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JP2019500892A - Ｔｉｍ−３に特異的に結合する抗体及びその使用 - Google Patents

Ｔｉｍ−３に特異的に結合する抗体及びその使用 Download PDF

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JP2019500892A
JP2019500892A JP2018543007A JP2018543007A JP2019500892A JP 2019500892 A JP2019500892 A JP 2019500892A JP 2018543007 A JP2018543007 A JP 2018543007A JP 2018543007 A JP2018543007 A JP 2018543007A JP 2019500892 A JP2019500892 A JP 2019500892A
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ズデール ウルバニ，エンリケ
ズデール ウルバニ，エンリケ
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ヤンセン バイオテツク，インコーポレーテツド
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Abstract

本発明は、ＴＩＭ−３に特異的に結合する抗体、かかる抗体又は断片をコードしているポリヌクレオチド、並びに前述のものを作製及び使用する方法に関する。

Description

配列表
本出願は、ＥＦＳ−Ｗｅｂから提出した配列表を含み、その配列表の全体を参照により本明細書に援用するものである。２０１６年１０月２８日に作成されたＡＳＣＩＩテキストファイルは、ファイル名がＪＢＩ５０７１ＷＯＰＣＴ１＿ＳＴ２５．ｔｘｔであり、サイズが４１８キロバイトである。
発明の分野
本発明は、ＴＩＭ−３に特異的に結合する抗体、かかる抗体又は断片をコードしているポリヌクレオチド、並びに前述のものを作製及び使用する方法に関する。
免疫系は、共刺激性かつ共抑制性のリガンド及び受容体のネットワークによって厳重に管理されている。これらの分子は、Ｔ細胞活性化に対する二次シグナルを出し、正及び負のシグナルのバランスが取れているネットワークをもたらして、感染及び腫瘍に対する免疫応答を最大化する一方で、自己に対する免疫性を制限する（Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，（Ｅｐｕｂ Ｍａｒ．７，２０１１）Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ ２０８（３）：５７７〜９２、Ｌｅｐｅｎｉｅｓ ｅｔ ａｌ．，（２００８）Ｅｎｄｏｃｒ Ｍｅｔａｂ Ｉｍｍｕｎｅ Ｄｉｓｏｒｄ Ｄｒｕｇ Ｔａｒｇｅｔｓ ８：２７９〜２８８）。
免疫チェックポイント療法は、抗腫瘍性免疫応答を促進するＴ細胞中の共抑制経路を標的としており、癌患者の臨床ケアの進歩につながっている。
ＰＤ−１は、腫瘍微小環境（ＴＭＥ）中でＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞の機能を抑制する、負の免疫チェックポイント分子である。ＰＤ−１がそのリガンド（ＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２）と結合すると、Ｔ細胞受容体シグナル伝達の下流にある複数の経路を阻害することによって、腫瘍中でＴ細胞アネルギーと消耗が引き起こされ、その結果、Ｔ細胞の生存、成長及び増殖の低下、エフェクター機能の不全化、並びに、代謝の変化につながる。前臨床試験では、ＰＤ−１経路の阻害が、Ｔ細胞の消耗を回復させ、抗腫瘍免疫を刺激できることが示されている。
したがって、ＰＤ−１経路は、（ＴＭＥ）中におけるＴ細胞機能の下方制御、及び、免疫破壊による腫瘍の回避に寄与している。ＴＭＥでは、Ｔ細胞の消耗によって、高レベルのＰＤ−１発現に加え、ＣＴＬＡ−４、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３、ＣＤ２４４、ＴＩＧＩＴ及びＣＤ１６０などの他の抑制性受容体が発現される（例えば、Ｐａｕｋｅｎ ＆ Ｗｈｅｒｒｙ；２０１５，Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ３６（４）：２６５〜２７６参照）。
ＴＩＭ−３は、Ｔｈ１（Ｔヘルパー１）ＣＤ４＋細胞及びＩＦＮ−γを分泌する細胞傷害性ＣＤ８＋Ｔ細胞上に発現する、膜貫通受容体である。ＴＩＭ−３は、一般に、ナイーブＴ細胞ではなく、活性化によって上方制御されたエフェクターＴ細胞に発現する。ＴＩＭ−３は、ｉｎ ｖｉｖｏでの免疫及び寛容の制御に関与している（Ｈａｓｔｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．，（２００９）Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ３９（９）：２４９２〜５０１参照）。
ＰＤ−１抗体は、例えば、米国特許第５，８９７，８６２号、及び同第７，４８８，８０２号、並びに、国際公開第２００４／００４７７１号、同第２００４／０５６８７５号、同第２００６／１２１１６８号、同第２００８／１５６７１２号、同第２０１０／０２９４３５号、同第２０１０／０３６９５９号、同第２０１１／１１０６０４号、同第２０１２／１４５４９３号、同第２０１４／１９４３０２号、同第２０１４／２０６１０７号、同第２０１５／０３６３９４号、同第２０１５／０３５６０６号、同第２０１５／０８５８４７号、同第２０１５／１１２９００号、及び同第２０１５／１１２８０５号に記載されている。
ＴＩＭ−３抗体は、例えば、Ｍｏｎｎｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ（２００２）４１５（６８７１）：５３６〜４１、並びに、国際公開第２０１１／１５５６０７号、同第２０１３／００６４９０号、及び同第２０１５／１１７００２号に記載されている。
ＴＩＭ−３抗体及びＰＤ−Ｌ１抗体の組み合わせは、例えば、国際公開第２０１１／１５９８７７号で評価されている。
抗ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１抗体は、複数の固形腫瘍を有する患者における良好な臨床反応が明らかになっているが、その奏効率は依然として相当低く、予め治療を受けた患者において約１５％〜２０％である（Ｓｗａｉｋａ ｅｔ ａｌ．，（２０１５）Ｍｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｍｏｌｉｍｍ．２０１５．０２．００９）。
したがって、癌免疫療法、及び免疫応答増強の恩恵を受ける別の状態、例えば慢性感染の治療に使用される、ＰＤ−１及びＴＩＭ−３などのチェックポイント阻害剤の免疫抑制活性を阻害する、新たな治療法が必要である。
本発明は、それぞれ配列番号１６４、１６５及び１６６の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体を提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号１６４、１６５及び１６６のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３と、それぞれ配列番号１６７、１６８及び１６９のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３と、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体も提供する。
本発明は、本明細書に記載される特定のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３のアミノ酸配列を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体も提供する。
本発明は、本明細書に記載される特定のＶＨ及びＶＬのアミノ酸配列を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体も提供する。
本発明は、治療薬又は造影剤に結合させた本発明の抗体又はその抗原結合部分を含む、免疫複合体も提供する。
本発明は、本発明の抗体と、医薬的に許容される担体と、を含む、医薬組成物も提供する。
本発明は、本発明の抗体ＶＨ、抗体ＶＬ、又は抗体ＶＨと抗体ＶＬとをコードしているポリヌクレオチドも提供する。
本発明は、本発明の抗体ＶＨ、抗体ＶＬ、又は抗体ＶＨとＶＬとをコードしているポリヌクレオチドを含む、ベクターも提供する。
本発明は、本発明のベクターを含む宿主細胞も提供する。
本発明は、抗体が発現される条件下で本発明の宿主細胞を培養することと、かかる宿主細胞より産生された抗体を回収することと、を含む、本発明の抗体の産生方法も提供する。
本発明は、治療有効量の本発明の単離された抗体を、癌の治療に十分な期間にわたって、治療を必要とする対象に投与することを含む、対象における癌の治療方法も提供する。
本発明は、治療有効量の本発明の単離された抗体を、免疫応答の増強に十分な期間にわたって、増強を必要とする対象に投与することを含む、対象における免疫応答の増強方法も提供する。
本発明は、本発明の抗体に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、本発明の抗体を含むキットも提供する。
抗ＰＤ−１抗体による治療後、ＴＩＭ−３の細胞表面発現が腫瘍中で増加していることを示す。ＣＴ２６結腸癌腫瘍を成立させたＢａｌｂ／ｃマウスを、２週間毎に抗ＰＤ−１抗体又は溶媒で処理した。腫瘍を２２日目に回収し、ＴＩＭ−３発現を、フローサイトメトリーを用いて腫瘍浸潤Ｔ細胞において評価した。ＭＦＩ：平均蛍光強度。ＰＢＳ：対照 抗ＰＤ−１抗体による治療後、ＴＩＭ−３の細胞表面発現が腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）上で増加していることを示す。ＭＣ３８結腸癌腫瘍を成立させたＢａｌｂ／ｃマウスを、２週間毎に抗ＰＤ−１抗体又は溶媒で処理した。溶媒処理（ＰＢＳ）又は抗ＰＤ−１抗体処理（ＰＤ−１）動物における、総ＣＤ８ ＴＩＬ集団上のＴＩＭ−３発現の幾何平均蛍光強度（ｇＭＦＩ）を示す。ｐ＝０．００３、溶媒対抗ＰＤ−１抗体処理群。 溶媒（ＰＢＳ）又は抗ＰＤ−１抗体（ＰＤ−１）で処理したマウスから回収した、ＭＣ３８腫瘍におけるＴＩＭ−３＋ ＣＤ８細胞の総ＣＤ８＋ ＴＩＬに対する相対頻度を示す。ｐ＝０．０４５、溶媒対抗ＰＤ−１抗体処理群。 ＣＤ１３７の細胞表面発現（ｇＭＦＩ）が、溶媒処理（ＰＢＳ）群と比較して、抗ＰＤ−１抗体（ＰＤ−１群）で処理した動物のＭＣ３８結腸癌腫瘍中のＴＩＬ上で増加していることを示す。ｐ＝０．００５、溶媒対抗ＰＤ−１抗体処理群。各ポイントは、１例のマウスを表す。データは、少なくとも２回の独立した実験を代表するものである。 ＣＤ１３７＋ ＣＤ８細胞の総ＣＤ８＋ ＴＩＬに対する相対頻度が、溶媒処理（ＰＢＳ）群と比較して、抗ＰＤ−１抗体（ＰＤ−１群）で処理した動物のＭＣ３８結腸癌腫瘍中で増加していることを示す。ｐ＝０．０４７５、溶媒対抗ＰＤ−１抗体処理群。各ポイントは、１例のマウスを表す。データは、少なくとも２回の独立した実験を代表するものである。 ＯＸ４０の細胞表面発現（ｇＭＦＩ）が、溶媒処理（ＰＢＳ）群と比較して、抗ＰＤ−１抗体（ＰＤ−１群）で処理した動物のＭＣ３８結腸癌腫瘍中のＴＩＬ上で増加していることを示す。ｐ＝０．００１３、溶媒対抗ＰＤ−１抗体処理群。各ポイントは、１例のマウスを表す。データは、少なくとも２回の独立した実験を代表するものである。 ＯＸ４０＋ ＣＤ８細胞の総ＣＤ８＋ ＴＩＬに対する相対頻度が、溶媒処理（ＰＢＳ）群と比較して、抗ＰＤ−１抗体（ＰＤ−１群）で処理した動物のＭＣ３８結腸癌腫瘍中で増加していることを示す。ｐ＝０．０３、溶媒対抗ＰＤ−１抗体処理群。各ポイントは、１例のマウスを表す。データは、少なくとも２回の独立した実験を代表するものである。 ＧＩＴＲの細胞表面発現（ｇＭＦＩ）が、溶媒処理（ＰＢＳ）群と比較して、抗ＰＤ−１抗体（ＰＤ−１群）で処理した動物のＭＣ３８結腸癌腫瘍中のＴＩＬ上で増加していることを示す。ｐ＝０．０００４、溶媒対抗ＰＤ−１抗体処理群。各ポイントは、１例のマウスを表す。データは、少なくとも２回の独立した実験を代表するものである。 ＧＩＴＲ＋ ＣＤ８細胞の総ＣＤ８＋ ＴＩＬに対する相対頻度が、溶媒処理（ＰＢＳ）群と比較して、抗ＰＤ−１抗体（ＰＤ−１群）で処理した動物のＭＣ３８結腸癌腫瘍中で増加していることを示す。ｐ＝０．００１５、溶媒対抗ＰＤ−１抗体処理群。各ポイントは、１例のマウスを表す。データは、少なくとも２回の独立した実験を代表するものである。 抗ＰＤ−１抗体処理後に抗ＴＩＭ−３抗体で処理すると、抗原特異的免疫応答が更に誘導されることを示す。ＣＭＶ陽性ドナー由来のＰＢＭＣを用いて、抗体をＣＭＶアッセイで検査し、このとき抗原特異的免疫応答はｐｐ６５ペプチドプールで誘導した。細胞を、抗ＰＤ−１抗体であるＰＤ１Ｂ２４４で５日間処理し、抗ＴＩＭ−３抗体であるＴＭ３Ｂ１０５で２４時間処理して再刺激した。免疫応答は、ＩＦＮ−γ分泌の増加を測定することによって判定した。ＩｇＧ２ｓ Ｉｓｏ：ＩｇＧ２シグマアイソタイプ対照。ＣＭＶ：抗体の非存在下でサイトメガロウイルスのｐ６５ペプチドで処理したサンプル。 選択した抗ＰＤ−１抗体のＨＣＤＲ１配列及びＨＣＤＲ１属配列を示す。 選択した抗ＰＤ−１抗体のＨＣＤＲ２配列及びＨＣＤＲ２属配列を示す。 選択した抗ＰＤ−１抗体のＨＣＤＲ３配列及び第１のＨＣＤＲ３属配列を示す。 選択した抗ＰＤ−１抗体のＨＣＤＲ３配列及び第２のＨＣＤＲ３属配列を示す。 選択した抗ＰＤ−１抗体のＬＣＤＲ１配列及びＬＣＤＲ１属配列を示す。 選択した抗ＰＤ−１抗体のＬＣＤＲ２配列及びＬＣＤＲ２属配列を示す。 選択した抗ＰＤ−１抗体のＬＣＤＲ３配列及びＬＣＤＲ３属配列を示す。 選択した抗ＴＩＭ−３抗体のＨＣＤＲ１配列及びＨＣＤＲ１属配列を示す。属配列は、ＭＯＥ（ＣＣＧ、Ｍｏｎｔｒｅａｌ）で、抗体モデリングにおける標準的プロトコルを用いて全てのＦｖ（ＶＨ／ＶＬ対）に対する分子モデルを作成することによって決定した。異なる長さを有するＣＤＲについては、これらの構造モデルを構造的に保存された領域に基づいて整列させ、構造的に同等のＣＤＲ位置を同定した。 選択した抗ＴＩＭ−３抗体のＨＣＤＲ２配列及びＨＣＤＲ２属配列を示す。ＨＣＤＲ２属配列は、図１０に記載されるように作成した。 選択した抗ＴＩＭ−３抗体のＨＣＤＲ３配列及び第１のＨＣＤＲ３属配列を示す。ＨＣＤＲ３属配列は、図１０に記載されるように作成した。 選択した抗ＴＩＭ−３抗体のＬＣＤＲ１配列及びＬＣＤＲ１属配列を示す。ＬＣＤＲ１属配列は、図１０に記載されるように作成した。 選択した抗ＴＩＭ−３抗体のＬＣＤＲ２配列及びＬＣＤＲ２属配列を示す。ＬＣＤＲ２属配列は、図１０に記載されるように作成した。 選択した抗ＴＩＭ−３抗体のＬＣＤＲ３配列及びＬＣＤＲ３属配列を示す。ＬＣＤＲ３属配列は、図１０に記載されるように作成した。 ＴＩＧＩＴ細胞表面発現（ｇＭＦＩ）が、溶媒処理（ＰＢＳ）群と比較して、抗ＴＩＭ−３抗体（ＴＩＭ−３群）で処理した動物のＭＣ３８結腸癌腫瘍中のＴＩＬ上で増加していることを示す。ｐ＝０．０１８１、溶媒対抗ＴＩＭ−３抗体処理群。各ポイントは、１例のマウスを表す。データは、少なくとも２回の独立した実験を代表するものである。 ＴＩＧＩＴ＋ＣＤ８細胞の総ＣＤ８＋ＴＩＬに対する相対頻度が、溶媒処理（ＰＢＳ）群と比較して、抗ＴＩＭ−３抗体（ＴＩＭ−３群）で処理した動物のＭＣ３８結腸癌腫瘍中で増加していることを示す。ｐ＝０．０４７５、溶媒対抗ＴＩＭ−３抗体処理群。各ポイントは、１例のマウスを表す。データは、少なくとも２回の独立した実験を代表するものである。 ＴＩＧＩＴ細胞表面発現（ｇＭＦＩ）が、溶媒処理（ＰＢＳ）群と比較して、抗ＴＩＭ−３抗体（ＴＩＭ−３群）で処理した動物のＣＴ２６結腸癌腫瘍中のＴＩＬ上で増加していることを示す。ｐ＜０．００１溶媒対抗ＴＩＭ−３抗体処理群。各ポイントは、１例のマウスを表す。データは、少なくとも２回の独立した実験を代表するものである。 ＴＩＧＩＴ＋ＣＤ８細胞の総ＣＤ８＋ＴＩＬに対する相対頻度が、溶媒処理（ＰＢＳ）群と比較して、抗ＴＩＭ−３抗体（ＴＩＭ−３群）で処理した動物のＣＴ２６結腸癌腫瘍中で増加していることを示す。ｐ＝０．０１０５、溶媒対抗ＴＩＭ−３抗体処理群。各ポイントは、１例のマウスを表す。データは、少なくとも２回の独立した実験を代表するものである。 抗ＰＤ−１又は抗ＴＩＭ−３機能阻害抗体の存在下又は非存在下における、黒色腫抗原ペプチドプール（ＮＹ−ＥＳＯ、ｇｐ１００、ＭＡＲＴ−１）で刺激した治療未経験の黒色腫患者由来の、黒色腫患者ＰＢＭＣ中末梢Ｔ細胞上のＴＩＭ−３発現の上方制御を示す。ＴＩＭ−３の発現は、６日目に再刺激した細胞において、フローサイトメトリーによって判定した。 ＴＭ３Ｂ４０３処理により、ＩＬ−２で刺激したヒトＰＢＭＣ中の活性化ＮＫ細胞の発生頻度が増加していることを示す。ＩｇＧ２ｓ：アイソタイプ対照。ＮＫ細胞の活性化は、刺激されたＰＢＭＣ中のＣＤ６９発現細胞の割合（％）として評価した。 ＴＭ３Ｂ４０３処理により、ＩＬ−２で刺激したヒトＰＢＭＣ中の活性化ＮＫ細胞の発生頻度が増加していることを示す。ＩｇＧ２ｓ：アイソタイプ対照。ＮＫ細胞の活性化は、刺激されたＰＢＭＣ中のＣＤ２５発現細胞の割合（％）として評価した。
本明細書に引用される特許及び特許出願を含む（ただしそれらに限定されない）全ての刊行物は、参照によりそれらの全体が記載されているのと同様に、本明細書に援用される。
本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を記載する目的でのみ使用され、限定を意図するものではないと理解すべきである。特に断らない限り、本明細書において使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野における当業者によって一般的に理解されているものと同じ意味を有する。
本明細書に記載されているものと同様又は同等の任意の方法及び材料を、本発明の試験を実施するために使用できるが、例示となる材料及び方法を本明細書に記載する。本発明を説明及び特許請求する上で以下の用語が用いられる。
本明細書及び添付の「特許請求の範囲」において使用されるとき、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、その内容について別段の明確な指示がない限り、複数の指示対象を包含する。したがって、例えば、「細胞（a cell）」という言及には、２つ以上の細胞の組み合わせ、及びこれに類するものなどを含む。
「特異的結合」又は「特異的に結合する」又は「結合する」とは、他の抗原よりも高い親和性で抗原又は抗原内のエピトープに結合する抗体を指す。典型的には、抗体は、平衡解離定数（ＫＤ）が約１×１０−８Ｍ以下、例えば約１×１０−９Ｍ以下、約１×１０−１０Ｍ以下、約１×１０−１１Ｍ以下、又は約１×１０−１２Ｍ以下で抗原又は抗原内のエピトープに結合すし、典型的にはこのＫＤは、非特異性抗原（例えば、ＢＳＡ、カゼイン）への結合に対するＫＤよりも少なくとも１００倍小さい。解離定数は標準的手法を用いて測定することができる。しかし、抗原又は抗原内部のエピトープと特異的に結合する抗体は、他の関連抗原、例えばヒト又はサル、例えばカニクイザル（Macaca fascicularis）又はチンパンジー（Pan troglodytes）、又はコモンマーモセット（Callithrix jacchus）などの他の種由来の同様の抗原（ホモログ）に対して交差反応性を有する可能性がある。単一特異性の抗体は、１つの抗原又は１つのエピトープに特異的に結合するのに対し、二重特異性抗体は、２つの異なるエピトープに特異的に結合する。
「抗体」は、広義が意図され、マウス、ヒト、ヒト化、及びキメラモノクローナル抗体を含むモノクローナル抗体、抗体結合断片、二重特異性抗体又は多重特異性抗体、二量体、四量体、又は多量体の抗体、一本鎖抗体、ドメイン抗体、及び必要とされる特異性の抗原結合部位を含む免疫グロブリン分子のいずれの他の修飾された構成も含む、免疫グロブリン分子を含む。「完全長抗体」は、複数のジスルフィド結合により分子間が連結されている２本の重（Ｈ）鎖及び２本の軽（Ｌ）鎖、並びにそれらの多量体（例えば、ＩｇＭ）から構成される。各重鎖は、重鎖可変領域（ＶＨ）及び重鎖定常領域（ドメインＣＨ１、ヒンジＣＨ２、及びＣＨ３からなる）から構成される。各軽鎖は、軽鎖可変領域（ＶＬ）及び軽鎖定常領域（ＣＬ）から構成される。ＶＨ領域及びＶＬ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）が散在しており相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼称される超可変領域位に更に分類され得る。各ＶＨ及びＶＬは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって次の順：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、そしてＦＲ４、と並ぶ３つのＣＤＲと４つのＦＲ断片とからなる。
「相補性決定領域（ＣＤＲ）」は、抗体における「抗原結合部位」である。ＣＤＲは、様々な用語を用いて定義され得る。（ｉ）ＶＨ内に３つ（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３）及びＶＬ内に３つ（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３）存在する配列多様性に基づく相補性決定領域（ＣＤＲ）（Ｗｕ ａｎｄ Ｋａｂａｔ，（１９７０）Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ １３２：２１１〜５０；Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．，１９９１）。（ｉｉ）ＶＨ内に３つ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）及びＶＬ内に３つ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）ある、「超可変領域」、「ＨＶＲ」、又は「ＨＶ」は、Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ，（１９８７）Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ １９６：９０１〜１７）により定義される構造において超可変性である抗体可変ドメインの領域を指す。Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ（ＩＭＧＴ）データベース（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ＿ｉｍｇｔ＿ｏｒｇ）は、抗原結合部位についての標準化付番及び定義を提供する。ＣＤＲ、ＨＶ、及びＩＭＧＴの表記間の対応関係については、Ｌｅｆｒａｎｃｅｔ ａｌ．，（２００３）Ｄｅｖ Ｃｏｍｐａｒａｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２７：５５〜７７に記載されている。本明細書で使用するとき、用語「ＣＤＲ」、「ＨＣＤＲ１」、「ＨＣＤＲ２」、「ＨＣＤＲ３」、「ＬＣＤＲ１」、「ＬＣＤＲ２」及び「ＬＣＤＲ３」は、本明細書において別途記載のない限り、上掲のＫａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、又はＩＭＧＴにより記載される方法のいずれかにより定義されるＣＤＲを含む。
免疫グロブリンは、重鎖定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、５つの主要なクラス、すなわちＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭに割り当てられ得る。ＩｇＡ及びＩｇＧは、アイソタイプのＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４へと更に細分類される。どのような脊椎動物種の抗体軽鎖も、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、２つの明確に異なるタイプ、すなわち、カッパ（κ）及びラムダ（λ）のうちの一方に割り当てることができる。
「抗体断片」又は「抗原結合部分」は、親である完全長抗体の抗原結合能を保持している、免疫グロブリン分子の部分を指す。代表的な抗原結合部分は、重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）１、２及び３、軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）１、２及び３、重鎖可変領域（ＶＨ）、軽鎖可変領域（ＶＬ）、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ及びＦｖ断片、並びに、ＶＨ又はＶＬドメインのどちらか一方からなるドメイン抗体（ｄＡｂ）である。ＶＨドメイン及びＶＬドメインは、合成リンカーを介して１つに連結されることにより様々な種類の一本鎖抗体の設計を形成可能であり、ここでＶＨ／ＶＬドメインは、分子内で対形成するか、又はＶＨドメイン及びＶＬドメインが別々の一本鎖抗体構築物によって発現される場合には分子間で対形成して、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）などの一価の抗原結合部位又は二重特異性抗体を形成する。これらは、例えば、国際公開第１９９８／４４００１号、同第１９８８／０１６４９号、同第１９９４／１３８０４号、及び同第１９９２／０１０４７号に記載されている。
「モノクローナル抗体」は、抗体重鎖からのＣ末端リシンの除去などの潜在的なよく知られた代替物を除き、それぞれの重鎖及びそれぞれの軽鎖において単一のアミノ酸組成を有する抗体集団を指す。モノクローナル抗体は、２つ以上の異なる抗原又はエピトープに結合する多重特異性のモノクローナル抗体以外は、典型的には１つの抗原エピトープに結合する。二重特異性モノクローナル抗体は、２つの異なる抗原エピトープに結合する。モノクローナル抗体は、抗体集団内に不均一なグリコシル化を有し得る。モノクローナル抗体は、単一特異性若しくは多重特異性、又は一価、二価、若しくは多価であり得る。二重特異性抗体又は三重特異性抗体などの多重特異性抗体は、用語、モノクローナル抗体中に含まれる。
「単離された抗体」は、異なる抗原特異性を有する他の抗体を実質的に含まない抗体又は抗体断片を指す（例えば、ＰＤ−１に特異的に結合する単離された抗体は、ＰＤ−１以外の抗原に特異的に結合する抗体を実質的に含まない）。ＴＩＭ−３に特異的に結合する単離された抗体は、ＴＩＭ−３以外の抗原に特異的に結合する抗体を実質的に含まない。二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体の場合、二重特異性抗体は、ＰＤ−１及びＴＩＭ−３の両方に特異的に結合し、ＰＤ−１及びＴＩＭ−３以外の抗原に特異的に結合する抗体を実質的に含まない。「単離された抗体」は、純度８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％などといった高純度に単離された抗体を包含する。
「ヒト化抗体」は、少なくとも１つのＣＤＲが非ヒト種由来であり、かつ、可変領域フレームワークがヒト免疫グロブリン配列由来である、抗体を指す。ヒト化抗体はフレームワーク領域内に意図的に導入された変異を含む場合があることから、かかるフレームワークは、発現したヒト免疫グロブリン又は生殖細胞系列遺伝子配列の完全な複製物でなくてもよい。
「ヒト抗体」は、フレームワーク及び６つ全てのＣＤＲの両方がヒト起源の配列に由来する重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を有する抗体を指す。抗体が定常領域又は定常領域の一部を含む場合、定常領域もヒト起源の配列に由来する。
ヒト抗体は、抗体の可変領域がヒト生殖系列免疫グロブリン又は再編成された免疫グロブリン遺伝子を使用する系から得られた場合のヒト起源の配列に「由来する」重鎖可変領域又は軽鎖可変領域を含む。そのような系の代表的なものには、ファージ上に提示されたヒト免疫グロブリン遺伝子ライブラリ、及び本明細書に記載されるヒト免疫グロブリン遺伝子座を保有するマウス又はラットなどといったヒト以外の遺伝子導入動物を含む。「ヒト抗体」は、例えば天然に存在する体細胞突然変異、又はフレームワーク若しくは抗原結合部位内への意図的な置換の導入、又はその両方により、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン又は再編成された免疫グロブリン遺伝子と比較したとき、アミノ酸の相違を含み得る。典型的には、「ヒト抗体」は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン又は再編成された免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列と、アミノ酸配列において少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％同一である。一部の場合では、「ヒト抗体」は、例えばＫｎａｐｐｉｋ ｅｔ ａｌ．，（２０００）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２９６：５７〜８６に記載されるヒトフレームワーク配列分析から得られたコンセンサスフレームワーク配列、又は例えばＳｈｉ ｅｔ ａｌ．，（２０１０）Ｊ ＭｏｌＢｉｏｌ ３９７：３８５〜９６及び国際公開第２００９／０８５４６２号に記載される、ファージ上に提示されたヒト免疫グロブリン遺伝子ライブラリに組み込まれた合成ＨＣＤＲ３を含有し得る。
ヒト免疫グロブリン配列に由来するヒト抗体は、ファージディスプレイ組み込み合成ＣＤＲ及び／若しくは合成フレームワークなどの系を用いて作製され得るものであり、又はｉｎ ｖｉｔｒｏ変異導入により抗体特性を向上させることで、ｉｎ ｖｉｖｏでのヒト抗体生殖細胞系列レパートリーでは発現されない抗体を得ることもできる。
「組み換え体」は、組換え法によって調製、発現、作製、又は単離される抗体及びその他のタンパク質を指す。
本明細書で使用するところの「エピトープ」とは、抗体が特異的に結合する抗原の部分を指す。エピトープは典型的には、アミノ酸又は多糖類側鎖のような部位の化学的に活性な（極性、非極性又は疎水性など）表面基からなり、特定の三次元構造特性及び特定の電荷特性を有し得る。エピトープは、立体配座の空間単位を形成する連続した及び／又は連続していないアミノ酸からなり得る。非連続的なエピトープでは、抗原の直鎖配列の異なる部分のアミノ酸が、タンパク質分子の折り畳みにより三次元空間で近接する。抗体「エピトープ」は、エピトープの同定に用いた方法に依存する。
「多重特異性」は、少なくとも２種の異なる抗原、又はその抗原内の２種の異なるエピトープ、例えば３種、４種、又は５種の異なる抗原又はエピトープに特異的に結合する抗体を指す。
「二重特異性」とは、２種の異なる抗原と特異的に結合する抗体、又は同じ抗原内の２箇所の異なるエピトープと結合する抗体を指す。二重特異性抗体は、別の関連する抗原、例えばヒト若しくはサル、例えばＭａｃａｃａ ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ（カニクイザル、ｃｙｎｏ）、Ｐａｎ ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ（チンパンジー、ｃｈｉｍｐ）若しくはＣａｌｌｉｔｈｒｉｘ ｊａｃｃｈｕｓ（コモンマーモセット、ｍａｒｍｏｓｅｔ）などの別の種由来の同じ抗原（ホモログ）に対して交差反応性を有する場合があり、又は、２種以上の異なる抗原間で共有されるエピトープに結合する場合がある。
「変異体」とは、例えば、置換、挿入、又は欠失のような１以上の改変において参照ポリペプチド又は参照ポリヌクレオチドと異なるポリペプチド又はポリヌクレオチドを指す。
「ベクター」は、生物システム内で複製可能な、又はこうした系間を移動することができるポリヌクレオチドを指す。ベクターポリヌクレオチドは、典型的には、生物システム内でこれらのポリヌクレオチドの複製又は維持を促進するように機能する複製起点、ポリアデニル化シグナル又は選択マーカーなどの要素を含んでいる。そのような生物システムの例としては、細胞、ウイルス、動物、植物、及びベクターの複製を可能にする生物学的要素を利用して再構成された生物システムを挙げることができる。ベクターを構成するポリヌクレオチドは、ＤＮＡ若しくはＲＮＡ分子又はこれらのハイブリッド分子であってもよい。
「発現ベクター」は、発現ベクター中に存在するポリヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドの翻訳を指示するために、生物システム又は再構成された生物システムにおいて利用可能なベクターを指す。
「ポリヌクレオチド」は、糖−リン酸骨格鎖又は他の同等の共有結合化学を介して共有結合されたヌクレオチド鎖を含む合成分子を指す。ｃＤＮＡは、ポリヌクレオチドの典型例である。
「ポリペプチド」又は「タンパク質」は、ペプチド結合により連結されてポリペプチドを形成する少なくとも２つのアミノ酸残基を含む分子を指す。５０個未満のアミノ酸からなる小分子ポリペプチドを「ペプチド」と呼称する場合もある。
ＰＤ−１は、ヒトプログラム細胞死タンパク質１であるＰＤ−１を指す。ＰＤ−１は、ＣＤ２７９又はＰＤＣＤ１としても知られている。成熟ヒトＰＤ−１（シグナル配列を含まない）のアミノ酸配列を、配列番号１に示す。配列番号１のうち、細胞外ドメインは残基１〜１５０に広がり、膜貫通ドメインは残基１５１〜１７１に広がり、細胞質ドメインは残基１７２〜２６８に広がる。本明細書全体を通して、「ヒトＰＤ−１の細胞外ドメイン、「ｈｕＰＤ１−ＥＣＤ」は、配列番号１の残基１〜１４９のアミノ酸配列を有するタンパク質を指し、配列番号２に示される。本明細書において「ＰＤ−１」は、そうではないことが明確に示されない限り、ヒト成熟ＰＤ−１を指す。
ＴＩＭ−３は、ヒトＡ型肝炎ウイルス細胞受容体２を指し、ＨＡＶＣＲ２とも呼ばれる。成熟ヒトＴＩＭ−３（シグナル配列を含まない）のアミノ酸配列を、配列番号１３８に示す。配列番号１３８のうち、細胞外ドメインは残基１〜１８１に広がり、膜貫通ドメインは残基１８２〜２０２に広がり、細胞質ドメインは残基２０３〜２８０に広がる。本明細書全体を通して、「ヒトＴＩＭ−３の細胞外ドメイン、「ｈｕＴＩＭ−３−ＥＣＤ」は、配列番号１３８の残基１〜１７９のアミノ酸配列を有するタンパク質を指し、配列番号８９に示される。本明細書において「ＴＩＭ−３」は、そうではないことが明確に示されない限り、ヒト成熟ＴＩＭ−３を指す。
「〜と併用して」は、２つ又は３つ以上の治療薬が、対象に混合物の状態で一緒に、それぞれ単独の薬剤として同時に、又はそれぞれ単独の薬剤として任意の順番で順次に投与することを意味する。
「過剰発現する」、「過剰発現した」及び「過剰発現している」は互換的に使用され、参照サンプルと比較したとき、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２又はＴＩＭ−３リガンドのレベルが測定可能に高いサンプル、例えば癌細胞、悪性細胞又は癌組織を指す。過剰発現は、遺伝子増幅、又は転写若しくは翻訳の増大によって引き起こされ得る。サンプル中のタンパク質の発現及び過剰発現は、例えば生細胞又は溶解した細胞でＥＬＩＳＡ、免疫蛍光法、フローサイトメトリー、又は放射免疫測定を用いた周知のアッセイを用いて測定することができる。サンプル中のポリヌクレオチドの発現及び過剰発現は、例えば、蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、サザンブロッティング、又はＰＣＲ方を用いて測定することができる。参照サンプルと比較し、サンプル中のタンパク質又はポリヌクレオチドのレベルが少なくとも１．５倍高い、又は、統計学的に有意であるとき、タンパク質又はポリヌクレオチドは過剰発現している。参照サンプルの選択は既知である。
「サンプル」は、対象から単離された類似する液体、細胞、又は組織の集合体、並びに、対象内に存在する液体、細胞、又は組織を指す。代表的なサンプルは、血液、血清及び漿膜液、血漿、リンパ液、尿、唾液、嚢胞液、涙液、糞便、痰、分泌組織及び器官の粘膜分泌物、膣分泌物、腹水、例えば、非固形腫瘍と関連するもの、胸膜、心膜、腹膜、腹部及びその他体腔内の液、気管支洗浄によって回収された液、対象又は生物源と接触した液体、例えば、細胞又は器官馴化培地、洗浄液などを含む細胞及び器官用培地、組織生検、微小針吸引又は外科的に切除された腫瘍組織などの、体液である。
「癌細胞」又は「腫瘍細胞」は、ｉｎ ｖｉｖｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、又は組織培養のいずれかにおいて、自発的又は人為的な表現型の変化を有する癌性、前癌性、又は形質転換細胞を指す。これらの変化は、新しい遺伝材料の取り込みを必ずしも伴わない。形質転換は、形質転換ウイルスの感染及び新たなゲノム核酸の取り込み、外因性の核酸の取り込みにより発生し得るが、あるいは、自然に又は発癌物質に対する暴露後にも発生して、それによって内因性の遺伝子を変異させ得る。形質転換／癌は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｉｎ ｖｉｖｏ、及びｅｘ ｖｉｖｏにおける、形態学的変化、細胞の不死化、異常な増殖制御、病巣の形成、増殖、悪性度、腫瘍特異的マーカーレベルの変化、浸潤性、ヌードマウスなどの適した動物宿主における腫瘍の増殖などによって例示される（Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ：Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ（３ｒｄ ｅｄ．１９９４））。
「約」は、当業者によって判断されるとき、特定の値に対する許容可能な誤差範囲内であることを意味し、その値がどのように測定又は判定されたか、すなわち、測定系の限界に一部依存する。本明細書の実施例又は他の場所において別途記載のない限り、特定のアッセイ、結果、又は実施形態の文脈において、「約」は、当該技術分野における行為に対して１×標準偏差内、又は、最大５％の範囲内のどちらか大きい方を意味する。
「二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体」、「ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体」、「二重特異性抗ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体」又は「抗ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体」は、ＰＤ−１に特異的に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、ＴＩＭ−３に特異的に結合する少なくとも１つの結合ドメインと、を含む、分子を指す。ＰＤ−１及びＴＩＭ−３に特異的に結合するドメインは、典型的にはＶＨ／ＶＬ対である。二重特異性抗ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体は、ＰＤ−１又はＴＩＭ−３のいずれかに結合するという意味で一価であり得る。
「価数」は、分子中の抗原に対して特異的な結合部位が明記された数存在することを指す。そのため、「１価」、「２価」、「４価」、及び「６価」なる用語はそれぞれ、抗原に対して特異的な結合部位が分子中に１個、２個、４個、及び６個存在することを指す。
「抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞」は、特異的抗原又はその免疫刺激性エピトープによって活性化された、ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞を指す。
「ＣＤ１３７」（腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー９、ＴＮＦＲＳＦ９、４−１ＢＢＬとも呼ばれる）は、配列番号２８１に示されるアミノ酸配列を有するヒトＣＤ１３７分子を指す。
配列番号２８１
ＭＧＮＳＣＹＮＩＶＡＴＬＬＬＶＬＮＦＥＲＴＲＳＬＱＤＰＣＳＮＣＰＡＧＴＦＣＤＮＮＲＮＱＩＣＳＰＣＰＰＮＳＦＳＳＡＧＧＱＲＴＣＤＩＣＲＱＣＫＧＶＦＲＴＲＫＥＣＳＳＴＳＮＡＥＣＤＣＴＰＧＦＨＣＬＧＡＧＣＳＭＣＥＱＤＣＫＱＧＱＥＬＴＫＫＧＣＫＤＣＣＦＧＴＦＮＤＱＫＲＧＩＣＲＰＷＴＮＣＳＬＤＧＫＳＶＬＶＮＧＴＫＥＲＤＶＶＣＧＰＳＰＡＤＬＳＰＧＡＳＳＶＴＰＰＡＰＡＲＥＰＧＨＳＰＱＩＩＳＦＦＬＡＬＴＳＴＡＬＬＦＬＬＦＦＬＴＬＲＦＳＶＶＫＲＧＲＫＫＬＬＹＩＦＫＱＰＦＭＲＰＶＱＴＴＱＥＥＤＧＣＳＣＲＦＰＥＥＥＥＧＧＣＥＬ
「ＴＩＧＩＴ」（Ｉｇ及びＩＴＩＭドメインを有するＴ細胞免疫受容体とも呼ばれる）は、配列番号３０１に示されるアミノ酸配列を有するヒトＴＩＧＩＴ分子を指す。
配列番号３０１
ＭＭＴＧＴＩＥＴＴＧＮＩＳＡＥＫＧＧＳＩＩＬＱＣＨＬＳＳＴＴＡＱＶＴＱＶＮＷＥＱＱＤＱＬＬＡＩＣＮＡＤＬＧＷＨＩＳＰＳＦＫＤＲＶＡＰＧＰＧＬＧＬＴＬＱＳＬＴＶＮＤＴＧＥＹＦＣＩＹＨＴＹＰＤＧＴＹＴＧＲＩＦＬＥＶＬＥＳＳＶＡＥＨＧＡＲＦＱＩＰＬＬＧＡＭＡＡＴＬＶＶＩＣＴＡＶＩＶＶＶＡＬＴＲＫＫＫＡＬＲＩＨＳＶＥＧＤＬＲＲＫＳＡＧＱＥＥＷＳＰＳＡＰＳＰＰＧＳＣＶＱＡＥＡＡＰＡＧＬＣＧＥＱＲＧＥＤＣＡＥＬＨＤＹＦＮＶＬＳＹＲＳＬＧＮＣＳＦＦＴＥＴＧ
「アゴニスト」は、細胞タンパク質に結合すると、そのタンパク質の天然リガンドによって誘導される少なくとも１つの反応又は活性を誘導する分子を指す。少なくとも１つの反応若しくは活性が、アゴニスト非存在下（例えば、陰性対照）で誘導される少なくとも１つの反応若しくは活性よりも、少なくとも約３０％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは１００％誘導されるとき、又は、アゴニスト非存在下での誘導と比較してその誘導が統計学的に有意であるとき、分子はアゴニストである。アゴニストは、抗体、可溶性リガンド、又は小分子であってよい。代表的なアゴニストは、Ｔ細胞活性化分子に特異的に結合するアゴニスト抗体である。
「アンタゴニスト」は、細胞タンパク質に結合すると、そのタンパク質の天然リガンドによって誘導される少なくとも１つの反応又は活性を抑制する分子を指す。少なくとも１つの反応若しくは活性が、アンタゴニスト非存在下（例えば、陰性対照）で抑制される少なくとも１つの反応若しくは活性よりも、少なくとも約３０％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは１００％阻害されるとき、又は、アンタゴニスト非存在下での抑制と比較してその抑制が統計的に有意であるとき、分子はアンタゴニストである。アンタゴニストは、抗体、可溶性リガンド、小分子、ＤＮＡ又は、ｓｉＲＮＡなどのＲＮＡであってよい。代表的なアンタゴニストは、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体、又はＴ細胞阻害分子に特異的に結合するアンタゴニスト抗体である。ＰＤ−１によって誘導される典型的な反応又は活性は、その受容体であるＰＤ−Ｌ１又はＰＤ−Ｌ２への結合により、抗原特異的ＣＤ４＋若しくはＣＤ８＋細胞増殖が減少し得る、又は、Ｔ細胞によるインターフェロン−γ（ＩＦＮ−γ）産生が減少し得ることであり、例えば腫瘍に対する免疫応答の抑制をもたらす。ＴＩＭ−３によって誘導される典型的な反応又は活性は、その受容体、例えばガレクチン−９への結合により、抗原特異的ＣＤ４＋若しくはＣＤ８＋細胞増殖が減少し得る、Ｔ細胞によるＩＦＮ−γ産生が減少し得る、又は、ＣＤ１３７の表面発現（ＣＤ４＋若しくはＣＤ８＋細胞上の）が減少し得ることであり、例えば腫瘍に対する免疫応答の抑制をもたらす。同様に、Ｔ細胞阻害分子によって誘導される典型的な反応又は活性は、免疫抑制である。このように、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニストＰＤ−１抗体、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体、又はＴ細胞阻害分子に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、阻害経路を阻害することによって、免疫応答を誘導する。
「対象」には、あらゆるヒト又は非ヒト動物が含まれる。「非ヒト動物」は、全ての脊椎動物、例えば、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ニワトリ、両生類、爬虫類などの哺乳類及び非哺乳類を含む。記載される場合を除いて、用語「患者」又は「対象」は、互換的に使用される。
本明細書全体を通して、抗体定常領域内のアミノ酸残基の付番は、別途記載のない限り、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ．（１９９１）に記載されるＥＵインデックスに準拠する。
本明細書では、表１に示すような従来の１文字及び３文字のアミノ酸コードを使用する。
Figure 2019500892
組成物
本発明は、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、及び二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体を提供する。本発明は、本発明の抗体をコードするポリペプチド及びポリヌクレオチド、又はその相補的核酸、ベクター、宿主細胞、並びにそれらの作製及び使用方法を提供する。
ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体
ＰＤ−１は、リガンドと結合すると、複数の機構によってＴ細胞の機能を抑制する（Ｐａｕｋｅｎ ＆ Ｗｈｅｒｒｙ（２０１５）Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ３６（４）：２６５〜２７６）。ＰＤ−１の結合は、ＴＣＲと共局在することによるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）シグナル伝達と、後続のＴＣＲ近位シグナル伝達分子の脱リンの誘導、細胞周期の進行及びＴ細胞増殖の阻害につながるＲａｓ／ＭＥＫ／ＥＲＫ経路の阻害、ＢＡＴＦ転写因子の上方制御につながる、ＰＩ３Ｋ／ＡＫＴ経路の阻害による細胞成長及び生存、及び、Ｔ細胞代謝の再プログラム化の阻害、並びに、制御性Ｔ細胞の成長、維持、及び機能の調節を直接的に阻害する。ＰＤ−１はまた、Ｔ細胞の運動性を増加させて、Ｔ細胞と標的細胞との間の相互作用時間を制限することによって、Ｔ細胞の活性化の程度を減らすことも提唱されている（Ｈｏｎｄａ ｅｔ ａｌ．，（２０１４）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ４０（２）：２３５〜４７）。
腫瘍は、ＰＤ−１経路を利用して、腫瘍微小環境（ＴＭＥ）内のＴ細胞機能を下方制御し、免疫破壊を逃れている。持続的抗原かつ炎症条件下であるＴＭＥでは、Ｔ細胞は消耗され、又は機能不全となり、だんだんとそのエフェクター機能と増殖能を失う。消耗したＴ細胞は、高レベルのＰＤ−１を発現し、別の抑制性受容体、例えばＴＩＭ−３又はＬＡＧ−３を伴うことが多い（Ｐａｕｋｅｎ ＆ Ｗｈｅｒｒｙ（２０１５）Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ３６（４）：２６５〜２７６）。ＰＤ−１リガンドの１つであるＰＤ−Ｌ１も、様々な腫瘍中で上方制御されている。ＰＤ−Ｌ１発現は、癌細胞自身、並びに／又は、浸潤した、腫瘍関連マクロファージ、樹状細胞、線維芽細胞及び活性化Ｔ細胞などの免疫細胞において起こる（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１２ Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １８（２４）：６５８０〜７）。この状況では、ＰＤ−１結合は、抗腫瘍性Ｔ細胞応答を制限し、免疫回避の原因となると仮定されている。最近の研究では、複数の固形腫瘍において、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）上でＰＤ−１発現がより高頻度で発生し、より高レベルであることが示されている。重要なことには、増殖及びエフェクター機能が下がっていることから分かるように、これらのＰＤ−１＋ＴＩＬが機能的に損なわれていることである（Ｐａｕｋｅｎ ＆ Ｗｈｅｒｒｙ；２０１５，Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ３６（４）：２６５〜２７６）。これらのデータは、ＰＤ−１がＴＭＥにおける免疫抑制に介在するという仮説を支持している。
腫瘍中のＴ細胞の消耗は、ＰＤ−１経路の阻害によって、少なくとも部分的に回復できる。抗ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１抗体は、多くの前臨床腫瘍モデルにおいて、Ｔ細胞機能を強化し、抗腫瘍免疫の改善に至ることが示されている。ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１抗体は更に、複数の固形腫瘍において良好な臨床反応も示されており、その全奏効率（ＯＲＲ）は、黒色腫では２０〜４０％、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）では１０〜２４％、腎細胞癌（ＲＣＣ）では１２〜３１％、膀胱癌では２４〜５２％、頭頸部癌では２０％である（Ｓｗａｉｋａ ｅｔ ａｌ．，（２０１５）Ｍｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ６７（２ Ｐｔ Ａ）：４〜１７）。
本発明は、それぞれ配列番号８２、８３及び８４、又はそれぞれ配列番号８２、８３及び８５の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分を提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号８６、８７及び８８の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号８２、８３及び８４のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３と、それぞれ配列番号８６、８７及び８８のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３と、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号８２、８３及び８５のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３と、それぞれ配列番号８６、８７及び８８のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３と、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
配列番号８２、８３、８４、８５、８６、８７及び８８は、類似するＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３配列と、２つの類似するＨＣＤＲ３群の配列を有する、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体の、親和性成熟変異体のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３の属配列を表す。この属内の抗体は、ＫＤが、約１×１０−７Ｍ未満、例えば約１×１０−８Ｍ未満、例えば約１×１０−９Ｍ未満、又は例えば約１×１０−１０Ｍ未満でＰＤ−１に結合する。代表的なかかる抗体は、本明細書に記載される抗体ＰＤ１Ｂ１１４、ＰＤ１Ｂ１４９、ＰＤ１Ｂ１６０、ＰＤ１Ｂ１６２、ＰＤ１Ｂ１６４、ＰＤ１Ｂ１１、ＰＤ１Ｂ１８３、ＰＤ１Ｂ１８４、ＰＤ１Ｂ１８５、ＰＤ１Ｂ１８７、ＰＤ１Ｂ７１、ＰＤ１Ｂ１７７、ＰＤ１Ｂ７０、ＰＤ１Ｂ１７５、ＰＤ１Ｂ１９４、ＰＤ１Ｂ１９５、ＰＤ１Ｂ１９６、ＰＤ１Ｂ１９７、ＰＤ１Ｂ１９８、ＰＤ１Ｂ１９９、ＰＤ１Ｂ２００、ＰＤ１Ｂ２０１及びＰＤ１Ｂ２４４の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３のアミノ酸配列を有する抗体である。
配列番号８２
Ｘ１ＹＸ２ＩＸ３、
式中、
Ｘ１は、Ｓ又はＤであり、
Ｘ２は、Ｖ又はＡであり、
Ｘ３は、Ｈ又はＳである。
配列番号８３
ＧＩＩＰＩＸ４Ｘ５ＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧ、
式中、
Ｘ４は、Ｙ又はＦであり、
Ｘ５は、Ｇ又はＤである。
配列番号８４
ＰＧＬＡＡＡＹＤＴＧＸ６ＬＤＹ、
式中、
Ｘ６は、Ｎ又はＳである。
配列番号８５
ＧＸ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０ＴＧＸ１１ＬＤＹ、
式中、
Ｘ７は、Ｔ又はＹであり、
Ｘ８は、Ｌ又はＶであり、
Ｘ９は、Ｄ又はＲであり、
Ｘ１０は、Ｒ又はＡであり、
Ｘ１１は、Ｈ又はＭである。
配列番号８６
ＲＡＳＱＳＶＸ１２Ｘ１３ＹＬＡ、
式中、
Ｘ１２は、Ｓ、Ｒ又はＤであり、
Ｘ１３は、Ｓ又はＮである。
配列番号８７
ＤＡＳＸ１４ＲＡＴ、
式中、
Ｘ１４は、Ｎ、Ｄ、Ｙ、Ｓ又はＴである。
配列番号８８
ＱＱＲＸ１５Ｘ１６ＷＰＬＴ、
式中、
Ｘ１５は、Ｓ、Ｎ、Ｇ、Ｅ、Ｄ、Ｗ又はＡであり、
Ｘ１６は、Ｎ、Ｙ、Ｅ又はＡである。
いくつかの実施形態では、ＰＤ−１に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、次の特性のうちの１つ、２つ、３つ、４つ又は５つを有する。
ａ）抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を用量依存的に増強し、このとき活性化は、実施例１に記載されるサイトメガロウイルス抗原リコールアッセイ（ＣＭＶアッセイ）を用いて測定される、
ｂ）ヒトＰＤ−１に約１００ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される、
ｃ）ヒトＰＤ−１に約１ｎＭ未満のＫＤで結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される、
ｄ）カニクイザルＰＤ−１に約１００ｎＭ未満のＫＤで結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される、
ｅ）カニクイザルＰＤ−１に約１ｎＭ未満のＫＤで結合し、
このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
代表的なかかる抗体は、本明細書に記載されるＰＤ−１抗体である、ＰＤ１Ｂ１１４、ＰＤ１Ｂ１４９、ＰＤ１Ｂ１６０、ＰＤ１Ｂ１６２、ＰＤ１Ｂ１６４、ＰＤ１Ｂ１１、ＰＤ１Ｂ１８３、ＰＤ１Ｂ１８４、ＰＤ１Ｂ１８５、ＰＤ１Ｂ１８７、ＰＤ１Ｂ７１、ＰＤ１Ｂ１７７、ＰＤ１Ｂ７０、ＰＤ１Ｂ１７５、ＰＤ１Ｂ１９４、ＰＤ１Ｂ１９５、ＰＤ１Ｂ１９６、ＰＤ１Ｂ１９７、ＰＤ１Ｂ１９８、ＰＤ１Ｂ１９９、ＰＤ１Ｂ２００、ＰＤ１Ｂ２０１及びＰＤ１Ｂ２４４である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ−１に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を用量依存的に増強し、このとき活性化は、実施例１に記載されるサイトメガロウイルス抗原リコールアッセイ（ＣＭＶアッセイ）を用いて測定され、かつ、ヒトＰＤ−１に約１００ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
いくつかの実施形態では、ＰＤ−１に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を用量依存的に増強し、このとき活性化は、実施例１に記載されるサイトメガロウイルス抗原リコールアッセイ（ＣＭＶアッセイ）を用いて測定され、かつ、ヒトＰＤ−１に約１０ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
いくつかの実施形態では、ＰＤ−１に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を用量依存的に増強し、このとき活性化は、実施例１に記載されるサイトメガロウイルス抗原リコールアッセイ（ＣＭＶアッセイ）を用いて測定され、かつ、カニクイザルＰＤ−１に約１００ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
いくつかの実施形態では、ＰＤ−１に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を用量依存的に増強し、このとき活性化は、実施例１に記載されるサイトメガロウイルス抗原リコールアッセイ（ＣＭＶアッセイ）を用いて測定され、かつ、カニクイザルＰＤ−１に約１０ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化は、既知のプロトコル及び実施例１に記載されるものを用いる、混合リンパ球反応（ＭＬＲ）アッセイにおけるＴ細胞増殖の増加、ＭＬＲアッセイにおけるインターフェロン−γ（ＩＦＮ−γ）分泌の増加、ＭＬＲアッセイにおけるＴＮＦ−α分泌の増加、サイトメガロウイルス抗原アッセイ（ＣＭＶアッセイ）におけるＩＦＮ−γ分泌の増加、又は、ＣＭＶアッセイにおけるＴＮＦ−α分泌の増加を測定することによって評価できる。本発明の抗体は、測定されるＴ細胞機能が本発明の抗体によって用量依存的に増加するとき、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔの活性化を増強する。
ヒト又はカニクイザルＰＤ−１に対する抗体の親和性は、任意の好適な方法を用いて実験的に測定できる。こうした方法では、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６、Ｂｉａｃｏｒｅ ３０００又はＫｉｎＥｘＡ装置、ＥＬＩＳＡ、若しくは当業者には周知である競合的結合アッセイを使用することができる。特定の抗体／ＰＤ−１相互作用について測定される親和性は、異なる条件下（例えば、浸透圧、ｐＨ）で測定した場合には異なり得る。したがって、親和性及び他の結合パラメータ（例えば、ＫＤ、Ｋｏｎ、Ｋｏｆｆ）の測定は、典型的には、標準的な条件及び本明細書に記載される緩衝液などの標準化緩衝液を用いて行われる。例えばＢｉａｃｏｒｅ ３０００又はＰｒｏｔｅＯｎを用いた親和性測定での内部誤差（標準偏差（ＳＤ）として測定されるもの）は典型的に、典型的な検出範囲内で測定した場合、５〜３３％の範囲内であり得ることが当業者には分かるであろう。したがって、ＫＤに関して用語「約」は、アッセイにおける一般的な標準偏差を反映する。例えば、ＫＤが１×１０−９Ｍの場合の典型的なＳＤは、＋０．３３×１０−９Ｍ以下である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、重鎖可変領域（ＶＨ）である配列番号４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７又は４８内に含まれるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含み、このとき、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３は、Ｃｈｏｔｈｉａ、Ｋａｂａｔ、又はＩＭＧＴによって定義される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、軽鎖可変領域（ＶＬ）である配列番号４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１又は６２内に含まれるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含み、このときＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲは、Ｃｈｏｔｈｉａ、Ｋａｂａｔ、又はＩＭＧＴによって定義される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、
配列番号１０、１１又は１２のＨＣＤＲ１と、
配列番号１３、１４又は１５のＨＣＤＲ２と、
配列番号１６、１７、１８又は１９のＨＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、
配列番号２０、２１、２２、２３、２４又は２５のＬＣＤＲ１と、
配列番号２６、２７、２８、２９又は３０のＬＣＤＲ２と、
配列番号３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、又は４０のＬＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、
配列番号１０、１１又は１２のＨＣＤＲ１と、
配列番号１３、１４又は１５のＨＣＤＲ２と、
配列番号１６、１７、１８又は１９のＨＣＤＲ３と、
配列番号２０、２１、２２、２３、２４又は２５のＬＣＤＲ１と、
配列番号２６、２７、２８、２９又は３０のＬＣＤＲ２と、
配列番号３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９又は４０のＬＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、
それぞれ、配列番号１０、１３及び１６、
それぞれ、配列番号１０、１４及び１６、
それぞれ、配列番号１０、１３及び１７、
それぞれ、配列番号１０、１３及び１８、
それぞれ、配列番号１１、１５及び１８、
それぞれ、配列番号１０、１３及び１９、
それぞれ、配列番号１０、１４及び１７、又は
それぞれ、配列番号１２、１３及び１９の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含む。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、
それぞれ、配列番号２０、２６及び３１、
それぞれ、配列番号２１、２６及び３２、
それぞれ、配列番号２２、２７及び３３、
それぞれ、配列番号２２、２６及び３４、
それぞれ、配列番号２３、２８及び３５、
それぞれ、配列番号２０、２６及び３６、
それぞれ、配列番号２１、２７及び３７、
それぞれ、配列番号２３、２６及び３２、
それぞれ、配列番号２２、２６及び３２、
それぞれ、配列番号２４、２６及び３８、
それぞれ、配列番号２０、２９及び３９、
それぞれ、配列番号２０、３０及び３２、
それぞれ、配列番号２５、２６及び４０、又は
それぞれ、配列番号２４、２６及び３２の、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１４、１７、２３、２６及び３２の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、ヒトＰＤ−１に、約１００ｎＭ、任意に約１０ｎＭ未満、例えば約１ｎＭ未満、例えば約５００ｐＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、カニクイザルＰＤ−１に、約１００ｎＭ、任意に約１０ｎＭ未満、例えば約１ｎＭ未満、例えば約５００ｐＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、ＶＨ及びＶＬは、それぞれ配列番号１９６及び１９７であるポリヌクレオチド配列によってコードされている。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含み、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含み、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号７２の重鎖（ＨＣ）と、配列番号７３の軽鎖（ＬＣ）と、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含み、かつ、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含み、かつ、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、黒色腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、扁平上皮ＮＳＣＬＣの治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、非扁平上皮ＮＳＣＬＣの治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肺腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、腎細胞癌（ＲＣＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、中皮腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、上咽頭癌（ＮＰＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、結腸直腸癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、前立腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、去勢抵抗性前立腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、胃癌（stomach cancer）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、卵巣癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、胃部癌（gastric cancer）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肝癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、膵臓癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、甲状腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、頭頸部の扁平上皮癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、食道又は胃腸管の癌腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、乳癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、卵管癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、脳癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、尿道癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、子宮内膜症の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、子宮頸癌（cervical cancer）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、癌の転移巣の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、血液悪性疾患の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、非ホジキンリンパ腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、慢性リンパ性白血病の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、配列番号１４５のＶＨと、配列番号１５５のＶＬと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、配列番号１７２のＶＨと、配列番号１７３のＶＬと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＦＧＦＲ阻害剤と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ワクチンと併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＧＩＴＲ（配列番号２７１）に特異的に結合するアゴニスト抗体と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＣＤ１３７（配列番号２８１）に特異的に結合するアゴニスト抗体と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＯＸ−４０（配列番号２７９）に特異的に結合するアゴニスト抗体と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号６６、６７、６８、６９、７０及び７１の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号６４のＶＨと、配列番号６５のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、ＶＨ及びＶＬは、それぞれ配列番号１９８及び１９９であるポリヌクレオチド配列によってコードされている。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号６３のＶＨと、配列番号６５のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、ヒトＰＤ−１に、約１００ｎＭ、任意に約１０ｎＭ未満、例えば約１ｎＭ未満、例えば約１００ｐＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号６４のＶＨと、配列番号６５のＶＬと、を含み、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号６４のＶＨと、配列番号６５のＶＬと、を含み、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号７４のＨＣと、配列番号７５のＬＣと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号６４のＶＨと、配列番号６５のＶＬと、を含み、かつ、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号６４のＶＨと、配列番号６５のＶＬと、を含み、かつ、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、黒色腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、扁平上皮ＮＳＣＬＣの治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、非扁平上皮ＮＳＣＬＣの治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肺腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、腎細胞癌（ＲＣＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、中皮腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、上咽頭癌（ＮＰＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、結腸直腸癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、前立腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、去勢抵抗性前立腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、胃癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、卵巣癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、胃部癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肝癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、膵臓癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、甲状腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、頭頸部の扁平上皮癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、食道又は胃腸管の癌腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、乳癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、卵管癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、脳癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、尿道癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、子宮内膜症の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、子宮頸癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、癌の転移巣の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、血液悪性疾患の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、非ホジキンリンパ腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、慢性リンパ性白血病の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、配列番号１４５のＶＨと、配列番号１５５のＶＬと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、配列番号１７２のＶＨと、配列番号１７３のＶＬと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＦＧＦＲ阻害剤と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ワクチンと併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＧＩＴＲ（配列番号２７１）に特異的に結合するアゴニスト抗体と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＣＤ１３７（配列番号２８１）に特異的に結合するアゴニスト抗体と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＯＸ−４０（配列番号２７９）に特異的に結合するアゴニスト抗体と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１２、１３、１９、２４、２６及び３８の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４７のＶＨと、配列番号５８のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１１、１５、１８、２０、３０及び３２の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４５のＶＨと、配列番号６０のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、ＶＨ及びＶＬは、それぞれ配列番号２０２及び２０３であるポリヌクレオチド配列によってコードされている。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号７６のＨＣと、配列番号７７のＬＣと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１３、１６、２０、２６及び３１の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４１のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号２１２のＨＣと、配列番号２１３のＬＣと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１３、１６、２１、２６及び３２の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４１のＶＨと、配列番号５０のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号２１４のＨＣと、配列番号２１５のＬＣと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１４、１６、２２、２７及び３３の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４２のＶＨと、配列番号５１のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号２１６のＨＣと、配列番号２１７のＬＣと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１４、１６、２２、２６及び３４の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４２のＶＨと、配列番号５２のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号２１８のＨＣと、配列番号２１９のＬＣと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１４、１６、２３、２８及び３５の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４２のＶＨと、配列番号５３のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号２２０のＨＣと、配列番号２２１のＬＣと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１３、１７、２０、２６及び３１の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４３のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１３、１７、２０、２６及び３６の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５４のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号２２２のＨＣと、配列番号２２３のＬＣと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１３、１７、２１、２６及び３２の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５０のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号２２４のＨＣと、配列番号２２５のＬＣと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１３、１７、２１、２７及び３７の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５５のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号２２６のＨＣと、配列番号２２７のＬＣと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１３、１７、２３、２６及び３２の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１３、１７、２２、２６及び３２の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５７のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号２２８のＨＣと、配列番号２２９のＬＣと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１３、１８、２０、２６及び３１の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４４のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１１、１５、１８、２０、２６及び３１の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４５のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１３、１９、２０、２６及び３１の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４６のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１２、１３、１９、２０、２６及び３１の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４７のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１４、１７、２３、２８及び３５の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号４８のＶＨと、配列番号５３のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１４、１７、２２、２６及び３４の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４８のＶＨと、配列番号５２のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１２、１３、１９、２０、２９及び３９の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４７のＶＨと、配列番号５９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１１、１５、１８、２５、２６及び４０の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４５のＶＨと、配列番号６１のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号１１、１５、１８、２４、２６及び３２の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号４５のＶＨと、配列番号６２のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
