Liu et al., J. Hematol. Oncol. 10:136 (2017)] 참조), TSR-042 (테사로 바이오파마슈티칼(Tesaro Biopharmaceutical); 또한 ANB011로도 공지됨; WO2014/179664 참조), GLS-010 (욱시(Wuxi)/하얼빈 글로리아 파마슈티칼스(Harbin Gloria Pharmaceuticals); 또한 WBP3055로도 공지됨; 문헌 [Si-Yang Liu et al., J. Hematol. Oncol. 10:136 (2017)] 참조), AM-0001 (아르모(Armo)), STI-1110 (소렌토 테라퓨틱스(Sorrento Therapeutics); WO 2014/194302 참조), AGEN2034 (아제누스(Agenus); WO 2017/040790 참조), MGA012 (마크로제닉스(Macrogenics), WO 2017/19846 참조), 및 IBI308 (이노벤트(Innovent); WO 2017/024465, WO 2017/025016, WO 2017/132825, 및 WO 2017/133540 참조)로 이루어진 군으로부터 선택된다.

한 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 니볼루맙이다. 니볼루맙은 PD-1 리간드 (PD-L1 및 PD-L2)와의 상호작용을 선택적으로 방지하여 항종양 T-세포 기능의 하향-조절을 차단하는 완전 인간 IgG4 (S228P) PD-1 면역 체크포인트 억제제 항체이다 (미국 특허 번호 8,008,449; Wang et al., 2014 Cancer Immunol Res. 2(9):846-56).

특정 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 서열식별번호(SEQ ID NO): 11에 제시된 서열을 갖는 아미노산과 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 (및/또는 서열식별번호: 11의 아미노산 31 내지 35, 서열식별번호: 11의 아미노산 55 내지 66, 및 서열식별번호: 11의 아미노산 99 내지 102를 포함하는 3개의 CDR을 갖는) 중쇄 가변 영역 및 서열식별번호: 12와 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 동일한 아미노산 서열에 제시된 서열을 갖는 아미노산을 포함하는 (및/또는 서열식별번호: 12의 아미노산 24 내지 34, 서열식별번호: 12의 아미노산 50 내지 56, 및 서열식별번호: 12의 아미노산 89 내지 97을 포함하는 3개의 CDR을 갖는) 경쇄 가변 영역을 포함한다.

중쇄:

CDR은 밑줄표시된다.

경쇄:

CDR은 밑줄표시된다.

또 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 펨브롤리주맙이다. 펨브롤리주맙은 인간 세포 표면 수용체 PD-1 (프로그램화된 사멸-1 또는 프로그램화된 세포 사멸-1)에 대해 지시된 인간화 모노클로날 IgG4 (S228P) 항체이다. 펨브롤리주맙은, 예를 들어 미국 특허 번호 8,354,509 및 8,900,587에 기재되어 있다.

또한 개시된 조성물 및 방법에서 사용가능한 항-PD-1 항체는, 인간 PD-1에 특이적으로 결합하고 인간 PD-1에의 결합에 대해 본원에 개시된 임의의 항-PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙과 교차-경쟁하는 단리된 항체를 포함한다 (예를 들어, 미국 특허 번호 8,008,449 및 8,779,105; WO 2013/173223 참조). 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 본원에 기재된 항-PD-1 항체 중 임의의 것, 예를 들어 니볼루맙과 동일한 에피토프에 결합한다. 항체가 항원에의 결합에 대해 교차-경쟁하는 능력은 이들 모노클로날 항체가 항원의 동일한 에피토프 영역에 결합하고 그러한 특정한 에피토프 영역에 대한 다른 교차-경쟁 항체의 결합을 입체적으로 방해한다는 것을 나타낸다. 이들 교차-경쟁 항체는 PD-1의 동일한 에피토프 영역에 대한 그의 결합에 있어서 참조 항체, 예를 들어 니볼루맙과 매우 유사한 기능적 특성을 갖는 것으로 예상된다. 교차-경쟁 항체는 표준 PD-1 결합 검정, 예컨대 비아코어 분석, ELISA 검정 또는 유동 세포측정법에서 니볼루맙과 교차-경쟁하는 그의 능력에 기초하여 용이하게 확인될 수 있다 (예를 들어, WO 2013/173223 참조).

특정 실시양태에서, 인간 PD-1에의 결합에 대해 인간 PD-1 항체, 니볼루맙과 교차-경쟁하거나, 또는 그와 동일한 에피토프 영역에 결합하는 항체는 모노클로날 항체이다. 인간 대상체에 대한 투여의 경우, 이들 교차-경쟁 항체는 키메라 항체, 조작된 항체, 또는 인간화 또는 인간 항체이다. 이러한 키메라, 조작된, 인간화 또는 인간 모노클로날 항체는 관련 기술분야에 널리 공지된 방법에 의해 제조 및 단리될 수 있다.

또한 개시내용의 조성물 및 방법에서 사용가능한 항-PD-1 항체는 상기 항체의 항원-결합 부분을 포함한다. 항체의 항원-결합 기능이 전장 항체의 단편에 의해 수행될 수 있다는 것은 충분히 입증되었다.

개시된 조성물 및 방법에서 사용하는데 적합한 항-PD-1 항체는, PD-1에 높은 특이성 및 친화도로 결합하고, PD-L1 및/또는 PD-L2의 결합을 차단하고, PD-1 신호전달 경로의 면역억제 효과를 억제하는 항체이다. 본원에 개시된 조성물 또는 방법 중 임의의 것에서, 항-PD-1 "항체"는, PD-1 수용체에 결합하며 리간드 결합을 억제하고 면역계를 상향-조절하는데 있어서 전체 항체와 유사한 기능적 특성을 나타내는 항원-결합 부분 또는 단편을 포함한다. 특정 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 인간 PD-1에의 결합에 대해 니볼루맙과 교차-경쟁한다.

일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 0.1 mg/kg 내지 20.0 mg/kg 체중 범위의 용량으로 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8주마다 1회, 예를 들어 0.1 mg/kg 내지 10.0 mg/kg 체중 범위의 용량으로 2, 3, 또는 4주마다 1회 투여된다. 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 2 mg/kg, 약 3 mg/kg, 약 4 mg/kg, 약 5 mg/kg, 약 6 mg/kg, 약 7 mg/kg, 약 8 mg/kg, 약 9 mg/kg, 또는 10 mg/kg 체중의 용량으로 2주마다 1회 투여된다. 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 2 mg/kg, 약 3 mg/kg, 약 4 mg/kg, 약 5 mg/kg, 약 6 mg/kg, 약 7 mg/kg, 약 8 mg/kg, 약 9 mg/kg, 또는 10 mg/kg 체중의 용량으로 3주마다 1회 투여된다. 한 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 5 mg/kg 체중의 용량으로 3주마다 약 1회 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체, 예를 들어, 니볼루맙은 약 3 mg/kg 체중의 용량으로 2주마다 약 1회 투여된다. 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체, 예를 들어, 펨브롤리주맙은 약 2 mg/kg 체중의 용량으로 3주마다 약 1회 투여된다.

본 개시내용에 유용한 항-PD-1 항체는 균일 용량으로 투여될 수 있다. 한 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 적어도 약 200 mg, 적어도 약 220 mg, 적어도 약 240 mg, 적어도 약 260 mg, 적어도 약 280 mg, 적어도 약 300 mg, 적어도 약 320 mg, 적어도 약 340 mg, 적어도 약 360 mg, 적어도 약 380 mg, 적어도 약 400 mg, 적어도 약 420 mg, 적어도 약 440 mg, 적어도 약 460 mg, 적어도 약 480 mg, 적어도 약 500 mg, 또는 적어도 약 550 mg의 균일 용량으로, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10주의 투여 간격으로 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 200 mg 내지 약 800 mg, 약 200 mg 내지 약 700 mg, 약 200 mg 내지 약 600 mg, 약 200 mg 내지 약 500 mg의 균일 용량으로, 약 1, 2, 3, 또는 4주의 투여 간격으로 투여된다.

일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 200 mg의 균일 용량으로 3주마다 약 1회 투여된다. 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 240 mg의 균일 용량으로 2주마다 약 1회 투여된다. 특정 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 480 mg의 균일 용량으로 4주마다 약 1회 투여된다.

개시내용에 유용한 항-PD-L1 항체

관련 기술분야에 공지된 항-PD-L1 항체는 본 개시내용의 조성물 및 방법에서 사용될 수 있다. 본 개시내용의 조성물 및 방법에 유용한 항-PD-L1 항체의 예는 미국 특허 번호 9,580,507에 개시된 항체를 포함한다. 미국 특허 번호 9,580,507에 개시된 항-PD-L1 인간 모노클로날 항체는 하기 특징 중 1종 이상을 나타내는 것으로 입증되었다: (a) 비아코어 바이오센서 시스템을 사용하여 표면 플라즈몬 공명에 의해 결정된 바와 같이, 1 x 10^-7 M 이하의 K_D로 인간 PD-L1에 결합함; (b) 혼합 림프구 반응 (MLR) 검정에서 T-세포 증식을 증가시킴; (c) MLR 검정에서 인터페론-γ 생산을 증가시킴; (d) MLR 검정에서 IL-2 분비를 증가시킴; (e) 항체 반응을 자극함; 및 (f) T 세포 이펙터 세포 및/또는 수지상 세포에 대한 T 조절 세포의 효과를 역전시킴. 본 개시내용에서 사용가능한 항-PD-L1 항체는 인간 PD-L1에 특이적으로 결합하고 상기 특징 중 적어도 1개, 일부 실시양태에서, 적어도 5개를 나타내는 모노클로날 항체를 포함한다.

특정 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 BMS-936559 (또한 12A4, MDX-1105로도 공지됨; 예를 들어, 미국 특허 번호 7,943,743 및 WO 2013/173223 참조), 아테졸리주맙 (로슈(Roche); 또한 테센트릭(TECENTRIQ)®으로도 공지됨; MPDL3280A, RG7446; US 8,217,149 참조; 또한, 문헌 [Herbst et al. (2013) J Clin Oncol 31(suppl):3000] 참조), 두르발루맙 (아스트라제네카; 또한 임핀지(IMFINZI)™, MEDI-4736으로도 공지됨; WO 2011/066389 참조), 아벨루맙 (화이자(Pfizer); 또한 바벤시오(BAVENCIO)®, MSB-0010718C로도 공지됨; WO 2013/079174 참조), STI-1014 (소렌토; WO2013/181634 참조), CX-072 (Cytomx; WO2016/149201 참조), KN035 (3D 메드/알파맙(Med/Alphamab); 문헌 [Zhang et al., Cell Discov. 7:3 (March 2017)] 참조), LY3300054 (일라이 릴리 캄파니(Eli Lilly Co.); 예를 들어, WO 2017/034916 참조), 및 CK-301 (체크포인트 테라퓨틱스(Checkpoint Therapeutics); 문헌 [Gorelik et al., AACR:Abstract 4606 (Apr 2016)] 참조)로 이루어진 군으로부터 선택된다.

특정 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙 (테센트릭®)이다. 아테졸리주맙은 완전 인간화 IgG1 모노클로날 항-PD-L1 항체이다.

특정 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 두르발루맙 (임핀지™)이다. 두르발루맙은 인간 IgG1 카파 모노클로날 항-PD-L1 항체이다.

특정 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 아벨루맙 (바벤시오®)이다. 아벨루맙은 인간 IgG1 람다 모노클로날 항-PD-L1 항체이다.

또한 개시된 조성물 및 방법에서 사용가능한 항-PD-L1 항체는, 인간 PD-L1에 특이적으로 결합하고 인간 PD-L1에의 결합에 대해 본원에 개시된 임의의 항-PD-L1 항체, 예를 들어 아테졸리주맙, 두르발루맙, 및/또는 아벨루맙과 교차-경쟁하는 단리된 항체를 포함한다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 본원에 기재된 항-PD-L1 항체 중 임의의 것, 예를 들어 아테졸리주맙, 두르발루맙, 및/또는 아벨루맙과 동일한 에피토프에 결합한다. 항체가 항원에의 결합에 대해 교차-경쟁하는 능력은 이들 항체가 항원의 동일한 에피토프 영역에 결합하고 그러한 특정한 에피토프 영역에 대한 다른 교차-경쟁 항체의 결합을 입체적으로 방해한다는 것을 나타낸다. 이들 교차-경쟁 항체는 PD-L1의 동일한 에피토프 영역에 대한 그의 결합에 있어서 참조 항체, 예를 들어 아테졸리주맙 및/또는 아벨루맙과 매우 유사한 기능적 특성을 갖는 것으로 예상된다. 교차-경쟁 항체는 표준 PD-L1 결합 검정, 예컨대 비아코어 분석, ELISA 검정 또는 유동 세포측정법에서 아테졸리주맙 및/또는 아벨루맙과 교차-경쟁하는 그의 능력에 기초하여 용이하게 확인될 수 있다 (예를 들어, WO 2013/173223 참조).

특정 실시양태에서, 인간 PD-L1에의 결합에 대해 인간 PD-L1 항체, 아테졸리주맙, 두르발루맙, 및/또는 아벨루맙과 교차-경쟁하거나, 또는 그와 동일한 에피토프 영역에 결합하는 항체는 모노클로날 항체이다. 인간 대상체에 대한 투여의 경우, 이들 교차-경쟁 항체는 키메라 항체, 조작된 항체, 또는 인간화 또는 인간 항체이다. 이러한 키메라, 조작된, 인간화 또는 인간 모노클로날 항체는 관련 기술분야에 널리 공지된 방법에 의해 제조 및 단리될 수 있다.

또한 개시내용의 조성물 및 방법에서 사용가능한 항-PD-L1 항체는 상기 항체의 항원-결합 부분을 포함한다. 항체의 항원-결합 기능이 전장 항체의 단편에 의해 수행될 수 있다는 것은 충분히 입증되었다.

개시된 조성물 및 방법에서 사용하는데 적합한 항-PD-L1 항체는, PD-L1에 높은 특이성 및 친화도로 결합하고, PD-1의 결합을 차단하고, PD-1 신호전달 경로의 면역억제 효과를 억제하는 항체이다. 본원에 개시된 조성물 또는 방법 중 임의의 것에서, 항-PD-L1 "항체"는, PD-L1에 결합하며 수용체 결합을 억제하고 면역계를 상향-조절하는데 있어서 전체 항체와 유사한 기능적 특성을 나타내는 항원-결합 부분 또는 단편을 포함한다. 특정 실시양태에서, 항-PD-L1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 인간 PD-L1에의 결합에 대해 아테졸리주맙, 두르발루맙, 및/또는 아벨루맙과 교차-경쟁한다.

본 개시내용에 유용한 항-PD-L1 항체는 PD-L1에 특이적으로 결합하는 임의의 항-PD-L1 항체, 예를 들어 인간 PD-1에의 결합에 대해 두르발루맙, 아벨루맙, 또는 아테졸리주맙과 교차-경쟁하는 항체, 예를 들어 두르발루맙, 아벨루맙, 또는 아테졸리주맙과 동일한 에피토프에 결합하는 항체일 수 있다. 특정한 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 두르발루맙이다. 다른 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 아벨루맙이다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙이다.

일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 약 0.1 mg/kg 내지 약 20.0 mg/kg 체중, 약 2 mg/kg, 약 3 mg/kg, 약 4 mg/kg, 약 5 mg/kg, 약 6 mg/kg, 약 7 mg/kg, 약 8 mg/kg, 약 9 mg/kg, 약 10 mg/kg, 약 11 mg/kg, 약 12 mg/kg, 약 13 mg/kg, 약 14 mg/kg, 약 15 mg/kg, 약 16 mg/kg, 약 17 mg/kg, 약 18 mg/kg, 약 19 mg/kg, 또는 약 20 mg/kg 범위의 용량으로 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8주마다 약 1회 투여된다.

일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 약 15 mg/kg 체중의 용량으로 3주마다 약 1회 투여된다. 다른 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 약 10 mg/kg 체중의 용량으로 2주마다 약 1회 투여된다.

다른 실시양태에서, 본 개시내용에 유용한 항-PD-L1 항체는 균일 용량이다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 적어도 약 240 mg, 적어도 약 300 mg, 적어도 약 320 mg, 적어도 약 400 mg, 적어도 약 480 mg, 적어도 약 500 mg, 적어도 약 560 mg, 적어도 약 600 mg, 적어도 약 640 mg, 적어도 약 700 mg, 적어도 720 mg, 적어도 약 800 mg, 적어도 약 880 mg, 적어도 약 900 mg, 적어도 960 mg, 적어도 약 1000 mg, 적어도 약 1040 mg, 적어도 약 1100 mg, 적어도 약 1120 mg, 적어도 약 1200 mg, 적어도 약 1280 mg, 적어도 약 1300 mg, 적어도 약 1360 mg, 또는 적어도 약 1400 mg의 균일 용량으로, 약 1, 2, 3, 또는 4주의 투여 간격으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 약 1200 mg의 균일 용량으로 3주마다 약 1회 투여된다. 다른 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 약 800 mg의 균일 용량으로 2주마다 약 1회 투여된다.

항-CTLA-4 항체

본 개시내용의 특정 측면은 높은 종양 돌연변이 부담 (TMB) 상태를 갖는 종양을 앓고 있는 대상체에게 항-CTLA-4 항체를 포함하는 면역요법을 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 치료하는 방법에 관한 것이다. 상기 방법은 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 추가로 포함할 수 있다. 추가적으로, 개시내용은, 예를 들어 높은 TMB의 측정에 기초하여, 항-CTLA-4 항체를 이러한 요법에 적합한 것으로 확인된 대상체에게 투여하는 것을 고려한다.

관련 기술분야에 공지된 항-CTLA-4 항체가 본 개시내용의 조성물 및 방법에 사용될 수 있다. 본 개시내용의 항-CTLA-4 항체는 인간 CTLA-4에 결합하여 CTLA-4와 인간 B7 수용체의 상호작용을 파괴할 수 있다. CTLA-4와 B7의 상호작용은 CTLA-4 수용체를 보유하는 T-세포의 불활성화를 일으키는 신호를 전달하기 때문에, 상호작용의 파괴는 이러한 T 세포의 활성화를 효과적으로 유도, 증진 또는 연장시킴으로써, 면역 반응을 유도, 증진 또는 연장시킨다.

높은 친화도로 CTLA-4에 특이적으로 결합하는 인간 모노클로날 항체가 미국 특허 번호 6,984,720에 개시되어 있다. 다른 항-CTLA-4 모노클로날 항체는, 예를 들어 미국 특허 번호 5,977,318, 6,051,227, 6,682,736, 및 7,034,121 및 국제 공개 번호 WO 2012/122444, WO 2007/113648, WO 2016/196237, 및 WO 2000/037504에 기재되어 있고, 이들 각각은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다. 미국 특허 번호 번호 6,984,720에 개시된 항-CTLA-4 인간 모노클로날 항체는 하기 특징 중 1종 이상을 나타내는 것으로 입증되었다: (a) 비아코어 분석에 의해 결정된 바와 같이, 적어도 약 10⁷ M^-1, 또는 약 10⁹ M^-1, 또는 약 10¹⁰ M^-1 내지 10¹¹ M^-1 또는 그 초과의 평형 회합 상수 (K_a)에 의해 반영되는 결합 친화도로 인간 CTLA-4에 특이적으로 결합함; (b) 적어도 약 10³, 약 10⁴, 또는 약 10⁵ m^-1 s^-1의 동역학적 회합 상수 (k_a); (c) 적어도 약 10³, 약 10⁴, 또는 약 10⁵ m^-1 s^-1의 동역학적 해리 상수 (k_d); 및 (d) CTLA-4의 B7-1 (CD80) 및 B7-2 (CD86)에 대한 결합을 억제함. 본 개시내용에 유용한 항-CTLA-4 항체는 인간 CTLA-4에 특이적으로 결합하고 상기 특징 중 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개를 나타내는 모노클로날 항체를 포함한다.

특정 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 이필리무맙 (또한 예르보이(YERVOY)®, MDX-010, 10D1로도 공지됨; 미국 특허 번호 6,984,720 참조), MK-1308 (머크), AGEN-1884 (아제누스 인크.; WO 2016/196237 참조), 및 트레멜리무맙 (아스트라제네카; 또한 티실리무맙, CP-675,206으로도 공지됨; WO 2000/037504 및 문헌 [Ribas, Update Cancer Ther. 2(3): 133-39 (2007)] 참조)으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 특정한 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 이필리무맙이다.

특정한 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 본원에 개시된 조성물 및 방법에 사용하기 위한 이필리무맙이다. 이필리무맙은 CTLA-4의 그의 B7 리간드에의 결합을 차단함으로써 T 세포 활성화를 자극하고 진행성 흑색종을 갖는 환자의 전체 생존 (OS)을 개선시키는 완전 인간 IgG1 모노클로날 항체이다.

특정한 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 트레멜리무맙이다.

특정한 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 MK-1308이다.

특정한 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 AGEN-1884이다.

또한 개시된 조성물 및 방법에서 사용가능한 항-CTLA-4 항체는, 인간 CTLA-4에 특이적으로 결합하고 인간 CTLA-4에의 결합에 대해 본원에 개시된 임의의 항-CTLA-4 항체, 예를 들어 이필리무맙 및/또는 트레멜리무맙과 교차-경쟁하는 단리된 항체를 포함한다. 일부 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 본원에 기재된 항-CTLA-4 항체 중 임의의 것, 예를 들어 이필리무맙 및/또는 트레멜리무맙과 동일한 에피토프에 결합한다. 항체가 항원에의 결합에 대해 교차-경쟁하는 능력은 이들 항체가 항원의 동일한 에피토프 영역에 결합하고 그러한 특정한 에피토프 영역에 대한 다른 교차-경쟁 항체의 결합을 입체적으로 방해한다는 것을 나타낸다. 이들 교차-경쟁 항체는 CTLA-4의 동일한 에피토프 영역에 대한 그의 결합에 있어서 참조 항체, 예를 들어 이필리무맙 및/또는 트레멜리무맙과 매우 유사한 기능적 특성을 갖는 것으로 예상된다. 교차-경쟁 항체는 표준 CTLA-4 결합 검정, 예컨대 비아코어 분석, ELISA 검정 또는 유동 세포측정법에서 이필리무맙 및/또는 트레멜리무맙과 교차-경쟁하는 그의 능력에 기초하여 용이하게 확인될 수 있다 (예를 들어, WO 2013/173223 참조).

특정 실시양태에서, 인간 CTLA-4에의 결합에 대해 인간 CTLA-4 항체, 이필리무맙 및/또는 트레멜리무맙과 교차-경쟁하거나, 또는 그와 동일한 에피토프 영역에 결합하는 항체는 모노클로날 항체이다. 인간 대상체에 대한 투여의 경우, 이들 교차-경쟁 항체는 키메라 항체, 조작된 항체, 또는 인간화 또는 인간 항체이다. 이러한 키메라, 조작된, 인간화 또는 인간 모노클로날 항체는 관련 기술분야에 널리 공지된 방법에 의해 제조 및 단리될 수 있다.

