KR20200087700A - 질량 분석법에 의한 sdhb 단백질 발현의 평가 - Google Patents

Abstract

SDHB 단백질의 발현을 검출하고 정량화하는 방법이 제공된다. 특이적인 단백질 단편 펩타이드는 대상체, 예컨대 암 환자로부터 수득된 종양 조직으로부터 수집된 종양 세포에서 직접적으로 DIA-질량 분석법에 의해 정밀하게 검출되고 정량화된다. 본 방법에 의한 결과는 암 요법의 선택을 돕기 위해 사용될 수 있다.

Description

질량 분석법에 의한 SDHB 단백질 발현의 평가{EVALUATING SDHB PROTEIN EXPRESSION BY MASS SPECTROMETRY}

관련 특허 출원의 상호 참조

본 특허원은 2019년 1월 11일자로 출원된, 미국 가특허원 제62/791,493호의 이익을 청구하며, 이의 전체 내용은 본원에 참고로 포함된다.

분야

SDHB 단백질의 발현을 측정하기 위힌 신규하고 개선된 방법이 제공된다. 이러한 방법은 데이타 독립적인 획득(Data Independent Acquisition: DIA) 방식으로 수행된 액체 크로마토그래피-질량 분석법(LC-MS)을 사용한다. 이러한 방법은 암 환자 종양 조직, 및 특히 위장 기질 종양(GIST)내에서 특이적인 SDHB 단편 펩타이드를 검출하도록 하며, 개선된 암 치료 방법의 일부로서 사용될 수 있다. 예를 들면, 이러한 방법을 사용하여 이마티닙, 데사티닙, 닐로티닙, 다카르바진, 및 테모졸로마이드를 포함하나, 이에 한정되지 않는 요법을 사용한 치료에 반응하거나, 거의 반응하는 환자를 확인할 수 있다.

복합체 II(Ip)의 철-황 소단위(subunit)로 또한 공지된, 석시네이트 데하이드로게나제 철-황 소단위, 미토콘드리아(succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit, mitochondrial: SDHB)는 사람에서, 석시네이트의 산화(석시네이트 + 유비퀴논 => 푸마레이트 + 유비퀴놀)를 촉매하는 석시네이트 데하이드로게나제(또한 SDH 또는 복합체 II로 불림) 단백질 복합체의 일부인 단백질이다. SDHB는 함께 석시네이트 데하이드로게나제를 형성하는 4개의 단백질 소단위 중 하나이며, 다른 3개는 SDHA, SDHC 및 SDHD이다. SDHB 소단위는 SDH 복합체의 친수성, 촉매 말단에서 SDHA 소단위에 연결된다. 이는 또한 미토콘드리아 막 내에 고정된(anchored) 복합체의 소수성 말단 위의 SDHC/SDHD 소단위에 연결된다. SDHB 소단위는 3개의 철-황 집단을 지닌 철-황 단백질이다.

SDHB 단백질은 미토콘드리아의 내부 막 내에서 발현되지만, SDHB 유전자는 핵성이며, 미토콘드리아성이 아니다. 발현된 단백질은 중량이 18.6 kDa이며 180개의 아미노산으로 구성된다. SDHB는 복합체를 통해 전자를 터널링(tunneling)하는데 필수적인 철-황 집단을 함유한다. 이는 SDHA와 2개의 막횡단(transmembrane) 소단위인 SDHC 및 SDHD 사이에 위치한다. SDH 복합체는 미토콘드리아의 내부 막 위에 위치하며 시트르산 주기 및 호흡 쇄 둘 다에 관여한다. SDHB는 기본적인 SDH 효소내에서 중간체로서 작용한다. SDHB는 종양 억제 유전자(tumor suppressor gene)이며 돌연변이 및/또는 단백질 발현의 손실을 통한 유전자의 손실은 종양형성의 개시 및 진행을 허용한다. 따라서, 단백질 발현의 손실을 측정하는 방법은 종양형성의 수준을 잠재적으로 측정하는데 있어서 도움을 줄 뿐 아니라 요법의 선택을 측정하는데 사용될 수 있다.

단편 펩타이드 분석의 데이타 독립적인 획득(DIA) 방식을 이용하는 질량 분석법에 의해 SDHB 단백질로부터 하나 이상의 단편 펩타이드의 존재를 검출하는 방법이 제공된다. 단편 펩타이드는 서열 번호: 1 내지 12의 펩타이드일 수 있으며, 이는 전체 길이의 SDHB 단백질로부터 유래된다.

포르말린 고정된 조직(formalin fixed tissue)의 생물학적 샘플 내에서 SDHB 단백질의 발현을 검출하는 방법이 제공되며, 이 방법은 질량 분석법을 사용하여 생물학적 샘플로부터 제조된 단백질 분해물(protein digest) 속의 SDHB 단백질로부터 유래된 하나 이상의 단편 펩타이드의 양을 검출하고/하거나 정량화하는 단계; 및 상기 샘플 내의 단백질 수준을 계산하는 단계를 포함한다. 단편 펩타이드는 서열 번호: 1 내지 12의 펩타이드로부터 선택될 수 있으며, 서열 번호: 1 내지 12의 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 10개 이상, 11개 이상 또는 12개 모두의 임의의 조합일 수 있다. 단백질 분해물은 하나 이상의 단편 펩타이드의 양을 검출하고/하거나 정량화하기 전에 임의로 분획화(fractionating)할 수 있다. 분획화 단계는 예를 들면, 액체 크로마토그래피, 나노역상 액체 크로마토그래피, 고 성능 액체 크로마토그래피, 또는 역상 고 성능 액체 크로마토그래피일 수 있다. 단백질 분해물은 프로테아제 분해물, 예컨대, 트립신 분해물일 수 있으며, 유리하게는, 생물학적 샘플의 단백질 분해물은 Liquid Tissue® 프로토콜로 제조할 수 있다.

조직은 포르말린-고정된 조직일 수 있으며, 임으로 파라핀-포매(paraffin-embedding)될 수 있다. 조직은 종양, 예컨대, 1차 또는 2차 종양으로부터 수득될 수 있다.

질량 분석법은 하나 이상의 탄뎀 질량 분석법(tandem mass spectrometry), 이온 트랩 질량 분석법(ion trap mass spectrometry), 삼중 4극자 질량분석법(triple quadrupole mass spectrometry), 이온 트랩(ion trap)/4극자 하이브리드(quadrupole hybrid) 질량 분석법, MALDI-TOF 질량 분석법, MALDI 질량 분석법, 및 비행 시간 질량 분석법(time of flight mass spectrometry)을 포함할 수 있다. 유리하게는, 사용된 질량 분석법의 방식은 데이타 독립적인 획득(DIA)이다.