本発明はまた、配列番号４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、６３又は６４のＶＨを含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、配列番号４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２又は６５のＶＬを含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、配列番号４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、６３又は６４のＶＨと、配列番号４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２又は６５のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
代表的な本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体のＶＨ、ＶＬ、ＨＣＤＲ及びＬＣＤＲ配列を、表２に示す。
実施例で説明する実施形態は、１つが重鎖に由来し、１つが軽鎖に由来する１対の可変領域を有しているが、当業者であれば代替的な実施形態は、１つの重鎖又は軽鎖の可変領域を有してもよいということを認識するであろう。１つの可変領域を用いることで、例えばヒトＰＤ−１に結合することが可能な２ドメイン特異的抗原結合断片を形成することが可能な可変ドメインについて、スクリーニングすることができる。スクリーニングは、例えば、国際公開第１９９２／０１０４７号に開示される階層的２重コンビナトリアルアプローチを用いたファージ提示スクリーニング法によって実現することが可能である。このアプローチでは、ＶＨ鎖又はＶＬ鎖のいずれかのクローンを含む個別のコロニーを用いて、他方の鎖（ＶＬ又はＶＨ）をコードするクローンの完全なライブラリに感染させ、得られた２鎖特異的抗原結合ドメインを、既知の方法及び本明細書に記載されるものを用いてファージ提示法に基づいて選択する。したがって、個別のＶＨ及びＶＬポリペプチド鎖は、国際公開第１９９２／０１０４７号に開示される方法を用いて、ヒトＰＤ−１に特異的に結合する追加の抗体を特定するのに有用である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、多重特異性抗体である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、二重特異性抗体である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト二重特異性抗体は、ＰＤ−Ｌ１（配列番号５）、ＰＤ−Ｌ２（配列番号８）、ＬＡＧ−３（配列番号２９３）、ＴＩＭ−３（配列番号１３８）、ＣＥＡＣＡＭ−１（配列番号２９６）、ＣＥＡＣＡＭ−５（配列番号３０７）、ＯＸ−４０（配列番号２７９）、ＧＩＴＲ（配列番号２７１）、ＣＤ２７（配列番号２８０）、ＶＩＳＴＡ（配列番号２８６）、ＣＤ１３７（配列番号２８１）、ＴＩＧＩＴ（配列番号３０１）又はＣＴＬＡ−４（配列番号２９２）に結合する。二重特異性抗体及び多重特異性抗体は、本明細書に記載される方法を用いて産生することができる。
Figure 2019500892
同種抗体
表２、表２１及び表２２に示すＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬアミノ酸配列を含む本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分の変異体は、本発明の範囲内である。例えば、同種抗体が、親抗体と比較してその機能特性を維持している、又は向上している限り、変異体は、ＶＨ及び／又はＶＬ中に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含み得る。いくつかの実施形態では、配列同一性は、本発明のＶＨ又はＶＬアミノ酸配列に対して約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％であり得る。任意追加的に、親抗体に対する変異体の任意の変化例は、変異体のＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、６３又は６４のＶＨを含み、そのＶＨが任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を有する、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２又は６５のＶＬを含み、そのＶＬが任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を有する、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号６４のＶＨと、配列番号６５のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も含み、それらは、
配列番号４１のＶＨと、配列番号４９のＶＬ、
配列番号４１のＶＨと、配列番号５０のＶＬ、
配列番号４２のＶＨと、配列番号５１のＶＬ、
配列番号４２のＶＨと、配列番号５２のＶＬ、
配列番号４２のＶＨと、配列番号５３のＶＬ、
配列番号４３のＶＨと、配列番号４９のＶＬ、
配列番号４３のＶＨと、配列番号５４のＶＬ、
配列番号４３のＶＨと、配列番号５０のＶＬ、
配列番号４３のＶＨと、配列番号５５のＶＬ、
配列番号４３のＶＨと、配列番号５６のＶＬ、
配列番号４３のＶＨと、配列番号５７のＶＬ、
配列番号４４のＶＨと、配列番号４９のＶＬ、
配列番号４５のＶＨと、配列番号４９のＶＬ、
配列番号４６のＶＨと、配列番号４９のＶＬ、
配列番号４７のＶＨと、配列番号４９のＶＬ、
配列番号４８のＶＨと、配列番号５３のＶＬ、
配列番号４８のＶＨと、配列番号５２のＶＬ、
配列番号４７のＶＨと、配列番号５８のＶＬ、
配列番号４７のＶＨと、配列番号５９のＶＬ、
配列番号４５のＶＨと、配列番号６０のＶＬ、
配列番号４５のＶＨと、配列番号６１のＶＬ、
配列番号４５のＶＨと、配列番号６２のＶＬ、又は
配列番号６３のＶＨと、配列番号６５のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、６４又は６５のＶＨに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨを含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も含む。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２又は６５のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＬを含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、６３又は６４のＶＨに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨと、配列番号４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２又は６５のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号４８のＶＨ及び配列番号５６のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨ及びＶＬを含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号６４のＶＨ及び配列番号６５のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨ及びＶＬを含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号が、
それぞれ、４１及び４９、
それぞれ、４１及び５０、
それぞれ、４２及び５１、
それぞれ、４２及び５２、
それぞれ、４２及び５３、
それぞれ、４３及び４９、
それぞれ、４３及び５４、
それぞれ、４３及び５０、
それぞれ、４３及び５５、
それぞれ、４３及び５６、
それぞれ、４３及び５７、
それぞれ、４４及び４９、
それぞれ、４５及び４９、
それぞれ、４６及び４９、
それぞれ、４７及び４９、
それぞれ、４８及び５３、
それぞれ、４８及び５２、
それぞれ、４７及び５８、
それぞれ、４７及び５９、
それぞれ、４５及び６０、
それぞれ、４５及び６１、
それぞれ、４５及び６２、又は
それぞれ、６３及び６５のＶＨ及びＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨ及びＶＬを含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明のＰＤ−１に特異的に結合する同種アンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、次の特性のうちの１つ、２つ、３つ、４つ又は５つを有する。
ａ）抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を用量依存的に増強し、このとき活性化は、実施例１に記載されるサイトメガロウイルス抗原リコールアッセイ（ＣＭＶアッセイ）を用いて測定される、
ｂ）ヒトＰＤ−１に約１００ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される、
ｃ）ヒトＰＤ−１に約１ｎＭ未満のＫＤで結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される、
ｄ）配列番号３のカニクイザルＰＤ−１に約１００ｎＭ未満のＫＤで結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される、
ｅ）配列番号３のカニクイザルＰＤ−１に約１ｎＭ未満のＫＤで結合し、
このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
いくつかの実施形態では、抗体は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を用量依存的に増強し、このとき活性化は、実施例１に記載されるサイトメガロウイルス抗原リコールアッセイ（ＣＭＶアッセイ）を用いて測定され、かつ、ヒトＰＤ−１に約１００ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
いくつかの実施形態では、抗体は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を用量依存的に増強し、このとき活性化は、実施例１に記載されるサイトメガロウイルス抗原リコールアッセイ（ＣＭＶアッセイ）を用いて測定され、かつ、ヒトＰＤ−１に約１０ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
２つの配列間の同一性パーセントは、ギャップ数及び各ギャップの長さを考慮して、配列により共有される同一の位置の数の関数である（すなわち、相同性の割合（％）＝同一位置数／位置の総数×１００）。同一性パーセントは、２つの配列の最適なアライメントを導くのに必要である。
２つのアミノ酸配列間の同一性パーセントは、Ｅ．Ｍｅｙｅｒｓ ａｎｄ Ｗ．Ｍｉｌｌｅｒ（Ｃｏｍｐｕｔ Ａｐｐｌ Ｂｉｏｓｃｉ ４：１１〜１７（１９８８））のアルゴリズムを使用して決定されてもよい。同アルゴリズムは、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれており、ＰＡＭ１２０重み付け残基テーブル、ギャップ長ペナルティ１２、及びギャップペナルティ４を使用する。更に、２つのアミノ酸配列間の同一性パーセントは、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ＿ｇｃｇ＿ｃｏｍで入手可能）のＧＡＰプログラムに組み込まれているＮｅｅｄｌｅｍａｎ及びＷｕｎｓｃｈのアルゴリズム（Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ４８：４４４〜４５３（１９７０））を、Ｂｌｏｓｓｕｍ ６２マトリックス又はＰＡＭ２５０マトリックスのいずれかで、ギャップ重み付け１６、１４、１２、１０、８、６、又は４、長さ重み付け１、２、３、４、５、又は６で用い、求めることができる。
保存的改変を有する抗体
本発明はまた、ＨＣＤＲ１配列と、ＨＣＤＲ２配列と、ＨＣＤＲ３配列と、を含むＶＨと、ＬＣＤＲ１配列と、ＬＣＤＲ２配列と、ＬＣＤＲ３配列と、を含むＶＬと、を含み、ＣＤＲ配列のうち１つ又は２つ以上が、本明細書に記載される抗体（例えば、表２、表２１及び表２２に示される抗体、又は、その保存的改変体）に基づく特定のアミノ酸配列を含み、抗体が、本発明のＰＤ−１に特異的に結合する親アンタゴニスト抗体の所望の機能特性を維持している、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
保存的改変を有する抗体は、次の特性のうちの１つ、２つ、３つ、４つ又は５つを有する。
ａ）抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を用量依存的に増強し、このとき活性化は、実施例１に記載されるサイトメガロウイルス抗原リコールアッセイ（ＣＭＶアッセイ）を用いて測定される、
ｂ）ヒトＰＤ−１に約１００ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される、
ｃ）ヒトＰＤ−１に約１ｎＭ未満のＫＤで結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される、
ｄ）配列番号３のカニクイザルＰＤ−１に約１００ｎＭ未満のＫＤで結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される、
ｅ）配列番号３のカニクイザルＰＤ−１に約１ｎＭ未満のＫＤで結合し、
このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
いくつかの実施形態では、抗体は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を用量依存的に増強し、このとき活性化は、実施例１に記載されるサイトメガロウイルス抗原リコールアッセイ（ＣＭＶアッセイ）を用いて測定され、かつ、ヒトＰＤ−１に約１００ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
いくつかの実施形態では、抗体は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を用量依存的に増強し、このとき活性化は、実施例１に記載されるサイトメガロウイルス抗原リコールアッセイ（ＣＭＶアッセイ）を用いて測定され、かつ、ヒトＰＤ−１に約１０ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
本発明はまた、それぞれ配列番号１０、１４、１７、２３、２６及び３２の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、並びにその保存的改変を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号６６、６７、６８、６９、７０及び７１の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、並びにその保存的改変を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、
それぞれ、配列番号１０、１３、１６、２０、２６及び３１、
それぞれ、配列番号１０、１３、１６、２１、２６及び３２、
それぞれ、配列番号１０、１４、１６、２２、２７及び３３、
それぞれ、配列番号１０、１４、１６、２２、２６及び３４、
それぞれ、配列番号１０、１４、１６、２３、２８及び３５、
それぞれ、配列番号１０、１３、１７、２０、２６及び３１、
それぞれ、配列番号１０、１３、１７、２０、２６及び３６、
それぞれ、配列番号１０、１３、１７、２１、２６及び３２、
それぞれ、配列番号１０、１３、１７、２１、２７及び３７、
それぞれ、配列番号１０、１３、１７、２３、２６及び３２、
それぞれ、配列番号１０、１３、１７、２２、２６及び３２、
それぞれ、配列番号１０、１３、１８、２０、２６及び３１、
それぞれ、配列番号１１、１５、１８、２０、２６及び３１、
それぞれ、配列番号１０、１３、１９、２０、２６及び３１、
それぞれ、配列番号１２、１３、１９、２０、２６及び３１、
それぞれ、配列番号１０、１４、１７、２３、２８及び３５、
それぞれ、配列番号１０、１４、１７、２２、２６及び３４、
それぞれ、配列番号１２、１３、１９、２４、２６及び３８、
それぞれ、配列番号１２、１３、１９、２０、２９及び３９、
それぞれ、配列番号１１、１５、１８、２０、３０及び３２、
それぞれ、配列番号１１、１５、１８、２５、２６及び４０、
それぞれ、配列番号１１、１５、１８、２４、２６及び３２の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、並びにその保存的改変を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
「保存的改変」は、アミノ酸配列を含む抗体の結合特性に有意に影響しない又はかかる結合特性を変更しないアミノ酸改変を指す。保存的改変は、アミノ酸置換、付加、及び欠失を含む。保存的置換は、アミノ酸が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基に置き換えられる置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、明確に定義されており、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、塩基性側鎖（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、スレオニン、チロシン、トリプトファン）、芳香族側鎖（例えば、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン、チロシン）、脂肪族側鎖（例えば、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、セリン、スレオニン）、アミド（例えば、アスパラギン、グルタミン）、β分岐側鎖（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）、及び含硫黄側鎖（システイン、メチオニン）を有する、アミノ酸を含む。更に、アラニン・スキャニング変異導入法についてこれまでに述べられているように（ＭａｃＬｅｎｎａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｓｃａｎｄ．Ｓｕｐｐｌ．６４３：５５〜６７，１９９８；Ｓａｓａｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ａｄｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．３５：１〜２４，１９９８）、ポリペプチド内の任意の天然残基をアラニンで置換することもできる。本発明の抗体へのアミノ酸置換は、例えば、ＰＣＲによる変異導入（米国特許第４，６８３，１９５号）によるものなどの、よく知られている方法によって行われ得る。あるいは、変異体のライブラリは、例えば、ランダムコドン（ＮＮＫ）又は非ランダムコドン、例えば１１個のアミノ酸（Ａｌａ、Ｃｙｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ｇｌｙ、Ｌｙｓ、Ａｓｎ、Ａｒｇ、Ｓｅｒ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ）をコードするＤＶＫコドンを用いる既知の手法を用い作製することができる。結果として生じる抗体変異体は、それらの特性に関して、本明細書に記載のアッセイを用いて試験することができる。
ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体
Ｔ細胞免疫グロブリンドメイン及びムチンドメイン３（ＴＩＭ−３、Ａ型肝炎ウイルス細胞受容体２（ＨＡＶＣＲ２）としても知られる）は、適応免疫応答及び自然免疫応答の両方を負に調節することが提唱されている、共抑制性免疫チェックポイント受容体である。ＴＩＭ−３は、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞の特定のサブセット上に発現し、Ｔ細胞応答の時間及び程度を制限するように機能する。
複数の証拠により、Ｔ細胞応答の調節におけるＴＩＭ−３の阻害的役割が支持されている。Ｔｉｍ−３欠損マウスは、抗原特異的免疫寛容及び移植免疫寛容の両方の誘導の欠損を呈し、ＴＩＭ−３が、正常な免疫応答中にエフェクターＴ細胞を阻害することと一致する（Ｓａｂａｔｏｓ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ｎａｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４（１１）：１１０２〜１１１０、Ｓａｎｃｈｅｚ−Ｆｕｅｙｏ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ｎａｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４（１１）：１０９３〜１１０１）。抗ＴＩＭ−３抗体は、動物モデルにおける実験的自己免疫性脳脊髄炎を増悪する（ＥＡＥ）（Ｍｏｎｎｅｙ ｅｔ ａｌ．，（２００２）Ｎａｔｕｒｅ ４１５（６８７１）：５３６〜５４１）。ＴＩＭ−３は、慢性感染及び癌で見られる、Ｔ細胞の機能不全又は消耗した状態に導く重要な因子であることが示されている。（Ｓａｋｕｉｓｈｉ，Ｋ．ａｎｄ Ａ．Ｃ．Ａｎｄｅｒｓｏｎ（２０１４）．Ｔｉｍ−３ Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ．Ｔｕｍｏｒ−Ｉｎｄｕｃｅｄ Ｉｍｍｕｎｅ Ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ．Ｄ．Ｉ．Ｇａｂｒｉｌｏｖｉｃｈ ａｎｄ Ａ．Ａ．Ｈｕｒｗｉｔｚ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：２３９〜２６１）。
ＴＩＭ−３の阻害により、エフェクター細胞の活性が復活する、例えば、サイトカイン分泌及び増殖が見られている。ウイルスにより消耗した細胞集団、例えば、ＨＣＶ感染細胞では、ＴＩＭ−３発現細胞（ＴＩＭ−３＋細胞）は、ＴＮＦ−α及びＩＦＮ−γサイトカインを、両方のエフェクター細胞集団であるＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞において、ＴＩＭ−３陰性細胞より少なく発現する（Ｇｏｌｄｅｎ−Ｍａｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２００９）Ｊ Ｖｉｒｏｌ ８３：９１２２）。ＴＩＭ−３の阻害により、ＨＩＶ患者由来のＣＤ８＋Ｔ細胞、若しくは、ウイルス性消耗を繰り返した細胞（Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，（２００８）Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ ２０５：２７６３）における増殖、又は、転移性患者のＰＢＭＣ由来のＮＹ−ＥＳＯ−１特異的Ｔ細胞における増殖及びＩＦＮ−γ及び／若しくはＴＮＦ−α分泌（Ｆｏｕｒｃａｄｅ ｅｔ ａｌ．，（２０１０）Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ ２０７：２１７５）が回復した。ＴＩＭ−３＋Ｔ細胞は、腫瘍中に集中して見られ、免疫抑制性腫瘍環境に寄与している（Ｓａｋｕｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，（２０１３）Ｏｎｃｏｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２：ｅ２３８４９）。
ＴＩＭ−３の阻害（単独で部分的に、及び、ＰＤ−１経路阻害と組み合わせて追加的又は相乗的に）は、ＣＴ２６結腸癌（Ｓａｋｕｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，（２０１０）Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ ２０７（１０）：２１８７〜９４）、ＷＴ３肉腫及びＴＲＡＭＰ−Ｃ１前立腺癌（Ｎｇｉｏｗ ｅｔ ａｌ．，（２０１１）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７１（１０）：３５４０〜３５５１）などのいくつかの前臨床癌モデルにおいて、抗腫瘍効果を示している。
ＴＩＭ−３がＴ細胞応答を阻害する機構は完全に理解されていない。ＴＩＭ−３の細胞質側末端は、複数のチロシン残基を含む（Ｆｅｒｒｉｓ ｅｔ ａｌ．，（２０１４）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １９３（４）：１５２５〜１５３０）が、ＰＤ−１細胞内側末端に見られるＩＴＩＭ又はＩＴＳＭなどの抑制シグナル伝達モチーフを欠いている。ＳｒｃファミリーチロシンキナーゼであるＦｙｎ及びＬｃｋは、ＴＩＭ−３に結合することが示されているが、これらの相互作用がもたらす正確な結果は、まだｉｎ ｖｉｖｏで確認されていない。ＴＩＭ−３によるＴ細胞シグナル伝達の方法には、２つの相対するモデルが提唱されている。一方では、ＴＩＭ−３は、免疫シナプスにホスファターゼを補充し、Ｌｃｋを脱リン酸化することによって、ＴＣＲシグナル伝達を負に制御すると仮定されている（Ｃｌａｙｔｏｎ，ｅｔ ａｌ．，（２０１４）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １９２（２）：７８２〜７９１）。対称的に、ＴＩＭ−３は、ＮＦＡＴ活性及びＮＦκＢシグナル伝達の活性化を増加させて、ＴＣＲシグナル伝達を増強し、逆説的にＴ細胞をより消耗した状態に促進することも提唱されている。
エフェクターＴ細胞上の発現に加え、ＴＩＭ−３は、制御性Ｔ細胞（Ｔ−ｒｅｇ）上でも発現しており、腫瘍中の抑制性Ｔ−ｒｅｇサブセットを特徴付けると示されている。初代ヒト細胞及びマウス前臨床モデルの両方を用いた解析で、ＴＩＭ−３＋Ｔ−ｒｅｇが、Ｔヘルパー１（Ｔｈ１）及びＴヘルパー１７（Ｔｈ１７）Ｔ細胞応答の阻害において、ＴＩＭ−３−Ｔ−ｒｅｇよりも効果があると示されている（Ｇａｕｔｒｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２０１４）Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４４（９）：２７０３〜２７１１；Ｓａｋｕｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，（２０１３）Ｏｎｃｏｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２：ｅ２３８４９）。ＴＩＭ−３は、高抑制性Ｔｒｅｇ上で発現しているため、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞応答を直接的に阻害できる。加えて、ＴＩＭ−３＋Ｔｒｅｇは、高レベルのＩＬ−１０を発現しており、抗腫瘍免疫応答を抑制する追加の間接的機構として、ＴＭＥ中のエフェクターＴ細胞の消耗を促進すると提唱されている（Ｓａｋｕｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，（２０１３）Ｏｎｃｏｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２：ｅ２３８４９）。
ＴＩＭ−３は、単球／マクロファージ、樹状細胞、及びＮＫ細胞などの、いくつかの自然免疫細胞種上で発現している。既存のデータは、これら異なる細胞種における、ＴＩＭ−３の抑制的役割と一致する。
ＴＩＭ−３は、健康ドナーの循環血液中のＣＤ１４＋単球によって構成的に発現しており、その末梢単球上の発現は、慢性炎症及び癌患者において、顕著に上昇している（Ｒｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２０１４）Ｔｉｓｓｕｅ Ａｎｔｉｇｅｎｓ ８３（２）：７６〜８１）。ＴＩＭ−３レベルは、隣接組織由来のマクロファージと比較して、浸潤肝細胞癌（ＨＣＣ）腫瘍に浸潤するマクロファージ上でも上方制御されており、Ｍ２腫瘍促進性表現型へのマクロファージの極性化を促進する役割が提唱される。
最近、ＴＩＭ−３は、マウス腫瘍に浸潤する樹状細胞上で発現していることが報告された。この状況では、ＴＩＭ−３のＨＭＢＧ１との相互作用により、免疫刺激性核酸の認識及び応答を妨げることによって自然免疫を抑制すると提唱された（Ｃｈｉｂａ ｅｔ ａｌ．，（２０１２）Ｉｍｍｕｎｏｌ １３（９）：８３２〜８４２）。ＴＩＭ−３は、末梢血液中のＮＫ細胞上でも構成的に発現している。最近の研究において、進行性黒色腫患者由来のＮＫ細胞が、末梢ＮＫ細胞上で高レベルにＴＩＭ−３を発現していることが示された。重要なことには、ＴＩＭ−３＋ＮＫ細胞は、機能的に消耗しており、抗ＴＩＭ−３の阻害によって、消耗を回復し、ＮＫ細胞の機能を増強できた（ｄａ Ｓｉｌｖａｅｔ ａｌ．，（２０１４）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｓ ２（５）：４１０〜４２２）。
ＴＩＭ−３は、リガンドであるガレクチン−９（Ｇａｌ−９）、ホスファチジルセリン（ＰｔｄＳｅｒ）、ＨＭＧＢ１及びＣＥＡＣＡＭ−１に結合する。Ｓ型レクチンであるガレクチン−９は、ＴＩＭ−３関連Ｔｈ１エフェクター機能を阻害でき、マウスモデルにおいてＴＩＭ−３発現Ｔ細胞のアポトーシスを誘導できる。ＰｔｄＳｅｒは通常、細胞膜の細胞内側に存在するが、アポトーシス中に細胞外側に反転する。ＰｔｄＳｅｒは、３種類全てのヒトＴＩＭファミリーメンバー（ＴＩＭ−１、３、４）の保存された溝に結合する。ＰｔｄＳｅｒのＴＩＭ−３への結合を阻害すると、Ｔ細胞応答が活性化される場合がある。ガレクチン−９は、腫瘍細胞によって分泌され、抗腫瘍免疫の回避に寄与し得る。ＤＮＡアラーミンであるＨＭＧＢ１は、ＴＩＭ−３が「シンク」として働き、自然免疫を刺激するＨＭＧＢ１／ＲＡＧＥ相互作用を阻害できる。ＣＥＡＣＡＭ−１は、Ｔ細胞上のヘテロ二量体としてシス、リガンドとしてトランスの両方で、ＴＩＭ−３と相互作用できる。ＣＥＡＣＡＭ−１とＴＩＭ−３との間の相互作用は、免疫応答シグナル伝達の仲介的阻害を助けることができる。ＣＴ２６結腸癌においてＴＩＭ−３及びＣＥＡＣＡＭ−１を共阻害すると、ＰＤ−Ｌ１及びＴＩＭ−３の共阻害で見られるものと類似の効果を示した。
したがって、ＴＩＭ−３機能を阻害する本明細書に記載される本発明の抗体を用いるＴＩＭ−３の阻害により、感染及び抗腫瘍免疫に対する免疫応答を改善できる。
本発明はまた、ＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供し、このとき抗体は、ＴＩＭ−３のガレクチン−９への結合を阻害する。
本発明の抗体によるＴＩＭ−３のガレクチン−９への結合の阻害は、競合ＥＬＩＳＡを用いて評価できる。代表的なアッセイでは、１μｇ／ｍＬの組み換えヒトＦｃ−ＴＩＭ−３を、マイクロタイタープレートのウェルに結合させ、ウェルを洗浄してブロッキングし、１０μｇ／ｍＬの試験抗体を加える。洗浄せずに、７．５μｇ／ｍＬのガレクチン−９をウェル内に加えて３０分間インキュベートし、その後、０．５μｇ／ｍＬの抗ガレクチン−９−ビオチン抗体を加えて３０分間インキュベートする。プレートを洗浄して、０．５μｇ／ｍＬのニュートラアビジン−ＨＲＰ複合体ポリクローナル抗体を加え、３０分間インキュベートする。プレートを洗浄して、ＰＯＤ化学発光基質を発光シグナルを読み取る直前に加える。本発明の抗体は、ガレクチン−９の結合が、本明細書及び実施例１に記載されるアッセイを用いて、少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％低下するとき、ＴＩＭ−３のガレクチン−９への結合を阻害する。ＴＩＭ−３のガレクチン−９への結合を阻害する代表的な抗体は、抗体ＴＭ３Ｂ１０３、ＴＭ３Ｂ１０５、ＴＭ３Ｂ１０７、ＴＭ３Ｂ１０８、ＴＭ３Ｂ１０９、ＴＭ３Ｂ１１３、ＴＭ３Ｂ１８９、ＴＭ３Ｂ１９０及びＴＭ３Ｂ１９６である。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を増強する。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を増強し、このとき抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化は、実施例１４に記載される方法によって、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞上の統計学的に有意なＣＤ１３７細胞表面発現の増強を測定することによって評価される。
ＣＭＶ抗原刺激に応答して増殖する抗原特異的ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞のマーカーとしてＣＤ１３７を使用することで、本発明のアンタゴニストＴＩＭ−３抗体の機能的効果の検出を可能にした。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、ＴＩＭ−３残基３２〜４７（ＷＧＫＧＡＣＰＶＦＥＣＧＮＶＶＬ）（配列番号２６１）内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、ＴＩＭ−３残基３２〜４７（ＷＧＫＧＡＣＰＶＦＥＣＧＮＶＶＬ）（配列番号２６１）及び残基５０〜５６（ＤＥＲＤＶＮＹ）（配列番号２６２）内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、ＴＩＭ−３残基９０〜１０２（ＲＩＱＩＰＧＩＭＮＤＥＫＦ）（配列番号２６３）内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、ＴＩＭ−３残基９０〜１０２（ＲＩＱＩＰＧＩＭＮＤＥＫＦ）（配列番号２６３）及び残基５０〜５６（ＤＥＲＤＶＮＹ）配列番号２６２内でＴＩＭ−３に結合する。
「〜内」は、抗体が結合する８０％以上のエピトープ残基が、列挙されたアミノ酸列内に存在し、抗体が結合する最大２０％のエピトープ残基が、列挙されたアミノ酸列外に存在することを意味する。
抗体が結合するＴｉｍ−３エピトープは、例えば、水素／重水素交換（Ｈ／Ｄ交換）を用いて、又は、ＴＩＭ−３と複合した抗体の結晶構造を解析することによって分割できる。エピトープ残基は、Ｈ／Ｄ交換による重水素化度の少なくとも５％の違いによって、抗体により保護されるもの、又は、抗体及びＴＩＭ−３の複合体の結晶構造において、抗体に結合すると判定されるアミノ酸残基が表面に露出しているものである。抗体及びＴＩＭ−３の複合体の結晶構造において、エピトープ残基は、抗体のＣＤＲ残基の任意のものから４Å以下の距離内に存在するＴＩＭ−３残基である。
Ｈ／Ｄ交換アッセイにおいて、ＴＩＭ−３タンパク質を、重水中、抗体の存在下又は非存在下で所定の時間インキュベートし、その結果、抗体によって保護されていない交換可能な水素原子において重水素を取り込ませ、続いて、タンパク質をプロテアーゼ消化し、ＬＣ−ＭＳを用いてペプチド断片を分析する。代表的なアッセイでは、５μＬの試験抗体（１０μｇ）又は５μＬのＴＩＭ−３及び試験抗体の複合体（それぞれ、１０μｇ及び７．３５μｇ）を、１２０μＬの酸化重水素標識化バッファー（５０ｍＭリン酸、１００ｍＭ塩化ナトリウム、ｐＨ７．４）と共に、０秒、６０秒、３００秒、１８００秒、７２００秒、及び１４４００秒間インキュベートする。重水素交換は、６３μＬの５Ｍ塩酸グアニジンを加えることでクエンチし、最終ｐＨは２．５である。クエンチしたサンプルを、オンカラムペプシン／プロテアーゼＸＩＩＩ型消化にかけ、ＬＣ−ＭＳ分析を行う。ペプシン／プロテアーゼＸＩＩＩ型消化では、１２５μＬの対照バッファー（５０ｍＭリン酸、１００ｍＭ塩化ナトリウム、ｐＨ７．４）中の５μｇのサンプルを、６３μＬの５Ｍ塩酸グアニジン（最終ｐＨは２．５）を加えることによって変性させ、その混合物を３分間インキュベートする。続いて、混合物をオンカラムペプシン／プロテアーゼＸＩＩＩ型消化にかけ、得られたペプチドを、Ｑ Ｅｘａｃｔｉｖｅ（商標）Ｈｙｂｒｉｄ Ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ−Ｏｒｂｉｔｒａｐ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ）に連結したＷａｔｅｒｓ Ａｃｑｕｉｔｙ ＵＰＬＣからなる、ＵＰＬＣ−ＭＳシステムを用いて分析する。未加工のＭＳデータを、Ｈ／Ｄ交換ＭＳデータの解析用ソフトウェアである、ＨＤＸ ＷｏｒｋＢｅｎｃｈを用いて処理する。重水素レベルを、重水素化ペプチドとその天然型（ｔ０）との間の平均質量差を用いて計算する。ペプチド同定は、Ｍａｓｃｏｔを用いてＴＩＭ−３配列に対してＭＳ／ＭＳデータを検索することによって実施する。前駆体イオン及び生成物イオンの質量許容誤差は、それぞれ２０ｐｐｍ及び０．０５Ｄａである。
Ｘ線結晶解析では、ＴＩＭ−３及び試験抗体を発現させ、標準的手法を用いて精製する。ＴＩＭ−３／試験抗体複合体を、４℃にて一晩インキュベートし、濃縮して、サイズ排除クロマトグラフィーを用いて複合体を形成していない分析種から分離した。複合体を、様々な既知の試験溶液、例えば、ＰＥＧ３３５０、クエン酸アンモニウム及び２−（Ｎ−モルホリノ）エタンスルホン酸（ＭＥＳ）を含む溶液からの蒸気拡散法によって結晶化する。
Ｔｉｍ−３残基３２〜４７（ＷＧＫＧＡＣＰＶＦＥＣＧＮＶＶＬ）（配列番号２６１）、９０〜１０２（ＲＩＱＩＰＧＩＭＮＤＥＫＦ）（配列番号２６３）及び／又は５０〜５６（ＤＥＲＤＶＮＹ）（配列番号２６２）内に結合している抗体は、ファージディスプレイライブラリを用いてＴＩＭ−３に結合する抗体を単離し、ＴＩＭ−３への結合について、参照抗体であるＴＭ３Ｂ１０５（配列番号１４６のＶＨ及び配列番号１５６のＶＬ）又はＴＭ３Ｂ２９１（配列番号１７２のＶＨ及び配列番号１７３のＶＬ）と１００％競合する抗体を選択し、かつ、抗体／ＴＩＭ−３複合体の結晶構造を解析して得られた抗体のエピトープを確認することによって、作製できる。あるいは、マウス、ラット、又はウサギを、ＴＩＭ−３の残基３２〜４７、９０〜１０２及び／又は５０〜５６を包含するペプチドを用いて免疫化してよく、得られた抗体の列挙された領域内の結合について評価してよい。
本発明はまた、それぞれ配列番号１６４、１６５及び１６６の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号１６７、１６８及び１６９の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号１６４、１６５及び１６６のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３と、それぞれ配列番号１６７、１６８及び１６９のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３と、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
配列番号１６４、１６５、１６６、１６７、１６８及び１６９は、ファージディスプレイライブラリに由来するＴＩＭ−３アンタゴニストである、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３の属配列を表す。属配列は、図１３、図１４、図１５、図１６、図１７及び図１８に示される配列アライメントの結果の構造モデルに基づいて得られたもので、本明細書にまとめた。
配列番号１６４
Ｘ１７ＹＸ１８ＭＸ１９、
式中、
Ｘ１７は、Ｎ、Ｓ、Ｇ又はＤであり、
Ｘ１８は、Ｗ又はＡであり、
Ｘ１９は、Ｓ又はＨである。
配列番号１６５
Ｘ２０ＩＸ２１Ｘ２２ＳＧＧＳＸ２３ＹＹＡＤＳＶＫＧ、
式中、
Ｘ２０は、Ａ又はＶであり、
Ｘ２１は、Ｓ、又はＫであり、
Ｘ２２は、Ｇ又はＹであり、
Ｘ２３は、Ｔ又はＫである。
配列番号１６６
Ｘ２４Ｘ２５Ｘ２６Ｘ２７Ｘ２８Ｘ２９Ｘ３０Ｘ３１ＤＹ、
式中、
Ｘ２４は、Ｄ、Ｓ、Ｎ、Ｇ又はＥであり、
Ｘ２５は、Ｈ、Ｐ、Ｅ、Ｔ又はＬであり、
Ｘ２６は、Ｗ、Ｅ、Ｎ又は欠失であり、
Ｘ２７は、Ｄ、Ｐ又は欠失であり、
Ｘ２８は、Ｐ、Ｙ、Ｄ又は欠失であり、
Ｘ２９は、Ｎ、Ａ、Ｄ、Ｇ又は欠失であり、
Ｘ３０は、Ｆ、Ｐ、Ｒ、Ｗ又はＶであり、
Ｘ３１は、Ｌ又はＦである。
配列番号１６７
Ｘ３２Ｘ３３ＳＱＳＶＸ３４Ｘ３５Ｘ３６Ｘ３７Ｘ３８Ｘ３９Ｘ４０Ｘ４１Ｘ４２ＬＡ、
式中、
Ｘ３２は、Ｒ又はＫであり、
Ｘ３３は、Ａ又はＳであり、
Ｘ３４は、Ｓ、Ｎ又はＬであり、
Ｘ３５は、Ｓ、Ａ、Ｎ又は欠失であり、
Ｘ３６は、Ｓ又は欠失であり、
Ｘ３７は、Ｓ又は欠失であり、
Ｘ３８は、Ｎ又は欠失であり、
Ｘ３９は、Ｎ又は欠失であり、
Ｘ４０は、Ｋ又は欠失であり、
Ｘ４１は、Ｓ、Ｄ又はＮであり、
Ｘ４２は、Ｙ又はＴである。
配列番号１６８
Ｘ４３ＡＳＸ４４ＲＸ４５Ｘ４６、
式中、
Ｘ４３は、Ｇ、Ｄ、Ｗ又はＴであり、
Ｘ４４は、Ｓ、Ｎ又はＴであり、
Ｘ４５は、Ａ又はＥであり、
Ｘ４６は、Ｔ又はＳである。
配列番号１６９
ＱＱＸ４７Ｘ４８Ｘ４９Ｘ５０ＰＸ５１Ｔ（配列番号１６９）、
式中、
Ｘ４７は、Ｙ、Ｇ又はＳであり、
Ｘ４８は、Ｇ又はＹであり、
Ｘ４９は、Ｓ、Ｈ又はＴであり、
Ｘ５０は、Ｓ、Ａ又はＴであり、
Ｘ５１は、Ｌ、Ｉ又はＷである。
本発明はまた、重鎖可変領域（ＶＨ）である配列番号１４５、１４６、１４７、１４８又は１４９内に含まれるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供し、このとき、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３は、Ｃｈｏｔｈｉａ、Ｋａｂａｔ、又はＩＭＧＴによって定義される。
本発明はまた、軽鎖可変領域（ＶＬ）である配列番号１５５、１５６、１５７又は１５８内に含まれるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供し、このとき、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３は、Ｃｈｏｔｈｉａ、Ｋａｂａｔ、又はＩＭＧＴによって定義される。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、
配列番号９０、９１、９２又は９３のＨＣＤＲ１と、
配列番号９９、１００又は１０１のＨＣＤＲ２と、
配列番号１０７、１０８、１０９、１１０又は１１１のＨＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、
配列番号１１７、１１８、１１９又は１２０のＬＣＤＲ１と、
配列番号１２６、１２７、１２８又は１２９のＬＣＤＲ２と、
配列番号１３５、１３６、１３７又は１３９のＬＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、
配列番号９０、９１、９２又は９３のＨＣＤＲ１と、
配列番号９９、１００又は１０１のＨＣＤＲ２と、
配列番号１０７、１０８、１０９、１１０又は１１１のＨＣＤＲ３と、
配列番号１１７、１１８、１１９又は１２０のＬＣＤＲ１と、
配列番号１２６、１２７、１２８又は１２９のＬＣＤＲ２と、又は
配列番号１３５、１３６、１３７又は１３９のＬＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、
それぞれ、配列番号９０、９９及び１０７、
それぞれ、配列番号９１、９９及び１０８、
それぞれ、配列番号９１、９９及び１０９、
それぞれ、配列番号９２、１００及び１１０、又は
それぞれ、配列番号９３、１０１及び１１１の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、
それぞれ、配列番号１１７、１２６及び１３５、
それぞれ、配列番号１１８、１２７及び１３６、
それぞれ、配列番号１１９、１２８及び１３７、又は
それぞれ、配列番号１２０、１２９及び１３９の、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分は、
それぞれ、配列番号９０、９９、１０７、１１７、１２６及び１３５、
それぞれ、配列番号９１、９９、１０８、１１８、１２７及び１３６、
それぞれ、配列番号９１、９９、１０９、１１９、１２８及び１３７、
それぞれ、配列番号９２、１００、１１０、１１７、１２６及び１３５、又は
それぞれ、配列番号９３、１０１、１１１、１２０、１２９及び１３９の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む。
本発明はまた、それぞれ配列番号１６４、１６５及び１０８のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３と、それぞれ配列番号１１８、１６８及び１６９のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３と、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号９１、９９、１０８、１１８、１２７及び１３６の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合する抗体又はその抗原結合部分は、ＴＩＭ−３残基３２〜４７（ＷＧＫＧＡＣＰＶＦＥＣＧＮＶＶＬ）（配列番号２６１）内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合する抗体又はその抗原結合部分は、ＴＩＭ−３残基３２〜４７（ＷＧＫＧＡＣＰＶＦＥＣＧＮＶＶＬ）（配列番号２６１）及び残基５０〜５６（ＤＥＲＤＶＮＹ）配列番号２６２内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合する抗体又はその抗原結合部分は、ＴＩＭ−３のガレクチン−９への結合を阻害する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）に由来する重鎖フレームワークと、ＩＧＫＶ３−１１（配列番号１７１）に由来する軽鎖フレームワークと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、ＶＨ及びＶＬは、それぞれ配列番号２０４及び２０５であるポリヌクレオチド配列によってコードされている。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を増強し、このとき抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化は、実施例１４に記載される方法によって、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞上の統計学的に有意なＣＤ１３７細胞表面発現の増強を測定することによって評価される。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬと、を含み、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬと、を含み、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬと、を含み、かつ、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬと、を含み、かつ、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号７８のＨＣと、配列番号７９のＬＣと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号２４０のＨＣと、配列番号７９のＬＣと、を含む。
配列番号７８
ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＳＹＡＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＡＩＳＧＳＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＫＳＰＹＡＰＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号７９
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＮＤＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＧＧＨＡＰＩＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号２４０
ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＳＹＡＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＡＩＳＧＳＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＫＳＰＹＡＰＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＴＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、黒色腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、扁平上皮ＮＳＣＬＣの治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、非扁平上皮ＮＳＣＬＣの治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肺腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、腎細胞癌（ＲＣＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、中皮腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、上咽頭癌（ＮＰＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、結腸直腸癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、前立腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、去勢抵抗性前立腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、胃癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、卵巣癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、胃部癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肝癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、膵臓癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、甲状腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、頭頸部の扁平上皮癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、食道又は胃腸管の癌腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、乳癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、卵管癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、脳癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、尿道癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、子宮内膜症の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、子宮頸癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、癌の転移巣の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、配列番号４７のＶＨと、配列番号５８のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、配列番号４５のＶＨと、配列番号６０のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、配列番号６４のＶＨと、配列番号６５のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＴＩＧＩＴ（配列番号３０１）に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＦＧＦＲ阻害剤と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ワクチンと併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＧＩＴＲ（配列番号２７１）に特異的に結合するアゴニスト抗体と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＣＤ１３７（配列番号２８１）に特異的に結合するアゴニスト抗体と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＯＸ−４０（配列番号２７９）に特異的に結合するアゴニスト抗体と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３０のＶＨと、配列番号２３１のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体（例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ））で治療される、又は、治療されたことがある対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３２のＶＨと、配列番号２３３のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体（例えば、ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ））で治療される、又は、治療されたことがある対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３０のＶＨと、配列番号２３１のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体（例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ））での治療に不応性（refractory）である対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３２のＶＨと、配列番号２３３のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体（例えば、ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ））での治療に不応性である対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３０のＶＨと、配列番号２３１のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体（例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ））での治療後に再発した腫瘍を有する対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３２のＶＨと、配列番号２３３のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体（例えば、ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ））での治療後に再発した腫瘍を有する対象において、治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号９７、１０５、１１５、１２４、１３３及び１４３の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、ＩＧＨＶ５−５１（配列番号１７９）に由来する重鎖フレームワークと、ＩＧＫＶ１−３９（配列番号１８２）に由来する軽鎖フレームワークと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号１７２のＶＨと、配列番号１７３のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、ＶＨ及びＶＬは、それぞれ配列番号２０６及び２０７であるポリヌクレオチド配列によってコードされている。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を増強し、このとき抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化は、実施例１４に記載される方法によって、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞上の統計学的に有意なＣＤ１３７細胞表面発現の増強を測定することによって評価される。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合する抗体又はその抗原結合部分は、ＴＩＭ−３残基９０〜１０２（ＲＩＱＩＰＧＩＭＮＤＥＫＦ）（配列番号２６３）内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合する抗体又はその抗原結合部分は、ＴＩＭ−３残基９０〜１０２（ＲＩＱＩＰＧＩＭＮＤＥＫＦ）（配列番号２６３）及び残基５０〜５６（ＤＥＲＤＶＮＹ）配列番号２６２内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合する抗体又はその抗原結合部分は、ＴＩＭ−３のガレクチン−９への結合を阻害する。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号１７２のＶＨと、配列番号１７３のＶＬと、を含み、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号１７２のＶＨと、配列番号１７３のＶＬと、を含み、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号１７２のＶＨと、配列番号１７３のＶＬと、を含み、かつ、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号１７２のＶＨと、配列番号１７３のＶＬと、を含み、かつ、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２／κアイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、配列番号８０のＨＣと、配列番号８１のＬＣと、を含む。
配列番号８０
ＥＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＥＳＬＫＩＳＣＫＧＳＧＹＳＦＴＳＹＷＭＱＷＶＲＱＭＰＧＫＧＬＥＷＭＧＡＩＹＰＧＤＧＤＩＲＹＴＱＮＦＫＧＱＶＴＩＳＡＤＫＳＩＳＴＡＹＬＱＷＳＳＬＫＡＳＤＴＡＭＹＹＣＡＲＷＥＫＳＴＴＶＶＱＲＮＹＦＤＹＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号８１
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＫＡＳＥＮＶＧＴＦＶＳＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＧＡＳＮＲＹＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＧＱＳＹＳＹＰＴＦＧＱＧＴＫＬＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体などの二重特異性抗体である。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、黒色腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、扁平上皮ＮＳＣＬＣの治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、非扁平上皮ＮＳＣＬＣの治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肺腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、腎細胞癌（ＲＣＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、中皮腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、上咽頭癌（ＮＰＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、結腸直腸癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、前立腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、去勢抵抗性前立腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、胃癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、卵巣癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、胃部癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肝癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、膵臓癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、甲状腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、頭頸部の扁平上皮癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、食道又は胃腸管の癌腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、乳癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、卵管癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、脳癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、尿道癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、子宮内膜症の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、子宮頸癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、癌の転移巣の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、血液悪性疾患の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、配列番号４７のＶＨと、配列番号５８のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、配列番号４５のＶＨと、配列番号６０のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、配列番号６５のＶＨと、配列番号６５のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＴＩＧＩＴ（配列番号３０１）に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＦＧＦＲ阻害剤と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ワクチンと併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＧＩＴＲ（配列番号２７１）に特異的に結合するアゴニスト抗体と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＣＤ１３７（配列番号２８１）に特異的に結合するアゴニスト抗体と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、ＯＸ−４０（配列番号２７９）に特異的に結合するアゴニスト抗体と併用して固形腫瘍などの癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３０のＶＨと、配列番号２３１のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体（例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ））で治療される、又は、治療されたことがある対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３２のＶＨと、配列番号２３３のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体（例えば、ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ））で治療される、又は、治療されたことがある対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３０のＶＨと、配列番号２３１のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体（例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ））での治療に不応性である対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３２のＶＨと、配列番号２３３のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体（例えば、ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ））での治療に不応性である対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３０のＶＨと、配列番号２３１のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体（例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ））での治療後に再発した腫瘍を有する対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３２のＶＨと、配列番号２３３のＶＬと、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体（例えば、ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ））での治療後に再発した腫瘍を有する対象において、治療に使用するのに適している。
本発明はまた、それぞれ配列番号９０、９９、１０７、１１７、１２６及び１３５の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）に由来する重鎖フレームワークと、ＩＧＫＶ３−２０（配列番号１８０）に由来する軽鎖フレームワークと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号１４５のＶＨと、配列番号１５５のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、ＶＨ及びＶＬは、それぞれ配列番号２０８及び２０９であるポリヌクレオチド配列によってコードされている。
本発明はまた、配列番号９１、９９、１０９、１１９、１２８及び１３７の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）に由来する重鎖フレームワークと、ＩＧＫＶ４−１（配列番号１８１）に由来する軽鎖フレームワークと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号１４８のＶＨと、配列番号１５７のＶＬと、を含む。
本発明はまた、それぞれ配列番号９２、１００、１１０、１１７、１２６及び１３５の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）に由来する重鎖フレームワークと、ＩＧＫＶ３−２０（配列番号１８０）に由来する軽鎖フレームワークと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号１４７のＶＨと、配列番号１５５のＶＬと、を含む。
本発明はまた、それぞれ配列番号９３、１０１、１１１、１２０、１２９及び１３９の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）に由来する重鎖フレームワークと、ＩＧＫＶ３−２０（配列番号１８０）に由来する軽鎖フレームワークと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号１４９のＶＨと、配列番号１５８のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、ＶＨ及びＶＬは、それぞれ配列番号２０１及び２１１であるポリヌクレオチド配列によってコードされている。
本発明はまた、それぞれ配列番号９４、１０２、１１２、１２１、１３０及び１４０の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、ＩＧＨＶ１−０２（配列番号１７５）に由来する重鎖フレームワークと、ＩＧＫＶ４−１（配列番号１８１）に由来する軽鎖フレームワークと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号１５０のＶＨと、配列番号１５９のＶＬと、を含む。
本発明はまた、それぞれ配列番号９５、１０３、１１３、１２２、１３１及び１４１の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、ＩＧＨＶ４−３０−４（配列番号１７６）に由来する重鎖フレームワークと、ＩＧＫＶ１−３９（配列番号１８２）に由来する軽鎖フレームワークと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号１５１のＶＨと、配列番号１６０のＶＬと、を含む。
本発明はまた、それぞれ配列番号９６、１０４、１１４、１２３、１３２及び１４２の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、ＩＧＨＶ１−０３（配列番号１７７）に由来する重鎖フレームワークと、ＩＧＫＶ１−３３（配列番号１８３）に由来する軽鎖フレームワークと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号１５２のＶＨと、配列番号１６１のＶＬと、を含む。
本発明はまた、それぞれ配列番号９７、１０５、１１５、１２４、１３３及び１４３の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、ＩＧＨＶ１−０３（配列番号１７７）に由来する重鎖フレームワークと、ＩＧＫＶ１−３９（配列番号１８２）に由来する軽鎖フレームワークと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号１５３のＶＨと、配列番号１６２のＶＬと、を含む。
本発明はまた、それぞれ配列番号９８、１０６、１１６、１２５、１３４及び１４４の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、ＩＧＨＶ２−２６（配列番号１７８）に由来する重鎖フレームワークと、ＩＧＫＶ４−１（配列番号１８１）に由来する軽鎖フレームワークと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、配列番号１５４のＶＨと、配列番号１６３のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合部分は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を増強し、このとき抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化は、実施例１４に記載される方法によって、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞上の統計学的に有意なＣＤ１３７細胞表面発現の増強を測定することによって評価される。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
代表的な本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体のＶＨ、ＶＬ、ＨＣＤＲ及びＬＣＤＲ配列を、表３に示す。
実施例で説明する実施形態は、１つが重鎖に由来し、１つが軽鎖に由来する１対の可変領域を有しているが、当業者であれば代替的な実施形態は、１つの重鎖又は軽鎖の可変領域を有してもよいということを認識するであろう。１つの可変領域を用いることで、例えばヒトＴＩＭ−３に結合することが可能な２ドメイン特異的抗原結合断片を形成することが可能な可変ドメインについて、スクリーニングすることができる。スクリーニングは、本明細書に記載されるものと同様のファージディスプレイスクリーニング法によって達成できる。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、多重特異性抗体である。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、二重特異性抗体である。
いくつかの実施形態では、二重特異性又は多重特異性抗体は、ＰＤ−１（配列番号１）、ＰＤ−Ｌ１（配列番号５）、ＰＤ−Ｌ２（配列番号８）、ＬＡＧ−３（配列番号２９３）、ＣＥＡＣＡＭ−１（配列番号２９６）、ＣＥＡＣＡＭ−５（配列番号３０７）、ＮＫＧ２Ｄ（配列番号２８２）、又はＴＩＧＩＴＩ（配列番号３０１）に結合する。二重特異性抗体及び多重特異性抗体は、本明細書に記載される方法を用いて産生することができる。
Figure 2019500892
同種抗体
表３、表３６及び表３７示すＶＨ又はＶＬアミノ酸配列を含む本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体の変異体は、本発明の範囲内である。例えば、同種抗体が、親抗体と比較してその機能特性を維持している、又は向上している限り、変異体は、ＶＨ及び／又はＶＬ中に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含み得る。いくつかの実施形態では、配列同一性は、本発明のＶＨ又はＶＬアミノ酸配列に対して約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％であり得る。
本発明はまた、配列番号１４５のＶＨと、配列番号１５５のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１４８のＶＨと、配列番号１５７のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１４７のＶＨと、配列番号１５５のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１４９のＶＨと、配列番号１５８のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１５０のＶＨと、配列番号１５９のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１５１のＶＨと、配列番号１６０のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１５２のＶＨと、配列番号１６１のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１５３のＶＨと、配列番号１６２のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１５４のＶＨと、配列番号１６３のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１７２のＶＨと、配列番号１７３のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１４５、１４６、１４７、１４８、１４９、１５０、１５１、１５２、１５３、１５４又は１７２のＶＨに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も含む。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１５５、１５６、１５７、１５８、１５９、１６０、１６１、１６２、１６３又は１７３のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も含む。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１４５、１４６、１４７、１４８、１４９、１５０、１５１、１５２、１５３、１５４又は１７２のＶＨに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨと、配列番号１５５、１５６、１５７、１５８、１５９、１６０、１６１、１６２、１６３又は１７３のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＬと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１４５のＶＨ及び配列番号１５５のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨ及びＶＬを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１４６のＶＨ及び配列番号１５６のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨ及びＶＬを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１４８のＶＨ及び配列番号１５７のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨ及びＶＬを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１４７のＶＨ及び配列番号１５５のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨ及びＶＬを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１４９のＶＨ及び配列番号１５８のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨ及びＶＬを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１５０のＶＨ及び配列番号１５９のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨ及びＶＬを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１５１のＶＨ及び配列番号１６０のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨ及びＶＬを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１５２のＶＨ及び配列番号１６１のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨ及びＶＬを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１５３のＶＨ及び配列番号１６２のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨ及びＶＬを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１５４のＶＨ及び配列番号１６３のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨ及びＶＬを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本発明はまた、配列番号１７２のＶＨ及び配列番号１７３のＶＬに、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列を有するＶＨ及びＶＬを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。任意追加的に、配列番号の配列からの任意の変化例は、ＣＤＲの範囲内ではない。
本明細書に記載される本発明の同種抗体は、親ＴＩＭ−３抗体と比較するとき、実質的に類似の機能を有する。
保存的改変を有する本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体