또한 개시내용의 조성물 및 방법에서 사용가능한 항-CTLA-4 항체는 상기 항체의 항원-결합 부분을 포함한다. 항체의 항원-결합 기능이 전장 항체의 단편에 의해 수행될 수 있다는 것은 충분히 입증되었다.

개시된 방법 또는 조성물에서 사용하는데 적합한 항-CTLA-4 항체는, CTLA-4에 높은 특이성 및 친화도로 결합하고, CTLA-4의 활성을 차단하고, CTLA-4와 인간 B7 수용체의 상호작용을 파괴시키는 항체이다. 본원에 개시된 조성물 또는 방법 중 임의의 것에서, 항-CTLA-4 "항체"는, CTLA-4에 결합하며 CTLA-4와 인간 B7 수용체의 상호작용을 억제하고 면역계를 상향-조절하는데 있어서 전체 항체와 유사한 기능적 특성을 나타내는 항원-결합 부분 또는 단편을 포함한다. 특정 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 인간 CTLA-4에의 결합에 대해 이필리무맙 및/또는 트레멜리무맙과 교차-경쟁한다.

일부 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 0.1 mg/kg 내지 10.0 mg/kg 체중 범위의 용량으로 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 1 mg/kg 또는 3 mg/kg 체중의 용량으로 3, 4, 5, 또는 6주마다 1회 투여된다. 한 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 3 mg/kg 체중의 용량으로 2주마다 1회 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 1 mg/kg 체중의 용량으로 6주마다 1회 투여된다.

일부 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 균일 용량으로 투여된다. 한 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 적어도 약 200 mg, 적어도 약 220 mg, 적어도 약 240 mg, 적어도 약 260 mg, 적어도 약 280 mg, 적어도 약 300 mg, 적어도 약 320 mg, 적어도 약 340 mg, 적어도 약 360 mg, 적어도 약 380 mg, 적어도 약 400 mg, 적어도 약 420 mg, 적어도 약 440 mg, 적어도 약 460 mg, 적어도 약 480 mg, 적어도 약 500 mg, 또는 적어도 약 550 mg의 균일 용량으로 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 균일 용량으로 1, 2, 3, 4, 5, ,6, 7, 또는 8주마다 약 1회 투여된다.

항-LAG-3 항체

본 개시내용의 특정 측면은 높은 TMB 상태를 갖는 종양을 앓고 있는 대상체에게 항-LAG-3 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 포함하는 면역요법을 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 치료하는 방법에 관한 것이다. 상기 방법은 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 추가로 포함할 수 있다. 추가적으로, 개시내용은, 예를 들어 높은 TMB의 측정에 기초하여, 항-LAG-3 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 이러한 요법에 적합한 것으로 확인된 대상체에게 투여하는 것을 고려한다.

본 개시내용의 항-LAG-3 항체는 인간 LAG-3에 결합한다. LAG-3에 결합하는 항체는 국제 공개 번호 WO/2015/042246 및 미국 공개 번호 2014/0093511 및 2011/0150892에 개시되어 있다. 본 개시내용에 유용한 예시적인 LAG-3 항체는 25F7이다 (미국 공개 번호 2011/0150892에 기재됨). 본 개시내용에 유용한 추가의 예시적인 LAG-3 항체는 BMS-986016이다. 한 실시양태에서, 조성물에 유용한 항-LAG-3 항체는 25F7 또는 BMS-986016과 교차-경쟁한다. 또 다른 실시양태에서, 조성물에 유용한 항-LAG-3 항체는 25F7 또는 BMS-986016과 동일한 에피토프에 결합한다. 다른 실시양태에서, 항-LAG-3 항체는 25F7 또는 BMS-986016의 6개의 CDR을 포함한다.

항-CD137 항체

본 개시내용의 특정 측면은 높은 TMB 상태를 갖는 종양을 앓고 있는 대상체에게 항-CD137 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 포함하는 면역요법을 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 치료하는 방법에 관한 것이다. 상기 방법은 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 추가로 포함할 수 있다. 추가적으로, 개시내용은, 예를 들어 높은 TMB의 측정에 기초하여, 항-CD137 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 이러한 요법에 적합한 것으로 확인된 대상체에게 투여하는 것을 고려한다.

항-CD137 항체는 종양 세포에 대한 면역 반응, 특히 세포독성 T 세포 반응을 자극하는 CD137-발현 면역 세포에 특이적으로 결합하여 이를 활성화한다. CD137에 결합하는 항체는 미국 공개 번호 2005/0095244 및 미국 특허 번호 7,288,638, 6,887,673, 7,214,493, 6,303,121, 6,569,997, 6,905,685, 6,355,476, 6,362,325, 6,974,863, 및 6,210,669에 개시되어 있다.

일부 실시양태에서, 항-CD137 항체는 미국 특허 번호 7,288,638에 기재된 우렐루맙 (BMS-663513) (20H4.9-IgG4 [10C7 또는 BMS-663513])이다. 일부 실시양태에서, 항-CD137 항체는 미국 특허 번호 7,288,638에 기재된 BMS-663031 (20H4.9-IgG1)이다. 일부 실시양태에서, 항-CD137 항체는 미국 특허 번호 6,887,673에 기재된 4E9 또는 BMS-554271이다. 일부 실시양태에서, 항-CD137 항체는 미국 특허 번호 7,214,493; 6,303,121; 6,569,997; 6,905,685; 또는 6,355,476에 개시된 항체이다. 일부 실시양태에서, 항-CD137 항체는 미국 특허 번호 6,362,325에 기재된 1D8 또는 BMS-469492; 3H3 또는 BMS-469497; 또는 3E1이다. 일부 실시양태에서, 항-CD137 항체는 허여된 미국 특허 번호 6,974,863에 개시된 항체 (예컨대 53A2)이다. 일부 실시양태에서, 항-CD137 항체는 허여된 미국 특허 번호 6,210,669에 개시된 항체 (예컨대 1D8, 3B8, 또는 3E1)이다. 일부 실시양태에서, 항체는 화이자의 PF-05082566 (PF-2566)이다. 다른 실시양태에서, 개시내용에 유용한 항-CD137 항체는 본원에 개시된 항-CD137 항체와 교차-경쟁한다. 일부 실시양태에서, 항-CD137 항체는 본원에 개시된 항-CD137 항체와 동일한 에피토프에 결합한다. 다른 실시양태에서, 개시내용에 유용한 항-CD137 항체는 본원에 개시된 항-CD137 항체의 6개의 CDR을 포함한다.

항-KIR 항체

본 개시내용의 특정 측면은 높은 TMB 상태를 갖는 종양을 앓고 있는 대상체에게 항-KIR 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 포함하는 면역요법을 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 치료하는 방법에 관한 것이다. 상기 방법은 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 추가로 포함할 수 있다. 추가적으로, 개시내용은, 예를 들어 높은 TMB의 측정에 기초하여, 항-KIR 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 이러한 요법에 적합한 것으로 확인된 대상체에게 투여하는 것을 고려한다.

킬러-세포 이뮤노글로불린-유사 수용체 (KIR)에 특이적으로 결합하는 항체는 NK 세포 상의 KIR과 그의 리간드 사이의 상호작용을 차단한다. 이들 수용체의 차단은 NK 세포 활성화, 및 잠재적으로 그로 인한 종양 세포의 파괴를 용이하게 한다. 항-KIR 항체의 예는 국제 공개 번호 WO/2014/055648, WO 2005/003168, WO 2005/009465, WO 2006/072625, WO 2006/072626, WO 2007/042573, WO 2008/084106, WO 2010/065939, WO 2012/071411 및 WO/2012/160448에 개시되어 있다.

본 개시내용에 유용한 하나의 항-KIR 항체는 국제 공개 번호 WO 2008/084106에 처음 기재된 리릴루맙 (또한 BMS-986015, IPH2102, 또는 1-7F9의 S241P 변이체로도 지칭됨)이다. 본 개시내용에 유용한 추가의 항-KIR 항체는 국제 공개 번호 WO 2006/003179에 기재된 1-7F9 (또한 IPH2101로도 지칭됨)이다. 한 실시양태에서, 본 조성물을 위한 항-KIR 항체는 KIR에의 결합에 대해 리릴루맙 또는 I-7F9와 교차 경쟁한다. 또 다른 실시양태에서, 항-KIR 항체는 리릴루맙 또는 I-7F9와 동일한 에피토프에 결합한다. 다른 실시양태에서, 항-KIR 항체는 리릴루맙 또는 I-7F9의 6개의 CDR을 포함한다.

항-GITR 항체

본 개시내용의 특정 측면은 높은 TMB 상태를 갖는 종양을 앓고 있는 대상체에게 항-GITR 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 포함하는 면역요법을 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 치료하는 방법에 관한 것이다. 상기 방법은 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 추가로 포함할 수 있다. 추가적으로, 개시내용은, 예를 들어 높은 TMB의 측정에 기초하여, 항-GITR 항체 또는 그의 항원-결합 부분을 이러한 요법에 적합한 것으로 확인된 대상체에게 투여하는 것을 고려한다.

항-글루코코르티코이드-유도된 종양 괴사 인자 수용체 (GITR) 항체는 인간 GITR 표적에 특이적으로 결합하고 GITR를 활성화시키는 임의의 항-GITR 항체일 수 있다. GITR은 조절 T 세포, 이펙터 T 세포, B 세포, 자연 킬러 (NK) 세포, 및 활성화된 수지상 세포를 포함한 다중 유형의 면역 세포의 표면 상에서 발현되는 TNF 수용체 슈퍼패밀리의 구성원이다 ("항-GITR 효능제 항체"). 구체적으로, GITR 활성화는 이펙터 T 세포의 증식 및 기능을 증가시킬 뿐만 아니라, 활성화된 T 조절 세포에 의해 유도된 억제를 제거한다. 또한, GITR 자극은 다른 면역 세포, 예컨대 NK 세포, 항원 제시 세포, 및 B 세포의 활성을 증가시킴으로써 항종양 면역을 촉진한다. 항-GITR 항체의 예는 국제 공개 번호 WO/2015/031667, WO2015/184,099, WO2015/026,684, WO11/028683 및 WO/2006/105021, 미국 특허 번호 7,812,135 및 8,388,967 및 미국 공개 번호 2009/0136494, 2014/0220002, 2013/0183321 및 2014/0348841에 개시되어 있다.

한 실시양태에서, 본 개시내용에 유용한 항-GITR 항체는 TRX518이다 (예를 들어, 문헌 [Schaer et al. Curr Opin Immunol. (2012) Apr; 24(2): 217-224], 및 WO/2006/105021에 기재됨). 또 다른 실시양태에서, 항-GITR 항체는 MK4166, MK1248, 및 WO11/028683 및 미국 8,709,424에 기재되어 있고 예를 들어 서열식별번호: 104를 포함하는 VH 쇄 및 서열식별번호: 105를 포함하는 VL 쇄 (여기서 서열식별번호는 WO11/028683 또는 미국 8,709,424로부터의 것임)를 포함하는 항체로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 항-GITR 항체는 WO2015/031667에 개시된 항-GITR 항체, 예를 들어 각각 WO2015/031667의 서열식별번호: 31, 71 및 63을 포함하는 VH CDR 1-3, 및 WO2015/031667의 서열식별번호: 5, 14 및 30을 포함하는 VL CDR 1-3을 포함하는 항체이다. 특정 실시양태에서, 항-GITR 항체는 WO2015/184099에 개시된 항-GITR 항체, 예를 들어, 항체 Hum231#1 또는 Hum231#2, 또는 그의 CDR, 또는 그의 유도체 (예를 들어, pab1967, pab1975 또는 pab1979)이다. 특정 실시양태에서, 항-GITR 항체는 JP2008278814, WO09/009116, WO2013/039954, US20140072566, US20140072565, US20140065152, 또는 WO2015/026684에 개시된 항-GITR 항체이거나, 또는 INBRX-110 (INHIBRx), LKZ-145 (노파르티스), 또는 MEDI-1873 (메드이뮨(MedImmune))이다. 특정 실시양태에서, 항-GITR 항체는 PCT/US2015/033991에 기재된 항-GITR 항체 (예를 들어, 28F3, 18E10 또는 19D3의 가변 영역을 포함하는 항체)이다. 예를 들어, 항-GITR 항체는 하기 VH 및 VL 쇄 또는 그의 CDR을 포함하는 항체일 수 있다:

특정 실시양태에서, 한 쌍의 상기 VH 및 VL 경쇄, 또는 그의 CDR을 포함하는 항체는 야생형이거나 예를 들어 무이펙터로 돌연변이된 IgG1 이소형의 중쇄 불변 영역을 포함한다. 한 실시양태에서, 항-GITR 항체는 하기 중쇄 및 경쇄 아미노산 서열을 포함한다:

중쇄:

, 및

경쇄:

, 또는

중쇄:

, 및

경쇄:

.

특정 실시양태에서, 항-GITR 항체는 본원에 기재된 항-GITR 항체, 예를 들어 TRX518, MK4166 또는 본원에 기재된 VH 도메인 및 VL 도메인 아미노산 서열을 포함하는 항체와 교차 경쟁한다. 일부 실시양태에서, 항-GITR 항체는 본원에 기재된 항-GITR 항체, 예를 들어 TRX518, MK4166 또는 본원에 기재된 VH 도메인 및 VL 도메인 아미노산 서열을 포함하는 항체와 동일한 에피토프에 결합한다. 특정 실시양태에서, 항-GITR 항체는 TRX518, MK4166의 6개의 CDR 또는 본원에 기재된 VH 도메인 및 VL 도메인 아미노산 서열을 포함하는 항체의 것을 포함한다.

추가의 항체

일부 실시양태에서, 면역요법은 항-TGFβ 항체를 포함한다. 특정 실시양태에서, 항-TGFβ 항체는 국제 공개 번호 WO/2009/073533에 개시된 항-TGFβ 항체이다.

일부 실시양태에서, 면역요법은 항-IL-10 항체를 포함한다. 특정 실시양태에서, 항-IL-10 항체는 국제 공개 번호 WO/2009/073533에 개시된 항-IL-10 항체이다.

일부 다른 실시양태에서, 면역요법은 항-B7-H4 항체를 포함한다. 특정 실시양태에서, 항-B7-H4 항체는 국제 공개 번호 WO/2009/073533에 개시된 항-B7-H4 항체이다.

특정 실시양태에서, 면역요법은 항-Fas 리간드 항체를 포함한다. 특정 실시양태에서, 항-Fas 리간드 항체는 국제 공개 번호 WO/2009/073533에 개시된 항-Fas 리간드 항체이다.

일부 실시양태에서, 면역요법은 항-CXCR4 항체를 포함한다. 특정 실시양태에서, 항-CXCR4 항체는 미국 공개 번호 2014/0322208에 개시된 항-CXCR4 항체 (예를 들어, 울로쿠플루맙 (BMS-936564))이다.

일부 실시양태에서 면역요법은 항-메소텔린 항체를 포함한다. 특정 실시양태에서, 항-메소텔린 항체는 미국 특허 번호 8,399,623에 개시된 항-메소텔린 항체이다.

일부 실시양태에서, 면역요법은 항-HER2 항체를 포함한다. 특정 실시양태에서, 항-HER2 항체는 헤르셉틴 (미국 특허 번호 5,821,337), 트라스투주맙, 또는 아도-트라스투주맙 엠탄신 (카드실라, 예를 들어, WO/2001/000244)이다.

실시양태에서, 면역요법은 항-CD27 항체를 포함한다. 실시양태에서, 항-CD-27 항체는, 예를 들어 미국 특허 번호 9,169,325에 개시된 바와 같은, 인간 CD27에 대한 효능제인 인간 IgG1 항체인 바를리루맙 (또한 "CDX-1127" 및 "1F5"로도 공지됨)이다.

일부 실시양태에서, 면역요법은 항-CD73 항체를 포함한다. 특정 실시양태에서, 항-CD73 항체는 CD73.4.IgG2C219S.IgG1.1f이다.

일부 실시양태에서, 면역요법은 항-MICA 항체를 포함한다. 본원에 사용된 항-MICA 항체는 MHC 부류 I 폴리펩티드-관련 서열 A에 특이적으로 결합하는 항체 또는 그의 항원 결합 단편이다. 일부 실시양태에서, 항-MICA 항체는 MICA에 더하여 MICB에도 결합한다. 일부 실시양태에서, 항-MICA 항체는 막 결합된 MICA의 절단 및 가용성 MICA의 방출을 억제한다. 특정 실시양태에서, 항-MICA 항체는 미국 공개 번호 2014/004112 A1, 미국 공개 번호 2016/046716 A1, 또는 미국 공개 번호 2017/022275 A1에 개시된 항-MICA 항체이다.

일부 실시양태에서, 면역요법은 항-TIM3 항체를 포함한다. 본원에 사용된 항-T-세포 이뮤노글로불린 및 뮤신-도메인 함유-3 (TIM3) 항체는 또한 A형 간염 바이러스 세포 수용체 2 (HAVCR2)로도 공지된 TIM3에 특이적으로 결합하는 항체 또는 그의 항원 결합 단편이다. 일부 실시양태에서, 항-TIM3 항체는 면역 반응, 예를 들어, 항원-특이적 T 세포 반응을 자극할 수 있다. 일부 실시양태에서, 항-TIM3 항체는 가용성 또는 막 결합된 인간 또는 시노 TIM3에 결합한다. 특정 실시양태에서, 항-TIM3 항체는 그 전문이 본원에 참조로 포함되는 국제 공개 번호 WO/2018/013818에 개시된 항-TIM3 항체이다.

일부 실시양태에서, 방법은 2종 이상의 항체를 포함하는 조합 요법을 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 2종 이상의 항체는 PD-1, PD-L1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM3, NKG2a, OX40, ICOS, MICA, CD137, KIR, TGFβ, IL-10, IL-8, B7-H4, Fas 리간드, CXCR4, 메소텔린, CD27, GITR로 이루어진 군으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 조합 요법은 항-PD-1 항체 및 항-CTLA-4 항체의 조합물을 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조합 요법은 항-PD-L1 항체 및 항-CTLA-4 항체의 조합물을 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조합 요법은 항-PD-L1 항체 및 항-LAG3 항체의 조합물을 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조합 요법은 항-PD-L1 항체 및 항-TIM3 항체의 조합물을 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조합 요법은 항-PD-L1 항체 및 항-GITR 항체의 조합물을 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조합 요법은 항-PD-L1 항체 및 항-MICA 항체의 조합물을 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조합 요법은 항-PD-L1 항체 및 항-CD137 항체의 조합물을 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조합 요법은 항-PD-L1 항체 및 항-CD27 항체의 조합물을 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조합 요법은 항-PD-L1 항체 및 항-CXCR4 항체의 조합물을 투여하는 것을 포함한다.

시토카인

일부 실시양태에서, 방법은 항체 및 시토카인을 포함하는 조합 요법을 투여하는 것을 포함한다. 시토카인은 관련 기술분야에 공지된 임의의 시토카인 또는 그의 변이체일 수 있다. 일부 실시양태에서, 시토카인은 인터류킨-2 (IL-2), IL-1β, IL-6, TNF-α, RANTES, 단핵구 화학유인물질 단백질 (MCP-1), 단핵구 염증성 단백질 (MIP-1α 및 MIP-1β), IL-8, 림포탁틴, 프랙탈카인, IL-1, IL-4, IL-10, IL-11, IL-13, LIF, 인터페론-알파, TGF-베타, 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 시토카인은 CD122 효능제이다. 특정 실시양태에서, 시토카인은 IL-2 또는 그의 변이체를 포함한다.

일부 실시양태에서, 시토카인은 야생형 시토카인 아미노산 서열에 비해 1개 이상의 아미노산 치환, 결실 또는 삽입을 포함한다. 일부 실시양태에서, 시토카인은 야생형 시토카인의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 아미노산이 치환된 아미노산 서열을 포함한다.

일부 실시양태에서, 시토카인은, 예를 들어 활성 및/또는 반감기를 증가시키기 위해 변형된다. 특정 실시양태에서, 시토카인은 이종 모이어티를 시토카인에 융합시키는 것을 통해 변형된다. 이종 모이어티는 폴리펩티드, 중합체, 소분자, 뉴클레오티드, 또는 그의 단편 또는 유사체를 포함한 임의의 구조일 수 있다. 특정 실시양태에서, 이종 모이어티는 폴리펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 이종 모이어티는 알부민 또는 그의 단편, 알부민-결합 폴리펩티드 (ABP), XTEN, Fc, PAS, 인간 융모성 고나도트로핀의 β 서브유닛의 C-말단 펩티드 (CTP), 또는 그의 임의의 조합을 포함한다.

특정 실시양태에서, 시토카인은 시토카인과 중합체의 융합을 통해 변형된다. 일부 실시양태에서, 중합체는 폴리에틸렌 글리콜 (PEG), 폴리프로필렌 글리콜 (PPG), 히드록시에틸 스타치 (HES), 또는 그의 임의의 조합을 포함한다. 본원에 사용된 "PEG" 또는 "폴리에틸렌 글리콜"은 임의의 수용성 폴리(에틸렌 옥시드)를 포괄하는 것으로 의도된다. 달리 나타내지 않는 한, "PEG 중합체" 또는 폴리에틸렌 글리콜은 실질적으로 모든 (바람직하게는 모든) 단량체 서브유닛이 에틸렌 옥시드 서브유닛인 것이지만, 중합체는, 예를 들어 접합을 위해, 별개의 말단 캡핑 모이어티 또는 관능기를 함유할 수 있다. 본 개시내용에 사용하기 위한 PEG 중합체는, 예를 들어 합성 변환 동안 말단 산소(들)가 대체되었는지 여부에 따라, 하기 2개의 구조 중 1개를 포함할 것이다: "-(CH₂CH₂0)_n-n 또는 "-(CH₂CH₂0)_n-1CH₂CH₂-". 상기 언급된 바와 같이, PEG 중합체의 경우, 가변기 (n)는 약 3 내지 4000의 범위이고, 전체 PEG의 말단 기 및 아키텍처는 달라질 수 있다.

일부 실시양태에서, 본 개시내용의 방법은 높은 TMB 상태를 갖는 대상체에게 항체 및 CD122 효능제를 포함하는 면역요법을 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 면역요법은 (1) 항-PD-1 항체, 항-CTLA-4 항체, 항-CTLA-4 항체, 또는 그의 임의의 조합 및 (2) CD122 효능제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, CD122 효능제는 IL-2 또는 그의 변이체를 포함한다. 일부 실시양태에서, CD122 효능제는 야생형 IL-2에 비해 적어도 1개의 아미노산 치환을 갖는 IL-2 변이체를 포함한다. 일부 실시양태에서, CD122 효능제는 PEG에 융합된 IL-2를 포함한다. 일부 실시양태에서, CD122 효능제는 야생형 IL-2에 비해 적어도 1개의 아미노산 치환을 갖는 IL-2 변이체를 포함하며, 여기서 IL-2 변이체는 PEG에 융합된다.