하나 이상의 단편 펩타이드는 예를 들면, 하나의 생물학적 샘플 내의 단편 펩타이드의 양을 상이하고 별도의 생물학적 샘플 내의 동일한 단편 펩타이드의 양과 비교함으로써 정량화할 수 있다. 단백질 용해물 내의 적어도 하나의 단편 펩타이드의 양을 검출하고/하거나 정량화하는 것은 SBHB 단백질의 존재 및 샘플을 취한 대상체 내 암의 진단 단계/등급/상태와의 연관성(association)을 나타낸다. 적어도 하나의 단편 펩타이드의 양, 또는 상응하는 단백질의 수준을 검출하고/하거나 정량화하는 것은 대상체에 대한 암 치료 요법의 개선된 방법 중 일부로 사용될 수 있다. 상관관계(correlation)를 또한 다른 단백질 또는 다른 단백질로부터의 펩타이드의 양을 멀티플렉스 양식(multiplex format)으로 검출하고/하거나 정량화하는 것과 조합함으로써 대상체에 대한 개선된 암 치료 방법을 제공할 수 있다.

석시네이트 데하이드로게나제(SDH) 복합체는 다음 4개의 소단위로 구성된 주요 호흡 효소이다: SDHA, SDHB, SDHC 및 SDHD. 놀랍게도, SDHB에 대한 면역조직화학은, SDH의 임의의 성분의 이중-대립형질 불활성화가 존재할 때마다 음성이 되며, 이는 증상이 있는 질환(syndromic disease)의 부재시 매우 드물다. 따라서, SDHB 면역조직화학의 손실은 증상이 있는 질환의 마커, 일반적으로 SDH 소단위 중 하나의 배선 돌연변이로서 제공된다. SDHB 발현의 손실을 나타내는 종양은 석시네이트 데하이드로게나제-결핍성으로 명명된다. SDHB의 손실 외에도, SDHA 돌연변이와 연관된 종양은 또한 SDHA 발현의 손실을 나타낸다. 크롬친화성세포종 및 부신결정종(PHEO/PGL) 중 15 퍼센트는 배선 SDH 돌연변이와 연관되어 있으므로, SDH-결핍성이다. SDH-결핍성인, 위장 기질 종양(GIST)은 명백한 특징, 예컨대, KIT 원생-종양유전자 수용체 타이로신 키나제(proto-oncogene receptor tyrosine kinase)/혈소판-유래된 성장 인자 수용체 A(KIT/PDGFRA) 돌연변이의 부재(그러나 cKIT 및 DOG1에 대해서는 양성의 염색), 실제로 배타적인 위 위치, 소엽상(lobulated) 성장, 다중심성병변(multi-focality), 크기 및 유사분열 비율에 의해 예측되지 않는 예후, 림프절로의 빈번한 전이 및 이마티닙 요법에 대한 주요 내성을 나타낸다. 30 퍼센트는 SDHA 배선 돌연변이와 연관되어 있고 50%는 SDHC 후생변이(접합-후 프로모터 과메틸화: post-zygotic promoter hypermethylation) - 증상의 특징이지만 비-유전성 병력(non-hereditary Carney triad)(SDH-결손 GIST, SDH-결손 부신결정종 및 폐 연골증)과 연관된다. SDH-결손 신장 암종은 소포성의 호산성 세포질 및 세포질 함유물을 나타낸다. SDHC 및 SDHA 돌연변이가 일어나지만, 이는 특히 SDHB 돌연변이와 연관되어 있다. SDH-결손 뇌하수체샘종이 인식되어 있지만, 최소의 일반적인 SDH-결손 신생물인 것으로 여겨진다.

부신결절종은 SDHB 돌연변이에 의해 유발되고, SDHB 단백질 발현의 결여를 입증하며 수개의 다른 구별되는 특징을 갖는다. 악성 종양은 돌변변이 매개체 중에38% 내지 83%의 범위로 일반적이다. 대조적으로, SDHD 돌연변이에 의해 유발된 종양는 거의 항상 양성이다. 산발성 부신결절종은 사례의 10% 미만에서 악성이다. SDHB에 의해 유발된 악성 부신결절종은 일반적으로 부신외(모든 사례의 92%)인 반면 산발성 크롬친화성세포종/부신결절종은 사례의 10% 미만에서 부신-외적이다. 유전자의 침투율은 흔히 50세까지 77%로 보고된다(즉, 매개체의 77%가 50세까지 적어도 하나의 종양을 가질 것이다). 평균 발병 연령은 SDHB 대 비-SDHB 관련된 질환에서 대략적으로 동일하다(대략 36세).

SDHC 및 SDHD 유전자를 사용하는 경우와 같이, SDHB는 종양 억제인자 유전자이며 돌연변이 및/또는 단백질 발현의 손실을 통한 유전자의 손실은 종양생성의 개시 및 진행을 허용한다. SDHA 유전자는 종양 억제인자 유전자가 아니다.

종양 형성은 일반적으로 누드슨(Knudson) "투-히트(two hit)" 가설에 따른다. 유전자의 제1 카피는 모든 세포내에서 돌연변이되지만, 제2 카피는 정상적으로 작용한다. 제2의 카피가 랜덤 현상(random event)으로 인해 특정 세포내에서 돌연변이되는 경우, 이형접합성의 손실(LOH)이 발생하여 SDHB 단백질이 더 이상 생산되지 않는다. 이후에, 종양 형성이 가능해진다. 모든 세포 기능에서 SDHB 단백질의 근본적인 특성을 고려할 때, 부신결절 세포 만이 영향받는 이유는 현재 이해되어 있지 않다. 그러나, 산소 수준에 대한 이러한 세포의 민감성은 역할을 담당할 수 있다.