本発明はまた、ＨＣＤＲ１配列と、ＨＣＤＲ２配列と、ＨＣＤＲ３配列と、を含むＶＨと、ＬＣＤＲ１配列と、ＬＣＤＲ２配列と、ＬＣＤＲ３配列と、を含むＶＬと、を含み、ＣＤＲ配列のうち１つ又は２つ以上が、本明細書に記載される抗体（例えば、表３、表３６又は表３７に示される抗体、又は、その保存的改変体）に基づく特定のアミノ酸配列を含み、抗体が、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合する親アンタゴニスト抗体の所望の機能特性を維持している、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号９０、９９、１０７、１１７、１２６及び１３５の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、並びにその保存的改変を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号９１、９９、１０８、１１８、１２７及び１３６の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、並びにその保存的改変を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号９１、９９、１０９、１１９、１２８及び１３７の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、並びにその保存的改変を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号９２、１００、１１０、１１７、１２６及び１３５の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、並びにその保存的改変を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号９３、１０１、１１１、１２０、１２９及び１３９の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、並びにその保存的改変を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号９４、１０２、１１２、１２１、１３０及び１４０の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、並びにその保存的改変を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号９５、１０３、１１３、１２２、１３１及び１４１の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、並びにその保存的改変を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号９６、１０４、１１４、１２３、１３２及び１４２の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、並びにその保存的改変を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号９７、１０５、１１５、１２４、１３３及び１４３の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、並びにその保存的改変を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、それぞれ配列番号９８、１０６、１１６、１２５、１３４及び１４４の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、並びにその保存的改変を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
「保存的改変」とは、本明細書に記載される改変を指す。
特定のフレームワーク配列を有する本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体
本発明はまた、特定のヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来するＶＨ及びＶＬを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）、ＩＧＨＶ１−０２（配列番号１７５）、ＩＧＨＶ４−３０−４（配列番号１７６）、ＩＧＨＶ１−０３（配列番号１７７）、ＩＧＨＶ２−２６（配列番号１７８）又はＩＧＨＶ５−５１（配列番号１７９）に由来するＶＨフレームワークを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、ＩＧＫＶ３−２０（Ａ２７）（配列番号１８０）、ＩＧＫＶ３−１１（Ｌ６）（配列番号１７１）、ＩＧＫＶ４−１（Ｂ３）（配列番号１８１）、ＩＧＫＶ１−３９）（Ｏ１２）（配列番号１８２）又はＩＧＫＶ１−３３（Ｏ１８）（配列番号１８３）に由来するＶＬフレームワークを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）に由来するＶＨフレームワークと、ＩＧＫＶ３−２０（配列番号１８０）に由来するＶＬフレームワークと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）に由来するＶＨフレームワークと、ＩＧＫＶ３−１１（配列番号１７１）に由来するＶＬフレームワークと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）に由来するＶＨフレームワークと、ＩＧＫＶ４−１（配列番号１８１）に由来するＶＬフレームワークと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、ＩＧＨＶ１−０２（配列番号１７５）に由来するＶＨフレームワークと、ＩＧＫＶ４−１（配列番号１８１）に由来するＶＬフレームワークと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、ＩＧＨＶ４−３０−４（配列番号１７６）に由来するＶＨフレームワークと、ＩＧＫＶ１−３９（配列番号１８２）に由来するＶＬフレームワークと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、ＩＧＨＶ１−０３（配列番号１７７）に由来するＶＨフレームワークと、ＩＧＫＶ１−３３（配列番号１８３）に由来するＶＬフレームワークと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、ＩＧＨＶ１−０３（配列番号１７７）に由来するＶＨフレームワークと、ＩＧＫＶ１−３９（配列番号１８２）に由来するＶＬフレームワークと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、ＩＧＨＶ２−２６（配列番号１７８）に由来するＶＨフレームワークと、ＩＧＫＶ４−１（配列番号１８１）に由来するＶＬフレームワークと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明はまた、ＩＧＨＶ５−５１（配列番号１７９）に由来するＶＨフレームワークと、ＩＧＫＶ１−３９（配列番号１８２）に由来するＶＬフレームワークと、を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分も提供する。
本発明の、特定のフレームワーク又は生殖細胞系列配列「に由来する」重鎖可変領域又は軽鎖可変領域を含む抗体とは、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン遺伝子を用いた系から、例えば本明細書に記載されるトランスジェニックマウス又はファージディスプレイライブラリから得られる抗体を指す。特定のフレームワーク又は生殖細胞系列配列「に由来する」抗体は、その起源となる配列と比べると、例えば自然発生の体細胞変異又は意図的な置換が原因のアミノ酸の相違を含む可能性がある。
特定のＶＨ及びＶＬフレームワーク配列を有する代表的なＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を、表３８に示す。
二重特異性抗ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体
本発明はまた、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体も提供する。
本発明はまた、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインと、ＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインと、を含む、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体も提供する。
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を増強する。
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を増強し、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の増強された活性化は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞上の統計学的に有意なＣＤ１３７細胞表面発現の上昇を測定することによって評価される。
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、ガレクチン−９へのＴＩＭ−３の結合を阻害する。
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、
ヒトＰＤ−１に約１００ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される、
ヒトＰＤ−１に約１ｎＭ未満のＫＤで結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される、
カニクイザルＰＤ−１に約１００ｎＭ未満のＫＤで結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される、又は
カニクイザルＰＤ−１に約１ｎＭ未満のＫＤで結合し、
このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を増強し、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞上の統計学的に有意なＣＤ１３７細胞表面発現の上昇を測定することによって評価され、活性化によって、ヒトＰＤ−１に約１００ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を増強し、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞上の統計学的に有意なＣＤ１３７細胞表面発現の上昇を測定することによって評価され、活性化によって、ヒトＰＤ−１に約１ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を増強し、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞上の統計学的に有意なＣＤ１３７細胞表面発現の上昇を測定することによって評価され、活性化によって、カニクイザルＰＤ−１に約１００ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を増強し、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞上の統計学的に有意なＣＤ１３７細胞表面発現の上昇を測定することによって評価され、活性化によって、カニクイザルＰＤ−１に約１ｎＭ未満の平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、このときＫＤは、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを用いて＋２５℃で測定される。
本発明のアンタゴニスト二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３本明細書に記載される抗体は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化の増強能、ガレクチン−９へのＴＩＭ−３結合の阻害能について評価でき、ヒト又はカニクイザルＰＤ−１又はＴＩＭ−３への結合反応速度は、本明細書に記載される方法を用いて評価できる。
例えば、ＣＤ１３７は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化のマーカーとして使用できる。ＣＤ１３７の細胞表面発現は、試験抗体、例えば二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体の存在下又は非存在下で培養したＴ細胞上において、抗ＣＤ１３７抗体及び、例えば蛍光染料と複合体化した二次抗体を用いて測定できる。試験抗体の存在下又は非存在下で培養したＴ細胞上で得られたシグナルの、統計学的有意差を評価する。
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、ＴＩＭ−３残基３２〜４７（ＷＧＫＧＡＣＰＶＦＥＣＧＮＶＶＬ）（配列番号２６１）内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、ＴＩＭ−３残基３２〜４７（ＷＧＫＧＡＣＰＶＦＥＣＧＮＶＶＬ）（配列番号２６１）及び残基５０〜５６（ＤＥＲＤＶＮＹ）配列番号２６２内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、ＴＩＭ−３残基９０〜１０２（ＲＩＱＩＰＧＩＭＮＤＥＫＦ）（配列番号２６３）内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、ＴＩＭ−３残基９０〜１０２（ＲＩＱＩＰＧＩＭＮＤＥＫＦ）（配列番号２６３）及び残基５０〜５６（ＤＥＲＤＶＮＹ）配列番号２６２内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、それぞれ配列番号８２、８３及び８４の重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、それぞれ配列番号８２、８３及び８５のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、それぞれ配列番号８６、８７及び８８の軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、それぞれ配列番号８２、８３及び８４のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３と、それぞれ配列番号８６、８７及び８８のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、それぞれ配列番号８２、８３及び８５のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３と、それぞれ配列番号８６、８７及び８８のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、それぞれ配列番号１６４、１６５及び１６６のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３アミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、それぞれ配列番号１６７、１６８及び１６９のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３アミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、それぞれ配列番号１６４、１６５及び１６６のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３アミノ酸配列と、それぞれ配列番号１６７、１６８及び１６９のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３アミノ酸配列と、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、
それぞれ、配列番号１０、１３、１６、２０、２６及び３１、
それぞれ、配列番号１０、１３、１６、２１、２６及び３２、
それぞれ、配列番号１０、１４、１６、２２、２７及び３３、
それぞれ、配列番号１０、１４、１６、２２、２６及び３４、
それぞれ、配列番号１０、１４、１６、２３、２８及び３５、
それぞれ、配列番号１０、１３、１７、２０、２６及び３１、
それぞれ、配列番号１０、１３、１７、２０、２６及び３６、
それぞれ、配列番号１０、１３、１７、２１、２６及び３２、
それぞれ、配列番号１０、１３、１７、２１、２７及び３７、
それぞれ、配列番号１０、１３、１７、２３、２６及び３２、
それぞれ、配列番号１０、１３、１７、２２、２６及び３２、
それぞれ、配列番号１０、１３、１８、２０、２６及び３１、
それぞれ、配列番号１１、１５、１８、２０、２６及び３１、
それぞれ、配列番号１０、１３、１９、２０、２６及び３１、
それぞれ、配列番号１２、１３、１９、２０、２６及び３１、
それぞれ、配列番号１０、１４、１７、２３、２８及び３５、
それぞれ、配列番号１０、１４、１７、２２、２６及び３４、
それぞれ、配列番号１０、１４、１７、２３、２６及び３２、
それぞれ、配列番号１２、１３、１９、２４、２６及び３８、
それぞれ、配列番号１２、１３、１９、２０、２９及び３９、
それぞれ、配列番号１１、１５、１８、２０、３０及び３２、
それぞれ、配列番号１１、１５、１８、２５、２６及び４０、
それぞれ、配列番号１１、１５、１８、２４、２６及び３２、又は
それぞれ、配列番号６６、６７、６８、６９、７０及び７１の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、
それぞれ、配列番号９０、９９、１０７、１１７、１２６及び１３５、
それぞれ、配列番号９１、９９、１０８、１１８、１２７及び１３６、
それぞれ、配列番号９１、９９、１０９、１１９、１２８及び１３７、
それぞれ、配列番号９２、１００、１１０、１１７、１２６及び１３５、
それぞれ、配列番号９３、１０１、１１１、１２０、１２９及び１３９、
それぞれ、配列番号９４、１０２、１１２、１２１、１３０及び１４０、
それぞれ、配列番号９５、１０３、１１３、１２２、１３１及び１４１、
それぞれ、配列番号９６、１０４、１１４、１２３、１３２及び１４２、
それぞれ、配列番号９７、１０５、１１５、１２４、１３３及び１４３、又は
それぞれ、配列番号９８、１０６、１１６、１２５、１３４及び１４４の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、６３又は６４のＶＨを含み、ＶＨは、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個の保存的アミノ酸置換を有する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２又は６５のＶＬを含み、ＶＬは、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個の保存的アミノ酸置換を有する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、６３又は６４のＶＨと、配列番号４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２及び６５のＶＬと、を含み、ＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬは、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個の保存的アミノ酸置換を有する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、配列番号１４５、１４６、１４７、１４８、１４９、１５０、１５１、１５２、１５３、１５４又は１７２のＶＨを含み、ＶＨは、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個の保存的アミノ酸置換を有する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、配列番号１５５、１５６、１５７、１５８、１５９、１６０、１６１、１６２、１６３又は１７３のＶＬを含み、ＶＬは、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個の保存的アミノ酸置換を有する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、配列番号１４５、１４６、１４７、１４８、１４９、１５０、１５１、１５２、１５３、１５４又は１７２のＶＨと、配列番号１５５、１５６、１５７、１５８、１５９、１６０、１６１、１６２、１６３又は１７３のＶＬと、を含み、ＶＨ及びＶＬは、任意追加的に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個の保存的アミノ酸置換を有する。任意追加的に、任意の置換はＣＤＲの範囲内ではない。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４１のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４１のＶＨと、配列番号５０のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４２のＶＨと、配列番号５１のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４２のＶＨと、配列番号５２のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４２のＶＨと、配列番号５３のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４３のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４３のＶＨと、配列番号５４のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４３のＶＨと、配列番号５０のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４３のＶＨと、配列番号５５のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４３のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４３のＶＨと、配列番号５７のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４４のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４５のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４６のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４７のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４８のＶＨと、配列番号５３のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４８のＶＨと、配列番号５２のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４７のＶＨと、配列番号５８のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４７のＶＨと、配列番号５９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４５のＶＨと、配列番号６０のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４５のＶＨと、配列番号６１のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４５のＶＨと、配列番号６２のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号６３のＶＨと、配列番号６５のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号６４のＶＨと、配列番号６５のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、配列番号１４５のＶＨと、配列番号１５５のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、配列番号１４８のＶＨと、配列番号１５７のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、配列番号１４７のＶＨと、配列番号１５５のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、配列番号１４９のＶＨと、配列番号１５８のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、配列番号１５０のＶＨと、配列番号１５９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、配列番号１５１のＶＨと、配列番号１６０のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、配列番号１５２のＶＨと、配列番号１６１のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、配列番号１５３のＶＨと、配列番号１６２のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、配列番号１５４のＶＨと、配列番号１６３のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、第２ドメインは、配列番号１７２のＶＨと、配列番号１７３のＶＬと、を含む。
本発明はまた、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインと、ＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインと、を含み、第１ドメインが、それぞれ配列番号１０、１４、１７、２３、２６及び３２のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含み、第２ドメインが、それぞれ配列番号９１、９９、１０８、１１８、１２７及び１３６のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体も提供する。
いくつかの実施形態では、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、ＴＩＭ−３残基３２〜４７（ＷＧＫＧＡＣＰＶＦＥＣＧＮＶＶＬ）（配列番号２６１）内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、ＴＩＭ−３残基３２〜４７（ＷＧＫＧＡＣＰＶＦＥＣＧＮＶＶＬ）（配列番号２６１）及び残基５０〜５６（ＤＥＲＤＶＮＹ）配列番号２６２内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、ガレクチン−９へのＴＩＭ−３の結合を阻害する。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含み、第２ドメインは、配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、Ｆ４０５Ｌ及び／又はＫ４０９Ｒ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、Ｆ４０５Ｌ及びＫ４０９Ｒ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較して重鎖置換Ｓ２２８Ｐを含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、それぞれ配列番号２４１、１８８、２４５又は１９４である第１重鎖（ＨＣ１）、第１軽鎖（ＬＣ１）、第２重鎖（ＨＣ２）及び第２軽鎖（ＬＣ２）を含む。
いくつかの実施形態では、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、それぞれ配列番号１８６、１８８、１９１又は１９４のＨＣ１、ＬＣ１、ＨＣ２及びＬＣ２を含む。
いくつかの実施形態では、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、それぞれ配列番号１８６、１８８、２４８又は１９４のＨＣ１、ＬＣ１、ＨＣ２及びＬＣ２を含む。
いくつかの実施形態では、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、それぞれ配列番号２４３、１８８、２４６又は１９４のＨＣ１、ＬＣ１、ＨＣ２及びＬＣ２を含む。
抗体は、治療、例えば、癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、固形腫瘍の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、黒色腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、扁平上皮ＮＳＣＬＣの治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、非扁平上皮ＮＳＣＬＣの治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肺腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、腎細胞癌（ＲＣＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、中皮腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、上咽頭癌（ＮＰＣ）の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、結腸直腸癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、前立腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、去勢抵抗性前立腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、胃癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、卵巣癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、胃部癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、肝癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、膵臓癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、甲状腺癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、頭頸部の扁平上皮癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、食道又は胃腸管の癌腫の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、乳癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、卵管癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、脳癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、尿道癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、子宮内膜症の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、子宮頸癌の治療に使用するのに適している。
抗体は、治療、例えば、癌の転移巣の治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３０のＶＨと、配列番号２３１のＶＬと、を含む、抗ＰＤ−１抗体（例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ））で治療される、又は、治療されたことがある対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３２のＶＨと、配列番号２３３のＶＬと、を含む、抗ＰＤ−１抗体（例えば、ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ））で治療される、又は、治療されたことがある対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３０のＶＨと、配列番号２３１のＶＬと、を含む、抗ＰＤ−１抗体（例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ））での治療に不応性である対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３２のＶＨと、配列番号２３３のＶＬと、を含む、抗ＰＤ−１抗体（例えば、ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ））での治療に不応性である対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３０のＶＨと、配列番号２３１のＶＬと、を含む、抗ＰＤ−１抗体（例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ））での治療後に再発した腫瘍を有する対象において、治療に使用するのに適している。
抗体は、配列番号２３２のＶＨと、配列番号２３３のＶＬと、を含む、抗ＰＤ−１抗体（例えば、ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ））での治療後に再発した腫瘍を有する対象において、治療に使用するのに適している。
本発明はまた、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインと、ＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインと、を含み、第１ドメインが、それぞれ配列番号６６、６７、６８、６９、７０及び７１のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含み、第２ドメインが、それぞれ配列番号９７、１０５、１１５、１２４、１３３及び１４３のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体も提供する。
いくつかの実施形態では、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、ＴＩＭ−３残基９０〜１０２（ＲＩＱＩＰＧＩＭＮＤＥＫＦ）（配列番号２６３）内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体は、ＴＩＭ−３残基９０〜１０２（ＲＩＱＩＰＧＩＭＮＤＥＫＦ）（配列番号２６３）及び残基５０〜５６（ＤＥＲＤＶＮＹ）配列番号２６２内でＴＩＭ−３に結合する。
いくつかの実施形態では、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体は、ガレクチン−９へのＴＩＭ−３の結合を阻害する。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号６４のＶＨと、配列番号６５のＶＬと、を含み、第２ドメインは、配列番号１５３のＶＨと、配列番号１６２のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、Ｆ４０５Ｌ及び／又はＫ４０９Ｒ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、Ｆ４０５Ｌ及びＫ４０９Ｒ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較して重鎖置換Ｓ２２８Ｐを含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体は、それぞれ配列番号１８７、１８９、１９０及び１９３のＨＣ１、ＬＣ１、ＨＣ２及びＬＣ２を含む。
本発明はまた、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインと、ＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインと、を含み、第１ドメインが、それぞれ配列番号６６、６７、６８、６９、７０及び７１のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含み、第２ドメインが、それぞれ配列番号９１、９９、１０８、１１８、１２７及び１３６のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体も提供する。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号６４のＶＨと、配列番号６５のＶＬと、を含み、第２ドメインは、配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、Ｆ４０５Ｌ及び／又はＫ４０９Ｒ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、Ｆ４０５Ｌ及びＫ４０９Ｒ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較して重鎖置換Ｓ２２８Ｐを含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、それぞれ配列番号１８７、１８９、１９１及び１９４のＨＣ１、ＬＣ１、ＨＣ２及びＬＣ２を含む。
いくつかの実施形態では、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体は、それぞれ配列番号２４２、１８９、２４６及び１９４のＨＣ１、ＬＣ１、ＨＣ２及びＬＣ２を含む。本発明はまた、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインと、ＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインと、を含み、第１ドメインが、それぞれ配列番号１０、１４、１７、２３、２６及び３２のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含み、第２ドメインが、それぞれ配列番号９７、１０５、１１５、１２４、１３３及び１４３のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体も提供する。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含み、第２ドメインは、配列番号１７２のＶＨと、配列番号１７３のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、Ｆ４０５Ｌ及び／又はＫ４０９Ｒ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、Ｆ４０５Ｌ及びＫ４０９Ｒ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較して重鎖置換Ｓ２２８Ｐを含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、それぞれ配列番号１８６、１８８、１９２及び１９５のＨＣ１、ＬＣ１、ＨＣ２及びＬＣ２を含む。
いくつかの実施形態では、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、それぞれ配列番号２４１、１８８、２４４及び１９５のＨＣ１、ＬＣ１、ＨＣ２及びＬＣ２を含む。
いくつかの実施形態では、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、それぞれ配列番号２４３、１８８、２４７及び１９５のＨＣ１、ＬＣ１、ＨＣ２及びＬＣ２を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を増強し、このとき抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化は、実施例１４に記載される方法によって、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞上の統計学的に有意なＣＤ１３７細胞表面発現の増強を測定することによって評価される。
本発明はまた、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインと、ＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインと、を含み、第１ドメインが、それぞれ配列番号１０、１４、１７、２３、２６及び３２のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含み、第２ドメインが、それぞれ配列番号９７、１０５、１１５、１２４、１３３及び１４３のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体も提供する。
いくつかの実施形態では、第１ドメインは、配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含み、第２ドメインは、配列番号１５３のＶＨと、配列番号１５６のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、Ｆ４０５Ｌ及び／又はＫ４０９Ｒ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較してＳ２２８Ｐ置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、Ｆ４０５Ｌ及びＫ４０９Ｒ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、抗体は、野生型ＩｇＧ４と比較して重鎖置換Ｓ２２８Ｐを含む、ＩｇＧ４アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、単離された二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体は、それぞれ配列番号１８６、１８８、１９０及び１９３のＨＣ１、ＬＣ１、ＨＣ２及びＬＣ２を含む。
特定のＶＨ、ＶＬ、ＨＣＤＲ及びＬＣＤＲ配列を有する代表的な本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体を、表４及び表５に示す。
Figure 2019500892
Figure 2019500892
遺伝子操作及び改変された抗体
本発明の抗体を更に改変して、親抗体と比較して特性が類似している又は変更されている改変抗体を作製することもできる。本発明の抗体では、ＶＨ、ＶＬ、ＶＨ及びＶＬ、定常領域、ＶＨフレームワーク、ＶＬフレームワーク、又は６つのうち任意の若しくは全てのＣＤＲを改変することもできる。
本明細書で使用するとき、「本発明の抗体」は、本明細書に記載される、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインと、ＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインと（例えば、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体）、を含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、及び二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体を指す。
本発明の抗体は、ＣＤＲグラフトにより改変することもできる。本明細書に記載される本発明の抗体の１つ又は２つ以上のＣＤＲ配列を、異なるフレームワーク配列にグラフトしてもよい。ＣＤＲグラフトは、既知の方法及び本明細書に記載される方法を用いて行うこともできる。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又は二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体は、配列番号１０、１１又は１２であるＨＤＣＲ１、配列番号１３、１４又は１５のＨＣＤＲ２、配列番号１６、１７、１８又は１９のＨＣＤＲ３を含む、ＶＨと、配列番号２０、２１、２２、２３、２４又は２５のＬＣＤＲ１、配列番号２６、２７、２８、２９又は３０のＬＣＤＲ２、及び／又は配列番号３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９又は４０のＬＣＤＲ３を含む、ＶＬと、を含み、ＶＨフレームワークは、ＶＨ１−６９（配列番号１７０）以外のＶＨフレームワークに由来し、ＶＬフレームワークは、ＩＧＫＶ３−１１（配列番号１７１）以外のＶＬフレームワークに由来する。
いくつかの実施形態では、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又は二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体は、配列番号９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７又は９８のＨＤＣＲ１、配列番号９９、１００、１０１、１０２、１０、１０４、１０５又は１０６のＨＣＤＲ２、配列番号１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５又は１１６のＨＣＤＲ３、並びに、配列番号１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４又は１２５のＬＣＤＲ１、配列番号１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３又は１３４のＬＣＤＲ２、及び／又は配列番号１３５、１３６、１３７、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３又は１４４のＬＣＤＲ３を含む、ＶＬを含み、ＶＨフレームワークは、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）、ＩＧＨＶ１−０２（配列番号１７５）、ＩＧＨＶ４−３０−４（配列番号１７６）、ＩＧＨＶ１−０３（配列番号１７７）、ＩＧＨＶ２−２６（配列番号１７８）又はＩＧＨＶ５−５１（配列番号１７９）以外のヒトＶＨ生殖細胞系列遺伝子配列に由来し、ＶＬフレームワークは、ＩＧＫＶ３−２０（Ａ２７）（配列番号１８０）、ＩＧＫＶ３−１１（Ｌ６）（配列番号１７１）、ＩＧＫＶ４−１（Ｂ３）（配列番号１８１）、ＩＧＫＶ１−３９（Ｏ１２）（配列番号１８２）又はＩＧＫＶ１−３３（Ｏ１８）（配列番号１８３）以外のヒトＶＬ生殖細胞系列遺伝子配列に由来する。
使用するフレームワーク配列は、生殖系列の抗体遺伝子配列を含む公的なＤＮＡデータベース又は公開されているレファレンスから得ることもできる。例えば、ヒト重鎖及び軽鎖可変領域遺伝子の生殖細胞系列ＤＮＡ及びコードされるタンパク質配列は、ＩＭＧＴ（登録商標）、ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ（登録商標）（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ−ｉｍｇｔ＿ｏｒｇ）で見つけることができる。本発明の抗体において既存のフレームワーク配列と置き換えて使用できるフレームワーク配列は、ＶＨ又はＶＬの全長にわたり、又は、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３及びＦＲ４の長さにわたり、親フレームワークに対する最大同一性パーセントを示すものであり得る。加えて、好適なフレームワークは、ＶＨ及びＶＬのＣＤＲ１及びＣＤＲ２の長さ、又は、同一のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３、ＨＣＤＲ１及びＨＣＤＲ２標準構造に基づいて更に選択できる。好適なフレームワークは、既知の方法、例えば、米国特許第８，７４８，３５６号に記載されるヒトフレームワーク適合、又は、米国特許第７，７０９，２２６号に記載される超ヒト化を用いて選択できる。
親抗体及び遺伝子操作抗体のフレームワーク配列は、例えば、米国特許第６，１８０，３７０号に記載のとおり、得られた抗体の抗原への結合を回復及び／又は向上させる復帰変異により更に改変され得る。親抗体又は遺伝子操作抗体のフレームワーク配列は、フレームワーク領域内の１つ又は２つ以上の残基又は１つ又は２つ以上のＣＤＲ領域内に変異を導入することにより更に改変し、Ｔ細胞エピトープを除去することで、抗体のもつ潜在的な免疫原性を除去することもできる。このアプローチは「脱免疫」とも呼ばれ、米国特許出願公開第２００７００１４７９６号に更に詳述されている。
本発明の抗体のＣＤＲ残基を変異させ、抗体のＰＤ−１、ＴＩＭ−３、又はＰＤ−１及びＴＩＭ−３への親和性を向上してよい。
本発明の抗体のＣＤＲ残基を、例えば、翻訳後修飾の危険性を最小化するため、変異させてよい。脱アミノ化（ＮＳ）、酸触媒加水分解（ＤＰ）、異性化（ＤＳ）、又は酸化（Ｗ）の推定モチーフのアミノ酸残基を、自然発生アミノ酸のうち任意のものと置換して変異を誘発でき、そのモチーフ、及び得られた抗体を、本明細書に記載される方法を用いて、その機能性及び安定性について試験できる。
本発明の抗体にＦｃ置換を行い、抗体エフェクター機能及び薬物動態特性を調節できる。従来の免疫機能では、抗体−抗原複合体の免疫システム細胞との相互作用は、抗体依存性細胞傷害、肥満細胞脱顆粒、及び貪食作用などのエフェクター機能から、制御性リンパ球増殖及び抗体分泌などの免疫調節性シグナルに至る、多様な応答の要因となる。これらの相互作用の全ては、抗体又は免疫複合体のＦｃドメインが、造血細胞上の特殊化した細胞表面受容体に結合することによって開始される。抗体及び免疫複合体がきっかけとなる細胞応答の違いは、３つのＦｃ受容体、ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）、及びＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）の構造多様性に由来する。ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩＡ（ＣＤ３２Ａ）及びＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）は、「活性化型Ｆｃγ受容体」（すなわち、免疫システム増強）であり、ＦｃγＲＩＩＢ（ＣＤ３２Ｂ）は、抑制型Ｆｃγ受容体」（すなわち、免疫システム減弱）である。ＦｃＲｎ受容体に結合することによって、抗体の半減期が調節される。
いくつかの実施形態では、本発明のアンタゴニスト抗体は、Ｆｃ領域内に少なくとも１つの置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明のアンタゴニスト抗体は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は
抗体の半減期を調節するために置換され得るＦｃ位置は、例えば、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ ｅｔ ａｌ．，（２００６）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２８１：２３５１４〜２４０、Ｚａｌｅｖｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，（２０１０）Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２８：１５７〜１５９、Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２００４）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７９（８）：６２１３〜６２１６、Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２００６）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １７６：３４６〜３５６、Ｓｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７６：６５９１〜６６０７、Ｐｅｔｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．，（２００６）Ｉｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ １８：１７５９〜１７６９、Ｄａｔｔａ−Ｍａｎｎａｎ ｅｔ ａｌ．，（２００７）Ｄｒｕｇ Ｍｅｔａｂ Ｄｉｓｐｏｓ，３５：８６〜９４、２００７、Ｖａｃｃａｒｏ ｅｔ ａｌ．，（２００５）Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２３：１２８３〜１２８８、Ｙｅｕｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２０１０）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，７０：３２６９〜３２７７及びＫｉｍ ｅｔ ａｌ．，（１９９９）Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２９：２８１９に記載されるものであり、位置２５０、２５２、２５３、２５４、２５６、２５７、３０７、３７６、３８０、４２８、４３４及び４３５が挙げられる。単独又は組み合わせてなされ得る代表的な置換は、置換Ｔ２５０Ｑ、Ｍ２５２Ｙ、Ｉ２５３Ａ、Ｓ２５４Ｔ、Ｔ２５６Ｅ、Ｐ２５７Ｉ、Ｔ３０７Ａ、Ｄ３７６Ｖ、Ｅ３８０Ａ、Ｍ４２８Ｌ、Ｈ４３３Ｋ、Ｎ４３４Ｓ、Ｎ４３４Ａ、Ｎ４３４Ｈ、Ｎ４３４Ｆ、Ｈ４３５Ａ及びＨ４３５Ｒである。抗体の半減期を延長するためになされ得る代表的な単独又は組み合わせ置換は、置換Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ、Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ、Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌ、Ｎ４３４Ａ及びＴ３０７Ａ／Ｅ３８０Ａ／Ｎ４３４Ａである。抗体の半減期を短縮するためになされ得る代表的な単独又は組み合わせ置換は、置換Ｈ４３５Ａ、Ｐ２５７Ｉ／Ｎ４３４Ｈ、Ｄ３７６Ｖ／Ｎ４３４Ｈ、Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ／Ｈ４３３Ｋ／Ｎ４３４Ｆ、Ｔ３０８Ｐ／Ｎ４３４Ａ及びＨ４３５Ｒである。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、アミノ酸位置２５０、２５２、２５３、２５４、２５６、２５７、３０７、３７６、３８０、４２８、４３４又は４３５において、抗体Ｆｃ中に少なくとも１つの置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、抗体Ｆｃ中に、Ｔ２５０Ｑ、Ｍ２５２Ｙ、Ｉ２５３Ａ、Ｓ２５４Ｔ、Ｔ２５６Ｅ、Ｐ２５７Ｉ、Ｔ３０７Ａ、Ｄ３７６Ｖ、Ｅ３８０Ａ、Ｍ４２８Ｌ、Ｈ４３３Ｋ、Ｎ４３４Ｓ、Ｎ４３４Ａ、Ｎ４３４Ｈ、Ｎ４３４Ｆ、Ｈ４３５Ａ及びＨ４３５Ｒからなる群から選択される、少なくとも１つの置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、抗体Ｆｃ中に、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ、Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ、Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌ、Ｎ４３４Ａ、Ｔ３０７Ａ／Ｅ３８０Ａ／Ｎ４３４Ａ、Ｈ４３５Ａ、Ｐ２５７Ｉ／Ｎ４３４Ｈ、Ｄ３７６Ｖ／Ｎ４３４Ｈ、Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ／Ｈ４３３Ｋ／Ｎ４３４Ｆ、Ｔ３０８Ｐ／Ｎ４３４Ａ及びＨ４３５Ｒからなる群から選択される、少なくとも１つの置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、抗体Ｆｃ中に、活性化Ｆｃγ受容体（ＦｃγＲ）への抗体の結合を低下する、及び／又は、Ｃ１ｑ結合、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）、抗体依存性細胞介在性細胞傷害（ＡＤＣＣ）若しくは貪食作用（ＡＤＣＰ）などのＦｃエフェクター機能を低下する、少なくとも１つの置換を含む。
活性化ＦｃγＲへの抗体の結合を低下させ、その後エフェクター機能を低下するために置換され得るＦｃ位置は、例えば、Ｓｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７６：６５９１〜６６０４、国際公開第２０１１／０６６５０１号、米国特許第６，７３７，０５６号及び同第５，６２４，８２１号、Ｘｕ ｅｔ ａｌ．，（２０００）Ｃｅｌｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ，２００：１６〜２６、Ａｌｅｇｒｅ ｅｔ ａｌ．，（１９９４）Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ ５７：１５３７〜１５４３、Ｂｏｌｔ ｅｔ ａｌ．，（１９９３）Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２３：４０３〜４１１、Ｃｏｌｅ ｅｔ ａｌ．，（１９９９）Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ，６８：５６３〜５７１、Ｒｏｔｈｅｒ ｅｔ ａｌ．，（２００７）Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２５：１２５６〜１２６４、Ｇｈｅｖａｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，（２００８）Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ １１８：２９２９〜２９３８、Ａｎ ｅｔ ａｌ．，（２００９）ｍＡｂｓ，１：５７２〜５７９）に記載されるものであり、２１４、２３３、２３４、２３５、２３６、２３７、２３８、２６５、２６７、２６８、２７０、２９５、２９７、３０９、３２７、３２８、３２９、３３０、３３１及び３６５の位置を含む。単独又は組み合わせてなされ得る代表的な置換は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４中の置換Ｋ２１４Ｔ、Ｅ２３３Ｐ、Ｌ２３４Ｖ、Ｌ２３４Ａ、Ｇ２３６の欠失、Ｖ２３４Ａ、Ｆ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｄ２６５Ａ、Ｓ２６７Ｅ、Ｈ２６８Ａ、Ｈ２６８Ｑ、Ｑ２６８Ａ、Ｎ２９７Ａ、Ａ３２７Ｑ、Ｐ３２９Ａ、Ｄ２７０Ａ、Ｑ２９５Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３２７Ｓ、Ｌ３２８Ｆ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓである。ＡＤＣＣが低下した抗体をもたらす代表的な組み合わせ置換は、ＩｇＧ１中の置換Ｌ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ、ＩｇＧ２中のＶ２３４Ａ／Ｇ２３７Ａ／Ｐ２３８Ｓ／Ｈ２６８Ａ／Ｖ３０９Ｌ／Ａ３３０Ｓ／Ｐ３３１Ｓ、ＩｇＧ４中のＦ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ、ＩｇＧ４中のＳ２２８Ｐ／Ｆ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ、全Ｉｇアイソタイプ中のＮ２９７Ａ、ＩｇＧ２中のＶ２３４Ａ／Ｇ２３７Ａ、ＩｇＧ１中のＫ２１４Ｔ／Ｅ２３３Ｐ／Ｌ２３４Ｖ／Ｌ２３５Ａ／Ｇ２３６欠失／Ａ３２７Ｇ／Ｐ３３１Ａ／Ｄ３６５Ｅ／Ｌ３５８Ｍ、ＩｇＧ２中のＨ２６８Ｑ／Ｖ３０９Ｌ／Ａ３３０Ｓ／Ｐ３３１Ｓ、ＩｇＧ１中のＳ２６７Ｅ／Ｌ３２８Ｆ、ＩｇＧ１中のＬ２３４Ｆ／Ｌ２３５Ｅ／Ｄ２６５Ａ、ＩｇＧ１中のＬ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ／Ｇ２３７Ａ／Ｐ２３８Ｓ／Ｈ２６８Ａ／Ａ３３０Ｓ／Ｐ３３１Ｓ、ＩｇＧ４中のＳ２２８Ｐ／Ｆ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ／Ｇ２３７Ａ／Ｐ２３８Ｓ、及びＩｇＧ４中のＳ２２８Ｐ／Ｆ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ／Ｇ２３６欠失／Ｇ２３７Ａ／Ｐ２３８Ｓである。ＩｇＧ２由来の残基１１７〜２６０及びＩｇＧ４由来の残基２６１〜４４７を有するＦｃなど、ハイブリッドＩｇＧ２／４Ｆｃドメインも使用できる。
ＩｇＧ４の安定性を向上するため、周知のＳ２２８Ｐ置換をＩｇＧ４抗体内に構成してもよい。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、少なくとも１つの残基位置２１４、２３３、２３４、２３５、２３６、２３７、２３８、２６５、２６７、２６８、２７０、２９５、２９７、３０９、３２７、３２８、３２９、３３０、３３１又は３６５内に置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、Ｋ２１４Ｔ、Ｅ２３３Ｐ、Ｌ２３４Ｖ、Ｌ２３４Ａ、Ｇ２３６の欠失、Ｖ２３４Ａ、Ｆ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｄ２６５Ａ、Ｓ２６７Ｅ、Ｈ２６８Ａ、Ｈ２６８Ｑ、Ｑ２６８Ａ、Ｎ２９７Ａ、Ａ３２７Ｑ、Ｐ３２９Ａ、Ｄ２７０Ａ、Ｑ２９５Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３２７Ｓ、Ｌ３２８Ｆ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓからなる群から選択される少なくとも１つの置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、少なくとも１つの残基位置２２８、２３４、２３５、２３７、２３８、２６８、３３０又は３３１中に置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＳ２２８Ｐ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＶ２３４Ａ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＦ２３４Ａ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＧ２３７Ａ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＰ２３８Ｓ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＨ２６８Ａ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＱ２６８Ａ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＡ３３０Ｓ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＰ３３１Ｓ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＦ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ及びＱ２６８Ａ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＬ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ又はＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＦ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ又はＦ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＳ２２８Ｐ、Ｆ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含み、このとき残基付番はＥＵインデックスに準拠する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、抗体Ｆｃ中に、Ｆｃγ受容体（ＦｃγＲ）への抗体の結合を増強する、及び／又は、Ｃ１ｑ結合、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）、抗体依存性細胞介在性細胞傷害（ＡＤＣＣ）若しくは貪食作用（ＡＤＣＰ）などのＦｃエフェクター機能を増強する、少なくとも１つの置換を含む。
その免疫調節性活性に加えて、本発明のＰＤ−１又はＴＩＭ−３抗体は、抗体媒介性エフェクター機能、例えばＡＤＣＣ、ＡＤＣＰ又はＣＤＣによって、ＰＤ−１及び／又はＴＩＭ−３を発現している腫瘍細胞を直接的に殺滅することができる。
活性化Ｆｃγへの抗体の結合を増加する、及び／又は、抗体エフェクター機能を増強するために置換され得るＦｃ位置は、例えば、米国特許第６，７３７，０５６号、米国特許出願公開第２０１５／０２５９４３４号、Ｓｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７６：６５９１〜６６０４、Ｌａｚａｒ ｅｔ ａｌ．，（２００６）Ｐｒｏｃ Ｎａｔａｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ，１０３：４００５〜４０１０、Ｓｔａｖｅｎｈａｇｅｎ ｅｔ ａｌ．，（２００７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６７：８８８２〜８８９０、Ｒｉｃｈａｒｄｓ ｅｔ ａｌ．，（２００８）Ｍｏｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒ ７：２５１７〜２５２７、Ｄｉｅｂｏｌｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ；２０１４年３月１３日オンライン公開；ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．１２４８９４３に記載されるものであり、２３６、２３９、２４３、２５６、２９０、２９２、２９８、３００、３０５、３１２、３２６、３３０、３３２、３３３、３３４、３４５、３６０、３３９、３７８、３９６又は４３０の位置を含む（残基付番はＥＵインデックス準拠）。単独又は組み合わせてなされ得る代表的な置換は、Ｇ２３６Ａ、Ｓ２３９Ｄ、Ｆ２４３Ｌ、Ｔ２５６Ａ、Ｋ２９０Ａ、Ｒ２９２Ｐ、Ｓ２９８Ａ、Ｙ３００Ｌ、Ｖ３０５Ｌ、Ｋ３２６Ａ、Ａ３３０Ｋ、Ｉ３３２Ｅ、Ｅ３３３Ａ、Ｋ３３４Ａ、Ａ３３９Ｔ及びＰ３９６Ｌである。ＡＤＣＣ又はＡＤＣＰが増加した抗体をもたらす代表的な組み合わせ置換は、ＩｇＧ１中の置換Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ、Ｓ２９８Ａ／Ｅ３３３Ａ／Ｋ３３４Ａ、Ｆ２４３Ｌ／Ｒ２９２Ｐ／Ｙ３００Ｌ、Ｆ２４３Ｌ／Ｒ２９２Ｐ／Ｙ３００Ｌ／Ｐ３９６Ｌ、Ｆ２４３Ｌ／Ｒ２９２Ｐ／Ｙ３００Ｌ／Ｖ３０５Ｉ／Ｐ３９６Ｌ及びＧ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅである。
抗体のＣＤＣを増強するために置換され得るＦｃ位置は、例えば、国際公開第２０１４／１０８１９８号、Ｉｄｕｓｏｇｉｅ ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １６６：２５７１〜２５７５及びＭｏｏｒｅ ｅｔ ａｌ．，（２０１０）Ｍａｂｓ，２：１８１〜１８９に記載されるものであり、位置２６７、２６８、３２４、３２６、３３３、３４５及び４３０を含む。単独又は組み合わせてなされ得る代表的な置換は、置換Ｓ２６７Ｅ、Ｈ２６８Ｆ、Ｓ３２４Ｔ、Ｋ３２６Ａ、Ｋ３２６Ｗ、Ｅ３３３Ａ、Ｅ３４５Ｋ、Ｅ３４５Ｑ、Ｅ３４５Ｒ、Ｅ３４５Ｙ、Ｅ４３０Ｓ、Ｅ４３０Ｆ及びＥ４３０Ｔである。ＣＤＣが増加した抗体をもたらす代表的な組み合わせ置換は、ＩｇＧ１中の置換Ｋ３２６Ａ／Ｅ３３３Ａ、Ｋ３２６Ｗ／Ｅ３３３Ａ、Ｈ２６８Ｆ／Ｓ３２４Ｔ、Ｓ２６７Ｅ／Ｈ２６８Ｆ、Ｓ２６７Ｅ／Ｓ３２４Ｔ及びＳ２６７Ｅ／Ｈ２６８Ｆ／Ｓ３２４Ｔである。
「抗体依存性細胞傷害」、「抗体依存性細胞介在性細胞傷害」、又は「ＡＤＣＣ」は、エフェクター細胞で発現されるＦｃγ受容体（ＦｃγＲ）を介し、抗体被覆標的細胞の、ナチュラルキラー細胞、単球、マクロファージ、及び好中球などの溶解活性を有するエフェクター細胞との相互作用に基づき、細胞死を誘導する機構である。例えば、ＮＫ細胞はＦｃγＲＩＩＩａを発現し、一方単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩａを発現する。ＰＤ−１又はＴＩＭ−３発現細胞などの抗体被覆標的細胞の死滅は、膜孔形成タンパク質及びプロテアーゼの分泌を通してのエフェクター細胞活性の結果として生じる。本明細書に記載される本発明の抗体のＡＤＣＣ活性を評価するため、抗体を免疫エフェクター細胞と組み合わせてＴＩＭ−３又はＰＤ−１発現細胞に添加することもでき、免疫エフェクター細胞が抗原抗体複合体により活性化されることで、標的細胞の細胞溶解が生じ得る。細胞溶解は、溶解した細胞からの標識（例えば、放射性基質、蛍光染料、又は天然細胞内タンパク質）の放出によって検出することができる。そのようなアッセイ用のエフェクター細胞の例としては、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）及びＮＫ細胞が挙げられる。代表的な標的細胞として、内因的又は組み換え的のいずれかでＴＩＭ−３又はＰＤ−１を発現する細胞が挙げられる。代表的なアッセイでは、標的細胞を、標的細胞１対エフェクター細胞５０の比率で使用する。標的細胞をＢＡＴＤＡ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）により３７℃で２０分間前標識し、２回洗浄し、ＤＭＥＭ、１０％熱不活性化ＦＢＳ、２ｍＭ Ｌ−グルタミン（全てＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎより）中に再懸濁する。標的（１×１０４細胞）及びエフェクター細胞（０．５×１０６細胞）を合わせ、１００μＬの細胞を９６ウェルＵ底プレートのウェルに加える。試験抗体の存在下又は非存在下で、更に１００μＬを加える。プレートを２００ｇで３分間遠心分離し、３７℃で２時間培養し、次に、２００ｇで３分間再度遠心分離する。１ウェル当たり合計２０μＬの上清を除去し、細胞溶解を、２００μＬのＤＥＬＰＨＩＡ Ｅｕｒｏｐｉｕｍ系試薬（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）を添加することによって測定する。データを、０．６７％ Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）を用いて最大細胞傷害に対して正規化し、またいかなる抗体の非存在下において、標的細胞からのＢＡＴＤＡの自然放出によって最小対照を決定する。本発明の抗体は、ＡＤＣＣを約２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％誘導することができる。
「抗体依存性細胞貪食作用」（「ＡＤＣＰ」）とは、例えばマクロファージ又は樹状細胞などの貪食細胞による取り込みを通じ、抗体により被覆された標的細胞を排除する機構を指す。エフェクター細胞としての単球由来マクロファージ、及び、ＧＦＰ又は他の標識分子を発現するように遺伝子操作された標的細胞としての、ＴＩＭ−３又はＰＤ−１を発現している、Ｄａｕｄｉ細胞（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＣＬ−２１３（商標））、又は、Ｂ細胞性白血病若しくはリンパ腫若しくは腫瘍細胞を用いることによって、ＡＤＣＰを評価できる。エフェクター：標的細胞比は、例えば４：１とすることができる。本発明の抗体の存在下又は非存在下で、エフェクター細胞を標的細胞と４時間インキュベートされ得る。インキュベーション後、細胞は、Ａｃｃｕｔａｓｅを用い剥離できる。マクロファージは、蛍光標識に結合した抗ＣＤ１１ｂ抗体及び抗ＣＤ１４抗体により識別され得るが、貪食作用の割合（％）は、標準的な方法を用いて、ＣＤ１１＋ＣＤ１４＋マクロファージにおけるＧＦＰ蛍光の割合（％）に基づいて決定され得る。本発明の抗体は、ＡＤＣＰを約２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％誘導することができる。
「補体依存性細胞傷害」又は「ＣＤＣ」は、標的結合抗体のＦｃエフェクタードメインが補体成分Ｃ１ｑに結合してこれを活性化し、かかる補体成分Ｃ１ｑが次に補体カスケードを活性化して標的細胞の細胞死を導く、細胞死を誘導する機構を指す。補体の活性化はまた、標的細胞表面に対する補体成分の沈着を生じさせて、白血球への補体受容体（例えば、ＣＲ３）の結合によって、ＡＤＣＣを容易にする。ＴＩＭ−３又はＰＤ−１発現細胞のＣＤＣは、例えば、次のようにして測定し得る：Ｄａｕｄｉ細胞を、ＲＰＭＩ−Ｂ（１％のＢＳＡを補給されたＲＰＭＩ）に１ウェルにつき１×１０５個の細胞（５０μＬ／ウェル）にて蒔き、次に５０μＬの試験抗体をウェルに、０〜１００μｇ／ｍＬの最終的な濃度にて添加し、反応物を室温で１５分間インキュベートし、１１μＬのプールしたヒト血清をウェルに添加し、更に反応物を３７℃で４５分間インキュベートする。溶解した細胞の割合（％）は、標準の方法を使用して、ＦＡＣＳアッセイ内のヨウ化プロピジウム染色細胞の％として検出され得る。本発明の抗体は、ＣＤＣを約２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％誘導することができる。
ＡＤＣＣを誘導するために本明細書に記載される本発明の抗体が有する能力は、そのオリゴ糖成分を遺伝子操作することによって増強させることができる。ヒトＩｇＧ１又はＩｇＧ３は、Ａｓｎ２９７において、Ｎ−グリコシル化される。ここで、グリカンの大部分は、周知の二分岐Ｇ０、Ｇ０Ｆ、Ｇ１、Ｇ１Ｆ、Ｇ２、又はＧ２Ｆの形態にある。遺伝子操作されていないＣＨＯ細胞により生成される抗体は、典型的には、少なくとも約８５％のグリカンフコース含量を有する。Ｆｃ領域に結合した二分岐の複合体型オリゴ糖からのコアフコースの除去は、抗原結合又はＣＤＣ活性を変更することなく、改善されたＦｃγＲＩＩＩａ結合を介して抗体のＡＤＣＣを増強する。このようなｍＡｂは、培地のオスモル濃度の制御（Ｋｏｎｎｏ ｅｔ ａｌ．，（２０１２）Ｃｙｔｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６４：２４９〜６５）、変異体ＣＨＯ系Ｌｅｃ１３の宿主細胞系としての適用（Ｓｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，（２００２）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７７：２６７３３〜２６７４０）、変異体ＣＨＯ系ＥＢ６６の宿主細胞系としての適用（Ｏｌｉｖｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＭＡｂｓ；２（４），２０１０；印刷に先立って電子公開；ＰＭＩＤ：２０５６２５８２）、ラットハイブリドーマ細胞株ＹＢ２／０の宿主細胞株としての適用（Ｓｈｉｎｋａｗａ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７８：３４６６〜３４７３）、α１，６−フコシルトランスフェラーゼ（ＦＵＴ８）遺伝子に対して特異的な低分子干渉ＲＮＡの導入（Ｍｏｒｉ ｅｔ ａｌ．，（２００４）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｂｉｏｅｎｇ ８８：９０１〜９０８）、あるいはβ−１，４−ＮアセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩＩＩ及びゴルジα−マンノシダーゼＩＩ又は強力なα−マンノシダーゼＩ阻害物質であるキフネンシンの共発現（Ｆｅｒｒａｒａ ｅｔ ａｌ．，（２００６）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２８１：５０３２〜５０３６、Ｆｅｒｒａｒａ ｅｔ ａｌ．，（２００６）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｂｉｏｅｎｇ ９３：８５１〜８６１；Ｘｈｏｕ ｅｔ ａｌ．，（２００８）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｂｉｏｅｎｇ ９９：６５２〜６５）などの、Ｆｃオリゴ糖の二分岐複合型を有する比較的高度に脱フコシル化された抗体の効果的な発現につながることが報告されている様々な方法を用いて得ることができる。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、抗体のエフェクター機能を増強する抗体Ｆｃ中に、少なくとも１つの置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、アミノ酸位置２３６、２３９、２４３、２５６、２６７、２６８、２９０、２９２、２９８、３００、３０５、３１２、３２４、３２６、３３０、３３２、３３３、３３４、３４５、３６０、３３９、３７８、３９６又は４３０において、抗体Ｆｃ中に少なくとも１つの置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、抗体Ｆｃ中に、Ｇ２３６Ａ、Ｓ２３９Ｄ、Ｆ２４３Ｌ、Ｔ２５６Ａ、Ｋ２９０Ａ、Ｒ２９２Ｐ、Ｓ２９８Ａ、Ｙ３００Ｌ、Ｖ３０５Ｌ、Ｋ３２６Ａ、Ａ３３０Ｋ、Ｉ３３２Ｅ、Ｅ３３３Ａ、Ｋ３３４Ａ、Ａ３３９Ｔ、Ｐ３９６Ｌ、Ｓ２６７Ｅ、Ｈ２６８Ｆ、Ｓ３２４Ｔ、Ｋ３２６Ａ、Ｋ３２６Ｗ、Ｅ３３３Ａ、Ｅ３４５Ｋ、Ｅ３４５Ｑ、Ｅ３４５Ｒ、Ｅ３４５Ｙ、Ｅ４３０Ｓ、Ｅ４３０Ｆ及びＥ４３０Ｔからなる群から選択される、少なくとも１つの置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、抗体Ｆｃ中に、Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ、Ｓ２９８Ａ／Ｅ３３３Ａ／Ｋ３３４Ａ、Ｆ２４３Ｌ／Ｒ２９２Ｐ／Ｙ３００Ｌ、Ｆ２４３Ｌ／Ｒ２９２Ｐ／Ｙ３００Ｌ／Ｐ３９６Ｌ、Ｆ２４３Ｌ／Ｒ２９２Ｐ／Ｙ３００Ｌ／Ｖ３０５Ｉ／Ｐ３９６Ｌ、Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ、Ｋ３２６Ａ／Ｅ３３３Ａ、Ｋ３２６Ｗ／Ｅ３３３Ａ、Ｈ２６８Ｆ／Ｓ３２４Ｔ、Ｓ２６７Ｅ／Ｈ２６８Ｆ、Ｓ２６７Ｅ／Ｓ３２４Ｔ及びＳ２６７Ｅ／Ｈ２６８Ｆ／Ｓ３２４Ｔからなる群から選択される、少なくとも１つの置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、フコース含量が約０％〜約１５％、例えば１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％又は０％である、二分枝グリカン構造を有する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、フコース含量が約５０％、４０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％又は０％である、二分枝グリカン構造を有する。
Ｆｃ中の置換及び減少したフコース含量は、本発明のＴＩＭ−３又はＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体のＡＤＣＣ活性を増強することができる。ＡＤＣＣ、ＡＤＣＰ及び／又はＣＤＣ活性が増強したＴＩＭ−３又はＰＤ−１抗体は、血液悪性疾患などのＴＩＭ−３及び／又はＰＤ−１発現腫瘍の患者の治療に有用であり得る。
「フコース含量」とは、Ａｓｎ２９７における糖鎖内のフコース単糖類の量を意味する。フコースの相対量は、全糖構造に対するフコース含有構造の割合である。これらの糖構造は、複数の方法、例えば、１）国際公開第２００８／０７７５４６号に記載されるように、Ｎ−グリコシダーゼＦ処理サンプルのＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ（例えば、複合体、ハイブリッド、及びオリゴ−並びに高マンノース構造）の使用、２）Ａｓｎ２９７グリカンの酵素放出、その後の誘導体化、及び蛍光検出を備えたＨＰＬＣ（ＵＰＬＣ）及び／又はＨＰＬＣ−ＭＳ（ＵＰＬＣ−ＭＳ）による検出／定量、３）第１のＧｌｃＮＡｃ単糖類と第２のＧｌｃＮＡｃ単糖類との間を切断し、フコースを第１のＧｌｃＮＡｃに結合させる、Ｅｎｄｏ Ｓ又は他の酵素によるＡｓｎ２９７のグリカンの処理を伴うか又はこの処理なしでの、天然又は還元ｍＡｂのインタクトプロテイン分析、４）酵素を用いた消化（例えば、トリプシン又はエンドペプチダーゼＬｙｓ−Ｃ）による、ｍＡｂの成分ペプチドへの消化後、ＨＰＬＣ−ＭＳ（ＵＰＬＣ−ＭＣ）による分離、検出、及び定量化、又は５）Ａｓｎ２９７で、ＰＮＧａｓｅ Ｆを用いた酵素による特異的脱グリコシル化を通じた、ｍＡｂオリゴ糖のｍＡｂタンパク質からの分離、により特徴付けられ、定量化され得る。放出されるオリゴ糖は、フルオロフォアで標識化され、グリカン構造の細かな特性評価を可能にする様々な補足的技術によって分離かつ特定することが可能であり、これらは、実験的質量の理論的質量との比較によるマトリックス支援レーザ脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）質量分析、イオン交換ＨＰＬＣ（ＧｌｙｃｏＳｅｐ Ｃ）によるシアル化の程度の決定、順相ＨＰＬＣ（ＧｌｙｃｏＳｅｐ Ｎ）による親水性の基準に準拠するオリゴ糖型の分離及び定量、並びに高性能キャピラリー電気泳動−レーザ誘起蛍光（ＨＰＣＥ−ＬＩＦ）によるオリゴ糖の分離及び定量による。
「低フコース」又は「低フコース含量」は、抗体が約０％〜１５％のフコース含量を有することを指す。
「正常なフコース」又は「正常なフコース含有量」とは、抗体が約５０％を超える、通常約６０％、７０％、８０％を超える、又は８５％を超えるフコース含有量を有することを指す。
本発明の抗体を、グリコシル化、異性化、脱グリコシル化などの反応によって、あるいはポリエチレングリコール部分の付加（ＰＥＧ化）及び脂質化などの自然界では生じない共有結合修飾などの反応によって翻訳後修飾してもよい。こうした修飾はインビボあるいはインビトロで行われ得る。例えば、本明細書に記載される本発明の抗体は、ポリエチレングリコールと融合（ペグ化）させることによって薬物動態的なプロファイルを改善することができる。融合は当業者に既知の方法によって行われ得る。治療用抗体をＰＥＧと融合させると、機能は干渉されずに薬物動態が強化されることが示されている（Ｋｎｉｇｈ ｅｔ ａｌ．，（２００４）Ｐｌａｔｅｌｅｔｓ １５：４０９〜１８；Ｌｅｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｃｙｔｏｋｉｎｅ １６：１０６〜１９；Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ １６：７６１〜７０）。
