JP4742050B2 - 検査試薬キットとそれを用いる遺伝子多型検出装置 - Google Patents
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Description
この遺伝子多型検出方法や装置は、遺伝子解析の研究や臨床分野において利用することができる。
患者が敗血症に罹りやすいか否か及び/又は敗血症に急速に進行しやすいか否かを決定するために、患者から核酸試料を採取し、該試料中におけるパターン2対立遺伝子、又はパターン2対立遺伝子と連鎖不平衡であるマーカー遺伝子を検出し、パターン2対立遺伝子又はパターン2対立遺伝子と連鎖不平衡であるマーカー遺伝子が検出されれば該患者が敗血症に罹りやすいと判定する(特許文献1参照。)。
比較的に少量のゲノムDNAを用いて数十万箇所に及ぶSNP部位についてタイピングを行なうために、少なくとも一つの一塩基多型部位を含む複数の塩基配列を、ゲノムDNA及び複数対のプライマーを用いて同時に増幅し、増幅した複数の塩基配列を用いて、当該塩基配列に含まれる一塩基多型部位の塩基をタイピング工程により判別する。そのタイピング工程として、インベーダ法又はタックマンPCR法を用いる(特許文献3参照。)。
一方、DNAを増幅するPCR法だけに着目すれば、前処理なしで血液などの試料から直接PCR反応を行なわせる方法も提案されている。そこでは、遺伝子を含む試料中の目的とする遺伝子を増幅する核酸合成法において、遺伝子を含む試料中の遺伝子包含体もしくは遺伝子を含む試料そのものを遺伝子増幅反応液に添加して、添加後の該反応液のpHが8.5−9.5(25℃)で遺伝子を含む試料中の目的とする遺伝子を増幅する(特許文献4参照。)。
そこで、本発明は目的とする複数のSNP部位のためのタイピングを試料の調整の段階から自動的に行なえるようにすることを目的とするものである。
多型には変異、欠失、重複、転移等が含まれる。多型の代表的なものはSNPである。
したがって、核酸抽出操作を施していない生体試料とは、これらの一連の操作を施していない試料であり、核酸包含体を含む生体試料そのもの、加熱処理もしくは凍結処理などを行なって核酸包含体が分解した状態の生体試料、生体試料から回収した核酸包含体を含む。生体試料から核酸包含体の回収方法は、例えば遠心・超遠心操作、ポリエチレングリコールなどの共沈剤、吸着担体などを用いた方法が挙げられる。
ゲノムDNAには、ヒトをはじめ動植物DNA、細菌及びウィルス等のDNA、さらには、RNAを鋳型に合成されたcDNAが含まれる。
上述した核酸抽出操作を施していない生体試料からのゲノムDNAの増幅工程は、特許文献4,5に詳細に記載されている。
前記タイピング工程はインベーダ法やタックマンPCR法を使用することができる。
本発明を用いた診断方法は、特定の多型又は複数の多型の組合せについての診断値をデータベースとして用意しておき、本発明により実現される遺伝子多型検出方法により検出された多型結果に基づいて前記データベースから診断値を読み出すものである。ここで、診断値としては、病気罹患率や、投与薬剤の種類と効果及び副作用との関係などを含むことができる。
前記試料設置部と前記増幅部が温度調節部を共通にしていてもよい。
検査試薬キットは、さらに、試料を希釈する希釈液が収容された希釈液収容部が一体として形成されていてもよい。
PCR工程では血液などの生体試料2にPCR反応液4を添加するか、逆にPCR反応液4に生体試料2を添加する。試料2は例えば1μLを採取し、それにPCR反応液4を10μL程度添加する。PCR反応液4は予め調整されたものであり、測定しようとするSNP部位のための複数のプライマーを含み、それにpHを調整するためのバッファ液、4種類のデオキシリボヌクレオチド、その他必要な試薬が添加されており、試料2と混合したときにpHが8.5−9.5になるように調製されている。
次に、インベーダ試薬6が添加された反応液をタイピング反応部のプローブ固定部8に添加して反応をさせる。プローブ固定部8の各部位には、複数のSNP部位のそれぞれに対応してインベーダプローブとレポータープローブが個別に保持されており、反応液がインベーダプローブと反応し、そのレポータープローブに対応するSNPが存在すれば蛍光を発する。
インベーダ法については、特許文献3の段落[0032]から[0034]に詳しく記載されている。
各レポータープローブはそれに対応したSNPの塩基に応じて2種類のものが用意されており、そのSNPがホモ接合体であるかヘテロ接合体であるかを判別することができる。