SDHB 돌연변이로부터 종양형성까지 이르는 정밀한 경로는 잘 이해되어 있지 않지만 몇가지 메카니즘이 제시되어 있다. 제1의 잠재적인 메카니즘은 석시네이트-유비퀴논 활성이 억제되고 SDHB 소단위를 통해 유비퀴논 혼주물(pool)로 일반적으로 이동할 수 있는 전자는 대신 O₂로 이동하여 반응성 산소 종(ROS), 예컨대, 과산화물을 생성한다. ROS는 축적되어 HIF1-α의 생산을 안정화한다. HIF1-α는 HIF1-β와 조합하여 안정한 HIF 이종이량체성 복합체를 형성하며, 궁극적으로 세포 핵내에서 항세포자멸사 유전자(antiapoptotic gene)의 유도를 초래한다. 제2의 잠재적인 메카니즘은 SDH 불활성화가 다음과 같은 반응 캐스캐이드(cascade)를 출발하여, 석시네이트의 산화를 차단할 수 있다: 1) 미토콘드리아 매트릭스 내에 축적된 석시네이트는 내부 및 외부 미토콘드리아 막을 통해 세포질로 확산되고, 2) 정상의 세포 기능 하에서, 세포질내 HIF1-α는 프롤릴 하이드록실라제(PHD)에 의해 신속하게 하이드록실화되며, 3) HIF1-α는 안정화되고 세포 핵으로 통과되며 여기서 이는 HIF1-β과 조합하여 종양 유발 유전자의 발현을 유도하는 활성 HIF 복합체를 형성한다.

SDHB를 포함하는 세포 경로는 치료 요법 치료의 가능성을 상승시킨다. 석시네이트 증가(build-up)는 PHD 활성을 억제한다. PHD 작용은 일반적으로 보조기질(cosubstrate)로서 산소 및 α-케토글루타레이트 및 보조인자로서 제1철 및 아스코르베이트를 필요로 한다. 석시네이트는 PHD 효소에 대한 결합시 α-케토글루타레이트와 경쟁한다. 따라서, α-케토글루타레이트 수준의 증가는 석시네이트 축적 효과를 상쇄할 수 있다. 그러나, α-케토글루타레이트는 세포 벽을 효과적으로 침투하지 않으므로 세포 침투 유도체(예컨대, α-케토글루타레이트 에스테르)를 생성하는데 필수적이다. 시험관내(in-vitro) 시험은 이러한 보충 접근법이 HIF1-α 수준을 감소시킬 수 있으며, SDH 결핍증으로부터 생성되는 종양에 대한 치료학적 접근법을 생성할 수 있음을 나타낸다.

부신결절 조직은 배아내에 존재하는 신경관 세포로부터 유래된다. 복부 부신외의 부신결절종 세포는 태아 발달에 중요한 역할을 하는 카테콜라민을 분비한다. 출생 후 이러한 세포는 일반적으로 사멸하며, 이러한 과정은 세포자멸사(세포 사멸)을 개시하는 신경 성장 인자(NGF)의 감소에 의해 개시된다. 세포 사멸 과정은 프롤릴 하이드록실라제 EglN3로 불리는 효소에 의해 매개된다. SDH 불활성화에 의해 유발된 석시네이트 축적은 프롤릴 하이드록실라제 EglN3을 억제한다. 최종 결과(net result)는 출생 후 일반적으로 사멸할 수 있는 부신결절 조직 조직은 일반적으로 출생 후 사멸하여 남아있을 수 있으며, 이러한 조직은 후에 부신결절종/크롬친화성세포종을 개시할 수 있는 것이다. 따라서, 시트르산 주기의 억제는 세포가 해당작용적으로 ATP를 생성하도록 함으로써 이의 필요한 에너지를 생성한다. 유도된 당분해 효소는 잠재적으로 세포 세포자멸사(cell apoptosis)를 차단할 수 있다.

환자 종양 세포내에서 SDHB 유전자의 돌연변이 상태의 고려는 현재 당해 분야에 잘 공지된 게놈 방법을 사용하는 임상 실시에서 사용된다. 그러나, SDHB 유전자의 핵산 서열의 지식은 SDHB 단백질의 발현 상태를 측정할 수 없다. 현재 기술된 방법은 DIA 방식으로 질량 분석법에 의해 하나 이상의 단편 펩타이드, 예컨대, 서열 번호: 1 내지 12를 검출함으로써 환자 종양 세포내에서 발현된 SDHB 단백질의 발현을 검출하는 단계를 허용한다.

질량 분석법은 전체 길이의 단백질로부터 특정한 단편 펩타이드를 검출함으로써 환자 종양 조직내에서 직접적으로 단백질의 분석에 대한 가치있는 접근법이 되어 왔다. 다수 유형의 질량 분광기 기구는 다중 방식으로 작동할 수 있으며, 이에 의해 단백질-유래된 단편 펩타이드의 상이한 양태를 분석할 수 있다.

질량 분석법은 예를 들면, 탄뎀(tandem) 질량 분석법, Q-TOF 질량 분석법, 이온 트랩 질량 분석법, 삼중 4극자 질량분석법, MALDI-TOF 질량 분석법, MALDI 질량 분석법, 하이브리드 이온 트랩/4극자 질량 분석법 및/또는 비행 시간 질량 분석법을 포함하나, 이에 한정되지 않는다. 질량 분석법의 방식은 데이타 독립 획득(DIA)이다.

탄뎀 질량 분석기(LC-MS/MS)에 접속된 액체 크로마토그래피는 단백질/펩타이드, 해독 후 변형 및 동형 변이체의 표적화되고 발견-기반된 전반적인 단백질/펩타이드의 확인, 해독 후 변형, 및 동형 변이체를 허용한다. 환자 조직으로부터 단백질 분해물의 전반적인 단백질 프로파일을 수득하기 위해 광범위하게 사용된 질량 분석법 접근법은 표지가 없는 숏건 단백질 유전 정보학(shotgun proteomics)이며 여기서 질량 분석기는 데이타 의존적인 획득(Data Dependent Acquisition: DDA) 방식으로 작동한다. 이러한 방법에서는, 조사 스캔(survey scan)으로부터 가장 강력한 전구체 이온을 단리하고 분획화하여 탄뎀 질량 스펙트럼(MS/MS 또는 MS2)을 생산하며, 이는 이후 펩타이드 확인을 위한 공지된 서열의 데이타베이스에 대해 일치된다. 그러나, 숏건 단백질 유전 정보학은 2개의 주요 결함으로 곤란을 겪는다: 불충분한-샘플채취(under-sampling)의 빈번한 발생 및 용출 피크 밖의 MS/MS 스펙트럼의 분석. 이는 낮은 재현성을 초래함으로써 검출가능한 펩타이드의 작은 분획 만이 용이하게 확인되어 서열분석될 것이다.