安定性、選択性、交差反応性、親和性、免疫原性、又は他の望ましい生物学的若しくは生物物理学的特性を向上するように修飾され得る、本発明の抗体は発明の範囲内である。抗体の安定性は、分子内力及び分子間力の中でも特に（１）固有の安定性に影響を及ぼす個々のドメインのコアパッキング、（２）ＨＣとＬＣとのペアリングに影響するタンパク質／タンパク質の界面相互作用、（３）極性及び荷電残基の埋め込み、（４）極性及び荷電残基の水素（Ｈ）結合ネットワーク、並びに（５）表面電荷及び極性残基の分布、などの多くの因子によって影響される（Ｗｏｒｎ ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ３０５：９８９〜１０１０）。ある場合においては、構造を不安定化させる可能性のある残基は、抗体の結晶構造に基づいて、あるいは場合によっては分子モデリングによって特定することが可能であり、また、抗体の安定性に対するこれらの残基の作用は、特定された残基に変異を含む変異体を作製及び評価することにより試験することができる。示差走査熱量測定法（ＤＳＣ）で測定する場合、抗体の安定性を高める方法の１つは、変性の中点温度（Ｔｍ）を高くすることである。一般に、タンパク質のＴｍは、その安定性と相関し、溶液中でのアンフォールディングし易さ及び変性し易さ、並びにそのタンパク質のアンフォールディングし易さに応じた分解プロセスとは逆相関する（Ｒｅｍｍｅｌｅ ｅｔ ａｌ．，（２０００）Ｂｉｏｐｈａｒｍ １３：３６〜４６）。多数の研究では、ＤＳＣで熱安定性として測定された配合物の物理的安定性のランク付けと他の方法で測定された物理的安定性との間に相関があることが発見されている（Ｇｕｐｔａ ｅｔ ａｌ．，（２００３）ＡＡＰＳ ＰｈａｒｍＳｃｉ ５Ｅ８；Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２００４）Ｊ Ｐｈａｒｍ Ｓｃｉ ９３：３０７６〜８９；Ｍａａ ｅｔ ａｌ．，（１９９６）Ｉｎｔ Ｊ Ｐｈａｒｍ １４０：１５５〜６８；Ｂｅｄｕ−Ａｄｄｏ ｅｔ ａｌ．，（２００４）Ｐｈａｒｍ Ｒｅｓ ２１：１３５３〜６１；Ｒｅｍｍｅｌｅ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｐｈａｒｍ Ｒｅｓ １５：２００〜８）。配合研究では、ＦａｂのＴｍが、対応するｍＡｂの長期物理的安定性と密接な関係があることを示唆している。
血流中にある内因性の循環血中カルボキシペプチダーゼによって、注入された抗体からＣ末端リシン（ＣＴＬ）が除去され得る（Ｃａｉ ｅｔ ａｌ．，（２０１１）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｂｉｏｅｎｇ １０８：４０４〜４１２）。製造中、ＣＴＬの除去は、米国特許出願公開第２０１４０２７３０９２号に記載されるように、細胞外Ｚｎ２＋、ＥＤＴＡ又はＥＤＴＡ−Ｆｅ３＋の濃度を制御することによって、最大レベルより低く制御できる。抗体中のＣＴＬ含量は、既知の方法を用いて測定できる。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、約１０％〜約９０％、約２０％〜約８０％、約４０％〜約７０％、約５５％〜約７０％、又は約６０％のＣ末端リシン含量を有する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、約０％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％又は１００％のＣ末端リシン含量を有する。
同種抗体、保存的改変を有する抗体、及び遺伝子操作され改変された抗体の作製方法
親抗体と比較して変更されたアミノ酸配列を有する本発明の抗体は、標準的なクローニング及び発現手法を用いて作製できる。例えば、部位特異的突然変異誘発又はＰＣＲ介在性突然変異誘発を実施して、突然変異を導入することもでき、抗体の結合、又は他の対象とする機能特性に対する影響は、周知の方法及び本明細書の実施例に記載される方法を用いて評価できる。
抗体アロタイプ
本発明の抗体は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４アイソタイプであってよい。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＩｇＧ１アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＩｇＧ２アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＩｇＧ３アイソタイプである。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はＩｇＧ４アイソタイプである。
治療用抗体の免疫原性は、急性輸液反応のリスク増加、及び、治療応答の期間短縮に関与する（Ｂａｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３４８：６０２〜０８）。宿主中で治療用抗体が免疫応答を誘導する程度は、一部は抗体のアロタイプによって決定され得る（Ｓｔｉｃｋｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，（２０１１）Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １２：２１３〜２１）。抗体アロタイプは、抗体の定常領域配列中の特定位置における、アミノ酸配列の変化に関連する。
表６は、選択したＩｇＧ１、ＩｇＧ２及びＩｇＧ４アロタイプを示す。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、Ｇ２ｍ（ｎ）、Ｇ２ｍ（ｎ−）、Ｇ２ｍ（ｎ）／（ｎ−）、ｎＧ４ｍ（ａ）、Ｇ１ｍ（１７）又はＧ１ｍ（１７，１）アロタイプである。
いくつかの実施形態では、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、Ｇ２ｍ（ｎ）、Ｇ２ｍ（ｎ−）、Ｇ２ｍ（ｎ）／（ｎ−）、ｎＧ４ｍ（ａ）、Ｇ１ｍ（１７）又はＧ１ｍ（１７，１）アロタイプである。
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体は、Ｇ２ｍ（ｎ）、Ｇ２ｍ（ｎ−）、Ｇ２ｍ（ｎ）／（ｎ−）、ｎＧ４ｍ（ａ）、Ｇ１ｍ（１７）又はＧ１ｍ（１７，１）アロタイプである。
Figure 2019500892
抗イディオタイプ抗体
本発明は、本発明の抗体に結合する抗イディオタイプ抗体を提供する。
本発明は、本発明の抗ＰＤ−１抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４１のＶＨと、配列番号４９のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４１のＶＨと、配列番号５０のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４２のＶＨと、配列番号５１のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４２のＶＨと、配列番号５２のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４２のＶＨと、配列番号５３のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４３のＶＨと、配列番号４９のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５４のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５０のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５５のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５６のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５７のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４４のＶＨと、配列番号４９のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４５のＶＨと、配列番号４９のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４６のＶＨと、配列番号４９のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４７のＶＨと、配列番号４９のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４８のＶＨと、配列番号５３のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４８のＶＨと、配列番号５２のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４７のＶＨと、配列番号５８のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４７のＶＨと、配列番号５９のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４５のＶＨと、配列番号６０のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４５のＶＨと、配列番号６１のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号４５のＶＨと、配列番号６２のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号６３のＶＨと、配列番号６５のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号６４のＶＨと、配列番号６５のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号１４５のＶＨと、配列番号１５５のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号１４８のＶＨと、配列番号１５７のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号１４７のＶＨと、配列番号１５５のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号１４９のＶＨと、配列番号１５８のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号１５０のＶＨと、配列番号１５９のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号１５１のＶＨと、配列番号１６０のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号１５２のＶＨと、配列番号１６１のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号１５３のＶＨと、配列番号１６２のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
本発明は、配列番号１５４のＶＨと、配列番号１６３のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
いくつかの実施形態では、キットは、配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を含む。
いくつかの実施形態では、キットは、配列番号６４のＶＨと配列番号６５のＶＬとを含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を含む。
本発明は、配列番号１７２のＶＨと、配列番号１７３のＶＬとを含む、抗体に特異的に結合する抗イディオタイプ抗体も提供する。
いくつかの実施形態では、抗イディオタイプ抗体は、サンプル中の治療用抗体（例えば、本明細書に記載される本発明の抗ＰＤ−１、抗ＴＩＭ−３又は二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体）の濃度を検出するために使用される。
抗イディオタイプ（Ｉｄ）抗体は、抗体の抗原決定基（例えば、パラトープ又はＣＤＲ）を認識する抗体である。Ｉｄ抗体は、抗原をブロッキングするものであっても、しないものであってもよい。抗原をブロッキングするＩｄを使用して、サンプル中の遊離抗体（例えば、本明細書に記載される本発明の抗ＰＤ−１、抗ＴＩＭ−３又は二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体）を検出することもできる。ブロッキングしないＩｄを使用して、サンプル中の全ての抗体（未結合のもの、抗原に一部結合しているもの、又は抗原に完全に結合しているもの）を検出することもできる。Ｉｄ抗体は、抗Ｉｄが調製されるよう、かかる抗体で動物を免疫することにより調製することができる。
抗Ｉｄ抗体を、更に別の動物で免疫応答を誘導する免疫原として使用して、いわゆる抗−抗Ｉｄ抗体を産生させてもよい。抗−抗Ｉｄは、抗Ｉｄを誘導する元のｍＡｂとエピトープが同一であってもよい。したがって、ｍＡｂのイディオタイプ決定基に対する抗体を使用することによって、同じ特異性の抗体を発現する他のクローンを同定することが可能である。抗Ｉｄ抗体は様々であってよく（これにより抗Ｉｄ抗体変異体が産生される）、及び／又は、ＰＤ−１若しくはＴＩＭ−３に特異的に結合する抗体、若しくは二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体を本明細書の他の箇所に記載のものなどの任意の好適な手法により誘導体化してもよい。
免疫複合体（Immunoconjugates）
「免疫複合体」は、１つ以上の異種分子（複数可）と融合させた本発明の抗体を指す。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体を、１つ又は２つ以上の細胞毒性剤又は造影剤と融合させる。
代表的な細胞毒性剤として、化学療法剤又は薬剤、増殖阻害剤、毒素（例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物、若しくは動物由来の酵素活性を有する毒素、又はそれらの断片）、及び放射性核種が挙げられる。
細胞毒性剤は、マイタンシノイド（mayatansinoid）（例えば、米国特許第５，２０８，０２０号、同第５，４１６，０６号参照）、モノメチルオーリスタチン薬剤部分ＤＥ及びＤＦ（ＭＭＡＥ及びＭＭＡＦ）などのオーリスタチン（例えば、米国特許第５，６３５，４８３号、及び同第５，７８０，５８８号、及び同第７，４９８，２９８号参照）、ドラスタチン、カリチアマイシン、又はこれらの誘導体（例えば、米国特許第５，７１２，３７４号、同第５，７１４，５８６号、同第５，７３９，１１６号、同第５，７６７，２８５号、同第５，７７０，７０１号、同第５，７７０，７１０号、同第５，７７３，００１号、及び同第５，８７７，２９６号；Ｈｉｎｍａｎ ｅｔ ａｌ．，（１９９３）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５３：３３３６〜３３４２；及びＬｏｄｅ ｅｔ ａｌ．，（１９９８）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５８：２９２５〜２９２８参照）；ダウノマイシン又はドキソルビシンなどのアントラサイクリン（例えば、Ｋｒａｔｚ ｅｔ ａｌ．，（２００６）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ １３：４７７〜５２３；Ｊｅｆｆｒｅｙ ｅｔ ａｌ．，（２００６）Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ ＆ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ Ｌｅｔｔｅｒｓ １６：３５８〜３６２；Ｔｏｒｇｏｖ ｅｔ ａｌ．，（２００５）Ｂｉｏｃｏｎｊ Ｃｈｅｍ １６：７１７〜７２１；Ｎａｇｙ ｅｔ ａｌ．，（２０００）Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ９７：８２９〜８３４；Ｄｕｂｏｗｃｈｉｋ ｅｔ ａｌ，Ｂｉｏｏｒｇ．＆ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ １２：１５２９〜１５３２（２００２）；Ｋｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２００２）Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ ４５：４３３６〜４３４３；並びに米国特許第６，６３０，５７９号参照）、メトトレキサート、ビンデシン、タキサン、例えば、ドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル、及びオルタタキセルなどの１つ又は２つ以上の薬剤であってよい。
細胞毒性剤は、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の未結合活性断片、エキソトキシンＡ鎖（緑膿菌）、リシンＡ鎖、モデシンＡ鎖、α−サルシン、シナアブラギリタンパク質、ジアンチン、ヨウシュヤマゴボウ（Phytolaca americana）タンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ−Ｓ）、ニガウリ阻害剤、クルシン、クロチン、サボンソウ（sapaonaria officinalis）阻害剤、ゲロニン、マイトジェリン（mitogellin）、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン、並びにトリコテシン（tricothecenes）などといった酵素活性を有する毒素又はそれらの断片であってよい。
細胞毒性剤又は造影剤は、放射性核種であってもよい。代表的な放射性核種として、Ａｃ−２２５、Ａｔ−２１１、Ｉ−１３１、Ｉ−１２５、Ｙ−９０、Ｒｅ−１８６、Ｒｅ−１８８、Ｓｍ−１５３、Ｂｉ−２１２、Ｐ−３２、Ｐｂ−２１２及びＬｕの放射性同位体が挙げられる。検出に放射性複合体を使用する場合、シンチグラフ検査のため、例えばＴｃ−９９ｍ若しくはＩ−１２３の放射性原子、又は例えば、Ｉ−１２３、Ｉ−１３１、Ｉｎ−１１１、Ｆ−１９、Ｃ−１３、Ｎ−１５又はＯ−１７などといった、核磁気共鳴（ＮＭＲ）イメージング（磁気共鳴画像ｍｒｉとしても既知）用のスピン標識を含み得る。
本発明の抗体と異種分子との複合体は、例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオナート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（ジメチルアジピミダートＨＱなど）、活性エステル（例えば、ジスクシンイミジル基質）、アルデヒド（グルタルアルデヒドなど）、ビス−アジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビス−ジアゾニウム誘導体（例えば、ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えば、トルエン−２，６−ジイソシアネート）、及びビス活性（bis-active）フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン）などの様々な二官能性タンパク質カップリング剤を用い作製することができる。例えば、リシン免疫毒素は、Ｖｉｔｅｔｔａ ｅｔ ａｌ．，（１９８７）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３８：１０９８に記載のとおりに調製できる。炭素１４で標識した１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は放射性核種を抗体に融合させるにあたり代表的なキレート剤である。例えば、国際公開第９４／１１０２６号を参照されたい。リンカーは、細胞中で細胞毒性剤を放出するのを促進する「分解可能なリンカー（cleavable linker）」とすることができる。例えば、酸不安定性リンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、光不安定性リンカー、ジメチルリンカー、又はジスルフィド含有リンカー（Ｃｈａｒｉ ｅｔ ａｌ．，（１９９２）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５２：１２７〜１３１；米国特許第５，２０８，０２０号）を使用することができる。
本発明の抗体と異種分子との複合体は、市販（例えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．，（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ．，Ｕ．Ｓ．Ａ））のＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ−ＳＭＣＣ、ＭＢＳ、ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ−ＥＭＣＳ、スルホ−ＧＭＢＳ、スルホ−ＫＭＵＳ、スルホ−ＭＢＳ、スルホ−ＳＩＡＢ、スルホ−ＳＭＣＣ、及びスルホ−ＳＭＰＢ、並びにＳＶＳＢ（スクシンイミジル−（４−ビニルスルホン）ベンゾアート）などの架橋剤により調製することができる。
本発明は、治療薬又は造影剤に結合させた、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を含む、免疫複合体も提供する。
本発明は、治療薬又は造影剤に結合させた、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を含む、免疫複合体も提供する。
本発明は、治療薬又は造影剤に結合させた、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体を含む、免疫複合体も提供する。
本発明の単一特異性抗体の作製
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はヒトである。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体はヒト化されている。
本明細書に記載される本発明の単一特異性抗体（例えば、ＰＤ−１又はＴＩＭ−３に特異的に結合する抗体）は、様々な手法を用いて作製できる。例えばＫｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５，１９７５のハイブリドーマ法を用いモノクローナル抗体を作製することができる。ハイブリドーマ法では、マウス又はハムスター、ラット若しくはサルなどの他の宿主動物を、ヒト又はｃｙｎｏＰＤ−１若しくはＴＩＭ−３、又はＰＤ−１若しくはＴＩＭ−３の断片、例えばＰＤ−１又はＴＩＭ−３の細胞外ドメインで免疫し、続いて標準的な方法を用いて免疫した動物由来の脾臓細胞を骨髄腫細胞と融合させてハイブリドーマ細胞を形成する（Ｇｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，ｐｐ．５９〜１０３（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８６））。１個の不死化したハイブリドーマ細胞から発生したコロニーを、結合特異性、交差反応性又はその欠如、及び抗原の親和性などの所望の特性を有する抗体の生成についてスクリーニングする。
様々な宿主動物を使用して、本発明の抗体を生成することができる。例えば、Ｂａｌｂ／ｃマウスを用いて、マウス抗ヒトＰＤ−１又はＴＩＭ−３抗体を作製できる。Ｂａｌｂ／ｃマウス及び他のヒト以外の動物において作製された抗体を、様々な技術を用いてヒト化して、よりヒトに近い配列を作製することもできる。
ヒト受容体フレームワークの選択を含む代表的なヒト化技術は既知であり、ＣＤＲ移植（米国特許第５，２２５，５３９号）、ＳＤＲ移植（米国特許第６，８１８，７４９号）、リサーフェシング（Ｐａｄｌａｎ，（１９９１）Ｍｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２８：４８９〜４９９）、特異性決定残基リサーフェシング（米国特許出願公開第２０１０／０２６１６２０号）、ヒトフレームワーク適合（米国特許第８，７４８，３５６号）又は超ヒト化（米国特許第７，７０９，２２６号）が挙げられる。これらの方法では、親抗体のＣＤＲが、ＣＤＲの長さの類似性、若しくは標準構造の同一性、又はこれらの組み合わせに基づいた、親フレームワークに対する総合的な相同性をもとに選択され得る、ヒトフレームワーク上に移植される。
ヒト化抗体は、国際公開第１０９０／００７８６１号及び同第１９９２／２２６５３号に記載されるものなどの技術により、結合親和性を保存するよう改変した、フレームワーク支持残基を組み込むことによって（復帰変異）、所望の抗原に対するそれらの選択性若しくは親和性を向上させるように更に最適化させることもでき、又は任意のＣＤＲに変異を導入して例えば抗体の親和性を向上させることにより、更に最適化させることもできる。
それらのゲノムにヒト免疫グロブリン（Ｉｇ）遺伝子座を保有するマウス又はラットなどのトランスジェニック動物を使用して、標的タンパク質に対するヒト抗体を作製することができ、例えば米国特許第６，１５０，５８４号、国際公開第９９／４５９６２号、同第２００２／０６６６３０号、同第２００２／４３４７８号、同第２００２／０４３４７８号、及び同第１９９０／０４０３６号、Ｌｏｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ（１９９４）Ｎａｔｕｒｅ ３６８：８５６〜９；Ｇｒｅｅｎ ｅｔ ａｌ（１９９４）Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔ．７：１３〜２１；Ｇｒｅｅｎ ＆ Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ（１９９８）Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１８８：４８３〜９５；Ｌｏｎｂｅｒｇ ａｎｄ Ｈｕｓｚａｒ（１９９５）Ｉｎｔ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ １３：６５〜９３；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，（１９９１）Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２１：１３２３〜１３２６；Ｆｉｓｈｗｉｌｄ ｅｔ ａｌ．，（１９９６）Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ １４：８４５〜８５１；Ｍｅｎｄｅｚ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ １５：１４６〜１５６；Ｇｒｅｅｎ（１９９９）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２３１：１１〜２３；Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，（１９９９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５９：１２３６〜１２４３；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ ａｎｄ Ｔａｕｓｓｉｇ（１９９７）Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ８：４５５〜４５８に記載されている。そのような動物における内因性免疫グロブリン遺伝子座は、破壊又は欠失されてよく、相同又は非相同組換え、導入染色体、又はミニ遺伝子を使用して、少なくとも１つの完全な又は部分的なヒト免疫グロブリン遺伝子座を動物のゲノム内に挿入することができる。Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ＿ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ＿ｃｏｍ）、Ｈａｒｂｏｕｒ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ＿ｈａｒｂｏｕｒａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ＿ｃｏｍ）、Ｏｐｅｎ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（ＯＭＴ）（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ＿ｏｍｔｉｎｃ＿ｎｅｔ）、ＫｙＭａｂ（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ＿ｋｙｍａｂ＿ｃｏｍ）、Ｔｒｉａｎｎｉ（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ．ｔｒｉａｎｎｉ＿ｃｏｍ）、及びＡｂｌｅｘｉｓ（ｈｔｔｐ：／／＿ｗｗｗ＿ａｂｌｅｘｉｓ＿ｃｏｍ）などの企業は、上記の技術を用い、選択抗原を標的としたヒト抗体を提供するべく取り組んでいる。
ヒト抗体は、ファージがヒト免疫グロブリン又はその一部（Ｆａｂ、一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）、又は非対合若しくは対合抗体可変領域など）を発現するように操作されるファージ提示ライブラリから選択され得る（Ｋｎａｐｐｉｋ ｅｔ ａｌ．，（２０００）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２９６：５７〜８６；Ｋｒｅｂｓ ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈ ２５４：６７〜８４；Ｖａｕｇｈａｎ ｅｔ ａｌ．，（１９９６）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １４：３０９〜３１４；Ｓｈｅｅｔｓ ｅｔ ａｌ．，（１９９８）ＰＩＴＡＳ（ＵＳＡ）９５：６１５７〜６１６２；Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ（１９９１）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２２７：３８１；Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，（１９９１）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２２２：５８１）。本発明の抗体は、例えば、Ｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，（２０１０）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ３９７：３８５〜９６、及び国際公開第０９／０８５４６２号）に記載されるバクテリオファージｐＩＸ被覆タンパク質との融合タンパク質として抗体の重鎖及び軽鎖可変領域を発現するファージディスプレイライブラリから単離され得る。ライブラリを、ヒト及び／又はｃｙｎｏＰＤ−１又はＴＩＭ−３へのファージ結合についてスクリーニングして、得られた陽性クローンの特性評価を更に行い、Ｆａｂをクローンの溶解物から単離し、完全長のＩｇＧとして発現させることができる。ヒト抗体を単離するためのそのようなファージディスプレイ法は、例えば、米国特許第５，２２３，４０９号、同第５，４０３，４８４号、同第５，５７１，６９８号、同第５，４２７，９０８号、同第５、５８０，７１７号、同第５，９６９，１０８号、同第６，１７２，１９７号、同第５，８８５，７９３号、同第６，５２１，４０４号、同第６，５４４，７３１号、同第６，５５５，３１３号、同第６，５８２，９１５号、及び同第６，５９３，０８１号に記載されている。
免疫原性抗原の調製及びモノクローナル抗体の産生は、組換えタンパク質産生などの任意の好適な技術を用いて実施することができる。免疫原性抗原は、精製タンパク質の形態、又は全細胞又は細胞若しくは組織抽出物を含むタンパク質混合物の形態で動物に投与されるか、あるいは抗原は、動物の身体内で、当該抗原又はその一部をコードする核酸から新規に形成されてよい。
本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体の作製
本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体（例えば、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインとＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインとを含む、二重特異性抗体）は、本明細書で単離され、特徴付けされるＰＤ−１結合ＶＨ／ＶＬドメインを、ＴＩＭ−３結合ＶＨ／ＶＬドメインと組み合わせることによって作製できる。あるいは、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体は、公開されている単一特異性抗ＰＤ−１及び抗ＴＩＭ−３抗体由来のＶＨ／ＶＬドメインを用いて、及び／又は、本明細書で同定されるＰＤ−１又はＴＩＭ−３に結合するＶＨ／ＶＬドメインを、公開されているＰＤ−１又はＴＩＭ−３に結合するＶＨ／ＶＬドメインと組み合わせることによって、遺伝子操作されてよい。
二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３分子の遺伝子操作に使用され得る代表的な抗ＰＤ−１抗体は、例えば、米国特許第５，８９７，８６２号及び同第７，４８８，８０２号、並びに、国際公開第２００４／００４７７１号、同第２００４／０５６８７５号、同第２００６／１２１１６８号、同第２００８／１５６７１２号、同第２０１０／０２９４３５号、同第２０１０／０３６９５９号、同第２０１１／１１０６０４号、同第２０１２／１４５４９３号、同第２０１４／１９４３０２号、同第２０１４／２０６１０７号、同第２０１５／０３６３９４号、同第２０１５／０３５６０６号、同第２０１５／０８５８４７号、同第２０１５／１１２９００号、及び同第２０１５／１１２８０５号に記載されるものである。例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ）及びＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ）のＶＨ／ＶＬドメインを使用してよい。これらのＰＤ−１ＶＨ／ＶＬドメインを、本明細書及び表３に記載されるＴＩＭ−３に結合するＶＨ／ＶＬドメインを含む、二重特異性抗体内に組み合わせてよい。例えば、本明細書に記載されるＴＩＭ−３抗体であるＴＭ３Ｂ１０３、ＴＭ３Ｂ１０５、ＴＭ３Ｂ１０７、ＴＭ３Ｂ１０８、ＴＭ３Ｂ１０９、ＴＭ３Ｂ１１３、ＴＭ３Ｂ１８９、ＴＭ３Ｂ１９０及びＴＭ３Ｂ１９６のＶＨ／ＶＬドメインを用いて、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体を作製してもよい。
同様に、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３分子の遺伝子操作に使用され得る代表的な抗ＴＩＭ−３抗体は、例えば、国際公開第２０１１／１５５６０７号、同第２０１３／００６４９０号、及び同第２０１５／１１７００２号に記載されるものである。これらのＴＩＭ−３ＶＨ／ＶＬドメインを、本明細書及び表２に記載されるＰＤ−１に結合するＶＨ／ＶＬドメインを含む、二重特異性抗体内に組み合わせてよい。例えば、本明細書に記載されるＰＤ−１抗体であるＰＤ１Ｂ１１４、ＰＤ１Ｂ１４９、ＰＤ１Ｂ１６０、ＰＤ１Ｂ１６２、ＰＤ１Ｂ１６４、ＰＤ１Ｂ１１、ＰＤ１Ｂ１８３、ＰＤ１Ｂ１８４、ＰＤ１Ｂ１８５、ＰＤ１Ｂ１８７、ＰＤ１Ｂ１９２、ＰＤ１Ｂ７１、ＰＤ１Ｂ１７７、ＰＤ１Ｂ７０、ＰＤ１Ｂ１７５、ＰＤ１Ｂ１９４、ＰＤ１Ｂ１９５、ＰＤ１Ｂ１９６、ＰＤ１Ｂ１９７、ＰＤ１Ｂ１９８、ＰＤ１Ｂ１９９、ＰＤ１Ｂ２００、ＰＤ１Ｂ２０１、ＰＤ１Ｂ１３１及びＰＤ１Ｂ１３２のＶＨ／ＶＬドメインを用いて、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体を作製してもよい。
本明細書に記載される方法を用いて、作製した二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体を、ＰＤ−１及びＴＩＭ−３への結合、並びに、所望の機能的特徴、例えば抗原特異的ＣＤ４＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化の増強について、試験してもよい。
本発明の二重特異性抗体は、完全長抗体構造を有する抗体を含む。
完全長二重特異性抗体は、例えば、２つの単一特異性二価抗体間でのＦａｂアーム交換（例えば、重鎖−軽鎖対で交換する半分子交換）使用して、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのセルフリー環境において又は共発現を使用するかのいずれかにおいて、異なる特異性を有する２つの抗体半分子の好ましいヘテロ二量体形成のために、各半分子における重鎖ＣＨ３界面に突然変異を導入することにより作製されてよい。Ｆａｂアーム交換反応は、ジスルフィド結合異性化反応及びＣＨ３ドメインの解離−会合の結果である。親単一特異性抗体のヒンジ領域における重鎖ジスルフィド結合は減少する。親単一特異性抗体のうち１つの得られた遊離システインは、第２の親単一特異性抗体分子のシステイン残基と重鎖内ジスルフィド結合を形成し、同時に、親抗体のＣＨ３ドメインは、解離−会合により開放及び再形成する。ＦａｂアームのＣＨ３ドメインは、ホモ二量体化より好ましいヘテロ二量体化に操作されてもよい。得られた生成物は、それぞれ異なるエピトープに結合する、２つのＦａｂアーム又は半分子を有する二重特異性抗体である。ＩｇＧ１抗体の場合、１つの重鎖へのＦ４０５Ｌ、及び別の重鎖へのＫ４０９Ｒの突然変異を使用できる。ＩｇＧ２抗体では、野生型ＩｇＧ２、並びに、Ｆ４０５Ｌ及びＲ４０９Ｋ置換を有するＩｇＧ２抗体を使用できる。二重特異性抗体を作製するため、第１の単一特異性二価抗体及び第２の単一特異性二価抗体を、Ｆｃ領域内にＦ４０５Ｌ又はＫ４０９Ｒ突然変異を有するように遺伝子操作し、この抗体を、ヒンジ領域内のシステインが十分にジスルフィド結合を異性化できる還元条件下で共にインキュベートすることによって、Ｆａｂアーム交換による二重特異性抗体が作製される。インキュベート条件は、最適には、非還元条件に戻されてもよい。使用できる代表的な還元剤は、２−メルカプトエチルアミン（２−ＭＥＡ）、ジチオスレイトール（ＤＴＴ）、ジチオエリスリトール（ＤＴＥ）、グルタチオン、トリス（２カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）、Ｌ−システイン及びβ−メルカプトエタノールである。例えば、少なくとも２０℃の温度において、少なくとも２５ｍＭの２−ＭＥＡの存在下又は少なくとも０．５ｍＭのジチオスレイトールの存在下で、ｐＨ５〜８、例えば、ｐＨ７．０又はｐＨ７．４において、少なくとも９０分のインキュベートを用いることができる。
二重特異性抗体は、ノブ−ｉｎ−ホール（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＣｒｏｓｓＭＡｂｓ（Ｒｏｃｈｅ）及び静電的マッチ（Ｃｈｕｇａｉ、Ａｍｇｅｎ、ＮｏｖｏＮｏｒｄｉｓｋ、Ｏｎｃｏｍｅｄ）、ＬＵＺ−Ｙ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ストランド交換操作ドメインボディ（ＳＥＥＤｂｏｄｙ）（ＥＭＤ Ｓｅｒｏｎｏ）、及びＢｉｃｌｏｎｉｃ（Ｍｅｒｕｓ）などのデザインを用いて作製することもできる。
「ノブ−ｉｎ−ホール」戦略（例えば、国際公開第２００６／０２８９３６号参照）を、本発明の完全長二重特異性抗体の作製に使用してもよい。簡潔に、ヒトＩｇＧにおけるＣＨ３ドメインの界面を形成する選択されたアミノ酸は、ヘテロ二量体形成を促進するために、ＣＨ３ドメイン相互作用に影響を及ぼす位置において変異され得る。小さな側鎖を有するアミノ酸（ホール）が、第１の抗原に特異的に結合する抗体の重鎖内に導入され、大きな側鎖を有するアミノ酸（ノブ）が、第２の抗原に特異的に結合する抗体の重鎖内に導入される。２つの抗体の共発現後に、ヘテロ二量体が、「ホール」を有する重鎖と「ノブ」を有する重鎖との優先的な相互作用の結果として形成される。ノブ及びホールを形成する例示的なＣＨ３置換ペアは、Ｔ３６６Ｙ／Ｆ４０５Ａ、Ｔ３６６Ｗ／Ｆ４０５Ｗ、Ｆ４０５Ｗ／Ｙ４０７Ａ、Ｔ３９４Ｗ／Ｙ４０７Ｔ、Ｔ３９４Ｓ／Ｙ４０７Ａ、Ｔ３６６Ｗ／Ｔ３９４Ｓ、Ｆ４０５Ｗ／Ｔ３９４Ｓ、及びＴ３６６Ｗ／Ｔ３６６Ｓ＿Ｌ３６８Ａ＿Ｙ４０７Ｖである（第１の重鎖の第１のＣＨ３ドメインにおける改変位置／第２の重鎖の第２のＣＨ３ドメインにおける改変位置として表現）。
ＣｒｏｓｓＭＡｂ技術を、本発明の完全長二重特異性抗体の作製に使用できる。ＣｒｏｓｓＭＡｂｓは、Ｆａｂアーム交換を促進する「ノブ−ｉｎ−ホール」戦略の利用に加え、得られる二重特異性抗体の正しい軽鎖対形成を確実にするために、交換したＣＨ１及びＣＬドメインの半アームの一方を有する（例えば、米国特許第８，２４２，２４７号参照）。
その他クロスオーバー戦略を使用して、一方又は両方のアームにおいて、二重特異性抗体中の重鎖及び軽鎖間又は重鎖内の可変又は定常又は両方のドメインを交換することによって、本発明の完全長二重特異性抗体を作製できる。これらの交換には、国際公開第２００９／０８０２５４号、同第２００９／０８０２５１号、同第２００９／０１８３８６号、及び同第２００９／０８０２５２号に記載されるように、例えばＶＨ−ＣＨ１とＶＬ−ＣＬ、ＶＨとＶＬ、ＣＨ３とＣＬ、及びＣＨ３とＣＨ１が含まれる。
他の戦略、例えば、あるＣＨ３表面における正に荷電した残基及び第２のＣＨ３表面における負に荷電した残基を置換することによる静電的相互作用を使用する重鎖ヘテロ二量体化の促進が、米国特許出願公開第２０１０／００１５１３３号、同第２００９／０１８２１２７号、同第２０１０／０２８６３７号、又は同第２０１１／０１２３５３２号に記載されたように使用されてもよい。他の戦略では、ヘテロ二量体化は、米国特許出願公開第２０１２／０１４９８７６号又は同第２０１３／０１９５８４９号に記載されたように、下記置換：Ｌ３５１Ｙ＿Ｆ４０５Ａ＿Ｙ４０７Ｖ／Ｔ３９４Ｗ、Ｔ３６６Ｉ＿Ｋ３９２Ｍ＿Ｔ３９４Ｗ／Ｆ４０５Ａ＿Ｙ４０７Ｖ、Ｔ３６６Ｌ＿Ｋ３９２Ｍ＿Ｔ３９４Ｗ／Ｆ４０５Ａ＿Ｙ４０７Ｖ、Ｌ３５１Ｙ＿Ｙ４０７Ａ／Ｔ３６６Ａ＿Ｋ４０９Ｆ、Ｌ３５１Ｙ＿Ｙ４０７Ａ／Ｔ３６６Ｖ＿Ｋ４０９Ｆ、Ｙ４０７Ａ／Ｔ３６６Ａ＿Ｋ４０９Ｆ、又はＴ３５０Ｖ＿Ｌ３５１Ｙ＿Ｆ４０５Ａ＿Ｙ４０７Ｖ／Ｔ３５０Ｖ＿Ｔ３６６Ｌ＿Ｋ３９２Ｌ＿Ｔ３９４Ｗ（第１の重鎖の第１のＣＨ３ドメインにおける改変位置／第２の重鎖の第２のＣＨ３ドメインにおける改変位置として表現）により促進されてもよい。
ＬＵＺ−Ｙ技術を、本発明の二重特異性抗体の作製に利用できる。Ｗｒａｎｉｋ ｅｔ ａｌ．，（２０１２）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２８７（５２）：４２２２１〜９に記載されるように、この技術では、ロイシンジッパーをＣＨ３ドメインのＣ末端内に加え、精製後に除去される親ｍＡｂからヘテロ二量体の会合を促進する。
ＳＥＥＤｂｏｄｙ技術を、本発明の二重特異性抗体の作製に利用できる。米国特許出願公開第２００７０２８７１７０号に記載される様に、ＳＥＥＤｂｏｄｙは、その定常ドメイン中にＩｇＡ残基で置換された選択したＩｇＧ残基を有し、ヘテロ二量体化を促進する。
突然変異は、典型的には、標準的な方法を用いて、抗体の定常ドメインなどの分子に対して、ＤＮＡレベルでなされる。
本発明の抗体を遺伝子操作し、様々な周知の抗体型にできる。
いくつかの実施形態では、二重特異性抗体として、組み換えＩｇＧ様二重標的分子（分子の２つの部分が、それぞれ少なくとも２つの異なる抗体のＦａｂ断片又はＦａｂ断片の一部を含む）、ＩｇＧ融合分子（完全長ＩｇＧ抗体が、別のＦａｂ断片又はＦａｂ断片の一部に融合する）、Ｆｃ融合分子（一本鎖Ｆｖ分子又は安定化二重特異性抗体が、重鎖定常ドメイン、Ｆｃ領域、又はこれらの一部に融合する）、Ｆａｂ融合分子（異なるＦａｂ断片が互いに融合する）、ＳｃＦｖ及び二重特異性抗体系、並びに、重鎖抗体（例えば、ドメイン抗体、ナノボディ）（異なる一本鎖Ｆｖ分子又は異なる二重特異性抗体又は異なる重鎖抗体（例えば、ドメイン抗体、ナノボディ）が、互いに又は別のタンパク質若しくは担体分子と融合する）が挙げられる。
ポリヌクレオチド、ベクター及び宿主細胞
本発明はまた、特定のＶＨ配列及びＶＬ配列を有するＰＤ−１、ＴＩＭ−３又はＰＤ−１及びＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体も提供し、このとき、抗体ＶＨは第１のポリヌクレオチドによりコードされ、抗体ＶＬは第２の合成ポリヌクレオチドによりコードされる。ポリヌクレオチドは相補的デオキシ核酸（complementary deoxynucleic acid）（ｃＤＮＡ）であってよく、好適な宿主における発現のためコドン最適化することができる。コドン最適化はよく知られている技術である。
本発明はまた、本発明の抗体のＶＨ、本発明の抗体のＶＬ、本発明の抗体の重鎖、又は本発明の抗体の軽鎖をコードする、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
本発明はまた、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体のＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬをコードする、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
本発明はまた、配列番号４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、６３又は６４のＶＨをコードする、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
本発明はまた、配列番号４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２又は６５のＶＬをコードする、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
本発明はまた、配列番号１９６、１９７、１９８、１９９、２００、２０１、２０２又は２０３のポリヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
本発明はまた、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体のＶＨ、ＶＬ、又はＶＨ及びＶＬをコードする、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
本発明はまた、配列番号１４５、１４６、１４７、１４８、１４９、１５０、１５１、１５２、１５３、１５４又は１７２のＶＨをコードする、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
本発明はまた、配列番号１５５、１５６、１５７、１５８、１５９、１６０、１６１、１６２、１６３又は１７３のＶＬをコードする、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
本発明はまた、配列番号２０４、２０５、２０６、２０７、２０８、２０９、２１０又は２１１のポリヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
本発明はまた、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体のＨＣ１、ＬＣ１、ＨＣ２又はＬＣ２をコードする、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
本発明はまた、配列番号１８６、１８７、２４１、２４２又は２４３のＨＣ１をコードする、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
本発明はまた、配列番号１８８又は１８９のＬＣ１をコードする、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
本発明はまた、配列番号１９０、１９１、１９２、２４４、２４５、２４６、２４７又は２４８のＨＣ２をコードする、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
本発明はまた、配列番号１９３、１９４又は１９５のＬＣ２をコードする、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
本発明はまた、配列番号２５３、２５４、２５５、２５６、２５７、２５８、２５９及び２６０のポリヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチドも提供する。
配列番号１９６（ＰＤ１Ｈ１７０）
ＣＡＧＧＴＧＣＡＧＣＴＧＧＴＧＣＡＧＡＧＣＧＧＣＧＣＧＧＡＡＧＴＧＡＡＡＡＡＡＣＣＧＧＧＣＡＧＣＡＧＣＧＴＧＡＡＡＧＴＧＡＧＣＴＧＣＡＡＡＧＣＧＡＧＣＧＧＣＧＧＣＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＧＣＴＡＴＧＣＧＡＴＴＡＧＣＴＧＧＧＴＧＣＧＣＣＡＧＧＣＧＣＣＧＧＧＣＣＡＧＧＧＣＣＴＧＧＡＡＴＧＧＡＴＧＧＧＣＧＧＣＡＴＴＡＴＴＣＣＧＡＴＴＴＴＴＧＡＣＡＣＣＧＣＧＡＡＣＴＡＴＧＣＧＣＡＧＡＡＡＴＴＴＣＡＧＧＧＣＣＧＣＧＴＧＡＣＣＡＴＴＡＣＣＧＣＧＧＡＴＧＡＡＡＧＣＡＣＣＡＧＣＡＣＣＧＣＧＴＡＴＡＴＧＧＡＡＣＴＧＡＧＣＡＧＣＣＴＧＣＧＣＡＧＣＧＡＡＧＡＴＡＣＣＧＣＧＧＴＧＴＡＴＴＡＴＴＧＣＧＣＧＣＧＣＣＣＴＧＧＴＣＴＣＧＣＴＧＣＧＧＣＴＴＡＴＧＡＴＡＣＴＧＧＴＴＣＣＴＴＧＧＡＣＴＡＴＴＧＧＧＧＣＣＡＧＧＧＣＡＣＣＣＴＧＧＴＧＡＣＣＧＴＧＡＧＣＡＧＣ
配列番号１９７（ＰＤ１Ｌ１４８）
ＧＡＡＡＴＴＧＴＧＣＴＧＡＣＣＣＡＧＡＧＣＣＣＧＧＣＧＡＣＣＣＴＧＡＧＣＣＴＧＡＧＣＣＣＧＧＧＣＧＡＡＣＧＣＧＣＧＡＣＣＣＴＧＡＧＣＴＧＣＣＧＣＧＣＧＡＧＣＣＡＧＡＧＣＧＴＴＣＧＣＴＣＣＴＡＣＣＴＧＧＣＧＴＧＧＴＡＴＣＡＧＣＡＧＡＡＡＣＣＧＧＧＣＣＡＧＧＣＧＣＣＧＣＧＣＣＴＧＣＴＧＡＴＣＴＡＣＧＡＣＧＣＧＡＧＣＡＡＴＣＧＴＧＣＧＡＣＣＧＧＣＡＴＴＣＣＧＧＣＧＣＧＣＴＴＴＡＧＣＧＧＣＴＣＣＧＧＴＡＧＣＧＧＣＡＣＣＧＡＴＴＴＴＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＴＡＧＣＡＧＣＣＴＧＧＡＡＣＣＧＧＡＡＧＡＴＴＴＴＧＣＧＧＴＧＴＡＴＴＡＴＴＧＣＣＡＧＣＡＡＣＧＴＡＡＴＴＡＴＴＧＧＣＣＧＣＴＧＡＣＣＴＴＴＧＧＣＣＡＧＧＧＣＡＣＣＡＡＡＧＴＧＧＡＡＡＴＴＡＡＡ
配列番号１９８（ＰＤ１Ｈ１２９）
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配列番号１９９（ＰＤ１Ｌ６２）
ＧＡＧＡＴＣＧＴＧＡＴＧＡＣＣＣＡＧＡＧＣＣＣＴＧＣＣＡＣＣＣＴＧＴＣＣＧＴＧＴＣＴＣＣＡＧＧＣＧＡＡＡＧＡＧＣＣＡＣＣＣＴＧＡＧＣＴＧＣＡＧＡＧＣＣＡＧＣＣＡＧＡＧＣＣＴＧＡＧＣＧＡＣＴＡＣＣＴＧＣＡＣＴＧＧＴＡＴＣＡＧＣＡＧＡＡＧＣＣＣＧＧＣＣＡＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＣＴＧＣＴＧＡＴＣＡＡＧＴＣＴＧＣＣＡＧＣＣＡＧＴＣＣＡＴＣＡＧＣＧＧＣＡＴＣＣＣＣＧＣＣＡＧＡＴＴＴＴＣＴＧＧＣＡＧＣＧＧＣＴＣＣＧＧＣＡＣＣＧＡＧＴＴＣＡＣＣＣＴＧＡＣＡＡＴＣＡＧＣＡＧＣＣＴＧＣＡＧＡＧＣＧＡＧＧＡＣＴＴＣＧＣＣＧＴＧＴＡＣＴＡＣＴＧＣＣＡＧＡＡＣＧＧＣＣＡＣＡＧＣＴＴＣＣＣＴＴＡＣＡＣＣＴＴＣＧＧＣＣＡＧＧＧＣＡＣＣＡＡＧＣＴＧＧＡＡＡＴＣＡＡＧ
配列番号２００（ＰＤ１Ｈ１６３）
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配列番号２０１（ＰＤ１Ｌ１８５）
ＧＡＡＡＴＴＧＴＧＣＴＧＡＣＣＣＡＧＡＧＣＣＣＧＧＣＧＡＣＣＣＴＧＡＧＣＣＴＧＡＧＣＣＣＧＧＧＣＧＡＡＣＧＣＧＣＧＡＣＣＣＴＧＡＧＣＴＧＣＣＧＣＧＣＧＡＧＣＣＡＧＡＧＣＧＴＴＡＧＣＡＡＴＴＡＴＣＴＧＧＣＧＴＧＧＴＡＴＣＡＧＣＡＧＡＡＡＣＣＧＧＧＣＣＡＧＧＣＧＣＣＧＣＧＣＣＴＧＣＴＧＡＴＣＴＡＣＧＡＣＧＣＣＡＧＣＡＡＴＣＧＣＧＣＧＡＣＣＧＧＣＡＴＴＣＣＧＧＣＧＣＧＣＴＴＴＡＧＣＧＧＣＴＣＣＧＧＴＡＧＣＧＧＣＡＣＣＧＡＴＴＴＴＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＴＡＧＣＡＧＣＣＴＧＧＡＡＣＣＧＧＡＡＧＡＴＴＴＴＧＣＧＧＴＧＴＡＴＴＡＴＴＧＣＣＡＧＣＡＡＣＧＴＧＣＡＴＡＴＴＧＧＣＣＧＣＴＧＡＣＣＴＴＴＧＧＣＣＡＧＧＧＣＡＣＣＡＡＡＧＴＧＧＡＡＡＴＴＡＡＡ
配列番号２０２（ＰＤ１Ｈ１６４）
ＣＡＧＧＴＧＣＡＧＣＴＧＧＴＧＣＡＧＡＧＣＧＧＣＧＣＧＧＡＡＧＴＧＡＡＡＡＡＡＣＣＧＧＧＣＡＧＣＡＧＣＧＴＧＡＡＡＧＴＧＡＧＣＴＧＣＡＡＡＧＣＧＡＧＣＧＧＣＧＧＣＡＣＣＴＴＣＡＧＣＧＡＴＴＡＴＧＴＧＡＴＴＴＣＣＴＧＧＧＴＧＣＧＣＣＡＧＧＣＧＣＣＧＧＧＣＣＡＧＧＧＣＣＴＧＧＡＡＴＧＧＡＴＧＧＧＣＧＧＴＡＴＴＡＴＣＣＣＧＡＴＴＴＡＣＧＧＧＡＣＣＧＣＴＡＡＣＴＡＴＧＣＧＣＡＧＡＡＡＴＴＴＣＡＧＧＧＣＣＧＣＧＴＧＡＣＣＡＴＴＡＣＣＧＣＴＧＡＴＧＡＡＡＧＣＡＣＣＡＧＣＡＣＣＧＣＧＴＡＴＡＴＧＧＡＡＣＴＧＡＧＣＡＧＣＣＴＧＣＧＣＡＧＣＧＡＡＧＡＴＡＣＣＧＣＧＧＴＧＴＡＴＴＡＴＴＧＣＧＣＧＣＧＣＧＧＴＡＣＣＣＴＣＧＡＣＣＧＧＡＣＣＧＧＧＣＡＴＴＴＧＧＡＣＴＡＴＴＧＧＧＧＣＣＡＧＧＧＣＡＣＣＣＴＧＧＴＧＡＣＣＧＴＧＡＧＣＡＧＣ
配列番号２０３（ＰＤ１Ｌ８６）
ＧＡＡＡＴＴＧＴＧＣＴＧＡＣＣＣＡＧＡＧＣＣＣＧＧＣＧＡＣＣＣＴＧＡＧＣＣＴＧＡＧＣＣＣＧＧＧＣＧＡＡＣＧＣＧＣＧＡＣＣＣＴＧＡＧＣＴＧＣＣＧＣＧＣＧＡＧＣＣＡＧＡＧＣＧＴＣＴＣＣＴＣＣＴＡＣＣＴＴＧＣＧＴＧＧＴＡＴＣＡＧＣＡＧＡＡＡＣＣＧＧＧＣＣＡＧＧＣＧＣＣＧＣＧＣＣＴＧＣＴＧＡＴＣＣＡＣＧＡＣＧＣＣＴＣＴＡＣＧＣＧＴＧＣＧＡＣＣＧＧＣＡＴＴＣＣＧＧＣＧＣＧＣＴＴＴＡＧＣＧＧＣＴＣＣＧＧＴＡＧＣＧＧＣＡＣＣＧＡＴＴＴＴＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＴＡＧＣＡＧＣＣＴＧＧＡＡＣＣＧＧＡＡＧＡＴＴＴＴＧＣＧＧＴＧＴＡＴＴＡＴＴＧＣＣＡＧＣＡＡＣＧＴＡＡＴＴＡＴＴＧＧＣＣＧＣＴＣＡＣＣＴＴＴＧＧＣＣＡＧＧＧＣＡＣＣＡＡＡＧＴＧＧＡＡＡＴＴＡＡＡ
配列番号２０４（ＴＭ３Ｈ２４）
ＧＡＡＧＴＧＣＡＧＣＴＧＣＴＧＧＡＡＡＧＣＧＧＣＧＧＣＧＧＣＣＴＧＧＴＧＣＡＧＣＣＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＣＴＧＣＧＣＣＴＧＡＧＣＴＧＣＧＣＧＧＣＡＡＧＣＧＧＣＴＴＴＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＧＣＴＡＴＧＣＧＡＴＧＡＧＣＴＧＧＧＴＧＣＧＣＣＡＧＧＣＧＣＣＧＧＧＣＡＡＡＧＧＣＣＴＧＧＡＡＴＧＧＧＴＧＡＧＣＧＣＧＡＴＴＡＧＣＧＧＣＡＧＣＧＧＣＧＧＣＡＧＣＡＣＣＴＡＴＴＡＴＧＣＧＧＡＴＡＧＣＧＴＧＡＡＡＧＧＣＣＧＣＴＴＴＡＣＣＡＴＴＡＧＣＣＧＣＧＡＴＡＡＣＡＧＣＡＡＡＡＡＣＡＣＣＣＴＧＴＡＴＣＴＧＣＡＧＡＴＧＡＡＣＡＧＣＣＴＧＣＧＣＧＣＧＧＡＡＧＡＴＡＣＣＧＣＧＧＴＧＴＡＴＴＡＴＴＧＣＧＣＧＡＡＡＴＣＣＣＣＧＴＡＣＧＣＧＣＣＣＴＴＧＧＡＣＴＡＴＴＧＧＧＧＣＣＡＧＧＧＣＡＣＣＣＴＧＧＴＧＡＣＣＧＴＧＡＧＣＡＧＣ
配列番号２０５（ＴＭ３Ｌ３３）
ＧＡＡＡＴＴＧＴＧＣＴＧＡＣＣＣＡＧＡＧＣＣＣＧＧＣＧＡＣＣＣＴＧＡＧＣＣＴＧＡＧＣＣＣＧＧＧＣＧＡＡＣＧＣＧＣＧＡＣＣＣＴＴＡＧＣＴＧＣＣＧＴＧＣＡＡＧＴＣＡＧＡＧＴＧＴＧＡＡＣＧＡＣＴＡＣＣＴＧＧＣＧＴＧＧＴＡＴＣＡＧＣＡＧＡＡＡＣＣＧＧＧＣＣＡＧＧＣＧＣＣＧＣＧＣＣＴＧＣＴＧＡＴＴＴＡＴＧＡＴＧＣＧＡＧＣＡＡＣＣＧＣＧＣＧＡＣＣＧＧＣＡＴＴＣＣＧＧＣＧＣＧＣＴＴＴＡＧＣＧＧＣＡＧＣＧＧＣＡＧＣＧＧＣＡＣＣＧＡＴＴＴＴＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＴＡＧＣＡＧＣＣＴＧＧＡＡＣＣＧＧＡＡＧＡＴＴＴＴＧＣＧＧＴＧＴＡＴＴＡＴＴＧＣＣＡＧＣＡＧＧＧＴＧＧＴＣＡＣＧＣＧＣＣＧＡＴＣＡＣＣＴＴＴＧＧＣＣＡＧＧＧＣＡＣＣＡＡＡＧＴＧＧＡＡＡＴＴＡＡＡ
配列番号２０６（ＴＭ３Ｈ１６２）
ＧＡＡＧＴＧＣＡＧＣＴＧＧＴＧＣＡＧＴＣＴＧＧＣＧＣＣＧＡＡＧＴＧＡＡＧＡＡＧＣＣＴＧＧＣＧＡＧＡＧＣＣＴＧＡＡＧＡＴＣＡＧＣＴＧＣＡＡＧＧＧＣＡＧＣＧＧＣＴＡＣＡＧＣＴＴＣＡＣＣＡＧＣＴＡＣＴＧＧＡＴＧＣＡＧＴＧＧＧＴＧＣＧＣＣＡＧＡＴＧＣＣＴＧＧＣＡＡＧＧＧＣＣＴＧＧＡＡＴＧＧＡＴＧＧＧＣＧＣＣＡＴＣＴＡＴＣＣＣＧＧＣＧＡＣＧＧＣＧＡＣＡＴＣＡＧＡＴＡＣＡＣＣＣＡＧＡＡＣＴＴＣＡＡＧＧＧＣＣＡＡＧＴＧＡＣＣＡＴＣＡＧＣＧＣＣＧＡＣＡＡＧＡＧＣＡＴＣＡＧＣＡＣＣＧＣＣＴＡＣＣＴＧＣＡＧＴＧＧＴＣＣＡＧＣＣＴＧＡＡＧＧＣＣＡＧＣＧＡＣＡＣＣＧＣＣＡＴＧＴＡＣＴＡＣＴＧＴＧＣＣＡＧＡＴＧＧＧＡＧＡＡＧＴＣＣＡＣＣＡＣＣＧＴＧＧＴＧＣＡＧＣＧＧＡＡＣＴＡＣＴＴＣＧＡＣＴＡＣＴＧＧＧＧＣＣＡＧＧＧＣＡＣＣＡＣＡＧＴＧＡＣＣＧＴＧＴＣＴＡＧＴ
配列番号２０７（ＴＭ３Ｌ８５）
ＧＡＣＡＴＣＣＡＧＡＴＧＡＣＣＣＡＧＡＧＣＣＣＣＡＧＣＡＧＣＣＴＧＴＣＴＧＣＣＡＧＣＧＴＧＧＧＣＧＡＣＡＧＡＧＴＧＡＣＣＡＴＣＡＣＡＴＧＣＡＡＧＧＣＣＡＧＣＧＡＧＡＡＣＧＴＧＧＧＣＡＣＣＴＴＣＧＴＧＴＣＣＴＧＧＴＡＴＣＡＧＣＡＧＡＡＧＣＣＣＧＧＣＡＡＧＧＣＣＣＣＣＡＡＧＣＴＧＣＴＧＡＴＣＴＡＣＧＧＣＧＣＣＡＧＣＡＡＣＡＧＡＴＡＣＡＣＣＧＧＣＧＴＧＣＣＣＡＧＣＡＧＡＴＴＣＡＧＣＧＧＣＴＣＴＧＧＣＡＧＣＧＧＣＡＣＣＧＡＣＴＴＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＣＴＣＴＡＧＣＣＴＧＣＡＧＣＣＣＧＡＧＧＡＣＴＴＣＧＣＣＡＣＣＴＡＣＴＡＣＴＧＣＧＧＣＣＡＧＡＧＣＴＡＣＡＧＣＴＡＣＣＣＣＡＣＣＴＴＴＧＧＣＣＡＧＧＧＣＡＣＣＡＡＧＣＴＧＧＡＡＡＴＣＡＡＧ
配列番号２０８（ＴＭ３Ｈ２１）
ＧＡＡＧＴＧＣＡＧＣＴＧＣＴＧＧＡＡＡＧＣＧＧＣＧＧＣＧＧＣＣＴＧＧＴＧＣＡＧＣＣＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＣＴＧＣＧＣＣＴＧＡＧＣＴＧＣＧＣＧＧＣＧＡＧＣＧＧＣＴＴＴＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＣＴＡＴＴＧＧＡＴＧＡＧＣＴＧＧＧＴＧＣＧＣＣＡＧＧＣＧＣＣＧＧＧＣＡＡＡＧＧＣＣＴＧＧＡＡＴＧＧＧＴＧＡＧＣＧＣＧＡＴＴＡＧＣＧＧＣＡＧＣＧＧＣＧＧＣＡＧＣＡＣＣＴＡＴＴＡＴＧＣＧＧＡＴＡＧＣＧＴＧＡＡＡＧＧＣＣＧＣＴＴＴＡＣＣＡＴＴＡＧＣＣＧＣＧＡＴＡＡＣＡＧＣＡＡＡＡＡＣＡＣＣＣＴＧＴＡＴＣＴＧＣＡＧＡＴＧＡＡＣＡＧＣＣＴＧＣＧＣＧＣＧＧＡＡＧＡＴＡＣＣＧＣＧＧＴＧＴＡＴＴＡＴＴＧＣＧＣＧＡＡＡＧＡＴＣＡＴＴＧＧＧＡＴＣＣＣＡＡＴＴＴＴＴＴＧＧＡＣＴＡＴＴＧＧＧＧＣＣＡＧＧＧＣＡＣＣＣＴＧＧＴＧＡＣＣＧＴＧＡＧＣＡＧＣ
配列番号２０９（ＰＨ９Ｌ１）
ＧＡＡＡＴＴＧＴＧＣＴＧＡＣＣＣＡＧＡＧＣＣＣＧＧＧＣＡＣＣＣＴＧＡＧＣＣＴＧＡＧＣＣＣＧＧＧＣＧＡＡＣＧＣＧＣＧＡＣＣＣＴＧＡＧＣＴＧＣＣＧＣＧＣＧＡＧＣＣＡＧＡＧＣＧＴＧＡＧＣＡＧＣＡＧＣＴＡＴＣＴＧＧＣＧＴＧＧＴＡＴＣＡＧＣＡＧＡＡＡＣＣＧＧＧＣＣＡＧＧＣＧＣＣＧＣＧＣＣＴＧＣＴＧＡＴＴＴＡＴＧＧＣＧＣＧＡＧＣＡＧＣＣＧＣＧＣＧＡＣＣＧＧＣＡＴＴＣＣＧＧＡＴＣＧＣＴＴＴＡＧＣＧＧＣＡＧＣＧＧＣＡＧＣＧＧＣＡＣＣＧＡＴＴＴＴＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＴＡＧＣＣＧＣＣＴＧＧＡＡＣＣＧＧＡＡＧＡＴＴＴＴＧＣＧＧＴＧＴＡＴＴＡＴＴＧＣＣＡＧＣＡＧＴＡＴＧＧＣＡＧＣＡＧＣＣＣＧＣＴＧＡＣＣＴＴＴＧＧＣＣＡＧＧＧＣＡＣＣＡＡＡＧＴＧＧＡＡＡＴＴＡＡＡ
配列番号２１０（ＴＭ３Ｈ６５）
ＧＡＡＧＴＧＣＡＧＣＴＧＣＴＧＧＡＡＡＧＣＧＧＣＧＧＣＧＧＣＣＴＧＧＴＧＣＡＧＣＣＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＣＴＧＣＧＣＣＴＧＡＧＣＴＧＣＧＣＧＧＣＧＡＧＣＧＧＣＴＴＴＡＣＣＴＴＴＡＧＣＧＡＣＴＡＴＴＧＧＡＴＧＡＧＣＴＧＧＧＴＧＣＧＣＣＡＧＧＣＧＣＣＧＧＧＣＡＡＡＧＧＣＣＴＧＧＡＡＴＧＧＧＴＧＡＧＣＧＴＧＡＴＣＡＡＧＴＡＴＡＧＣＧＧＴＧＧＣＴＣＣＡＡＡＴＡＴＴＡＴＧＣＧＧＡＴＡＧＣＧＴＧＡＡＡＧＧＣＣＧＣＴＴＴＡＣＣＡＴＴＡＧＣＣＧＣＧＡＴＡＡＣＡＧＣＡＡＡＡＡＣＡＣＣＣＴＧＴＡＴＣＴＧＣＡＧＡＴＧＡＡＣＡＧＣＣＴＧＣＧＣＧＣＧＧＡＡＧＡＴＡＣＣＧＣＧＧＴＧＴＡＴＴＡＴＴＧＣＧＣＧＡＡＡＧＡＧＣＴＧＧＡＧＧＧＧＧＴＧＴＴＣＧＡＣＴＡＴＴＧＧＧＧＣＣＡＧＧＧＣＡＣＣＣＴＧＧＴＧＡＣＣＧＴＧＡＧＣＡＧＣ
配列番号２１１（ＴＭ３Ｌ１２）
ＧＡＡＡＴＴＧＴＧＣＴＧＡＣＣＣＡＧＡＧＣＣＣＧＧＧＣＡＣＣＣＴＧＡＧＣＣＴＧＡＧＣＣＣＧＧＧＣＧＡＡＣＧＣＧＣＧＡＣＣＣＴＧＡＧＣＴＧＣＣＧＣＧＣＧＡＧＣＣＡＧＡＧＣＧＴＴＡＧＣＡＡＴＡＧＣＡＣＴＣＴＧＧＣＧＴＧＧＴＡＴＣＡＧＣＡＧＡＡＡＣＣＧＧＧＣＣＡＧＧＣＧＣＣＧＣＧＣＣＴＧＣＴＧＡＴＴＴＡＴＡＣＴＧＣＧＡＧＣＡＧＣＣＧＣＧＣＧＡＣＣＧＧＣＡＴＴＣＣＧＧＡＴＣＧＣＴＴＴＡＧＣＧＧＣＡＧＣＧＧＣＡＧＣＧＧＣＡＣＣＧＡＴＴＴＴＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＴＡＧＣＣＧＣＣＴＧＧＡＡＣＣＧＧＡＡＧＡＴＴＴＴＧＣＧＧＴＧＴＡＴＴＡＴＴＧＣＣＡＧＣＡＧＴＣＴＴＡＣＡＣＡＴＣＴＣＣＧＴＧＧＡＣＴＴＴＴＧＧＣＣＡＧＧＧＣＡＣＣＡＡＡＧＴＧＧＡＡＡＴＴＡＡＡ
本発明の抗体のＶＨ若しくはＶＬ又はそれらの抗原結合断片、又は、本発明の抗体の重鎖及び軽鎖をコードするポリヌクレオチド配列は、意図される宿主細胞におけるヌクレオチド配列の発現を可能にする、プロモーター又はエンハンサーなどの１つ又は２つ以上の制御因子に操作可能に連結され得る。ポリヌクレオチドはｃＤＮＡであってよい。
本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドを含むベクターも提供する。そのようなベクターは、プラスミドベクター、ウイルスベクター、バキュロウイルス発現ベクター、トランスポゾンベースのベクター、又は任意の手段によって所与の生物又は遺伝子的バックグラウンドに本発明の合成ポリヌクレオチドを導入するのに適した任意の他のベクターであってよい。例えば、任意に定常領域に連結される本発明の抗体の軽鎖及び／又は重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドは、発現ベクターに挿入される。軽鎖及び／又は重鎖は、同じ又は異なる発現ベクターにクローン化され得る。免疫グロブリン鎖をコードするＤＮＡセグメントは、免疫グロブリンポリペプチドの発現を確実にする発現ベクター（複数可）内の制御配列に操作可能に連結されてよい。そのような制御配列は、シグナル配列、プロモーター（例えば、天然に会合する又は異種プロモーター）、エンハンサー因子、及び転写終結配列を含み、抗体を発現するように選択された宿主細胞と適合性があるように選択される。ベクターを適切な宿主内に組み込んだなら、組み込んだポリヌクレオチドがコードしているタンパク質を高レベルで発現させるのに適した条件下で宿主を維持する。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号１９６及び１９７のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号１９８及び１９９のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号２００及び２０１のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号２０２及び２０３のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号２０４及び２０５のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号２０６及び２０７のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号２０８及び２０９のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号２１０及び２１１のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号２５３及び２５４のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号２５５及び２５６のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号２５７及び２５８のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号２５９及び２６０のポリヌクレオチドを含む。
好適な発現ベクターは、典型的には、エピソームとして、又は宿主染色体ＤＮＡの不可欠な部分として、宿主生物において複製可能である。通常、発現ベクターは、所望のＤＮＡ配列で形質転換されたこれらの細胞の検出を可能にするため、アンピシリン耐性、ヒグロマイシン耐性、テトラサイクリン耐性、カナマイシン耐性、又はネオマイシン耐性などの選択マーカーを含む。
好適なプロモーター及びエンハンサー因子は、当該技術分野において既知である。真核細胞における発現について、例示的なプロモーターとしては、軽鎖及び／又は重鎖免疫グロブリン遺伝子プロモーター及びエンハンサー因子、サイトメガロウイルス最初期プロモーター（cytomegalovirus immediate early promoter）、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼプロモーター、ＳＶ４０初期及び後期プロモーター、レトロウイルス由来の長鎖末端反復配列に存在するプロモーター、マウスメタロチオネイン−Ｉプロモーター、並びに様々な既知の組織特異的プロモーターが挙げられる。適切なベクター及びプロモーターの選択は、当業者の技量の範囲内である。
使用し得る代表的なベクターは以下のとおりである。細菌系：ｐＢｓ、ｐｈａｇｅｓｃｒｉｐｔ、ＰｓｉＸ１７４、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＳＫ、ｐＢｓ ＫＳ、ｐＮＨ８ａ、ｐＮＨ１６ａ、ｐＮＨ１８ａ、ｐＮＨ４６ａ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，Ｃａｌｉｆ．，ＵＳＡ）；ｐＴｒｃ９９Ａ、ｐＫＫ２２３−３、ｐＫＫ２３３−３、ｐＤＲ５４０、及びｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）。真核細胞系：ｐＷＬｎｅｏ、ｐＳＶ２ｃａｔ、ｐＯＧ４４、ＰＸＲ１、ｐＳＧ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）ｐＳＶＫ３、ｐＢＰＶ、ｐＭＳＧ、及びｐＳＶＬ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）、ｐＥＥ６．４（Ｌｏｎｚａ）及びｐＥＥ１２．４（Ｌｏｎｚａ）。
本発明はまた、本発明の１つ以上のベクターを含む宿主細胞も提供する。「宿主細胞」は、ベクターが導入された細胞を指す。当然のことながら、用語「宿主細胞」は、対象とする特定の細胞だけでなく、そのような細胞の子孫並びに対象とする特定の細胞から作製された安定な細胞株をも指すものと理解される。変異又は環境による影響のいずれかにより、後の世代において特定の修飾が生じる可能性があるため、そのような後代は親細胞と同一ではない可能性があるが、本明細書で使用される用語「宿主細胞」の範囲内には依然として含まれる。そのような宿主細胞は、真核細胞、原核細胞、植物細胞、又は古細菌（archeal）細胞であってよい。原核宿主細胞の例は、大腸菌、バチルス・ズブチルス（Bacillus subtilis）などの桿菌、及びサルモネラ（Salmonella）、セラチア（Serratia）、並びに様々なシュードモナス（Pseudomonas）種などの他の腸内細菌科のものである。酵母などの他の微生物も発現に有用である。好適な酵母宿主細胞の例は、サッカロミセス（例えば、Ｓ．セレビジアエ）及びピチアである。例示的な真核細胞は、哺乳動物、昆虫、鳥類、又は他の動物由来のものであってもよい。哺乳類真核細胞としては、不死化細胞株（例えばハイブリドーマ）又は骨髄腫細胞株（例えばＳＰ２／０（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）、Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ、ＣＲＬ−１５８１）、ＮＳ０（Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ（ＥＣＡＣＣ）、Ｓａｌｉｓｂｕｒｙ，Ｗｉｌｔｓｈｉｒｅ，ＵＫ、ＥＣＡＣＣ Ｎｏ．８５１１０５０３）、ＦＯ（ＡＴＣＣＣＲＬ−１６４６）及びＡｇ６５３（ＡＴＣＣＣＲＬ−１５８０）マウス細胞株）が挙げられる。例示的なヒト骨髄腫細胞株は、Ｕ２６６（ＡＴＴＣ ＣＲＬ−ＴＩＢ−１９６）である。他の有用な細胞系としては、ＣＨＯＫ１ＳＶ（Ｌｏｎｚａ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ（Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ））、Ｐｏｔｅｌｌｉｇｅｎｔ（登録商標）ＣＨＯＫ２ＳＶ（Ｌｏｎｚａ）、ＣＨＯ−Ｋ１（ＡＴＣＣ ＣＲＬ−６１）、又はＤＧ４４などの、チャイニーズハムスターの卵巣（ＣＨＯ）細胞に由来するものが挙げられる。
本発明は、抗体が発現される条件下で本発明の宿主細胞を培養することと、かかる宿主細胞より産生された抗体を回収することと、を含む、本発明の抗体の産生方法も提供する。抗体を製造して精製する方法は当該技術分野において周知である。合成されたら（化学的又は組換えのいずれか）、全抗体、それらの二量体、個々の軽鎖及び／若しくは重鎖、又はＶＨ及び／若しくはＶＬなどの他の抗体断片を、硫酸アンモニウム沈殿、親和性カラム、カラムクロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）精製、ゲル電気泳動など（一般に、Ｓｃｏｐｅｓ，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎ．Ｙ．，（１９８２）を参照）などの標準的な手順により精製することができる。対象とする抗体は、実質的に純粋なものであってよく、例えば、細胞残屑、対象抗体以外の巨大分子などの混入物を含まず、例えば、純度が少なくとも約８０％〜８５％、純度が少なくとも約８５％〜９０％、純度が少なくとも約９０％〜９５％、又は純度が少なくとも約９８％〜９９％以上であり得る。
本発明のポリヌクレオチド配列を、標準的な分子生物学的手法を用いベクターに組み込むこともできる。宿主細胞の形質転換、培養、抗体発現、及び精製は、周知の方法を用いて行われる。本発明の別の実施形態は、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体の産生方法であり、これは、
抗体のＶＨをコードしている第１のポリヌクレオチドと、抗体のＶＬをコードしている第２のポリヌクレオチドと、を発現ベクターに組み込むことと、
宿主細胞を発現ベクターで形質転換させることと、
ＶＬ及びＶＨが発現し、抗体を形成する条件下で、培養培地中で宿主細胞を培養することと、
宿主細胞又は培養培地からかかる抗体を回収することと、を含む。
本明細書に記載される本発明の別の実施形態は、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体の産生方法であり、これは、
抗体のＶＨをコードしている第１のポリヌクレオチドと、抗体のＶＬをコードしている第２のポリヌクレオチドと、を発現ベクターに組み込むことと、
宿主細胞を発現ベクターで形質転換させることと、
ＶＬ及びＶＨが発現し、抗体を形成する条件下で、培養培地中で宿主細胞を培養することと、
宿主細胞又は培養培地からかかる抗体を回収することと、を含む。
以下に列挙される付番された実施形態のうちの１つ１つのいくつかの実施形態において、本明細書に記載される本発明の特定のＶＨ又はＶＬ配列をコードするポリヌクレオチドを、標準的な分子生物学的手法を用いベクターに組み込むことができる。宿主細胞の形質転換、培養、抗体発現、及び精製は、周知の方法を用いて行われる。
医薬組成物／投与
本発明は、本発明の抗体と、医薬的に許容可能な担体と、を含む、医薬組成物を提供する。治療用途では、本発明の抗体は、医薬的に許容可能な担体中に、有効量の抗体を活性成分として含有する医薬組成物として調製することができる。「担体」は、本発明の抗体と一緒に投与される希釈剤、補助剤、ビヒクル、又は溶媒を指す。そのようなビヒクルは、落花生油、大豆油、鉱物油、ゴマ油などの、石油、動物、植物、又は合成物起源のものを含む、水及び油などの液体であってよい。例えば、０．４％生理食塩水及び０．３％グリシンを用いてもよい。これらの溶液は滅菌され、一般には粒子状物質を含まない。これらは、通常の周知の滅菌法（例えば、濾過）によって滅菌することができる。この組成物は、生理学的条件に近づけるために必要とされる医薬的に許容可能な補助物質、例えばｐＨ調整剤及び緩衝剤、安定化剤、増粘剤、潤滑剤及び着色剤などを含むことができる。かかる製剤処方中の本発明の抗体の濃度は可変であり、約０．５重量％未満、通常は少なくとも約１重量％から最大で１５又は２０重量％までであってよく、また、選択される特定の投与方法にしたがって、主として必要とされる用量、液体の体積、粘度などに基づいて選択され得る。好適なビヒクル及び製剤（他のヒトタンパク質、例えばヒト血清アルブミンを含む）は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，２１ｓｔ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｔｒｏｙ，Ｄ．Ｂ．ｅｄ．，Ｌｉｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ ２００６，Ｐａｒｔ ５，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ ｐｐ６９１〜１０９２に記載され、特にｐｐ．９５８〜９８９を参照されたい。
本発明の抗体の治療的使用における投与方法は、錠剤、カプセル剤、液剤、粉剤、ゲル、粒子として、注射器、埋め込み式装置、浸透圧ポンプ、カートリッジ、マイクロポンプに入れられた製剤を用いた、非経口投与、例えば、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、又は皮下、肺；経粘膜投与（経口、鼻腔内、膣内、直腸）；又は当該技術分野において周知の、当業者が理解する他の手段など、抗体を宿主に送達する任意の好適な経路であってよい。部位特異的投与は、例えば、腫瘍内、関節内、気管支内、腹内、関節包内、軟骨内、洞内、腔内、小脳内、脳室内、結腸内、頚管内、胃内、肝内、心筋内、骨内、骨盤内、心膜内、腹腔内、胸膜内、前立腺内、肺内、直腸内、腎臓内、網膜内、脊髄内、滑液嚢内、胸郭内、子宮内、血管内、膀胱内、病巣内、膣内、直腸、口腔内、舌下、鼻腔内、又は経皮送達によって達成され得る。
本発明の抗体を、例えば、静脈内（ｉ．ｖ．）注入又はボーラス注射により非経口的に、筋肉内又は皮下又は腹腔内になど任意の適当な経路によって対象に投与することができる。静脈内注入は、例えば、１５、３０、６０、９０、１２０、１８０、若しくは２４０分にわたって、又は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、若しくは１２時間にわたって実施されてもよい。
対象に投与される用量は、治療される疾患を緩和するか又は少なくとも部分的に停止するのに十分（「治療的有効量」）であり、時には、０．００５ｍｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇ、例えば、約０．０５ｍｇ〜約３０ｍｇ／ｋｇ、又は約５ｍｇ〜約２５ｍｇ／ｋｇ、又は約４ｍｇ／ｋｇ、約８ｍｇ／ｋｇ、約１６ｍｇ／ｋｇ若しくは約２４ｍｇ／ｋｇ、又は例えば約１、２、３、４、５、６、７、８、９若しくは１０ｍｇ／ｋｇであってもよいが、更により高い量、例えば約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０若しくは１００ｍｇ／ｋｇであってもよい。
例えば、５０、１００、２００、５００、若しくは１０００ｍｇの固定単位用量を与えても、又は患者の表面積に基づいて例えば、５００、４００、３００、２５０、２００、若しくは１００ｍｇ／ｍ２の用量で与えてもよい。通常、１〜８回の用量（例えば、１、２、３、４、５、６、７、又は８回）が患者を治療するために投与されるが、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０回、又はそれよりも多い用量を投与することが可能である。
本発明の抗体の投与は、１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週間、２週間、３週間、１ヶ月、５週間、６週間、７週間、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月後に、又はそれ以上後に繰り返すことができる。治療過程を繰り返すことも可能であり、長期にわたる投与も同様に可能である。繰り返し投与は、同一用量であるか、又は異なる用量であってよい。例えば、本発明の抗体は、８ｍｇ／ｋｇ又は１６ｍｇ／ｋｇで１週間間隔で８週間にわたり投与され、８ｍｇ／ｋｇ又は１６ｍｇ／ｋｇで２週間毎に更に１６週間の投与が続き、その後、４週間毎に８ｍｇ／ｋｇ又は１６ｍｇ／ｋｇの静脈内注入による投与を続けて行うことができる。
例えば、本発明の抗体は、単回投与、若しくは、２４、１２、８、６、４、若しくは２時間毎の分割投与を用いて、又はこれらの併用を用いて、約０．１〜１００ｍｇ／ｋｇの量の１日用量として、例えば、１日当たり０．５、０．９、１．０、１．１、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、又は１００ｍｇ／ｋｇで、治療開始後、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、又は４０日目のうちの少なくとも１日に、あるいは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０週目のうちの少なくとも１週に、あるいはこれらの組み合わせで提供されてもよい。
本発明の抗体はまた、癌の進行リスクを低下させ、癌の進行におけるイベントの発生の開始を遅延させ、かつ／又は癌が緩解した際の再発リスクを低下させるために、予防的に投与されてもよい。
本発明の抗体を、保管のために凍結乾燥し、使用前に好適な担体に溶解させてもよい。この技法は、通常のタンパク調製物に関して有効であることが示されており、周知の凍結乾燥法及び再構成法を用いることができる。
方法及び使用
本発明の抗体は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏの診断的、並びに、治療的及び予防的用途を有する。例えば、本発明の抗体を、ｉｎ ｖｉｔｒｏ若しくはｅｘ ｖｉｖｏで培養中の細胞に投与でき、又は、癌及び感染症などの様々な疾患を治療、予防、及び／若しくは診断するために対象に投与できる。
本発明は、本発明の抗体を、免疫応答の改善に十分な期間にわたって対象に投与することを含む、対象における免疫応答の改善方法を提供する。
いくつかの実施形態では、免疫応答は増強され、刺激され、又は上方制御される。
本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、対象はヒト患者である。
本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、対象は、免疫応答の増強を必要とするヒト患者である。
いくつかの実施形態では、対象は免疫不全状態である。
いくつかの実施形態では、対象は、免疫不全状態になる恐れがある。免疫不全状態の対象は、化学療法又は放射線療法を受けていてよい、又は、受けたことがあってよい。
いくつかの実施形態では、対象は、感染の結果免疫不全状態である、又は免疫不全状態になる恐れがある。