암에 대한 표준 관리 요법

일부 실시양태에서, 본원에 개시된 방법은 표준 관리 요법 대신 사용된다. 특정 실시양태에서, 표준 관리 요법은 본원에 개시된 임의의 방법과 조합되어 사용된다. 상이한 유형의 암에 대한 표준 관리 요법은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 널리 공지되어 있다. 예를 들어, 미국 내 21개 주요 암 센터의 동맹인 국립 종합 암 네트워크 (NCCN)는 폭넓게 다양한 암에 대한 표준 관리 치료에 관한 상세한 최신 정보를 제공하는 NCCN 종양학 임상 관리기준 가이드라인 (NCCN 가이드라인즈(NCCN GUIDELINES®))을 공표하였다 (문헌 [NCCN GUIDELINES®, 2014] 참조).

결장직장암

일부 실시양태에서, 조합 요법은 결장직장암인 암을 치료한다. 실시양태에서, 결장직장암은 결장암이다. 다른 실시양태에서, 결장직장암은 직장암이다. 특정 실시양태에서, 결장직장암은 미소위성체 불안정성 (MSI)을 갖는다 (문헌 [Pawlik et al., Dis. Markers 20(4-5): 199-206 (2004)] 참조). 다른 실시양태에서, 결장직장암은 낮은 미소위성체 불안정성 (MSI-L)을 갖는다.

결장직장암은 미국 내 남성 및 여성 둘 다에서 세번째로 가장 흔한 유형의 암이다 (http://www.cancer.gov/types/colorectal 참조, 최종 방문 2015년 12월 9일). 대부분의 결장직장암은 선암종이다. 결장암은 5개의 병기로 존재한다: 0기 (상피내 암종), I기, II기, III기 및 IV기. 6가지 유형의 표준 치료가 결장암에 사용된다: 1) 국부 절제, 문합술을 사용한 결장의 절제, 또는 결장조루술을 사용한 결장의 절제를 포함한 수술; 2) 고주파 절제; 3) 동결수술; 4) 화학요법; 5) 방사선 요법; 및 6) 모노클로날 항체 및 혈관신생 억제제를 포함한 표적화 요법. 일부 실시양태에서, 개시내용의 조합 요법은 표준 관리 요법과 함께 결장암을 치료한다.

직장암은 5개의 병기로 존재한다: 0기 (상피내 암종), I기, II기, III기 및 IV기. 6가지 유형의 표준 치료가 직장암에 사용된다: 1) 폴립절제술, 국부 절제, 절제, 고주파 절제, 동결수술, 및 골반 내용제거술을 포함한 수술; 2) 방사선 요법; 3) 화학요법; 및 4) 모노클로날 항체 요법을 포함한 표적화 요법. 일부 실시양태에서, 개시내용의 방법은 표준 관리 요법과 함께 직장암을 치료한다.

폐암

일부 실시양태에서, 개시내용의 조합 요법은 폐암인 암을 치료한다. 특정 실시양태에서 암은 NSCLC이다. 실시양태에서, NSCLC는 편평 조직학을 갖는다. 다른 실시양태에서, NSCLC는 비편평 조직학을 갖는다.

NSCLC는 미국 및 전세계적인 암 사망의 주요 원인이며, 이는 유방암, 결장암 및 전립선암을 합한 것을 초과한다. 미국에서, 추정 228,190건의 폐 및 기관지의 신규 사례가 미국에서 진단될 것이고, 상기 질환으로 인해 일부 159,480건의 사망이 발생할 것이다 (Siegel et al. (2014) CA Cancer J Clin 64(1):9-29). 대다수의 환자 (대략 78%)는 진행성/재발성 또는 전이성 질환으로 진단된다. 폐암에서 부신으로의 전이는 흔히 일어나며, 환자의 약 33%가 이러한 전이를 갖는다. NSCLC 요법은 점진적으로 OS를 개선시켜 왔지만, 그 이익은 정체기에 도달하였다 (후기 환자에 대한 중앙값 OS는 단지 1년임). 1L 요법 후 진행은 거의 모든 이들 대상체에서 일어났고, 5-년 생존율은 불응성 세팅에서 단지 3.6%이다. 2005년에서 2009년까지, 미국에서 폐암에 대한 전체 5-년 상대 생존율은 15.9%였다 (NCCN GUIDELINES®, Version 3.2014 - Non-Small Cell Lung Cancer, www.nccn.org/professionals/physician_gls/pdf/nscl.pdf에서 이용가능함, 2014년 5월 14일 최종 액세스).

7개의 병기의 NSCLC가 존재한다: 잠재성 비소세포 폐암, 0기 (상피내 암종), I기, II기, IIIA기, IIIB기, 및 IV기. 일부 실시양태에서, 개시내용의 조합 요법은 표준 관리 요법과 함께 NSCLC를 치료한다.

또한, 본 방법은 NSCLC 환자를 치료하는데 통상적으로 사용되는 3가지 양식인 수술, 방사선 요법 (RT) 및 화학요법과 또한 조합될 수 있다. 한 부류로서, NSCLC는 소세포 암종과 비교하여 화학요법 및 RT에 대해 비교적 비감수성이다. 일반적으로, I기 또는 II기 질환을 갖는 환자의 경우, 외과적 절제가 최상의 치유 기회를 제공하며, 수술-전 및 수술-후 둘 다에 화학요법이 점점 사용되고 있다. RT는 또한, 절제가능한 NSCLC를 갖는 환자에 대한 보조 요법, 1차 국부 치료로서, 또는 치유불가능한 NSCLC를 갖는 환자에 대한 완화적 요법으로서 사용될 수 있다.

한 실시양태에서, 본 개시내용의 방법에 적합한 대상체는 IV기 질환을 갖는 환자이다. 양호한 수행 상태 (PS)를 갖는 IV기 질환을 갖는 환자는 화학요법으로부터 이익을 얻는다. 백금 작용제 (예를 들어, 시스플라틴, 카르보플라틴), 탁산 작용제 (예를 들어, 파클리탁셀, 알부민-결합된 파클리탁셀, 도세탁셀), 비노렐빈, 빈블라스틴, 에토포시드, 페메트렉세드 및 겜시타빈을 포함한 많은 약물이 IV기 NSCLC에 유용하다. 많은 이들 약물을 사용하는 조합은 30% 내지 40%의 1-년 생존율을 발생시키고, 이는 단일 작용제에 비해 뛰어나다. 특이적 표적화 요법이 또한 진행성 폐암의 치료를 위해 개발되었다. 예를 들어, 베바시주맙 (아바스틴(AVASTIN)®)은 혈관 내피 성장 인자 A (VEGF-A)를 차단하는 모노클로날 항체이다. 에를로티닙 (타르세바(TARCEVA)®)은 표피 성장 인자 수용체 (EGFR)의 소분자 TKI이다. 크리조티닙 (잘코리(XALKORI)®)은 ALK 및 MET를 표적화하는 소분자 TKI이고, 돌연변이된 ALK 융합 유전자를 보유하는 환자에서 NSCLC를 치료하기 위해 사용된다. 세툭시맙 (에르비툭스(ERBITUX)®)은 EGFR을 표적화하는 모노클로날 항체이다.

일부 실시양태에서, 본 방법은 편평 NSCLC를 갖는 대상체를 치료하는데 사용된다. 특정 실시양태에서, 본 방법은 표준 관리 요법과 조합되어 사용된다. 편평 세포 NSCLC (모든 NSCLC 중 최대 25%에 해당함)를 갖는 환자 중에는 1차 (1L) 요법 후에 치료 옵션이 거의 없기 때문에 특정한 미충족 필요가 존재한다. 단일-작용제 화학요법은 백금-기반 이중 화학요법 (Pt-이중요법)을 사용한 진행 후 표준 관리이며, 이는 대략 7개월의 중앙값 OS를 발생시킨다. 도세탁셀이 이러한 차수의 요법에서 여전히 벤치마크 치료이며, 에를로티닙이 또한 더 적은 빈도로 사용될 수 있다. 페메트렉세드가 또한, 진행성 NSCLC를 갖는 환자의 2차 (2L) 치료에서 도세탁셀과 비교하여 유의하게 더 적은 부작용을 수반하면서도 임상적으로 등가의 효능 결과를 생성하는 것으로 밝혀졌다 (Hanna et al., 2004 J Clin Oncol 22:1589-97). 3차 (3L) 세팅 이후 폐암에 사용하도록 현재 승인된 요법은 존재하지 않는다. 페메트렉세드 및 베바시주맙은 편평 NSCLC에 대해 승인되지 않았고, 분자적으로 표적화된 요법은 제한된 적용을 갖는다. 진행성 폐암에서의 미충족 필요는 최근에 온코티레온(Oncothyreon) 및 머크 카게아아(Merck KgaA)의 스티무박스(STIMUVAX)®가 3상 시험에서 OS를 개선시키는데 실패하고, 아큘(ArQule) 및 다이이치 산쿄(Daiichi Sankyo)의 c-Met 키나제 억제제인 티반티닙이 생존 종점을 충족시킬 수 없었고, 로슈의 아바스틴®과 조합된 일라이 릴리의 알림타(ALIMTA)®가 후기 연구에서 OS를 개선시키는데 실패하고, 암젠(Amgen) 및 다케다 파마슈티칼(Takeda Pharmaceutical)이 후기 시험에서 소분자 VEGF-R 길항제인 모테사닙으로 임상 종점을 충족시키는데 실패함으로써 심화되었다.

조합 요법

본 개시내용의 특정 측면은 종양을 앓고 있는 대상체에게 치료 유효량의 (a) 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체 및 (b) 세포독성 T-림프구-연관 단백질 4 (CTLA-4)에 특이적으로 결합하는 항체 또는 그의 항원-결합 부분 ("항-CTLA-4 항체")을 투여하는 것을 포함하는 상기 대상체를 치료하는 방법에 관한 것이며, 여기서 종양은 높은 종양 돌연변이 부담 (TMB) 상태를 갖는다. 특정 실시양태에서, 종양은 비소세포 폐암 (NSCLC)으로부터 유래된다. 일부 실시양태에서, 높은 TMB는 검사된 유전자의 메가염기당 적어도 약 10개의 돌연변이를 특징으로 한다. 특정한 실시양태에서, 방법은 투여 전에 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 추가로 포함한다.

특정 실시양태에서, 항-PD-1 항체, 항-PD-L1 항체, 및/또는 항-CTLA-4 항체는 치료 유효량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 방법은 치료 유효량의 항-PD-1 항체 및 항-CTLA-4 항체를 투여하는 것을 포함한다. 다른 실시양태에서, 방법은 치료 유효량의 항-PD-L1 항체 및 항-CTLA-4 항체를 투여하는 것을 포함한다. 본원에 개시된 임의의 항-PD-1, 항-PD-L1, 또는 항-CTLA-4 항체가 상기 방법에 사용될 수 있다. 특정 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 니볼루맙을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 펨브롤리주맙을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 두르발루맙을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 아벨루맙을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 이필리무맙을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 이필리무맙 트레멜리무맙을 포함한다.

일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체 및 항-CTLA-4 항체는 각각 약 2주마다 1회, 약 3주마다 1회, 약 4주마다 1회, 약 5주마다 1회, 또는 약 6주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체는 약 2주마다 1회, 약 3주마다 1회 또는 약 4주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 6주마다 1회 투여된다.

일부 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 약 0.1 mg/kg 내지 약 20.0 mg/kg 체중 범위의 용량으로 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 약 0.1 mg/kg, 약 0.3 mg/kg, 약 0.6 mg/kg, 약 0.9 mg/kg, 약 1 mg/kg, 약 3 mg/kg, 약 6 mg/kg, 약 9 mg/kg, 약 10 mg/kg, 약 12 mg/kg, 약 15 mg/kg, 약 18 mg/kg, 또는 약 20 mg/kg의 용량으로 투여된다. 특정 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 약 1 mg/kg의 용량으로 약 4주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 약 1 mg/kg의 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다.

일부 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 균일 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 적어도 약 40 mg 내지 적어도 약 1600 mg 범위의 균일 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 적어도 약 40 mg, 적어도 약 50 mg, 적어도 약 60 mg, 적어도 약 70 mg, 적어도 약 80 mg, 적어도 약 90 mg, 적어도 약 100 mg, 적어도 약 110 mg, 적어도 약 120 mg, 적어도 약 130 mg, 적어도 약 140 mg, 적어도 약 150 mg, 적어도 약 160 mg, 적어도 약 170 mg, 적어도 약 180 mg, 적어도 약 190 mg, 또는 적어도 약 200 mg의 균일 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, CTLA-4 항체는 적어도 약 220 mg, 적어도 약 230 mg, 적어도 약 240 mg, 적어도 약 250 mg, 적어도 약 260 mg, 적어도 약 270 mg, 적어도 약 280 mg, 적어도 약 290 mg, 적어도 약 300 mg, 적어도 약 320 mg, 적어도 약 360 mg, 적어도 약 400 mg, 적어도 약 440 mg, 적어도 약 480 mg, 적어도 약 520 mg, 적어도 약 560 mg, 또는 적어도 약 600 mg의 균일 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, CTLA-4 항체는 적어도 약 640 mg, 적어도 약 720 mg, 적어도 약 800 mg, 적어도 약 880 mg, 적어도 약 960 mg, 적어도 약 1040 mg, 적어도 약 1120 mg, 적어도 약 1200 mg, 적어도 약 1280 mg, 적어도 약 1360 mg, 적어도 약 1440 mg, 또는 적어도 약 1600 mg의 균일 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-CTLA-4 항체는 균일 용량으로 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8주마다 적어도 1회 투여된다.

특정 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 2 mg/kg의 용량으로 약 3주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 1 mg/kg의 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 3 mg/kg의 용량으로 약 2주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 1 mg/kg의 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 6 mg/kg의 용량으로 약 4주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 1 mg/kg의 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다.

특정 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 200 mg의 균일 용량으로 약 3주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 1 mg/kg의 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 240 mg의 균일 용량으로 약 2주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 1 mg/kg의 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 480 mg의 균일 용량으로 약 4주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 1 mg/kg의 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다.

특정 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 200 mg의 균일 용량으로 약 3주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 80 mg의 균일 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 240 mg의 균일 용량으로 약 2주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 80 mg의 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 약 480 mg의 균일 용량으로 약 4주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 80 mg의 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다.

특정 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 약 10 mg/kg의 용량으로 약 2주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 1 mg/kg의 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 약 15 mg/kg의 용량으로 약 3주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 1 mg/kg의 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다.

특정 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 약 800 mg의 균일 용량으로 약 2주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 1 mg/kg의 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 약 1200 mg의 균일 용량으로 약 3주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 1 mg/kg의 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다.

특정 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 약 800 mg의 균일 용량으로 약 2주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 80 mg의 균일 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체는 약 1200 mg의 균일 용량으로 약 3주마다 1회 투여되고, 항-CTLA-4 항체는 약 80 mg의 용량으로 약 6주마다 1회 투여된다.

흑색종

일부 실시양태에서, 조합 요법은 흑색종인 암을 치료한다. 흑색종은 피부암의 가장 치명적인 형태로, 남성에서 5번째의 가장 흔한 암으로 진단되고 여성에서 7번째의 가장 흔한 암으로 진단된다 (http://www.cancer.gov/types/skin 참조, 최종 방문 2015년 12월 9일). 흑색종은 7개의 병기로 존재한다: 0기 (상피내 흑색종), I기, II기, 수술에 의해 제거될 수 있는 III기, 수술에 의해 제거될 수 없는 III기, IV기, 및 재발성 흑색종. 5가지 표준 유형의 치료가 사용된다: 1) 수술; 2) 화학요법; 3) 방사선 요법, 및 4) 인터페론, 인터류킨-2 (IL-2), 종양 괴사 인자 (TNF) 요법, 및 이필리무맙을 포함한 생물학적 요법, 및 5) 신호 전달 억제제 요법 (예를 들어, 베무라페닙, 다브라페닙, 및 트라메티닙), 종양용해 바이러스 요법, 모노클로날 항체 요법 (펨브롤리주맙 및 니볼루맙 포함), 및 혈관신생 억제제를 포함한 표적화 요법. 일부 실시양태에서, 개시내용의 조합 요법은 표준 관리 요법과 함께 흑색종을 치료한다.

난소암

특정 실시양태에서, 조합 요법은 난소암, 난관암 및 원발성 복막암인 암 ("난소암")을 치료한다. 특정 실시양태에서, 암은 난소 상피암이다. 다른 실시양태에서, 암은 난소 배세포 종양이다. 또 다른 실시양태에서, 암은 난소 저 악성 잠재 종양이다. 실시양태에서, 난소암은 난소, 복막 또는 난관을 덮는 조직에서 시작된다 (http://www.cancer.gov/types/ovarian/patient/ovarian-epithelial-treatment-pdq 참조, 최종 방문 2015년 12월 9일).

4개의 병기의 난소암이 존재한다: I기, II기, III기, 및 IV기, 이는 초기, 진행성 및 재발성 또는 지속성 난소암을 포괄함. 난소암, 난관암 및 원발성 복막암을 갖는 환자에 사용되는 4가지 유형의 표준 치료가 존재한다: 1) 자궁절제술, 일측 난관-난소절제술, 양측 난관-난소절제술, 대망절제술, 및 림프절 생검을 포함한 수술; 2) 방사선 요법; 3) 화학요법; 및 4) 모노클로날 항체 요법 및 폴리 (ADP-리보스) 폴리머라제 억제제를 포함한 표적화 요법. 생물학적 요법이 또한 난소암에 대해 시험되고 있다. 일부 실시양태에서, 개시내용의 조합 요법은 표준 관리 요법과 함께 난소암을 치료한다.

4개의 병기의 난소 배세포 종양이 존재한다: I기, II기, III기 및 IV기. 4가지 유형의 표준 치료가 사용된다: 1) 일측 난관-난소절제술, 전체 자궁절제술, 양측 난관-난소절제술, 및 종양 용적축소를 포함한 수술; 2) 관찰; 3) 화학요법 및 4) 방사선 요법. 고려되는 새로운 치료 옵션은 고-용량 화학요법 및 골수 이식을 포함한다. 일부 실시양태에서, 개시내용의 조합 요법은 표준 요법 요법과 함께 난소 배세포 종양을 치료한다.

3개의 병기의 난소 저 악성 잠재 종양이 존재한다: 1) 초기 (I기 및 II기), 2) 후기 (III기 및 IB기) 및 3) 재발. 2가지 유형의 표준 치료가 사용된다: 1) 일측 난관-난소절제술, 양측 난관-난소절제술, 전체 자궁절제술, 부분 난소절제술, 및 대망절제술을 포함한 수술 및 2) 화학요법. 일부 실시양태에서, 개시내용의 조합 요법은 난소 저 악성 잠재 종양을 표준 요법 요법과 함께 치료한다.

두경부암

일부 실시양태에서, 조합 요법은 두경부암인 암을 치료한다. 두경부암은 구강, 인두, 후두, 부비동 및 비강 및 타액선의 암을 포함한다. 두경부암은 통상적으로 두경부 내부 (예를 들어, 입, 코 및 목 내부)의 습한 점막 표면을 싸고 있는 편평 세포에서 시작된다. 이들 편평 세포암은 종종 두경부의 편평 세포 암종으로 지칭된다. 두경부암은 또한 타액선에서 시작될 수 있지만, 타액선암은 비교적 드물다 (http://www.cancer.gov/types/head-and-neck/head-neck-fact-sheet 참조, 최종 방문 2015년 12월 9일). 개별 환자에 대한 치료 계획은 종양의 정확한 위치, 암의 병기, 및 사람의 연령 및 전반적 건강을 포함한 다수의 인자에 좌우된다. 두경부암에 대한 치료는 수술, 방사선 요법, 화학요법, 표적화 요법, 또는 치료의 조합을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 개시내용의 조합 요법은 표준 요법 요법과 함께 두경부암을 치료한다.

폐암의 면역요법

다중 차수의 표적화 요법을 진행한 환자에 대한 유효 작용제, 뿐만 아니라 현행 표준 치료 이후 생존을 보다 장기간 연장시키는 요법에 대한 분명한 필요가 존재한다. 면역요법, 특히 CTLA-4, PD-1, 및 PD-L1 억제 경로를 포함한 면역 체크포인트의 차단을 수반하는 보다 새로운 접근법이 최근에 유망성을 나타내고 있다 (Creelan et al., 2014). 이에 따라, 화학요법과 조합된 이필리무맙은 소세포 및 비소세포 폐암에서 유사한 고무적인 결과를 나타내었다. 모노클로날 항체 니볼루맙, 펨브롤리주맙, BMS-936559, MEDI4736, 및 MPDL3280A의 임상 시험은 폐암에서 20% 내지 25% 범위의 지속적인 전체 방사선학적 반응률을 입증하고 있다 (Topalian et al., 2012a; Pardoll, 2012; WO 2013/173223; Creelan et al., 2014). 이러한 예외적 활성은 유의한 치료 진전이 이력상 전무한 집단인 편평 폐암을 포함한다.

제약 조성물 및 투여량

본 개시내용의 치료제는 조성물, 예를 들어 항체 및/또는 시토카인 및 제약상 허용되는 담체를 함유하는 제약 조성물로 구성될 수 있다. 본원에 사용된 "제약상 허용되는 담체"는 생리학상 상용성인 임의의 및 모든 용매, 분산 매질, 코팅, 항박테리아제 및 항진균제, 등장화제 및 흡수 지연제 등을 포함한다. 바람직하게는, 항체를 함유하는 조성물에 대한 담체는 정맥내, 근육내, 피하, 비경구, 척수 또는 표피 투여 (예를 들어, 주사 또는 주입에 의함)에 적합한 반면에, 항체 및/또는 시토카인을 함유하는 조성물에 대한 담체는 비-비경구, 예를 들어 경구 투여에 적합하다. 일부 실시양태에서, 피하 주사는 할로자임 테라퓨틱스(Halozyme Therapeutics)의 엔한즈(ENHANZE)® 약물-전달 기술 (미국 특허 번호 7,767,429 참조, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함됨)에 기초한다. 엔한즈®는 세포외 매트릭스로 인한 피하로 전달될 수 있는 생물제제 및 약물의 부피에 대한 전통적인 제한을 벗어난 재조합 인간 히알루로니다제 효소 (rHuPH20)와 Ab의 공동-제제를 사용한다 (미국 특허 번호 7,767,429 참조). 본 개시내용의 제약 조성물은 1종 이상의 제약상 허용되는 염, 항산화제, 수성 및 비수성 담체, 및/또는 아주반트, 예컨대 보존제, 습윤제, 유화제 및 분산제를 포함할 수 있다. 따라서, 일부 실시양태에서, 본 개시내용에 대한 제약 조성물은 재조합 인간 히알루로니다제 효소, 예를 들어 rHuPH20을 추가로 포함할 수 있다.