숏건 단백질 유전 정보학에 대한 상보성 접근법은 선택된 반응 모니터링(SRM) 방식을 이용하는 표적화된 질량 분석법 접근법이다. 이러한 접근법은 특이적인 분자 이온 및 충돌 해리에 의해 생성된 이들의 상응하는 단편 이온을 여과하고 선택적으로 모니터하는 삼중 4극자 질량분석기의 능력을 사용한다. SRM 전이로 명명된 이러한 전구체-단편 이온 쌍은 반복적으로 측정되며 시간에 걸쳐 계수되어 표적 펩타이드의 재생가능한 정량화가 가능하도록 한다. 그러나, SRM은 목적한 각각의 펩타이드에 대한 검정, 저 처리량 분석, 및 수백 내지 수천개의 펩타이드에 걸친 멀티플렉스에 대한 제한된 능력을 개발할 필요성으로 곤란을 겪는다.

데이타-독립적인 획득(DIA)은 숏건 단백질 유전 정보학에서 확인된 대규모의 수의 단백질/펩타이드와 SRM의 재현성을 조합함으로써 숏건 및 표적화된 방법 둘 다의 강도를 이용한다. MS/MS 스캔은 획득 과정을 통해 전신계적으로(전구체 정보의 부재하에서 독립적으로) 수집되므로 일반적으로 DIA 방법은 분석 동안 개개 전구체 이온을 검출할 필요성을 피한다. 다중 DIA 방식이 사용 중에 있고/있거나 현재 개발 중에 있다. 본원에 기술된 방법은 임의의 특수한 DIA 방식에 제한되지 않는다.

DIA의 데이타 생성은 DDA 또는 SRM 실험과 비교하여 보다 융통성이 있으며 더 단순하다. DIA는 조사 스캔 또는 완전한 MS 스캔으로부터 전구체 이온 선택과 상관없이 모든 MS/MS 스캔을 수집하며, 여기서 DDA가 필요하다. SRM/PRM이 필요로 하는, 표적 목록의 사전정의는 DIA 실험의 경우 필요하지 않다. 광범위한 전구체 및 상응하는 이행은 데이타 조달 후 추출될 수 있다. 따라서, 표적화된 단백질유전정보학에서, DIA는 표적화된 데이타 추출 전략을 사용한 포괄적인 단백질 유전 정보-광범위 정량화(wide quantification)를 목표로 한다. 그러나, SRM과 비교하는 경우, DIA-기반 표적화된 방법은 일반적으로 보다 낮은 민감성, 특이성, 및 재현성 뿐만 아니라 단백질 정량화에 있어서 보다 작은 역학적 범위를 제공한다.

DIA 방법은 원래 광범위한 전구체 단리 윈도우(precursor isolation window: 10 m/z)를 적용하는 LTQ-선형 이온 트랩(LIT) 질량 분광기를 사용하여 도입됨으로써 예정된 m/z 범위의 순차적인 단리 및 분획화를 수행하였다. MS 수준 정량화와 비교하여, S/N 비율은 양호한 선형 역학적 범위로 크게 개선(350% 초과)됨이 밝혀졌다. DIA 정량화의 MS/MS 수준에 있어서 이온 추출의 적용능이 또한 입증되었다. 그러나, 광범위한 전구체 단리 윈도우를 지닌 이러한 저 해상도 DIA MS/MS는 질량 정확도 및 펩타이드 확인에 있어서의 신뢰도를 저하시키며, 이는 잠재적으로 거짓 양성 발견율의 증가를 야기한다.

다른 개질된 DIA가 후속적으로 도입되었다. MS^E는 QqTOF 장치내에서 효과적으로 작동할 수 있다. 보다 작은 단리 윈도우(2.5u)의 사용은 전체 표적 질량 범위를 포함하는 전체 데이타 획득이 다중 주입(5일 동안 67회 주입)을 요구하였지만 단백질 확인의 개선을 이끌었다. 훨씬 더 신속한 스캐닝 이온 트랩 MS(예컨대, LTQ Orbitrap Velos MS)는 전체 데이타 획득 시간을 ~2일로 감소시켰다. 벤치 톱 정확한(bench top Exactive) MS의 도입을 사용하여 모든-이온 분획화(AIF)의 적용을 입증하였으며, 여기서 펩타이드는 전구체 선택없이 분획화를 위해 HCD 충돌 세포로 주입되며 단편은 C-트랩으로 다시 되돌아와서 Orbitrap 질량 분석기를 통해 분석되었다. 동시-용출되는 전구체 이온에 대한 단편 이온의 지정은 고 분해능(resolution)(m/z 200에서 100 000) 및 고 질량 정확도에 의해 용이하게 되었다. 이러한 개념은 작동 주기 시간(duty cycle time)을 유의적으로 감소시키지만 특정의 보유 시간에서 AIF로부터 더 많은 방해를 도입시킨다. 다른 DIA 접근법이 후속적으로 도입되었으며 연장된 데이타-독립적인 획득(XDIA)으로 명명되고, 이는 전자 전달 해리(electron transfer dissociation: ETD)의 능력을 지닌 상이한 유형의 Orbitrap MS에서 수행되었다. DDA-기반 ETD 분석과 비교하는 경우, DIA-기반 ETD 접근법은 확인된 스펙트럼의 수(~250%) 및 독특한 펩타이드의 수(~30%)를 유의적으로 증가시켰으며, 이는 저-과다(low-abundance) PTM 연구를 잠재적으로 용이하게 할 수 있다.

최근에, DIA에 있어서 유의적인 개선이 신속한 스캐닝 HR/AM 장치의 개발과 함께 달성되었으며 이에 의해, DIA의 변화가, 개념적으로는 멀티플렉스화된 스펙트럼으로 이루어진 광범위한 단리 윈도우(전형적으로 25 m/z)의 이용을 지칭하기 위해 SWATH로 명명된, QqTOF MS를 사용하여 입증되었다. QqTOF MS를 사용하는 한 가지 주요 특징은 가장 신속한 데이타 획득 속도이다. 다른 DIA 전략은 QqOrbi MS의 사용으로 도입되었으며, 여기서 신규 획득 방법, 즉 MSX가 장치 속도, 선택성, 및 민감성을 개선시키기 위해 도입되었다.