本発明の抗体は、Ｔ細胞介在性免疫応答を増強することによって治療し得る、疾患を有する対象の治療に好適である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、ＰＤ１Ｂ１１４、ＰＤ１Ｂ１４９、ＰＤ１Ｂ１６０、ＰＤ１Ｂ１６２、ＰＤ１Ｂ１６４、ＰＤ１Ｂ１１、ＰＤ１Ｂ１８３、ＰＤ１Ｂ１８４、ＰＤ１Ｂ１８５、ＰＤ１Ｂ１８７、ＰＤ１Ｂ７１、ＰＤ１Ｂ１７７、ＰＤ１Ｂ７０、ＰＤ１Ｂ１７５、ＰＤ１Ｂ１９４、ＰＤ１Ｂ１９５、ＰＤ１Ｂ１９６、ＰＤ１Ｂ１９７、ＰＤ１Ｂ１９８、ＰＤ１Ｂ１９９、ＰＤ１Ｂ２００、ＰＤ１Ｂ２０１、ＰＤ１Ｂ２４３、ＰＤ１Ｂ２４４、ＰＤ１Ｂ１３１又はＰＤ１Ｂ１３２である。これらの抗体のＶＨ及びＶＬアミノ酸配列を、表２に示す。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される本発明の方法で使用されるＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、ＴＭ３Ｂ１０３、ＴＭ３Ｂ１０５、ＴＭ３Ｂ１０９、ＴＭ３Ｂ１０８、ＴＭ３Ｂ１１３、ＴＭ３Ｂ１８９、ＴＭ３Ｂ１９０、ＴＭ３Ｂ１９３、ＴＭ３Ｂ１９５、ＴＭ３Ｂ１９６又はＴＭ３Ｂ２９１である。これらの抗体のＶＨ及びＶＬアミノ酸配列を、表３に示す。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用される二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体は、ＰＴＢＢ１４、ＰＴＢＢ１５、ＰＴＢＢ１６、ＰＴＢＢ１７、ＰＴＢＢ２４、ＰＴＢＢ３０、ＰＴＢＢ２７、ＰＴＢＢ２８、ＰＴＢＢ１８、ＰＴＢＢ２０又はＰＴＢＢ２１である。これらの抗体のＨＣ１、ＬＣ１、ＨＣ２及びＬＣ２アミノ酸配列を、表４１及び表４２に示す。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４１のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４１のＶＨと、配列番号５０のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４２のＶＨと、配列番号５１のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４２のＶＨと、配列番号５２のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４２のＶＨと、配列番号５３のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４３のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５４のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５０のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５５のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４３のＶＨと、配列番号５７のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４４のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４５のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４６のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４７のＶＨと、配列番号４９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４８のＶＨと、配列番号５３のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４８のＶＨと、配列番号５２のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４７のＶＨと、配列番号５８のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４７のＶＨと、配列番号５９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４５のＶＨと、配列番号６０のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４５のＶＨと、配列番号６１のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号４５のＶＨと、配列番号６２のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号１４５のＶＨと、配列番号１５５のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号１４８のＶＨと、配列番号１５７のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号１４７のＶＨと、配列番号１５５のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号１４９のＶＨと、配列番号１５８のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号１５０のＶＨと、配列番号１５９のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号１５１のＶＨと、配列番号１６０のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号１５２のＶＨと、配列番号１６１のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号１５３のＶＨと、配列番号１６２のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号１５４のＶＨと、配列番号１６３のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用されるＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号１７２のＶＨと、配列番号１７３のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用される、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインと、ＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインとを含む、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、第１ドメイン中の配列番号４８のＶＨ及び配列番号５６のＶＬと、第２ドメイン中の配列番号１５３のＶＨ及び配列番号１６２のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用される、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインと、ＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインとを含む、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、第１ドメイン中の配列番号４８のＶＨ及び配列番号５６のＶＬと、第２ドメイン中の配列番号１４６のＶＨ及び配列番号１５６のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用される、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインと、ＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインとを含む、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、第１ドメイン中の配列番号６４のＶＨ及び配列番号６５のＶＬと、第２ドメイン中の配列番号１５３のＶＨ及び配列番号１６２のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用される、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインと、ＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインとを含む、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、第１ドメイン中の配列番号６４のＶＨ及び配列番号６５のＶＬと、第２ドメイン中の配列番号１４６のＶＨ及び配列番号１５６のＶＬと、を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用される、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインと、ＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインとを含む、二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、第１ドメイン中の配列番号４８のＶＨ及び配列番号５６のＶＬと、第２ドメイン中の配列番号１７２のＶＨ及び配列番号１７３のＶＬと、を含む。
癌
ＰＤ−１の阻害により、対象における癌性細胞への免疫応答を増強できる。ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１のリガンドは、様々なヒト癌において大量に発現している（Ｄｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２００２）Ｎａｔ Ｍｅｄ ８：７８７〜９）。ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用により、腫瘍浸潤リンパ球の減少、Ｔ細胞受容体介在性増殖の低下、及び／又は癌性細胞による免疫回避をもたらすことができる（Ｄｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ｊ Ｍｏｌ Ｍｅｄ ８１：２８１〜７；Ｂｌａｎｋ ｅｔ ａｌ．，（２００５）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ ５４：３０７〜３１４；Ｋｏｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，（２００４）Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １０：５０９４〜１００）。免疫抑制は、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ１に対する局所的相互作用を阻害することによって回復でき、この効果は、ＰＤ−１の第２のＰＤ−１リガンドであるＰＤ−Ｌ２に対する相互作用が同様に阻害されると付加される（Ｉｗａｉ ｅｔ ａｌ．，（２００２）ＰｏｒｃＮａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ９９：１２２９３〜７；Ｂｒｏｗｎ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １７０：１２５７〜６６）。このように、ＰＤ−１の阻害によって、免疫応答の増強がもたらされ得る。
ＴＩＭ−３は、活性化Ｔヘルパー１（Ｔｈ１）ＣＤ４＋及びＩＦＮ−γを分泌する細胞傷害性ＣＤ８＋Ｔ細胞上に発現する、共阻害性タンパク質である。癌及びウイルス性消耗の前臨床モデルで示されるように、ＴＩＭ−３は、ＰＤ−１＋の消耗したＴ細胞上に共発現する。これらの経路を共阻害することによって、いくつかのモデル、並びに、転移性黒色腫患者及びＨＩＶ又はＨＣＶ患者由来のヒトＰＢＭＣにおいて、エフェクターＴ細胞機能（例えば、ＩＦＮ−γ分泌、増殖）を回復できる。ＴＩＭ−３は、Ｆｏｘｐ３＋制御性Ｔ細胞でも豊富であり、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ３及びＣＴＬＡ４を共発現しているＴｒｅｇは、エフェクターＴ細胞（Ｔｅｆｆ）の高性能の抑制因子であることが示されている（Ｇａｌｕｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２０１４）Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４４（９）：２７０３〜１１）。ＴＩＭ−３発現は、ＮＳＣＬＣの予後不良と関連している（Ｚｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．，（２０１２）Ａｍ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｐａｔｈｏｌ １３７（６）：９７８〜８５）。卵巣、大腸直腸、子宮頸部及び肝細胞の癌患者の腫瘍組織由来のリンパ球は、ＴＩＭ−３＋ＣＤ４ Ｔ細胞の割合が比較的高く、細胞は、ＩＬＦ−γの産生能が低下している（Ｙａｎ ｅｔ ａｌ．，（２０１３）ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ８（３）：ｅ５８００６）。
本発明はまた、治療有効量の本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を、腫瘍細胞の成長阻害に十分な期間にわたって対象に投与することを含む、対象における腫瘍細胞の成長阻害方法も提供する。
本発明はまた、治療有効量の本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を、腫瘍細胞の成長阻害に十分な期間にわたって対象に投与することを含む、対象における腫瘍細胞の成長阻害方法も提供する。
本発明はまた、治療有効量の本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体を、腫瘍細胞の成長阻害に十分な期間にわたって対象に投与することを含む、対象における腫瘍細胞の成長阻害方法も提供する。
本発明はまた、治療有効量の本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を、癌の治療に十分な期間にわたって治療を必要とする対象に投与することによる、癌の治療方法も提供する。
本発明はまた、治療有効量の本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を、癌の治療に十分な期間にわたって治療を必要とする対象に投与することによる、癌の治療方法も提供する。
本発明はまた、治療有効量の本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体を、癌の治療に十分な期間にわたって治療を必要とする対象に投与することによる、癌の治療方法も提供する。
使用し得る代表的な抗体は、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、及び二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体である、本明細書に記載されるＶＨ及びＶＬアミノ酸配列並びに特徴を有するＰＤ１Ｂ１１４、ＰＤ１Ｂ１４９、ＰＤ１Ｂ１６０、ＰＤ１Ｂ１６２、ＰＤ１Ｂ１６４、ＰＤ１Ｂ１１、ＰＤ１Ｂ１８３、ＰＤ１Ｂ１８４、ＰＤ１Ｂ１８５、ＰＤ１Ｂ１８７、ＰＤ１Ｂ７１、ＰＤ１Ｂ１７７、ＰＤ１Ｂ７０、ＰＤ１Ｂ１７５、ＰＤ１Ｂ１９４、ＰＤ１Ｂ１９５、ＰＤ１Ｂ１９６、ＰＤ１Ｂ１９７、ＰＤ１Ｂ１９８、ＰＤ１Ｂ１９９、ＰＤ１Ｂ２００、ＰＤ１Ｂ２０１、ＴＭ３Ｂ１０３、ＴＭ３Ｂ１０５、ＴＭ３Ｂ１０９、ＴＭ３Ｂ１０８、ＴＭ３Ｂ１１３、ＴＭ３Ｂ１８９、ＴＭ３Ｂ１９０、ＴＭ３Ｂ１９３、ＴＭ３Ｂ１９５、ＴＭ３Ｂ１９６、ＴＭ３Ｂ２９１、ＰＴＢＢ１４、ＰＴＢＢ１５、ＰＴＢＢ１６、ＰＴＢＢ１７、ＰＴＢＢ２４、ＰＴＢＢ３０、ＰＴＢＢ２７、ＰＴＢＢ２８、ＰＴＢＢ１８、ＰＴＢＢ２０及びＰＴＢＢ２１である。
癌は、過剰増殖状態又は疾患、固形腫瘍、血液悪性疾患、軟組織腫瘍、又は転移巣であってよい。
「癌」は、病理組織学的種類又は侵襲性ステージに関係なく、全ての種類の癌性増殖若しくは癌化プロセス、転移性組織若しくは悪性形質転換細胞、組織、又は器官を包含することを意味する。癌の例として、固形腫瘍、血液悪性疾患、軟組織腫瘍、及び転移巣が挙げられる。代表的な固形腫瘍として、悪性疾患、例えば、肉腫、並びに、様々な臓器系の癌腫（腺癌及び扁平上皮癌を含む）、例えば、肝臓、肺、乳房、リンパ系、消化器（例えば、結腸）、泌尿生殖器（例えば、腎臓、尿路上皮細胞）、前立腺及び咽頭を侵すものが挙げられる。腺癌として、悪性腫瘍、例えば、大部分の結腸癌、直腸癌、腎細胞癌、肝癌、肺の非小細胞癌、小腸の癌、及び食道の悪性疾患が挙げられる。扁平上皮細胞癌として、例えば、肺、食道、皮膚、頭頸部領域、口腔、肛門、及び子宮頸部内の悪性疾患が挙げられる。
いくつかの実施形態では、癌は黒色腫である。
上記癌の転移巣も、本明細書に記載される本発明の方法及び抗体を用いて治療され、又は予防され得る。
その成長が本発明の抗体を用いて阻害又は低下され得る代表的な癌として、免疫療法に応答し得る癌が挙げられる。かかる代表的な癌として、黒色腫、腎臓癌、前立腺癌、乳癌、結腸癌、消化器癌、胃癌、食道癌、肺癌、転移性悪性黒色腫、明細胞癌、ホルモン抵抗性前立腺腺癌、非小細胞肺癌、又は、頭頸部の癌が挙げられる。不応性又は再発性悪性疾患は、本明細書に記載される本発明の抗体を用いて治療できる。
本発明の抗体で治療され得る代表的なその他癌は、肛門癌、基底細胞癌、胆道癌、膀胱癌、骨癌、脳及びＣＮＳ癌、ファロピウス管の癌腫、膣の癌腫、外陰部の癌腫、皮膚又は眼球内悪性黒色腫、胃食道癌、精巣癌、卵巣癌、膵臓癌、直腸癌、子宮癌、原発ＣＮＳリンパ腫；中枢神経系（ＣＮＳ）の新生物、子宮頸癌、絨毛癌、直腸癌、結合組織癌、消化器系の癌、子宮内膜癌、眼癌；上皮内新生物、腎臓癌、喉頭癌、肝癌；小細胞肺癌、神経芽細胞腫、口腔癌（例えば、口唇、舌、口、及び咽頭）、上咽頭癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、呼吸器の癌、肉腫、甲状腺癌、泌尿器系の癌、肝細胞癌、肛門部の癌、ファロピウス管の癌腫、膣の癌腫、外陰部の癌腫、小腸の癌、内分泌系の癌、副甲状腺の癌、副腎の癌、軟組織の肉腫、尿道の癌、陰茎の癌、小児の固形腫瘍、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、メルケル細胞癌、類表皮癌、扁平上皮癌、アスベストなどで誘発されるものを含む環境誘発性癌、並びに、その他癌腫及び肉腫、及び当該癌の組み合わせである。
本発明の抗体で治療され得る代表的な血液悪性疾患として、白血病、リンパ腫及び骨髄腫、例えば、前駆Ｂ細胞リンパ性白血病／リンパ腫及びＢ細胞非ホジキンリンパ腫、急性前骨髄性白血病、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、Ｂ細胞慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）／小リンパ性リンパ腫（ＳＬＬ）、Ｂ細胞急性リンパ性白血病、Ｂ細胞前リンパ性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、濾胞性リンパ腫（ＦＬ）（低悪性度、中悪性度、及び高悪性度ＦＬを含む）、皮膚濾胞中心リンパ腫、辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫（ＭＡＬＴ型、節及び脾型）、ヘアリーセル白血病、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、バーキットリンパ腫（ＢＬ）、形質細胞腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、形質細胞性白血病、移植後リンパ増殖性疾患、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、形質細胞障害、未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）、Ｔ細胞急性リンパ性白血病、原発性全身性アミロイドーシス（例えば、軽鎖アミロイドーシス）、前リンパ性／骨髄性白血病、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、大顆粒リンパ球性（ＬＧＬ）白血病、ＮＫ細胞白血病及びホジキンリンパ腫が挙げられる。
「形質細胞障害」は、クローン性形質細胞によって特徴付けられる疾患を指し、多発性骨髄腫、軽鎖アミロイドーシス、及びワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症を含む。軽鎖アミロイドーシス及びワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症は、多発性骨髄腫とは無関係に発症し得る。これらはまた、多発性骨髄腫と同時に存在し、多発性骨髄腫の進行より前又はそれより後のいずれかに進行し得る。
例示的なＢ細胞非ホジキンリンパ腫は、リンパ腫様肉芽腫症、原発性滲出性リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、重鎖病（γ、μ、及びα病を含む）、免疫抑制剤による療法によって誘発されるリンパ腫、例えばシクロスポリン誘発性リンパ腫及びメトトレキサート誘発性リンパ腫である。
ＰＤ−Ｌ１を発現する転移性癌などの癌を有する患者は、本発明の抗体で治療できる。癌は、黒色腫、腎細胞癌、扁平上皮非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、非扁平上皮ＮＳＣＬＣ、結腸直腸癌、去勢抵抗性前立腺癌、卵巣癌、胃部癌、腺癌（ＡＣＡ）、扁平上皮癌（ＳＣＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、膵癌、頭頸部の扁平上皮癌、食道、胃腸管及び乳房の癌腫であってよい。
ＴＩＭ−３を発現する癌を有する患者は、本発明の抗体で治療できる。ＴＩＭ−３発現癌として、子宮頸癌、肺癌、ＮＳＣＬＣ、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、黒色腫、腎臓癌、腎細胞癌（ＲＣＣ）、腎明細胞癌、腎乳頭状細胞癌、転移性腎細胞癌、扁平上皮癌、食道扁平上皮癌、上咽頭癌、結腸直腸癌、乳癌（例えば、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、又はＨｅｒ２／ｎｅｕのうち、１つ、２つ、又は全てを発現していない乳癌、例えば、トリプルネガティブ乳癌）、中皮腫、肝細胞癌、及び卵巣癌が挙げられる。ＴＩＭ−３発現癌は転移性癌であってよい。
いくつかの実施形態では、対象は、固形癌を有する。
いくつかの実施形態では、対象は、血液悪性疾患を有する。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は黒色腫である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は肺癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は扁平上皮非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は非扁平上皮ＮＳＣＬＣである。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は肺腺癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は腎細胞癌（ＲＣＣ）である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は中皮腫である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は上咽頭癌（ＮＰＣ）である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は結腸直腸癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は前立腺癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は去勢抵抗性前立腺癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は胃癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は卵巣癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は胃部癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は肝癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は膵臓癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は甲状腺癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は頭頸部の扁平上皮癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は食道又は胃腸管の癌腫である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は乳癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は卵管癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は脳癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は尿道癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は尿生殖器癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は子宮内膜症である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は子宮頸癌である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は癌の転移巣である。
いくつかの実施形態では、血液悪性疾患は、リンパ腫、骨髄腫又は白血病である。
いくつかの実施形態では、血液悪性疾患はＢ細胞リンパ腫である。
いくつかの実施形態では、血液悪性疾患はバーキットリンパ腫である。
いくつかの実施形態では、血液悪性疾患はホジキンリンパ腫である。
いくつかの実施形態では、血液悪性疾患は非ホジキンリンパ腫である。
いくつかの実施形態では、血液悪性疾患は骨髄異形成症候群である。
いくつかの実施形態では、血液悪性疾患は急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。
いくつかの実施形態では、血液悪性疾患は慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）である。
いくつかの実施形態では、血液悪性疾患は慢性骨髄単球性白血病（ＣＭＭＬ）である。
いくつかの実施形態では、血液悪性疾患は多発性骨髄腫（ＭＭ）である。
いくつかの実施形態では、血液悪性疾患は形質細胞腫である。
いくつかの実施形態では、対象は、ＰＤ−Ｌ１を発現する腫瘍を有する。
いくつかの実施形態では、対象は、腫瘍組織中に腫瘍浸潤Ｔリンパ球（ＴＩＬ）を有する。
いくつかの実施形態では、対象は、腫瘍組織中にＰＤ−１＋ＴＩＭ−３＋ ＴＩＬを有する。
いくつかの実施形態では、対象は、腫瘍組織中のＰＤ−１＋ＴＩＭ−３＋腫瘍浸潤Ｔリンパ球（ＴＩＬ）数が増加している。
「数の増加」は、対照と比較したとき、対象中での統計学的に有意な増加を指す。例えば、「数の増加」は、ＰＤ−１抗体又は他の治療剤での治療前及び治療後の、対象（例えば患者）におけるＴＩＬ数の統計学的に有意な増加を指す。
いくつかの実施形態では、対象は、インターフェロン−γ（ＩＦＮ−γ）の発現又は活性が増加している。
いくつかの実施形態では、対象は、抗ＰＤ−１抗体で治療されたことがある。
いくつかの実施形態では、対象は、抗ＰＤ−１抗体での治療に不応性である。
いくつかの実施形態では、対象は、抗ＰＤ−１抗体での治療後に再発した腫瘍を有する。
いくつかの実施形態では、対象は、配列番号２３０のＶＨと配列番号２３１のＶＬとを含む抗ＰＤ−１抗体（例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ））で治療されたことがある。
いくつかの実施形態では、対象は、配列番号２３２のＶＨと配列番号２３３のＶＬとを含む抗ＰＤ−１抗体（例えば、ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ））で治療されたことがある。
いくつかの実施形態では、対象は、配列番号２３０のＶＨと配列番号２３１のＶＬとを含む抗ＰＤ−１抗体（例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ））での治療に不応性である。
いくつかの実施形態では、対象は、配列番号２３２のＶＨと配列番号２３３のＶＬとを含む抗ＰＤ−１抗体（例えば、ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ））での治療に不応性である。
いくつかの実施形態では、対象は、配列番号２３０のＶＨと配列番号２３１のＶＬとを含む抗ＰＤ−１抗体（例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ））での治療後に再発した腫瘍を有する。
いくつかの実施形態では、対象は、配列番号２３２のＶＨと配列番号２３３のＶＬとを含む抗ＰＤ−１抗体（例えば、ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ））での治療後に再発した腫瘍を有する。
配列番号２３０
ＱＶＱＬＶＱＳＧＶＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＦＴＮＹＹＭＹＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧ
ＩＮＰＳＮＧＧＴＮＦＮＥＫＦＫＮＲＶＴＬＴＴＤＳＳＴＴＴＡＹＭＥＬＫＳＬＱＦＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＤＹＲＦＤＭＧＦＤＹＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳ
配列番号２３１
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＫＧＶＳＴＳＧＹＳＹＬＨＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＬＡＳＹＬＥＳＧＶＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＨＳＲＤＬＰＬＴＦＧＧＧＴＫＶＥＩＫ
配列番号２３２
ＱＶＱＬＶＥＳＧＧＧＶＶＱＰＧＲＳＬＲＬＤＣＫＡＳＧＩＴＦＳＮＳＧＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＶＩＷＹＤＧＳＫＲＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＦＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＴＮＤＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ
配列番号２３３
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＳＳＮＷＰＲＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ
いくつかの実施形態では、対象は、ＰＤ−Ｌ１抗体で治療されたことがあるか、治療されている。
いくつかの実施形態では、対象は、ＰＤ−Ｌ１抗体での治療に不応性である。
いくつかの実施形態では、対象は、ＰＤ−Ｌ１抗体での治療後に再発した腫瘍を有する。
いくつかの実施形態では、対象は、ＰＤ−Ｌ１抗体デュルバルマブ（ＭＥＤＩ−４７３６）での治療に不応性であるか、治療後に再発している。デュルバルマブは、配列番号２３４のＶＨと配列番号２３５のＶＬとを含む。
配列番号２３４
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧ ＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＲＹＷＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＮ ＩＫＱＤＧＳＥＫＹＹＶＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＡＫＮＳＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＥＧ ＧＷＦＧＥＬＡＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ
配列番号２３５
ＥＩＶＬＴＱＳＰＧＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＲＶＳＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫ ＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹ
ＤＡＳＳＲＡＴＧＩＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＲＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＹＧＳＬＰＷＴＦＧ
ＱＧＴＫＶＥＩＫ
いくつかの実施形態では、対象は、ＰＤ−Ｌ１抗体アテゾリズマブでの治療に不応性であるか、治療後に再発している。
アテゾリズマブは、配列番号２３６のＶＨと配列番号２３７のＶＬとを含む。
配列番号２３６
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷ
ＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨ
ＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ
配列番号２３７
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳ
ＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱ
ＧＴＫＶＥＩＫ
いくつかの実施形態では、対象は、ＰＤ−Ｌ１抗体アベルマブでの治療に不応性であるか、治療後に再発している。
アベルマブは、配列番号２３８のＶＨと配列番号２３９のＶＬとを含む。
配列番号２３８
ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＳＹＩＭＭＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＳ
ＩＹＰＳＧＧＩＴＦＹＡＤＴＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＩＫ
ＬＧＴＶＴＴＶＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ
配列番号２３９
ＱＳＡＬＴＱＰＡＳＶＳＧＳＰＧＱＳＩＴＩＳＣＴＧＴＳＳＤＶＧＧＹＮＹＶＳＷＹＱＱＨＰＧＫＡＰＫＬＭＩ
ＹＤＶＳＮＲＰＳＧＶＳＮＲＦＳＧＳＫＳＧＮＴＡＳＬＴＩＳＧＬＱＡＥＤＥＡＤＹＹＣＳＳＹＴＳＳＳＴＲＶ
ＦＧＴＧＴＫＶＴＶＬ
いくつかの実施形態では、対象は、ＰＤ−Ｌ１抗体ＭＤＸ−１１０５での治療に不応性であるか、治療後に再発している。
いくつかの実施形態では、対象は、ＰＤ−Ｌ２抗体で治療されたことがあるか、治療されている。
本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、対象は、ＰＤ−Ｌ２抗体での治療に不応性である。
いくつかの実施形態では、対象は、ＰＤ−Ｌ２抗体での治療後に再発した腫瘍を有する。
様々な定性的及び／又は定量的方法が、疾患の再発又は難治性を決定するために使用され得る。再発又は抵抗性に関連し得る症状は、例えば、患者の健康状態の低下若しくはプラトー状態、固形腫瘍に関連する様々な症状の復元若しくは悪化、及び／又は１つの場所から他の臓器、組織若しくは細胞への体内の癌性細胞の拡がりである。
本明細書では、抗ＰＤ−１抗体治療後に腫瘍から単離されたＣＤ８＋Ｔ細胞中で、ＴＩＭ−３発現が上昇していることがわかった。したがって、抗ＰＤ−１抗体療法を受けたことがある若しくは現在受けている、抗ＰＤ−１抗体治療に不応性である、又は抗ＰＤ−１抗体治療後若しくは治療中に再発した対象に、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又は本明細書に記載される二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体を治療的に投与すると、患者の臨床成績を改善する可能性がある。
本発明はまた、治療有効量の本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を対象に投与することを含む、対象における癌の治療方法も提供し、このとき対象は、抗ＰＤ−１抗体で治療されているか、治療されたことがある。
いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、配列番号１４６のＶＨと配列番号１５６のＶＬとを含む。
本発明はまた、治療有効量の、配列番号１４６のＶＨと配列番号１５６のＶＬとを含むＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を対象に投与することを含む、対象における癌の治療方法も提供し、このとき対象は、配列番号２３０のＶＨと配列番号２３１のＶＬとを含む、抗ＰＤ−１抗体ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ）で治療されているか、治療されたことがある。
本発明はまた、治療有効量の、配列番号１４６のＶＨと配列番号１５６のＶＬとを含むＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を対象に投与することを含む、対象における癌の治療方法も提供し、このとき対象は、配列番号２３２のＶＨと配列番号２３３のＶＬとを含む、抗ＰＤ−１抗体ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ）で治療されているか、治療されたことがある。
本発明はまた、治療有効量の本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を対象に投与することを含む、対象における癌の治療方法も提供し、このとき対象は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体で治療されているか、治療されたことがある。
本発明はまた、治療有効量の本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を対象に投与することを含む、対象における癌の治療方法も提供し、このとき対象は、抗ＰＤ−Ｌ２抗体で治療されているか、治療されたことがある。
本発明はまた、治療有効量の本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体を対象に投与することを含む、対象における癌の治療方法も提供し、このとき対象は、抗ＰＤ−１抗体で治療されているか、治療されたことがある。
本発明はまた、治療有効量の本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体を対象に投与することを含む、対象における癌の治療方法も提供し、このとき対象は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体で治療されているか、治療されたことがある。
本発明はまた、治療有効量の本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体を対象に投与することを含む、対象における癌の治療方法も提供し、このとき対象は、抗ＰＤ−Ｌ２抗体で治療されているか、治療されたことがある。
本発明はまた、治療有効量の、配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含むＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を、癌の治療に十分な期間にわたって対象に投与することを含む、対象における癌の治療方法も提供する。
本発明はまた、治療有効量の、配列番号６４のＶＨと配列番号６５のＶＬとを含むＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を、癌の治療に十分な期間にわたって対象に投与することを含む、対象における癌の治療方法も提供する。
本明細書に記載される本発明のＰＤ−１、ＴＩＭ−３又は二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体のうちいずれかが、本発明の方法で使用されてよい。
「治療する」又は「治療」は、その目的が、望ましくない生理学的変化又は疾患の進行を遅らせる（減らす）、例えば、腫瘍又は腫瘍細胞が発生し、又は伝播するのを遅らせることであったり、あるいは、治療の間に有益な又は望ましい臨床成績を提供することであったりする、治療的処置を指す。有益な若しくは所望の臨床成績としては、検出可能であろうと又は検出不可能であろうと、症状の緩和、疾患の程度の軽減、安定した（すなわち、悪化しない）疾患状態、疾患の進行の遅延又は鈍化、転移の欠落、疾患状態の改善又は緩和、及び寛解（部分的であろうと又は全体的であろうと）が挙げられる。「治療」はまた、対象が治療を受けていない場合に予想される生存期間と比較して、生存期間を延長させることを意味し得る。治療を必要とする対象としては、望まれない生理的変化又は疾患を既に有している対象、並びに生理的変化又は疾患を有しやすい傾向がある対象が含まれる。
「治療的有効量」とは、所望の治療結果を得るために必要な用量及び期間で有効な量を指す。治療有効量の本発明の抗体は、個体の病態、年齢、性別、及び体重、並びに個体における所望の応答を引き出す本発明の抗体の能力などの要因に従って変動し得る。有効な治療薬又は治療薬の組み合わせを示す指標の例としては、例えば、患者の健康状態の改善、腫瘍量の減少、腫瘍の増殖の停止若しくは鈍化、及び／又は体内の他の場所への癌細胞の転移の不在が挙げられる。
癌治療のための併用療法
本発明の抗体は、第２の治療薬と併用して投与されてよい。
本発明の抗体は、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ又は６つの追加の治療薬と併用して投与されてよい。
本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又は二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体のうちいずれかが、第２の治療薬と併用して使用されてよい。
本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又は二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体のうちいずれかが、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ又は６つの追加の治療薬と併用して使用されてよい。
「〜と併用して」は、本発明の抗体及び少なくとも１つの第２の治療薬を、それぞれ単独の薬剤として同時に、又はそれぞれ単独の薬剤として任意の順番で順次に投与することを指す。一般に、各薬剤は、その薬剤に対して定められた用量及び／又は予定で投与される。
いくつかの実施形態では、第２の治療薬は、癌免疫サイクルに関与する分子、例えば、癌細胞抗原の放出に作用する刺激経路又は阻害経路、癌抗原提示、Ｔ細胞初回刺激及び活性化、腫瘍へのＴ細胞の輸送、腫瘍内へのＴ細胞の浸潤、Ｔ細胞による癌細胞の認識、及び癌細胞の殺滅に関与する分子の活性を調節する。癌免疫サイクルは、Ｃｈｅｎ ａｎｄ Ｍｅｌｌｍａｎ（２０１３）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ３９：１〜１０に記載されている。いくつかの実施形態では、第２の治療薬は、Ｔ制御性細胞（Ｔｒｅｇ）の活性、腫瘍に発現した共刺激性若しくは共抑制性リガンド、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞上の活性化若しくは抑制性受容体、又は腫瘍微小環境中の免疫抑制性因子の制御に関与する分子の活性を調節する。併用癌免疫療法は、Ｍａｎｏｎｅｙ ｅｔ ａｌ．，（２０１５）Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ １４：５６１〜５８４に記載されている。
第２の治療薬は、典型的には、周知のように、刺激分子の活性を増強し、阻害分子の活性を抑制する。したがって、「調節する」は、薬剤自体が特定の分子のアゴニスト又はアンタゴニストであるかどうかに関わらず、第２の治療薬による免疫応答の増強を指す。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、Ｔ細胞阻害分子の阻害剤と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、Ｔ細胞阻害分子であるＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＮＬ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＶＥＭ、ＨＨＬＡ２、ＣＴＬＡ−４、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＣＤ１６０、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＬＡＩＲ１、ＴＧＦβ、ＩＬ−１０、シグレックファミリータンパク質、ＫＩＲ、ＣＤ９６、ＴＩＧＩＴ、ＮＫＧ２Ａ、ＣＤ１１２、ＣＤ４７、ＳＩＲＰＡ又はＣＤ２４４の阻害剤と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、ＫＩＲは、ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ２又はＫＩＲ２ＤＬ３である。
阻害分子の阻害は、ＤＮＡ、ＲＮＡ又はタンパク質レベルでの阻害によって行われ得る。いくつかの実施形態では、阻害性核酸（例えば、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ又はｓｈＲＮＡ）を用いて、阻害分子の発現を阻害する。
いくつかの実施形態では、阻害分子の阻害剤は、阻害分子の可溶性リガンドである。
いくつかの実施形態では、阻害分子の阻害剤は、阻害分子に特異的に結合するアンタゴニスト抗体である。
いくつかの実施形態では、阻害分子の阻害剤は、ＣＴＬＡ−４−Ｆｃ又はＴＩＭ−３−Ｆｃ融合タンパク質である。
いくつかの実施形態では、阻害分子の阻害剤は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＮＬ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＶＥＭ、ＨＨＬＡ２、ＣＴＬＡ−４、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＣＤ１６０、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＬＡＩＲ１、ＴＧＦβ、ＩＬ−１０、シグレックファミリータンパク質、ＫＩＲ、ＣＤ９６、ＴＩＧＩＴ、ＮＫＧ２Ａ、ＣＤ１１２、ＣＤ４７、ＳＩＲＰＡ又はＣＤ２４４に結合する抗体又は抗体断片である。
本発明の方法で使用され得る代表的な抗ＰＤ−１抗体は、本明細書、並びに、米国特許第５，８９７，８６２号及び同第７，４８８，８０２号、並びに、国際公開第２００４／００４７７１号、同第２００４／０５６８７５号、同第２００６／１２１１６８号、同第２００８／１５６７１２号、同第２０１０／０２９４３５号、同第２０１０／０３６９５９号、同第２０１１／１１０６０４号、同第２０１２／１４５４９３号、同第２０１４／１９４３０２号、同第２０１４／２０６１０７号、同第２０１５／０３６３９４号、同第２０１５／０３５６０６号、同第２０１５／０８５８４７号、同第２０１５／１１２９００号、及び同第２０１５／１１２８０５号に記載されるものである。代表的な抗ＰＤ１抗体として、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ）及びＯＰＤＩＶＯ（登録商標）（ニボルマブ）が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、可溶性ＰＤ−１リガンドと併用して投与される。
いくつかの実施形態では、可溶性ＰＤ−１リガンドは、Ｆｃに融合した可溶性ＰＤ−Ｌ１又は可溶性ＰＤ−Ｌ２である。
いくつかの実施形態では、可溶性ＰＤ−１リガンドは、ＡＭＰ−２２４である。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
本発明の方法で使用され得る代表的なＰＤ−Ｌ１抗体は、抗体ＭＤＰＬ３２８０Ａ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）及びその他米国特許第７，９４３，７４３号及び米国特許出願公開第２０１２００３９９０６号に開示されるヒトモノクローナル抗体である。他の抗ＰＤ−Ｌ１結合剤として、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０（重鎖及び軽鎖可変領域が、国際公開第２０１０／０７７６３４号の配列番号２０及び２１に示される）及びＭＤＸ−１１０５（ＢＭＳ−９３６５５９とも呼ばれる、例えば、国際公開第２００７／００５８７４号に開示される抗ＰＤ−Ｌ１結合剤）が挙げられる。使用され得る抗ＰＤ−Ｌ１抗体のデュルバルマブ、アテゾリズマブ（atezolimumab）及びアベルマブのＶＨ及びＶＬ配列は、本明細書に開示される。
本発明の方法で使用され得る代表的なＰＤ−Ｌ２抗体は、米国特許第８，０８０，６３６号、同第８，１８８，２３８号、米国特許出願公開第２０１１０２７１３５８号及び国際公開第２０１２１４５４９３号に記載されるものである。
本発明の方法で使用され得る代表的なＢ７−Ｈ４抗体は、米国特許第７，８８８，４７７号、同第８，６０９，８１６号、同第７，９３１，８９６号、欧州特許第１８１７０５５号、米国特許出願公開第２０１４００３７５５１号及び同第２０１４０２９４８６号、及び国際公開第２０１４／１００４８３号、及び同第２０１４／１５９８３５号に記載されるものである。
本発明の方法で使用され得る代表的な抗ＣＴＬＡ−４抗体は、イピリムマブ（ＭＤＸ−０１０、ＣＡＳ番号４７７２０２−００−９）及びトレメリムマブ（ＩｇＧ２モノクローナル抗体、Ｐｆｉｚｅｒから入手可能、チシリムマブ、ＣＰ−６７５，２０６として既知）である。
本発明の方法で使用され得る代表的な抗ＬＡＧ−３抗体は、例えば、国際公開第２００８／１３２６０１号、及び同第２０１０／０１９５７０号に記載されるものである。
本発明の方法で使用され得る代表的な抗ＣＥＡＣＡＭ−１抗体は、米国特許第８，５９８，３２２号、並びに、米国特許出願公開第２００４／００４７８５８号、同第２０１４０２７１６１８号、及び同第２０１２０１００１５８号に記載されるものである。いかなる特定の理論にも束縛されるものではないが、ＣＥＡＣＡＭ−１は、ＴＩＭ−３のリガンド及びパートナーであると説明されている（例えば、国際公開第２０１４／０２２３３２号参照）。抗ＴＩＭ−３及び抗ＣＥＡＣＡＭ−１抗体併用のｉｎ ｖｉｖｏでの相乗効果が、異種移植片癌モデルで検出されている（例えば、国際公開第２０１４／０２２３３２号参照）。腫瘍は、ＣＥＡＣＡＭ−１を用いて、免疫システムを阻害できる。したがって、抗ＣＥＡＣＡＭ−１抗体を、本明細書に記載される本発明の抗体と併用して使用できる。
本発明の方法で使用され得る代表的な抗ＬＡＩＲ１抗体は、米国特許第６，４７９，６３８号及び国際公開第２０１０／０７８５８０号に記載されるものである。
本発明の方法で使用され得る代表的な抗ＣＤ９６抗体は、国際公開第２０１５／０２４０６０号に記載されるものである。
本発明の方法で使用され得る代表的な抗ＴＩＭ−３抗体は、本明細書、並びに、国際公開第２０１１／１５５６０７号、同第２０１３／００６４９０号、及び同第２０１５／１１７００２号に記載されるものである。
本発明の方法で使用され得る代表的な抗ＴＩＧＩＴ抗体は、米国特許出願公開第２０１４００５６８９０号及び同第２０１５０２１６９７０号に記載されるものである。代表的な抗ＴＩＧＩＴ抗体は、ＲＧ−６０５８（ＭＴＩＧ−７１９２Ａ）である。
本明細書では、癌動物モデルにおける抗ＴＩＭ−３抗体治療後に腫瘍から単離されたＣＤ８＋Ｔ細胞中で、ＴＩＧＩＴ発現が上昇していることがわかった。したがって、抗ＴＩＭ−３抗体療法を受けたことがある若しくは現在受けている、抗ＴＩＭ−３抗体治療に不応性である、又は抗ＴＩＭ−３抗体治療後若しくは治療中に再発した対象に、ＴＩＧＩＴに特異的に結合するアンタゴニスト抗体を治療的に投与すると、患者の臨床成績を改善する可能性がある。
本発明はまた、治療有効量のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体及びＴＩＧＩＴに特異的に結合するアンタゴニスト抗体を、癌の治療に十分な期間にわたって治療を必要とする対象に投与することを含む、癌の治療方法も提供する。
いくつかの実施形態では、ＴＩＧＩＴに特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体の投与後に投与される。
いくつかの実施形態では、ＴＩＧＩＴに特異的に結合するアンタゴニスト抗体及びＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、それぞれ単独の薬剤として同時に、又はそれぞれ単独の薬剤として任意の順番で順次に投与される。
本発明の方法で使用され得る代表的な抗ＢＴＬＡ抗体は、米国特許第８，５４６，５４１号、同第７，４７９，５４４号、同第８，１８８，２３２号、同第８，２４７，５３７号、同第８，５６３，６９４号及び国際公開第２０１４１８４３６０号に記載されるものである。
本発明の方法で使用され得る代表的な抗ＨＶＥＭ抗体は、米国特許出願公開第２０１１０２８０８６６号に記載されるものである。
本発明の方法で使用され得る代表的なＣＤ４７抗体は、米国特許第８，１０１，７１９号に記載されるものである。
本発明の方法で使用され得る代表的なＣＤ２４４抗体として、米国特許第５，６８８，６９０号に記載されるものが挙げられる。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＴＩＭ−３抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＰＤ−Ｌ２抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＶＩＳＴＡ抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＢＴＮＬ２抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗Ｂ７−Ｈ３抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗Ｂ７−Ｈ４抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＨＶＥＭ抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＨＬＡ２抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＴＬＡ−４抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＬＡＧ−３抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＴＩＭ−３抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＢＴＬＡ抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＤ１６０抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＥＡＣＡＭ−１抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＬＡＩＲ１抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗抗ＴＧＦβ抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＩＬ−１０抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＴＩＧＩＴ抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＫＩＲ抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＮＫＧ２Ａ抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＤ１１２抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＤ４７抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＳＩＲＰＡ抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＤ２４４抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
免疫阻害分子は、Ｔ細胞の機能を調節又は相乗的に調節して、腫瘍免疫逃避を促進できる。したがって、２種以上の阻害分子の阻害剤との併用療法は、単独療法のみと比較して、改善された治療法を患者に提供できる。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、活性化分子の活性剤と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、活性化分子であるＣＤ８６、ＣＤ８０、ＣＤ２８、ＩＣＯＳ、ＩＣＯＳリガンド、ＴＭＩＧＤ２、ＣＤ４０、ＧＩＴＲリガンド、４−１ＢＢリガンド、ＯＸ４０リガンド、ＣＤ７０、ＣＤ４０Ｌ、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＬＩＧＨＴ、ＧＩＴＲ、ＯＸ−４０、ＣＤ２７、ＣＤ１３７、ＮＫＧ２Ｄ、ＣＤ４８、ＣＤ２２６又はＭＩＣＡの活性剤と併用して投与される。
活性化分子の活性化は、例えば、活性化分子、ペプチド又はアゴニスト抗体の可溶性リガンド又はリガンド誘導体を用いて行われ得る。
いくつかの実施形態では、活性化分子の活性剤は、Ｔ細胞活性化分子の可溶性リガンドである。
いくつかの実施形態では、活性化分子の活性剤は、活性化分子に特異的に結合するアゴニスト抗体である。
本発明の方法で使用され得る代表的な抗ＣＤ４０抗体として、それぞれ米国特許第７，２８８，２５１号（抗体２１．４．１）及び米国特許第８，３０３，９５５号に記載されるＣＰ−８７０，８９３及びヒト化Ｓ２Ｃ６、並びに、国際公開第２００１／０５６６０３号、同第２００１／０８３７５５号、同第２０１３／０３４９０４号、及び同第２０１４／０７０９３４号に記載される抗ＣＤ４０抗体が挙げられる。
代表的なＧＩＴＲアゴニストとして、例えば、ＧＩＴＲ融合タンパク質及び抗ＧＩＴＲ抗体（例えば、二価抗ＧＩＴＲ抗体）、例えば、米国特許第６，１１１，０９０号、欧州特許第０９０５０５（Ｂ１）号、米国特許第８，５８６，０２３号、国際公開第２０１０／００３１１８号、及び同第２０１１／０９０７５４号に記載されるＧＩＴＲ融合タンパク質、又は、米国特許第７，０２５，９６２号、同第７，８１２，１３５号、同第８，３８８，９６７号、同第８，５９１，８８６号、及び同第７，６１８，６３２号、欧州特許第１９４７１８３号及び同第１８６６３３９号、又は国際公開第２０１１／０２８６８３号、同第２０１３／０３９９５４号、同第２００５／００７１９０号、同第２００７／１３３８２２号、同第２００５／０５５８０８号、同第１９９９／４０１９６号、同第２００１／０３７２０号、同第１９９９／２０７５８号、同第２００６／０８３２８９号、同第２００５／１１５４５１号、及び同第２０１１／０５１７２６号に記載される抗ＧＩＴＲ抗体が挙げられる。
本明細書では、癌動物モデルにおける抗ＰＤ−１抗体治療後に腫瘍から単離されたＣＤ８＋ Ｔ細胞中で、ＧＩＴＲ発現が上昇していることがわかった。抗ＰＤ−１治療によってＴＩＬでのＧＩＴＲ発現が回復したことは、抗ＧＩＴＲ抗体と抗ＰＤ−１抗体との併用療法が患者の臨床成績を改善できることを支持している。
本発明はまた、治療有効量のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体及びＧＩＴＲに特異的に結合するアゴニスト抗体を、癌の治療に十分な期間にわたって治療を必要とする対象に投与することを含む、癌の治療方法も提供する。
いくつかの実施形態では、ＧＩＴＲに特異的に結合するアゴニスト抗体は、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体の投与後に投与される。
いくつかの実施形態では、ＧＩＴＲに特異的に結合するアゴニスト抗体及びＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、それぞれ単独の薬剤として同時に、又はそれぞれ単独の薬剤として任意の順番で順次に投与される。
本発明の方法で使用され得る代表的なＯＸ４０抗体として、米国特許第８，１３３，９８３号、同第７，９６０，５１５号、米国特許出願公開第２０１３０２８０２７５号、並びに国際公開第２０１３０２８２３１号及び同第２０１４１４８８９５号に記載されるものが挙げられる。
本発明の方法で使用され得る代表的なＯＸ４０抗体は、配列番号３０９のＶＨと配列番号３１０のＶＬとを含む抗体である。
本発明の方法で使用され得る別の代表的なＯＸ４０抗体は、配列番号３１１のＶＨと配列番号３１２のＶＬとを含む抗体である。
本明細書では、癌動物モデルにおける抗ＰＤ−１抗体治療後に腫瘍から単離されたＣＤ８＋ Ｔ細胞中で、ＯＸ４０発現が上昇していることがわかった。抗ＰＤ−１治療によってＴＩＬでのＯＸ４０発現が回復したことは、抗ＯＸ４０抗体と抗ＰＤ−１抗体との併用療法が患者の臨床成績を改善できることを支持している。
本発明はまた、治療有効量のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体及びＯＸ４０に特異的に結合するアゴニスト抗体を、癌の治療に十分な期間にわたって治療を必要とする対象に投与することを含む、癌の治療方法も提供する。
いくつかの実施形態では、ＯＸ４０に特異的に結合するアゴニスト抗体は、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体の投与後に投与される。
いくつかの実施形態では、ＯＸ４０に特異的に結合するアゴニスト抗体及びＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、それぞれ単独の薬剤として同時に、又はそれぞれ単独の薬剤として任意の順番で順次に投与される。
本発明の方法で使用され得る代表的なＣＤ７０抗体として、米国特許出願公開第２０１３０３３６９７６号に記載されるものが挙げられる。
本発明の方法で使用され得る代表的なＴＮＦＲＳＦ２５抗体として、米国特許第７，７０８，９９６号に記載されるものが挙げられる。
本発明の方法で使用され得る代表的なＣＤ２７抗体として、米国特許出願公開第２０１３０３３６９７６号に記載されるものが挙げられる。
本発明の方法で使用され得る代表的なＣＤ１３７抗体として、米国特許第６，９７４，８６３号、同第６，３０３，１２１号、同第７，１３８，５００号、同第７，２８８，６３８号、同第８，７１６，４５２号、同第８，８２１，８６７号、及び米国特許出願公開第２０１３０１４９３０１号に記載されるものが挙げられる。
本明細書では、癌動物モデルにおける抗ＰＤ−１抗体治療後に腫瘍から単離されたＣＤ８＋ Ｔ細胞中で、ＣＤ１３７発現が上昇していることがわかった。抗ＰＤ−１治療によってＴＩＬでのＣＤ１３７発現が回復したことは、抗ＣＤ１３７抗体と抗ＰＤ−１抗体との併用療法が患者の臨床成績を改善できることを支持している。
本発明はまた、治療有効量のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体及びＣＤ１３７に特異的に結合するアゴニスト抗体を、癌の治療に十分な期間にわたって治療を必要とする対象に投与することを含む、癌の治療方法も提供する。
いくつかの実施形態では、ＣＤ１３７に特異的に結合するアゴニスト抗体は、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体の投与後に投与される。
いくつかの実施形態では、ＣＤ１３７に特異的に結合するアゴニスト抗体及びＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体は、それぞれ単独の薬剤として同時に、又はそれぞれ単独の薬剤として任意の順番で順次に投与される。
本発明の方法で使用され得る代表的なＮＫＧ２Ｄ抗体として、米国特許出願公開第２０１１０１５０８７０号に記載されるものが挙げられる。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＤ８６抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＤ８０抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＤ２８抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＩＣＯＳ抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＩＣＯＳリガンド抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＴＭＩＧＤ２抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＤ４０抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＧＩＴＲリガンド抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗４−１ＢＢリガンド抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＯＸ４０リガンド抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＤ７０抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＤ４０Ｌ抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＴＮＦＲＳＦ２５抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＬＩＧＨＴ抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＧＩＴＲ抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＯＸ４０抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＤ２７抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＤ１３７抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＮＫＧ２Ｄ抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＤ４８抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＣＤ２２６抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、抗ＭＩＣＡ抗体又はその抗原結合断片と併用して投与される。
本明細書に列挙される抗体の組み合わせは、例えば別々の抗体として別々に、又は、例えば二重特異性若しくは三重特異性抗体分子として結合させて投与することができる。
本明細書に記載される組み合わせの有効性は、当該技術分野において既知の動物モデルにおいて試験できる。
本明細書に記載される本発明の抗体は、ワクチンと併用して投与されてよい。
代表的なワクチンは、免疫原性剤、例えば、癌性細胞、精製腫瘍抗原（組み換えタンパク質、抗原エピトープ、ペプチド及び炭水化物分子を含む）、遺伝子療法によって患者に送達された腫瘍抗原、細胞、及び、免疫刺激サイトカインをコードする遺伝子をトランスフェクトされた細胞である。使用し得る代表的なワクチンとして、黒色腫抗原のペプチド、例えば、ｇｐ１００、ＭＡＧＥ抗原、Ｔｒｐ−２、ＭＡＲＴ１及び／若しくはチロシナーゼのペプチド、又は、サイトカインＧＭ−ＣＳＦを発現するようトランスフェクトされた腫瘍細胞、ＤＮＡ系ワクチン、ＲＮＡ系ワクチン、及びウイルス形質導入系ワクチン、前立腺抗原のペプチド、又は、肺癌抗原のペプチドが挙げられる。癌ワクチンは、予防剤又は治療剤で有り得る。
腫瘍に対するワクチン接種について多くの実験戦略が考案されている（Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ，Ｓ．，２０００，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ Ｖａｃｃｉｎｅｓ，ＡＳＣＯ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎａｌ Ｂｏｏｋ Ｓｐｒｉｎｇ：６０〜６２；Ｌｏｇｏｔｈｅｔｉｓ，Ｃ．，２０００，ＡＳＣＯ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎａｌ Ｂｏｏｋ Ｓｐｒｉｎｇ：３００〜３０２；Ｋｈａｙａｔ，Ｄ．２０００，ＡＳＣＯ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎａｌ Ｂｏｏｋ Ｓｐｒｉｎｇ：４１４〜４２８；Ｆｏｏｎ，Ｋ．２０００，ＡＳＣＯ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎａｌ Ｂｏｏｋ Ｓｐｒｉｎｇ：７３０〜７３８参照；更に、Ｒｅｓｔｉｆｏ，Ｎ．ａｎｄ Ｓｚｎｏｌ，Ｍ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｖａｃｃｉｎｅｓ，Ｃｈ．６１，ｐｐ．３０２３〜３０４３ ｉｎ ＤｅＶｉｔａ，Ｖ．ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），１９９７，Ｃａｎｃｅｒ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ．Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ参照）。これらの戦略のうちの１つでは、ワクチンは自家又は同種腫瘍細胞を用いて調製される。これらの細胞性ワクチンは、腫瘍細胞がＧＭ−ＣＳＦを発現するように形質導入されるとき、最も効果的であることが示されている。ＧＭ−ＣＳＦは、腫瘍ワクチン接種での抗原提示の強力な活性剤であることが示されている（Ｄｒａｎｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，（１９９３）Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：３５３９〜４３）。
本明細書に記載される本発明の抗体は、腫瘍内又は腫瘍上で発現した組み換えタンパク質及び／又はペプチドに対する免疫応答を起こすため、腫瘍内又は腫瘍上で発現したこれらのタンパク質のうちの１つ又はこれらの集合と併用して投与されてよい。これらのタンパク質は、通常は免疫システムによって自己抗原として見なされるため、寛容性を示す。腫瘍抗原は、タンパク質テロメラーゼを含んでもよく、これは、染色体のテロメア合成に必要であり、８５％を超えるヒト癌と、限られた数の体細胞組織のみで発現している（Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，（１９９４）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６６：２０１１〜２０１３）。腫瘍抗原は、タンパク質配列を変える、若しくは、２つの無関係の配列間（例えば、フィラデルフィア染色体中のｂｃｒ−ａｂｌ）で融合タンパク質をもたらす体細胞突然変異の結果、癌細胞中若しくはがん細胞上で発現する「ネオ抗原」、又は、Ｂ細胞腫瘍由来のイディオタイプであってもよい。腫瘍抗原は、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）、メソセリン、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、滑膜肉腫Ｘ２（ＳＳＸ２）、ＮＫＸ３．１、前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）の抗原エピトープ、又は、上皮増殖因子受容体若しくはＥＧＦＲ変異体特有のペプチド、例えば、腫瘍細胞上に過剰発現した周知のＥＧＦＲｖＩＩＩであってよい。
その他腫瘍ワクチンとして、ヒト癌に関連するウイルス、例えば、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、肝炎ウイルス（ＨＢＶ及びＨＣＶ）、及びカポジ肉腫ヘルペスウイルス（ＫＨＳＶ）、及びエプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）由来のタンパク質を挙げてよい。本明細書に記載される本発明の抗体と併用して使用され得る腫瘍特異的抗原の別の形態は、腫瘍組織自体から単離された精製熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）である。ＨＳＰは、腫瘍細胞由来のタンパク質の断片を含み、腫瘍免疫を誘発するため、抗原提示細胞への送達に非常に効率的である（Ｓｕｏｔ ａｎｄ Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ（１９９５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６９：１５８５〜１５８８；Ｔａｍｕｒａ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７８：１１７〜１２０）。
樹状細胞（ＤＣ）は、抗原特異的応答を刺激するのに使用できる強力な抗原提示細胞である。ＤＣは、ｅｘ ｖｉｖｏで産生され、様々なタンパク質及びペプチド抗原、並びに腫瘍細胞抽出物を有し得る（Ｎｅｓｔｌｅ ｅｔ ａｌ．，（１９９８）Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ４：３２８〜３３２）。ＤＣは、遺伝学的方法で形質導入され、これらの腫瘍抗原を発現することもできる。ＤＣはまた、免疫化目的で、腫瘍細胞に直接融合されている（Ｋｕｇｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，（２０００）Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ６：３３２〜３３６）。ワクチン接種の方法として、ＤＣ接種は、本明細書に記載される本発明の抗体と効果的に組み合わせられ、より強力な抗腫瘍応答を活性化できる。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、ポリペプチド若しくはその断片、又は、腫瘍細胞上で発現するポリペプチド若しくはそれらの断片をコードするＤＮＡ若しくはＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞上で発現するポリペプチド又はそれらの断片は、ＰＳＭＡである。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞上で発現するポリペプチド又はそれらの断片は、メソセリンである。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞上で発現するポリペプチド又はそれらの断片は、ＥＧＦＲ又はＥＧＦＲｖＩＩＩなどのＥＧＦＲ変異体である。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞上で発現するポリペプチド又はそれらの断片は、ＰＡＰである。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞上で発現するポリペプチド又はそれらの断片は、滑膜肉腫Ｘ２（ＳＳＸ２）である。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞上で発現するポリペプチド又はそれらの断片は、ＮＫＸ３．１である。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞は、黒色腫、肺癌、扁平上皮非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、非扁平上皮ＮＳＣＬＣ、結腸直腸癌、前立腺癌、去勢抵抗性前立腺癌、卵巣癌、胃部癌、肝癌、膵臓癌、甲状腺癌、頭頸部の扁平上皮癌、食道又は胃腸管の癌腫又は乳癌細胞である。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、腎細胞癌（ＲＣＣ）ワクチンと併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、肺癌ワクチンと併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、前立腺癌ワクチンと併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、肺癌ワクチンと併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、ＥＧＦＲ若しくはＥＧＦＲｖＩＩＩのペプチド断片、又は、ＥＧＦＲ若しくはＥＧＦＲｖＩＩＩのペプチド断片をコードするベクターを含む腫瘍ワクチンと併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、メソセリンのペプチド断片、又は、メソセリンのペプチド断片をコードするベクターを含む腫瘍ワクチンと併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、又は本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体は、前立腺特異的抗原のペプチド断片、又は、前立腺特異的抗原のペプチド断片をコードするベクターを含む腫瘍ワクチンと併用して投与される。
本発明の方法で使用され得る好適なベクターは周知であり、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、最小限核酸ベクター（ＭＮＡＶ）、ワクシニアウイルス、鶏痘ウイルス（flow pox virus）、アルファウイルス由来ＶＲＰ、サッカロマイセス・セルビシエ、ＭＶＡ、リステリア菌、ｐＶＡＸ系プラスミドが挙げられ、例えば、Ｐｏｌ ｅｔ ａｌ．，（２０１４）Ｏｎｃｏｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １（３）：ｅ２８１８５を参照されたい。
本発明の抗体は、癌の標準治療と併用して投与されてよい。
本明細書に記載される本発明の抗体は、標準的な癌の化学療法レジメンと併用して投与されてよい。これらの場合、投与される化学療法薬の用量の減少が可能であり得る（Ｍｏｋｙｒ ｅｔ ａｌ．，（１９９８）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５８：５３０１〜５３０４）。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、他の抗体分子、化学療法、別の抗癌療法（例えば、標的化抗癌療法、又は腫瘍溶解性薬）、細胞毒性剤、サイトカイン、外科的及び／又は放射線治療のうち、１つ又は２つ以上と併用して投与されてよい。
本発明の抗体と併用して投与され得る代表的な細胞毒性剤として、微小管阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、代謝拮抗剤、有糸分裂阻害剤、アルキル化剤、アントラサイクリン、ビンカアルカロイド、挿入剤、シグナル伝達経路の干渉能がある薬剤、アポトーシスを促進する薬剤、プロテアソーム（proteosome）阻害剤、及び放射線（例えば、局所又は全身照射）が挙げられる。
標準治療薬として、アナストロゾール（Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、ビカルタミド（Ｃａｓｏｄｅｘ（登録商標））、硫酸ブレオマイシン（Ｂｌｅｎｏｘａｎｅ（登録商標））、ブスルファン（Ｍｙｌｅｒａｎ（登録商標））、ブスルファン注（Ｂｕｓｕｌｆｅｘ（登録商標））、カペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ（登録商標））、Ｎ４−ペントキシカルボニル−５−デオキシ−５−フルオロシチジン、カルボプラチン（Ｐａｒａｐｌａｔｉｎ（登録商標））、カルムスチン（ＢｉＣＮＵ（登録商標））、クロラムブシル（Ｌｅｕｋｅｒａｎ（登録商標））、シスプラチン（Ｐｌａｔｉｎｏｌ（登録商標））、クラドリビン（Ｌｅｕｓｔａｔｉｎ（登録商標））、シクロホスファミド（Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標）又はＮｅｏｓａｒ（登録商標））、シタラビン、シトシンアラビノシド（Ｃｙｔｏｓａｒ−Ｕ（登録商標））、シタラビンリポソーム注（ＤｅｐｏＣｙｔ（登録商標））、ダカルバジン（ＤＴＩＣ−Ｄｏｍｅ（登録商標））、ダクチノマイシン（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｉｎ Ｄ、Ｃｏｓｍｅｇａｎ）、塩酸ダウノルビシン（Ｃｅｒｕｂｉｄｉｎｅ（登録商標））、クエン酸ダウノルビシンリポソーム注（ＤａｕｎｏＸｏｍｅ（登録商標））、デキサメタゾン、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ（登録商標））、塩酸ドキソルビシン（Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ（登録商標）、Ｒｕｂｅｘ（登録商標））、エトポシド（Ｖｅｐｅｓｉｄ（登録商標））、リン酸フルダラビン（Ｆｌｕｄａｒａ（登録商標））、５−フルオロウラシル（Ａｄｒｕｃｉｌ（登録商標）、Ｅｆｕｄｅｘ（登録商標））、フルタミド（Ｅｕｌｅｘｉｎ（登録商標））、テザシチビン（tezacitibine）、ゲムシタビン（ジフルオロデオキシシチジン）、ヒドロキシ尿素（Ｈｙｄｒｅａ（登録商標））、イダルビシン（Ｉｄａｍｙｃｉｎ（登録商標））、イホスファミド（ＩＦＥＸ（登録商標））、イリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ（登録商標））、Ｌ−アスパラギナーゼ（ＥＬＳＰＡＲ（登録商標））、ロイコボリンカルシウム、メルファラン（Ａｌｋｅｒａｎ（登録商標））、６−メルカプトプリン（Ｐｕｒｉｎｅｔｈｏｌ（登録商標））、メトトレキサート（Ｆｏｌｅｘ（登録商標））、ミトキサントロン（Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ（登録商標））、パクリタキセル（Ｔａｘｏｌ（登録商標））、ｐｈｏｅｎｉｘ（Ｙｔｔｒｉｕｍ９０／ＭＸ−ＤＴＰＡ）、ペントスタチン、ポリフェプロザン２０カルムスチンインプラント（Ｇｌｉａｄｅｌ（登録商標））、クエン酸タモキシフェン（Ｎｏｌｖａｄｅｘ（登録商標））、テニポシド（Ｖｕｍｏｎ（登録商標））、６−チオグアニン、チオテパ、チラパザミン（Ｔｉｒａｚｏｎｅ（登録商標））、注射用塩酸トポテカン（Ｈｙｃａｍｐｔｉｎ（登録商標））、ビンブラスチン（Ｖｅｌｂａｎ（登録商標））、ビンクリスチン（Ｏｎｃｏｖｉｎ（登録商標））、ビノレルビン（Ｎａｖｅｌｂｉｎｅ（登録商標））、イブルチニブ、イデラリシブ、及びブレンツキシマブベドチンが挙げられる。
代表的なアルキル化剤として、ナイトロジェンマスタード、エチレンイミン誘導体、スルホン酸アルキル、ニトロソ尿素及びトリアゼン：ウラシルマスタード（Ａｍｉｎｏｕｒａｃｉｌ Ｍｕｓｔａｒｄ（登録商標）、Ｃｈｌｏｒｅｔｈａｍｉｎａｃｉｌ（登録商標）、Ｄｅｍｅｔｈｙｌｄｏｐａｎ（登録商標）、Ｄｅｓｍｅｔｈｙｌｄｏｐａｎ（登録商標）、Ｈａｅｍａｎｔｈａｍｉｎｅ（登録商標）、Ｎｏｒｄｏｐａｎ（登録商標）、Ｕｒａｃｉｌ Ｎｉｔｒｏｇｅｎ Ｍｕｓｔａｒｄ（登録商標）、Ｕｒａｃｉｌｌｏｓｔ（登録商標）、Ｕｒａｃｉｌｍｏｓｔａｚａ（登録商標）、Ｕｒａｍｕｓｔｉｎ（登録商標）、Ｕｒａｍｕｓｔｉｎｅ（登録商標））、クロルメチン（Ｍｕｓｔａｒｇｅｎ（登録商標））、シクロホスファミド（Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標）、Ｎｅｏｓａｒ（登録商標）、Ｃｌａｆｅｎ（登録商標）、Ｅｎｄｏｘａｎ（登録商標）、Ｐｒｏｃｙｔｏｘ（登録商標）、Ｒｅｖｉｍｍｕｎｅ（商標））、イホスファミド（Ｍｉｔｏｘａｎａ（登録商標））、メルファラン（Ａｌｋｅｒａｎ（登録商標））、クロラムブシル（Ｌｅｕｋｅｒａｎ（登録商標））、ピポブロマン（Ａｍｅｄｅｌ（登録商標）、Ｖｅｒｃｙｔｅ（登録商標））、トリエチレンメラミン（Ｈｅｍｅｌ（登録商標）、Ｈｅｘａｌｅｎ（登録商標）、Ｈｅｘａｓｔａｔ（登録商標））、トリエチレンチオホスホラミン、テモゾロミド（Ｔｅｍｏｄａｒ（登録商標））、チオテパ（Ｔｈｉｏｐｌｅｘ（登録商標））、ブスルファン（Ｂｕｓｉｌｖｅｘ（登録商標）、Ｍｙｌｅｒａｎ（登録商標））、カルムスチン（ＢｉＣＮＵ（登録商標））、ロムスチン（ＣｅｅＮＵ（登録商標））及びストレプトゾシン（Ｚａｎｏｓａｒ（登録商標））が挙げられる。追加の代表的なアルキル化剤として、オキサリプラチン（Ｅｌｏｘａｔｉｎ（登録商標））、テモゾロミド（Ｔｅｍｏｄａｒ（登録商標）及びＴｅｍｏｄａｌ（登録商標））、ダクチノマイシン（アクチノマイシン−Ｄとしても知られる、Ｃｏｓｍｅｇｅｎ（登録商標））、アルトレタミン（ヘキサメチルメラミン（ＨＭＭ）としても知られる、Ｈｅｘａｌｅｎ（登録商標））、ベンダムスチン（Ｔｒｅａｎｄａ（登録商標））、カルボプラチン（Ｐａｒａｐｌａｔｉｎ（登録商標））、ロムスチン（ＣＣＮＵとしても知られる、ＣｅｅＮＵ（登録商標））、シスプラチン（ＣＤＤＰとしても知られる、Ｐｌａｔｉｎｏｌ（登録商標）及びＰｌａｔｉｎｏｌ（登録商標）−ＡＱ）、クロラムブシル（Ｌｅｕｋｅｒａｎ（登録商標））、プレドニムスチン、プロカルバジン（Ｍａｔｕｌａｎｅ（登録商標））、及びチオテパ（チオホスホアミド、ＴＥＳＰＡ及びＴＳＰＡとしても知られる、Ｔｈｉｏｐｌｅｘ（登録商標））が挙げられる。