투여 요법은 최적의 목적하는 반응, 예를 들어 최대 치료 반응 및/또는 최소 유해 효과를 제공하도록 조정된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체는 체중-기반 용량으로 투여된다. 특히 또 다른 항암제와 조합된 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체의 투여의 경우, 투여량은 대상체의 체중의 약 0.01 내지 약 20 mg/kg, 약 0.1 내지 약 10 mg/kg, 약 0.01 내지 약 5 mg/kg, 약 1 내지 약 5 mg/kg, 약 2 내지 약 5 mg/kg, 약 1 내지 약 3 mg/kg, 약 7.5 내지 약 12.5 mg/kg, 또는 약 0.1 내지 약 30 mg/kg 범위일 수 있다. 예를 들어, 투여량은 약 0.1, 약 0.3, 약 1, 약 2, 약 3, 약 5, 또는 약 10 mg/kg 체중, 및 보다 바람직하게는, 0.3, 1, 2, 3, 또는 5 mg/kg 체중일 수 있다. 특정 실시양태에서, 항-PD-1 항체의 투여량은 3 mg/kg 체중이다.

한 실시양태에서, 개시내용의 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체에 대한 투여 요법은 정맥내 투여를 통한 약 0.3-1 mg/kg 체중, 약 5 mg/kg 체중, 1-5 mg/kg 체중, 또는 약 1-약 3 mg/kg 체중을 포함하고, 항체는 완전 반응까지 또는 확인된 진행성 질환까지 약 14-21일마다 최대 약 6-주 또는 약 12-주 사이클로 주어진다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 항체 치료, 또는 임의의 조합 치료는 적어도 약 1개월, 적어도 약 3개월, 적어도 약 6개월, 적어도 약 9개월, 적어도 약 1년, 적어도 약 18개월, 적어도 약 24개월, 적어도 약 3년, 적어도 약 5년, 또는 적어도 약 10년 동안 계속된다.

투여 스케줄은 전형적으로 항체의 전형적인 약동학적 특성에 기초하여 지속적인 수용체 점유율 (RO)을 발생시키는 노출을 달성하도록 설계된다. 예시적인 치료 요법은 1주에 1회, 2주마다 1회, 3주마다 1회, 4주마다 1회, 1개월 1회, 3-6개월 또는 그 초과마다 1회 투여하는 것을 수반한다. 특정의 바람직한 실시양태에서, 항-PD-1 항체, 예컨대 니볼루맙은 대상체에게 2주마다 1회 투여된다. 다른 바람직한 실시양태에서, 항체는 3주마다 1회 투여된다. 항-PD-1 항체는 적어도 2회의 용량으로 투여될 수 있고, 2회 용량 사이에 2주마다의 투여 간격으로, 각각의 용량은 약 0.01 mg/kg 내지 약 5 mg/kg, 예를 들어 3 mg/kg의 양이다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 적어도 3, 4, 5, 6 또는 7회 용량 (즉, 다중 용량)으로 투여되고, 2회의 인접해서 주어지는 용량 사이에 2주마다의 투여 간격으로, 각각의 용량은 약 0.01 mg/kg 내지 약 5 mg/kg, 예를 들어 3 mg/kg의 양이다. 투여량 및 스케줄링은 치료 과정 동안 변경될 수 있다. 예를 들어, 항-PD-1 단독요법에 대한 투여 스케줄은 항체를 (i) 6-주 사이클로 2주 마다; (ii) 6회 투여량에 대해 4주마다, 이어서 3개월마다; (iii) 3주마다; 또는 (iv) 3-10 mg/kg 1회, 이어서 2-3주마다 1 mg/kg으로 투여하는 것을 포함할 수 있다. IgG4 항체가 전형적으로 2-3주의 반감기를 갖는다는 것을 고려하면, 개시내용의 항-PD-1 항체에 대한 바람직한 투여 요법은 정맥내 투여를 통한 0.3-10 mg/kg 체중, 바람직하게는 1-5 mg/kg 체중, 보다 바람직하게는 1-3 mg/kg 체중을 포함하고, 항체는 완전 반응까지 또는 확인된 진행성 질환까지 14-21일마다 최대 6-주 또는 12-주 사이클로 주어진다.

특정 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체는 균일 용량으로 투여된다. 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체는 균일 용량으로 단독요법으로서 투여된다. 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체는 균일 용량으로 본원에 개시된 임의의 다른 요법과 조합되어 투여된다. 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체의 균일 용량은 적어도 약 100-600 mg, 예컨대, 적어도 약 200-300 mg, 적어도 약 400-500 mg, 또는 적어도 약 240 mg 또는 적어도 약 480 mg, 예컨대 적어도 약 60 mg, 적어도 약 80 mg, 적어도 약 100 mg, 적어도 약 120 mg, 적어도 약 140 mg, 적어도 약 160 mg, 적어도 약 180 mg, 적어도 약 200 mg, 적어도 약 220 mg, 적어도 약 240 mg, 적어도 약 260 mg, 적어도 약 280 mg, 적어도 약 320 mg, 적어도 약 360 mg, 적어도 약 400 mg, 적어도 약 440 mg, 적어도 약 480 mg, 적어도 약 520 mg, 적어도 약 560 mg, 적어도 약 600 mg, 또는 적어도 약 660 mg, 또는 적어도 약 720 mg의 용량이다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체의 균일 용량은 적어도 약 600-1200 mg의 용량이다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체의 균일 용량은 적어도 약 600 mg, 적어도 약 640 mg, 적어도 약 680 mg, 적어도 약 720 mg, 적어도 약 760 mg, 적어도 약 800 mg, 적어도 약 840 mg, 적어도 약 880 mg, 적어도 약 920 mg, 적어도 약 960 mg, 적어도 약 1000 mg, 적어도 약 1040 mg, 적어도 약 1080 mg, 적어도 약 1120 mg, 적어도 약 1160 mg, 또는 적어도 약 1200 mg의 용량이다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 적어도 약 240 mg 또는 적어도 약 480 mg의 용량으로 약 2 또는 4주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-L1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 적어도 약 240 mg 또는 적어도 약 480 mg의 용량으로 약 2 또는 4주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체는 적어도 약 720 mg의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체는 적어도 약 960 mg의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체는 적어도 약 1200 mg의 용량으로 투여된다.

다른 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 그의 항원-결합 부분은 240 mg 초과, 즉 적어도 약 240 mg의 용량으로 투여된다. 다른 항암제와 조합되어 사용되는 경우에, 항-PD-1 항체의 투여량은 단독요법 용량과 비교하여 낮아질 수 있다. 예를 들어, 전형적인 3주마다 3 mg/kg, 예를 들어 3 또는 4주마다 0.1 mg/kg 이하보다 유의하게 더 낮은 니볼루맙의 투여량이 치료 투여량 미만으로 간주된다. 0.3 mg/kg 내지 10 mg/kg의 니볼루맙의 투여를 받은 15명의 대상체로부터의 수용체-점유율 데이터는, 이 용량 범위에서 PD-1 점유율이 용량-비의존성으로 보인다는 것을 나타낸다. 모든 용량에 걸쳐, 평균 점유율은 85% (70% 내지 97% 범위)였으며, 평균 정체기 점유율은 72% (59% 내지 81% 범위)였다 (Brahmer et al., J Clin Oncol 28:3167-75 2010). 따라서, 0.3 mg/kg 투여는 최대 생물학적 활성에 이르기에 충분한 노출을 가능하게 할 수 있다.

일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체는 제2 작용제와 함께 고정 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 제2 면역요법제와 함께 고정 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체 대 제2 작용제, 예를 들어 제2 면역요법제의 비는 적어도 약 1:1, 약 1:2, 약 1:3, 약 1:4, 약 1:5, 약 1:6, 약 1:7, 약 1:8, 약 1:9, 약 1:10, 약 1:15, 약 1:20, 약 1:30, 약 1:40, 약 1:50, 약 1:60, 약 1:70, 약 1:80, 약 1:90, 약 1:100, 약 1:120, 약 1:140, 약 1:160, 약 1:180, 약 1:200, 약 200:1, 약 180:1, 약 160:1, 약 140:1, 약 120:1, 약 100:1, 약 90:1, 약 80:1, 약 70:1, 약 60:1, 약 50:1, 약 40:1, 약 30:1, 약 20:1, 약 15:1, 약 10:1, 약 9:1, 약 8:1, 약 7:1, 약 6:1, 약 5:1, 약 4:1, 약 3:1, 또는 약 2:1 mg이다.

2주마다 최대 10 mg/kg을 투여하는 보다 높은 니볼루맙 단독요법이 최대 허용 용량 (MTD)에 도달하지 않으면서 달성되기는 하였지만, 체크포인트 억제제 플러스 항혈관신생 요법의 다른 시험에서 보고된 유의한 독성 (예를 들어, 문헌 [Johnson et al., 2013; Rini et al., 2011] 참조)은 니볼루맙 용량을 10 mg/kg 미만으로 선택하는 것을 지지한다.

니볼루맙과 다른 항암제의 조합의 경우, 이들 작용제는 바람직하게는 그의 승인된 투여량으로 투여된다. 치료는 임상 이익이 관찰되는 한 또는 허용되지 않는 독성 또는 질환 진행이 발생할 때까지 계속된다. 그럼에도 불구하고, 특정 실시양태에서, 투여되는 이들 항암제의 투여량은 승인된 투여량보다 유의하게 더 낮고, 즉 치료 투여량 미만의 항암제가 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체와 조합되어 투여된다. 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체는 임상 시험에서 단독요법으로서 가장 높은 효능을 발생시키는 것으로 제시된 투여량으로 투여될 수 있으며, 예를 들어 약 3 mg/kg의 니볼루맙이 3주마다 1회 투여될 수 있거나 (Topalian et al., 2012a; Topalian et al., 2012), 또는 유의하게 더 낮은 용량, 즉 치료 용량 미만으로 투여될 수 있다.

투여량 및 빈도는 대상체에서의 항체의 반감기에 따라 달라진다. 일반적으로, 인간 항체가 가장 긴 반감기를 나타내고, 이어서 인간화 항체, 키메라 항체, 및 비인간 항체이다. 투여량 및 투여 빈도는 치료가 예방적인지 또는 치료적인지에 따라 달라질 수 있다. 예방 용도에서는, 비교적 낮은 투여량이 전형적으로 장기간에 걸쳐 비교적 덜 빈번한 간격으로 투여된다. 일부 환자는 그의 여생 동안 계속해서 치료를 받는다. 치료 용도에서는, 질환의 진행이 감소되거나 또는 종결될 때까지, 바람직하게는 환자가 질환 증상의 부분적 또는 완전한 호전을 나타낼 때까지 상대적으로 짧은 간격의 상대적으로 높은 투여량이 때때로 요구된다. 그 후, 환자에게 예방 요법이 투여될 수 있다.

본 개시내용의 제약 조성물 중 활성 성분의 실제 투여량 수준은 환자에게 과도하게 독성이지 않으면서, 특정한 환자, 조성물 및 투여 방식에 대해 목적하는 치료 반응을 달성하는데 효과적인 활성 성분의 양을 수득하도록 달라질 수 있다. 선택된 투여량 수준은 사용되는 본 개시내용의 특정한 조성물의 활성, 투여 경로, 투여 시간, 사용되는 특정한 화합물의 배출 속도, 치료 지속기간, 사용되는 특정한 조성물과 조합되어 사용되는 다른 약물, 화합물 및/또는 물질, 치료되는 환자의 연령, 성별, 체중, 상태, 전반적 건강 및 과거 병력, 및 의학 기술분야에 널리 공지되어 있는 기타 인자를 포함한 다양한 약동학적 인자에 좌우될 것이다. 본 개시내용의 조성물은 관련 기술분야에 널리 공지된 다양한 방법 중 1종 이상을 사용하여 1종 이상의 투여 경로를 통해 투여될 수 있다. 통상의 기술자에 의해 인지될 바와 같이, 투여 경로 및/또는 방식은 목적하는 결과에 의존하여 달라질 것이다.

키트

또한 치료 용도를 위한 면역요법, 예를 들어, 항-PD-1 항체를 포함하는 키트가 본 개시내용의 범주 내에 있다. 키트는 전형적으로, 키트의 내용물의 의도된 사용을 나타내는 라벨 및 사용에 대한 지침서를 포함한다. 용어 라벨은 키트 상에 또는 키트와 함께 공급되거나, 또는 달리 키트에 동봉되는 임의의 문서 또는 기록물을 포함한다. 따라서, 본 개시내용은 (a) 0.1 내지 10 mg/kg 체중 범위의 투여량의, PD-1 수용체에 특이적으로 결합하고 PD-1 활성을 억제하는 항체 또는 그의 항원-결합 부분 ("항-PD-1 항체"); 및 (b) 본원에 개시된 방법에서의 항-PD-1 항체의 사용에 대한 지침서를 포함하는, 종양을 앓고 있는 대상체를 치료하기 위한 키트를 제공한다. 특정 실시양태에서, 종양은 폐암, 예를 들어 NSCLC이다. 인간 환자를 치료하기 위한 특정의 바람직한 실시양태에서, 키트는 본원에 개시된 항-인간 PD-1 항체, 예를 들어 니볼루맙 또는 펨브롤리주맙을 포함한다.

일부 실시양태에서, 키트는 본원에 개시된 포괄적 게놈 프로파일링 검정을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 키트는 본원에 개시된 방법에 따라 높은 TMB 상태를 갖는 것으로 확인된 대상체에게 면역요법, 예를 들어 항-PD-1 항체, 항-PD-L1 항체, 항-CTLA-4 항체, 및 또는 시토카인을 투여하는 것에 대한 지침서를 추가로 포함한다.

상기 인용된 모든 참고문헌, 뿐만 아니라 본원에 인용된 모든 참고문헌은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.

하기 실시예는 예시로서 제한 없이 제공된다.

실시예

실시예 1.

IV기 또는 재발성 비소세포 폐암에서 1차 니볼루맙의 3상 연구.

개관

니볼루맙은 이전에 치료된 비소세포 폐암 (NSCLC)에서 도세탁셀에 비해 전체 생존 (OS)을 개선시킨다. 이러한 개방-표지 3상 연구는 프로그램화된 사멸-리간드 1 (PD-L1)-양성 NSCLC에서 1차 니볼루맙 대 화학요법을 비교하였다.

비치료된 IV기/재발성 NSCLC 및 ≥1% PD-L1 종양 발현을 갖는 환자를 니볼루맙 3 mg/kg 2주마다 1회 또는 백금-기반 화학요법으로 1:1로 무작위화하였다. 1차 종점은 ≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자에서의 맹검 독립적 중앙기관 검토에 따른 무진행 생존 (PFS)이었다.

≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자 (n=423)에서, 중앙값 PFS는 니볼루맙에 의하면 4.2개월이었고, 화학요법에 의하면 5.9개월이었고 (위험 비 [HR], 1.15; 95% 신뢰 구간 [CI], 0.91 내지 1.45; P=0.2511); 중앙값 OS는 14.4 대 13.2개월 (HR, 1.02; 95% CI, 0.80 내지 1.30)이었고; 화학요법으로 무작위화된 128명 (60%)의 환자는 후속 니볼루맙을 제공받았다. 높은 종양 돌연변이 부담을 갖는 환자 (TMB; 상위 삼분위수)에서, 니볼루맙은 PFS (HR, 0.62; 95% CI, 0.38 내지 1.00) 및 객관적 반응률 (ORR; 46.8% vs. 28.3%)을 화학요법에 비해 개선시켰다. 임의의 등급 및 등급 3/4 치료-관련 유해 사건이 니볼루맙-치료된 환자에서 71% 및 18%, 및 화학요법-치료된 환자에서 92% 및 51% 각각 발생하였다.

니볼루맙은 ≥5% PD-L1 발현을 갖는 이전에 비처리된 IV기/재발성 NSCLC에서 화학요법에 비해 뛰어난 PFS는 나타내지 않았고; OS는 부문 사이에서 유사하였다. 니볼루맙은 화학요법에 비해 유리한 안전성 프로파일을 가졌다. TMB 및 PD-1/L1 억제제에 의한 임상 이익의 분석을 포함하는 이러한 제1 3상 시험에서, 발견된 것은 높은 TMB를 갖는 환자에서 니볼루맙이 화학요법에 비해 ORR 및 PFS를 개선시킨다는 것을 시사한다.

지난 20년 동안, 백금-기반 조합 화학요법은 표적화가능한 돌연변이가 결여된 진행성 비소세포 폐암 (NSCLC)을 갖는 환자에 대한 표준-관리 1차 치료였다.^1,2 그러나, 화학요법은 제한된 허용성으로, 단지 보통의 이익만을 제공하였다. 3상 임상 시험에서, 백금-기반 화학요법에 의한 중앙값 무진행 생존 (PFS)은 4 내지 6개월이었고, 중앙값 전체 생존 (OS)은 10 내지 13개월이었다.^3-8

2종의 3상 연구에서, 니볼루맙, 프로그램화된 사멸 1 (PD-1) 면역-체크포인트-억제제 항체는 백금-기반 화학요법 동안 또는 그 후에 질환 진행을 경험한 전이성 NSCLC를 갖는 환자에서 도세탁셀과 비교하여 OS를 유의하게 개선시켰다.^9-11 이익은 PD-1 리간드 1 (PD-L1) 발현과 무관하게 관찰되었지만, 증가된 PD-L1 발현을 갖는 비편평 NSCLC에서 증진되었다.^9,10

NSCLC를 갖는 이전에 비치료된 환자에서의 다중코호트 1상 연구에서 (체크메이트 012),¹² 니볼루맙 단독요법 코호트 (n = 20)에서의 예비 데이터는 지속적인 반응 및 유리한 안전성 프로파일을 보였다. ≥5% PD-L1 발현을 갖는 10명의 환자에서, 객관적 반응률 (ORR)은 50%였고, 24주의 PFS 비율은 70%였고, 중앙값 PFS는 10.6개월이었다.¹³ 비록 확장된 코호트에서 PD-L1 발현의 증가가 보다 큰 이익과 연관되었지만, 임상 활성은 또한 PD-L1 발현이 낮거나 없는 환자에서도 관찰되었다.¹² 면역계의 복잡성으로 인해, PD-L1 발현 수준을 넘어서는 면역-종양학 작용제에의 반응에 대한 바이오마커가 조사되고 있다. 초기 데이터는 높은 종양 돌연변이 부담 (TMB)이 T 세포에 의해 비-자기로 인식되는 신생항원의 수를 증가시켜 항종양 면역 반응을 발생시킴으로써 면역원성을 증진시킬 수 있기 때문에, 높은 TMB가 면역요법으로부터 이익을 얻을 가능성을 증가시킬 수 있다는 가설을 지지한다.¹⁴

≥1% 또는 ≥5% PD-L1 발현을 갖는 IV기 또는 재발성 NSCLC를 갖는 환자에서 1차 요법으로서 니볼루맙 및 조사자가 선택한 백금-기반 화학요법의 효능 및 안전성을 비교하는 무작위, 개방-표지, 국제, 3상 연구를 수행하였다. 또한, 치료 결과에 대한 TMB의 효과를 평가하기 위해 탐색적 분석을 수행하였다.

방법

환자

적격 성인 환자는 조직학적으로 확인된 편평 또는 비편평 IV기/재발성 NSCLC, ECOG PS 0-1, 및 RECIST 1.1에 따른 측정가능한 질환을 가졌고,¹⁵ 진행성 또는 전이성 질환에 대한 1차 요법으로서 선행 전신 항암 요법은 제공받지 않았다. 중추 신경계 전이를 갖는 환자는 충분히 치료되어 무작위화 ≥2주 전에 신경학상 기준선으로 복귀되었다면 적격이다. 적격 환자는 코르티코스테로이드에서 벗어났거나 또는 안정하거나 감소하는 용량의 ≤10 mg의 1일 프레드니손 (또는 등가물) 중이어야 한다. 선행 완화적 방사선요법은 무작위화 ≥2주 전에 완료된 경우에 허용되었고, 등록 ≥6개월 전의 선행 보조 또는 신보조 화학요법은 허용되었다. 이용가능한 표적화 요법에 감수성인 자가면역 질환 또는 공지된 EGFR 돌연변이 또는 ALK 전위를 갖는 환자는 제외되었다. ≥1% PD-L1 발현을 갖는 환자만을 무작위화하였다.

환자 선택을 위한 PD-L1 분석

등록 전 6개월 내에 수집된 신선 또는 보관 종양-생검 시편을 28-8 항체를 사용하여 중앙 실험실에서 PD-L1에 대해 시험하였다.^9,10

연구 설계 및 치료

적격 환자를 무작위화하여 (1:1) 니볼루맙 3 mg/kg을 2주마다, 또는 조사자가 선택한 백금 이중 화학요법을 3주마다 4 내지 6 사이클 동안 제공하였다 (도 2). 질환 진행, 허용되지 않는 독성, 또는 허용된 사이클의 완료시까지 화학요법을 계속하였다. 유지 페메트렉세드는 사이클 4 이후 안정한 질환 또는 반응을 갖는 비편평 NSCLC를 갖는 환자에서 허용되었다. 프로토콜-규정된 기준이 충족된 경우에 진행을 넘어선 니볼루맙에 의한 치료가 허용되었다. 병용 전신 코르티코스테로이드 치료 (<3-주 과정)는 잠재적인 면역학적 원인을 갖는 치료-관련 유해 사건 (AE)을 포함하나 이에 제한되지는 않는 비-자가면역 상태에 대해 허용되었다.

무작위화를 PD-L1 발현 (<5% vs. ≥5%) 및 종양 조직학 (편평 vs. 비편평)에 의해 계층화하였다. RECIST 1.1에 따른 진행에 의해 화학요법으로 무작위화되고, 조사자에 의해 평가되고, 독립적 방사선과의사에 의해 확인된 환자는, 적격 기준이 충족된다면, 니볼루맙으로 교차될 수 있었다. 화학요법의 경우, 독성에 대해 용량 지연 및 ≤2 용량 감소가 허용되었다. 니볼루맙의 경우, 독성에 대한 용량 지연은 허용되었지만, 용량 감소는 허용되지 않았다.

종점 및 평가

≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자에서 1차 종점은 맹검 독립적 중앙기관 검토 (BICR)에 의한 평가에 기초한 PFS였다. 2차 종점은 모든 무작위화된 환자 (≥1% PD-L1 발현) 사이의 BICR에 따른 PFS, ≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자 사이 및 모든 무작위화된 환자 사이의 OS, 및 ≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자 사이의 BICR에 따른 ORR을 포함하였다.

종양 반응을 제48주까지 6주마다, 그 후 12주마다 평가하였다. 안전성 평가는 국립 암 연구소 유해 사건에 대한 통상 용어 기준, 버전 4.0에 따라 등급화된 AE의 기록을 포함하였다.

TMB의 탐색적 바이오마커 분석

체세포 미스센스 돌연변이의 총수인 TMB를 전체 엑솜 서열분석에 충분한 종양 및 혈액 샘플을 갖는 환자에서 결정하였다.

DNA 및 RNA를 보관 종양 조직으로부터 올프렙(Allprep) DNA/RNA FFPE 키트 (퀴아젠(Qiagen), 독일 힐덴)를 사용하여 공동-단리하였다. 전혈로부터의 DNA (배선 DNA)는 QIAamp DNA 혈액 미디 키트 (퀴아젠, 독일 힐덴)를 사용하여 제조업체의 지침에 따라 단리하였다.