DIA 데이타 획득 및 공정에 있어서 최근의 개선은 Orbitrap MS 장치의 더 새로운 버젼에 의해 보조되었다. Q Exactive MS에서 시행된, pSMART로 명명되는 첫번째 것은 질량 범위에 걸쳐 비대칭적 단리 윈도우를 이용한다: 400 내지 800 m/z를 포함하는 5 Da 윈도우, 800 내지 1000 m/z를 포함하는 10 Da 윈도우 및 1000 내지 1200 m/z를 포함하는 20 Da 윈도우. 새로운 하이브리드 Q-HCD-Orbitrap-LIT MS(즉, Orbitrap Fusion and Lumos)에서 시행된, 와이드 선택된-이온 모니터링 DIA (wiSIM-DIA)로 명명된 다른 DIA 방법에서는, 200 Da 단리 윈도우를 지닌 3개의 HR/AM SIM 스캔을 사용하여 400 내지 1000 m/z의 모든 전구체 이온을 포함한다. 각각의 SIM 스캔과 동시에, 12-Da 단리 윈도우를 지닌 17개의 순차적인 이온-트랩 MS/MS를 획득함으로써 연관된 200-Da SIM 질량 범위를 포함하였다.

표준의 광범위한-윈도우 MS/MS-만의 DIA 방법과는 상이하게, pSMART 및 wiSIM-DIA의 경우 MS1 데이타(즉, 보다 긴 충전 시간 및 LC 용출 프로파일에 걸쳐충분한 전구체 이온 데이타 지점을 가진 HR/AM 전구체 데이타)를 민감한 검출 및 정량화를 위해 사용하는 반면, 신속한 이온 트랩 MS/MS 스캔으로부터의 MS/MS 데이타는 펩타이드 확인/입증을 위해서만 사용된다. 검출가능한 펩타이드 전구체의 모든 단편 이온을 완전히 기록하지만 정교한 데이타 분석을 사용하는 표준 DIA 방법과 비교하여, pSMART 및 wiSIM-DIA는 작동 주기 시간의 대부분을 고 품질 MS1 데이타를 생성하는데 사용하므로 비교적 용이한 데이타 분석으로 검출가능한 전구체에 대해 보다 작은 수의 MS/MS 스펙트럼을 제공할 수 있다. 따라서, 이들의 민감성 및 정확성은 표준 DIA 방법에 의해 제공된 것보다 더 높지만, 이들의 정량화 정확도(즉, 특이성 또는 선택성)는 MS/MS보다 MS1으로부터의 동시-용출 간섭(co-eluting interference)을 갖는 것에 대한 증가된 기회로 인하여 표준 DIA 방법으로부터의 것보다 다소 더 낮을 수 있다.

가장 최근에, Q Exactive MS(하이브리드 4극/이온 트랩) 플랫폼에서 종합적인 DIA 획득 및 보유-시간 표준화된(iRT) 스펙트럼 라이브러리를 지닌 표적 데이타 분석으로 이루어지는, 과도한 반응 모니터링(hyper reaction monitoring: HRM)으로 명명된 신규한 DIA 방법이 입증되었다. HRM은 일관되게 확인된 펩타이드의 수 및 다수의 측정에 걸쳐 상이한 풍부한 단백질의 신뢰가능한 정량화 둘 다에서 숏건 단백질 유전 정보학을 능가하는 것으로 입증되었다. DIA 분석을 위한 보다 효과적인 생물정보학 도구는 현재 개발중에 있으며 현재 기술된 방법에서 적용될 수 있다.

DIA 스펙트럼은 고도로 멀티플렉싱되어 있으므로 DDA 또는 SRM/PRM과 비교하여 보다 정교한 데이타 해석 알고리즘이 요구된다. 현재, 3개의 접근법을 사용하여 DIA 스펙트럼을 판독하고 있다. 첫번째 것은 DIA 스펙트럼으로부터 가-DDA(pseudo-DDA) 스펙트럼, 예컨대, Demux, MaxQuant, XDIA 프로세서, 및 상보성 파인더(Complementary Finder)를 구축하는 것이다. 이러한 재구축된 가-DDA 스펙트럼을 이후 통상적인 조사 엔진 도구, 예컨대, MSGF+, MaxQuant, MASCOT, 또는 다른 스펙트럼 라이브러리를 통해 가공한다. 이러한 계획의 일부는 크로마토그래피적 용출 프로파일의 사용으로 시행함으로써 펩타이드의 확인을 개선시켰다. 쑈우(Tsou) 등의 최근 공보("DIA-Umpire: comprehensive computational framework for data-independent acquisition proteomics," Nature Methods 12:258-264 (2015))는 DIA-Umpire로 명명된, 계산적 접근법(computational approach)의 개발을 기술하고 있다. DIA-Umpire는 2차원(m/z 및 보유 시간) 특징-검출 알고리즘으로 출발하여 MS 및 MS/MS 데이타에서 모든 가능한 전구체 및 단편 이온 신호를 발견한다. 단편 이온은 LC 용출 피크 및 피크 정점에서의 보유 시간의 상관관계를 갖는 전구체 이온으로 그룹화된다. 각각의 전구체-단편 그룹에 대해 생성된 가-MS/MS 스펙트럼을 이후에 전술한 도구를 포함하는 통상의 데이타베이스 조사 엔진과 함께 가공한다. 다른 접근법은 멀티플렉싱된 MS/MS를 펩타이드의 이론적 스펙트럼(예컨대, ProbIDtree, Ion Accounting, M-SPLIT, MixDB, 및 FT-ARM)과 매치시키는 것이다. 점수매김 알고리즘은 서열 데이타베이스 또는 스펙트럼 라이브러리로부터 펩타이드의 얼마나 많은 이론적 단편 이온이 고 질량 정확도로 멀티플렉싱된 스펙트럼에서 발견되는가에 직접 기반한다. 처음 2개의 접근법은 추가의 정량화 전에 DIA 스펙트럼으로부터 펩타이드의 확인을 크게 다루어왔다. 자유로이 이용가능한 자동화되거나 반-자동화된 도구, 예컨대, Skyline, mProphet, OpenSWATH, 및 DI-ANA와 2개의 시판되는 소프트웨어, PeakView^®(공급원: AB/Sciex) 및 Spectronaut™(공급원: Biognosys)를 사용하여 표적화된 데이타 추출 전략을 사용하는 정량적으로 표적화된 DIA 데이타를 가공하여 왔다.

이러한 방법에서 특정한 SDHB 단편 펩타이드는 서열 번호: 1(YLGPAVLMQAYR), 서열 번호: 2(IYPLPHMYVIK), 서열 번호: 3(AGDKPHMQTYEVDLNK), 서열 번호: 4(QQYLQSIEER),서열 번호: 5(NEVDSTLTFR), 서열 번호: 6(SIEPYLK), 서열 번호: 7(IDTNLNK), 서열 번호: 8(DLVPDLSNFYAQYK), 서열 번호: 9(LQDPFSLYR), 서열 번호: 10(DDFTEER), 서열 번호: 11(RIDTNLNK), 및 서열 번호: 12(IKNEVDSTLTFR)로 설정된 아미노산 서열을 포함할 수 있다.