代表的なアントラサイクリンとして、例えば、ドキソルビシン（Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ（登録商標）及びＲｕｂｅｘ（登録商標））；ブレオマイシン（Ｌｅｎｏｘａｎｅ（登録商標））、ダウノルビシン（塩酸ダウノルビシン、ダウノマイシン、及び塩酸ルビドマイシン、Ｃｅｒｕｂｉｄｉｎｅ（登録商標））、リポソーム化ダウノルビシン（クエン酸ダウノルビシンリポソーム、ＤａｕｎｏＸｏｍｅ（登録商標））、ミトキサントロン（ＤＨＡＤ、Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ（登録商標））、エピルビシン（Ｅｌｌｅｎｃｅ（商標））、イダルビシン（Ｉｄａｍｙｃｉｎ（登録商標）、Ｉｄａｍｙｃｉｎ ＰＦＳ（登録商標））、マイトマイシンＣ（Ｍｕｔａｍｙｃｉｎ（登録商標））、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、ラビドマイシン、及びデスアセチルラビドマイシンが挙げられる。
本発明の抗体と併用して使用され得る代表的なビンカアルカロイドとして、酒石酸ビノレルビン（Ｎａｖｅｌｂｉｎｅ（登録商標））、ビンクリスチン（Ｏｎｃｏｖｉｎ（登録商標））、及びビンデシン（Ｅｌｄｉｓｉｎｅ（登録商標））、ビンブラスチン（硫酸ビンブラスチン、ビンカロイコブラスチン及びＶＬＢとしても知られる、Ａｌｋａｂａｎ−ＡＱ（登録商標）及びＶｅｌｂａｎ（登録商標））及びビノレルビン（Ｎａｖｅｌｂｉｎｅ（登録商標））が挙げられる。
本発明の抗体と併用して使用され得る代表的なプロテアソーム阻害剤は、ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標））；カーフィルゾミブ（Ｋｙｐｒｏｌｉｓ（登録商標））、イキサゾミブ（Ｎｉｎｌａｒｏ（登録商標））、マリゾミブ（ＮＰＩ−００５２）及びデランゾミブ（ＣＥＰ−１８７７０）である。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）阻害剤）と併用して投与される。代表的なチロシンキナーゼ阻害剤として、上皮増殖因子（ＥＧＦ）経路阻害剤（例えば、上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）阻害剤）、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）経路阻害剤（例えば、血管内皮増殖因子受容体（ＶＥＧＦＲ）阻害剤（例えば、ＶＥＧＦＲ−１阻害剤、ＶＥＧＦＲ−２阻害剤、ＶＥＧＦＲ−３阻害剤）、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）経路阻害剤（例えば、血小板由来増殖因子受容体（ＰＤＧＦＲ）阻害剤（例えば、ＰＤＧＦＲ−β阻害剤）、ＲＡＦ−１阻害剤、ＫＩＴ阻害剤及びＲＥＴ阻害剤が挙げられる。いくつかの実施形態では、第２の治療薬は、アキシチニブ（ＡＧ０１３７３６）、ボスチニブ（ＳＫＩ−６０６）、セジラニブ（ＲＥＣＥＮＴＩＮ（商標）、ＡＺＤ２１７１）、ダサチニブ（ＳＰＲＹＣＥＬ（登録商標）、ＢＭＳ−３５４８２５）、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標））、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標））、イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標）、ＣＧＰ５７１４８Ｂ、ＳＴＩ−５７１）、ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標）、ＴＹＶＥＲＢ（登録商標））、レスタウルチニブ（ＣＥＰ−７０１）、ネラチニブ（ＨＫＩ−２７２）、ニロチニブ（ＴＡＳＩＧＮＡ（登録商標））、セマクサニブ（セマキシニブ、ＳＵ５４１６）、スニチニブ（ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、ＳＵ１１２４８）、トセラニブ（ＰＡＬＬＡＤＩＡ（登録商標））、バンデタニブ（ＺＡＣＴＩＭＡ（登録商標）、ＺＤ６４７４）、バタラニブ（ＰＴＫ７８７、ＰＴＫ／ＺＫ）、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標））、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））、リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標））、セツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標））、パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ（登録商標））、ラニビズマブ（Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標））、ニロチニブ（ＴＡＳＩＧＮＡ（登録商標））、ソラフェニブ（ＮＥＸＡＶＡＲ（登録商標））、アレムツズマブ（ＣＡＭＰＡＴＨ（登録商標））、ゲムツズマブオゾガマイシン（ＭＹＬＯＴＡＲＧ（登録商標））、ＥＮＭＤ−２０７６、ＰＣＩ−３２７６５、ＡＣ２２０、乳酸ドビチニブ（ＴＫＩ２５８、ＣＨＩＲ−２５８）、ＢＩＢＷ ２９９２（ＴＯＶＯＫ（商標））、ＳＧＸ５２３、ＰＦ−０４２１７９０３、ＰＦ−０２３４１０６６、ＰＦ−２９９８０４、ＢＭＳ−７７７６０７、ＡＢＴ−８６９、ＭＰ４７０、ＢＩＢＦ １１２０（ＶＡＲＧＡＴＥＦ（登録商標））、ＡＰ２４５３４、ＪＮＪ−２６４８３３２７、ＭＧＣＤ２６５、ＤＣＣ−２０３６、ＢＭＳ−６９０１５４、ＣＥＰ−１１９８１、チボザニブ（ＡＶ−９５１）、ＯＳＩ−９３０、ＭＭ−１２１、ＸＬ−１８４、ＸＬ−６４７、ＸＬ２２８、ＡＥＥ７８８、ＡＧ−４９０、ＡＳＴ−６、ＢＭＳ−５９９６２６、ＣＵＤＣ−１０１、ＰＤ１５３０３５、ペリチニブ（ＥＫＢ−５６９）、バンデタニブ（ｚａｃｔｉｍａ）、ＷＺ３１４６、ＷＺ４００２、ＷＺ８０４０、ＡＢＴ−８６９（リニファニブ）、ＡＥＥ７８８、ＡＰ２４５３４（ポナチニブ）、ＡＶ−９５１（チボザニブ）、アキシチニブ、ＢＡＹ ７３−４５０６（レゴラフェニブ）、ブリバニブアラニネート（ＢＭＳ−５８２６６４）、ブリバニブ（ＢＭＳ−５４０２１５）、セジラニブ（ＡＺＤ２１７１）、ＣＨＩＲ−２５８（ドビチニブ）、ＣＰ ６７３４５１、ＣＹＣ１１６、Ｅ７０８０、Ｋｉ８７５１、マシチニブ（ＡＢ１０１０）、ＭＧＣＤ−２６５、モテサニブ二リン酸塩（ＡＭＧ−７０６）、ＭＰ−４７０、ＯＳＩ−９３０、塩酸パゾパニブ、ＰＤ１７３０７４、トシル酸ソラフェニブ（Ｂａｙ ４３−９００６）、ＳＵ ５４０２、ＴＳＵ−６８（ＳＵ６６６８）、バタラニブ、ＸＬ８８０（ＧＳＫ１３６３０８９、ＥＸＥＬ−２８８０）である。選択されるチロシンキナーゼ阻害剤は、スニチニブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、又はソラフェニブから選ばれる。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ阻害剤は、配列番号２４９、２５０、２５１及び２５２の重鎖及び軽鎖を含む、二重特異性ＥＧＦＲｃ−Ｍｅｔ抗体（ＥＭ−１ｍＡｂ）である（米国特許出願公開第２０１４／０１４１０００号）。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標））、アキシチニブ（Ｉｎｌｙｔａ（登録商標））、ブリバニブアラニネート（ＢＭＳ−５８２６６４、（Ｓ）−（（Ｒ）−１−（４−（４−フルオロ−２−メチル−１Ｈ−インドール−５−イルオキシ）−５−メチルピロロ［２，１−ｆ］［１，２，４］トリアジン−６−イルオキシ）プロパン−２−イル）２−アミノプロパノエート）などの血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）受容体阻害剤、ソラフェニブ（Ｎｅｘａｖａｒ（登録商標））；パゾパニブ（Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））、リンゴ酸スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））、セジラニブ（ＡＺＤ２１７１、ＣＡＳ ２８８３８３−２０−１）、ｖａｒｇａｔｅｆ（ＢＩＢＦ１１２０、ＣＡＳ ９２８３２６−８３−４）、フォレチニブ（ＧＳＫ１３６３０８９）、テラチニブ（ＢＡＹ５７−９３５２、ＣＡＳ ３３２０１２−４０−５）、アパチニブ（ＹＮ９６８Ｄ１、ＣＡＳ ８１１８０３−０５−１）、イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標））、ポナチニブ（ＡＰ２４５３４、ＣＡＳ ９４３３１９−７０−８）、チボザニブ（ＡＶ９５１、ＣＡＳ ４７５１０８−１８−０）、レゴラフェニブ（ＢＡＹ７３−４５０６、ＣＡＳ ７５５０３７−０３−７）、バタラニブ二塩酸塩（ＰＴＫ７８７、ＣＡＳ ２１２１４１−５１−０）、ブリバニブ（ＢＭＳ−５４０２１５、ＣＡＳ ６４９７３５−４６−６）、バンデタニブ（Ｃａｐｒｅｌｓａ（登録商標）又はＡＺＤ６４７４）、モテサニブ二リン酸塩（ＡＭＧ ７０６、ＣＡＳ ８５７８７６−３０−３、Ｎ−（２，３−ジヒドロ−３，３−ジメチル−１Ｈ−インドール−６−イル）−２−［（４−ピリジニルメチル）アミノ］−３−ピリジンカルボキサミド、国際公開第０２／０６６４７０号に記載）、ドビチニブ二乳酸（ＴＫＩ２５８、ＣＡＳ ８５２４３３−８４−２）、リニファニブ（linfanib）（ＡＢＴ８６９、ＣＡＳ ７９６９６７−１６−３）；カボザンチニブ（ＸＬ１８４、ＣＡＳ ８４９２１７−６８−１）、レスタウルチニブ（ＣＡＳ １１１３５８−８８−４）；Ｎ−［５−［［［５−（１，１−ジメチルエチル）−２−オキサゾリル］メチル］チオ］−２−チアゾリル］−４−ピペリジンカルボキサミド（ＢＭＳ３８７０３、ＣＡＳ ３４５６２７−８０−７）；（３Ｒ，４Ｒ）−４−アミノ−１−（（４−（（３−メトキシフェニル）アミノ）ピロロ［２，１−ｆ］［１，２，４］トリアジン−５−イル）メチル）ピペリジン−３−オール（ＢＭＳ６９０５１４）；Ｎ−（３，４−ジクロロ−２−フルオロフェニル）−６−メトキシ−７−［［（３ａα，５β，６ａα）−オクタヒドロ−２−メチルシクロペンタ［ｃ］ピロール−５−イル］メトキシ］−４−キナゾリンアミン（ＸＬ６４７、ＣＡＳ ７８１６１３−２３−８）；４−メチル−３−［［１−メチル−６−（３−ピリジニル）−１Ｈ−ピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジン−４−イル］アミノ］−Ｎ−［３−（トリフルオロメチル）フェニル］−ベンズアミド（ＢＨＧ７１２、ＣＡＳ ９４０３１０−８５−０）；及びアフリベルセプト（Ｅｙｌｅａ（登録商標））と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、ＰＩ３Ｋ阻害剤と併用して投与される。一実施形態では、ＰＩ３Ｋ阻害剤は、ＰＩ３Ｋのδ及びγアイソフォームの阻害剤である。使用され得る代表的なＰＩ３Ｋ阻害剤は、例えば、国際公開第２０１０／０３６３８０号、同第２０１０／００６０８６号、同第０９／１１４８７０号、同第０５／１１３５５６号、ＧＳＫ ２１２６４５８、ＧＤＣ−０９８０、ＧＤＣ−０９４１、Ｓａｎｏｆｉ ＸＬ１４７、ＸＬ７５６、ＸＬ１４７、ＰＦ−４６９１５０３２、ＢＫＭ １２０、ＣＡＬ−１０１、ＣＡＬ ２６３、ＳＦ１１２６、ＰＸ−８８６、及び二重ＰＩ３Ｋ阻害剤（例えば、Ｎｏｖａｒｔｉｓ ＢＥＺ２３５）に記載されている。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、ｍＴＯＲ阻害剤、例えば、ラパマイシン、テムシロリムス（ＴＯＲＩＳＥＬ（登録商標））、ＡＺＤ８０５５、ＢＥＺ２３５、ＢＧＴ２２６、ＸＬ７６５、ＰＦ−４６９１５０２、ＧＤＣ０９８０、ＳＦ１１２６、ＯＳＩ−０２７、ＧＳＫ１０５９６１５、ＫＵ−００６３７９４、ＷＹＥ−３５４、Ｐａｌｏｍｉｄ ５２９（Ｐ５２９）、ＰＦ−０４６９１５０２、又はＰＫＩ−５８７．リダフォロリムス（以前はデフェロリムスとして知られる、（１Ｒ，２Ｒ，４Ｓ）−４−［（２Ｒ）−２［（１Ｒ，９Ｓ，１２Ｓ，１５Ｒ，１６Ｅ，１８Ｒ，１９Ｒ，２１Ｒ，２３Ｓ，２４Ｅ，２６Ｅ，２８Ｚ，３０Ｓ，３２Ｓ，３５Ｒ）−１，１８−ジヒドロキシ−１９，３０−ジメトキシ−１５，１７，２１，２３，２９，３５−ヘキサメチル−２，３，１０，１４，２０−ペンタオキソ−１１，３６−ジオキサ−４−アザトリシクロ［３０．３．１．０４，９］ヘキサトリアコンタ−１６，２４，２６，２８−テトラエン−１２−イル］プロピル］−２−メトキシシクロヘキシルジメチルホスフィナート、ＡＰ２３５７３及びＭＫ８６６９としても知られる、国際公開第０３／０６４３８３号に記載）；エベロリムス（Ａｆｉｎｉｔｏｒ（登録商標）又はＲＡＤ００１）；ラパマイシン（ＡＹ２２９８９、Ｓｉｒｏｌｉｍｕｓ（登録商標））；セマピモド（ＣＡＳ １６４３０１−５１−３）；エムシロリムス、（５−｛２，４−ビス［（３Ｓ）−３−メチルモルホリン−４−イル］ピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル｝−２−メトキシフェニル）メタノール（ＡＺＤ８０５５）；２−アミノ−８−［トランス−４−（２−ヒドロキシエトキシ）シクロヘキシル］−６−（６−メトキシ−３−ピリジニル）−４−メチル−ピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン（ＰＦ０４６９１５０２、ＣＡＳ １０１３１０１−３６−４）；及び、Ｎ２−［１，４−ジオキソ−４−［［４−（４−オキソ−８−フェニル−４Ｈ−１−ベンゾピラン−２−イル）モルホリニウム−４−イル］メトキシ］ブチル］−Ｌ−アルギニルグリシル−Ｌ−α−アスパルチル−セリン−（配列番号２３７）、分子内塩（ＳＦ１１２６、ＣＡＳ ９３６４８７−６７−１）、及びＸＬ７６５のうち１つ又は２つ以上から選択される１つ又は２つ以上のｍＴＯＲ阻害剤と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、ＢＲＡＦ阻害剤、例えば、ＧＳＫ２１１８４３６、ＲＧ７２０４、ＰＬＸ４０３２、ＧＤＣ−０８７９、ＰＬＸ４７２０、及びトシル酸ソラフェニブ（Ｂａｙ ４３−９００６）と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、ＭＥＫ阻害剤と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、ＪＡＫ２阻害剤、例えば、ＣＥＰ−７０１、ＩＮＣＢ１８４２４、ＣＰ−６９０５５０（タソシチニブ）と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、パクリタキセル又はパクリタキセル製剤、例えば、ＴＡＸＯＬ（登録商標）、タンパク質結合パクリタキセル（例えば、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））と併用して投与される。代表的なパクリタキセル製剤として、ナノ粒子アルブミン結合パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ、販売Ａｂｒａｘｉｓ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ドコサヘキサエン酸結合パクリタキセル（ＤＨＡ−パクリタキセル、Ｔａｘｏｐｒｅｘｉｎ、販売Ｐｒｏｔａｒｇａ）、ポリグルタミン酸結合パクリタキセル（ＰＧ−パクリタキセル、ｐａｃｌｉｔａｘｅｌ ｐｏｌｉｇｌｕｍｅｘ、ＣＴ−２１０３、ＸＹＯＴＡＸ、販売Ｃｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ）、腫瘍活性化プロドラッグ（ＴＡＰ）、ＡＮＧ１０５（３分子のパクリタキセルに結合したＡｎｇｉｏｐｅｐ−２、販売ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）、パクリタキセル−ＥＣ−１（ｅｒｂＢ２認識ペプチドＥＣ−１に結合したパクリタキセル；Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ（２００７）８７：２２５〜２３０参照）、及びグルコース結合型パクリタキセル（例えば、２’−パクリタキセルメチル２−グルコピラノシルスクシナート、Ｌｉｕｅｔ ａｌ．，（２００７）Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ ＆ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｌｅｔｔｅｒｓ １７：６１７〜６２０参照）が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、細胞免疫療法（例えば、Ｐｒｏｖｅｎｇｅ（例えば、Ｓｉｐｕｌｅｕｃｅｌ））と併用して、及び任意追加的にシクロホスファミドと併用して投与される。
膵臓癌の治療のため本発明の抗体と併用して使用され得る代表的な治療薬として、化学療法剤、例えば、パクリタキセル又はパクリタキセル製剤（例えば、パクリタキセル製剤、例えば、ＴＡＸＯＬ、アルブミン−安定化ナノ粒子パクリタキセル製剤（例えば、ＡＢＲＡＸＡＮＥ）又はリポソーム化パクリタキセル製剤）；ゲムシタビン（例えば、ゲムシタビン単独又はＡＸＰ１０７−１１と併用）；その他化学療法剤、例えば、オキサリプラチン、５−フルオロウラシル、カペシタビン、ルビテカン、塩酸エピルビシン、ＮＣ−６００４、シスプラチン、ドセタキセル（例えば、ＴＡＸＯＴＥＲＥ）、マイトマイシンＣ、イホスファミド；インターフェロン；チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、ＥＧＦＲ阻害剤（例えば、エルロチニブ、パニツムマブ、セツキシマブ、ニモツズマブ）；ＨＥＲ２／ｎｅｕ受容体阻害剤（例えば、トラスツズマブ）；二重キナーゼ阻害剤（例えば、ボスチニブ、サラカチニブ、ラパチニブ、バンデタニブ）；多種キナーゼ阻害剤（例えば、ソラフェニブ、スニチニブ、ＸＬ１８４、パゾパニブ）；ＶＥＧＦ阻害剤（例えば、ベバシズマブ、ＡＶ−９５１、ブリバニブ）；放射免疫療法（例えば、ＸＲ３０３）；癌ワクチン（例えば、ＧＶＡＸ、サバイビンペプチド）；ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ）；ＩＧＦ−１受容体阻害剤（例えば、ＡＭＧ ４７９、ＭＫ−０６４６）；ｍＴＯＲ阻害剤（例えば、エベロリムス、テムシロリムス）、ＩＬ−６阻害剤（例えば、ＣＮＴＯ ３２８）；サイクリン依存性キナーゼ阻害剤（例えば、Ｐ２７６−００、ＵＣＮ−０１）；エネルギー代謝を変化させる（ＡＥＭＤ）化合物（例えば、ＣＰＩ−６１３）；ＨＤＡＣ阻害剤（例えば、ボリノスタット）；ＴＲＡＩＬ受容体２（ＴＲ−２）アゴニスト（例えば、コナツムマブ）；ＭＥＫ阻害剤（例えば、ＡＳ７０３０２６、セルメチニブ、ＧＳＫ１１２０２１２）；Ｒａｆ／ＭＥＫ二重キナーゼ阻害剤（例えば、ＲＯ５１２６７６６）、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達阻害剤（例えば、ＭＫ０７５２）、モノクローナル抗体−抗体融合タンパク質（例えば、Ｌ１９ＩＬ２）、クルクミン；ＨＳＰ９０阻害剤（例えば、タネスピマイシン、ＳＴＡ−９０９０）、ｒＩＬ−２；デニロイキンジフチトクス；トポイソメラーゼ１阻害剤（例えば、イリノテカン、ＰＥＰ０２）；スタチン（例えば、シムバスタチン）、第ＶＩＩａ因子阻害剤（例えば、ＰＣＩ−２７４８３）、ＡＫＴ阻害剤（例えば、ＲＸ−０２０１）、低酸素活性化プロドラッグ（例えば、ＴＨ−３０２）、塩酸メトホルミン、γ−セクレターゼ阻害剤（例えば、Ｒ０４９２９０９７）、リボヌクレオチドレダクターゼ阻害剤（例えば、３−ＡＰ）、免疫毒素（例えば、ＨｕＣ２４２−ＤＭ４）、ＰＡＲＰ阻害剤（例えば、ＫＵ−００５９４３６、ベリパリブ）、ＣＴＬＡ−４阻害剤（例えば、ＣＰ−６７５，２０６、イピリムマブ）、ＡｄＶ−ｔｋ療法、プロテアソーム阻害剤（例えば、ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ）、ＮＰＩ−００５２）、チアゾリジンジオン（例えば、ピオグリタゾン）、ＮＰＣ−１Ｃ；オーロラキナーゼ阻害剤（例えば、Ｒ７６３／ＡＳ７０３５６９）、ＣＴＧＦ阻害剤（例えば、ＦＧ−３０１９）、ｓｉＧ１２Ｄ ＬＯＤＥＲ及び放射線療法（例えば、トモセラピー、定位放射、陽子線療法）、手術、及びこれらの組み合わせが挙げられる。特定の実施形態では、パクリタキセル又はパクリタキセル製剤とゲムシタビンの組み合わせが、本発明の抗体と使用できる。
小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）の治療に本発明の抗体と併用して使用され得る代表的な治療薬として、ＳＣＬＣの治療に対して承認されている薬剤、例えば、メトトレキサート（Ｆｏｌｅｘ（登録商標）、Ｍｅｘａｔｅ（登録商標））、エベロリムス（Ａｆｉｎｉｔｏｒ（登録商標））、塩酸ドキソルビシン、リン酸エトポシド（Ｅｔｏｐｏｐｈｏｓ（登録商標））、塩酸トポテカン（Ｈｙｃａｍｔｉｎ（登録商標））、塩酸メクロレタミン（Ｍｕｓｔａｒｇｅｎ（登録商標））、塩酸トポテカンが挙げられる。使用され得る他の治療薬は、カルボプラチン、シスプラチン、オキサリプラチン、イリノテカン、ゲムシタビン、リポソーム化ＳＮ−３８、ベンダムスチン、テモゾロミド、ベロテカン、ＮＫ０１２、ＦＲ９０１２２８、フラボピリドール）、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、ＥＧＦＲ阻害剤（例えば、エルロチニブ、ゲフィチニブ、セツキシマブ、パニツムマブ）、多種キナーゼ阻害剤（例えば、ソラフェニブ、スニチニブ）、ＶＥＧＦ阻害剤（例えば、ベバシズマブ、バンデタニブ）、癌ワクチン（例えば、ＧＶＡＸ）；Ｂｃｌ−２阻害剤（例えば、オブリメルセンナトリウム、ＡＢＴ−２６３）、プロテアソーム阻害剤（例えば、ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ）、ＮＰＩ−００５２）、パクリタキセル又はパクリタキセル製剤；ドセタキセル、ＩＧＦ−１受容体阻害剤（例えば、ＡＭＧ ４７９）、ＨＧＦ／ＳＦ阻害剤（例えば、ＡＭＧ １０２、ＭＫ−０６４６）、クロロキン、オーロラキナーゼ阻害剤（例えば、ＭＬＮ８２３７）、放射免疫療法（例えば、ＴＦ２）、ＨＳＰ９０阻害剤（例えば、タネスピマイシン、ＳＴＡ−９０９０）、ｍＴＯＲ阻害剤（例えば、エベロリムス）、Ｅｐ−ＣＡＭ／ＣＤ３−二重特異性抗体（例えば、ＭＴ１１０）、ＣＫ−２阻害剤（例えば、ＣＸ−４９４５）、ＨＤＡＣ阻害剤（例えば、ベリノスタット）、ＳＭＯアンタゴニスト（例えば、ＢＭＳ ８３３９２３）、ペプチド癌ワクチン、及び放射線療法（例えば、強度変調照射法（ＩＭＲＴ）、小分割照射法、低酸素誘導照射法）、手術、及びこれらの組み合わせである。
非小細胞肺癌の治療に本発明の抗体と併用して使用され得る代表的な治療薬として、ＮＳＣＬＣの治療に対して承認されている薬剤、例えば、メトトレキサート（Ｆｏｌｅｘ（登録商標）、Ｍｅｘａｔｅ（登録商標））、パクリタキセル（Ａｂｒａｘａｎｅ（登録商標））、アファチニブ（Ｇｉｌｏｔｒｉｆ（登録商標））、エベロリムス（Ａｆｉｎｉｔｏｒ（登録商標））、アレクチニブ（Ａｌｅｃｅｎｓａ（登録商標））、ペメトレキセド二ナトリウム（Ａｌｉｍｔａ（登録商標））、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標））、カルボプラチン、セリチニブ（Ｚｙｋａｄｉａ（登録商標））、クリゾチニブ（Ｘａｌｋｏｒｉ（登録商標））、ラムシルマブ（Ｃｙｒａｍｚａ（登録商標））、ドセタキセル、エベロリムス（Ａｆｉｎｉｔｏｒ（登録商標））、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（登録商標））、アファチニブジマレイン酸塩（Ｇｉｌｏｔｒｉｆ（登録商標））、塩酸ゲムシタビン（Ｇｍｅｚａｒ（登録商標））、ペンブロリズマブ（Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標））、塩酸メクロレタミン（Ｍｕｓｔａｒｇｅｎ（登録商標））、酒石酸ビノレルビン（Ｎａｖｅｌｂｉｎｅ（登録商標））、ネシツムマブ（Ｐｏｒｔｒａｚｚａ（登録商標））、ニボルマブ（Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標））、オシメルチニブ、パクリタキセル（Ｔａｘｏｌ（登録商標））、カルボプラチン、ペメトレキセド二ナトリウム、ラムシルマブ（Ｃｙｒａｍｚａ（登録商標））、オシメルチニブ（Ｔａｇｒｉｓｓｏ（登録商標））が挙げられる。使用され得る他の治療薬は、ビノレルビン、シスプラチン、ドセタキセル、ペメトレキセド二ナトリウム、エトポシド、ゲムシタビン、カルボプラチン、リポソーム化ＳＮ−３８、ＴＬＫ２８６、テモゾロミド、トポテカン、ペメトレキセド二ナトリウム、アザシチジン、イリノテカン、テガフール−ギメラシル−オテラシルカリウム、サパシタビン）、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、ＥＧＦＲ阻害剤（例えば、エルロチニブ、ゲフィチニブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ネシツムマブ、ＰＦ−００２９９８０４、ニモツズマブ、ＲＯ５０８３９４５）、ＭＥＴ阻害剤（例えば、ＰＦ−０２３４１０６６、ＡＲＱ １９７）、ＰＩ３Ｋキナーゼ阻害剤（例えば、ＸＬ１４７、ＧＤＣ−０９４１）、Ｒａｆ／ＭＥＫ二重キナーゼ阻害剤（例えば、ＲＯ５１２６７６６）、ＰＩ３Ｋ／ｍＴＯＲ二重キナーゼ阻害剤（例えば、ＸＬ７６５）、ＳＲＣ阻害剤（例えば、ダサチニブ）、二重阻害剤（例えば、ＢＩＢＷ ２９９２、ＧＳＫ１３６３０８９、ＺＤ６４７４、ＡＺＤ０５３０、ＡＧ−０１３７３６、ラパチニブ、ＭＥＨＤ７９４５Ａ、リニファニブ）、多種キナーゼ阻害剤（例えば、ソラフェニブ、スニチニブ、パゾパニブ、ＡＭＧ ７０６、ＸＬ１８４、ＭＧＣＤ２６５、ＢＭＳ−６９０５１４、Ｒ９３５７８８）、ＶＥＧＦ阻害剤（例えば、ｅｎｄｏｓｔａｒ、エンドスタチン、ベバシズマブ、セジラニブ、ＢＩＢＦ １１２０、アキシチニブ、チボザニブ、ＡＺＤ２１７１）、癌ワクチン（例えば、ＢＬＰ２５リポソームワクチン、ＧＶＡＸ、組み換えＤＮＡ及びＬ５２３Ｓタンパク質を発現しているアデノウイルス）、Ｂｃｌ−２阻害剤（例えば、オブリメルセンナトリウム）、プロテアソーム阻害剤（例えば、ボルテゾミブ、カーフィルゾミブ、ＮＰＩ−００５２、ＭＬＮ９７０８）、パクリタキセル又はパクリタキセル製剤、ドセタキセル、ＩＧＦ−１受容体阻害剤（例えば、シクスツムマブ、ＭＫ−０６４６、ＯＳＩ ９０６、ＣＰ−７５１，８７１、ＢＩＩＢ０２２）、ヒドロキシクロロキン、ＨＳＰ９０阻害剤（例えば、タネスピマイシン、ＳＴＡ−９０９０、ＡＵＹ９２２、ＸＬ８８８）、ｍＴＯＲ阻害剤（例えば、エベロリムス、テムシロリムス、リダフォロリムス）、Ｅｐ−ＣＡＭ／ＣＤ３−二重特異性抗体（例えば、ＭＴ１１０）、ＣＫ−２阻害剤（例えば、ＣＸ−４９４５）、ＨＤＡＣ阻害剤（例えば、ＭＳ ２７５、ＬＢＨ５８９、ボリノスタット、バルプロ酸、ＦＲ９０１２２８）、ＤＨＦＲ阻害剤（例えば、プララトレキサート）、レチノイド（例えば、ベキサロテン、トレチノイン）、抗体−薬剤複合体（例えば、ＳＧＮ−１５）、ビスホスホネート（例えば、ゾレドロン酸）、癌ワクチン（例えば、ベラゲンプマツセル−Ｌ）、低分子量ヘパリン（ＬＭＷＨ）（例えば、チンザパリン、エノキサパリン）、ＧＳＫ１５７２９３２Ａ、メラトニン、タラクトフェリン、ジメスナ、トポイソメラーゼ阻害剤（例えば、アムルビシン、エトポシド、カレニテシン）、ネルフィナビル、シレンジタイド、ＥｒｂＢ３阻害剤（例えば、ＭＭ−１２１、Ｕ３−１２８７）、サバイビン阻害剤（例えば、ＹＭ１５５、ＬＹ２１８１３０８）、エリブリンメシル酸塩、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ）、ペグフィルグラスチム、Ｐｏｌｏ様キナーゼ１阻害剤（例えば、ＢＩ ６７２７）、ＴＲＡＩＬ受容体２（ＴＲ−２）アゴニスト（例えば、ＣＳ−１００８）、ＣＮＧＲＣペプチド（配列番号２２５）−ＴＮＦα複合体、ジクロロ酢酸（ＤＣＡ）、ＨＧＦ阻害剤（例えば、ＳＣＨ ９００１０５）、ＳＡＲ２４０５５０、ＰＰＡＲ−γアゴニスト（例えば、ＣＳ−７０１７）、γ−セクレターゼ阻害剤（例えば、ＲＯ４９２９０９７）、エピジェネティック療法（例えば、５−アザシチジン）、ニトログリセリン、ＭＥＫ阻害剤（例えば、ＡＺＤ６２４４）、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤（例えば、ＵＣＮ−０１）、コレステロール−Ｆｕｓ１、抗チューブリン剤（例えば、Ｅ７３８９）、ファルネシル−ＯＨ−トランスフェラーゼ阻害剤（例えば、ロナファーニブ）、免疫毒素（例えば、ＢＢ−１０９０１、ＳＳ１（ｄｓＦｖ）ＰＥ３８）、フォンダパリヌクス、血管障害剤（例えば、ＡＶＥ８０６２）、ＰＤ−Ｌ１阻害剤（例えば、ＭＤＸ−１１０５、ＭＤＸ−１１０６）、β−グルカン、ＮＧＲ−ｈＴＮＦ、ＥＭＤ ５２１８７３、ＭＥＫ阻害剤（例えば、ＧＳＫ１１２０２１２）、エポチロンアナログ（例えば、イクサベピロン）、キネシンモーター阻害剤（例えば、４ＳＣ−２０５）、テロメア標的剤（例えば、ＫＭＬ−００１）、Ｐ７０経路阻害剤（例えば、ＬＹ２５８４７０２）、ＡＫＴ阻害剤（例えば、ＭＫ−２２０６）、血管新生阻害剤（例えば、レナリドミド）、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達阻害剤（例えば、ＯＭＰ−２１Ｍ１８）、米国特許出願公開第２０１４／０１４１０００Ａ１に記載されるＥＧＦＲ／ｃ−Ｍｅｔ二重特異性抗体ＥＭ−１、放射線療法、手術、及びこれらの組み合わせである。
卵巣癌の治療に本発明の抗体と併用して使用され得る代表的な治療薬として、卵巣癌の治療に対して承認されている薬剤、例えば、メルファラン（Ａｌｋｅｒａｎ（登録商標））、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標））、カルボプラチン、シクロホスファミド（Ｃｌａｆｅｎ（登録商標）、Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標））、シスプラチン、塩酸ドキソルビシン、塩酸ゲムシタビン（Ｇｅｍｚａｒ（登録商標））、塩酸トポテカン（Ｈｙｃａｍｔｉｎ（登録商標））、オラパリブ（Ｌｙｎｐａｒｚａ（登録商標））、カルボプラチン、シスプラチン、パクリタキセル（Ｔａｘｏｌ（登録商標））、チオテパ及び塩酸トポテカンが挙げられる。使用され得る他の治療薬は、イホスファミド、オラパリブ、オキサリプラチン、ペメトレキセド二ナトリウム、ＳＪＧ−１３６、エトポシド、デシタビン；免疫療法（例えば、ＡＰＣ８０２４、オレゴボマブ、ＯＰＴ−８２１）、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、ＥＧＦＲ阻害剤（例えば、エルロチニブ）、二重阻害剤（例えば、Ｅ７０８０）、多種キナーゼ阻害剤（例えば、ＡＺＤ０５３０、ＪＩ−１０１、ソラフェニブ、スニチニブ、パゾパニブ）、ＶＥＧＦ阻害剤（例えば、ベバシズマブ、ＢＩＢＦ １１２０、セジラニブ、ＡＺＤ２１７１）、ＰＤＧＦＲ阻害剤（例えば、ＩＭＣ−３Ｇ３）、パクリタキセル、トポイソメラーゼ阻害剤（例えば、カレニテシン、イリノテカン）、ＨＤＡＣ阻害剤（例えば、バルプロ酸、ボリノスタット）、葉酸受容体阻害剤（例えば、ファーレツズマブ）、アンジオポエチン阻害剤（例えば、ＡＭＧ ３８６）、エポチロンアナログ（例えば、イクサベピロン）、プロテアソーム阻害剤（例えば、カーフィルゾミブ）、ＩＧＦ−１受容体阻害剤（例えば、ＯＳＩ ９０６、ＡＭＧ ４７９）、ＰＡＲＰ阻害剤（例えば、ベリパリブ、ＡＧ０１４６９９、イニパリブ、ＭＫ−４８２７）、オーロラキナーゼ阻害剤（例えば、ＭＬＮ８２３７、ＥＮＭＤ−２０７６）、血管新生阻害剤（例えば、レナリドミド）、ＤＨＦＲ阻害剤（例えば、プララトレキサート）、放射免疫治療薬（例えば、Ｈｕ３Ｓ１９３）、スタチン（例えば、ロバスタチン）、トポイソメラーゼ１阻害剤（例えば、ＮＫＴＲ−１０２）、癌ワクチン（例えば、ｐ５３合成長ペプチドワクチン、自家ＯＣ−ＤＣワクチン）、ｍＴＯＲ阻害剤（例えば、テムシロリムス、エベロリムス）、ＢＣＲ／ＡＢＬ阻害剤（例えば、イマチニブ）、ＥＴ−Ａ受容体アンタゴニスト（例えば、ＺＤ４０５４）、ＴＲＡＩＬ受容体２（ＴＲ−２）アゴニスト（例えば、ＣＳ−１００８）、ＨＧＦ／ＳＦ阻害剤（例えば、ＡＭＧ １０２）、ＥＧＥＮ−００１、Ｐｏｌｏ様キナーゼ１阻害剤（例えば、ＢＩ ６７２７）、γ−セクレターゼ阻害剤（例えば、ＲＯ４９２９０９７）、Ｗｅｅ−１阻害剤（例えば、ＭＫ−１７７５）、抗チューブリン剤（例えば、ビノレルビン、Ｅ７３８９）、免疫毒素（例えば、デニロイキンジフチトクス）、ＳＢ−４８５２３２、血管障害剤（例えば、ＡＶＥ８０６２）、インテグリン阻害剤（例えば、ＥＭＤ ５２５７９７）、キネシンモーター阻害剤（例えば、４ＳＣ−２０５）、レブラミド、ＨＥＲ２阻害剤（例えば、ＭＧＡＨ２２）、ＥｒｒＢ３阻害剤（例えば、ＭＭ−１２１）、放射線療法、及びこれらの組み合わせである。
骨髄腫の治療に本発明の抗体と併用して使用され得る代表的な治療薬として、化学療法又は他の抗癌剤（例えば、サリドマイドアナログ、例えば、レナリドミド）、ＨＳＣＴ（Ｃｏｏｋ，（２００８）Ｊ Ｍａｎａｇ Ｃａｒｅ Ｐｈａｒｍ．１４（７ Ｓｕｐｐｌ）：１９〜２５）、抗ＴＩＭ−３抗体（Ｈａｌｌｅｔｔ ｅｔ ａｌ，．（２０１１）Ｊ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｂｌｏｏｄ ａｎｄ Ｍａｒｒｏｗ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ １７（８）：１１３３〜１４５）、腫瘍抗原を瞬間適用した樹状細胞、腫瘍細胞及び樹状細胞の融合体（例えば、電気融合体）、又は悪性形質細胞によって産生される免疫グロブリンイディオタイプによるワクチン接種（ｒｅｖｉｅｗｅｄ ｉｎ Ｙｉ（２００９）Ｃａｎｃｅｒ Ｊ １５（６）：５０２〜１０）のうちの１つ又は２つ以上が挙げられる。
腎臓癌、例えば、腎細胞癌（ＲＣＣ）又は転移性ＲＣＣの治療に本発明の抗体と併用して使用され得る代表的な治療薬として、ＲＣＣの治療に対して承認されている薬剤、例えば、エベロリムス（Ａｆｉｎｉｔｏｒ（登録商標））、アルデスロイキン、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標））、アキシチニブ（Ｉｎｌｙｔａ（登録商標））、カボザンチニブ−Ｓ−リンゴ酸塩（Ｃａｂｏｍｅｔｙｘ（登録商標））、アルデスロイキン（Ｐｒｏｌｅｕｋｉｎ（登録商標））、レンバチニブメシル酸塩（Ｌｅｎｖｉｍａ（登録商標））、トシル酸ソラフェニブ（Ｎｅｘａｖａｒ（登録商標））、ニボルマブ（Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標））、塩酸パゾパニブ、トシル酸ソラフェニブ、スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））、テムシロリムス（Ｔｏｒｉｓｅｌ（登録商標））及び塩酸パゾパニブ（Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））が挙げられる。使用され得る他の薬剤は、標的化剤（例えば、ＶＥＧＦに対するモノクローナル抗体、例えば、ベバシズマブなどのＶＥＧＦ阻害剤、ソラフェニブ、アキシチニブ及びパゾパニブなどのＶＥＧＦチロシンキナーゼ阻害剤である。
慢性骨髄性白血病（ＡＭＬ）の治療に本発明の抗体と併用して使用され得る代表的な治療薬として、化学療法剤（例えば、シタラビン、ヒドロキシ尿素、クロファラビン、メルファラン、チオテパ、フルダラビン、ブスルファン、エトポシド、コーディセピン、ペントスタチン、カペシタビン、アザシチジン、シクロホスファミド、クラドリビン、トポテカン）、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、ＢＣＲ／ＡＢＬ阻害剤（例えば、イマチニブ、ニロチニブ）、二重阻害剤（例えば、ダサチニブ、ボスチニブ）、多種キナーゼ阻害剤（例えば、ＤＣＣ−２０３６、ポナチニブ、ソラフェニブ、スニチニブ、ＲＧＢ−２８６６３８）、インターフェロンα、ステロイド、アポトーシス剤（例えば、オマセタキシン・メペサクシネート）、免疫療法（例えば、同種ＣＤ４＋メモリーＴｈ１様Ｔ細胞／微粒子結合抗ＣＤ３／抗ＣＤ２８、自家サイトカイン誘導キラー細胞（ＣＩＫ）、ＡＨＮ−１２）、ＣＤ５２標的剤（例えば、アレムツズマブ）、ＨＳＰ９０阻害剤（例えば、タネスピマイシン、ＳＴＡ−９０９０、ＡＵＹ９２２、ＸＬ８８８）、ｍＴＯＲ阻害剤（例えば、エベロリムス）、ＳＭＯアンタゴニスト（例えば、ＢＭＳ ８３３９２３）、リボヌクレオチドレダクターゼ阻害剤（例えば、３−ＡＰ）、ＪＡＫ−２阻害剤（例えば、ＩＮＣＢ０１８４２４）、ヒドロキシクロロキン、レチノイド（例えば、フェンレチニド）、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤（例えば、ＵＣＮ−０１）、ＨＤＡＣ阻害剤（例えば、ベリノスタット、ボリノスタット、ＪＮＪ−２６４８１５８５）、ＰＡＲＰ阻害剤（例えば、ベリパリブ）、ＭＤＭ２アンタゴニスト（例えば、ＲＯ５０４５３３７）、オーロラＢキナーゼ阻害剤（例えば、ＴＡＫ−９０１）、放射免疫療法（例えば、アクチニウム−２２５−標識化抗ＣＤ３３抗体ＨｕＭ １９５）、ヘッジホッグ阻害剤（例えば、ＰＦ−０４４４９９１３）、ＳＴＡＴ３阻害剤（例えば、ＯＰＢ−３１１２１）、ＫＢ００４、癌ワクチン（例えば、ＡＧ８５８）、骨髄移植、幹細胞移植、放射線療法、及びこれらの組み合わせが挙げられる。
慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の治療に本発明の抗体と併用して使用され得る代表的な治療薬として、化学療法剤（例えば、フルダラビン、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、クロラムブシル、ベンダムスチン、クロラムブシル、ブスルファン、ゲムシタビン、メルファラン、ペントスタチン、ミトキサントロン、５−アザシチジン、ペメトレキセドジナトリウム）、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、ＥＧＦＲ阻害剤（例えば、エルロチニブ）、ＢＴＫ阻害剤（例えば、ＰＣＩ−３２７６５（イブルチニブ）、多種キナーゼ阻害剤（例えば、ＭＧＣＤ２６５、ＲＧＢ−２８６６３８）、ＣＤ−２０標的剤（例えば、リツキシマブ、オファツムマブ、ＲＯ５０７２７５９、ＬＦＢ−Ｒ６０３）、ＣＤ５２標的剤（例えば、アレムツズマブ）、プレドニゾロン、ダルベポエチンα、レナリドミド、Ｂｃｌ−２阻害剤（例えば、ＡＢＴ−２６３）、免疫療法（例えば、同種ＣＤ４＋メモリーＴｈ１様Ｔ細胞／微粒子結合抗ＣＤ３／抗ＣＤ２８、自家サイトカイン誘導キラー細胞（ＣＩＫ）、ＨＤＡＣ阻害剤（例えば、ボリノスタット、バルプロ酸、ＬＢＨ５８９、ＪＮＪ−２６４８１５８５、ＡＲ−４２）、ＸＩＡＰ阻害剤（例えば、ＡＥＧ３５１５６）、ＣＤ−７４標的剤（例えば、ミラツズマブ）、ｍＴＯＲ阻害剤（例えば、エベロリムス）、ＡＴ−１０１、免疫毒素（例えば、ＣＡＴ−８０１５、抗Ｔａｃ（Ｆｖ）−ＰＥ３８（ＬＭＢ−２））、ＣＤ３７標的剤（例えば、ＴＲＵ−０１６）、放射免疫療法（例えば、１３１−トシツモマブ）、ヒドロキシクロロキン、ペリフォシン、ＳＲＣ阻害剤（例えば、ダサチニブ）、サリドマイド、ＰＩ３Ｋδ阻害剤（例えば、ＣＡＬ−１０１）、レチノイド（例えば、フェンレチニド）、ＭＤＭ２アンタゴニスト（例えば、ＲＯ５０４５３３７）、プレリキサホル、オーロラキナーゼ阻害剤（例えば、ＭＬＮ８２３７、ＴＡＫ−９０１）、プロテアソーム阻害剤（例えば、ボルテゾミブ）、ＣＤ−１９標的剤（例えば、ＭＥＤＩ−５５１、ＭＯＲ２０８）、ＭＥＫ阻害剤（例えば、ＡＢＴ−３４８）、ＪＡＫ−２阻害剤（例えば、ＩＮＣＢ０１８４２４）、低酸素−活性化プロドラッグ（例えば、ＴＨ−３０２）、パクリタキセル又はパクリタキセル製剤、ＨＳＰ９０阻害剤、ＡＫＴ阻害剤（例えば、ＭＫ２２０６）、ＨＭＧ−ＣｏＡ阻害剤（例えば、シムバスタチン）、ＧＮＫＧ１８６、放射線療法、骨髄移植、幹細胞移植、及びこれらの組み合わせが挙げられる。
急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）の治療に本発明の抗体と併用して使用され得る代表的な治療薬として、化学療法剤（例えば、プレドニゾロン、デキサメタゾン、ビンクリスチン、アスパラギナーゼ、ダウノルビシン、シクロホスファミド、シタラビン、エトポシド、チオグアニン、メルカプトプリン、クロファラビン、リポソーム化アナマイシン、ブスルファン、エトポシド、カペシタビン、デシタビン、アザシチジン、トポテカン、テモゾロミド）、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、ＢＣＲ／ＡＢＬ阻害剤（例えば、イマチニブ、ニロチニブ）、ＯＮ ０１９１０ Ｎａ、多種キナーゼ阻害剤（例えば、ソラフェニブ）、ＣＤ−２０標的剤（例えば、リツキシマブ）、ＣＤ５２標的剤（例えば、アレムツズマブ）、ＨＳＰ９０阻害剤（例えば、ＳＴＡ−９０９０）、ｍＴＯＲ阻害剤（例えば、エベロリムス、ラパマイシン）、ＪＡＫ−２阻害剤（例えば、ＩＮＣＢ０１８４２４）、ＨＥＲ２／ｎｅｕ受容体阻害剤（例えば、トラスツズマブ）、プロテアソーム阻害剤（例えば、ボルテゾミブ）、メトトレキサート、アスパラギナーゼ、ＣＤ−２２標的剤（例えば、エプラツズマブ、イノツズマブ）、免疫療法（例えば、自家サイトカイン誘導キラー細胞（ＣＩＫ）、ＡＨＮ−１２）、ブリナツモマブ、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤（例えば、ＵＣＮ−０１）、ＣＤ４５標的剤（例えば、ＢＣ８）、ＭＤＭ２アンタゴニスト（例えば、ＲＯ５０４５３３７）、免疫毒素（例えば、ＣＡＴ−８０１５、ＤＴ２２１９ＡＲＬ）、ＨＤＡＣ阻害剤（例えば、ＪＮＪ−２６４８１５８５）、ＪＶＲＳ−１００、パクリタキセル又はパクリタキセル製剤、ＳＴＡＴ３阻害剤（例えば、ＯＰＢ−３１１２１）、ＰＡＲＰ阻害剤（例えば、ベリパリブ）、ＥＺＮ−２２８５、放射線療法、ステロイド、骨髄移植、幹細胞移植、又はこれらの組み合わせが挙げられる。
急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）の治療に本発明の抗体と併用して使用され得る代表的な治療薬として、化学療法剤（例えば、シタラビン、ダウノルビシン、イダルビシン、クロファラビン、デシタビン、ボサロキシン、アザシチジン、クロファラビン、リバビリン、ＣＰＸ−３５１、トレオスルファン、エラシタラビン、アザシチジン）、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、ＢＣＲ／ＡＢＬ阻害剤（例えば、イマチニブ、ニロチニブ）、ＯＮ ０１９１０．Ｎａ、多種キナーゼ阻害剤（例えば、ミドスタウリン、ＳＵ １１２４８、キザルチニブ、ソラフィニブ）、免疫毒素（例えば、ゲムツズマブオゾガマイシン）、ＤＴ３８８ＩＬ３融合タンパク質、ＨＤＡＣ阻害剤（例えば、ボリノスタット、ＬＢＨ５８９）、プレリキサホル、ｍＴＯＲ阻害剤（例えば、エベロリムス）、ＳＲＣ阻害剤（例えば、ダサチニブ）、ＨＳＰ９０阻害剤（例えば、ＳＴＡ−９０９０）、レチノイド（例えば、ベキサロテン、オーロラキナーゼ阻害剤（例えば、ＢＩ ８１１２８３）、ＪＡＫ−２阻害剤（例えば、ＩＮＣＢ０１８４２４）、Ｐｏｌｏ様キナーゼ阻害剤（例えば、ＢＩ ６７２７）、セネルセン、ＣＤ４５標的剤（例えば、ＢＣ８）、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤（例えば、ＵＣＮ−０１）、ＭＤＭ２アンタゴニスト（例えば、ＲＯ５０４５３３７）、ｍＴＯＲ阻害剤（例えば、エベロリムス）、ＬＹ５７３６３６−ナトリウム、ＺＲｘ−１０１、ＭＬＮ４９２４、レナリドミド、免疫療法（例えば、ＡＨＮ−１２）、ヒスタミン二塩酸塩、放射線療法、骨髄移植、幹細胞移植、及びこれらの組み合わせが挙げられる。
多発性骨髄腫（ＭＭ）の治療に本発明の抗体と併用して使用され得る代表的な治療薬として、化学療法剤（例えば、メルファラン、アミホスチン、シクロホスファミド、ドキソルビシン、クロファラビン、ベンダムスチン、フルダラビン、アドリアマイシン、ＳｙＢ Ｌ−０５０１）、サリドマイド、レナリドミド、デキサメタゾン、プレドニゾン、ポマリドミド、プロテアソーム阻害剤（例えば、ボルテゾミブ、カーフィルゾミブ、ＭＬＮ９７０８）、癌ワクチン（例えば、ＧＶＡＸ）、ＣＤ−４０標的剤（例えば、ＳＧＮ−４０、ＣＨＩＲ−１２．１２）、ペリフォシン、ゾレドロン酸、免疫療法（例えば、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＨｕＭａｘ−ＣＤ３８）、ＨＤＡＣ阻害剤（例えば、ボリノスタット、ＬＢＨ５８９、ＡＲ−４２）、アプリジン、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤（例えば、ＰＤ−０３３２９９１、ディナシクリブ）、三酸化ヒ素、ＣＢ３３０４、ＨＳＰ９０阻害剤（例えば、ＫＷ−２４７８）、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、ＥＧＦＲ阻害剤（例えば、セツキシマブ）、多種キナーゼ阻害剤（例えば、ＡＴ９２８３）、ＶＥＧＦ阻害剤（例えば、ベバシズマブ）、プレリキサホル、ＭＥＫ阻害剤（例えば、ＡＺＤ６２４４）、ＩＰＨ２１０１、アトルバスタチン、免疫毒素（例えば、ＢＢ−１０９０１）、ＮＰＩ−００５２、放射免疫療法（例えば、イットリウムＹ９０イブリツモマブ・チウキセタン）、ＳＴＡＴ３阻害剤（例えば、ＯＰＢ−３１１２１）、ＭＬＮ４９２４、オーロラキナーゼ阻害剤（例えば、ＥＮＭＤ−２０７６）、ＩＭＧＮ９０１、ＡＣＥ−０４１、ＣＫ−２阻害剤（例えば、ＣＸ−４９４５）、抗ＣＤ３８抗体（例えば、ＤＡＲＺＡＬＥＸ（登録商標）（ダラツムマブ）、放射線療法、骨髄移植、幹細胞移植、及びこれらの組み合わせが挙げられる。
前立腺癌の治療に本発明の抗体と併用して使用され得る代表的な治療薬は、前立腺癌の治療に対して承認されている薬剤、例えば、酢酸アビラテロン（Ｚｙｔｉｇａ（登録商標））、ビカルタミド（Ｃａｓｏｄｅｘ（登録商標））、カバジタキセル（Ｊｅｖｔａｎａ（登録商標））、結合型エストロゲン（Ｐｒｅｍａｒｉｎ（登録商標））、エストラジオール（Ｅｓｔｒａｃｅ（登録商標））、エストラジオール吉草酸塩（Ｄｅｌｅｓｔｒｏｇｅｎ（登録商標））、エステル化エストロゲン（Ｍｅｎｅｓｔ（登録商標））、デガレリクス（Ｆｉｒｍａｇｏｎ（登録商標））、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ（登録商標））、エンザルタミド（Ｘｔａｎｄｉ（登録商標））、フルタミド、ゴセレリン酢酸塩（Ｚｏｌａｄｅｘ（登録商標））、カバジタキセル（Ｊｅｖｔａｎａ（登録商標））、リュープロリド酢酸塩（Ｌｕｐｒｏｎ（登録商標））、塩酸ミトキサントロン、ニルタミド（Ｎｉｌａｎｄｒｏｎ（登録商標））シプロイセルＴ（Ｐｒｏｖｅｎｇｅ（登録商標））及び二塩化ラジウム２２３（Ｘｏｆｉｇｏ（登録商標））である。使用され得る他の薬剤として、化学療法剤（例えば、カルボプラチン、フルダラビン）、ホルモン療法（例えば、酢酸シプロテロン、ケトコナゾール、アミノグルテチミド、アバレリックス、デガレリクス、リュープロリド、トリプトレリン、ブセレリン）、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、二重キナーゼ阻害剤（例えば、ラパタニブ）、多種キナーゼ阻害剤（例えば、ソラフェニブ、スニチニブ）、ＶＥＧＦ阻害剤（例えば、ベバシズマブ）、ＴＡＫ−７００、癌ワクチン（例えば、ＢＰＸ−１０１、ＰＥＰ２２３）、レナリドミド、ＴＯＫ−００１、ＩＧＦ−１受容体阻害剤（例えば、シクスツムマブ）、ＴＲＣ１０５、オーロラＡキナーゼ阻害剤（例えば、ＭＬＮ８２３７）、プロテアソーム阻害剤（例えば、ボルテゾミブ）、ＯＧＸ−０１１、放射免疫療法（例えば、ＨｕＪ５９１−ＧＳ）、ＨＤＡＣ阻害剤（例えば、バルプロ酸、ＳＢ９３９、ＬＢＨ５８９）、ヒドロキシクロロキン、ｍＴＯＲ阻害剤（例えば、エベロリムス）、乳酸ドビチニブ、ジインドリルメタン、エファビレンツ、ＯＧＸ−４２７、ゲニステイン、ＩＭＣ−３Ｇ３、バフェチニブ、ＣＰ−６７５，２０６、放射線療法、手術、又はこれらの組み合わせが挙げられる。
頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）の治療に本発明の抗体と併用して使用され得る代表的な治療薬として、メトトレキサート（Ｆｏｌｅｘ（登録商標）、Ｍｅｘａｔｅ（登録商標））、ブレオマイシン（Ｂｌｅｎｏｘａｎｅ（登録商標））、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ（登録商標））、ｅｒｂｉｔｕｘ（Ｃｅｔｕｘｉｍａｂ（登録商標））、ヒドロキシ尿素（Ｈｙｄｒｅａ（登録商標））又はペンブロリズマブ（Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標））が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、ＴＬＲアゴニストと併用して投与される。
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３アゴニストは、ＴＬＲ４アゴニストである。
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３アゴニストは、ＴＬＲ７／８アゴニストである。
代表的なＴＬＲアゴニストは、ＴＬＲ−１／２アゴニストのＰａｍ３Ｃｙｓ；ＴＬＲ−２アゴニストのＣＦＡ；ＴＬＲ−２アゴニストのＭＡＬＰ２；ＴＬＲ−２アゴニストのＰａｍ２Ｃｙｓ；ＴＬＲ−２アゴニストのＦＳＬ−１；ＴＬＲ−２アゴニストのＨｉｂ−ＯＭＰＣ；ＴＬＲ−３アゴニストのポリリボイノシン：ポリリボシチジル酸（ポリＩ：Ｃ）；ＴＬＲ−３アゴニストのポリアデノシン−ポリウリジル酸（ポリＡＵ）；ＴＬＲ−３アゴニストのポリ−Ｌ−リジン及びカルボキシメチルセルロースで安定活かされたポリイノシン−ポリシチジル酸（Ｈｉｌｔｏｎｏｌ（登録商標））；ＴＬＲ−４アゴニストのモノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）；ＴＬＲ−４アゴニストのＬＰＳ；ＴＬＲ−５アゴニストの細菌フラゲリン；多くのヒト癌細胞においてＭＵＣＩムチンと関連する炭水化物で、ＴＬＲ−４アゴニストのシアリル−Ｔｎ（ＳＴｎ）；ＴＬＲ−７アゴニストのイミキモド；ＴＬＲ−７／８アゴニストのレシキモド；ＴＬＲ−７／８アゴニストのロキソリビン；及び、ＴＬＲ−９アゴニストの非メチル化ＣｐＧジヌクレオチド（ＣｐＧ−ＯＤＮ）である。
代表的なＴＬＲ４アゴニストは、ＴＬＲ４に特異的に結合するアゴニスト抗体である。
本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、本発明の抗体は、ＣＳＦ−１Ｒに結合する抗体と併用して投与される。
ＣＳＦ−１Ｒに結合する代表的な抗体は、国際公開第２０１３１３２０４４号に記載されるものである。
本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、本発明の抗体は、ＬＸＲβアゴニストと併用して投与される。
本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、本発明の抗体は、ＤＲ４アゴニストと併用して投与される。
本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、本発明の抗体は、ＤＲ５アゴニストと併用して投与される。
好適なＤＲ４及びＤＲ５アゴニストは、例えば、国際公開第２０１４１５９５６２号に記載されている。
本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、本発明の抗体は、抗ガレクチン１抗体と併用して投与される。
本発明の抗体と併用して使用され得る代表的な抗ガレクチン１抗体は、国際公開第２０１５０１３３８９号に記載されるものである。
本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、本発明の抗体は、ＢＴＫ阻害剤と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、ＢＴＫ阻害剤はＩＭＢＲＵＶＩＣＡ（登録商標）（イブルチニブ）である。
本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、本発明の抗体は、抗ＨＥＲ２抗体と併用して投与される。
本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、本発明の抗体は、抗ＣＤ２０抗体と併用して投与される。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、骨髄移植、フルダラビンなどの化学療法剤を用いるＴ細胞除去療法、体外照射療法（ＸＲＴ）、シクロホスファミド、及び／又は、ＯＫＴ３又はＣＡＭＰＡＴＨなどの抗体と共に（例えば、前、同時、又は後に）投与される。いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、ＣＤ２０と反応する剤、例えば、ＲｉｔｕｘａｎなどのＢ細胞除去療法後に投与されてよい。例えば、一実施形態では、対象は、高用量化学療法後の末梢血幹細胞移植による標準的な治療を受けることができる。特定の実施形態では、移植後に、対象は本発明の抗体を投与される。
本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、本発明の抗体は、手術前又は後に投与される。
本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、本発明の抗体は、放射線療法と併用して投与される。
放射線療法は、体外照射療法、体内照射療法、組織内照射、定位放射線手術、全身放射線療法、放射線療法及び永久又は一時的組織内近接照射療法などの様々な方法を用いて施され得る。体外照射療法は、放射線野が設計される三次元原体照射療法、局所放射療法（例えば、予め選択した標的又は器官に向けられる放射線）、又は集束放射療法を含む。集束放射療法は、定位放射線手術、分割定位放射線手術、又は強度変調放射線療法から選択されてよい。集束放射療法は、放射線源として、粒子線（陽子線）、コバルト−６０（光子）直線加速器（ｘ線）を有してよい（例えば、国際公開第２０１２／１７７６２４号参照）。「近接照射療法」は、腫瘍又は他の増殖性組織疾患部位において、又はその近傍で、体内に挿入される空間的に制限された放射性物質によって送達される放射線療法を指し、放射性同位体（例えば、Ａｔ−２１１、Ｉ−１３１、Ｉ−１２５、Ｙ−９０、Ｒｅ−１８６、Ｒｅ−１８８、Ｓｍ−１５３、Ｂｉ−２１２、Ｐ−３２、及びＬｕの放射性同位体）への曝露を含む。細胞コンディショニング用に使用される好適な放射線源として、固体及び液体の両方が挙げられる。放射線源は、固体源としてＩ−１２５、Ｉ−１３１、Ｙｂ−１６９、Ｉｒ−１９２、固体源としてＩ−１２５などの放射性核種、又は、光子、β粒子、γ線、若しくは他の治療用放射線を放射する他の放射性核種であってよい。放射性物質は、放射性核種の任意の溶液、例えば、Ｉ−１２５若しくはＩ−１３１の溶液から作られた流体であってもよく、又は、放射性流体は、Ａｕ−１９８、Ｙ−９０などの固体放射性核種の小粒子を含む好適な流体のスラリーを用いて作製できる。放射性核種は、ゲル又は放射性微粒子内にまとめられてもよい。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、黒色腫の治療にダカルバジンと併用して投与される。いかなる特定の理論にも束縛されるものではないが、ＰＤ−１及び／又はＴＩＭ−３阻害剤と化学療法剤の併用は、多くの化学療法用化合物の細胞傷害作用の結果である細胞死によって促進されると考えられ、抗原提示経路における腫瘍抗原のレベル上昇をもたらし得る。細胞死によってＰＤ−１及び／又はＴＩＭ−３阻害と相乗効果をもたらし得る他の併用療法は、放射線、手術、及びホルモン欠乏である。これらの手順のそれぞれは、宿主中で腫瘍抗原の源を作り出す。血管新生阻害剤も、ＰＤ−１及び／又はＴＩＭ−３阻害剤と組み合わせてよい。血管新生の阻害は、宿主抗原提示経路に腫瘍抗原を供給し得る腫瘍細胞死をもたらす。
本発明の単一特異性ＰＤ−１及び／又はＴＩＭ−３抗体も、二重特異性抗体と併用して使用され得る。二重特異性抗体を用いて、２つの別々の抗原を標的にできる。例えば抗Ｆｃ受容体／抗腫瘍抗原（例えば、Ｈｅｒ−２／ｎｅｕ）二重特異性抗体は、腫瘍部位のマクロファージを標的にするために使用されている。二重特異性ターゲティングにより、腫瘍特異的応答をより効率よく活性化できる。これらの応答のＴ細胞アームは、ＰＤ−１及び／又はＴＩＭ−３阻害剤の使用によって増強し得る。あるいは、腫瘍抗原と樹状細胞特異的細胞表面マーカーに結合する二重特異性抗体を使用することによって、抗原をＤＣに直接送達できる。
本発明の抗体は、第２の薬剤、例えば、細胞傷害性薬、放射性同位体、又はタンパク質、例えば、タンパク毒素若しくはウイルスタンパク質に対して、未結合又は結合した形態で使用できる。抗体分子を用いて、様々な治療薬、例えば、細胞傷害性部分、例えば、治療剤、放射性同位体、植物、真菌、若しくは細菌由来の分子、生体タンパク質（例えば、タンパク毒素）又は粒子（例えば、組み換えウイルス粒子、例えばウイルスコートタンパク質を介して）、又はこれらの混合物を送達できる。
感染症
本発明はまた、本発明の抗体を対象の治療に十分な期間にわたって用いる、特定の毒素又は病原体に曝露された対象の治療方法も提供する。
本発明はまた、治療有効量の本発明の抗体を、感染症の治療に十分な期間にわたって、治療を必要とする対象に投与することを含む、感染症を有する対象の治療方法も提供する。
本発明はまた、治療有効量の本発明の抗体を、ウイルス感染の治療に十分な期間にわたって、治療を必要とする対象に投与することを含む、ウイルス感染を有する対象の治療方法も提供する。
本発明はまた、治療有効量の本発明の抗体を、細菌感染の治療に十分な期間にわたって、治療を必要とする対象に投与することを含む、細菌感染を有する対象の治療方法も提供する。
本発明はまた、治療有効量の本発明の抗体を、真菌感染の治療に十分な期間にわたって、治療を必要とする対象に投与することを含む、真菌感染を有する対象の治療方法も提供する。
感染（例えば、急性及び／又は慢性）の治療において、本発明の抗体の投与は、感染に対する自然宿主免疫防御の刺激に加え、又はその代わりに、従来治療と組み合わせることができる。感染に対する自然宿主免疫防御として、炎症、発熱、抗体媒介性宿主防御、リンホカイン分泌及び細胞傷害性Ｔ細胞（特にウイルス感染中）などのＴ−リンパ球介在性宿主防御、補体媒介性溶解及びオプソニン作用（貪食作用の促進）、並びに貪食作用が挙げられる。本発明の抗体の機能障害性Ｔ細胞の再活性化能は、慢性感染、特に完全な回復のために細胞介在性免疫が重要であるものの治療に有用であろう。
上記腫瘍への応用と同様に、本発明の抗体を単独で、又は、ワクチンと併用して補助剤として使用し、病原体、毒素、及び自己抗原に対する免疫応答を刺激できる。この治療方針が有用であり得る病原体の例として、現在有効なワクチンがない病原体、又は、従来のワクチンが決して完全に効果的ではない病原体が挙げられる。これらには、ＨＩＶ、肝炎（Ａ、Ｂ、及びＣ）、インフルエンザ、ヘルペス、ジアルジア、マラリア、リーシュマニア、黄色ブドウ球菌及び緑膿菌が含まれる。ＰＤ−１及び／又はＴＩＭ−３阻害剤は、感染の間にわたって変更された抗原を提示する、ＨＩＶなどの病原体によって確立される感染に対して有用であり得る。これらの新しいエピトープは、本発明の抗体の投与時において異物と見なされるため、ＰＤ−１又はＴＩＭ−３による負のシグナルによって弱められない、強いＴ細胞応答を引き起こす。
ウイルス
ウイルスにより引き起こされる感染には、本発明の抗体を、ウイルス感染の治療に対する標準的治療と組み合わせてよい。かかる標準的治療はウイルスの種類によって変わるが、ほとんど全ての場合において、そのウイルスに特異的な抗体（例えば、ＩｇＡ、ＩｇＧ）を含むヒト血清の投与が有効であり得る。
本発明の抗体で治療可能な感染を引き起こす代表的な病原性ウイルスとして、ＨＩＶ、肝炎（Ａ、Ｂ、又はＣ）、ヘルペスウイルス（例えば、ＶＺＶ、ＨＳＶ−１、ＨＡＶ−６、ＨＳＶ−ＩＩ、及びＣＭＶ、エプスタインバーウイルス）、アデノウイルス、インフルエンザウイルス、フラビウイルス、エコーウイルス、ライノウイルス、コクサッキーウイルス、コロナウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、ムンプスウイルス、ロタウイルス、麻疹ウイルス、風疹ウイルス、パルボウイルス、ワクシニアウイルス、ＨＴＬＶウイルス、デングウイルス、パピローマウイルス、軟属腫ウイルス、ポリオウイルス、狂犬病ウイルス、ＪＣウイルス及びアルボウイルス脳炎ウイルスが挙げられる。
いくつかの実施形態では、ウイルス感染は、インフルエンザウイルス感染である。インフルエンザ感染は、発熱、咳、筋肉痛、頭痛及び倦怠感を起こす可能性があり、季節的流行で起こることが多い。インフルエンザは、脳炎、心筋心膜炎、グッドパスチャー症候群、及びライ症候群などの多くの感染後障害にも関連している。インフルエンザ感染はまた、正常な肺の抗細菌防御を抑制し、インフルエンザから回復している患者は、細菌性肺炎を発症するリスクが上昇する。インフルエンザウイルスの表面タンパク質は、突然変異及び組み換えの結果起こる、顕著な抗原変異を示す。したがって、細胞溶解性Ｔリンパ球は、感染後にウイルスを排除するための宿主の主な手段である。インフルエンザは、３つの主な種類、Ａ、Ｂ及びＣに分類される。インフルエンザＡは、ヒト及び多くの他の動物（例えば、ブタ、ウマ、トリ及びアシカ）の両方に感染するという点が珍しく、汎発性インフルエンザの主な原因である。細胞は、２種類の異なるインフルエンザＡ株に感染でき、複製中、２種類の親ウイルスの混合物のセグメント化されたＲＮＡゲノムが、ハイブリッド複製物を作りだし、新たな流行株の原因となる。インフルエンザＢは、動物中で複製しないため遺伝的変異が少なく、インフルエンザＣは、１種類のみの血清型を有する。
最も標準的な治療法は、感染による症状の緩和であり、その間に、実際には宿主の免疫応答が疾患を治す。しかしながら、特定の株（例えば、インフルエンザＡ）は、より重度の症状や死亡の原因となり得る。インフルエンザＡは、ウイルス複製を阻害する環状アミン阻害剤である、アマンタジン及びリマンタジンの投与により、治療的及び予防的共に治療できる。しかしながら、有害反応の発生率が比較的高く、抗ウイルススペクトルが狭く（インフルエンザＡのみ）、かつ、ウイルスに耐性をもたらす傾向があることから、これらの薬剤の臨床的有用性は限定される。主要なインフルエンザ表面タンパク質である、ヘマグルチニン及びノイラミニダーゼに対する血清ＩｇＧ抗体の投与は、肺の感染を予防できるが、上気道及び気管の感染の予防には粘膜ＩｇＡが必要である。インフルエンザに対する現在最も効果的な治療は、ホルマリン又はβ−プロピオラクトンで不活性化したウイルスの投与による、ワクチン接種である。
いくつかの実施形態では、感染は、肝炎感染、例えば、Ｂ型又はＣ型肝炎感染である。
Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢ−Ｖ）は、最も感染性のある既知の血液由来病原体である。急性及び慢性肝炎、並びに肝細胞癌、更には、生涯にわたる慢性感染の主な原因である。感染後、ウイルスは、肝細胞中で複製し、続いて表面抗原であるＨＢｓＡｇの放出も行う。血清中の過剰レベルのＨＢｓＡｇの検出は、Ｂ型肝炎感染の診断の標準的方法として使用される。急性感染は治癒できるが、慢性的持続感染を発症する可能性がある。慢性ＨＢＶに対する現在の治療として、α−インターフェロンが挙げられ、これは、肝細胞の表面上のクラスＩヒト白血球抗原（ＨＬＡ）の発現を増加させることによって、細胞傷害性Ｔリンパ球による認識を促進する。更に、ヌクレオシドアナログであるガンシクロビル、ファムシクロビル及びラミブジンも、臨床試験において、ＨＢＶ感染の治療にある程度の有効性を示している。ＨＢＶに対する更なる治療として、ペグ化α−インターフェロン、アデホビル（adenfovir）、エンテカビル及びテルビブジンが挙げられる。受身免疫は、抗ＨＢｓＡｇ血清抗体の非経口投与により与えられ得るが、不活性化又は組み換えＨＢｓＡｇによるワクチン接種も、感染に対する抵抗力を与える。治療的利点のため、本発明の抗体をＢ型肝炎感染の標準的治療と併用することができる。
Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣ−Ｖ）感染は、肝硬変（cirrosis）の原因となる慢性型肝炎を引き起こす場合がある。症状はＢ型肝炎による感染に類似しているが、ＨＢ−Ｖとはっきり異なり、感染された宿主は、１０〜２０年間無症候性の場合がある。本発明の抗体を、単独療法として、又はＣ型肝炎感染の標準的治療と併用して投与できる。例えば、本発明の抗体を、Ｓｏｖａｌｄｉ（ソホスブビル）、Ｏｌｙｓｉｏ（シメプレビル）＋リバビリン又はペグ化インターフェロンのうち、１つ又は２つ以上と併用することができる。Ｉｎｃｉｖｅｋ（テラプレビル）又はＶｉｃｔｒｅｌｉｓ（ボセプレビル）＋リバビリン及びペグ化インターフェロンを含むレジメンも承認されているが、副作用の増加と治療期間の延長と関連している。
ＨＣ−Ｖ感染の従来治療として、α−インターフェロン及びリバビリンの組み合わせの投与が挙げられる。ＨＣ−Ｖ感染の治療として可能性があると期待されるのは、プロテアーゼ阻害剤であるテラプレビル（ＶＸ−９６０）である。更なる治療として、バビツキシマブ（Ｂ２−糖タンパク質Ｉ依存的にアニオン性リン脂質ホスファチジルセリンに結合する抗体、Ｐｅｒｅｇｒｉｎｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、抗ＨＰＶウイルスコートタンパク質Ｅ２抗体（例えば、ＡＴＬ ６８６５−Ａｂ６８＋Ａｂ６５、ＸＴＬ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）及びＣｉｖａｃｉｒ（登録商標）（ポリクローナル抗ＨＣＶヒト免疫グロブリン）が挙げられる。治療的利点のため、本発明の抗体をＣ型肝炎感染に対するこれらの治療のうち１つ又は２つ以上と併用することができる。特にＣ型肝炎感染を治療するため、本発明の抗体と併用して使用され得るプロテアーゼ、ポリメラーゼ及びＮＳ５Ａ阻害剤として、米国特許出願公開第２０１３／００４５２０２号に記載されるものが挙げられる。
別の実施形態では、感染は麻疹ウイルスである。９〜１１日間の潜伏後、麻疹ウイルスに感染した宿主は、発熱、咳、鼻感冒及び結膜炎を発症する。１〜２日間以内に、紅斑、斑状丘疹状皮疹が生じ、全身に素早く広がる。感染により細胞性免疫も抑制されるため、宿主は、中耳炎、肺炎及び麻疹後脳脊髄炎などの細菌重感染を発症する危険性がより高い。急性感染は、特に栄養状態が悪い青少年において、顕著な罹患率及び死亡率と関連する。
麻疹の治療として、プールしたヒトＩｇＧの受動投与が挙げられ、これにより、曝露後１週間までに投与された場合でも、非免疫対象において感染を予防できる。しかしながら、事前の弱毒化生ウイルスによる免疫化が最も効果的な治療であり、免役されたもののうち９５％を超えて疾患を予防する。このウイルスの血清型は１つであるため、１回免疫化又は感染すると、典型的には、後続の感染からの生涯にわたって防御される。
感染した宿主のうちごく一部において、麻疹は、中枢神経系の持続感染による慢性進行性神経障害である、ＳＳＰＥに進展する場合がある。ＳＳＰＥは、ビリオン集合及び出芽を妨げる異常による、麻疹ウイルスのクローン変異体に起因する。これらの患者では、ウイルス排除を促進するため、本発明の抗体によるＴ細胞の再活性化が望ましい。
別の実施形態では、感染はＨＩＶである。ＨＩＶは、Ｔ−リンパ球、単球−マクロファージ、濾胞性樹状細胞及びランゲルハンス細胞などのＣＤ４＋細胞を攻撃し、ＣＤ４＋ヘルパー／インデューサー細胞が枯渇する。その結果、宿主に、細胞介在性免疫の著しい異常が獲得される。ＨＩＶによる感染は、固体の少なくとも５０％においてＡＩＤＳを引き起こし、性的接触、感染した血液又は血液製剤の投与、感染した精液による人工授精、血液を含む針やシリンジへの曝露、出産中の感染した母から乳児への感染によって感染する。
ＨＩＶに感染した宿主は、無症候性の場合か、又は、単核球症に似た急性疾患（発熱、頭痛、咽頭痛、倦怠感及び発疹）を発症する場合がある。症状は、持続発熱、寝汗、体重減少、原因不明の下痢、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、眼部帯状疱疹、口腔カンジダ症及び口腔毛状白板症などの、進行性免疫機能不全に進行する場合がある。寄生体の宿主による日和見感染は、その感染によりＡＩＤＳを発症する患者において一般的である。
ＨＩＶの治療として、ヌクレオシドアナログ、ジドブジン（ＡＳＴ）などの抗ウイルス療法単独、又は、ジダノシン又はザルシタビン、ジデオキシイノシン、ジデオキシシチジン、ラミブジン、スタブジン；逆転写阻害剤、例えばデラビルジン、ネビラピン、ロビリド、及び、プロテアーゼ阻害剤、例えばサキナビル、リトナビル、インジナビル及びネルフィナビルとのと併用のいずれかが挙げられる。ＨＩＶの治療として、ＥＤＵＲＡＮＴ（登録商標）（リルピビリン）が挙げられる。治療的利点のため、本発明の抗体をＨＩＶ感染の標準的治療と併用することができる。
別の実施形態では、感染はサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）感染である。ＣＭＶ感染は、多くの場合、持続的潜伏かつ再発性の感染に関係する。ＣＭＶは、単球及び顆粒球−単球前駆細胞中に感染し、潜伏したまま留まる。ＣＭＶの臨床症状として、単核球症様症状（すなわち、発熱、腺肥大、倦怠感）、及び、抗生物質に対するアレルギー性皮疹の発症傾向が挙げられる。ウイルスは、直接接触により伝搬する。ウイルスは、尿、唾液、精液に含まれ、他の体液中には少ない。感染は、感染した母から胎児又は新生児に、並びに、輸血及び臓器移植によっても起こり得る。ＣＭＶ感染は、非特異性分裂促進因子及び特異的ＣＭＶ抗原に対する幼若化応答の障害、並びに、細胞傷害能の減少を特徴とする、全般的な細胞性免疫障害を引き起こす。
ＣＭＶ感染の治療として、抗ウイルス剤であるガンシクロビル、ホスカルネット及びシドフォビル（cidovir）が挙げられるが、これらの薬剤は、典型的には、免疫不全状態患者にのみ処方される。治療的利点のため、本明細書に記載される本発明の抗体をサイトメガロウイルス感染の標準的治療と併用することができる。
別の実施形態では、感染はエプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）感染である。ＥＢＶは、持続的潜伏感染を確立でき、主にＢ細胞を攻撃する。ＥＢＶによる感染は、伝染性単核球症の病態をもたらし、これは、発熱、多くは滲出液を伴う咽頭痛、全身性リンパ節腫脹及び脾腫を含む。肝炎も見つかり、黄疸を発症する場合がある。
ＥＢＶ感染の典型的治療は症状の緩和であるが、ＥＢＶは、バーキットリンパ腫や上咽頭癌などの特定の癌の発症と関連している。したがって、合併症が生じる前にウイルス感染を排除することが大きな利益となる。治療的利点のため、本発明の抗体をエプスタイン−バーウイルス感染の標準的治療と併用することができる。
別の実施形態では、感染は、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）感染である。ＨＳＶは、感染した宿主との直接接触により感染する。接触感染は無症候性の場合があるが、典型的には、感染性粒子を含む疱疹をもたらす。この疾患は、ウイルスが後に発症するため神経節に潜伏感染すると、病変が現れたり消えたりする、疾患の活動期間のサイクルとして現れる。病変は、顔、生殖器、目、及び／又は手に生じ得る。一部の例では、感染が脳炎の原因となる場合もある。
ヘルペス感染の治療は、主に症状の発生を解消することを目的とし、全身性抗ウイルス剤、例えば、アシクロビル（例えば、Ｚｏｖｉｒａｘ（登録商標））、バラシクロビル、ファムシクロビル、ペンシクロビル、及び塗り薬、例えばドコサノール（Ａｂｒｅｖａ（登録商標））、トロマンタジン及びｚｉｌａｃｔｉｎが挙げられる。ヘルペスの潜伏感染の排除は、大きな臨床的利益となろう。治療的利点のため、本発明の抗体をヘルペスウイルス感染の標準的治療と併用することができる。
別の実施形態では、感染はヒトＴ−リンパ球向性ウイルス（ＨＴＬＶ−１、ＨＴＬＶ−２）である。ＨＴＬＶは、性的接触、授乳、又は汚染血液への曝露によって感染する。ウイルスは、Ｔｈ１細胞を活性化し、その結果、過剰増殖とＴｈ１関連サイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ及びＴＮＦ−α）の過剰産生を起こす。このことが、次に、Ｔｈ２リンパ球の抑制、及びＴｈ２サイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−１０及びＩＬ−１３）産生の低下につながり、感染した宿主の、その排除にＴｈ２依存的応答を必要とする、侵入する有機体に対する適切な免疫応答を備える能力（例えば、寄生虫感染、粘膜性及び液性抗体の産生）を低下させる原因となる。
ＨＴＬＶ感染は、気管支拡張症、皮膚炎、並びに、多微生物性敗血症による死亡に至る、スタフィロコッカス種及びストロンギロイデス種の重感染をもたらす日和見感染につながる。ＨＴＬＶ感染はまた、成人Ｔ細胞性白血病／リンパ腫、及び、ＨＡＭ／ＴＳＰとして知られる進行性脱髄性上位運動ニューロン疾患に直結する場合もある。ＨＴＬＶ潜伏感染の排除は、大きな臨床的利益となろう。治療的利点のため、本発明の抗体をＨＴＬＶ感染の標準的治療と併用することができる。
別の実施形態では、感染はヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）である。ＨＰＶは、主にケラチノサイトに作用し、皮膚と生殖器の２つの形態で起こる。感染は、直接接触及び／又は性的行為によって起こると考えられる。皮膚及び生殖器両方のＨＰＶ感染は、疣贅、及び、潜伏感染と時には再発性感染の原因となる場合があり、症状を制御し、疣贅の出現を防ぐ宿主免疫によって制御されるが、宿主は他のものに対する感染力を有したままである。
ＨＰＶによる感染により、子宮頸部、肛門、外陰部、陰茎及び中咽頭癌などの特定の癌に至る場合もある。ＨＰＶ感染に対する既知の治療法はないが、現在の治療は、イミキモドの経皮適応であり、これにより、影響された領域を攻撃するための免疫システムを刺激する。ＨＰＶ潜伏感染の排除は、大きな臨床的利益となろう。治療的利点のため、本発明の抗体をＨＰＶ感染の標準的治療と併用することができる。
細菌感染
本発明の抗体で治療され得る感染を引き起こす病原菌のいくつかの例として、梅毒、クラミジア、リケッチア菌、マイコバクテリア、スタフィロコッカス、ストレプトコッカス、肺炎球菌（pneumonococci）、髄膜炎菌及び淋菌（conococci）、クレブシエラ、プロテウス、セラチア、シュードモナス、レジオネラ、ジフテリア、サルモネラ、バシラス、コレラ、テタヌス、ボツリヌス、炭疽菌、ペスト、レプトスピラ、及びライム病菌が挙げられる。本発明の抗体を、上記感染に対する既存の治療法と併用して使用できる。例えば、梅毒の治療として、ペニシリン（例えば、ペニシリンＧ．）、テトラサイクリン、ドキシサイクリン、セフトリアキソン及びアジスロマイシンが挙げられる。
ボレリア・ブルグドルフェリによって起こるライム病は、ダニ咬傷によってヒトに感染する。この疾患は、初期は局所的な発疹として、後に、倦怠感、発熱、頭痛、頚硬直及び関節痛などのインフルエンザ様症状として現れる。後の症状発現には、移動性及び多発性関節炎、脳神経麻痺及び神経根症、心筋炎及び不整脈を伴う神経及び心臓障害を含み得る。ライム病の一部の症例は持続的になり、第３期梅毒に類似する不可逆的損傷の原因となる。ライム病の既存療法は、主に抗生物質の投与を含む。抗生物質耐性株は、ヒドロキシクロロキン又はメトトレキサートで治療できる。神経障害性疼痛を有する抗生物質治療不応性患者は、ガバペンチンで治療できる。ミノサイクリンは、神経性又は多の炎症性症状発現を伴う遅発性／慢性ライム病に有用な場合がある。
ボレリア症の他の形態、例えば、Ｂ．ｒｅｃｕｒｅｎｔｉｓ、Ｂ．ｈｅｒｍｓｉｉ、Ｂ．ｔｕｒｉｃａｔａｅ、Ｂ．ｐａｒｉｋｅｒｉ、Ｂ．ｈｉｓｐａｎｉｃａ、Ｂ．ｄｕｔｔｏｎｉｉ ａｎｄ Ｂ．ｐｅｒｓｉｃａ、並びに、レプトスピラ（例えば、Ｌ．ｉｎｔｅｒｒｏｇａｎｓ）に起因するものは、典型的には、血中力価が肝内閉塞を起こす濃度に達した場合を除いて自然に消滅する。
真菌及び寄生生物
本発明の抗体で治療され得る感染を引き起こす病原性真菌のいくつかの例として、カンジダ（ａｌｂｉｃａｎｓ、ｋｒｕｓｅｉ、ｇｌａｂｒａｔａ、ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓなど）、クリプトコックス・ネオフォルマンス、アスペルギルス（ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、ｎｉｇｅｒなど）、属ケカビ目（ｍｕｃｏｒ、ａｂｓｉｄｉａ、ｒｈｉｚｏｐｈｕｓ）、スポロトリックス・シェンキイ、ブラストミセス・デルマチチジス、パラコクシディオイデス・ブラジリエンシス、コクシディオイデス・イミチス及びヒストプラズマ・カプスラーツムが挙げられる。
本明細書に記載される本発明の抗体で治療可能な感染を引き起こす病原性寄生生物のいくつかの例として、赤痢アメーバ、大腸バランチジウム、フォーラーネグレリア、アカントアメーバ種、ランブル鞭毛虫、クリプトスポリジウム種、ニューモシスチス・カリニ、マラリア病原虫、ネズミバベシア、トリパノソーマ・ブルセイ、トリパノソーマ・クルージ、ドノバンリーシュマニア、トクソプラズマ・ゴンディイ、及びネズミ絨毛線虫が挙げられる。
診断的利用及びキット
キット
本発明はまた、本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を含むキットも提供する。
本発明はまた、本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を含むキットも提供する。
本発明はまた、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインとＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインとを含む、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体を含むキットも提供する。
キットは、治療的用途で、及び診断用キットとして使用してよい。
キットを使用して、生体サンプル中のＰＤ−１、ＴＩＭ−３、又はＰＤ−１及びＴＩＭ−３の存在を検出できる。
いくつかの実施形態では、キットは、本明細書に記載される本発明の抗体と、抗体を検出するための試薬と、を含む。キットは、使用説明書；他の試薬、例えば、標識、治療薬、又は、抗体を標識若しくは治療薬にキレート化、ないしは別の方法で連結するのに有用な薬剤、又は、放射線防護組成物；投与用に抗体を調製するためのデバイス又はその他材料；医薬的に許容可能な担体；並びに、対象に投与するためのデバイス又はその他材料などの、１つ又は２つ以上の他の構成要素を含んでよい。
いくつかの実施形態では、キットは、容器中の本発明の抗体と、キットの使用説明書と、を含む。
いくつかの実施形態では、キット中の抗体は標識化されている。
いくつかの実施形態では、キットは、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を含み、この抗体は、
配列番号４１のＶＨと、配列番号４９のＶＬ、
配列番号４１のＶＨと、配列番号５０のＶＬ、
配列番号４２のＶＨと、配列番号５１のＶＬ、
配列番号４２のＶＨと、配列番号５２のＶＬ、
配列番号４２のＶＨと、配列番号５３のＶＬ、
配列番号４３のＶＨと、配列番号４９のＶＬ、
配列番号４３のＶＨと、配列番号５４のＶＬ、
配列番号４３のＶＨと、配列番号５０のＶＬ、
配列番号４３のＶＨと、配列番号５５のＶＬ、
配列番号４３のＶＨと、配列番号５６のＶＬ、
配列番号４３のＶＨと、配列番号５７のＶＬ、
配列番号４４のＶＨと、配列番号４９のＶＬ、
配列番号４５のＶＨと、配列番号４９のＶＬ、
配列番号４６のＶＨと、配列番号４９のＶＬ、
配列番号４７のＶＨと、配列番号４９のＶＬ、
配列番号４８のＶＨと、配列番号５３のＶＬ、
配列番号４８のＶＨと、配列番号５２のＶＬ、
配列番号４８のＶＨと、配列番号５６のＶＬ、
配列番号４７のＶＨと、配列番号５８のＶＬ、
配列番号４７のＶＨと、配列番号５９のＶＬ、
配列番号４５のＶＨと、配列番号６０のＶＬ、
配列番号４５のＶＨと、配列番号６１のＶＬ、
配列番号４５のＶＨと、配列番号６２のＶＬ、
配列番号６３のＶＨと、配列番号６５のＶＬ、又は
配列番号６４のＶＨと、配列番号６５のＶＬ、を含む。
いくつかの実施形態では、キットは、配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を含む。
いくつかの実施形態では、キットは、配列番号６４のＶＨと配列番号６５のＶＬとを含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を含む。
いくつかの実施形態では、キットは、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を含み、この抗体は、
配列番号１４５のＶＨと、配列番号１５５のＶＬ、
配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬ、
配列番号１４８のＶＨと、配列番号１５７のＶＬ、
配列番号１４７のＶＨと、配列番号１５５のＶＬ、
配列番号１４９のＶＨと、配列番号１５８のＶＬ、
配列番号１５０のＶＨと、配列番号１５９のＶＬ、
配列番号１５１のＶＨと、配列番号１６０のＶＬ、
配列番号１５２のＶＨと、配列番号１６１のＶＬ、
配列番号１５３のＶＨと、配列番号１６２のＶＬ、
配列番号１５４のＶＨと、配列番号１６３のＶＬ、又は
配列番号１７２のＶＨと、配列番号１７３のＶＬ、を含む。
いくつかの実施形態では、キットは、配列番号１４６のＶＨと配列番号１５６のＶＬとを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を含む。
いくつかの実施形態では、キットは、配列番号１７２のＶＨと配列番号１７３のＶＬとを含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を含む。
いくつかの実施形態では、キットは、ＨＣ１、ＬＣ１、ＨＣ２及びＬＣ２を含む二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体を含み、このＨＣ１、ＬＣ１、ＨＣ２及びＬＣ２は、
それぞれ、配列番号１８６、１８８、１９０及び１９３、
それぞれ、配列番号１８６、１８８、１９１及び１９４、
それぞれ、配列番号１８７、１８９、１９０及び１９３、
それぞれ、配列番号１８７、１８９、１９１及び１９４、
それぞれ、配列番号１８６、１８８、１９２及び１９５、
それぞれ、配列番号１８６、１８８、２４８及び１９４、
それぞれ、配列番号２４１、１８８、２４４及び１９５、
それぞれ、配列番号２４１、１８８、２４５及び１９４、
それぞれ、配列番号２４２、１８９、２４６及び１９４、
それぞれ、配列番号２４３、１８８、２４６及び１９４、又は