단리된 DNA 및 RNA를 전체 엑솜 포획 및 서열분석에 적용하였다. 게놈 DNA (150 ng)를 문헌 [Fisher et al., 2011. (Fisher S, Barry A, Abreu J, et al. A scalable, fully automated process for construction of sequence-ready human exome targeted capture libraries. Genome Biol. 2011;12(1):R1)]의 비드-상 변형과 함께 애질런트 슈어셀렉트XT(Agilent SureSelectXT) 시약 키트 (애질런트 테크놀로지스(Agilent Technologies), 미국 산타 클라라)를 사용하여 라이브러리 제조에 사용하였다. 총 500 ng의 풍부화된 라이브러리를 혼성화에 사용하였고, 슈어셀렉트 올 엑손 v5 (애질런트 테크놀로지스, 미국 산타 클라라) 미끼를 사용하여 포획하였다. 혼성화 후에, 포획된 라이브러리를 제조업체의 권장에 따라 정제하고, 폴리머라제 연쇄 반응 (11 사이클)에 의해 증폭시켰다. 정규화된 라이브러리를 풀링하고, 일루미나 HiSeq 2500 상에서 2 x 100-bp 쌍형성된-말단 판독물을 사용하여 서열분석하였고; 샘플당 45백만개의 판독물 (대략 평균 표적 커버리지의 100배)을 서열분석하였다.

종양 돌연변이 부담 결정은 하기와 같이 수행하였다. 전체 엑솜 서열분석 데이터를 사용하여 각 환자에 대해 종양 돌연변이 부담 (미스센스 돌연변이의 총수)을 생성하였다. 2개의 돌연변이 호출자를 사용하여 쌍형성된 종양-배선 전체 엑솜 서열분석 데이터로부터 미스센스 돌연변이를 확인하였다 (Weber JA et al. (2016) Sentieon DNA pipeline for variant detection - Software-only solution, over 20x faster than GATK 3.3 with identical results. PeerJ PrePrints 4:e1672v2; Saunders CT et al., Strelka: accurate somatic small-variant calling from sequenced tumor-normal sample pairs. Bioinformatics (2012) 28:1811-7). 2개의 호출자의 연합을 사용하여 종양 돌연변이 부담을 계산하였다.

효능 분석을 위해, 환자를 TMB 삼분위수 분포에 따라 그룹화하였다. 삼분위수 경계는 낮은, 중간, 및 높은 TMB에 대해 각각 0 내지 <100, 100 내지 242, 및 ≥243 돌연변이였다.

연구 감독

개별 저자의 참여와 함께 스폰서 (브리스톨-마이어스 스큅(Bristol-Myers Squibb)) 및 운영 위원회 (D.P.C., M.A.S., L.P.A., 및 M.R.)가 연합하여 연구를 설계하고 데이터를 분석하였다. 모든 조사자는 데이터를 수집하였다. 연구 프로토콜은 각각의 센터에서 임상시험 심사 위원회 또는 독립적 윤리 위원회에 의해 승인받았다. 연구는 우수 임상 관리기준에 대한 국제 조화 회의 가이드라인 및 헬싱키 선언에 따라 수행되었다. 독립적 데이터 및 안전성 모니터링 위원회는 안전성 및 효능에 대한 감독을 제공하였다. 이 보고서는 최종 데이터 분석 (2016년 8월 2일 데이터베이스 잠금)에 기초한다.

통계적 고려사항

1차 효능 분석 집단 (≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자)에 대한 샘플 크기 추정은 화학요법 군에서의 7개월의 예상 중앙값 PFS 및 니볼루맙을 선호하는 0.71의 전체 HR에 기초하였다. ~415명의 환자의 샘플 크기는 어떠한 질환 진행 또는 사망도 갖지 않는 환자에서 ~18개월의 최소 추적 후 5%의 양측 유의성 수준으로의 로그 순위 검정을 사용한 1차 종점에 대한 치료 효과에서의 차이를 검출하는데 80% 검정력을 제공할 것으로 추정되었다.

치료군 사이의 PFS 및 OS의 비교를, PD-L1 발현 수준 (≥5% vs. <5%; 모든 무작위화된 환자에서의 종점에 대한 것) 및 종양 조직학에 의해 계층화된 양측 로그 순위 검정에 의해 수행하였다. 단일 공변량으로서 무작위화된 치료 부문을 포함하는 계층화된 콕스 비례-위험 모델을 사용하여 HR 및 그의 연관 95% CI를 추정하였다. 카플란-마이어 방법을 사용하여 생존 곡선을 추정하였다. ORR을 양측 계층화된 코크란-맨텔-핸젤 시험을 사용하여 치료 부문 사이에서 비교하였다. 클로퍼-피어슨 방법을 사용하여 ORR 및 그의 정확한 95% CI를 추정하였다.

결과

환자 및 치료

연구에 등록된 1325명의 환자 중에서, 541명 (40.8%)은, 271명은 니볼루맙을 제공받고 270명은 화학요법을 제공받도록 무작위화하였고; 784명 (59%)의 환자는 비-평가가능한 PD-L1 샘플 (6%), PD-L1 <1% (23%), 또는 다른 연구 기준을 충족시키는데 실패하여 (30%) 무작위화하지 못했다. 스크리닝 동안, 평가가능한 PD-L1 결과를 갖는 1047명 중 746명 (71.3%)의 환자는 PD-L1 발현 ≥1%를 가졌다. 전체적으로, 530명의 환자 (모든 무작위화된 환자의 98.0%)가 치료를 받았다 (도 1 및 표 18). 1차 효능 분석 집단 (≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자)은 모든 무작위화된 환자의 78.2%를 구성하였다. 모든 환자의 진단에서 무작위화까지의 중앙값 시간은 니볼루맙 및 화학요법 부문에서 각각 1.9개월 (범위, 0.3 내지 214.9) 및 2.0개월 (범위, 0.5 내지 107.3)이었고, 환자의 75.6% 및 71.9%가 진단 ≤ 3개월 후에 상응하는 치료군으로 할당되었다. 전체적으로, 38.6%의 환자는 선행 방사선요법을 받았다.

표 18: 치료 종료 요약 (모든 치료된 환자).

화학요법 부문이 더 높은 비율의 여성 환자 (45.2% vs. 32.1%) 및 ≥50% PD-L1 발현을 갖는 환자 (46.7% vs. 32.5%)를 갖는 반면에; 니볼루맙 부문은 더 높은 비율의 간 전이를 갖는 환자 (19.9% vs. 13.3%) 및 보다 큰 종양 부담 (표적 병변 직경의 중앙값 합계에 기초함; 표 19)을 갖는다는 것을 제외하고, 기준선 특징은 일반적으로 치료 부문 사이에 균형을 이루었다.

표 19: 모든 무작위화된 환자의 기준선 특징.

ECOG는 동부 협동 종양학 그룹을 나타낸다.

OS에 대한 최소 추적은 13.7개월이었다. 요법의 중앙값 지속기간은 니볼루맙의 경우에 3.7개월 (범위, 0.0 내지 26.9+)이었고, 화학요법 (표 20에 제시된 요법)의 경우에 3.4개월 (범위, 0.0 내지 20.9+)이었고; 치료된 환자의 38.0%는 유지 페메트렉세드를 제공받았다. 니볼루맙으로 치료된 총 77명 (28.8%)의 무작위화된 환자는 조사자-평가된 RECIST 1.1 진행을 넘어 니볼루맙을 제공받았고; 26명은 진행을 넘어 >6 니볼루맙 용량을 제공받았다.

표 20: 화학요법 연구 치료 (모든 치료된 환자).

니볼루맙 부문의 ≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자 중에서, 43.6%는 후속 전신 암 요법을 받았고, 치료된 환자의 18.7%는 데이터베이스 잠금 시점에 니볼루맙으로 유지되었다. 화학요법 부문에서, 환자의 64.2%는 후속 전신 요법을 제공받았고, 여기에는 연구 내 교차 치료로서 (57.5%) 및/또는 연구 후 임상 실무에서 (3.3%) 니볼루맙을 제공받은 60.4%가 포함되었다 (표 21).

표 21: ≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자에서의 후속 전신 요법.

효능

1차 효능 분석 집단 및 모든 무작위화된 환자

1차 효능 분석 집단 (≥5% PD-L1 발현)에서, 치료 부문 사이에 PFS에서는 유의한 차이가 없었다 (도 3). 중앙값 PFS는 니볼루맙에 의하면 4.2개월 (95% CI, 3.0 내지 5.6)이었고 화학요법에 의하면 5.9개월 (95% CI, 5.4 내지 6.9)이었다 (HR, 1.15; 95% CI, 0.91 내지 1.45; P= 0.2511). 모든 무작위화된 환자에 대해 유사한 결과가 수득되었다 (도 4).

1차 효능 분석 집단에서 중앙값 OS는 니볼루맙에 의하면 14.4개월 (95% CI, 11.7 내지 17.4)이었고 화학요법에 의하면 13.2개월 (95% CI, 10.7 내지 17.1)이었다 (HR, 1.02; 95% CI, 0.80 내지 1.30) (도 5). 모든 무작위화된 환자에 대해 유사한 결과가 수득되었다 (도 6).

≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자 중 ORR은 니볼루맙에 의하면 26.1% 및 화학요법에 의하면 33.5%였고; 차이는 통계적으로 유의하지 않았다 (표 22). 니볼루맙 부문과 비교하여, 화학요법 부문은 진행성 질환의 최상의 반응을 갖는 환자의 비율이 더 낮았다 (9.9% vs. 27.5%). 중앙값 반응까지의 시간은 2개의 치료 부문에서 유사한 반면에, 중앙값 반응 지속기간은 화학요법에 의한 경우보다 니볼루맙에 의한 경우 2배 초과만큼 길었다 (12.1 vs. 5.7개월; 표 22).

표 22: ≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자에서의 니볼루맙 대 화학요법에 의한 종양 반응.*

* 데이터는 2016년 8월 2일, 데이터베이스 잠금에 기초한다. PD-L1은 프로그램화된 사멸-리간드 1을 나타낸다.

객관적 반응은 독립적 중앙기관 검토에 의해 고형 종양의 반응 평가 기준, 버전 1.1에 따라 평가하였다. 95% 신뢰 구간 (CI)은 클로퍼-피어슨 방법에 기초한다. 분석을 종양 조직학에 의해 계층화하였다. 층-조정된 오즈비 및 양측 P 값을 코크란-맨텔-핸젤 방법을 사용하여 계산하였다.

반응을 갖는 모든 환자로부터의 데이터를 사용하여 분석을 수행하였다 (니볼루맙 군의 55명의 환자 및 조사자가 선택한 화학요법 군의 71명의 환자).

반응까지의 시간은 무작위화로부터 최초 기록된 완전 또는 부분 반응 날짜까지의 시간으로서 정의되었다.

결과는 카플란-마이어 방법을 사용하여 계산하였다. 반응 지속기간은 최초 반응 날짜와, 후속 요법 전에 평가된 진행, 사망, 또는 최종 종양 평가의 최초 기록된 사건 날짜 (데이터-중도절단 날짜) 사이의 시간으로서 정의되었다.

선택된 하위군

대부분의 사전 규정된 하위군에 걸쳐, PFS 및 OS는 전체 연구 결과와 일치하였다 (도 7-8). 유일한 사전 규정된 계층화된 하위군은 조직학이었고; 편평 조직학을 갖는 환자는 화학요법에 비해 니볼루맙에 의해 수치적으로 개선된 PFS 및 OS를 가졌다 (도 7-8). ≥50% PD-L1 발현을 갖는 환자의 탐색적 하위군 분석에서, PFS 및 OS에 대한 HR은 각각 1.07 (95% CI, 0.77 내지 1.49) 및 0.90 (95% CI, 0.63 내지 1.29)이었다. ORR은 니볼루맙의 경우 34.1% (95% CI, 24.3% 내지 45.0%) 및 화학요법의 경우 38.9% (95% CI, 30.3% 내지 48.0%)였다. 이러한 하위군은 계층화되지 않았기 때문에, 니볼루맙 부문은 화학요법 부문보다 더 적은 환자를 가졌고 (88명 vs. 126명), 전체 집단에서 주목되는 성별에서의 불균형은 이러한 하위군에서 훨씬 더 현저하였다 (25.0% vs. 43.7% 여성).

312명의 환자 (결과에 대한 TMB의 영향을 평가하기 위해 무작위화된 환자의 57.7%)에서 탐색적 분석을 수행하였다 (표 23-25; 도 9-17). 높은 TMB (상위 삼분위수, 33%)를 갖는 환자의 백분율은 치료 부문 사이에서 불균형하였다 (니볼루맙: 29.7% vs. 화학요법: 39.0%, 표 25). 기준선 특징, PFS 및 OS (표 24-25 및 도 14-15)는 일반적으로 모든 무작위화된 환자와 일치하였다.

표 23: 종양 돌연변이 부담 결정 동안의 샘플 축소.

^a전혈로부터의 매칭되는 배선 DNA를 사용하여 배선 단일-뉴클레오티드 다형성을 종양 DNA 내의 체세포 미스센스 돌연변이로부터 구별하였다.

^b샘플은 환자 약리유전학 동의의 결여, PD-L1 시험을 위해 고갈된 샘플, 또는 불량한 조직 샘플링을 포함하나 이에 제한되지는 않는 다양한 이유로 이용가능하지 않았다.

^c내부 품질 관리는 종양 및 배선 DNA 사이의 불일치, 너무 적은 서열 판독물, 및 너무 많은 반복 인공 서열 판독물을 포함하나 이에 제한되지는 않는 인자의 평가를 포함하였다.

^d이용가능한 종양 DNA 서열을 갖는 8명의 환자는 매칭되는 배선 DNA 서열을 갖지 않았다.

표 24: 모든 무작위화된 환자 및 평가가능한 종양 돌연변이 데이터를 갖는 환자의 기준선 특징.

ECOG = 동부 협동 종양학 그룹.

표 25: 치료 부문별 평가가능한 종양 돌연변이 데이터를 갖는 환자의 기준선 특징.

ECOG = 동부 협동 종양학 그룹.

높은 TMB를 갖는 환자에서, ORR은 화학요법 부문 (28.3%)에서보다 니볼루맙 부문 (46.8%)에서 더 높았다 (표 26). PFS는 높은 TMB를 갖는 환자에서 니볼루맙 대 화학요법 (중앙값, 9.7 vs. 5.8개월)으로 개선되었다 (HR, 0.62; 95% CI, 0.38 내지 1.00; 도 9). OS는 TMB와 상관없이 부문들 사이에서 유사하였지만 (도 11-12); 화학요법 부문에서 높은 TMB를 갖는 환자의 65%는 교차 후 니볼루맙을 제공받았다. TMB 및 PD-L1 발현 사이에 유의한 연관성은 존재하지 않았다 (피어슨 상관 계수 = 0.059; 도 18).

표 26: 평가가능한 환자에서 종양 돌연변이 부담에 의한 반응.

* 중앙값 PFS가 어느 하나의 치료 부문에서 낮은 및 중간 종양 돌연변이 부담에 대해 유사하였기 때문에, 낮은 및 중간 종양 돌연변이 부담을 갖는 환자에 대한 데이터를 풀링하였다.

안전성

임의의 등급의 치료-관련 AE가 니볼루맙 및 화학요법으로 치료된 환자의 각각 71.2% 및 92.4%에서 발생하였고; 치료-관련 등급 3/4 AE를 갖는 환자의 비율은 화학요법 (50.6%)보다 니볼루맙 (17.6%)에 의한 경우 더 낮았다 (표 11-12). 치료-관련 심각한 AE의 비는 니볼루맙 및 화학요법에서 유사하였지만; 연구 약물의 중단으로 이어지는 치료-관련 AE는 화학요법보다 니볼루맙에 의한 경우 덜 흔하였다 (9.7% 대 13.3%; 표 27 및 표 29-31).

표 27: 니볼루맙 또는 화학요법으로 치료된 환자의 적어도 10%에서 보고된 치료-관련 유해 사건.*

* 데이터는 2016년 8월 2일, 데이터베이스 잠금에 기초한다. 안전성 분석은 적어도 1회 용량의 연구 약물을 제공받은 모든 환자를 포함하였다. 연구 약물의 제1 용량의 시간으로부터, 최종 용량 후 30일까지 또는 니볼루맙 교차의 제1 용량의 시간까지 어느 쪽이든 먼저 일어난 것까지 보고된 사건이 포함된다.

표 28: 니볼루맙 또는 화학요법으로 치료된 환자의 ≥5%에서의 치료-관련 유해 사건.

표 29: 니볼루맙 또는 화학요법으로 치료된 환자의 ≥2%에서의 치료-관련 심각한 유해 사건.

표 30: 니볼루맙의 중단으로 이어진 치료-관련 유해 사건.

표 31: 화학요법의 중단으로 이어진 치료-관련 유해 사건

가장 흔한 치료-관련 선택 AE (잠재적인 면역학적 원인을 갖는 것)는 니볼루맙 부문에서는 피부-관련 사건이었고 화학요법 부문에서는 위장 사건이었다 (표 32).

표 32: 니볼루맙 또는 화학요법으로 치료된 환자에서의 치료-관련 선택 유해 사건^a.

^a선택 유해 사건은 빈번한 모니터링/개입을 필요로 하는 잠재적인 면역학적 병인을 갖는 것이고; 연구 약물의 제1 용량의 시간으로부터, 최종 용량 후 30일까지 또는 니볼루맙 교차의 제1 용량의 시간까지 어느 쪽이든 먼저 일어난 것까지 보고된 사건을 포함한다.

5명의 사망은 연구 치료에 기인한 것으로, 여기에는 니볼루맙 부문에서의 2명의 사망 (각각 다기관 부전 및 폐장염으로 1명씩) 및 화학요법 부문에서의 3명의 사망 (패혈증으로 1명 및 열성 호중구감소증으로 2명)이 포함된다.

논의

본 연구는 IV기/재발성 NSCLC 및 ≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자에서 1차 니볼루맙 단독요법 대 화학요법의 경우 뛰어난 PFS의 1차 종점을 충족시키지 못했다. OS는 2개의 치료 부문에서 유사하였고, 이는 1차 백금-기반 화학요법의 이전 대조군과 바람직하게 비교되었다.^3-8 니볼루맙 요법이 진행성 NSCLC를 갖는 이전에 치료된 환자의 생존을 연장시킨다는 것을 고려하면,^9,10 높은 빈도의 후속 니볼루맙 치료는 화학요법 부문에서 바람직한 OS에 기여할 수 있었다. 보다 우수한 예후 질환 특징 (즉, 보다 적은 간 전이, 보다 낮은 종양 부담, 및 보다 높은 여성 비율)을 포함한 기준선 특징에서의 불균형은 화학요법 부문에서 유리할 수 있다.^3,4,16

≥50% PD-L1 발현을 갖는 환자에서 치료 효능을 비교하는 분석은 본 연구에서 사전명시되지 않았고, 2개의 부문은 환자의 수에서 주요 불균형 (88 vs. 126명)을 가져, 이에 의해 이러한 하위군에서 도출할 수 있는 결론이 제한되었다. 대조적으로, 키노트-024(KEYNOTE-024) 시험은 ≥50% PD-L1-발현 화학요법-나이브 진행성 NSCLC를 갖는 환자에서만 펨브롤리주맙 대 화학요법의 활성을 평가하였다.¹⁷ 연구 사이의 다른 차이점이 최근 종설 논문에서 요약된 바 있지만,¹⁸ 예는 PD-L1 종양 발현을 평가하기 위한 상이한 검정, 선행 방사선요법 및 연구-중인 코르티코스테로이드 사용과 관련된 기준, 및 치료 부문 사이의 환자 특징에서의 불균형 (예를 들어, 연구에서의 성별 및 키노트-024의 면역요법 부문에서의 비-흡연자의 보다 낮은 백분율 [3.2%] vs. 화학요법)을 포함한다.^17,18

키노트-024는 ≥50% PD-L1 발현을 갖는 NSCLC를 갖는 환자에서 1차 치료로서 펨브롤리주맙의 역할을 확립하였지만 (중앙값 PFS, 10.3개월; ORR, 45%); 이러한 세팅에서 환자의 대부분에 대해 미충족 필요가 남아있고, PD-L1에 더하여 바이오마커는 종양-면역 상호작용의 복잡성으로 인해 면역-종양학 요법에 의한 결과를 더 잘 예측하기 위해 계속해서 조사된다.

탐색적 분석에서, TMB에 대해 평가가능한 환자 중에서, 니볼루맙은 높은 TMB 하위군에서 화학요법에 비해 ORR 및 PFS를 개선시켰다 (니볼루맙 ORR, 46.8%; 중앙값 PFS, 9.7개월). 높은 TMB 하위군에서 치료 부문 사이에 OS 차이는 존재하지 않았고, 이는 부분적으로, 화학요법 부문에서 니볼루맙으로의 높은 교차 (65%)에 의해 설명될 수 있다. 그럼에도 불구하고, 높은 TMB 하위군은 주목할 만한 OS (>18개월 중앙값 OS)를 가졌다. TMB 수준 및 종양 PD-L1 발현은 연관이 있는 것으로 보이지 않았고, 높은 TMB 및 ≥50% PD-L1 발현 둘 다를 갖는 환자는 이들 인자 중 하나만을 갖거나 어느 것도 갖지 않는 환자보다 니볼루맙에 반응할 더 큰 가능성을 가질 수 있다. 종합하면, 이러한 탐색적 분석의 발견은 면역요법이 높은 TMB를 갖는 환자에서 증진된 활성을 갖고¹⁴ 전향적 확인을 보장한다는 가설을 지지한다.

본 연구에서 넓은 PD-L1-발현 집단에서, 니볼루맙 단독요법은 백금-기반 화학요법과 대등하였고, 이는 장기적 결과를 개선시키고 항-PD-1 요법으로부터 이익을 얻을 환자 집단을 확장시킬 수 있는 향후의 1차 조합 전략을 위한 고무적인 토대를 제공한다. 니볼루맙을, 숙주 면역 반응의 억제에 수반되는 조절 T 세포를 고갈시키는 이필리무맙과 조합한 것은,^19,20 항종양 활성을 개선시킬 수 있다.²¹ 체크메이트 012로부터의 발견은 이러한 조합이 1차 NSCLC 세팅에서 임상 활성을 증진시킬 수 있다는 것을 시사한다. ≥1% PD-L1 발현을 갖는 환자에서, ORR은 니볼루맙 단독요법 코호트와 비교하여 니볼루맙 플러스 이필리무맙 코호트에서 배가되었고 (57% vs. 28%), 1-년 OS율은 87%였다.^12,22,23 3상 연구 (체크메이트 227; NCT02477826)는 IV기/재발성 NSCLC를 갖는 화학요법-나이브 환자에서 니볼루맙 플러스 이필리무맙 또는 화학요법의 효능 및 안전성을 평가하고 있다. 또한, 여러 진행중인 3상 연구는 NSCLC에서 이중 체크포인트-억제제 차단 또는 PD-1 억제제 플러스 화학요법을 평가하고 있다 (예를 들어, NCT02453282, NCT02367781, 및 NCT02578680).