종양 샘플은 예를 들면, 세포, 세포 수집물, 또는 고형 조직일 수 있다. 종양 샘플은 포르말린 고정된 고형 조직일 수 있으며, 파라핀 포매된 조직일 수 있다.

특정한 SDHB 단편 펩타이드의 검출 및 정량화는 멀티플렉스 방식으로 다른 단백질로부터의 다른 펩타이드의 검출 및 정량화와 조합됨으로써, 생물학적 샘플 내에서 다른 펩타이드/단백질과 함께, 치료에 사용된 제제에 대한 처리 결정이 특정한 SDHB 단편 펩타이드의 특정 수준을 기반으로 한다. 특정한 SDHB 펩타이드가 검출되지 않아서 단백질이 발현되지 않는 경우, 치료학적 전략은 하나 이상의 항-키트제(anti-Kit agent)를 포함할 수 있다.

SDHB 단편 펩타이드를 검출하는 방법에서, 이러한 방법은 단편 펩타이드의 양을 검출하고/하거나 정량화하기 전에 단백질 분해물을 분획화하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.

이러한 방법에서 단백질 분해물내 단편 펩타이드의 양을 검출하고/하거나 정량화하는 것은 상응하는 단백질의 존재 및 대상체 내에서 암과의 연관성(association)을 나타내며, 결과는 암의 진단 단계/등급 상태와 관련될 수 있다. 관련시키는 단계는 멀티플렉스 방식으로 다른 단백질 또는 다른 단백질로부터의 펩타이드의 양을 검출하고/하거나 정량화하는 것과 조합됨으로써 암의 진단 단계/등급/상태에 대한 추가의 정보를 제공할 수 있다.

측정 및, 임의로, 관련시키는 단계 후, 생물학적 샘플이 수득된 환자에게 치료학적 유효량의 치료제를 투여하며, 여기서 치료제 및/또는 투여된 치료제의 양은 단편 펩타이드의 양 또는 단백질의 수준을 기반으로 한다.

구체적으로, 종양 샘플 또는 환자로부터의 샘플에서 SDHB의 발현을 검출하고 측정하는 진단 방법이 제공된다. 종양 샘플은 유리하게는 포르말린-고정된 샘플이다. 하나 이상의 특이적인 SDHB 펩타이드 단편, 및 이러한 펩타이드에 대한 특수한 특징을 측정하는 DIA 검정을 사용하여, 포르말린 고정되고 파라핀 포매된(FFPE) 조직으로부터 유래된 세포 내의 SDHB 단백질의 존재 및 양을 측정한다. 펩타이드 단편은 전체 길이의 SDHB 단백질로부터 유래되며; SDHB에 사용된 특이적인 펩타이드 서열은 서열 번호: 1 내지 12의 펩타이드로부터 선택된다.

FFPE 조직의 분해물 내에서 이러한 펩타이드의 검출 및 정확한 정량화는 단백질의 포르말린 고정 동안 발생하는 무작위 단백질 가교결합으로 인하여, 매우 예측불가능하다. 그러나, 놀랍게도, 이러한 특이적인 SDHB 펩타이드는 종양 조직의 FFPE 샘플로부터 제조된 분해물에서 신뢰가능하게 검출되고 정량화될 수 있음이 밝혀졌다. 예를 들면, 이의 내용은 이의 전문이 본원에 참고로 포함된, 미국 특허원 제13/993,045호를 참고한다.

보다 구체적으로, 이러한 DIA 검정은 환자 조직 샘플, 예컨대, 포르말린 고정된 암 환자 조직으로부터 입수한 세포로부터 제조된 복합체 단백질 용해물 샘플에서 펩타이드를 직접적으로 측정할 수 있다. 포르말린-고정된 조직으로부터 단백질 샘플을 제조하는 방법은 미국 특허 제7,473,532호에 기술되어 있으며, 이의 내용은 이의 전문이 본원에 참고로 포함된다. 미국 특허 제7,473,532호에 기술된 방법은 Liquid Tissue® 시약 및 Expression Pathology Inc.(메릴랜드주 록빌(Rockville) 소재)로부터 이용가능한 프로토콜을 사용하여 편리하게 수행할 수 있다.

암 환자로부터의 조직, 및 암 조직의 가장 광범위하고 유리하게 이용가능한 형태는 포르말린 고정되고, 파라핀 포매된 조직이다. 외과적으로 제거된 조직의 포름알데하이드/포르말린 고정은 지금까지 세계적으로 암 조직 샘플을 보존하는 가장 일반적인 방법이며 표준 병리학 실시에서 허용되는 관례이다. 포름알데하이드의 수용액은 포르말린으로 지칭된다. "100%" 포르말린은 수중 포름알데하이드(약 40 용적% 또는 37 질량%)의 포화된 용액으로 이루어진다. 소량의 안정화제, 일반적으로 메탄올을 가하여 산화 및 중합도를 제한한다. 조직을 보존하는 가장 일반적인 방식은 전체 조직을 연장된 시간(8시간 내지 48시간) 동안 일반적으로 10% 중성 완충된 포르말린으로 명명된, 수성 포름알데하이드 속에 침지시킨 후, 고정된 전체 조직을 긴 기간 저장동안 실온에서 파라핀 왁스 속에 포매하는 것이다.

DIA 검정으로부터의 결과를 사용하여 이로부터 조직이 수집되어 보존되는 환자의 특이적인 암 내의 SDHB 단백질의 정확하고 정밀한 정량 수준을 관련시킬 수 있다. 특정의 구현예에서, 종양 SDHB 수준의 비교는 동일한 환자, 특히 종양 조직과 동일한 기관 또는 조직 공급원으로부터 취한 건강한 조직으로부터의 SDHB 수준에 대해 상대적으로 이루어진다. 다른 구현예에서, 비교는 다양한 건강한 환자내에서의 측정으로부터, 또는 종양 환자가 속하는 건강한 환자의 소집단(예컨대, 남성, 55 내지 60세 환자, KSHV⁺ 환자 등)으로부터 계산된 표준화된 "정상의" SDHB 수준과 비교하여 이루어진다. 이는 암에 대한 진단 정보를 제공할 뿐 아니라, 주치의 또는 다른 의학 전문의가 환자에 대해 적절한 치료요법을 결정하도록 한다. 이러한 경우, 이러한 검정을 이용하는 것은 환자로부터의 암 조직에서 SDHB 단백질 발현의 특이적인 수준에 대한 정보를 제공할 수 있으며 환자가 Kit 단백질의 기능을 특이적으로 억제하는 항-Kit 제제를 사용한 치료요법에 대해 양호하게 반응할지의 여부를 결정하는 것이 가능하도록 한다.