それぞれ、配列番号２４３、１８８、２４７及び１９５である。
ＰＤ−１、ＴＩＭ−３又はＰＤ−１及びＴＩＭ−３の検出方法
本発明はまた、サンプルを入手することと、サンプルを本発明のＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と接触させることと、サンプル中のＰＤ−１に結合した抗体を検出することと、を含む、サンプル中のＰＤ−１を検出する方法も提供する。
本発明はまた、サンプルを入手することと、サンプルを本発明のＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体と接触させることと、サンプル中のＴＩＭ−３に結合した抗体を検出することと、を含む、サンプル中のＴＩＭ−３を検出する方法も提供する。
本発明はまた、サンプルを入手することと、サンプルを、ＰＤ−１に特異的に結合する第１ドメインとＴＩＭ−３に特異的に結合する第２ドメインとを含む、本発明の二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３アンタゴニスト抗体と接触させることと、サンプル中のＰＤ−１及びＴＩＭ−３に結合した抗体を検出することと、を含む、サンプル中のＰＤ−１及びＴＩＭ−３を検出する方法も提供する。
いくつかの実施形態では、サンプルは、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環腫瘍細胞、組織会合していない細胞（すなわち、遊離細胞）、組織（例えば、外科手術的に切除された腫瘍組織、微小針吸引を含む生検）、組織学的調製物などから得ることができる。
ＰＤ−１、ＴＩＭ−３又はＰＤ−１及びＴＩＭ−３に結合した本発明の抗体は、既知の方法を用いて検出できる。代表的な方法として、蛍光若しくは化学発光標識、又は放射線標識を用いる抗体の直接標識化、又は、本発明の抗体への、ビオチン、酵素若しくはエピトープタグなどの容易に検出可能な部分の付加が挙げられる。代表的な標識及び部分は、ルテニウム、１１１Ｉｎ−ＤＯＴＡ、１１１Ｉｎ−ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）、西洋わさびペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、及びβ−ガラクトシダーゼ、ポリヒスチジン（ＨＩＳタグ）、アクリジン染料、シアニン染料、フルオロン染料、オキサジン染料、フェナントリジン染料、ローダミン染料、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ（登録商標）染料である。
本発明の抗体を様々なアッセイ中で用いて、サンプル中のＰＤ−１、ＴＩＭ−３又はＰＤ−１及びＴＩＭ−３を検出できる。代表的なアッセイは、ウェスタンブロット分析、ラジオイムノアッセイ、表面プラズモン共鳴、免疫沈澱法、平衡透析法、免疫拡散法、電気化学発光（ＥＣＬ）免疫アッセイ、免疫組織化学法、蛍光発色細胞選別（ＦＡＣＳ）又はＥＬＩＳＡアッセイである。
本発明の更なる実施形態：ＴＩＭ−３に特異的に結合する抗体
以下に、本明細書の他の箇所の開示に従う、本発明の更なる実施形態を列挙する。本明細書に開示される本発明に関連するものとして上述された本発明の実施形態の特徴は、これらの番号付けされた更なる実施形態のうちの１つ１つにもまた関係する。
１）ＴＩＭ−３のガレクチン−９への結合を阻害する、ＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２）それぞれ配列番号１６４、１６５及び１６６の重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）１（ＨＣＤＲ１）、２（ＨＣＤＲ２）及び３（ＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む、実施形態１に記載の抗体。
３）それぞれ配列番号１６７、１６８及び１６９の軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）１（ＬＣＤＲ１）、２（ＬＣＤＲ２）及び３（ＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む、実施形態１又は２に記載の抗体。
４）それぞれ配列番号１６４、１６５、及び１６６のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３と、それぞれ配列番号１６７、１６８、及び１６９のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３とを含む、実施形態１〜３のいずれか１つに記載の抗体。
５）抗体が、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を増強する、実施形態１〜４のいずれか１つに記載の抗体。
６）活性化が、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞上のＣＤ１３７の表面発現について統計的に有意な増強を測定することによって評価される、実施形態５に記載の抗体。
７）配列番号１４５、１４６、１４７、１４８、１４９、１５０、１５１、１５２、１５３、１５４、又は１７２のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域（ＶＬ）内に含まれるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含み、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３が、Ｃｈｏｔｈｉａ、Ｋａｂａｔ、又はＩＭＧＴによって決定される、実施形態１〜６のいずれか１つに記載の抗体。
８）配列番号１５５、１５６、１５７、１５８、１５９、１６０、１６１、１６２、１６３、又は１７３のアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域（ＶＬ）内に含まれるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含み、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３が、Ｃｈｏｔｈｉａ、Ｋａｂａｔ、又はＩＭＧＴによって決定される、実施形態１〜７のいずれか１つに記載の抗体。
９）
ａ）配列番号９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７又は９８のＨＣＤＲ１と、
ｂ）配列番号９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５又は１０６のＨＣＤＲ２と、
ｃ）配列番号１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、又は１１６のＨＣＤＲ３と、を含む、実施形態１〜８のいずれか１つに記載の抗体。
１０）
ａ）配列番号１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４又は１２５のＬＣＤＲ１と、
ｂ）配列番号１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３又は１３４のＬＣＤＲ２と、
ｃ）配列番号１３５、１３６、１３７、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３、又は１４４のＬＣＤＲ３と、を含む、実施形態１〜９のいずれか１つに記載の抗体。
１１）抗体が、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）、ＩＧＨＶ１−０２（配列番号１７５）、ＩＧＨＶ４−３０−４（配列番号１７６）、ＩＧＨＶ１−０３（配列番号１７７）、ＩＧＨＶ２−２６（配列番号１７８）又はＩＧＨＶ５−５１（配列番号１７９）由来の重鎖フレームワークと、ＩＧＫＶ３−２０（配列番号１８０）、ＩＧＫＶ３−１１（配列番号１７１）、ＩＧＫＶ４−１（配列番号１８１）、ＩＧＫＶ１−３９（配列番号１８２）又はＩＧＫＶ１−３３（配列番号１８３）由来の軽鎖フレームワークと、を含む、実施形態１〜１０のいずれか１つに記載の抗体。
１２）重鎖フレームワーク及び軽鎖フレームワークが、
ａ）それぞれ、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）及びＩＧＫＶ３−２０（配列番号１８０）、
ｂ）それぞれ、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）及びＩＧＫＶ３−１１（配列番号１７１）、
ｃ）それぞれ、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）及びＩＧＫＶ４−１（配列番号１８１）、
ｄ）それぞれ、ＩＧＨＶ１−０２（配列番号１７５）及びＩＧＫＶ４−１（配列番号１８１）、
ｅ）それぞれ、ＩＧＨＶ４−３０−４（配列番号１７６）及びＩＧＫＶ１−３９（配列番号１８２）、
ｆ）それぞれ、ＩＧＨＶ１−０３（配列番号１７７）及びＩＧＫＶ１−３３（配列番号１８３）、
ｇ）それぞれ、ＩＧＨＶ１−０３（配列番号１７７）及びＩＧＫＶ１−３９（配列番号１８２）、
ｈ）それぞれ、ＩＧＨＶ２−２６（配列番号１７８）及びＩＧＫＶ４−１（配列番号１８１）、又は
ｉ）それぞれ、ＩＧＨＶ５−５１（配列番号１７９）及びＩＧＫＶ１−３９（配列番号１８２）由来である、実施形態１〜１１のいずれか１つに記載の抗体。
１３）
ａ）それぞれ、配列番号９０、９９及び１０７、
ｂ）それぞれ、配列番号９１、９９及び１０８、
ｃ）それぞれ、配列番号９１、９９及び１０９、
ｄ）それぞれ、配列番号９２、１００及び１１０、
ｅ）それぞれ、配列番号９３、１０１及び１１１、
ｆ）それぞれ、配列番号９４、１０２及び１１２、
ｇ）それぞれ、配列番号９５、１０３及び１１３、
ｈ）それぞれ、配列番号９６、１０４及び１１４、
ｉ）それぞれ、配列番号９７、１０５及び１１５、又は
ｊ）それぞれ、配列番号９８、１０６及び１１６の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含む、実施形態１〜１２のいずれか１つに記載の抗体。
１４）
ａ）それぞれ、配列番号１１７、１２６及び１３５、
ｂ）それぞれ、配列番号１１８、１２７及び１３６、
ｃ）それぞれ、配列番号１１９、１２８及び１３７、
ｄ）それぞれ、配列番号１２０、１２９及び１３９、
ｅ）それぞれ、配列番号１２１、１３０及び１４０、
ｆ）それぞれ、配列番号１２２、１３１及び１４１、
ｇ）それぞれ、配列番号１２３、１３２及び１４２、
ｈ）それぞれ、配列番号１２４、１３３及び１４３、又は
ｉ）それぞれ、配列番号１２５、１３４及び１４４の、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、実施形態１〜１３のいずれか１つに記載の抗体。
１５）それぞれ配列番号９０、９９、１０７、１１７、１２６及び１３５のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、実施形態１〜１４のいずれか１つに記載の抗体。
１６）それぞれ配列番号９１、９９、１０８、１１８、１２７及び１３６のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、実施形態１〜１４のいずれか１つに記載の抗体。
１７）それぞれ配列番号９１、９９、１０９、１１９、１２８及び１３７のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、実施形態１〜１４のいずれか１つに記載の抗体。
１８）それぞれ配列番号９２、１００、１１０、１１７、１２６及び１３５のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、実施形態１〜１４のいずれか１つに記載の抗体。
１９）それぞれ配列番号９３、１０１、１１１、１２０、１２９及び１３９のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、実施形態１〜１４のいずれか１つに記載の抗体。
２０）それぞれ配列番号９４、１０２、１１２、１２１、１３０及び１４０のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、実施形態１〜１４のいずれか１つに記載の抗体。
２１）それぞれ配列番号９５、１０３、１１３、１２２、１３１及び１４１のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、実施形態１〜１４のいずれか１つに記載の抗体。
２２）それぞれ配列番号９６、１０４、１１４、１２３、１３２及び１４２のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、実施形態１〜１４のいずれか１つに記載の抗体。
２３）それぞれ配列番号９７、１０５、１１５、１２４、１３３及び１４３のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、実施形態１〜１４のいずれか１つに記載の抗体。
２４）それぞれ配列番号９８、１０６、１１６、１２５、１３４及び１４４のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、実施形態１〜１４のいずれか１つに記載の抗体。
２５）配列番号１４５、１４６、１４７、１４８、１４９、１５０、１５１、１５２、１５３、１５４又は１７２の重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、ＶＨが、任意追加的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個の保存的アミノ酸置換を有する、実施形態１〜２４のいずれか１つに記載の抗体。
２６）配列番号１５５、１５６、１５７、１５８、１５９、１６０、１６１、１６２、１６３、又は１７３の軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ＶＬが、任意追加的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個の保存的アミノ酸置換を有する、実施形態１〜２４のいずれか１つに記載の抗体。
２７）配列番号１４５のＶＨと配列番号１５５のＶＬとを含み、ＶＨ、ＶＬ又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、実施形態１〜２４のいずれか１つに記載の抗体。
２８）配列番号１４６のＶＨと配列番号１５６のＶＬとを含み、ＶＨ、ＶＬ又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、実施形態１〜２４のいずれか１つに記載の抗体。
２９）配列番号１４８のＶＨと配列番号１５７のＶＬとを含み、ＶＨ、ＶＬ又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、実施形態１〜２４のいずれか１つに記載の抗体。
３０）配列番号１４７のＶＨと配列番号１５５のＶＬとを含み、ＶＨ、ＶＬ又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、実施形態１〜２４のいずれか１つに記載の抗体。
３１）配列番号１４９のＶＨと配列番号１５８のＶＬとを含み、ＶＨ、ＶＬ又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、実施形態１〜２４のいずれか１つに記載の抗体。
３２）配列番号１５０のＶＨと配列番号１５９のＶＬとを含み、ＶＨ、ＶＬ又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、実施形態１〜２４のいずれか１つに記載の抗体。
３３）配列番号１５１のＶＨと配列番号１６０のＶＬとを含み、ＶＨ、ＶＬ又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、実施形態１〜２４のいずれか１つに記載の抗体。
３４）配列番号１５２のＶＨと配列番号１６１のＶＬとを含み、ＶＨ、ＶＬ又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、実施形態１〜２４のいずれか１つに記載の抗体。
３５）配列番号１５３のＶＨと配列番号１６２のＶＬとを含み、ＶＨ、ＶＬ又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、実施形態１〜２４のいずれか１つに記載の抗体。
３６）配列番号１５４のＶＨと配列番号１６３のＶＬとを含み、ＶＨ、ＶＬ又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、実施形態１〜２４のいずれか１つに記載の抗体。
３７）配列番号１７２のＶＨと配列番号１７３のＶＬとを含み、ＶＨ、ＶＬ又はＶＨ及びＶＬの両方が、任意追加的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸置換を含む、実施形態１〜２４のいずれか１つに記載の抗体。
３８）それぞれ配列番号９１、９９、１０８、１１８、１２７及び１３６の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
３９）抗体が、配列番号１４６のＶＨと、配列番号１５６のＶＬと、を含む、実施形態３９に記載の抗体。
４０）抗体が、ヒト又はヒト化である、実施形態１〜３９のいずれか１つに記載の抗体。
４１）抗体が、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、又はＩｇＧ４のアイソタイプである、実施形態１〜４０のいずれか１つに記載の抗体。
４２）抗体Ｆｃ中に、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個の置換を含む、実施形態１〜４１のいずれか１つに記載の抗体。
４３）１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個の置換の結果、抗体の半減期が延長する、実施形態４２に記載の抗体。
４４）Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ及びＴ２５６Ｅ置換を含み、残基付番がＥＵインデックスに準拠する、実施形態４２又は４３に記載の抗体。
４５）１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個の置換の結果、活性化Ｆｃγ受容体（ＦｃγＲ）に対する抗体の結合を低下させる、実施形態４２に記載の抗体。
４６）活性化ＦｃγＲが、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩＩａ、又はＦｃγＲＩＩＩｂである、実施形態４５に記載の抗体。
４７）
ａ）Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換、
ｂ）Ｖ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換、
ｃ）Ｆ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ及びＱ２６８Ａ置換、
ｄ）Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ又はＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換、
ｅ）Ｆ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ又はＦ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換、又は
ｆ）Ｖ２３４Ａ置換を含み、残基付番がＥＵインデックスに準拠する、実施形態４５又は４６に記載の抗体。
４８）Ｓ２２８Ｐ置換を含み、残基付番がＥＵインデックスに準拠する、実施形態４１に記載の抗体。
４９）１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個の置換の結果、抗体媒介性エフェクター機能が増強する、実施形態４１に記載の抗体。
５０）置換が、少なくとも１つの残基位置２５６、２９０、２９８、３１２、３５６、３３０、３３３、３３４、３６０、３７８又は４３０に対する置換であり、残基付番がＥＵインデックスに準拠する、実施形態４９に記載の抗体。
５１）抗体が二重特異性である、実施形態１〜５０のいずれか１つに記載の抗体。
５２）抗体が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＬＡＧ−３、ＣＥＡＣＡＭ−５、又はＮＫＧ２Ｄに特異的に結合する、実施形態５１に記載の抗体。
５３）治療薬又は造影剤に結合させた実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体又はその抗原結合部分を含む免疫複合体。
５４）実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体又は実施形態５３に記載の免疫複合体と、医薬的に許容される担体と、を含む、医薬組成物。
５５）実施形態２５の抗体ＶＨ、実施形態２６の抗体ＶＬ、又は、実施形態２５若しくは２６の抗体ＶＨ及び抗体ＶＬをコードする、ポリヌクレオチド。
５６）配列番号１４６の抗体ＶＨ、配列番号１５６の抗体ＶＬ、又は、配列番号１４６の抗体ＶＨ及び配列番号１５６の抗体ＶＬをコードする、ポリヌクレオチド。
５７）実施形態５５又は５６に記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
５８）実施形態５７に記載のベクターを含む、宿主細胞。
５９）抗体が発現される条件下で実施形態５８に記載の宿主細胞を培養することと、宿主細胞より産生された抗体を回収することと、を含む、実施形態２５、２６、５５、又は５６に記載の抗体の産生方法。
６０）癌の治療に使用するための、実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体、実施形態５３に記載の免疫複合体、又は実施形態５４に記載の医薬組成物。
６１）癌が、固形腫瘍又は血液悪性疾患である、実施形態６９に記載の使用のための抗体、免疫複合体又は医薬組成物。
６２）固形腫瘍が、黒色腫、肺癌、扁平上皮非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、非扁平上皮ＮＳＣＬＣ、結腸直腸癌、前立腺癌、去勢抵抗性前立腺癌、胃癌（stomach cancer）、卵巣癌、胃部癌（gastric cancer）、肝癌、膵臓癌、甲状腺癌、頭頸部の扁平上皮癌、食道又は胃腸管の癌腫、乳癌、卵管癌、脳癌、尿道癌、尿生殖器癌、子宮内膜症、子宮頸癌（cervical cancer）、又は、癌の転移巣である、実施形態６１に記載の使用のための抗体、免疫複合体又は医薬組成物。
６３）血液悪性疾患が、リンパ腫、骨髄腫又は白血病である、実施形態６１に記載の使用のための抗体、免疫複合体又は医薬組成物。
６４）血液悪性疾患が、Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性骨髄単球性白血病（chronic myelomoncytic leukemia）（ＣＭＭＬ）、多発性骨髄腫又は形質細胞腫である、実施形態６１又は６３に記載の使用のための抗体、免疫複合体又は医薬組成物。
６５）免疫応答の増強に使用するための、実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体、実施形態５３に記載の免疫複合体、又は実施形態５４に記載の医薬組成物。
６６）対象が、癌又はウイルス感染を有する、実施形態６５に記載の使用のための抗体、免疫複合体又は医薬組成物。
６７）第２の治療薬と併用する、実施形態６０〜６６のいずれか１つに記載の使用のための、実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体、実施形態５３に記載の免疫複合体、又は実施形態５４に記載の医薬組成物。
６８）第２の治療薬が、固形腫瘍又は血液悪性疾患を治療するための標準治療薬（standard of care drug）である、実施形態６７に記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
６９）第２の治療薬が、Ｔ細胞活性化分子のアゴニストである、実施形態６７又は６８に記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
７０）Ｔ細胞活性化分子が、ＣＤ８６、ＣＤ８０、ＣＤ２８、ＩＣＯＳ、ＩＣＯＳリガンド、ＴＭＩＧＤ２、ＣＤ４０、ＴＬ１Ａ、ＧＩＴＲリガンド、４−１ＢＢリガンド、ＯＸ４０リガンド、ＣＤ７０、ＣＤ４０Ｌ、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＬＩＧＨＴ、ＧＩＴＲ、ＯＸ−４０、ＣＤ２７、ＣＤ１３７、ＮＫＧ２Ｄ、ＣＤ４８、ＣＤ２２６又はＭＩＣＡである、実施形態６７〜６９のいずれか１つに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
７１）Ｔ細胞活性化分子のアゴニストが、Ｔ細胞活性化分子に特異的に結合する抗体である、実施形態６７〜７０のいずれか１つに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
７２）第２の治療薬が、Ｔ細胞阻害分子の阻害剤である、実施形態６７又は６８に記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
７３）Ｔ細胞阻害分子が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＮＬ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＶＥＭ、ＨＨＬＡ２、ＣＴＬＡ−４、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＣＤ１６０、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＬＡＩＲ１、ＴＧＦβ、ＩＬ−１０、シグレックファミリータンパク質、ＫＩＲ、ＣＤ９６、ＴＩＧＩＴ、ＮＫＧ２Ａ、ＣＤ１１２、ＣＤ４７、ＳＩＲＰＡ又はＣＤ２４４である、実施形態６７、６８又は７２のいずれか１つに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
７４）阻害剤又はＴ細胞阻害分子が、Ｔ細胞阻害分子に特異的に結合する抗体である、実施形態６７、６８又は７２〜７３のいずれか１つに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
７５）Ｔ細胞阻害分子がＰＤ−１である、実施形態６７、６８又は７２〜７４のいずれか１つに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
７６）Ｔ細胞阻害分子に特異的に結合する抗体が、
ａ）それぞれ、配列番号４１及び４９、
ｂ）それぞれ、配列番号４１及び５０、
ｃ）それぞれ、配列番号４２及び５１、
ｄ）それぞれ、配列番号４２及び５２、
ｅ）それぞれ、配列番号４２及び５３、
ｆ）それぞれ、配列番号４３及び４９、
ｇ）それぞれ、配列番号４３及び５４、
ｈ）それぞれ、配列番号４３及び５０、
ｉ）それぞれ、配列番号４３及び５５、
ｊ）それぞれ、配列番号４３及び５６、
ｋ）それぞれ、配列番号４３及び５７、
ｌ）それぞれ、配列番号４４及び４９、
ｍ）それぞれ、配列番号４５及び４９、
ｎ）それぞれ、配列番号４６及び４９、
ｏ）それぞれ、配列番号４７及び４９、
ｐ）それぞれ、配列番号４８及び５３、
ｑ）それぞれ、配列番号４８及び５２、
ｒ）それぞれ、配列番号４８及び５６、
ｓ）それぞれ、配列番号４７及び５８、
ｔ）それぞれ、配列番号４７及び５９、
ｕ）それぞれ、配列番号４５及び６０、
ｖ）それぞれ、配列番号４５及び６１、
ｗ）それぞれ、配列番号６３及び６５、又は
ｘ）それぞれ、配列番号６４及び６５の、ＶＨ及びＶＬを含む、実施形態６７、６８又は７２〜７５のいずれか１つに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
７７）第２の治療薬がワクチンである、実施形態６７に記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
７８）ワクチンが、腫瘍細胞上で発現するポリペプチド若しくはその断片、又は、ポリペプチド若しくはその断片をコードするＤＮＡ若しくはＲＮＡである、実施形態６７又は７７に記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
７９）腫瘍細胞が、黒色腫、肺癌、扁平上皮非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、非扁平上皮ＮＳＣＬＣ、結腸直腸癌、前立腺癌、去勢抵抗性前立腺癌、卵巣癌、胃部癌、肝癌、膵臓癌、甲状腺癌、頭頸部の扁平上皮癌、食道若しくは胃腸管の癌腫、又は乳癌細胞である、実施形態６７、７８又は７９のいずれか１つに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
８０）ポリペプチドが、ＰＳＭＡ、メソセリン、ＥＧＦＲ又はＥＧＦＲｖＩＩＩである、実施形態６７又は７７〜７９のいずれか１つに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
８１）第２の治療薬が、同時に、順次、又は別々に投与される、実施形態６７〜８０のいずれか１つに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
８２）対象が、放射線療法で治療される、又は治療されている、実施形態６０〜８１のいずれか１つに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
８３）対象が、手術を受けたことがある、又は受ける予定である、実施形態６０〜８２のいずれか１つに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
８４）患者が、ＰＤ−１抗体での治療が不応性（refractory）である、実施形態６０〜８３のいずれか１つに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
８５）患者が、ＰＤ−１抗体による治療後に再発した腫瘍を有する、実施形態６０〜８４のいずれか１つに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
８６）抗体が、配列番号１４５のＶＨと配列番号１５５のＶＬとを含む、実施形態６０〜８５のいずれかに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
８７）抗体が、配列番号１４６のＶＨと配列番号１５６のＶＬとを含む、実施形態６０〜８５のいずれかに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
８８）単離された抗体が、配列番号１４８のＶＨと配列番号１５７のＶＬとを含む、実施形態６０〜８５のいずれかに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
８９）単離された抗体が、配列番号１４７のＶＨと配列番号１５５のＶＬとを含む、実施形態６０〜８５のいずれかに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
９０）単離された抗体が、配列番号１４９のＶＨと配列番号１５８のＶＬとを含む、実施形態６０〜８５のいずれかに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
９１）単離された抗体が、配列番号１５０のＶＨと配列番号１５９のＶＬとを含む、実施形態６０〜８５のいずれかに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
９２）単離された抗体が、配列番号１５１のＶＨと配列番号１６０のＶＬとを含む、実施形態６０〜８５のいずれかに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
９３）単離された抗体が、配列番号１５２のＶＨと配列番号１６１のＶＬとを含む、実施形態６０〜８５のいずれかに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
９４）単離された抗体が、配列番号１５３のＶＨと配列番号１６２のＶＬとを含む、実施形態６０〜８５のいずれかに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
９５）単離された抗体が、配列番号１５４のＶＨと配列番号１６３のＶＬとを含む、実施形態６０〜８５のいずれかに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
９６）単離された抗体が、配列番号１７２のＶＨと配列番号１７３のＶＬとを含む、実施形態６０〜８５のいずれかに記載の使用のための実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体。
９７）治療に使用するための、実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体、実施形態５３に記載の免疫複合体、又は実施形態５４に記載の医薬組成物。
９８）実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体に結合する抗イディオタイプ抗体。
９９）実施形態１〜５２のいずれか１つに記載の抗体を含む、キット。
１００）実施形態３８又は３９に記載の抗体を含む、キット。
１０１）抗体を検出するための試薬と、使用説明書と、を更に含む、実施形態３８又は３９に記載の抗体を含むキット。
１０２）癌の治療で使用するための、それぞれ配列番号９１、９９、１０８、１１８、１２７及び１３６の、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合する単離された抗体。
１０３）抗体が、配列番号１４６のＶＨと配列番号１５６のＶＬとを含む、実施形態１０２に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離された抗体。
１０４）癌が固形腫瘍である、実施形態１０２又は１０３に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離された抗体。
１０５）固形腫瘍が黒色腫である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離された抗体。
１０６）固形腫瘍が肺癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１０７）固形腫瘍が扁平上皮非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１０８）固形腫瘍が非扁平上皮ＮＳＣＬＣである、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１０９）固形腫瘍が結腸直腸癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１１０）固形腫瘍が前立腺癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１１１）固形腫瘍が去勢抵抗性前立腺癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１１２）固形腫瘍が胃癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１１３）固形腫瘍が卵巣癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１１４）固形腫瘍が胃部癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１１５）固形腫瘍が肝癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１１６）固形腫瘍が膵臓癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１１７）固形腫瘍が甲状腺癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１１８）固形腫瘍が頭頸部の扁平上皮癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１１９）固形腫瘍が食道又は胃腸管の癌腫である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１２０）固形腫瘍が乳癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１２１）固形腫瘍が卵管癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１２２）固形腫瘍が脳癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１２３）固形腫瘍が尿道癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１２４）固形腫瘍が尿生殖器癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１２５）固形腫瘍が子宮内膜症である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１２６）固形腫瘍が子宮頸癌である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１２７）固形腫瘍が癌の転移巣である、実施形態１０４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１２８）第２の治療薬と併用する、実施形態１０５に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１２９）第２の治療薬と併用する、実施形態１０６に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１３０）第２の治療薬と併用する、実施形態１０７に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１３１）第２の治療薬と併用する、実施形態１０８に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１３２）第２の治療薬と併用する、実施形態１０９に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１３３）第２の治療薬と併用する、実施形態１１０に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１３４）第２の治療薬と併用する、実施形態１１１に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１３５）第２の治療薬と併用する、実施形態１１２に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１３６）第２の治療薬と併用する、実施形態１１３に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１３７）第２の治療薬と併用する、実施形態１１４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１３８）第２の治療薬と併用する、実施形態１１５に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１３９）第２の治療薬と併用する、実施形態１１６に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１４０）第２の治療薬と併用する、実施形態１１７に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１４１）第２の治療薬と併用する、実施形態１１８に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１４２）第２の治療薬と併用する、実施形態１１９に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１４３）第２の治療薬と併用する、実施形態１２０に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１４４）第２の治療薬と併用する、実施形態１２１に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１４５）第２の治療薬と併用する、実施形態１２２に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１４６）第２の治療薬と併用する、実施形態１２３に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１４７）第２の治療薬と併用する、実施形態１２４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１４８）第２の治療薬と併用する、実施形態１２５に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１４９）第２の治療薬と併用する、実施形態１２６に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１５０）第２の治療薬と併用する、実施形態１２７に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１５１）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１２８に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１５２）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１２９に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１５３）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１３０に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１５４）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１３１に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１５５）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１３２に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１５６）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１３３に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１５７）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１３４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１５８）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１３５に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１５９）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１３６に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１６０）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１３７に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１６１）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１３８に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１６２）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１３９に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１６３）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１４０に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１６４）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１４１に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１６５）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１４２に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１６６）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１４３に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１６７）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１４４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１６８）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１４５に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１６９）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１４６に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１７０）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１４７に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１７１）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１４８に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１７２）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１４９に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１７３）第２の治療薬が、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体であり、ＰＤ１に特異的に結合する抗体が、任意追加的に配列番号４８のＶＨと配列番号５６のＶＬとを含む、実施形態１５０に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１７４）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１２８に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１７５）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１２９に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１７６）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１３０に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１７７）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１３１に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１７８）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１３２に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１７９）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１３３に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１８０）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１３４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１８１）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１３５に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１８２）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１３６に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１８３）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１３７に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１８４）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１３８に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１８５）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１３９に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１８６）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１４０に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１８７）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１４１に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１８８）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１４２に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１８９）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１４３に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１９０）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１４４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１９１）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１４５に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１９２）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１４６に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１９３）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１４７に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１９４）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１４８に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１９５）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１４９に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１９６）第２の治療薬がワクチンである、実施形態１５０に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１９７）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１２８に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１９８）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１２９に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
１９９）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１３０に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２００）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１３１に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２０１）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１３２に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２０２）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１３３に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２０３）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１３４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２０４）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１３５に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２０５）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１３６に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２０６）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１３７に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２０７）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１３８に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２０８）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１３９に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２０９）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１４０に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２１０）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１４１に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２１１）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１４２に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２１２）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１４３に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２１３）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１４４に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２１４）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１４５に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２１５）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１４６に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２１６）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１４７に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２１７）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１４８に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２１８）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１４９に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２１９）第２の治療薬が線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤である、実施形態１５０に記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２２０）ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を投与されている患者が、ＰＤ−１抗体治療に不応性である、実施形態１０２〜２４３のいずれかに記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
２２１）ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体を投与されている患者が、ＰＤ−１抗体治療に抵抗性である、実施形態１０２〜２４３のいずれかに記載の使用のためのＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体。
次に、本発明を以下の特定の非限定的な実施例を参照して説明する。
実施例１．一般法
精製ヒト混合リンパ球反応（ＭＬＲ）
精製ヒト混合リンパ球反応（ＭＬＲアッセイ）を用いて、試験抗体をＣＤ４＋Ｔ細胞及び樹状細胞の共培養物に添加することによって誘導される、サイトカイン産生の変化を測定した。
末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を、Ｆｉｃｏｌｌによる勾配を用いて、ｌｅｕｋｏｐａｋ（Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｐｅｃｉａｌｔｙ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）から単離した。次に、ＣＤ４＋ Ｔ細胞を、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ ＡｕｔｏＭＡＣＳ及びＣＤ４＋ Ｔ細胞単離ビーズを製造元による説明書に従って用いて、ＰＢＭＣからネガティブセレクションによって新たに単離した、又は、市販の凍結ＣＤ４＋ Ｔ細胞（Ｈｅｍａｃａｒｅ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）を購入した。１人の樹状細胞ドナー（Ｈｅｍａｃａｒｅ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）を使用した。単離又は解凍後、ＣＤ４＋ Ｔ細胞及び樹状細胞を洗浄し、アッセイ用培地（ＲＭＰＩ１６４０培地、１０％ウシ胎児血清、１％ペニシリン／ストレプトマイシン、１×非必須アミノ酸、及び１×ピルビン酸ナトリウム添加−Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）に再懸濁した。精製ヒトＣＤ４＋ Ｔ細胞を、１×１０６個／ｍＬに希釈し、１００，０００個／１００μＬ／ウェルで播種した。樹状細胞を、０．１×１０６個／ｍＬに希釈し、５，０００個／５０μＬ／Ｕ底プレートのウェルで播種した。試験抗体又は対照抗体をアッセイ用培地中４×濃度で調製し、５０μＬの抗体が１５０μＬの細胞に添加されると１×になるようにした。
試験又は対照抗体の１０段階希釈液を、最終濃度３０、１０、３．３３、１．１１、０．３７、０．１２、０．０４、０．０１、０．００４６及び０００１５ｎＭでウェルに加えた。ＣＤ４＋ Ｔ細胞＋樹状細胞、及び樹状細胞のみを対照として加え、基準のサイトカイン分泌を測定した。細胞を、３７℃、５％ ＣＯ２で５日間維持した。５日目、１００μＬの組織培養上清を培養プレートから除去し、Ｖ底プレートに移した。上清を、少なくとも一晩、−８０℃にて凍結した。Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（ＭＳＤ）Ｔｈ１／Ｔｈ２ヒトサイトカイン１０−ｐｌｅｘプレートを製造元による手順に従って用いて、組織培養上清中の累積サイトカイン産生を測定した。簡潔に言えば、ＭＳＤプレートを、１％ブロッカーＢを用いて、一晩４℃にてブロッキングした。翌日、ブロッカーを除き、プレートをＢｉｏｔｅｋ ４０６プレート洗浄液を用いて洗浄した。８点の標準曲線を調製し、二つ組でプレートに加えた。解凍した組織培養上清を２５μＬ／ウェルで加え、プレートに封をして、１．５時間激しく振盪した。標準液又は上清を除かずに、２５μＬの検出抗体を各ウェルに加えた。プレートに封をして、１．５時間激しく振盪した。プレートを洗浄してリードバッファーを加え、Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙプレートリーダーを用いてプレートを読み取った。
サイトカイン濃度をＭＳＤソフトウェアによって計算した。未知のサンプル中のサイトカイン濃度は、未知サンプルの出力シグナルを、標準曲線中の出力シグナル及び既知のサイトカイン濃度と比較することによって計算する。計算した濃度を、可視化のためにＳｐｏｔｆｉｒｅ ＴＩＢＣＯソフトウェアにアップロードした。データの目視検査後、閾値３．５でＭＡＤ−中央値異常値法を用いて、ログ変換データ上で異常値を同定し、除外した。半数効果濃度のロバスト解析（Ｒｏｂｕｓｔ ＥＣ５０）を、各抗体の各サイトカインについて行った。
ＣＭＶアッセイ
サイトメガロウイルス抗原リコールアッセイ（ＣＭＶアッセイ）を用いて、試験抗体を、ＣＭＶ全抗原（ＰＤ−１抗体用）又は６５ｋｄのリンタンパク質（ｐｐ６５）全体にオーバーラップする１３８種の１５マーペプチドのプール（ＴＩＭ−３ ｍＡｂ及びＰＤ１／ＴＩＭ−３二重特異性ｍＡｂ用）を有する末梢血単核球（ＰＢＭＣ）の培養物に添加することによって誘導される、サイトカイン産生の変化を測定した。
解凍後、ＰＢＭＣ（Ａｓｔａｒｔｅ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ及びＨｅｍｃａｒｅ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）を洗浄し、アッセイ用培地（ＲＭＰＩ１６４０培地、１０％ウシ胎児血清、１％ペニシリン／ストレプトマイシン、１×非必須アミノ酸、及び１×ピルビン酸ナトリウム添加−Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）に再懸濁した。ＰＢＭＣを１．５×１０６個／ｍＬに希釈し、１５０，０００個／１００μＬ／ウェルで播種した。ＣＭＶ抗原（Ａｓｔａｒｔｅ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ）をアッセイ用培地中４×濃度である０．４μｇ／ｍＬに調製し、５０μＬの抗体が１００μＬの細胞と５０μＬの抗体に添加されると０．１μｇ／ｍＬになるようにした。抗体をアッセイ用培地中４×濃度で調製し、５０μＬの抗体が細胞とペプチドに添加されると１×になるようにした。
１５０〜０．００１ｎＭの最終濃度に段階希釈した試験抗体を、ウェルに加えた。細胞＋ＣＭＶ抗原又はｐｐ６５プール、細胞のみ、及び最終濃度５０又は３０ｎＭに調製したアイソタイプ対照を対照として加え、基準のサイトカイン分泌を測定した。細胞を、３７℃、５％ ＣＯ２で６日間維持した。ＭＳＤ分析には、６日目、１００μＬの組織培養上清を培養プレートから除去し、Ｖ底プレートに移した。上清を、少なくとも一晩、−８０℃にて凍結した。Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（ＭＳＤ）Ｔｈ１／Ｔｈ２ヒトサイトカイン１０−ｐｌｅｘプレートを製造元による手順に従って用いて、組織培養上清中の累積サイトカイン産生を測定した。簡潔に言えば、ＭＳＤプレートを、１％ブロッカーＢを用いて、一晩４℃にてブロッキングした。翌日、ブロッカーを除き、プレートをＢｉｏｔｅｋ ４０６プレート洗浄液を用いて洗浄した。８点の標準曲線を調製し、二つ組でプレートに加えた。解凍した組織培養上清を２５μＬ／ウェルで加え、プレートに封をして、１．５時間激しく振盪した。標準液又は上清を除かずに、２５μＬの検出抗体を各ウェルに加えた。プレートに封をして、１．５時間激しく振盪した。プレートを洗浄してリードバッファーを加え、Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙプレートリーダーを用いてプレートを読み取った。
サイトカイン濃度をＭＳＤソフトウェアによって計算した。未知のサンプル中のサイトカイン濃度は、未知サンプルの出力シグナルを、標準曲線中の出力シグナル及び既知のサイトカイン濃度と比較することによって計算する。計算した濃度を、可視化のためにＳｐｏｔｆｉｒｅ ＴＩＢＣＯソフトウェアにアップロードした。データの目視検査後、閾値３．５でＭＡＤ−中央値異常値法を用いて、ログ変換データ上で異常値を同定し、除外した。半数効果濃度のロバスト解析（Ｒｏｂｕｓｔ ＥＣ５０）を、各抗体の各サイトカインについて行った。
ＴＩＭ−３抗体及びＰＤ１／ＴＩＭ−３二重特異性抗体については、６日目に上清をＭＳＤ分析用に回収した後、細胞をＰＢＳで１回洗浄し、続いて、Ｌｉｖｅ／Ｄｅａｄの区別と、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ１３７、ＰＤ−１及びＴＩＭ−３の細胞表面マーカーについて染色した。ＬＳＲ Ｆｏｒｔｅｓｓａ（ＢＤ）でフローサイトメトリーを行った。Ｆｌｏｗ Ｊｏソフトウェアを用いてデータを解析した。生存ＣＭＶ−処理ＣＤ８＋ＣＤ４＋細胞でのＣＤ１３７＋細胞を、Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ Ｍｉｎｕｓ Ｏｎｅ（ＦＭＯ）法に基づいて同定した。
連続処理実験では、ｐｐ６５ペプチドプールによって６日間刺激し、ＣＭＶリコールアッセイを上記のように行った。６日目、上清を除去し、抗ＴＩＭ−３抗体の存在下で細胞をｐｐ６５プールで再刺激した。２４時間後、上清を除去し、ＭＳＤによって、上記のようにＩＦＮ−γレベルを測定した。
ＰＤ−１リガンド阻害アッセイ
リガンド阻害アッセイのデザインは、ＭＳＤ（Ｍｅｓｃｏｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ）に基づくものとした。ＭＳＤプレートを、リガンド（ｃｙｎｏＰＤＬ１−ＥＣＤ、ｈｕＰＤＬ１−ＥＣＤ又はｈｕＰＤＬ２−ＥＣＤ）で直接コーティングし、一晩４℃でインキュベートした。翌日、コーティング溶液を除去し、プレートをブロッキングした。固定濃度のビオチン化ＰＤ−１（ｈｕＰＤ１−ＥＣＤ）を、抗体、又は、陰性対照としてのアイソタイプ対照抗体と共に予備インキュベートした。試験する抗体パネルに応じて、濃度設定しながら、又は固定濃度で、抗体の試験を行った。ＭＳＤプレートを洗浄し、ビオチン化ＰＤ−１／抗体混合物をリガンドでコーティングしたＭＳＤプレートに加えた。プレートを洗浄し、リガンドに結合したビオチン化ＰＤ−１をルテニウム標識したストレプトアビジンによって検出した。抗体によるＰＤ−１結合の阻害により、ＭＳＤアッセイにおいてシグナル低下をもたらした。阻害剤非存在下における最大ビオチン化ＰＤ−１結合を測定し、データを最大ビオチン化ＰＤ−１シグナルの割合に対して正規化するのに用いる場合もあった。１つの濃度においてリガンド結合阻害に対して陽性であったｍＡｂを、様々なＰＤ−１リガンドの阻害に対する用量反応についても試験した。
ジャーカット細胞の結合
ジャーカット細胞を、２０ｎｇ／ｍＬのＰＨＡで一晩刺激し、回収し、洗浄し、生存率を確認した。続いて、細胞を、様々な濃度の試験抗体と共に６〜１０℃で４５〜６０分間インキュベートし、洗浄し、ＦＩＴＣで標識したヤギ抗ヒトＩｇＧと共に６〜１０℃で４５〜６０分間インキュベートした。細胞を洗浄し、ＢＤ Ｃｙｔｏｆｉｘで固定し、一晩冷蔵して、ＭＡＣＳＱｕａｎｔフローサイトメーターで分析した。各抗体濃度でのＰＤ−１陽性細胞の割合を、抗体のログ濃度に対してプロットし、ＰｒｉｓｍによってＥＣ５０値を得た。
親和性の測定
ＰＤ−１ｍＡｂ
ｈｕＰＤ１−ＥＣＤ及びｃｙｎｏＰＤ−１−ＥＣＤに対する結合親和性について、抗ＰＤ−１ｍＡｂの試験を行った。表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を用いる親和性測定を、ＰｒｏｔｅＯｎ ＸＰＲ３６システムを使用して行った。アミンカップリング化学反応についての製造元の使用説明書を用い、抗ＩｇＧ Ｆｃの混合物を、ＧＬＣチップの加工アルギン酸ポリマー層表面にカップリングさせて、バイオセンサー表面を調製した。試験ｍＡｂを捕捉し、ＰＢＳ系バッファー中２５℃での分析物（ｈｕＰＤ１−ＥＣＤ又はｃｙｎｏＰＤ１−ＥＣＤ）との相互作用をモニタリングした。収集したデータを処理し、ラングミュア１：１結合モデルにフィットさせた。各ｍＡｂの結果を、ｋｏｎ（オン速度）、ｋｏｆｆ（オフ速度）及びＫＤ（平衡解離定数）の形式で報告した。
ＴＩＭ−３リガンド阻害アッセイ
９６ウェルのＷｈｉｔｅ Ｍａｘｉｓｏｒｐプレート（Ｎｕｎｃ）のウェル当たり、ＰＢＳ中１μｇ／ｍＬの組み換えヒトＦｃ−ＴＩＭ−３キメラ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ−カタログ＃：２３６５−ＴＭ−０５）を結合させることによって、ＴＩＭ−３／ガレクチン−９競合ＥＬＩＳＡを行った。プレートを洗浄し、ＳｔａｒｔｉｎｇＢｌｏｃｋ Ｔ２０（Ｐｉｅｒｃｅ）でブロッキングして、１０μｇ／ｍＬ濃度の阻害剤をウェルに加えた。洗浄せずに、７．５μｇ／ｍＬのガレクチン−９をウェルに加え、３０分間インキュベートした。続いて、０．５μｇ／ｍＬの抗ガレクチン−９−ビオチン抗体ポリクローナル抗体（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）を加え、３０分間インキュベートした。プレートを洗浄し、ニュートラアビジン−ＨＲＰ−複合体（Ｐｉｅｒｃｅ）を加え、プレートを更に４５分間インキュベートした。プレートを洗浄し、ＰＯＤ化学発光基質（Ｒｏｃｈｅ）をプレートを読み取る直前に加え、ルミノメーターで発光度を読み取った。
試験に使用する抗原の生成
標準的方法を用いて、クローニング、発現、及び抗原の精製を行った。様々なタンパク質断片を、ヘキサヒスチジンタグ又はＦｃ融合タンパク質として発現させた。使用したタンパク質のタグ配列を含まないアミノ酸配列を、配列番号１〜９、１３８及び８９に示す。
完全長ヒトＰＤ１（ｈｕＰＤ１）；配列番号１
ＰＧＷＦＬＤＳＰＤＲＰＷＮＰＰＴＦＳＰＡＬＬＶＶＴＥＧＤＮＡＴＦＴＣＳＦＳＮＴＳＥＳＦＶＬＮＷＹＲＭＳＰＳＮＱＴＤＫＬＡＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧＱＤＣＲＦＲＶＴＱＬＰＮＧＲＤＦＨＭＳＶＶＲＡＲＲＮＤＳＧＴＹＬＣＧＡＩＳＬＡＰＫＡＱＩＫＥＳＬＲＡＥＬＲＶＴＥＲＲＡＥＶＰＴＡＨＰＳＰＳＰＲＰＡＧＱＦＱＴＬＶＶＧＶＶＧＧＬＬＧＳＬＶＬＬＶＷＶＬＡＶＩＣＳＲＡＡＲＧＴＩＧＡＲＲＴＧＱＰＬＫＥＤＰＳＡＶＰＶＦＳＶＤＹＧＥＬＤＦＱＷＲＥＫＴＰＥＰＰＶＰＣＶＰＥＱＴＥＹＡＴＩＶＦＰＳＧＭＧＴＳＳＰＡＲＲＧＳＡＤＧＰＲＳＡＱＰＬＲＰＥＤＧＨＣＳＷＰＬ
ヒトＰＤ１の細胞外ドメイン（ｈｕＰＤ１−ＥＣＤ）；配列番号２
ＰＧＷＦＬＤＳＰＤＲＰＷＮＰＰＴＦＳＰＡＬＬＶＶＴＥＧＤＮＡＴＦＴＣＳＦＳＮＴＳＥＳＦＶＬＮＷＹＲＭＳＰＳＮＱＴＤＫＬＡＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧＱＤＣＲＦＲＶＴＱＬＰＮＧＲＤＦＨＭＳＶＶＲＡＲＲＮＤＳＧＴＹＬＣＧＡＩＳＬＡＰＫＡＱＩＫＥＳＬＲＡＥＬＲＶＴＥＲＲＡＥＶＰＴＡＨＰＳＰＳＰＲＰＡＧＱＦＱＴＬ
Ｍａｃａｃａ ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ（カニクイザル、本明細書ではｃｙｎｏと称する）ＰＤ１（ｃＰＤ１）；配列番号３）
ＰＧＷＦＬＥＳＰＤＲＰＷＮＡＰＴＦＳＰＡＬＬＬＶＴＥＧＤＮＡＴＦＴＣＳＦＳＮＡＳＥＳＦＶＬＮＷＹＲＭＳＰＳＮＱＴＤＫＬＡＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧＱＤＣＲＦＲＶＴＲＬＰＮＧＲＤＦＨＭＳＶＶＲＡＲＲＮＤＳＧＴＹＬＣＧＡＩＳＬＡＰＫＡＱＩＫＥＳＬＲＡＥＬＲＶＴＥＲＲＡＥＶＰＴＡＨＰＳＰＳＰＲＰＡＧＱＦＱＡＬＶＶＧＶＶＧＧＬＬＧＳＬＶＬＬＶＷＶＬＡＶＩＣＳＲＡＡＱＧＴＩＥＡＲＲＴＧＱＰＬＫＥＤＰＳＡＶＰＶＦＳＶＤＹＧＥＬＤＦＱＷＲＥＫＴＰＥＰＰＡＰＣＶＰＥＱＴＥＹＡＴＩＶＦＰＳＧＬＧＴＳＳＰＡＲＲＧＳＡＤＧＰＲＳＰＲＰＬＲＰＥＤＧＨＣＳＷＰＬ
ｃｙｎｏＰＤ１の細胞外ドメイン（ｃＰＤ１−ＥＣＤ）；配列番号４
ＰＧＷＦＬＥＳＰＤＲＰＷＮＡＰＴＦＳＰＡＬＬＬＶＴＥＧＤＮＡＴＦＴＣＳＦＳＮＡＳＥＳＦＶＬＮＷＹＲＭＳＰＳＮＱＴＤＫＬＡＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧＱＤＣＲＦＲＶＴＲＬＰＮＧＲＤＦＨＭＳＶＶＲＡＲＲＮＤＳＧＴＹＬＣＧＡＩＳＬＡＰＫＡＱＩＫＥＳＬＲＡＥＬＲＶＴＥＲＲＡＥＶＰＴＡＨＰＳＰＳＰＲＰＡＧＱＦＱＡＬ
完全長ヒトＰＤ−Ｌ１（ｈｕＰＤ−Ｌ１）；配列番号５
ＦＴＶＴＶＰＫＤＬＹＶＶＥＹＧＳＮＭＴＩＥＣＫＦＰＶＥＫＱＬＤＬＡＡＬＩＶＹＷＥＭＥＤＫＮＩＩＱＦＶＨＧＥＥＤＬＫＶＱＨＳＳＹＲＱＲＡＲＬＬＫＤＱＬＳＬＧＮＡＡＬＱＩＴＤＶＫＬＱＤＡＧＶＹＲＣＭＩＳＹＧＧＡＤＹＫＲＩＴＶＫＶＮＡＰＹＮＫＩＮＱＲＩＬＶＶＤＰＶＴＳＥＨＥＬＴＣＱＡＥＧＹＰＫＡＥＶＩＷＴＳＳＤＨＱＶＬＳＧＫＴＴＴＴＮＳＫＲＥＥＫＬＦＮＶＴＳＴＬＲＩＮＴＴＴＮＥＩＦＹＣＴＦＲＲＬＤＰＥＥＮＨＴＡＥＬＶＩＰＥＬＰＬＡＨＰＰＮＥＲ
ヒトＰＤ−Ｌ１の細胞外ドメイン（ｈｕＰＤＬ１−ＥＣＤ）配列番号６
ＦＴＶＴＶＰＫＤＬＹＶＶＥＹＧＳＮＭＴＩＥＣＫＦＰＶＥＫＱＬＤＬＡＡＬＩＶＹＷＥＭＥＤＫＮＩＩＱＦＶＨＧＥＥＤＬＫＶＱＨＳＳＹＲＱＲＡＲＬＬＫＤＱＬＳＬＧＮＡＡＬＱＩＴＤＶＫＬＱＤＡＧＶＹＲＣＭＩＳＹＧＧＡＤＹＫＲＩＴＶＫＶＮＡＰＹＮＫＩＮＱＲＩＬＶＶＤＰＶＴＳＥＨＥＬＴＣＱＡＥＧＹＰＫＡＥＶＩＷＴＳＳＤＨＱＶＬＳＧＫＴＴＴＴＮＳＫＲＥＥＫＬＦＮＶＴＳＴＬＲＩＮＴＴＴＮＥＩＦＹＣＴＦＲＲＬＤＰＥＥＮＨＴＡＥＬＶＩＰＥＬＰＬＡＨＰＰＮＥＲＴ
カニクイザルＰＤ−Ｌ１の細胞外ドメイン（ｃｙｎｏＰＤＬ１−ＥＣＤ）配列番号７
ＡＦＴＶＴＶＰＫＤＬＹＶＶＥＹＧＳＮＭＴＩＥＣＫＦＰＶＥＫＱＬＤＬＴＳＬＩＶＹＷＥＭＥＤＫＮＩＩＱＦＶＨＧＥＥＤＬＫＶＱＨＳＮＹＲＱＲＡＱＬＬＫＤＱＬＳＬＧＮＡＡＬＲＩＴＤＶＫＬＱＤＡＧＶＹＲＣＭＩＳＹＧＧＡＤＹＫＲＩＴＶＫＶＮＡＰＹＮＫＩＮＱＲＩＬＶＶＤＰＶＴＳＥＨＥＬＴＣＱＡＥＧＹＰＫＡＥＶＩＷＴＳＳＤＨＱＶＬＳＧＫＴＴＴＴＮＳＫＲＥＥＫＬＬＮＶＴＳＴＬＲＩＮＴＴＡＮＥＩＦＹＣＩＦＲＲＬＤＰＥＥＮＨＴＡＥＬＶＩＰＥＬＰＬＡＬＰＰＮＥＲＴ
ヒトＰＤ−Ｌ２（ｈｕＰＤＬ２−ＥＣＤ）の細胞外ドメイン配列番号８
ＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ
マウスＰＤ１の細胞外ドメイン（ｍｕｓＰＤ１−ＥＣＤ）配列番号９
ＬＥＶＰＮＧＰＷＲＳＬＴＦＹＰＡＷＬＴＶＳＥＧＡＮＡＴＦＴＣＳＬＳＮＷＳＥＤＬＭＬＮＷＮＲＬＳＰＳＮＱＴＥＫＱＡＡＦＣＮＧＬＳＱＰＶＱＤＡＲＦＱＩＩＱＬＰＮＲＨＤＦＨＭＮＩＬＤＴＲＲＮＤＳＧＩＹＬＣＧＡＩＳＬＨＰＫＡＫＩＥＥＳＰＧＡＥＬＶＶＴＥＲＩＬＥＴＳＴＲＹＰＳＰＳＰＫＰＥＧＲＦＱ
完全長ヒトＴＩＭ−３、配列番号１３８
ＳＥＶＥＹＲＡＥＶＧＱＮＡＹＬＰＣＦＹＴＰＡＡＰＧＮＬＶＰＶＣＷＧＫＧＡＣＰＶＦＥＣＧＮＶＶＬＲＴＤＥＲＤＶＮＹＷＴＳＲＹＷＬＮＧＤＦＲＫＧＤＶＳＬＴＩＥＮＶＴＬＡＤＳＧＩＹＣＣＲＩＱＩＰＧＩＭＮＤＥＫＦＮＬＫＬＶＩＫＰＡＫＶＴＰＡＰＴＲＱＲＤＦＴＡＡＦＰＲＭＬＴＴＲＧＨＧＰＡＥＴＱＴＬＧＳＬＰＤＩＮＬＴＱＩＳＴＬＡＮＥＬＲＤＳＲＬＡＮＤＬＲＤＳＧＡＴＩＲＩＧＩＹＩＧＡＧＩＣＡＧＬＡＬＡＬＩＦＧＡＬＩＦＫＷＹＳＨＳＫＥＫＩＱＮＬＳＬＩＳＬＡＮＬＰＰＳＧＬＡＮＡＶＡＥＧＩＲＳＥＥＮＩＹＴＩＥＥＮＶＹＥＶＥＥＰＮＥＹＹＣＹＶＳＳＲＱＱＰＳＱＰＬＧＣＲＦＡＭＰ
ヒトＴＩＭ−３の細胞外ドメイン（ｈｕＴＩＭ−３−ＥＣＤ）配列番号８９
ＳＥＶＥＹＲＡＥＶＧＱＮＡＹＬＰＣＦＹＴＰＡＡＰＧＮＬＶＰＶＣＷＧＫＧＡＣＰＶＦＥＣＧＮＶＶＬＲＴＤＥＲＤＶＮＹＷＴＳＲＹＷＬＮＧＤＦＲＫＧＤＶＳＬＴＩＥＮＶＴＬＡＤＳＧＩＹＣＣＲＩＱＩＰＧＩＭＮＤＥＫＦＮＬＫＬＶＩＫＰＡＫＶＴＰＡＰＴＲＱＲＤＦＴＡＡＦＰＲＭＬＴＴＲＧＨＧＰＡＥＴＱＴＬＧＳＬＰＤＩＮＬＴＱＩＳＴＬＡＮＥＬＲＤＳＲＬＡＮＤＬＲＤＳＧＡＴＩＲ
実施例２．ファージディスプレイライブラリからのヒト抗ＰＤ−１抗体の選択
ＰＤ−１に結合するＦａｂを、ｄｅ ｎｏｖｏｐＩＸファージディスプレイライブラリから選択した（Ｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ３９７：３８５〜９６，２０１０、国際公開第２００９／０８５４６２号及び米国特許出願公開第２０１０／００２１４７７号に記載されるように）。簡潔に言えば、ライブラリは、ヒトスキャフォールドを多様化することによって作製されたものであり、生殖細胞系列ＶＨ遺伝子であるＩＧＨＶ１−６９＊０１、ＩＧＨＶ３−２３＊０１及びＩＧＨＶ５−５１＊０１をＨ３ループを介してヒトＩＧＨＪ−４ミニ遺伝子で組み替え、そしてヒト生殖細胞系列ＶＬκ遺伝子であるＯ１２（ＩＧＫＶ１−３９＊０１）、Ｌ６（ＩＧＫＶ３−１１＊０１）、Ａ２７（ＩＧＫＶ３−２０＊０１）及びＢ３（ＩＧＫＶ４−１＊０１）をＩＧＫＪ−１ミニ遺伝子で組み替えることで、完全なＶＨ及びＶＬドメインを構築した。多様化に際し、重鎖及び軽鎖可変領域内の、タンパク質抗原及びペプチド抗原と高頻度に接していると確認された位置に相当するＨ１、Ｈ２、Ｌ１、Ｌ２及びＬ３ループ周辺の位置を選択した。選択した位置での配列多様性は、それぞれのＩＧＨＶ又はＩＧＬＶ遺伝子のＩＧＨＶ又はＩＧＬＶ生殖系列遺伝子ファミリーのそれぞれの位置で見られる残基に制限した。長さがアミノ酸７〜１４個分の単鎖〜中鎖型の合成ループを用いることで、Ｈ３ループにおいて多様性が発生した。Ｈ３でのアミノ酸分布は、ヒト抗体において観察されるアミノ酸の変動を模倣するよう設計された。ライブラリ設計の詳細は、Ｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，（２０１０）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ３９７：３８５〜９６に記載されている。ライブラリを生成するために利用した足場は、これらの由来するヒトＶＨ及びＶＬ生殖系列遺伝子に準じて命名した。３つの重鎖ライブラリを、４個の生殖細胞系列軽鎖と組み合わせる、又は多様化軽鎖ライブラリと組み合わせることで１２とおりの固有の組み合わせのＶＨ：ＶＬを作製した。これらのライブラリをライブラリのバージョンに基づいて後に更に組み合わせ、ＰＤ−１に対するパニング実験用の追加のライブラリを作製した。
ライブラリを、ｈｕＰＤ１−ＥＣＤ、ｃｙｎｏＰＤ１−ＥＣＤ、ｍｕｓＰＤ１−ＥＣＤ、ｈｕＰＤ１−Ｆｃ及び／又はｍｕｓＰＤ１−Ｆｃについてパニングした。組み換えタンパク質をビオチン化し（ｂｔ）、ストレプトアビジン磁気ビーズ（Ｄｙｎａｌ）で捕捉した後、１００ｎＭ又は１０ｎＭの最終濃度でｄｅ ｎｏｖｏ ｐＩＸ Ｆａｂライブラリに曝露した。非特異的ファージをＰＢＳ−Ｔｗｅｅｎで洗い流し、ＭＣ１０６１Ｆ’大腸菌細胞の感染によって結合したファージを回収した。これらの細胞から一晩でファージを増幅し、パニングを合計３又は４回繰り返した。最終回のバイオパニング後、２種類のＥＬＩＳＡ形式にて、モノクローナルＦａｂをｈｕＰＤ１−ＥＣＤ、ｈｕＰＤ１−Ｆｃ、ｍｕｓＰＤ１−Ｆｃ及び／又はｃｙｎｏＰＤ１−Ｆｃへの結合に対してスクリーニングした。形式１では、Ｆａｂを、抗Ｆｄ抗体によってＥＬＩＳＡプレート上に捕捉し、様々な型のｂｔＰＤ１を捕捉されたＦａｂ加え、続いてストレプトアビジン：ＨＲＰでｂｔ−ＰＤ１を検出した。形式２では、様々な型のｂｔＰＤ１を、ストレプトアビジンによってＥＬＩＳＡプレート上に捕捉し、分泌されたＦａｂを捕捉された抗原に加え、続いてヤギ抗Ｆａｂ’２ＨＲＰでＦａｂを検出した。タンパク質への結合を示したクローンを、重鎖及び軽鎖可変領域において配列決定した。
続いて、ヒトＰＤ−１又はマウスＰＤ−１由来のＦａｂ選択物を、哺乳類細胞上清中に分泌されたｃｙｎｏＰＤ１−Ｆｃへの交差反応性について試験した。Ｆａｂを、抗Ｆｄ抗体によってＥＬＩＳＡプレート上に捕捉し、ｃｙｎｏＰＤ１−Ｆｃ上清を捕捉されたＦａｂに加え、続いてヤギ抗ヒトＦｃ：ＨＲＰでｃｙｎｏＰＤ１−Ｆｃを検出した。ｃｙｎｏＰＤ１−Ｆｃへの結合特性に基づき、選択した抗体を特徴付けのため更に選択した。
選択したＦａｂを、特徴付けのため更に選択し、ＩｇＧ２シグマ／κとしてクリーニングした。ＩｇＧ２シグマは、エフェクター機能が欠失しており、野生型ＩｇＧ２と比較してＶ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を有する。ＩｇＧ２シグマは、米国特許第８，９６１，９６７号に記載されている。抗体を、カニクイザルＰＤ−Ｌ１へのヒトＰＤ−１結合阻害能、ヒト及びカニクイザルＰＤ−１タンパク質への親和性、及び細胞が内因的に発現しているヒトＰＤ−１（ジャーカット細胞）への結合能について評価した。続いて、抗体を、ｈｕＰＤ１へのヒトＰＤ−Ｌ１及びヒトＰＤ−Ｌ２結合阻害能について評価した。
結果に基づき、いくつかの抗体を親和性成熟のために選択した。親和性成熟のために選択した選択抗体の特徴を表７に示す。