결론적으로, 니볼루맙 단독요법은 ≥5% PD-L1 발현을 갖는 환자의 넓은 집단에서 IV기/재발성 NSCLC를 위한 1차 치료로서 백금-기반 화학요법과 비교하여 PFS를 개선시키지 않았다. 단일-작용제 니볼루맙에 의한 OS는 강건하였고, 백금 이중 화학요법과 대등하였다. 또한, 이는 PD-1 억제제 요법이 높은 TMB를 갖는 환자에서 결과를 개선시킴으로써 이익을 증진시키는지 평가하기 위한 탐색적 종점을 갖는 최초의 3상 시험이다. 니볼루맙은 화학요법과 비교하여 개선된 안전성 프로파일을 가졌고, 어떠한 새로운 안전성 징후도 관찰되지 않았다.

실시예 2.

IV기 또는 재발성 비소세포 폐암에서 1차 니볼루맙의 3상 연구로부터의 샘플을 사용한, 합치를 평가하기 위한 표적화된 유전자 패널의 검사 (파운데이션원®) 대 전체 엑솜 서열분석.

TMB는 검사된 종양 게놈의 메가염기당 체세포 돌연변이의 수로 정의된다. 전체 엑솜 서열분석과 비교하여 더 적은 유전자를 서열분석함으로써 TMB를 계산할 수 있는 것으로 가설화되었다. 파운데이션원®을 사용한 서열분석은 이전에 249개의 암 시편을 사용하여 검증되었다. 예를 들어, 문헌 [Frampton GM et al. Nat Biotechnol. 2013;31:1023-1031]을 참조한다.

TMB 값이 동등한지 및 전체 엑솜 서열분석 (WES)-유래 및 파운데이션원® 검정 데이터 사이에 합치가 존재하는지 평가하기 위해, (실시예 1로부터) 연구에 등록된 환자로부터의 TMB 데이터를 2개의 서열분석 플랫폼: WES 및 파운데이션원®을 사용하여 생성하였다.

방법

TMB를 2종의 혼성화-포획/NGS 방법을 사용하여 포르말린-고정, 파라핀-포매 (FFPE) 종양 샘플의 DNA에서 평가하였다. WES의 경우, 21,522개 유전자의 코딩 영역을 분석하였다. 간략하게, 종양 엑솜 데이터 및 배선 (혈액) 엑솜 데이터를 수집하고 비교하여 체세포 미스센스 돌연변이를 확인하였다 (도 21). 이어서, TMB를 종양 엑솜에서의 미스센스 돌연변이의 총수로서 정의하였다.

파운데이션원®의 경우, 315개의 암-관련 유전자의 표적화된 유전자 패널을 분석하였다. TMB는 검사된 종양 게놈의 메가염기당 체세포 돌연변이의 수로서 정의하였다. 이러한 분석의 감도 및 정확성은 249개의 암 시편을 사용하여 이전에 검증되었고, 이 방법은 102,292개의 종양의 최근 연구 (문헌 [Chalmers et al., Genome Med. 9:34 (2017)] 참조)를 포함하여, 많은 종양 유형에 걸쳐 TMB를 평가하기 위해 사용되어 왔다 (문헌 [Frampton et al., Nat. Biotechnol. 31:1023 (2013)] 참조). 도 21은 실험 설계를 예시한다.

결과

전체 엑솜 서열분석 (WES)에 의해 결정된 TMB는 파운데이션원® 서열분석 (F1)에 의해 결정된 TMB에 대해 선형으로 플롯팅되었다. 도 22에 제시된 바와 같이, TMB는 둘 다의 기술 사이에서 고도로 상관되었고, 전체 엑솜 서열분석을 통해 확인된 많은 미스센스 돌연변이 및 파운데이션원® 서열분석을 통해 확인된 많은 체세포 돌연변이는, 부트스트랩 (분위수) 방법 (스피어만 r = 0.9)을 사용하여 계산된 0.95-신뢰 경계 내에 속하였다.

파운데이션원® 및 전체 엑솜 서열분석 사이의 TMB 합치를 결정하기 위해, 148개 미스센스 돌연변이의 TMB 값을 중앙값으로 설정하였다 (도 22, 수직 파선). 동일한 데이터 포인트에서, 파운데이션원® 서열분석 사용 시 44개의 샘플에서 메가베이스당 7.64개의 체세포 돌연변이가 존재하는 것으로 계산되었다 (도 22, 수평 파선). 표 33에 제시된 바와 같이, 둘 다의 서열분석 접근법 사이의 상관관계가 연계된다. 따라서, 파운데이션원® 서열분석은 1차 니볼루맙의 3상 연구에 등록된 IV기 또는 재발성 비소세포 폐암 환자에서 종양 돌연변이 부담을 확인하는데 사용될 수 있다.

표 33: 파운데이션원® 서열분석 및 전체 엑솜 서열분석에 의한 TMB 연계.

보정 곡선을 사용하여 전체 엑솜 서열분석으로부터 유래된 TMB 데이터를 파운데이션원® 서열분석에 기초한 것에 대해 투영시켰다. 전체적으로, 전체 엑솜 서열분석 및 파운데이션원® 서열분석 사이에 86% 일치 (73-94; 95% 윌슨 신뢰 구간)가 존재하였다. 양의 상관관계와 관련하여, 전체 엑솜 서열분석 및 파운데이션원® 서열분석 사이에 86% 일치 (67-95; 95% 윌슨 신뢰 구간)가 또한 존재하였다. 그리고 음의 상관관계와 관련하여, 전체 엑솜 서열분석 및 파운데이션원® 서열분석 사이에 86% 일치 (67-95; 95% 윌슨 신뢰 구간)가 또한 존재하였다. 이들 데이터는, 전체 엑솜 서열분석 및 파운데이션원® 서열분석을 연계한 것이 전체 엑솜 서열분석-유래 바이오마커 데이터의 파운데이션원® 서열분석으로의 전환을 용이하게 한다는 것을 입증한다.

이러한 연구는 궁극적으로 시험 플랫폼에 걸친 TMB 데이터가 조화될 수 있다는 가설을 지지한다. TMB는 정밀한 면역-종양학 요법에 대한 신생 바이오마커이기 때문에, 시험 플랫폼에 걸쳐 데이터를 조화시키는 능력은 대안적 시험 옵션을 제공하는 것을 도울 것이다.

실시예 3

재발성 소세포 폐암 (SCLC)을 갖는 환자는 제한된 치료 옵션 및 불량한 생존을 갖는다. SCLC를 갖는 환자의 임상 시험으로부터의 초기 결과는 니볼루맙 단독에 의한 경우 또는 이필리무맙과 조합된 경우 지속적인 반응 및 고무적인 생존을 나타내었다. 니볼루맙 및 이필리무맙의 조합물을 제공받은 환자의 26 퍼센트는, 니볼루맙 단독요법을 제공받은 환자의 14%와 비교하여, 2년에 걸친 전체 생존율을 가졌다. 이들 데이터는 SCLC의 치료를 위한 NCCN 가이드라인에, 이필리무맙의 존재 또는 부재 하에, 니볼루맙이 포함되는 것을 지지하였다.

종양 PD-L1 발현은 SCLC에서는 흔하지 않고, 반응은 PD-L1 상태와 상관없이 관찰되었다. 개선된 바이오마커가 SCLC에서의 면역요법에 필요하다. 이전에, 높은 TMB를 갖는 대상체는 낮은 또는 중간 TMB를 갖는 대상체와 비교하여 니볼루맙 단독요법에 의한 치료 후에 더 높은 무진행 생존 (PFS)율을 갖는 것으로 발견되었다. SCLC는 흡연 이력을 갖는 환자에서 거의 독점적으로 발견되고, 높은 TMB를 특징으로 한다. TMB 및 효능 사이의 연관성은 NSCLC 및 방광암에서 니볼루맙에 의해, 및 흑색종에서 이필리무맙에 의해 관찰되었다. 높은 TMB는 SCLC에서 니볼루맙 ± 이필리무맙으로부터의 증진된 이익과 연관될 수 있다. 본 연구는 SCLC에서 이필리무맙의 존재 또는 부재 하의 니볼루맙에 대한 예측 바이오마커로서 종양 돌연변이 부담 (TMB)의 사용을 조사한다.

연구 설계

이전에 SCLC로 진단되고, 이전에 적어도 1종의 선행 백금-함유 요법을 받았던 대상체를 선택하였다 (도 23). 비-무작위화 및 무작위화된 (3:2) 환자에게 (1) 질환 진행 또는 허용되지 않는 독성까지 2주마다 IV에 의해 투여되는 니볼루맙 3 mg/kg을 포함하는 니볼루맙 단독요법; 또는 (2) 4 사이클 동안 3주마다 IV에 의해 투여되는 니볼루맙 1 mg/kg 및 이필리무맙 3 mg/kg을 포함하는 니볼루맙/이필리무맙 조합 요법, 이어서 질환 진행 또는 허용되지 않는 독성까지 2주마다 IV에 의해 투여되는 니볼루맙 3 mg/kg의 니볼루맙 단독요법을 제공하였다.

1차 목적은 RECIST v1.1에 의해 객관적 반응률 (ORR)을 측정하는 것이었다. 2차 목적은 안전성, 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 및 반응 지속기간 (DOR)을 모니터링하는 것을 포함하였다. 사전명시된 탐색적 목적은 EQ-5D 기기를 사용한 바이오마커 분석 및 건강 상태를 포함하였다.

TMB는 일루미나 HiSeq 2500을 사용하여 2 x 100-bp 쌍형성된-말단 판독물을 사용하여 전체 엑솜 서열분석에 의해 결정하였고, 종양에서의 비동의 미스센스 돌연변이의 총수로서 계산하였다. 탐색적 분석을 위해, 환자를 TMB 삼분위수에 기초하여 3개의 하위군으로 나누었다.

기준선

총 245명의 대상체가 니볼루맙 단독요법에 포함되었고 (ITT), 이 중 133명이 TMB 평가가능하였다 (표 34 및 도 24). 총 156명의 대상체가 니볼루맙/이필리무맙 조합 요법에 포함되었고 (ITT), 이 중 78명이 TMB 평가가능하였다 (표 34 및 도 24).

표 34: 기준선 특징

결과

무진행 생존 (PFS; 도 25a 및 25c) 및 전체 생존 (OS; 도 25b 및 25d)은 ITT 환자, 및 니볼루맙 단독요법 (도 25a 및 25b) 및 니볼루맙/이필리무맙 조합 요법 (도 25c 및 25d)에 대해 TMB-평가가능한 하위세트 사이에서 대등하였다. ITT 및 TMB-평가가능한 환자에서의 ORR은 각각, 니볼루맙 단독요법의 경우 11.4% 및 11.3%였고, 니볼루맙/이필리무맙 조합 요법의 경우 21.8% 및 28.2%였다. 니볼루맙 단독요법 또는 니볼루맙/이필리무맙 조합 요법을 제공받은 환자에 대한 TMB 분포를 도 26a에 제시한다. 풀링한 경우 (도 26b), SCLC 코호트에서의 총 미스센스 돌연변이의 분포는 최근 비소세포 폐암 (NSCLC) 연구에서의 총 미스센스 돌연변이의 분포와 대등하였다 (도 26c).

전체 반응률 (ORR)은 니볼루맙 단독요법을 투여한 대상체 (11.3%)에서보다 니볼루맙/이필리무맙 조합 요법을 투여한 TMB-평가가능한 대상체 (28.2%)에서 더 높았다 (도 27). TMB에 의해 계층화한 경우, 최대 효과는 높은 TMB를 갖는 대상체에서 관찰되었다. 니볼루맙 단독요법 또는 이필리무맙 단독요법으로 치료된 낮은 TMB를 갖는 대상체는 각각 약 4.8% 및 22.2%의 ORR을 나타내었다. 니볼루맙 단독요법 또는 이필리무맙 단독요법으로 치료된 중간 TMB를 갖는 대상체는 각각 약 6.8% 및 16.0%의 ORR을 나타내었다. 니볼루맙 단독요법 또는 이필리무맙 단독요법으로 치료된 높은 TMB를 갖는 대상체는 각각 약 21.3% 및 46.2%의 ORR을 나타내었다.

일반적으로, 보다 우수한 반응을 겪는 대상체는 더 많은 수의 미스센스 종양 돌연변이를 가졌다. 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)을 겪는 니볼루맙 단독요법을 투여받은 대상체는 평균 325개의 미스센스 돌연변이를 가졌고, 안정 질환을 겪는 대상체는 평균 211.5개의 미스센스 돌연변이를 가졌고, 안정 질환을 겪는 대상체는 평균 185.5개의 미스센스 돌연변이를 가졌다 (도 28a). 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)을 겪는 니볼루맙/이필리무맙 조합 요법을 투여받은 대상체는 평균 266개의 미스센스 돌연변이를 가졌고, 안정 질환을 겪는 대상체는 평균 202개의 미스센스 돌연변이를 가졌고, 안정 질환을 겪는 대상체는 평균 156개의 미스센스 돌연변이를 가졌다 (도 28b).

또한, 높은 TMB를 갖는 대상체는 낮은 또는 중간 TMB를 갖는 대상체와 비교하여 니볼루맙 단독요법 (도 29a) 또는 니볼루맙/이필리무맙 조합 요법 (도 29b)으로의 치료 후에 증가된 PFS를 나타내었다. 니볼루맙 단독요법의 경우, 평균 PFS는 낮은 TMB 및 중간 TMB 대상체의 경우 약 1.3% 및 높은 TMB 대상체의 경우 약 1.4%였고, 1년 PFS는 중간 TMB의 경우 단지 3.15인 것과 비교하여 높은 TMB 대상체의 경우 21.2%였다 (도 29a). 니볼루맙/이필리무맙 조합 요법의 경우, 평균 PFS는 낮은 TMB 대상체의 경우 약 1.5%, 중간 TMB 대상체의 경우 1.3%, 및 높은 TMB 대상체의 경우 약 7.8%였고, 1년 PFS는 중간 및 낮은 TMB 대상체의 경우 각각 약 8.0% 및 6.2%인 것과 비교하여 높은 TMB 대상체의 경우 약 30%였다 (도 29b).

유사하게, 높은 TMB를 갖는 대상체는 낮은 또는 중간 TMB를 갖는 대상체와 비교하여 니볼루맙 단독요법 (도 30a) 또는 니볼루맙/이필리무맙 조합 요법 (도 30b)으로의 치료 후에 증가된 OS를 나타내었다. 니볼루맙 단독요법의 경우, 중앙값 OS는 낮은 TMB 대상체의 경우 약 3.1%, 중간 TMB 대상체의 경우 약 3.9%, 및 높은 TMB 대상체의 경우 약 5.4%였고, 1년 OS는 중간 TMB의 경우 약 26.0% 및 낮은 TMB 대상체의 경우 22.1%인 것과 비교하여 높은 TMB 대상체의 경우 35.2%였다 (도 30a). 니볼루맙/이필리무맙 조합 요법의 경우, 중앙값 OS는 낮은 TMB 대상체의 경우 약 3.4%, 중간 TMB 대상체의 경우 3.6%, 및 높은 TMB 대상체의 경우 약 22%였고, 1년 OS는 중간 및 낮은 TMB 대상체의 경우 각각 약 19.6% 및 23.4%인 것과 비교하여 높은 TMB 대상체의 경우 약 62.4%였다 (도 30b).

실시예 4

프로그램화된 사멸 (PD)-1 억제제인 니볼루맙은 전이성 또는 외과적으로 절제불가능한 요로상피 암종 (UC)을 갖는 환자 (pt)에서의 단일-부문 II상 연구에서 효능을 입증하였다 (체크메이트 275; Sharma et al. 2017). 본 분석은 전처리 종양 돌연변이 부담 (TMB) 및 니볼루맙에 대한 반응 사이의 잠재적 연관성을 조사한다.

방법

전처리 보관 종양 조직 및 매칭된 전혈 샘플로부터의 종양 DNA를 전체 엑솜 서열분석에 의해 프로파일링하였다. TMB는 종양당 미스센스 체세포 돌연변이의 총수로서 정의하였고, 연속 변수 및 삼분위수로서 평가하였다 (미스센스 카운트: 높음 167, 중간 85-166, 낮음 <85). 콕스 모델을 사용하여 TMB 및 무진행 생존 (PFS) 및 전체 생존 (OS) 사이의 연관성; 및 객관적 반응률 (ORR)에 대한 로지스틱 회귀를 조사하였다. 종양 PD-리간드 1 (PD-L1) 발현을 다코 PD-L1 면역조직화학 28-8 검정에 의해 평가하고, <1%로 카테고리화하였다.

결과

270명의 환자 중 139명 (51%)이 평가가능한 TMB를 가졌다. 기준선 특징, ORR, PFS, 및 OS는 모든 치료된 환자 및 TMB 하위군 사이에서 유사하였다. 모든 환자 및 TMB/PD-L1 하위군에서의 ORR, PFS 및 OS를 표 35에 제시한다. TMB는, 기준선 종양 PD-L1 발현, 간 전이 상태, 및 혈청 헤모글로빈에 대해 조정한 경우에도, ORR (P¼0.002) 및 PFS (P¼0.005)와 통계적으로 유의한 양성 연관성, 및 OS (P¼0.067)와 강한 연관성을 나타내었다. 높은 TMB는 <1% PD-L1 발현을 갖는 환자에서 생존에 가장 큰 영향을 미쳤다 (표 35).

이들 탐색적 발견은 TMB가 니볼루맙에 대한 반응을 풍부화할 수 있고 PD-L1을 넘어서는 상보적 예후/예측 정보를 제공할 수 있다는 것을 시사한다. 면역요법으로 치료된 UC 환자에서의 다른 바이오마커와 관련하여 TMB의 예후/예측 값을 규정하기 위해 무작위화 시험에서의 추가의 분석이 필요하다.

표 35: ORR, PFS, 및 OS: 모든 환자 및 TMB/PD-L1 하위군.

실시예 5: 비소세포 폐암에서의 높은 종양 돌연변이 부담에서 니볼루맙 플러스 이필리무맙

니볼루맙+이필리무맙은 1상 NSCLC 연구에서 유망한 효능을 입증하였고, 종양 돌연변이 부담 (TMB)은 이익의 잠재적 바이오마커로서 대두되었다. 본 시험은 바이오마커-선택된 NSCLC 집단에서의 1차 니볼루맙 및 니볼루맙-기반 조합물의 개방-표지, 다중-파트 3상 연구이다. 본 발명자들은 높은 TMB (≥10개 돌연변이/Mb)를 갖는 환자에서 니볼루맙+이필리무맙 대 화학요법에 의한 무진행 생존 (PFS)의 공동-1차 종점에 대한 파트 1로부터의 결과를 보고한다. 연구는 PD-L1-선택된 환자에서 전체 생존의 공동-1차 종점에 대해 계속된다.

환자는 화학요법-나이브, IV기 또는 재발성 NSCLC를 가졌다. ≥1% 종양 PD-L1 발현을 갖는 것을 니볼루맙+이필리무맙, 니볼루맙, 또는 화학요법으로 1:1:1로 무작위화하였고; <1% 종양 PD-L1 발현을 갖는 것은 니볼루맙+이필리무맙, 니볼루맙+화학요법, 또는 화학요법으로 1:1:1로 무작위화하였다. TMB를 파운데이션원® CDX™를 사용하여 결정하였다.

높은 TMB (≥10개 돌연변이/Mb)를 갖는 환자에서의 PFS는 니볼루맙+이필리무맙 대 화학요법에 의한 경우 유의하게 더 길었고 (HR, 0.58; 97.5% CI, 0.41-0.81; P= 0.0002); 1-년 PFS율은 43% 및 13%였고, 중앙값 PFS (95% CI)는 각각 7.2 (5.5-13.2) 및 5.5 (4.4-5.8)개월이었다. 객관적 반응률은 각각 45.3% 및 26.9%였다. 니볼루맙+이필리무맙 대 화학요법의 이익은 ≥1% 및 <1% PD-L1 발현을 갖는 것을 포함한 하위군 내에서 대체로 일치하였다. 등급 3-4 치료-관련 유해 사건율은 각각 31% 및 36%였다.

PD-L1 발현과 상관없이, PFS는 TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 갖는 NSCLC에서 화학요법에 비해 1차 니볼루맙+이필리무맙에 의해 유의하게 개선되었다. 결과는 NSCLC에서 니볼루맙+이필리무맙의 이익 및 환자 선택을 위한 바이오마커로서 TMB의 역할을 검증하였다.

환자의 선택

등록 전 6개월 내에 수득한 신선 또는 보관 종양-생검 시편 (및 환자는 임의의 개입 전신 항암 요법을 받지 않음)을 항-PD-L1 항체 (28-8 항체)를 사용하여 중앙 실험실에서 PD-L1에 대해 시험하였다. 문헌 [Hanna, N., et al. J Oncol Pract 13:832-7 (2017)].

진행성 또는 전이성 질환에 대한 1차 요법으로서 선행 전신 항암 요법을 받지 않은, PD-L1-조직학적으로 확인된 편평 또는 비편평 IV기/재발성 NSCLC 및 동부 협동 종양학 그룹 (ECOG) 수행 상태 (Oken M.M., et al. Am J Clin Oncol 5:649-55 (1982)) 0 또는 1을 갖는 성인 환자가 연구에 적격이었다. 도 31을 참조한다. 모든 환자는 뇌 전이를 스크리닝하기 위해 영상화를 받았다. 표적화 요법에 감수성인 공지된 EGFR 돌연변이 또는 ALK 전위, 자가면역 질환, 또는 비치료된 중추 신경계 전이를 갖는 환자는 제외되었다. 중추 신경계 전이를 갖는 환자는 그것이 충분히 치료되어 무작위화 전 ≥2주 동안 신경학상 기준선으로 복귀되었다면 적격이었다.

추가의 포함 및 제외 기준으로서, 국부 진행성 질환에 대한 선행 보조 또는 신보조 화학요법 또는 선행 결정적 화학방사선은 등록 전 최대 6개월까지 허용되었다. 비-중추 신경계 병변에 대한 선행 완화적 방사선요법은 무작위화 ≥2주 전에 완료되어야 한다. 환자는 무작위화 전 ≥2주 동안 글루코코르티코이드에서 벗어났거나 또는 안정하거나 감소하는 용량의 ≤10 mg의 1일 프레드니손 (또는 등가물) 중이어야 한다.