암 환자 조직, 특히 FFPE 조직에서 단백질 존재를 측정하기 위해 현재 적용된 가장 광범위하게 사용된 방법론은 면역조직화학(IHC)이다. IHC 방법론은 목적한 단백질을 검출하기 위한 항체를 사용한다. IHC 시험의 결과는 병리학자 또는 조직기술자에 의해 가장 흔히 해석된다. 이러한 해석은 주관적이며 특이적인 종양단백질 표적을 표적화하는 치료학적 제제에 대한 민감성의 예측인 정량적인 데이타를 제공하지 않는다.

다른 IHC 검정, 예컨대, Her2 IHC 시험을 포함하는 연구는 이러한 시험으로부터 수득된 결과가 잘못되거나 호도될 수 있음을 시사한다. 이는 상이한 실험실이 양성 및 음성 IHC 상태를 분류하기 위한 상이한 규칙을 사용하기 때문이다. 시험을 수행하는 각각의 병리학자는 또한 상이한 기준을 사용하여 결과가 양성인지 또는 음성인지를 결정할 수 있다. 대부분의 경우에서, 이는 시험 결과가 경계선에 있는 경우, 즉, 결과가 강력하게 양성이 아니거나 강력하게 음성이 아닌 경우에 일어난다. 다른 경우에, 암 조직의 하나의 부위로부터의 조직은 양성으로 시험될 수 있지만 암의 상이한 부위로부터의 조직은 음성으로 시험된다.

부정확한 IHC 시험 결과는 암으로 진단된 환자가 가장 가능성있는 치유를 제공받지 않음을 의미할 수 있다. 모든 암 또는 암 중 일부가 특이적인 표적 종양단백질에 대해 양성이지만 시험 결과는 이를 음성으로 분류하는 경우, 심지어 환자가 종양단백질을 표적화하는 제제로부터 잠재적으로 유리할 수 있지만, 주치의는 정확한 치료학적 치료를 시행하지 않는 경향이 있다. 암이 종양 단백질 표적 음성이지만 시험 결과가 이를 양성으로서 분류하는 경우, 심지어 환자가 어떠한 이점을 제공받지 않는 경향이 있을 뿐 아니라 제제의 2차 위험에 노출되지만, 주치의는 특이적인 치료학적 치료를 사용할 수 있다. 예를 들면, 치료 방법이 본원에 개시되어 있으며 여기서 SDHB 수준은 환자를 이마티닙, 다사티닙, 닐로티닙, 다카르바진, 테모졸로마이드, 및 이의 조합으로 이루어진 그룹으로부터 선택된 약물을 사용한 치료를 개시하기 전에 측정된다. 특정의 구현예에서, 약물은 SDHB 수준이 동일한 환자로부터의 건강한 조직의 매치된 샘플내 SDHB 수준과 실질적으로 동일하거나 이보다 더 높은 환자에게 투여된다.

따라서, 종양내 SDHB 단백질의 정량적 수준을 정확하게 평가하는 능력에 있어서 큰 임상적 가치가 있으므로 환자는 불필요한 독성 및 다른 부작용을 감소시키면서 성공적인 치료 요법을 제공받는 가장 큰 기회를 가질 것이다.

SDHB 단편 펩타이드에 대한 DIA 검정을 개발하기 위하여, 펩타이드 서열을 단순하게 능가하는 추가의 정보는 질량 분광기에 의해 활용될 필요가 있다. 이러한 추가의 정보를 사용하여 질량 분석기(예컨대, 삼중 4극자 질량분석법)을 관리하고 지시함으로써 특정한 단편 펩타이드의 정확하고 중점화된 분석을 수행한다. DIA 검정은 하이브리드 4극자/이온 트랩 질량 분석기에서 효과적으로 수행할 수 있다. 이러한 유형의 질량 분석기는 세포내에 함유된 모든 단백질로부터의 수십만개 내지 수백만개의 개개 펩타이드로 이루어질 수 있는 매우 복잡한 단백질 용해물 내의 많은 표적 펩타이드를 분석하기 위한 가장 적합한 장치 중 하나인 것으로 고려될 수 있다. 추가의 정보는 매우 복잡한 단백질 용해물내 많은 표적 펩타이드의 분석을 허용하는 정확한 지시사항과 함께, 질량 분석기, 예를 들면, 하이브리드 4극자/이온 트랩 질량 분석기를 제공한다. DIA 검정은 또한 다른 유형의 질량 분석기, 예컨대, MALDI, 이온 트랩, 이온 트랩/4극자 하이브리드, 또는 삼중 4극자 장치에서 개발되어 수행될 수 있지만, DIA 검정을 위한 현재 가장 유리한 장치 플랫폼은 흔히 하이브리드 4극자/이온 트랩 장치 플랫폼인 것으로 고려된다. 일반적으로 표적 펩타이드, 및 특히 특정한 단편 펩타이드에 대한 추가의 정보는 각각의 펩타이드의 모노 동위원소 질량, 이의 전구체 전하 상태, 전구체 m/z 값, m/z 전이 이온, 및 각각의 전이 이온의 이온 유형 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 본 방법에 기술된 바와 같은 특정한 SDHB 단편 펩타이드의 펩타이드 서열은 표 1에 나타나 있다.