合成酵素はプライマー付加によるDNA合成用の酵素であり、化学合成系も含む。適切な合成酵素としては、E.coliのDNAポリメラーゼI、E.coliのDNAポリメラーゼのクレノーフラグメント、T4DNAポリメラーゼ、TaqDNAポリメラーゼ、T.litoralis DNAポリメラーゼ、TthDNAポリメラーゼ、PfuDNAポリメラーゼ、Hot Start Taq ポリメラーゼ、KOD DNAポリメラーゼ、EX TaqDNAポリメラーゼ、逆転写酵素などがあるが、これらに限定されるものではない。「熱安定性」は、高温下、好ましくは65−95℃でもその活性を保持する化合物の性質を意味する。
本発明に適用される診断方法は得られた多型のタイピングを基にしてデータベースから診断値を読み出すので、医療現場で使用するのが可能になる。
本発明を利用した診断装置では、多型のタイピングからそれに基づいた診断値の表示までを自動的に実行することができるようになる。
10は試料設置部と試薬保持部を兼ねるサンプルテーブルである。試料設置部には試料容器として採血管12が配置される。採血管12としては各種のサイズのもの、例えば直径13mmのもの、直径16mmのものなどが搭載され、さらにサンプルカップも搭載できるユニバーサルアダプターがついて、種々の試料容器に対応できるようになっている。採血管12にはゲノム抽出操作を施していない体液試料として血液が採取されてサンプルテーブル10に搭載される。
ヒト新鮮血液1μlに対して、PCR反応液24μlを用いて、PCRを行なう。
このPCR反応液には、各50mmolの40種類のプライマー(20対)、EX-Taq DNAポリメラーゼ(宝酒造社製)10ユニット、TaqStart (CLONTECH Laboratories社製)0.55μg、AmpDirect(島津製作所製)が混入されている。プライマーは、例えば、特許文献3の表1に記載されているSNP ID1〜20、配列番号を1〜40などを使用することができる。
インベーダ試薬は、インベーダーアッセイキット(Third Wave Technology社製)を使用する。すなわち、キットに含まれるバッファー:フレットプローブ:クリベース:蒸留水が、3:3:3:50になるように混合して調製されたものである。
レポータープローブとインベーダプローブの具体例としては、例えば、非特許文献1の表1中に記載されているPrimary probe1,2とInvader probeを使用することができる。
インベーダプローブとレポータープローブは、ウエル内で風乾された状態で固定されている。
図3はこの参考例の各テーブル10,20と分注プローブ32のレイアウトを示した平面図であり、プローブ32は軸32aを中心として水平面内で回転するとともに、垂直方向にも変位して分注動作を行なう。
分注プローブ32が採血管12の試料を、例えば1〜数μL、PCRエリアの増幅反応容器24に分注し、続いて分注プローブ32がPCR反応液14を、例えば5〜10μL、その試料を分注した増幅反応容器24に分注する。又はその逆に、PCR反応液14を先に分注し、その後に試料を分注するようにしてもよい。試料とPCR反応液が分注された増幅反応容器では、例えば1〜1.5時間にわたって所定の温度サイクルが繰り返されてPCR反応が行なわれる。PCRエリアの別の増幅反応容器24にも順次試料と反応液が分注され、PCR反応が繰り返されていく。
採血管の試料は、例えば1〜数μLが採取され、増幅反応容器24に分注されてPCRエリアに設置される。PCR反応の開始にあたり、分注プローブ32がPCR反応液14を例えば5〜10μL、試料がすでに分注されている増幅反応容器24に分注する。又はその逆に、PCR反応液14を先に分注し、その後に試料を分注するようにしてもよい。試料とPCR反応液が分注された増幅反応容器では、例えば1〜1.5時間にわたって所定の温度サイクルが繰り返されてPCR反応が行なわれる。PCRエリアにある試料がすでに分注されている別の増幅反応容器24にも順次とPCR反応液が分注され、PCR反応が繰り返されていく。
図6のタイピング反応容器30aは、基体に複数の流路74が形成されており、流路74には1種類又は複数種類のインベーダプローブが固定されている。1つの流路74に複数種類のプローブを固定するときは、互いの蛍光を区別して検出できるように互いに場所を離して固定する。流路74の底面側から蛍光測定がなされるように、基体は低自蛍光性で、光透過性の樹脂などの素材で形成されている。
図6、図7のタイピング反応容器30a,30bでは、それぞれの入口78aに反応液を分注すると、反応液はそれぞれの流路74に進入し、内部に固定されたインベーダプローブと反応してそのインベーダプローブに対応するSNPがあれば蛍光を発する。
それぞれの検査試薬キットには、基板面の一方の方向に膨らんだ希釈液収容部88、PCR反応液収容部90及びインベーダ反応試薬収容部92の3つの収容部と、基板面内に配置された複数のインベーダプローブ固定部94を備えている。