연구 설계 및 치료

본 연구는 별개의 환자 집단에서 상이한 니볼루맙-기반 요법 vs. 화학요법을 평가하기 위해 설계된 다중-파트 3상 시험이었다. 16개월의 기간 동안, ≥1% 및 <1% 종양 PD-L1 발현을 갖는 환자를 동일한 센터에 동시에 등록하였다 (도 31). ≥1% PD-L1 발현을 갖는 환자를 무작위화하고 (1:1:1), 종양 조직학 (편평 대 비편평 NSCLC)에 의해 (i) 2주마다 니볼루맙 3 mg/kg 플러스 6주마다 이필리무맙 1 mg/kg, (ii) 최대 4 사이클 동안 3주마다 조직학-기반 백금-이중 화학요법, 또는 (iii) 2주마다 니볼루맙 240 mg으로 계층화하였다. <1% PD-L1 발현을 갖는 환자를 무작위화하고 (1:1:1), 종양 조직학에 의해 (i) 2주마다 니볼루맙 3 mg/kg 플러스 6주마다 이필리무맙 1 mg/kg, (ii) 최대 4 사이클 동안 3주마다 조직학-기반 백금-이중 화학요법, 또는 (iii) 최대 4 사이클 동안 3주마다 니볼루맙 360 mg 플러스 조직학-기반 백금-이중 화학요법으로 계층화하였다. 4 사이클의 화학요법 또는 니볼루맙 동반 화학요법 후에 안정한 질환 또는 반응을 갖는 비편평 NSCLC를 갖는 환자는 유지 페메트렉세드 또는 페메트렉세드 플러스 니볼루맙으로 계속될 수 있다. 모든 치료는 질환 진행, 허용되지 않는 독성, 또는 프로토콜에 따른 완료 (면역요법에 대해 최대 2년)까지 계속되었다. 연구 내의 치료 부문 사이의 교차는 허용되지 않았다.

시험의 파트 1에 등록된 2877명의 환자 중에서, 1739명이 무작위화되었다. 무작위화되지 않은 1138명의 환자 중에서, 909명의 환자는 더 이상 연구 기준을 충족시키지 못했고 (공통적인 이유는 확인된 EGFR/ALK 돌연변이, ECOG PS의 감소, 비치료된 뇌 전이, 및 비-평가가능한 PD-L1 발현을 포함함), 88명의 환자는 동의를 철회하였고, 40명의 환자는 사망하였고, 33명의 환자는 유해 사건 (연구 약물 비관련)을 가졌고, 6명의 환자는 추적에서 소실되었고, 62명의 환자는 다른 이유로 제외되었다.

표 36 및 37에 제시된 바와 같이, 모든 무작위화된 TMB-평가가능한 환자에서의 기준선 특징은 유사하였고, 치료 부문 사이에서 균형을 이루었다.

표 36: 모든 무작위화된 환자의 기준선 특징.

ECOG PS = 동부 협동 종양학 그룹 수행 상태; PD-L1 = 프로그램화된 사멸 리간드 1.

표 37: 모든 TMB-평가가능한 환자의 기준선 특징.

ECOG PS = 동부 협동 종양학 그룹 수행 상태

종양 돌연변이 부담 분석

324개의 유전자에서 치환, 삽입 및 결실 (indel), 및 카피수 변경을 검출하고 유전자 재배열을 선택하기 위해 차세대 서열분석을 사용하는 검증된 검정 파운데이션원® CDX™를 사용하여, 보관 또는 신선 포르말린-고정, 파라핀-포매 종양 샘플에서 TMB를 평가하였다. 문헌 [Ettinger, D.S., et al. J Natl Compr Canc Netw, 15:504-35 (2017)]. 독립 보고서는 전체 엑솜 서열분석 (WES)으로부터 추정된 TMB 및 표적화된 차세대 서열분석 (NGS)으로부터 추정된 TMB 사이의 합치를 입증하였다. 문헌 [Szustakowski J., et al. Evaluation of tumor mutation burden as a biomarker for immune checkpoint inhibitor efficacy: A calibration study of whole exome sequencing with FoundationOne®. Presented at the American Association for Cancer Research 2018 Annual Meeting; 2018; Chicago, Illinois; Zehir A, et al. Nat Med 2017;23:703-713; Rizvi H., et al., J Clin Oncol 2018;36:633-41]. TMB를 이전에 정의된 방법에 따라 계산하였다. 문헌 [Reck, M., et al., N Engl J Med, 375:1823-33 (2016)]. 간략하게, TMB를 조사된 게놈의 메가염기당 체세포, 코딩, 염기 치환 및 짧은 indel의 개수로서 정의하였다. 동의 돌연변이를 포함한 표적화된 유전자의 코딩 영역 내의 모든 염기 치환 및 indel을, 파운데이션 의약 임상 코호트에서 컴파일링된 희귀 배선 사건의 개인 데이터베이스에 더하여, COSMIC에 따른 종양유전자 구동 사건 및 dbSNP 및 ExAC 데이터베이스에 따른 배선 상태 둘 다에 대해 필터링하였다. 또한 SGZ (체세포-배선-접합성) 도구를 사용한 배선 상태의 컴퓨터 평가에 기초한 추가의 필터링을 수행하였다. 문헌 [Aguiar, P.N., et al., ESMO Open, 2:e000200 (2017)].

표 38에 제시된 바와 같이, 모든 무작위화된 환자 (N = 1739) 중, 1649명 (95%)은 TMB 평가를 위한 종양 샘플을 가졌고, 1004명 (58%)은 TMB-기반 효능 분석에 유효한 TMB 데이터를 가졌다.

표 38: TMB 결정 전반에 걸친 샘플 크기

^a 무작위화된 환자는 파트 1의 모든 치료 부문 (니볼루맙 + 이필리무맙, 니볼루맙, 화학요법, 및 니볼루맙 + 화학요법 부문)으로부터의 환자를 포함한다.

^b 분석 품질 관리 점검 전 모든 샘플에 대해 수행하여 잘못된 요청, 불충분한 샘플의 수령, 및 이중 샘플을 포함하나 이에 제한되지는 않는 부정확성을 플래깅하였다. 파운데이션원® CDX™ 검정은 하기 중요한 특징을 포함하는 포괄적 품질 관리 기준을 사용한다: 종양 순도, DNA 샘플 크기, 조직 샘플 크기, 라이브러리 구축 크기, 및 하이브리드 포획 수율.

모든 치료 부문에 걸친 모든 TMB-평가가능한 환자 중, 444명 (44%)은 TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 가졌고, 니볼루맙 플러스 이필리무맙으로 무작위화된 139명의 환자 및 화학요법에 무작위화된 160명의 환자를 포함하였다. 표 39에 제시된 바와 같이, 2개의 치료군 사이의 기준선 특징은 PD-L1 발현의 분포를 포함하여 잘 균형을 이루었다. TMB-평가가능한 집단에서, TMB 및 PD-L1 발현 사이에는 상관관계가 존재하지 않았다. 도 36a 및 36b.

표 39: TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자의 기준선 특징.

11.2개월의 최소 추적 시, 니볼루맙 플러스 이필리무맙 및 화학요법으로 치료된 환자의 각각 17.7% 및 5.6%가 치료에 남겨졌다. 표 40을 참조한다.

표 40: 치료 종료 요약.

화학요법으로 할당된 환자 중 28.1%가 후속 면역요법을 받았다. 표 41을 참조한다.

표 41: TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서의 후속 전신 요법.^a

^a 데이터베이스 잠금 시간에, 니볼루맙 + 이필리무맙으로 치료된 환자의 24% 및 화학요법으로 치료된 환자의 3%는 여전히 치료 중이었다.

^b 모든 5 명의 환자는 니볼루맙과 조합된 이필리무맙을 제공받았다.

요법의 중앙값 지속기간은 니볼루맙 플러스 이필리무맙의 경우 4.2개월 (범위, 0.03 내지 24.0+)이었고, 화학요법의 경우 2.6개월 (범위, 0.03 내지 22.1+)이었다. 조합 요법으로서 제공되는 니볼루맙 (2주마다) 및 이필리무맙 (6주마다)의 용량의 중앙값 횟수는 각각 9 (범위, 1 내지 53) 및 3 (범위, 1 내지 18)이었다.

높은 TMB (≥10개 돌연변이/Mb)를 갖는 환자 중에서, 니볼루맙 플러스 이필리무맙으로 치료된 24.2% 및 화학요법으로 치료된 3.1%는 데이터베이스 잠금 시 계속 치료되었고; 치료 중단에 대한 가장 흔한 이유는 질환 진행 (각각 37.8% 및 47.2%), 연구 약물 독성 (각각 25.9% 및 8.8%), 및 화학요법 군에서 환자의 요구되는 치료의 완료 (26.4% vs. 니볼루맙 플러스 이필리무맙으로 치료된 환자의 경우 0%)였다.

종점 및 평가:

본 연구의 파트 1은 2개의 공동-1차 종점을 가졌다. 하나의 공동-1차 종점은 무진행 생존 (PFS)이었고, 이는 TMB-선택된 환자 집단에서 니볼루맙 플러스 이필리무맙 vs. 화학요법의 맹검 독립적 중앙기관 검토에 의해 평가되었다. 이전의 발견에 기초하여 (Ramalingam SS, et al. Tumor mutation burden (TMB) as a biomarker for clinical benefit from dual immune checkpoint blockade with nivolumab (nivo) + ipilimumab (ipi) in first-line (1L) non-small cell lung cancer (NSCLC): identification of TMB cutoff from CheckMate 568. Presented at the American Association for Cancer Research 2018 Annual Meeting; 2018; Chicago, Illinois.), 공동-1차 종점의 사전계획된 분석을 위해 ≥10개 돌연변이/Mb의 사전규정된 TMB 컷오프를 선택하였다. 제2 공동-1차 종점은 PD-L1-선택된 환자 집단에서의 니볼루맙 플러스 이필리무맙 vs. 화학요법에 의한 전체 생존 (OS)이었다.

표 42에 제시된 바와 같이, TMB-선택된 환자 집단에서의 2차 종점은 TMB ≥13개 돌연변이/Mb 및 ≥1% PD-L1 발현을 갖는 환자에서의 니볼루맙 vs. 화학요법에 의한 PFS 및 TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서의 니볼루맙 플러스 이필리무맙 vs. 백금-이중 화학요법에 의한 OS를 포함하였다.

표 42: TMB-선택된 환자에서의 계층적 가설 검정.

PFS = 무진행 생존; ORR = 객관적 반응률; OS = 전체 생존

니볼루맙 대 화학요법에 의한 PFS의 2차 종점에 대한 ≥13개 돌연변이/Mb의 TMB 컷오프는, 전체 엑솜 서열분석 데이터를 파운데이션원® CDX™ 데이터로 전환시키는 연계 연구를 포함한 이전 연구로부터의 분석에 기초하였다. 문헌 [Carbone et al. N Engl J Med 2017;376:2415-26; Szustakowski et al.. Evaluation of tumor mutation burden as a biomarker for immune checkpoint inhibitor efficacy: A calibration study of whole exome sequencing with FoundationOne®. In: American Association for Cancer Research 2018 Annual Meeting. Chicago, Illinois; 2018]을 참조한다. 전체 반응률 (ORR), 반응 지속기간, 및 안전성은 탐색적 종점이었다. 유해 사건을 국립 암 연구소 유해 사건에 대한 통상 용어 기준, 버전 4.0에 따라 등급화하였다. PD-L1을 이전에 기재된 바와 같이 결정하였다. 문헌 [Labeling: PD-L1 IHC 28-8 pharmDx. Dako North America, 2016. (Accessed October 20, 2016, at accessdata.fda.gov/cdrh_docs/pdf15/P150027c.pdf.)]을 참조한다.

검사된 게놈의 메가염기당 체세포, 코딩, 염기 치환 및 짧은 삽입 및 결실 (indel)의 개수로서 정의된 TMB를 파운데이션원® CDX™ 검정을 사용하여 결정하였다. 예를 들어, 문헌 [FOUNDATIONONE® CDX™. Foundation Medicine, 2018. (Accessed February 8, 2018, at foundationmedicine.com/genomic-testing/foundation-one-cdx.); Chalmers et al., Analysis of 100,000 human cancer genomes reveals the landscape of tumor mutational burden. Genome Med 2017;9:34; 및 Sun JX, He Y, Sanford E, et al. The mutation count following application of various filters was divided by the region counted (0.8 Mb) to yield mutations/Mb]을 참조한다.

TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서의 니볼루맙 플러스 이필리무맙 vs. 화학요법에 의한 PFS의 공동-1차 종점의 경우, 대략 221건의 사망 또는 질환 진행 사건을 갖는 적어도 265명의 환자의 샘플 크기는, 양측 로그 순위 검정에 의한 경우 0.025의 양측 유형 1 오차를 갖는, 화학요법에 비해 니볼루맙 플러스 이필리무맙을 선호하는 0.66의 위험 비를 검출하기 위한 80% 검정력을 제공할 것으로 추정되었다. 연관 양측 신뢰 구간과 함께 PFS의 위험비는 비계층화 콕스 비례 위험 모델을 사용하여 단일 공변량으로서 치료군을 사용하여 추정하였다. TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서 다변량 분석을 사전명시하여 PFS에 대한 공지된 예후 기준선 인자의 영향을 평가하였다. TMB-선택된 환자에서의 계층적 가설 검정에서 명시된 1차 및 2차 비교를 위해 상응하는 양측 97.5% CI를 갖는 위험비의 추정치를 계산하였고 (상기 표 42 참조); 모든 다른 추정치에 대해서는, 치료 효과에서 차이를 추론하는데 사용되지 않아야 하는 양측 95% CI를 계산하였다. 카플란-마이어 방법론을 사용하여 생존 곡선을 추정하였다.

결론적으로, 본 연구는 그의 공동-1차 종점을 충족시켰고, 결과는 진행성 NSCLC에서의 2종의 새로운 표준 관리를 확립할 수 있다. 먼저, 모든 치료-나이브 NSCLC 환자는, TMB의 역할이 중요하고 독립적인 바이오마커로서 검증되었기 때문에 TMB에 대해 시험되어야 한다. 둘째로, 본 연구는 ≥10개 돌연변이/Mb의 높은 TMB를 갖는 환자에 대한 새로운 1차 치료 옵션으로서 니볼루맙 플러스 이필리무맙을 도입한다. 이들 결과는, 효과적인 2차 옵션을 보존하면서, 지속적인 이익을 제공받을 가능성이 가장 높은 환자에게 효과적인 1차 화학요법-보존성 조합 면역요법을 제공함으로써, 폐암 치료에 대한 보다 개별맞춤화된 접근법을 제공한다. NSCLC를 갖는 환자에 대한 예측 바이오마커로서 TMB의 사용은 조합 면역요법으로부터 이익을 얻을 가능성이 가장 높은 환자에 대한 치료를 조정하는 정밀 의약의 예를 제공한다.

모든 무작위화된 환자

모든 무작위화된 환자에서 (PD-L1 발현에 상관없이), PFS는 니볼루맙 플러스 이필리무맙에 의한 경우 화학요법에 비해 개선되었고 (위험비 [HR], 0.83; 95%, 0.72 내지 0.96), 1-년 PFS율은 31% 대 17%였다. 중앙값 PFS는 니볼루맙 플러스 이필리무맙의 경우 4.9개월 (95% CI, 4.1 내지 5.6)이었고, 화학요법의 경우 5.5개월 (95% CI, 4.6 내지 5.6)이었다. 니볼루맙 플러스 이필리무맙 대 화학요법에 의한 경우 유사한 이익이 TMB-평가가능한 환자에서 관찰되었고 (HR, 0.82; 95% CI, 0.68 내지 0.99), 1-년 PFS율은 32% 대 15%였고; 중앙값 PFS는 각각 4.9개월 (95% CI, 3,7 내지 5.7) 및 5.5개월 (95% CI, 4.6 내지 5.6)이었다. 도 34a 및 34b를 참조한다.

높은 TMB (≥10개 돌연변이/Mb) v. 낮은 TMB를 갖는 환자

높은 TMB (≥10개 돌연변이/Mb)를 갖는 환자에서의 공동-1차 종점의 분석은 니볼루맙 플러스 이필리무맙에 의한 경우 화학요법에 비해 PFS의 유의한 개선을 나타내었고 (HR, 0.58; 97.5% CI, 0.41 내지 0.81; P=0.0002), 1-년 PFS율은 43% 대 화학요법에 의한 경우 13%였고, 중앙값 PFS는 각각 7.2개월 (95% CI, 5.5 내지 13.2) 및 5.5개월 (95% CI, 4.4 내지 5.8)이었다. 도 34a. TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서의 PFS의 사전명시된 다변량 분석에서, 기준선 PD-L1 발현 수준 (≥1%, <1%), 성별, 종양 조직학 (편평, 비편평) 및 ECOG PS (0, ≥1)에 대해 조정된 니볼루맙 플러스 이필리무맙 vs 화학요법의 치료 효과는 1차 PFS 분석 (HR, 0.57; 95% CI, 0.40 내지 0.80, 다변량 콕스 모델 P = 0.0002)과 일치하였다. TMB <10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서, 니볼루맙 플러스 이필리무맙 대 화학요법에 의해 PFS의 어떠한 개선도 관찰되지 않았고 (HR, 1.07; 95% CI, 0.84 내지 1.35); 중앙값 PFS는 니볼루맙 플러스 이필리무맙에 의한 경우 3.2개월 (95% CI, 2.7 내지 4.3)이었고, 화학요법에 의한 경우 5.5개월 (95% CI, 4.3 내지 5.6)이었다. 도 35를 참조한다.

객관적 반응률은 니볼루맙 플러스 이필리무맙에 의한 경우 45.3%였고, 화학요법에 의한 경우 26.9%였다 (표 43). 문헌 [Eisenhauer, E.A., et al. Eur J Cancer, 45:228-47 (2009)]. 1-년 후 여전히 반응이 진행 중인 반응자의 백분율은 니볼루맙 플러스 이필리무맙의 경우 68%였고, 화학요법의 경우 25%였다 (도 34b).

표 43: TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서의 종양 반응.

* 데이터는 2018년 1월 24일, 데이터베이스 잠금에 기초한다.

객관적 반응은 맹검 독립적 중앙기관 검토에 의해 고형 종양의 반응 평가 기준, 버전 1.1,27에 따라 평가하였다. 95% 신뢰 구간 (CI)은 클로퍼-피어슨 방법에 기초한다. 치료군 사이의 객관적 반응률에서의 비가중된 차이는 뉴콤베(Newcombe) 방법에 의해 결정하였다.

반응을 갖는 모든 환자로부터의 데이터를 사용하여 분석을 수행하였다 (니볼루맙 군의 63명의 환자 및 화학요법 군의 43명의 환자).

반응까지의 시간은 무작위화로부터 최초 기록된 완전 또는 부분 반응 날짜까지의 시간으로서 정의되었다.

결과는 카플란-마이어 방법을 사용하여 계산하였다. 반응 지속기간은 최초 반응 날짜와, 후속 요법 전에 평가된 진행, 사망, 또는 최종 종양 평가의 최초 기록된 사건 날짜 (데이터-중도절단 날짜) 사이의 시간으로서 정의되었다.

NR은 도달하지 못했음을 나타낸다.

높은 TMB (≥10개 돌연변이/Mb)를 갖는 환자에서의 선택된 하위군

PD-L1 상태에 의한 하위군 분석은 ≥1% PD-L1 발현을 갖는 환자 및 <1% PD-L1 발현을 갖는 환자에서 니볼루맙 플러스 이필리무맙 vs. 화학요법에 의해 PFS가 개선되었음을 보여주었다. 도 36a 및 36b. 니볼루맙 플러스 이필리무맙 vs. 화학요법에 의해 개선된 PFS가 편평 및 비편평 종양 조직학 둘 다를 갖는 환자에서 관찰되었다. 도 36c 및 36d. TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자의 대부분의 다른 하위군에 걸쳐, 니볼루맙 플러스 이필리무맙 vs. 화학요법에 의해 PFS가 개선되었다. 도 36e.

니볼루맙 단독요법

연구의 2차 종점은 TMB ≥13개 돌연변이/Mb 및 ≥1% PD-L1 발현을 갖는 환자 사이에서의 니볼루맙 (n = 79) vs. 화학요법 (n = 71)의 효능이었고 (<1% PD-L1 발현을 갖는 환자는 니볼루맙을 제공받는데 적격이지 않음); 이러한 환자군에서 니볼루맙에 의한 경우 PFS에서 어떠한 개선도 존재하지 않았다 (HR, 0.95; 97.5% CI, 0.61, 1.48; P= 0.7776). 중앙값 PFS는 니볼루맙의 경우 4.2개월 (95% CI, 2.7 내지 8.3)이었고, 화학요법의 경우 5.6개월 (95% CI, 4.5 내지 7.0)이었다. 도 37.

TMB ≥10개 돌연변이/Mb 및 ≥1% PD-L1 발현을 갖는 환자 중에서, 중앙값 PFS는 니볼루맙 플러스 이필리무맙의 경우 7.1개월 (95% CI, 5.5 내지 13.5) 대 니볼루맙 단독요법의 경우 4.2개월 (95% CI, 2.6 내지 8.3)이었다 (HR, 0.75; 95% CI, 0.53 내지 1.07). 도 38.

본 연구의 결과는 진행성 NSCLC 및 TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서 니볼루맙 플러스 이필리무맙에 의한 1차 치료가 화학요법과 비교하여 개선된 PFS와 연관됨을 입증한다. 조합 면역요법의 이익은 지속적이었고, 환자의 43%는 1년째 무진행이었고 (vs. 화학요법의 경우 13%), 반응자의 68%는 1년째 반응이 진행 중이었다 (vs. 화학요법의 경우 25%). 니볼루맙 플러스 이필리무맙의 이익은 ≥1% 및 <1% PD-L1 발현, 편평 및 비편평 조직학을 갖는 환자에서 관찰되었고, 대다수의 다른 하위군에 걸쳐 일관되었다. 비록 개선된 PFS가 모든 무작위화된 환자에서 니볼루맙 플러스 이필리무맙 vs. 화학요법에 의해 관찰되었지만, TMB ≥10개 돌연변이/Mb는 효과적인 바이오마커였다. 니볼루맙 플러스 이필리무맙에 의한 이익은 높은 TMB를 갖는 것에서 특히 증진되었지만, 낮은 TMB (<10개 돌연변이/Mb)를 갖는 것에서는 화학요법에 비해 어떠한 이익도 관찰되지 않았다. 추가적으로, 니볼루맙 플러스 이필리무맙은 TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서 니볼루맙 단독요법과 비교하여 개선된 효능을 가졌고, 이는 TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 갖는 NSCLC에서 이중 면역-체크포인트 차단의 뚜렷한 중요성을 강조하였다. 연구는 PD-L1-선택된 환자에서 공동-1차 종점 OS에 대해 계속되었다.

본 연구는 TMB 및 PD-L1 발현이 독립적인 바이오마커임을 보여준다. 높은 TMB를 갖는 환자 중에서, 화학요법과 비교하여 니볼루맙 플러스 이필리무맙의 이익은 ≥1% 및 <1% 종양 PD-L1 발현을 갖는 환자에서 유사하였다. 따라서, 니볼루맙 플러스 이필리무맙은 PD-L1 발현과 상관없이 TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자를 위한 새로운 효과적인 치료 요법을 나타낸다.