Figure 2019500892
実施例３．ヒト抗ＰＤ−１抗体の親和性成熟
抗体ＰＤ１Ｂ７０、ＰＤ１Ｂ７１及びＰＤ１Ｂ１１４（ＰＤ１Ｂ１１近縁のホモログ）を、選択したＶＬ位置及びＨＣＤＲ１及びＨＣＤＲ２において多様性を有するファージディスプレイライブラリを用いて、Ｆａｂ型に親和性成熟させた。各Ｆａｂにおける親和性成熟ライブラリの設計を表８に示す。残基付番は、表８中のＰＤ１Ｂ１１４のＶＨの配列番号４１に従う。
Figure 2019500892
ライブラリを構築し、ファージを作製した。続いて、ＶＨ及びＶＬファージライブラリを、ｈｕＰＤ１−ＥＣＤ及びｃｙｎｏＰＤ１−ＥＣＤビオチン化組み換えタンパク質に対するファージパニングに用いた。ファージパニング後、可溶性Ｆａｂを、ヒト及びｃｙｎｏ両方のＰＤ−１への結合についてスクリーニングした。選択したＦａｂをＩｇＧ２シグマアイソタイプとしてクローニングし、ジャーカット細胞の結合、並びに１μｇ／ｍＬ及び１０μｇ／ｍＬの濃度でのカニクイザルＰＤ−Ｌ１リガンド阻害について特徴付けを行った。
表９は、親及び親和性成熟した抗体の特徴付け結果を示す。
Figure 2019500892
親和性成熟した抗体を、ｈｕＰＤ１−ＥＣＤ及びｃｙｎｏＰＤ１−ＥＣＤへの結合についてのＰｒｏｔｅＯｎ ＳＰＲ解析を用いる、上記親和性実験で評価した。ｍＡｂのｃｙｎｏＰＤ−１への結合特性を表１０に、ヒトＰＤ−１への結合特性を表１１に示す。ヒト及びｃｙｎｏタンパク質について生成された３回以上の繰り返し値について、ＳＴＤＥＶを計算した。３回未満の繰り返し値を計算した場合は、ＲＡＮＧＥを示した。ＲＡＮＧＥは、繰り返し試験の低値及び高値と定義する。値がＲＡＮＧＥ又はＳＴＤＥＶを示していない表１０又は表１１中のサンプルは、１回のみ実験が実施された。最も高く親和性成熟した変異体は、親ｍＡｂと比較して親和性が、〜４〜２０倍上昇し、ヒト及びｃｙｎｏＰＤ−１に対する一桁ｎＭ範囲の親和性を有していた。
Figure 2019500892
Figure 2019500892
実施例４．組み合わせ変異体ＰＤ−１ｍＡｂの産生
親和性結果の分析後、組み合わせ配列を検討した。
ＰＤ１Ｂ１１及びＰＤ１Ｂ１１４は非常に類似した配列を有している。ＰＤ１Ｂ１１は、およそ、ＰＤ１Ｂ１１４と比較して、ヒトＰＤ−１に対して３倍高い親和性と、ｃｙｎｏＰＤ−１に対して２倍高い親和性を有していたため、この様々なＣＤＲの組み合わせを有する抗体を作製した。ＰＤ１Ｂ１１のＨＣＤＲ３を、部位特異的突然変異誘発を用いてＰＤ１Ｂ１６４及びＰＤ１Ｂ１６２（ＰＤ１Ｂ１１４の親和性成熟変異体）に挿入し、一方、ＰＤ１Ｂ１６４（ＰＤ１Ｂ１１４親和性成熟変異体）のＨＣＤＲ２を、ＰＤ１Ｂ１８７（ＰＤ１Ｂ１１の親和性成熟変異体）に挿入した。得られた重鎖を親軽鎖と対にし、新たな抗体である、それぞれＰＤ１Ｂ１９４、ＰＤ１Ｂ１９５及びＰＤ１Ｂ１９６を得た。
ＰＤ１Ｂ１７５及びＰＤ１Ｂ１７７は、この抗体が親和性成熟中に多様化ＶＬライブラリを用いて作製されたにも関わらず、両方とも親軽鎖を含んでいた。抗体の親和性を高める試みで、ＰＤ１Ｂ１７５の重鎖をＰＤ１Ｌ１８５又はＰＤ１Ｌ１８７の親和性成熟軽鎖と対にし、ＰＤ１Ｂ１７７重鎖をＰＤ１Ｌ８６、ＰＤ１Ｌ１６８又はＰＤ１Ｌ１９０の親和性成熟軽鎖と対にして、抗体ＰＤ１Ｂ１９７、ＰＤ１Ｂ１９８、ＰＤ１Ｂ１９９、ＰＤ１Ｂ２００及びＰＤ１Ｂ２０１を得た。抗体のＶＨ及びＶＬ対を、実施例５中の表２０に示す。
これらの抗体のＨＣＤＲ、ＬＣＤＲ、ＶＨ及びＶＬ配列を、実施例５中の表１４、１５、１６、１７、１８、１９、２１及び２２に示す。抗体をＩｇＧ２シグマ／κｍＡｂとしてクローニングし、親和性測定のためＨＥＫ２９３ ｅｘｐｉ細胞中に一過性に発現させた。
得られた抗体の親和性を上記のように決定した。表１２は、組み合わせｍＡｂ変異体のｃｙｎｏＰＤ−１に対する親和性の測定値を示し、表１３は、ヒトＰＤ−１に対する親和性を示す。ヒト及びｃｙｎｏタンパク質について生成された３回以上の繰り返し値について、ＳＴＤＥＶを計算した。３回未満の繰り返し値を計算した場合は、ＲＡＮＧＥを示す。ＲＡＮＧＥは、繰り返し試験の低値及び高値と定義する。ＲＡＮＧＥ又はＳＴＤＥＶがないサンプルは、１回のみ実験が実施された。
Figure 2019500892
Figure 2019500892
実施例５．ファージディスプレイライブラリ由来抗ＰＤ１抗体の構造の特徴付け
様々な方策を用いる抗体の作製を通して、標準的な手法を使用して、抗体のｃＤＮＡ配列及びアミノ酸翻訳を得た。ポリペプチド配列決定後、発現のスケールアップのため、可変領域又は完全長抗体をコードしている一部の抗体のｃＤＮＡを、標準的な方法を用いてコドン最適化した。
表１４は、選択したＰＤ−１抗体のＨＣＤＲ１配列を示す。
表１５は、選択したＰＤ−１抗体のＨＣＤＲ２配列を示す。
表１６は、選択したＰＤ−１抗体のＨＣＤＲ３配列を示す。
表１７は、選択したＰＤ−１抗体のＬＣＤＲ１配列を示す。
表１８は、選択したＰＤ−１抗体のＬＣＤＲ２配列を示す。
表１９は、選択したＰＤ−１抗体のＬＣＤＲ３配列を示す。
表２０は、選択したＰＤ−１抗体のＶＨ及びＶＬ対を示す。
表２１は、選択したＰＤ−１抗体のＶＨ配列を示す。
表２２は、選択したＰＤ−１抗体のＶＬ配列を示す。
Figure 2019500892
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全ての抗ＰＤ−１抗体が、ＶＨ１−６９（配列番号１７０）及びＩＧＫＶ３−１１（Ｌ６）（配列番号１７１）フレームワークを有することが確認された。
配列番号１７０
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＳＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＧＴＦＳＳＹＡＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧＩＩＰＩＦＧＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧ ＲＶＴＩＴＡＤＥＳＴＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲ
配列番号１７１
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＲＳＮＷＰ
実施例６．マウスにおけるＰＤ−１抗体の作製及び特徴付け
ＢＡＬＢ／ｃをｈｕＰＤ１−ＥＣＤで腹腔内で免疫化し、特異的ＩｇＧ力価を評価した。十分な力価を得た後、膵細胞を単離してＦＯ細胞と融合した。得られたハイブリドーマを９６ウェルプレートに播種して１０日間培養した。抗原特異的クローンを、ｈｕＰＤ１−ＥＣＤへの結合に対する標準的な捕捉ＥＬＩＳＡで同定した。ヒトＰＤ−１特異的ハイブリドーマを、ヒト及びｃｙｎｏＰＤ−１への親和性、ジャーカット細胞への結合、並びにｃｙｎｏＰＤ−Ｌ１阻害に対して更に試験した。結果に基づき、フレームワーク適合を用いたヒト化のためクローンＰＤ１Ｂ２８を選択した。
フレームワーク適合は、米国特許出願公開第２００９／０１１８１２７号及びＦｒａｎｓｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，（２０１０）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ３９８：２１４〜２３１に本質的に記載されるように実施した。簡潔に言えば、重鎖配列及び軽鎖配列を、ＩＭＧＴデータベースにおけるＢＬＡＳＴサーチ（Ｋａａｓ，ｅｔ ａｌ．，（２００４）Ｎｕｃｌ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ３２，Ｄ２０８−Ｄ２１０；Ｌｅｆｒａｎｃ ｅｔ ａｌ．，（２００５）Ｎｕｃｌ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ ３３，Ｄ５９３−Ｄ５９７）を用いて、ヒト生殖細胞系列配列（２００７年１０月１日現在では「０１」アレルのみ）と比較した。この一連のヒト生殖細胞系列遺伝子から、重複する遺伝子（アミノ酸レベルで１００％同一）と、対になっていないシステイン残基を含むものと、を除去した。フレームワーク及びＣＤＲ領域の両者において残りの最もマッチングしたヒト生殖細胞系列遺伝子を受容体ヒトフレームワークとして選択した。いくつかのＶＬ及びＶＨ生殖細胞系列フレームワークを、全体の配列相同性及びＣＤＲ長並びにＣＤＲ類似性に基づいて選択した。ＦＲ−４を、ＩＧＨＪ／ＩＧＪＫ生殖細胞系列遺伝子の配列類似性に基づいて選択した。続いて、ＰＤ１Ｂ２８のＣＤＲを、ＶＨのＨＣＤＲ１に相当する領域を除き、選択したアクセプターヒトフレームワーク内に導入してＨＦＡ変異体を産生させた。この領域では、ＣＤＲとＨＶとの組み合わせ又はより短いＨＣＤＲ２（Ｋａｂａｔ−７とも称され、米国特許出願公開第２００９／０１１８１２７号参照）が非ヒト抗体からヒトＦＲ内に導入された。というのも、残りのＨＣＤＲ２残基が、既知の構造の抗原抗体複合体において接触してないことが分かったためである（Ａｌｍａｇｒｏ，（２００４）Ｊ Ｍｏｌ Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．１７：１３２）。ヒト化抗体の特定の残基位置に、逆突然変異を導入した。ＰＤ１Ｂ１３１の逆突然変異：ＶＨ：Ｖ３７Ｉ＿Ｑ３９Ｌ＿Ｗ４７Ｓ＿Ｒ９８Ｓ、ＶＬ：Ｙ４９Ｋ。ＰＤ１Ｂ１３２：ＶＨ Ｗ４７Ｓ＿Ｒ９８Ｓ、ＶＬ：Ｙ４９Ｋ（残基付番はＣｈｏｔｈｉａに準拠）。選択した抗体を、ＩｇＧ２シグマ／κとして発現させた。得られた抗体を、細胞（ジャーカット細胞）上に発現させた組み換えＰＤ−１及びＰＤ−１への結語、並びに、リガンド阻害（ｃｙｎｏＰＤ−Ｌ１及びヒトＰＤ−Ｌ１）について特徴付けた。選択したヒト化抗体の特徴を表２３に示す。作製した抗体のＶＨ及びＶＬ配列を、それぞれ表２４及び表２５に示す。
Figure 2019500892
Figure 2019500892
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ＰＤ１Ｂ１３１及びＰＤ１Ｂ１３２のＣＤＲ配列を以下に示す。
ＨＣＤＲ１（配列番号６６）
ＲＹＤＭＳ
ＨＣＤＲ２（配列番号６７）
ＹＩＳＧＧＧＡＮＴＹＹＬＤＮＶＫＧ
ＨＣＤＲ３（配列番号６８）
ＰＹＬＳＹＦＤＶ
ＬＣＤＲ１（配列番号６９）
ＲＡＳＱＳＬＳＤＹＬＨ
ＬＣＤＲ２（配列番号７０）
ＳＡＳＱＳＩＳ
ＬＣＤＲ３（配列番号７１）
ＱＮＧＨＳＦＰＹＴ
実施例７．アイソタイプのスイッチングが抗ＰＤ−１抗体の特性に及ぼす効果
抗体ＰＤ１Ｂ１９６及びＰＤ１Ｂ１９９（ＩｇＧ２シグマ／κアイソタイプのもの）の可変領域を、ＩｇＧ４ Ｓ２２８Ｐアイソタイプとしてクローニングし、抗体ＰＤ１Ｂ１３２（ＩｇＧ２のもの）の可変領域をＩｇＧ２シグマアイソタイプ内にクローニングして、機能性及び進化性の違いの可能性について評価した。
抗体を、ＰＤ１Ｂ２４４（ＩｇＧ４ Ｓ２２８Ｐ上ＰＤ１Ｂ１９６ＶＨ／ＶＬ）、ＰＤ１Ｂ２４５（ＩｇＧ４ Ｓ２２８Ｐ上ＰＤ１Ｂ１９９ＶＨ／ＶＬ）、及びＰＤ１Ｂ２４３（ＩｇＧ２シグマ上ＰＤ１Ｂ１３２ＶＨ／ＶＬ）と名付けた。
アイソタイプスイッチングによる、抗体特性への一貫した影響はなかったが、抗体の一部では、ＣＭＶアッセイにおいてＥＣ５０値の何らかの変化が見られた。
以下に例示するのは、様々な抗体の重鎖及び軽鎖アミノ酸配列である。表２６は、選択した抗体のＶＨ、ＶＬ、重鎖及び軽鎖配列番号のまとめを示す。
Figure 2019500892
配列番号７２ ＰＤ１Ｂ２４４のＨＣ
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＳＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＧＴＦＳＳＹＡＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧＩＩＰＩＦＤＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＴＡＤＥＳＴＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＰＧＬＡＡＡＹＤＴＧＳＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧＫ
配列番号７３ ＰＤ１Ｂ２４４のＬＣ
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＲＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＲＮＹＷＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号７４ ＰＤ１Ｂ２４３のＨＣ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＡＦＳＲＹＤＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＳＶＡＹＩＳＧＧＧＡＮＴＹＹＬＤＮＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＡＫＮＳＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＳＰＹＬＳＹＦＤＶＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧＫ
配列番号７５ ＰＤ１Ｂ２４３のＬＣ
ＥＩＶＭＴＱＳＰＡＴＬＳＶＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＬＳＤＹＬＨＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＫＳＡＳＱＳＩＳＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＥＦＴＬＴＩＳＳＬＱＳＥＤＦＡＶＹＹＣＱＮＧＨＳＦＰＹＴＦＧＱＧＴＫＬＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号７６ ＰＤ１Ｂ２４５のＨＣ
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＳＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＧＴＦＳＤＹＶＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧＩＩＰＩＹＧＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＴＡＤＥＳＴＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＴＬＤＲＴＧＨＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧＫ
配列番号７７ ＰＤ１Ｂ２４５のＬＣ
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＨＤＡＳＴＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＲＮＹＷＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号２１２ ＰＤ１Ｂ１１４のＨＣ
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＳＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＧＴＦＳＳＹＡＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧＩＩＰＩＦＧＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＴＡＤＥＳＴＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＰＧＬＡＡＡＹＤＴＧＮＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＴＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号２１３ ＰＤ１Ｂ１１４のＬＣ
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＲＳＮＷＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号２１４ ＰＤ１Ｂ１４９のＨＣ
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＳＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＧＴＦＳＳＹＡＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧＩＩＰＩＦＧＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＴＡＤＥＳＴＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＰＧＬＡＡＡＹＤＴＧＮＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＴＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号２１５ ＰＤ１Ｂ１４９のＬＣ
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＲＮＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＨＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＲＮＹＷＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号２１６ ＰＤ１Ｂ１６０のＨＣ
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＳＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＧＴＦＳＳＹＡＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧＩＩＰＩＦＤＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＴＡＤＥＳＴＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＰＧＬＡＡＡＹＤＴＧＮＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＴＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号２１７ ＰＤ１Ｂ１６０のＬＣ
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＤＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＫＤＡＳＤＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＲＧＮＷＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号２１８ ＰＤ１Ｂ１６２のＨＣ
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配列番号２１９ ＰＤ１Ｂ１６２のＬＣ
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配列番号２２０ ＰＤ１Ｂ１６４のＨＣ
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配列番号２２１ ＰＤ１Ｂ１６４のＬＣ
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配列番号２２２ ＰＤ１Ｂ１８３のＨＣ
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配列番号２２３ ＰＤ１Ｂ１８３のＬＣ
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＫＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＲＧＹＷＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号２２４ ＰＤ１Ｂ１８４のＨＣ
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＳＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＧＴＦＳＳＹＡＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧＩＩＰＩＦＧＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＴＡＤＥＳＴＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＰＧＬＡＡＡＹＤＴＧＳＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＴＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号２２５ ＰＤ１Ｂ１８４のＬＣ
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＲＮＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＨＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＲＮＹＷＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号２２６ ＰＤ１Ｂ１８５のＨＣ
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＳＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＧＴＦＳＳＹＡＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧＩＩＰＩＦＧＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＴＡＤＥＳＴＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＰＧＬＡＡＡＹＤＴＧＳＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＴＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号２２７ ＰＤ１Ｂ１８５のＬＣ
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＲＮＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＤＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＲＷＮＷＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号２２８ ＰＤ１Ｂ１９２のＨＣ
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＳＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＧＴＦＳＳＹＡＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧＩＩＰＩＦＧＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＴＡＤＥＳＴＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＰＧＬＡＡＡＹＤＴＧＳＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＴＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号２２９ ＬＣ又はＰＤ１Ｂ１９２
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＤＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＨＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＲＮＹＷＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
実施例８．細胞系アッセイでのＰＤ−１抗体の特徴付け
実施例１に記載の手順を用いて、選択した抗体をＭＬＲ及びＣＭＶアッセイで特徴付けた。ＭＬＲ及びＣＭＶアッセイでのＥＣ５０値（ＩＦＮ−γ誘導に対する）を、表２７に示す。多くの場合、抗ＰＤ−１抗体は、ＭＬＲ及びＣＭＶアッセイの両方において、ＩＦＮ−γレベルの用量依存的増加を示した。
Figure 2019500892
２つのアッセイでは、ＩＦＮ−γに加え、更なるサイトカインの分泌レベルもＰＤ−１阻害によって影響された。ＣＭＶ刺激では、抗ＰＤ−１抗体は、ＴＮＦ−α及びＩＬ−４を用量依存的に誘導し、一方ＭＬＲアッセイでは、ＴＮＦ−α及びＩＬ−２レベルを増加させた。
実施例９．ファージディスプレイライブラリを用いるヒト抗ＴＩＭ−３抗体の作製
実施例２に記載のｄｅ ｎｏｖｏ ｐＩＸ Ｆａｂライブラリを、組み換えヒトＴＩＭ−３−Ｆｃ融合タンパク質（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、＃２３６５−ＴＭ；完全長ＴＩＭ−３の残基Ｓｅｒ２２−Ａｒｇ２００）（ｈｕＴＩＭ−３−Ｆｃ）の細胞外ドメインに対してパニングした。
組み換えタンパク質をビオチン化し（ｂｔ）、ストレプトアビジン磁気ビーズ（Ｄｙｎａｌ）で捕捉した後、１００ｎＭの最終濃度でｄｅ ｎｏｖｏ ｐＩＸ Ｆａｂライブラリに曝露した。非特異的ファージをＰＢＳ−Ｔｗｅｅｎで洗い流し、ＭＣ１０６１Ｆ’大腸菌細胞の感染によって結合したファージを回収した。これらの細胞から一晩でファージを増幅し、パニングを合計３回繰り返した。最終回のバイオパニング後、モノクローナルＦａｂをストレプトアビジンによってＥＬＩＳＡプレート上に捕捉されたビオチン化ヒトＴＩＭ−３−Ｆｃの結合に対してスクリーニングし、分泌されたＦａｂを捕捉された抗原に加え、その後、ヤギ抗ヒトカッパ：ＨＲＰでＦａｂを検出した。選択した抗体を、以下に示すように様々なＩｇＧアイソタイプで発現させてクローニングし、更に特徴付けを行った。
実施例１０．マウスにおける抗ＴＩＭ−３抗体の作製
Ｂａｌｂ／ｃマウスを、組み換えヒトＴＩＭ−３−Ｆｃ融合タンパク質（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ＃２３６５−ＴＭ）で、１８日間にわたって免疫化した。脾臓を回収し、Ｂ細胞を濃縮した集団をＦＯマウス骨髄腫細胞と融合して、ｍＡｂを分泌するハイブリドーマを作製した。ハイブリドーマの上清を、ＥＬＩＳＡによって、ＴＩＭ−３−Ｆｃタンパク質及び無関係のヒトＩｇＧ１ Ｆｃへの結合についてスクリーニングした。続いて、ＴＩＭ−３特異的上清を、ＴＩＭ−３発現ＴＨＰ−１細胞への結合能についてアッセイした。
選択したｍＡｂのＨＣ及びＬＣ ｖ遺伝子を、標準的な分子生物学手法（ＲＴ−ＰＣＲ後に、プラスミド発現ベクターへのＰＣＲ断片のライゲーション）を用いて、ＴＩＭ−３陽性ハイブリドーマからクローニングした。ｍＡｂが組み換え的に発現し、ＥＬＩＳＡを繰り返してＴＩＭ−３特異的結合を確認した。ヒトフレームワーク適合化されるマウス抗体配列の分子モデルを、ＭＯＥ（ＣＣＧ，Ｍｏｎｔｒｅａｌ）を用いて構築し、目視で検査した。抗原結合に影響を与え得る問題の可能性がある位置、ＶＬ／ＶＨパッキング、及び／又はドメイン安定性に影響し得るコア残基を同定した。問題の位置が同定された場合、ＶＬ及びＶＨの両方について、マウスフレームワーク配列に対して、逆突然変異を伴って、又は伴わずに、複数のヒトフレームワークを提案した。設計した配列を、重鎖及び軽鎖プラスミド内にクローニングし、Ｅｘｐｉ２９３Ｆ細胞内で発現させた。培養上清中の発現した抗体を定量し、組み換えヒトＴＩＭ−３をトランスフェクトしたＨＥＫ２９３細胞への結合について評価した。
実施例１１．抗ＴＩＭ−３抗体のアイソタイプ
抗体の特徴付け中に、単離された抗ＴＩＭ−３抗体のＶＨ及びＶＬを、任意追加的に様々なＦｃ置換を有する様々な重鎖アイソタイプと、κ軽鎖を有するアロタイプにクローニングし、抗体の機能性又は進化性に対する、アイソタイプスイッチング（生じた場合）の影響を評価した。使用した様々なアイソタイプを表２８に示す。
Figure 2019500892
作製した抗体中で使用した様々なアロタイプを表２９に示す。抗体の一部は、キメラアロタイプを有していた。抗体ＴＭ３Ｂ１０５及びＴＭ３Ｂ４０３は、例えば、定常領域中、位置１８９において、１つのアミノ酸置換により異なっている。ＴＭ３Ｂ１０５の重鎖及び軽鎖、それぞれ配列番号２４０及び７９；ＴＭ３Ｂ４０３の重鎖及び軽鎖、それぞれ配列番号７８及び７９。２種類の抗体は、同じ特徴を有すると期待される。
Figure 2019500892
一般に、ＩｇＧ２シグマＦｃを有する抗ＴＩＭ−３抗体は、ｈｕＩｇＧ４Ｆｃを有する抗ＴＩＭ−３抗体よりもＣＭＶアッセイにおける活性が高かった。加えて、ｈｕＩｇＧ２Ｆｃを有する抗体は、ＩｇＧ２シグマとＩｇＧ４との間の中間の機能性を示した。アロタイプは、抗体活性に影響しなかった。
実施例１２．抗ＴＩＭ−３抗体の構造の特徴付け
様々な方策を用いる抗体の作製を通して、標準的な手法を使用して、抗体のｃＤＮＡ配列及びアミノ酸翻訳を得た。ポリペプチド配列決定後、発現のスケールアップのため、可変領域又は完全長抗体をコードしている一部の抗体のｃＤＮＡを、標準的な方法を用いてコドン最適化した。抗体ＴＭ３Ｂ１０３、ＴＭ３Ｂ１０５、Ｍ３Ｂ１０８、ＴＭ３Ｂ１０９及びＴＭ３Ｂ１１３は、ファージディスプレイライブラリから単離された。抗体ＴＭ３Ｂ１８９、ＴＭ３Ｂ１９０、ＴＭ３Ｂ１９３、ＴＭ３Ｂ１９５及びＴＭ３Ｂ１９６は、免疫化マウスによって作製した。
表３０は、選択した抗ＴＩＭ−３抗体のＨＣＤＲ１配列を示す。
表３１は、選択した抗ＴＩＭ−３抗体のＨＣＤＲ２配列を示す。
表３２は、選択した抗ＴＩＭ−３抗体のＨＣＤＲ３配列を示す。
表３３は、選択した抗ＴＩＭ−３抗体のＬＣＤＲ１配列を示す。
表３４は、選択した抗ＴＩＭ−３抗体のＬＣＤＲ２配列を示す。
表３５は、選択した抗ＴＩＭ−３抗体のＬＣＤＲ３配列を示す。
表３６は、選択した抗ＴＩＭ−３抗体のＶＨ配列を示す。
表３７は、選択した抗ＴＩＭ−３抗体のＶＬ配列を示す。
表３８は、選択した抗ＴＩＭ−３抗体のフレームワークを示す。
Figure 2019500892
Figure 2019500892
Figure 2019500892
Figure 2019500892
Figure 2019500892
Figure 2019500892
Figure 2019500892
Figure 2019500892
Figure 2019500892
ＩＧＨＶ３−２３配列番号１７４
ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＳＹＡＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＡＩＳＧＳＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ ＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＫ
ＩＧＨＶ１−０２配列番号１７５
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＦＴＧＹＹＭＨＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＲＩＮＰＮＳＧＧＴＮＹＡＱＫＦＱＧ ＲＶＴＳＴＲＤＴＳＩＳＴＡＹＭＥＬＳＲＬＲＳＤＤＴＶＶＹＹＣＡＲ
ＩＧＨＶ４−３０配列番号１７６
ＱＶＱＬＱＥＳＧＰＧＬＶＫＰＳＱＴＬＳＬＴＣＴＶＳＧＧＳＩＳＳＧＤＹＹＷＳＷＩＲＱＰＰＧＫＧＬＥＷＩＧＹＩＹＹＳＧＳＴＹＹＮＰＳＬＫＳＲＶＴＩＳＶＤＴＳＫＮＱＦＳＬＫＬＳＳＶＴＡＡＤＴＡＶＹＹＣＡＲ
ＩＧＨＶ１−０３配列番号１７７
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＦＴＳＹＡＭＨＷＶＲＱＡＰＧＱＲＬＥＷＭＧＷＩＮＡＧＮＧＮＴＫＹＳＱＫＦＱＧＲＶＴＩＴＲＤＴＳＡＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲ
ＩＧＨＶ２−２６配列番号１７８
ＱＶＴＬＫＥＳＧＰＶＬＶＫＰＴＥＴＬＴＬＴＣＴＶＳＧＦＳＬＳＮＡＲＭＧＶＳＷＩＲＱＰＰＧＫＡＬＥＷＬＡＨＩＦＳＮＤＥＫＳＹＳＴＳＬＫＳＲＬＴＩＳＫＤＴＳＫＳＱＶＶＬＴＭＴＮＭＤＰＶＤＴＡＴＹＹＣＡＲＩ
ＩＧＨＶ５−５１配列番号１７９
ＥＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＥＳＬＫＩＳＣＫＧＳＧＹＳＦＴＳＹＷＩＧＷＶＲＱＭＰＧＫＧＬＥＷＭＧＩＩＹＰＧＤＳＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧＱＶＴＩＳＡＤＫＳＩＳＴＡＹＬＱＷＳＳＬＫＡＳＤＴＡＭＹＹＣＡＲ
ＩＧＫＶ３−２０配列番号１８０
ＥＩＶＬＴＱＳＰＧＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＧＡＳＳＲＡＴＧＩＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＲＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＹＧＳＳＰ
ＩＧＫＶ３−１１配列番号１７１
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＲＳＮＷＰ
ＩＧＫＶ４−１配列番号１８１
ＥＩＶＬＴＱＳＰＧＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＧＡＳＳＲＡＴＧＩＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＲＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＹＧＳＳＰ
ＩＧＫＶ１−３９配列番号１８２
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＡＡＳＳＬＱＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＳＹＳＴＰＩ
ＧＫＶ１−３３配列番号１８３
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＱＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＬＥＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＦＴＩＳＳＬＱＰＥＤＩＡＴＹＹＣＱＱＹＤＮＬＰ
実施例１３．抗ＴＩＭ−３抗体の特徴付け
選択した抗体を、ヒト又はｃｙｎｏ細胞への結合、及び、リガンドであるガレクチン９結合の阻害能について特徴付けた。表３９は、これらのアッセイにおける選択した抗体の特徴を示す。細胞結合データは、μｇ／ｍＬ単位で発現した、示されるＴＩＭ−３組み換えタンパク質をトランスフェクトした細胞への抗体結合のＥＣ５０計算値を表す。ガレクチン−９阻害は、示される抗体で見られる、ヒトＴＩＭ−３へのガレクチン−９結合の阻害の最大レベルを表す。試験抗体は、ＩｇＧ２シグマアイソタイプとして試験した。
ＭＳＤプレート上に組み換えｈｕＴＩＭ−３−Ｆｃタンパク質をコーティングすることによって、エピトープマッピングアッセイを行った。プレートをブロッキングして洗浄した後、濃度を上げた未標識の抗ＴＩＭ−３ｍＡＢと共にインキュベートした、ＭＳＤ−タグ−標識化抗ＴＩＭ−３ｍＡｂの混合物を加えた。穏やかに振盪しながら室温でインキュベートした後、プレートを洗浄し、ＳＥＣＴＯＲ Ｉｍａｇｅｒ ６０００で分析した。ヒトＴＩＭ−３への結合について互いに競合した抗体を、類似のエピトープに結合すると見なした。＞７５％の結合が阻害された場合、陽性阻害と記した。部分阻害は、４０〜７５％阻害とした。＜４０％阻害は、陰性と表示した。
Figure 2019500892
実施例１４．抗ＴＩＭ−３抗体を特徴付けるための機能性ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイの開発
ＰＤ−１などの抑制性受容体の機能評価は、同種樹状細胞、又は、破傷風トキソイド若しくはＣＭＶなどの特異的抗原によって刺激された、正常ドナー由来のＴ細胞を用いて実施できる。この場合、抗体治療によるＴ細胞機能の変化は、上清のサイトカインレベル又はＴ細胞活性化のマーカーを測定することにより検出できる。この種のアッセイでは、抗ＴＩＭ−３抗体の効果は非常に変わりやすく、Ｔ細胞の大半の活性化又は機能性の状態の全体的な変化は小さい（非抗原特異的）。一方、これらのアッセイにおいて１種類のＴ細胞亜集団／クローンを観察するテトラマー法の使用は、これらのＴ細胞クローンの発生頻度が低く、不均一な機能特性であることから、抗ＴＩＭ−３抗体の機能的効果の検出に必要な解決策を提供しない。加えて、この方法は、各ドナーにおいて、ＣＭＶ特異的Ｔ細胞によって認識されるエピトープを予め同定しておく必要がある。
最近、ＣＤ１３７が、活性化抗原特異的Ｔ細胞の代替マーカーと述べられている（Ｗｏｌｆ ｅｔ ａｌ．，（２００７）Ｂｌｏｏｄ １１０（１）：２０１〜２１０；Ｋｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，（２０１３）ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ８（９）：ｅ７４２３１）。我々のアッセイでは、ＣＤ１３７を使用することで、ＣＭＶ抗原刺激に応答して増殖する抗原特異的ＣＤ８＋及びＣＤ４＋ Ｔ細胞の同定を可能にし、抗ＴＩＭ−３抗体の機能的効果の検出を可能にした。ＣＤ１３７発現に加え、ＭＳＤによるサイトカイン分泌もこれらのアッセイ中に評価した。
選択した抗ＴＩＭ−３抗体の活性を、ＣＭＶ ｐｐ６５で刺激したＰＢＭＣ中で試験した。これらのアッセイでは、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋ Ｔ細胞両方においてＣＤ１３７発現が増加したころから分かるように、抗ＴＩＭ−３抗体は、Ｔ細胞の活性化を増強した。加えて、このアッセイにおいて、選択した抗ＴＩＭ−３抗体はまた、ＩＦＮ−γ及びＴＮＦ−αの分泌も増加させた。
表４０は、ＣＤ１３７の細胞表面発現の増加を選択したＴＩＭ−３抗体についてＣＤ８＋又はＣＤ４＋細胞で評価した、ＣＭＶアッセイの結果を示す。表は、両側Ｔ検定（不等分散）を用いて得られたｐ値を示す。
Figure 2019500892
実施例１５．二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体の作製
選択した単一特異性ＰＤ−１及びＴＩＭ−３抗体を、ＩｇＧ１／κ、ＩｇＧ２／κ又はＩｇＧ４／κとして発現させた。置換を、単一特異性抗体中の位置４０５及び４０９（ＥＵ付番）において行い、後のｉｎ ｖｉｔｒｏアーム交換及び二重特異性抗体の形成を促進した。ＩｇＧ１及びＩｇＧ２抗ＰＤ−１及び抗ＴＩＭ−３抗体を遺伝子操作し、それぞれＦ４０５Ｌ及びＫ４０９Ｒ置換を有して、アーム交換及び二重特異性抗体の作製を促進した。ＩｇＧ４では、４０９ＷＴの位置はＲであるため、ＩｇＧ４抗ＰＤ−１抗体を遺伝子操作せず、ＩｇＧ４抗ＴＩＭ−３抗体を遺伝子操作して、Ｆ４０５Ｌ及びＲ４０９Ｋ置換を有するようにした。位置４０５及び４０９置換に加え、ＩｇＧ４ｍＡｂを遺伝子操作してＳ２２８Ｐ置換を有するようにし、ＩｇＧ２抗体を任意追加的に遺伝子操作して、ＩｇＧ２シグマ置換（Ｖ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ）を含めた。
単一特異性抗体を発現させ、プロテインＡカラム（ＨｉＴｒａｐ ＭａｂＳｅｌｅｃｔ ＳｕＲｅカラム）を用いる標準的な方法を使用して精製した。溶出後、プールを、Ｄ−ＰＢＳ、ｐＨ７．２内へ透析した。
二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体を、国際公開第２０１１／１３１７４６号に記載されるように、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのＦａｂアーム交換において、単一特異性ＰＤ−１ｍＡｂと単一特異性ＴＩＭ−３ｍＡｂとを組み合わせることにより作製した。簡潔に言えば、ＰＢＳ（ｐＨ７〜７．４）中の約１〜２０ｍｇ／ｍＬのモル比１：１の各抗体と、７５ｍＭ ２−メルカプトエタノールアミン（２−ＭＥＡ）とを互いに混合し、２５〜３７℃において２〜６時間インキュベートし、続けて、透析、透析ろ過、タンジェント流ろ過により、２−ＭＥＡを除去し、かつ／又は、標準的な方法を使用して、細胞ろ過をスピンした。
疎水性相互作用クロマトグラフィーを用いるｉｎ ｖｉｔｒｏでのＦａｂ−アーム交換後、二重特異性抗体を更に精製し、標準的な方法を用いて、親ＰＤ−１及びＴＩＭ−３抗体の残存を最小限にした。
選択した単一特異性抗ＰＤ−１抗体及び抗ＴＩＭ−３抗体を、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのＦａｂアーム交換においてマトリクス中で合わせて、二重特異性抗体を作製した。表４１、表４２及び表４３は、作製した二重特異性抗体及びそれらのアイソタイプのＶＨ、ＶＬ、ＨＣ及びＬＣ配列を示す。Ｇ２抗体アロタイプは、Ｇ２ｍ（ｎ）／（ｎ−）又はＧ２ｍ（ｎ−）とした。
一部の実験では、ＰＤ−１又はＴＩＭ−３のいずれかに対して一価であり、第２のアームのｇｐ１２０への結合が不活性である、対照抗体を用いた。ｇｐ１２０結合アームは、配列番号１８４のＶＨと配列番号１８５のＶＬを有していた。表４４は、作製した対照抗体を示す。
配列番号１８４ ｇｐ１２０に結合するｍＡｂのＶＨ
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＱＡＳＧＹＲＦＳＮＦＶＩＨＷＶＲＱＡＰＧＱＲＦＥＷＭＧＷＩＮＰＹＮＧＮＫＥＦＳＡＫＦＱＤＲＶＴＦＴＡＤＴＳＡＮＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＡＤＴＡＶＹＹＣＡＲＶＧＰＹＳＷＤＤＳＰＱＤＮＹＹＭＤＶＷＧＫＧＴＴＶＩＶＳＳ
配列番号１８５ ｇｐ１２０に結合するｍＡｂのＶＬ
ＥＩＶＬＴＱＳＰＧＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＦＳＣＲＳＳＨＳＩＲＳＲＲＶＡＷＹＱＨＫＰＧＱＡＰＲＬＶＩＨＧＶＳＮＲＡＳＧＩＳＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＴＲＶＥＰＥＤＦＡＬＹＹＣＱＶＹＧＡＳＳＹＴＦＧＱＧＴＫＬＥＲＫ
Figure 2019500892
Figure 2019500892
Figure 2019500892
配列番号１８６
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＳＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＧＴＦＳＳＹＡＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧＩＩＰＩＦＤＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＴＡＤＥＳＴＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＰＧＬＡＡＡＹＤＴＧＳＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＴＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＬＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号１８７
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＡＦＳＲＹＤＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＳＶＡＹＩＳＧＧＧＡＮＴＹＹＬＤＮＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＡＫＮＳＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＳＰＹＬＳＹＦＤＶＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＴＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＬＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号１８８
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＲＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＲＮＹＷＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号１８９
ＥＩＶＭＴＱＳＰＡＴＬＳＶＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＬＳＤＹＬＨＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＫＳＡＳＱＳＩＳＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＥＦＴＬＴＩＳＳＬＱＳＥＤＦＡＶＹＹＣＱＮＧＨＳＦＰＹＴＦＧＱＧＴＫＬＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号１９０
ＥＶＱＬＱＱＳＧＡＥＬＡＲＰＧＡＳＶＫＬＳＣＫＡＳＧＹＴＦＴＳＹＷＭＱＷＶＫＱＲＰＧＱＧＬＥＷＩＧＡＩＹＰＧＤＧＤＩＲＹＴＱＮＦＫＧＫＡＴＬＴＡＤＫＳＳＳＴＡＹＭＱＬＳＳＬＡＳＥＤＳＡＶＹＹＣＡＲＷＥＫＳＴＴＶＶＱＲＮＹＦＤＹＷＧＱＧＴＴＬＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＴＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号１９１
ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＳＹＡＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＡＩＳＧＳＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＫＳＰＹＡＰＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＴＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号１９２
ＥＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＥＳＬＫＩＳＣＫＧＳＧＹＳＦＴＳＹＷＭＱＷＶＲＱＭＰＧＫＧＬＥＷＭＧＡＩＹＰＧＤＧＤＩＲＹＴＱＮＦＫＧＱＶＴＩＳＡＤＫＳＩＳＴＡＹＬＱＷＳＳＬＫＡＳＤＴＡＭＹＹＣＡＲＷＥＫＳＴＴＶＶＱＲＮＹＦＤＹＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＴＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号１９３
ＤＶＱＭＩＱＳＰＫＳＭＳＭＳＶＧＥＲＶＴＬＳＣＫＡＳＥＮＶＧＴＦＶＳＷＹＱＱＫＰＤＱＳＰＫＬＬＩＹＧＡＳＮＲＹＴＧＶＰＤＲＦＴＧＳＧＳＡＴＤＦＴＬＴＩＳＳＶＱＡＥＤＬＡＤＹＨＣＧＱＳＹＳＹＰＴＦＧＳＧＴＫＬＥＭＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号１９４
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＮＤＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＧＧＨＡＰＩＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号１９５
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＫＡＳＥＮＶＧＴＦＶＳＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＧＡＳＮＲＹＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＧＱＳＹＳＹＰＴＦＧＱＧＴＫＬＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
配列番号２４１
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＳＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＧＴＦＳＳＹＡＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧＩＩＰＩＦＤＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＴＡＤＥＳＴＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＰＧＬＡＡＡＹＤＴＧＳＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＶＡＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＶＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＬＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号２４２
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＡＦＳＲＹＤＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＳＶＡＹＩＳＧＧＧＡＮＴＹＹＬＤＮＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＡＫＮＳＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＳＰＹＬＳＹＦＤＶＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧＫ
配列番号２４３
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＳＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＧＴＦＳＳＹＡＩＳＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧＩＩＰＩＦＤＴＡＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＴＡＤＥＳＴＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＰＧＬＡＡＡＹＤＴＧＳＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧＫ
配列番号２４４
ＥＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＥＳＬＫＩＳＣＫＧＳＧＹＳＦＴＳＹＷＭＱＷＶＲＱＭＰＧＫＧＬＥＷＭＧＡＩＹＰＧＤＧＤＩＲＹＴＱＮＦＫＧＱＶＴＩＳＡＤＫＳＩＳＴＡＹＬＱＷＳＳＬＫＡＳＤＴＡＭＹＹＣＡＲＷＥＫＳＴＴＶＶＱＲＮＹＦＤＹＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＶＡＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＶＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号２４５
ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＳＹＡＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＡＩＳＧＳＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＫＳＰＹＡＰＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＶＡＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＶＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
配列番号２４６
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配列番号２４７
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配列番号２４８
ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＳＹＡＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＡＩＳＧＳＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＫＳＰＹＡＰＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＡＡＡＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＡＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
Figure 2019500892
実施例１６．二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体の特徴付け
作製した二重特異性アンタゴニスト抗体を、抗原特異的Ｔ細胞応答の増強能についてＣＭＶアッセイで試験した。機能性は、実施例１４に記載されるように、ＣＤ４＋及びＣＤ＋Ｔ細胞両方でのＣＤ１３７発現を評価することによって、かつ、培養上清中のＩＦＮ−γ及びＴＮＦ−αレベルによって測定した。表４５及び表４６には、異なる読み出し値について、このアッセイでの二重特異性ＰＤ−１／ＴＩＭ−３抗体の活性をまとめる。この表に示されるように、選択した二重特異性分子は、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋ Ｔ細胞上のＣＤ１３７発現、及び、分泌されたＩＦＮ−γ及びＴＮＦ−αのレベルの有意な上昇につながった。全体的には、ｈｕＩｇＧ２シグマＦｃを有するＰＤ−１／ＴＩＭ−３二重特異性が最も強い活性を有しており、ｈｕＩｇＧ２、ｈｕＩｇＧ４を有する分子が続いた。
Figure 2019500892
Figure 2019500892
実施例１７．抗ＰＤ１抗体は、腫瘍におけるＴＩＭ−３発現を上方制御する
腫瘍におけるＴＩＭ−３発現中の抗ＰＤ−１抗体処置の影響を、ＣＴ２６又はＭＣ３８結腸癌マウスモデルで評価した。
Ｂａｌｂ／ｃマウスに、１×１０６個のＣＴ２６結腸癌腫瘍を皮下移植した。腫瘍細胞移植７日後、腫瘍を測定し、マウスを腫瘍サイズによって無作為化した。ＰＢＳ又は１０ｍｇ／ｋｇの抗マウスＰＤ−１抗体（クローンＲＭＰ１−１４、ＢｉｏＸＣｅｌｌ）での処置を、腫瘍細胞移植後７日目に始め、残りの試験期間中、２週間毎に継続した。ＴＩＭ−３のＴ細胞発現を分析するため、２２日目に腫瘍を摘出し、ＧｅｎｔｌｅＭＡＣＳ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）を用いて分離した。Ｌｉｖｅ／ＤｅａｄとＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８及びＴＩＭ−３用マーカーを用いて、フローサイトメトリーのために染色を実施した。ＬＳＲ Ｆｏｒｔｅｓｓａ（ＢＤ）でフローサイトメトリーを行った。Ｆｌｏｗ Ｊｏソフトウェアを用いてデータを解析した。
野生型Ｃ５７Ｂｌ／６雌性マウスに、ＰＢＳ中に懸濁した５×１０５個のＭＣ−３８結腸癌細胞を皮下移植した。腫瘍を測定し、マウスを腫瘍サイズ（５０〜１００ｍｍ３）によって無作為化した。ＰＢＳ又は１０ｍｇ／ｋｇの抗マウスＰＤ−１抗体（クローンＲＭＰ１−１４、ＢｉｏＸＣｅｌｌ）での処置を、無作為化後に始め、残りの試験期間中、２週間毎に継続した。腫瘍に浸潤しているＴ細胞の特性を確認するため、移植１２、１５、１９、又は２２日後に腫瘍を摘出し、ＧｅｎｔｌｅＭＡＣＳ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）を用いて分離した。
Ｌｉｖｅ／ＤｅａｄとＣＤ４５、Ｔｈｙ１、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＴＩＭ−３、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＴＩＧＩＴ用マーカーを用いて、フローサイトメトリーのために染色を実施した。ＬＳＲ Ｆｏｒｔｅｓｓａ（ＢＤ）でフローサイトメトリーデータを収集した。ＦｌｏＪｏソフトウェア（ｖ９．９．４）を用いてデータを分析し、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍで可視化した。統計値はＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍで生成させた。
２２日目にＣＴ２６腫瘍から単離されたＣＤ８＋Ｔ細胞でのＴＩＭ−３発現の分析により、ＰＢＳ対照と比較して、ＰＤ−１処理サンプル中でＴＩＭ−３発現が上昇していることが明らかとなった。図１Ａは、２つの処理群におけるＴＩＭ−３発現の平均蛍光強度を示す。
ＴＩＭ−３発現は、ＰＢＳ対照と比較したとき、抗ＰＤ−１ｍＡｂ処理サンプルのＭＣ−３８腫瘍中でも増加していた。図１Ｂは、ＣＤ８＋ ＴＩＬ集団におけるＴＩＭ−３発現の幾何平均蛍光強度を示す。図１Ｃは、ＴＩＭ−３＋ ＣＤ８＋細胞の総ＣＤ８＋ ＴＩＬに対する相対発生頻度の割合（％）を示す。
これらのデータは、ＴＩＭ−３が抗ＰＤ−１処理に応答して上方制御されることを示し、ＰＤ−１処理対象中でＴＩＭ−３を標的化する論理的根拠を支持する。
ＣＤ１３７、ＯＸ４０及びＧＩＴＲ発現についても、抗マウスＰＤ−１抗体で処理したマウスから単離された、ＣＤ８＋Ｔ細胞が浸潤しているＭＣ３８腫瘍で分析した。これらの結果は、ＴＮＦファミリー共刺激性受容体であるＣＤ１３７、ＯＸ４０及びＧＩＴＲ発現の頻度及びレベル（ｇＭＦＩ）の両方が、ＰＤ−１阻害後に上昇したことを示した。図２Ａ及び図２Ｂは、それぞれ、ＣＤ８ ＴＩＬ上のＣＤ１３７発現のｇＭＦＩ及び相対発生頻度を示す。図３Ａ及び図３Ｂは、それぞれ、ＣＤ８ ＴＩＬ上のＯＸ４０発現のｇＭＦＩ及び相対発生頻度を示し、図４Ａ及び図４Ｂは、それぞれ、ＣＤ８ ＴＩＬ上のＧＩＴＲのｇＭＦＩ及び相対発現を示す。
これらのデータは、ＰＤ−１処理対象中でＣＤ１３７、ＯＸ４０及び／又はＧＩＴＲを標的化する論理的根拠を支持する。
実施例１８．ＰＤ−１阻害後の抗ＴＩＭ−３抗体の活性
ＣＭＶアッセイにおいて、抗ＰＤ−１抗体阻害後の抗ＴＩＭ−３抗体の活性についても試験した。これらの実験では、１例の正常ドナー（ＣＭＶ−血清陽性）由来のＰＢＭＣを、ｐｐ６５ペプチドプール及び抗ＰＤ−１抗体と共に５日間インキュベートした。５日目、上清を回収し、抗ＴＩＭ−３又は抗ＰＤ−１抗体いずれかの存在下で細胞をｐｐ６５ペプチドプールで再刺激した。上清中のＩＦＮ−γレベルを２４時間後に測定した。抗ＰＤ−１阻害５日後の抗ＴＩＭ−３抗体による処理の結果、ＩＦＮ−γレベルが顕著に増加した。この効果は、継続抗ＰＤ−１処理と比較して有意であった（ｐ＝０．０１８３）。実験では、抗ＴＩＭ−３抗体ＴＭ３Ｂ４０３及び抗ＰＤ−１抗体ＰＤ１Ｂ２４４を使用した。図５は、ＣＭＶアッセイでのＩＦＮ−γレベルの上昇を示し、ここでは、ＰＢＭＣを、５日間の抗ＰＤ−１ＰＤ１Ｂ２４４処理後に、抗ＴＩＭ−３抗体ＴＭ３Ｂ１０５で処理した。値は、各条件で使用した６回の生体サンプル複製物の平均を表す。
実施例１９．抗ＴＩＭ−３抗体のエピトープマッピング
水素／重水素交換質量分析（ＨＤＸ−ＭＳ）を行い、ＴＭＢ４０３及びＴＭＢ２９１の結合エピトープを同定した。実験では、ＴＭ３Ｂ４０３及びＴＭ３Ｂ２９１のＶＨ及びＶＬを、Ｃ末端にヘキサヒスチジンタグを有するＩｇＧ１ Ｆａｂとしてクローニングした。懸濁振盪フラスコ中のＨＥＫ２９３ Ｅｘｐｉ細胞に一過的にトランスフェクトして、Ｆａｂを作製した。Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓの、マウス骨髄腫細胞株（ＮＳ０由来）で産生させたＴＩＭ−３ ＩｇＧ１ Ｆｃキメラ、Ｓｅｒ２２−Ａｒｇ２００（アクセッション＃Ｑ８ＴＤＱ０）（カタログ＃２３６５−ＴＭ）を用いた。
Ｈ／Ｄ交換には、Ｆａｂ摂動を分析するのに使用される手順は、以前に記載されているもの（Ｈａｍｕｒｏ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １４：１７１〜１８２，２００３；Ｈｏｒｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ４５：８４８８〜８４９８、２００６）に類似しており、一部変更していた。簡潔に言えば、脱グリコシル化ヒトＴＩＭ−３／Ｆｃ融合タンパク質又は脱グリコシル化ヒトＴＩＭ−３−Ｆｃ＋Ｆａｂ混合物を、酸化重水素標識化バッファーと、０℃にて最大２時間の様々な時間インキュベートした。塩酸グアニジンの添加により重水素交換をクエンチし、クエンチしたサンプルをオンカラムペプシン消化及びＬＣ−ＭＳ分析に供した。質量スペクトルをＭＳのみモードで記録した。重水素取り込みの計算には、あるペプチドの質量スペクトルを抽出イオンクロマトグラムピーク全体に組み合わせ、加重平均ｍ／ｚを計算した。天然ペプチド（０分間）の質量から加重平均質量への質量の増加は、重水素取り込みレベルに相当する。タンパク質の約９８．４％を特定のペプチドにマッピングすることができた。
特定されたペプチドにおける重水素レベルを、ＬＣ−ＭＳでの質量シフトからモニタした。ペプチドについて、交換時間にわたって重水素レベル及び／又は傾きの顕著な差を示す選択した重水素蓄積曲線をプロットした。脱グリコシル化ヒトＴｉｍ−３／Ｆｃ融合タンパク質は、配列３２ＷＧＫＧＡＣＰＶＦＥＣＧＮＶＶＬ４７（配列番号２６１）でのＴＭ３Ｂ４０３への結合、及び、配列９０ＲＩＱＩＰＧＩＭＮＤＥＫＦ１０２（配列番号２６２）でのＴＭ３Ｂ２９１への結合によって、重水素取り込みが顕著に低下することを示した。したがって、Ｆａｂへの結合によって重水素取り込みが顕著に低下するこれらの領域は、ｍＡｂの主なエピトープであると考えられる。
５０ＤＥＲＤＶＮＹ５６（配列番号２６３）のセグメントは、ＴＭ３Ｂ４０３又はＴＭ３Ｂ２９１への結合いによって、重水素交換の適度な低下を示した。この領域も、両抗体のエピトープの可能性があると考えられ得る。
ＴＭ３Ｂ４０３又はＴＭ３Ｂ２９１の主な結合エピトープは異なる。しかしながら、ＨＤＸマッピングの結果に基づき、類似する適度な保護領域である、５０ＤＥＲＤＶＮＹ５６（配列番号２６３）を共有している可能性がある。この領域が両Ｆａｂ分子に共通の結合エピトープ領域に寄与することを評価するため、競合ＥＬＩＳＡを実施した。組み換えヒトＴｉｍ−３／Ｆｃタンパク質をプレート上に直接コーティングし、その後ブロッキングして洗浄した。ルテニウム（Ｒｕ）標識化ＴＭ３Ｂ２９１のＦａｂの混合物を、様々な濃度の未標識のＴＭ３Ｂ１０５又はＴＭ３Ｂ２９１と共に予めインキュベートした。プレートをインキュベートし、洗浄し、ＭＳＤ Ｒｅａｄ Ｂｕｆｆｅｒ Ｔを各ウェルに分注した後、ＳＥＣＴＯＲ Ｉｍａｇｅｒ ６０００（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ））で読み取った。
競合分析により、ＴＭ３Ｂ４０３がＴＭ３Ｂ２９１と、ＴＩＭ−３への結合について競合することが示された。この結果は、適度に保護される領域、ＤＥＲＤＶＮＹ（配列番号２６３）が、両抗体のエピトープの一部であるか、又は、エピトープがごく接近しているため、抗体が互いの結合を立体的に阻害することを示し得る。
実施例２０．ＴＩＭ−３阻害剤は、ＣＤ８＋ ＴＩＬでのＴＩＧＩＴ発現を増加する
腫瘍におけるＴＩＧＩＴの発現に対する抗ＴＩＭ−３抗体処置の影響を、ＣＴ２６及びＭＣ３８結腸癌マウスモデルで評価した。この実験は、１０ｍｇ／ｍＬの抗ＴＩＭ−３抗体ＲＭＴ３−２３（Ｂｉｏｘｃｅｌｌ）を用いたこと以外は、実施例１７に記載するように実施した。
ＣＤ８＋ ＴＩＬでのＴＩＧＩＴ発現（図１９Ａ、図２０Ａ）及びＴＩＧＩＴ＋ＴＩＬの相対発生頻度（図１９Ｂ、図２０Ｂ）は、ＣＴ２６（図１９Ａ、図１９Ｂ）及びＭＣ３８（図２０Ａ、図２０Ｂ）腫瘍モデルの両方でＴＩＭ−３阻害後に上昇した。
実施例２１．ＴＩＭ−３発現は、黒色腫患者ＰＢＭＣにおいて、ｅｘ ｖｉｖｏ ＰＤ−１阻害後に増加する
治療未経験の黒色腫患者由来のＰＢＭＣを、抗ＰＤ−１又は抗ＴＩＭ−３機能阻害抗体の存在下で、黒色腫抗原ペプチドプール（ＮＹ−ＥＳＯ、ｇｐ１００、ＭＡＲＴ−１）で刺激した。ＴＩＭ−３の発現を、６日目にペプチドで再刺激した細胞において評価した。結果は、対照又はＴＩＭ−３処理ＰＢＭＣと比較して、抗ＰＤ−１処理サンプルにおいて、ＴＩＭ−３＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の発生頻度が顕著に上昇することを示した（図２１）。
０日目、治療未経験の黒色腫患者由来の凍結ＰＢＭＣを３７℃の水浴中で急速に溶解した。細胞を溶解し、洗浄して、完全ＲＰＭＩ培地（ＲＰＭＩ＋１０％ ＦＢＳ＋１％ピルビン酸ナトリウム＋１％ ＮＥＡＡ＋１％ ｐｅｎ／ｓｔｒｅｐ）中で数えた。細胞を、抗ＰＤ−１又は抗ＴＩＭ−３機能阻害抗体（それぞれＰＤ１Ｂ２４４及びＴＭ３Ｂ４０３）及び１μｇ／ｍＬの黒色腫抗原ペプチドプール（ＮＹ−ＥＳＯ、ｇｐ１００、ＭＡＲＴ−１）の存在下及び非存在下で６日間３７Ｃにて、９６ウェルのＵ底プレートのウェル当たり２００，０００個でプレーティングした。６日目に細胞をペプチドプールで再刺激し、ＰＤ−１及びＴＩＭ−３の発現、並びに、Ｔ細胞の活性化及び増殖マーカーについてフローサイトメトリーで分析した。
実施例２２．抗ＴＩＭ−３抗体は、ＩＬ−２で刺激したＰＢＭＣ中の活性化ＮＫ細胞の発生頻度を増加する。
活性化ＮＫ細胞の発生頻度に対する抗ＴＩＭ−３抗体ＴＭ３Ｂ４０３の影響を、ＩＬ−２（２０Ｕ）でヒトＰＢＭＣを刺激したアッセイで判定した。ＣＤ６９及びＣＤ２５、ＮＫ細胞の活性化マーカーの発生頻度を、ある範囲のｍＡｂ濃度で処理した４８時間後に、フローサイトメトリーによって評価した。活性化をＣＤ６９陽性細胞の割合（図２２Ａ）又はＣＤ２５陽性細胞の割合（図２２Ｂ）で評価するとき、ＴＭ３Ｂ４０３は、活性化ＮＫ細胞の発生頻度を増加させた。

Claims (36)

  1. それぞれ配列番号１６４、１６５、１６６、１６７、１６８及び１６９の配列番号の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、ＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分。
  2. 前記抗体が、それぞれ配列番号１６４、１６５、１０８、１１８、１６８及び１６９の前記ＨＣＤＲ１、前記ＨＣＤＲ２、前記ＨＣＤＲ３、前記ＬＣＤＲ１、前記ＬＣＤＲ２及び前記ＬＣＤＲ３を含む、請求項１に記載の抗体又はその抗原結合部分。
  3. 前記抗体が、次の特性：
    ａ）抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を増強し、このとき前記活性化は、フローサイトメトリーを用いて、抗原特異的ＣＤ４＋又はＣＤ８＋ Ｔ細胞上のＣＤ１３７の表面発現について統計的に有意な増加を測定することによって評価される、又は
    ｂ）ＴＩＭ−３（配列番号１３８）のガレクチン−９（配列番号３０８）への結合を阻害する、のうちの１つ又は２つを有する、請求項１又は２に記載の抗体又はその抗原結合部分。
  4. 前記抗体が、
    ａ）それぞれ、配列番号９０、９９、１０７、１１７、１２６、及び１３５、
    ｂ）それぞれ、配列番号９１、９９、１０８、１１８、１２７、及び１３６、
    ｃ）それぞれ、配列番号９１、９９、１０９、１１９、１２８、及び１３７、
    ｄ）それぞれ、配列番号９２、１００、１１０、１１７、１２６、及び１３５、又は
    ｅ）それぞれ、配列番号９３、１０１、１１１、１２０、１２９、及び１３９の、前記ＨＣＤＲ１、前記ＨＣＤＲ２、前記ＨＣＤＲ３、前記ＬＣＤＲ１、前記ＬＣＤＲ２、及び前記ＬＣＤＲ３を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合部分。
  5. 前記抗体が、ＩＧＨＶ３−２３（配列番号１７４）由来の重鎖フレームワークと、ＩＧＫＶ３−２０（配列番号１８０）、ＩＧＫＶ３−１１（配列番号１７１）又はＩＧＫＶ４−１（配列番号１８１）由来の軽鎖フレームワークと、を含む、請求項１〜４のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合部分。
  6. 前記抗体が、
    ａ）ＴＩＭ−３に、ＴＩＭ−３残基３２〜４７（ＷＧＫＧＡＣＰＶＦＥＣＧＮＶＶＬ）（配列番号２６１）内で結合し、任意追加的にＴＩＭ−３残基５０〜５６（ＤＥＲＤＶＮＹ）（配列番号２６２）内で更に結合する、請求項１〜５のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合部分。
  7. ａ）それぞれ、配列番号１４５及び１５５、
    ｂ）それぞれ、配列番号１４６及び１５６、
    ｃ）それぞれ、配列番号１４８及び１５７、
    ｄ）それぞれ、配列番号１４７及び１５５、又は
    ｅ）それぞれ、配列番号１４９及び１５８の、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、請求項１〜６のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合部分。
  8. 前記抗体がヒト又はヒト化である、請求項１〜７のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合部分。
  9. 前記抗体が、
    ａ）Ｆｃ領域内に１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個の置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ１アイソタイプ、
    ｂ）前記Ｆｃ領域内に１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個の置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ２アイソタイプ、
    ｃ）前記Ｆｃ領域内に１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個の置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ３アイソタイプ、
    ｄ）前記Ｆｃ領域内に１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個の置換を任意追加的に含む、ＩｇＧ４アイソタイプ、
    ｅ）Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ１アイソタイプ、
    ｆ）Ｖ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ、Ｈ２６８Ａ、Ｖ３０９Ｌ、Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプ、
    ｇ）Ｆ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｐ２３８Ｓ及びＱ２６８Ａ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプ、
    ｈ）Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ又はＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含む、ＩｇＧ１アイソタイプ、
    ｉ）Ｆ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ又はＦ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプ、
    ｊ）Ｖ２３４Ａ置換を含む、ＩｇＧ２アイソタイプ、
    ｋ）Ｓ２２８Ｐ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプ、又は
    ｌ）Ｓ２２８Ｐ、Ｆ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含む、ＩｇＧ４アイソタイプであり、残基付番がＥＵインデックスに準拠する、請求項１〜８のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合部分。
  10. ａ）それぞれ、配列番号９１、９９、１０８、１１８、１２７及び１３６の前記ＨＣＤＲ１、前記ＨＣＤＲ２、前記ＨＣＤＲ３、前記ＬＣＤＲ１、前記ＬＣＤＲ２及び前記ＬＣＤＲ３、
    ｂ）それぞれ、配列番号１４６及び１５６のＶＨ及びＶＬ、並びに／又は
    ｃ）配列番号７８の前記ＨＣ及び配列番号７９の前記ＬＣを含む、請求項１〜９のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合タンパク質。
  11. 前記抗体が、任意追加的に、ＰＤ−１（配列番号１）、ＰＤ−Ｌ１（配列番号５）、ＰＤ−Ｌ２（配列番号８）、ＬＡＧ−３（配列番号２９３）、ＣＥＡＣＡＭ−１（配列番号２９６）、ＣＥＡＣＡＭ−５（配列番号３０７）、ＮＫＧ２Ｄ（配列番号２８２）又はＴＩＧＩＴ（配列番号３０１）に結合する二重特異性抗体である、請求項１〜１０のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合部分。
  12. 請求項１〜１１のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合部分と、医薬的に許容される担体と、を含む、医薬組成物。
  13. ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４８若しくは１４９の前記ＶＨをコードする、
    ｂ）配列番号１５５、１５６、１５７若しくは１５８の前記ＶＬをコードする、
    ｃ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４８若しくは１４９の前記ＶＨ及び配列番号１５５、１５６、１５７若しくは１５８の前記ＶＬをコードする、又は
    ｄ）配列番号２０４若しくは２０５のポリヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド。
  14. 請求項１３に記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
  15. 請求項１４に記載のベクターを含む、宿主細胞。
  16. ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分の産生方法であって、前記抗体又はその抗原結合部分が発現される条件下で請求項１５に記載の宿主細胞を培養することと、前記宿主細胞によって産生された前記抗体又はその抗原結合部分を回収することと、を含む、方法。
  17. ＴＩＭ−３に特異的に結合する単離されたアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分であって、
    ａ）それぞれ、配列番号９７、１０５、１１５、１２４、１３３及び１４３の前記ＨＣＤＲ１、前記ＨＣＤＲ２、前記ＨＣＤＲ３、前記ＬＣＤＲ１、前記ＬＣＤＲ２及び前記ＬＣＤＲ３、
    ｂ）それぞれ、配列番号１７２及び１７３のＶＨ及びＶＬ、並びに／又は
    ｃ）配列番号８０の重鎖（ＨＣ）及び配列番号８１の軽鎖（ＬＣ）を含む、抗体又はその抗原結合部分。
  18. 前記抗体が、次の特性：
    ａ）ＴＩＭ−３（配列番号１３８）のガレクチン−９（配列番号３０８）への結合を阻害する、又は
    ｂ）ＴＩＭ−３に、ＴＩＭ−３残基９０〜１０２（ＲＩＱＩＰＧＩＭＮＤＥＫＦ）（配列番号２６３）内で結合し、任意追加的にＴＩＭ−３残基５０〜５６（ＤＥＲＤＶＮＹ）配列番号２６２内で更に結合する、のうちの１つ又は２つを有する、請求項１７に記載の抗体又はその抗原結合部分。
  19. 請求項１８に記載の抗体又はその抗原結合部分と、医薬的に許容される担体と、を含む、医薬組成物。
  20. ａ）配列番号１７２の前記ＶＨをコードする、
    ｂ）配列番号１７３の前記ＶＬをコードする、
    ｃ）配列番号１７２の前記ＶＨ及び配列番号１７３の前記ＶＬをコードする、又は
    ｄ）配列番号２０６若しくは２０７のポリヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド。
  21. 請求項２０に記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
  22. 請求項２１に記載のベクターを含む、宿主細胞。
  23. ＴＩＭ−３に特異的に結合するアンタゴニスト抗体又はその抗原結合部分の産生方法であって、前記抗体が発現される条件下で請求項２２に記載の宿主細胞を培養することと、前記宿主細胞によって産生された前記抗体又はその抗原結合部分を回収することと、を含む、方法。
  24. 対象における癌の治療方法であって、治療有効量の請求項１〜１１のいずれかに記載の単離された抗体若しくはその抗原結合部分、又は、請求項１２に記載の医薬組成物を、前記癌の治療に十分な期間にわたって、治療を必要とする前記対象に投与することを含む、方法。
  25. 対象における癌の治療方法であって、治療有効量の請求項１７又は１８に記載の単離された抗体若しくはその抗原結合部分、又は、請求項１９に記載の医薬組成物を、前記癌の治療に十分な期間にわたって、治療を必要とする前記対象に投与することを含む、方法。
  26. 前記癌が、固形腫瘍又は血液悪性疾患である、請求項２４又は２５に記載の方法。
  27. 前記固形腫瘍が、黒色腫、肺癌、扁平上皮非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、非扁平上皮ＮＳＣＬＣ、結腸直腸癌、前立腺癌、去勢抵抗性前立腺癌、胃癌、卵巣癌、胃部癌、肝癌、膵臓癌、甲状腺癌、頭頸部の扁平上皮癌、食道又は胃腸管の癌腫、乳癌、卵管癌、脳癌、尿道癌、尿生殖器癌、子宮内膜症、子宮頸癌、又は、前記癌の転移巣である、請求項２４〜２６のいずれかに記載の方法。
  28. 前記血液悪性疾患が、リンパ腫、骨髄腫又は白血病である、請求項２４〜２６のいずれかに記載の方法。
  29. 前記血液悪性疾患が、Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性骨髄単球性白血病（ＣＭＭＬ）、多発性骨髄腫又は形質細胞腫である、請求項２８に記載の方法。
  30. 対象における免疫応答の増強方法であって、治療有効量の請求項１〜１１若しくは１７〜１８のいずれかに記載の抗体若しくはその抗原結合部分、又は、請求項１２若しくは１９に記載の医薬組成物を、前記免疫応答の増強に十分な期間にわたって、増強を必要とする前記対象に投与することを含む、方法。
  31. 前記対象が、癌又はウイルス感染を有する、請求項３０に記載の方法。
  32. 前記抗体又はその抗原結合部分が、第２の治療薬と併用して投与される、請求項２４〜３１のいずれかに記載の方法。
  33. 前記第２の治療薬が、
    ａ）前記固形腫瘍又は前記血液悪性疾患を治療するための標準治療薬、
    ｂ）Ｔ細胞活性化分子のアゴニスト、
    ｃ）ＣＤ８６（配列番号２６４）、ＣＤ８０（配列番号２６５）、ＣＤ２８（配列番号２６６）、ＩＣＯＳ（配列番号２６７）、ＩＣＯＳリガンド（配列番号２６８）、ＴＭＩＧＤ２（配列番号２６９）、ＣＤ４０（配列番号２７０）、ＧＩＴＲ（配列番号２７１）、４−１ＢＢリガンド（配列番号２７１）、ＯＸ４０リガンド（配列番号２７２）、ＣＤ７０（配列番号２７４）、ＣＤ４０Ｌ（配列番号２７５）、ＴＮＦＲＳＦ２５（配列番号２６４）、ＬＩＧＨＴ（配列番号２７７）、ＧＩＴＲリガンド（配列番号２７８）、ＯＸ−４０（配列番号２７９）、ＣＤ２７（配列番号２８０）、ＣＤ１３７（配列番号２８１）、ＮＫＧ２Ｄ（配列番号２８２）、ＣＤ４８（配列番号２８３）、ＣＤ２２６（配列番号２８４）、又はＭＩＣＡ（配列番号２８５）のアゴニスト、
    ｄ）Ｔ細胞阻害性分子の阻害剤、
    ｅ）ＰＤ−１（配列番号１）、ＰＤ−Ｌ１（配列番号５）、ＰＤ−Ｌ２（配列番号８）、ＶＩＳＴＡ（配列番号２８６）、ＢＴＮＬ２（配列番号２８７）、Ｂ７−Ｈ３（配列番号２８８）、Ｂ７−Ｈ４（配列番号２８９）、ＨＶＥＭ（配列番号２９０）、ＨＨＬＡ２（配列番号２９１）、ＣＴＬＡ−４（配列番号２９２）、ＬＡＧ−３（配列番号２９３）、ＴＩＭ−３（配列番号１３８）、ＢＴＬＡ（配列番号２９４）、ＣＤ１６０（配列番号２９５）、ＣＥＡＣＡＭ−１（配列番号２９６）、ＬＡＩＲ１（配列番号２９７）、ＴＧＦβ（配列番号２９８）、ＩＬ−１０（配列番号２９９）、ＣＤ９６（配列番号３００）、ＴＩＧＩＴ（配列番号３０１）、ＮＫＧ２Ａ（配列番号３０２）、ＣＤ１１２（配列番号３０３）、ＣＤ４７（配列番号３０４）、ＳＩＲＰＡ（配列番号３０５）又はＣＤ２４４（配列番号３０６）の阻害剤、
    ｆ）ＴＩＧＩＴ（配列番号３０１）に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、
    ｇ）ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、
    ｈ）
    ｉ）それぞれ、配列番号４８及び５６、又は
    ｉｉ）それぞれ、配列番号６４及び６５の前記ＶＨ及び前記ＶＬを含む、ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体、
    ｉ）ワクチン、
    ｊ）放射線療法、又は
    ｋ）手術である、請求項３２に記載の方法。
  34. 前記患者が、
    ａ）ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体での治療に不応性である、又は
    ｉ）ＰＤ−１に特異的に結合するアンタゴニスト抗体による治療後に再発した腫瘍を有する、請求項２４〜３３のいずれかに記載の方法。
  35. 請求項１〜１１又は１７のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合部分に結合する、抗イディオタイプ抗体。
  36. 請求項１〜１１又は１７のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合部分を含む、キット。
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