핵산 및 단백질 둘 다는 동일한 Liquid Tissue® 생물분자 제제로부터 분석될 수 있으므로 단백질이 분석된 동일한 샘플내 핵산으로부터 질환 진단 및 약물 치료 결정에 대한 추가의 정보를 생성하는 것이 가능하다. 예를 들면, SDHB 단백질 발현을 검출하는 경우, DIA 방법에 의한 검정 시, 데이타는 세포의 상태 및 조절되지 않은 성장, 최적의 치료요법의 선택, 및 잠재적인 약물 내성에 대한 이들의 잠재능에 대한 정보를 제공할 수 있다. 동시에, 유전자의 상태 및/또는 이들이 암호화하는 핵산 및 단백질(예컨대, mRNA 분자 및 이들의 발현 수준 또는 스플라이스 변이체)은 동일한 Liquid Tissue® 생물분자 제제에 존재하는 핵산으로부터 수득할 수 있다. 핵산은 SDHB 단백질을 포함하는, 단백질의 DIA 분석에 대해 동시에 평가할 수 있다. 일 구현예에서, SDHB 단백질 및/또는 1, 2, 3, 4개 이상의 추가의 단백질에 대한 정보는 이러한 단백질을 암호화하는 핵산을 시험함으로써 평가할 수 있다. 이러한 핵산은 예를 들면, 다음 중 1개 이상, 2개 이상, 또는 3개 이상으로 시험할 수 있다: 서열분석 방법, 폴리머라제 연쇄 반응 방법, 제한 단편 다형 분석, 결실, 삽입의 확인, 및/또는 단일 염기쌍 다형, 전이, 전환, 또는 이의 조합을 포함하나, 이에 한정되지 않는 돌연변이의 존재의 결정.

SEQUENCE LISTING <110> NANTOMICS, LLC <120> Evaluating SDHB Protein Expression by Mass Spectrometry <130> IPA200003-US <150> US 62/791,493 <151> 2019-01-11 <160> 12 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Tyr Leu Gly Pro Ala Val Leu Met Gln Ala Tyr Arg 1 5 10 <210> 2 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Ile Tyr Pro Leu Pro His Met Tyr Val Ile Lys 1 5 10 <210> 3 <211> 16 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 3 Ala Gly Asp Lys Pro His Met Gln Thr Tyr Glu Val Asp Leu Asn Lys 1 5 10 15 <210> 4 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 4 Gln Gln Tyr Leu Gln Ser Ile Glu Glu Arg 1 5 10 <210> 5 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 5 Asn Glu Val Asp Ser Thr Leu Thr Phe Arg 1 5 10 <210> 6 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 6 Ser Ile Glu Pro Tyr Leu Lys 1 5 <210> 7 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 7 Ile Asp Thr Asn Leu Asn Lys 1 5 <210> 8 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 8 Asp Leu Val Pro Asp Leu Ser Asn Phe Tyr Ala Gln Tyr Lys 1 5 10 <210> 9 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 9 Leu Gln Asp Pro Phe Ser Leu Tyr Arg 1 5 <210> 10 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 10 Asp Asp Phe Thr Glu Glu Arg 1 5 <210> 11 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 11 Arg Ile Asp Thr Asn Leu Asn Lys 1 5 <210> 12 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 12 Ile Lys Asn Glu Val Asp Ser Thr Leu Thr Phe Arg 1 5 10

Claims (15)

1. 포르말린 고정된 조직(formalin fixed tissue)의 생물학적 샘플 내에서 석시네이트 데하이드로게나제 철-황 소단위, 미토콘드리아(succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit, mitochondrial: SDHB) 단백질의 발현을 검출하는 방법으로서, 이러한 방법이
   질량 분석법을 사용하여 상기 생물학적 샘플로부터 제조된 단백질 분해물(protein digest) 내의 SDHB 단백질로부터 유래된 하나 이상의 단편 펩타이드의 양을 검출하고/하거나 정량화하는 단계; 및
   상기 샘플 내의 단백질 수준을 계산하는 단계를 포함하는 방법.
2. 제1항에 있어서, 상기 하나 이상의 단편 펩타이드의 양을 검출하고/하거나 정량화하기 전에 상기 단백질 분해물을 분획화(fractionating)하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
3. 제2항에 있어서, 상기 분획화 단계가 겔 전기영동, 액체 크로마토그래피, 모세관 전기영동, 나노역상 액체 크로마토그래피, 고 성능 액체 크로마토그래피, 및 역상 고 성능 액체 크로마토그래피로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 방법.
4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 단백질 분해물이 프로테아제 분해물, 바람직하게는 트립신 분해물을 포함하는 방법.
5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 질량 분광법이 탄뎀 질량 분석법(tandem mass spectrometry), 이온 트랩 질량 분석법(ion trap mass spectrometry), 삼중 4극자 질량분석법(triple quadrupole mass spectrometry), 이온 트랩(ion trap)/4극자 하이브리드(quadrupole hybrid) 질량 분석법, MALDI-TOF 질량 분석법, MALDI 질량 분석법, 및/또는 비행 시간 질량 분석법(time of flight mass spectrometry)을 포함하는 방법.
6. 제5항에 있어서, 사용된 질량 분석법의 방식이 데이타 독립적인 획득(DIA)인 방법.
7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 하나 이상의 단편 펩타이드가 서열 번호: 1 내지 12로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 방법.
8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 조직이 파라핀 포매된 조직(paraffin embedded tissue)인 방법.
9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 조직이 종양, 예컨대, 1차 또는 2차 종양으로부터 수득되는 방법.
10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 하나 이상의 단편 펩타이드를 정량화하는 단계가 생물학적 샘플 내의 하나 이상의 단편 펩타이드의 양을 상이하고 별도의 생물학적 샘플 내의 동일한 하나 이상의 단편 펩타이드의 양과 비교하는 단계를 포함하는 방법.
11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 단백질 분해물 내의 상기 하나의 단편 펩타이드의 양을 검출하고/하거나 정량화하는 단계가 상응하는 단백질의 존재 및 대상체 내에서 암의 진단 단계/등급/상태와의 연관성(association)을 나타내는 방법.
12. 제11항에 있어서, 상기 하나 이상의 단편 펩타이드의 양, 또는 상응하는 단백질의 양을 검출하고/하거나 정량화하는 단계의 결과를 관련시켜, 대상체에 대한 최적의 암 치료 요법을 통지함을 추가로 포함하는 방법.
13. 제12항에 있어서, 결과를 관련시키는 단계가 멀티플렉스 양식(multiplex format)으로 다른 단백질 또는 다른 단백질로부터의 펩타이드의 양을 검출하고 정량화하는 단계와 조합되는 방법.
14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 생물학적 샘플 내에서 SDHB 단백질로부터 유래된 하나 이상의 단편 펩타이드의 양이 생물학적 샘플과 동일한 공급원으로부터의 건강한 조직의 샘플내 SDHB 단백질로부터 유래된 하나 이상의 단편 펩타이드의 양보다 더 크거나 실질적으로 이와 동일한 방법.
15. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 환자에게 이마티닙, 다사티닙, 닐로티닙, 다카르바진, 테모졸로마이드, 및 이의 조합으로 이루어진 그룹으로부터 선택된 제제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.