니볼루맙 플러스 이필리무맙의 안전성은 1차 NSCLC에서 이전에 보고된 데이터와 일치하였다. 이전 연구에서, 니볼루맙 플러스 이필리무맙의 다양한 투여 요법이 8개의 코호트에서 평가되었고, 2주마다 니볼루맙 3 mg/kg 플러스 6주마다 이필리무맙 1 mg/kg이 잘 허용되고 효과적인 것으로 밝혀졌다. 문헌 [Hellmann, M.D., et al. Lancet Oncol, 18:31-41 (2017)]. 이들 발견은 본 발명자들의 대규모 국제적 연구에서 확인되었고, 조합물에 의해 어떠한 새로운 안전성 징후도 관찰되지 않았다. 치료-관련 선택 유해 사건 및 치료-관련 중단의 비는 니볼루맙 단독요법에 의한 비보다 단지 약간 더 높았고, 니볼루맙 단독요법은 낮은 선택 유해 사건의 비로 또한 잘 허용되었다.

중단으로 이어진 치료-관련 유해 사건의 비는 화학요법보다 니볼루맙 플러스 이필리무맙에 의한 경우 더 높았지만, 이는 부분적으로, 니볼루맙 플러스 이필리무맙에 의한 보다 긴 치료 지속기간 및 보다 긴 PFS와 관련될 수 있다.

면역요법/면역요법 조합 대 면역요법/화학요법 조합의 역할, 요법의 최적의 배열, TMB가 면역요법/화학요법 조합으로부터 이익을 유도할 수 있는 환자를 확인할 수 있는지 여부, 및 최적의 TMB 컷오프가 PD-1/L1 단독요법에 대해 확인될 수 있는지 여부와 관련하여 중요한 의문이 남아있다. 본 발명자들의 연구 결과가 중요하고 독립적인 바이오마커로서 TMB의 임상적 유용성을 검증하는 것으로 볼 때, 시험을 위한 충분한 종양 조직의 이용가능성 및 허용되는 검사소요 시간을 보장하기 위해 합의된 여러 전문 분야에 걸친 노력이 필요할 것이다. 본 연구에서 보고된 TMB 결과의 58% 비율은 주로, 연구의 일부로서 바이오마커 분석을 위해 요구되는 제한된 조직의 결과로, 충분한 양 또는 품질의 종양 샘플의 제한된 이용가능성으로 인한 것이었다. 임상 실무에서, TMB에 대한 시험 의도가 미리 공지되고, 충분한 양 및 품질의 종양 샘플이 수집 및 제출될 수 있는 경우, 시험을 진행할 환자의 80% 내지 95%에 대해 성공적인 TMB 결정을 예상할 수 있다. 진행성 NSCLC 및 TMB ≥10개 돌연변이/Mb를 갖는 환자에서 1차 니볼루맙 플러스 이필리무맙에 대한 TMB 시험의 실행가능성을 전향적으로 평가할 24 체크메이트 817 (NCT02869789)은 TMB 시험의 실행가능성을 최적화하기 위한 교육의 간격 및 기회를 확인하는데 도움을 줄 수 있다. 또한, TMB는 다수의 잠재적으로 치료적으로 작용가능한 암 유전자의 차세대 서열분석을 통해 포괄적 게놈 프로파일링을 동시에 제공하는 신뢰가능하고 재현가능한 바이오마커이다. 따라서, TMB 시험은 이미 상용인 기술을 이용하여 단일 시험 내에서 1차 NSCLC에서의 관리를 안내하기 위해 광범위하게 적용가능한 임상적으로 중요한 정보를 제공한다.

진행 이후의 치료 및 전체 생존 추적

진행 이후의 니볼루맙 또는 니볼루맙 플러스 이필리무맙에 의한 치료의 계속은 환자가 조사자-평가 임상 이익을 갖고 치료를 계속 견디는 경우에 허용되었다. 연구 약물 치료의 중단 후에는 직접 또는 전화 접촉을 통해 3개월마다 환자의 전체 생존을 추적하였다.

본 출원은 2017년 3월 31일에 출원된 미국 가출원 번호 62/479,817 및 2017년 11월 6일에 출원된 62/582,146의 이익을 주장하며, 이들은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.

참고문헌

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Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val 180 185 190 Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn 195 200 205 Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro 210 215 220 Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu 225 230 235 240 Ala Glu Gly Ala Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp 245 250 255 Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp 260 265 270 Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly 275 280 285 Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn 290 295 300 Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp 305 310 315 320 Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro 325 330 335 Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu 340 345 350 Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn 355 360 365 Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile 370 375 380 Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr 385 390 395 400 Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys 405 410 415 Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys 420 425 430 Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu 435 440 445 Ser Leu Ser Pro Gly Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val 450 455 460 Val Gln Pro Gly Arg Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe 465 470 475 480 Thr Phe Ser Ser Tyr Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys 485 490 495 Gly Leu Glu Trp Val Ala Val Ile Trp Tyr Glu Gly Ser Asn Lys Tyr 500 505 510 Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser 515 520 525 Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr 530 535 540 Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Gly Gly Ser Met Val Arg Gly Asp Tyr 545 550 555 560 Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser 565 570 575 Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser 580 585 590 Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp 595 600 605 Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr 610 615 620 Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr 625 630 635 640 Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln 645 650 655 Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp 660 665 670 Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro 675 680 685 Cys Pro Ala Pro Glu Ala Glu Gly Ala Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro 690 695 700 Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr 705 710 715 720 Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn 725 730 735 Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg 740 745 750 Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val 755 760 765 Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser 770 775 780 Asn Lys Ala Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys 785 790 795 800 Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu 805 810 815 Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe 820 825 830 Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu 835 840 845 Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe 850 855 860 Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly 865 870 875 880 Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr 885 890 895 Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly 900 905 <210> 10 <211> 428 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> anti-GITR antibody light chain <400> 10 Ala Ile Gln Leu Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Ser Ser Ala 20 25 30 Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Asp Ala Ser Ser Leu Glu Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Phe Asn Ser Tyr Pro Tyr 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala 100 105 110 Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly 115 120 125 Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala 130 135 140 Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln 145 150 155 160 Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser 165 170 175 Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr 180 185 190 Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser 195 200 205 Phe Asn Arg Gly Glu Cys Ala Ile Gln Leu Thr Gln Ser Pro Ser Ser 210 215 220 Leu Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser 225 230 235 240 Gln Gly Ile Ser Ser Ala Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys 245 250 255 Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Ala Ser Ser Leu Glu Ser Gly Val 260 265 270 Pro Ser Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr 275 280 285 Ile Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln 290 295 300 Phe Asn Ser Tyr Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile 305 310 315 320 Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp 325 330 335 Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn 340 345 350 Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu 355 360 365 Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp 370 375 380 Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr 385 390 395 400 Glu Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser 405 410 415 Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys 420 425 <210> 11 <211> 113 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Anti-PD-1 Variable Heavy <400> 11 Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Asp Cys Lys Ala Ser Gly Ile Thr Phe Ser Asn Ser 20 25 30 Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Val Ile Trp Tyr Asp Gly Ser Lys Arg Tyr Tyr Ala Asp Ser Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Phe 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Thr Asn Asp Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser 100 105 110 Ser <210> 12 <211> 107 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Anti-PD-1 Variable Light <400> 12 Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly 1 5 10 15 Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Tyr 20 25 30 Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ser Asn Trp Pro Arg 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys 100 105

Claims (16)

1. 종양을 앓고 있는 대상체를 치료하기 위한, 프로그램화된 사멸-1 (PD-1) 수용체에 특이적으로 결합하고 PD-1 활성을 억제하는 항체 또는 그의 항원-결합 부분 ("항-PD-1 항체")이며, 여기서 종양은 높은 종양 돌연변이 부담 (TMB)인 TMB 상태를 갖는 것으로 확인된 것인 항-PD-1 항체.
2. 제1항에 있어서, 대상체의 TMB 상태가 치료 전에 측정된 것인 항-PD-1 항체.
3. 제1항 또는 제2항에 있어서, TMB 상태가 종양에서 핵산을 서열분석하고, 서열분석된 핵산에서 게놈 변경을 확인하는 것에 의해 결정된 것인 항-PD-1 항체.
4. 제3항에 있어서, 종양이
   (a) 체세포 돌연변이;
   (b) 비동의 돌연변이;
   (c) 미스센스 돌연변이;
   (d) 염기 쌍 치환;
   (e) 염기 쌍 삽입;
   (f) 염기 쌍 결실;
   (g) 카피수 변경 (CNA);
   (h) 유전자 재배열, 및
   (i) (a)-(h)의 임의의 조합
   을 포함하는 1개 이상의 게놈 변경을 갖는 것인 항-PD-1 항체.
5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, TMB 상태가 게놈 서열분석 검정, 엑솜 서열분석 검정, 게놈 프로파일링 검정, 또는 그의 임의의 조합에 의해 결정된 것인 항-PD-1 항체.
6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, TMB 상태가 파운데이션원®, 파운데이션원® 헴, 파운데이션원® CDX™, EXODX®, 가던트360, MSK-임팩트™, 일루미나® 트루사이트, 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 게놈 프로파일링 검정에 의해 측정된 것인 항-PD-1 항체.
7. 제5항 또는 제6항에 있어서, 게놈 프로파일링 검정이 ABL1, 12B, ABL2, ACTB, ACVR1, ACVR1B, AGO2, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX, ALOX12B, AMER1, AMER1 (FAM123B 또는 WTX), AMER1 (FAM123B), ANKRD11, APC, APH1A, AR, ARAF, ARFRP1, ARHGAP26 (GRAF), ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ARv7, ASMTL, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BABAM1, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL11B, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCL7A, BCOR, BCORL1, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BRIP1 (BACH1), BRSK1, BTG1, BTG2, BTK, BTLA, C11orf 30 (EMSY), C11orf30, C11orf30 (EMSY), CAD, CALR, CARD11, CARM1, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CCT6B, CD22, CD274, CD274 (PD-L1), CD276, CD36, CD58, CD70, CD79A, CD79B, CDC42, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2Ap14ARF, CDKN2Ap16INK4A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CIITA, CKS1B, CPS1, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSDE1, CSF1R, CSF3R, CTCF, CTLA-4, CTNN B1, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUL4A, CUX1, CXCR4, CYLD, CYP17A1, CYSLTR2, DAXX, DCUN1D1, DDR1, DDR2, DDX3X, DH2, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNM2, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, DROSHA, DTX1, DUSP2, DUSP4, DUSP9, E2F3, EBF1, ECT2L, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, ELF3, ELP2, EML4, EML4-ALK, EP300, EPAS1, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, EPHB4, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERF, ERG, ERRFI1, ERRFl1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EXOSC6, EZH1, EZH2, FAF1, FAM175A, FAM46C, FAM58A, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAS (TNFRSF6), FAT1, FBXO11, FBXO31, FBXW7, FGF1, FGF10, FGF12, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FHIT, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FLYWCH1, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXO3, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GADD45B, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4 (C17orf 39), GID4 (C17orf39), GLI1, GLl1, GNA11, GNA12, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, GTSE1, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HDAC1, HDAC4, HDAC7, 헤지호그, HER-2/NEU; ERBB2, HGF, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E, HIST1H2AC, HIST1H2AG, HIST1H2AL, HIST1H2AM, HIST1H2BC, HIST1H2BD, HIST1H2BJ, HIST1H2BK, HIST1H2BO, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HNF1A, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICK, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IKZF2, IKZF3, IL10, IL7R, INHA, INHBA, INPP4A, INPP4B, INPP5D (SHIP), INPPL1, INSR, IRF1, IRF2, IRF4, IRF8, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JARID2, JUN, K14, KAT6A (MYST 3), KAT6A (MYST3), KDM2B, KDM4C, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6, KMT2A, KMT2A (MLL), KMT2B, KMT2C, KMT2C (MLL3), KMT2D, KMT2D (MLL2), KNSTRN, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LEF1, LMO1, LRP1B, LRRK2, LTK, LYN, LZTR1, MAF, MAFB, MAGED1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K1 (MEK1), MAP2K2, MAP2K2 (MEK2), MAP2K4, MAP3, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K6, MAP3K7, MAPK1, MAPK3, MAPKAP1, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEF2C, MEK1, MEN1, MERTK, MET, MGA, MIB1, MITF, MKI67, MKNK1, MLH1, MLLT3, MPL, MRE 11A, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MSI1, MSI2, MST1, MST1R, MTAP, MTOR, MUTYH, MYC, MYCL, MYCL (MYC L1), MYCL (MYCL1), MYCL1, MYCN, MYD88, MYO18A, MYOD1, NBN, NCOA3, NCOR1, NCOR2, NCSTN, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOD1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NT5C2, NTHL1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUF2, NUP93, NUP98, P2RY8, PAG1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PARP2, PARP3, PASK, PAX3, PAX5, PAX7, PBRM1, PC, PCBP1, PCLO, PDCD1, PDCD1 (PD-1), PDCD11, PDCD1LG2, PDCD1LG2 (PD-L2), PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, POT1, PPARG, PPM1D, PPP2, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP4R2, PPP6C, PRDM1, PRDM14, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKD1, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTP4A1, PTPN11, PTPN2, PTPN6 (SHP-1), PTPRD, PTPRO, PTPRS, PTPRT, QKI, R1A, RAB35, RAC1, RAC2, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RASGEF1A, RB1, RBM10, RECQL, RECQL4, REL, RELN, RET, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RRAGC, RRAS, RRAS2, RTEL1, RUNX1, RUNX1T1, RXRA, RYBP, S1PR2, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SERP2, SESN1, SESN2, SESN3, SETBP1, SETD2, SETD8, SF3B1, SGK1, SH2B3, SH2D1A, SHOC2, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA1, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SMYD3, SNCAIP, SOCS1, SOCS2, SOCS3, SOS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPRED1, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STAT6, STK11, STK19, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TAP1, TAP2, TBL1XR1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF3 (E2A), TCF7L2, TCL1A (TCL1), TEK, TERC, TERT, TERT 프로모터, TET1, TET2, TFRC, TGFBR1, TGFBR2, TIPARP, TLL2, TMEM127, TMEM30A, TMPRSS2, TMSB4XP8 (TMSL3), TNFAIP3, TNFRSF11A, TNFRSF14, TNFRSF17, TOP1, TOP2A, TP53, TP53BP1, TP63, TRAF2, TRAF3, TRAF5, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, TUSC3, TYK2, TYRO3, U2AF1, U2AF2, UPF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WDR90, WHSC1, WHSC1 (MMSET 또는 NSD2), WHSC1L1, WISP3, WT1, WWTR1, XBP1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, YY1AP1, ZBTB2, ZFHX3, ZMYM3, ZNF217, ZNF24 (ZSCAN3), ZNF703, ZRSR2, 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 유전자를 포함하는 것인 항-PD-1 항체.
8. 제5항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 게놈 프로파일링 검정이 ABL1, 12B, ABL2, ACTB, ACVR1, ACVR1B, AGO2, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX, ALOX12B, AMER1, AMER1 (FAM123B 또는 WTX), AMER1 (FAM123B), ANKRD11, APC, APH1A, AR, ARAF, ARFRP1, ARHGAP26 (GRAF), ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ARv7, ASMTL, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BABAM1, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL11B, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCL7A, BCOR, BCORL1, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BRIP1 (BACH1), BRSK1, BTG1, BTG2, BTK, BTLA, C11orf 30 (EMSY), C11orf30, C11orf30 (EMSY), CAD, CALR, CARD11, CARM1, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CCT6B, CD22, CD274, CD274 (PD-L1), CD276, CD36, CD58, CD70, CD79A, CD79B, CDC42, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2Ap14ARF, CDKN2Ap16INK4A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CIITA, CKS1B, CPS1, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSDE1, CSF1R, CSF3R, CTCF, CTLA-4, CTNN B1, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUL4A, CUX1, CXCR4, CYLD, CYP17A1, CYSLTR2, DAXX, DCUN1D1, DDR1, DDR2, DDX3X, DH2, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNM2, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, DROSHA, DTX1, DUSP2, DUSP4, DUSP9, E2F3, EBF1, ECT2L, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, ELF3, ELP2, EML4, EML4-ALK, EP300, EPAS1, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, EPHB4, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERF, ERG, ERRFI1, ERRFl1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EXOSC6, EZH1, EZH2, FAF1, FAM175A, FAM46C, FAM58A, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAS (TNFRSF6), FAT1, FBXO11, FBXO31, FBXW7, FGF1, FGF10, FGF12, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FHIT, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FLYWCH1, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXO3, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GADD45B, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4 (C17orf 39), GID4 (C17orf39), GLI1, GLl1, GNA11, GNA12, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, GTSE1, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HDAC1, HDAC4, HDAC7, 헤지호그, HER-2/NEU; ERBB2, HGF, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E, HIST1H2AC, HIST1H2AG, HIST1H2AL, HIST1H2AM, HIST1H2BC, HIST1H2BD, HIST1H2BJ, HIST1H2BK, HIST1H2BO, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HNF1A, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICK, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IKZF2, IKZF3, IL10, IL7R, INHA, INHBA, INPP4A, INPP4B, INPP5D (SHIP), INPPL1, INSR, IRF1, IRF2, IRF4, IRF8, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JARID2, JUN, K14, KAT6A (MYST 3), KAT6A (MYST3), KDM2B, KDM4C, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6, KMT2A, KMT2A (MLL), KMT2B, KMT2C, KMT2C (MLL3), KMT2D, KMT2D (MLL2), KNSTRN, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LEF1, LMO1, LRP1B, LRRK2, LTK, LYN, LZTR1, MAF, MAFB, MAGED1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K1 (MEK1), MAP2K2, MAP2K2 (MEK2), MAP2K4, MAP3, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K6, MAP3K7, MAPK1, MAPK3, MAPKAP1, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEF2C, MEK1, MEN1, MERTK, MET, MGA, MIB1, MITF, MKI67, MKNK1, MLH1, MLLT3, MPL, MRE 11A, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MSI1, MSI2, MST1, MST1R, MTAP, MTOR, MUTYH, MYC, MYCL, MYCL (MYC L1), MYCL (MYCL1), MYCL1, MYCN, MYD88, MYO18A, MYOD1, NBN, NCOA3, NCOR1, NCOR2, NCSTN, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOD1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NT5C2, NTHL1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUF2, NUP93, NUP98, P2RY8, PAG1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PARP2, PARP3, PASK, PAX3, PAX5, PAX7, PBRM1, PC, PCBP1, PCLO, PDCD1, PDCD1 (PD-1), PDCD11, PDCD1LG2, PDCD1LG2 (PD-L2), PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, POT1, PPARG, PPM1D, PPP2, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP4R2, PPP6C, PRDM1, PRDM14, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKD1, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTP4A1, PTPN11, PTPN2, PTPN6 (SHP-1), PTPRD, PTPRO, PTPRS, PTPRT, QKI, R1A, RAB35, RAC1, RAC2, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RASGEF1A, RB1, RBM10, RECQL, RECQL4, REL, RELN, RET, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RRAGC, RRAS, RRAS2, RTEL1, RUNX1, RUNX1T1, RXRA, RYBP, S1PR2, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SERP2, SESN1, SESN2, SESN3, SETBP1, SETD2, SETD8, SF3B1, SGK1, SH2B3, SH2D1A, SHOC2, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA1, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SMYD3, SNCAIP, SOCS1, SOCS2, SOCS3, SOS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPRED1, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STAT6, STK11, STK19, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TAP1, TAP2, TBL1XR1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF3 (E2A), TCF7L2, TCL1A (TCL1), TEK, TERC, TERT, TERT 프로모터, TET1, TET2, TFRC, TGFBR1, TGFBR2, TIPARP, TLL2, TMEM127, TMEM30A, TMPRSS2, TMSB4XP8 (TMSL3), TNFAIP3, TNFRSF11A, TNFRSF14, TNFRSF17, TOP1, TOP2A, TP53, TP53BP1, TP63, TRAF2, TRAF3, TRAF5, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, TUSC3, TYK2, TYRO3, U2AF1, U2AF2, UPF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WDR90, WHSC1, WHSC1 (MMSET 또는 NSD2), WHSC1L1, WISP3, WT1, WWTR1, XBP1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, YY1AP1, ZBTB2, ZFHX3, ZMYM3, ZNF217, ZNF24 (ZSCAN3), ZNF703, ZRSR2, 및 그의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 약 20, 적어도 약 30, 적어도 약 40, 적어도 약 50, 적어도 약 60, 적어도 약 70, 적어도 약 80, 적어도 약 90, 적어도 약 100, 적어도 약 110, 적어도 약 120, 적어도 약 130, 적어도 약 140, 적어도 약 150, 적어도 약 160, 적어도 약 170, 적어도 약 180, 적어도 약 190, 적어도 약 200, 적어도 약 210, 적어도 약 220, 적어도 약 230, 적어도 약 240, 적어도 약 250, 적어도 약 260, 적어도 약 270, 적어도 약 280, 적어도 약 290, 또는 적어도 약 300개의 유전자를 포함하는 것인 항-PD-1 항체.
9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, TMB 상태가 종양당 적어도 약 50, 적어도 약 60, 적어도 약 70, 적어도 약 80, 적어도 약 90, 적어도 약 100, 적어도 약 110, 적어도 약 120, 적어도 약 130, 적어도 약 140, 적어도 약 150, 적어도 160, 적어도 170, 적어도 약 180, 적어도 190, 적어도 약 200, 적어도 약 210, 적어도 약 220, 적어도 약 230, 또는 적어도 약 240개 돌연변이인 항-PD-1 항체.
10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, TMB 상태가, 파운데이션원® CDX™ 검정에 의해 측정된 바와 같이, 검사한 게놈의 메가염기당 적어도 약 10개 돌연변이, 검사한 게놈의 메가염기당 적어도 약 11개 돌연변이, 검사한 게놈의 메가염기당 적어도 약 12개 돌연변이, 또는 검사한 게놈의 메가염기당 적어도 약 13개 돌연변이인 항-PD-1 항체.
11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 종양이 폐암, 신세포 암종, 난소암, 결장직장암, 위장암, 식도암, 방광암, 폐암, 및 흑색종으로부터 선택된 것인 항-PD-1 항체.
12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 항-PD-1 항체가 니볼루맙 또는 펨브롤리주맙인 항-PD-1 항체.
13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 항-PD-1 항체의 치료 유효량이 2, 3, 또는 4주마다 1회 약 0.1 mg/kg 내지 약 10.0 mg/kg 체중 또는 약 200 mg 내지 약 1200 mg인 항-PD-1 항체.
14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 항-PD-1 항체의 치료 유효량이 약 200 mg, 약 240 mg, 또는 480 mg인 항-PD-1 항체.
15. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 세포독성 T-림프구-연관 단백질 4 (CTLA-4)에 특이적으로 결합하는 항체 또는 그의 항원-결합 부분 ("항-CTLA-4 항체")으로 추가로 치료되는 것인 항-PD-1 항체.
16. 종양을 앓고 있는 대상체의 생물학적 샘플의 TMB 상태를 측정하는 것을 포함하는, 면역요법, 예를 들어, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체에 적합한 대상체를 확인하는 방법이며, 여기서 TMB 상태는 파운데이션원® CDX™ 검정에 의해 측정되고, 서열분석된 게놈의 메가염기당 적어도 10개의 돌연변이를 나타내며, 여기서 대상체는 면역요법에 적합한 것으로 확인되는 것인 방법.

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