この検査試薬キットにおける収容部88,90,92からの液の移送は分注ノズルを使用して行なう。そのため、収容部88,90,92の開口を封止しているフィルム又はプレートは分注ノズルによって容易に貫通できるものが好ましい。
この検査試薬キットでは、反応液はノズルによってインベーダプローブ固定部98の一端に分注するだけでよく、反応液はインベーダプローブ固定部98の素材を拡散することによってそれぞれの位置に固定されたプローブと反応する。
4 PCR反応液
6 インベーダ試薬
8 プローブ固定部
10 サンプルテーブル
12 採血管
14 PCR反応液容器
15 インベーダ反応試薬容器
17 ミネラルオイル容器
20 反応テーブル
22 PCRエリア
22a プレヒートエリア
24 増幅反応容器
28 インベーダ反応エリア
30,30a,30b,30c,30d タイピング反応容器
34 ノズル
40 洗浄水
42 ウエル
44 インベーダプローブ
45 ミネラルオイル
50 蛍光検出装置
70 PCR反応容器設置部
71 タイピング反応容器設置部
72 容器搬送アーム
74,78, 流路
82 チャンバー
88 希釈液収容部
90 PCR反応液収容部
92 インベーダ反応試薬収容部
94,94a,94b,94c,96b,98 インベーダプローブ固定部
122 検査試薬キット
120 遺伝子多型検出装置
124 ノズル124
126 測光部
128 ディスプレー
Claims (4)
- 軟質材料からなり複数の多型部位それぞれをはさんで結合する複数のプライマーを含む遺伝子増幅反応液が収容された増幅試薬収容部と、
軟質材料からなり前記複数の多型部位に対応して調製されたタイピング試薬が収容されたタイピング試薬収容部と、
前記複数の多型部位のそれぞれに対応して蛍光を発する複数のプローブが個別に保持されたプローブ固定部と、
前記増幅試薬収容部、前記タイピング試薬収容部及び前記プローブ固定部が一体として形成されているとともに、前記増幅試薬収容部と前記タイピング試薬収容部の間をつなぐ溝及び前記タイピング試薬収容部と前記プローブ固定部の間をつなぐ溝が表面に形成されている基板と、
前記増幅試薬収容部及び前記タイピング試薬収容部をそれらが互いに孤立するように封止しており、剥がされることにより前記各収容部の封止を解く封止部材と、を備え、
前記封止部材を剥がした状態で前記収容部を機械的に押圧して押しつぶすことによりその収容部内の液をその収容部につながる前記溝を介して隣接する前記収容部又は前記プローブ固定部へ移動させうる検査試薬キット。 - さらに、軟質材料からなり試料を希釈する希釈液が収容された希釈液収容部が前記基板に一体として形成されており、
前記基板表面には前記希釈液収容部と前記増幅試薬収容部の間をつなぐ溝も形成されており、
前記封止部材を剥がした状態で前記希釈液収容部を機械的に押圧して押しつぶすことによりその収容部内の液をその収容部につながる前記溝を介して前記増幅試薬収容部へ移動させうる請求項1に記載の検査試薬キット。 - 請求項1に記載の検査試薬キットを装着する検査試薬キット装着部と、
前記増幅試薬収容部内で前記遺伝子増幅反応液と生体試料との反応液内でゲノムDNAを増幅させるためにその反応液の温度を制御する増幅部と、
前記増幅部で増幅させたゲノムDNAと前記タイピング試薬との反応液を前記プローブ固定部のプローブと反応させるためにその反応液の温度を制御するタイピング反応部と、
前記増幅試薬収容部から前記タイピング試薬収容部への液の移送、及び前記タイピング試薬収容部から前記各プローブ固定部への液の移送を行なうために、前記各収容部を押圧して変形させる押圧装置からなる送液装置と、
前記各プローブ固定部に励起光を照射して蛍光を検出する蛍光検出装置と、
前記増幅部及びタイピング反応部の温度制御、前記送液装置の送液動作、並びに前記蛍光検出装置の検出動作を制御する制御部と、
を備えた遺伝子多型検出装置。 - 前記検査試薬キットは、さらに、軟質材料からなり試料を希釈する希釈液が収容された希釈液収容部が前記基板に一体として形成され、前記基板表面には前記希釈液収容部と前記増幅試薬収容部の間をつなぐ溝も形成されており、前記封止部材を剥がした状態で前記希釈液収容部を機械的に押圧して押しつぶすことによりその収容部内の液をその収容部につながる前記溝を介して前記増幅試薬収容部へ移動させうるものであり、
前記送液装置は前記制御部により送液動作が制御されて前記希釈液収容部から前記増幅試薬収容部への液の移送も行うものである請求項3に記載の遺伝子多型検出装置。
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